不同种源乳源木莲苗高生长情况及树高差异分析

不同种源乳源木莲苗高生长情况及树高差异分析
不同种源乳源木莲苗高生长情况及树高差异分析

收稿日期:2010-05-10

作者简介:连大鹏(1970-),男,工程师。研究方向:森林经营管理。

不同种源乳源木莲苗高生长情况及树高差异分析

连大鹏

(福建省松溪国有林场,福建松溪353500)

摘要:通过对来源于6个地区的19份乳源木莲种源的苗高生长状况及树高性状进行调查,利用方差分析对不同种源乳源木莲苗高及树高进行研究。结果表明,不同种源苗高生长都有较好的反映,都呈逐步生长的趋势。在树高性状上,乳源木莲不同地理种源间树高性状存在显著差异,最高的为福建松溪种源,是最矮的福建永安的1.65倍。关键词:乳源木莲;种源;苗高生长;树高差异中图分类号:S725.5

文献标识码:A

文章编号:1673 0925(2010)02 0094 04

Analysis of seedling gro w t h and height difference of M ang lietia

yuyuanensis in different provenances

LI A N Da peng

(State owned Fo rest F ar m o f Songx i i n Fu jian Prov i nce ,Songx ,i Fu jian 353500,Chi na)

Abstrac t :Based on i nvestigati on o f seedli ng gro w t h and heigh t charac ters in 19provenances M ang lieti a yuyuanensis fro m 6reg ions ,by var i ance analysis ,it i s d iscov ered that the seedli ng s grew w e ll i n d ifferent provenances .M eanwhil e there w as si gn ifi cant d iffer ence i n he i ght characters among d iffe rent geog raph i ca l provenances o f M.yuyuanensis ,the h i ghest was Songx i prov enance i n Fu jian 1.65ti m es h i gher than the sho rtest ,Y ong an provenance i n Fuji an .

K ey word s :M anglieti a yuyuanensis ;provenance ;seedli ng g row th ;height d iffe rence

常绿阔叶林是亚热带地区的地带性植被,对维护我国广大南方地域的生态平衡、涵养水源、调节气候

及提供多种林产品起着极其重要的作用。乳源木莲(M ang lietia yuyuanensis )属木兰科、木莲属的常绿大乔木,别名狭叶木莲、狭叶野厚朴,是优良乡土速生用材和生态造林树种。高达20m,胸径达60-80c m,干形通直圆满,冠幅中等,适宜营造用材林和防火林带以及和杉木、马尾松混交造林,同时因其花大芳香,树形优美,也是优良的园林绿化树种。浮源木莲自然分布于广东北部、湖南南部、江西南部、安徽南部、浙江和福建,生于海拔500-1200m 的阔叶林中,同乡土树种观光木、深山含笑、福建含笑均属濒危的珍稀树种,对这些树种的保护及异地繁育,对保护生物多样性、丰富造林树种资源具有现实意义。

近年来,乳源木莲在浙江、福建、江西等省的速生丰产用材林基地建设及针叶林阔叶化改造中受到广泛的重视。本文通过将不同种源地乳源木莲种子进行引种,对其引种后的幼苗生长及树高状况进行分析,以期揭示地理环境对乳源木莲种子特性及幼苗生长的影响,为优质乳源木莲种源的筛选和乳源木莲种子的生产提供理论依据。

1 种源收集及试验地概况

1.1 种源选择与收集

在对乳源木莲实地踏查的基础上,确定种源采种点,在福建和浙江两省6个地方共采集19个乳源木

亚热带农业研究 Subtropical A gr i culture R esearch

第6卷第2期 2010年5月

莲的样本(表1)。

表1 供试乳源木莲的种源

T ab l e 1 P rovenances of M.yuyuanensis

代号种源代号种源代号种源代号种源1福建松溪外屯6浙江庆元隆宫11福建政和上际16福建永安上坪2福建松溪吴村7浙江龙泉赤石12福建政和掌山17福建永安大湖3福建松溪湛庐山8浙江龙泉小梅13福建沙县高桥18福建永安罗坊4浙江庆元百山祖9浙江龙泉大白洋14福建沙县夏茂19

福建永安里山

5

浙江庆元荷地

10

福建政和铁山

15

福建沙县富口

1.2 试验地概况

试验地位于福建省松溪县苗圃,地属闽浙交界仙霞岭南伸支脉。地势较平缓开阔,由北向南倾斜,海拔一般200-600m,相对高度200-400m,坡度15 -25 。气候温暖,雨量充沛,无明显旱季,少强风,少霜雪,年均温18 ,极端最高温达39 ,极端低温-7.6 。日照总时数1930h ,光照充足,年降雨量1562mm ,各季分布较均匀。相对湿度78.6%,春夏较高,秋冬稍低。无霜期286d 。土层深厚,肥力中等,立地质量等级为 级,透气和排水条件良好。该区植被多为常绿阔叶林,主要乔木树种有马尾松、杉木、木荷、青刚栎、酸枣、储拷类及樟科、木兰科一些属种,灌木有杜鹃、油茶、苦竹、鸟药、山矾、黄瑞木、幸迷木、老鼠刺、杜茎山等,草本有芒箕、五节芒、白茅、卷柏、蔗类等。

2 试验方法

2.1 采种及种子处理

参试的乳源木莲种子来自福建松溪、浙江庆元、浙江龙泉、福建政和、福建沙县和福建永安,其中前5个来源地各含3个样本,福建永安含4个样本。从种源地目的树种优树上采集种子,每一个种源采种株数不少于10株,各个产地的种子混合在一起。种子处理方法一致,统一贮藏。2.2 不同种源乳源木莲苗高生长情况调查

出苗期通常是指从播种到幼苗地上部分出现真叶、地下部分出现侧根为止。本试验分别于2004年6、10、12月对乳源木莲苗高生长情况进行调查,通过对不同种源的木莲进行每木调查,记录苗高,取其平均值。

2.3 不同种源乳源木莲性状调查

根据自然地形,将19个不同种源种子所培育的苗木设8个区组,每个区组19个小区,10株为1小区,顺坡排列(从上坡到下坡);重复沿山坡水平方向(横坡从左 右)排列,重复内各小区单行顺坡排列,重复内的立地条件基本一致,而且各小区连在一起。2005年在试验地上进行每木检尺,分别测定19个样本的树高性状等。

3 结果与分析

3.1 不同种源苗高生长分析

出苗期通常是指从播种到幼苗地上部分出现真叶、地下生出侧根为止;幼苗期是指从出苗期结束至幼苗高生长量大幅度上升为止。本试验通过对6个地区19个乳源木莲样本进行调查,对其1年的苗高生长均值进行计算。苗高生长进程见表2。由表2可以看出,各个种源都呈逐步生长的趋势,在12月份苗高均达到最大。另外,不同种源的生长差异不大,均处在一致的水平上。乳源木莲幼苗生长曲线均趋于直线,整个生长过程中没有明显的停滞期。6-10月为苗高快速生长期;10-12月为苗高生长放缓期,这一阶段苗高生长放缓既是苗木自身生长发育节律的体现,也与苗木幼小不适应气温的降低有一定关系。另

95 第2期连大鹏:不同种源乳源木莲苗高生长情况及树高差异分析

表2 不同种源乳源木莲的苗高生长情况

Tab l e 2 H ei gh t gro w t h of M.yuyuanensis i n d ifferen t provenan ces

种源

苗高/c m

6月

10月12月福建松溪11.0039.1353.63浙江庆元11.0038.5053.67浙江龙泉10.3338.6751.50福建政和

10.5037.7550.50福建沙县11.3339.6753.83福建永安

10.30

38.30

51.00

外,不同种源苗木生长情况不一样,福建沙县的树高在任何月份都处于最低水平,整个生长期生长速率均保持在一个比较低的水平,而福建政和则相反,树高比任何种源的都高。其他种源生长性状表现均较好,未发生病虫害,未遭受冻害,表现出较强的适应性。3.2 不同种源乳源木莲树高差异分析

不同种源乳源木莲树高性状调查见表3。

由表3可见,福建松溪的小区平均树高最大,说

明地理区域对种子的影响很大。因此,应尽量选择同一种源区内地理气候因子相近的地区作为种源区进行引种,以保证引种后幼苗生长状况良好。

表3 不同种源乳源木莲树高性状调查

Tab l e 3 Investigati on of height character of M.yuyuanensis i n d ifferent provenan ces

种源或家系

小区平均树高/c m

1

2345678平均值

福建松溪94.62108.82105.61100.77104.85105.6897.1999.97102.19浙江庆元94.37108.82105.96100.86104.71106.0397.33100.21102.29浙江龙泉70.5755.6754.9367.3063.6364.4052.1067.2761.98福建政和68.8573.9057.0560.9059.4549.3053.2571.0061.71福建沙县71.7072.8371.0371.1063.3050.9759.3070.8766.39福建永安

53.42

52.52

71.84

65.10

71.88

62.50

46.68

58.36

60.29表4 不同种源乳源木莲树高方差分析

Tab le 4 V ariance anal yses of height of M.yuyuanensis i n d ifferent

provenances 变异来源平方和自由度均方F 值不同重复(区组)624.56792.671.83不同地区17602.2053505.5573.44

误差1778.443548.00

总变异

19912.10

51

为进一步检验各处理及地理上的差异,对不同区组的乳源木莲树高性状进行方差分析,结果

见表4。由表4可知,乳源木莲同一种源在不同区组之间不存在显著性差异,而在不同种源间,存在极显著性差异。对6个地区的平均树高做初步分析。由表3可见,福建松溪、浙江庆元的平均树高非常接近,分别为102.19和102.29c m,而其他

4个地区的平均树高都明显低于两者(因为方差分析的结果是显著的)。

为进一步了解不同种源乳源木莲的树高性状差别,进行了多重比较(表5)。从表5可见,不同地区间树高性状差异很大,其中以福建松溪种源为最大,是最小的福建永安的1.65倍,浙江庆元、福建沙县、浙江龙泉、福建政和地区的种源次之。表6总体说明了6个地区之间的显著性差异情况。在这6个地区中,存在的差异性不一致,浙江庆元、福建松溪与福建沙县、浙江龙泉、福建政和、福建永安存在显著性差异,但福建沙县、浙江龙泉、福建政和、福建永安之间则不存在显著性差异。可见,地理区位的不同会影响种子的性状。

表5 不同种源乳源木莲的Dun can 多重比较

Tab le 5 Duncan mu lti p l e co mparis on of M.yuyuane n sis i n d i ff eren t p rovenances

地区均值浙江庆元

福建松溪福建沙县

浙江龙泉

福建政和

福建永安

浙江庆元103.073150.9812

0000福建松溪107.470890.09860

000福建沙县66.9697537.75636.07790.1767

0.18110.0966浙江龙泉64.1593940.662542.28894.44170.9392

0.6436福建政和66.9380542.002640.83294.91610.26880.6625

96 亚 热 带 农 业 研 究

第6卷

4 小结

表6 不同种源乳源木莲的显著性比较

Tab le 6 Level of si gn i fi cance co m pared of M.yuyuanensis i n

d ifferent p rovenan ces 种源地均值5%显著

水平1%极显著水平

浙江庆元107.5737a A 福建松溪112.4168a A 福建沙县69.81769b B 浙江龙泉68.18175b B 福建政和64.90158b B 福建永安

66.32136

b

B

乳源木莲是福建优良的乡土阔叶树种,然而随着天然阔叶林的无节制采伐,乳源木莲天然林资源濒临枯竭。研究和提倡乳源木莲造林无论对树种资源的保护,还是丰富造林树种资源,都具有重大意义。本研究表明,幼苗生长曲线趋于直线,不同地区的乳源木莲苗高生长情况不一样,福建沙县地区的种源苗高整个生长期生长速率均保持在一个比较低的水平,而福建政和则相反,其他种源生长性状表现均较好,未发生病虫害,未遭受冻害,表现出较强的

适应性,可以在闽北地区进行引种栽培,并可考虑作为树种结构调整的替代树种。不同种源的乳源木莲树高性状与地理位置之间有显著关系。同一地区不同区组(重复处理)不存在显著性差异,而不同地区间的性状差异很大,其中树高最高的为福建松溪种源,是最低的福建永安的1.65倍,浙江庆元、福建沙县、浙江龙泉、福建政和种源次之。可见,福建松溪是最适合的种源。另外,引种时,应按照引种地的实际地理气候情况,尽量选择同一种源区内地理气候因子相近的地区作为种源区进行引种,以保证引种后幼苗生长状况良好。

参考文献

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97 第2期连大鹏:不同种源乳源木莲苗高生长情况及树高差异分析

苗木分级

一、主题内容与适用范围 本标准规定了华南地区常用绿化苗木中50种植物若干规格的质量分级,包括乔 木类、灌木类、地被类等植物。 本标准适用于苗圃露天种植的园林绿化苗木。 本标准不适用于造型树,古树名木及其他特殊苗木。 二、参考标准 DB440300/T28-2006城市园林绿化用苗—木本苗木分级 GB6000主要造林树种苗木质量分级 CJ/T24-1999城市绿化和园林绿地用植物材料—木本苗 三、名词术语 胸径:乔木主干离地表面1.3米处的直径,使用胸径尺进行测量。此定义不适用于柚子树、桂花等测量胸径存在争议的苗木。 基径:苗木主干离地0.1米处的基部直径,使用胸径尺进行测量。此定义不适用于鸡蛋花等测量基径存在争议的苗木。特别说明:鸡蛋花等个别苗木测量基径时,一般是贴着土壤面测量基径(此处不考虑嫁接的苗木,如红鸡蛋花与白鸡蛋花嫁接)。 冠幅:乔木冠部投影最大与最小直径的平均值。 苗高:植株从地表面到植株自然状态下最高点的垂直高度。 枝下高:乔木从地表面到树冠的最下分枝点的高度。

裸干高:棕榈科植株从地表面到最低叶鞘以下裸干的高度。

主枝:在树上直接从中心主干上分生出来的直径不小于胸径20%的枝条叫主枝,也称一级分枝。 二级分枝:从主枝上分生出来的直径不小于主枝直径20%的枝条叫二级分枝。 树形:苗木栽培中人工培养和自然生长的空间结构,分为单干形、轮生形、球形、伞形、棕榈形、丛生形以及其他树形。 四、技术要求 在参考《CJ/T244-1999城市绿化和园林绿地用植物材料——木本苗》相关标准的前提下,本标准主要以胸径(基径)、冠幅、苗高、裸干高、分枝数(叶片数)、枝下高为分级指标,结合树形进行苗木分级。其中,乔木包括假植苗、地苗两大类,灌木包括袋苗、地苗两大类,本常用绿化苗木标准只适用于在同一类中进行分级,假植苗、袋苗、地苗不能平行比较。 五、苗木检测方法及检测规则 检测方法:苗木质量等级标准检测以观感评价、实测实量为基本方法。观感评价包括树形端正度、树干弯曲度、树冠疏密度等影响绿化美观效

系统发育树构建步骤

如何建树 step 1. 将16S rDNA序列在NCBI上进行BLAST比对(https://www.360docs.net/doc/063318993.html,/BLAST/) BLAST是目前常用的数据库搜索程序,它是Basic Local Alignment Search Tool的缩写,意为“基本局部相似性比对搜索工具”(Altschul et al.,1990 [62];1997[63])。国际著名生物信息中心都提供基于Web的BLAST服务器。BLAST算法的基本思路是首先找出检测序列和目标序列之间相似性程度最高的片段,并作为内核向两端延伸,以找出尽可能长的相似序列片段。首先登录到提供BLAST服务的常用网站,比如国内的CBI、美国的NCBI、欧洲的EBI和日本的DDBJ。这些网站提供的BLAST服务在界面上差不多,但所用的程序有所差异。它们都有一个大的文本框,用于粘贴需要搜索的序列。把序列以FASTA格式(即第一行为说明行,以“>”符号开始,后面是序列的名称、说明等,其中“>”是必需的,名称及说明等可以是任意形式,换行之后是序列)粘贴到那个大的文本框,选择合适的BLAST程序和数据库,就可以开始搜索了。如果是DNA序列,一般选择BLASTN搜索DNA数据库。这里以NCBI为例。登录NCBI主页-点击BLAST-点击Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)-在Search文本框中粘贴检测序列-点击BLAST!-点击Format-得到result of BLAST。BLASTN结果如何分析(参数意义): 例如: >gi|28171832|gb|AY155203.1| Nocardia sp. ATCC 49872 16S ribosomal RNA gene, complete sequence Score = 2020 bits (1019), Expect = 0.0 Identities = 1382/1497 (92%), Gaps = 8/1497 (0%) Strand = Plus / Plus Query: 1 gacgaacgctggcggcgtgcttaacacatgcaagtcgagcggaaaggccctttcgggggt 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| Sbjct: 1 gacgaacgctggcggcgtgcttaacacatgcaagtcgagcggtaaggcccttc--ggggt 58 Query: 61 actcgagcggcgaacgggtgagtaacacgtgggtaacctgccttcagctctgggataagc 120 || ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||| Sbjct: 59 acacgagcggcgaacgggtgagtaacacgtgggtgatctgcctcgtactctgggataagc 118 其中,Score指的是提交的序列和搜索出的序列之间的分值,越高说明越相似。Expect指的是比对的期望值。比对越好,expect越小,一般在核酸层次的比对,expect小于1e-10,就比对很好了,多数情况下为0。Identities指的是提交的序列和参比序列的相似性,如上所指为1497个核苷酸中二者有1382个相同。Gaps指的是一般翻译成空位,指的是对不上的碱基数目。Strand指的是链的方向,Plus / Minus意味着提交的序列和参比序列是反向互补的,如果是Plus / Plus则二者皆为正向。 挑选与目的菌株具有较近亲源关系的模式种(type strain)序列将这些序列用记事本保存成dna.seq文件。 >M.mulatta AAGCTTTTCT GGCGCAACCA TCCTCATGAT >M.fascicularis AAGCTTCTCC GGCGCAACCA CCCTTA TAA T step 2. 用CLUSTALX对已知DNA序列做多序列比对 1 双击clustalx.exe运行程序。 2 点File→Load Sequence,打开dna.seq。

DB52_294-2007代替DB52T_294-1991主要造林树种苗木质量等级

ICS B 21 DB52贵州省地方标准 DB52/T 294—2007主要造林树种苗木质量等级 Seeding quality grade of major tree species for afforestation 2007-04-17 发布 2007-05-01 实施贵州省质量技术监督局 发 布

目 次 目 次..................................................................................................................................................I 前 言. (1) 1 范围 (2) 2 术语和定义 (2) 3 分级要求 (3) 4 检验方法 (3) 5 检验规则 (4) 6起苗、包装和运输 (4)

前 言 为了提高我省林业工程建设质量和苗木生产水平,本标准结合贵州实际,对黔DB52/T 294(1991年修订具体内容与DB52/T 298-89同)的《主要造林树种苗木》进行修订,修订后的标准名称为《主要造林树种苗木质量等级》,其技术内容与GB 6000-1999等效。 本标准与DB52/ 294-1991《主要造林树种苗木》相比,主要差异如下: ——删去原来28个树种中的7个,保留21个(其中修订20个):增加13个树种,修订后共有34个树种; ——苗木质量等级采用二级制(同 GB 600-1999),即制定I、II级苗木的质量等级; ——增加苗木根系长度,大于5厘米的一级侧根数或根幅作为苗木的质量指标; ——增添影响苗木质量的主要形态指标作为综合控制条件; ——去掉苗木产量和密度指标。 本标准的附录A为规范性附录。 本标准由贵州省林业厅提出并归口。 本标准起草单位:贵州省林业种苗站、贵州省林业科学研究院。 本标准主要起草人:姚淑均、尹晓阳、杨安敏、于曙明、金天喜、姜云力、高鹤、李德芬、许杰。本标准从实施之日起,代替DB52/ 294-1991。

系统发育分析

实习四: 系统发育分析-PHYLIP, MEGA, MrBayes 实习目的 1. 学会使用PHYLIP,MEGA和MrBayes构建进化树 2. 学会分析建树结果,体会各种方法差异 实习内容: 一、PHYLIP PHYLIP网址: https://www.360docs.net/doc/063318993.html,/PHYLIP.html PHYLIP是一个免费的系统发育树构建软件,它的功能比较全面,可用距离法、最大简约法和最大似然法分别进行建树,还可以对进化树可靠性进行检验。PHYLIP没有多序列比对功能,所以先要用其它序列比对软件完成序列比对,并保存为phy格式后,才可提交给PHYLIP进行分析。 1.1 比对序列的准备 1.将教学材料里demo sequence.zip文件解压到D盘根目录下,分别用其中的mRNA和protein序列学习进化树构建。首先我们用实习2学过的多序列比对软件对序列进行比对。这里以CLUSTAX为例来说明。 强烈建议:将你的所有同源核酸(或蛋白质)序列存到一个文本文档里,将”>”之后那行只保留物种名称,或物种名称_蛋白(或基因)名称,方便后面分析比较。 2.用CLUSTALX进行多条序列比对,在Alignment - output format option选中PHYLIP格式,对序列进行比对(Alignment - Do complete alignment)。将生成的phy文件保存,此文件可以用写字板打开浏览,里面内容是多条序列比对结果。(Figure 1.1)

Figure 1.1 用clustalx 进行多条序列比对及生成的phy 文件 3. 双击解压PHYLIP-3.69.zip 文件,得到三个文件夹,其中doc 文件夹里是关于所有PHYLIP 子程序的 使用说明,exe 文件夹里是直接可以使用的可执行程序,src 文件夹里是所有程序的源代码。 4. 打开PHYLIP 的exe 文件夹,将上步保存的phy 文件复制到exe 文件夹中。 5. 上课时我们是先将序列用某种方法建树后,然后做bootstrap 检验,看树的可靠性。但一般情况下用 你的序列直接构建出来的树与伪样本建出来的一致树(consensus tree)是非常相似的,所以这里我们先做bootstrap,直接用伪样本建树。

苗木栽植规范要求

苗木种植规范要求 (1)根据苗木种植要求做好土方回填工作。选择符合苗木生长的优质客土,落实好土源。种植土土色为自然的土黄色或棕褐色,无白色盐酸,疏松不板结,透气性好,富有营养。 种植有效土层,乔木100CM以上,灌木60CM以上,地被30CM以上。不采用砂质壤土。盐碱土其含盐量必须小于10%,方可种植植物。种植喜酸性植物,土壤PH 必须在5-7之间,石灰含量小于1%。 (2)清理建筑垃圾,尤其是有害垃圾,并及时外运。 (3)雨季施工时要备好抽水设备及时排除积水,保证苗木、草皮正常生长。苗木种植时,应拆除不易腐烂的包装物;树干应采取保湿措施;种植土应分层踏实,深浅与原种植线一致;根系必须舒展;随填土随踏实,使根部与土紧密结合。绿化种植应尽量避免在大雨天进行,雨天种植时,由于施工人员的踩踏,土空隙郁闭,透气性大为降低,不利于苗木根的呼吸,容易死亡。如遇大风应加固支撑物,特别是乔木。 (4)为减少土建施工时产生的灰尘对苗木生长产生的影响,应随时进行洒水或其它抑尘措施,使之不出现明显的降尘。冲洗集料或含有沉积物的操作用水,应采取过滤、沉淀池处理或其它措施做到达标排放,避免排入苗木种植土中。采取有效预防措施,防止施工场所占用的土地或临时使用的土地受到冲刷。施工中的临时排水系统,应能最大限度地减少水土流失及对水文状态的改变。施工区域、砂石料场,在施工期间和完工以后应妥善处理,以减少对苗木生长环境的影响。(5)靠近公用设施的开挖作业,应通知有关部门,并邀请有关部门代表在施工时到场。并将上述通知与邀请书的副本提交监理工程师备查。

(6)创造与苗木(尤其是大乔木)原生长地相似的环境,以防止苗木因突然改变生长环境而造成生长不良甚至死亡。 (7)尽量选用乡土树种。 (8)使用农药必须采用无残留不破坏生态环境的农药。 (9)建立保养人员例行检查制度。每天上、下午各巡检一次,做好保养日志记录,如浇水、施肥、除虫治病、修剪等内容,做好疫情预防工作,对大乔大木进行编号登记,建立植物档案,随时记录有关内容。 2.2苗木进场 在苗木种植之前,必须做好一系列选苗、挖苗、装车、运输的准备工作,要严格按规范操作。苗木进场之前要合理安排好种植的时间和人力,且留有足够的场地放置苗木。苗木从选苗、挖苗、装车、运输、存放到种植,尽量做到随起、随装、随运、随种: (1)选苗:从有关育苗基地中挑选形态良好,树形健壮的苗木,按设计要求预订足够的苗木,以备工程使用,并请业主指定的监理方认定后,再起苗、运输至现场。 苗木运输过程中,派专人跟车。要求按照不同种类,不同大小分级批排放。选苗时除了根据设计提出对规格和树形的特殊要求外,还要注意选择生长健壮无病虫害,无机械损伤,树形端正和根系发达的苗木。盆苗、袋苗、草皮分层排放装车。选择优质的有机肥料,并将肥料运输至现场分段堆放。 (2)挖苗:挖苗时,球土采用麻袋或编织袋包扎好进行保护,如发现土球有松散现象,该苗木就不能运至工地。为了防止对乔木树杆的损伤,树杆须用草绳或麻袋包缠好,并用吊车进行装卸。 (3)装车:装车时做到轻抬、轻装、轻卸、轻放,不拖、不拉,使树木地球不破损,根盘不擦伤,不伤枝杆。对于树冠展开较大的树木应用绳索绑扎树冠。装

构建系统发育树需要注意的几个问题

构建系统发育树需要注意的几个问题 1 相似与同源的区别:只有当序列是从一个祖先进化分歧而来时,它们才是同源的。 2 序列和片段可能会彼此相似,但是有些相似却不是因为进化关系或者生物学功能相近的缘故,序列组成特异或者含有片段重复也许是最明显的例子;再就是非特异性序列相似。 3 系统发育树法:物种间的相似性和差异性可以被用来推断进化关系。 4 自然界中的分类系统是武断的,也就是说,没有一个标准的差异衡量方法来定义种、属、科或者目。 5 枝长可以用来表示类间的真实进化距离。 6 重要的是理解系统发育分析中的计算能力的限制。任何构树的实验目的基本上就是从许多不正确的树中挑选正确的树。 7 没有一种方法能够保证一颗系统发育树一定代表了真实进化途径。然而,有些方法可以检测系统发育树检测的可靠性。第一,如果用不同方法构建树能得到同样的结果,这可以很好的证明该树是可信的;第二,数据可以被重新取样(bootstrap),来检测他们统计上的重要性。 分子进化研究的基本方法 对于进化研究,主要通过构建系统发育过程有助于通过物种间隐含的种系关系揭示进化动力的实质。 表型的(phenetic)和遗传的(cladistic)数据有着明显差异。Sneath和Sokal(1973)将表型性关系定义为根据物体一组表型性状所获得的相似性,而遗传性关系含有祖先的信息,因而可用于研究进化的途径。这两种关系可用于系统进化树(phylogenetictree)或树状图(dendrogram)来表示。表型分枝图(phenogram)和进化分枝图(cladogram)两个术语已用于表示分别根据表型性的和遗传性的关系所建立的关系树。进化分枝图可以显示事件或类群间的进化时间,而表型分枝图则不需要时间概念。文献中,更多地是使用“系统进化树”一词来表示进化的途径,另外还有系统发育树、物种树(species tree)、基因树等等一些相同或含义略有差异的名称。 系统进化树分有根(rooted)和无根(unrooted)树。有根树反映了树上物种或基

果树苗分级标准

果树分级标准 (枣树,黑枣,蓝莓,樱桃,葡萄) 枣树 用实生酸枣做砧木嫁接繁殖的苗木,一般根系发达,主要根据苗高和基部干粗(地面以上5厘米处干的粗度)来分级。 (1)一级苗苗高1.0米以上,基径1厘米以上。 (2)二级苗苗高0.8~1.0米,基径0.8~1厘米。 (3)三级苗苗高0.6~0.8米,基径0.6~0.8米,基径0.6~0.8厘米。根蘖苗分级时还需考虑根系发育情况。 (1)一级苗苗高1.2~1.5米以上,基径1.2~1.5厘米以上,根系发达,具直径2毫米以上、长20厘米以上的侧根6条以上。 (2)二级苗苗高1.0~1.2米基径1.0~1.2厘米,具直径2毫米以上、长15厘米以上的侧根6条以上。 (3)三级苗苗高0.8~1.0米,基径0.1~1.0厘米,具直径2毫米以上、长15厘米以上的侧根4条以上。 黑枣 在我国北方大部地区、为便于栽植、销售,一般于秋季起出分级假植。 枣树落叶后,就可起苗。要求保全根系,不伤枝皮。枣苗起出后,进行分级. 分级标准如下: 一级100~130厘米, 二级70~100厘米, 三级70厘米以下瘦弱小苗。 每50或100株打成一捆。 假植:选在背阴处挖假植沟,沟深100厘米,宽150厘米,长度根据苗量而定。把捆好的枣苗由沟同一端开始放,一排枣苗加一层土,土与苗根要充分接触,浇水一次,再加少量土。 包装:枣苗运输时要进行包装,对捆好的枣苗,根部蘸上泥浆,用湿透的蒲包或麻袋包裹以保水。运输时,要用帆布盖严,以防在运输过程中吹干苗木和冻坏根系。

樱桃苗分级标准蓝莓苗木分级标准 项目 分级 一级二级 根 初生根数 初生根长 新茎粗 根系分布 5条以上 7厘米以上 1.0厘米以上 均匀舒展 3条以上 5厘米以上 0.8厘米以上 均匀舒展 分级

常用苗木产品主要规格质量标准

常用苗木产品主要规格质量标准 一、种植土壤的要求 适宜植物生长的最佳土壤(体积比)为:矿物质45%、有机质5%、空气20%、水30%。土壤团粒最佳为1~5mm。要求土壤酸碱适中,排水良好,疏松肥沃,不含建筑和生活垃圾,且无毒害物质。土壤改良需因地制宜,现简要罗列下述土壤改良范例,仅供施工参考 1、如果现场土壤粘性过高,建议加20%(或依实际定量)细河沙及泥碳土改造,混合均匀,以利排水透气。 2、沿海人造地区,建议可在混合黑土、红土(土壤厚度为30~60cm)中加入有机质土壤改善(树皮堆肥等),肥料(鸡粪1kg/平方米,磷肥0.2kg/平方米,石灰1kg/平方米)。 3、对保湿性差、养分少的土壤,建议可在40cm厚客土中加入珍珠岩粉等40L/平方米,固体复合肥料0.25kg/平方米。 4、排水较差的地方,建议可在底层铺约20cm厚的珍珠岩,再打入3-4根珍珠岩填充的通风管。 5、若车库顶板上种植土含有堆坡设计时,由于顶板荷载所限,要求堆坡部份采用轻质土(轻质土配比为:34%壤土,33%泥炭,33%珍珠岩+蘑菇肥),或在保证乔木种植土厚度要求的前提下更换底层土壤为陶粒填充或铺储排水板,保证排水畅通。 6、花坛可施用老牛粪肥3kg/平方米,化肥(N:P: Mg=10:10:10:1)100-150g/平方米。 7、北方碱性土,可以施硫酸亚铁等调节PH值至6左右满足植物生

长的要求。 8、清理、消毒、杀菌、改良: (1)、种植前应对种植区域的土壤理化性质进行初步分析,如有地下害虫,应提前进行杀菌、除虫。及时拔除土壤中杂草根、清理大石块等。标准:自表层土壤30CM 内中不能有超过直径大于20CM 的石头,同时将种种植土壤翻松,保持土壤表层疏松、通气和良好的透水性能。 (2)、土壤的改良: 植物栽植前应对土壤进行改良,添加腐质土、沙、珍珠岩进行土壤的改良,具体为由施工方报技术措施方案,由甲方审核确定。 9、栽植植物铺土,应满足以下最低种植土层厚度,如土层厚度不够则应进行局部换土处理。 10、草坪种植地、花卉种植地应翻耕20CM---30CM,搂平耙细,去除杂物,平整度和坡度应符合设计要求。 11、土层的沉降处理,对高回填区,在种植前进行沉降处理。 二、种植土土方处理注意事项: 1、所有混合土壤必须将所有成分混合均匀,景观施工管理有权力对所有已完成再造型和回填土的种植区域的土壤做随机抽样,以确保合成土各成分混合均匀。 2、用指定符合要求的土壤进行土方再造型以达到设计要求呈自然

如何构建系统发育树

如何构建系统发育树 Bioinformatics2009-11-03 10:45 阅读159 评论0 字号:大中小小 (2009-06-11 22:44:13) 标签:系统发育树构建系统发育树分子生物学发育分析it 转自丁香园 构建系统发育树需要注意的几个问题 1 相似与同源的区别:只有当序列是从一个祖先进化分歧而来时,它们才是同源的。 2 序列和片段可能会彼此相似,但是有些相似却不是因为进化关系或者生物学功能相近的缘故,序列组成特异或者含有片段重复也许是最明显的例子;再就是非特异性序列相似。 3 系统发育树法:物种间的相似性和差异性可以被用来推断进化关系。 4 自然界中的分类系统是武断的,也就是说,没有一个标准的差异衡量方法来定义种、属、科或者目。 5 枝长可以用来表示类间的真实进化距离。 6 重要的是理解系统发育分析中的计算能力的限制。任何构树的实验目的基本上就是从许多不正确的树中挑选正确的树。 7 没有一种方法能够保证一棵系统发育树一定代表了真实进化途径。然而,有些方法可以检测系统发育树检测的可靠性。第一,如果用不同方法构建树能得到同样的结果,这可以很好的证明该树是可信的;第二,数据可以被重新取样,来检测他们统计上的重要性。 分子进化研究的基本方法 对于进化研究,主要通过构建系统发育过程有助于通过物种间隐含的种系关系揭示进化动力的实质。 表型的(phenetic)和遗传的(cladistic)数据有着明显差异。Sneath和Sokal(1973)将表型性关系定义为根据物体一组表型性状所获得的相似性,而遗传性关系含有祖先的信息,因而可用于研究进化的途径。这两种关系可用于系统进化树(phylogenetictree)或树状图(dendrogram)来表示。表型分枝图(phenogram)和进化分枝图(cladogram)两个术语已用于表示分别根据表型性的和遗传性的关系所建立的关系树。进化分枝图可以显示事件或类群间的进化时间,而表型分枝图则不需要时间概念。文献中,更多地是使用“系统进化树”一词来表示进化的途径,另外还有系统发育树、物种树(speciestree)、基因树等等一些相同或含义略有差异的名称. 系统进化树分有根(rooted)和无根(unrooted)树。有根树反映了树上物种或基因的时间顺序,而无根树只反映分类单元之间的距离而不涉及谁是谁的祖先问题。 用于构建系统进化树的数据有二种类型:一种是特征数据(characterdata),它提供了基因、个体、群体或物种的信息;二是距离数据(distancedata)或相似性数据(similaritydata),它涉及的则是成对基因、个体、群体或物种的信息。距离数据可由特征数据计算获得,但反过来则不行。这些数据可以矩阵的形式表达。距离矩阵(distancematrix)是在计算得到的距离数据基础上获得的,距离的计算总体上是要依据一定的遗传模型,并能够表示出两个分类单位间的变化量。系统进化树的构建质量依赖于距离估算的准确性。 一1) 打开clustal X,载入上述序列,“load sequences”→“output format options”: “CLASTAL FORMA T”;CLASTAL SEQUENCES NUMBERS:ON; ALIGNMENT PARAMETERS: “RESET NEW GAPS BEFOR ALIGNMENT” “MULTIPLE ALIGNMENT PARAMETERS”→设置相关参数 2) “DO COMPLETE ALIGNMENT”→FILE→SA VE AS,掐头去尾。 3) 打开MEGA4,FILE→CONVERT TO MEGA FORMA TE→SA VE→FILE→OPEN DA TA→CONTAINING PROTAIN SEQUENCES? NO →PHYLOGENY→BOOTSTRAP TEST OF PHYLOGENY→N J → 设置相关参数。最后看到系统发育树 二这里要介绍的是Bioedit-Mega建树法,简单实用,极易上手。 1 将所测得的序列在NCBI上进行比对,这个就不多讲了。 2 选取序列保存为text格式。 3 运行Bioedit,使用其中的CLUSTAL W进行比对。 4 运用MEGA 4 建树,首先将前面的文件转化格式为mega格式,然后进行激活,最后进行N-J建树。

苗木栽植规范要求

苗木种植规要求 (1)根据苗木种植要求做好土方回填工作。选择符合苗木生长的优质客土,落实好土源。种植土土色为自然的土黄色或棕褐色,无白色盐酸,疏松不板结,透气性好,富有营养。 种植有效土层,乔木100CM以上,灌木60CM以上,地被30CM以上。不采用砂质壤土。盐碱土其含盐量必须小于10%,方可种植植物。种植喜酸性植物,土壤PH 必须在5-7之间,石灰含量小于1%。 (2)清理建筑垃圾,尤其是有害垃圾,并及时外运。 (3)雨季施工时要备好抽水设备及时排除积水,保证苗木、草皮正常生长。苗木种植时,应拆除不易腐烂的包装物;树干应采取保湿措施;种植土应分层踏实,深浅与原种植线一致;根系必须舒展;随填土随踏实,使根部与土紧密结合。绿化种植应尽量避免在大雨天进行,雨天种植时,由于施工人员的踩踏,土空隙郁闭,透气性大为降低,不利于苗木根的呼吸,容易死亡。如遇大风应加固支撑物,特别是乔木。 (4)为减少土建施工时产生的灰尘对苗木生长产生的影响,应随时进行洒水或其它抑尘措施,使之不出现明显的降尘。冲洗集料或含有沉积物的操作用水,应采取过滤、沉淀池处理或其它措施做到达标排放,避免排入苗木种植土中。采取有效预防措施,防止施工场所占用的土地或临时使用的土地受到冲刷。施工中的临时排水系统,应能最大限度地减少水土流失及对水文状态的改变。施工区域、砂石料场,在施工期间和完工以后应妥善处理,以减少对苗木生长环境的影响。(5)靠近公用设施的开挖作业,应通知有关部门,并邀请有关部门代表在施工时到场。并将上述通知与邀请书的副本提交监理工程师备查。 . .

(6)创造与苗木(尤其是大乔木)原生长地相似的环境,以防止苗木因突然改变生长环境而造成生长不良甚至死亡。 (7)尽量选用乡土树种。 (8)使用农药必须采用无残留不破坏生态环境的农药。 (9)建立保养人员例行检查制度。每天上、下午各巡检一次,做好保养日志记录,如浇水、施肥、除虫治病、修剪等容,做好疫情预防工作,对大乔大木进行编号登记,建立植物档案,随时记录有关容。 2.2苗木进场 在苗木种植之前,必须做好一系列选苗、挖苗、装车、运输的准备工作,要严格按规操作。苗木进场之前要合理安排好种植的时间和人力,且留有足够的场地放置苗木。苗木从选苗、挖苗、装车、运输、存放到种植,尽量做到随起、随装、随运、随种: (1)选苗:从有关育苗基地中挑选形态良好,树形健壮的苗木,按设计要求预订足够的苗木,以备工程使用,并请业主指定的监理方认定后,再起苗、运输至现场。 苗木运输过程中,派专人跟车。要求按照不同种类,不同大小分级批排放。选苗时除了根据设计提出对规格和树形的特殊要求外,还要注意选择生长健壮无病虫害,无机械损伤,树形端正和根系发达的苗木。盆苗、袋苗、草皮分层排放装车。选择优质的有机肥料,并将肥料运输至现场分段堆放。 (2)挖苗:挖苗时,球土采用麻袋或编织袋包扎好进行保护,如发现土球有松散现象,该苗木就不能运至工地。为了防止对乔木树杆的损伤,树杆须用草绳或麻袋包缠好,并用吊车进行装卸。 . .

主要造林树种苗木质量分级(湖南)

主要造林树种苗木质量分级(湖南) (DB43/094—2005) 发表日期:2008年8月15日 主要造林树种苗木质量分级 1 范围 本标准规定了主要造林树种苗木质量分级的术语和定义、分级要求、检测方法、检验规则、分级指标,假植、包装、运输的要求。本标准除特殊说明外,一般只适用于植树造林用的常规大田育苗,不适用于容器苗和保护地培育的苗木。 2 规范性引用文件 下列文件中的条款通过本标准的引用形成为本标准的条款。凡是注日期的引用文件,其随后所有的修改单(不包括勘误的内容)或修订版均不适用于本标准,然而,鼓励根据本标准达成协议的各方研究是否可使用这些文件的最新版本。凡是不注日期的引用文件,其最新版本适用于本标准。 GB 6000-1999 中华人民共和国国家标准《主要造林树种苗木质量分级》DB43/T093-1995 湖南省地方标准《林木育苗技术规程》 3 术语和定义 下列术语和定义适用于本标准。 3.1 播种苗 用种子培育的苗木。 3.2 插条苗 利用树木的茎或枝的一部分进行扦插或埋压而繁殖的苗木。3.3 截根苗 指在幼苗长出(4~5)片真叶,苗根尚未木质化时用锐利的铁铲或截根刀在一定的浓度将苗木的主根截断,促进侧根生长的苗木。3.4 嫁接苗 将植物的枝或芽接在另一株植物的根、苗干或树枝上使之愈合而繁殖的苗木。

3.5 移栽苗 经移植培育的苗木。 3.6 根蘖苗 母树根蘖培育而成的苗木。 3.7 苗龄 即苗木的年龄。指从播种、插条或埋根到出圃,苗木实际生长的年龄。以经历一个年生长周期作为一个苗龄单位。 苗龄用阿拉伯数字表示,第1个数字表示播种苗或营养繁殖苗在原地的年龄;第2个数字表示第一次移栽后培育的年龄;第3个数字表示第二次移栽后培育的年龄,数字间用短线间隔,各数字之和为苗木的年龄,称几年生苗。 示例: a) 1-0表示1年生播种苗,未经移栽; b) 2-0表示2年生播种苗,未经移栽; c) 2-2表示4年生移栽苗,移栽一次,移植后继续培育两年; d) 2-2-2表示6年生移栽苗,移植两次,每次移植后各培育两年; e) 0.2-0.8表示1年生移栽苗,移植一次,十分之二年为生长周期,移植后培育十分之八年生长周期; f) 0.5-0表示半年生播种苗,未经移植,完成二分之一年生长周期; g) 1(2)-0表示1年干2年根未经移植的插条苗、插根苗或嫁接苗; h) 1(2)-1表示2年干3年根移植一次的插条苗、插根苗或嫁接移植苗。 注:括号内的数字表示插条苗、插根苗或嫁接苗在原地(床、垄)根的年龄。 3.8 地径 苗木地际直径,即播种苗、移栽苗为苗干基部土痕处的直径;插条苗、插根苗为萌发主干基部处的直径;嫁接苗为接口以上正常粗度处的直径。 3.9 苗高

浅谈城市绿化苗木质量分级标准的制定

浅谈城市绿化苗木质量分级标准的制定 发表时间:2019-04-17T16:33:50.140Z 来源:《基层建设》2019年第6期作者:吴元玲[导读] 摘要:根据现有的绿化苗木分级标准存在的不足和苗木行业的现状、市场的规律,研究出更适合企业及行业的城市绿化苗木质量分级标准,以期更好地服务于企业生产和苗木交易市场。上海棕投园林工程有限公司摘要:根据现有的绿化苗木分级标准存在的不足和苗木行业的现状、市场的规律,研究出更适合企业及行业的城市绿化苗木质量分级标准,以期更好地服务于企业生产和苗木交易市场。关键词:绿化苗木质量分级标准香樟 1、引言 我国苗木的标准化工作起步较晚,从20世纪80年代才开始制定一些苗木生产技术标准。1985年,国家质量技术监督局发布了90个主要造林树种的苗木生产技术标准。1999年进行了修订并重新发布《主要造林树种苗木质量分级》。虽然近几年我国园林绿化发展的前沿城市如上海、北京、广州、深圳先后制定了一系列的地方性园林绿化苗木标准规范,其中针对单一树种质量分级标准有30多种,但大部分是北方适生树种,而且是集中在种苗部分,在城市园林绿化工程中,尤其是针对可用于绿化的成品苗木暂无可用的苗木质量分级标准,因此给绿化苗木流通市场带来了极大的不便;苗木市场不成熟,没有明确的苗木质量等级标准,给苗木定价、招标评价带来一定困难;在苗木验收过程中经常会因苗木的品质、规格在供苗方与建设之间产生纠纷;在设计和施工之间也因对苗木质量标准的认知度不一而造成施工无法达到设计师的要求。为了统一城市绿化苗木质量分级标准,规范苗木交易市场,提高绿化苗木产业的整体水平,本文针对城市常用绿化苗木质量分级标准进行了研究。 2、现有苗木质量分级标准的不足根据苗木交易市场现状、对苗木质量验收说明等情况,发现现有的行标和地标在绿化苗木质量分级方面有以下不足:(1)覆盖面窄,只针对造林品种和未出圃前的种苗,未覆盖到工程用苗的规格段,《城市园林绿化用苗——木本苗木分级DB440300/T 28— 2006》分级最大规格是12cm。[1] (2)部分指标不实用,如地径。地径仅是针对种苗阶段具有一定的分级,苗木成长到大苗后,对于乔木评价指标是胸径或米径。(3)没有科学的感观指标作为辅助分级,仅是简单的文字概述,不同人对苗木美的理解不一致,就造成了制定标准后使用时具有一定的困难。 3、绿化苗木质量分级标准依据根据现有苗木市场的实际交易,在确定绿化苗木品种的情况下,绿化苗木的价格由树木大小、树体形态和树木健康状况三大价值因素综合确定。针对同样树种,绿化苗木价格是树木大小、树体形态、树木健康状况同时综合作用的结果。首先,树木大小等级即树木规格是价格高低的基础,通常绿化苗木规格越大,则价格越高,所以树木规格大小是基本价格因子。其次,同规格树木,由于树形、健康状况不同,其价格也不同,树形树姿越优美、健康状况越佳,即树木质量越好,价格也越高。所以,树体形态和健康状况是树木质量因子,是树木价格的质量调整因子[2] 。绿化苗木的定价原则是苗木质量标准制定的依据。 4、质量分级标准的确定根据苗木形态和苗木市场的规律,不同类型苗木分级指标不同,根据常用的绿化苗木品种,在华东区域制定了华东90种、华南区域110种共计200种苗木的质量分级标准。香樟作为城市绿化的优良树种,广泛作为庭荫树、行道树、防护林及风景林,是城市绿化和苗木市场交易量较高的常用树种。现以香樟为例,浅谈一下城市绿化苗木质量等级标准的制定的方法以及适用范围。 4.1 调查对象 胸径5cm以上的香樟苗木,调查数量为1500株,均匀分布5-40cm每个规格段。调查范围为华东区域主要绿化苗木市场、苗木生产基地、项目施工现场、已呈现一定景观效果的小区、公共绿地等,以此来了解市场对香樟质量分级标准的规律,达到最佳景观效果时所具备的绿化苗木质量,以及现阶段各苗圃苗木质量标准生产及质量控制水平。其中造型树,古树名木及其他特殊苗木不适用于该分级研究。 4.2 调查数据 根据香樟定价的因素,苗木生产行业中对香樟质量的需求的情况,调查的指标数据有胸径、株高、枝下高、冠下高、弯曲度、冠幅、最大半冠、最小半冠、主枝数量、主枝间最大夹角、分枝情况。 4.3 数据分析 采用Excel进行数据汇总统计,计算弯曲度、偏冠度等,利用SAS统计分析软件开展相关性分析、因子分析。 4.3.1 主成因子分析 利用SAS统计分析软件,首先对预测的8个品质指标进行主成因子分析(胸径、高度、枝下高、冠幅、高径比、活冠比、偏冠度、饱满度),求出特征根和特征向量,取二维主成分特征向量,累计贡献率必须达到80%以上,将8个形态指标综合为少数相对独立的质量因子(表1、2、3),从而较好地说明影响香樟苗木质量的主要形态指标。表1 特征值及累积百分数 表2 因子载荷阵

分子进化与系统进化树的构建

分子进化与系统进化树的构建 分子进化与系统进化树的构建 分子进化与系统进化树的构建 主要内容: 1、分子进化的研究方法 2、系统进化树的构建方法 3、系统进化树构建常用软件汇集 4、系统进化树构建方法及软件的选择 5、Phylip分子进化分析软件包简介及使用 6、如何利用MEGA3.1构建进化树 声明: 1、本篇涉及的资源主要源于网络及相关书籍,由酷友搜集、分析、整理、审改,供大家学习参考用,如有转载、传播请注明源于基因酷及本篇的工作人员;若本篇侵犯了您的版权或有任何不妥,请Email genecool@https://www.360docs.net/doc/063318993.html,告知。 2、由于我们的学识、经验有限,本篇难免会存在一些错误及缺陷,敬请不吝赐教:请到基因酷论坛(https://www.360docs.net/doc/063318993.html,/bbs)本篇对应的专题跟贴指出或Email genecool@https://www.360docs.net/doc/063318993.html,。 致谢: 整编者:flashhyh 主要参考资料:《生物信息学札记》樊龙江;《分子进化分析与相关软件的应用》作者不详;《进化树构建》ZHAO Yangguo;《如何用MEGA 3.1构建进化树》作者不详;《MEGA3指南》作者不详; 分子进化的研究方法 分子进化的研究方法 分子进化的研究方法 分子进化研究的意义 自20世纪中叶,随着分子生物学的不断发展,进化研究也进入了分子进化(molecularevolution)研究水平,并建立了一套依赖于核酸、蛋白质序列信息的理论和方法。随着基因组测序计划的实施,基因组的巨量信息对若干生物领域重大问题的研究提

供了有力的帮助,分子进化研究再次成为生命科学中最引人注目的领域之一。这些重大问题包括:遗传密码的起源、基因组结构的形成与演化、进化的动力、生物进化等等。分子进化研究目前更多地是集中在分子序列上,但随着越来越多生物基因组的测序完成,从基因组水平上探索进化奥秘,将开创进化研究的新天地。 分子进化研究最根本的目的就是从物种的一些分子特性出发,从而了解物种之间的生物系统发生的关系。通过核酸、蛋白质序列同源性的比较进而了解基因的进化以及生物系统发生的内在规律。 分子进化研究的基础 假设假设::核苷酸和氨基酸序列中含有生物进化历史的全部信息核苷酸和氨基酸序列中含有生物进化历史的全部信息。。 分子钟理论:在各种不同的发育谱系及足够大的进化时间尺度中,许多序列的进化速率几乎是恒定不变的。如下图: 直系同源与旁系同源 直系同源(orthologs):同源的基因是由于共同的祖先基因进化而产生的; 旁系同源(paralogs):同源的基因是由于基因复制产生的。 两者之间的关系如下图所示: 注:用于分子进化分析中的序列必须是直系同源的用于分子进化分析中的序列必须是直系同源的 用于分子进化分析中的序列必须是直系同源的,才能真实反映进化过程。 分子进化研究的基本方法 对于进化研究,主要通过构建系统发育过程有助于通过物种间隐含的种系关系揭示进化动力的实质。 表型的(phenetic)和遗传的(cladistic)数据有着明显差异。Sneath 和Sokal(1973)将表型性关系定义为根据物体一组表型性状所获得的相似性,而遗传性关系含有祖先的信息,因而可用于研究进化的途径。这两种关系可用于系统进化树(phylogenetictree)或树状图(dendrogram)来表示。表型分枝图(phenogram)和进化分枝图(cladogram)两个术语已用于表示分别根据表型性的和遗传性的关系所建立的关系树。进化分枝图可以显示事件或类群间的进化时间,而表型分枝图则不需要时间概念。文献中,更多地是使用“系统进化树”一词来表示进化的途径,另外还有系统发育树、物种树(speciestree)、基因树等等一些相同或含义略有差异的名称. 系统进化树分有根(rooted)和无根(unrooted)树。有根树反映了树上物种或基因的时间顺序,而无根树只反映分类单元之间的距离而不涉及谁是谁的祖先问题。下图表示了

苗木验收标准

绿化工程验收规范 一、工程质量验收应符合下列规定: 1、乔灌木的成活率应达到95%以上,并对未成活植物适时进行补栽。珍贵树种、孤植树和行道树成活率应达到98%。 2、花卉种植地应无杂草、无枯黄、无病虫害,各种花卉生长茂盛,种植成活率应达到95%以上,并对未成活植物及时进行补栽。 3、草坪无杂草、无枯黄、无虫害,覆盖率应达到95%以上。 4、绿地整洁,无杂物,表面平整。 5、植物材料的整形修剪应符合设计要求。 6、竣工验收后,填报竣工验收备案表,绿化工程竣工验收备案表应符合规定。 二、专业术语和定义 1、苗木类型:按苗木的生物学特性分为常绿乔木、落叶乔木、常绿灌木、落叶灌木、常绿藤木、落叶藤木、竹类、地被等种类; 2、乔木:树体高大,具明显主干者为乔木。 3、灌木:树体矮小,通常无明显主干,多数呈丛生状或分枝较低。 4、藤蔓类:地上部分不能直立生长,常借助茎蔓、吸盘、吸附根、卷须、勾刺等攀附在其他支持物上生长。 5、大乔木:自然生长的成龄树株高在15 米以上的乔木。 6、中乔木:自然生长的成龄树株高在8 米至15 米的乔木。

7、小乔木:自然生长的成龄树株高在5 米至8 米的乔木。 8、胸径(干径):指苗木主干离地表面1.2 米处的直径,常用字母?表示。 9、米径:指乔木主干离地1 米处的直径。 10、地径(基径):指苗木主干离地表面0.2 米处的直径,常用字母D 表示。 11、冠幅:指苗木树冠垂直投影面的直径,字母P 表示。 12、苗木高度:指苗木自地面至最高生长点的垂直高度,常用字母H 表示。 13、分枝点高:指从地表面到苗木树冠的最下分枝点的垂直高度。 14、净干高:指苗木从地面至分支点的垂直高度。 三、苗木验收质量要求 1、苗木外观质量要求和检验方法

系统发育树构建方法优劣

1.邻接法邻接法(neighbor-joiningmethod,NJ)由Saitou和Nei(1987)提出,NJ法是基于最小进化原理经常被使用的一种算法,它不检验所有可能的拓扑结构,能同时给出拓扑结构和分支长度。在重建系统发生树时,它取消了UPGMA法所做的假定,认为在进化分支上,发生趋异的次数可以不同。最近的计算机模拟已表明它是最有效的基于距离数据重建系统树的方法之一。该方法通过确定距离最近(或相邻)的成对分类单位来使系统树的总距离达到最小。它的特点是重建的树相对准确,假设少,计算速度快,只得一棵树。其缺点主要表现在将序列上的所有位点等同对待,且所分析序列的进化距离不能太大。故NJ法适用于进化距离不大,信息位点少的短序列。邻接法在距离建树中经常会用到,而不用理会使用什么样的优化标准。完全解析出的进化树是通过对完全没有解析出的“星型”进化树进行“分解”得到的,分解的步骤是连续不断地在最接近(实际上是最孤立的)的序列对中插入树枝,而保留进化树的终端。于是,最接近的序列对被巩固了,而“星型”进化树被改善了,这个过程将不断重复。这个方法相对而言很快,也就是说,对于一个50个序列的进化树,只需要若干秒甚至更少。 2.最大简约法最大简约法(maximum parsimony method,MP)最早是基于形态特征分类的需要发展起来的,具体的算法有许多不同版本,其中有些已被广泛地应用于分子进化研究中。利用MP方法重建系统发生树,实际上是一个对给定OTUs其所有可能的树进行比较的过程。对某一个可能的树,首先对每个位点祖先序列的核苷酸组成做出推断,然后统计每个位点用来阐明差异的核苷酸最小替换数目。在整个树中,所有信息简约位点最小核苷酸替换数的总和称为树的长度(常青和周开亚,1998)。MP法是一种优化标准,这种标准遵循“奥卡姆剃刀原则(Occam’S Razor principle)”:对数据最好的解释也是最简单的,而最简单的所需要的特别假定也最少。MP法基于进化过程中所需核苷酸(或氨基酸)替代数目最少的假说,对所有可能正确的拓扑结构进行计算并挑选出所需替代数最小的拓扑结构作为最优系统树,也就是通过比较所有可能树,选择其中长度最小的树作为最终的系统发生树,即最大简约树(maximum parsimony tree)。与其他建树方法相比,MP法无需引入处理核苷酸或者氨基酸替代时所必需的假设(替代模型)。同时,MP法对于分析某些特殊的分子数据(如插入序列和插入/缺失)有用。在分析的序列位点上没有回复突变或平行突变,且被检验的序列位点数很大的时候,MP法能够获得正确的(真实)系统树。但MP法推导的树不是唯一的,在分析序列上存在较多的回复突变或平行突变,而被检验的序列位点数又比较少的时候,最大简约法可能会出现建树错误。故MP法适用于序列残基差别小,具有近似变异率,包含信息位点比较多的长序列。 3.最大似然法最大似然法(maximum likelihood method,MI。)是20世纪60年代末期由于对地生物信息学分析实践震波和水声信号等处理的需要而发展起来的一种非线性谱估计方法。最早由凯佩用这种方法对空间阵列接收信号进行频率波数谱估值,后来推广到对时问信号序列的功率谱估值。 最大似然法最早应用于系统发育分析是在对基因频率数据的分析上。其原理是考虑到每个位点出现残基的似然值,将每个位置所有可能出现的残基替换概率进行累加,产生特定位点的似然值。MI。法对所有可能的系统发育树都计算似然函数,似然函数值最大的那棵树即为最可能的系统发育树。利用最大似然法来推断一组序列的系统发生树,需首先确定序列进化的模型,如Jukes—Cantor模型、Kimura二参数模型及一般二参数模型等。在进化模型选择合理的情况下,MI。法是与进化事实吻合最好的建树算法。其缺点是计算强度非常大,极为耗时。

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