丙型肝炎基因分型进展及其临床意义

丙型病毒性肝炎基因分型及临床意义

第４８卷　第５期２０１２年１０月青岛大学医学院学报ＡＣＴＡ　ＡＣＡＤＥＭＩＡＥ　ＭＥＤＩＣＩＮＡＥ　ＱＩＮＧＤＡＯ　ＵＮＩＶＥＲＳＩＴＡＴＩＳＶｏｌ．４８，Ｎｏ．５Ｏｃｔｏｂｅｒ　２０１２［收稿日期］２０１２－０４－１２；　［修订日期］２０１２－０８－０９［基金项目］青岛市卫生科技发展计划资助项目（２０１０ＷＳＺＤ０８）［作者简介］黄艳秋（１９７９－），女，硕士研究生，主治医师。［通讯作者］史昌河（１９６３－），男，副主任医师，硕士生导师。丙型病毒性肝炎基因分型及临床意义黄艳秋，史昌河（青岛大学医学院传染病学教研室，山东青岛　２６６０７１）［摘要］　丙型病毒性肝炎病原体为丙型肝炎病毒（ＨＣＶ），以输血为主要传播途径。ＨＣＶ基因组为单股正链ＲＮＡ病毒，有较高的复制率及变异率，在人体内呈准种分布。目前根据Ｓｉｍｍｏｎｄｓ命名系统可将其分为６个基因型。ＨＣＶ基因分型在丙型病毒性肝炎的流行病学研究、病毒载量、病情转归及抗病毒治疗等方面均有重要意义。特别在抗病毒治疗方面，ＨＣＶ基因分型是制定抗病毒治疗方案，预测抗病毒疗效的重要依据。［关键词］　肝炎，丙型；基因分型；综述［中图分类号］　Ｒ５１２．６［文献标志码］　Ａ［文章编号］　１６７２－４４８８（２０１２）０５－０４６８－０３丙型病毒性肝炎是临床工作中较为常见的一种病毒性肝炎，病原为丙型肝炎病毒（ＨＣＶ），感染后可引起肝脏急、慢性炎症，极少数发展为重症肝炎。输血及血制品曾是丙型病毒性肝炎最重要的传播途径，但近年来，随着筛查方法的改进，此种传播方式已得到明显控制，目前注射、器官移植、血液透析、性传播及母婴传播亦较常见。人类对ＨＣＶ普遍易感，而且感染后高达８０％的病人转为慢性感染，如果不进行及时和正确的抗病毒治疗，有相当比例的病人会发展为肝硬化、肝癌和肝衰竭，产生严重的临床后果。丙型病毒性肝炎在全球感染率为３％，因此全世界约有１．７亿人曾感染过ＨＣＶ［１］，但各国的感染率不尽相同，我国ＨＣＶ感染率约为３．２％，属于高流行区。１　ＨＣＶ基因组的结构和功能１．１　ＨＣＶ基因组的基本结构ＨＣＶ基因组为单股正链ＲＮＡ，可分为３′非编码区、５′非编码区及编码区（ＯＲＦ）３个区域，ＯＲＦ可编码一个病毒蛋白前体，在宿主和蛋白酶裂解的共同作用下该蛋白前体可生成至少１０种蛋白。根据所编码蛋白的功能不同，编码区又分为结构基因和非结构基因，其中结构基因编码的４种蛋白包括核心蛋白、包膜蛋白１（Ｅ１）、Ｅ２、Ｐ７，这些蛋白参与病毒的组装，又被称为结构蛋白。非结构基因翻译编码的蛋白有非结构蛋白２（ＮＳ２）、ＮＳ３、ＮＳ４Ａ、ＮＳ４Ｂ、ＮＳ５Ａ、ＮＳ５Ｂ，这些蛋白主要参与病毒复制，故又称非结构蛋白或功能蛋白。ＨＣＶ基因组的变异率高，这一特点使之在人体内呈现准种分布，基因组中Ｅ１和Ｅ２区是变异率最高的区域，而５′及３′非编码区则是最保守的区域。１．２　ＨＣＶ各区段基因组的结构和功能 ①５′ＵＴＲ：它是ＨＣＶ基因组中最保守的区域。ＨＣＶ　５′ＵＴＲ包括４个保守的结构区域，其中结构域Ⅱ～Ⅳ构成内部核糖体进入位点（ＩＲＥＳ），ＩＲＥＳ能够在不依赖于ＨＣＶ蛋白作用的前提下启动下游ＨＣＶ编码区基因的翻译，因而抗病毒药物的靶向定位点常为丙型病毒性肝炎病毒的ＩＲＥＳ。②３′ＵＴＲ：３′ＵＴＲ位于ＨＣＶ　３′末端，由２００～２３５个核苷酸组成。其中可变区具有基因型的特异性，在此区域内不同基因型之间存在核苷酸序列的差异。不同的基因型其ＨＣＶ多聚Ｕ区的长度亦不相同。部分研究结果显示，不同的ＨＣＶ型甚至同型不同株型之间３′ＵＴＲ的交换都会导致ＨＣＶ不能复制。因而得出结论，只有当病毒具有完整的３′ＵＴＲ才能发挥其正常的作用。另有研究结果显示，宿主细胞内部所固有的多聚嘧啶束结合蛋白或自身抗原若与ＨＣＶ基因组中的３′ＵＴＲ结构部分（尤其是Ｘ尾）结合，丙型病毒性肝炎病毒核糖核酸的翻译效率和稳定性均可增强。③核心蛋白：丙型病毒性肝炎病毒基因组的３４２～９１４核苷酸位点系核心蛋白基因的位点。编码核心蛋白，核心蛋白的功能之一是与糖蛋白作用组装出完整的ＨＣＶ病毒颗粒。在核心蛋白的氨基端内，高度保守的抗原表位含量非常丰富。核心蛋白在与病毒ＲＮＡ靶向结合的前提下可调节ＨＣＶ基因组的翻译，并且核心蛋白的基因调节作用与原发性肝癌的发生关系密切，主要因为核心蛋白可抑制Ｐ５３启动因子这一重要肿瘤抑制基因的活性。核心蛋白在人体感染ＨＣＶ后通过对大量基因的调控作用抑制了机体的免疫应答，从而促进了ＨＣＶ对肝细胞及外周血单核细胞等人体细胞的持续感染，此外核心蛋白能加速感染细胞内脂质小体的形成，诱导肝细胞变性。④包膜区：在ＨＣＶ结构中，病毒的外膜常由包膜蛋白构成。第９１５～１４９０ｎｔ位点和１４９１～２７８９位点共同构成了包膜区基因，分别编码Ｅ１和Ｅ２蛋白。其中，Ｅ２氨基端具有高度变异性，ＨＶＲ１和ＨＶＲ２均为Ｅ２氨基端的两个高变区。丙型病毒性肝炎病人的Ｅ２突变增加常由干扰素治疗诱发，ＨＶＲ１序列也会在慢性感染的形成过程中不断改变。Ｅ２结构中还含有若干个中和抗体表位，至少有一个中和抗体表位位于ＨＶＲ１。由此可知，免疫反应常以Ｅ２为主导靶向目标。此外，病毒受体、ＣＤ８１、低密度脂蛋白等物质的受体均可与Ｅ２蛋白发生相互作用，故Ｅ２蛋白具备的另一个重要作用就是介导病毒附着和进入感染细胞内部。因此，在研究和开发ＨＣＶ疫苗这一方向上，深入地研究膜

临床试验总结报告的设计与撰写

一、临床试验方案设计临床试验方案由研究者或申办者拟订，应符合GCP要求。研究者和申办者均应在已制定的临床试验方案上签名并签署日期。临床试验设计的基本原则：①代表性：受试者样本符合总体规律;②重复：结果经得起重复验证;③随机：受试者随机分配入组;④对照与盲法：避免条件误差与主观因素。试验方案的格式包括：①封页：包括题目、申办者和临床试验机构的名称与地址，拟订日期;②正文：GCP要求的23项;③封底：各参与的临床试验机构与主要研究者、申办者的名称与联系方式;④主要参考文献。临床试验方案设计主要内容(GCP第四章第十七条)有以下23条： (一)试验题目： (二)试验目的，试验背景，临床前研究中有临床意义的发现和与该试验有关得临床试验结果、已知对人体的可能危险与受益，及试验药物存在人种差异的可能; (三)申办者的名称和地址，进行试验的场所，研究者的姓名、资格和地址; (四)试验设计的类型，随机化分组方法及设盲的水平; (五)受试者的入选标准，排除标准和剔除标准，选择受试者的步骤，受试者分配的方法; (六)根据统计学原理计算要达到试验预期目的所需的病例数; (七)试验用药品的剂型、剂量、给药途径、给药方法、给药次数、疗程和有关合并用药的规定，以及对包装和标签的说明; (八)拟进行临床和实验室检查的项目、测定的次数和药代动力学分析等; (九)试验用药品的登记与使用记录、递送、分发方式及储存条件; (十)临床观察、随访和保证受试者依从性的措施; (十一)中止临床试验的标准，结束临床试验的规定; (十二)疗效评定标准，包括评定参数的方法、观察时间、记录和分析; (十三)受试者的编码、随机数字表及病例报告表的保存手续; (十四)不良事件的记录要求和严重不良事件的报告方法、处理措施、随访的方式、时间和转归; (十五)试验用药品编码的建立和保存，揭盲方法和紧急情况下破盲的规定; (十六)统计分析计划，统计分析数据集的定义和选择; (十七)数据管理和数据可溯源性的规定; (十八)临床试验的质量控制和质量保证; (十九)试验相关的论理学; (二十)临床试验预期的进度和完成日期;

药物临床试验总结报告的设计规范

药物临床试验总结报告的设计规范版本号 1.0 页数11页起草人起草日期年月日审核人审核日期年月日批准人批准日期年月日颁布日期年月日起效日期年月日威海市立医院药物临床试验机构

药物临床试验总结报告的设计规范一目的为真实地反应反映该试验的实施过程和客观地表述药物的有效性和安全性及其应用价值。二范围所有由本院牵头或协助参加的新药临床试验。三内容 1报告封面参照国家食品药品监督管理总局有关药品注册申报资料的形式要求。 2签名页 1)报告题目 2)执笔者签名。 3)主要研究者对研究试验报告的声明。申明已阅读了该报告，确认该报告准确描述了试验过程和结果。 4)主要研究者签名和日期。（包括统计学工作者） 3报告目录每个章节、附件、附表的页码。 4缩略语正文中首次出现的缩略语应规范拼写，并在括号内注明中文全称。应以列表形式提供在报告中所使用的缩略语、特殊或不常用的术语定义或度量单位。 5伦理学问题 1)确认试验实施符合赫尔辛基宣言及伦理学原则。 2)伦理委员会组成及批准临床试验方案情况说明，并在附件中提供独立伦理委员会成员表。 3)描述如何及何时获得与受试者入选相关的知情同意书，并在附件中提供原稿。 6报告摘要报告摘要应当简洁、清晰的说明以下要点，通常不超过1500字。 1)试验题目。 2)临床批件文号。 3)主要研究者和临床试验单位。 4)试验的起止日期（第一例受试者第一次访视至最后一名受试者最后一次访视日期）。

5)试验目的及观察指标。 6)对研究药物的作用类别和主治功能的描述。 7)对试验设计作简短描述，包括试验设计类型（平行、交叉、成组序贯等）、设盲水平（双盲、单盲或开放）、随机分组方法、对照的形式（安慰剂、阳性药对照、剂量对照）、疗程。 8)试验人群。 9)给药方案（包括对照组） 10)评价标准（有效性和安全性评价指标）。 11)统计分析方法或模型（包括基线评价、组间比较、协变量分析、综合比较等）。 12)受试者入组情况及各组人口学资料。 13)各组疗效结果（主要和次要疗效指标）。 14)各组安全性结果（不良事件及严重不良事件）。 15)结论（有效性和安全性结论）。 7报告正文 1)前言一般包括：受试药品研究背景；研究单位和研究者；目标适应症和受试人群、治疗措施；受试者样本量；试验的起止日期；国家食品药品监督管理局批准临床试验的文号；制定试验方案时所遵循的原则、设计依据；申报者与临床研究单位之间有关特定试验的协议或会议等予以说明或描述。简要说明临床试验经过及结果。 2)试验目的应提供对特定试验目的的陈述（包括主要、次要目的）。注意具体说明本项试验的受试因素、受试对象、研究效应，明确试验要回答的主要问题，明确药品的临床定位。 3)试验方法 (1)试验设计 a)总体研究设计和计划的描述（包括临床试验的流程图）。如试验过程中方案有修正，应说明原因、更改内容及依据。 b)对试验总体设计的依据、合理性进行讨论，具体内容应视设计特点进行有针对性的阐述。如采用单盲或开放试验设计，应说明理由。 c)提供样本含量的具体计算方法、计算过程以及计算过程中所用到的统计量的估计值及其来源依据。 d)描述期中分析计划。

丙肝抗病毒DAA介绍

丙肝抗病毒DAA介绍中国丙肝病毒基因分型：GT1b（56.8%），GT2(24.1%)，GT3（9.1%），GT6（6.3%），未见4型和5型，海南省以GT6a 和GT3为主。1b和2a基因型在我国较为常见。 DAA 一、奥比帕利（商品名：维健乐）奥比帕利是艾伯维公司研发的，是奥比他韦（Ombitasir）、帕利瑞韦（Paritaprevir）、利托那韦3种药物组成的抗丙肝病毒复方制剂，治疗基因1型。奥比他韦是一种NS5A抑制剂，通过抑制NS5A聚合酶抑制丙肝病毒组装和释放，其作用机制与达拉他韦相似。帕利瑞韦属于第二代蛋白酶抑制剂，通过抑制NS3/4A蛋白酶活性，起到抑制丙肝病毒多聚蛋白处理和加工的作用，其作用机制与西美普韦（Simeprevir）相似。利托那韦（Ritonavir）没有抗丙肝病毒作用，它是一种肝脏药物代谢酶（CYP3A）的抑制剂，在处方中的作用是延缓帕利瑞韦在肝脏中的代谢，增加药物的血浆浓度和谷浓度。奥比帕利的药物组成：奥比他韦12.5mg，帕利瑞韦75mg，利托那韦50mg。二、达塞布韦（Dasabuvir）商品名：易奇瑞达塞布韦是艾伯维公司研发的，属于非核苷类聚合酶抑制剂，通过抑制丙肝病毒NS5B聚合酶的作用来抑制丙肝病毒RNA的复制，治疗基因1型。奥比帕利和达塞布韦两药

联合，三面出击，从3个不同的途径抑制丙肝病毒的复制，再加上利托那韦的增效作用，对基因1型丙肝病毒感染有较强的抑制作用。因此被国外专家称为基因1型丙肝的“3D”治疗。维克派克套装由奥比帕利和达塞布韦组成，是妊娠期间安全性程度B级药物，建议在治疗期间采用有效的避孕措施，但不要使用含有炔雌醇的药物避孕，雌激素类药物可能增加ALT升高的危险，有潜在的肝毒性，因此不建议失代偿期肝硬化患者（Child-Pugh分级的B级和C级）使用。奥比帕利和达塞布韦中的药物大都要经过肝脏代谢，不经过肾脏代谢，有肾损害的患者无需调整药物剂量。奥比帕利和达塞布韦服药时间有讲究：两药需要与食物同服，因为食物可增加这些药物的生物利用度及血药浓度，但对食物的种类、热卡和脂肪含量无特殊要求。奥比帕利每次2片，每日1次，与早餐同服。达塞布韦每次250mg(1片)，每日2次，早餐和晚餐时各服1次。整片吞服药物，不应咀嚼、掰碎或溶解药片后服用。如果一餐漏服了药物，可以按照下面的处理：奥比帕利：如果某次漏服，可在漏服剂量排定时间的12小时之内服用该处方剂量。如果从奥比帕利常规服药时间起已超过12小时，则不应补充漏服的剂量，患者应按排定的给药时间服用下一剂量。达塞布韦：如果某次漏服，可在漏服剂量排定时间的6

药物临床试验基本流程(总结)

药物临床试验基本流程 1.临床试验启动阶段 1.1获得药物临床试验批件（有效期3年） 1.1制作研究者手册理化性质、药理、药化、药效、毒理以及已有的临床研究资料，制作研究者手册。研究者手册是临床试验开始前的资料汇编。研究者手册的内容一般包括：目录、序言、化学和物理性质、临床前研究、药理学研究、药代动力学研究、毒理学研究、已有临床资料、药品使用信息。 1.2筛选主要研究者 CFDA 网站中浏览临床药理基地名录，筛选医院（一般来说不是整个医院而是某个科室），然后选择合适的主任级医生；联系主任医生（看是否有意向，在给予任何资料前，签保密协议，然后发放可行性问卷，收集可行性问卷，确认完整无误，回复感谢信，感谢其参与问卷调查）如果可行，可安排访视，具体考察该基地是否有能力执行临床试验；（电话预约研究者，给予方案和研究者手册，agenda 确认要讨论的具体问题） Agenda:研究人员的分配方案的可行性能否入够病人及如何保证其依从性药品管理档案管理研究者职责主要研究者资质的确认相关研究人员的资质硬件设施考察伦理委员会的访视（承不承认中心伦理、伦理开会频率、送审清单、伦理委员会人员清单）书写访视报告；再次拜访，与其讨论方案、试验时间、试验费用等问题； 1.3试验文件准备会同CRO 、申办者、主要研究者，共同制定临床试验方案、病例报告表、知情同意书样本、原始文件；CRO 制定临床试验中其他用表； 1.4其他研究者筛选从临床基地名录中选择其他可能的研究者，可根据首研者的推荐以及公司曾经合作的情况进行综合判断；准备资料：方案、研究者手册、知情同意书样本、病例报告表；与其谈论方案，要求提供其医院所能提供的病例数、时间进度和经费预算；选定合适研究者，征得其医院管理部门的同意； 1.5召开多中心临床方案认论会（研究者会议），讨论试验方案、CRF 等注：是否需要召开研究者会议要看具体情况 1.6取得伦理委员会批件注：IRB （Independent Review Board ）/IEC （Independent Ethics Committee ）——IRB 为美国的伦理委员会，IEC/EC 为欧盟的伦理委员会按照GCP 的要求，所有临床试验必须得到伦理委员会的批准。在实际进行临床试验时，首先必须取得牵头单位伦理委员会的批准，其他参加单位是否要过伦理根据各家单位的具体要求而定。伦理委员会将对有关批件、药检报告、研究者手册、知情同意书样本、试验方案（protocal ）、病例报告表进行审批； 1.7试验药品准备督促申办方进行试验用药品的送检；生物统计师设计随机分组方案；根据随机分组方案，设计药品标签；设计应急信件；药品包装：为每一个受试者准备好一盒药物，药盒上贴好标签，并装入相应的应先拜访研究者还是医院相关部门视具体情况而定，没有统一标准 1.7及1.8可在研究者会议后开始准备，同时申请伦理委员会批件

HCV基因分型检测

HCV基因分型检测项目简介：HCV是一种经血液传播引起慢性肝脏疾病的RNA病毒，由于HCV RNA复制所依赖的聚合酶缺乏校正功能，致使其基因组发生突变的频率较高，从而更容易逃避机体的免疫识别。HCV的高度变异性，使其在不同地区、不同患者、甚至同一患者的不同病程中均呈现不同基因型。目前国际通用的HCV命名系统是Simmonds系统，该命名利用核酸测序和进化树分析结果，将HCV分为6中主要基因型(以1~6表示)和一系列的亚型(以a,b,c等表示)。不同HCV基因型感染患者的临床表现、肝病严重程度及慢性化病程进展均有差异，其抗病毒治疗的效果也不同。因此通过检测HCV基因型有助于了解HCV感染的分布特征、变异及进化演变情况，同时，HCV基因型与病程发展和治疗应答有一定相关性，例行检测有助于判断治疗的难易程度，制定抗病毒治疗的个体化方案。基因分型与治疗方案：我国常见的基因型为1b和2a，其中以1b为主。HCV基因型与其致病性、肝细胞癌发生及干扰素疗效有一定关系。不同基因型感染引起临床过程和干扰素治疗反应亦表现不同,如2a 型治疗效果好; 1b 型HCV 占到重型肝炎的80%，对干扰素治疗不敏感效果差，与重度慢性肝炎、肝硬化和肝细胞癌有密切关系。1型丙肝患者使用干扰素较难获得应答，治疗时间要长，治疗剂量要大，合并用药剂量也要加大。肝硬化及肝癌患者HCV‐1b型明显高于慢性肝炎。HCV‐1a、2a合并HBV感染的发生率较高；大部分急性肝炎患者为1a型；4型易引起失代偿性肝脏并发症；3型与肝脏脂肪变的关系较为密切。同样的治疗进程，2型、3型感染患者对干扰素的持续应答是1型的2‐3倍；与1型感染患者相比，低剂量的利巴韦林联合聚乙二醇干扰素‐α治疗对2型、3型慢性患者疗效较好。临床常采用定量HCV RNA检测与HCV基因分型同时检测，进而对患者进行综合评估。评估过程如下图所示。

62例丙型肝炎病毒基因分型结果分析

62例丙型肝炎病毒基因分型结果分析发表时间：2017-07-13T15:16:33.613Z 来源：《世界复合医学》2017年第4期作者：张威威[导读] 所以在病毒学研究特别是病毒基因表达谱研究、病毒感染的诊断、病毒流行病学研究等方面有广泛应用前景。牡丹江市肿瘤医院黑龙江牡丹江 157011 【摘要】目的：对慢性丙型肝炎患者的丙型肝炎病毒（HCV）基因分型情况进行分析，为HCV诊断和治疗地区提供有力的依据。方法：利用门诊及住院患者血清HCV抗体阳性标本，经荧光定量PCR检测HCV RNA阳性的62例标本用基因芯片进行不同基因分型检测。结果：检测HCV感染标本62例，共检出7种基因亚型，分别为1b、6型、2a、1b+ 2a、1b+ 3a、3a和3b，其中1b占72.6%，6型占8.8%，2a 占7.8%，1b+ 2a占5.9%，1b+ 3a占2.9%，3a占1.0%，3b占1.0%。结论：HCV基因型主要为1b与中国南方地区HCV基因型分布比较一致。按照年龄分组20岁以下4例，占6.45%，20～ 30岁12例，占28.6%，30～ 40岁15例，35.7%，40～ 50岁5例，占11.9%，50～ 60岁8例，占19.5%，60岁以上18例，占42.8%。青壮年和有吸毒史、外伤手术史、输注血液制品史的人群阳性率较高。【关键词】丙型肝炎病毒；基因芯片；基因分型【中图分类号】R512.6+3【文献标识码】A【文章编号】1276-7808（2017）04-146-01 Analysis of Hepatitis C Virus Genotyping in 62 Cases Abstract：Objective：To analyze the genotype of hepatitis C virus（HCV）in patients with chronic hepatitis C，and to provide a strong basis for HCV diagnosis and treatment. Methods：62 samples of HCV RNA positive were detected by fluorescence quantitative PCR. The genotypes were detected by cDNA microarray. RESULTS：A total of 62 HBV subtypes were detected，including 1b，6，2a，1b + 2a，1b + 3a，3a and 3b，of which 1b accounted for 72.6%，type 6 accounted for 8.8%，2a 7.8%，1b + 2a 5.9%，1b + 3a 2.9%，3a 1.0%，3b 1.0%. Conclusion：HCV genotype is mainly consistent with the distribution of HCV genotype in southern China. According to the age group under the age of 20 in 4 cases，accounting for 6.45%，20 to 30 years old in 12 cases，accounting for 28.6%，30 to 40 years old in 15 cases，35.7%，40 to 50 years old in 5 cases，11.9% Cases，accounting for 19.5%，over 60 years of age in 18 cases，accounting for 42.8%. Young adults and the history of drug addiction，trauma surgery history，infusion of blood products in the history of the positive rate of high population. Key words：hepatitis C virus；gene chip；genotyping 前言：丙型病毒性肝炎的发病率比较高，非常容易造成慢性病毒性肝炎、肝硬化等疾病，而这些病变的形成与其病原丙型肝炎病毒（HCV）的某些重要生物学特性有关。我国感染丙型肝炎病毒及新发患者数是非常多的，大部分HCV患者会逐步演变为慢性感染，并根据病程轻重发展为肝硬化或肝癌。HCV病毒基因有较强的变异性，变异位点可以发生在基因组的各个区域，根据变异位点的不同将HCV分为不同型别。由于HCV基因型别不仅与疾病严重性存在相关性，而且与抗病毒治疗和肝细胞癌的发生也密切相关。 1.资料与方法1.1一般资料本次研究采用的是我院2015～ 2017年门诊及住院患者血清HCV抗体阳性标本，荧光定量PCR检测HCV RNA阳性的62例标本（其中男31例，女31例，年龄8～81岁）进行基因分型检测。阴性对照为10例健康体检者血清。仪器用的是ABI7300型全自动PCR扩增仪，美国1285REL#6生物安全柜，日本三洋VIP SERIES- 86℃超低温冰箱。试剂用的是丙型肝炎病毒HCV RNA荧光定量检测试剂盒，购于中山大学达安基因股份有限公司，丙型肝炎病毒基因芯片检测技术由中科院上海微系统与信息技术研究所和瑞芯生物科技有限公司提供。 1.2方法方法用到的是HCV RNA定量检测法，医护人员严格按照丙型肝炎病毒HCV RNA荧光定量检测试剂盒说明书进行操作，先进行RNA提取；逆转录；PCR扩增及荧光检测；然后再对检测结果进行分析，HCV基因分型检测也需要严格按照HCV基因检测芯片说明书进行操作，RNA提取与逆转录；PCR扩增；HCV芯片杂交与显色。 2.结果 62例HCV RNA荧光定量检测阳性结果与HCV基因分型检测结果相符合，10例健康体检者血清检测结果均为阴性，说明基因芯片结果可靠。检测HCV感染标本62例，共检出7种基因亚型，分别为1b、6型、2a、1b+ 2a、1b+ 3a、3a和3b，其中1b占72.5%，6型占8.8%，2a 占7.8%，1b+ 2a占5.9%，1b+ 3a占2.9%，3a占1.0%，3b占1.0%，1b为主要的流行型别，基因型6型已经取代2a成为第二常见亚型，混合基因型感染较多。 3.讨论HCV是一种全球性传染病、给人类健康带来极大威胁的病原体，HCV以血液和性传播为主要传播手段，发病隐匿，症状不典型，加之公众对其认知水平较低，因此病毒的传播不易控制，患者也容易因不能及时诊断而错过治疗的最佳时机。HCV基因型主要为1b与中国南方地区HCV基因型分布比较一致。按照年龄分组20岁以下4例，占6.45%，20～ 30岁12例，占28.6%，30～ 40岁15例，35.7%，40～ 50岁5例，占11.9%，50～ 60岁8例，占19.5%，60岁以上18例，占42.8%。青壮年和有吸毒史、外伤手术史、输注血液制品史的人群阳性率较高。国内外研究表明，HCV不同的基因型对肝脏损伤的程度不同，1b型对肝脏的损伤要比其他型严重得多。HCV对干扰素的应答率也不同，Kandi等，报道HCV 1b型感染多为慢性活动性肝炎，2a型比1b型对干扰素敏感。已证明HCV的基因型能影响抗病毒治疗的效果，感染HCV基因1型或基因4型的患者对使用干扰素和病毒唑的标准治疗反应较差，至少需延长治疗期1年，而且感染基因1型和基因4型的患者比其他基因型者能更快地发展成慢性肝病。HCV是引起人类慢性肝炎、肝硬化及肝癌的主要病原之一。基因分型芯片法，又称基因微矩阵，这种方法是近年来分子生物学及医学诊断技术发展的重要产物，具有非常明显的优点，比如说准确性好，灵敏度高，特异性强，而且简便快速，不需要荧光标记。由于基因芯片可以一次性对大量序列进行检测分析，具有高通量、并行、快速等特点，解决了传统核酸印迹杂交技术操作繁杂、自动化程度低、检测序列少、效率低的缺点，所以在病毒学研究特别是病毒基因表达谱研究、病毒感染的诊断、病毒流行病学研究等方面有广泛应用前景。参考文献：

丙型肝炎病毒基因分型的研究进展

丙型肝炎病毒基因分型的研究进展丙型肝炎病毒是输血后感染肝炎常见的一种病毒，目前其分为6型，其亚型已经超过100个，由于其复制依赖的酶缺乏校对功能，所以易发生突变，这也是丙型肝炎病毒基因组分型的基础。其分型的命名因为采取的标准及使用的分析方法不一样也有不同的命名系统。丙型肝炎病毒基因的检测方法很多，但是不简便经济，而且其与丙型肝炎有很大的关系。标签：丙型肝炎病毒；基因分型；进展研究在如今生活中，除了乙肝是常见肝病外，丙肝患者的比例越来愈高，究其原因主要是人们对于丙肝的感染途径不了解，未对丙肝给予足够的重视。其传播途径主要有：①输血及血制品，尤其是反复输血及使用血制品者，据统计，输血后肝炎70%以上是丙型肝炎。②不正规注射。③伤口未护理。④性接触。⑤母婴传播。在这几种传播途径中，①④⑤最易感染丙肝。在日常生活中，人们需要采取相关防范措施，以免感染丙肝。 1 HCV的结构 HCV的RNA大约有9500－10000bp组成，其5′非编码区有319-341bp，3′非编码区有27- 55bp。在5′非编码区下有一开放阅读框（ORF），其基因排列顺序为5’C-E1-E2-p7-NS2-NS3-NS4-NS5-3，能编码多聚蛋白前体（一长3014个的氨基酸）。经宿主细胞及自身蛋白酶作用可裂解成三种结构蛋白，其分别为核心蛋白、糖蛋白、非结构蛋白三种。HCV基因标记有很多种，如GP72，其基因标记为E2/NS1。其糖蛋白能产生抗HCV的中和作用。还有NS2、NS3、NS4等基因标记。 NS2和NS4的功能可能与细胞膜紧密结合在一起。NS3参与解旋HCV-RNA 分子，具有螺旋酶活性，以辅助RNA复制，NS5参与HCV基因组复制，依赖于RNA的聚合酶活性。 2 HCV的分型及地理差异目前HCV分型尚无统一的定论，这是因为在研究的过程中采取的技术及研究的位置不一致，因而出现了很多基因分型，这些基因分型没有同一的标准。综合各个国家的研究结果，大致上可分为6型，其亚型很多。而且HCV感染有很大的地域差异。比如欧洲国家主要是HCV-Ⅰ型感染，亚洲国家主要感染Ⅱ型。在我国，很多患者为Ⅱ型感染，其次为Ⅲ型感染，但是有些地区Ⅲ型感染率超过Ⅱ型感染率，从这里来看，丙肝感染并不是一成不变的，还跟地区有很大的关系。 3 HCV基因检测方法关于HCV的检测方法有很多，主要有分子学方法和血清学方法两种，其中分子学方法占主要方面，其有：①直接测序法；②限制性片段长度多态性分析法； ③特异性探针杂交法；④基因芯片；⑤遗传系统进化树分析方法；⑥型特异性引

丙型肝炎病毒

丙型肝炎由丙型肝炎病毒（HCV）感染所致，主要由血液/体液传播。据世界卫生组织估计，全球有亿人感染HCV。在我国健康人群抗HCV阳性率为%~%，约3800万人。由于病毒生物学特点和宿主免疫功能等多方面因素，机体免疫往往难以有效清除病毒，致使约 50%~80%HCV感染者发展为慢性肝炎，其中20%~30%将发展成肝硬化。肝硬化患者中每年有1%~4%发展成为肝细胞癌症。一、基因组特征：丙型肝炎病毒呈球形颗粒，直径约为50nm，有一脂质包膜。基因组为单链正链RNA，链长月。整个基因组只有一个ORF，编码一条由3010~3033个氨基酸组成的聚蛋白前体，该蛋白前体在病毒蛋白酶和宿主信号肽酶作用下，裂解为病毒的结构蛋白和非结构蛋白。（如图所示）在HCV基因组中，5’端有一个长度和序列非常稳定的非编码区（UTR），由341个核苷酸组成，形成4个二级结构域，为病毒复制和翻译所必需。此区是整个基因组中最保守的区域，所以常常选择该区域的基因序列作为基因扩增的靶序列，这样可以检测出目前已知的所有HCV基因型。3’端UTR包括3个结构域：靠近5’端为基因型特异的多变区（不同基因型之间的核苷酸序列差异较大；相同基因型之间核苷酸序列比较保守）；居中部分为一个多聚U区域（poly U），含有50~62个核苷酸，对病毒RNA复制至关重要，但不同基因型的HCV的多聚U区域长度不等；3’端尾部为高度保守的发夹样结构，称为X-tail。通过定点突变破坏这一结构会导致RNA病毒复制的显著降低，说明该区域对RNA病毒有效复制同样重要。5’端和3’端UTR之间是一个ORF并且分成9个区域：核心区→E1区→NS1/E2区→NS2区→NS3区→NS4a区→NS4b区→NS5a区→NS5b区。其中NS5b区域在不同型HCV中同源性较低，可作为HCV分型依据。二、分类急性丙型肝炎——成人急性丙型肝炎病情相对较轻，多数为急性无黄疸型肝炎，ALT升高为主，少数为急性黄疸型肝炎，黄疸为轻度或中度升高。可出现恶心，食欲下降，全身无力，尿黄眼黄等表现。单纯丙肝病毒感染极少引起肝功能衰竭。在自然状态下，其中仅有15%的患者能够自发清除HCV达到痊愈，在不进行抗病毒治疗干预的情况下，85%的患者则发

临床试验总结报告的撰写

临床试验总结报告的撰写定义：是反映药物临床研究设计、实施过程，并对试验结果作出分析、评价的总结性文件，是正确评价药物是否具有临床实用价值（有效性和安全性）的重要依据，是药品注册所需的重要技术资料。基本准则：真实、完整地描述事实科学、准确地分析数据客观、全面地评价结局结构与内容：药品名称：资料项目编号：33-Ⅱ ****II期临床试验研究报——以***为对照药评价***治疗***安全性有效性的分层区组随机、双盲双模拟、平行对照、多中心临床研究研究机构名称：***（负责单位）（盖章） ***（参加单位）（盖章）研究机构地址及电话： **省**市**** **** 主要研究者： *** 主任医师（签名）：试验起止日期：****年**月－****年**月原始资料保存地点：***医院联系人姓名：*** 联系人电话：**** 申报单位：***（盖章）报告签名报告题目：主要研究者声明及签名我已详细阅读了该报告，该报告客观、准确描述了试验过程和结果。 ***医院 ***医师（签名）：年月日研究负责人签名 ***医院 ***医师（签名）：年月日

统计分析负责人签名 ***医院 ***医师（签名）：年月日申办者声明及签名我们对该临床试验的全过程进行了监查，试验按临床试方案进行，我们已详细阅读了该报告，该报告客观、准确描述了试验过程和结果。 ***公司负责人：***（签名）：年月日监查员：***（签名）：年月日执笔者签名 ***医院 ***医师（签名）：年月日报告目录缩略语论理学声明报告摘要试验目的试验方法讨论结论参考文件附件缩略语缩写中文全称英文全称 ALT 丙氨酸氨基转换酶alannine transaminase RBC 红细胞red blood cell WBC 白细胞white blood cell N 中性粒细胞neutrophilic granulocyte L 淋巴细胞lymphocyte PLT 血小板blood platelet

I期临床试验总结报告样本

SFDA临床试验批准号：2002XXXXXX号 XXX注射液 Ⅰ期临床人体耐受性试验总结报告试验单位：XXXXXXXX医院试验负责：XXX 试验设计：XXX，XXXX 试验日期：2003年X月X日至X月X日申办单位：XXXXX有限公司 (以下仅提供报告格式，其数据和文字均为虚构，如有巧合，纯属偶然；数据前后有矛盾之处，也请原谅) XXX注射Ⅰ期临床人体耐受性试验总结报告摘要单次给药的耐受性试验：30名健康受试者，根据体重和性别随机分配到7个剂量组（组1、组2、组3、组4、组5、组6、组7）。组1、组2每组2人；组3、组4、组5每组6人；组6、组7每组4人。参照费氏递增法（改良Fibonacci法）递增给药，各组分别静脉滴注XXX注射液5、10、20、30、40、50、60ml，滴速20-30滴/min。每个受试者只接受一个相应的剂量，从小剂量开始，每个剂量应用后未见不良反应，才可用下

一个剂量。观察给药后健康人体对XXX注射液的反应和耐受性。多次（累积）给药的耐受性试验：12名健康受试者根据体重和性别随机分配到甲、乙两个剂量组，每组6人。分别静脉滴注XXX注射液20、10 ml，滴速20-30滴/min，连续5d。结论：（1）每次按10 ml/次给药，有可能引血胆红素轻度增高或尿胆原阳性，但受试者无明显不适，因此推荐II期临床试验为10 ml/次；15 ml/次有可能引起血胆红素轻度增高或尿胆原阳性，但风险不会太大，可在严密监护下尝试。20 ml/次虽然引起的不良反应尚属轻度，但发生的频度较高，慎用。（2）10 ml/次就有可能引起轻度不良反应，主要为血胆红素轻度增高或尿胆原阳性，但受试者无自觉症状。20 ml/次可引起的不良反应有所增加。这种血胆红素轻度增高或尿胆原阳性，且两次重复结果相近，推测是药物引起的轻度溶血所致。其他主要不良反应为口干（2例）、头晕（1例）、皮疹（1例）。根据国家药品监督管理局XXX号批文的要求，按照《新药审批办法》，《药品临床试验管理规范》（GCP），《中药新药临床研究的技术要求》，以及《中药新药临床研究指导原则》和XXX的化学组成、功能主治、药效学、毒理学研究资料，于2003年7月17日～2003年9月20日，对XXX有限公司申报的XXX注射液中药二类新药，进行Ⅰ期临床人体耐受性试验，总结报告如下。 1 研究目的选择健康人为受试者，从安全的初始剂量开始，观察人体对XXX注射液的耐受性，为制定本品的Ⅱ期临床试验给药方案提供依据。 2 临床资料与研究方法病例选择入选标准 1．健康志愿者。 2．年龄在18～50岁，男女各半。 3．体重在标准体重的±10%范围内[标准体重（kg）＝×（身高cm－80）]。 4．无烟酒嗜好。 5．心、肝、肾、血液等检查指标均在正常范围。 6．知情同意，志愿受试。排除标准 1.妊娠期、哺乳期妇女。 2.具有原发性心、肝、肾、血液学疾病者。 3.精神或法律上的残疾患者。 4.有酒精、药物滥用病史。 5.过敏体质（对两种或两种以上药物或食物、花粉过敏史者）。 6.3个月内参加过其他药物临床试验者。 7.正在应用其他预防和治疗的药物者。 8.研究者认为不能入组的其他原因。剔除标准对已被选入本临床研究，属于以下情况之一者，作为剔除病例。 1．不符合纳入标准，或符合排除标准者

进化树分析HCV基因分型

如何进行丙肝基因分型 HCVRNA提取、逆转录、特异性片段Core、NS5b、E1等的扩增，测序在“HCV测序标准流程中”中已经阐述，本文主要从拿到测序结果到建树分型成功来阐述。 1、所用到的软件 BioEdit_700_070404或者sequences scanner：分析测序结果，峰图的质量； DNAman.rar：对特异性片段比对，休整，主要用到他的拼接功能； MEGA 4.rar：用于建立比对（alignment），建树分型。 2、用到的参考序列包括： >D90208-1b >M58335-1b >M62321-1a >M67463-1a >D00944-2a >AB047639-2a >D10988-2b >AB030907-2b >D50409-2c >AB031663-2k >D17763-3a >D28917-3a >D49374-3b >D63821-3k >Y11604-4a >Y13184-5a >AF064490-5a >Y12083-6a >D84262-6b >D84263-6d >D63822-6g >D84265-6h >D84264-6k 3、首选打开测序结果(本文以核心片段core为例)，分析测序结果的峰图质量，去掉测序结果中质量不理想的片段，得到要分析的目的片段A1、A2………… 4、利用DNAman软件寻找参考片段：在DNAman软件中，通过“序列——序列拼接”打开序列拼接窗口，通过添加文件将目的片段与参考序列添加。按“拼接”，显示结果。在显示出来的窗口中，寻找与目的“片段A1、A2…………”对应的“参考片段B1、B2…………”。

临床试验GCP汇总

临床试验G C P汇总集团档案编码：[YTTR-YTPT28-YTNTL98-UYTYNN08]

第九章一、数据管理的目的是什么？答：把试验数据迅速、完整、无误的纳入报告，所有涉及数据管理的各种步骤均需记录在案，以便对数据质量及试验实施进行检查。二、什么叫盲态审核？答：盲态审核（blindreview）是指在最后一份病例报告表输入数据库后，第一次揭盲之前对数据保持盲态的预分析审核，以便对统计分析计划作最后的决定。三、什么叫质疑表？由谁传送？能不能通过电话传达质疑表的内容？答：质疑表（?querylist,queryform）是数据管理员再次检查病例报告表发现任何问题后，及时通知检查员，要求研究者作出回答的文件。检查员、研究者、数据管理员之间的各种疑问及解答的交换都由质疑表完成。质疑表应保存备查。质疑表必须由检查员亲自传送给研究者，不能通过电话传达。四、什么叫结果锁定？答：结果锁定指在盲态审核认为所建立的数据库正确无误后，由主要研究者、药物注册申请人、生物统计学专业人员和保存盲底的有关人员对数据库进行锁定。此后，对数据库的任何改动只有在以上几方人员同意（可书面形式）的情况下才能进行。五、临床试验统计分析中常用那两种分析方法？答：1.PP分析（合格病例分析）对完成治疗方案，且依从性好的病例分析。 2.ITT分析（意向性分析）对所有的病例进行分析，包括合格、脱落，出现不良反应的病例的分析。六、什么是ITT？什么是FAS？答：ＩＴＴ是Intention-To=Treat的缩写，即意向性。指所有经随机化分组，分配了随机号的全部病例，也称为愿意治疗人群。意向性分析时其中未能观察到全部治疗过程的病例资料，用最后一次观察数据接转到试验最终结果，对疗效和不良事件发生二进行意向性分析。ITT的误差较大。 FAS是全分析集（FullAnalysisSet）指尽可能接近符合ITT原则的理想的受试者人群。它应包括几乎所有的随机化后的受试者。只有在导入期中被排除而未入组或者入组后没有任何的随访数据才能从FAS人群中排除。即只要服用了一次药，做了一次有效检测的受试者都应入FAS。七、什么是PP？答：PP是Pet-Protocol的缩写，即符合方案集。指所有符合试验方案、依从性好（如接受治疗、主要指标可以测定等）、试验期间未服禁止用药、完成CRF规定填写内容的病例，对其疗效统计分析。八、ＩＴＴ和ＰＰ有何关系？