autodock中文版使用说明

AUTODOCK 4.0 使用中文版

国立东华大学生物技术研究所宣戴维教授实验室制作

版面作者:林世浤如有问题请回信指教e-mail: jolin31912811@https://www.360docs.net/doc/f23884562.html,

AutoDock 是一套做docking的软件，主要是做小分子与大分子(receptor)键结的预测，使用autodock4.0图形接口，需安装四项程序：

PS.找机会会把安装程序放上去

*AUTODOCK4.0 的接口，所有设定都会在此接口执行。

(一)、

1. File -> Read Molecule (选择分子)

2. Select -> Select From String(要标定水分子) -> Add

3. Edit -> Delete -> Delete AtomSet -> Continue(将水分子消除)

4. Edit -> Hydrogen -> Add -> OK

5.File -> Save -> Wrtie PDB

6. Display -> Show/Hide Molecule (先隐藏起来，接下来要设定ligand)

(二)、/* Ligand */

1.Ligand -> input -> open -> (檔名.pdb)

2.Ligand -> Output -> Save as pdbqt

(三) autodock4.0新增的东西(Flexible Residues)

A：文献上没有提到，接合位置的重要胺基酸，就直接跳过

File -> Save -> Write PDBQT

B：文献上提到，接合位置的重要胺基酸，就直接寻找

1.Flexible Residues -> Input -> Choose Macromolecule

2.Edit -> Hydrogens -> Merge Non-Polar -> CONTINUE

3.Select -> Select From String /* Residue打上ARG8 -> Add */

4.Flexible Residues -> Choose Torsions in Currently Select Resdues…

5.Flexible Residues -> Oput -> Save Rigid pdbqt

(四) /* Grid */

1.Grid -> macromolecule -> (檔名.pdbqt) (protein)

2.Grid -> Set Map Type -> (檔名.pdbqt) (ligand)

3. Grid -> Grid Box (把所有参数调整好) ->

4. File(Grid Options) -> Close saving current

5. Grid -> Output -> Save GPF (檔名.gpf)

6. /* Edit GPF (是在看档案.gpf，的文件) */

(五) /* Run */

1.Run -> Run AutoGrid

https://www.360docs.net/doc/f23884562.html,umch (autodcok3要改成autodcok4才能执行)

PS.执行结束后，有几个档案出来，之后要执行分子间的力场。

(六) /* Docking */

1.Docking -> Mocromolecule -> (檔名.pdbqt) (protein)

2.Docking -> Ligand -> (檔名.pdbqt) (ligand)

3. Docking -> Output -> (看你要选择哪一个算法，存取它)

4. /* Edit DPF (是在看档案.dpf，的文件) */

(七) /* Run */

1.Run -> Run AutoDock

https://www.360docs.net/doc/f23884562.html,umch (autodcok3要改成autodcok4才能执行)

(八) /* Analyze */

A：

1.Analyze -> Docking -> (檔名.dlg)

2.Analyze -> Conformations -> Play (可让ligand变更位置，ps.已对结好的位置)

3.Macromolecule -> (檔名.pdbqt) (protein)

(八) /* Analyze */

B：

1. Analyze -> Grids -> Open Other [选择步骤(五)中的九个由autogrid 产生的文件，每一个文件都代表不同的力场]

2.Analyze -> Conformations -> Play (ligand可配合任一力场，做autodock所产生出的九个docking位置，并判断它们的关系)

(八) /* Analyze */

C：

1. Analyze -> Conformations -> Extract Histogram… (计算分子对接，ligand与protein bind site的分数高低并由高到低)