三代数据组装结合二代数据校正绘制复杂真菌基因组精细图

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注:以上指标要求样本为无外源污染的单倍体 或是纯化后的二倍体。

案例解析

以丝状真菌Verticillium dahliae(基因组大小约36 Mb)研究为例,多种测序平台比较如下:无RNA /蛋白质污染;

使用无DNase 管,标记清晰,干冰寄送。

参考文献

[1] Faino L, Seidl M F, Datema E, et al. Single-molecule real-time sequencing combined with optical mapping yields completely finished fungal genome [J]. MBio, 2015, 6(4): e00936-15.

[2] Tsuji M, Kudoh S, Hoshino T. Draft genome sequence of cryophilic basidiomycetous yeast Mrakia blollopis SK-4, isolated from an algal mat of Naga-ike Lake in the Skarvsnes ice-free area, East Antarctica [J]. Genome announcements, 2015, 3(1): e01454-14.

[3] Badouin H, Hood M E, Gouzy J, et al. Chaos of rearrangements in the mating-type chromosomes of the anther-smut fungus Microbotryum lychnidis-dioicae [J]. Genetics, 2015, 200(4): 1275-1284.

阅读原文 >>

< 测序深度大于70X 时,Contigs N50明显加长。>

2. 不同PacBio 测序深度组装结果比较

1. 不同测序策略的组装结果比较

< PacBio较低深度(46X)测序对二代组装结果进行补洞和Scaffold构建,组装效果明显提升。>

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