RNA干扰在植物中的作用机理及其应用研究进展

RNA干扰在植物中的作用机理及其应用研究进展
RNA干扰在植物中的作用机理及其应用研究进展

西北植物学报,2008,28(9):1920一1927

ActaBot.Boreal.-Occident.Sin.

文章编号:1000—4025(2008)09—1920-08

RNA干扰在植物中的作用机理及其应用研究进展

马超,郝青南,马兵钢

(石河子大学农学院,新疆石河子832003)

摘要:RNA干扰(RNAi)是广泛存在于生物中的一种现象,它是小干扰RNA诱导的转录后基因沉默,是生物抵抗异常DNA的一种保护机制,同时在生物生长发育过程巾调控基因的表达。本文综述了近年来有关RNA干扰的发现、作用过程及其机理,分析了它与反义寡核苷酸、核酶、脱氧核酶的不同,并介绍了RNA干扰在植物基因功能、植物抗病毒、作物品种改良等方面的应用,为siRNA干扰的进一步利用提供参考资料。

关键词:RNA干扰;siRNAT扰;植物病毒

中图分类号:Q789文献标识码:A

TheProgressofRNAInterferenceTechniqueinPlant

MAChao,HAoQing—nan,MABing—gang。

(AgriculturalCollege,ShiheziUniversity,Shihezi,Xinjiiang832003,China)

Abstract:RNAinterferenceiSanphenomenoncommonlyexistedinorganisms.ItiSoneofthemechanismoforganismself-protectionindefendingabnormalDNA.Itcouldalsoregulategeneexpressionduringthegrowthanddevelopment.RNAinterference(RNAi)isapost—transcriptionalgene-silencingphenomenonin—ducedbysmalIinterferingdouble—strandedRNA(dsRNA).ThediscoverandeffectofRNAinterferenceweresummarizedinthispaper,accordingtotheresearchprogressintheseyears.Andthedifferenceamongantisenseoligodeoxynucleotide,ribozymeanddeoxyribozymewasanalyzed.InordertoprovidereferencefortheutilizationofsiRNAinterference,siRNAapplicationsinplantgenefunction,viralinfectionresist-anceandcropqualityimprovementwerealsodiscussedinthispaper.

Keywords:RNAinterference;shortinterferingRNAinterference;plantvirus

RNA干扰是20世纪90年代被人们发现的一种生物新技术。1990年在进行转基因植物有关研究时偶然发现,将全长或部分基因导人植物细胞后可抑制一些内源性基因不表达,如:梨ACC氧化酶基因…、百合ACO基因【20等,但这些基因的转录并无任何影响,并将这种现象称为基因转录后沉默(post—transcriptionalgene-silencing,PTGS)L引。近年来的研究表明,一些小的双链RNA可以高效、特异地阻断体内特定基因表达,促使mRNA降解,诱使细胞表现出特定基因缺失的表型,由于这是一种在RNA水平的基因表达抑制,故也称为RNA干扰(RNAinterferenceRNAi,也译作RNA干预或者干扰)。

RNA干扰(RNAinterference,RNAi)现象最初在线虫中发现,后在多种生物中也同时被发现。当外源或内源性的双链RNA(double—strandedRNA,dsRNA)导入细胞中,与dsRNA同源的mR—NA会被降解,因而其相应的基因受到抑制。这种

收稿日期;2008—04—03;修改稿收到日期:2008—08—13

基金项目:国家自然科学基金项目(30460081);新疆自治区高校科研计划(XJEDU2005S15);石河子大学青年骨干教师资助项目(NX01012)

作者简介:马超(1983一),男,在读硕士,主要研究方向为园艺植物种质资源及生物技术。E?mail:mchjlll@126.corn

*通讯作者:马兵钢,博士,副教授.硕士生导师,主要从事园艺植物种质资源及生物技术研究。E-mail:mbg_agr@shzu.edu.cn

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转录后基因沉默机制首先在线虫中得以证实[7]。随后发现,在多种生物如:果蝇¨J、拟南芥菜‘5|、小鼠‘6]等均发现存在dsRNA介导的RNAi现象,表明RNAi可能是生物中普遍存在的在RNA水平上调节基因表达的方式。RNAi的发现掀起了dsRNA介导的基因沉默作用(gene-silencingeffect)分子机制及其生物学功能研究的热潮,RNAi技术正在成为RNA研究领域的热点。1

RNA干扰的作用机理

1.1

RNAi的发现

1998年,Fire等[73发现双链RNA(dsRNA)能够特异性地阻断与其高度同源的基因的表达后,RNAi就引起了植物学家的重视。同年Water—house等凹3就在植物中插入可以形成发夹结构的转录本的转基因的重复序列,发现它可以有效地触发基因沉默。之后Kalantidis等[91将双链干扰RNA导人烟草中,成功地获得了抗病毒植株。越来越多的实验研究证明RNAi作用可以有效地降解靶序列,引起基因沉默。

1.2

siRNA是RNAi的中间效应分子

近年来研究发现,长的双链RNA在类似于

RNaseln的Dicer酶作用下,通过核酸内切作用,以ATP依赖的方式在胞浆中断裂生成21~23个核苷酸(nt)的特殊双链RNA分子,由于其为RNAi的触发物,故称干扰性小RNA(small

interfering

RNA,或shortinterferingRNAs,siRNA),它是

RNA干扰作用(RNAi)赖以发生的重要中间效应分子,即siRNA的序列与所作用的靶tuRNA序列具

有同源性[1引。研究表明,在长链RNA被切割成siRNA的过程中Dicer酶起关键作用111]。长的dsRNA可以在体外经化学方法合成,经喂饲或显微注射的方式进入细胞,再经Dicer切割产生siRNA;也可在体外转录siRNA再转染细胞;也可构建质粒,或经逆转录病毒载体或腺病毒载体在体内转录生成siRNA。

Dicer酶是一种核酸内切酶,属于RNaseIll酶家族的成员之一。Dicer酶的作用模式如图1【123所示,从图1中可以看出PAZ结构域首先识别双链RNA分子3’端突出的两个单链碱基,起锚定作用,dsRBD结构域识别并结合双链RNA分子57端,与PAZ结构域联合固定Dicer酶,最后在RNaseln活性域的作用下切割双链RNA分子成siRNA分子。siRNA是RNAI的效应物,两条单链末端具有5’磷酸基团和3’末端具有2个核苷酸突出的非配对的碱基。这种结构对于siRNA有效的引发RNAi反应是相当重要的。Elbashir等¨31的研究显示,把大小为2l~23个碱基对的siRNA加入细胞裂解液的系统,能有效的降低细胞浆中的tuRNA。为了证明siRNA就是RNA干扰中的直接中介物,Tomari等[1们用RNA内切酶处理果蝇细胞内与目标基因,发现只有同源的双链RNA才能有效的降解tuRNA。

研究表明,双链siRNA形成后与一种蛋白复合物相结合,这种蛋白复合物含有一个siRNA和一个蛋白核酸酶分子,在siRNA的指导下,蛋白复合物形成了一种有活性的RNA诱导的基因沉默复合体

RISC(RNA-inducedsilencing

complex),然后RISC

中的siRNArJI导沉默复合物识别靶向同源mRNA,

图1

Dcier酶作用模式u23

Fig.1

Modelofdicer

complex[12]

西北植物学报28卷

接着RNA解旋酶完成靶向mRNA与siRNA正义链换位,在少量ATP参与的情况下RNase在距离siRNA3’端12个nt处切割靶mRNA,并使其降解,从而达到转录后基因沉默(PTGS)的结果[1引。哺乳动物中的RNAi主要以RISC为主,但植物中的RNAi还以另外一种形式进行,即RNA依赖型RNA聚合酶RdRP(RNA-directedRNApolymer—ase)D63。在RdRp介导的沉默中:首先被导入的dsRNA直接与目标mRNA形成双链,然后在Dicer作用下形成siRNA,再进一步以siRNA的反义链为引物,目标mRNA为模板,在RdRP作用下发生类似PCR反应,形成新的dsRNA,新形成的dsR—NA被Dicer再次切割形成siRNA,达到干扰目的基因表达的效果(1川,如图2[181所示。

图2RISC与RdRp作用模式‘”3Fig.2ModelofRISCandRdRpEl8]

1.3siRNA干扰的放大效应

冯斗等cl钉在研究RNA干扰机制时发现,很少量的RNAi片段就可以获得高效的干扰效果,期间存在高效的扩增机制,才使少量的双链RNA分子就足以在相当长的时问内稳定地降解持续表达的目标基因mRNA分子。现在大多学者认为siRNA能通过细胞内的RNA依赖型RNA聚合酶RdRP的作用,以RNA干扰起源的双链RNA分子,或者一目标mRNA分子作为模板,合成新的双链RNA分子,再通过Dicer的加工作用,产生出大量的siR-NA,以补充细胞内消耗和降解的siRNA分子,这样反复进行,达到高效的抑制作用,这种现象就是siR-NA干扰的放大效应,也称为siRNA的扩增,产生的新的siRNA称为二级siRNA分子[21|。Sijen等[231在研究RdRp参与RNA干扰时发现,设计用来沉默GFP—LacZ融合基因siRNA在经过Dicer切割后产生的二级siRNA不仅能切割降解LacZmR-NA,还能降解GFPmRNA,说明经过RdRp的机制扩增后,siRNA不仅在数量上大大增加了,而且其沉默的目标mRNA谱也广了,也就是说经过RdRp的机制产生的二级siRNA与最初设计投入细胞的初级siRNA存在差异。在植物体内,通过RdRp扩增的siRNA不仅在同一个细胞内维持基因沉默效应,这些小分子RNA还能通过细胞内的运输通道送到植物体的其它细胞内,执行基因沉默功能,把siRNA的功能扩展到整个植物体内伽]。许多研究表明,在发生RNA沉默的细胞裂解液中存在作用不同的21~23nt的siRNA和24~26nt的siRNA,而且普遍认为21~23nt的siRNA能够进行短距离的信号传导[2引。Himber等瞳们研究不仅证明了上面的观点,而且发现在RNA沉默启动后21~23nt的siRNA独自移动的距离为10~15个细胞,而24~26nt的siRNA很可能参与长距离的干扰信号的传导,其机理可能是24~26nt的siRNA在侵染的组织中合成后,作为一种韧皮部特定的信号分子引起新生叶导管中产生21~23nt的siRNA,随后,细

胞中的沉默将独立进行。

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2siRNA干扰与反义寡核苷酸、核酶、脱氧核酶的作用机制比较

反义寡核苷酸主要指根据碱基互补原理,用人工合成或生物体合成的一类反义脱氧核糖核苷酸(antisenseoligodeoxynueleotide,ASODN),以互补的核酸链能够形成双股螺旋的原理为基础,利用反义基因转录的反义RNA来抑制目标性状中靶基因的表达,阻断RNA加工处理和翻译,进而达到修饰目标性状的目的[2…。siRNA干扰与反义寡核苷酸技术有许多不同,第一,二者的作用位点不同,反义寡核苷酸技术作用于DNA链起始密码子上游第25个脱氧核糖核酸,而siRNA作用于mRNA起始密码子下游70个碱基后的核糖核酸序列[21|。第二,RNAi技术中siRNA序列选择余地大,可以用于研究单基因功能或基因家族或具有高度相似性的一组基因中的单个基因的功能,如Miki等[25]将水稻OsRac基因家族的7个成员通过RNA干涉技术分别被特异抑制,把基因家族成员的3’非翻译区作为反向重复序列构建RNA干涉载体,结果3个成员被高效抑制。第三,siRNA干扰具有放大效应,对目标基因的沉默效应很高,而反义寡核苷酸对目标基因的沉默效应较低,且没有放大效应[2引。Soo等[273在烟草中通过转入反义的ACC合成酶(CAS)和ACC氧化酶(CAO),阻遏了乙烯的生物合成途径,使腺苷甲硫氨酸流向多胺合成途径,增强了转化株抗非生物胁迫的耐受力。

核酶(ribozyme,Rz)是一类具有催化活性的单链RNA分子(catalyticsinglestrandRNA),能通过Watson—Crick碱基配对与靶RNA结合并在特定的位点特异性剪切靶RNA,同时兼具反义抑制效果。Przybilski等心胡研究发现设计的锤头型核酶序列,在M92+的参与下对拟南芥植物的特定基因有抑制作用,但核酶序列的抑制作用不是横向转移的,而是通过一种独立的未知途径进行。关于核酶的RNA干扰作用的途径有待进一步的研究。

脱氧核酶(deoxyribozyme,DRz)是近年来发现的一类具有催化活性的单链DNA分子(catalytic

singlestrandDNA)。DRz剪切靶RNA的机制与Rz相似,即通过和靶RNA结合并使之由A型构象

向B型构象转变,在一些二价金属离子(M92+)的协助下,使剪切位点处的2,_OH去质子化并对邻近的磷酸基发生亲核攻击,通过两步转酯反应而使靶RNA分子裂解[29|。脱氧核酶在动物和人体上的应用很多,如Hou等[30]针对HBVC基因mRNA设计的脱氧核酶体外剪切效率达1.1×109?tool-1?ml’n~。Liang等[31]设计的脱氧核酶能够有效抑制survivinmRNA,并且有时间和剂量依赖性,能够明显地促进凋亡,抑制胰腺癌细胞株PANC一1的增殖。脱氧核酶在植物上的应用还不多见,但它仍然有其优点。研究表明,DRz是DNA片断,故而比较稳定,而且分子量小,易于人工合成,成本也较低,另外脱氧核酶具有与一般药物相似的动力学特点,对靶RNA水平的抑制程度及时间容易控制[32|。尽管脱氧核酶可以有效地降低细胞内靶mRNA的浓度,但同其它基因灭活因子一样,存在如何有效地进入细胞并准确的在细胞内定位、以及如何对抗核酸酶降解等直接影响脱氧核酶催化效率的问题r33|。

总之siRNA具有不同于上述单链分子的独特的双链结构,siRNA的反义链和正义链对介导RNA干扰均是必需的,但正义链所起的作用尚不明确。siRNA必须在有关协同因子如核酸酶Dicer、RdRp、解旋酶、激酶等存在的条件下才能有效介导靶RNA的裂解,仅仅有siRNA而缺乏这些协同作用因子是不能诱导RNAi效应的,人工合成的siR—NA导入靶细胞后,必须通过模拟天然siRNA在细胞内的处理进程才能最终发挥作用,而且siRNA介导的RNAi具有一定的可遗传性[3¨。

3RNA干扰的应用

在研究生物体早期发育时通常以抑制特定基因的表达来研究该基因在生物体生长发育中的作用。RNA干扰作为一种反向遗传学的研究方法,为后基因组时代的基因功能分析提供了一种可靠而又快速的应用技术平台。

3.1植物基因功能研究中的应用

自2001年《Nature》首家报道在哺乳动物培养细胞中通过siRNA成功诱导了特异性靶基因表达沉默后,RNA干扰技术就作为一项特异性基因沉默的有效工具应用于低等生物高等动植物领域∞引。在水稻和拟南芥的基因组测序完成后,人们获得了众多的候选基因,RNAi为注释和认识这些基因对植物体的作用提供了一种快速、高效的鉴定方法。由于拟南芥是目前植物基因组资源研究最深入的植物种类,所以RNAi技术在植物功能基因组中的研究主要体现在拟南芥功能基因组的研究上。Chuang等[363用RNAi技术证实了AG、CI。V3、API、PAN基因在拟南芥花的发育过程中所起的作

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用。Senthilkumar等口71通过RNAi技术发现2个VHA—c一基因一VHA—c1和VHA—C2,他们在拟南芥生长中通过主动胞外分泌向细胞供给UAPTase,支持扩增细胞的生长。Frankish[381在Ar—abidopsissuecica中使用RNAi的方法证实了通过合理没计双链RNA就可以有效地使一个基因家族沉默。在其它植物中RNA十扰的应用也很广泛。Senthil等[3叩用RNAi技术分析了异黄铜合成酶基因在大豆子叶及根部的作用效果及其对异黄铜积累的影响,证实RNAi对大豆子叶中IFS基因的功能分析有效。Fukusaki等【4叩通过利用RNAi技术成功地诱导查尔酮合成酶一花青素和类黄酮生物合成中的一种关键酶基因沉默,使花的颜色由原来的蓝色变为白色或苍白色。最近McGinnis等[4¨设计由RNA干扰减少目的基因表达的反向重复定位的短基因片段,并将此基因片段导人玉米愈伤组织中,筛选得到了稳定遗传的转基因系。因此,RNAi作为基因功能研究的重要技术,具有简单、快捷、高通量的特点,可以快速获得单一基因差异的转基因植株,对植物基因功能的研究很有益处。

3.2植物抗病毒研究中的应用

利用RNA干扰技术的原理可设计合成与病毒同源的dsRNA,并将其导入植物体,由于植物体的RNA干扰机制对病毒基因组进行特异性切割降解,阻止病毒的复制扩张,从而保护植物体不受病毒危害L42|。自从1986年Powell—Abel等[43]首次将烟草花叶病毒(TMV)的衣壳蛋白(CP)基因导人烟草,获得抗TMV侵染的转基因烟草以来,很多研究人员将病毒的不同基因序列导入植物均获得抗病毒植株。Ma等n4】根据抗水稻矮缩病毒序列,构建了与其相关的RNA干扰序列,导入水稻中,发现对水稻矮缩病毒有很高的抗性。赵明敏等n51以烟草花叶病毒(Tobsccomosaicvirus,TMV)外壳蛋白基因为靶位,设计合成siRNA,通过农杆菌介导的方法导人烟草中,瞬时表达的结果表明设计的干扰序列对TMV有明显的抑制作用。此外,同源于TMV外壳单边的siRNA瞬时表达对非同源的黄瓜花叶病毒(Cucumbermosaicvirus,CMV)没有抑制作用,这表明siRNA干扰作用具有高度的同源依赖性。另外,Andika等【461证实RNAi诱导的抗甜菜坏死黄色叶病毒(Beetnecroticyellowveinvirus,BNYVV)在叶中比根部有效。虽然利用siRNA干扰技术对抵抗植物病毒有一定的作用,但是最近的研究发现病毒中含有能编码抑制植物对病毒RNA

干扰的蛋白质,目前人们还不清楚其机制,这些沉默抑制蛋白在对沉默的抑制方面各具特点,但对siR—NA干扰都有一定的抑制作用[4川。如Varqason等[48]发现P19蛋白(一类由番茄丛矮病毒科病毒编码的蛋白质,分子质量为19kD)可以特异性的结合21~25nt的siRNA形成复合物,阻止RISC的形成从而降低参与到RNA干扰中或扩散至其它组织引发RNA干扰的dsRNA的数量,使沉默作用不能维持,结果导致沉默抑制效应。

3.3作物品种改良中的应用

长期以来人们都采用常规育种的方法改良作物的品质,常规育种方法在改善食物营养方面取得了卓有成效的成功,但育种年限长,并且对于作物性状的改良只限于已经得到的突变体材料,而利用RNA沉默技术,可操作基因的范围和突变的种类扩大了,而且对目的基因的表达有了可控性¨引。王洲[5叩构建了两个抑制矮牵牛查尔酮合成酶(CHS)基因表达的RNA干扰载体pBll21-CHS,并用基因枪转化和农杆菌介导的遗传转化方法转入矮牵牛植株中,发现其对矮牵牛花色产生部分干扰效应。李加瑞等f511利用RNA沉默技术进行小麦淀粉品质改良的研究,使颗粒结合型淀粉合成酶(Granule-boundstarchsyn—thaseI,wAXY)基因沉默,得到了直链淀粉含量明显下降的植株。张银波等[521利用RT—PCR技术克隆到了油菜PEP基因片段,并构建了对应于PEPase基因的RNAi载体,用RNAi技术抑制油菜PEPase基因的表达,使代谢流偏向油脂合成,从而提高油菜籽粒中的油脂含量。对siRNA干扰在番茄中的应用研究较多,Davuluri等[533利用一个果实特异启动子在番茄中沉默内源的光形态发生调控基因DETl,提高了类胡萝卜素和类黄酮含量,但却不影响野生型的其它特性;Xiong等∞刈人根据ACC氧化酶基因的序列,利用RT—PCR技术,设计出siRNA干扰结构,通过遗传转化,69%的转化植株表现出100%的RNA干扰效果,番茄果实从破色期到成熟期需要120d;18%的植株表现出50%干扰效果,果实从破色期到成熟期需要30d,而对照果实从破色期到成熟期只需5d。万群等[5朝根据番茄红素环化酶基因序列构建了siRNA干扰结构,将其导人番茄中,发现转基因番茄果实中番茄红素含量均比对照高,番茄红素的平均含量是对照的2.1倍,其中1号转基因番茄果实中番茄红素含量增加最多,是对照的2.6倍。从以上成果可以看出,利用RNA干扰技术可以有效地提高或抑制直目的

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基因的表达,这对作物品质改良有非常积极的意义,且育种年限短,对年改良作物品种十分有益。

4结语

作为生物界普遍存在的机制之一,RNA干扰技术在维持基因组稳定,防御外来遗传物质入侵,调控基因表达等方面起着重要作用。随着对RNA干扰认识的逐步深入,RNAi机制的进一步阐明,以及RNA干扰技术的日臻完善,为深入了解植物与病毒之间的互作关系提供了有力的理论依据。RNAi技术已经作为一种新的技术方法,在各个生物研究领域内广泛应用并取得了很多重要成果,因此RNAi为大规模高效而复杂的功能基因组学研究提供了一个便捷的平台,也是植物遗传改良的有力工具。此外,RNAi技术将可能成为研究细胞信号传递途径与基因治疗的新途径之一。但是,RNAi作为一项新兴的分子生物学技术,其发展仅数年时间,大多数研究是在细胞水平进行,RNAi技术对整个生物体的影响仍不明确,对作用于不同靶位RNAi的效应存在差异的机制。因此,RNAi技术的安全性和稳定性等问题仍有待进一步深入研究。

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JournalofIntegrativePlantBiology0.9046中国野生植物资源0.58513热带及亚热带植物学报0.8187植物分类学报0.36714注;资料来源于中国科学技术信息研究所2007年版《中国期刊引证报告》(扩刊版),科学技术文献出版社。

(襞阿卫提供)

RNA干扰在植物中的作用机理及其应用研究进展

作者:马超, 郝青南, 马兵钢, MA Chao, HAO Qing-nan, MA Bing-gang

作者单位:石河子大学农学院,新疆石河子,832003

刊名:

西北植物学报

英文刊名:ACTA BOTANICA BOREALI-OCCIDENTALIA SINICA

年,卷(期):2008,28(9)

被引用次数:2次

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相似文献(10条)

1.学位论文游牧siRNA干扰Bmi-1对膀胱癌5637细胞增殖抑制作用的研究2009

目的:Bmi-1作为一种原癌基因,它的高表达是肿瘤发生和产生耐药性的重要原因之一。因此,利用RNA干扰技术,通过抑制原癌基因的表达,达到促进肿瘤细胞凋亡的目的,是目前正积极探索的一条新的肿瘤治疗途径。本研究通过构建反义Bmi-1的质粒并转染膀胱癌5637细胞,使其产生的反义mRNA封闭膀胱癌5637细胞中Bmi-1的表达,以观察其对膀胱癌5637细胞生长的抑制作用以及对膀胱癌5637细胞株生物学性质的影响,从而探讨反义Bmi-

1抑制膀胱癌5637细胞增殖的作用机理,为膀胱癌的治疗提供新的思路。

方法:1.根据siRNA的设计原则、载体的酶切位点、promage公司在线siRNA设计程序以及GenBank中Bmi-1的编码序列,合成针对。Bmi-1核心编码区的寡聚核苷酸片段,并将靶位点的序列、阴性对照的序列和相应的基因组数据库进行比较,排除那些和其他编码序列同源的序列,设计合成相应的小发夹RNA(short hairpin RNA,shRNA)。

2.与pGeneClipTM质粒退火连接,构建针对Bmi-1的siRNA重组质粒pshRNA-Bmi-1及阴性对照的重组质粒pshRNA-错配。

4.在体外转染中利用脂质体将重组质粒导入膀胱癌5637细胞中。

5.用MTT法检测RNA干扰对膀胱癌5637细胞活力的影响并确定最佳反应条件。

6.利用RT-PCR检测Bmi-1的mRSA转录水平的变化。

7.倒置显微镜下观察膀胱癌5637细胞形态的改变。

结果:

1.经电泳确证针对Bmi-1基因的shRNA重组质粒pshRNA-Bmi-1及阴性对照的重组质粒pshRNA-错配构建成功。

2.转化感受态细胞成功后生成大量重组质粒克隆

3. siRNA干扰Bmi-1基因导致bmi-1基因表达明显减少、细胞凋亡并显著抑制肿瘤细胞的生长。MTT法可见空转染组及pshRNA-错配对膀胱癌5637细胞细胞无显著抑制作用(P>0.05),两组pshRNA-Bmi-1对膀胱癌5637细胞均有明显的抑制作用(P<0.05);确定阳性处理组半数致死浓度为:1×10-

8mmol/L,时间为48小时;两组阳性处理组间抑制率无明显差别(P>0.05);阳性处理组中膀胱癌5637细胞生长均呈不同程度地减慢,随着时间的延长,抑制率增加,随着浓度的增加,抑制率也得到增加,表现为细胞生长受到siRNA浓度及时间的双重影响;

4. RT-PCR后通过图处理软件分析条带的灰度值,可见正常对照组、空白对照组与两组阳性处理组(加入siRNA1组及加入siRNA2组)之间的灰度值比较具有显著统计学意义(P<0.05),而正常对照组、空白对照组、阴性处理组(加入siRNA1-错配1)、阴性处理组(加入siRNA2-错配2)几组灰度值未见明显改变(P>0.05);

5.倒置显微镜下可见正常对照组、空白对照组、阴性对照组膀胱癌5637细胞细胞体外生长活跃,而阳性处理组则细胞生长缓慢。

结论:

1.构建的两组重组质粒pshRNA-Bmi-1均能够有效地作用于膀胱癌5637细胞,克服了合成RNA成本高费用大、转染率低的缺点,更有利于RNAi技术的推广和应用。

2.生物学活性实验证明,siRNA干扰后Bmi-1基因表达明显降低并显著抑制细胞的生长。同时验证了Bmi-1基因的RNA干扰在进行抗肿瘤的治疗中有潜在的应用前景。

2.学位论文陈琳siRNA干扰survivin基因对K562细胞分化及化疗敏感性的研究2008

目的:应用小分子干扰RNA(siRNA)技术抑制survivin基因的表达,观察重组质粒对K562细胞分化及化疗敏感性的影响并探讨其机制,为临床白血病治疗提供理论依据。

方法:

1.转染survivin重组质粒对K562细胞survivin mRNA和蛋白表达的影响。实验分三组:RNAi组、脂质体组、空白组。经阳离子脂质体介导的方式进行转染。转染48小时后RT-PCR检测survivinmRNA表达情况,免疫组织化学法检测survivin蛋白表达。

2、重组质粒对K562细胞分化影响。实验分三组:RNAi组、脂质体组、空白组。转染48小时后用光学显微镜检查细胞的形态变化,RT-PCR方法检测c-myc、c-fos mRNA表达情况,免疫组织化学法检测c-myc、c-fos蛋白表达,流式细胞仪检测细胞表面分子CD1

3、CD33表达情况。

3、阿霉素对K562细胞的抑制作用。实验分两组:RNAi组、空白组。用MTT法测定不同浓度的阿霉素对各组K562细胞的抑制率,根据其对K562细胞的抑制情况选择浓度为0.2ug/ul的阿霉素作用于各组细胞,1小时后流式细胞仪检测各组细胞内阿霉素的荧光强度。流式细胞仪检测各组细胞内阿霉素的荧光强度。

4、K562细胞耐药机制研究。实验分三组:RNAi组、脂质体组、空白组。免疫组织化学法检测各组细胞p-gp、GST-π、TOPOII三种耐药蛋白的表达水平。

结果:

1、survivin mRNA和survivin蛋白在K562细胞中呈高表达,转染重组质粒后survivin表达下调(p<0.05),而脂质体组及空白组无明显变化。

2、RNA干扰组K562细胞转染48小时后细胞形态学出现改变, CD33表达下降(P<0.05),CD13的表达较对照组无明显改变。

3、转染48小时后RNA干扰组细胞c-myc mRNA及蛋白表达较两对照组降低(p<0.05),c-fos mRNA及蛋白与对照组相比表达无明显改变(P>0.05)。

4、阿霉素对K562细胞的抑制作用呈浓度依赖性,浓度越大抑制作用越强。RNA干扰组K562细胞对阿霉素敏感性较对照组增高(P<0.05),RNA干扰组细胞内阿霉素平均荧光强度为120.71,较两对照组明显增高(P<0.05)。

5、RNA干扰组K562细胞耐药蛋白GST-π表达下降(P<0.05)。

结论:

1、重组质粒pshRNA-survivin可下调K562细胞survivin mRNA和蛋白表达。

2、survivin基因与K562细胞的分化有关,但诱导其向粒系分化可能性小。

3、RNA干扰survivin基因可增加K562细胞对阿霉素的敏感性。

4、RNA干扰survivin基因可能通过降低耐药蛋白GST-π的表达增加K562细胞对阿霉素的敏感性。

3.期刊论文欧阳溪.陈俊霞.何晓燕.褚颖豪.夏俊RI基因siRNA干扰质粒的构建及其对人膀胱癌细胞迁移和侵袭能

力的影响-中国生物制品学杂志2009,22(5)

目的 构建核糖核酸酶抑制因子(RI)基因siRNA干扰质粒,并检测其对人膀胱癌细胞BIU-87迁移和侵袭能力的影响.方法 设计并构建针对RI基因mRNA的2个特异性siRNA表达载体和1个无同源性的阴性对照载体,经酶切和DNA测序鉴定后,转染BIU-87细胞,通过RT-PCR、Western blot和免疫细胞化学法检测干扰的有效性.光镜及HE染色观察细胞形态的改变,黏附试验、划痕试验和Transwell法检测细胞黏附、迁移和侵袭能力的变化,激光共聚焦显微镜观察细胞骨架微丝结构.结果 酶切和测序结果证明干扰质粒构建正确;转染特异性siRNA表达载体的BIU-87细胞RI蛋白的表达水平明显降低,对照组未发生明显改变;转染干扰质粒的细胞堆叠严重,细胞黏附能力显著降低,迁移和侵袭能力显著提高,细胞骨架微丝聚集,伸展出片状伪足.结论 已成功构建RI基因siRNA干扰质粒,其可显著提高膀胱癌细胞的迁移和侵袭能力,说明RI可作为抑制肿瘤迁移和侵袭的有效靶点.

4.期刊论文王齐全.魏小斌.郑健超.Qi-Quan Wang.Xiao-Bin Wei.Jian-Chao Zheng siRNA干扰Slug基因表达对胰

腺癌BxPC-3细胞放射敏感性的影响-世界华人消化杂志2009,17(11)

目的:探讨siRNA干扰Slug基因表达对BxPC-3细胞γ射线敏感性的影响.方法:制备携带有绿色荧光蛋白(GFP)报告基因的siRNA-Slug质粒载体,用脂质体转染法将siRNA-Slug(实验组)、pGCL-GFP(阴性对照)导入BxPC-3细胞(空白对照组),G418筛选阳性细胞,获得稳定转染的阳性克隆.将转染载体的BxPC-3阳性克隆细胞和未转染载体的BxPC-3细胞采用60Co γ射线对其进行照射3Gy.RT-PCR和Western blot检测不同组细胞经γ射线后的Slug、PUMA表达

,MTT检测细胞生长抑制,流式细胞仪(FCM)检测细胞凋亡.结果:实验组细胞内Slug基因被有效沉默;实验组细胞内PUMA蛋白和PUMA mRNA的相对值明显高于对照组(0.98±0.15 vs 0.32±0.08,1.03±0.16 vs 0.38±0.08,均P<0.05).实验组细胞生长抑制率和凋亡率分别高于对照组(37.46%±9.63% vs

2.13%±0.12%,32.4%±9.5% vs

3.47%±0.18%,均P<0.05).实验组细胞受到γ射线作用后,PUMA mRNA和PUMA蛋白表达明显增加,分别为1.26±0.18和

1.23±0.18,生长抑制率和凋亡率增加,分别为78.4%±18.5%和73.3%±17.4%,与射线作用的对照组和阴性对照组比,差异均有统计学意义(均P<0.01).结论:siRNA干扰Slug基因后,解除Slug对PUMA基因的抑制,增强BxPC-3对γ射线的敏感性.

5.期刊论文凌晖.朱亚平.刘芳.李艳兰.文玲.苏琦.LING Hui.ZHU Ya-ping.LIU Fang.Li Yan-lan.WEN Ling.SU Qi

siRNA干扰Chk1抑制人胃癌BGC823细胞增殖的实验研究-中国癌症杂志2010,20(7)

背景与目的:细胞周期检测点激酶1(checkpoint kinase 1,Chk1)与肿瘤的关系及其在肿瘤发生、发展及治疗中的作用是目前研究的热点.为探索Chk1在人类肿瘤细胞中对生长增殖活性和细胞周期的调控作用,本研究旨在观察SiRNA干扰Chk1基因对人胃癌BGC823细胞生长及周期的影响.方法:采用RNAi技术抑制BGC823细胞中Chk1表达,采用Western blot检测转染前后Chk1蛋白表达情况,实验分为未转染组、脂质体组和Chk1 siRNA转染组三组.然后采用MTT法和流式细胞术分析Chk1基因沉默对人胃癌BGC823细胞生长及周期的影响.结果:Western blot检测结果显示,Chk1 siRNA转染24 h后,BGC823细胞中Chk1蛋白相对灰度值为0.11±0.08,明显弱于未转染对照组的0.66±0.21和脂质体转染组的0.70±0.25(P<0.05),而未转染对照组和脂质体转染组之间比

增殖活性下降,其增殖抑制率为48.1%(P<0.05).FCM法检测结果显示,Chk1基因沉默后细胞周期在G0/G1期发生停滞,未转染组24和48 h后细胞在G0/G1期为48.3%和50.2%,转染Chk1 siRNA组细胞在转染24和48 h后G0/G1期增加至63.9%和66.1%,增殖指数(PI)由51.7%(24 h)和49.8%(48 h)减少至36.2%(24 h)和34.4%(48 h).结论:Chk1 siRNA转染可明显抑制人胃癌细胞增殖,且其抑制增殖作用与诱导G0/G1期阻滞有关.

6.期刊论文张敏.黄晓燕.周希.施翔翔.黄芳.张怀勤.杨德业.ZHANG Min.HUANG Xiao-yan.ZHOU Xi.SHI Xiang-xiang.HUANG Fang.ZHANG Huai-qin.YANG De-ye siRNA干扰SLC7a8对NRK-52E细胞摄取左旋多巴的影响-中国病理

生理杂志2010,26(3)

目的:通过RNA干扰(RNAi)技术选择性下调高血压相关基因SLC7a8的表达,探讨对大鼠肾小管上皮细胞(NRK-52E)摄取左旋多巴的影响.方法:设计并合成3个针对大鼠SLC7a8基因的特异性siRNA片段(siRNA-1、siRNA-2、siRNA-3),以含非特异性编码序列的siRNA-con为对照.将上述3个片段及阴性对照通过阳离子脂质体法转染至NRK-52E内,通过流式细胞仪估算转染效率后经RT-PCR初步筛选高效率干扰片段,用Western blotting检测蛋白水平的干扰效率,采用紫外分光光度法检测空白对照组(blank)、siRNA-con转染组和SLC7a8基因特异性沉默组不同时点(6、12、24、36、48、60、72、120 min) NRK-52E内左旋多巴的浓度.结果:流式细胞仪测定siRNA转染NRK-52E效率为94%,RT-PCR初步筛选结果显示siRNA-1、3干扰效率较高,Western blotting检测显示siRNA-3组在蛋白水平的干扰效率较高,而对照组siRNA-con与空白对照组(blank)的SLC7a8 表达差异不明显.通过紫外分光光度法检测NRK-52E对左旋多巴的吸收结果显示干扰组不同时点(6、12、24、36、48、60、72、120 min)细胞内左旋多巴浓度均低于siRNA-con转染组和空白对照组;对照组siRNA-con与空白对照组相比则无明显差异.结论:RNA干扰技术能选择性下调大鼠肾小管上皮细胞SLC7a8的表达水平;SLC7a8基因特异沉默后NRK-52E对左旋多巴的摄取在各个不同时点(6、12、24、36、48、60、72、120 min)均降低.

7.学位论文陈正荣siRNA干扰VEGF-C表达抑制胃癌淋巴生成的实验研究2007

目的:在体外,应用RNA干扰(RNAi)的方法抑制胃腺癌细胞株SGC7901淋巴内皮生长因子-C(VEGF-C)的表达,探讨其抑制SGC7901细胞VEGF-C表达的有效性,并筛选有效的小干扰RNA(siRNA);建立BALB/c裸鼠SGC7901皮下移植瘤模型,在体内,研究瘤内注射siRNA抑制VEGF-C表达能否导致胃癌生长受抑和胃癌淋巴管生成受抑。

方法:体外实验:设计并化学合成siRNA,并通过非变性凝胶电泳(PAGE)纯化;脂质体介导siRNA转染胃腺癌细胞株SGC7901,观察细胞形态变化,并四氮唑盐比色法(MTT)检测细胞增殖;荧光素6-Fam标记的siRNA转染SGC7901细胞,荧光显微镜观察并计算siRNA转染SGC7901细胞的效率;半定量RT-PCR检测不同siRNA实验分组细胞VEGF-C mRNA水平变化;半定量RT-PCR和Western blot法检测经VEGF-C小干扰RNA(VEGF-CsiRNA)干预后SGC7901细胞随时间变化mRNA和蛋白水平的变化。体内实验:裸鼠皮下注射SGC7901细胞构建胃癌皮下移植瘤模型24只,随机分为4组为:siRNA脂质体混合液注射组、单脂质体注射组、单siRNA注射组和PBS注射组,当肿瘤直径达0.5cm,即进行VEGF-CsiRNA瘤内注射,每隔6天注射一次,共注射3次,随后记录各实验组肿瘤体积变化,免疫组织化学法检测各实验组肿瘤组织VEGF--C的表达,并通过抗人CD31和LYVE-1单克隆抗体检测瘤体内血管和淋巴管生成情况。

结果:体外实验:脂质体介导siRNA体外转染SGC7901细胞,VEGF-CsiRNA转染组出现细胞生长减慢,但MTT结果显示未转染组、单用脂质体组和转染VEGF-CsiRNA干扰组细胞凋亡情况无明显差异(P>0.05);6-Fam标记的siRNA和GAPDHsiRNA分别转染SGC7901,显示siRNA在工作浓度为100mmol/L转染效率最优化,其转染效率为37.1%±3.0%,内源性基因GAPDHmRNA下调为未转染组的的65.5%±3-3%;半定量RT-PCR筛选结果显示No.1VEGF-CsiRNA为有效的敲减VEGF-C表达的小干扰RNA,使VEGF-CmRNA下调为对照组的52.5%±2.6%,且在转染后48h左右出现VEGFmRNA的敲减高峰,VEGF-CmRNA水平下调为对照组的43.5%;Western blot检测显示VEGF-C蛋白的表达下调为对照组的32.7%±1.1%,且在转染72h后出现VEGF-C蛋白的敲减高峰,蛋白水平下调为对照组的18.9%。体内实验:VEGF-CsiRNA干扰组较对照组肿瘤生长明显减慢(P<0.001),siRNA加用脂质体干扰组和单用siRNA干扰组肿瘤生长无明显差别(P>0.05)。免疫组化抗人VEGF-C单抗检测干扰组肿瘤细胞VEGF--C染色减弱,和对照组相比VEGF--C表达下调68.3%(P<0.01),同时抗人LYVE-1单抗免疫组化染色表明胃癌组织中淋巴生成减少,干扰组LND值为3.2±1.3,而对照组为9.8±2.7,VEGF-CsiRNA干扰组IND值下降至对照组的

32.7%(P<0.01),而干扰组和对照组的MVD值无明显差异(P>0.05)。

结论:本实验筛选的siRNA能有效抑制胃癌细胞的VEGF-C基因mRNA和蛋白水平的表达,在体外干扰VEGF-C的表达,能使细胞出现生长减慢但不能使细胞发生凋亡。在胃癌动物模型中,瘤内注射VEGF-CsiRNA能显著下调肿瘤组织内VEGF-C的表达,抑制胃癌皮下瘤生长,同时抑制瘤内淋巴管生成,而对肿瘤血管生成无影响。提示下调VEGF-C表达能抑制胃癌淋巴生成。

8.学位论文徐永芳SiRNA干扰对宫颈癌HELA细胞株VEGF表达的影响2007

背景和目的:肿瘤发生与进展和血管生成密切相关。血管内皮生长因子等促血管生产因子是血管生成的强烈刺激剂。RNA干扰自被发现以来成为研究基因功能的强大工具。本研究主要探讨血管内皮生长因子(VEGF)SiRNA干扰对宫颈癌Hela细胞株VEGF的影响。

方法:从基因库中搜索出人VEGF的mRNA链6条(NM001025366.1、NM001025367.1、NM001025368.1、NM001025369.1、NM001025370.1、

NM003376.4),以其同源的CDS部分设计并合成VEGF SiRNA 1、2、3号链,为检验有无非特异性干扰同时合成阴性对照(Negative controlduplex)链,体外脂质体介导转染宫颈癌Hela细胞株,半定量RT-PCR及Westernblot分析转染效果。

结果:转染VEGF SiRNAI、2号链后,RT-PCR显示宫颈癌Hela细胞株VEGFmRNA表达较空白和阴性对照组明显下降,VEGF蛋白水平下降不明显。

结论:RNM存在于Hela细胞中,对VEGF有特异的干扰作用。

9.期刊论文赵环宇.张维铭.陈锦飞.ZHAO Huanyu.ZHANG Weiming.CHEN Jinfei siRNA干扰STAT3基因对食管癌Eca-

109细胞生物学特性的影响-中国肿瘤临床2009,36(24)

目的:探讨RNA干扰技术沉默STAT3信号传导通路对人食管癌Eca-109细胞增殖、细胞周期和凋亡的影响.方法:针对人STAT3基因mRNA序列设计合成3对编码小干扰RNA(siRNA)的DNA模板,将其连入pRNAT-U6.1/neo质粒中,构建STAT3-siRNA表达载体,稳定转染人食管癌Eca-109细胞,利用RT-PCR、Western blot技术分别检测转染细胞中STAT3基因mRNA和蛋白的表达,MTT实验、流式细胞技术检测转染细胞的增殖、细胞周期和凋亡变化情况.结果:成功构建STAT3-siRNA表达载体,经测序鉴定正确.RT-PCR和Western blot结果显示,STAT3-siRNA3表达载体明显抑制了人食管癌Eca-109细胞中STAT3基因mRNA和蛋白的表达,与对照组相比,差异有统计学意义(P<0.01).MTT实验显示,稳定转染siRNA后,siRNA3实验组细胞的增殖能力明显下降,细胞生长抑制卒为

35.68%,较对照组明显升高,差异有统计学意义(P<0.01).流式细胞技术显示,siRNA3实验组出现了细胞周期阻滞和细胞凋亡,细胞周期阻滞于G_0/G_1期,细胞凋亡率为13.26%,明显高于对照组,差异有统计学意义(P<0.01);结论:RNA干扰技术沉默STAT3基因可以有效地抑制STAT3基因的表达,进而抑制人食管癌Eca-109细胞的增殖,引起细胞周期G_0/G_1期阻滞,促进其凋亡.

10.学位论文赵宗刚siRNA干扰人肝癌细胞株HepG2生存素表达的实验研究2007

本研究分为三个部分:

第一部分肝癌组织中survivin蛋白、PCNA的表达及其与预后的关系

目的:探讨人肝癌组织中survivin蛋白及增殖细胞核抗原(PCNA)的表达及其与预后的关系。

方法:应用免疫组织化学染色方法对46例原发性肝癌组织中survivin蛋白与PCNA的表达情况进行检测,并结合临床预后进行分析。

结论:survivin蛋白对促进肝癌细胞快速增殖具有重要作用,survivin蛋白的表达情况可以作为判断肝癌病人预后的重要指标。

第二部分RNA干扰对肝癌细胞survivin基因表达及细胞凋亡的影响

目的:探讨将survivin基因特异性小干扰性RaNA(small interfering RNA,siRNA)转染肝癌细胞hepG2对survivin基因表达及细胞凋亡的影响。

方法:将体外合成的survivin特异性的siRNA序列1、序列2和对照序列,通过Lipofectamin2000分组转染肝癌细胞hepG2,应用RT-PCR及Westcrn印迹方法检测肝癌细胞survivin mRNA和蛋白的变化,应用MTT法及流式细胞技术评价其对体外培养肝癌细胞增殖和凋亡的影响。

结论:Survivin基因特异性siRNA转染hepG2细胞可抑制survivin mRNA和survivin蛋白的表达,并可体外抑制肝癌细胞增殖,诱导肝癌细胞凋亡的发生。

第三部分:RNA干扰Survivin基因联合顺铂对肝癌HepG2细胞凋亡的影响

目的:探讨将survivin基因特异性小干扰性RNA(small interfering RNA,siRNA)转染肝癌细胞hepG2同时联合应用顺铂对survivin基因表达及细胞凋亡的影响。

方法:将体外合成的survivin特异性的siRNA序列和对照序列,通过Lipofectamin2000分组转染肝癌细胞hepG2,24小时后再加入顺铂。应用RT-PCR及Westem印迹方法检测肝癌细胞survivin mRNA和蛋白的变化,应用MTT法及流式细胞技术评价其对肝癌细胞体外增殖和凋亡的影响。

结论:Survivin特异性siRNA转染肝癌细胞可抑制survivin mRNA和survivin蛋白的表达,顺铂对肝癌细胞hepG2的survivin基因表达并无影响,在体外抑制肝癌细胞增殖、诱导肝癌细胞凋亡方面survivin特异性的siRNA和顺铂具有协同作用。

引证文献(1条)

1.马超.马兵钢.郝青南.何娟.王蕾番茄红素β环化酶基因RNAi植物表达载体的构建及遗传转化[期刊论文]-石河子大学学报(自然科学版) 2010(1)

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RNA干扰的作用机制及小干扰RNA的合成方法

RNA干扰的作用机制及小干扰RNA的合成方法 RNA干扰(RNA interference,缩写为RNAi)是指一种分子生物学上由双链RNA诱发的基因沉默现象,其机制是通过阻碍特定基因的翻译或转录来抑制基因表达。当细胞中导入与内源性mRNA编码区同源的双链RNA时,该mRNA发生降解而导致基因表达沉默[1]。与其它基因沉默现象不同的是,在植物和线虫中,RNAi 具有传递性,可在细胞之间传播,此现象被称作系统性RNA干扰(systemic RNAi)[2,3]。在秀丽隐杆线虫上实验时还可使子一代产生基因突变,甚到于可用喂食细菌给线虫的方式让线虫得以产生RNA干扰现象。RNAi现象在生物中普遍存在。 1.RNAi的作用机制 目前关于基因沉默的假说认为,转录后水平的基因沉默,主要包括起始阶段、效应阶段和倍增阶段。 1.1起始阶段 外源性导入或由转基因、转座子、病毒感染等多种方式引入双链核糖核酸(dsRNA),在细胞内特异性与RNA酶Ⅲ(RNAaseⅢ核酸内切酶) Dicer结合,dsRNA被切割成21~23nt 长度的带有3′端单链尾巴及磷酸化的5′端的短链dsRNA,即小干扰RNA(siRNA)。 1.2效应阶段 双链siRNA可以与含Argonauto(Ago)蛋白的核酶复合物结合形成RNA诱导沉默复合体(RNA-induced silencing complex,RISC)并被激活。在A TP供能情况下,激活的RISC 将siRNA的双链分开,RISC中核心组分核酸内切酶Ago负责催化siRNA其中一条链去寻找互补的mRNA链,然后对其进行切割。反义链先与同源mRNA配对结合,然后RISC在距离siRNA 3'端12个碱基的位置将mRNA切断降解,从而阻止靶基因表达,使基因沉默[1]。 1.3 倍增阶段 siRNA在RNA依赖性RNA聚合酶(RdRP)的作用下,以mRNA为模板,siRNA为引物,扩增产生足够数量的dsRNA作为底物提供给Dicer酶,产生更多的siRNA,可再次形成RISC,并继续降解mRNA,从而产生级联放大效应。并作用于靶mRNA。如此反复倍增,从而使RNAi的作用进一步放大。因此少量的siRNA就可以产生高效的基因沉默效果[4]。2.RNAi的设计及合成

RNA干扰设计

什么是siRNA和RNAi 双链RNA经酶切后会形成很多小片段,称为siRNA,这些小片段一旦与信使RNA(mRNA)中的同源序列互补结合,会导致mRNA失去功能,即不能翻译产生蛋白质,也就是使基因“沉默”了。 RNA干扰(RNAinterference,RNAi)是由双链RNA引发的转录后基因静默机制,它通过生物体内siRNA介导识别,特定RNA水解酶参与,并靶向切割同源性靶mRNA。实现RNA干扰现象是真核生物中普遍存在的抵抗病毒等外来入侵、抑制转座子活动、调控基因表达的监控机制。目前RNA干扰技术已成功用于基因功能和信号转导系统上下游分子相互关系的研究。随着研究的不断深入,RNAi的机制正在被逐步阐明,大量的论文被发表,成百上千的专利被授权或递交申请,而同时作为功能基因组研究领域中的有力工具以及新药开发的诱人前景,RNAi也越来越为人们所重视。 RNAi技术发展历程 1998:植物基因中基因沉默现象的发现 2000:哺乳动物细胞中基因沉默的实现 2001:被《科学》评为当年十大科技突破之一 2003:动物体内观察到RNA干扰作用 2004:在恒河猴上的SARS病毒研究取得进展 2004:Acuity Pharmaceutical 第一个RNA干扰药物申请IND 2004:siRNA Therapeutics 第一个RNA干扰药物申请IND 2005:第一个RNA干扰药物进入一期临床,取得良好的效果 2005:化学修饰的siRNA oligo 体内系统给药取得突破 2006:诺贝尔医学奖授予两美国RNAi技术专家 2007:美国卫生研究院(NIH)组建首个RNAi委员会,旨在为NIH 的科学主管给出有关如何尽可能改善他们对RNAi 技术的评估 截止2008年:已有七项核酸干扰药物项目在美国进入临床试验,其中,有一项药物已经推入到第III期临床试验 RNAi 2006诺贝尔医学奖述评 ——年轻的获奖者—— 2006年10月2日,现年47岁的Andrew Z. Fire和45岁的Craig C. Mello由于在RNAi(RNA interference,RNAi)及基因沉默现象研究领域的杰出贡献而今年诺贝尔医学奖获得者,且获奖日期距其研究发表仅8年时间,获奖速度之快亦令人叹为观止。颁奖委员会评价:“他们发现了控制基因信息流通的基本机制,解释了困惑这一研究者们许久的难题。”“像在清晨突然打开窗帘,然后一切都一目了然了”。 —— RNAi的殊荣—— 2001年,随着人类基因组测序的完成,针对其它多种生物的基因组测序计划也相继开展起来。在未来的一段时间内,科学界将不会出现比人类基因组测序更瞩目的技术。有人将人类基因组测序称为“21世纪科学发展史上的里程碑”、“生物学领域最重要的成就之一”。然而时隔不久,同一年在哺乳动物中发现的RNAI掀起了一场风暴,而且愈演愈烈。《Science》杂志将RNAi称为“2002年的重大突破”(Couzin,2002)。然而,更加令人吃惊和兴奋的是,4年以后的今天,Andrew Fire和Craig Mello就因此获得2006年诺贝尔医学奖。一项全新的技术在提出后短短几年就得到诺贝尔奖的青睐和肯定,此前是绝无仅有的,这也足见RNAi在医学领域的开创性意义和极大的应用前景。 —— RNAi的机制——

RNA干扰综述

RNAi研究及其进展 公光业M110107259 前言 RNAi是真核生物中普遍存在的一种自然现象,是由双链RNA 启动的序列特异的转录后基因沉默过程,是生物体在进化中形成的一种内在基因表达的调控机制。1998年,Andrew Fire等首次在线虫中发现RNAi现象,后来大量的研究表明,RNAi广泛存在于真菌、植物和动物中。由此人们认识到RNAi技术作为研究基因功能的一种有力的革命性工具,在功能基因组、转基因动物研究、基因治疗、药物开发等方面有着巨大的潜力。RNAi被《Science》杂志评为2010年十大科学成就之一,2002年又名列《Science》杂志十大科学成就之首,成为分子生物学研究的热点。本文综述了该研究的最新进展。正文 RNAi的发现: 上世纪90年代,科学家们在进行生物遗传改良的研究中,发现靶生物体内产生了一种非期望的表型。最早报道的是在1990年美国科学家Jorgensen等,他们在增强矮牵牛花紫色的转基因研究中,得到的结果是转基因植株部分或完全开白花,表明色素合成途径被关闭而不是被加强。他们将这一现象称为共抑制(cosuppresion),后来的研究者称之为转录后基因沉默。此后不久,科学家们开展了真菌中的RNAi 的研究。1994年,意大利的Cogoni在野生型粗糙链抱霉(Neurospora crassa)的转基因研究中,把抑自身和相应内源基因表达的基因沉默现

象称为消除作用(quelling或基因压制)。 1995年,Guo等利用反义RNA技术阻断线虫的par-1基因表达,发现无论是给线虫注射正义RN A还是反义RN A,都可以抑制特异基因(par-1)的表达,结果与反义RNA技术的传统机制正好相反。这种出乎意料的发现引起了各国科学家的注意,从此展开了RNAi在动物体内的研究。1998年,Frei在研究秀丽隐杆线虫基因沉默时,首次揭开了Guo遇到的悬疑:Guo遇到的正义RNA抑制基因表达现象,是由于体外转录所得RNA中污染了微量双链RNA而引起的,并且还发现双链RNA能够比反义RN A或正义RNA更有效地关闭基因的表达,抑制基因表达的效率比单链RNA至少高2个数量级,他们称这种现象为RNAi。从此,一个新的基因功能研究领域诞生了,人们已在不同种属的生物中进行了广泛而深人的研究,结果不仅证实R- NAi现象存在于秀丽小杆线虫、植物、真菌、果蝇、锥虫、涡虫、水媳、斑马鱼、小鼠乃至人类等多种生物中,而且对RNAi的分子机制逐渐有了比较清晰的认识,植物中的“共抑制”和真菌中的“压制”,与动物中双链RNA诱导的RNAi具有高度保守的相似机制。 RNAi作用机制: 病毒基因、人工转入基因、转座子等外源性基因随机整合到宿主细胞基因组内,并利用宿主细胞进行转录时,常产生一些dsRNA。宿主细胞对这些dsRNA迅即产生反应其胞质中的核酸内切酶Dicer将dsRNA切割成多个具有特定长度和结构的小片段RNA (大约21~23 bp),即siRNA。siRNA在细胞内RNA解旋酶的作

RNA干扰技术的原理及应用

RNA干扰技术的原理与应用 RNA干扰( RNAinterference , RNAi )是通过小干扰RNA ( small interference RNA, siRNA ) 造成目的mRNA特异性降解, 从而使基因转录后沉默的一种现象。这一现象广泛存在于自然界, 是生物体进化过程中抵御外来基因侵害的一种机制, 为稳定基因组发挥了重要作用。由于RNAi可以作为一种简单、有效的代替基因剔除的遗传工具,正在功能基因组学领域掀起一场真正的革命, 并将加快这个领域的研究步伐。 1 RNAi现象的发现及发展 1995年, Guo等用反义RNA阻断秀丽新小杆线虫的part 1基因的实验中发现, 正义和反义RNA都阻断了该基因的表达,这与传统上对反义RNA技术的解释相反。1998年2月卡耐基研究院的F i re 等将双链RNA ( double stranded RNA, ds RNA)转入细胞内,发现靶基因的mRNA发生了降解,证实高度纯化的ds RNA 可以高效特异的阻断相应的基因表达,而且效率比单链RNA至少高2个数量级,首次揭示了Guo等遇到的现象,即为RNAi。 随后研究发现, RNAi现象广泛存在于各种生物中,是一种古老的重要保护机制, RNAi技术作为一种重要的研究手段大大加速了基因组学的研究进程,现已成为基因功能研究和基因治疗研究的热点。 在短短几年中,对RNAi的研究取得了突飞猛进的发展, 许多令人振奋的报道相继出现, 2001年首次报道了在哺乳动物细胞培养中成功

应用RNAi技术抑制基因表达, 开创了RNAi技术应用于高等生物基因功能研究的先河; 2002年, K ay研究小组首次报道了应用RNAi 技术在哺乳动物整体水平进行基因表达沉默的实验研究;2004年哺乳动物全基因组范围RNAi研究也取得了重要进展,先后报道了用酶法构建全基因组siRNA文库新技术和应用基因组siRNA文库,从全基因组水平对高等动物基因功能进行高通量RNAi研究。这些研究成果愈来愈表明, 生物体基因转化的最终产物不仅仅是蛋白质,还包括相当一部分RNA。 2 RNAi的作用机制 细胞中ds RNA 的存在是RNAi形成的先决条件。ds RNA可以通过多种途径在细胞核或细胞质中产生。通过对RNAi所进行的遗传学和生物化学的研究,现已初步阐明了其作用机制。RNAi的作用机制可分为三个阶段:起始阶段、效应阶段和级联放大阶段。起始阶段:由RNA 病毒入侵,转座子转录,基因组中反向重复序列转录等所产生的ds RNA分子在细胞内被一双链RNA酶!型内切酶也叫Dicer酶或Dicer核酸酶同源物剪成21~ 23 nt siRNA, 3’ 端带有2个碱基突出的黏性末端, 5’ 为磷酸基团,此结构对于siRNA行使其功能非常关键。剪切位点一般在U处, 具特异性。效应阶段: RNAi特异性的核酸外切酶、核酸内切酶、解旋酶、辅助识别同源序列蛋白和其他一些蛋白与siRNA结合成RNA诱导沉默复合体R I SC ( RNA inducing silence complex , R I SC)识别靶mRNA,其中的反义

RNA干扰作用机制

RNA干扰机制主要分为两个阶段: 1:RNA干扰的启动阶段,即RNA核酸酶与双链RNA结合,并把它酶切成为多段大小为21~25个碱基对的小RNA片段(siRNA)。 2:RNA干扰的效应阶段,即siRNA与一种多聚核酸酶复合物,RNA诱导的沉默复合物(RISC)结合,并通过驾驭RISC到相应的mRNA位点,随即RISC执行RNA干扰的效应功能,酶切降解mRNA,使转录的基因表达终止。 第一步:双链RNA加工成为siRNA 参与该反应的酶是Dicer蛋白复合物,具有结合和酶切双链RNA的活性,与双链RNA结合的区域位于Dicer的羧基末端 第二步:siRNA的扩增 siRNA能通过细胞内的RNA依赖性RNA聚合酶(RdRP)的作用,以RNA干扰起源的双链RNA分子,或者以目标mRNA分子作为模板,合成出新的双链RNA分子,再通过Dicer的加工作用,产生出大量的siRNA,补充细胞内消耗和降解的siRNA分子。这种现象称为siRNA的扩增。 第三步:降解目标mRNA 在这一阶段,从双链RNA切割下来的siRNA与一种RNA干扰的特异蛋白复合物结合,形成RNA诱导的基因沉默复合物(RISC)。该复合物在A TP存在的条件下被激活,siRNA解链,留下反义链导向RISC与目标RNA互补结合,并酶切目标RNA分子,完成RNA干扰的过程。酶切位置常常在siRNA双链的中间部位,故,若siRNA链中间的碱基与目标不符,则会影响siRNA的沉默效应。 siRNA与RISC复合形成一种小干扰核糖蛋白粒子(siRNP) RISC与Dicer的异同点 两者都具有RNA酶活性,但是它们的作用底物不同,前者常常针对单链RNA分子,而后者则是针对双链RNA分子;另一方面,它们的酶切方式和产物也不同,前者属于RNA 的外切酶,而后者则是RNA的内切酶 另外,一些RNA干扰效应阶段的mRNA降解物,反过来可以作为RdRP的模板,合成双链RNA分子,加入到RNA干扰的启动阶段,从而放大RNA干扰的作用。

百度百科RNA干扰

RNA干扰 科技名词定义 中文名称:RNA干扰 英文名称:RNA interference;RNAi 定义1:与靶基因同源的双链RNA诱导的特异转录后基因沉默现象。其作用机制是双链RNA 被特异的核酸酶降解,产生干扰小RNA(siRNA),这些siRNA与同源的靶RNA互补结合,特异性酶降解靶RNA,从而抑制、下调基因表达。已经发展成为基因治疗、基因结构功能研究的快速而有效的方法。 所属学科:生物化学与分子生物学(一级学科);核酸与基因(二级学科) 定义2:引起基因沉默的一种技术,将根据基因序列制备的双链RNA注入体内,可引起该基因编码的mRNA降解,从而抑制了该基因的功能。 所属学科:细胞生物学(一级学科);细胞生物学技术(二级学科) 定义3:双链RNA有效地阻断靶基因表达的现象。 所属学科:遗传学(一级学科);分子遗传学(二级学科) 本内容由全国科学技术名词审定委员会审定公布 百科名片 RNA干扰模式图 RNA干扰(RNA interference, RNAi)是指在进化过程中高度保守的、由双链RNA (double-stranded RNA,dsRNA)诱发的、同源mRNA高效特异性降解的现象。由于使用RNAi技术可以特异性剔除或关闭特定基因的表达,所以该技术已被广泛用于探索基因功能和传染性疾病及恶性肿瘤的基因治疗领域。 目录

简介 发现 作用机制 特点 制备方法 应用 相关知识 简介 发现 作用机制 特点 制备方法 应用 相关知识 展开 编辑本段简介 近几年来RNAi研究取得了突破性进展,被《Science》杂志评为2001年的十大科学进展之一,并名列2002年十大科学进展之首。由于使用RNAi技术可以特异性剔除或关闭特定基因的表达,所以该技术已被广泛用于探索基因功能和传染性疾病及恶性肿瘤的基因治疗领域。 编辑本段发现 RNAi是在研究秀丽新小杆线虫(C. elegans)反义RNA(antisense RNA)的过程 RNAi实验图片 中发现的,由dsRNA介导的同源RNA降解过程。1995年,Guo等发现注射正义RNA(sense RNA)和反义RNA均能 有效并特异性地抑制秀丽新小杆线虫par-1基因的表达,该结果不能使用反义RNA技术的理论做出合理解释。直到1998年,Fire等证实Guo等发现的正义RNA抑制同源基因表达的现象是由于体外转录制备的RNA中污染了微量dsRNA而引发,并将这一现象命名为RNAi。

RNA干扰

RNA干扰 RNA干扰(RNA interference, RNAi)是指在进化过程中高度保守的、由双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)诱发的、同源mRNA高效特异性降解的现象。由双链RNA(doublestrandedRNAs,dsRNAs)引发的植物RNA沉默,主要有转录水平的基因沉默(TGS)和转录后水平的基因沉默(PTGS)两类:TGS是指由于DNA修饰或染色体异染色质化等原因使基因不能正常转录;PTGS是启动了细胞质内靶mRNA序列特异性的降解机制。有时转基因会同时导致TGS和PTGS。 由于使用RNAi技术可以特异性剔除或关闭特定基因的表达,(长度超过三十的dsRNA会引起干扰素毒性)所以该技术已被广泛用于探索基因功能和传染性疾病及恶性肿瘤的治疗领域。 RNAi是在研究秀丽新小杆线虫(C. elegans)反义RNA(antisense RNA)的过程 1.作用机制 病毒基因、人工转入基因、转座子等外源性基因随机整合到宿主细胞基因组内,并利用宿主细胞进行转录时,常产生一些dsRNA。宿主细胞对这些dsRNA迅即产生反应, 其胞质中的核酸内切酶Dicer将dsRNA切割成多个具有特定长度和结构的小片段RNA(大约21~23 bp),即siRNA。siRNA在细胞内RNA解旋酶的作用下解链成正义链和反义链,继之由反义siRNA再与体内一些酶(包括内切酶、外切酶、解旋酶等)结合形成RNA诱导的沉默复合物(RNA-induced silencing complex,RISC)。RISC与外源性基因表达的mRNA的同源区进行特异性结合,RISC具有核酸酶的功能,在结合部位切割mRNA,切割位点即是与siRNA中反义链互补结合的两端。被切割后的断裂mRNA随即降解,从而诱发宿主细胞针对这些mRNA的降解反应。siRNA不仅能引导RISC切割同源单链mRNA,而且可作为引物与靶RNA 结合并在RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRP)作用下合成更多新的dsRNA,新合成的dsRNA再由Dicer切割产生大量的次级siRNA,从而使RNAi 的作用进一步放大,最终将靶mRNA完全降解。 RNAi发生于除原核生物以外的所有真核生物细胞内。需要说明的是,由于dsRNA抑制基因表达具有潜在高效性,任何导致正常机体dsRNA形成的情况都会引起不需要的相应基因沉寂。所以正常机体内各种基因有效表达有一套严密防止dsRNA形成的机制。 怀特黑德生物医学研究所的本杰明·刘易斯等研究人员发现小RNA能通过阻断蛋白质合成的方式调控基因表达。他们借助一个计算模型来确定小RNA和对应的基因,发现了miRNA控制很大一部分生命功能的证据。 研究人员比较了人类和狗、鸡、鼠的基因组,对这几个物种共有的蛋白质合成基因与miRNA寻求对应关系。结果发现,尽管这几个物种在3.1亿年前就开始“分家”各自进化,但它们基因组中受miRNA调控的基因都占三分之一左右,而且这些基因在进化过程中都得以保存而未发生变化。刘易斯说,随着更多的基因组数据发布以及实验技术的进步,还可能发现更多的基因是由小RNA调控的。 RNA干扰现象的机理[8] RNA干扰作用是通过一类较稳定的中间介质实现的。对植物的研究证明,双链RNA 复合体先降解成为35nt左右的小RNA分子,然后他们通过序列互补与mRNA结合,从而导致mRNA降解[9][10]。对果蝇的研究证明,长度为21~23nt的小RNA分

RNA干扰iRNA技术及其应用

RNA干扰iRNA技术及其应用 摘要:RNA干扰(interference RNA,iRNA)是正常生物体内抑制特定基因表达的一种现象,它是指当细胞中导入与内源性mRNA编码区同源的双链RNA时,该mRNA发生降解而导致基因表达沉默的现象,这种现象发生在转录后水平,又称为转录后基因沉默。RNA具有特异性和有效性。iRNA技术作为功能基因组学强有力的研究工具,可以特异地使特定基因沉默,获得功能丧失或降低突变。随着对现代分子生物学研究的发展,该技术的应用领域逐步扩展到医学,农业,林业,渔业,畜牧等多个领域,具有巨大的科研,经济和社会价值,本文主要论述RNA干扰技术在医学领域方面的应用。 关键字:RNA干扰转录后基因沉默RNA 诱导的沉默复合物 正文:今年来,对RNA干扰技术的研究已经成为热点,预测未来10年间最后可能出重要成果的领域之一,并被《Science》评选为2002年度最重要科技突破的首位。RNA干扰技术之所以有如此重要的地位,与其运用到的领域有关。21世纪初,人类完成了基因组计划,破译人类全部的遗传信息,使人类第一次在分子水平上全面认识自我。因此,很多疾病的病因也将揭开神秘的面纱,这位这些疾病的基因诊断和基因治疗奠定了基础。因此,利用RNA干扰技术抑制基因组的基因表达的技术手段,有可能在基因治疗方面开辟一条心的途径,克服医学上许多疑难杂症,例如,病毒性疾病,肿瘤心血管疾病和遗传性疾病。 1.RNA干扰的发现:首次发现dsRNA能够导致基因沉默的线索来源于线虫Caenorhabditis elegans的研究。1995年,康乃尔大学的Su Guo博士在试图阻断秀丽新小杆线虫(C.elegans)的par-1基因时,发现了一个意想不到的现象。她们本想利用反义RNA技术特异性地阻断上述基因的表达,而同时在对照实验中给线虫注射正义RNA以期观察到基因表达的增强,但得到的结果是二者都同样地切断了par-1基因的表达途径。这是与传统上对反义RNA技术的解释正好相反。该研究小组一直未能给这个意外以合理解释。这个奇怪的现象直到3年后才被解开。1998年2月,华盛顿卡耐基研究院的Andrew Fire和马萨诸塞大学癌症中心的Craig Mello才首次揭开这个悬疑之谜。通过大量艰苦的工作,他们证实,Su Guo博士遇到的正义RNA抑制基因表达的现象,以及过去的反义RNA技术对基因表达的阻断,都是由于体外转录所得RNA中污染了微量双链RNA而引起。当他们将体外转录得到的单链RNA纯化后注射线虫时发现,基因抑制效应变得十分微弱,而经过纯化的双链RNA却正好相反,能够高效特异性阻断相应基因的表达。实际上每个细胞只要很少几个分子的双链RNA已经足够完全阻断同源基因的表达。后来的实验表明在线虫中注入双链RNA不单可以阻断整个线虫的同源基因表达,还会导致其第一代子代的同源基因沉默,该小组将这一现象称为RNA干扰。现在RNA干扰现象广泛存在于从植物、真菌、线虫、昆虫、蛙类、鸟类、大鼠、小鼠、猴一直到人类的几乎所有的真核生物中细胞,这种情况揭示了iRNA现象很可能出现于生命进化的早期阶段。后来在果蝇细胞中的实验进一步揭

RNA干扰实验技术相关探讨

文章编号: 06-(2004)063002101-10 中图分类号:Q344 中国生命科学论坛分子生物学版精华 RNA干扰(RNAi)实验技术相关探讨 马志杰 (maziwise) 编写小瘪修改 (中国生命科学论坛分子生物学版第1版主 ) [责任编辑:TILS007] 摘要:RNA干扰(RNAi)是一种由双链RNA所引起的序列特异性基因沉默。它是真核生物中基因转录后沉默作用的重要机制之一。RNAi技术作为新兴的基因阻抑方法,在功能基因组学、微生物学、基因表达调控机理研究等领域得到了广泛应用。本文就其作用机制、基本实验程序及注意事项作了较详细的综述,对其存在的相关问题和前景亦做了展望。 关键词:RNAi;siRNA;转染 小RNA作用与应用研究继2001,2002连续两年被美国Science杂志评为年度10大突破技术以来,近年来继续热度高涨,名列前矛。其核心技术RNA干扰(RNAi),即用20多个核苷酸组成的短的双链RNA(siRNA)代替传统反义核酸进行转录后基因沉默,已经迅速而广泛地应用到基因功能,基因表达调控机制研究等热门领域,不仅如此,它还为基因治疗开辟了新的途径。此外,RNAi沉默机制的探索也取得了相当的进展。目前,在大致勾画出生物体内源性小RNA的重要作用框架后,进一步阐述其作用细节、探索小RNA对细胞行为的调控、如何利用RNAi进行疾病防治等等都成为生物学家研究的一大热点。 1、RNAi的作用机制

通过生化和遗传学研究表明,RNA干扰包括起始阶段和效应阶段(inititation and effector steps)。在起始阶段,加入的小分子RNA被切割为21-23核苷酸长的小分子干扰RNA 片段(small interfering RNAs, siRNAs)。证据表明;一个称为Dicer的酶,是RNase III家族 中特 图1、RNAi的作用机制 异识别双链RNA的一员,它能以一种ATP依赖的方式逐步切割由外源导入或者由转基因、病毒感染等各种方式引入的双链RNA,切割将RNA降解为19-21bp的双链RNAs(siRNAs),每个片段的3’端都有2个碱基突出。在RNAi效应阶段,siRNA双链结合一个核酶复合物从而形成所谓RNA诱导沉默复合物(RNA-induced silencing complex, RISC)。激活RISC需要一个ATP依赖的将小分子RNA解双链的过程。激活的RISC通过碱基配对定位到同源mRNA转录本上,并在距离siRNA3’端12个碱基的位置切割mRNA。尽管切割的确切机制尚不明了,但每个RISC都包含一个siRNA和一个不同于Dicer的RNA酶。另外,还有研究证明含有启动子区的dsRNA在植物体内同样被切割成21-23nt长的片段,这种dsRNA可使内源相应的DNA序列甲基化,从而使启动子失去功能,使其下游基因沉默。其基本原理见(图1): 2、RNAi基本试验程序及注意事项 2.1、siRNA的设计 2.1.1、目标序列的筛选

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