hl7接口开发商中文使用手册

中心监护系统

HL7接口

开发商中文使用手册

版权

深圳迈瑞生物医疗电子股份有限公司. 2003

版本: 1.0

发行日期: 2004/3/1

声明

深圳迈瑞生物医疗电子股份有限公司（简称迈瑞公司）拥有此非公开出版的手册的版权，并有权将其作为保密资料处理。本手册只作为操作、保养和维修迈瑞产品的参考资料。

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手册中所含的内容可以不予通知而做出变更。

HL7接口开发商中文使用手册（V1.0）- 1 -

目录 (2)

第1章迈瑞HL7接口概述 (3)

1.1 迈瑞HL7接口支持的消息 (3)

1.2 HL7底层协议 (3)

1.3 HL7标准不符合项 (3)

第2章HL7消息–主动发送 (5)

2.1 介绍 (5)

2.2 消息传递间隔 (5)

2.3 消息语法 (5)

2.3.1 支持的HL7消息 (6)

2.3.2 主动发送Unsolicited Observation Reporting (ORU) (7)

2.4 消息段 (7)

2.4.1 MSH Message Header (8)

2.4.2 PID Patient Identification (8)

2.4.3 PV1 Patient Visit (9)

2.4.4 OBR Observation Request (9)

2.4.5 OBX Observation (9)

第3章HL7接口－查询接口 (13)

3.1 介绍 (13)

3.2 消息语法 (13)

3.2.1 支持的HL7消息 (13)

3.2.2 QRY消息 (13)

3.2.3 ORF消息 (14)

3.2.4 ACK 消息 (15)

3.3 消息段 (15)

3.3.1 MSH Message Header (15)

3.3.2 MSA Message Acknowledgement (16)

3.3.3 QRD Query Definition (16)

3.3.4 QRF Query Filter (17)

3.3.5 PID Patient Identification (17)

3.3.6 PV1 Patient Visit (17)

3.3.7 OBR Observation Request (17)

3.3.8 OBX Observation (17)

附录A Mindray Code System (19)

- 2 - HL7接口开发商中文使用手册（V1.0）

迈瑞HL7接口概述

第1章迈瑞HL7接口概述

HL7接口是迈瑞中央监护系统的软件可配置项。它为迈瑞监护网络和其他基于IP协议的网络提供一个通道。使用TCP/IP连接，客户系统可以用主动发送和查询两种方式从接口取得数据。除此之外提供一个基于UDP协议的广播模式，它也是一种主动发送接口，在TCP/IP服务的数量超限时可以使用它。这三个接口都是可以独立工作的，在下面的具体描述中将分别描述它们。主动发送接口把最新的病人的数据，床号和参数值以固定的时间间隔（缺省30秒）主动发送给客户系统。查询接口则是通过响应客户系统在任何时候的请求来提供病人的数据，床号和参数。在两种模式下数据的传输格式都是按照HL7版本2.3.1来创建的。

1.1迈瑞HL7接口支持的消息

HL7是一个为住院病人提供护理的电子数据交换标准。最初它由美国定义，现在已经被很多国家采用。本接口基于HL7 v2.3.1来定义，详细内容请参考HL7 Interface Standards Version 2.3.1.

因为迈瑞HL7接口只用到很少的数据，所以只有很少的HL7中规定的消息类型，段类型和其他数据在此接口中使用。

1.2HL7底层协议

TCP/IP是一个字节流协议，它并不提供消息边界。HL7作为上层协议是基于消息的，但它也没有提供消息终止机制。为了确定消息边界，我们使用最小的底层协议（HL7 Interface Standards Version 2.3.1.对此也有相应的描述）。

通讯层

消息被以下面的格式传送：

ddddd

其中:

= Start Block character (1 byte)

ASCII , 即, <0x0B>. 不要和ASCII中的字符SOH 或STX混淆。

ddddd = Data (variable number of bytes)

ddddd是the HL7 消息. 只包括ISO 8859-1字符(十六进制值20 - FF) 和，不包括其它控制和不能打印的字符。外部系统也有责任不发送任何禁止的字符，对于这些字符迈瑞HL7接口也不会有响应。

= End Block character (1 byte)

ASCII , 即, <0x1C>. 不要和ASCII 字符ETX 或EOT混淆。

= Carriage Return (1 byte)

ASCII 回车符，即，<0x0D>.

1.3HL7标准不符合项

作为CMS的数据提供方，迈瑞HL7接口的查询模式并不完全符合HL7标准2.3.1。有一个不符合项：

HL7接口开发商中文使用手册（V1.0）- 3 -

迈瑞HL7接口概述

查询接口：查询接口的回应消息ORF消息的段组织顺序为PID - PV1 - OBR – OBX，这种方式中增加了PV1段不符合HL7规定，但是迈瑞中央监护系统是通过床号来查询的，需要PV1段来提供相关信息。

- 4 - HL7接口开发商中文使用手册（V1.0）

HL7消息–主动发送第2章 HL7消息–主动发送

2.1介绍

本章描述迈瑞HL7主动发送接口的两个HL7（版本2.3.1）消息。

注意

HL7支持许多消息类型，但在主动发送模式只用到一种消息。

下面将描述通用的语法规则。

2.2消息传递间隔

消息传递的间隔是可变的，由参数数据类型决定：

周期性参数

周期性参数每1-60秒发送一次，在发送间隔设置中可以调整此时间值。

非周期参数，设置和配置

非周期参数到达HL7服务器的时间间隔是变化的而且不可预知。每隔一个固定时间（1，5，10秒）迈瑞HL7接口检查是否有非周期数据到达，如果该数据到达，一个包含该数据的ORU消息将被主动发出。

2.3消息语法

这一节将对迈瑞HL7接口通用语法做一个介绍。

注意

如果需要对HL7消息语法的完全、详细的描述，请参看HL7标准委员会提供的HL7标准。

每一个HL7消息由一些段组成，段由结尾。

每个段由三个字符的段名和可变数目的域组成，域由组件和子组件构成，在每个消息的MSH 段定义各个组成单元的分隔符。

例如：

MSH|^~\&|||||||ORU^R01|Mindray0001|P|2.3.1

其中：

在MSH 之后的五个字符定义用来区分各域、组件和子组件的分隔符。虽然这些字符可以是任何非文本字符，但HL7标准推荐下表的字符：

字符意义

| 域分隔符

^ 组件分隔符

& 子组件分隔符

~ 重复分隔符

\ 转义字符

MSH的第一个域包括各个分隔符。后面的很多域都是空的，因为他们是可选的并且迈瑞HL7

HL7接口开发商中文使用手册（V1.0）- 5 -

HL7消息–主动发送

接口没有使用它。

域9 包含消息类型（ORU）。

域10 包含一个唯一的文本字符串表示消息ID

域11 包含处理ID（P表示产品）

域12 定义消息使用的HL7版本

对于任意一种消息，在MSH段之后的段的顺序是有规定的，下面几节都将具体描述这些顺序，使用这些语法结构来表示段可选或者重复：

[ ]表示里面的段可选。

{ }表示里面的各段可以重复0次或1次或多次。

支持的HL7消息

在主动发送模式，迈瑞HL7接口使用OUR消息发送消息：

? Unsolicited Observation Reporting (ORU) - Patient data and vital sign parameters.

包括以下信息：

－网络数据需要的病人信息（病人姓名和编号）

－床信息（床标识符，床号）

－参数和设备设置

例如：

MSH|^~\&|||||||ORU^R01|Mindray0001|P|2.3.1

PID|||sz0001||Mindray||19770917|M

PV1||I|^^1&1&1

OBR|||||||20030925092829

OBX||NM|110^HR||60|bpm|11^350||||F

OBX||NM|111^RR||20|bpm|6^150||||F

OBX||NM|112^ST1||2|mv|-6^6||||F

OBX||NM|113^ST2||4|mv|-6^6||||F

OBX||NM|114^ST3||2|mv|-6^6||||F

注意：

在主动发送模式只发送ORU消息。除此之外，它不处理任何响应消息，所有的响应消息都被忽略。

HL7申明

在HL7的规定中要求接收数据的系统必须对任何消息返回一个确认消息给提供数据的系统。具体模式分为原始模式和增强模式两种，这里不详细描述。

注意：

确认机制并没有改善TCP/IP连接的可靠性，因为TCP/IP是一个容错传输协议。

因为数据接收系统可能发送确认消息，所以迈瑞HL7接口在这点上符合HL7标准，但迈瑞HL7接口不要求客户系统发送这样的确认消息。对于没有得到确认的消息，迈瑞HL7接口也不重发或采取其它措施。

- 6 - HL7接口开发商中文使用手册（V1.0）

HL7消息–主动发送主动发送Unsolicited Observation Reporting (ORU)

主动发送消息包含病人数据和生理参数，具体如下

－网络数据需要的病人信息（病人姓名和编号）

－床信息（床标识符，床号）

－所有的生理参数

它是一组消息，每一个消息对应一床：

MSH Message Header

{

PID Patient Identification

PV1 Patient Visit

{

OBR Observations Request

{OBX} Result

}

例如：

MSH|^~\&|||||||ORU^R01|Mindray0001|P|2.3.1

PID|||sz0001||Mindray||19770917|M

PV1||I|^^1&1&1

OBR|||||||20030925092829

OBX||NM|110^HR||60|bpm|11^350||||F

OBX||NM|111^RR||20|bpm|6^150||||F

OBX||NM|112^ST1||2|mv|-6^6||||F

OBX||NM|113^ST2||4|mv|-6^6||||F

OBX||NM|114^ST3||2|mv|-6^6||||F

OBX||NM|115^PVCs||10|pm|0^60||||F

其中：

PID段包括病人姓名和ID

PV1包括床标号，网络ID和床ID

OBR包括下面的OBX数据产生的时间，ISO格式。

OBX段描述OBR中那个时刻的参数值，（也可以是报警消息，如果有的话）

下一节将详细描述消息的每个段。

2.4消息段

本节中用表格描述每个段的各个组件：

HL7接口开发商中文使用手册（V1.0）- 7 -

HL7消息–主动发送

－域长度

－数据类型

－使用设备

表中列出了消息段中需要的所有域。（不包括迈瑞HL7接口没有使用的域）

MSH Message Header

所有的消息都是以MSH段开头。

MSH fields 迈瑞HL7接口的MSH段使用下列域：

Sequence Field Name Description

1Field Separator包含段ID和第一个真正的域之间的分隔符，定义消息剩下部分的域分

隔符.

2Encoding Characters包含组件分隔符，重复分隔符，转义分隔符，和子组件分隔符.

9Message Type ORU 消息.

10Message Control ID消息唯一标示符

11Processing ID一直是P (表示产品).

12Version ID HL7协议版本：2.3.1.

18Character Set一直是8859/1

例如：

MSH|^~\&|||||||ORU^R01|Mindray0001|P|2.3.1

PID Patient Identification

PID段在ORU消息中用来指明病人。在迈瑞HL7接口中使用下列各域：

Sequence Field Name Description

3Patient Identifier中央站上的病人ID，如果在中央监护系统中没有输入数据则这个域值

为NULL (“”).

5Patient Name病人姓名（中央站上的）

7Date/Time Birth中央站上的病人生日，格式YYYYMMDD。如果没有输入任何值则为

NULL：(“”).

8Sex病人性别，格式如下：

男：M

女： F

不明确：U

例如：

PID|||sz0001||Mindray||19770917|M

- 8 - HL7接口开发商中文使用手册（V1.0）

HL7消息 – 主动发送

HL7接口开发商中文使用手册（V1.0） - 9 -

PV1 Patient Visit

PV1段在ADT 和ORU 消息中标识床。

PV1 fields 迈瑞HL7接口在PV1中使用以下域：

Sequence

Field Name Description 2

Patient Class 一直是 I （住院病人） 3 Assigned Patient

Location 只用第三个组件，前两个组件是空注意—迈瑞HL7 接口使用自己格式的组件，格式如下：

例如：

PV1||I|^^1&1&1

OBR Observation Request

OBR 段用来表示参数报告时间。

Sequence

Field Name Description 7 Observation

Date/Time 当前时间

例如：

OBR|||||||20030925092829

OBX Observation

OBX 段在ORU 消息中用来汇报参数数据，设置和设备配置。如果在接口设置了发送报警信息，它也可以报告报警状态。每个OBX 有一个值。

? OBXs 周期性数据每固定时间（1-60秒）发送一次。非周期数据在变化时发送。

? OBXs 设置在连接建立时或设置变化时发送

? OBXs 报警只有当前在报警状态时发送。多条报警可以一次发送，在这种情况下，所有的报警OBR 段用同一各时间。

当报警不再显示时，就没有这个OBX 段。报警的开始和结束靠判断OBX 段是否存在来决定。迈瑞HL7接口的OBX 段使用下列域：

Sequence

Field Name Description

2 Value Type NM (numeric) 表示数字值

ST (string) 表示字符串值

TX 表示文本值

3 Observation

Identifier 这个域有观察结果的唯一标识符。格式由消息类型设置。详细参看下面的Observation identifier field

HL7消息 – 主动发送

- 10 - HL7接口开发商中文使用手册（V1.0）

Observation Result 含有观察数值或字符串。如果是报警结果它的值是报警消息。 6

Units 单位。格式由消息类型设置。 7 Reference Range 报警限，如果观察结果是参数而且它有报警限。格式： ^

11 Observation Result

Status

一直是 F （Final ）。

13 User Defined Access

Checks 参数类型。有四个值： PERIODIC, APERIODIC, SETTING, 和 CONFIGURATION 。如果是空表示 PERIODIC 。详细参看下面的Parameter types

14 Date/Time of

Observation 参数测量时间， ISO 格式(YYYYMMDDHHMMSS). 只有APERIODIC 参数使用这个域。

Observation identifier field

这个域有观察结果的唯一标识符，格式：

Parameter types

如果User Defined Access Checks 域是空或为PERIODIC ，这个参数是周期性参数，它被按照设定的间隔发送。

如果是 APERIODIC 表示非周期参数，只有一次新的测量完成时才发送。非周期参数一般包括时间标识。

如果是SETTING 表示监护仪的设置值。当主动发送接口的连接建立时和设置变化时发送。设置是一直有效的直到它明确的变化或消失。设置消失使用空值（NULL ）来表示。设置没有时间标识。

例如：

MSH|^~\&|||||||ORU^R01|Mindray0001|P|2.3.1

PID|||sz0001||Mindray||19770917|M

PV1||I|^^1&1&1

OBR|||||||20030925092829

OBX||NM|110^HR||60|bpm|11^350||||F

OBX||NM|111^RR||20|bpm|6^150||||F

OBX||NM|112^ST1||2|mv|-6^6||||F

OBX||NM|113^ST2||4|mv|-6^6||||F

OBX||NM|114^ST3||2|mv|-6^6||||F

OBX||NM|115^PVCs||10|pm|0^60||||F

OBX||NM|150^SPO2||98|%|1^100||||F

OBX||NM|151^PR||60|bpm|11^350||||F

OBX||NM|161^NIBP_S||110|mmHg|1^300||||F

OBX||NM|162^NIBP_D||70|mmHg|1^300||||F

OBX||NM|163^NIBP_M||84|mmHg|1^300||||F

HL7消息–主动发送

OBX||NM|170^T1||374|c|0^500||||F

OBX||NM|171^T2||365|c|0^500||||F

OBX||NM|172^TD||9|c|-500^500||||F

OBX||NM|190^C.O.||312|1*100/min|50^600||||F

OBX||NM|192^TB||370|c|230^450||||F

OBX||NM|201^ART_S||121|mmHg|-9^300||||F

OBX||NM|202^ART_D||70|mmHg|-9^300||||F

OBX||NM|203^ART_M||95|mmHg|-9^300||||F

OBX||NM|221^ICP_S||121|mmHg|-9^300||||F

OBX||NM|222^ICP_D||81|mmHg|-9^300||||F

OBX||NM|223^ICP_M||95|mmHg|-9^300||||F

PID|||bj1688||John||19340208|M

PV1||I|^^2&2&1

OBR|||||||20030925092829

OBX||NM|110^HR||60|bpm|11^350||||F

OBX||NM|111^RR||20|bpm|6^150||||F

OBX||NM|112^ST1||2|mv|-6^6||||F

OBX||NM|113^ST2||4|mv|-6^6||||F

OBX||NM|114^ST3||2|mv|-6^6||||F

OBX||NM|115^PVCs||10|pm|0^60||||F

OBX||NM|251^EtCO2||12|mmHg|0^270||||F

OBX||NM|253^FiCO2||12|mmHg|0^950||||F

OBX||NM|255^EtO2||12|mmHg|0^950||||F

OBX||NM|256^FiO2||12|mmHg|0^950||||F

OBX||NM|258^EtN2O||12|mmHg|0^950||||F

OBX||NM|259^FiN2O||12|mmHg|0^950||||F

OBX||NM|261^EtAA||12|mmHg|0^950||||F

OBX||NM|262^FiAA||12|mmHg|0^950||||F

OBX||NM|264^EtHAL||12|mmHg|0^950||||F

OBX||NM|265^FiHAL||12|mmHg|0^950||||F

OBX||NM|267^EtENF||12|mmHg|0^950||||F

OBX||NM|268^FiENF||12|mmHg|0^950||||F

OBX||NM|270^EtISO||12|mmHg|0^950||||F

OBX||NM|271^FiISO||12|mmHg|0^950||||F

OBX||NM|273^EtSEV||12|mmHg|0^950||||F

OBX||NM|274^FiSEV||12|mmHg|0^950||||F

OBX||NM|276^EtDES||12|mmHg|0^950||||F

OBX||NM|277^FiDES||12|mmHg|0^950||||F

HL7接口开发商中文使用手册（V1.0）- 11 -

HL7消息–主动发送

PID|||no1414||Mary||19561225|F

PV1||I|^^7&7&1

OBR|||||||20030925092829

OBX||NM|150^SPO2||98|%|1^100||||F

OBX||NM|151^PR||60|bpm|11^350||||F

OBX||NM|161^NIBP_S||110|mmHg|1^300||||F

OBX||NM|162^NIBP_D||70|mmHg|1^300||||F

OBX||NM|163^NIBP_M||84|mmHg|1^300||||F

OBX||NM|170^T1||374|c|0^500||||F

OBX||NM|171^T2||365|c|0^500||||F

OBX||NM|172^TD||9|c|-500^500||||F

OBX||NM|190^C.O.||312|1*100/min|50^600||||F

OBX||NM|192^TB||370|c|230^450||||F

OBX||NM|201^ART_S||121|mmHg|-9^300||||F

OBX||NM|202^ART_D||70|mmHg|-9^300||||F

OBX||NM|203^ART_M||95|mmHg|-9^300||||F

OBX||NM|221^ICP_S||121|mmHg|-9^300||||F

OBX||NM|222^ICP_D||81|mmHg|-9^300||||F

OBX||NM|223^ICP_M||95|mmHg|-9^300||||F

- 12 - HL7接口开发商中文使用手册（V1.0）

HL7接口－查询接口

第3章 HL7接口－查询接口

3.1介绍

这章介绍迈瑞HL7查询接口的三个类型（QRY，ORF和ACK）的HL7（V 2.3.1）消息。

下图介绍查询接口的工作模式：

Query message

neg. acknowledgement ACK

查询接口仅限于处理上图介绍的消息类型。每一个查询消息促发一个响应消息。周期性参数都是最新值。查询接口不提供参数的平均值。

注意：

HL7标准支持许多消息类型，但查询接口只使用三个类型的消息。

下面的各节将介绍HL7消息支持的语法规则的构造，也介绍消息域的特定内容和这些域内容表达的CMS的上下文。

3.2消息语法

此处同 2.3

支持的HL7消息

就像上图的响应模式，查询模式只处理三种消息：

? Query Messages (QRY). 查询观察结果。

? Observation Reporting Messages (ORF). 查询响应，用来对查询回复CMS数据。

? Acknowledgement Message (ACK). 这个类型的消息只有当从外部系统得到的消息是不正确的或者不被支持（所以不能处理）的时候才被发出。（ORF消息只是提供查询消息的相应的回答。）

QRY消息

查询消息（QRY）用来查询当前数据。它促发事件R02（查询观察结果）。QRY消息有如下结构：

MSH Message Header

MSA Message Acknowledgement

QRD Query definition (from QRY message)

HL7接口开发商中文使用手册（V1.0）- 13 -

HL7接口－查询接口

[QRF] Query filter (from QRY message)

其中：

MSH段包含一个确认码和相应的消息控制ID，如果是错误有一个错误字符串。

QRD段指出查询的数据和时间，格式代码，优先级和一些查询滤波器信息。

QRF段指出要查询数据的的床。

例如：

MSH|^~\&|||||||QRY^R02|Mindray0001|P|2.3.1

QRD|20030927174256|R|I|MindrayQ0001|||||RES

QRF|MON||||1,2,3,4

这个消息查询CMS中的网络号为1，2，3，4的数据。

ORF消息

ORF响应消息用来回答查询所需的CMS数据。ORF消息有如下结构：

MSH Message Header

MSA Message Acknowledgement

QRD Query definition (from QRY message)

[QRF] Query filter (from QRY message)

{

PID Patient Identification

PV1 Patient Visit

{OBR Observations Report ID

{OBX} Result

}

其中;

MSA段包含一个确认码和相应的消息控制ID，如果是错误有一个错误字符串。

QRD段重复查询消息的定义。

QRF段重复相应的查询滤波器定义。

PID段包含病人ID和姓名。

PV1段指出访问的床号。

OBR段包随后的OBX参数的时间标识。

OBX段包含OBR段指明时间的观察结果。

注意：

ORF消息中包括PV1段这不符合HL7的定义。但PV1段是必需的，因为它包括床定义。因为从病人姓名或者病历号都不能正确确定数据来源，床标志当然是重要的和不可遗漏的。

- 14 - HL7接口开发商中文使用手册（V1.0）

HL7接口－查询接口

HL7接口开发商中文使用手册（V1.0） - 15 -

ACK 消息

确认消息只有在只有当从外部系统得到的消息是不正确的或者不被支持（所以不能处理）的时候才被发出。它的结构如下：

MSH Message Header

MSA Message Acknowledgement

其中：

MSA 段包含一个确认码和相应的消息控制ID ，如果是错误有一个错误字符串。

MSH|^~\&|||||||ACK|Mindray0001|P|2.3.1

MSA|AE|Mindray0001|The format of QRY Filter isn't correct!

注意：

迈瑞HL7接口不发送ERR 段（它在ACK 消息中是可选项）。

3.3 消息段

本节中用表格描述每个段的各个组件：

－域长度

－数据类型

－使用设备

表中列出了消息段中需要的所有域。（不包括迈瑞HL7接口没有使用的域）

MSH Message Header

所有的消息都是以MSH 段开头。

MSH fields 迈瑞HL7接口的MSH 段使用下列域：

Sequence

Field Name Description 1 Field Separator Contains the separator between segment ID and the first real field. Defines

the characters to be used as separators for the rest of the message.

Encoding Characters 包含组件分隔符，重复分隔符，转义分隔符，和子组件分隔符 7 Date/Time of

Message

进入消息忽略，外出消息发送

Message Type QRY 表示消息，ORF 表示查询响应，ACK 表示错误 10

Message Control ID 消息唯一标示符，进入的QRY 消息必需，它被随ORF 消息发出 11

Processing ID 一直是P (表示产品). 12

Version ID HL7协议版本：2.3.1. 18 Character Set 一直是 8859/1 例如：

MSH|^~\&|||||||ORF^R04|1,2|P|2.3.1

注意：

QRY 消息的控制ID 被ORF 或ACK 消息的MSA 段发回。这个机制是让外部应用系统检查哪个消息产生什么回应用的。迈瑞HL7接口没有采用检测控制ID 是否是唯一的机制。

HL7接口－查询接口

- 16 - HL7接口开发商中文使用手册（V1.0）

MSA Message Acknowledgement

MSA 段包括一些响应另一个消息的需要发送的信息，它被用在查询响应消息和确认消息中。迈瑞HL7接口的MSA 段使用下列域：

Sequence

Field Name Description 1 Acknowledgement

Code

? AA ：应用接受（肯定确认） ? AE ：应用错误（否定确认） 2 Message Control ID 包含QRY 查询消息的控制消息。这可以让客户知道相应查询的响应消

息。

3 Text Message 出错或拒绝时，一个对事件的文本描述。典型的文本是：

? “Message type not supported”

? “Incorrect message syntax”

例如：

MSA|AA|1,2

QRD Query Definition

每个QRY 消息包括查询定义，查询响应也把它送回来：

QRD fields 迈瑞HL7接口的QRD 段使用下列域：

Sequence

Field Name Description 1

Query Date/Time 从进入消息取得值在响应消息中使用 2

Query format code 一直是 R （record-oriented ） 3

Query Priority 一直是 I （immediate ） 4

Query ID 唯一标识符 7 Quantity limited

request

一直是空表示NO LIMIT

Who subject filter 只使用开始的3个组件，格式如下： ^^

一个查询可能有三种匹配结果：

1. ID ，姓和名都匹配

2. ID 匹配，但是没有姓或名

3. 姓和名匹配，但是没有ID

9 What subject filter RES 表示查询和响应的结果处理规则：

－Query date/time 对于迈瑞HL7查询接口是被忽略的，但它会在查询响应中被回送。外部系统需要提供这个值。

－查询的query format code 是 “R”， query priority “I”，如果这个域是空或者别的内容，就会被当作一个错误的条件。

－Query ID 不能为空。虽然不处理但响应会把它回送。迈瑞HL7接口不控制control ID 是否是唯一的。

HL7接口－查询接口－Quantity limited的值不会处理。

QRF Query Filter

查询滤波器在查询消息中，它在响应消息中被回送。它指出所需数据的床。如果QRF段没有指明，表示需要所有床的数据，回送时无QRF段。

迈瑞HL7接口的QRF段使用下列域：

Sequence Field Name Description

1Where subject filter一直是MON （monitoring data）

5 Other query filter 指明所要的床。

处理规则：

? 在响应消息中，除了Other query filter滤波器域以外，其他的滤波器域都没有保留。

? Other query subject filter 由一串可重复的字符串组成，每一个表示一个床。床是由网络号表示，用“，”分开，例如：

1,2,3,4,63

如果一个床被提出多次，但响应只有一次。

PID Patient Identification

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PV1 Patient Visit

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OBR Observation Request

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OBX Observation

迈瑞HL7接口在ORF中使用OBX向外部系统发送参数，设置和设备配置。一个值用一个OBX。不管参数值是否变化，每个查询响应包含所有参数的OBX，因为最新的查询产生了。

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MSH|^~\&|||||||ORF^R04|1,2|P|2.3.1

MSA|AA|1,2

QRD|20030928121009|R|I|MindrayQ0001|||||RES

QRF|MON||||1,2

PID|||sz0001||Mindray||19770917|M

PV1||I|^^1&1&1

OBR|||||||20030928121009

OBX||NM|110^HR||60|bpm|11^350||||F

HL7接口开发商中文使用手册（V1.0）- 17 -

HL7接口－查询接口

OBX||NM|111^RR||20|bpm|6^150||||F

OBX||NM|112^ST1||2|mv|-6^6||||F

OBX||NM|113^ST2||4|mv|-6^6||||F

OBX||NM|114^ST3||2|mv|-6^6||||F

OBX||NM|115^PVCs||10|pm|0^60||||F

OBX||NM|150^SPO2||98|%|1^100||||F

OBX||NM|151^PR||60|bpm|11^350||||F

OBX||NM|161^NIBP_S||110|mmHg|1^300||||F

OBX||NM|162^NIBP_D||70|mmHg|1^300||||F

OBX||NM|163^NIBP_M||84|mmHg|1^300||||F

OBX||NM|170^T1||374|c|0^500||||F

OBX||NM|171^T2||365|c|0^500||||F

OBX||NM|172^TD||9|c|-500^500||||F

OBX||NM|190^C.O.||312|1*100/min|50^600||||F

OBX||NM|192^TB||370|c|230^450||||F

OBX||NM|201^ART_S||121|mmHg|-9^300||||F

OBX||NM|202^ART_D||70|mmHg|-9^300||||F

OBX||NM|203^ART_M||95|mmHg|-9^300||||F

OBX||NM|221^ICP_S||121|mmHg|-9^300||||F

OBX||NM|222^ICP_D||81|mmHg|-9^300||||F

OBX||NM|223^ICP_M||95|mmHg|-9^300||||F

- 18 - HL7接口开发商中文使用手册（V1.0）

生物软件使用说明书大全

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Gblocks使用说明书-by florawz1

Gblocks使用说明书（by florawz） 1.首先打开软件，进入主页面 2.输入O ，然后回车，对话框显示输入一个文件或路径此时将比对好的（.fas）文件拖入对话框。对话框即出现该文件的路径（如图）按回车，即导入该序列。对话框上部出现下列信息 3.快速比对：输入G，然后回车。在原比对文件所在文件夹内即可出现Gblocks 已经处理好的文件

.fas-gb文件可用Bioedit和DNAMAN打开。打开.htm文件，可查看可视化的处理结果（如图） 4.主菜单： t. 指定的序列类型（可以是蛋白质,DNA或者密码子）。输入一个t，回车。序列类型改为Condons 再输入一个t，回车。序列类型改为DNA（如此循环修改）

o. 打开一个文件。必须为 NBRF/PIR 或 FASTA 格式，序列长度不限。打开 NBRF/PIR-格式的序列时，在序列备注第一行要注明序列类型如： >P1;byflorawz ------MEYLLQEYLPILVFLGMASALAIVLILAAAVIAVRN--PDPEKVSAYECGFNAF D-DARMKFDVRFYLVSILFIIFDLEVAFLFPWAVSFASLS-DVAFWGLMVFLAVLTVGFA YEWKKGALEWA----------------------* (fas格式则不需要，第一行直接为>byflorawz即可) 注意：在使用Glocks分析前，序列缺口必须先消除。在将比对文件拖进改软件时，要去路径掉末尾的空格。打开多个文件：必须建立一个path文件。输入各个相关文件的路径，在安装好的文件包内可以看到一个"paths"范例，用word打开此文件，即可看到各个文件的所在路径（如图）多条比对序列的处理：如果所有的比对文件的路径都在一个paths文件，且各个比对文件的序列条数，以及物种的顺序都是相同的，那么这些比对文件在最后的结果中可以连接起来。如果各个比对文件的序列条数不同，那么也可以一起处理，但是最后不能连接。 b. 显示 Block 限制性参数 (详情见下页). s. 显示保存菜单(详情见下页). g. 处理计算 q. 退出 5.限定性参数菜单

常见生物软件使用技巧汇集

常见生物软件使用技巧汇集 Q1.怎么查找序列保守区？ A1：很多人查找序列保守区，一般通过序列多重比对后，肉眼判断序列保守区，但此法难免太主观，不具重复性，且选择的保守区无法受统计上的显著性检验。其实，实现这一目的，可以使用DnaSP--> “Analysis” -->“Conserved DNA regi on”...

Q2. 多个FASTA格式保存的单条序列如何批量快速合并为一个文件？ A2 ：一条条添加，费时费劲，且容易出错。解决的办法有两个：一是可以通过DNAMAN的“多重序列比对”后导出功能，即：添加序列所在的目录，或全选相关文件，进行多重比对，导出Clustal aln 文件，然后再转换为FASTA；二是使用我们2012年新开发的序列火枪手套件的“Seq Merger.exe” 即可快速实现合并。 Q3. 如何解决Clustalx 多重比对（*.Aln格式）后转为MEGA 格式时提示出错的问题？ A3：检查所转换MEGA 的*.meg 文件最后几行内容是否有*号，全部删减之即可。因为Clustalx 多重比对后，程序会自动添加一致序列。

Q4. 为什么DNAMAN软件的很多功能菜单都显示无法使用？ A4：DNAMAN软件的精华在于通道（Channel）的应用，遇到功能菜单呈灰度无法使用时，不妨将序列载入通道后再试试... Q5. 如何让多重比对美观显示又不占篇幅？ A5：推荐使用Web Logo （https://www.360docs.net/doc/4114873443.html,/logo.cgi）或Sequence L ogo之类的在线工具处理。其实这类工具还有一个妙用－可用于设计简并引物，简并序列一目了然，如下图的第7个碱其位点，G/A=R。 Q6. 如何在多重比对序列的上方显示对应的蛋白质二级结构？ A6：使用ESPript（http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi）对多重比对序列着色的同时，上传预测的蛋白质结构文件*.pdb 即可，效果如下图所示，详见《马铃薯Y病毒pipo基因的分子变异及结构特征分析》一文。具体操作方法可以参考《ESpript 美化多重比对序列图解(By Raindy) 》。

PAML 中文说明

PAML: 最大似然法分析系统发育Phylogenetic Analysis by Maximum Likelyhood 版本：4.3（2009年9月） Ziheng Y ang 马向辉翻译

1、概述 PAML (for Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood) 是一个用最大似然法分析蛋白质或DNA序列系统发育的一个程序包。 1.1 PAML 文件：除了这个手册以外，以下资源也需要注意： PAML网站：https://www.360docs.net/doc/4114873443.html,/software/PAML.html。在这个网站上有PAML的下载以及编译程序; PAML FAQ页面：https://www.360docs.net/doc/4114873443.html,/software/pamlFAQs.pdf; PAML讨论群：https://www.360docs.net/doc/4114873443.html,/phpBB2/，在这里你可以提出你的问题，或者提出你发现的漏洞。 1.2 PAML 可以做些什么？ PAML 的最新版本包含一下几个程序模块：baseml, basemlg, codeml, evolver, pamp, yn00, mcmctree, 以及chi2。其中最常用的模块的介绍可以参考杨子恒教授2007年发表的文章。模块运行中用到的计算、统计方法在杨子恒教授的书中有详细的介绍。模块的主要作用包括：计算以及检测系统发育树（baseml 和codeml）; 计算复杂的碱基替代或者氨基酸替代模型中的参数，如不同位点间不同速率的模型或多个基因或者位点的综合分析模型（baseml和codeml）; 用似然比例检测比较几个模型（baseml，codeml以及chi2）; 用全局分子钟或者局部分子钟估算分歧时间（baseml和codeml）; 用最大似然法重建祖先氨基酸、核苷酸序列以及密码子模型（baseml和codeml）; 用蒙特卡洛模拟生成氨基酸、密码子

Phylip中文使用说明

Phylip中文使用说 Introduction PHYLIP程序的运行这些程序要按照一定的顺序来运行。前一个程序的输出作为下一个程序的输入。如何合理的组合这些程序也很关键。在windows中，PHYLIP程序可通过双击程序的图标来启动，或是在命令行中输入程序的名称来启动。我们建议使用命令行方式，因为你也许能看到一些错误提示。它启动的方是：开始->所有程序->附件->命令提示符。大部分PHYLIP程序运行方法相同。程序把infile作为默认输入文件，如果没有找到它将要求用户输入数据文件的名称。输出结果写在 outfile文件中。有些则写在outfile和outtree或plotfile中。因为大部分程序使用默认的输入和输出文件名，所以在下一步的分析前，要重命名你想保存的文件。比如，你用Dnadist得到了距离矩阵（outfile），你还想试试不同的设置，那么再做矩阵计算前，你可以把outfile重命名为dnadist_outfile，或其它名称，这样你就能区别两次的结果了。程序重抽样工具该程序生成一系列的特殊的随机样本，保存在outfile中。这些样本在后继的分

析中作为一个序列对文件，要设置选项M（use multiple datasets）。 Seqboot 生成随机样本，用bootstrap和jack-knife方法。距离方法：顺序使用这些程序。首先，用dandist或protdist程序计算序列比对结果的距离矩阵。接着这个矩阵被fitch、kitsch或 neighbor程序转换为树。Dandist 和protdist程序的输出文件是outfile。在运行fitch、kitsch或neighbor 前，outfile应该重命名为infile或另外的名字。fitch、kitsch和neighbor的输出文件是outfile和outtree。 Dnadist DNA距离矩阵计算器 Protdist 蛋白质距离矩阵计算器 Fitch 没有分子时钟的Fitch-Margoliash树 Kitsch 有分子时钟的Fitch-Margoliash树 Neighbor Neighbor-Joining和UPGMA树基于字符的方法这些程序读入一个序列对，它们的输出文件是outfile和outtree。 Dnapars DNA简约法 Dnapenny DNA简约法using branch-and-bound Dnaml DNA最大似然，无分子时钟