pymol做图简单教程

pymol做图简单教程

1.将对接好的ligand和蛋白merge(好像每次只能用一个ligand和一个蛋白,否则pymol里会把几个ligand当作一个

2.M erge后export structure,存成pdb格式

3.在pymol中打开.pdb

4.在里面找出ligand,点sele的A(action)/rename

Rename这个ligand,这里命名为lig

5.选all,H(hide)everthing

6.选lig，S(show)sticks

7.2j50(就是那个蛋白)S/cartoon

8.在后面的color调整颜色,这里ligand选by element

2j50选white

9.下面显示氢键,点击2j50的Action,选择find/polar contacks/to other atoms in object,氢键就出来了

bel出来后,还可以调整它们的位置,点一下左图viewing,就变成了右图的editing,这时就可以按住ctrl键拖动label的位置了

12.大体已经完成了,再进行一些修饰

Setting/transparency/cartoon/50% 蛋白的透明度

Setting/label/size 18调节字体的大小

Setting/edit all

cartoon的颜色改回白色(在filter里输cartoon可以快点找出来,改完后按回车)

//或者输入命令Pymol>set cartoon_color white

在改氢键的线型,在dash gap length width进行调整把虚线改好看点

Stick也可以改细点

13.电子密度

1)首先,登陆http://eds.bmc.uu.se/eds/搜索你的蛋白

2)d ownload maps

3)选ccp4格式,generate map

4)下载后解压,重命名为*p4

5)在pymol里打开,在打开的.map,action/mesh,color/blue

6)选中lig,在PyMOL输入isomesh map,2j50.map,2.0,sele,carve=1.6

7)这样就从原来的map里iso出lig周围的蛋白的电子密度,把2j50.map_mesh关了就可以看见了

然后再调整它的粗细

电子密度周围的线好像有些奇怪,可能设置里哪个地方还没调好吧.

另外,ray 1900,980就能生成1900*980分辨率的图片,然后file/save image as输出.png