R软件计算生物多样性指数

R软件计算生物多样性指数

R软件中有众多的程序包可以进行生物多样性指数的计算，这里介绍一下用vegan包计算生物多样性指数的方法：

将R软件安装好后，输入以下命令，即可计算出常用的生物多样性指数。




#第一步

#是矩阵的整理，建议在Excel中整理成如下格式，再用R整理成物种矩阵,注意:列的名字要完全一致，包括大小写。

plotname species abundance

plot1 sp1 3

plot1 sp2 6

plot1 sp3 1

plot1 sp4 2

plot1 sp5 1

plot2 sp1 8

plot2 sp3 30

plot3 sp4 2

plot3 sp2 1

plot3 sp6 1

plot3 sp7 3

.....

#在Excel中，另存为csv格式，如存名称为 herbplots.csv。



#第二步 读取文件

herb.data<- read.csv("D:/herb/herbplots.csv", header=T)



#第三步 转换为 矩阵



#导入spaa程序包，如果没有安装的话，需要用install.packages('spaa')安装



library(spaa)

herb.mat<- data2mat(herb.data)



#此时生成的矩阵，形式如下：

plots sp1 sp2 sp3 sp4 sp5 sp6 sp7

plot1 3 6 1 2 1 0 0

plot2 8 0 30 0 0 0 0

plot3 0 1 0 2 0 1 3



#导入vegan ，如果没有安装的话，需要先安装vegan程序包 install.packages("vegan")



library(vegan)



#计算Shannon-Wiener指数

Shannon.Wiener <- diversity(herb.mat, index = "shannon")

#计算Simpson指数

Simpson <- diversity(herb.mat, index = "simpson")



#计算Inverse Simpson指数

Inverse.Simpson <- diversity(herb.mat, index = "inv")



#计算物种累计数

S <- specnumber(herb.mat)



plot(S)

#计算Pielou均匀度指数

J <- Shannon.Wiener/log(S)