三代数据组装结合二代数据校正绘制复杂真菌基因组精细图

三代数据组装结合二代数据校正绘制复杂真菌基因组精细图

无RNA /蛋白质污染;

使用无DNase 管,标记清晰,干冰寄送。

注:以上指标要求样本为无外源污染的单倍体 或是纯化后的二倍体。

案例解析

以丝状真菌Verticillium dahliae(基因组大小约36 Mb)研究为例,多种测序平台比较如下:1. 不同测序策略的组装结果比较

< PacBio较低深度(46X)测序对二代组装结果进行补洞和Scaffold构建,组装效果明显提升。>

三代数据组装结合二代数据校正绘制复杂真菌基因组精细图

2. 不同PacBio 测序深度组装结果比较

< 测序深度大于70X 时,Contigs N50明显加长。>

参考文献

[1] Faino L, Seidl M F, Datema E, et al. Single-molecule real-time sequencing combined with optical mapping yields completely finished fungal genome [J]. MBio, 2015, 6(4): e00936-15.

[2] Tsuji M, Kudoh S, Hoshino T. Draft genome sequence of cryophilic basidiomycetous yeast Mrakia blollopis SK-4, isolated from an algal mat of Naga-ike Lake in the Skarvsnes ice-free area, East Antarctica [J]. Genome announcements, 2015, 3(1): e01454-14.

[3] Badouin H, Hood M E, Gouzy J, et al. Chaos of rearrangements in the mating-type chromosomes of the anther-smut fungus Microbotryum lychnidis-dioicae [J]. Genetics, 2015, 200(4): 1275-1284.

阅读原文 >>

三代数据组装结合二代数据校正绘制复杂真菌基因组精细图

三代数据组装结合二代数据校正绘制复杂真菌基因组精细图

三代数据组装结合二代数据校正绘制复杂真菌基因组精细图

三代数据组装结合二代数据校正绘制复杂真菌基因组精细图的相关文档搜索

相关文档