分子标记辅助选择

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第六章分子标记辅助选择

选择是育种中最重要的环节之一。所谓选择,是指在一个群体中选择符合要求的基因型。但在传统育种中,选择的依据通常是表现型而非基因型,这是因为人们无法直接知道个体的基因型,只能从表现型加以推断。也就是说,传统育种是通过表现型间接对基因型进行选择的。这种选择方法对质量性状而言一般是有效的,但对数量性状来说,则效率不高,因为数量性状的表现型与基因型之间缺乏明确的对应关系。即使是质量性状,有的也可能会因为表型测量难度较大或误差较大而造成表型选择的困难。另外,在个体发育过程中,每一性状都有其特定的表现时期。许多重要的性状(如产量和品质)都必须到发育后期或成熟时才得以表现,因而选择也只能等到那时才能进行。这对于那些植株高大、占地多、生长季长的作物,特别是果树之类的园艺作物,显然是非常不利的。总之,传统的基于表型的选择方法存在许多缺点,效率较低。要提高选择的效率,最理想的方法应是能够直接对基因型进行选择。

分子标记为实现对基因型的直接选择提供了可能,因为分子标记的基因型是可以识别的。如果目标基因与某个分子标记紧密连锁,那么通过对分子标记基因型的检测,就能获知目标基因的基因型。因此,我们能够借助分子标记对目标性状的基因型进行选择,这称为标记辅助选择(MAS)。这是分子标记在育种中应用的最主要方面。

第一节质量性状的标记辅助选择

如前所述,传统的表型选择方法对质量性状一般是有效的,

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因为质量性状的表现型与基因型之间通常存在清晰可辨的对应关系。因此,在多数情况下,对质量性状的选择无须借助于分子标记。但对于以下三种情况,采用标记辅助选择可提高选择效率:(1)当表现型的测量在技术上难度很大或费用太高时;(2)当表现型只能在个体发育后期才能测量,但为了加快育种进程或减少后期工作量,希望在个体发育早期(甚至是对种子)就进行选择时;(3)除目标基因外,还需要对基因组的其它部分(即遗传背景)进行选择时。另外,有些质量性状不仅受主基因控制,而且还受到一些微效基因的修饰作用,易受环境的影响,表现出类似数量性状的连续变异。许多常见的植物抗病性都表现为这种遗传模式。这类性状的遗传表现介于典型的质量性状和典型的数量性状之间,所以有时又称之为质量-数量性状。不过,育种上感兴趣的主要还是其中的主基因,因此习惯上仍把它们作为质量性状来对待。这类性状的表型往往不能很好地反映其基因型,所以按传统育种方法,依据表型对其主基因进行选择,有时相当困难,效率很低。因此,标记辅助选择对这类性状就特别有用。一个典型的例子是大豆孢囊线虫病抗性的标记辅助育种(Y oung 1999)。

本节首先介绍质量性状标记辅助选择的基本方法(前景选择和背景选择),然后介绍它们在育种上的应用(基因聚合和基因转移)。

一、前景选择

对目标基因的选择称为前景选择(foreground selection; Hospital and Charcosset 1997),这是标记辅助选择的主要方面。前景选择的可靠性主要取决于标记与目标基因间连锁的紧密程度。若只用一个标记对目标基因进行选择,则标记与目标基因间的连锁必须非常紧密,才能够达到较高的正确率。假设某标记座位(M/m)与目标基因座位(Q/q)连锁,重组率为r,F1代基因型为MQ/mq,其中Q为目标等位基因,亦即要选择的对象。由于M

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与Q连锁在一起,因此在后代中可通过M来选择Q。由第五章式(5.3)可知,在F2代通过选择标记基因型M/M而获得目标基因型Q/Q的概率(即单株选择的正确率)为:

2

=(6.1)

p-

)

1(r

从图6.1可以看出,选择正确率随重组率的增加而迅速下降。若要求选择正确率达到90%以上,则标记与目标基因间的重组率必须不大于0.05。当重组率超过0.10时,选择正确率已降到80%以下。不过,如果我们并不要求中选的所有单株都是正确的,而只要求在选中的植株中至少有一株是具有目标基因型的,那么,即使标记只是松弛地与目标基因连锁的,对选择仍然会很有帮助。如果要求至少选到一株目标基因型的概率为P,则必须选择具有标记基因型M/M的植株的最少数目为:

log p

P

n-

-

=(6.2)

1(

)

1(

log

)

图6.2给出了要求P= 0.99时,所要求的最少株数与重组率的关系。由图可见,即使重组率高达0.3,也只需选择7株具有基因型M/M的植株,就有99%的把握能保证其中有1株为目标基因型;而如果不用标记辅助选择(相当于标记与目标基因间无连锁,重组率为0.5),则至少需选择16株。

同时用两侧相邻的两个标记对目标基因进行跟踪选择,可大大提高选择的正确率。假设有两个标记座位(M1/m1和M2/m2)各位于目标基因座位(Q/q)的一侧,与目标基因间的重组率分别为r1和r2,F1代的基因型为M1QM2/m1qm2。那么,F1产生的标记基因型为M1M2的配子具有两种类型,一种包含目标等位基因(M1QM2),为亲本型,另一种包含非目标等位基因(M1qM2),为双交换型。由于双交换发生的概率很低,因此双交换型配子的比例很小,绝大部分应为亲本型配子。所以,在后代中通过同时跟踪M1和M2来选择目标等位基因Q,正确率必然很高。在单交

88

89

换间无干扰的情况下,可以推得,在F 2代通过选择标记基因型M 1M 2/M 1M 2而获得目标基因型Q /Q 的概率为:

221212221])1)(1[()1()1(r r r r r r p +----= (6.3)

从式(6.3)可知,在两标记间的图距固定的情况下,r 1 = r 2(亦即目标基因正好位于两标记之间的中点)为最坏的情形,这时的选择正确率为最小。图6.1和6.2分别显示r 1 = r 2时选择正确率以及P = 0.99时所要求的最少株数与r 1(或r 2)的关系。可以看出,双标记选择的正确率确实比单标记选择高得多。需要指出的是,在实际情况中,单交换间一般总是存在相互干扰的,这使得双交换的概率更小,因而双标记选择的正确率要比上述理论期望值更高。

图6.1 标记与目标基因间的重组率与F 2群体中标记辅助选择正确率的关系

10

20

30

405060708090100

110

0.00.10.20.30.40.5

重组率

选择正确率(%)

90

图6.2 标记与目标基因间的重组率与F 2群体中标记辅助选择最小应选株

数的关系

二、背景选择

对基因组中除了目标基因之外的其它部分(即遗传背景)的选择,称为背景选择(background selection; Hospital and Charcosset 1997)。与前景选择不同的是,背景选择的对象几乎包括了整个基因组,因此,这里牵涉到一个全基因组选择的问题。在分离群体(如F 2群体)中,由于在上一代形成配子时同源染色体之间会发生交换,因此每条染色体都可能是由双亲染色体重新组装成的嵌合体。所以,要对整个基因组进行选择,就必须知道每条染色体的组成。这就要求用来选择的标记能够覆盖整个基因组,也就是说,必须有一张完整的分子标记连锁图。当一个个体中覆盖全基因组的所有标记的基因型都已知时,就可以推测出各个标记座位上等位基因的可能来源(指来自哪个亲本),

进而可以推测出该个

2

4

6

8101214

16

18

00.10.20.30.40.5重组率

最小应选株数

体中所有染色体的组成。考虑一条染色体,如果两个相邻标记座位上的等位基因来自不同的亲本,则说明在这两个标记之间的染色体区段上发生了单交换或更高的奇数次交换;如果两标记座位上的等位基因来自同一个亲本,则可近似认为这两个标记之间的染色体区段也来自这个亲本,因为在这种情况下,该区段上只可能发生偶数次交换,而即使是最低的偶数次交换(即双交换),其发生的概率也是很小的。这样,根据两个相邻的标记,就能够推测出它们之间的染色体区段的来源和组成。将这个原理推广到所有的相邻标记,就可以推测出一个反映全基因组组成状况的连续的基因型,这种连续的基因型能直观地用图形表示出来,称为图示基因型(graphic genotype;Y oung and Tanksley 1989a)。目前已有一些专门用于绘制图示基因型的计算机软件(沈利爽等2000)。图6.3给出了一个栽培番茄与野生番茄杂交的F2个体的图示基因型。

图6.3一个栽培番茄×野生番茄的F2个体的图示基因型. 共12对染色体, 白色表示来自栽培番茄的区段, 黑色表示来自野生番茄的区段, 灰

色表示发生了单交换的区段, 横杠表示标记所在位置. 每对染色体

左边数字表示标记的基因型, 1为栽培番茄基因型, 2为杂合基因型,

3为野生番茄基因型. 染色体10有两种可能的图示基因型(引自

Y oung and Tanksley 1989a, 并作修改)

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图示基因型使人们对每一个体的基因组组成情况一目了然,大大方便了对遗传背景的选择。在标记辅助选择中,根据图示基因型,可以同时对前景和背景进行选择。由于目标基因是选择的首要对象,因此一般应首先进行前景选择,以保证不丢失目标基因,然后再对中选的个体进一步进行背景选择,以加快育种进程。

三、基因聚合

基因聚合(gene pyramiding)就是将分散在不同品种中的有用基因聚合到同一个基因组中。这在抗病育种中是一个重要的育种目标。植物抗病性分为垂直抗性和水平抗性两种,其中垂直抗性受主基因控制,抗性强,效应明显,易于利用。但垂直抗性一般具有小种特异性,所以易因致病菌优势小种的变化而丧失抗性。如果能将抵抗不同生理小种的抗病基因聚合到一个品种中,那么该品种就具有抵抗多种生理小种的能力,亦即具有多抗性,这样就不容易因致病菌优势小种的变化而丧失抗性。多抗性还可指一个品种具有抵抗多种病害的能力,这同样也牵涉到聚合不同抗性基因的问题。

抗性鉴定需要人工接种,必须在一定的发育时期进行,并要求严格控制接种条件,因此往往比较麻烦。特别是,在基因聚合过程中,必须对不同的抗性基因分别进行鉴定,更增加了实际操作上的难度。有时还可能因手头缺乏某种所需的致病菌菌株而使抗性鉴定难以进行。用标记辅助选择方法进行基因聚合则避免了上述困难。在进行基因聚合时,通常只关注目标抗性基因,即只进行前景选择,暂时可不理会遗传背景。下面给出一个通过标记辅助选择聚合水稻抗稻瘟病基因的实际例子(Zheng et al. 1995)。首先是应用分子标记技术将3个抗稻瘟病基因(Pi-2、Pi-1和Pi-4)在水稻第6、11和12号染色体上进行定位(图6.4),然

92

93

图6.4 3个抗稻瘟病基因Pi-2、Pi-1和Pi-4在水稻第6、11和12号染色体

上的定位(引自Zheng et al. 1995, 并作修改)

图6.5

利用分子标记聚合3个抗稻瘟病基因Pi-2、Pi-1和Pi-4的试验方案(引自Zheng et al. 1995, 并作修改)

后利用连锁标记将这3个抗性基因聚合起来。基因聚合试验从3个近等基因系C101LAC、C101A51和C101PKT出发,它们分别带有Pi-2、Pi-1和Pi-4基因。试验方案如图6.5所示。采用该方案,已成功地获得聚合了这3个抗稻瘟病基因的植株,它们可以作为供体亲本在育种中加以利用(参见下面“基因转移”部分),可同时提供数个抗性基因。

四、基因转移

基因转移(gene transfer)或基因渗入(gene transgression)是指将供体亲本(一般为地方品种、特异种质或育种中间材料等)中的有用基因(即目标基因)转移或渗入到受体亲本(一般为优良品种或杂交品种亲本)的遗传背景中,从而达到改良受体亲本个别性状的目的。通常采用回交的方法,即将供体亲本与受体亲本杂交,然后以受体亲本为轮回亲本,进行多代回交,直到除了来自供体亲本的目标基因之外,基因组的其它部分全部来自受体亲本。在这一过程中,可同时进行前景选择和背景选择。需注意的是,目标基因是来自供体亲本的,而遗传背景则是来自受体(轮回)亲本的,因此前景选择和背景选择的方向正好相反,前者称为正选择,后者称为负选择。

前景选择的作用是保证从每一回交世代选出的作为下一轮回交亲本的个体都包含目标基因,而背景选择则是为了加快遗传背景恢复成轮回亲本基因组的速度,以缩短育种年限。理论研究表明,背景选择的这种作用是十分显著的。例如,针对番茄基因组进行的计算机模拟研究显示(Y oung and Tanksley 1989b),如果每一回交世代产生30个植株,那么,用分子标记对整个基因组进行选择,只需3代即能完全恢复成轮回亲本的基因型,而采用传统的回交育种方法则需要6代以上(图6.6)。

背景选择的另一个重要作用是,可以避免或减轻连锁累赘这个长期困扰作物育种的难题。连锁累赘是指有利基因(目标基因)

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与不利基因(非目标基因)间的连锁,使回交育种在导入有利基因的同时也带入了不利基因,常常造成性状改良后的新品种与原目标不一致。研究表明,在传统的回交育种中,即使回交20代,在目标基因周围还能发现长达10 cM的供体亲本染色体片段,而对大多数植物来说,10 cM长的染色体片段中的DNA已足够包含几百个基因(Tanksley et al. 1993)。传统回交育种难以消除连锁累赘的主要原因是无法鉴别目标基因附近所发生的遗传重组,因而只能靠碰巧来选择消除了连锁累赘的个体。用高密度的分子标记连锁图就有可能直接选择到在目标基因附近发生了重组的个体。根据推算(Y oung and Tanksley 1989b),在150个BC1植株中,至少有一株在目标基因的某一侧1cM处发生交换的概率达到95%;而在300个BC2植株中,至少有一株在目标基因另一侧的1cM处发生交换的概率也达到95%。因此,只要在BC1和BC2中进行标记辅助选择,即可得到含有目标基因的供体染色体片段长度不大于2cM的植株,从而只需两个回交世代就可达到基本消除连锁累赘的目的。而采用传统育种的方法,至少需要100代才能达到(图6.6)。当然,应用分子标记消除连锁累赘的一个重要前提是,必须对目标基因进行了精细定位,必须找到与目标基因非常紧密连锁的分子标记。原则上说,对于控制质量性状的主基因而言,要做到这一点并没有实质性的困难。

图6.7给出了一个回交育种中标记辅助选择的假想例子。假设A品种为普通品种,但含有2个抗病基因,而B品种为综合性状好的优良品种,不含抗病基因。回交育种的目的是将A品种的抗病基因导入到B品种中。图中给出了3个BC1植株的图示基因型。可以看出,植株1只含一个来自亲本A的抗病基因,所以在前景选择中即被淘汰。植株2和3皆含有两个抗病基因,故都符合前景选择的要求。但比较它们的图示基因型可以发现,植株3基因组中受体亲本B的成分所占的比例较大,且每个目标基因附近都发生了重组,已去除了其周围较大部分来自供体亲本A的染

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色体成分。因此,在背景选择中,以植株3更理想,用它作为下一轮回交的亲本,可以更快恢复成亲本B的基因组(除目标基因外)。

图6.6 回交育种中传统方法与标记辅助选择效率的计算机模拟比较. 回交后代的基因组组成用图示基因型表示. (a) 轮回亲本基因组在回

交后代中的恢复速率. (b) 轮回亲本基因组在目标基因邻近区域的

恢复速率(引自Tanksley et al. 1989, 并作修改)

96

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图6.7 假想的3个BC 1植株的图示基因型. 仅画出来自F 1的那一套染色

体, 黑色表示来自供体亲本的区段, 白色表示来自轮回亲本的区段, 灰色表示发生了单交换的区段, 横杠表示标记所在位置, 箭头表示目标基因所在位置

需要指出的是,尽管分子标记辅助的背景选择效率很高,但依据个体表型进行背景选择的传统方法仍不应抛弃。一个有经验的育种家通过个体外部形态进行背景选择往往可以达到相当高的效率。因此,在育种实践中,将育种家丰富的选择经验与标记辅助选择相结合,不失为明智之举。

第二节数量性状的标记辅助选择

作为作物育种目标的大多数重要性状都是数量性状,因此,从这个意义上看,对数量性状的遗传操纵能力决定了作物育种的效率。数量性状的主要遗传特点就是表现型与基因型之间缺乏明确的对应关系,而传统育种方法主要都是依据个体表现型进行选择的,这是造成传统育种效率不高的主要原因。因此,无论从重要性上看,还是从必要性上看,数量性状都应成为标记辅助选择的主要对象,人们期望它能够给作物育种带来一场革命,这也是近十余年来吸引了全世界众多作物遗传育种学家满怀热情地致力于该领域研究的主要原因。

原则上,质量性状的标记辅助选择方法也适用于数量性状。然而,数量性状的标记辅助选择并不象最初所想象的那么简单,有许多因素必须考虑。目前,QTL定位的基础研究还不能满足育种的需要,还没有哪个数量性状的全部QTL被精确地定位出来,因此,还无法对数量性状进行全面的标记辅助选择。而要在育种过程中同时对许多目标基因(QTL)进行选择也是一个比较复杂的问题。另外,上位性效应也可能会影响选择的效果,使选育结果不符合预期的目标。再者,不同数量性状间还可能存在遗传相关。因此,在对一个性状进行选择的同时,还必须考虑对其它性状的影响。可见,影响数量性状标记辅助选择的因素很多,其难度要比质量性状大得多。

98

99

目前,对数量性状标记辅助选择的研究还主要局限在理论上,还很少有育种应用,不过,已有一些令人鼓舞的研究报道(参见第三节)。看来,要在数量性状的遗传改良上应用标记辅助选择技术,还有很多基础工作要做。本节主要介绍一些数量性状标记辅助选择理论研究的结果。为了便于比较,先简单介绍一下传统的选择方法。

一、表型值选择

传统育种对数量性状选择的依据是个体的表型值,可称为表型值选择。表型值选择的理论依据是:表型值是基因型值的一个近似值,因此,依据表型值的选择可以看成是一种近似的依据基因型值的选择。近似程度越高,则选择的效率也越高。但必须注意的是,在基因型值中,只有加性效应成分才可以真实地从上代遗传给下代,所以只有对基因型值中加性成分的选择才是有效的。因此,更确切的说法应是,表型值对加性效应值的近似程度越高,则选择效率越高。表型值对加性效应值的近似程度取决于狭义遗

传力h 2的大小(h G P 222=σσ,

其中σG 2和σP 2分别为加性遗传方差和表型方差),h 2越大则近似程度越高。当h 2 = 1时,表型值就等于加性效应值。因此,表型值选择的效率随狭义遗传力的增高而增高。

在传统育种中,常通过定向选择来改良数量性状。所谓定向选择就是在每一代都朝同一个方向(性状值增大或减小的方向)选择极端表型值的个体,使群体的平均值逐代朝该方向变化。定向选择的效率用遗传进度(?G )表示,它定义为中选个体的子代群体平均值(μs )与亲代群体平均值(μo )之差,即?G = μs - μo (图6.8;刘来福等 1984)。遗传进度越大,则选择效率越高。显然,遗传进度与遗传力成正比。当遗传力一定时,遗传进度的大小则取决于选择率(指中选个体占整个群体的比例)。选择率越小,

100

则选择强度(指中选个体的平均值与群体平均值之差)就越大,遗传进度也就越大(刘来福等 1984)。

图6.8 原群体和中选个体子代群体的性状分布及选择的遗传进度( G )

二、标记值选择

由传统选择方法很容易想到,如果能够直接依据个体的加性效应值进行选择,就必然能提高选择效率。这里的关键是如何估计出各个个体的加性效应值。利用完整的分子标记连锁图进行QTL 定位分析,原则上应该能够估计出个体的加性效应值。但从初级定位通常无法检测出全部的QTL 并准确地估计出它们的效应,因而估得的个体加性效应值只是近似的,可能存在较大的误差。要得到个体加性效应值的精确估值,必须进行QTL 的精细定位,但这是一个庞大的系统工程,需要经过长期的努力才可能完成。因此,目前利用分子标记还只能做到近似的依据加性效应值的选择。

许多QTL 定位方法都可用来估计个体的加性效应值,但应用上宜考虑既方便又不失有效的方法。Lande 和Thompson (1990

101

建议用性状-标记回归的方法(参见第五章),是比较合适的,已被许多学者所接受。在加性模型下,性状-标记回归方程为:

∑=++=N

i i i x a

y 1εμ (6.4)

式中,y 为个体的表型值;μ为模型均值;a i 为第i 标记的加性效应值;x i 为第i 标记的基因型指示变量,对应于基因型MM 、Mm 和mm 分别取1、0和-1;ε为环境随机误差;N 为标记数。应用逐步回归分析可以筛选出对目标性状效应明显的标记(根据性状-标记回归的统计性质,这些标记最可能与QTL 连锁),然后将它

们的加性效应估值(i a

?)带入下式,算出个体的标记值(marker score ):

∑==n

i i i x a

m 1? (6.5)

式中,x i 的含义与式(6.4)相同,n 为筛选出的标记数。标记值m 是个体加性效应值的一个近似值,其近似程度取决于那些筛选出的标记所能解释的加性遗传方差(2

M σ)占总的加性遗传方差(2G σ)

的比例,即22G M p σσ=,p 越大则近似程度越高。仅当p = 1时,

m 才等于加性效应值。我们将以个体标记值为依据的选择称为标记值选择。

比较标记值和表型值,可以看到,二者都是加性效应值的近

似值,其近似程度分别取决于p 和h 2。因此,不难想象,标记值

选择和表型值选择哪个更有效将取决于p 和h 2哪个更大。也就是

说,标记值选择未必一定比传统的表型值选择更有效,这要看p 是否比h 2更大。

102

让我们看看定向选择的情况。将标记值选择与表型值选择的遗传进度分别记为M G ?和P G ?。可以推得,在选择率相同的情

况下,二者的相对效率为(Lande and Thompson 1990):

2MP RE h p G G P M =??= (6.6)

由式(6.6)可见,标记值选择与表型值选择之间的相对效率取决于p 和h 2的相对大小,这与我们上面的分析是一致的。由此可以推论,标记值选择对遗传力较低的性状具有较高的相对效率,而且遗传力越低,其相对效率就越高;对于遗传力高的性状,表型值选择效率本身已经很高,就没太大必要采用标记值选择,而且由于标记值存在估计误差,这时标记值选择的效率可能还不如表型值选择高。

尽管标记值选择在低遗传力情况下相对效率较高,但遗传力也不能太低,否则会大大降低检测QTL 的能力,增大标记值的估计误差,从而使标记值选择的效率下降(Moreau et al. 1998)。所以,在低遗传力的情况下,必须增大试验群体,并采用较低的统计显著水平,以提高检测QTL 的能力,减小标记值的估计误差(Gimelfarb and Lande 1994a; Hospital et al. 1997; Moreau et al. 1998)。

如果标记值的估计是可靠的,那么标记值选择在早期世代会产生明显的遗传进度,但随着世代的推移,这种能力会迅速衰减,在3 ~ 5代内消失,不再产生遗传进度(Edwards and Page 1994)。造成这种现象的原因可能有两个:一个是遗传重组打破了标记和QTL 间原有的连锁关系;另一个是一些效应较小的QTL 的有利等位基因在选择过程中丢失,而其不利等位基因则在群体中被固定(纯合),这种固定速度在标记值选择中要比在表型值选择中更快(Hospital et al. 1997)。对于前一个问题,可以通过重新估价和

103

筛选对性状效应显著的标记来解决(Gimelfarb and Lande 1994a )。如果每一代都重新估价和筛选分子标记,可以明显地提高选择效率(Gimelfarb and Lande 1994a )。但这样做显然会增加分子标记分析的费用。所以,每2 ~ 3代重新估价和筛选一次分子标记是比较合适的策略(Hospital et al. 1997)。

三、指数选择

既然标记值和表型值都是加性效应的近似值,二者都含有加性效应的部分信息,而且这些信息可能存在互补性(亦即彼此不完全重叠),那么,若将二者的信息综合起来,作为选择的依据,则可望获得更高的选择效率。为此,Lande 和Thompson (1990)建议用表型值和标记值构建一个选择指数:

m b z b I m z += (6.7)

用选择指数作为选择的依据,我们称这种选择方法为指数选择。式(6.7)中,z 为表型值,m 为标记值,b z 和b m 为权重系数(b z + b m ≡ 1),其算式分别为(Knapp 1998):

2222

221)1(ph h p b M P M G z --=--=σσσσ (6.8)

2222

2211ph h b M P G P

m --=--=σσσσ (6.9)

选择指数也是对加性效应值的一种近似值,其近似程度取决于它的遗传力(Knapp 1998):

p ph h h p ph h p h I +--+--=222222

2)1(1)1( (6.10)

104

2I h 越大,

则选择指数越接近加性效应,因而选择的效率也就越高。由式(6.10)可知,当0=p 时,有22h h I =,这时相当于单纯的表

型值选择。当2h 的值一定时,2I h 随p 的增大而增大,且2h 越低,2

I h 随p 的增长速度越快,特别是在5.00<

对于定向选择,指数选择与表型值选择的相对效率为(Lande and Thompson 1990):

222IP 1)1(RE ph p h p G G P I --+=??= (6.11)

式中?G I 为指数选择的遗传进度。图6.10给出了在不同h 2情况

105

图6.9 标记解释的加性方差比例与选择指数遗传力的关系(引自Knapp

1998,并作修改)

图6.10 性状遗传力及标记解释的加性方差比例与指数选择相对效率的关

系(引自Lande and Thompson 1990,并作修改)

0.0

0.1

0.2

0.30.40.50.60.70.80.9

1.0

0.00.10.20.30.40.50.60.70.80.9 1.0

标记解释的加性方差比例(p )

选择指数遗传力(h I 2)0

1

2345

00.10.20.30.40.50.60.70.80.91

标记解释的加性方差比例(p )

相对效率(R E )遗传力

0.05

0.10.20.5

1.0

分子标记辅助选择育种

分子标记辅助选择育种 传统的育种主要依赖于植株的表现型选择 (Phenotypieal selection)。环境条件、基因间互作、基因型与环境互作等多种因素会影响表型选择效率。例如抗病性的鉴定就受发病的条件、植株生理状况、评价标准等影响;品质、产量等数量性状的选择、鉴定工作更困难。一个优良品种的培育往往需花费7~8年甚至十几年时间。如何提高选择效率,是育种工作的关键。 育种家在长期的育种实践中不断探索运用遗传标记来提高育种的选择效率与育种预见性。遗传标记包括形态学标记、细胞学标记、生化标记与分子标记。棉花的芽黄、番茄的叶型、抗TMV的矮黄标记、水稻的紫色叶鞘等形态性状标记,在育种工作中曾得到一定的应用。以非整倍体、缺失、倒位、易位等染色体数目、结构变异为基础的细胞学标记,在小麦等作物的基因定位、连锁图谱构建、染色体工程以及外缘基因鉴定中起到重要的作用,但许多作物难以获得这类标记。生化标记主要是利用基因的表达产物如同工酶与贮藏蛋白,在一定程度上反映基因型差异。它们在小麦、玉米等作物遗传育种中得到应用。但是它们多态性低,且受植株发育阶段与环境条件及温度、电泳条件等影响,难以满足遗传育种工作需要。以DNA多态性为基础的分子标记,目前已在作物遗传图谱构建、重要农艺性状基因的标记定位、种质资源的遗传多样性分析与品种指纹图谱及纯度鉴定等方面得到广泛应用,尤其是分子标记辅助选

择(molecular marker-as—sisted selection,MAS)育种更受到人们的重视。 第一节分子标记的类型和作用原理 一、分子标记的类型和特点 按技术特性,分子标记可分为三大类。第一类是以分子杂交为基础的DNA标记技术,主要有限制性片段长度多态性标记(Restriction fragment length polymorphisms,RFLP标记);第二类是以聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR反应)为基础的各种DNA指纹技术。PCR是Mullis等(1985)首创的在模板DNA、引物和4种脱氧核糖核苷酸存在的条件下,依赖于DNA聚合酶的体外酶促反应,合成特异DNA片段的一种方法。PCR技术的特异性取决于引物与模板DNA的特异结合。PCR反应分变性(denaturation)、复性(annealling)、延伸(exten—sion)三步(图17—1)。变性指的是通过加热使DNA双螺旋的氢键断裂,双链解离形成单链DNA的过程;复性(又称退火)是指当温度降低时,单链DNA回复形成双链的过程,由于模板分子结构较引物要复杂得多,而且反应体系中引物DNA大大高于模板DNA,容易使引物和其互补的模板在局部形成杂交链;延伸是指在DNA聚合酶和4种脱氧核糖核苷三磷酸底物及Mg2+存在的条件下,在聚合酶催化下进行以引物为起始点的5'-3'的DNA链延伸。以上三步为一个循环,每一循环的产物可以作为下一个循环的模板,经25~30个循环后,介于两个引物之间的特异DNA片段得到大量的复制,数量可达2×106-7拷贝。按照PCR所需引

分子标记辅助选择(MAS)与QTL定位在鸡遗传育种中的应用

分子标记辅助选择(MAS)与QTL定位在鸡遗传育种中的应用 摘要:近年来,随着畜禽基因组研究计划相继开展,分子标记的研究与应用得到 了迅速的发展,这为准确地评价畜禽群体遗传结构及遗传多样性提供了新的机遇。分子标记辅助选择(MAS)也越来越受到育种学家的广泛关注,并且目前已用于生产实践,对提高经济效益和育种效率起到了大的推动作用。而对鸡的染色体上QTL定位工作也有了迅猛的发展,成为动物基因定位工作中一个异常活跃的领域。对鸡数量性状的研究也已发展为直接将研究目标指向各个数量性状位点,借助各种遗传标记,构建遗传连锁图谱,通过一定的统计分析方法,从而将影响数量性状的多个基因定位于特定的染色体区域。分子标记辅助选择(MAS)与QTL定位之间具有紧密联系。本文主要综述分子标记辅助选择(MAS)与QTL定位在鸡遗传育种中的研究进展。 关键词:鸡;分子标记辅助选择(MAS);QTL定位 1.引言 鸡的许多经济性状属数量性状,该类性状的发生受到2对或更多对等位基因的控制,每对等位基因没有显性与隐性的区别,而是共显性的。这些等位基因对该数量遗传性状形成的作用微小,所以也称为微效基因(minor gene),它们在染色体上的位置称为数量性状基因座(quantitative trait loci,QTL)。目前随着QTL 研究的深入,不仅丰富和发展了数量遗传学的内容,成为新兴的分子数量遗传学的主体,也必将对畜禽的育种改良起到极大的推动作用,从而开创动物育种的新纪元。 2.分子标记辅助选择(MAS) 2.1 相关概念 Stam(1986)提出通过限制性片段长度多态性(RFLP),可对生物有机体的基因组进行标记,利用标记基因型能非常准确地估计数量性状的育种值,以该育种值为基础的选择,称为标记辅助选择(marker assisted selection,MAS)。Lander 和Thompson(1990)定义标记辅助选择,为把分子遗传学方法和人工选择相结合达到性状(traits)最大的遗传改进,人们进一步将MAS定义为以分子遗传学和遗传工程为手段,在连锁分析的基础上,运用现代育种原理和方法,实现性状最大的遗传改进。 2.2 常用分子遗传标记及应用 目前常用于家禽遗传育种的分子遗传标记主要有:(1)限制性片段长度多态(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP);(2)DNA指纹(DNA fingerprint,DFP);(3)随机扩增多态DNA(Randomly Amplified polymorphisms DNA,RAPD);(4)微卫星DNA(Microsatellite DNA);(5)单核苷酸多态性(single nucleotidepolymorphism,SNP);另外随着仪器的改善和技术的不断提高,现在也发展了很多新型、高效的检测突变的方法。下面主要介绍目前家禽遗传育种中常用的分子遗传标记。

分子标记辅助选择

第六章分子标记辅助选择 选择是育种中最重要的环节之一。所谓选择,是指在一个群体中选择符合要求的基因型。但在传统育种中,选择的依据通常是表现型而非基因型,这是因为人们无法直接知道个体的基因型,只能从表现型加以推断。也就是说,传统育种是通过表现型间接对基因型进行选择的。这种选择方法对质量性状而言一般是有效的,但对数量性状来说,则效率不高,因为数量性状的表现型与基因型之间缺乏明确的对应关系。即使是质量性状,有的也可能会因为表型测量难度较大或误差较大而造成表型选择的困难。另外,在个体发育过程中,每一性状都有其特定的表现时期。许多重要的性状(如产量和品质)都必须到发育后期或成熟时才得以表现,因而选择也只能等到那时才能进行。这对于那些植株高大、占地多、生长季长的作物,特别是果树之类的园艺作物,显然是非常不利的。总之,传统的基于表型的选择方法存在许多缺点,效率较低。要提高选择的效率,最理想的方法应是能够直接对基因型进行选择。 分子标记为实现对基因型的直接选择提供了可能,因为分子标记的基因型是可以识别的。如果目标基因与某个分子标记紧密连锁,那么通过对分子标记基因型的检测,就能获知目标基因的基因型。因此,我们能够借助分子标记对目标性状的基因型进行选择,这称为标记辅助选择(MAS)。这是分子标记在育种中应用的最主要方面。 第一节质量性状的标记辅助选择 如前所述,传统的表型选择方法对质量性状一般是有效的, 86

因为质量性状的表现型与基因型之间通常存在清晰可辨的对应关系。因此,在多数情况下,对质量性状的选择无须借助于分子标记。但对于以下三种情况,采用标记辅助选择可提高选择效率:(1)当表现型的测量在技术上难度很大或费用太高时;(2)当表现型只能在个体发育后期才能测量,但为了加快育种进程或减少后期工作量,希望在个体发育早期(甚至是对种子)就进行选择时;(3)除目标基因外,还需要对基因组的其它部分(即遗传背景)进行选择时。另外,有些质量性状不仅受主基因控制,而且还受到一些微效基因的修饰作用,易受环境的影响,表现出类似数量性状的连续变异。许多常见的植物抗病性都表现为这种遗传模式。这类性状的遗传表现介于典型的质量性状和典型的数量性状之间,所以有时又称之为质量-数量性状。不过,育种上感兴趣的主要还是其中的主基因,因此习惯上仍把它们作为质量性状来对待。这类性状的表型往往不能很好地反映其基因型,所以按传统育种方法,依据表型对其主基因进行选择,有时相当困难,效率很低。因此,标记辅助选择对这类性状就特别有用。一个典型的例子是大豆孢囊线虫病抗性的标记辅助育种(Y oung 1999)。 本节首先介绍质量性状标记辅助选择的基本方法(前景选择和背景选择),然后介绍它们在育种上的应用(基因聚合和基因转移)。 一、前景选择 对目标基因的选择称为前景选择(foreground selection; Hospital and Charcosset 1997),这是标记辅助选择的主要方面。前景选择的可靠性主要取决于标记与目标基因间连锁的紧密程度。若只用一个标记对目标基因进行选择,则标记与目标基因间的连锁必须非常紧密,才能够达到较高的正确率。假设某标记座位(M/m)与目标基因座位(Q/q)连锁,重组率为r,F1代基因型为MQ/mq,其中Q为目标等位基因,亦即要选择的对象。由于M 87

介绍qtl及标记辅助选择等基本的概念Euphytica (2005)

Euphytica(2005)142:169–196 DOI:10.1007/s10681-005-1681-5C Springer2005 An introduction to markers,quantitative trait loci(QTL)mapping and marker-assisted selection for crop improvement:The basic concepts B.C.Y.Collard1,4,?,M.Z.Z.Jahufer2,J.B.Brouwer3&E.C.K.Pang1 1Department of Biotechnology and Environmental Biology,RMIT University,P.O.Box71,Bundoora,Victoria3083, Australia;2AgResearch Ltd.,Grasslands Research Centre,Tennent Drive,Private Bag11008,Palmerston North, New Zealand;3P.O.Box910,Horsham,Victoria,Australia3402;4Present address:Plant Breeding,Genetics and Biotechnology Division,International Rice Research Institute(IRRI),DAPO Box7777,Metro Manila,Philippines; (?author for correspondence:e-mail:bcycollard@https://www.360docs.net/doc/1217020650.html,) Received11July2004;accepted2February2005 Key words:bulked-segregant analysis,DNA markers,linkage map,marker-assisted selection,quantitative trait loci (QTLs),QTL analysis,QTL mapping Summary Recognizing the enormous potential of DNA markers in plant breeding,many agricultural research centers and plant breeding institutes have adopted the capacity for marker development and marker-assisted selection(MAS). However,due to rapid developments in marker technology,statistical methodology for identifying quantitative trait loci(QTLs)and the jargon used by molecular biologists,the utility of DNA markers in plant breeding may not be clearly understood by non-molecular biologists.This review provides an introduction to DNA markers and the concept of polymorphism,linkage analysis and map construction,the principles of QTL analysis and how markers may be applied in breeding programs using MAS.This review has been speci?cally written for readers who have only a basic knowledge of molecular biology and/or plant genetics.Its format is therefore ideal for conventional plant breeders,physiologists,pathologists,other plant scientists and students. Abbreviations:AFLP:ampli?ed fragment length polymorphism;BC:backcross;BSA:bulked-segregant analysis; CIM:composite interval mapping;cM:centiMorgan;DH:doubled haploid;EST:expressed sequence tag;SIM:sim-ple interval mapping;LOD:logarithm of odds;LRS:likelihood ratio statistic;MAS:marker-assisted selection;NIL: near isogenic lines;PCR:polymerase chain reaction;QTL:quantitative trait loci;RAPD:random ampli?ed poly-morphic DNA;RI:recombinant inbred;RFLP:restriction fragment length polymorphism;SSR:simple sequence repeats(microsatellites);SCAR:sequence characterized ampli?ed region;SNP:single nucleotide polymorphism; STS:sequence tagged site Introduction Many agriculturally important traits such as yield,qual-ity and some forms of disease resistance are controlled by many genes and are known as quantitative traits(also ‘polygenic,’‘multifactorial’or‘complex’traits).The regions within genomes that contain genes associated with a particular quantitative trait are known as quan-titative trait loci(QTLs).The identi?cation of QTLs based only on conventional phenotypic evaluation is not possible.A major breakthrough in the characteri-zation of quantitative traits that created opportunities to select for QTLs was initiated by the development of DNA(or molecular)markers in the1980s. One of the main uses of DNA markers in agricul-tural research has been in the construction of linkage maps for diverse crop species.Linkage maps have been utilised for identifying chromosomal regions that contain genes controlling simple traits(controlled by a single gene)and quantitative traits using QTL

分子标记辅助育种技术

分子标记辅助育种技术 第一节 分子标记的类型和作用原理 遗传标记是指可以明确反映遗传多态性的生物特征。 在经典遗传学中,遗传多态性是指等位基因的变异。 在现代遗传学中,遗传多态性是指基因组中任何座位上的相对差异。 在遗传学研究中,遗传标记主要应用于连锁分析、基因定位、遗传作图及基因转移等。 在作物育种中,通常将与育种目标性状紧密连锁的遗传标记用来对目标性状进行追踪选择。 在现代分子育种研究中,遗传标记主要用来进行基因定位和辅助选择。 1、形态标记 形态标记是指那些能够明确显示遗传多态性的外观性状。如、株高、穗型、粒色等的相对差异。 形态标记数量少,可鉴别标记基因有限,难以建立饱和的遗传图谱。 有些形态标记受环境的影响,使之在育种的应用中受到限制。 2、细胞学标记 细胞学标记是指能够明确显示遗传多态性的细胞学特征。如染色体的结构特征和数量特征。 核型:染色体的长度、着丝粒位置、随体有无。 可以反映染色体的缺失、重复、倒位、易位。 染色体结构特征 带型:染色体经特殊染色显带后,带的颜色深浅、宽窄 和位置顺序,可以反映染色体上常染色质和异染 色质的分布差异。 染色体数量特征—是指细胞中染色体数目的多少。染色体数量上的

遗传多态性包括整倍体和非整倍体变异。 细胞学标记 优点:克服了形态标记易受环境影响的缺点。 缺点: (1)培养这种标记材料需花费大量的人力物力; (2)有些物种对对染色体结构和数目变异的耐受性差,难以获得相应的标记材料; (3)这种标记常常伴有对生物有害的表型效应; (4)观察鉴定比较困难。 3、蛋白质标记 用作遗传标记的蛋白质分为酶蛋白质和非酶蛋白质两种。 非酶蛋白质:用种子储藏蛋白质经一维或二维聚丙烯酰胺凝胶电泳,根据显示的蛋白质谱带或点,确定其分子结构和组成的差异。 酶蛋白质:利用非变性淀粉凝胶或聚丙烯酰胺凝胶电泳及特异性染色检测,根据电泳谱带的不同来显示酶蛋白在遗传上的多态性。 蛋白质标记的不足之处: (1)每一种同工酶标记都需特殊的显色方法和技术; (2)某些酶的活性具有发育和组织特异性; (3)标记的数量有限。 4 、 DNA标记 DNA分子标记是DNA水平上遗传多态性的直接反映。 DNA水平的遗传多态性表现为核苷酸系列的任何差异,包括单个核苷酸的变异。 二、分子标记的类型及作用原理

分子标记的发展及分子标记辅助育种

分子标记的发展及分子标记辅助育种 分子标记辅助选择育种(Marker Assisted Selection (MAS)或Marker Assisted Breeding)是利用与目标基因紧密连锁的分子标记或功能标记),在杂交后代中准确地对不同个体的基因型进行鉴别,并据此进行辅助选择的育种技术。通过分子标记检测,将基因型与表现型相结合,应用于育种各个过程的选择和鉴定,可以显著提高育种选择工作的准确性,提高育种研究的效率。 分子标记辅助育种示意图 DNA分子标记相对同类技术来说具有很强的优越性:因为大部分标记为共显性,对隐性性状的选择十分有利;数量极多,应对极其丰富的基因组变异;在生物发育的不同阶段,不同组织的DNA都可用标记分析;不影响目标性状的表达,与不良性状无必然的连锁等等。随着分子生物学技术的发展,现在DNA分子标记技术也有数十种,广泛应用于遗传育种、基因组作图、基因定位、物种亲缘关系鉴定、基因库构建、基因克隆等方面。 分子标记的类型 分子标记按技术特性可分为三大类。第一类是以分子杂交为基础的DNA标记技术,主要有限制性片段长度多态性标记(Restriction fragment length polymorphisms,RFLP标记);第二类是以聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR反应)为基础的各种DNA指

纹技术;第三类是一些新型的分子标记,如单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP),由基因组核苷酸水平上的变异引起的DNA序列多态性,包括单碱基的转换、颠换以及单碱基的插入/缺失等。 分子标记是以DNA多态性为基础,因而具有以下优点:①表现稳定,多态性直接以DNA 形式表现,无组织器官、发育时期特异性,不受环境条件、基因互作影响;②数量多,理论上遍及整个基因组;③多态性高,自然界存在许多等位变异,无需专门人为创造特殊遗传材料,这为大量重要性状基因紧密连锁的标记筛选创造了条件;④对目标性状表达无不良影响,与不良性状无必然连锁;⑤部分标记遗传方式为共显性,可鉴别纯合体与杂合体;⑥成本不高,一般实验室均可进行。对于特定探针或引物可引进或根据发表的特定序列自行合成。 各种分子标记的原理和优缺点 第一代分子标记:RFLP RFLP在20世纪70年代已被发现,是发现最早的一种分子标记。1980年,人类首先将其用于构建连锁图。 RFLP标记的原理:植物基因组DNA上的碱基替换、插入、缺失或重复等,造成某种限制性内切酶(restriction enzymes,简称RE)酶切位点的增加或丧失是产生限制性片段长度多态性的原因。对每一个DNA/RE组合而言,所产生的片段是特异性的,它可作为某一DNA 所特有的“指纹”。某一生物基因组DNA经限制性内切酶消化后,能产生数百万条DNA片段,通过琼脂糖电泳可将这些片段按大小顺序分离,然后将它们按原来的顺序和位置转移至易于操作的尼龙膜或硝酸纤维素膜上,用放射性同位素(如P32)或非放射性物质(如生物素、地高辛等)标记的DNA作为探针,与膜上的DNA进行杂交(即Southern杂交),若某一位置上的DNA酶切片段与探针序列相似,或者说同源程度较高,则标记好的探针就结合在这个位置上。放射自显影或酶学检测后,即可显示出不同材料对该探针的限制性片段多态性情况。对于线粒体和叶绿体等相对较小的DNA分子,通过合适的限制性内切酶酶切,电泳分析后有可能直接检测出DNA片段的差异,就不需Southern杂交。RFLP探针主要有三种来源,即cDNA克隆、植物基因组克隆(Random Genome克隆,简称RG克隆)和PCR克隆。 优点: RFLP标记具有共显性的特点。共显性(co-dominant)标记指的是双亲的两个以上分子量不同的多态性片段均在F1中表现。它已被广泛用于多种生物的遗传分析,特别是构建植物遗传图谱。

第十七章 分子标记辅助选择育种

目录 第一节分子标记的类型和作用原理 第二节重要农艺性状基因连锁标记的筛选技术 第三节作物分子标记辅助育种 第一节 分子标记的类型和作用原理 遗传标记是指可以明确反映遗传多态性的生物特征。 在经典遗传学中,遗传多态性是指等位基因的变异。 在现代遗传学中,遗传多态性是指基因组中任何座位上的相对差异。 在遗传学研究中,遗传标记主要应用于连锁分析、基因定位、遗传作图及基因转移等。 在作物育种中,通常将与育种目标性状紧密连锁的遗传标记用来对目标性状进行追踪选择。 在现代分子育种研究中,遗传标记主要用来进行基因定位和辅助选择。 1、形态标记 形态标记是指那些能够明确显示遗传多态性的外观性状。如、株高、穗型、粒色等的相对差异。 形态标记数量少,可鉴别标记基因有限,难以建立饱和的遗传图谱。 有些形态标记受环境的影响,使之在育种的应用中受到限制。 2、细胞学标记 细胞学标记是指能够明确显示遗传多态性的细胞学特征。如染色体的结构特征和数量特征。 核型:染色体的长度、着丝粒位置、随体有无。 可以反映染色体的缺失、重复、倒位、易位。 染色体结构特征 带型:染色体经特殊染色显带后,带的颜色深浅、宽窄

和位置顺序,可以反映染色体上常染色质和异染 色质的分布差异。 染色体数量特征—是指细胞中染色体数目的多少。染色体数量上的 遗传多态性包括整倍体和非整倍体变异。 细胞学标记 优点:克服了形态标记易受环境影响的缺点。 缺点: (1)培养这种标记材料需花费大量的人力物力; (2)有些物种对对染色体结构和数目变异的耐受性差,难以获得相应的标记材料; (3)这种标记常常伴有对生物有害的表型效应; (4)观察鉴定比较困难。 3、蛋白质标记 用作遗传标记的蛋白质分为酶蛋白质和非酶蛋白质两种。 非酶蛋白质:用种子储藏蛋白质经一维或二维聚丙烯酰胺凝胶电泳,根据显示的蛋白质谱带或点,确定其分子结构和组成的差异。 酶蛋白质:利用非变性淀粉凝胶或聚丙烯酰胺凝胶电泳及特异性染色检测,根据电泳谱带的不同来显示酶蛋白在遗传上的多态性。 蛋白质标记的不足之处: (1)每一种同工酶标记都需特殊的显色方法和技术; (2)某些酶的活性具有发育和组织特异性; (3)标记的数量有限。 4 、 DNA标记

分子标记辅助选择

第十七章分子标记辅助选择育种 分子标记:以DNA多态性为基础的遗传标记 分子标记的特点:1、遗传多态性高;2、在基因组中大量存在且均匀分布;3、稳定性、重现性好;4、信息量大,分析效率高 第一节 分子标记的类型及原理 一、分子标记的类型 1、以DNA-DNA杂交为基础的DNA标记技术:限制性片段长度多态性标记,简称RFLP标记;可变数目串联重复序列标记,简称VNTR标记;原位杂交,简称ISH 2、基于PCR的DNA标记:1)单引物PCR标记;2)双引物选择性扩增的PCR标记;3)通过克隆、测序来构建特殊双引物的PCR标记。 3、基于PCR与限制性内切酶技术相结合的DNA标记。分为两类:限制性酶切片段的选择性扩增,如AFLP;PCR扩增片段的限制性酶切,如CAPs 4、基于单核苷多态性的DNA标记:单核苷酸多态性,简称SNP 二、主要分子标记 1、RFLP(Restriction Fragment Length po1ymorpams)限制性片段长度多态性 1980,Bostein用限制性内切酶酶切不同个体的基因组DNA后,含有与探针序列同源的酶切片段在长度上的差异。 (1)RFLP标记的原理 基因组DNA序列上的变化:碱基替换、插入、缺失或重复造成某种限制性内切酶(restriction enzymes )酶切位点的增加或丧失以及内切酶酶切位点间DNA片段变化 (1)RFLP标记的分析步骤 (2)RFLP分析探针 单拷贝或寡拷贝 探针来源:cDNA克隆;基因组克隆(Random Genome);PCR克隆(3)RFLP标记的特点 优点:①数目几乎无限;②共显性;③可以利用现有探针,具有种族特异性;④RFLP标记遍及全基因组;⑥重复性好 缺点:成本较高;一个探针只能产生一个多态位点;需要许多克隆探针;所需DNA量大(5~15μg);易造成环境污染 2、RAPD(Random Amplification Polymorphism DNA)随机扩增多态性DNA 1990,Williams通过PCR扩增染色体组DNA所获得的长度不同的多态性

分子标记辅助选择 (MAS) 的发展策略

分子标记辅助选择(MAS) 的发展策略 Molecular-assisted-selection 作者: jdt5155873(站内联系TA)收录: 2006-02-25 发布: 2006-02-25 分子标记辅助选择(MAS) 的发展策略 在表型选择有效的情况下,MAS 更适用于隐性,限性,测定困难或费用昂贵以及未成熟期鉴定性状。在实际运用过程中应用一定策略,降低应用成本,MAS 的作用将可得到更大发挥。 1.1 定位作图与育种同步进行 育种群体与定位群体之间的重组频率是有变化的,不一定相同,在不同群体中QTL 检测一致性低,而在同一群体不同世代中较高(Bohn et al.,2001)。研究者对目标基因进行定位是为了利用这些基因,一个重要途径就是进行MAS 提高种育种效率,为大规模培育优良品系或品种创造条件,而MAS 希望使用在育种群体中与目的基因重组率仍旧较低的标记。方宣钧等(2001)建议选择杂交亲本时尽量使用与育种直接有关的材料,所构建群体应尽可能做到既是遗传研究群体,又是育种群体,这样定位与MAS 同步进行可缩短基因(QTL) 定位研究与育种应用的距离,提高育种效率和MAS 效益。 1.2 选择合适标记类型 适合于MAS 的分子标记必须符合如下几个条件:检测手段简单快捷,易于实现自动化;DNA 质量要求不高,用量少,可以同时分析大量样品;信息量大,分析效率高;多态性好,在基因组中大量存在而且分布均匀;开发成本和使用成本低。目前已经发展出十几种标记技术,比较常用有RFLP、RAPD、SSR、AFLP (amplified fragment length polymorphism)、SCAR、STS 和CAPS 等。 理想分子标记应该是建立在PCR 技术基础上,重复性高,在广泛基因背景下都能表达,在不同研究者中能相互交换使用,并能有效跟踪目标基因的标记,如水稻抗白叶枯病基因Xa21 标记pTA248。而选用何种分子标记来进行MAS 选择,直接关系到选择效果。对于前景(目标基因)选择,所有标记技术都可以采用,但PCR 标记最佳,共显性SSR、CAPS 和STS 是首选标记,其次是SCAR。至于背景选择,应根据情况灵活选用,目前在低世代最合适的是RAPD、AFLP 和SSR 等,但在高世代AFLP 由于可检测到更多多态位点而优于其他标记。 夏军红等(2000)比较AFLP 和SSR 两种标记背景选择的相关性,发现达显著水平,结果具有同一性。因此,在实际应用过程中,选用一种标记类型进行背景选择即可。

分子标记辅助选择复习资料(GAU)

分子标记辅助选择复习资料(GAU) 第一章 1.DNA变性:在高温或某些化学试剂作用下双链DNA分子的两条互补的单链会相互分开的过程。 2.DNA复性:当变性的外界条件消除后,互补的单链DNA又可恢复双螺旋结构的过程。 3.基因组:是指一种生物或个体细胞所具有的一套完整的基因及其调控序列。 4.显性标记:是指F1的多态性片段与其亲本之一完全相同。如RAPD, AFLP等。 5.共显性标记:是指双亲的两个以上分子量不同的多态性片段均在F1中表现,如RFLP, SSR,SCAR, ISSR, CAPs。 6.琼脂糖凝胶电泳:分离,纯化和鉴定长度为0.2—50Kb的DNA片段。应用于RAPD,RFLP,ISSR,SCAR等。 7.聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE):分离,纯化和鉴定长度为5—500bp的DNA 长度。 非变性PAGE:应用于SSR等 变性PAGE:应用于AFLP等 8.纯化后DNA浓度的确定: OD260∕OD280=1.8 纯DNA OD260∕OD280<1.8 有蛋白污染 OD260∕OD280>1.8 有RNA污染 OD260∕OD280=2.0 纯RNA OD260∕OD280<2.0 有盐,多糖等污染 9.理想分子标记需达到的要求: ①具有高的多态性 ②共显性遗传,即利用分子标记可鉴别二倍体中杂合和純合基因性 ③能明确辨别等位基因 ④除特殊位点的标记外,要求分子标记均匀分布于整个基因组 ⑤选择中性(即无基因多态性) ⑥检测手段简单,快速 ⑦开发成本和使用成本尽量低廉 ⑧在实验室内和实验室间重复性好 10.分子标记优越性 ①直接以DNA的形式表现 ②数量多,遍及整个基因组,检测位点近于无限 ③多态性高,不需要专门创造特殊的遗传材料 ④不影响目标性状的表达,与不良性状无必然的连锁 ⑤有许多分子标记表现为共显性 11.分子标记类型 1)以分子杂交为基础的DNA标记技术 ①限制性片段长度多态性(RFLP) ②可变数目串联重复序序列(VNTR) ③染色体原位杂交(In situ Hybridization)

分子标记辅助选择实验方法

分子标记筛选实验 DNA提取的实验仪器与耗材准备:水浴锅,高速冷冻离心机,小型离心机,预冷的异丙醇,1.5ml的灭菌eppondorf管,50 ml的灭菌离心管,70%的酒精,5M的KAc混合液,研钵,液氮,SDS抽取液,1M Tri-HCl (pH 8.0),0.5M EDTA (pH 8.0),TE (pH 8.0)( 相关试剂配法见《分子克隆》,金冬雁等,1996) 1.DNA小量提取法(SDS小量提取法) F2群体DNA采用SDS小量提取法,步骤如下: 1. 取新鲜水稻样本叶片2cm左右于1.5 eppondorf管中,加入液氮,用电钻磨碎。 2. 每管磨碎的水稻叶片中加入700ul已预热至650C 的SDS抽取液,迅速搅匀后置于650C水浴30min。 3. 加入200ul 预冷的5MKAc混合液,颠倒充分混匀,冰浴30min后,于40C 10000转离心4min,吸取上层液到另一准备好的1.5ml eppondorf管中。 4. 加入等体积预冷的异丙醇,置于-200C 30min后,40C 10000转离心4min。 5. 弃上清,加入70% 乙醇清洗,上下颠倒混匀,小型离心机快速离心弃上清,倒扣晾干(注:晾干不宜太久,反止DNA难溶)。 6. 将晾干的DNA溶于100ul TE溶液中, 40C保存备用。 2.DNA大量提取法(SDS大量提取法) 亲本DNA和突变体DNA池、正常株DNA池采取SDS大量提取法,步骤如下: 1.取每个水稻新鲜样本叶片1g,放入10ml离心管,加入液氮,用电钻磨碎。 2.加入5ml已预热至650C 的SDS抽取液,迅速搅匀后置于650C水浴20min。 3.水浴20min后加入1 ml 5MKAc混合液,上下颠倒充分混匀,冰浴20min, 冰浴期间要将离心管上下颠倒数次。 4.加入等体积的氯仿,室温下以3000(10000 rmp)的速度离心 3min,吸取 上清于另一准备好的50 ml离心管中。 5.加入等体积的异丙醇,轻轻摇晃,可以看见DNA絮状沉淀。 6.用玻棒挑出DNA絮状物,用75%乙醇清洗两次,将乙醇到掉,晾干。 7.将晾干的DNA溶于500ul TE溶液中, 40C保存备用。

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