clustal x使用说明书

用ClustalX做多序列比对分析图示1、打开程序

如下图所示：

2、Load Sequnce, 载入序列

如下图所示：

3、选择序列文件，FASTA格式的

如下图所示：

4、用文本编辑器察看FASTA序列文件内容，这里用的是记事本，推荐用EditPlus或者Ultraedit

如下图所示：

5、序列Load进去之后如下图所示：

6、Do Complete Alignment, 通常情况下直接选这个即可，无须修改比对参数

如下图所示：

7、点Do Complete Alignment之后弹出的文件对话框，.dnd的是输出的指导树文件，.aln的是序列比对结果，它们都是纯文本文件

如下图所示：

点“ALIGN”之后开始等待，如果序列不多，很快就可以算完，如果数据很多，可能要等一段时间，这时候可以用眼睛盯着ClustalX的状态栏，那里会有程序运行状态和现在正在比对那两条序列的提示信息，看看可以消磨时间。。。

8、比对结束之后，我们可以看到这个结果

如下图所示：

9、这时候我们可以发现ClustalX已经生成了.dnd和.aln两个文件，仍然用文本编辑器打开来看，这时.aln文件，这个文件可以用Mega2做进一步的bootstrap进化树分析

如下图所示：

10、这是.dnd文件（指导树）

如下图所示：

11、可以用Treeview打开dnd文件，看上去就像这样子如下图所示：

Clustalx_实验指南(一步一步很详细)

实验三：多条序列比对——Clustalx （一）ClustalX Clustal是一种利用渐近法（progressive alignment）进行多条序列比对的软件。即从多条序列中最相似（距离最近）的两条序列开始比对，按照各个序列在进化树上的位置，由近及远的将其它序列依次加入到最终的比对结果。（Figure 3.1） https://www.360docs.net/doc/4d9710128.html,/ 1.安装clustalx程序。双击安装clustalx-2.0.12-win.msi.exe文件到自己的电脑上。也可从https://www.360docs.net/doc/4d9710128.html,/download/current/下载，列表中的倒数第二个文件。clustalx-2.0.12-win.msi Figure 3.1 clustal 算法 2.准备要比对的序列请查找至少存在于5个物种中的同源序列（核酸或蛋白质皆可），并保存为fasta格式，存为文本文件（所有的序列请粘贴到同一个文本文件中）。选择NM、XM或NP打头的序列，不要选择NC或NW打头的序列，那是全基因组序列。做法可参照邮箱中的preparations for practice3.doc文件。 3.打开clustalX程序开始菜单－程序－clustalX2- clustalX2 4.载入序列点最上方的File菜单，选择Load Sequence-选择你刚保存的序列文件，点打开。在左侧窗口里是fasta格式序列的标识号，取自序列第一行“>”后的字符。(Figure 3.2) 注意：ClustalX程序无法识别汉字，无法识别带空位的文件夹名，如 my document。各位同学保存的序列文件不要保存在桌面上或带汉字的文件夹中，推荐保存在D盘根目录下。常见文件打开错误原因：１．序列格式有问题，非正确的fasta格式。２．文件中有序列重复粘贴。 TIPS: 想要方便识别序列所属物种，可在每条序列“>”后输入物种名，加空位即可。EXAMPLE：原格式：>gi|262050536|ref|NM_002218.4| Homo sapiens inter-alpha (globulin) inhibitor H4 (plasma Kallikrein-sensitive glycoprotein) (ITIH4), transcript variant 1, mRNA

LED显示屏控制软件操纵使用说明(灵信V3.3)

第一章概述 1.1 功能特点《LED Player V3.3》是本公司新推出的一套专为LED显示屏设计的功能强大,使用方便,简单易学的节目制作、播放软件，支持多种文件格式：文本文件，WORD文件，图片文件（BMP／JPG／GIF／JPEG．．．），动画文件（SWF ／Gif）。 2.2 运行环境操作系统中英文Windows/7/NT/XP 硬件配置 CPU: 奔腾600MHz以上内存:128M 相关软件 OFFICE2000--如需WORD文件必须安装

第二章安装与卸载 2.1 安装《LED Player》软件安装很简单，操作如下：将LED Player播放软件的安装光盘插入电脑光驱，即可显示LED Player播放软件的安装文件，双击LED Player，即可实现轻松安装。《LED Player》软件安装成功后，在【开始】/【程序】里将出现“LED软件”程序组，然后进入该程序组下的“LED Player”,单击即可运行，如图所示， opyright ? 2005-2007 Listen tech. All Rights Reserved 灵感设计诚信同时，桌面上也出现“LED Player”快捷方式：如右图所示，双击它同样可以启动程序。

2.2 卸载《LED Player》软件提供了自动卸载功能，使您可以方便地删除《LED Player》的所有文件、程序组和快捷方式，用户可以在“LED软件”组中选择“卸载LED Player”，也可在【控制面板】中选择【添加/删除程序】快速卸载. 第三章使用详解 3.1 节目组成每块显示屏由一个或多个节目页组成。节目页是用来显示用户所要播放的文本、图片、动画等内容。区域窗口有十一种：图文窗、文本窗、单行文本窗、静止文本窗、时间窗、正计时窗、倒计时窗、模拟时钟窗、表格窗、动画窗、温度窗。文件窗：可以播放各种文字、图片、动画、表格等几十种文件。文本窗:用于快速输入简短文字，例如通知等文字。单行文本窗：用于播放单行文本，例如通知、广告等文字。静止文本窗：用于播放静止文本，例如公司名称、标题等文字。时间窗：用于显示数字时间。计时窗：用于计时，支持正/倒计时显示。

Clustalx 多重序列比对图解教程(图解使用)

Clustalx 多重序列比对图解教程(By Raindy) 本帖首发于Raindy'blog,转载请保留作者信息，谢谢！欢迎有写生物学软件专长的战友，加入生信教程写作群：，接头暗号：你所擅长的生物学软件名称软件简介: CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。主要功能：你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序；你可以选择序列子集进行比对；你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中；可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。当前版本:1.83 PS:如果你是新手或喜欢中文界面,推荐使用本人汉化的Clustalx 1.81版链接地址::ist&ID=7435(请完整复制) 应用:Clustalx比对结果是构建系统发育树的前提实例：植物呼肠孤病毒属外层衣壳蛋白P8(AA序列)为例流程：载入序列―>编辑序列―>设置参数―>完全比对―>比对结果 1.载入序列：运行ClustalX，主界面窗口如下所图（图1），依次在程序上方的菜单栏选择“File”－“Load Sequence”载入待比对的序列，如图2所示，如果当前已载入序列，此时会提示是否替换现有序列(Replace existing sequences)，根据具体情形选择操作。

图1

图2 2.编辑序列：对标尺(Ruler)上方的序列进行编辑操作，主要有Cut sequences(剪切序列)、Paste sequences(粘贴)、Select All sequences(选定所有序列)，Clear sequence Selection(清除序列选定)、Search for string(搜索字串)、Remove All gaps(移除序列空位)、Remove Gap-Only Columns(仅移除选定序列的空位)

LXM调试软件Somove使用说明

L X M26调试软件S o m o v e使用说明安装LXM26调试软件调试软件如果没有安装Somove，需要先安装Somove 下载地址：安装好Somove 后需要安装Lexium26 的DTM 下载地址：软件注册如果尚未注册软件系统会自动提示注册，注册是免费的。连接电脑 Lexium26通过CN3口（modbus485）和电脑进行通讯，施耐德标准通讯线缆型号是TCSMCNAM3M002P，此电缆连接电脑一端为USB口在第一次进行调试时，需要查明电脑分配给此调试电缆的COM口，打开硬件管理器就可以看到，此处为COM4 确认COM口后，需要在Somove里面设定对应的COM口，单击编辑链接选择modbus串行，并单击最右边编辑图标选择对应的COM端口，单击应用并确定

然后电脑和伺服驱动器的通讯就可以开始了，单击连接选择Lexium26 ，并单击连接参数上载后后可以进行Somove在线调试我的设备用途：我的设备页面用于显示伺服驱动器和电机的基本信息，包括驱动器型号驱动器序列号驱动器固件版本电机型号驱动器额定/峰值电流电机额定/峰值转速电机额定/峰值扭矩 … 参数列表用于：参数列表页面用于设置驱动器P参数，可以按照P参数组开设置，也可以按照操作模式来设置。相关参数说明可以在Lexium26手册第九章查询

错误内存用途：错误内存界面用来查看伺服的故障历史，可以显示当前故障，已经5次历史故障，并且指明故障原因和处理方式。可视化用途:可视化界面用于显示以下信号的状态或者数值数字输出/输出模拟量输入/输出指定参数的数值指定参数显示需要 1.选定要显示的参数 2.在右侧区域用鼠标选择显示区域示波器用途：可同时捕捉驱动器内部的最多4个变量，例如电流、电压、位置误差、实际速度等，并绘制成以时间为横坐标的曲线图，以此观察驱动器及电机的运行性能是否符合要求，并相应的做出控制环参数调整。左侧三个输入区域分别用于： Channels：选择希望监视的参数 Trigger：选择开始捕捉参数的触发条件 Settings：选择需要做出调整的控制环参数这三个输入区域可以分别用右侧示波器栏顶部的三个按钮打开这是右侧示波器栏顶部的一排按钮，它们的功能是这样的：：用于打开和关闭左侧三个输入区域：用于加载和保存捕捉到的波形文件：用于导出和导入示波器的配置文件：分别用于给波形曲线加注释，将波形拷贝为图形文件(*.png)，设置FFT功能的采样参数：用于对波形进行放大、缩小、移动：分别用于在波形上加两个光标以准确读出光标点的数值，在示波器上显示波形名称样例，对波形进行FFT转换观察频域分布示波器的一般使用顺序为： 1.在左边第一个输入区域中选择希望捕捉的参数： 1)按打开可以捕捉的参数列表，示波器同时最多捕捉4个参数

D06调试软件说明

D06调试软件说明首先要将D06按照使用说明书安装好。用汽油启动汽车,通过专用串口连接线把D06与PC 机连接。启动D06调试软件。启动后的主界面: VEHICLE CONFIGURATION 参数配置 DISPLAY 数据显示 AUTOCALIBRATION 自动配置 SA VE CONFIGURATION 保存配置 LOAD CONFIGURATION 读入配置 ECU REPROGRAMMING 重新编程 EXIT 退出

选择语言,操作如下图: 进入VEHICLE CONFIGUNATION 菜单,内部有F1、F2、F3、F4四张表格。F1表格的内容如下图:

Fuel type 燃料类型默认状态: LPG (液化气) 选择项: Methane (天然气) Inj、喷射的方式默认状态:Sequential (顺序喷射) 选择项:Full Group (分组喷射) Injectors 喷嘴类型默认状态:Omvl FAST 选择项:Omvl STD Reducer:减压器类型燃料类型选择为Methane时,就没有此选项默认状态: STD 选择项:MP 选择项:HP Type of revolution signal 转速信号的类型默认状态:Standard 选择项:Weak No、of cylinders 汽缸数默认状态:4 Cylinders 选择项:3 Cylinders Ignition type 线圈类型默认状态:Two coils 选择项:One coil 选择项:RPM sensor 选择项:RPM sensor2 Type of change over 转换类型默认状态:In acceleration 选择项:IN DECELERTION REV、THRESHOLD FOR CHANG-OVER 转换的转速默认状态:1600 选择项:800—3000 REDUCER TEMPERATURE FOR CHANGE-OVER 转换时的减压器温度默认状态:30

串口调试软件使用说明2.0

串口调试软件使用说明首先，运行该软件显示的是一个对话窗。在该界面的左上角有五个小的下拉窗口，分别为串口，波特率，校验位，数据位，停止位。串口窗口应为仪表与计算机相连时所使用的串口。波特率窗口选择仪表设置的波特率。校验位选择无。数据位选择8位停止位选择2位在停止位的下面是显示区的选项，选择十六进制显示。在整个界面的下方是发送区，主要选择十六进制发送，发送方式可选手动发送或自动发送。其中自动发送可设置发送周期（以毫秒为单位）。除直接发送代码外本软件也可直接发送文件。仪表通讯协议如下：通讯格式为8位数据，2个停止位，无校验位。仪表读写方式如下：读指令：Addr＋80H Addr＋80H 52H 要读参数的代号写指令：Addr＋80H Addr＋80H 43H 要写参数的代号写入数低字节写入数高字节读指令的CRC校验码为：52H＋Addr 要读参数的代号，Addr为仪表地址参数值范围是0-100。写指令的CRC校验码为：43H＋要写的参数值＋Addr 要写的参数代号。无论是读还是写，仪表都返回以下数据：测量值PV＋给定值SV ＋输出值MV及报警状态＋所读/写参数值其中PV、SV及所读参数值均为整数格式，各占2个字节，MV占1个字节，报警状态占1个字节，共8个字节。每2个8位数据代表一个16位整形数，低位字节在前，高位字节在后，各温度值采用补码表示，热电偶或热电阻输入时其单位都是0.1℃，1V或0V等线性输入时，单位都是线性最小单位。因为传递的是16位二进制数，所以无法表示小数点，要求用户在上位机处理。上位机每向仪表发一个指令，仪表在0-0.2秒内作出应答，并返回一个数据，上位机也必须等仪表返回数据后，才能发新的指令，否则将引起错误。如果仪表超过最大响应时间仍没有应答，则原因可能无效指令、通讯线路故障，仪表没有开机，通讯地址不合等，此时上位机应重发指令。

TD调试软件使用方法

TD调试软件使用方法 TDebug（文件名TD.EXE）是调试8086汇编语言的工具软件。TD主要用来调试可执行文件（.EXE文件）。它具有功能强、使用灵活方便、人－机界面友善、稳定可靠等特点，能提高工作效率，缩短调试周期。 1．启动方法使用TDebug软件时，必须有以下文件： TD.EXE——可执行文件。在DOS状态下键入TD即可启动TD软件。例如： C:\SY86>TD 文件名或 C:\SY86>TD F1-Help F2-Bkpt F3-Mod F4-Here F5-Zoom F6-Next F7-Trace F8-Step F9-Run 10-Menu 如果在键入TD之后又键入了文件名，则TD就将指定的文件装入以供调试；如果不指定文如果在键入TD之后又键入了文件名，则TD就将指定的文件装入以供调试；如果不指定文件名，则可以在TD的菜单操作方式下取出文件，然后进入调试状态。 2．窗口功能和操作进入TD调试软件后，屏幕上出现五个窗口，系统现场信息分别显示在各窗口内。如上图所示。图中，第一行为菜单信息，最后一行为热键信息，中间即为

窗口信息。窗口由五部分组成，利用Tab键可在各窗口之间进行切换。 ⑴CPU窗口： CPU窗口分别显示段地址寄存器cs、偏移地址、十六进制机器码和源程序代码。“?” 对应的偏移地址表示当前PC指针位置；用“↑”“↓”键移动光标可以使窗口上下卷动以便观察前、后的程序代码信息及地址信息； ⑵寄存器（Registers）窗口：寄存器窗口显示所有寄存器信息。用“↑”“↓”键移动光标可以选中任一个寄存器。选中寄存器后按数字键即会弹出一个窗口：窗口提示输入数据。此时在光标位置处输入数字就改变了该寄存器的数值； ⑶标志窗口：标志窗口显示各标志位的当前状态。用“↑”“↓”键移动光标选中某一标志后，按回车键即可改变该标志状态； ⑷堆栈窗口：堆栈窗口显示堆栈寄存器ss的信息，包括堆栈偏移地址和堆栈数据。“?”对应的偏移地址表示当前堆栈指针位置；用“↑”“↓”键移动光标可以选择堆栈指针位置，然后按数字键即会弹出一个窗口：窗口提示输入字数据。此时在光标处输入数字就改变了该偏移地址的数值； ⑸内存数据（Dump）窗口： Dump窗口分别显示数据寄存器ds、偏移地址、字节数据和ASCII代码。用“↑”“↓”“→”“←”键移动光标可以选择某一内存地址，然后按数字键会弹出一个窗口：窗口提示输入一个字节数据。此时在光标处输入数字就改变了该内存地址的数值。 3．菜单操作与热键操作

(整理)微波调试软件使用说明

D O C N O.:M A001 VER:5.0.0.0 2007-11

目录一、系统构成 (3) 二、安装与卸载 (3) 三、图示方法 (3) 1、红点 (3) 2、绿点 (3) 3、蓝点 (4) 4、坐标 (4) 四、操作说明 (4) 1、SYSTEM(系统) (4) 2、DATA（数据） (5) 3、PARAMETER SET（参数设置） (5) 4、OPERATION（操作） (6) 5、INFORMATION(工程信息) (8) 五、调试方法 (9) A、数据显示部分 (9) B、参数设置部分 (10) C、调试过程 (10)

一、系统构成系统由一个EXE文件构成，打开系统时会自动建立Log和Project 目录。Log用于保存日志时的默认路径，Project用于保存工程文件时的默认路径。系统同时支持整体式和分体式的微波调试。二、安装与卸载本系统不需要安装，是绿色软件，直接复制MW Analyzer.exe即可。卸载时直接删除MW Analyzer.exe和自动生成的Log和Project目录即可。三、图示方法 1、红点红点是按F的当前值为横坐标，U的当前值为纵坐标画出的点，“” 表示最近一次红点的位置。 2、绿点绿点是按F的平均值（30次）为横坐标，U的平均值（30次）为纵坐标画出的点，“”表示最近一次绿点的位置。只有当F的当前值与平均值之差小于5时才打印出绿点。

3、蓝点在画板上单击左键即可，同时会把当前的坐标显示到OPERATION 中的X，Y中。也可以输入X，Y的值，点击画蓝点。 4、坐标坐标是按F、U的真实值显示出来，默认的坐标范围是F:0430H-082FH，U:0640H-0A40H，如果显示的坐标不在此范围内时时,请单击按钮,系统自动按当前的F和U的值为中心点输入到中,你也可以手动输入此值。设定好中心点的值以后，单击按钮确认以后，系统即会重新设定起始坐标。鼠标右键可以在当前位置上显示坐标虚线，便于查看坐标。四、操作说明 1、SYSTEM(系统) OPEN（打开） CLOSE（关闭） EXIT(退出系统)

串口调试助手3_用户手册

串口调试助手3.0版使用说明书

目录串口调试助手3.0版 (1) 使用说明书 (1) 串口调试助手3.0版简介 (1) 安装串口调试助手3.0版 (2) 使用频道列表 (3) 使用A频道 (4) 使用B频道 (5) 使用C频道 (6) 使用D频道 ............................................................ 错误！未定义书签。

软件使用说明书串口调试助手3.0版简介串口调试助手3.0版是WMD工作室最新研发的智能调试工具，是不折不扣的“串口助手”。串口调试助手3.0版可以实现的功能包括发送接受16进制数、字符串、传输文件、搜索出空闲串口等，此外，还可以搜索用户自定义设置其他的项目。为了让大家更好的使用串口调试助手3.0版将提供自动更新功能,用于免费升级软件以及修正bug.。 1

软件使用说明书安装串口调试助手3.0版安装串口调试助手需要Windows 2000/XP/2003/Vista操作系统中的任一种，Windows NT 4.0 下面没有测试过,不保证可运行。串口调试助手为绿色软件,下载后只需要复制到硬盘上的指定目录中即安装完成。因为要到网络上加查更新，如果您的计算机的安全防护软件提示，该程序需要访问网络的时候，建议选择“允许”访问。 2

软件使用说明书使用列表软件安装完成后，直接双击“串口调试助手3.0”即可运行软件。检查串口线是否连接到计算机和设备上。如果2端都是本计算机上的串口，一定确认串口调试助手打开的是您指定的串口。 3

clustalx的应用

利用clustalx 2.1对蛋白进行多序列比对目录 1. 方法介绍 1.1概念 1.2理论基础 1.3任务 1.4目的 2研究内容 3. 工具 3.1 clustalx简介 3.2 clustalx 后台运作流程 3.3 clustalx的下载 3.4 clustalx菜单设置 4.操作步骤 4.1获取目标序列 4.2执行比对 4.3 treeview软件制作进化树 5. 结果分析正文

1. 方法介绍：多序列比对 1.1 概念：多序列比对即通过多个核苷酸或氨基酸的序列进行比较，确定序列之间可能由于功能、结构或进化上的关联而形成的相似片段。 1.2 理论基础：1）生物学一个最基本的假设是地球上所有物种都有共同的祖先，从这个祖先开始以树状形式发展，通常称为生命之树。 2）基于序列比对的同源即具有共同祖先。同源序列一般相似；相似可以用百分比来描述。序列不一定是同源的，相似序列在进化上具有趋同性。序列决定结构，结构决定功能。 3）现有的基因、蛋白质等携带生物学信息、具有生物学功能的分子都是由原有的分子演化而来；现有的基因及其他核酸序列，都是由已经存在的基因或其他序列经过复制、转移、合并、删减等方式形成的；不同物种的基因、蛋白质在结构、序列上的相似性与其进化上亲缘关系密切相关。 1.3 任务：发现序列之间的相似性，找出序列之间共同的区域，辨别序列之间的差异。 1.4 目的：通过“相似序列→相似的结构→相似的功能“来判别序列之间的同源性，进而推测序列之间的进化关系。 2. 研究内容：通过对人类、家鼠、大鼠和鸡体内BMP-2（bone morphogenetic protein 2）即骨形态发生蛋白2的多序列比对得到的dnd结果文件来揭示在四种生物中的该蛋白的同源性。 3. 工具：clustalx 2.1 3.1 clustalx简介：Clustal是用来对核酸与蛋白序列进行多序列比对的软件，可以用来发现特征序列，进行蛋白分类，证明序列间的同源性，帮助预测新序列二级结构与三级结构，确定PCR引物，以及在分子进化分析方面均有很大帮助。 Clustal包括Clustalw和Clustalx和Clustal omega。

LDS调试软件说明书

智能照明控制系统 ( LDS ) 用户手册
莱得圣智能科技莱得圣智能科技( 智能科技(上海) 上海)有限公司

智能照明控制系统（LDS2008）用户手册
目
一、 1. 2.
录
引言...................................................................................................................................3
系统简介...............................................................................................................................3 连接与准备...........................................................................................................................3 1) PC 机要求.........................................................................................................................3 2) 连接到 PC 机....................................................................................................................3 系统安装...........................................................................................................................4 系统安装...............................................................................................................................4 软件注册...............................................................................................................................7 主要视窗...........................................................................................................................7
二、 1. 2. 三、
1. 物理视窗...............................................................................................................................8 2. 逻辑视窗...............................................................................................................................8 3. 监控视窗...........................................................................................................................9 4. 文本视窗.............................................................................................................................10 四、 1. 2. 五、 1. 2. 3. 4. 5. 6. 六、 1. 2. 七、八、九、 1. 2. 加载数据......................................................................................................................... 11 从设备加载数据.................................................................................................................11 从磁盘文件加载数据.........................................................................................................13 设备配置.........................................................................................................................14 区、通道、重复通道、开关/调光....................................................................................14 AUX 输入配置 ....................................................................................................................15 附加区配置.........................................................................................................................16 区域连接配置.....................................................................................................................16 工程技术配置.....................................................................................................................17 动态数据显示.....................................................................................................................18 场景编辑.........................................................................................................................18 从物理视窗进行场景编辑 .................................................................................................18 从逻辑视窗进行场景编辑 .................................................................................................20 调度管理器.....................................................................................................................21 时钟.................................................................................................................................26 可配置面板.....................................................................................................................29 面板的常规设置.................................................................................................................29 面板的高级设置.................................................................................................................30
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序列比对之Clustalx与Clustalw使用指南

序列比对之Clustalx与Clustalw使用指南这几天实验需要做多序列比对，很久不做了，一时之间不知道如何使用clustal这个工具了。在网上搜集了一些资料，做个整理，总结了Clustalx和Clustalw的使用，省得以后久不使用又生疏了，又要去整理了，在此分享给大家，希望有所帮助。 1.先提供下载地址：官方下载地址：https://www.360docs.net/doc/4d9710128.html,/download/current/ Clustalx、Clustalw的各种最新版本都能下载到，包括linux、Win、Mac... 2.原理：序列同源性分析：是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有CLUSTAL等; Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具，由Higgins D.G.等开发。有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版，DOS版的clustlw，clustalx等。 CLUSTAL是一种渐进的比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系;然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树，对关系密切的序列进行加权;然后从最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入为止。 3.操作 3.1 Clustalx的操作第一步：输入序列文件。

第二步：设定比对的一些参数。参数设定窗口。

第三步：开始序列比对。

第四步：比对完成，选择保存结果文件的格式 --------------------------------------------

网络工程师调试工具IPOP使用手册

护。任何个人、机构未经■版本变更记录时间版本2014-10-08 1.0 ■适用性声明本模板用于撰写科技内外

目录表格索引

插图索引

一. IPOP介绍 IPOP是一款设备调试终端工具，功能很强大，集合很多服务、调试、查看手段于一身，主要功能如下： ●IP地址动态绑定功能 ●路由信息查询和配置功能 ●MAC地址信息查询和修改功能 ●MAC 、主机信息扫描功能 ●本机网络报文统计功能 ●本机端口列表、远程端口扫描功能 ●端口映射功能 ●网卡流量统计功能 ●本机IP报文捕获和发送功能 ●终端控制功能（支持telnet、dos、ssh、sftp、ftp、com等协议） ●TCL脚本支持 ●多种服务功能（tcp/udp/ping/telnet/ftp/tftp/web/team/syslog/smtp）二. 模块介绍下面按照模块方式来介绍这款工具，先来张截图认识下软件图 2.1 IPOP软件介绍

如上图，总共有11个模块，有些模块下面包含多个功能，我会针对以前测试中经常用到的功能做详细介绍，有些地方可能介绍的不全，大家也可以自行研究。 2.2 IP绑定图 2.2 IP绑定本功能为IP地址动态绑定，可以在WIN2000/WINXP/WIN2003/WIN7/WIN2008系统上绑定多个IP地址，可以随时增加和删除。用于WIN98系统。注意事项： *所绑定的IP地址为动态绑定，在计算机重启后IP地址会丢失，需要重新绑定；但退出本软件不会导致已绑定的动态IP丢失。如需启动时生效，请选择“下次重启自动绑定”选项后，再添加需要绑定的IP，以后计算机重启后不须启动本软件即能自动绑定IP。 *本软件可以自动搜索系统中存在网卡，在绑定前请选择正确的网卡。 *多IP地址绑定可以成批的绑定IP，规则如下：终止的IP地址必须大于起始的IP地址、地址递增为各地址段的递增规则，如起始地址为终止地址为地址递增为，则增加的IP地址为： *在网卡网线断开重连或无线网络断开重连时，动态IP地址会丢失，如果想在此种情况下保持动态IP不变，请选择“断线不丢失动态IP”选项，此选项只需设置一次，在下次计算机重启后一直生效。

软件使用说明书

上海依相燃气ECU 调试软件调试软件使用使用使用说明说明说明书书 Exon-gas ECU trim software manual 一：系统启动 Switch on the system 1：启动计算机 Turn on the computer 2：在Windows 左下角开始菜单的程序列表菜单里选择：依相燃气=》依相燃气图标 Selected in the “start ” menu -> yx-gas -> yx-gas 3：单击此图标，弹出调试程序登陆界面。 Click the icon, and then pop up the login window. 二：系统使用介绍 System introduction Input the login Password and Click “enter ” 登陆界面 Login Window Software option setting window

选项设置界面 Option Setting Window Software COM setting , set up as the COM will be used, or communication will be broken, the trim can’ t run. 通讯后设置好后，点击确认，进入如下界面： After COM finished, click “enter” and into the following window

面板左边为功能按钮，点击相应的功能按钮将进入对应的界

面显示，下面对部分功能进行说明： The function button is on the left of the panel, click corresponding function button will be into corresponding windows. Here’s the illustration of function as blow: 一：实时参数界面 Monitor Window

如何用MEGA5.0和Clustalx1.83构建进化树

如何用MEGA5.0和Clustalx1.83构建进化树 MEGA是一个关于序列分析以及比较统计的工具包，从3.1版本到后来的4.0版本一直都广为大家熟悉，现在推出了Mega5.0版本。功能比以前多有改进。现主要介绍使用Mega 5.0构建系统进化树的方法。供大家参考。用MEGA构建进化树有以下步骤： 1、测序：将克隆扩增测序得到的16S rDNA序列进行测序。 2、NCBI上做Blast https://www.360docs.net/doc/4d9710128.html,/blast/Blast.cgi 找到相似度最高的几个序列，确定一下你分离的细菌大约属于哪个科哪个属，如果相似度达到百分之百那基本可以确定你分离得到的就是Blast到的那个，然后寻找相似性最高的细菌，通常把该属的序列（Fasta格式文件）下载下来，或点击GenBank登录号，复制FSA TA 格式，整合在一个*.txt文档中（单独建立一个文件夹存放，后面的很多文件会自动装入该文件夹），如 >XXXX AGGCTTAACACA TGCAAGTCGAGCGGAGCGAGGGTGCTTGCACCTTAGCTTAGCGGCG GACGGGTGAGTAA TGCTTAGGAA TCTGCCTA TTAGTGGGGGACAACA TTCCGAAAGGA A TGCTAA TACCGCA TACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGA TCTTCGGACCTTGCGCTAA TAGA TGAGCCTAAGTCGGA TTAGCTAGTTGGTGGG >gi|289469964|gb|GU388381.1| Acinetobacter tandoii strain DSM 14970 16S ribosomal RNA gene, partial sequence ACTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAA TGCTTAGGAA TCTGCCTA TTAGTGGGGGACAACA TTCCGAAAGGGA TGCTAA TACCGCA TACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGA TCTTCGG ACCTTGCGCTAA TAGA TGAGCCTAAGTCGGA TTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTAC CAAGGCGACGA TCTGTAGCGGGTCTGAGAGGA TGA…… ……………………. 参考序列选择注意事项： 1、不选非培养(unclutured)微生物为参比； 2、不选未定分类地位的微生物，最相近的仅作参考；c，在保证同属的前提下，优先选择16S rDNA全长测序或全基因组测序的种；d，每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。 3、使用clustalx1.83进行序列比对打开压缩文件clustalx1.83，运行其中的clustalx.exe文件，如图：

Clustal多重序列比对图解教程图解使用

C l u s t a l x多重序列比对图解教程(B y R a i n d y) 本帖首发于Raindy'blog 软件简介: CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。ClustalX为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。主要功能：你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序；你可以选择序列子集进行比对；你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中；可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。当前版本:1.83 PS:如果你是新手或喜欢中文界面,推荐使用本人汉化的Clustalx1.81版链接地址:ist&ID=7435(请完整复制) 应用:Clustalx比对结果是构建系统发育树的前提实例：植物呼肠孤病毒属外层衣壳蛋白P8(AA序列)为例流程：载入序列―>编辑序列―>设置参数―>完全比对―>比对结果 1.载入序列：运行ClustalX，主界面窗口如下所图（图1），依次在程序上方的菜单栏选择“File”－“LoadSequence”载入待比对的序列，如图2所示，如果当前已载入序列，此时会提示是否替换现有序列(Replaceexistingsequences)，根据具体情形选择操作。

图1

图2 2.编辑序列：对标尺(Ruler)上方的序列进行编辑操作，主要有Cutsequences(剪切序列)、Pastesequences(粘贴)、SelectAllsequences(选定所有序列)，ClearsequenceSelection(清除序列选定)、Searchforstring(搜索字串)、RemoveAllgaps(移除序列空位)、 RemoveGap-OnlyColumns(仅移除选定序列的空位)