如何使用logisim

如何使用logisim
如何使用logisim

Logisim的简单入门

一,准备工作

参考:

罗老板的计算机结构与组成课程

https://www.360docs.net/doc/a43624827.html,/rjgcx/lzw/COD/

Machine Structures. Spring 2010, UC Berkeley

https://www.360docs.net/doc/a43624827.html,/~cs61c/sp10/

软件环境:

Logisim仿真软件(需要JAVA虚拟机)

https://www.360docs.net/doc/a43624827.html,/~burch/logisim/

QuartusII 8.1

https://www.360docs.net/doc/a43624827.html,/

硬件环境:

PC机with Windows XP

DE2开发板(DE2 Development and Education Board User Manual)

参考书:

https://www.360docs.net/doc/a43624827.html,anization.and.Design

关于QuartusII的使用教程

先来以一个与门电路的实验,来看一下基本的操作,在Logisim中一个与门电路生成过程如下:

1.按与门的选择按钮,添加一个与门到电路中。

2.使用按钮添加一个输入引脚,用于设置输入电平。

3.添加一个引脚,通过属性中设置Pin的属性为输出:

这样得到一个输出引脚。

4.移动以上添加的元素,得到原理图:

注意选中按钮,此时可以拖拽连线,那么我们把电路各部分连接如下:

5. 接下来通过选中按钮就可以鼠标点击设定输入管脚上的电平为1或0了,输出引脚也会相应改变,输出结果。

当然通过左下方的属性设定,还可以设定当前选择元件的朝向,数据位数,输入端口数等参数。

6.另外推荐大家后面设计的时候使用一下tunnel这个工具,代替复杂的连线,在后面复杂设计的地方,让你从蜘蛛网一样的连线中解脱出来,例如上面的电路可以这样表示:

图中输入,与门模块,输出三部分结构分的很清晰,tunnel的使用使我们的电路设计更加规范,类似logisim中的tunnel工具在其他原理图工具中类似的工具是经常见到的,虽然名字会有不同,用途是一样的。

7.最后是子电路添加方法,选择Project--->A dd Circuit…,如下图“:

子电路的绘制与上面基本相同,注意的是输入输出引脚要连接Pin引脚,并设定好输入输出属性。

右击子电路选择Edit Circuit Appearance可以调整子电路的外观,通过拖拽将外观调整好,后面加到上层电路设计中的时候就不会显得布线拥挤了。

显然上面的要比下面的元件效果好一些。

以上描述的这些技巧与绘制规范整齐的原理图是关系密切的,后面实际应用中设计复杂电路时会突出显现出来。

几个关键的地方:

1,请尽量使用标准模块,如果需要建立自己的模块,请学习标准模块的设计风格。

2,请合理划分层次,清楚定义输入输出端口,尽量使定义的风格和规范保持一致。

3,请使用网络标识代替直接连线,会使你的原理图更加清晰易读。

4,为每个模块设计测试用例,用于测试和说明其使用方法。

5,这里用的软件比罗老板课上用的版本高一点,操作有细微差别。

打开QuartusII软件,程序主界面如下:

1,新建一个工程

点击File——>New Project Wizard,打开创建新工程向导,这里你将完成工程的基本设定选项。

1,Project name and directory——工程的名称与目录

2,Name of the top-level design entity——顶层设计实体的名称

3,Project files and libraries——项目文件与库

4,Target device family and device——目标设备的族类

5,EDA tool settings——EDA工具设定

这里一般设定好工程名称和目录,顶层设计实体名称以及目标设备族类就可以了,其他的暂时直接使用默认项就可以了。

2,新建一个设计文件

通过点击File——>New打开新建文件选择框,由于我们这里使用原理图描述实现的,则文件类型选择Design Files——>Block Diagram/Schematic File,就新建了一个原理图文件,将其保存起来,注意命名要跟前面设置的顶层设计实体名称相同。

3,编写设计文件

接下来开始在文件中绘制原理图,这里首先完成与门的添加,点击左侧工具栏中的Symbol Tool按钮,打开Symbol选择框,选择primitives——>logic——>and2,点击OK后即可在原理图中添加一个2输入的与门了。在同样通过Symbol Tool中的加入和primitives——>pin——>output加入输入和输出引脚,然后在原理图中把他们用Orthogonal Node Tool即导线连接起来,双击输入输出引脚,为他们设定好名字,pinA,pinB,pinC,就完成了原理图中的设计。

4,编译(分析综合)

点击Processing——>Start——>Start Analysis & Synthesis,进行分析综合,就好像是对程序进行编译,等待片刻,如果没有错误,编译报告会输出出来。

5,配置管脚

接下来配置管脚,就是设定刚才加入的输入输出管脚与实验板上FPGA芯片外部引脚之间的对应关系,设定好这个,我们设计的与门电路才能通过FPGA外部引脚与实验板上的其他设备连接起来,我们才好观察到电路的设计效果。点击Assignment——>Pins,打开Pin Planner设定框,这里查看实验板的说明文件,我们使用两个拨动开关来连接输入引脚,用一个led灯来连接输出引脚,对照说明中的表格,为pinA,pinB,pinC分配PIN_N25,PIN_N26和PIN_AE23,设定好后点击Assignment——>Device进入设定框,点击Device and Pin Options按钮,在Device and Pin Option框中的Unused Pins标签下将Reserve all unused pins设定为As output drivingground。因为我们的设计最终会以电路的表达形式工作,错误的设计极其容易导致实验板的损坏。

6,下载程序

当然我们实际设计中可能会用到波形仿真工具进行验证,进行时间分析验证,甚至要设定布局布线等工作,反复迭代修正,才能完成一个复杂电路的设计,不过这里这个与门的demo 很简单,完成以上设计工作后,可以开始编译了,点击Processing——>Start Compilation 开始吧。如果没有错误,输出编译报告,就可以准备下载到实验板上去了。点击

Tool——>Programmer,打开下载工具。这里我们选择使用JTAG的下载方式,注意先给实验板上电,点击Start开始,等待片刻,走完下载进度条,下载完成。

7,完成

现在你可以在实验板上通过SW0和SW1来设定与门的输入了,实验板上的LEDR0相应的亮或者灭。我们实现的与门在哪呢?就在你面前实验板的芯片中,实际上实验板的芯片中有很多电路单元,通过我们的编程选择我们需要的电路单元用连线连接起来,在通过配置引脚连接到FPGA芯片的外部引脚上,FPGA是焊接在PCB板上的,PCB板上的铜线把FPGA 引脚与外部设备比如开关,发光二极管等连接起来,我们的电路就真正的连接到了这个系统当中了。他们之间的连接关系在图中表示出来。

8,总结

经过了这么多繁杂的步骤,我们仅仅完成的是一个简单的与门电路,好在通过这个过程我们只是了解一下FPGA设计的基本过程与简单操作,熟悉了这个流程,以上步骤还是很清楚的,而且实现一个复杂的设计也基本是沿这个过程走的。后面我们用FPGA实现一个CPU 也可以这样下载到FPGA芯片当中,这可是一个真正的电路,真正工作的CPU,麻雀虽小五脏俱全,不再是仅仅在电脑上仿真了,你必然会满心欢喜。而且实际中,这样的设计(当然还有一些其他的工作要做),是能够送到工厂中去生产真正的ASIC专用电路,也就是真正的,我们能摸到能使用的CPU,会有这样的一天。

1,使用MegaWizard添加一个RAM模块。

RAM模块属于原理图设计中一个较为复杂的模块,并非如一个简单的二输入与门那样直接添加就可以了,还有一些参数需要配置和设定。在QuartusII中添加一个类似RAM的复杂模块需要用到MegaWizard,通过使用MegaWizard添加一个RAM模块,可以了解如何用MegaWizard为库提供的模块配置参数。

依然是使用Symbol tool打开添加模块对话框,MagaWizard的模块多数在megafunctions 目录下,我们使用的是megafunctions——>storage——>lpm_ram_dq,勾选上Launch MegaWizard Plug-In,OK,打开MegaWizard Plug-In Manager,选择为库文件生成的文件类型,有AHDL语言,VHDL语言和Verilog HDL语言三种选择,根据需要和自己对他们的熟悉程度选择,设定为其生成的目录文件,建议生成到工程所在目录下,并在其名称基础上加上些有意义的后缀。接下来是关于模块具体参数的设定,不同的模块会有所不同,这里请先按照图中的配置方式选择,使用8位容量32个字的RAM,不带有输出口寄存功能。

为了让RAM有一个初始值,我们要为其写个初始化数据文件,下面选中Yes, use this file for the memory content data,并设定好文件路径名称。下一步是生成文件的清单,最后Finish 将生成模块添加到设计文件中。

2,添加总线与提取总线上一位数据的方法。

以上是通过MegaWizard添加模块的方法,用相同的方法,我们可以添加lpm_add_sub模块。

本例中涉及到的就是以上两种模块,通过联系和实践,可以测试试验一下其他的模块。

接下来添加输入输出引脚,这个前面介绍过,这里有点不同的是,输出引脚是8位的,这个在命名的时候后面加上[7..0]就表示是个8位的输出,例如fib_res[7..0],如果要用到其中一位就是名字加上下方括号跟标号,例如fib_res[5]。

3,用手动按钮作为时钟信号测试。

实验板上的时钟太快了,不利于我们观察,那就用仿真时学的办法,加一个输入按钮,模拟时钟,按一下,时钟跳一下,于是加了一个输入引脚,用于连接实验板上的按钮开关。输入引脚后面要加一个非门,因为实验板上松开按钮时候输入是高电平,所以用一个非门也就是反相器来取反向。

需要指出的是,用手动按钮做时钟信号来测试是一个权宜的方法,实际的设计中是不推荐的,包括组合电路的输出用做时钟信号都是不好的设计习惯,因为时序电路工作的时钟要求波形稳定,组合逻辑电路中产生波形的毛刺对其工作影响较大,造成错误的数据或不可预测的结果。

4,常量的加入。

由于加入的ram模块至少含有32个字的存储,只需用到其中一个,地址线置零就可以了,每次时钟来临都进行写入操作,那么写入使能始终设为Enable。那么这些常量该怎么设定呢?在原理图设计中,有GND和VCC两个常量,分别代表逻辑1和逻辑0,将他们引入到电路中就可以了,多位数据合并到一条总线上是将各位数据用逗号隔开,添加到总线命名中。

5,让你的电路更加清晰。

前面介绍到,当电路规模愈加复杂时,将各模块直接连接到一起会严重影响其清晰美观,那么推荐的方式是采用网络标识的形式,也可以为GND,VCC添加一个网络标识,把他们改名为b1和b0如图,那么内存地址我们可以写为b0 ,b0, b0, b0,b0。

再把上图整理一下,看看效果是否好一点了。

6,初始化RAM中数据

7,波形仿真工具

这里在学习一下使用QuartusII自带的波形仿真工具,新建一个Vector Waveform File。

在图中位置右击,搜索添加Node和Bus,在Insert Node or Bus框中点击Node Finder按钮,弹出Node Finder框,点击List将所有输入输出节点列出,添加到Selected Nodes中,OK。

选中clk_button,点击工具栏的Overwrite Clock,在Clock框中填好起始时间,结束时间,时钟周期等参数,为其添加一个时钟输入。

在编译过整个工程后,如无错误,点击Start Simulation,片刻后,仿真波形输出出来,仿真结果如图,由于只是8位存储器,所以233后面的数结果会有问题,但是仿真结果与我们设计的电路所应得到的输出效果是一致的。

8,总结

这里我们学习了利用MegaWizard添加megafunctions库中的复杂模块,学习了如何使用Node和Bus,以及如何使用节点标识取代直接连线,是原理图层次划分更加清楚,另外还有如何进行波形仿真,对设计进行有效验证,基本在Logisim中可能用到的常用功能在QuartusII设计工具中都能找到。会使用Logisim构建一个电路,相应使用QuartusII工具的原理图设计也不会有难度了,当然他们库中包含的模块还有些不同,但一般常见的标准模块QuartusII都有,而是是我们在实际设计中会用到的标准接口标准功能的模块,要好好了解熟悉他们的用法。

设计一个7段数码管的控制逻辑电路,用于控制数码管显示,后面他将作为一个子模块添加到我们的顶层设计中。

1,7段数码管译码电路

Hex Seg(binary)

0x0 11000000

0x1 11111001

0x2 10100100

0x3 10110000

0x4 10011001

0x5 10010010

0x6 10000010

0x7 11111000

0x8 10000000

0x9 10010000

0xA 10001000

0xB 10000011

0xC 11000110

0xD 10100001

0xE 10000110

0xF 10001110

共阳极数码管编码表

有的同学可能看到真值表就开始画卡诺图了,呵呵,其实可以偷一点懒,看看图中这种实现。

通过使用选择器实现的这种译码电路,完成了一个真值表到电路的转换,并且实现结构清晰,可读性很好。

1,创建7段数码管的子电路

为设计好的数码管译码电路创建硬件描述语言文件,点击

File——>Create/Updata——>Create HDL Design File for Current File。

为设计好的数码管译码电路创建一个封装,点击File——>Create/Updata——>Create Symbol File for Current File,这样我们在顶层设计中就可以调用这个子电路了。

2,把子电路应用到顶层设计中

添加刚才创建的子电路,点击Assignment——>Settings,在Settings对话框中的Libraries 中添加刚才子电路的目录,现在在Symbol中可以看到刚才创建的子电路模块了,我们再添加一个计数器,以及需要的输入输出引脚,完成我们的设计吧。

3,总结

这个例子主要是联系子电路的创建以及如何将子电路应用到顶层设计中,在复杂设计中,分层设计的方法是必须要掌握的。

至此,QuartusII中的原理图设计的基本操作方法就足够我们使用了,Logisim中所能完成的操作,在QuartusII中都能够对应起来,所以建议后面的设计中,我们来参考课件中的使用Logisim设计简单CPU的方法,对应在QuartusII中实现一个真正的CPU。

由于Logisim是一个仿真软件,使用较QuartusII方便一些,可以先行做实验,然后再用QuartusII实现设计方案。

至此,我们要真正开始CPU设计了,前面的内容是给不熟悉QuartusII的同学热身用的。这里都是假定同学们已经熟悉了QuartusII基本操作,会使用原理图设计方法设计电路,并且会使用MegaWizard添加标准模块,会分层设计电路。

需要说明的是,我们选择使用原理图的设计方法,是考虑与罗老板的课件相结合,能够对照Logisim的操作,使同学们在学会使用Logisim软件仿真设计出一个CPU后,平滑的过度过来。另外原理图的设计更加直观一点,更容易入门。当然由于实际设计中主流的方式还是使用硬件设计语言,推荐大家了解一下Verilog HDL,VHDL或System C等语言。

1,设计总揽

我们这里设计的是一个简单的16位处理器(即每个指令字长为16位,寄存器也是16位),该处理器有四个寄存器($r0到$r3)。具有独立的数据和指令内存(即有两个内存,一个指令内存,一个数据内存)。

需要注意的是由于器件的限制,也为了让事情更简单一些,我们以半字(16位)为单位对内存编址。这和MIPS 不同,MIPS指令是字长是32位,而内存是以字节(8位)为单位编址。

2,准备步骤

第一步:熟悉一下QuartusII的操作,这个在前面我们已经完成了,对应于Logisim中操作都介绍到了,后面完成Proj3所需要的技术也都具备了(当然,想深入的了解数字电路设计,可能需要更多),也就是说如果能够用Logisim完成Proj3,用QuartusII实现也不再话下。

第二步:做一下相关的实验,了解QuartusII下的一些模块和组件,如何建立简单模块,如何将简单模块构建到一起,成为复杂的模块,直至成为一个系统。MegaWizard中提供的是

数字电路中常见的标准模块,我们的设计中要用到其中一些模块,所以熟悉他们,熟练应用是完成设计的前提。

3,阅读ISA

第三步:阅读ISA

ISA(Instruction Set Architecture)是硬件设计师跟软件设计师之间的协议,他规定了硬件设计师设计的CPU所需要具备的功能,以及软件设计师所能够使用的CPU指令。

设计一个CPU首先要设计一个ISA,之后才是软硬件设计:软件设计师设计汇编器,编译器;硬件设计师设计CPU。我们需要的ISA在Proj3这里已经给出了,如下表:

通过查询opcode字段(高四位,即15-12位)的值,可知半字编码所对应的指令。注意,表中的opcode不到16个,而funct也不到8个。原因是指令少一些,使同学们更容易实现(呵呵,好象比老师上课讲的CPU指令数还是多了很多)。

(如果需要更加细致的了解原理,请认真学习罗老板课件中关于单指令周期CPU设计的这几节课的内容。)

我们可以了解到需要实现的几个基本模块:

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

N C B I在线B L A S T使用方法与结果详解 IMB standardization office【IMB 5AB- IMBK 08- IMB 2C】

N C B I在线B L A S T使用方法与结果详解 BLAST(BasicLocalAlignmentSearchTool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。 Blast中常用的程序介绍: 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列(一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白),再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反,它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列,再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白(每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列),这样每次比对会产生36种比对阵列。 NCBI的在线BLAST: 下面是具体操作方法 1,进入在线BLAST界面,可以选择blast特定的物种(如人,小鼠,水稻等),也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。 2,粘贴fasta格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。一般的话参数默认。 3,blast参数的设置。注意显示的最大的结果数跟E值,E值是比较重要的。筛选的标准。最后会说明一下。 4,注意一下你输入的序列长度。注意一下比对的数据库的说明。 5,blast结果的图形显示。没啥好说的。 6,blast结果的描述区域。注意分值与E值。分值越大越靠前了,E值越小也是这样。7,blast结果的详细比对结果。注意比对到的序列长度。评价一个blast结果的标准主要有三项,E值(Expect),一致性(Identities),缺失或插入(Gaps)。加上长度的话,就有四个标准了。如图中显示,比对到的序列长度为1405,看Identities这一值,才匹配到1344bp,而输入的序列长度也是为1344bp(看上面的图),就说明比对到的序列要长一

ncbi的使用方法

NCBI(美国国立生物技术信息中心)资源介绍及使用手册 作者:未知来源:中科院上海生命科学研究院生物信息中心时间:2006-12-27 NCBI 资源介绍 本文目录: NCBI(美国国立生物技术信息中心) 简介 NCBI 站点地图 NCBI癌症基因组研究 NCBI-Coffee Break NCBI-基因和疾病 NCBI-UniGene Cluster of Orthologous Groups of proteins (COG)介绍 Gene Expression Omnibus (GEO)介绍 LocusLink介绍 关于RefSeq:NCBI参考序列 NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介 介绍 理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表,出现了生命过程的语法,其最复杂形式就是人类。阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性,并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具,以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。 国立中心的建立 后来的参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性,发起了在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心(NCBI)的立

法。NCBI是在NIH的国立医学图书馆(NLM)的一个分支。NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的,而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。它的使命包括四项任务: 建立关于分子生物学,生物化学,和遗传学知识的存储和分 析的自动系统 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能 的基于计算机的信息处理的,先进方法的研究 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。 全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。 NCBI通过下面的计划来实现它的四项目的: 基本研究 NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家,分子生物学家,数学家,生物化学家,实验物理学家,和结构生物学家,集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。这些研究者不仅仅在基础科学上做出重要贡献,而且往往成为应用研究活动产生新方法的源泉。他们一起用数学和计算的方法研究在分子水平上的基本的生物医学问题。这些问题包括基因的组织,序列的分析,和结构的预测。目前研究计划的一些代表是:检测和分析基因组织,重复序列形式,蛋白domain 和结构单元,建立人类基因组的基因图谱,HIV感染的动力学数学模型,数据库搜索中的序列错误影响的分析,开发新的数据库搜索和多重序列对齐算法,建立非冗余序列数据库,序列相似性的统计显著性评估的数学模型,和文本检索的矢量模型。另外,NCBI研究者还坚持推动与NIH内部其他研究所及许多科学院和政府的研究实验室的合作。 数据库和软件

ncbi中文说明书

NCBI (National Center for Biotechnology Information), 美国国家生物技术信息中心 [url]https://www.360docs.net/doc/a43624827.html,/[/url] NCBI是NIH的国立医学图书馆(NLM)的一个分支。 NCBI提供检索的服务包括: 1.GenBank(NIH遗传序列数据库):一个可以公开获得所有的DNA序列的注释过的收集。GenBank是由NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库(EMBL和DDBJ)交换数据建立起数据库的。它同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。这三个组织每天交换数据。其中的数据以指数形式增长,最近的数据为它已经有来自47000个物种的30亿个碱基。 2.Molecular Databases(分子数据库): Nucleotide Sequence(核酸序列库):从NCBI其他如Genbank数据库中收集整理核酸序列,提供直接的检索。 Protein Sequence (蛋白质序列库):与核酸类似,也是从NCBI多个不同资源中编译整理的,方便研究者的直接查询。 Structure(结构)-——关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划,另外也可以访问三维蛋白质结构的分子模型数据库(MMDB)和用来搜索和显示结构的相关工具。MMDB:分子模型数据库—一个关于三维生物分子结构的数据库,结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。 Taxonomy(分类学)——NCBI的分类数据库,包括大于7万余个物种的名字和种系,这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。其目的是为序列数据库建立一个一致的种系发生分类学。 3.Literature Databases(文献数据库) (1)PubMed是NLM提供的一项服务,能够对MEDLINE上超过1200万条的上世纪六十年代中期至今的杂志引用和其他的生命科学期刊进行访问,并可以连接到参与的出版商网络站点的全文文章和其他相关资源。 (2)PMC/PubMed Center:也是NLM的生命科学期刊文献的数字化存储数据库,用户可以免费获取PMC的文章全文,除了部分期刊要求对近期的文章付费。 (3)OMIM(孟德尔人类遗传):有关人类基因和无序基因的目录数据库由Victor A.McKusick和他的同事共同创造和编辑的,由NCBI网站负责开发,其中也包括对MEDINE众多资源和Entrez系统的序列记录,以及NCBI中其他有关资源的链接。

一步一步教你使用NCBI

一步一步教你使用NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST序列比对等 作者:urbest 2007-8-1 苏州大学生命科学学院

最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST进行序列比对……,这些问题在NCBI上都可以方便的找到答案。现在我就结合我自己使用NCBI的一些经历(经验)跟大家交流一下BCBI的使用。希望大家都能发表自己的使用心得,让我们共同进步! 我分以下几个部分说一下NCBI的使用: Part one 如何查找基因序列、mRNA、Promoter Part two 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列 Part three 运用STS查找已经公布的引物序列 Part four 如何运用BLAST进行序列比对、检验引物特异性 特别感谢本版版主,将这个帖子置顶! 从发帖到现在,很多战友对该帖给与了积极的关注,在此向给我投票的(以及想给我投票却暂时不能投票的)各位战友表示真诚的感谢,谢谢各位战友! 请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。关于NCBI其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充 First of all,还是让我们从查找基因序列开始。 第一部分 利用Map viewer查找基因序列、mRNA序列、 启动子(Promoter) 下面以人的IL6(白细胞介素6)为例讲述一下具体的操作步骤 1.打开Map viewer页面,网址为:https://www.360docs.net/doc/a43624827.html,/mapview/index.html 在search的下拉菜单里选择物种,for后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示: 2.点击“GO”出现如下页面:

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA 数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。 Blast中常用的程序介绍: 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列(一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白),再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反,它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列,再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白(每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列),这样每次比对会产生36种比对阵列。 NCBI的在线BLAST:下面是具体操作方法 1,进入在线BLAST界面,可以选择blast特定的物种(如人,小鼠,水稻等),也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。

2,粘贴fasta格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。一般的话参数默认。 3,blast参数的设置。注意显示的最大的结果数跟E值,E值是比较重要的。筛选的标准。最后会说明一下。

NCBI资源介绍及使用手册

NCBI资源介绍及使用手册 NCBI资源介绍 本文目录: NCBI(美国国立生物技术信息中心) 简介 NCBI站点地图 NCBI癌症基因组研究 NCBI-Coffee Break NCBI-基因和疾病 NCBI-UniGene Cluster of Orthologous Groups of proteins(COG)介绍 Gene Expression Omnibus (GEO)介绍 LocusLink介绍 关于RefSeq:NCBI参考序列 NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介 介绍 理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表,出现了生命过程的语法,其最复杂形式就是人类。阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性,并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具,以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。 国立中心的建立 后来的参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性,发起了

在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心(NCBI)的立法。NCBI是在NIH的国立医学图书馆(NLM)的一个分支。NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的,而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。它的使命包括四项任务: 建立关于分子生物学,生物化学,和遗传学知识的存储和分析的自动系统 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的,先进方法的研究 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。 全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。 NCBI通过下面的计划来实现它的四项目的: 基本研究 NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家,分子生物学家,数学家,生物化学家,实验物理学家,和结构生物学家,集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。这些研究者不仅仅在基础科学上做出重要贡献,而且往往成为应用研究活动产生新方法的源泉。他们一起用数学和计算的方法研究在分子水平上的基本的生物医学问题。这些问题包括基因的组织,序列的分析,和结构的预测。目前研究计划的一些代表是:检测和分析基因组织,重复序列形式,蛋白domain和结构单元,建立人类基因组的基因图谱,HIV感染的动力学数学模型,数据库搜索中的序列错误影响的分析,开发新的数据库搜索和多重序列对齐算法,建立非冗余序列数据库,序列相似性的统计显著性评估的数学模型,和文本检索的矢量模型。另外,NCBI研究者还坚持推动与NIH内部其他研究所及许多科学院和政府的研究实验室的合作。 数据库和软件 在1992年10月,NCBI承担起对GenBank DNA序列数据库的责任。NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库(EMBL和DDBJ)交换数据建立起数据库。同美国专利和商标局的安排使得专利的序列信息也被整合。 GenBank是NIH遗传序列数据库,一个所有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集。GenBank同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。这三个组织每天交换数据。 GenBank以指数形式增长,核酸碱基数目大概每14个月就翻一个倍。最近,GenBank拥有来自47,000个物种的30亿个碱基。 孟德尔人类遗传(OMIM),三维蛋白质结构的分子模型数据库(MMDB),唯一人类基因序列集合

怎么使用NCBI[1]

怎么使用NCBI (National Center for Biotechnology Information), 美国国家生物技术信息中心 [url][/url] NCBI是NIH的国立医学图书馆(NLM)的一个分支。 NCBI提供检索的服务包括: 1.GenBank(NIH遗传序列数据库):一个可以公开获得所有的DNA序列的注释过的收集。GenBank是由NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库(EMBL和DDBJ)交换数据建立起数据库的。它同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。这三个组织每天交换数据。其中的数据以指数形式增长,最近的数据为它已经有来自47000个物种的30亿个碱基。 2.Molecular Databases(分子数据库): Nucleotide Sequence(核酸序列库):从NCBI其他如Genbank数据库中收集整理核酸序列,提供直接的检索。 Protein Sequence (蛋白质序列库):与核酸类似,也是从NCBI多个不同资源中编译整理的,方便研究者的直接查询。 Structure(结构)-——关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划,另外也可以访问三维蛋白质结构的分子模型数据库(MMDB)和用来搜索和显示结构的相关工具。MMDB:分子模型数据库—一个关于三维生物分子结构的数据库,结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。 Taxonomy(分类学)——NCBI的分类数据库,包括大于7万余个物种的名字和种系,这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。其目的是为序列数据库建立一个一致的种系发生分类学。 3.Literature Databases(文献数据库) (1)PubMed是NLM提供的一项服务,能够对MEDLINE上超过1200万条的上世纪六十年代中期至今的杂志引用和其他的生命科学期刊进行访问,并可以连接到参与的出版商网络站点的全文文章和其他相关资源。 (2)PMC/PubMed Center:也是NLM的生命科学期刊文献的数字化存储数据库,用户可以免费获取PMC的文章全文,除了部分期刊要求对近期的文章付费。 (3)OMIM(孟德尔人类遗传):有关人类基因和无序基因的目录数据库由Victor A.McKusick 和他的同事共同创造和编辑的,由NCBI网站负责开发,其中也包括对MEDINE众多资源和Entrez系统的序列记录,以及NCBI中其他有关资源的链接。

NCBI使用方法

NCBI使用方法 NCBI (National Center for Biotechnology Information), 美国国家生物技术信息 中心 [url]https://www.360docs.net/doc/a43624827.html,/[/url] NCBI是NIH的国立医学图书馆(NLM)的一个分支。 NCBI提供检索的服务包括: 1.GenBank(NIH遗传序列数据库):一个可以公开获得所有的DNA序列的注释过的收集。GenBank是由NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库(EMBL和DDBJ)交换数据建立起数据库的。它同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。这三个组织每天交换数据。其中的数据以指数形式增长,最近的数据为它已经有来自47000个物种的30亿个碱基。 2.Molecular Databases(分子数据库): Nucleotide Sequence(核酸序列库):从NCBI其他如Genbank数据库中收集整理核 酸序列,提供直接的检索。 Protein Sequence (蛋白质序列库):与核酸类似,也是从NCBI多个不同资源中编 译整理的,方便研究者的直接查询。 Structure(结构)-——关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划,另外也可以访问三维蛋白质结构的分子模型数据库(MMDB)和用来搜索和显示结构的相关工具。MMDB:分子模型数据库—一个关于三维生物分子结构的数据库,结构来自于X-ray晶体衍 射和NMR色谱分析。 Taxonomy(分类学)——NCBI的分类数据库,包括大于7万余个物种的名字和种系,这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。其目的是为序列数据库建立一个一 致的种系发生分类学。 3.Literature Databases(文献数据库) (1)PubMed是NLM提供的一项服务,能够对MEDLINE上超过1200万条的上世纪六十年代中期至今的杂志引用和其他的生命科学期刊进行访问,并可以连接到参与的出版商网络 站点的全文文章和其他相关资源。 (2)PMC/PubMed Center:也是NLM的生命科学期刊文献的数字化存储数据库,用户可以免费获取PMC的文章全文,除了部分期刊要求对近期的文章付费。 (3)OMIM(孟德尔人类遗传):有关人类基因和无序基因的目录数据库由Victor A.McKusick和他的同事共同创造和编辑的,由NCBI网站负责开发,其中也包括对MEDINE 众多资源和Entrez系统的序列记录,以及NCBI中其他有关资源的链接。 (4)Books:NCBI的书库不断收集生物医学方面的书籍,提供这些书籍的出版信息、摘要、目录和全文的连接,用户可以直接在检索文本框内输入一个观念就可以查询。 4.NCBI提供的附加的软件工具有:

一步一步教你使用NCBI查找DNA、mRNA、cDNA

一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、... 最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……,这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。现在我就结合我自 己使用 NCBI的一些经历(经验)跟大家交流一下 BCBI 的使用。希望大家都能发表自己的使 用心得,让我们共同进步! 我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用: Part one 如何查找基因序列、mRNA、Promoter Part two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列 Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列 Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性 特别感谢本版版主,将这个帖子置顶! 从发帖到现在,很多战友对该帖给与了积极的关注,在此向给我投票的(以及想给我 投票却暂时不能投票的)各位战友表示真诚的感谢,谢谢各位战友! 请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高 的战友给予补充 First of all,还是让我们从查找基因序列开始。 第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、 启动子(Promoter) 下面以人的 IL6(白细胞介素 6)为例讲述一下具体的操作步骤 1.打开Map viewer 页面,网址为: https://www.360docs.net/doc/a43624827.html,/mapview/index.html 在 search 的下拉菜单里选择物种,for 后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示:

2.点击“GO”出现如下页面: 3.在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框,在Gene 前面的小方框里打勾,然后点击Filter. 出现下图:

ncbi使用手册样本

NCBI 资源介绍 本文目录: NCBI(美国国立生物技术信息中心) 简介 NCBI 站点地图 NCBI癌症基因组研究 NCBI-Coffee Break NCBI-基因和疾病 NCBI-UniGene Cluster of Orthologous Groups of proteins( COG) 介绍 Gene Expression Omnibus ( GEO) 介绍 LocusLink介绍 关于RefSeq: NCBI参考序列 NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介 介绍 理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。经过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表, 出现了生命过程的语法, 其最复杂形式就是人类。阐明和使用这些字母来组成新的”单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝正确必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性, 而且为研究人员提供更好的便利来获得分析

和计算的工具, 以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。 国立中心的建立 后来的参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性, 发起了在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心( NCBI) 的立法。NCBI是在NIH的国立医学图书馆( NLM) 的一个分支。NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的, 而且这能够建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。它的使命包括四项任务: 建立关于分子生物学, 生物化学, 和遗传学知识的存储和分析的自动系统 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的, 先进方法的研究 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。 全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。 NCBI经过下面的计划来实现它的四项目的:

NCBI使用指南

一步一步教你使用NCBI 查找DNA、 mRNA、cDNA、Protein、promoter、引 物设计、BLAST 序列比对等 最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用 BLAST 进行序列比对……,这些问题在NCBI 上都可以方便的找到答案。现在我就结合我自己使用NCBI的一些经历(经验)跟大家交流一下BCBI 的使用。希望大家都能发表自己的使用心得,让我们共同进步! 我分以下几个部分说一下NCBI 的使用: Part one 如何查找基因序列、mRNA、Promoter Part two 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列 Part three 运用STS 查找已经公布的引物序列 Part four 如何运用BLAST 进行序列比对、检验引物特异性 特别感谢本版版主,将这个帖子置顶! 从发帖到现在,很多战友对该帖给与了积极的关注,在此向给我投票的(以及想给我 投票却暂时不能投票的)各位战友表示真诚的感谢,谢谢各位战友! 请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高 的战友给予补充 First of all,还是让我们从查找基因序列开始。 第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子(Promoter) 下面以人的IL6(白细胞介素6)为例讲述一下具体的操作步骤 1.打开Map viewer 页面,网址为:https://www.360docs.net/doc/a43624827.html,/mapview/index.html 在search 的下拉菜单里选择物种,for 后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示:

NCBI使用方法

NCBI提供检索的服务包括: 1.GenBank(NIH遗传序列数据库):一个可以公开获得所有的DNA序列的注释过的收集。GenBank是由NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库(EMBL和DDBJ)交换数据建立起数据库的。它同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。这三个组织每天交换数据。其中的数据以指数形式增长,最近的数据为它已经有来自47000个物种的30亿个碱基。 2.Molecular Databases(分子数据库): Nucleotide Sequence(核酸序列库):从NCBI其他如Genbank数据库中收集整理核酸序列,提供直接的检索。 Protein Sequence (蛋白质序列库):与核酸类似,也是从NCBI多个不同资源中编译整理的,方便研究者的直接查询。 Structure(结构)——关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划,另外也可以访问三维蛋白质结构的分子模型数据库(MMDB)和用来搜索和显示结构的相关工具。MMDB:分子模型数据库—一个关于三维生物分子结构的数据库,结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。 Taxonomy(分类学)——NCBI的分类数据库,包括大于7万余个物种的名字和种系,这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。其目的是为序列数据库建立一个一致的种系发生分类学。 3.Literature Databases(文献数据库) (1)PubMed是NLM提供的一项服务,能够对MEDLINE上超过1200万条的上世纪六十年代中期至今的杂志引用和其他的生命科学期刊进行访问,并可以连接到参与的出版商网络站点的全文文章和其他相关资源。 (2)PMC/PubMed Center:也是NLM的生命科学期刊文献的数字化存储数据库,用户可以免费获取PMC的文章全文,除了部分期刊要求对近期的文章付费。 (3)OMIM(孟德尔人类遗传):有关人类基因和无序基因的目录数据库由Victor A.McKusick和他的同事共同创造和编辑的,由NCBI网站负责开发,其中也包括对MEDINE众多资源和Entrez系统的序列记录,以及NCBI中其他有关资源的链接。 (4)Books:NCBI的书库不断收集生物医学方面的书籍,提供这些书籍的出版信息、摘要、目录和全文的连接,用户可以直接在检索文本框内输入一个观念就可以查询。

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