石油工程软件列表
石油工程软件列表
001 油气藏工程Saphir试井解释软件435M
002 油气藏工程Topaze油气井产量预测软件435M
003 勘探开发Diamant Prospect油气田评价软件435M
004 油气藏Saphir-Numerical数值试井解释软件435M
005 勘探开发Emeraude生产测井解释软件435M
006 勘探开发F.A.S.T.CBM 气藏开发储量风险评价软件236M 007 勘探开发F.A.S.T.RTA气藏生产动态预测软件236M
008 勘探开发F.A.S.T.MBA水侵气藏储量计算软件236M
009 采气F.A.S.T.Piper气田地面系统分析与优化软件236M
010 油气藏工程F.A.S.T.PVTplus 软件236M
011 采气F.A.S.T.VirtuWell气藏生产系统优化软件236M
012 油气藏F.A.S.T.Validata气藏数据处理软件236M
013 油气藏F.A.S.T.FieldNotes气藏工程软件236M
014 油气藏工程F.A.S.T.WellTest气藏试井软件236M
015 油气藏工程F.A.S.T.PoolSim气藏模拟软件236M
016 油气藏工程CMG 油藏模拟系统软件67M
017 勘探开发Vertex油井、油藏模拟系统软件17M
018 油气藏工程Reo油气田生产系统整体模拟和优化软件237M 019 采油工程Flosystem采油气软件237M
020 采油工程PanSystem试井解释分析与设计软件237M
021 压裂酸化FracProPT压裂设计、分析软件22M
022 压裂酸化StimPT酸化设计、分析软件22M
023 油气藏Work Bench 1.8.2试井软件146M
024 油气藏工程Ecclipce油藏数值模拟系统软件631M
025 储层地质Gocad 2.07三维地质建模软件148M
026 油气藏工程SPSS-液体管道仿真软件185M
027 油气藏工程SPSS-气体管道仿真软件185M
028 油气藏工程TGNET-气体管道仿真软件186M
029 油气藏工程TLNET-液体管道仿真软件186M
030 油气藏工程PEOffice3.3油气生产管理与优化设计软件117M 031 测井地质LESA测井评估分析系统84M
032 油气藏工程Petrel三维油藏综合描述软件系统536M
033 勘探开发DSS2003油田生产动态监测分析系统180M
034 测井地质NDSlog测井曲线数字化软件456M
035 测井地质NDSMap剖面图数字化软件456M
036 物探Green Mountain 6.1地震资料处理应用软件343M
037 物探Grisys 地震资料处理应用软件130M
038 物探Klseis地震资料处理应用软件128M
039 物探A VS/Express三维可视化软件573M
040 勘探开发Strata 4.0储层预测软件185M
041 勘探开发Geographix Discovery 2003勘探开发一体化综合研究与项目管理工作平台417M
042 勘探开发Geographix Discovery 2000勘探开发一体化综合研究与项目管理工作平台510M
043 勘探开发GES 97勘探开发一体化软件35M
044 勘探开发PETRA地质物探可视化分析软件28M
045 勘探开发RC2精细油藏描述软件183M
046 勘探开发Recon235石油开采可视化应用软件61M
047 地质建模FastTracker维地质建模和储层随机模拟软件90M
048 储运PIPEPHASE设计分析生产与管网系统的模拟软件101M
049 油气藏工程RockWare 2004油气藏地质应用分析软件10M
050 油气藏工程RockWare 2002油气藏地质应用分析软件11M
051 油气藏工程RockWare 99油气藏地质应用分析软件7M
052 测井地质Logplot 2003钻探记录测绘软件8M
053 测井地质Logplot 2001钻探记录测绘软件4M
054 数据分析Engineered.Software.Pump.Flo.2004软件9M
055 油藏描述GridStat油藏描述软件21M
056 物探WinPICS 48地震解释软件135M
057 测井地质GP_Windows v2.8软件52M
058 测井地质Surfer 8.0插值绘图软件12M
059 测井地质GeoScout勘探信息系统软件367M
060 数据分析CVE数据处理软件8M
常用生物学软件简介
网址： https://www.360docs.net/doc/9d5622545.html,/ 1. Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能：a) 已知一个PC R引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列。b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。c) 对环型DNA片段，设计反向PCR引物。d) 设计多重PCR引物。e) 为LCR反应设计探针，以检测某个突变是否出现。f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。g) 同源序列查找，并根据同源区设计引物。 h) 增强了的引物/探针搜寻手段。设计引物过程中，可以“Lock”每个参数，如Tm值范围和引物3’端的稳定性等。i) 以多种形式存储结果；支持多用户，每个用户可保存自己的特殊设置。 网址： Oligo 6.71 Demo（引物设计软件）：https://www.360docs.net/doc/9d5622545.html,/Soft/2006/112.htm Oligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估） Oligo 6 Tour 主要功能介绍 https://www.360docs.net/doc/9d5622545.html,/ 2．Vector NTI Suite是一套功能最全，而且界面最美观，最友好的分子生物学应用软件包。主要包括四个大型软件，它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。Vector⑴NTI：作为Vecto r NTI Suite的核心组成部分，它可以在生物研究的全过程中提供数据组织和序列编辑的软件支持。Vector NTI 是以一种窗口形式，且支持项目组织的数据库来完成这一功能的；通过这个数据库，可以保存和组织大部分的实验数据，比如：基因结构、载体、序列片断、引物、蛋白质、多肽、电泳Markers和限制性内切酶等。实际上，该数据库还支持对Vector NTI Suite中各种小型的绘图和结果展示工具的管理。Vector NTI 可以按照用户要求设计克隆策略。用户只需提供克隆载体，外源片断序列，明确载体克隆的大致位置或酶切位点，其它工作由软件完成。设计结果以图文形式输出到屏幕；最后根据客户定制的条件进行模拟电泳。Vector NTI 还具有强大的设计和评估PCR引物、测序引物和杂交探针功能。BioPlot⑵：BioPlot 是一个对蛋白质和核酸序列进行各种理化特性分析的综合性工具，它是一种方便的桌面程序。和其他程序不同的是，BioPlot可以绘制50种以上预定制的蛋白质特征图谱，如疏水性和抗原性；并将序列与特征图谱和活性序列区域一一对应。BioPlot还可以对核酸序列进行8种不同类型的分析，如：退火温度、自由能和GC含量等。AlignX⑶：AlignX可以对多个蛋白质或核酸序列进行同源比较，以寻找不同序列之间的同源区域或相似性很高序列中的不同碱基，并绘制进化树；为下一步设计PCR引物、探针及研究系统发育提供基础。AlignX可以识别所有标准TXT格式，如FASTA、GeneBank、EMBL、SWISS－PROT、GenPept 和ASCII Text。ContigExpress⑷：Contig Express是用来对多个小核酸片段进行拼接而形成连续的长序列。这些小片段可以是Text序列，也可以是直 接从自动测序仪得到的测序图。它用同一个浏览窗口来组织序列片段和拼接结果，同时还有一个由多个子窗口组成的窗口将序列和它们的特性测序图及拼接示意图分别对应。拼接的结果可以直接保存成GeneBan k、EMBL或FASTA文件。Vector NTI Suite⑸其他功能：支持多用户。提供PubMed/Entrez－Search、B last Search、Blast Viewer和3D－Mol(用来看PDB文件)等在线工具。 网址： Vector NTI7.0 中文使用手册 Vector NTI Suite 9.1 Demo（综合性蛋白核酸分析工具包）https://www.360docs.net/doc/9d5622545.html,/Soft/2007 /460.htm https://www.360docs.net/doc/9d5622545.html,/solutions/vectornti/index.html 3．DNAStar 是一款基于Windows和Macintosh平台的序列分析软件，特点是操作简单，功能强大。主
软件工程课程表
软件工程专业本科教学计划 专业代码080611W （国家）0406 (学校) 一、培养目标和基本规格 (一) 培养目标 软件工程专业本科生的培养目标是：针对国民经济信息化建设和发展的需要，面向软件产业界对软件工程技术人才的需求，培养具有良好的综合素质、良好的职业道德、扎实的软件工程理论知识及较强的英语综合应用能力，掌握自然科学和与软件有关的法律基础知识、具有自主学习和使用先进软件开发技术和工具的能力，具有软件开发实践和项目组织的初步经验，具有创新、创业、竞争意识和团队精神。学生毕业后能从事大型软件项目的开发，具有软件企业所需要的较高层次的软件工程技术和管理人才的素质，能适应技术进步和社会需求变化对高素质软件工程专门人才的基本要求。 (二) 培养规格 本专业学生应掌握软件工程领域坚实的基础理论和宽广的专业知识，具有良好的系统分析、设计及软件工程项目的组织与管理能力，具备运用先进软件开发技术、方法和工具的能力，具备与软件有关的法律知识，具备独立工作能力和团队精神。 毕业生应获得以下几方面的知识和能力： 1、掌握软件工程专业的基本理论、基本知识和基本技能，特别是软件项目管理与开发技术、信息系统的分析与设计技术、网络数据库开发技术、网络信息安全和嵌入式软件开发技术； 2、熟练掌握需求分析和建模、软件设计和实现、软件评审与测试、软件过程改进与项目管理、设计人机交互界面的基本方法，能运用先进软件技术和开发工具进行软件系统的开发与维护工作。 3、掌握与软件有关的法律法规、国际惯例，具备自觉运用法律知识进行软件知识产权保护的素质。 4、具有创业意识、创新精神和良好的职业素质，具有良好的人际沟通能力和团队精神。 5、了解软件工程领域的最新成果、发展动态和法律法规； 6、具有良好的英语写作和交际能力，外语水平达到规定的等级要求。 二、学制：四年。 三、授予学位：工学学士。
生物信息学软件及使用概述
生物信息学软件及使 刘吉平 liujiping@https://www.360docs.net/doc/9d5622545.html, 用概述 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
生物信息学是一门新兴的交叉学生物信息学的概念： 科，它将数学和计算机知识应用于生物学，以获取、加工、存储、分类、检索与分析生物大分子的信息，从而理解这些信息的生物学意义。 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
分析和处理实验数据和公共数据，生物信息学软件主要功能 1.2.提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验 3.实验数据的自动化管理 4.寻找、预测新基因及其结构、功能 5.蛋白质高级结构及功能预测（三维建模，目前研究的焦点和难点） 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
功能1. 分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间 ?核酸：序列同源性比较，分子进化树构建，结构信息分析，包括基元(Motif)、酶切点、重复片断、碱基组成和分布、开放阅读框（ORF ），蛋白编码区（CDS ）及外显子预测、RNA 二级结构预测、DNA 片段的拼接； ?蛋白：序列同源性比较，结构信息分析（包括Motif ，限制酶切点，内部重复序列的查找，氨基酸残基组成及其亲水性及疏水性分析)，等电点及二级结构预测等等； ?本地序列与公共序列的联接，成果扩大。 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
Antheprot 5.0 Dot Plot 点阵图 Dot plot 点阵图能够揭示多个局部相似性的复杂关系 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
软件工程课程标准
《软件工程》课程标准 煤炭管理干部学院 计算机系 计算机应用技术专业 2012.06
一、课程基本信息 二、课程定位 《软件工程》是计算机应用专业教学计划中一门综合性和实践性很强的核心课程，主要容包括软件工程概述、可行性分析、需求分析、概要设计、详细设计、面向对象分析与设计、编码、软件质量与质量保证、项目计划与管理。本课程教学是既要侧重软件开发的法、原理的讲解，又要重点培养学生动手设计和开发软件的能力，两者并重、相互结合。 根据培养计算机高级理论与应用型人才的需要，本课程的目的与任务是使学生通过本课程的学习，了解软件项目开发和维护的一般过程，掌握软件开发的传统法和最新法，为更深入地学习和今后从事软件工程实践打下良好的基础。 三、课程设计思路 根据软件技术专业的人才培养目标，通过企业调研，与企业专家座谈，了解企业需求，梳理岗位任务，构建适应岗位需求的课程体系。 根据典型工作任务确定学习容。通过企业调研，深入了解软件开发企业的需求，分析各岗位的典型工作任务，根据典型工作任务确定学习容，设计学习情境，摒弃传统的从结构设计角度学习本课程的法，从软件项目设计、开发、测试、维护的角度将整个工作过程中的典型工作任务转化为若干学习情境，以完成岗位任
务所需知识和能力选取教学容，使其符合企业真实的工作程序、技术标准。 以行动导向组织实施教学。课程教学遵循“计划、调研、设计、实施、测试、发布与维护”这一“行动”过程序列；在基于职业情境的学习情境中，学生根据该情境设置的各项工作任务，制定设计案，实践操作，最终总结汇报形成成果，整个过程以学生动手“工作”为主要学习过程。学生在以完成任务为目的的这一“工作”过程中，开展主动“学习”，主动建构真正属于自己的经验和知识体系，将知识用于完成项目任务的“工作”，最后通过相互的成果展示和阶段评审达到知识的更新、职业能力的巩固和升华。 建立多元能力考核评价体系。突出过程与成果结合评价，强调理论与实践一体化评价，建立以学生为中心的综合评价模式，包括课堂讲评、实践操作、阶段评审、成果展示等多种手段相结合，综合评定学生成绩。将课程考核与企业的岗位需求融合在一起，形成多元能力考核评价体系。 四、课程目标 （一）能力目标 1. 能够按照规的软件项目开发流程来设计、开发软件； 2.能够规地编写软件项目开发各阶段的文档； 3.能够使用Project工具软件进行软件项目管理； 4.能够使用Rose或Viso等工具软件进行项目辅助设计； 5.能够准确地设计测试用例，进行软件项目测试； 6.能够规地发布项目并制定合理的后期维护计划。 （二）知识目标
软件工程导论课程教学大纲
《软件工程导论》课程教学大纲 一、课程性质、地位和作用 《软件工程导论》是是软件工程专业的专业基础课程，属必修课。 本课程主要讲述建造软件系统的基本方法、技术、流程、工具及规范等。通过学习可以使学生了解软件工程的基本概念、基本原理、实用的开发方法和技术；了解软件工程各领域的基本内容和发展动向；学习用工程化的方法开发软件项目，初步掌握开发过程中应遵循的流程、准则、标准和规范。本门课程为将来从事软件开发学生的软件工程师之路奠定坚实的基础。 二、课程教学对象、目的和要求 本课程适用于软件工程、计算机应用等从事软件开发的本科专业。课程教学目的、要求： (一)从教学内容上，应使学生了解软件工程的基本概念，主要包括软件与软件开发的基本过程，软件危机与软件工程。掌握个人软件开发过程的基本内容和方法，了解软件开发模型及结构化软件设计方法，以及软件质量保证基本内容。(二)从能力方面，应使学生通过对软件工程基本概念和方法的学习和课后练习，培养学生养成规范化个人开发的良好习惯，培养学生按照软件工程的基本过程和方法来设计和开发软件。 (三)从教学方法上，在课堂理论教学中，采用学生可以理解的软件开发素材，通过一边实践一边讲解的方法，讲解软件过程的基本思想和方法，通过学生完成与实践结合的作业，调动学生的积极性,使软件工程的基本思想逐步植根于学生头脑中。 三、相关课程及关系 本课程的先修课程是“C语言程序设计”和“数据结构”等程序设计课程，学习应在学生具有一定的编程能力基础上进行。本课程为后续的“软件制造工程”和“软件设计工程”等课程打下了必要的理论基础。 四、课程内容及学时分配 总学时：32学时 (一)绪论1学时 1、软件工程及其重要性 2、软件开发需要软件工程 3、软件工程课程体系架构(需要什么软件工程) 、课堂的组织、学习方法、章节安排与考核4． 要求学生了解软件工程的起源，软件工程在软件开发中的作用，了解软件工程课程体系。 (二)软件与软件工程4学时 1、软件及软件分类 2、软件工程的由来及概念 3、软件生命周期 4、软件开发与软件开发方法 5、软件工程工具和环境 6、软件开发项目管理介绍
常用分子生物学软件简介
常用分子生物学软件简 介 公司内部编号：（GOOD-TMMT-MMUT-UUPTY-UUYY-DTTI-
常用分子生物学软件 一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。Arraypro Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix? Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境后后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster
斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显着性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 二、RNA二级结构。 RNA Structure RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由Turner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退
软件工程课程设计要求
《软件工程》课程设计 一、目的、要求 通过该课程设计使学生树立起强烈的工程化意识，用工程化思想和方法开发软件，切实体会用软件工程的方法开发系统与一般程序设计方法的不同之处。学生在对所开发的系统进行软件计划、需求分析、设计的基础上，实现并测试实际开发的系统。通过一系列规范化软件文档的编写和系统实现，使学生具备实际软件项目分析、设计、实现和测试的基本能力。 二、主要内容 要求学生掌握软件工程的基本概念、基本方法和基本原理，为将来从事软件的研发和管理奠定基础。每个学生选择一个小型软件项目，题目可参考附录A，也可自行拟定题目，按照软件工程的生命周期，完成软件计划、需求分析、软件设计、编码实现、软件测试及软件维护等软件工程工作，并按要求编写出相应的文档。分别、选用传统的结构化方法和面向对象的方法，开发环境和工具不限。 三、设计成果要求 1．提交软件系统，根据完成情况给分； 2．提交设计报告文档 设计报告将从以下三个方面给分: (1)报告是否规范，符合要求； (2)报告是否完整、工作量大小； (3)文档逻辑性是否合理、语言是否流畅。 四、进度安排 （1）确定选题，进行可行性分析，开发计划 （2）软件需求分析 （3）软件设计 （4）软件实现，测试计划 （5）软件实现，测试报告 （6）验收
附录A 课程设计题目 题目一：电子商务网站建设 一个集客户购物、下订单、订单处理、销售统计等功能于一体的系统。通过浏览器，创建账户/登陆账户，让客户可以查询货物，把货物放入购物车，创建订单，通过信用卡支付等。系统划分成了多个模块，松耦合的设计架构，允许可以和多个数据源，EIS（企业信息系统）进行交互。功能如下： 1．用户 注册/登陆/忘记密码/管理个人信息 查询货物 购物车管理 提交订单 信用卡支付 查询历史购物记录 2．货物商店 接受/处理订单消息 手工接受/拒绝订单 用E-mail来通知客户 发订单给供应商 销售统计 3．供应商 接受订单 派送货物给用户 提供一个基于web的库存管理 维护库存数据库 题目二：外文图书采购系统 1.问题概述 某图书馆外文采购有两个组--征订组和验收，登记组。分别承担书籍订购和进书验收任务。为了减轻劳动强度和提高工作效率，打算采用计算机进行管理。为此，系统分析员在进行了调查研究，描述出外文采购室现行系流程。 1）订书组从供书单价收到订书目录，根据各单位的需要选择出要订购的书目。
软件工程专业课程
软件工程专业的课程体系设计
骆 斌 张大良 邵 栋1 210093）
（南京大学软件学院 1、引言
南京市汉口路 22 号
软件工程是指开发、操作和维护软件系统的系统、规范、可度量的方法。从历史上看， 软件工程学科曾是计算机科学的一个分支，但随着软件产业不断发展的需求，传统的计算 机学科逐步上升到计算学科， 2001 年 IEEE 发布的计算学科教学规划把计算学科划分为计算 机科学、计算机工程、软件工程、信息系统、信息技术和其他有待发展的学科等子学科， 标志了软件工程这个名词作为与计算机理论相对应的各种软件实践技术的总称已经得到世 界范围内的公认。 我国在 2001 年底推出了示范性软件学院计划，把我国软件工程专业定位在面向软件产 业培养高素质的工程型软件实用人才。围绕这一定位，软件工程教育应该围绕大型软件开 发过程中的工程方法、关键技术和相关工具展开，在专业教学过程力图使得学生具备科学 世界观，掌握科学方法，具有扎实软件基础，受到良好软件工程训练，熟悉软件应用和工 具，参与过实际项目，拥有较好职业素质。 本文研究软件工程专业的课程体系设计，在研究过程中引入了科学的方法，参照 IEEE CC2001 的成熟做法， 首先明确专业的学科定位和人才培养定位， 然后建立相关的知识体系， 再后确定课程体系，最后确定课程设置和教学计划。 2、软件工程专业的相关知识领域简介 课程体系必须建立在对本专业知识体系的全面研究之上。作为软件工程专业人才培养 的基本依据，我校编写的《复合型软件实用人才的知识体系》定义了基本素质 BAS，计算 机软件基础 CSE，软件工程与软件管理 SEM，数学、工程和职业基础 MEP，软件系统与应 用 SSA，软件工具与产品 STP 等 6 个知识体系子类，并在各子类之下细分为知识领域、知 识单元和知识点三级。为方便讨论课程体系设计，现将与专业相关的 5 个子类的知识领域 简单列举如下： 1）CSE 定义了从事软件工作所应具备的软件专业基础知识，包括离散数学基础 CSE.DS，程序设计与算法基础 CSE.PF，计算机硬件基础 CSE.CH，系统软件基础 CSE.SS， 数据库应用基础 CSE.DB，网络通信基础 CSE.NC 和软件构造技术 CSE.CT 等知识领域。 2）SEM 定义了软件工程与软件管理知识，包括软件模型与分析 SEM.MA，软件设计 SEM.DE，软件检验和有效性验证 SEM.VV，软件演化 SEM.EV，软件过程 SEM.PR，软件 质量 SEM.QA 和软件管理 SEM.MG 等知识领域。 3）MEP 定义从事软件工作所应具备的数学、工程和职业知识，包括软件的数学基础 MEP.MF，软件的工程基础 MEP.EF，软件行业的职业素质 MEP.PP，软件业的外国语能力 MEP.FL 等知识领域。 4）SSA 定义从事某一方面软件工作应具备的专业或领域应用知识，包括网络工程与网 络应用 https://www.360docs.net/doc/9d5622545.html,（计算机网络进阶 AN，分布式计算 DC，多媒体技术 MM） ，嵌入式与实时
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骆斌，教授，副院长，博士；张大良，教授，副校长，软件学院教学委员会主任；邵栋，讲师。联系邮件， luobin@https://www.360docs.net/doc/9d5622545.html,。
常用生物软件简介汇总(window 版)
一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：69 00美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理
的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，E XCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster 成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Tr eeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 二、RNA二级结构。 RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由Turner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。RNAdraw中一
软件工程专业本科教学计划(软件工程课程表).docx
软件工程专业本科教学计划 一、培养目标和基本规格 (一) 培养目标 软件工程专业本科生的培养目标是：针对国民经济信息化建设和发展的需要，面向软件产业界对软件工程技术人才的需求，培养具有良好的综合素质、良好的职业道德、扎实的软件工程理论知识及较强的英语综合应用能力，掌握自然科学和与软件有关的法律基础知识、具有自主学习和使用先进软件开发技术和工具的能力，具有软件开发实践和项目组织的初步经验，具有创新、创业、竞争意识和团队精神。学生毕业后能从事大型软件项目的开发，具有软件企业所需要的较高层次的软件工程技术和管理人才的素质，能适应技术进步和社会需求变化对高素质软件工程专门人才的基本要求。 (二) 培养规格 本专业学生应掌握软件工程领域坚实的基础理论和宽广的专业知识，具有良 好的系统分析、设计及软件工程项目的组织与管理能力，具备运用先进软件开发 技术、方法和工具的能力，具备与软件有关的法律知识，具备独立工作能力和团 队精神。 毕业生应获得以下几方面的知识和能力： 1、掌握软件工程专业的基本理论、基本知识和基本技能，特别是软件项目管 理与开发技术、信息系统的分析与设计技术、网络数据库开发技术、网络信息安 全和嵌入式软件开发技术； 2、熟练掌握需求分析和建模、软件设计和实现、软件评审与测试、软件过程 改进与项目管理、设计人机交互界面的基本方法，能运用先进软件技术和开发工 具进行软件系统的开发与维护工作。 3、掌握与软件有关的法律法规、国际惯例，具备自觉运用法律知识进行软件 知识产权保护的素质。 4、具有创业意识、创新精神和良好的职业素质，具有良好的人际沟通能力和 团队精神。 5、了解软件工程领域的最新成果、发展动态和法律法规； 6、具有良好的英语写作和交际能力，外语水平达到规定的等级要求。 二、学制：四年。 三、授予学位：工学学士。
软件工程课程安排
大一是网页制作，经典算法，c语言，军事理论，写作，高数1和高数2，离散1，中国近代史，思想道德，电子电路，英语1和2。大二是数据库原理，编译原理，离散2，数字电路，汇编语言，c++语言，mfc，计算机组成原理，英语3和4，日语1和2，马克思原理，毛邓。大三时jsp课程设计，sql server数据库，计算机体系结构，计算机网络，操作系统，计算机图形学，算法，日语3和4，人工智能，软件工程。大四我就不知道了。我刚读到大三。
《算法分析与设计》打下基础。 参考教材：《Ｃ＋＋语言程序设计教程》谭浩强等编，高等教育出版社。 考核方式：考试。 3、04261050离散数学 《离散数学》是计算机科学与技术专业的必修课，主要学习集合论，图论，数理逻辑，形式语言等内容。本课程为学习计算机科学专业理论作好必要的准备知识，并为提高专业理论水平打下扎实的基础。 参考教材：《离散数学》朱一清编，电子工业出版社。 考核方式：考试。 4、04261060汇编语言程序设计 《汇编语言程序设计》是计算机科学与技术专业的必修课程，本课程的教学目的是：使学生掌握用汇编语言编写程序及上机运行的基本方法和技能，能用汇编语言设计实用程序，并了解与软、硬件有关课程的一些概念。 参考教材：《IBM PC汇编语言程序设计》沈美明、温科婵编，清华大学出版社。 考核方式：考试。 5、04261070数字逻辑 《数字逻辑》是计算机科学与技术专业的必修课。本课程是学习数字电路逻辑设计的理论和方法的一门课程。通过本课程的学习，使学生在深入理解理论的基础上，掌握数字电路组合网络和时序网络的分析与设计方法。前导课为《电路与电子技术》，后续课为《计算机组成原理》、《微机接口技术》、《计算机通信与网络》等课程。 参考教材：《数字逻辑与数字系统》王永军等编，电子工业出版社。 考核方式：考试。 6、04261080计算机组成原理 《计算机组成原理》是计算机科学与技术专业的必修主干课。本课程以《数字逻辑设计基础》及《汇编语言程序设计》为基础，主要讲授运算基础，运算器与运算方法；控制器与微程序设计；存储系统与辅助存储器；输入输出系统；计算机系统概述。通过本课程的学习，使学生能够较深入地理解与掌握计算机各功能部件的逻辑设计与实现，以及计算机整机各部件间的逻辑关系与连接。为后续课《微机接口技术》等奠定了理论与实验基础。
常用生物软件大汇总(精)
常用生物软件大汇总 序列综合分析 Vector NTI Suite 8.0 不喜欢装备各种专业性强的软件,而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理(增加、修改、查找,对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定(数据->分析->结果(显示、保存和入库三步完成。在分析主界面,软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作,生成重组分子策略和实验方法,进行限制酶片段的虚拟电泳,新建输入各种格式的分子数据、加以注释,输出高质量的图像。Vector NTI Suite 还有以下独立的分析程序,完成相关分析。这些独立的程序,可以通过选定->分析->结果三步调用。 l 3DMol-显示PDB格式分子的三维结构 l Align X-序列相似性比较 l Align Xblocks-序列局部完全相同比较 l ContigExpress-将小片段拼装成长序列 l GCGConverter-GCG格式文件转换成NTI的格式 l PubMed/Entrez Search-搜索PubMed、PDB、GenBank l Back Translation-核酸->蛋白->核酸反向翻译的工具 l Matrix Editor-矩阵数据编辑 l Tools Manager-连接其他程序和网络连接的界面。分成Align、Analyze、Assemble、Tools四部分。
DNAStar5.03即著名的Lasergene Suite,由EditSeq MegAlign、GeneQuest MapDraw PrimerSelect Protean SeqMan II七个模块组成,该软件的MegAlign模块,可以对多达64000的片段进行拼装。整个拼装过程即时显示,并提示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。DNAstar是哈佛大学医学院是使用的序列分析软件,可见其功能强大。 Omiga 2.0实际上,大部分对核酸蛋白的序列分析功能,在Omiga 2.0中都能找到;而且界面非常友好。Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件,它还兼有引物设计的功能。主要功能:编辑、浏览、蛋白质或核酸序列,分析序列组成。用Clustal. W 进行同源序列比较,发现同源区。实现了核酸序列与其互补链之间的转化,序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及转化为RNA链,以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。查找核酸限制性酶切位点、基元(Motif及开放阅读框(ORF,设计并评估PCR、测序引物。查找蛋白质解蛋白位点(Proteolytic Sites、基元、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格的显示,表格设有多种分类显示形式。利用Mange 快捷键,用户可以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基元、开放阅读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。每一数据库中都设有多种查寻参数,可供 选择使用。用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。可从MacVectorTM、Wisconsin PackageTM等数据库中输入或输出序列。另外,该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析,对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。 DS gene :Omiga 2.0的换代产品,accelrys公司Discovery studio系列,accelrys 公司的insight II,GCG是业内蛋白分析和核酸分析的权威软件,DS gene 是GCG 的个人机简版,功能强大,而且可以直接与GCG服务器相连。由于受到vector NTI 的界面影响,DS gene 与Omiga 2.0相比界面有了很大的改变。 DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司(Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.97年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能,可进行DNA,RNA,蛋白质序列的编辑和分析,甚至还能进行质粒作图、
大学软件工程课程安排
学生综合查询 必修计划表 开课学年 开课学期 课程号 课程名 学分 学时 考试类 型 是否双学位 课程属性 高档课标 志 1 1 0740501001 办公自动化软件及高级应用 1 16 考查 必修 1 1 0740563002 计算机科学导论 3 48 考试 必修 1 1 0740604001 大学英语（1） 4 64 考试 必修 1 1 0740703012 线性代数基础 3 48 考试 必修 1 1 0740706001 高等数学（上） 6 96 考试 必修 1 1 0740802001 体育（1） 2 32 考查 必修 1 1 0740903001 思想道德修养与法律基础 3 48 考查 必修 1 2 0740203001 马克思主义基本原理 3 48 考查 必修 1 2 0740563004 模拟与数字电路 3 51 考试 必修 1 2 0740564003 C/C++程序设计 4 68 考查 必修 1 2 0740604002 大学英语（2） 4 64 考试 必修 1 2 0740703015 概率统计基础 3 48 考试 必修 1 2 0740705002 高等数学（下） 5 80 考试 必修 1 2 0740802002 体育（2） 2 32 考查 必修 1 2 0740902002 形势与政策 2 32 考查 必修 1 2 0740902004 军事理论 2 32 考查 必修 1 2 0740903014 军事训练 3 考查 必修 2 1 0740202002 中国近现代史纲要 2 32 考查 必修 2 1 0740513001 离散结构 3 51 考查 必修 2 1 0740513003 计算机组成原理 3 51 考试 必修 2 1 0740513101 Java 程序设计 3 51 考查 必修 2 1 0740514002 数据结构 4 68 考试 必修 2 1 0740562901 数据结构课程设计 2 考查 必修 2 1 0740563005 管理信息系统 3 51 考查 必修 2 1 0740604003 大学英语（3） 4 64 考试 必修 2 1 0740802003 体育（3） 2 32 考查 必修 2 2 0740202004 毛泽东思想、邓小平理论和 三个代表重要思想概论实践 2 32 考查 必修 2 2 0740204003 毛泽东思想、邓小平理论和 三个代表重要思想概论 4 64 考查 必修 2 2 0740501901 电工、电子实习 1 考查 必修 2 2 0740513006 计算机网络（双语） 3 51 考试 必修 2 2 0740513007 软件工程（双语） 3 51 考试 必修 2 2 0740562902 认识实习（软件技术基础实 习） 2 考查 必修 2 2 0740563006 面向对象分析与设计 3 51 考查 必修 2 2 0740563007 算法分析与设计 3 51 考查 必修 2 2 0740604004 大学英语（4） 4 64 考查 必修 2 2 0740802004 体育（4） 2 32 考查 必修
常用分子生物学软件简介
常用分子生物学软件 一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix? Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境后后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 二、RNA二级结构。 RNA Structure RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由Turner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。RNAdraw中一个非常非常重要的特征是鼠标右键菜单打开的菜单显示对鼠标当前所指向的对象/窗口可以使用的功能列表。RNA文库（RNA
软件工程课程设计要求
软件工程》课程设计 一、目的、要求 通过该课程设计使学生树立起强烈的工程化意识，用工程化思想和方法开发软件，切实体会用软件工程的方法开发系统与一般程序设计方法的不同之处。学生在对所开发的系统进行软件计划、需求分析、设计的基础上，实现并测试实际开发的系统。通过一系列规范化软件文档的编写和系统实现，使学生具备实际软件项目分析、设计、实现和测试的基本能力。 二、主要内容 要求学生掌握软件工程的基本概念、基本方法和基本原理，为将来从事软件的研发和管理奠定基础。每个学生选择一个小型软件项目，题目可参考附录A,也可自行拟定题目，按 照软件工程的生命周期，完成软件计划、需求分析、软件设计、编码实现、软件测试及软件维护等软件工程工作，并按要求编写出相应的文档。分别、选用传统的结构化方法和面向对象的方法，开发环境和工具不限。 三、设计成果要求 1．提交软件系统，根据完成情况给分； 2．提交设计报告文档 设计报告将从以下三个方面给分: （1）报告是否规范，符合要求； （2）报告是否完整、工作量大小； （3）文档逻辑性是否合理、语言是否流畅。 四、进度安排 （1）确定选题，进行可行性分析，开发计划 （2）软件需求分析 （3）软件设计 （4）软件实现，测试计划 （5）软件实现，测试报告 （6）验收
附录A 课程设计题目 题目一：电子商务网站建设 一个集客户购物、下订单、订单处理、销售统计等功能于一体的系统。通过浏览器，创建账户/登陆账户，让客户可以查询货物，把货物放入购物车，创建订单，通过信用卡支付等。系统划分成了多个模块，松耦合的设计架构，允许可以和多个数据源，EIS （企业信息系统）进行交互。功能如下： 1?用户 注册/登陆/忘记密码/管理个人信息 查询货物 购物车管理 提交订单 信用卡支付 查询历史购物记录 2?货物商店 接受/处理订单消息 手工接受/拒绝订单 用E-mail来通知客户 发订单给供应商 销售统计 3.供应商 接受订单 派送货物给用户 提供一个基于web的库存管理 维护库存数据库 题目二：外文图书采购系统 1?问题概述 某图书馆外文采购有两个组--征订组和验收，登记组。分别承担书籍订购和进书验收任务。为了减轻劳动强度和提高工作效率，打算采用计算机进行管理。为此，系统分析员在进行了调查研究，描述出外文采购室现行系流程。 1 ）订书组从供书单价收到订书目录，根据各单位的需要选择出要订购的书 目。
(完整word版)软件工程(第五版)--习题及答案--第三章
一、判断题 1、（√）软件需求分析阶段要确定软件系统要“做什么”。 2、（×）软件需求规格说明书可作为可行性研究的依据。 3、（√）需求分析员可以参加最后的需求评审工作。 4、（×）画数据流图时可以加少量的控制流，使加工之间有时序的关系。 5、（√）结构化分析模型的核心是数据词典。 6、（×）在数据流图中，带有箭头的线段表示的是控制流。 7、（×）在软件生产过程中，需求信息的来源是项目经理。 8、（√）需求分析阶段的任务是确定软件的功能。 二、选择题 1、需求分析最终结果是产生（B）。 A、项目开发计划 B、需求规格说明书 C、设计说明书 D、可行性分析报告 2、数据流图（DFD）是（A）方法中用于表示系统的逻辑模型的一种图形工具。 A、SA B、SD C、SP D、SC 3、需求规格说明书的作用不包括（C）。 A、软件验收的依据 B、用户与开发人员对软件要做什么的共同理解 C、软件可行性研究的依据 D、软件设计的依据 4、数据词典是用来定义（D）中的各个成分的具体含义。 A、流程图 B、功能结构图
C、结构图 D、数据流图 5、结构化分析方法（SA）是一种面向（B）的分析方法。 A、数据结构 B、数据流 C、结构化数据系统 D、对象 6、在数据词典中，以下哪一项表示允许重复0至任意次（A）。 A、{ } B、0{ } C、0{ }n D、{ }n 7、以下数据流图符号中哪一个表示加工（B）。 A、B、C、D、 8、软件开发的需求活动，其主要任务是（D）。 A、给出软件解决方案 B、给出系统模块结构 C、定义模块算法 D、定义需求并建立系统模型 9、结构化分析的核心是（A）。 A、自顶向下的分解 B、用DFD建模 C、用DD描述数据需求 D、自底向上的抽象 10、需求分析的任务是（A）。 A、正确说明让软件“做什么” B、用DFD建模 C、用DD建立数学模型 D、给出需求规格说明书 11、对于分层的DFD，父图与子图的平衡是指（B）。 A、父图与子图的输入输出数据流必须相同 B、子图必须继承父图的输入与输出流 C、父图与子图相应的输入输出数据流名字保持一致
《软件工程》课程教学大纲
《软件工程》课程教学大纲 第一部分大纲说明 一、课程性质、目的与任务 《软件工程》是计算机应用专业教学计划中一门综合性和实践性很强的核心课程，主要内容包括软件工程概述、可行性分析、需求分析、概要设计、详细设计、面向对象分析与设计、编码、软件质量与质量保证、项目计划与管理。 根据培养基层应用型人才的需要，本课程的目的与任务是使学生通过本课程的学习，了解软件项目开发和维护的一般过程，掌握软件开发的传统方法和最新方法，为更深入地学习和今后从事软件工程实践打下良好的基础。 二、先修课要求 计算机的基础知识、程序设计的知识 三、课程的教学要求 基本概念和基本知识：软件与软件工程，生存周期与软件开发模式，结构化分析、设计与编码，面向对象分析、设计与编码，软件的评审、测试与维护，项目计划与项目管理。 基本技能：能用软件工程的方法参与软件项目的分析、设计、实现和维护 重点：系统分析、系统设计、系统实现、系统维护 难点：需求分析、软件测试 四、课程的教学方法和教学形式建议 1. 本课程概念较多，因此教学形式以讲授方式（面授和电视录像）为主。 2. 为加强和落实动手能力的培养，每章课后应安排作业，作业应让学生尽可能在CASE 环境下进行。 3. 对课程中关键性概念、设计思想方面的问题可辅以课堂讨论的形式。 4. 如条件许可，应利用网络技术进行授课、答疑和讨论。 五、教学要求的层次 课程的教学要求在每一章教学内容之后给出，大体上分为三个层次：了解、理解和掌握。了解即能正确判别有关概念和方法；理解是能正确表达有关概念和方法的含义；掌握是在理解的基础上加以灵活应用。 第二部分教学媒体与教学过程建议 一、课程教学总学时数、学分数