vector NTI 11.5.1破解方法
Vector NTI的使用经验交流
Thank you！
4. 加入特征：点击工具栏中的add feature按钮，出现右图框体，可 以选择添加的类型，长度并对其 命名
序列的添加
选中需要添加序列的位置，点击 “ Edit-New-Insert sequence at…”
将需要插入的序列复制进去，点击OK便可以完成序列的插入，随 之再利用之前所说到的add feature功能对其添加特征
图谱显示的变更 右键pMV2614488，选择”Molecule Properties…”
勾选图谱的各项属性，由linear改为circular
数据的保存
存为文件
保存至本地数据库
图谱的导出
在图谱空白处点击右键--camera
可以选择复制到剪贴板（clipboard）然后粘贴到PS或画图进行进一步编辑 或者可以直接输出为图片文件（file），不过只能选择jpg格式
文字窗口
图谱窗口 序列窗口
载体序列的操作
点击File-Open打开如下界面选择从GenBank上下载的文件
该序列的常规信息
以图形+注释的形式显示序列的特征：可编辑
序列信息：默认以双链形式显示，复制时默认复制正链
限制性酶切位点分析
选择工具栏中的Restriction site
选择需要添加或移除的酶切位点
Web of Science
检索高被引文章 检索近期高被引文章
位于页面左侧的筛选方式相较于NCBI更加可视化
文献清晰图片的导出方法ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
直接去下载文章的官方网站获取图片
找到图片的位置并点击弹出新窗口 点击放大以获取最大的图片
点击download slide会下载一张ppt，其中带有矢量图片
vector NTI 11 使用教程 第9章 BLAST
第九章 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)Vector NTI BLAST程序可以和NCBI的数据库相通，用户只需透过NTI的界面就可以进行BLAST 的功能，其搜寻结果和NCBI数据库的结果完全相同。
用户可以在NTI的附属程序(图9.1)下找到BLAST Search：图9.1使用附属程序内的BLAST Search工具也可以从主程序上方Tools的项目进入(图9.2)：图9.2 使用Vector NTI主程序开启BLAST Search的功能进入BLAST程序前会出现一个窗口(图9.3)，询问使用者欲连结至哪一个服务器进行分析，使用者只要点选上方的NCBI BLAST Sever就可以了，然后按下OK进入BLAST程序：图9.3 跳出询问链接至服务器的窗口，选择NCBI BLAST Server就可以进入BLAST程序之后用户可以看见一个操作的窗口，大致上会被分成两个区块(图9.4)：上方的字段是输入使用者欲分析的序列；下方的字段是可以显示分析的结果。
图9.4 进入BLAST的程序，出现两个区块，上方区块输入序列，下方区块为显示分析结果序列的输入很简单，使用者只要把想要分析的序列复制贴上至此区块就可以了(图9.5)。
图9.5 贴上欲分析的序列接下来要进行BLAST相关的设定(图9.6)：图9.6 BLAST相关设定工具首先使用者要先设定Program(图9.7)的项目：图9.7 BLAST中的Program有5个项目，代表不同比对方式 这5个项目(图9.8)所代表的比对方式会有所不同：blastn是指把欲分析的序列和NCBI的核酸数据库做比对，当用户欲分析的序列是DNA或者是RNA时适用此项目；blastp是指将欲分析的序列去和NCBI的蛋白质序列数据库做比对，当用户欲分析胺基酸序列时适用此项目；blastx是指把使用者的核酸序列转译成胺基酸，再和NCBI的蛋白质序列数据库进行比对（会有六个不同的胺基酸序列，正股三个，反股三个。
Vector_NTI_10_使用说明书(繁体中文)-2
第十一章 AlignX BlocksAlignX Blocks可以用在蛋白質序列比對，和AlignX不同的地方在於比對的序列會以圖形表示比對的結果。
啟動AlignX Blocks的方式和AlignX是一樣的，可直接開啟或是從主程式上方開啟(圖11.1-2)：圖11.1 直接於程式集中開啟AlignX Blocks圖11.2 於Vector NTI程式內開啟AlignX Blocks開啟程式後會看見和AlignX很類似的操作界面(圖11.3)：圖11.3 開啟AlignX程式後的介面首先使用者要把序列檔案載入程式裡面，可以點選或者從左上方的Project→Add Files把序列檔案載入，序列只能分析蛋白質序列(圖11.4)：圖11.4 利用Project→Add Files將序列載入到左上視窗進行比對前先將要比對的序列用滑鼠反白(圖11.5)，操作和AlignX相同：圖11.5 全選欲進行比對的序列比對前可以依各人需求調整序列比對的條件跟參數(圖11.6)。
可點選或是從Blocks→AlignX Blocks Setup進行調整：圖11.6 參數的設定會影響程式的運算，要適當的調整得到所要的結果參數的設定會影響到程式的運算，並造成不同的比對結果。
使用者可針對這三個參數進行調整，直到得到滿意的結果為止。
Blocks＇colors項目(圖11.7)表示比對後各序列相似區域所顯示的顏色，預設值為紅色，可以依照喜好設定顏色。
圖11.7 Blocks＇ colors改變顯示的顏色和AlignX相同，使用者也可以設定Score matrix的參數(圖11.8)，但是不建議一般使用者更改。
圖11.8 更改Score matrix的參數，設定好了以後按下或者是選取Blocks→Search for blocks程式進行運算，經運算完成之後會出現下面的畫面：圖11.9 運算的結果：左下為相似的區域，右上為序列的圖形顯示，右下為比對的畫面在左下的視窗(圖11.9)中所顯示的是程式依照蛋白質序列和設定的參數所比對出相似的區域，此區域稱之為block；右上方的視窗是把比對的序列以圖形顯示，可以判別block之間的位置關係；右下方則是序列的比對畫面。
Vector-NTI-中文使用说明书
Vector NTI 7.0 User's Manual软件包中文翻译者：宋厚辉（浙江大学）前言（Introduction）1.程序附带的数据库（Vector NTI database）包括：DNA/RNA、蛋白质、内切酶、寡核苷酸、凝胶mark。
此外程序还提供数据库开发（Database Explorer）功能，用户可以自己修改、添加、拷贝感兴趣的各类数据库。
2.创建新分子（有四种方法）A．用GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT and FASTA、ASCII等格式输入DNA 或氨基酸。
B．手工粘帖，然后保存到数据库中C．从其他分子、接头、载体中剪切、拼接构键D．从DNA或RNA分子的编码区翻译成蛋白质3.关于新分子的序列特征图谱：利用GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT or FASTA等格式输入的分子都能显示出序列和结构图，但自己手工粘帖的没有，需要自己编辑第一章Chapter 1Tutorial: Display Windows（显示窗口）目的：创建显示窗口，并对图、序列和文本进行操作• 1.登录Vector NTI安装后首次登录，系统将提示是否允许填充空库，点OK。
这样DNA molecules, proteins, enzymes, oligos, and gel markers将组成NTI的数据库。
并出现下列两个窗口。
• 2. 观察出现的Vector NTI 工作窗口和Database Explorer窗口上面的第一个窗口为工作窗口，由菜单栏和工具条两栏，移动鼠标到工具栏任意选项处，鼠标自动显示每个工具条的功能。
第二个窗口为exlporing——local vector NTI database,显示的是上次打开的DNA/RNA或蛋白分子。
3. Create a Display Window for pBR322激活exlporing——local vector NTI database窗口中的DNA/RNA Molecules (MAIN) 数据库，找到pBR322分子并双击打开。
vector nti 11 使用教程 第十三章_蛋白质结构
第十三章蛋白质结构在进行蛋白质结构分析之前，用户首先要准备具有蛋白质结构的档案。
蛋白质结构的档案可以在/pdb/home/home.do之中寻找，找到欲分析的结构后即可直接下载。
下载的结构档案称之为PDB檔，除了NTI之外也可以用其他的软件进行观察。
NOTE：Vector NTI无法进行未知蛋白质结构的仿真，若要进行结构仿真必须使用其他软件。
在档案下载回来后请确认扩展名是否为.pdb，如果不是请将扩展名更改为.pdb。
只要扩展名的名称正确就可以直接点选开启，也可以从Vector NTI的程序中选择3D Molecule Viewer(图13.1)：图13.1 利用程序集内的3D Molecule Viewer仿真蛋白质结构开启以后再选择或者是File→Open打开档案(图13.2)：图13.2 选择PDB的档案，开启蛋白质序列打开档案后就可以看到一个蛋白质结构的图案(图13.3)：图13.3 右边的窗口为蛋白质的结构，下方则是此蛋白质的序列在这个程序中的下方窗口为蛋白序列；左边中间的窗口是整个蛋白质结构的组成信息；左上方窗口为该结构的文件名。
使用者可以从上方这三个按钮来决定是否显示这些数据。
使用者可以进行翻转、移动及缩放蛋白质结构图形：只要按住键盘Shift键跟鼠标左键就可以将结构翻转；按住键盘Ctrl键跟鼠标左键拖曳就可以将结构移动；按住键盘Shift键、Ctrl键跟鼠标左键拖曳图形就可以将结构缩放。
结构的图片可以利用作输出。
图形的操作结果可以用或者是File→Save Project储存。
PDB档案打开来以后所呈现的图形都是未经过整理的，想要呈现较美观的图形必需将图形简化和改变显示方式。
首先用户可以先把显示原子的图形先关闭，只留下骨干的架构(图13.4)。
使用者可以在右上方的工具栏中点选或者从View→Hide→All atoms将显示原子图形的功能给关闭：图13.4 蛋白质的骨干架构用户可以看到图形只剩下骨干的构造，变得很单纯。
Vector NTI Suite使用简介
Vector NTI Suite使用简介资料来源：丁香园 Vector NTI Suite是一套功能强大、界面美观而又友好的分子生物学应用软件包。
它主要包括四个组件，分别对DNA、RNA和蛋白质进行各种分析和操作。
一、Vector NTI作为Vector NTI Suite的核心组成部分，它可以在各种分子生物学研究项目的全过程中提供数据组织、编辑和分析支持。
（一）对分子序列的操作我们以一个DNA序列为例，进行一系列的常规分析；最后将此DNA序列翻译成氨基酸序列，并对此氨基酸序列进行各种分析。
A，DNA序列为猪生长激素的cDNA序列，长为761bp。
首先使用Vector NTI的Create New命令将此序列导入到Vector NTI的数据库中：1，第一种方法：如果只知道序列时，点击Molecule才菜单中的Create New——Using Sequence Editor（DNA/RNA……）；2，在出现的“New DNA/RNA Molecule”对话框中，首先在General填入导入序列的名称——PGH；3，在DNA/RNA Molecule活页中，选中Linear DNA， Animal/other Eukaryotes，Replicon Type中选Chromosome；4，Description中填入：S.Scrofa Growth hormone mRNA;5，在Sequence and Maps中点击“Edit Sequence”按钮，将DNA序列复制后，点“Paste”按钮-点“OK”－确认后就可以完成序列导入。
B，如果是一个从GenBank上下载的序列文件，则：点击“Molecule”菜单-Open-Molecule files命令，找到序列文件，在File format中选中GenBank Files；点击OK。
（二）常规操作：当序列导入完成后，在桌面出现三个窗口，上左侧的窗口中显示的是该序列的常规信息，上右侧窗口则以图形的格式展示序列的特征区及酶切图谱等。
vector NTI 11 使用教程 第12章 序列串接
第十二章 序列串接 使用Vector NTI中的ContigExpress程序(图12.1)可利用序列相似度，将小片段序列进行串连。
此程序可以将单纯序列文本文件或是由定序出来的讯号档案直接进行分析，串接后的片段称为Contigs，在进行长片段的序列定序或是genomic library定序时非常实用。
图12.1 使用ContigExpress将小片段序列串接将小片段的序列串接成完整大片段序列的方式如下之操作过程。
可以直接开启或是从主程序项目开启ContigExpress 程序(图12.2-3)：图12.2 利用程序集开启ContigExpress程序图12.3 利用主程序开启ContigExpress程序开启此程序后会出现一个操作的画面，此画面会分为左右两个区块：图12.4 ContigExpress程序产生的两个区块在此窗口中，用户要先加入序列的档案。
一般序列的文本文件格式都可以加入程序中，而含有定序讯号的序列档案一般都为abi的文件格式，如果没有相关的程序是无法读取进行分析，而ContigExpress 可以读取和分析这种类型的档案。
要将序列档案或是定序的abi档案加载程序中的话，只要选择Project→Add Fragments就可以选择要加载程序的档案了(图12.5)：图12.5 选择Project→Add Fragments加载程序的档案用户可以从窗口的左边的Fragments(图12.6)按下右键后选择Add Fragments 加入序列档案：图12.6 在Fragments 右键单击加入序列档案接下来由文件夹中选择欲加入的序列，可按住Ctrl键后用鼠标进行复选(图12.7)：图12.7 可利用 Ctrl键，选取多个档案点选开启后，如果程序出现一连串的警告声并出现是否的寻问，那只是文件名一致性的修正询问，使用者可以忽略该状态并持续点选“是”的选项直到所有档案加载全程序为止(图12.8)。
vector nti 11 使用教程 附录A：如何取得序列
附录A 如何取得欲分析之序列透过网络抓取序列范例：首先，我们可以先进入NCBI 网站( /) (图A.1)，在首页 “Search”下拉式选单及“for”文字盒中选择及输入适当选项内容，例如Search→Nucleotide；for →cyp1A，然后按下”Go ”按钮进行搜寻。
A.1 NCBI 网站此时 NCBI会传回如下之画面，目前 NCBI Nucleotide database 已经分成三个独立数据库，适当选择所需内容，点选所显示之数字进入适当数据库并进行下一步选择。
三个数据库分别为∙CoreNucleotide contains all Nucleotide records that are not in EST or GSS.They are of interest to most users.∙EST contains only Expressed Sequence Tag records.∙GSS contains only Genome Survey Sequence records.A.2 CoreNucleotide数据库例如点选图A.2中 “81 CoreNucleotide”之选项，可以进入更细部的选择，在CoreNucleotide数据库中总共含有81笔相关记录(图A.3)，可依使用者所需进行点选，于此我们选择斑马鱼(zebrafish Danio rerio) 为范例进行说明，所以将点选第4笔数据NM_131879(Danio rerio cytochrome P450, family 1, subfamily A (cyp1a), mRNA)并得到如下图A.4：A.3 得到81笔斑马鱼的相关数据A.4 点选NM_131879得到的结果可以在左上角“Display”下拉式选单中选取“FASTA”，并得到以下仅含序列内容的画面信息(A.5)。
A.5 NM_131879FASTA格式的数据确定为所需之序列内容后，在“Display”下拉式选单右边 “Send to” 的下拉式选单选取“File”，此时系统将启动档案下载对话窗口，按下“储存”进行档案(FASTA格式)下载。
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把两个压缩包解压替换原文件夹里的文件
只要按帖子里的注意事项操作即可，跟一般的软件安装一样。
xp下直接双击，Vista和Win7下点右键然后“以管理员身份运行”。
不管是什么版本的windows操作系统，都尽量使用系统内置的超级管理员“Administrator”账户进行安装。
其余没什么好注意的，运行后直接“下一步、下一步、……”，该重启时就重启，没什么难度。
最后把破解文件复制到安装后的程序文件夹下，替换原文件即可。
crack.part1.rar和crack.part2.rar是分卷压缩包，放在同一文件夹中，在其中一个文件上点右键解压缩即可。
解压后得到一个名为crack的文件夹，里面有9个文件，全选、复制，然后到C:\Program Files\Invitrogen\Vector NTI Advance 11\文件夹（如果安装时没有修改安装路径，一般应该是这个路径）中粘贴，替换原文件，即可完成破解。
破解没有所谓谁先谁后之分，尽量在软件安装完成后（如果要求重启计算机的话也尽量重启），直接进行破解。
破解后，打开Vector NTI，打开“Help”菜单中的“License Manager”，在Applications选项卡中，将所有程序后面的“Demo mode”，都改为“Dynamic license”。
然后退出软件，下次打开时就能正常使用了。
Demo mode时，窗口右下角有个红色×；Dynamic license时，窗口右下角变成一个绿色的√。
另外，打开QuickStart，选择Launch Local Database，选择View菜单
下的Author Info，就能够修改用户名称。
1、请尽可能使用windows操作系统内置账户Administrator来安装，已发现用非Administrator账户安装会安装失败或出现各种意外问题。
2、运行安装程序后直接“下一步、下一步、……”，安装完成后重启计算机，最后把破解文件复制到安装后的程序文件夹下（默认为C:\Program Files\Invitrogen\Vector NTI Advance 11\），替换原文件即可。
3、用破解文件替换原文件后，打开Vector NTI，如果发现没有破解成功，请打开“Help”菜单中的“License Manager”，在Applications 选项卡中，将所有程序后面的“Demo mode”，都改为“Dynamic license”。
然后退出软件，下次打开时就能正常使用了。
（是否破解成功的判断方法：Demo mode时（未破解成功），窗口右下角有个红色×；Dynamic license时，窗口右下角变成一个绿色的√。
）
4、另外，打开QuickStart，选择Launch Local Database，选择View 菜单下的Author Info，就能够修改用户名称。
（本人已经在win7运行，安装成功。
）
5、使用技巧请查阅安装目录下的软件使用手册。
6、程序文件如果下载不了，可以到官方下载。
下载地址3、4合起来文件同下载地址2。