读书笔记-做研究和写论文
一个大学生，当他离开大学的时候，他带走的应该是一堆问号，而不是他那点知识。
我们要努力收复失地，但更多的是要考虑开拓新的疆域。
游戏规则在变，你不变也在变。
全面参考国外文献。一定要清楚,国外文献也有一些不可信的文章；另外一种现象就是关于重点的关键的东西他会略去不写,有时一些细节的东西他也不会写的。问题是各人省略的关键和细节不尽相同，你便从对比中发现他们研究的脉络和问题的关键所在。
层次：
对于一个具体的课题来说，相关文献分属于三个层次：
1.研究方向、
2.研究领域、
3.研究课题。
例如有人研究干细胞定向分化治疗帕金森病，对他来说，研究方向就是帕金森病，研究领域是帕金森病的干细胞治疗，研究课题是某种物质诱导干细胞定向分化为分泌多巴胺的神经细胞。看文献时要分清手上的文献是属于那个层次，这决定你对它要掌握到什么程度。
研究方向层次的文献：一般涉及，基础知识，学科水准，了解当前重大进展与趋势，达到专业人员水平；
研究领域层次的文献：了解焦点与热点，已/正/将进行的课题，达到专家水平；
研究课题层次的文献：要全面，了解历史、现状、展望、主要方法、手段，达到No1专家水平。
正确分辨文章的层次，才能把精力用到点子上。
王应宽文献引用中的“假引”
https://www.360docs.net/doc/9c5093376.html,/blog/user_content.aspx?id=23968
“假引”的现象在期刊论文和学位论文中出现较多。归纳起来有以下情形，但不仅限于此：
1）有的文章全篇内容没有在引用处标明文献引用，而只是在文章末尾列出一个参考文献列表。
2）有的文章把文献标注在文章的子标题上，文章内容的具体借鉴引用情况，谁感兴趣谁就去核实好了。
3）有的文章引用文献很粗略，引用一句话标注多篇文献，既不具体又无意义，如前人已经进行过大量研究[1-10]，具体研究什么，研究结果怎样，取得哪些进展和存在什么问题等均不得而知。
4）有的作者大段抄袭别人文章，但文章引用的文献却没有所引用或被抄袭的文献，而张冠李戴，引用标注一篇相似或相关的文献，代替原文献作为幌子。5）有的作者在无关紧要的内容处引用标示他人文献，而真正援引他人的核心内容却不标引，视为自己原创，实为剽窃，只是手段更隐蔽。
6）有的文章故意回避引用与自己文章最相关的文献，即使没有抄袭，也很担
心被人发现自己文章重复他人工作，因没有创新而被退稿。
7）有的作者为了避免一稿多投和一稿多发被发现，故意隐藏回避引用自己已经发表在其他期刊的文章。
8）有的作者喜欢炫耀性的引用自己的作品，全文通篇引用的文献全是自己此前发表的作品，不管相关的还是不相关的全部列上，恨不得把小学时获奖的作文也引用到文章中。
9）有的作者引用文献明显凑数，所列文献大都为人所共知的教科书、工具书，恨不得把《现代汉语词典》也列上。
10）有的作者多次转引他人文献，不看原文，也不管对错，引来凑数，其实不少文献都是错的，有的期次页码不对，有的年份出错，还有的期刊名都不对，如此转引以讹传讹。
11）有的在不需要引用文献的地方引用标注文献，如在摘要和结论中一般不需要引用新的文献，而有的作者却引用。
12）有人实际参考的中文文献，却避而不引，而去引用几篇根本没看或看不懂的相关外文文献，附庸风雅。
下面摘自：刘春明是《科学之游戏规则》
一个好的科学家，在阅读教科书的一段文字时，出现在他脑海里的是一篇篇论文，一个个实验结果，甚至是一串串也许他从未见过面的科学家的名字。
刘春明：科学之游戏规则
学术上认可的一个基本点就是你的学术观点为你的同行们所接受，你的研究结果可以被同行们重复。这就意味着你的竞争者在你的文章发表之后能够使用你的方法和结果得到同样结论，接受你对实验结果所作的分析及结论，并在此基础上继续迈进，进行更深入的研究。
一般情况下，根据你发表的文章，其他实验室在经过一段努力之后仍然不能重复你的实验时，你的工作将会被打上一个问号。在没有得到进一步认可之前，这个问号就成了你学术身份上永久性标志。这种疑问甚至会在较短的时间内在圈子内传开，传播方式大多数是在会间的咖啡桌上或晚餐后的酒吧里。在你的工作被打上问号之时，你的学术信誉也同时受到怀疑，想跟你合作的人也会因此而减少。
科学家们多数喜欢在喝咖啡、喜欢喝啤酒时聊天。由此可以得到一些内幕的、没有发表的、甚至是永远不会发表的结果。
斯坦福大学郎?戴维斯（Ron Davis）教授实验室所作的“触摸”基因的工作便是一个反常规因果关系的例子。
戴维斯教授和他的助手们本来是想分离受激素诱导的基因。实验中用了两组植物，一组喷洒激素，另一组什么也不喷洒。结果，他们从喷激素的植物中分离到一个在喷洒后半小时表达便成百倍增加的基因。一般情况下，像这样的工作在当时也只能发表一篇象[植物分子生物学]（影响因子3左右的文章）杂志的文章。但是他们并没有这样交差。他们在此基础上对两组植物分别进行喷水或不喷水的
比较研究，结果发现该基因的表达也受到喷水的诱导。后来他们对四组植物分别进行了触摸和不触摸、有风吹和无风吹的比较，结果发现该基因的表达可受到任何形式的触动的诱导。由此，作为植物中发现的第一个能够感受动作的基因，这篇轰动性的文章1990年发表在生命科学影响力最高的杂志[细胞]上。
在这里，我想提醒读者一点，得到试验结果和文章发表之间有一个时间差，这个时间差平均是12个月左右（杂志档次越高，这个时间差越小）。也就是说，即使你看到的是最新一期杂志上所发表的文章，一般说来，该工作已经在一年以前已经完成。在读文章中你能够想马上想到的新主意，一般做这个工作的人已经想到，甚至可能已经做到了。
如果让我对科研信息的新旧程度提出一个“刘氏序列”的话，可以得到以下排列：酒吧传闻〉专题报告〉会议摘要〉在线预览〉最新期刊〉过期期刊〉综述文章〉专著书籍〉教科书本〉教师讲义。
如何阅读文献：
看文章时作笔记
阅读笔记本可按不同的内容进行分类摘录，如:进展,研究方法，实验方法，研究结果等，并可加上自己的批注。对于笔记要定期总结（总结过去已经做过什么-------做到心中有数；现在进展到什么程度---------做到知己知彼；从中发现别人的优点和不足。预测将来的热点和发展方向--------才能准确出击，找到自己的方向和目标！）。我们要着眼于将自己的成果往SCI上发，所以对一些经典的陈述，要有选择性的标记并记下来。另外，有的时候想到的思路，闪过的想法，作笔记记下来，随时查一查，可能时间久了自然就有新的看法。
勤思考
不单单是了解别人做了什么，还要考虑别人没做什么，或者他的实验能不能和他的结论吻合，数据可不可靠等等。用图表的方式将作者的整个逻辑画出来，逐一推敲，抱着一种挑的心态想。带着挑剔的眼神去读文献，不要盲目崇拜，有些东东自己作作，发现并不是那么回事，自己要动手，自己更要动脑。看文献中懂得抓重点，找思路。主要是学习别人的IDEA。也就是看了文献问几个问题，文章的技术突破口在那里。比如一大堆专利讲了很多种分离方法，关键不是看它先做什么后做什么，而是想这个分离方法的依据是什么，为什么人家会想到这个方法，是不是还有其他方面的物性可以利用为分离的依据。
多与人交流，是提升自己的极好方式。和导师谈谈你的想法，交流一下各自所了解的所在领域某一方向的研究进展；与相关方向的牛人谈谈，对自己的启发要比看文献大的多。不仅与本领域的牛人交谈，还抓住机会与其他领域的牛人交谈，牛人的一句话，有时你读半年书都读不来的。特别是其他领域的牛人，他没准就给你一个金点子，特别是在中国，牛人一般对外行人不怎么保守。集体讨论非常必要，找几个志同道合的人一起，文献人人都有一份，每人分工读不同的文献，然后大家坐到一起。顺序开讲，互相讨论。这样，文献量是不是就成N次方增加了！！！
比较阅读
观点相反的论文可以参照来读，品味一下双方的观点。还有就是与原著同时发表的其他专家的述评、原著发表后的读者质疑，都应当和原著一起读。比较一下，就可以看到自己的差距了。
读论文的时候最有意思的事情是发现“一稿两投”。我的意思是不少作者把同一科研数据写成相似主题的不同论文，或是在前面的基础上又有了新的发展变化。这时，如果你的课题与此类似，你的好运也就来了。因为能通过深入比较这几篇文章的异同，发现作者（或科研小组）对同一组数据的不同看法、思路的演变，或者发现作者本想隐藏的“真正”方法。我就是在分析了同一科研小组的类似实验后，迅速发现自己实验失败的关键原因，短时间内成功完成动物模型制作的，为进一步实验打下了基础。
做技术的要善于比较和发现，一些技术含量高文献，不可能把要点都报道出来，中文如此，英文也是如此。比如一篇专利中有很多的Sample,而每个的条件或配方都不同，这时要多比较几个同类文献，看其共同点在那里。这点在制药和表面活性剂行业还是要注意的。
全面参考国外文献。一定要清楚,国外文献也有一些不可信的文章;另外一种现象就是关于重点的关键的东西他会略去不写,有时一些细节的东西他也不会写的.问题是各人省略的关键和细节不尽相同,你便从对比中发现他们研究的脉络和问题的关键所在。
单篇文章阅读顺序及侧重
论文阅读顺序：1. 摘要引文引用的主要信息，研究背景。2. 图表了解主要数据和解释。3. 讨论和结论将图表和结论联系起来，根据图表判断结论是否恰当。
4. 结果详细阅读结果，看数据是如何得到的，又是如何分析的。
5. 材料和方法详细阅读材料和实验方法，看实验是如何进行的。
6. 讨论和结果进一步掌握论文，注意讨论中的关于从已知的知识和研究如何解释本文获得的结果。另外对于论文中大量的图表来说，当你能够重新画出这张图，并且能用自己的语言解说这张图，表明就读懂了。
一篇论文中最重要的部分依次是: 图表，讨论，文字结果，方法。现在生命科学中的杂志对图表的要求都很高，必须做到仅通过阅读图表及其说明文字即能把握文章的方法、结果，再结合读者自己的原有知识，就大概知道其implication了。这符合现代人必须在最短的时间内把握最必要的信息的要求。因此，在某个领域做了一段工作后，定期查新得到的文章只须看摘要、图表即可，个别涉及新方法或突破性结果，再看讨论，文字结果和方法。这也提示我们在写外文文章时，注重图表及其说明文字，做到形象化、信息最大化。
自己熟悉的领域：最省事的是只看摘要，因为依靠背景知识通过摘要即可大致勾勒出文章内容，但有时这是不够的，相对省事的方法是细看摘要，略读前言，再看结果中的图表，最后读一下自己感兴趣的讨论部分。但如果文章对自己很有意义，那就应该通读全文了。
如在寻找课题阶段，重点读讨论和结论以及展望，在课题设计阶段，主要是材料和方法。若只需了解一下该研究的思路,可选取摘要及引文与结论进行泛读。个人的经验是尽量去把握作者的研究思路，然后是学习他们的分析方法，最后是学习写作技巧和写作语言方式等。
文章的讨论部分真是很重要，如果时间稍微充裕点，建议研读和模仿牛人paper 的讨论部分。不同的人对同样的数据可能有不同看法和分析方式，图表的趋势解析，论据的组合，都是非常看功力的部分，我们老板经常说：如果某篇SCI级别的文章让我们这些菜鸟来写，可能发国内核心都非常困难。
我觉的最重要的是理解讨论中的精髓，这是作者idea创新性以及与旧有的实验结果比较的关键部分，可以看出作者设计此实验的思路，在作出比较以后，对自己的课题会有很大启发。
除了文章内容，还要学习人家写作的方法和格式等等，比如同样一个观点，别人有可能表达的很地道，同样一个图表，别人做的很漂亮，尤其是老外的文章，给老外投稿，人家的修改意见要求文字通俗易懂，带有一定的科普性，即使不是本专业的人，也能大致看懂；然后还要求多用简单句，能用简单句说明的问题，就不要用复合句，在同一句子中，
最好不要让同一个词汇或短语重复出现...... 最后想说的一点，就是注意中文和外文的互相印证，注意一些专业词汇的翻译，注意用词的恰当和简洁，久而久之，对于提高自己的外语水平，也是大有裨益的。
文献追踪的重要性
在现在这个信息时代，往往你的idea别人也会有不谋而和的时候，所以要特别关注这个领域的最新动向。在抓紧使自己出成果的同时，随时根据有可能出现的“撞车”进行调整，做到心中有数。和自己课题相关的文章一定要勤跟踪，现在国外的科研做得又快又漂亮，我们在做到心中有数的情况下，可以扬长避短，作出新东西来。了解与自己研究方向有关的机构,密切关注在该研究领域和方向的顶尖group（研究团体以及牛人）所发表的论文。对于数据库的定题、定词地定期搜索，这样才能保证你不丢下每一篇重要的文献。文献总要紧密结合自己的方向为方向服务!
已定课题的实施
1、得到一个大概方向。
2、查相关中文综述，查看国内有谁或哪个单位在做相关内容。
3、查外文综述，比较一下，毕竟外文可能会更详尽一些，看看大家对什么感兴趣。
4、查较关键的参考文献，注意杂志和作者的权威性、引用次数
5、重检相关全文，注意研究方法、和技术路线，讨论中存在什么问题
6、根据本人所能控制的资金和本地技术资源考虑我能做什么，怎么做
7、再进一步紧缩范围，有一个框架图
8、根据框架图再进一步查外文原文以明细节。
实验思路永远要走在实验之前，凡事想好再作，一定没错！
在实验方案的设计和实验细节方面一定要多下功夫,力求用实验室最成熟的技
术.对于一些自己没有做过的实验,一定要吃透原理,再下手不迟,切记盲目.有些实验若自己实验室确有困难,可以考虑合作,因为一个人不可能在短时间内把什么都做好.
我的体会是,有时就需要请教专家!
致青年学者——如何撰写学术论文
何毓琦
有个笑话说，专业期刊上发表的学术论文平均只有五个读者：作者本人，期刊编辑，再加上三个审稿人。这个笑话不无道理，因为大多数论文即使对专业人士来说，也非常晦涩难懂。这还不算上那些因为写得太差、太难以理解而被拒掉的论文，要知道，被拒掉的论文数量大约是发表的论文数量的三倍。所以，如果你写论文是为了发表，而且是为了推广你的想法，那么撰写论文的时候千万要用心。
应该记住，你有三个相互独立的、完全不同的但是同等重要的任务需要完成：
1.想出个好主意，做好分析、实验和验证。
2.设计一份能给听众留下深刻印象、把你的想法“推销”出去的PPT。
3.撰写一篇能吸引别人阅读和引用的高质量论文，在极少数情况下，甚至是经得
起时间考验的论文。
大多数年轻学者或者刚上路的学者都认为应该把90%的精力投到第一项任务上去，而第二、第三项被认为是很烦的事情，是次要的，不值得多费心思。大多数论文作者在做PPT或者写论文的时候，常常倾向于把自己的意识流记录下来，这完全是以自我为中心的。但是，如果要想成功地完成第二、第三项任务，就必须坚持以听众和读者为中心，我们以前在别的地方讨论过如何完成第二项任务（请见清华大学出版社2004年出版的《科坛新学者指南》一书，何毓琦等人著）。
总的说来，有三类人会读你的论文，第一类读者只想了解一下这篇论文是不是对他有用，这时候论文摘要就很重要。一般来说，就文章内容的表述而言，短小的段落比长篇大论更难写（据说塞缪尔·约翰逊曾经跟别人道歉说，因为他实在没功夫写短信，只好写了一封长信。）所以不要以为写摘要是件轻而易举的事。第二类读者，他们只对该论文的中心论点或者/和论文的历史有兴趣，而对里面的细枝末节可能没什么兴趣，这类读者愿意花些时间读文章的一两段概述。为了能让尽可能多的读者看懂你的文章，你写概述的时候就要尽量使用日常语言，避免专业词汇。要记住，普通读者一般一次只能理解最多五个数学符号的定义和内涵。
所以在概述部分，除非绝对无法避免，尽量不要用到数学，万一用到了，要在后文不断解释加强印象。尽量利用人们的直觉和常识，给读者一个总的概念，绝对不要讨论细节问题。第二类读者在读完概述部分后，要么因为他已经达到了目的，要么觉得没有兴趣再读下去，就到此为止了。不管怎样，他会感谢你没有浪费他的时间，因为时间是一位学者最宝贵的资源。
即使你是第三类读者，对整篇文章的每个细节都感兴趣，写的很清楚的概述部分也有助于你更好地掌握细节。这就好比看地图。如果你对某个地区的概貌了解得比较清楚，认识主要道路和标志，那么就不太容易迷路，再读更详细的地图也比较轻松。我介绍过一些做PPT的建议和技巧，原则上对写作概述也适用。最后，即使你在为第三类读者写论文，仍然要把重要的细节和旁枝末节区分开来。所以，你经常会看到写得很简洁的定理、结果及其意义，但是相关的证明和细节则被放
到了附录里。这里遵循的一个原则是，读者应该能够一遍就读懂所有的细节，而不必不断地停下来思考、回想和记忆几页以前的某个定义，（更糟糕的情况是，他还得去读另外一篇文献，）或者被迫做任何会打断思路的事情。要想让论文接受，你必须得到评审人的同意，他们可不是心心甘情愿要读你的论文的，而是被迫当第三类读者的。所以你越想方设法减轻他们的工作负担，就越能给他们留下好印象。也许你还可以更进一步，不仅时刻考虑到读者，而且多多替评审人着想。
上文提到的那本小书也里讲到了这个问题。关键是要记住“多替别人着想”这个原则。
其他具体建议有：
1．概述部分不要夸大其辞，过于吹嘘正文的内容。这是很糟糕的形式，你早晚会后悔的。
2．恰当地指出他人的贡献和成就，不要太吝啬了。
3．不要把一篇论文写成大同小异的三篇论文，你可以用一份好的PPT做几次演讲，但是把本质上是一篇的论文发表几次是很糟糕的事情。
4．不要一稿多投，以为这样就可以增加接收的可能性。这是很不道德的，浪费了评审人的宝贵时间，要知道大家的时间都非常紧张。编辑们对此恨之入骨。不幸的是，至少在我熟悉的那些领域，中国作者因为这种事情在国际上已经声名狼藉了。
数学专业的论文写作传统和规则比较特别，我这里写的仅仅适用于科学类和工程类学术论文。
英文链接：https://www.360docs.net/doc/9c5093376.html,/blog/user_content.aspx?id=4939（科学网何姣译）本文引用地址：https://www.360docs.net/doc/9c5093376.html,/blog/user_content.aspx?id=24252 其它博客相关文章
Idea的寻找
1、做科研的时候一定要有Idea，最重要的是要有漂亮的Idea，而且Idea直
接决定最终论文的水平和发表在何种期刊上。【在不想再单身的时候要有女友，而且最关键的时是要有PL的女友，女友的好坏直接决定你后半辈子的幸福和后半身的性福】
2、阅读本学科内最经典的基本专著、书籍，打好学科基础，这是做科研的最
基本素质，也是理解前人Idea的基础和自己寻求Idea的基石。【坚实自己的实力、能力，提升自己的魅力，为追MM做好前提】
3、检索文献。就文献来说，多如毛，其实比毛还多得多，最关键的不是检索
的多而是在与检索的精，“博检强索”，在文献差的全的基础上寻求精，省力省时。【刻意去发现和搜索MM，其实MM也不在少数，关键是要有善于观察的目光，也不在于发现的多，而在于真正的探索到了那么一两个你要打算去追的MM,最终锁定某一MM】
4、大量阅读文献，包括精读和泛读，全面深入的了解你所研究领域的来龙去
脉、纵横动态。【全面细致的了解、调查MM的历史、摸清MM的底细、性格和爱好……】
5、学会如何更好的阅读文献，主动的从文献中发现文章的优点和缺点、局限
点，善于总结问章中的idea，总结研究领域内尚未探讨的但很有意义的课题，发现同一领域内对同一问题争论型的意见和假说，寻找出新的切入点，让科学看到你对她的诚意、对她的渴望。【学会如何追MM,蓄势待发，总结自己以前追MM 的经验和别人追MM的绝招，主动出击，并且谈索出新的引起MM注意你的方法，彰显自己的魅力，让MM看到你对她的诚意和渴望之情】
6、善于发现文献中、试验中、科研中难以解释的问题；尽可能深化积极思考的深度，任凭发散的思维信马由缰，让智慧的洪流一泻千里，“胡思乱想”，“心猿意马”，并注意随时记录思考的火花，豁然开朗，可能的Idea就会浮现，认真地分析可能的Idea的可行性。【追MM时要善于发现问题，追MM的难点所在，寻求突破点，攻下追MM的瓶颈和难关，并且思索新的不同的解决方法并且论证可行性和效率】
7、从文献中走出来，暂时不在阅读文献，冷静的思考，从全新的角度、居高临下的综合性思考，学会停止也就学会了新的开始，学会减速也就学会了加速，idea就会姗姗而来，似明似暗的靠近你。【“忽冷忽热、欲擒故纵”，追MM的八字诀，男人多少年心血的结晶】
8、请教牛人，跟同行的同事、博士、助教、副教授、教授、研究员、博导的的交流，多听讲座，主动参加、多参加学术会议，激发灵感，灵光一闪，成熟和完善自己可能的idea。【向追MM的高手请教，遇事镇定、从容不迫，不耻下问，“死缠烂打”，一个心地善良的好女孩是很容易感动的】
9、长期作战，持之以恒，功夫不会负有心人的，你对idea的寻求充满信心，你不满足于现状，并且你已经有了长远的计划，总之你追求idea的未来不是梦。【让MM看到你的上进心、诚心和你对未来的充满信心，彻底让MM见识你男人的风范，打动MM的心的致命一击。】
10、把你以前可能的所有idea综合起来，求同存异，把握好科学前沿后，整合出自己可行的idea，搞定idea。【向MM表白实际上只是一个形式而已，搞定MM】
学会了追MM也就学会了寻找idea；学会了寻求idea也就学会了追MM。
主动出击，爱我所爱，无怨无悔！人生很美好，快乐在其中，要学会寻找!
相信自己，我能找到心仪的她！