宏基因组-扩增子分析流程：中文首发,史上最详系,零基础自学
宏基因组-扩增子分析流程：中文首发,史上最详系,零基础自
学
写在前面《扩增子分析解读》系列文章介绍扩增子分析是目前宏基因组研究中最常用的技术，由于微生物组受环境影响大，实验间重复较差，更需要更多的实验重复和分析技术来保证结果的准确性、可重复性。本系统文章叫分析解读，即有详细的扩增子分析流程代码，又有本人对使用参数、备选参数意义的解读，可以让大部分人零基础学习并理解数据分析过程，并可亲自实践在自己的课题上，获得更好、更合理的实验结果。本文采用目前最主流的扩增子测序数据类型HiSeq2500 PE250类型数据为例，结合目前主流方法QIIME+USearch优点组合定制的分析流程。本课程中所需的测序数据、实验设计和课程分析生成的中间文件，均可以直去百度云下载。
链接：https://www.360docs.net/doc/ca15281350.html,/s/1hs1PXcw 密码：y33d。学习前必读测序数据：百度云原始链接的数据是随时更新的，请尽量使用前下载链接里的文件。转存入自己的帐号内文件将不再更新，无法修正读者指出的错误反馈。本课程代码的运行，至少需要Linux平台+安装QIIME1.9.1，我之前发布过QIIME1.9.1安装的三种方法如下：虚拟机安装：适合在Windows上学习，但分析效率低。Docker安装：Linux上最
简单的安装方法，需要管理员帮忙并给你开通部分权限。管理员直接安装：直接安装QIIME1.9.1相关的上百个程序和包，不同环境依赖关系不同，需要极丰富经验，建议管理员安装。
以上三种方法均可点击链接有详细教程，总有一款适合你。本套流程主要依赖QIIME1.9.1。之前发布的QIIME2不是QIIME的升级版，而是完全独立的分析系统，两者没有任何通用的地方，而且现在还不成熟，明年才有稳定版。请读者千万别混淆。不要再犯用QIIME2系统运行本教程扩增子分析流程解读，无法找到相关程序的错误。其它不在QIIME流程中的相关软件，我在教程里提供简单的安装方法，使用前仔细阅读教程操作即可。扩增子分析流程目录先看一下扩增子分析的整体流程，从下向上逐层分析。
扩增子分析流程，主要包手下面7部分，共21小节。1质控,实验设计,双端序列合并
查看原始数据的质量，编写合格的实验设计用于分析，双端序列合并为单端的扩增子序列；2提取barcode,质控及样品拆分,切除扩增引物
将Barcode序列从序列中拆除，筛选高质量的测序结果并标记文库中每条序列中的样品来源，最后切除扩增时使用的引物；3格式转换,去冗余,聚类
转换QIIME生成fasta格式为Usearch要求格式；使用
Usearch对序列去冗余并筛选高丰度，极大降低下游计算量和去除噪音；最后使用用Usearch聚类生成OTU，默认会
组内自动去除大量嵌合体；4去嵌合体,非细菌序列,生成代表性序列和OTU表
本讲详细讲了嵌合体的概念，并使用参考数据库去除嵌合体；学习基于参数数据库筛选细菌序列，这些都是可选的操作，根据实际情况决定是否需要，最终生成高质量的OTU序列
作为参考序列；5物种注释,OTU表操作
这部分采于不同数据库进行细菌或真菌注释；同时根据实际情况，对OTU表进一步按样品、丰度、物种等条件筛选；6进化树,Alpha,Beta多样性
将OTU多序列比对生成进化树，为依赖进化关系的计算方
法提供输入文件；再进行多种Alpha和Beta多样性的计算；7物种分类统计,筛选进化树和其它
对物种进行分类统计,筛选高丰度结果用于进化树展示，和其它用于R统计分析的结果生成。写在后面以上流程，是本人基于多篇高水平文章的解读、同类流程分析流程帮助的阅读和自己理解的产物，不足之处，还请大家多留言讨论或指正。具体的分析步骤的使用，最重要的是相关项目经验，其次是对课题科学问题的深入理解。自己能想清楚，自然知道如何分析更合理。大家不要迷信流程一次可以分析出想要的结果，好的结果一般都是经过不断思考，不断优化和改进分析参数
和方法得出的。发表前修改流程重新计算30次不算多。这部分大家学会了，可以基于以上流程生成的文本信息。采用R语言进一步统计分析，并绘图各种出版级的图片。我将会从下周起开始发布，第一季扩增子绘图有8种常用图型的绘图，及相关的统计方法，与扩增子图表解读的顺序相对应哦！希望本课程对大家有帮助！！！想了解更多宏基因组、16S分析相关文章，快关注“宏基因组”公众号，干货第一时间推送。系统学习生物信息，快关注“生信宝典”，那里有几千志同道合的小伙伴一起学习。
宏基因组分析和诊断技术在急危重症感染应用的专家共识
宏基因组分析和诊断技术在急危重症感染应用的专家共识 感染是急危重症患者死亡的主要原因之一。近年来，随着新发病原微生物的出现、耐药病原微生物的增多以及免疫抑制宿主的增加，感染的发病率和死亡率仍居高不下，脓毒症(严重感染)患者病死率高达50%[1-3]。最新调查研究发现，中国脓毒症相关性标化死亡率为66.7例/10万人口，全国每年共有脓毒症相关性死亡病例近103万例[3]。重症感染起病急、进展快、病原体复杂，短时间内能否明确致病病原微生物至关重要。 传统的病原微生物检测方法主要包括形态学检测、培养分离、生化检测、免疫学和核酸检测。因操作简单、快速、技术要求不高，同时具有一定的诊断敏感性和特异性，目前仍在临床上广泛使用。但传统的检测方法在敏感性、特异性、时效性、信息量等方面存在局限，而且对于未知或者罕见的病原微生物，无法快速识别。 基于宏基因组新一代测序技术(metagenomics next-generation sequencing，mNGS)不依赖于传统的微生物培养，直接对临床样本中的核酸进行高通量测序，然后与数据库进行比对分析，根据比对到的序列信息来判断样本包含的病原微生物种类，能够快速、客观地检测临床样本中的较多病原微生物(包括病毒、细菌、真菌、寄生虫)，且无需特异性扩增[4-8]，尤其适用于急危重症和疑难感染的诊断。 为了规范运用mNGS进行病原微生物的诊断、正确解读检测结果和指导治疗，我们组织了急危重病、感染病学和病原微生物学相关领域的专家，制定了本共识。 1 mNGS分析和诊断技术是急危重症感染快速、精准诊疗的发展方向 新一代测序技术是一个开放的分析和诊断系统，目前已经纳入的病原体有8000多种，其中包括3000余种细菌、4000余种病毒、200余种真菌和140种寄生虫，为疑难危重症及罕见病原微生物感染的诊断提供了有效的技术手段。 自2008年成功应用于临床诊断新发病原体感染以来[9-10]，目前mNGS技术已经逐步用于临床疑难感染诊断，如华山医院张文宏团队[11]用mNGS协助确诊猪疱疹病毒的跨物种传播，并给予针对性治疗使患者痊愈，深圳市第三人民医院用mNGS确诊了一例罕见阿米巴脑炎[11-12]。 mNGS对脓毒症、免疫抑制宿主并发严重感染、重症肺部感染等疾病具有较高的临床应用价值，能够快速、精准地找到病原体；另外对于抗菌药物治疗方案的制定和治疗效果的评估具有一定的指导作用[9-16]。Long等[17]研究发现血培养联合mNGS诊断细菌或真菌感染，阳性率较单用血培养显著升高。以健康人群为基线，建立每种微生物在正常人群中的分布情况模型，进而计算脓毒症指数来评估检出微生物的核酸数量，Crumaz等[18]发现在脓毒症患者血液标本中病原菌的脓毒症指数绝对值、丰度显著升高，而且其变化与临床治疗效
宏基因组实验计划
宏基因组实验计划
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宏基因组学方法研究明永冰川的初步实验计划 起草人：李浩宇 宏基因组学研究方向及意义 研究：环境胁迫对集体遗传变异的过程和机理。 发掘:环境应激和应答基因的多态性。 探究：多态性基因的功能。 实验大体步骤:
I.环境样品的采集: 1）避免人源污染,采样的器具都要高温灭菌,采样过程中要戴手套。 2) 样品的迅速处理保存。有条件最好用液氮冷冻运输,没有条件可以将装有样品的容器至于干冰泡沫箱中。带回实验室之后要尽快处理，特别是固体样品,迅速用预冷缓冲液（多为PBＳ)重悬，离心收集沉淀。分装成小份,冻存于液氮或者‐80 ℃冰箱中，避免反复冻融。 3）如果后续用间接法提取总ＤＮA 的话,此处需要收集菌体，采取的策略是稀释之后的差速离心，一般适用于水样。 IＩ.DNA提取方法的选择： 总ＤNＡ的提取按照处理样品方式的不同划分为直接提取法和间接提取法。 直接提取法就是直接对样品进行裂解，释放其中的DNA。 间接提取法则是先分离样品中的微生物，后对微生物进行裂解。两种方法的适用范围不同，各自都有优缺点。 直接提取法的优缺点:直接提取法多用在提取固体样品(如土壤、污泥、湖泊沉积物等）总DNA 的试验中。其最大的优点在于得率高,在某些环境样品总DNA 提取实例中,比间接提取法高数倍至数百倍。造成这种情况的最主要原因一是环境样品中存在丰富的胞外DＮA;二是许多微生物与基质形成复杂的结构,间接提取法不易对其进行分离。在样品较珍贵时多采用此法。其缺点同样明显,所得DＮA的纯度远不及间接提取法所得，基质中含的腐殖质一并被保留下来，使得所得ＤNＡ呈现黄褐色甚至黑色。 可以考虑MoBiｏ和Ｅpicenｔre的DＮＡ提取的商业试剂盒（主要用于提取土壤样品）。 间接提取法的优缺点:间接提取法则既可以用来提取固相样品总ＤNA也可以用来提取液体样品总DNＡ。在提取液体样品(如海水、河流等样品)总DNA 时，需要用抽滤的方式浓缩。与直接提取法刚好相反,其最大的优点在于提取ＤNA 纯度高，既使在提取固体样品微生物总DＮA 时，也可以用缓冲液对收集的菌体进行反复冲洗以去除表面所带杂质。其缺点是DＮA 得率低。? 土壤ＤNA 直接提取法：
零基础英语自学方法 自学英语最快的方法
零基础英语自学方法自学英语最快的方法零基础英语自学方法自学英语最快的方法 当今世界，英语是全球通用语言，说一口流利顺畅的英语是很多人的梦想。但是身为学习者的你是不是不知道该从何学起呢?下文给大家整理了《零基础英语自学方法自学英语最快的方法》，仅供参考! 零基础英语自学方法 第一步学音标，可以看看网上的一些免费的视频教程就行了。 第二步，背单词，没有单词量什么都做不了，可以用单词风暴这种真正有用的软件背单词，也是目前我用过的功能最强大的背单词软件，百度搜单词风暴官网，下载一个单词风暴就行了，快节奏的现代人么，速记最重要。每天固定用半小时最多1小时就可以了，如果词汇量真的特别少就要再多一点时间，里面有些好玩的背单词游戏我比较喜欢，通过游戏背单词，又好玩又真的能记住单词，多快活。 第三步，找个合适的教材，比如新概念，有免费视频可以百度到的，跟着学就行了，里面的语法什么的老师都会讲的。也可以报名沪江网校之类的可以上课的网上课程，比较方便和便宜。 第四步，平时的积累和练习，多看看外国的大片什么的培养语感顺便放松休闲，多听英语新闻节目，VOA什么的，。 第五步，多光顾一些英语网站，看看大家是怎么谈论自己学英语的方法的，搜集一些自己感兴趣的方法和内容来学，带着兴趣比枯燥的学有效多了。 零基础分步骤学习英语 1.首先，最基础的，把二十六个字母搞清楚，清楚它们的发音。 2.第二步，准备一本比较简单的辅导书，推荐新概念英语第一册。每新学一课，都先把英语单词背熟。 3.当单词有一定积累的时候，赶紧学习音标。这个很重要，如果懂音标了，背单词就会非常非常容易。 注意每课的语法，把每个语法点都掌握好，搞清楚，要活学活用。 4.每一本书都有原音磁带，一定要多听。课文就算不背过也最好可
零基础英语学习方法总结
总结范本：_________零基础英语学习方法总结 姓名：______________________ 单位：______________________ 日期：______年_____月_____日 第1 页共7 页
零基础英语学习方法总结 高中对同学们来说已是开始了人生新的起点，对英语学习也一样，也要迈上一个新的台阶。希望大家意识到初高中的学习特点是很不一样的。高中的学习更注重自学和知识积累;学习时所接受的信息量又很大，不太可能像初中时一节课就可以把所学的知识完全掌握，高中的学习更应注重温故而知新，这除了一定的练习，大量的课外阅读也是非常必要的。下面我就具体和大家谈谈学习英语中要注意的地方和一些具体做法，希望同学们能从中总结出适合自己的方法，在学习上取得很大进步。 ●明确几个观点： 1、英语是一门工具性的学科，不是知识性的学科。 2、英语是练会的不是学会的。 也就是说不能仅满足于听懂，理解，更重要的是要反复听说读写练习。有时甚至不需要懂为什么，记住能用就行。在使用过程中，就会发现自己的语感有所提高。 3、英语新课标下的英语学习的目的是要培养学生的自主学习能力和综合运用语言的能力，学习英语不仅仅是为了考试，还为今后的工作，甚至终身服务。 ●高中三年英语学习的侧重点不同： 高一年级：重点在培养兴趣，锻炼听说能力，掌握基本的阅读方法，同时注意培养良好的学习习惯。 高二年级：坚持听说练习，着重扩大词汇量和阅读量，以提高综合运用语言的能力。 高三年级：提高语言知识的准确性和综合性，并努力提高做题技 第 2 页共 7 页
巧。。 ●学习中要注意的几点：(dos and don’ts) 1、要点滴积累，不要急于求成。 记住：rome is not made in one day! 急于求成就可能会造成消化不良，或者一事无成的结果。急于求成往往表现为对自己提出过高的要求。这样做往往会给自己很大压力，进而对自己逐渐失去信心，失去兴趣。 记住：ten minutes every day is better than ten hours in one day! 尊重记忆规律，反复是关键。 记住：always keep an english book at hand! 利用点滴时间：与其他学科穿插进行。早晨是学习英语的大好时光。 2.要树立信心，不要妄自菲薄。 “即使是天才，他出生时的第一声啼哭也不是动听的音乐。”听别人说的好，就急，自卑，否定自己。要知道别人也是练出来的。任何时候起步都不晚。要知道树立信心的过程就是不断犯错的过程。要勇于犯错，才能提高。 3.要做到博闻强识，不要只认课本 许多语言教育专家指出：语言能力的强弱与掌握语言材料的多寡成正比。语言材料输入量越大，语言能力提高越快，其中背诵是一种强化语言材料输入的好方法，是不可缺少的语言学习环节。背诵要背肯定是正确的东西。不要脱离上下文记单词。 注意生活中一闪而过的东西，如电影中，电视转播中，新闻中，报纸上，网络上出现的新的有趣的东西。 第 3 页共 7 页
宏基因组学概述
宏基因组学概述
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宏基因组学概述 王莹，马伊鸣 （北京交通大学土木建筑工程学院环境140２班） 摘要:随着分子生物学技术的快速发展及其在微生物生态学和环境微生物学研究中的广泛应用，促进了以环境中未培养微生物为研究对象的新兴学科——微生物环境基因组学(又叫宏基因组学、元基因组学，英文名Mｅｔａｇenomics)的产生和快速发展。宏基因组学通过直接从环境样品中提取全部微生物的DNＡ,构建宏基因组文库，利用基因组学的研究策略研究环境样品所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能．在短短几年内,宏基因组学研究已渗透到各个领域，包括海洋、土壤、热液口、热泉、人体口腔及胃肠道等,并在医药、替代能源、环境修复、生物技术，农业、生物防御及伦理学等各方面显示了重要的价值。本文对宏基因组学的主要研究方法、热点内容及发展趋势进行了综述 关键词:宏基因组宏基因组学环境基因组学基因文库的构建 Mａcｒo summary of Ｍetagenｏｍｉcs WanｇＹｉng，Ma Ｙi-Mｉｎｇ (BeｉjinｇＪiaoｔｏngUniｖeｒsiｔy, Inｓtitute of civiｌ enｇｉneerｉｎｇ,）Key ｗords:Metａgenｏmｅ; Ｍetagenoｍiｃs;The eｎviｒｏｎｍental genｏmics 宏基因组学（Meｔａgeｎomｉｃｓ)又叫微生物环境基因组学、元基因组学。它通过直接从环境样品中提取全部微生物的DNＡ,构建宏基因组文库,利用基因组学的研究策略研究环境样品所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能。它是在微生物基因组学的基础上发展起来的一种研究微生物多样性、开发新的生理活性物质（或获得新基因）的新理念和新方法。其主要含义是:对特定环境中全部微生物的总DNA(也称宏基因组，metａgeｎomｉc)进行克隆,并通过构建宏基因组文库和筛选等手段获得新的生理活性物质；或者根据ｒDNA数据库设计引物,通过系统学分析获得该环境中微生物的遗传多样性和分子生态学信息。 1.起源 宏基因组学这一概念最早是在19９８年由威斯康辛大学植物病理学部门的Jo Haｎｄelsman等提出的,是源于将来自环境中基因集可以在某种程度上当成一个单个基因组研究分析的想法，而宏的英文是"meta－"，具有更高层组织结构和动态变化的含义。后来伯克利分校的研究人员Kevin Chen和LｉoｒPaｃｈｔer将宏基因组定义为"应用现代基因组学的技术直接研究自然状态下的微生物的有机群落,而不需要在实验室中分离单一的菌株"的科学。 2 研究对象 宏基因组学(Ｍeｔagenｏｍics)是将环境中全部微生物的遗传信息看作一个整体自上而下地研究微生物与自然环境或生物体之间的关系。宏基因组学不仅克服了微生物难以培养的困难, 而且还可以结合生物信息学的方法, 揭示微生物之间、微生物与环境之间相互作用的规律, 大大拓展了微生物学的研究思路与方法, 为从群落结构水平上全面认识微生物的生态特征和功能开辟了新的途径。目前, 微生物宏基因组学已经成为微生物研究的热点和前沿, 广泛应用于气候变化、水处理工程系统、极端环境、人体肠道、石油污染、生物冶金等领域, 取得了一系列引人瞩目的重要成果。 3 研究方法
零基础自学英语资料汇总(一)
零基础自学英语资料汇总(一) 新概念英语第一册学习资料免费下载：vickey新概念英语 新概念英语第一册视频免费下载：vickey新概念英语视频从零开始学语法：英语中的八种词性 Words are used to form patterns of English grammar and syntax. Each word falls into one of eight categories referred to as parts of speech. Here are the eight commonly recognized parts of speech. 英语的语法和句法中也会形成词的类型。每个词都会被归为八类中的一类，这里我们要讲的就是英语中八类最常见的词性。 Certain words have further categorization such as: adverbs of frequency: always, sometimes, often, etc. or determiners: this, that, these, those . However, the basic categorization of words in English fall into these eight categories. 具体的词还会有更进一步的分类，比如always(总是), sometimes(有时), often(经常)等等这些被叫做频率副词，还有this(这个), that(那个), these(这些), those(那些)被叫做限定词，不过基本的英语词类还是有这八类的。 The Eight Parts of Speech 八种词类 Noun 名词
成人英语零基础教学方法
教学计划 1、先从音标开始，学好音标。再慢慢地从读、写、听、说四个方面去抓，可以边学语法边练习。 2、授课最重视的步骤是，大声朗读和各种背诵。大声朗读是学好英语的关键，这对于培养语感是很有帮助的。关于背诵，看学习的进度来安排，基本上是单词、词组、句子、短文……这样循序渐进的。 3、每次课结束都会留作业，刚开始基本上是背诵的作业。在学到差不多的时候，会布置一些翻译练习或者是短文阅读训练。 4、在课堂上会穿插一些英语口语的练习，现在不是要应试教育，所以更需要学以致用。 教学步骤 一、做测试卷，看学员基础 通过测试卷，看大概要从什么等级开始教起。 二、学习音标，同时背诵单词 音标是学习英语的关键，一共学习的国际音标有48个。在教音标的同时，背诵部分单词，打好基础。每次上课都会需要背诵单词，听写。【期间会使用一本初中英语单词教科书，主要是用来熟悉音标，以及之后每次课堂的单词背诵。】 三、学习语法，跟上“读”和“说” 在单词基础慢慢打稳的前提下，开始学习语法，配套学习一些简单句和复杂句。通过课堂练习，如翻译题，选择题等来巩固语法。 四、练习如何写 虽然学员的要求是“看到会说，认得出来”，但在实际教学中，如何写也是需要注意的。写这方面的锻炼会在语法教学基本结束的时候，再做要求。 五、在课堂之外，学员可以通过以下四点来帮助促进学习英语。 1、大声朗读。在学习了新的只是之后，一定要注意大声朗读，帮助记忆。 2、多听。在日常生活中，要注意听英语，不管是欧美歌曲还是欧美电视剧电影都可以，
这不仅能培养学习英语的兴趣，还可以增强语感的培养。 3、多说。这对于一个初学者来说，是比较困难的，但随着学习的深入，这个练习也是不能缺少的。 4、要对英语一直保持着新鲜感，这样才能越学越有感觉，越学越好。
成人零基础学英语方法
成人零基础学英语方法 1、建议选择新概念，这是一套很经典的教材，从易到难，遵循了难度逐渐增加的原则、 2、你可以以新概念作为基本学习材料，然后逐渐接触成考英语的真题，通过真题更好更直接的了解成考英语。 3、针对于听说，你可以在前期拿新概念英语作为精听材料，在接触成考英语以后以真题听力作为听力材料;在整个学习英语的过程中，听说读写是贯穿在一起的，比如在学习新概念的时候，你就需要借助于新概念去分别联系听说读写;关于翻译的环节在你复习初期不建议学习，因为在没有掌握很多语法知识的情况下，可能翻译出来的会是中式英语。 4、建议报一个网络课程进行学习，这样学习比较有指导性。还有在整个学习过程中要注意做好学习笔记，要经常温习。 互联网上大部分的网页都是使用英语。每天都在传播着无限的信息，其中一些要求读者会英语才能理解。运用英语与来自世界各地的人在聊天室里交谈，发邮件和享受其他服务。 提升你的职业生涯 如果你想在商场一展拳脚，英语绝对是一件制胜法宝。我们都要同那些说英语国家互通贸易，因此英语也作为一种通用语言而被大部分国家使用。墨西哥的工程师通过英语从他的中国朋友那里得到了技术帮助，这种事情现在已经很普遍了。如果你精通英语，那么你就可以从美国的技术人员和专家那里得到对公司有益的支持。你也可以与那些把英语作为商业语言的国家做生意。现在很多公司都把员工的英语水平作为薪水的支付标准。即使在你自己的国家，英语也能帮助你获得更好的待遇。 求职
学习英语最重要的始终是运用，因此，听力和口语是非常重要的! 1)可以便利地进行文字学习、复读、听写、配音、角色扮演。 2)可以逐段学习记录任意多的AB段，需要的时候，调出来，自 动定位。 3)可以逐句学习可以对每一句进行复读、听写、配音、角色扮演。可以抽取生词和重点等进行复习和测试。 4)配音便利，无限时长可以对任意片断进行配音，保存为MP3。 这样，你就可以自由地进行口语练习了! 猜您感兴趣：
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宏基因组学的一般研究策略 摘要: 宏基因组学是目前微生物基因工程的一个重要方向与热点。它把微生物的总群体特性与基因组学实验手段结合了起来，包括从环境样品中提取总DNA、再用可培养的宿主微生物建立文库及筛选目的克隆和基因。该法是研究不可培养微生物、寻找新的基因和开发新活性产物的重要新途径。它避开了微生物分离、纯化和培养的步骤,大大扩展了微生物资源的利用范围。本文旨在介绍宏基因组学的一般研究方法并结合我们的实验情况,对这一崭新领域中的最新研究策略进行了简要综述。 关键词: 宏基因组学, 不可培养微生物, 文库构建, 文库筛选，研究策略 Strategies for accessing metagenomics for desired applications Abstract: Metagenomics is a new field of microbial genetic engineering. It has the characteristics of microbial ecology and the methodology of genomics. Metagenomics includes genomic DNA isolation, library construction and screening strategies, and can be used in the discovery of new gene and biocatalysts and in the study of uncultured microorganism. Metagenomics can overcome the advantages of isolation and cultivation procedures in traditional microbial method, and thus greatly broaden the space of microbial resource utilization. In this paper, we mainly reviewed the metagenomic methodology, together with the latest advances and novel strategy in this research field. Keywords：Metagenomics; Uncultured microorganism；Library construction；Library screening Research strategies 大自然中蕴藏着无数具有重要价值的微生物及其活性产物,也是新基因及生物学资源的重要源泉，对其进行研究成为微生物学和分子生物学研究的一个重要方向。然而人们现在能够培养与利用的不到环境中总微生物的1%[1]。宏基因组学(metagenomics)是直接从环境样品中提取全部微生物的总DNA, 避开了分离、纯化和培养微生物的过程来构建宏基因组文库,用基因组学的研究策略来研究环境样品中的总微生物的组成及其在群落中的功能等。现在,宏基因组学技术方法已在微生物多样性,微生物细胞间的相互作用,新基因和新型生物催化剂的开发，新的抗生素的开发及环境生态等方面得到了广泛应用[2]。本文旨在介绍宏基因组学的一般实验方法并结合我们的研究情况,对这一崭新领域中的最新研究策略进行了简要综述。深化了我们对这一学科的认识,促进了该学科的进步。 1 宏基因组学研究策略 1.1宏基因组学概要 宏基因组学是Handelsman等于1998年提出的[3], 可见是一门很新的学科，其随着基因组实验手段，生物信息学和测序技术等的日新月异也迅猛发展了起来，这个新学科是以环境样品的总微生物基因组为实验对象，通过测序分析、文库评价、产活性物质及其基因的克隆的获取和基因功能的鉴别，对微生物种群组成与生物量、生态学关系、生物化学关系与环境关系以及功能活性进行研究[4]。其主要过程包括样品和基因的富集和提取; 宏基因组文库的构建; 目的基因的筛选; 目的基因活性产物的表达(图1)。 1.2 微生物及其基因的富集 在文库筛选过程中由于目的基因比例较小, 对环境中微生物的富集不但可提高基因总量，有利于基因的提取，还可增加目的基因的比例，如Kouker 等用橄榄油富集产脂肪酶的微生物收到了很好的效果[5 ]，橄榄油不仅可作为底物，还可诱导脂肪酶的合成。目前富集技术主要分为细胞水平和基因水平。其中细胞水平主要是用选择培养基来富集某些微生物, 常
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宏基因组测序技术检测方法
宏基因组测序技术检测标准 简介： 宏基因组测序介绍 宏基因组学是以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象，通过现代基因组技术手段包括功能基因的筛选和测序分析，对环境中微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系以及环境之间的关系进行研究的新的微生物研究方法。随着高通量测序技术的发展，为宏基因组学研究提供了新的理想研究方法。高通量测序的方法无需分离环境中各种微生物，也无需构建克隆文库就可以直接对环境中所有微生物进行测序。可以真实客观的反映环境中微生物的多样性、种群结构、进化关系等。目前又可以分为针对16s DNA/18sDNA/ITS测序和针对宏基因组全序列的测序研究。下面就是对这两者的具体介绍。 一、16s DNA/18s DNA/ITS测序 16sDNA是最常用的微生物物种分子鉴定的标签，，通过对样品中16sDNA测序可以鉴定其中微生物物种的丰度和分布情况。目前，普遍使用Roche 454平台来对环境样品进行16s DNA测序。因为16s DNA序列比较相似，读长短的话，难以进行有效的比对，而454平台的平均读长在400bp左右，可以很好的避免此类问题。 二、宏基因组全测序 在这种测序方式中，我们可以假定一个环境中的所有微生物就是一个整体，然后对其中所有的微生物进行测序。这样我们就可以研究样品中的功能基因以及其在环境中所起的作用而不用关心其来自哪个微生物。可以发现新的基因，可以进行基因的预测，甚至有可能得到某个细菌基因组的全序列。此外，该项测序不单可以针对DNA水平，也可以针对全RNA进行基因表达水平的研究。 样品处理：
宏基因组样品收集主要有口腔，下呼吸道痰液，下呼吸道灌洗液，皮肤和粪便。样品采集遵照样品采集规范（人）所规定的操作来进行。尽量留足备份样品。核酸提取： 宏基因组核酸提取主要有两种方法：膜过滤法和直接裂解提取。对于液体样品如痰液，灌洗液两种方法都适用，对于固体样品如粪便宜采用直接裂解的方法。核酸提取后用NanoDrop ND-1000测定，260/280 = ， 260/230 = ，电泳检测DNA 应是完整的一条带。 测序Sequencing 1)16S/18S测序： Sanger测序： 用于低通量的16S/18S DNA测序，提取宏基因组后，首先通过PCR将16S/18S 序列扩增出来，再将其连接到克隆载体上，导入感受态细胞，涂平板做蓝白斑筛选，选出阳性克隆提质粒，对质粒进行测序反应，测序反应后纯化后用ABI 3130或ABI 3730进行毛细管电泳测序。 由于其测序准确率比较高，而通量非常低，现通常用做二代测序结果的验证。454 Platform： 454平台主要包括两种测序系统：454 GS FLX+ System和454 GS Junior System。454 GS FLX+ System测序读长可以达到600-1000bp，通量450-700M，GS Junior System测序读长在400bp左右，通量在35M。
宏基因组实验计划
宏基因组学方法研究明永冰川的初步实验计划 起草人：李浩宇 宏基因组学研究方向及意义 研究：环境胁迫对集体遗传变异的过程和机理。 发掘：环境应激和应答基因的多态性。 探究：多态性基因的功能。 实验大体步骤：
I.环境样品的采集： 1）避免人源污染，采样的器具都要高温灭菌，采样过程中要戴手套。 2）样品的迅速处理保存。有条件最好用液氮冷冻运输，没有条件可以将装有样品的容器至于干冰泡沫箱中。带回实验室之后要尽快处理，特别是固体样品，迅速用预冷缓冲液(多为PBS)重悬，离心收集沉淀。分装成小份，冻存于液氮或者‐80 ℃冰箱中，避免反复冻融。 3）如果后续用间接法提取总DNA 的话，此处需要收集菌体，采取的策略是稀释之后的差速离心，一般适用于水样。 II.DNA提取方法的选择： 总DNA 的提取按照处理样品方式的不同划分为直接提取法和间接提取法。 直接提取法就是直接对样品进行裂解，释放其中的DNA。 间接提取法则是先分离样品中的微生物，后对微生物进行裂解。两种方法的适用范围不同，各自都有优缺点。 直接提取法的优缺点：直接提取法多用在提取固体样品(如土壤、污泥、湖泊沉积物等) 总DNA 的试验中。其最大的优点在于得率高，在某些环境样品总DNA 提取实例中，比间接提取法高数倍至数百倍。造成这种情况的最主要原因一是环境样品中存在丰富的胞外DNA；二是许多微生物与基质形成复杂的结构，间接提取法不易对其进行分离。在样品较珍贵时多采用此法。其缺点同样明显，所得DNA 的纯度远不及间接提取法所得，基质中含的腐殖质一并被保留下来，使得所得DNA 呈现黄褐色甚至黑色。 可以考虑MoBio 和Epicentre的DNA提取的商业试剂盒(主要用于提取土壤样品)。 间接提取法的优缺点：间接提取法则既可以用来提取固相样品总DNA 也可以用来提取液体样品总DNA。在提取液体样品(如海水、河流等样品)总DNA 时，需要用抽滤的方式浓缩。与直接提取法刚好相反，其最大的优点在于提取DNA 纯度高，既使在提取固体样品微生物总DNA 时，也可以用缓冲液对收集的菌体进行反复冲洗以去除表面所带杂质。其缺点是DNA 得率低。
零基础学英语的步骤
零基础学英语的步骤 零基础学英语的步骤第一步：掌握音标 音标是英语(课程)学习中最基本的要素，学好音标可以帮助你正确发音。很多初学者都不重视这个环节，以至于学了多年英语仍要回过头来重新学习音标，一些发音习惯已经根深蒂固了，纠正起来可要下一番功夫。不管你处于哪个学习阶段，要记住，音标不可丢!那么，音标如何学习?开始张口练习是关键! 首先，反复练习朗读音标，感受每个音标的发音特点和区别，尤其是元音;单个音标可以准确读出之后，接下来就是读单词，练习辅音元音结合后的发音;最后就是句子的练习了，找一些简单的日常对话来朗读。建议大家将自己的朗读录下来，回过头去听，找出读得不好的地方加强练习。音标——单词——句子，这是个循序渐进的过程，也是发音练习最基本的步骤。 第二步：养成英语思维习惯 相信大家对“中式英语”不陌生，很多人在说英语的时候直接按照脑子里的汉语意思逐字翻译出来，这就是由于缺乏英语思维习惯造成的。如何避免“中式英语”? 可以试试用英文写日记的方法，每天写几个句子，句式不一定要很复杂，能用符合英语的习惯表达出来就好。此外还要开口说，或许一开始你说出的甚至不是一个完整句子，但是不要放弃，坚持练习。
第三步：夯实基础 虽说英语口语中并不过分拘泥语法，但口语句子的组织并不是杂乱无章的，词也不能过于随心所欲，所以打好英语基础还是很必要的。良好的功底可以帮助你更正确地组织语句，丰富的词汇量可以使你的表达更灵活，口语常识和句子的累积可以让你说出更地道的英语。所以很多初学者在学完音标之后，都会选择学习一些教材打基础。新概念第一册就是不错的选择，它涵盖了比较基础的句式和日常对话，在学习知识的过程中可以积累常用的口语句子，夯实基础和学习口语两不误! 第四步：锻炼听力培养语感 在英语口语中，“听”是很重要的一部分。只有听懂对方说什么，才能给出正确回应。那么应该怎么听?初学阶段不用听太复杂、太难的材料，平常可以多听听英文歌，对照歌词唱一唱。此外还可以看英文电影和美剧，有资源的话尽量看双语字幕的，边看边学习，看看生活中一些话是怎么用英语表达的。电影、美剧和英文歌曲里有很多口语和俚语，可以帮助我们积累一些句子和常识。时间久了你就会慢慢能听懂一些简单的表达了! 最后：找对合适的老师 在初级阶段自学口语的确有相当的难度。所以如果你对自己的发音没有把握，或是抽不出时间来自己规划、自学，那么选择一个合适的老师、或是合适的课程也很重要。 最后，提醒大家千万不要因为才开始学英语而不敢于开口，要知道，那些口语说得顺顺溜溜的人，都是从最简单的开始，一点点练习过来的!告别哑巴英语，需要从一开始就抓起!
宏基因组测序技术检测方法模板
宏基因组测序技术 检测方法
宏基因组测序技术检测标准 简介： 宏基因组测序介绍 宏基因组学是以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象，经过现代基因组技术手段包括功能基因的筛选和测序分析，对环境中微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系以及环境之间的关系进行研究的新的微生物研究方法。随着高通量测序技术的发展，为宏基因组学研究提供了新的理想研究方法。高通量测序的方法无需分离环境中各种微生物，也无需构建克隆文库就能够直接对环境中所有微生物进行测序。能够真实客观的反映环境中微生物的多样性、种群结构、进化关系等。当前又能够分为针对16s DNA/18sDNA/ITS测序和针对宏基因组全序列的测序研究。下面就是对这两者的具体介绍。 一、16s DNA/18s DNA/ITS测序 16sDNA是最常见的微生物物种分子鉴定的标签，，经过对样品中16sDNA测序能够鉴定其中微生物物种的丰度和分布情况。当前，普遍使用Roche 454平台来对环境样品进行16s DNA测序。因为16s DNA序列比较相似，读长短的话，难以进行有效的比对，而454平台的平均读长在400bp左右，能够很好的避免此类问题。 二、宏基因组全测序
在这种测序方式中，我们能够假定一个环境中的所有微生物就是一个整体，然后对其中所有的微生物进行测序。这样我们就能够研究样品中的功能基因以及其在环境中所起的作用而不用关心其来自哪个微生物。能够发现新的基因，能够进行基因的预测，甚至有可能得到某个细菌基因组的全序列。另外，该项测序不单能够针对DNA水平，也能够针对全RNA进行基因表示水平的研究。 样品处理： 宏基因组样品收集主要有口腔，下呼吸道痰液，下呼吸道灌洗液，皮肤和粪便。样品采集遵照样品采集规范（人）所规定的操作来进行。尽量留足备份样品。 核酸提取： 宏基因组核酸提取主要有两种方法：膜过滤法和直接裂解提取。对于液体样品如痰液，灌洗液两种方法都适用，对于固体样品如粪便宜采用直接裂解的方法。核酸提取后用NanoDrop ND-1000测定，260/280 = 1.8-2.0， 260/230 = 1.8-2.0，电泳检测DNA应是完整的一条带。 测序Sequencing 1)16S/18S测序： Sanger测序： 用于低通量的16S/18S DNA测序，提取宏基因组后，首先经过PCR将16S/18S序列扩增出来，再将其连接到克隆载体上，导
零基础自学英语资料汇总(六)
零基础自学英语资料汇总(六) 新概念英语第一册学习资料免费下载：vickey新概念英语 新概念英语第一册视频免费下载：vickey新概念英语视频从零开始学语法：不可数名词 不可数名词的语法特征 1. 不可数名词不能接受不定冠词"a, an"的限制。如果不可数名词的前面出现不定冠词"a, an"，则说明这个不可数名词已经转化了。如： There is snow on the ground. 地上有雪。 There was a heavy snow last night. 昨晚下了一场大雪。 I don't like coffee. 我不喜欢咖啡。 A coffee, please. 请来一份咖啡。 2. 不可数名词没有复数形式。有的以"-s"结尾的不可数名词并没有复数的概念。如： There's good news tonight. 今晚有好消息。 3. 不可数名词受"the"限制时，表示特指;不受任何冠词限制时，表示泛指。如： We can't live without air. 没有空气我们就不能活。 Open the window. The air is so bad. 打开窗户吧。里面的空气很不好。 It's pleasant to walk in soft snow. 在松软的雪里走很舒服。 Let's take a walk in the snow. 咱们去踏雪散散步。
4. 不可数名词作主语时，谓语动词用单数形式。如： Physics is a difficult subject for me. 对我来说物理是一门难学的科目。 5. 不可数名词不能受基数词的修饰，如果确实要表达数量关系，必需加上表示个体性的单位词。如： I'd love a piece of bread. 我要一个面包。 There are five bottles of milk on the table. 桌子上有五瓶牛奶。 这种单位词有四类： (1) 表示个数，如"piece, bit, item, article"等。例如： a bit of wood 一片木头 an item of news 一则新闻 (2) 表示形状，如"cake, slice, block, ear, bar, drop, heap"等。例如： a cake of soap 一块肥皂 a slice of meat 一片肉 a block of ice 一块冰 an ear of wheat 一穗麦子 a bar of chocolate 一条巧克力 (3) 表示容积，如"cup, bottle, bowl, bag, glass, box, tube, bucket"等，例如： a cup of tea 一杯茶
宏基因组测序讲解
宏基因组测序讲解
宏基因组测序 目的 研究藻类物种的分类，研究与特定环境与相关的代谢通路，以及通过不同样品的比较研究微生物内部，微生物与环境，与宿主的关系。技术简介 宏基因组( Metagenome)(也称微生物环境基因组Microbial Environmental Genome, 或元基因组) 。是由 Handelsman 等 1998 年提出的新名词，其定义为"the genomes of the total microbiota found in nature" , 即生境中全部微小生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因，目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和。而所谓宏基因组学 (或元基因组学， metagenomics) 就是一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象，以功能基因筛选和/或测序分析为研究手段，以微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系为研究目的的新的微生物研究方法。一般包括从环境样品中提取基因组 DNA, 进行高通量测序分析，或克隆DNA到合适的载体，导入宿主菌体，筛选目的转化子等工作。 宏基因组( Metagenome)(也称微生物环境基因组Microbial Environmental Genome, 或元基因组) 。是由 Handelsman 等 1998 年提出的新名词，其定义为"the genomes of the total microbiota found in nature" , 即生境中全部微小生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因，目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和。而所谓宏基因组学 (或元基因组学， metagenomics) 就是一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象，以功能基因筛选和/或测序分析为研究手段，以微生物多样
零基础自学英语的方法
零基础自学英语的方法 零基础自学英语的方法 英语学习是路漫漫其修远兮的过程，因此长期而坚定的血虚毅力是英语学习的前提，并制定好英语学习的计划和目标，为之努力前行。学习不是压力，不是猜测，而是探索未知知识的渴望和欲望。 就像乔布斯曾说：“所谓初学者的心态是指：不要无端猜测、不要 期望、不要武断也不要偏见。初学者的心态正如一个新生儿面对这 个世界一样，永远充满好奇、求知欲和赞叹。” 对于零基础学英语，最重要的就是夯实所有的英语基础，从零开始，从48个音标学习开始，到单词的学习，语法的学习，构建一个 完整可靠的英语知识体系。 音标：一定要学会标准的发音，而不是谐音。音标在整个英语学习的过程中 起着非常重要的作用，学好了音标，对接下来的单词、口语学习都有很大的帮助。遇到任何单词你都会读，而且记单词也不费劲。 词汇：要想积累词汇量,你可以先找一些单词比较简单的词本来背,同时结合阅读来提高词汇的积累! 语法：单词积累开始以后,也要开始进行语法的学习了.一般现在时,过去式和将来时都是最基本最简单的了。可能有些人会说，这些 我都知道，但学起来感觉还是很费力费时，而且还不系统，像一盘 散沙，坚持一段时间就坚持不下去了??如果是这样，建议你考虑一 下刚刚给你介绍的winkey在线英语。他们会根据你的英语水平和学 习目标制定一个相适应的学习方案，外教老师也有自己的学习方法，帮助你有效的学习语法，提高英语口语能力。 如果零基础的话,先音标,学会正确发音然后积累单词,再慢慢学 习语法。但是你也不可以忽略听力和口语，还有写作也需要培养。 这就要配合你个人的学习进度和能力啦。
零基础自学英语的方法：要有针对性的提升 对于在职人士而言，对于英语学习最重要的就是能用，比如：主要想提升英语口语，英语写作，商务英语，职场英语等，因此，学习英语的内容也是有针对性的，这样才能真正做到学以致用，并也能体会一门语言的真实魅力所在。其实英语学习的方法有很多种，只要能找出一种适合自己的，就一定能够取得成功，相信自己。
大学零基础英语学习方法
大学零基础英语学习方法 大学零基础英语学习方法一坚持良好的英语学习习惯 进入大学，第一件事就是要保持自己已经养成的好习惯，尤其是坚持好的英语学习习惯。新东方在线个人学习产品总监辛向晖老师认为，英语课程应该维持良好的延续性，在进入大学校园最为关键的第一年，就是要坚持好习惯。比如，每天早上安排一个小时的固定晨读时间，读《china daily》和《21st century》都可以，或者直接拿课本来读，培养语感和积累丰富的英语词汇。还有就是，坚持做题的习惯，进入大学后还有很多考试，像英语四级、六级，期末考学期考，有的同学还要准备考研英语、托福、雅思等出国考试，这些都需要我们保持做题的专注度，每天坚持做一两篇阅读，时刻保证一种积极的应试状态。 此外，要对学校的学习资源进行细致的考察，充分了解一些公共资源，比如了解英语角等可以锻炼英语听说的活动，了解图书馆的英语藏书位置等等，并充分利用。目前国内许多高校的图书馆都有多媒体学习库，大家也可以通过这些电子资源进行学习。 在对大学生活逐步了解之后，同学们就需要考虑一下自己的未来了，是继续读研，深化专业学术研究能力?还是选择出国，在新环境里提升自我能力与修养?或者会直接走向工作岗位?对未来的打算不同，在提升英语成绩方面要有侧重点，比如如果打算考研的话，英语提升的重点就要放在阅读上，因为考研英语比较注
重阅读。“如果未来打算出国的话，侧重点就又不同了，提升英语实际应用的能力就很重要了。”辛向晖认为，不同的考试有不同的特点，准备方式也大相径庭，所以要有针对性的准备。 大学零基础英语学习方法二上好每一堂课 大学英语课文一般较长，词汇量大，指望在课堂上把知识点全部掌握是不大可能的，因此课前预习就成为决定是否学好英语的第一个重要环节。预习时，最好先独立阅读课文理解大意，碰到不懂的单词先猜词义，看第二、三遍时再参考课文后面的单词表或字典，实在理解不了的句子就作记号等上课时解决或查阅参考书。要充分利用课本配备的光盘，课前自学可以达到事半功备的效果。 课堂学习就是上课认真听讲并积极参与各种课堂活动。随着老师课堂授课进度适时反应，参与口头、笔头活动，可以大大提高自己的英语思维能力、临场应变能力和口语水平。 课后复习阶段，除了要熟读课文、记住所学的单词和短语、尽量背下课文中一些比较精彩的段落外，还要适当通过课后练习来巩固记忆。单词一定要在课文记，因为只有在具体的语境中记单词你才会懂得怎么去用，这样才能记得更牢。 大学零基础英语学习方法三积极应对四、六级考试 无论未来如何打算，大学英语四、六级考试是每一个大学生必须重视的项目。作为大学阶段最为重要的两个考试，许多学校也对四级、六级进行了硬性规定，将四级与学位挂钩，甚至要求通过六级才可申请优秀毕业生等等。 四、六级考试辅导名师赵建昆表示，高中英语的侧重点是语