SSR分子标记与林木遗传育种

SSR分子标记与林木遗传育种
SSR分子标记与林木遗传育种

SSR分子标记在作物遗传育种中的应用_罗冉

基因组学与应用生物学,2010年,第29卷,第1期,第137-143页Genomics and Applied Biology,2010,Vol.29,No.1,137-143 评述与展望 Review and Progress SSR 分子标记在作物遗传育种中的应用 罗冉 吴委林 张旸 李玉花* 黑龙江哈尔滨东北林业大学生命科学学院,哈尔滨,150040*通讯作者,lyhshen@https://www.360docs.net/doc/7013380499.html, 摘 要 SSR (simple sequence repeat)是建立在PCR 技术上的一种广泛应用的分子标记,具有含量丰富、多 态性高、共显性等优点。本文简要介绍了SSR 分子标记技术的原理和特点,重点介绍了SSR 分子标记技术 在作物遗传育种中的应用,主要在作物遗传多样性、基因定位、分子辅助标记、遗传图谱构建、品种鉴定和纯度鉴定等方面进行阐述。 关键词SSR,分子标记,作物,遗传育种 SSR Marker and its Application to Crop Genetics and Breeding Luo Ran Wu Weilin Zhang Yang Li Yuhua * Heilongjiang Harbin College of Life Sciences of Northeast Forestry University,Harbin,150040*Corresponding author,lyhshen@https://www.360docs.net/doc/7013380499.html, DOI:/10.3969/gab.029.000137 Abstract SSR (simple sequence repeat)is a classic technique for molecular marker based on PCR technique,which had many advantages,such as abundance,high polymorphism,co-dominance etc.This paper has clarified the concept and characteristics of SSR marker,then presents emphatically its application to plant genetics and breeding,and focus on genetic diversity,gene mapping,marker assistant selection,construction of genetic map,varietal identification,purity identification and so on. Keywords SSR (simple sequence repeat),Molecular markers,Crop,Genetics and breeding https://www.360docs.net/doc/7013380499.html,/doi/10.3969/gab.029.000137 基金项目:本研究由国家科技部863项目(2008AA10Z156)和国家自然基金重点项目(30730078)共同资助 遗传标记(genetic marker)是指在遗传分析上用作标记的基因,也称为标记基因。它可追踪染色体、染色体的某一节段或某一个基因座在家系中传递的任何一种遗传特性。目前,应用较为广泛的遗传标 记主要有形态标记(morphological maker)、 细胞标记(cytological maker)、生化标记(biochemical maker)和分子标记(molecular maker)。前3类遗传标记都是对基因的间接表达,并且标记位点少,多态性差,容易受 到环境因素、 季节变化等影响,因此发展比较缓慢。分子标记是继形态标记、细胞标记和生化标记之后发展起来的一种较为理想的遗传标记形式,它 以蛋白质、 核酸分子的突变为基础,检测生物遗传结构及其变异。分子标记技术从本质上讲都是以检测生物个体在基因或基因型上所产生的变异来反映生物个体之间的差异。广义的分子标记是指可遗传的 并可检测的DNA 序列或蛋白质,狭义的分子标记 指能反映生物个体或种群间基因组中某种差异的 特异性DNA 片段。 目前广泛应用的DNA 分子标记有三代,分别为第一代的限制性片段长度多态性(RFLP),随机扩增多态性DNA (RAPD),第二代的扩增酶切片段长度多态性(AFLP),简单序列重复长度多态性(SSR),第三代的单核苷酸多态性(SNP)等。本文主要对SSR 分子标记技术的原理、特点以及在作物遗传育种中的应用进行概述。 1SSR 分子标记技术的原理和特点 SSR 也称为微卫星DNA (microsatellite DNA)、短串联重复(tendom-repeats)或简单序列长度多态性(simple sequence length porlymorphism),它通常是指以2~5个核甘酸为单位多次串联重复的DNA 序列,

EST-SSSR分子标记的建立

课程名称: 分子育种学 指导老师: 海瑞 成绩: 实验名称: EST-SSR 标记的开发 实验类型: 综合型 分工: 奕-EST 获取+结果分析+引物设计 王鹏潮-SSR 筛选+SSR 统计+结果分析 一、实验目的和要求 1、了解SSR 标记的开发策略; 2、明确EST-SSR 标记的特点和建立EST-SSR 标记的原理; 3、熟悉EST-SSR 标记的过程,掌握EST-SSR 标记的开发技术。 二、实验容和原理 1、实验容 通过从现有的EST 文库中获取序列,再用软件对其进行SSR 查找与引物设计。 2、实验原理 1)微卫星DNA 真核基因组中存在着大量的串联重复序列, 按重复单位的大小, 串联重复可分为卫星(重复序列>70bp )、小卫星(6~70bp )和微卫星DNA (1-6bp )。 微卫星(Microsatellite, MS )是指基因组中以少数几个核苷酸(多数为2~4个)为单位多次串联重复组成的长达几十个核苷酸的序列,又称简单序列重复(Simple Sequence Repeats , SSR )或短串联重复(Short Tandem Repeats , STR )、或简单序列长度多态性(Simple Sequence Length Polymorphism ,SSLP )。 重复数目是可变的,重复序列两侧都有物种特异性的保守序列,所以通过设计引物进行PCR 扩增,就可以检测到不同的DNA 区域重复数目的多态性。 2)SSR 标记的开发策略 SSR 包括基因组SSR (genomic SSR 或gSSR )和表达区EST-SSR (genic-SSR 或EST-SSR )。gSSR 是基于基因组序列开发的,开发起来费时费力,而且因为探针的缘故,种类比较局限。而EST —SSR 则是存在于表达的基因序列的SSR ,不包括含子及非表达的调控区等之中的SSR ,通常三个碱基重复的占多数,与不引起基因翻译过程中移码现象的发生相一致。 建立SSR 标记的前提是必需知道重复序列两列的DNA 序列。 与其他标记相比,SSR 标记具有如下特点: (1)数量较为丰富,覆盖整个染色体组; (2)具有多等位基因特性,信息含量高; (3)以孟德尔方式遗传,呈共显性; (4)易于利用PCR 技术分析,对DNA 数量和纯度要求不高,结果重复性好; (5)每个位点由引物序列决定,便于交换。 近年来,EST-SSR 标记的开发引起关注。数量迅速增加的ESTs 为开发新的SSR 标记提供了宝贵的资源,各种植物中约有5-10%的EST 含有可用于建立标记的SSR 。建立EST-SSR 标记要经济得多,而且EST-SSR 标记来源于DNA 的转录区域,比gSSR 标记具有更高的通用性,此外,标记-信息量高。

SSR分子标记遗传分析

SSR分子标记遗传分析 实验原理: SSR简单序列重复标记(Simple sequence repeat, 简称SSR标记),也叫微卫星序列重复,是由一类由几个核苷酸(1-5个)为重复单位组成的长达几十个核苷酸的重复序列,长度较短,广泛分布在染色体上。由于重复单位的次数的不同或重复程度的不完全相同,造成了SSR长度的高度变异性,由此而产生SSR标记。虽然SSR在基因组上的位置不尽相同,但是其两端序列多是保守的单拷贝序列,因此可以用微卫星区域特定顺序设计成对引物,通过PCR技术,经聚丙烯酰胺凝胶电泳,即可显示SSR位点在不同个体间的多态性。 优点:(1)标记数量丰富,具有较多的等位变异,广泛分布于各条染色体上; (2)是共显性标记,呈孟德尔遗传; (3)技术重复性好,易于操作,结果可靠。 缺点:开发此类标记需要预先得知标记两端的序列信息,而且引物合成费用较高 实验材料: 欧美山杨杂种幼嫩叶片 实验器具、药品: 模板DNA、dNTP、PCR提取Buffer、Mg2+、上游引物、下游引物、Taq酶、去离子水、琼脂糖、Gel-RED染色剂、1×TAE、PCR仪、琼脂糖凝胶电泳系统、紫外凝胶成像系统 SSR引物及退火温度 位点Loci 重复单元 Repeat unit 引物序列(5′-3′) Primer sequence (5′-3′) 退火温度 T(℃) PTR2 (TGG)8AAGAAGAACTCGAAGA TGAAGAACT(F) ACTGACAAAACCCCTAA TCTAACAA(R) 63℃ PTR7 (CT)5A T(CT)6A TTTGA TGCCTCTTCCTTCCAGT(F) TA TTTTCA TTTTCCCTTTGCTTT(R) 49.4℃ PTR14 (TGG)5TCCGTTTTTGCA TCTCAAGAA TCAC(F) A TACTCGCTTTA TAACACCA TTGTC(R) 55.4℃ 实验步骤: 1.总DNA的提取 采用CTAB法提取植物总DNA (1)取700ul CTAB提取液加入20ul巯基乙醇于65℃金属浴内预热; (2)称取适量植物叶片,放入消过毒的研钵中,迅速加入液氮研磨成白色粉末; (3)将粉末移入提取液,混匀,65℃水浴(或金属浴)30min,其间不时的温和摇匀; (4)加入700ul氯仿:异戊醇(24:1)轻轻摇匀,10000rpm 离心10min,取上清(重复2次);(5)加入700ul异丙醇室温沉淀10min,10000rpm 离心10min,弃上清; (6)用70%乙醇洗两次,37℃气干.去除DNA表面的盐或试剂小分子物质; (7)加入20ul灭菌的去离子水溶解DNA; (8)利用0.7%的琼脂糖凝胶电泳检测提取的总DNA的含量和纯度。 2.总DNA的检测

大规模开发及特性分析十字花科SSR分子标记 及其数据库的构建

Botanical Research 植物学研究, 2017, 6(3), 86-95 Published Online May 2017 in Hans. https://www.360docs.net/doc/7013380499.html,/journal/br https://https://www.360docs.net/doc/7013380499.html,/10.12677/br.2017.63013 文章引用: 杨帅, 李慧, 侯欣, 张丽. 大规模开发及特性分析十字花科SSR 分子标记及其数据库的构建[J]. 植物学研究, Large-Scale Development and Character Analysis of SSR Markers and Database Build in Brassicaceae Shuai Yang 1,2*, Hui Li 2, Xin Hou 1, Li Zhang 1* 1College of Plant Protection, Shandong Agricultural University, Taian Shandong 2 College of Life Sciences, Jinan University, Jinan Shandong Received: May 4th , 2017; accepted: May 21st , 2017; published: May 24th , 2017 Abstract Brassicaceae is an important family in the plant kingdom. The Simple Sequence Repeats (SSRs) play a vital role in the study of Brassicaceae. By using 13 known sequenced Brassicaceae species with bioinformatics and comparative genomics methods, a total of 1,786,619 SSR loci and 1,919,464 pair of primers have been developed. The results show that the SSRs are widely distributed in the Brassicaceae species’ genomes, 1 - 3 bases duplication have a high ratio among these genomes and gene sequences, AT/TA repeats units have a high numbers in all of the 2 base duplication. In addi-tion, 435,414 specific SSR primers could be used to analyze the correlation between the species of Brassicaceae. 11 pairs of universal primers’ developed shows that there exist some consistent base fragments and could be amplified across different species. In this study, we constructed the world’s first SSR molecular marker database platform (BSSRD, Brassicaceae Simple Sequence Re-peats Database https://www.360docs.net/doc/7013380499.html,/BSSRD ) which will play an important role in the con-struction of genetic map, gene mapping and genetic breeding of Brassicaceae. Keywords Brassicaceae, SSR, Specific Primers, Universal Primers, Database 大规模开发及特性分析十字花科SSR 分子标记及其数据库的构建 杨 帅1,2*,李 慧2,侯 欣1,张 丽1* 1 山东农业大学植物保护学院,山东 泰安 2 济南大学生命科学院,山东 济南 * 通讯作者。

SSR分子标记在水稻品种鉴定和遗传育种中的应用

SSR分子标记在水稻品种鉴定和遗传育种中 的应用 摘要我国最早的引入分子标记技术是在20世纪的80年代,经过近几十年的不断发展,分子标记法也取得了较快进步,不仅应用领域在不断拓展,应用成果也非常显著。作为世界上最重要粮食作物之一的水稻,对于人类的生存与发展起到了十分关键性的作用,而如何更好的运用生物技术全面提高水稻亩产量,提升水稻品质已经成为了国际社会共同关注的焦点话题。经过多年的技术研究和发展,遗传标记在识别生物群体的多态性的过程中逐渐充当着重要的角色,通过形态标记可以对生物的形态差异进行比较,分子标记直接检测出生物DNA分子结构上的变化,进而更好的将好的品种和遗传特性保留下来。在这种情况下,对于SSR分子标记在水稻品种鉴定和遗传育种中的应用进行分析和研究具有重要的现实意义。 关键词 SSR分子标记;水稻;品种鉴定;遗传育种;应用 中图分类号:S336 文献标识码:A 文章编号:1671-7597(2014)17-0071-02 在水稻品种鉴定和遗传育种以及水稻的遗传作图中,

SSR分子标记一直都充当着重要的角色。以往的育种主要依赖的是植株的表现型进行品种的鉴定和选择的,这对于育种者的经验具有很高的要求,而且需要进行多次技术测定,不仅耗时而且费力,因此需要在此基础上去寻求更好更加准确的标记方式,以此来提高项目育种的质量和效率。而自从SSR 分子标记的出现和发展,对于水稻育种工作和品种的鉴定具有重要的促进作用。和普通的标记方法相比,SSR标记是不受到周围的环境条件以及相关的因素影响的,因此具有很好的发展前景。本文也将从SSR标记的基本原理出发,对于SSR 分子标记在水稻品种鉴定和遗传育种中的应用进行了分析和论述,希望给读者一定的启示。 1 SSR标记的基本原理分析 无论是水稻还是其他的生物作物都是由特定的基因组组成的,但是由于每一个SSR序列的存在单元存在一定的差异性,因此基因的座位也存在多态性。而SSR标记的关键环节就是要对于SSR座位两侧的核苷酸进行全面的了解和分析,并且对其基本结构序列形成特定的特异保护[1]。SSR标记主要包括以下几个过程:一是要建立专门的DNA文库和数据资源库;二是要进一步筛选鉴定微卫星DNA克隆;三是完成基本的序列测定和标记。总的说来,SSR的操作程序就是指DNA的提取、微卫星DNA的扩增以及电泳处理。在这个过程中,还可以通过在已有的DNA数据库中进行SSR序列的搜

EST-SSSR分子标记的建立

课程名称: 分子育种学 指导老师: 崔海瑞 成绩: 实验名称: EST-SSR 标记的开发 实验类型: 综合型 分工: 谢奕-EST 获取+结果分析+引物设计 王鹏潮-SSR 筛选+SSR 统计+结果分析 一、实验目的和要求 1、了解SSR 标记的开发策略; 2、明确EST-SSR 标记的特点和建立EST-SSR 标记的原理; 3、熟悉EST-SSR 标记的过程,掌握EST-SSR 标记的开发技术。 二、实验内容和原理 1、实验内容 通过从现有的EST 文库中获取序列,再用软件对其进行SSR 查找与引物设计。 2、实验原理 1)微卫星DNA 真核基因组中存在着大量的串联重复序列, 按重复单位的大小, 串联重复可分为卫星(重复序列>70bp )、小卫星(6~70bp )和微卫星DNA (1-6bp )。 微卫星(Microsatellite, MS )是指基因组中以少数几个核苷酸(多数为2~4个)为单位多次串联重复组成的长达几十个核苷酸的序列,又称简单序列重复(Simple Sequence Repeats , SSR )或短串联重复(Short Tandem Repeats , STR )、或简单序列长度多态性(Simple Sequence Length Polymorphism ,SSLP )。 重复数目是可变的,重复序列两侧都有物种特异性的保守序列,所以通过设计引物进行PCR 扩增,就可以检测到不同的DNA 区域重复数目的多态性。 2)SSR 标记的开发策略 SSR 包括基因组SSR (genomic SSR 或gSSR )和表达区EST-SSR (genic-SSR 或EST-SSR )。gSSR 是基于基因组序列开发的,开发起来费时费力,而且因为探针的缘故,种类比较局限。而EST —SSR 则是存在于表达的基因序列内的SSR ,不包括内含子及非表达的调控区等之中的SSR ,通常三个碱基重复的占多数,与不引起基因翻译过程中移码现象的发生相一致。 建立SSR 标记的前提是必需知道重复序列两列的DNA 序列。 与其他标记相比,SSR 标记具有如下特点: (1)数量较为丰富,覆盖整个染色体组; (2)具有多等位基因特性,信息含量高; (3)以孟德尔方式遗传,呈共显性; (4)易于利用PCR 技术分析,对DNA 数量和纯度要求不高,结果重复性好; (5)每个位点由引物序列决定,便于交换。 近年来,EST-SSR 标记的开发引起关注。数量迅速增加的ESTs 为开发新的SSR 标记提供了宝贵的资源,各种植物中约有5-10%的EST 含有可用于建立标记的SSR 。建立EST-SSR 标记要经济得多,而且EST-SSR 标记来源于DNA 的转录区域,比gSSR 标记具有更高的通用性,此外,标记-信息量高。

分子标记的实验原理及操作流程

一 AFLP 分子标记实验 扩增片段长度多态性 Amplified fragment length polymorphism(AFLP 是在随机扩增多态性 (RAPD 和限制性片段长度多态性 (RFLP 技术上发展起来的 DNA 多态性检测技术, 具有 RFLP 技术高重复性和 RAPD 技术简便快捷的特点, 不需象 RFLP 分析一样必须制备探针, 且与 RAPD 标记一样对基因组多态性的检测不需要知道其基因组的序列特征,同时弥补了 RAPD 技术重复性差的缺陷。同其他以 PCR 为基础的标记技术相比, AFLP 技术能同时检测到大量的位点和多态性标记。此技术已经成功地用于遗传多样性研究, 种质资源鉴定方面的研究,构建遗传图谱等。 其基本原理是:以 PCR(聚合酶链式反应为基础, 结合了 RFLP 、 RAPD 的分子标记技术。把 DNA 进行限制性内切酶酶切,然后选择特定的片段进行 PCR 扩增(在所有的限制性片段两端加上带有特定序列的“ 接头” , 用与接头互补的但 3-端有几个随机选择的核苷酸的引物进行特异 PCR 扩增, 只有那些与 3-端严格配对的片段才能得到扩增 , 再在有高分辨力的测序胶上分开这些扩增产物,用放射性法、荧光法或银染染色法均可检测之。 一、实验材料 采用青稞叶片提取总 DNA 。 二、实验设备 1. 美国贝克曼库尔特 CEQ8000毛细管电泳系统, 2. 美国贝克曼库尔特台式冷冻离心机,

3. 美国 MJ 公司 PCR 仪, 4. 安玛西亚电泳仪等。 三、实验试剂 1. 试剂:请使用高质量产品,推荐日本东洋坊 TOYOBO 公司的相关产品。 DNA 提取试剂盒; EcoRI 酶,MseI 酶,T4连接酶试剂盒; Taq 酶,dNTP, PCR reaction buffer; 琼脂糖电泳试剂:琼脂糖,无毒 GeneFinder 核酸染料替代传统 EB 染料; 超纯水(18.2M ? ·cm 2.其他实验需要物品 微量移液枪(一套及相应尺寸 Tip 头,PCR 管,冰浴等。 四、实验流程 1、总 DNA 提取 使用 DNA 提取试剂盒提取植物基因组 DNA,通过紫外分光光度计检测或用标准品跑胶检测。一般来说, 100ng 的基因组 DNA 作为反应模板是足够的。 2、 EcoR1酶消化 (20ul 体系 /样品

分子标记技术的类型及其原理

分子标记技术的类型及其原理 08农生1班陈耀光 200830010403 所谓分子标记就是基于基因组DNA 存在极其丰富的多态性而发展的一类可以直接反映生物个体间DNA 水平上差异的新型的遗传标记方法。在遗传学发展过程中,先后出现了形态学标记、细胞学标记、生化标记和分子标记,其中以分子标记最为理想、可靠,因为DNA分子中碱基的缺失、插入、易位、倒位或是长短与排列不一的重复序列等产生的差异,都可以通过分子标记进行检测。DNA 分子标记较以往的形态标记其优越性表现在:(1)以核酸为研究对象,不受季节、环境限制,不存在基因表达与否的问题,也没有组织或器官特异性;(2)数量的丰富性,遍及整个基因组,标记的数量几乎是无限的; (3)多态性高,自然存在丰富的等位变异;(4)许多标记表现为共显性,能很好地鉴别纯合基因型与杂合基因型;(5)检测手段简便、快速,并且重复性好;(6)既不对目标形状的表达造成影响,也不会与不良性状之间产生必然的关联。 1 分子标记的类型及其原理 分子标记技术自诞生以来,短短的几十年时间中得到突飞猛进的发展,至今被发展和利用的分子标记技术已有二十余种,为不同研究领域提供了有效的技术手段,同时也发挥着至关重要的作用。目前,根据对DNA 多态性检测手段和所应用序列范围的不同,对部分分子标记技术分类如下。 1.1 基于全基因序列的分子标记 RFLP (restriction fragment length polymorphism,限制性片段长度多态性):RFLP 作为最早发展的分子标记技术由Grozdicker 等于1974 年创建,并由Bostein 等再次提出。RFLP 技术的出现开创了直接在DNA 水平上进行遗传研究的新时代。其基本原理是:基因组DNA中限制性内切酶所识别的序列由于出现碱基变化而致使酶切位点的数量也变化,从而使酶切片段长短发生差异产生长度多态性。利用特定的限制性内切酶切割不同个体的基因组DNA,由于不同个体中酶切位点的差别就得到了长短相异的片段DNA,电泳分离后,借助Southern 杂交将DNA 片段转移至硝酸纤维素膜上,将具有放射性标记的探针与膜上的片段杂交,通过放射自显影技术就可以获得显示物种特异性的多态性图谱。RFLP 标记的等位基因是共显性的,能区分纯合基因型和杂合基因型,结果稳定可靠,重复性好,适合于连锁图谱的建立。但是对DNA 要求较高,检测步骤多,操作复杂,耗时费资,而且需要放射性同位素等,这都在很大程度上限制了RFLP 技术的应用。

ssr标记背景知识

额可获得信息:SSR基因定义,分类,常见的重复单元种类;SSR标记的原理及应用领域(定制化);在动植物基因组中的分布情况;SSR引物来源;传统S SR分子标记分析技术路线(要与高通量的技术路线对比,找出高通量的优势); SSR 简单序列重复(simple sequence repeat) SSR的产生是在DNA复制或修复过程中DNA滑动和错配或者有丝分裂、 减数分裂姐妹染色单体不均等交换的结果。 原理: 微卫星的突变率在不同物种、在同一物种的不同位点和同一位点的不同等位基因间存在很大差异。但尽管它们分布于基因组的位置不同,但其两端序列多是保守的单拷贝序列,因而可以根据这两端的序列设计一对特意引物,通过PCR技术将其间的核心微卫星DNA序列扩增出来,利用电泳分析技术就可获得其长度多态性。 显然,在采用SSR技术分析微卫星DNA多态性时必须知道重复序列两端的DN A序列的信息。如不能直接从DNA数据库查寻则首先必须对其进行测序【为什么要用二代测序技术进行物种SSR标记分析】。 评论|2 2012-05-09 11:45fmy029|三级 简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR) 简单重复序(SSR)也称微卫星DNA,其串联重复的核心序列为1一6 bp,其中最常见是双核苷酸重复,即(CA) n和(TG) n每个微卫星DNA的核心序列结构相同,重复单位数目10一60个,其高度多态性主要来源于串联数目的不同。SSR标记的基本原理:根据微卫星序列两端互补序列设计引物,通过PCR反应扩增微卫星片段,由于核心序列串联重复数目不同,因而能够用PCR的方法扩增出不同长度的PCR产物,将扩增产物进行凝胶电泳,根据分离片段的大小决定基因型并计算等位基因频率。在真核生物中,存在许多2-5bp简单重复序列,称为“微卫星DNA”其两端的序列高度保守,可设计双引物进行PCR扩增,揭示其多态性。SSR具有以下 一些优点:(l)一般检测到的是一个单一的多等位基因位点;(2)微卫星呈共显性 遗传,故可鉴别杂合子和纯合子;(3)所需DNA量少【进行SSR分子标记研究 的优点】。 SSR的分类根据SSR核心序列排列方式的不同,可分为3种类型: 完全型(perfect)。指核心序列以不间断的重复方式首尾相连构成的DNA。如:ATATATATATATATATATATATATATATATATAT 不完全型(imperfect)。

玉米种子纯度SSR分子标记鉴定方法

辣椒种子纯度 SSR分子标记鉴定技术规程 编制说明 沈阳市农业科学院 2017年5月

《辣椒种子纯度SSR分子标记鉴定技术规程》 标准编制说明 一、工作简况,包括任务来源、协作单位、主要工作过程、主要起草人及其所做的工作; 2016年5月沈阳市农业科学院通过辽宁省农村经济委员会和沈阳市质量监督局向辽宁省质量技术监督局提交《项目建议书》,建议编制《辣椒种子纯度SSR分子标记鉴定技术规程》标准。经审查及公示,项目被列入辽宁省地方标准制修订2017年度计划,立项编号为2016073,沈阳市农业科学院为项目承担单位。 项目立项后,项目承担单位成立了标准起草小组,落实了标准起草经费,提供了必要的工作条件。标准起草小组的成员有:杨双、张曼丽、刘延斌、李金凤、马东梅、潘菊、胡颖、孙嘉兴、李雪、宋伟。杨双为技术总负责;李金凤、马东梅负责标准样品收集;潘菊、胡颖负责技术资料检索;刘延斌、孙嘉兴、李雪负责标准技术参数确定。标准起草小组在批准立项的一个月内制定了具体的标准起草计划。按照计划,2016年12月前完成资料收集、相关调研及试验验证;2017年4月聘请省内农业专家对征求意见稿进行修改;5月完成意见整理、分析和处理,填写地方标准征求意见汇总表;5月申请专家审查。 二、标准编制原则和确定地方标准主要内容(如技术指标、参数、公式、性能要求、试验方法、检验规则)的依据。地方标准修订项目,还应列出和原标准主要差异情况;

辣椒(Capsicum annuum L.)是辽宁省八大蔬菜作物之一,省内广泛种植,随着辣椒杂交种的种植面积不断扩大,种子纯度问题显得尤其重要。在辣椒制种过程中,无论使用两系杂交或者三系杂交,杂交一代种子中易于混入母本种子。由于亲本的生产力弱,产量低,纯度不够的种子对辣椒生产造成影响。在辣椒生产过程中,常常出现因种子纯度不高造成产量降低、品质变劣,商品性不好,严重影响经济效益。因此,大力开展辣椒种子纯度检测工作显得尤其重要。目前鉴定辣椒种子纯度一般采用田间种植或室内酯酶同工酶电泳等方法,这些方法虽简便易行,但田间种植仅靠形态观察较难做到准确判断,且耗时长,同工酶检测也会因环境和发育时期而发生变化,导致电泳结果不易判读。建议制定基于DNA多态性,依托SSR分子标记技术,具有快速、准确、易操作等特点的鉴定辣椒种子纯度技术规程,适用于省内主栽的辣椒品种的纯度鉴定,提高商品种子质量,为质量监督管理部门提供参考,同时也为辣椒品种指纹图谱的建立和品种知识产权的保护打下基础。 SSR(Simple Sequence Repeat)是一类由几个(多为1-6个)碱基组成的基本单元串联重复形成,广泛存在于真核生物的基因组中。由于个体基因组中每个SSR位点的重复单元在数量上存在多态性,可用于鉴别不同个体。基因组中这些SSR位点的侧翼DNA片段通常都是保守性较强的单一序列,可以根据侧翼的DNA片段的碱基序列设计引物,进行PCR扩增,将单个SSR位点扩增出来。不同个体的扩增产物在长度上的变化就产生多态性,可用来鉴别不同个体。

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