gaussian和gaussian view的具体操作
批处理的具体操作：
1、点击批处理按钮
（）
2、选择Add，把需要处理的文件名复制粘贴过来，ok-ok。一次一个。
3、添加完之后，点击File-save as-选择保存路径（保证与原文件在同一个文件夹里）-命名-保存-exit
4、File-open-选择上一步中保存的文件-打开-开始。
批处理之前的准备：
1、找到gaussian中已经有的example，选择需要批处理的几个文件，复制粘贴
到另外一个自己准备好的硬盘里。
2、显示扩展名：工具-文件夹选项-查看-取消隐藏已知文件类型的扩展名（把
前面方框中的勾去掉即可）-确定。
用gaussian view输入文件并计算运行结果：
1、打开gaussian view，新建一个分子，方法如下：或者直接
用给出的模板，在输入框中单击即可。
2、File—save—选择一个保存路径—输入保存名字（一定是英文的，加扩展名.gjf）—确定。
3、选择计算方法：calculate—Gaussian—method—
，如果需要该方法可直接在method一行中修改，但是默认hartree-fock计算速度快。修改完之后，点击submit，然后叉掉窗口，没有修改的话直接叉掉窗口。
4、打开刚才保存的文件，对其中的内容进行修改：
，第四行中的改为
opt，把这些东西删掉，之后敲回车键几下，保存文件。
5、打开gaussian，file—open—选择刚刚保存的文件，打开后，点击对话框中的ok，再点击
开始，这时会提示你保存的输出结果，点确定，点开始按钮运行。
Gaussian中如何为不同原子指定不同基组
Gaussian中如何为不同原子指定不同基组 We m ay need a larger basis to describe the atom s involved in reaction, whil e describing the rest of the system with sm aller basis sets. In this case, we need the "Gen" keyword A sam ple input: #gfinput iop(6/7=3) #B3LYP/Gen Opt ……
Gaussian软件应用——高精度能量模型
Gaussian软件应用——高精度能量模型 第七章高精度能量模型 前两章中,我们讨论了不同理论方法和基组的计算精度,也讨论了各自的优缺点, 本章讨论得到非常精确结果的方法. 高精度模型的建立,能够是关于能量的计算精度达到2kcal/mol的差距.一般的, 达到这样的精度需要一个庞大的QCISD(T)计算,甚至对于小分子的处理,其运算量也是惊人的. G2,CBS-4,CBS-Q方法是包括了一系列采用特别方法处理的计算的组合,可以提供更为精确的结果. 7.1 预测热化学 我们主要讨论的是原子化能,电子亲和势,离子化能和质子亲和能. 原子化能 原子化能是分子与组成分子的原子的能量差,如对于PH2,其原子化能为 E(P)+2(EH())-R(PH2) 例7.1 文件e7_01 PH2的原子化能 采用B3LYP/6-31G(d)优化几何构型,计算零点能(矫正因子0.9804),用B3LYP/6-31+G(d,p)计算能量. 得到的原子化能为148,3kcal/mol,实验值为144,7,误差3.6kcal/mol 电子亲和势 电子亲和势 电子亲和势指体系增加一个电子后能量的变化,计算方法为中性分子和其阴离子的能量差.同上例中计算方法得到的PH2电子亲和势为1.24eV,实验值1.26eV, 误差0.02eV,大约0.5kcal/mol 离子化能 离子化能指体系减少一个电子的能量的变化,计算方法为中性分子和其阳离子的能量差距.同上两例计算方法得到的离子化能为9.95eV,实验值9,82eV,误差-0.13eV 约-2.9kcal/mol. 质子亲和能 质子亲和能为体系增加一个质子后的能量变化,计算方法为分子与在其基础上增加一个质子的体系的能量差距.同上例计算方法得到的质子亲和能为185.9kcal/mol, 实验值为187.1kcal/mol,差距1.2kcal/mol. 7.2 理论模型的评价 理论模型一般采用上面的热力学数据来评价 7.3 G2分子基(Molecule Set)以及缺陷及对缺陷的解释 G2分子基是在55个原子化能,38个离子化能,25个电子亲和势和7和质子亲和能的基础上发展的. 这个分子基有很多优点,使得其能够得到精确的热力学结果 * 热力学数据一般是很难模拟的,误差产生于模型假设中的缺陷. * 实验值也是有误差的 * 该分子基包含了大量的原子 * 该分子基包含了大量的特殊体系,如离子,开壳层体系等 其缺点是, * 其所处理的分子体系小,推广到大的体系是必须要小心 * 不是所有的键型都支持的,比如不包括环状分子,没有C-F键 * 只能研究前两周期原子,推广到其他原子,如过渡金属可能会有问题 * 由于其产生于非常精确的热力学数据,其本身是武断的,甚至对于一些一二 周期原子的双原子分子不能全部得到精确结果 这一点本身很重要,因为从一小部分分子的某个热力学数据得到的理论模型在应用上必须小心. 7.4 理论模型的相对精确性 通过对半经验(AM1),HF方法,MP(MP2),DFT(B3LYP, SVWN)等理论方法的比较,
gaussian高级注释
Gaussian98高级注释 Mark A. Zottola，David C. Young（阿拉巴马超级计算中心） ****************** 目录 ****************** 计算电子激发态 收敛问题的调整 自旋污染 使用赝势 耦合簇 Gaussian和CBS理论 精度和CPU时间比较 练习 计算电子激发态 有很多方法可以计算电子激发态，其中有些就在Gaussian中，虽然它并不是完成这项任务最好的程序。它们在精度、易用性和计算资源需求方面各不相同。全部考虑，有下面这些： 1.通过改变多重度，计算不同于基态自旋的第一激发态。 2.CIS计算，使用CIS关键字。不用选择，自动包含Density关键字， 所以布居数分析将反映激发态。对于闭壳层基态，你可以定义计算单重 激发态还是三重激发态或是都计算 (CIS=Singlets, CIS=Triplets, CIS=50-50)。使用CIS=(Root=N)定义哪一个激发态用于几何优化，其中N 为1是第一激发态。 3.对角区域哈密顿量允许定义每个对称性有多少电子态。但不能用于 Gaussian。 4.关键字ZINDO定义了ZINDO-1半经验方法。它的选项和上面CIS列出 的相同。在Gaussian 98中，ZINDO不能用于几何优化。 5.多重行列式计算中更高的根。在Gaussian中用于CASSCF，使用关键 字CASSCF(NRoot=N)。Opt=Conical与CASSCF结合，寻找避免交叉或圆锥交叉点。关键字StateAverage可以给出更精确的激发能。关键字 Spin在计算中包含两个态之间近似的自旋-轨道耦合。 6.含时计算考虑两个态间的谐振，因而给出了得到激发态信息的方法。 关键字TD 使用和上面CIS相同的选项。它可以用于HF和DFT计算。
Gaussian软件应用——基组的影响
Gaussian软件应用——基组的影响 第五章基组的影响 基组是体系内轨道的数学描述.大的基组由于对电子在空间上有小的限制而具有更大的精确性. 用于电子结构计算的标准的基组使用线性的高斯函数来模拟轨道. Gaussian提供大量的已经定义好的基组. 5.1 最小基组 最小基组包含了描述轨道的最少的函数数量. H: 1s C: 1s, 2s, 2px, 2py, 2pz STO-3G是最小基组(虽然不是可能的最小基组),每一个基本函数中含有三个高斯函数,于是就有了3G的名称.STO代表Slater形的轨道,这样,STO-3G就表示采用三个高斯函数来描述Slater轨道. 5.2 分裂基组 增大基组的第一个方法就是增加每个原子基函数的数量.分裂基组,比如3-21G和6-31G,对于价键轨道都用两个函数来进行描述,比如 H: 1s, 1s' C: 1s, 2s, 2s', 2px, spy, spz, spx', spy', spz' 其中的主要轨道和非主要轨道在大小上不同. 双zeta基组,如Dunning-Huzinaga基组(D95),采用每个原子的两种不同大小的函数的线性组合来描述分子轨道.同样的,三重分裂基组,如6-311G,采用三个不同大小的收缩函数来描述轨道. 5.3 极化基组 分裂基组允许轨道改变其大小,但不能改变形状.极化基组则取消了这样的限制,增加了角动量.比如在碳原子上增加d轨道的成分,在过渡金属上增加f轨道成分.有些在氢原子上增加p轨道成分. 一般的,常用的极化基组是6-31G(d),这个基组来源与6-31G基组,并在其基础上,对于重原子增加了d轨道的成分.由于这个基组是中等大小的基组,在计算中很常用.这个基组也被称为6-31G*. 另一个常用的极化基组是6-31G(d,p),也称为6-31G**, 在前一个极化基组的基础上,在氢原子轨道中加入了p的成分. 注意,d轨道含有6个迪卡尔形式,表示的是五个纯粹的轨道. 迪卡尔: d(x2), d(y2), d(z2), d(xy), d(xz), d(yz) 看轨道: d(z2-r2), d(x2-y2), d(xy), d(xz), d(yz) 5.4 弥散函数(Diffuse Functions) J. Chem. Inf. Model. 2007, 47, 1045-1052 Basis Set Exchange: A Community Database for Computational Sciences 弥散函数是s和p轨道函数的大号的版本.他们允许轨道占据更大的空间.对于电子相对离原子核比较远的体系,如含有孤对电子的体系,负离子,以及其他带有明显负电荷的体系,激发态的体系,含有低的离子化能的体系,以及纯酸的体系等,弥散函数都有重要的应用. 6-31+G(d)基组表示的是6-31G(d)基组在重原子上加上弥散基组, 6-31G++(d)基组表示对于氢原子也加上弥散函数.这两者一般在精度上没有大的差别. 例5.1 文件e5_01 甲醇和甲氧基负离子的优化. 采用6-31G和6-31+G分别对二者进行优化.对于甲醇的结构,弥散函数没有明显的作用,而对于甲氧基负离子,弥散函数的使用明显改善了优化结果. 5.5 高角动量基组 现在使用的更大的基组,是在分裂基组基础上增加多个角动量.比如6-31G(2d)就是在6-31G基础上增加两个d轨道的函数,而6-311++G(3df,3pd)则增加了更多的极化函数,包括三个分裂的价键基组,在重原子和氢原子上加的弥散函数,在重原子上加的三个d函数和一个f函数,在氢原子上加的三个p函数和一个d函数.这样的基组在电子相关方法重对于描述电子之间的作用有很重要意义.这些基组一般不用于HF计算.
gaussian-pesdo and basis set
https://https://www.360docs.net/doc/6c4935075.html,/bse/portal 关于这个问题，有篇文章讲得特别好 JPCA 2007, 111, 10439-10452 以下均为个人经验，搞错了不负责 《什么样的泛函和基组的组合，适合做的事情》 这些都是我自己科研经验和以前读的文献的总结。也没写什么参考文献，就是随便扯扯，这就全凭自己的经验和记忆啦，想到哪儿写到哪儿。这里面肯定有不对的，甚至有荒谬之极的东西，还请大家指正。也希望自己抛砖引玉，其他高手也讲讲自己的经验。 很少见到高手们总结自己的科研经验和阅览的文献。小卒我这个屁股上还没褪干净蛋壳的小菜鸟，只好抛出一块又丑又粗糙的破砖，引引高手们的美玉啦。 以下探讨均不涉及cluster。主要是有机化合物、以及金属离子和有机配体组建成的配合物。其计算也都是基于单个分子的计算。周期体系不在考虑之列——这是一句无奈的词句，因为我的研究方向不在此处，所以我确实没有仔细思考过它们 1分子结构、键长和键角： 对于比较轻的元素，比如CHON之类，b3lyp/6-311++g**就很优秀，如果把基组加到了aug-cc-pv?z的程度，就没什么大的必要了。有人甚至说，Cl以前的元素用6-31g就好，如果有孤对电子加个d就行了，如果带负电荷就加个弥散。 对于一些中等重量的元素，LanL2DZ或者DZVP之类的基组就不错啦，没必要加更高的机组了，加了也是浪费。Fe的LanL2DZ有人换成SDD试过，换了以后得到不同基态结果，千万小心使用SDD。第一行过渡金属，如果只有一个，那么6-311+g*的计算量还是可以承受的；两个及两个以上，非赝势很难算。lanl2dz和sdd都是比较好的选择。除非做单点算，否则非要上mp2算就没太大必要了。 再重一些，比如稀土，LanL2DZ就不行了，M. Dolg先生搞出来的那个基组，斯图加特RECP 的[5s4p3d]-GTO占了大部分市场份额。而泛函选择上，百分之四十用的是B3LYP，百分之四十用的是B3PW91，百分之五用的是MPn族，百分之五用的是CCSD(T)族，百分之五用的是PBE族，百分之五用的是经过改进的半经验。有时候还要自己选择，是用小核赝势呢，还是大核赝势呢。听说ADF用PBE/DZPZORA处理稀土，效果也不错，但是我没用过。 有金属的时候，据说tpss不错，但是我也没用过，不敢说。 这里我要批一批我偶然见到的一个文献：Int.J.Electrochem.Sci. 2009, 4, 295-307，伊朗的一群人做的工作。他们居然用6-31G*计算稀土元素，这简直是扯淡，大家不要学他。 半经验方法中，处理CHNO之类的元素，AM1和PM3都不错，PM6也很好，他们可以作为我们前期粗略优化的手段。不过要注意AM1处理共轭体系不太好。有人用Sparkle/AM1和Sparkle/PM3处理稀土元素。精度并不是多么好，但是极大地减轻了计算量，可以说还是很有成效的一个工作。不过这里不探讨半经验，仅仅探讨密度泛函，所以不多说了。 一个例子：[Fe(CN)6]3-，我会选择B3lyp/genecp来优化其分子结构，然后用PBE1PBE/genecp来计算其电子结构。genecp对应关系如下（其实，这个混合基组有自己的专门的名字，叫做LACVP+*） Fe 0 LanL2DZ **** C N 0 6-31+g* ****
gaussian基组方法
最准确的方法要数我们重点研究的从头算分子轨道方法了。它使用的是完全的薛定谔方程, 对原子核及其电子这个体系进行最准确的计算, 得到准确的分子结构及其电子分布, 属于量子力学的在化学中的应用。用从头算分子轨道理论, 我们可以系统地改进我们的计算结果, 逐步逼近实验结果, 直到达到化学精度： 化学精度的含义就是, 对于键长, 误差在正负0,02A, 键角的正负误差为2度, 键能 的误差为正负2kcal/mol 在从头算方法中, 我们不需要任何经验参数, 只需要象光速, 电子电荷, 电子质量, 原子核质量, Planck常数等这些最基本不变的量即可, 所以从头算方法也被称为从 第一原理出发。 所谓的第一原理, 在非相对论情况下就是薛定谔方程, 在相对论情况下就是Dirac方程。 用从头算方法可以对分子结构进行最准确和精确的描写, 可以描写分子的各种性质, 得到其准确能量, 预测其反应性能。 但是由于其要处理所有的核和电子, 是一个非常复杂的多体问题, 另外, 化学能量 仅仅是总能量的很小一部分, 约1%或更小, 因此要得到化学上准确的结果就需要得到十分精确的体系能量, 因此计算成本也十分高。 随着计算机技术的发展, 这种情况在逐步得到改善, 对于很小的体系, 已经可以进 行十分准确的计算了。 从头算方法是经典的量子化学方法, 是为了求得薛定谔方程的波函数, 再在波函数的基础上求得体系的所有性质。但是, 我们知道, 无论物理学家还是化学家, 都对电子密度有很深的印象, 那么能不能从电子密度来得到体系的性质呢, 特别是得到我们最关心的性质, 比如体系的能量从20世纪60年代开始, Kohn等就提出了一系列定理, 证明从电子密度得到体系的基态能量是可以的, 这就奠定了密度泛函理论的基础密度泛函理论也是基于完全的薛定谔方程, 在原理上可以得到准确的电子密度或电子分布,经过近30年的发展, 到上世纪90年代, 随着其泛函的发展, 对化学结构的预测可以很容易达到很高的精度, 但是至今也无法找到一种系统的方法, 去象从头算方法那样系统地改进到化学精度。这主要是因为在密度泛函理论中有1项叫做交换相关泛函的, 它必须先猜测一个含参数的公式, 再用小分子体系去拟合其中的参数, 在这一方面, 它具有经验的性质, 因此有些人称之为一种半经验方法用密度泛函理论可以描写化学体系的结构, 性质, 能量和反应性能, 因为其计算成本比较低, 因此可以计算比较大的体系, 是现在计算化学研究方法的主力。 DFT确定是不能很好的计算范德华作用。 1基组(Basis Set) 1.1基本概念 求解Hartree-Fock-Roothaan方程首先要选取一组合适的原子轨道基函数集合，即基组。基组(Basis Set)是对轨道的数学描述，是求解量子化学问题的工具，可以理解为把电子限制在空间的一定区域内。根据量子化学理论，基组规模越大，对电子的空间局域越小，对轨道的描述越精确i。当基组规模趋于无限大时，量化计算的结果也就逼近真实值。 斯莱特型基组 原子轨道常用简单函数形式斯莱特型基组(Slater Type Orbital,STO)[30]近似表达。Slater型轨道基函数适于描述电子云的分布，在反映分子中电子运动时远比其它基函数优越，但是在计算一些积分时都包括对无穷级数的积分，计算十分复杂。 最小基组（Minimum Basis Set）
Gaussian计算中分子总能量各项的意义
Gaussian计算中分子总能量各项的意义 在HFSCF方法计算中,体系采取固定核近似后,体系的哈密顿算符分为电子哈密顿和核哈密顿两部分,电子哈密顿分为三部分,电子动能,电子间斥能,及核电排斥,通过单电子近似,得到单电子的HF方程,自洽场的结果得到了电子的能量．核哈密顿分为两部分,核动能及排斥,由于核固定动能为零,只剩下一项,因此体系的能量就是电子能量加上核斥能,,这就是我们计算得到的分子总能量,因为分子在OK时仍在平衡位置振动,要加上零点校正.最后结果即例子中的: Sum of electronic and zero-point Energies= -113.837130 在分子的热力学计算中,包括了零点能的输出,零点能是对分子的电子能量的矫正,计算了在0K温度下的分子振动能量.但我们计算的热力学数据并不总是在OK时,为了计算在较高温度下的能量,内能也要考虑到总能量中,它包括平动能,转动能,和振动能.注意在计算内能的时候,已经考虑了零点能.下面是一个计算实例 Temperature 298.15 Kelvin. Pressure 1.0000 Atm. Zero-point correction= 0.029201 Thermal corection to Energy= 0.032054 Thermal correction to Enthalpy= 0.032999 Thermal correction to Gibbs Free Energy= 0.008244 Sum of electronic and zero-point Energies= -113.837130 Sum of electronic and thermal Energies= -113.834277 Sum of electronic and thermal Enthalpies= -113.833333 Sum of electronic and thermal Free Energies= -113.858087 后面四行的四个能量分别为E0, E, H, G. 计算为 E0=E(elec) + ZPE E=E0 + E(vib) + E(rol) + E(transl) H=E + RT G=H - TS 上例是在298.15K和1.0Atm下计算的热力学状态函数,EO即我们的分子体系总能量,而在求298.15K下的内能E时,要加上平动能,转动能,和振动能,由统计热力学知,这三项处于激发能级,注意这里的ZPE实际上就是对应E(vib)在OK时的能量,但现在并非0K,有关能量随温度变化公式可参考统计热力著作,最后得到的Ｅ就是平常所指的内能U，这正是统计热力学中对内能的定义.对H,G状态函数，不再叙述． 由于本版无法上传公式，还请见谅，有关内容请参看相关著作 Gaussian中关于基组设置的简单介绍 基组有两种，一种是全电子基组，另一种是价电子基组。价电子基组对内层的电子用包含了相对论效应的赝势（缩写PP，也称为模型势，有效核势，缩写ECP）进行近似。以铟原子为例，可以输入下面的命令来观察铟原子3-21G 基组的形式： # 3-21G GFPrint In 0,2 In 输出结果为： 3-21G (6D, 7F)
高斯试验基组选择
《什么样的泛函和基组的组合，适合做的事情》 B3LYP对于纯金属的体系并不是一个好的泛函许多的文献都证明了这一点TPSS是个不错的选择 这些都是我自己科研经验和以前读的文献的总结。也没写什么参考文献，就是随便扯扯，这就全凭自己的经验和记忆啦，想到哪儿写到哪儿。这里面肯定有不对的，甚至有荒谬之极的东西，还请大家指正。也希望自己抛砖引玉，其他高手也讲讲自己的经验。 很少见到高手们总结自己的科研经验和阅览的文献。小卒我这个屁股上还没褪干净蛋壳的小菜鸟，只好抛出一块又丑又粗糙的破砖，引引高手们的美玉啦。 以下探讨均不涉及cluster。主要是有机化合物、以及金属离子和有机配体组建成的配合物。其计算也都是基于单个分子的计算。周期体系不在考虑之列——这是一句无奈的词句，因为我的研究方向不在此处，所以我确实没有仔细思考过它们 1分子结构、键长和键角： 对于比较轻的元素，比如CHON之类，b3lyp/6-311++g**就很优秀，如果把基组加到了aug-cc-pv?z的程度，就没什么大的必要了。有人甚至说，Cl以前的元素用6-31g就好，如果有孤对电子加个d就行了，如果带负电荷就加个弥散。 对于一些中等重量的元素，LanL2DZ或者DZVP之类的基组就不错啦，没必要加更高的机组了，加了也是浪费。Fe的LanL2DZ有人换成SDD试过，换了以后得到不同基态结果，千万小心使用SDD。第一行过渡金属，如果只有一个，那么6-311+g*的计算量还是可以承受的；两个及两个以上，非赝势很难算。lanl2dz和sdd都是比较好的选择。除非做单点算，否则非要上mp2算就没太大必要了。 再重一些，比如稀土，LanL2DZ就不行了，M. Dolg先生搞出来的那个基组，斯图加特RECP 的-GTO占了大部分市场份额。而泛函选择上，百分之四十用的是B3LYP，百分之四十用的是B3PW91，百分之五用的是MPn族，百分之五用的是CCSD(T)族，百分之五用的是PBE 族，百分之五用的是经过改进的半经验。有时候还要自己选择，是用小核赝势呢，还是大核赝势呢。听说ADF用PBE/DZPZORA处理稀土，效果也不错，但是我没用过。 有金属的时候，据说tpss不错，但是我也没用过，不敢说。 这里我要批一批我偶然见到的一个文献：Int.J.Electrochem.Sci. 2009, 4, 295-307，伊朗的一群人做的工作。他们居然用6-31G*计算稀土元素，这简直是扯淡，大家不要学他。 半经验方法中，处理CHNO之类的元素，AM1和PM3都不错，PM6也很好，他们可以作为我们前期粗略优化的手段。不过要注意AM1处理共轭体系不太好。有人用Sparkle/AM1和Sparkle/PM3处理稀土元素。精度并不是多么好，但是极大地减轻了计算量，可以说还是很有成效的一个工作。不过这里不探讨半经验，仅仅探讨密度泛函，所以不多说了。 一个例子：3-，我会选择B3lyp/genecp来优化其分子结构，然后用PBE1PBE/genecp来计算其电子结构。genecp对应关系如下（其实，这个混合基组有自己的专门的名字，叫做LACVP+*
Gaussian计算中分子总能量各项的意义
在HFSCF方法计算中,体系采取固定核近似后,体系的哈密顿算符分为电子哈密顿和核哈密顿两部分,电子哈密顿分为三部分,电子动能,电子间斥能,及核电排斥,通过单电子近似,得到单电子的HF方程,自洽场的结果得到了电子的能量．核哈密顿分为两部分,核动能及排斥,由于核固定动能为零,只剩下一项,因此体系的能量就是电子能量加上核斥能,,这就是我们计算得到的分子总能量,因为分子在OK时仍在平衡位置振动,要加上零点校正.最后结果即例子中的 br /> Sum of electronic and zero-point Energies= -113.837130 在分子的热力学计算中,包括了零点能的输出,零点能是对分子的电子能量的矫正,计算了在0K温度下的分子振动能量.但我们计算的热力学数据并不总是在OK时,为了计算在较高温度下的能量,内能也要考虑到总能量中,它包括平动能,转动能,和振动能.注意在计算内能的时候,已经考虑了零点能.下面是一个计算实例 Temperature 298.15 Kelvin. Pressure 1.0000 Atm. Zero-point correction= 0.029201 Thermal corection to Energy= 0.032054 Thermal correction to Enthalpy= 0.032999 Thermal correction to Gibbs Free Energy= 0.008244 Sum of electronic and zero-point Energies= -113.837130 Sum of electronic and thermal Energies= -113.834277 Sum of electronic and thermal Enthalpies= -113.833333 Sum of electronic and thermal Free Energies= -113.858087 后面四行的四个能量分别为E0, E, H, G. 计算为 E0=E(elec) + ZPE E=E0 + E(vib) + E(rol) + E(transl) H=E + RT G=H - TS 上例是在298.15K和1.0Atm下计算的热力学状态函数,EO即我们的分子体系总能量,而在求298.15K下的内能E时,要加上平动能,转动能,和振动能,由统计热力学知,这三项处于激发能级,注意这里的ZPE实际上就是对应E(vib)在OK时的能量,但现在并非0K,有关能量随温度变化公式可参考统计热力著作,最后得到的Ｅ就是平常所指的内能U，这正是统计热力学中对内能的定义.对H,G状态函数，不再叙述． 由于本版无法上传公式，还请见谅，有关内容请参看相关著作 Gaussian中关于基组设置的简单介绍 基组有两种，一种是全电子基组，另一种是价电子基组。价电子基组对内层的电子用包含了相对论效应的赝势（缩写PP，也称为模型势，有效核势，缩写ECP）进行近似。以铟原子为例，可以输入下面的命令来观察铟原子3-21G 基组的形式： # 3-21G GFPrint In 0,2 In 输出结果为： 3-21G (6D, 7F) S 3 1.00 N=1 层，s 轨道 .1221454700E+05 .6124760000E-01
Gaussian软件应用——单点能计算
Gaussian软件应用——单点能计算 2.1 单点能计算是指对给定几何构性的分子的能量以及性质进行计算,由于分子的几何构型是固定不变的,只是"一个点",所以叫单点能计算. 单点能计算可以用于: 计算分子的基本信息 可以作为分子构型优化前对分子的检查 在由较低等级计算得到的优化结果上进行高精度的计算 在计算条件下,体系只能进行单点计算 单点能的计算可以在不同理论等级,采用不同基组进行,本章的例子都采用HF方法和中等级基组. 2.2 计算设置 计算设置中,要有如下信息: 计算采用的理论等级和计算的种类 计算的名称 分子结构 方法设置 这里设置了计算要采用的理论方法,采用的基组,所要进行的计算的种类等信息. 这一行,以#开头,默认的计算种类为单点能计算,关键词为SP,可以不写. 这一部分需要出现的关键词有, 计算的理论,如HF(默认关键词,可以不写),B3PW91; 计算采用的基组,如6-31G, Lanl2DZ; 布局分析方法,如Pop=Reg; 波函数自恰方法,如SCF=Tight. Pop=Reg只在输出文件中打印出最高的5条HOMO轨道和最低的5条LOMU轨道,而采用Pop=Full则打印出全部的分子轨道. SCF设置是指波函数的收敛计算时的设定,一般不用写,SCF=Tight设置表示采用比一般方法较严格的收敛 计算的名称 一般含有一行,如果是多行,中间不能有空行.在这里描述所进行的计算. 分子结构 首先是电荷和自旋多重度 电荷就是分子体系的电荷了,没有就是0, 自旋多重度就是2S+1,其中S是体系的总自旋量子数,其实用单电子数加1就是了. 没有单电子,自旋多重度就是1. 然后是分子几何构性,一般可以用迪卡尔坐标,也可以用Z-矩阵(Z-Matrix) 多步计算 Gaussian支持多步计算,就是在一个输入文件中进行多个计算步骤. 2.3 输出文件中的信息 例2.1 文件e2_01 甲醛的单点能 标准几何坐标. 找到输出文件中Standard Orientation一行,下面的坐标值就是输入分子的标准几何坐标. 能量 找到SCF Done: E(RHF)= -113.863697598 A. U. after 6 cycles 这里的树脂就是能量,单位是hartree.在一些高等级计算中,往往有不止一个能量值,比如下一行 E2=-0.3029540001D+00 EUMP2=-0.11416665769315D+03 这里在EUMP2后面的数字是采用MP2计算后的能量. MP4计算的能量输出就更复杂了 分子轨道和轨道能级 对于按照计算设置所打印出的分子轨道,列出的内容包括,