生物学数据库大全
生物学数据库大全
★INSD,国际核酸序列数据库（International Nucleotide Sequence Databank）。由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护。
★EMBL库，欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库。 https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/embl.html
★GenBank，美国国家生物技术信息中心（NCBI）所维护的供公众自由读取的、带注释的DNA序列的总数据库。https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/Web/Genbank/
★ DNA Databank of Japan (DDBJ) ，日本核酸数据库。 http://www.ddbj.nig.ac.jp/
★GSDB是由美国国家基因组资源中心（NCGR）维护的DNA序列关系数据库（Genome Sequence DataBase）。 https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/gsdb/
★TIGR DATAbase,是世界上最大的cDNA数据库，还有大量的EST序列和人类基因索引（HGI）。 https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/tdb/hcd/overview.html
DNA序列数据库
包括与DNA的复制、转录、修复等有密切关系的蛋白质因子。
★BioSino是中国自主开发的核酸序列公共数据库。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/
★CUTG,MM子使用频度表。
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html
http://www.kazusa.or.jp/codon/
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html
★EPD,真核生物启动子数据库（Eukaryotic Promotor Database）。
http://www.epd.isb-sib.ch/
★TRANSFAC,真核生物基因表达调控因子的数据库。
http://transfac.gbf.de/TRANSFAC
★ TRRD.真核生物基因组转录调控区数据库。
http://www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/
★OOTFD,转录因子和基因表达数据库。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/
★RepBase,真核生物DNA中重复序列数据库。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/~server/repbase.html
★MicroSatellite,微卫星重复序列数据库。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html
★ALU数据库是人及其他灵长类代表性的Alu重复片段。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,(/pub/jmc/alu/)
★ Simple Repeats,简单重复序列库。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,
★COMPEL,复合元件数据库。
ftp://ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/)
★MPDB,分子探针数据库。
http://www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html
★HvrBase,灵长类mtDNA调控区序列库，主要是人的HVI和HVII两个高变异区的序列。http://monolith.eva.mpg.de/hvrbase/
★PlantCARE,植物顺式作用(cis-acting)调控因子数据库。
http://sphinx.rug.ac.be:8080/PlantCare/
★PLACE是从文献中搜集的植物顺式作用调控元件DNA模体的数据库,只涉及维管植物。http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/
ftp://ftp.dna.affrc.go.jp(/pub/dna_place/place.seq)
★Mendel数据库,搜集植物STS和EST序列。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/
★HOX Pro同源异型盒(homeobox)基因数据库。
http://spirov.iephb.nw.ru/hox_pro/hox-pro00.html
★OPD,寡核苷酸探针数据库(Oligonucleotide Probe Database)。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/OPD/
★dbSTS,序列标记位点(Sequence Tagged Sites)数据库。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/dbSTS/
ftp://https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,(/repository/dbSTS)
★dbEST.这是GenBank的重要组成部分,它包含若干物种的已表达的序列标记信息. https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/dbEST/
ftp://https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,(/repository/dbEST)
★AmmtDB,后生动物线粒体DNA多序列联配数据库,搜集了脊椎动物线粒体中编码蛋白质和
tRNA的多DNA序列对比数据,以及哺乳动物mtDNA主调控区序列联配数据.
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,r.it:8000/BioWWW/#AMMTDB
★HOVERGEN,脊椎动物同源基因数据库(HOmologousVERtebrateGENes)。
http://acnuc.univ-lyon1.fr/
ftp://https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,biogen.fr(/pub/db/acnuc/hovergen)
★ DNA结构参数库.
ftp://transfac.gbf.de(/pub/structure_library)
★ NUCLEOSOME数据库,收集实验测定的核小体数据,用于预测DNA中与组蛋白八聚体结合
的位点.
ftp://https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/pub/databases/nucleosomal_dna/
★ SELEX_DB,随机化序列库.
http://www.mgs.bionet.nsu.ru/mgs/systems/selex/
★ ASDB,交替剪接基因的数据库.
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,:8888/
★Intronerator,秀丽线虫内含子和交替剪接数据库。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/~kent/intronerator/
★IDB和IEDB前者是内含子序列数据库，后者是内含子演化数据库。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/intron/index.html
★EID,外显子、内含子数据库。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/gilbert/EID/
★ExInt,外显子、内含子数据库。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,.sg/rint/exint.html
★NDB,核酸晶体结构数据库。
ftp://https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/NDB/ndb.html
★VectorDB,载体数据库。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/
★Vector和Vector-ig,包分子生物学常用的许多载体的注释和序列信息。
ftp://https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,(/repository/vetcor-ig)
ftp://https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,(/repository/vector)
RNA序列和核糖体数据库:
★1993年成立的RNA学会，在出版RNA刊物同时，还维护着两个信息网页：
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/~rna1/
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/Journals/JNLSCAT/rRNA/rna.html
★snoRNA,小核仁RNA数据库。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/biochem ... noRNA-DataBase.html
★Small RNA数据库。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/smallRNA/smallrna.html
★RNAse P数据库，包含RNA水解酶P的RNA亚基序列、联配、二级结构和三维模型
。https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/RNAseP/home.html
★tmRNA网点。包含tmRNA序列、公认蛋白质水解标记、序列联配、确定新tmRNA的导
引，以及简要综述等。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/~tmrna/
★tmRDB.已经联配好的、加有注释的、按亲缘关系排列的tmRNA序列数据。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/dbs/tmRDB/tmRDB.html
★gRNA,导引RNA数据库。
http://www.biochem.mpg.de/~goeringe/
★SRPDB,信号识别粒子数据库。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/dbs/SRPDB/SRPDB.html
★TransTerm,信使RNA的组分和翻译控制信号数据库。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/Transterm/
l 类病毒和类病毒样RNA数据库。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,herb.ca/~jpperra/
★UTRdb和UTRsite。UTRdb是真核生物mRNA的5’端和3’端非翻译区序列的非冗余数据
库，UTRsite搜集这些非翻译区序列中的功能片段。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,r.it:8000/EmbIT/UTRHome/
★ncRNA,似mRNA的非编码RNA数据库。
http://www.man.poznan.pl/5Sdata/ncRNA/index.html
★RNAmods,RNA修饰数据库。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/RNAmods/RNAmods.html
ftp://https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,(/library/RNAmods)
★AARSDB,酰氨基tRNA合成酶数据库。
http://rose.man.poznan.pl/aars/index.html
★tRNA序列和基因、结构与功能数据库。
http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/
★PLMItRNA基于FastA的绿色植物线粒体tRNA分子和tRNA基因的数据库。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,r.it:8000/srs6/
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/services/
★16SMDB、16S-likeMDB 、16SMDBexp 、23SMDB、23S-likeMDBexp数据库，是一批
16S和23S核糖体RNA突变数据库。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/departments/biology/databasee/rna.html
ftp://https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,(/nar/)
★RNA www,RNA二级结构网页，也有16S RNA和23S RNA的数据。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,:8080/RNA/
★uRNADB,已经联配好的、加有注释的、按亲缘关系排列的uRNA序列数据。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/dbs/uRNADB/uRNADB.html
★U-insertion/deletion,编辑序列数据库，包含5个无脊椎动质体目物种的线粒体基因和编辑
后的mRNA序列。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/RNA/trypanosome/database.html
★PseudoBase,假扭结数据库。
http://www.bio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.html
★RDP,核糖体数据库计划。包含小亚基和大亚基的两部分rRNA,由已联配的RNA序列以及亲
缘树组成。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/RDP/
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,(/pub/)
★SSU rRNA欧洲核糖体小亚基RNA结构数据库。
http://rrna.uia.ac.be/ssu/
★LSU rRNA欧洲核糖体大亚基RNA结构数据库。
http://rrna.uia.ac.be/lsu/
★5S rRNA数据库。
http://rose.man.poznan.pl/5Sdata/index.html
★DRC,核糖体交链数据库。
http://www.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/~ag_ribo/ag_brimacombe/drc/ ★ACTIVITY,DNA和RNA中功能位点数据库。
http://www.mgs.bionet.nsu.ru/systems/Activity/
★RNA非正则配对数据库。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/bp_type/
基因图谱数据库:
★Rhdb,辐射杂交数据库。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/RHdb
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/Rhdb/species/HUMAN/gm99.html
ftp://https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,(/pub/databases/RHdb)
★Mouse RH数据库。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/mouse_rh/
★GDB,人类基因组数据库。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/
ftp://https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,
★GeneMap’99,人类基因图谱1999年版。
https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/genemap/
★HuGeMap,人类基因遗传图谱和物理图谱的分布式集成数据库。
ftp://https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,(/pub/databases/RHdb/gm99.map)
分子生物学复习题(有详细答案)
绪论 思考题：（P9） 1.从广义和狭义上写出分子生物学的定义？ 广义上讲的分子生物学包括对蛋白质和核酸等生物大分子结构与功能的研究，以及从分子水平上阐明生命的现象和生物学规律。 狭义的概念，即将分子生物学的范畴偏重于核酸（基因）的分子生物学，主要研究基因或DNA结构与功能、复制、转录、表达和调节控制等过程。其中也涉及与这些过程相关的蛋白质和酶的结构与功能的研究。 2、现代分子生物学研究的主要内容有哪几个方面？什么是反向生物学？什么是 后基因组时代？ 研究内容： DNA的复制、转录和翻译；基因表达调控的研究；DNA重组技术和结构分子生物学。 反向生物学：是指利用重组DNA技术和离体定向诱变的方法研究已知结构的基因相应的功能，在体外使基因突变，再导入体内，检测突变的遗传效应，即以表型来探索基因结构。 后基因组时代：研究细胞全部基因的表达图式和全部蛋白质图式，人类基因组研究由结构向功能转移。 3、写出三个分子生物写学展的主要大事件（年代、发明者、简要内容） 1953年Watson和Click发表了?脱氧核糖核苷酸的结构?的著名论文，提出了DNA的双螺旋结构模型。 1972~1973年，重组DNA时代的到来。H.Boyer和P.Berg等发展了重组DNA 技术，并完成了第一个细菌基因的克隆，开创了基因工程新纪元。 1990~2003年美、日、英、法、俄、中六国完成人类基因组计划。解读人类遗传密码。 4、21世纪分子生物学的发展趋势是怎样的？ 随着基因组计划的完成，人类已经掌握了模式生物的所有遗传密码。又迎来了后基因组时代，人类基因组的研究重点由结构向功能转移。相关学说理论相应诞生，如功能基因组学、蛋白质组学和生物信息学。生命科学又进入了一个全新的时代。 第四章 思考题：（P130） 1、基因的概念如何？基因的研究分为几个发展阶段？ 概念：基因是原核、真核生物以及病毒的DNA和RNA分子中具有遗传效应的核苷酸序列，是遗传的基本单位和突变单位以及控制形状的功能单位。 发展阶段：○120世纪50年代以前，主要从细胞的染色体水平上进行研究，属于基因的染色体遗传学阶段。 ○220世纪50年代以后，主要从DNA大分子水平上进行研究，属于分
数据库SQL查询语句大全修订稿
数据库S Q L查询语句 大全 公司标准化编码 [QQX96QT-XQQB89Q8-NQQJ6Q8-MQM9N]
经典SQL查询语句大全 一、基础 1、说明：创建数据库 CREATE DATABASE database-name 2、说明：删除数据库 drop database dbname 3、说明：备份sql server --- 创建备份数据的 device USE master EXEC sp_addumpdevice 'disk', 'testBack', 'c:\mssql7backup\' --- 开始备份 BACKUP DATABASE pubs TO testBack 4、说明：创建新表 create table tabname(col1 type1 [not null] [primary key],col2 type2 [not null],..) 根据已有的表创建新表： A：create table tab_new like tab_old (使用旧表创建新表) B：create table tab_new as select col1,col2… from tab_old definitio n only 5、说明：删除新表 drop table tabname 6、说明：增加一个列 Alter table tabname add column col type
注：列增加后将不能删除。DB2中列加上后数据类型也不能改变，唯一能改变的是增加varchar类型的长度。 7、说明：添加主键：Alter table tabname add primary key(col) 说明：删除主键： Alter table tabname drop primary key(col) 8、说明：创建索引：create [unique] index idxname on tabname(col….) 删除索引：drop index idxname 注：索引是不可更改的，想更改必须删除重新建。 9、说明：创建视图：create view viewname as select statement 删除视图：drop view viewname 10、说明：几个简单的基本的sql语句 选择：select * from table1 where 范围 插入：insert into table1(field1,field2) values(value1,value2) 删除：delete from table1 where 范围 更新：update table1 set field1=value1 where 范围 查找：select * from table1 where field1 like ’%value1%’ ---like的语法很精妙，查资料! 排序：select * from table1 order by field1,field2 [desc] 总数：select count as totalcount from table1 求和：select sum(field1) as sumvalue from table1 平均：select avg(field1) as avgvalue from table1 最大：select max(field1) as maxvalue from table1 最小：select min(field1) as minvalue from table1 11、说明：几个高级查询运算词 A：UNION 运算符
文献检索试地的题目
实用标准文案 精彩文档 文献检索试题 班级：工业设计1101 姓名：初希燕学号：1112033034 一、简答题 1、分别列举一种图书、期刊论文、学位论文的数据库检索工具。（10分） 图书：超星数字图书馆；期刊论文：维普期刊；学位论文：万方数据库； 2、在计算机检索中，常用的布尔逻辑算符有哪几种？试用A和B的逻辑表达式说明其检索结果。（10分） 逻辑“与”，用“AND”或“*”表示，即A and B；逻辑“或”，用“OR”或“+”表示，即A or B；邻近度算符用“With”表示，即A with B;逻辑“非”，用“not”或“—”号表示，即A not B。 二、论述题 1、以自己感兴趣的一个研究方向为课题名称（课题名称自拟），进行课题检索，试写出主要的检索思路（不用写出检索结果）。例如：可能使用的检索工具或检索数据库、检索术语、检索表达式、检索步骤和检索策略等。（20分） （1）检索课题：现代医学的发展方向； （2）检索工具：百度，谷歌，必应； （3）检索数据库：中国期刊全文数据库，中国学术会议论文全文数据库[万方数据]，Science Direct，中国学位论文全文数据库[万方数据] （4）检索术语：现代医学，发展方向，应用，生物技术； （5）检索策略：摘要=现代医学AND发展方向，关键词=现代医学AND应用，篇名=现代医学发展。 2、谈谈你对文献检索课的感想及意见（20分） 大学生面需要学习,如何提高自己获取和利用文献信息的能力;进入工作岗位后如何更新自己的知识结构,使自己不落伍.所以,获取知识和信息的能力成为了大学生必须具备的重要能力之一.。 文献检索这门课主要讲授检索文献的一些基本方法,培养学生检索文献的技能.学习和科技需要文献,个人全面素质的提高需文献,生活中也离不开各种信息。 我们在信息检索课中，老师侧重介绍了信息检索工具与检索技巧！但对于今后我们的生活中，这种检索思想将会发挥更大的作用，所以平时我们应多积累一些有关互联网上的检索工具(包括搜索引擎和检索技巧)方面的知识，这方面的能力可能带给我们更大的实惠。
最新生物信息学名词解释(个人整理)
一、名词解释： 1.生物信息学：研究大量生物数据复杂关系的学科，其特征是多学科交叉，以互联网为媒介，数据库为载体。利用数学知识建立各种数学模型; 利用计算机为工具对实验所得大量生物学数据进行储存、检索、处理及分析，并以生物学知识对结果进行解释。 2.二级数据库：在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步的整理。 3.FASTA序列格式：是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的核苷酸或者氨基酸字符串，大于号（>）表示一个新文件的开始，其他无特殊要求。 4.genbank序列格式：是GenBank 数据库的基本信息单位，是最为广泛的生物信息学序列格式之一。该文件格式按域划分为4个部分：第一部分包含整个记录的信息（描述符）；第二部分包含注释；第三部分是引文区，提供了这个记录的科学依据；第四部分是核苷酸序列本身，以“//”结尾。 5.Entrez检索系统：是NCBI开发的核心检索系统，集成了NCBI的各种数据库，具有链接的数据库多，使用方便，能够进行交叉索引等特点。 6.BLAST：基本局部比对搜索工具，用于相似性搜索的工具，对需要进行检索的序列与数据库中的每个序列做相似性比较。P94 7.查询序列（query sequence）：也称被检索序列，用来在数据库中检索并进行相似性比较的序列。P98 8.打分矩阵（scoring matrix）：在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。包括基于理论（如考虑核酸和氨基酸之间的类似性）和实际进化距离（如PAM）两类方法。P29 9.空位（gap）：在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果，这样在其中一序列上产生中断现象，这些中断的位点称为空位。P29 10.空位罚分：空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响，序列中的空位的引入不代表真正的进化事件，所以要对其进行罚分，空位罚分的多少直接影响对比的结果。P37 11.E值：衡量序列之间相似性是否显著的期望值。E值大小说明了可以找到与查询序列（query）相匹配的随机或无关序列的概率，E值越接近零，越不可能找到其他匹配序列，E 值越小意味着序列的相似性偶然发生的机会越小，也即相似性越能反映真实的生物学意义。P95 12.低复杂度区域：BLAST搜索的过滤选项。指序列中包含的重复度高的区域，如poly（A）。 13.点矩阵（dot matrix）：构建一个二维矩阵，其X轴是一条序列，Y轴是另一个序列，然后在2个序列相同碱基的对应位置（x，y）加点，如果两条序列完全相同则会形成一条主对角线，如果两条序列相似则会出现一条或者几条直线；如果完全没有相似性则不能连成直线。 14.多序列比对：通过序列的相似性检索得到许多相似性序列，将这些序列做一个总体的比对，以观察它们在结构上的异同，来回答大量的生物学问题。 15.分子钟：认为分子进化速率是恒定的或者几乎恒定的假说，从而可以通过分子进化推断出物种起源的时间。 16.系统发育分析：通过一组相关的基因或者蛋白质的多序列比对或其他性状，可以研究推断不同物种或基因之间的进化关系。 17.进化树的二歧分叉结构：指在进化树上任何一个分支节点，一个父分支都只能被分成两个子分支。 系统发育图：用枝长表示进化时间的系统树称为系统发育图，是引入时间概念的支序图。 18.直系同源：指由于物种形成事件来自一个共同祖先的不同物种中的同源序列，具有相似或不同的功能。（书：在缺乏任何基因复制证据的情况下，具有共同祖先和相同功能的同源基因。）
SQL查询语句大全集锦
SQL查询语句大全集锦 一、简单查询 简单的Transact-SQL查询只包括选择列表、FROM子句和WHERE子句。它们分别说明所查询列、查询的 表或视图、以及搜索条件等。 例如，下面的语句查询testtable表中姓名为“张三”的nickname 字段和email字段。 代码:SELECT `nickname`,`email`FROM `testtable`WHERE `name`='张三' (一) 选择列表 选择列表(select_list)指出所查询列，它可以是一组列名列表、星号、表达式、变量(包括局部变量和全局变量)等构成。 1、选择所有列 例如，下面语句显示testtable表中所有列的数据： 代码:SELECT * FROM testtable 2、选择部分列并指定它们的显示次序 查询结果集合中数据的排列顺序与选择列表中所指定的列名排列顺 序相同。
代码:SELECT nickname,email FROM testtable 3、更改列标题 在选择列表中，可重新指定列标题。定义格式为： 列标题=列名 列名列标题 如果指定的列标题不是标准的标识符格式时，应使用引号定界符，例如，下列语句使用汉字显示列 标题： 代码:SELECT 昵称=nickname,电子邮件=email FROM testtable 4、删除重复行 SELECT语句中使用ALL或DISTINCT选项来显示表中符合条件的所有行或删除其中重复的数据行，默认 为ALL。使用DISTINCT选项时，对于所有重复的数据行在SELECT返回的结果集合中只保留一行。 5、限制返回的行数 使用TOP n [PERCENT]选项限制返回的数据行数，TOP n说明返回n 行，而TOP n PERCENT时，说明n是 表示一百分数，指定返回的行数等于总行数的百分之几。
生物信息学名词解释
1.计算生物信息学（Computational Bioinformatics）是生命科学与计算机科学、数理科学、化学等领域相互交叉而形成的一门新兴学科，以生物数据作为研究对象，研究理论模型和计算方法，开发分析工具，进而达到揭示这些数据蕴含的生物学意义的目的。 2.油包水PCR (Emulsion PCR) : 1) DNA片段和捕获磁珠混合; 2) 矿物油和水相的剧烈震荡产生油包水环境; 3) DNA片段在油包水环境中扩增;4) 破油并富集有效扩增磁珠。 3.双碱基编码技术：在测序过程中对每个碱基判读两遍，从而减少原始数据错误，提供内在的校对功能。代表测序方法：solid 测序。 4.焦磷酸测序法：焦磷酸测序技术是由4种酶催化的同一反应体系中的酶级联化学发光反应,适于对已知的短序列的测序分析,其可重复性和精确性能与SangerDNA测序法相媲美,而速度却大大的提高。焦磷酸测序技术不需要凝胶电泳,也不需要对DNA样品进行任何特殊形式的标记和染色,具备同时对大量样品进行测序分析的能力。在单核苷酸多态性、病原微生物快速鉴定、病因学和法医鉴定研究等方面有着越来越广泛的应用。例如：454测序仪 ：用蛋白质序列查找核苷酸序列。 :STS是序列标记位点（sequence-tagged site）的缩写，是指染色体上位置已定的、核苷酸序列已知的、且在基因组中只有一份拷贝的DNA短片断，一般长200bp －500bp。它可用PCR方法加以验证。将不同的STS依照它们在染色体上的位置依次排列构建的图为STS图。在基因组作图和测序研究时，当各个实验室发表其DNA测序数据或构建成的物理图时，可用STS来加以鉴定和验证，并确定这些测序的DNA片段在染色体上的位置；还有利于汇集分析各实验室发表的数据和资料，保证作图和测序的准确性。 :表达序列标签技术（EST，Expressed Sequence Tags）EST技术直接起源于人类基因组计划。 ：生物信息学数据库。UniGene试图通过计算机程序对GeneBank中的序列数据进行适当处理，剔除冗余部分，将同一基因的序列，包括EST序列片段搜集到一起，以便研究基因的转录图谱。UniGene除了包括人的基因外，也包括小鼠、大鼠等其它模式生物的基因。 :开放阅读框（ORF，open reading frame )是基因序列的一部分，包含一段可以编码蛋白的碱基序列，不能被终止子打断。编码一个蛋白质的外显子连接成为一个连续的ORF。 10.分子钟检验：只有分子钟的，没听过分子钟检验。一种关于分子进化的假说，认为两个物种的同源基因之间的差异程度与它们的共同祖先的存在时间(即两者的分歧时间)有一定的数量关系
SQL数据库查询语句范例
推荐一、简单查询 简单的Transact-SQL查询只包括选择列表、FROM子句和Where子句。它们分别说明所查询列、查询的表或视图、以及搜索条件等。例如，下面的语句查询testtable表中姓名为“张三”的nickname字段和email字段。Select nickname,email FROM testtable Where n ame=’张三’ (一) 选择列表 选择列表(select_list)指出所查询列，它可以是一组列名列表、星号、表达式、变量(包括局部变量和全局变量)等构成。 1、选择所有列例如，下面语句显示testtable表中所有列的数据：Select * FROM testtable 2、选择部分列并指定它们的显示次序 查询结果集合中数据的排列顺序与选择列表中所指定的列名排列顺序相同。 例如：Select nickname,email FROM testtable 3、更改列标题 在选择列表中，可重新指定列标题。定义格式为： 列标题=列名列名列标题 如果指定的列标题不是标准的标识符格式时，应使用引号定界符，例如，下列语句使用汉字显示列标题： Select 昵称=nickname,电子邮件=email FROM testtable 4、删除重复行 Select语句中使用ALL或DISTINCT选项来显示表中符合条件的所有行或删除其中重复的数据行，默认为ALL。使用DISTINC T选项时，对于所有重复的数据行在Select返回的结果集合中只保留一行。 5、限制返回的行数 使用TOP n [PERCENT]选项限制返回的数据行数，TOP n说明返回n行，而TOP n PERCENT时，说明n是表示一百分数，指定返回的行数等于总行数的百分之几。例如： Select TOP 2 *FROM testtable Select TOP 20 PERCENT * FROM testtable (二) FROM子句 FROM子句指定Select语句查询及与查询相关的表或视图。在FROM子句中最多可指定256个表或视图，它们之间用逗号分隔。 在FROM子句同时指定多个表或视图时，如果选择列表中存在同名列，这时应使用对象名限定这些列所属的表或视图。例如在usertable和cityta ble表中同时存在cityid列，在查询两个表中的cityid时应使用下面语句格式加以限定： Select username,citytable.cityid FROM usertable,citytable Where usertable.cityid=citytable.cityid 在FROM子句中可用以下两种格式为表或视图指定别名： 表名 as 别名表名别名
文献检索复习题及参考答案
医学文献检索复习资料 第一章 一、信息、知识、情报、文献（选择、判断改错） 1、信息：是物质存在或运动方式与状态的表现形式或反映，是现实世界事物的反映，它提供了客观世界事物的消息、知识，是事物的一种普遍属性。 2、知识：是人类在认识和改造客观世界实践中获得的对事物本质的认识和经验的综合，是人们通过实践对客观事物及其运动过程和规律的认识。 3、情报：是指人们以各种方式传递与交流的具有一定目的与时效的信息，是人们为一定目的搜集的有使用价值的知识或信息。 情报的重要属性：知识性、传递性、效用性。 4、文献：是指以文字、图象、公式、声频、视频、代码等手段记录或描述在一定的物质载体上，并能起到存储和传播信息情报和知识作用的一切载体。（记录有知识的一切载体。）文献由三个基本要素构成：内容上的知识或信息；揭示和表达知识信息的表示符号；记录信息符号的物质载体。 信息、知识、文献、情报的包含关系：信息、知识、情报必须固定在一定的物质载体上，形成文献后才能进行传递，才能被人们所利用，文献是信息、知识、情报存储、传递、利用的重要方式。信息可以成为情报；信息是知识的重要组成部分，但不是全部；情报是知识或信息经传递并起作用的部分。 第二章医学文献信息资源 一、文献信息资源类型的划分 1、按载体类型划分： （1）书写型文献：古代文献、书法作品、手稿、书信、原始记录等 （2）印刷型文献：图书、期刊、会议文献、政府出版物、专利文献、技术标准、产品资料、学位论文、技术档案 （3）缩微型文献：微缩胶卷、微缩胶片、微缩照片等 （4）视听型文献：唱片、录音带、录像带、科技电影、幻灯片、电视片等 （5）电子型文献： 电子型文献按发布形式分为：①参考数据库：A.书目数据库：中药在线、CBM、PubMed B.文摘和索引数据库 ②全文数据库 ③事实数据库 ④搜索引擎/分类指南 ⑤网络学术资源学科导航 ⑥FTP资源 ⑦其他 2、按出版类型划分： （1）图书：是现代出版物中最普通的一种类型，有封面、书名、作者、出版地、出版者，并装订成册。在每一种正式出版图书的版权页或其他明显部位都标有一个由10位或13位数组组成的国际标准书号ISBN，形式如ISBN 978-7-117-10172-1，这是一种国际通用的出版物代码，代表某种特定图书的某一版本，具有唯一性和专指性，读者可借此通过某些文献信息系统查询某种特定图书。图书基本上有两类：一类是供读者阅读的图书，包括专著、教材；一类是供读者查阅的图书（工具书）。 （2）期刊：是一种连续出版发行的文献。（期刊的内容新颖、出版周期短，通报速度快，信息量大，是情报的主要来源。） 期刊特点：①有固定的名称（刊名） ②相对固定的版式、篇幅和内容范围 ③定期连续出版发行 ④按一定的卷期号或年月顺序号连续出版 每种期刊均有一个由8位数字组成的国际标准连续出版物号ISSN，例如 ISSN 0317-8471 前7位代表期刊代号，末位是校验号。
数据库基本SQL语句大全
数据库基本SQL语句大全 数据库基本----SQL语句大全 一、基础 1、说明:创建数据库 Create DATABASE database-name 2、说明:删除数据库 drop database dbname 3、说明:备份sql server --- 创建备份数据的device USE master EXEC sp_addumpdevice 'disk', 'testBack', 'c:\mssql7backup\MyNwind_1、d at' --- 开始备份 BACKUP DATABASE pubs TO testBack 4、说明:创建新表 create table tabname(col1 type1 [not null] [primary key],col2 typ e2 [not null],、、) 根据已有的表创建新表: A:create table tab_new like tab_old (使用旧表创建新表) B:create table tab_new as select col1,col2…from tab_old definit ion only 5、说明:删除新表 drop table tabname 6、说明:增加一个列 Alter table tabname add column col type 注:列增加后将不能删除。DB2中列加上后数据类型也不能改变,唯一能改变的就是增加varchar类型的长度。 7、说明:添加主键: Alter table tabname add primary key(col) 说明:删除主键: Alter table tabname drop primary key(col) 8、说明:创建索引:create [unique] index idxname on tabname(col…、) 删除索引:drop index idxname 注:索引就是不可更改的,想更改必须删除重新建。 9、说明:创建视图:create view viewname as select statement
生物信息学数据库或软件
一、搜索生物信息学数据库或者软件 数据库是生物信息学的主要内容，各种数据库几乎覆盖了生命科学的各个领域。 核酸序列数据库有GenBank，EMBL，DDB等，核酸序列是了解生物体结构、功能、发育和进化的出发点。国际上权威的核酸序列数据库有三个，分别是美国生物技术信息中心（NCBI）的GenBank ，欧洲分子生物学实验室的EMBL-Bank（简称EMBL），日本遗传研究所的DDBJ 蛋白质序列数据库有SWISS-PROT，PIR，OWL，NRL3D，TrEMBL等， 蛋白质片段数据库有PROSITE，BLOCKS，PRINTS等， 三维结构数据库有PDB，NDB，BioMagResBank，CCSD等， 与蛋白质结构有关的数据库还有SCOP，CATH，FSSP，3D-ALI，DSSP等， 与基因组有关的数据库还有ESTdb，OMIM，GDB，GSDB等， 文献数据库有Medline，Uncover等。 另外一些公司还开发了商业数据库,如MDL等。
生物信息学数据库覆盖面广，分布分散且格式不统一, 因此一些生物计算中心将多个数据库整合在一起提供综合服务，如EBI的SRS(Sequence Retrieval System)包含了核酸序列库、蛋白质序列库，三维结构库等30多个数据库及CLUSTALW、PROSITESEARCH等强有力的搜索工具，用户可以进行多个数据库的多种查询。 二、搜索生物信息学软件 生物信息学软件的主要功能有： 分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间； 提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验；寻找、预测新基因及预测其结构、功能； 蛋白高级结构预测。 如：核酸序列分析软件BioEdit、DNAClub等；序列相似性搜索BLAST；多重系列比对软件Clustalx；系统进化树的构建软件Phylip、MEGA等；PCR 引物设计软件Primer premier6.0、oligo6.0等；蛋白质二级、三级结构预测及三维分子浏览工具等等。 NCBI的网址是：https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,。 Entrez的网址是：https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/entrez/。 BankIt的网址是：https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/BankIt。 Sequin的相关网址是：https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/Sequin/。 数据库网址是：https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/embl/。
分子生物学数据库
陈成 一、国内的一些有针对性的数据库 BIOSINO 我国的核酸序列公共数据库 更像是一个论坛，有一些提问，互动等功能，信息的筛选也不是特别的严格。但是规模较小 0条记录可以看出网站的维护和使用都不怎么频繁。 其他许多网站也没有明显的巨大差距。 二、国内的一些大型数据库 中国知网
大部分高校已经购买了它的资源，是国内较权威、全面的数据库。主要是文献下载，不针对我们实验过程中对数据遇到问题时的解答。
冀鼎觉SciFinder SciFinder使用简介 SciFinder Scholar是美国化学学会（ACS）旗下的化学文摘服务社CAS（Chemical Abstract Service）所出版的《Chemical Abstract》化学文摘的在线版数据库学术版。其内容涵盖应用化学、化学工程、普通化学、物理、生物学、生命科学、医学、聚合体学、材料学、地质学、食品科学和农学等诸多领域。 https://www.360docs.net/doc/7d6317482.html,/products/scifinder/ SciFinder是可以与交大图书馆相连的，在找到文献时，可以直接连接到交大图书馆进行检索帮助。 下面以检索Molecular Dynamics为例简单解释其使用。 在登进SciFinder之后会进入检索界面。上图即为SciFinder的文献检索界面，可以对文件类型，语言，作者等信息作初步筛选。除此之外也可以看到左面可以选择对作者，公司，杂志，专利进行直接检索。
在搜索之后会出现题目和内容相关两种文献分类，如我们选择内容相关Molecular dynamics，点进Get Reference。 这是检索完成的结果。我们可以看到，在Reference字样之后又Getsubstances等字样，我们可以通过这些选项获取选定文献中相关的物质、反应、相关的引用及被引用等。在右侧可以看到Analysis以及Refine选项。现在显示的是Analysis中的Journal Name选项，可以看到对于MD来说，JCP, JPC, Biochemistry, JACS等杂志具有较多的信息。除此之外，还有对作者，公司的分析，为我们对相关内容的行业情况的了解提供了方便。
数据库SQL语句大全
SQL语句大全--语句功能 --数据操作 SELECT --从数据库表中检索数据行和列 INSERT --向数据库表添加新数据行 DELETE --从数据库表中删除数据行 UPDATE --更新数据库表中的数据 -数据定义 CREATE TABLE --创建一个数据库表 DROP TABLE --从数据库中删除表 ALTER TABLE --修改数据库表结构 CREATE VIEW --创建一个视图 DROP VIEW --从数据库中删除视图 CREATE INDEX --为数据库表创建一个索引 DROP INDEX --从数据库中删除索引 CREATE PROCEDURE --创建一个存储过程 DROP PROCEDURE --从数据库中删除存储过程CREATE TRIGGER --创建一个触发器 DROP TRIGGER --从数据库中删除触发器 CREATE SCHEMA --向数据库添加一个新模式DROP SCHEMA --从数据库中删除一个模式CREATE DOMAIN --创建一个数据值域 ALTER DOMAIN --改变域定义 DROP DOMAIN --从数据库中删除一个域 --数据控制 GRANT --授予用户访问权限 DENY --拒绝用户访问 REVOKE --解除用户访问权限 --事务控制 COMMIT --结束当前事务 ROLLBACK --中止当前事务 SET TRANSACTION --定义当前事务数据访问特征 --程序化SQL DECLARE --为查询设定游标 EXPLAN --为查询描述数据访问计划 OPEN --检索查询结果打开一个游标
常用文献检索数据库
一、常用文献检索数据库 1、Springerlink数据库
生物信息学 实验三 数据库搜索-BLAST
实验三数据库搜索—BLAST 1. Nucleotide BLAST 在Nucleotide中输入登录号搜索人类MAPK9（NM_139069.2）基因，send to 为coding sequences，作为Query 序列，或者下载complete sequences，在Blastn 中限制序列搜索范围为272-1420（编码区）。分别用megablast, discontiguous megablast 和 blastn 进行搜索。 这三个搜索的参数不同之处，主要体现在单词单位，megablast的单词单位默认为28，可选范围从16-256， discontiguous megablast的单词单位默认为11，可选为11和12， blastn单词单位默认为11，可选范围为7,11和15。Megablast 可以快速搜索到与query 高度相似的序列；discontiguous megablast用于寻找与 query 高度相似的序列; blastn则用于寻找与 query 有一定相似度的序列。单词单位越小，敏感度越高，也就是说，Megablast敏感度最差，discontiguous megablast 居中，blastn 最高。 Megablast的搜索速度最快，discontiguous megablast居中，blastn最差。三个搜索所搜索到的相似序列的数量，相似性范围和分值范围都有很大差异，具 Methods Number Identity（%）Max score Megablast154172-10073.1-2122 discontiguous megablast652763-10044.6-2073 blastn116676310044.6-2073 截取30bp的片段进行blastn搜索，默认参数设置如下图： 搜索后，实际参数如下图，主要对word size, expect value进行了调整，这是因为我们了选中automatically adjust parameters for short input sequences，在所搜索的片段长度比较小时，数据库中随机情况下找到高度相似甚至相同的局部比对（HSPs）的可能性非常高，系统自动将 word size 调小，
文献检索模拟测试答案汇总
GOOGLE和BAIDU是国内外分类目录式搜索引擎。 正确答案：错 分类途径就是按照文献的名称体系查找文献的途径。 正确答案：错 在使用截词方法检索具有相同词干的检索词时，这些词之间自动地隐含了逻辑与的关系。正确答案：错 对无确定形状的产品，如气态、液态、粉末等以及工艺、方法等技术发明，属于实用新型专利的保护范围。 正确答案：错 Emerald是由世界著名百强商学院之一的哈佛商学院的学者于1967年建立的。正确答案：错 Science Direct可以检索国外学位论文。 正确答案：错 SCOPUS提供信息计量学M指数查询。 正确答案：错 Science Direct可以检索国外学位论文。 正确答案：错 Science Direct数据库提供了英文界面，也提供了简体中文检索界面。 正确答案：错 通过EBSCO、EI、OCLC数据库都能检索到外文期刊论文全文。 正确答案：错 EBSCOhost数据库的关键词检索默认为精确匹配，即词间的逻辑关系默认为逻辑与，词序不可任意改变;而且词与词间不得插入其他词。 正确答案：错 EBSCO是当今世界上历史最悠久、规模最大的综合性商业联机检索系统，始建于20世纪60年代。 正确答案：错 EBSCOhost数据库的关键词检索默认为精确匹配，即词间的逻辑关系默认为逻辑与，词序不可任意改变;而且词与词间不得插入其他词。 正确答案：错 EBSCO数据库中的智能文本检索，可以复制并粘贴不超过5000字符的文本块进行搜索。
正确答案：对 EBSCOhost中不同数据库辅助检索的项目有所不同。 正确答案：对 EI Compendex Web是EI核心数据库。 正确答案：对 EI是国际公认的医学领域的文献检索工具。 正确答案：错 Science Direct数据库的全文可按PDF和HTML格式查看。 正确答案：对 在SpringerLink数据库中，用NEAR匹配词组比AND更精确。 正确答案：对 springer电子图书与在线期刊及电子参考书融合于同一平台 正确答案：对 在SpringerLink数据库中，用NEAR匹配词组比AND更精确。 正确答案：对 外文数据库中截词符号“*”一般表示无限截断。 正确答案：对 在外文数据库检索时，使用截词检索可以提高信息检索的查全率，但是可能会降低信息检索的查准率。 正确答案：对 SCOPUS是当今世界上规模最大的文摘与索引数据库。 正确答案：对 Science Direct数据库收录的期刊学科范围以科技、技术和医学为主，社科类仅占1/5。正确答案：对 点击citation tracker按钮，可以在SCOPUS数据库查看作者发表文章的年度引用情况 正确答案：对 SCOPUS数据库收录的期刊学科范围以科技、技术和医学为主，没有社科类期刊收录。 正确答案：错 在Science Direct检索中，使用双引号和单引号总是能检出完全一致的检索结果。 正确答案：错
数据库sql查询语句练习4_习题_结果图书_习题
现有图书管理数据库的三个关系模式： 图书（总编号, 分类号, 书名, 作者, 出版单位, 单价）读者（借书证号, 单位, 姓名, 性别, 职称, 地址） 借阅（借书证号, 总编号, 借书日期） 具体数据为：
借阅： 根据以上描述，请完成： DDL 1.写出创建上述表的语句 命令：create table图书(总编号varchar(7)primary key,分类号varchar(8),书名varchar(18),作者varchar(8),出版单位varchar(18),单价float) create table读者(借书证号varchar(4)primary key,单位varchar(7),姓名varchar(8),性别varchar(2),职称varchar(8),地址varchar(18)) create table借阅(借书证号varchar(3),总编号varchar(6),借书日期date,primary key(借书证号,总编号,借书日期)) DML 2.给出插入上述数据的insert语句 命令： insert into图书values('445501','TP3/12','数据库导论','王强','科学出版社', insert into图书values('445502','TP3/12','数据库导论','王强','科学出版社', insert into图书values('445503','TP3/12','数据库导论','王强','科学出版社', insert into图书values('332211','TP5/10','计算机基础','李伟','高等教育出版社', insert into图书values('112266','TP3/12','FoxBASE','张三','电子工业出版社', insert into图书values('665544','TS7/21','高等数学','刘明','高等教育出版社', insert into图书values('114455','TR9/12','线性代数','孙业','北京大学出版社', insert into图书values('113388','TR7/90','大学英语','胡玲','清华大学出版社', insert into图书values('446601','TP4/13','数据库基础','马凌云','人民邮电出版社', insert into图书values('446602','TP4/13','数据库基础','马凌云','人民邮电出版社', insert into图书values('446603','TP4/13','数据库基础','马凌云','人民邮电出版社', insert into图书values('449901','TP4/14','FoxPro大全','周虹','科学出版社', insert into图书values('449902','TP4/14','FoxPro大全','周虹','科学出版社', insert into图书values('118801','TP4/15','计算机网络','黄力钧','高等教育出版社', insert into图书values('118802','TP4/15','计算机网络','黄力钧','高等教育出版社', insert into读者values('111','信息系','王维利','女','教授','1号楼') insert into读者values('112','财会系','李立','男','副教授','2号楼')
生物信息学复习题及答案
生物信息学复习题 一、名词解释 生物信息学, 二级数据库, FASTA序列格式, genbank序列格式, Entrez，BLAST，查询序列（query），打分矩阵（scoring matrix），空位（gap），空位罚分，E 值, 低复杂度区域，点矩阵（dot matrix），多序列比对，分子钟，系统发育（phylogeny），进化树的二歧分叉结构，直系同源，旁系同源，外类群，有根树，除权配对算法（UPGMA），邻接法构树，最大简约法构树，最大似然法构树，一致 树（consensus tree），bootstrap，开放阅读框（ORF），密码子偏性（codon bias），基因预测的从头分析法，结构域（domain），超家族，模体（motif），序列表谱（profile），PAM矩阵，BLOSUM，PSI-BLAST，RefSeq，PDB数据库，GenPept， 折叠子，TrEMBL，MMDB，SCOP，PROSITE，Gene Ontology Consortium，表谱（profile）。 二、问答题 1）生物信息学与计算生物学有什么区别与联系 2）试述生物信息学研究的基本方法。 3）试述生物学与生物信息学的相互关系。 4）美国国家生物技术信息中心（NCBI）的主要工作是什么请列举3个以上NCBI 维护的数据库。 5）序列的相似性与同源性有什么区别与联系 6）BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途 什么 7）简述BLAST搜索的算法。 8）什么是物种的标记序列 9）什么是多序列比对过程的三个步骤 10）简述构建进化树的步骤。 11）简述除权配对法（UPGMA）的算法思想。 12）简述邻接法（NJ）的算法思想。 13）简述最大简约法（MP）的算法思想。 14）简述最大似然法（ML）的算法思想。 15）UPGMA构树法不精确的原因是什么 16）在MEGA2软件中，提供了多种碱基替换距离模型，试列举其中2种，解释其 含义。 17）试述DNA序列分析的流程及代表性分析工具。 18）如何用BLAST发现新基因 19）试述SCOP蛋白质分类方案。 20）试述SWISS-PROT中的数据来源。 21）TrEMBL哪两个部分 22）试述PSI-BLAST 搜索的5个步骤。 三、操作与计算题 1）如何获取访问号为U49845的genbank文件解释如下genbank文件的LOCUS行提供的信息： LOCUS SCU49845 5028 bp DNA linear PLN 21-JUN-1999 2）利用Entrez检索系统，对核酸数据搜索，输入如下信息，将获得什