NCBI中Blast序列比对小总结

NCBI中Blast可以用来进行序列比对、检验引物特异性Blast导航主页面主体包括三部分

BLAST Assembled Genomes选择你要对比的物种，点击物种之后即可进入对比页面Basic BLAST包含5个常用的Blast，每一个都附有简单介绍

Specialized BLAST是一些特殊目的的Blast，如Primer-BLAST、IgBLAST

根据需要做出选择

本学期学习了最基本的核苷酸序列的比对

点击Basic BLAST部分的nucleotide链接到一个新的页面，打开后的页面特征：

大体上包括三个部分

Enter Query Sequence部分可以让我们输入序列，其中的Job Title部分可以为本次工作命一个名字

Choose Search Set部分可以选择要与目的序列比对的物种或序列种类。

其中的Entrez Query可以对比对结果进行适当的限制。

Program Selection部分可以选择本次对比的精确度，种内种间等等。

其次Blast按钮下面有一个“Algorithm parameters”算法参数，可设置参数。

点击Blast后，出现的页面大体上包括四个部分

一．所询问和比对序列的简单信息

1．询问序列的简单信息——名称、描述、分子类型、序列长度

2．所比对数据库的名称、描述和所用程序

二．Graphic Summary——blast结果图形显示

相似度颜色图（黑、蓝、绿、粉红、红，相似度由低到高）三．Descriptions——blast结果描述区

1．到其他数据库的链接

2．描述以表格的形式呈现（以匹配分值从大到小排序）

(1)Accession下程序比对的序列名称，点击相应的可以进入更为详细的map viewer

(2)Descriptions下是对所比对序列的简单描述

接下来是5个结果数值：

(3)Max score匹配分值，点击可进入第四部分相应序列的blast的详细比对结果

(4)Total score总体分值

(5)Query coverage覆盖率

(6)E value——E（Expect）值，表示随机匹配的可能性。

E值越大，随机匹配的可能性也越大。

E值接近零或为零时，具本上就是完全匹配了。

(7)Max ident——匹配一致性，即匹配上的碱基数占总序列长的百分数。

(8)Links——到其他数据库的链接。

四．各序列blast的详细比对结果

数据库中不同序列比对的详细结果，每一个结果大体上包括3部分

1.所比对序列的名称、简单描述、长度。到其他数据库的链接。

2.比对结果的5个数值：

(1)score打分矩阵计算出来的值，由搜索算法决定的，值越大说明询问序列跟目标序列匹配程度越大

(2)Expect是输入序列被随机搜索出来的概率，该值越小越好。

(3)Identities是相似程度，即输入序列和搜索到序列的匹配率

(4)Gaps就是空白,即比对序列只有一条链上有碱基

(5)strand=plus/minus即询问序列和数据库里面序列的互补链匹配

3．输入序列和库中对比到的序列每个碱基的详细对比