ID1
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转换方向点工具Shift+C
文字工具T
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铅笔工具N
直线工具\
矩形框架工具F
矩形工具M
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缩放工具S
切变工具O
渐变色板工具G
渐变羽化工具Shift+G
自由变换工具E
缩放工具Z
恢复默认填色和描边按钮颜色D 切换填色和描边按钮颜色X
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二、显示/隐藏调板
显示/隐藏各调板的快捷键：15 “页面”调板F12
“图层”调板F7
“色板”调板F5
“描边”调板F10
“效果”调板Shift+Ctrl+F10
“颜色”调板F6
“对象样式”调板Ctrl+F7
“链接”调板Shift+Ctrl+D
“对齐”调板Shift+F7
“段落”调板Alt+Ctrl+T
“字符”调板Ctrl+T
“表”调板Shift+F9
“段落样式”调板F11
“字符样式”调板Shift+F11
控制面板Alt+Ctrl+6
页面放大、缩小、翻页等快捷键：16
放大Ctrl+=
缩小Ctrl+-
100%显示Ctrl+1
使页面适合窗口Ctrl+0
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使跨页适合窗口Alt+Ctrl+0
200%显示400%显示Ctrl+2 Ctrl+4
按空格可切换到抓手工具来移动页面但在使用“文本”工具时不能用翻页操作Page UP Page Down
显示/隐藏标尺Ctrl+R
显示/隐藏标尺参考线分栏线Ctrl+;
锁定标尺参考线Ctrl+Alt+;
显示/隐藏框架边缘Ctrl+H
显示/隐藏文本串接Ctrl+Alt+Y
打开“转到页面”对话框Ctrl+J
显示/隐藏文档网格Ctrl+'
四、版面操作
翻页、添加页面等的快捷键：8
跳至文档首页Shift+Ctrl+Page UP
跳至文档末页Shift+Ctrl+Page Down
至上一跨页Alt+Page UP
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转至上一页Shift+Page UP
转至下一页Shift+Page Down
添加页面Shift+Ctrl+P
进行页面设置Alt+Ctrl+P
五、文件设置
新建、保存、关闭文件等文件相关操作的快捷键：9 新建文件Ctrl+N
打开文件Ctrl+O
关闭文件Ctrl+W
保存文件Ctrl+S
置入文件Ctrl+D
打印文件Ctrl+P
退出程序Ctrl+Q
存储全部Shift+Ctrl+Alt+S
关闭全部Shift+Ctrl+Alt+w
六、文字
文本格式设置相关快捷键：15
放大字号Ctrl+Shift+>
缩小字号Ctrl+Shift+<
减小行距Alt+↑
加大行距Alt+↓
减少字距Alt+Ctrl+←
加大字距Alt+Ctrl+→
为字符设置删除线Shift+Ctrl+/
将字符设置为上标Shift+Ctrl+=
将字符设置为下标Shift+Ctrl+Alt+= 为字符设置下划线Shift+Ctrl+U
打开“定位符”对话框Shift+Ctrl+T
将文本左对齐Shift+Ctrl+L
以将文本居中对齐Shift+Ctrl+C
以将文本强制双齐Shift+Ctrl+F
将文本创建为轮廓Shift+Ctrl+O
七、表
表格设置相关快捷键：9
打开“表选项”对话框Shift+Ctrl+Alt+B 打开“单元格选项”对话框Ctrl+Alt+B 打开“插入表”对话框Shift+Ctrl+Alt+T 删除列Shift+Backspace
删除行
Ctrl+BackSpace
选择整个表Ctrl+Alt+A
选择单元格Ctrl+/
选择列Ctrl+Alt+3
选择行Ctrl+3
八、对象操作
群组、叠放等相关操作的快捷键：12 群组对象Ctrl+G
取消对象群组Shift+Ctrl+G
锁定对象Ctrl+L
取消锁定对象Alt+Ctrl+L
将对象后移一层Ctrl+[
将对象前移一层Ctrl+]
将对象置为底层Shift+Ctrl+[
将对象置为顶层Shift+Ctrl+]
打开“移动”对话框Shift+Ctrl+M
创建复合路径Ctrl+8
再次变化对象Ctrl+Alt+3
再次变换序列Ctrl+Alt+4
九、其他操作：13
复制Ctrl+C
粘贴Ctrl+V
剪切Ctrl+X
全选Ctrl+A
粘贴时不包含格式Shift+Ctrl+V
直接复制Shift+Ctrl+Alt+D
还原Ctrl+Z
重做Shift+Ctrl+Z
打开“查找/更改”对话框Ctrl+F
打开“多重复制”对话框Ctrl+Alt+U
将对象贴入图形或框架内部Ctrl+Alt+V 打开“拼写检查”对话Ctrl+I
打开文章编辑器Ctrl+Y
基因启动子分析基本流程
“螺旋讲堂”2008 年第十一课----“基因启动子分析基本流程”
“螺旋讲堂”2008年第十一课----“基因启动子分析基本流程”
螺旋 亲爱的螺友们，大家好！欢迎光临螺旋讲堂，很高兴有机会和大家相聚螺旋网，让 我们一同在讨论中学习，在交流中成长！ 分子生物学发展迅猛，新方法新技术新发现层出不穷，但是我想,我们的基础研究从 某种意义上来说，可以简单的分为两大部分，一个是基因的表达，另一个是基因的功能。当 然，这个基因的概念现在已经不仅仅是指编码蛋白的 DNA 序列了。 我们这期主要探讨基因的表达。而转录调控在基因表达中占有很重要的地位。基因 的转录调控机制非常复杂，这些理论有机会我们再详细探讨，这里就不多介绍了，我们主要 谈一下对于一个新的基因，如何开始他的转录调控研究，第一步到底该怎么做呢？ 这里提供一些简单的入门级别的方法，希望对大家有用。相信还有更多更好更实用 的方法，也希望螺友们能够拿出来和大家分享，共同进步！ 本次讲座共分为五个部分主要是讲第一部分,因为这个一般的文献和书籍都很少有 详细说明.
一：克隆目的基因基本启动子序列 我们都知道， 基因的基本启动子一般是在基因转录起始位点上游， 当一个基因在没有 确定其转录起始位点的时候，我们假定 NCBI 上提交的序列就是他的完整转录本，那么他的 第一个碱基就是他的转录起始位点。而基因的基本启动子一般就是在转录起始位点的上游 2000bp 左右和下游200bp 左右，当然,这个是一般情况,具体问题还要具体分析.尤其现在发 现一般的基因都是有几个转录起始位点的. 我们通过该基因 mRNA 序列和基因组序列 BLAST， 就能够在染色体上找到这段基因 组序列。我这里用 human 的 AGGF1基因做个例子给大家具体演示一下.
https://www.360docs.net/doc/27606291.html,
DNA启动子概述
启动子概述 启动子是DNA链上一段能与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列，它是基因表达不可缺少的重要调控序列。启动子是一段位于结构基因5’-端上游区的DNA序列，能活化RNA聚合酶，使之与模板DNA准确地结合，并具有转录起始的特异性。基因的特异性转录取决于酶与启动子能否有效地形成二元复合物。启动子分三类：启动子Ⅰ、启动子Ⅱ、启动子Ⅲ.只有启动子Ⅱ指导mRNA的转录。真核生物启动子Ⅱ由两大部分组成：上游元件(upstream element)和启动子核心(core promoter)。上游元件与转录的效率有关；启动子核心包括3部分：TATA 盒、起始子(initinator)及下游元件(downstream element)。TATA盒为转录调控因子包括各种调节蛋白的结合区，与转录起始位点的精确选择及转录有关，起始子是转录起始所必须，下游元件作用尚不清楚。原核生物启动子区范围较小，包括TATAAT区(Pribnow区)及其上游的TTGACA区。 启动子是一段提供RNA聚合酶识别和结合位点的DNA序列，位于基因上游。启动子具有如下特征： 1序列特异性。在启动子的DNA序列中，通常含有几个保守的序列框，序列框中碱基的变化会导致转录启动活性的改变。 2方向性。启动子是一种有方向性的顺式调控元件，有单向启动子和双向启动子两类。 3位置特性。启动子一般位于所启动转录基因的上游或基因内的前端。处于基因的下4种属特异性。原核生物的不同种、属，真核生物的不同组织都具有不同类型的启动 没有启动子，基因就不能转录。原核生物启动子是由两段彼此分开且又高度保守的核苷酸序列组成，对mRNA的合成极为重要。启动子区域：（1）Pribnow盒，位于转录起始位点上游5—10bp，一般由6～8个碱基组成，富含A和T， 故又称为TATA盒或—10区。启动子来源不同，Pribnow盒的碱基顺序稍有变化。（2）—35区，位于转录起始位点上游35bp处，故称—35区，一般由10个碱基组成。 质粒设计时都需要加入启动子序列，以保证目的基因的表达。启动子可分为诱导型启动子和组成型启动子两大类，后者包括CMV，SV40，T7,pMC1，PGK启动子等。一下介绍几个常见的启动子。 （1）U6启动子 U6是二型启动子，一般发现是启动小片段，不带PolyA尾的序列。由Ⅲ类RNA聚合酶启动子U6启动子转录产生shRNA，经剪切后产生成熟siRNA，产生干扰效果。这一类 启动子在腺病毒和慢病毒干扰载体的构建中应用很多。U6更多的是用在shRNA的启动，来达到敲低一个基因的作用。
找一个基因的启动子
1、UCSC （1）网址：https://www.360docs.net/doc/27606291.html,/cgi-bin/hgNear 在Genome里选择物种，比如human，search里输入你的基因名PTEN，点击Go （2）出现新的页面，看到“Known Gene Names”下面的PTEN了吧，点它 （3）又回到了和（1）类似的页面，此时，点击sequence （4）出现一个新的页面，选中promoter，同时可以输入数值修改具体的序列区域，比如Promoter including 2000 bases upstream and 100 downstream，即表示启动子-2000～＋100区域 （5）点击“get sequence”，出现页面中最上面的序列“>uc001kfb.1 (promoter 2000 100) PTEN - phosphatase and tensin homolog”就是你要的人PTEN启动子-2000～＋100区域的序列了 2、Ensembl （1）网址：https://www.360docs.net/doc/27606291.html,/index.html 在“Search Ensembl“标题下search后的下拉框中选中物种名homo sapiens（人），for框中输入基因名PTEN，点击Go （2）出现的新页面中比较乱，但不要管它，直接寻找“Ensembl protein coding gene ”字样的，对，也就是第二个，点击它 （3）新出现的页面也很乱，不过依然不用管它，看到左侧有点肉色（实在不知道怎么描述了）的那些选项了吗，对，就是“Your Ensembl”下面那一堆，在里面找“Genomic sequence”，点它 （4）现在的界面就一目了然了，在“5' Flanking sequence”中输入数值确定启动子长度（默认为600），比如1000，点击update； （5）出现的序列中，标为红色的就是基因的外显子，红色之间黑色的序列就是内含子，而第一个红色自然就是第一外显子了，那么从开始的碱基一直到第一个红色的碱基间自然就是启动子-1000~+1的序列啦 这样，你不仅查到了启动子，连它的外显子、内含子序列也全部搞定了
启动子
启动子：RNA聚合酶识别、结合并开始转录所必需的一段DNA序列。 不同的启动子都存在保守的共同序列，包括RNA聚合酶识别位点和结合位点。 （1）、-10序列在转录起点上游大约-10处，有一个6bp的保守序列TATAAT，称Pribnow框。此段序列出现在-4到-13bp之间，每个位点的保守性在45%-100%。 频度：T89 A89 T50 A65 A65 T100 据预测，Pribnow框中，一开始的TA和第6位最保守的T在结合RNA聚合酶时起十分重要的作用。 目前认为，Pribnow框决定转录方向。酶在此部位与DNA结合形成稳定的复合物，Pribnow框中DNA序列在转录方向上解开，形成开放型起始结构，它是RNA聚合酶牢固的结合位点，是启动子的关键部位。 RNA聚合酶的结合，诱导富含AT的Pribnow框的双链解开，然后进一步扩大成17个核苷酸长度的泡状物，在泡状物中RNA聚合酶从模板链开始转录RNA产物。 （2）、-35序列 只含-10序列的DNA不能转录，在-10序列上游还有一个保守序列，其中心约在-35位置，称为-35序列，此序列为RNA酶的识别区域。 各碱基出现频率如下：T85 T83 G81 A61 C69 A52 ，其中TTG十分保守。 -35序列的功能：它是原核RNA聚合酶全酶依靠σ因子的初始识别位点。因此，-35序列对RNA聚合酶全酶有很高的亲和性。-35序列的核苷酸结构，在很大程度上决定了启动子的强度，RNA聚合酶易识别强的启动子。 -35序列提供RNA聚合酶识别信号， -10序列有助于DNA局部双链解开，启动子结构的不对称性决定了转录的方向。 2.熟悉原核生物启动子的结构与功能、其中的－35区、－10区等的结构？ ①域中的基序并与之结合，启动转录的起始。一般将DNA上的转录位点定位+1来排序，其下游（右侧）为正值，其上游（左侧）为负值。原核生物不同基因的启动子虽然结构也有一定的差异，但明显具有共同的特点。◆结构典型，都含有识别（R），结合（B）和起始（I）三个位点；◆序列保守，如-35序列，-10序列结构都十分保守；◆位置和距离都比较恒定；◆直接和多聚酶相结合；◆常和操纵子相邻；◆都在其控制基因的5′端；◆决定转录的启动和方向。 ②-35序列又称为Sextama盒,其保守序列为TTGACA，与-10序列相隔16～19bp。其功能是：◆为RNA 聚合酶的识别位点。RNA 聚合酶的核心酶只能起到和模板结合和催化的功能，并不能识别-35序列，只有σ亚基才能识别-35序列，为转录选择模板链。◆-35序列和-10序列的距离是相当稳定的，过大或过小都会降低转录活性。这可能是因为RNA 聚合酶本身的大小和空间结构有关。 ③-10序列也称为Pribnow框盒,其保守序列为TATAAT，位于-10bp左右，其中3′端的“T”十分保守。A,T较丰富，易于解链。它和转录起始位点“I”一般相距5bp。其功能是：◆与RNA聚合酶紧密结合；◆形成开放启动复合体；◆使RNA聚合酶定向转录。 为什么RNA聚合酶能够仅在启动子处结合呢?显然启动子处的核苷酸顺序具有特异的形状以便与RNA聚合酶结合，就好像酶与其底物的结构相恰恰适合一样。将100个以上启动子的顺序进行了比较，发现在RNA合成开始位点的上游大约10bp和35bp处有两个共同的顺序，称为-10和-35序列。这两个序列的共同顺序如下，-35区“AATGTGTGGAAT”，-10区“TTGACATATATT”。大多数启动子均有共同顺序（consensus sequence)，只有少数几个核苷酸的差别。 转录起点是指与新生RNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基，研究证实通常为一个嘌呤。常把起点前面，即5’末端的序列称为上游（upstream），而把其后而即3’未端的序列称为下游（downstream）。在描述碱基的位置时，一般用数字表示，起点为+1，下游方向依次为+2、+3……，上游方向依次为-1、-2、-3…
启动子介绍
了解启动子 目录 1. 基因的构成 (2) 2. 启动子（promoter） (3) 3. 终止子（termianator） (4)
1. 基因的构成 基因是由成千上万个核苷酸对组成。组成基因的核苷酸序列可以分为不同区段。在基因表达的过程中，不同区段所起的作用不同。在遗传学上通常将能编码蛋白质的基因称为结构基因。任何一个基因都包括非编码区和编码区。能够转录为相应信使RNA-mRNA，进而指导蛋白质合成(也就是能编码蛋白质）的区段叫做编码区,编码区中可分为内含子和外显子。不能转录为信使RNA、不能编码蛋白质的区段叫做非编码区。非编码区位于编码区前后，同属于一个基因，控制基因的表达和强弱。 非编码区虽然不能编码蛋白质，但对遗传信息的表达是不可缺少的，因为在它上面由调控遗传信息表达的核苷酸序列，该序列中最重要的是位于编码区上游的RNA聚合酶结合位点。启动子、终止子属于非编码区。因为回文序列的特殊排列，大多都位于非编码区。
原核基因的编码区全部编码蛋白质，真核生物的基因是间断的、不连续的、断裂的基因。一个断裂基因能够含有若干段编码序列，可以编码蛋白质的序列称为外显子。在两个外显子之间被一段不编码的间隔序列隔开，这些间隔序列称为内含子。非编码区在每个断裂基因的第一个和最后一个外显子的外侧，有人称其为侧翼序列。在侧翼序列上有一系列调控序列。通常把基因转录起点前面即5’端的序列称为上游(upstream)，起点后面即3’端的序列称为下游(downstream)。并把起点的位置记为+1，下游的核苷酸依次记为+2，+3，……，上游方向依次记为-1，-2，-3，……。 2. 启动子（promoter） 位于编码区上游的非编码区中，含有丰富的转录因子结合位点（transcription factor binding sites, TFBS）。主要包含核心启动子区域（TSS附近-60bp到+40bp）和调控区域。核心启动子区域产生基础水平的转录，对于精确转录是必须的最小单元；调控区域能够对不同的环境条件作出应答，对基因的表达水平做出相应的调节。 启动子的范围非常大，可以包含转录起始位点上游2000bp（主要在transcript start site 上游1kb的范围内），有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点，因此也属于启动子范围。
启动子分析流程
“螺旋课堂”2008 年第十一课----“基因启动子分析基本流程”
“螺旋课堂”2008年第十一课----“基因启动子分析基本流程”
螺旋 亲爱的螺友们好，大家好！欢迎光临螺旋讲堂，很高兴有机会和大家相聚螺旋网， 让我们一同在讨论中学习，在交流中成长！ 分子生物学发展迅猛，新方法新技术新发现层出不穷，但是我想,我们的基础研究从 某种意义上来说，可以简单的分为两大部分，一个是基因的表达，另一个是基因的功能。当 然，这个基因的概念现在已经不仅仅是指编码蛋白的 DNA 序列了。 我们这期主要探讨基因的表达。而转录调控在基因表达中占有很重要的地位。基因 的转录调控机制非常复杂，这些理论有机会我们再详细探讨，这里就不多介绍了，我们主要 谈一下对于一个新的基因，如何开始他的转录调控研究，第一步到底该怎么做呢？ 这里提供一些简单的入门级别的方法，希望对大家有用。相信还有更多更好更实用 的方法，也希望螺友们能够拿出来和大家分享，共同进步！ 本次讲座共分为五个部分主要是讲第一部分,因为这个一般的文献和书籍都很少有 详细说明.
一：克隆目的基因基本启动子序列 我们都知道， 基因的基本启动子一般是在基因转录起始位点上游， 当一个基因在没有 确定其转录起始位点的时候，我们假定 NCBI 上提交的序列就是他的完整转录本，那么他的 第一个碱基就是他的转录起始位点。而基因的基本启动子一般就是在转录起始位点的上游 2000bp 左右和下游200bp 左右，当然,这个是一般情况,具体问题还要具体分析.尤其现在发 现一般的基因都是有几个转录起始位点的. 我们通过该基因 mRNA 序列和基因组序列 BLAST， 就能够在染色体上找到这段基因 组序列。我这里用 human 的 AGGF1基因做个例子给大家具体演示一下.
https://www.360docs.net/doc/27606291.html,
启动子、复制起始位点、起始密码子
1.启动子：是转录时RNA聚合酶结合的位点，是位于基因编码区的一段DNA，与RNA聚 合酶结合后起始mRNA合成的序列。 2.复制起始位点：是DNA复制的起点，是带动目的基因复制的 3.起始密码子：是位于mRNA上的，是翻译开始的地方，其本质是RNA 4.转录起始点：转录时，RNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基，通常为一个嘌呤。 5.一般启动子位于转录起始点上游，具体位置关系如下： a.真核生物有3类RNA聚合酶，负责转录3类不同的启动子。 b.RNA聚合酶I负责转录的rRNA基因，启动子（I类）较单一，由转录起始位点附近 的两部分序列构成。第一部分是核心启动子，由-45—+20位核苷酸组成，单独存 在时就足以起始转录。另一部分由-170—-107位序列组成，称为上游调控元件，能 有效地增强转录效率。 c.RNA聚合酶Ⅲ负责转录的是5SrRNA、tRNA和某些核内小分子RNA（snRNA），其 启动子（Ⅲ类）组成较复杂，又可被分为三个亚类。两类5S rRNA和tRNA基因的 启动子是内部启动子，位于转录起始位点的下游，都由两部分组成。第三类启动子 由三个部分组成，位于转录起始位点上游。 d.RNA聚合酶II负责转录的II类基因包括所有蛋白质编码基因和部分snRNA基因， 后者的启动子结构与III类基因启动子中的第三种类型相似。编码蛋白质的II类基 因启动子在结构上有共同的保守序列，多数II类启动子有一个被称为TATA盒的共 有序列，通常处于-30区，相对于转录起始位点的位置比较固定，也有一些II类启 动子不含有TATA盒，这样的启动子称为无TATA盒启动子。 6.原核生物启动子是由两段彼此分开且又高度保守的核苷酸序列-35区和-10区组成，位 置关系：-35区，-10区与-35区之间的间隔，-10区，间隔，转录起始位点
基因启动子分析
基因启动子分析 一：克隆目的基因基本启动子序列 我们都知道，基因的基本启动子一般是在基因转录起始位点上游，当一个基因在没有确定其转录起始位点的时候，我们假定NCBI上提交的序列就是他的完整转录本，那么他的第一个碱基就是他的转录起始位点。而基因的基本启动子一般就是在转录起始位点的上游2000bp左右和下游200bp左右，当然,这个是一般情况,具体问题还要具体分析.尤其现在发现一般的基因都是有几个转录起始位点的. 我们通过该基因mRNA序列和基因组序列BLAST，就能够在染色体上找到这段基因组序列。我这里用human的AGGF1基因做个例子给大家具体演示一下. 1 首先需要在NCBI里面查找到AGGF1基因的mRNA序列,这个我想大家都应该很清楚,如下图.
2 然后就是用这段mRNA序列和人类的基因组序列BLAST 3 BLAST得到了很多结果，我们往往选择最上面那个最匹配的结果。
4 点击之后就可以看到下图，这个基因的14个外显子和13个内含子在5号染色体上的位置一目了然，第一个外显子在上面，说明这个基因在染色体上是正向的，基本启动子就应该在第一外显子上面，我用红色的方框标明了。 5 大家有没有注意到左上方有个数据框，我把数值改为76,360K 到 76,362.200 ,刚好2200BP,包括了第一个外显子的前200BP左右. 然后点击红色框标明的Download/view sequence.
6 然后就到了这个界面, Sequence Format 选择GenBank, 然后点击 Display. 就得到我们所需要的序列了. 7 这里我们可以看到1989到2201是AGGF1的mRNA序列,说明我们的确找到了该基因5'非翻译区的上游启动子序列.建议将这2200bp都克隆下来. 以上的步骤就是基因基本启动子的查找,其实还有很多调控序列是在基因内含子区域或者是基因的3'非翻译区等,序列查找的步骤和上面是一样的.
原核生物启动子的特征
原核生物启动子的特征 结构典型：都含保守的识别序列（R)、结合序列（B)、起始位点（I）以及间隔长度; 直接和聚合酶相结合；常和操纵子相邻；常位于基因的上游 核酶：是一种可以催化RNA切割和RNA剪接反应的由RNA组成的酶，可以作为基因表达和病毒复制的抑制剂。 RNA编辑（RNA editing）:是某些RNA，特别是mRMA的一种加工方式，它导致了DNA 所编码的 遗传信息的改变，是因为经过编辑的mRNA序列发生了不同于模板DNA的变化。 11概括典型原核生物启动子的结构和功能，并解释什么是保守序列。原核生物启动子：上游控制元件（UCE）+核心启动子=扩展的启动子 UCE:即-40～-70区,能与CAP-cAMP复合物结合，是激活转录的正调控位点。核心启动子：①-35区：Sextama盒，是RNA聚合酶首先识别和结合的位点（R site），或松弛结合位点。保守序列TTGACA,②-10区：Pribnow盒，是RNA聚合酶随后滑到区域的结合位点（B site）,或紧密结合位点。保守序列TATAAT,保守序列突变影响开放复合物形成的速度，富含AT，解链发生区；③+1位点：转录起始点（I site），几乎均为嘌呤（A或P）。④-35区和-10区间有17±1bp的间隔序列，其保守性有利于RNA 聚合酶的启动，保证了-35区和-10RNA转录提供恒定DNA双链解链区间，17bp的间距较17bp的序列对转录更为重要，间距的突变趋近17bp时，表现为上调突变，远离17bp时，表现为下调突变。启动子序列与-35区序列为TTGACA及-10区序列为TATAAT的标准启动子序列同源性程度的大小决定了启动子的强弱。 保守序列：指DNA分子中的一个核苷酸片段或者蛋白质中的氨基酸片段，它们在进 化过程中基本保持不变。这些序列高度相似，却来自不同的物种或同一生物体产生的不同分子。从跨种保留的角度来看，这种序列的存在意味着在形成不同物种的进化过程中，有一段特殊的基因序列被保留了下来。
启动子与增强子
第三章第二节启动子与增强子 教学目标： 教学重、难点： 教学内容： 一、原核生物启动子 1 启动子：是一段位于结构基因5 '端上游区的DNA 序列，在转录起始之前被RNA 聚合酶结合的DNA 部位称为启动子；启动子的结构影响它与RNA 聚合酶的亲和力，决定基因表达强度。 转录单元：是一段从启动子开始到终止子（terminator ）结束的DNA 序列，RNA 聚合酶从转录起点开始沿着模板前进，直到终止子为止，转录出一条RNA 链；在细菌中，一个转录单 元可以是一个基因，也可以是几个基因。 2 转录起点：指与新生RNA 链第一个核苷酸相对应DNA 链上的碱基，研究证实通常为一个嘌呤。 上游：常把起点前面，即5 '末端的序列称为（upstream ）上游; 下游：起点后面即3 '末端的序列称为下游（downstream ）。 在描述碱基的位置时，起点为＋1 ，下游方向依次为＋2 ，＋3 ……， 上游方向依次为－1 ，－2 ，－3 ……。 3 启动子结构： Pribnow框：在起始点上游，几乎在所有启动子都存在一个6 bp富含A/T区域TATAAT。通常位于－18位到－9位，称为Pribnow框。该区域是RNA聚合酶牢固结合位点，RNA聚合酶结合后， 这一富含A/T的DNA双链解开。 Sextama框：位于－35区附近有一TTGACA序列，是RNA聚合酶中的σ因子识别位点。以上这两个位点对于转录起始都是非常重要的。σ因子识别－35区并与之结合。由于RNA聚合酶分子覆盖面积能达到70bp，因此酶分子上的一个合适部位能接触－10区。酶分子一旦与－10区结合以后，就从识别位点上解离下来。此外，－35序列的重要性还在于在很大程度上决定了启动子的强度。。－10 区和－35 区的最佳距离： 在原核生物中，－35 区和－10 区的距离大约是16 ～19bp ，小于15bp 或大于20bp 都会降低启动子的活性；保持启动子这两段序列以及它们之间的距离是十分重要的，否则就会改变它所控制的基因表达水平。 在细菌中常见两种启动子突变： 下降突变：如果把Pribnow 其从TATAAT 变成AATAAT ，就会大大降低其结构基因的转录水平； 上升突变:：即增加Pribnow 区共同序列的同一性。 突变后的-10 区和-35 区越接近共同序列，转录的RNA 就越多；越远离共同序列，转录的RNA 就越少。
关于RNA聚合酶Ⅱ核心启动子的概述
《分子生物学》作业 姓名：班级：学号：日期：2013年12月21日 关于RNA聚合酶Ⅱ核心启动子的概述 Perspectives On The RNA Polymerase II Core Promoter Biochemical Society Transactions, 2006, 34(Pt 6): 1047-1050. 摘要： RNA聚合酶Ⅱ核心启动子是一个在转录过程中关键的但又容易被忽略的元件。核心启动子被定义为DNA 的延伸，它涵盖了RNA的起始位点，典型的核心启动子大约有40到50核苷酸的长度，它指导基因转录的起始。在过去，人们推测核心启动子在功能上是通用的，转录起始是通过一种共享通用的机制进行的。最近的研究表明，各种核心启动子在结构和功能上都存在相当多的差异。存在大量的DNA元件作用于核心启动子的活性，给定核心启动子的特定性能是由这些核心启动子修饰因子的有无决定的。已知的核心启动子元件包括TA TA盒子、Inr（起始子）、BRE u｛A TA盒子的上游的BRE [TFⅡB（RNAⅡ聚合酶的转录因子）识别元件]｝和BRE d（TATA盒子下游的BRE）、MTE（十基序元件）、DCE（下游核心元件）和DPE（下游核心启动子元件）。在这这篇文章中，我们将要提供一些关于RNA聚合酶Ⅱ核心启动子的当前的和未来的问题的概述。 前言： 核心启动子是转录的入口 许多生物学现象取决于合适的转录调控。在真核生物中，在已知的核酸RNA聚合酶中，RNA聚合酶Ⅱ对编码蛋白质的基因的转录的贡献最大。在这个过程中最重要的步骤是是否决定起始转录。包括一些作用因子在内的许多复合事件引导转录起始。然而，是否开始基因转录最终决定于核心启动子。因此，在一些方面，核心启动子是转录过程的入口。 集中式与分散式转录起始 聚合酶Ⅱ的核心启动子通常被定义为引导 转录起始的DNA延伸。这个定义可能看似简单。 在实践中，尤其是在脊椎动物中，两种不同的转 录起始策略已经被观察到。首先是集中式转录， 它的转录起始发生在单核苷酸或几个核苷酸的 一个狭窄的区域内。集中转录发生核心启动子， 它包含TATA盒子、Inr（起始子）和PDB（下游 核心启动子元件）等序列基元。值得注意的是,
真核生物三类启动子
真核生物启动子有三类，分别由RNA 聚合酶Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ进行转录。 类别Ⅰ（class Ⅰ）启动子： 只控制rRNA 前体基因的转录，转录产物经切割和加工后生成各种成熟rRNA 。 类别Ⅰ启动子由两部分保守序列组成： 核心启动子（core promoter ）：位于转录起点附近，从-45至+20； 上游控制元件（upstream control element ，UCE ）：位于-180至-107； RNA 聚合酶Ⅰ对其转录需要2种因子参与： UBF1：一条M 为97000的多肽链，结合在上述两部分的富含GC 区； 1个TBP ，即TATA 结合蛋白（TA TA-binding protein ，TBP ）； SL1：一个四聚体蛋白，含有 3个不同的转录辅助因子TAF Ⅰ； 在SL1因子介导下RNA 聚合酶Ⅰ结合在转录起点上并开始转录。 类别Ⅱ（class Ⅱ）启动子： 类别Ⅱ启动子涉及众多编码蛋白质的基因表达的控制。 该类启动子包含4类控制元件： 基本启动子（basal promoter ）：序列为中心在-25至-30左右的7 bp 保守区，TA TAAAA/T ， 称为TATA 框或Goldberg-Hogness 框。与RNA 聚合酶的定 位有关，DNA 双链在此解开并决定转录的起点位置。失去 TATA 框，转录将在许多位点上开始。 起始子（initiator ）：转录起点位置处的一保守序列，共有序列为：P y P y ANT(A)P y P y P y 为嘧啶碱（C 或T ），N 为任意碱基，A 为转录的起点。DNA 在此 解开并起始转录。 上游元件（upstream factor ）：普遍存在的上游元件有CAAT 框、GC 框和八聚体（octamer ） 框等。CAAT 框的共有序列是GCCAATCT ，GC 框的共有序 列为GGGCGG 和CCGCCC ，八聚体框含有8bp ，共有序列 为ATGCAAA T ； 应答元件（response element ）：诱导调节产生的转录激活因子与靶基因上的应答元件结合。 如热休克效应元件HSE 的共有序列是 CNNGAANNTCCNNG ，可被热休克因子HSF 识别和作用； 血清效应元件SRE 的共有序列CCA TATTAGG ，可被血清效 应因子SRF 识别和作用。 +1
启动子
启动子（promoter）是基因的一个组成部分，在遗传学中是指一段能使基因进行转录的脱氧核糖核酸（DNA）序列。启动子可以被RNA 聚合酶辨认，并开始转录。在核糖核酸（RNA）合成中，启动子可以和决定转录的开始的转录因子产成相互作用，控制基因表达（转录）的起始时间和表达的程度，包含核心启动子区域和调控区域,就像“开关”，决定基因的活动，继而控制细胞开始生产哪一种蛋白质。完全的启动子称为规范序列。 启动子区是RNA聚合酶的结合区，其结构直接关系到转录的效率。关于其结构特点，Pribnow设计了一个实验，他把RNA聚合酶全酶与模板DNA结合后，用DNase l水解DNA，然后用酚抽提，沉淀纯化DNA后得到一个被RNA聚合酶保护的DNA片段，约有41～44个核苷酸对。他先后分离了fd噬菌体、T7噬菌体的A2及A3启动子、h 噬σ菌体的PR启动子及大肠杆菌乳糖操纵子的UV5启动子等5段被酶保护的区域，并进行了序列分析，以后又有人做了50多个启动子的序列分析后发现，在被保护区内有一个由5个核苷酸组成的共同序列，是RNA聚合酶的紧密结合点，现在称为Pribnow区（Pribnow box），这个区的中央大约位于起点上游10bp处，所以又称为-10区。 许多原核生物都含有这两个重要的启动子区：RNA聚合酶同启动子结合的区域称为启动子区。将各种原核基因同RNA聚合酶全酶结合后，用DNase I水解DNA，最后得到与RNA聚合酶结合而未被水解的DNA片段，这些片段有一个由5个核苷酸（TATAA）组成的共同序列，以其发现者的名字命名为Pribnow框(Pribnowbox），这个框的中
基因启动子分析基本流程
2008 年螺旋讲堂第十一课----“基因启动子分析基本流程”
“螺旋课堂”2008年第十一课----“基因启动子分析基本流程”
螺旋 亲爱的螺友们好，大家好！欢迎光临螺旋讲堂，很高兴有机会和大家相聚螺旋网，让我们一 同在讨论中学习，在交流中成长！ 分子生物学发展迅猛，新方法新技术新发现层出不穷，但是我想,我们的基础研究从某种意 义上来说，可以简单的分为两大部分，一个是基因的表达，另一个是基因的功能。当然，这 个基因的概念现在已经不仅仅是指编码蛋白的核苷算序列了。 我们这期主要探讨基因的表达。 而转录调控在基因表达中占有很重要的地位。 基因的转录调 控机制非常复杂，这些理论有机会我们再详细探讨，这里就不多介绍了，我们主要谈一下对 于一个新的基因，如何开始他的转录调控研究，第一步到底该怎么做呢？ 这里提供一些简单的入门级别的方法，希望对大家有用。相信还有更多更好更实用的方法， 也希望螺友们能够拿出来和大家分享，共同进步！ 本次讲座共分为五个部分主要是讲第一部分 , 因为这个一般的文献和书籍都很少有详细说 明.
一：克隆目的基因基本启动子序列 我们都知道， 基因的基本启动子一般是在基因转录起始位点上游， 当一个基因在没有确定其 转录起始位点的时候，我们假定 NCBI 上提交的序列就是他的完整转录本，那么他的第一个 碱基就是他的转录起始位点。而基因的基本启动子一般就是在转录起始位点的上游2000bp 左右和下游200bp 左右， 当然,这个是一般情况,具体问题还要具体分析.尤其现在发现一般的 基因都是有几个转录起始位点的. 我们通过该基因 mRNA 序列和基因组序列 BLAST， 就能够在染色体上找到这段基因组序列。 我这里用 human 的 AGGF1基因做个例子给大家具体演示一下.
启动子与增强子
枯藤老树昏鸦，小桥流水人家，古道西风瘦马。夕阳西下，断肠人在天涯。 第三章第二节启动子与增强子 教学目标： 教学重、难点： 教学内容： 一、原核生物启动子 1 启动子：是一段位于结构基因5 '端上游区的DNA 序列，在转录起始之前被RNA 聚合酶结合的DNA 部位称为启动子；启动子的结构影响它与RNA 聚合酶的亲和力，决定基因表达强度。 转录单元：是一段从启动子开始到终止子（terminator ）结束的DNA 序列，RNA 聚合酶从转录起点开始沿着模板前进，直到终止子为止，转录出一条RNA 链；在细菌中，一个转录单 元可以是一个基因，也可以是几个基因。 2 转录起点：指与新生RNA 链第一个核苷酸相对应DNA 链上的碱基，研究证实通常为一个嘌呤。 上游：常把起点前面，即5 '末端的序列称为（upstream ）上游; 下游：起点后面即3 '末端的序列称为下游（downstream ）。 在描述碱基的位置时，起点为＋1 ，下游方向依次为＋2 ，＋3 ……， 上游方向依次为－1 ，－2 ，－3 ……。 3 启动子结构： Pribnow框：在起始点上游，几乎在所有启动子都存在一个6 bp富含A/T区域TATAAT。通常位于－18位到－9位，称为Pribnow框。该区域是RNA聚合酶牢固结合位点，RNA聚合酶结合后， 这一富含A/T的DNA双链解开。 Sextama框：位于－35区附近有一TTGACA序列，是RNA聚合酶中的σ因子识别位点。以上这两个位点对于转录起始都是非常重要的。σ因子识别－35区并与之结合。由于RNA聚合酶分子覆盖面积能达到70bp，因此酶分子上的一个合适部位能接触－10区。酶分子一旦与－10区结合以后，就从识别位点上解离下来。此外，－35序列的重要性还在于在很大程度上决定了启动子的强度。。－10 区和－35 区的最佳距离： 在原核生物中，－35 区和－10 区的距离大约是16 ～19bp ，小于15bp 或大于20bp 都会降低启动子的活性；保持启动子这两段序列以及它们之间的距离是十分重要的，否则就会改变它所控制的基因表达水平。 在细菌中常见两种启动子突变： 下降突变：如果把Pribnow 其从TATAAT 变成AATAAT ，就会大大降低其结构基因的转录水平； 上升突变:：即增加Pribnow 区共同序列的同一性。
基因启动子分析基本流程
基因启动子分析基本流程
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分子生物学发展迅猛，新方法新技术新发现层出不穷，但是我想,我们的基础研究从 某种意义上来说，可以简单的分为两大部分，一个是基因的表达，另一个是基因的功能。当 然，这个基因的概念现在已经不仅仅是指编码蛋白的 DNA 序列了。 我们这期主要探讨基因的表达。而转录调控在基因表达中占有很重要的地位。基因 的转录调控机制非常复杂，这些理论有机会我们再详细探讨，这里就不多介绍了，我们主要 谈一下对于一个新的基因，如何开始他的转录调控研究，第一步到底该怎么做呢？ 这里提供一些简单的入门级别的方法，希望对大家有用。相信还有更多更好更实用 的方法，也希望螺友们能够拿出来和大家分享，共同进步！ 本次讲座共分为五个部分主要是讲第一部分 因为这个一般的文献和书籍都很少有 详细说明.
一：克隆目的基因基本启动子序列 我们都知道， 基因的基本启动子一般是在基因转录起始位点上游， 当一个基因在没有 确定其转录起始位点的时候，我们假定 NCBI 上提交的序列就是他的完整转录本，那么他的 第一个碱基就是他的转录起始位点。而基因的基本启动子一般就是在转录起始位点的上游 2000bp 左右和下游200bp 左右，当然,这个是一般情况,具体问题还要具体分析.尤其现在发 现一般的基因都是有几个转录起始位点的. 我们通过该基因 mRNA 序列和基因组序列 BLAST， 就能够在染色体上找到这段基因 组序列。我这里用 human 的 AGGF1基因做个例子给大家具体演示一下.
1 首先需要在 NCBI 里面查找到 AGGF1基因的 mRNA 序列,这个我想大家都应该很清楚,如 下图.