DNA测序试剂盒中文操作手册-1
DNA测序试剂盒中文操作手册 BigDye Terminator v3.1和v1.1
BigDye Terminator试剂盒简称BDT。BDT v3.1是DNA测序的标准试剂盒，而BDT v1.1则是专门为PCR 产物测序而优化设计的。BDT v3.1适用于所有类型DNA模板的测序，对于长片段测序更具优势。
dGTP-BigDye Terminator试剂盒简称BDG。BDT是DNA测序的标准试剂盒，而BDG则是专门为困难模板测序而优化设计的。长的重复序列、二级结构、富含GC的片段等通常会干扰测序PCR反应，导致测序失败的DNA模板称为困难模板。只有BDT v1.0、v2.0和v3.0有相应的BDG试剂盒，BDT v1.1和v3.1本身已有足够能力对付困难模板，所以没有相应的BDG试剂盒。
BDT v1.0、v1.1、v2.0以及BDG v1.0、v2.0可以使用同样的matrix或者光谱校正；BDT v3.0、v3.1以及BDG v3.0可以使用同样的matrix或者光谱校正。Matrix与光谱校正是同义词。在不同型号的仪器上，测序的Dye Set选择如下：
BDT v3.1 BDT v1.1
310/377 E E
3100/3100-Avant Z E
3700 v2.0 H E
3700 v1.1和v1.1.1 D E
注意：少数早期的3100和3100-Avant软件中没有MtxStd{Sequencing-SetZ}.par文件，这时可以用MtxStd{Sequencing-SetE}.par代替，用于做BDT3.1的光谱校正。
以下操作适用于BDT v1.1和BDT v3.1试剂盒，而且对于这两种试剂盒的操作完全一样，但是不适用于BDT v1.0、v2.0和v3.0以及 BDG v1.0、v2.0和v3.0试剂盒。
1. 测序DNA模板的纯度与用量
DNA纯度：OD260 / OD280 = 1.6 ~ 2.0。DNA用量：
PCR产物
ng
1-3
bp
100-200
3-10
ng
bp
200-500
5-20
ng
bp
500-1000
10-40
ng
bp
1000-2000
ng
bp 20-50
2000
>
单链DNA 25-50 ng
ng
质粒，双链DNA
150-300
BAC 0.5-1
μg
Cosmid,
μg
细菌基因组DNA
2-3
推荐使用酒精/NaAc法或者Centricon-100纯化柱(PN: N930-2119)在测序前对PCR产物进行纯化，然后再进行DNA测序的PCR反应。如果使用纯化柱，按生产厂家建议的步骤进行操作，但是将离心速度由1000 x g 提高到3000 x g。
所有试剂从冰箱中取出融化后，请先稍微振荡，混匀离心，然后使用。操作在冰上进行。
2. 质粒和PCR产物测序
标准反应体系（20 μL，96孔板）：
试 剂 用 量
DNA 1 μL
BigDye 8 μL
μL
引物 (3.2 pmol / μL) 1
灭菌去离子水10 μL
总体积20 μL
测序PCR热循环条件：
96 °C 1 min → (96 °C 10 sec → 50 °C 5 sec → 60 °C 4 min) x 25个循环→ 4 °C保温
1/2反应体系（20 μL，96孔板）：
试 剂 用 量
DNA 1 μL
x)
μL
4
(2.5
BigDye
BigDye Seq Buffer (5 x) 2 μL
μL
引物 (3.2 pmol / μL) 1
灭菌去离子水12 μL
总体积20 μL
测序PCR热循环条件：
96 °C 1 min → (96 °C 10 sec → 50 °C 5 sec → 60 °C 4 min) x 25个循环→ 4 °C保温
1/2反应体系（10 μL ，384孔板）：
试 剂 用 量
DNA 1 μL
BigDye 4 μL
μL
引物 (3.2 pmol / μL) 1
灭菌去离子水 4 μL
总体积10 μL
测序PCR热循环条件：
96 °C 1 min → (96 °C 10 sec → 50 °C 5 sec → 60 °C 4 min) x 25个循环→ 4 °C保温
1/8反应体系（5 μL）：
试 剂 用 量
DNA 1 μL
BigDye 1 μL
BigDye Seq Buffer (5 x) 0.5 μL
μL
引物 (3.2 pmol / μL) 1
μL
灭菌去离子水 1.5
总体积 5 μL
测序PCR热循环条件：
96 °C 1 min → (96 °C 10 sec → 50 °C 5 sec → 60 °C 4 min) x 25个循环→ 4 °C保温
3. 大分子量DNA模板测序
大分子量的DNA模板指BAC DNA、Cosmid DNA和细菌基因组DNA等。
标准反应体系（20 μL，96孔板）：
试 剂 用 量
DNA 1 μL
BigDye 8 μL
引物 (3.2 pmol / μL) 1
μL
灭菌去离子水10 μL
总体积20 μL
测序PCR热循环条件：
95 °C 5 min → (95 °C 30 sec → 50-55 °C 10 sec → 60 °C 4 min) x 50个循环→ 4 °C保温
1/8反应体系（5 μL，大分子量DNA模板的测序请慎用稀释体系）：
试 剂 用 量
DNA 1 μL
BigDye 1 μL
引物 (3.2 pmol / μL) 1
μL
灭菌去离子水 2 μL
总体积 5 μL
测序PCR热循环条件：
95 °C 5 min → (95 °C 30 sec → 50-55 °C 10 sec → 60 °C 4 min) x 50个循环→ 4 °C保温
4. 测序产物纯化：20 μL反应体系，96孔板，酒精/EDTA/NaAc法
1. 每管加入2 μL 125 mM EDTA到管底，每管加入2 μL 3M NaAc到管底。
2. 每管加入50 μL 100%酒精，铝箔封严密，震荡混匀4次，室温放置15 min。
3. 1400-2000 x g离心45 min 或者2000-3000 x g离心30 min，马上倒置96孔板，离心至185 x g 停止离心
（从离心机启动到达到185 x g停止离心总共1 min时间）。
4. 每管加入70 μL 70% 酒精，1650 x g 4 °C离心15 min；马上倒置96孔板，离心至185 x g 停止离心（从
离心机启动到达到185 x g停止离心总共1 min时间）。
5. 重复第4步1次。
6. 室温挥发净酒精，加入10 μL Hi-Di Formamide溶解DNA；或者铝箔密封后于4 °C保存。
7. 溶解后的样品需要在 95 °C变性4 min，迅速置冰中冷却4 min后，上样电泳。
5. 测序产物纯化：10 μL反应体系，384孔板，酒精/EDTA/NaAc法
1. 每管加入1 μL 125 mM EDTA到管底，每管加入1 μL 3M NaAc到管底。
2. 每管加入25 μL 100%酒精，铝箔封严密，震荡混匀4次，室温放置15 min。
3. 1400-2000 x g离心45 min 或者2000-3000 x g离心30 min，马上倒置384孔板，离心至185 x g 停止离
心（从离心机启动到达到185 x g停止离心总共1 min时间）。
4. 每管加入35 μL 70% 酒精，1650 x g 4 °C离心15 min；马上倒置384孔板，离心至185 x g 停止离心
（从离心机启动到达到185 x g停止离心总共1 min时间）。
5. 重复第4步1次。
6. 室温挥发净酒精，加入10 μL Hi-Di Formamide溶解DNA；或者铝箔密封后于4 °C保存。
7. 溶解后的样品需要在 95 °C变性4 min，迅速置冰中冷却4 min后，上样电泳。
6. 测序产物纯化：单离心管法
请参照20 μL反应体系，96孔板，酒精/EDTA/NaAc法操作，只需要将“倒置96孔板，离心至185 x g 停止离心”这一操作改为用枪吸尽上清液。
7. 相关试剂
3M NaAc
注意NaAc 的pH值。BDT v1.0、v2.0 和 v3.0使用的是pH 4.6，而BDT v1.1 和 v3.1使用的是pH 5.2。
102.06 g NaAc·3H2O溶于< 200 mL dH2O中，用冰醋酸调pH至5.2，定容至250 mL，分装，高压灭菌，室温保存。
BigDye terminator v1.1 / v3.1 sequencing buffer (5x)
注意：BDT v1.0、v2.0 和 v3.0使用的是5 x sequencing buffer，而BDT v1.1 和 v3.1使用的是BigDye terminator v1.1 / v3.1 sequencing buffer (5x)，不可混淆。
BigDye Terminator v1.1 / v3.1 Sequencing Buffer (5x)
mL
4336697 1
mL
4336699 28
mL
4336701 233
5x Sequencing Buffer
4305605 1 tube, 600 rxns
4305603 9 tubes, 5400 rxns
高通量测序基础知识
高通量测序基础知识简介 陆桂 什么是高通量测序？ 高通量测序技术（High-throughput sequencing，HTS）是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变,一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing，NGS )足见其划时代的改变, 同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能, 所以又被称为深度测序(Deep sequencing)。 什么是Sanger法测序（一代测序） Sanger法测序利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成，每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团，使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止。终止点由反应中相应的双脱氧而定。每一种dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调整，使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物。它们具有共同的起始点，但终止在不同的的核苷酸上，可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段，凝胶处理后可用X-光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。 什么是基因组重测序（Genome Re-sequencing） 全基因组重测序是对基因组序列已知的个体进行基因组测序，并在个体或群体水平上进行差异性分析的方法。随着基因组测序成本的不断降低，人类疾病的致病突变研究由外显子区域扩大到全基因组范围。通过构建不同长度的插入片段文库和短序列、双末端测序相结合的策略进行高通量测序，实现在全基因组水平上检测疾病关联的常见、低频、甚至是罕见的突变位点，以及结构变异等，具有重大的科研和产业价值。 什么是de novo测序 de novo测序也称为从头测序：其不需要任何现有的序列资料就可以对某个物种进行测序，利用生物信息学分析手段对序列进行拼接，组装，从而获得该物种的基因组图谱。获得一个物种的全基因组序列是加快对此物种了解的重要捷径。随着新一代测序技术的飞速发展，基因组测序所需的成本和时间较传统技术都大大降低，大规模基因组测序渐入佳境，基因组学研究也迎来新的发展契机和革命性突破。利用新一代高通量、高效率测序技术以及强大的生物信息分析能力，可以高效、低成本地测定并分析所有生物的基因组序列。 什么是外显子测序（whole exon sequencing） 外显子组测序是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。外显子测序相对于基因组重测序成本较低，对研究已知基因的SNP、Indel等具有较大的优势，但无法研究基因组结构变异如染色体断裂重组等。
测序实验室操作手册
测序实验室操作手册 文件编号： 版次： 编制： 审核： 批准： 日期：
测序实验室标准操作手册 一、健康中心实验室介绍.............................................................................................. .. (2) 二、实验室管理 (2) 2.1 实验室行为管理 (3) 2.2 实验室出入管理 (4) 2.3 实验室清洁卫生管理 (6) 2.4 仪器试剂使用管理 (10) 2.5 实验室安全管理 (11) 2.6 实验室紧急事故处理 (14) 2.7 实验室物料管理 (15) 三、实验室保密制度管理 (17) 四、测序实验室仪器操作规程 (17) 超净台操作规程.....................................................................................................................18 微量台式离心机使用规程.....................................................................................................20 移液枪使用维护规程.............................................................................................................21 冰箱使用维护规程.. (26) PCR 仪使用规程 (29) 五、高通量测序标准操作规程 (32) 5.1 模板制备标准操作规程 (32) 5.2 上机测序标准操作规程 (41) 六、测序人员考核标准 (47) 七、实验室管理考核标准 (48) 八、测序实验室工作时间表 (50) 九、附录 (50)
转录组高通量测序
转录组高通量测序 2010-11-22 09:48 （第二代高通量测序技术-454） 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titanium第二代高通量测序仪平均读长超过 400bp，在测序读长上遥遥领先于其它第二代高通量测序仪，使其成为转录组学研究的首选测序平台，已被广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。 一、罗氏454测序技术在环境微生物生态多样性研究中的突出优势体现在：（1）测序序列长，便于聚类拼接，可以对转录本进行从头组装（de novo assembly）。 （2）测序通量高，可以检测到低丰度转录本信息。 （3）可以对无基因组参考序列的新物种进行转录组测序，发现新的转录本和亚型。 （4）实验操作简单、结果稳定，可重复性强。无需进行克隆的文库构建，双链cDNA连接454接头后可以直接进行测序，实验周期短。 （5）测序数据便于进行生物信息分析，可以进行基因差异表达分析、鉴定基因的可变剪切以及预测新基因。 二、美吉公司在环境微生物生态多样性研究中的突出优势体现在： （1）拥有自主实验室和高通量测序平台，可以根据客户要求灵活安排实验，实验周期短，取样方便，质量可靠。 （2）技术人员经验丰富，可以稳定地进行总RNA的提取和双链cDNA的合成，可以根据顾客要求第一时间提供实验方案。 （3）有专业的生物信息团队和大型计算机，可以为客户提供个性化的生物信息分析服务。 （4）开放式实验室，参与式服务。客户不但可以参与整个实验过程，而且可以参与生物信息分析，提供最为增值的售后服务。 三、服务流程 （1）客户提供样本背景信息、实验目的和实验预期。 （2）美吉公司设计实验方案，提供测序深度建议和生物信息分析建议。 （3）客户认可实验方案，双方签订项目合作协议。 （4）项目开始运作，美吉公司指定专人和客户保持无障碍沟通。 （5）项目结束，美吉公司提供标准结题报告。 （6）客户可以和美吉公司签订长期合作协议，享受折扣和VIP服务。 四、送样要求 （1）动物、植物、微生物组织： > 请提供足量的新鲜样品，样品量≥5g；植物材料应避免过老的组织，尽量用柔嫩部位。 > 新鲜程度要求：采样后将样品立即液氮速冻－80℃保存（保存期不超过1个月），干冰运输，运输时间不超过72h。 > 样本保存期间切忌反复冻融。
Roche_454(GS_FLX_Titanium_System)超高通量测序技术原理
Roche 454（GS FLX Titanium System）超高通量测序技术原理 2005年底，454公司推出了革命性的基于焦磷酸测序法的超高通量基因组测序系统——Genome Sequencer 20 System，被《Nature》杂志以里程碑事件报道，开创了边合成边测序（sequencing-by-synthesis）的先河。之后，454公司被罗氏诊断公司以1.55亿美元收购。2007年，他们又推出了性能更优的第二代基因组测序系统—— Genome Sequencer FLX System (GS FLX)。2008年10月，454推出了全新的GS FLX Titanium系列试剂和软件，让GS FLX的通量一下子提高了5倍，准确性和读长也进一步提升。 想当年，GS 20的出现，揭开了测序历史上崭新的一页。Jonathan Rothberg博士就是大规模并行测序的发明者，同时也是454的创始人。上世纪90年代，很多学者也都想到了大规模并行测序，他们试图将Sanger测序移到芯片上，但都以失败告终，因为这项技术没有可扩展性。1999年，Rothberg的儿子出世，他放了两个星期的陪产假。小家伙出生后被送入婴儿特护病房，Rothberg非常担心，甚至想获取儿子的基因组信息。这段担惊受怕的经历给了他灵感，他突然意识到焦磷酸测序（pyrosequencing）不仅简单，而且具有可扩展性。两个星期之后，Rothberg就开始设计芯片和流动室，让测序在更小的反应室中进行，并同时进行几百万个反应。 硬件的设计和制造也只是成功的一半，在样品制备上还有同样漫长的路要走。Rothberg摒弃了传统的细菌克隆与挑选，将DNA打断成随机片段，并寻找一种方法来克隆每个片段。受到其他学者乳液实验的启发，他也想将DNA放入油包水的乳液中，这样就省去了反应管。一个好汉三个帮。在Joel Bader等人的帮助下，Rothberg验证了这些想法的可行性，并利用了炸药中的表面活性剂来维持乳液的热稳定性。就这样，乳液PCR终于诞生了。 对细菌的16S rDNA的V6/V3可变区进行测序分析，不需进行克隆筛选，测序的通量高，获得的数据量大，周期短，能更加全面的反映微生物群体的物种组成，真实的物种分布及丰度信息。 GS FLX 测序原理 GS FLX系统的测序原理和GS 20一样，也是一种依靠生物发光进行DNA序列分析的新技术；在DNA聚合酶，ATP硫酸化酶，荧光素酶和双磷酸酶的协同作用下，将引物上每一个dNTP 的聚合与一次荧光信号释放偶联起来(图 1)。通过检测荧光信号释放的有无和强度，就可以达到实时测定DNA序列的目的。此技术不需要荧光标记的引物或核酸探针，也不需要进行电泳；具有分析结果快速、准确、灵敏度高和自动化的特点。 Roche GS FLX System是一种基于焦磷酸测序原理而建立起来的高通量基因组测序系统。在测序时，使用了一种叫做“Pico TiterPlate”（PTP）的平板，它含有160多万个由光纤组成的孔，孔中载有化学发光反应所需的各种酶和底物。测序开始时，放置在四个单独的试剂瓶里的四种碱基，依照T、A、C、G的顺序依次循环进入PTP板，每次只进入一个碱基。如果发生碱基配对，就会释放一个焦磷酸。这个焦磷酸在各种酶的作用下，经过一个合成反应和一个化学发光反应，最终将荧光素氧化成氧化荧光素，同时释放出光信号。此反应释放出的光信号实时被仪器配置的高灵敏度CCD捕获到。有一个碱基和测序模板进行配对，就会捕获到一分子的光信号；由此一一对应，就可以准确、快速地确定待测模板的碱基序列。
高通量测序生物信息学分析(内部极品资料,初学者必看)
基因组测序基础知识 ㈠De Novo测序也叫从头测序，是首次对一个物种的基因组进行测序，用生物信息学的分析方法对测序所得序列进行组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。 目前国际上通用的基因组De Novo测序方法有三种： 1. 用Illumina Solexa GA IIx 测序仪直接测序； 2. 用Roche GS FLX Titanium直接完成全基因组测序； 3. 用ABI 3730 或Roche GS FLX Titanium测序，搭建骨架，再用Illumina Solexa GA IIx 进行深度测序，完成基因组拼接。 采用De Novo测序有助于研究者了解未知物种的个体全基因组序列、鉴定新基因组中全部的结构和功能元件，并且将这些信息在基因组水平上进行集成和展示、可以预测新的功能基因及进行比较基因组学研究，为后续的相关研究奠定基础。 实验流程： 公司服务内容 1.基本服务：DNA样品检测；测序文库构建；高通量测序；数据基本分析（Base calling，去接头， 去污染）；序列组装达到精细图标准 2.定制服务：基因组注释及功能注释；比较基因组及分子进化分析，数据库搭建；基因组信息展 示平台搭建 1.基因组De Novo测序对DNA样品有什么要求？
(1) 对于细菌真菌，样品来源一定要单一菌落无污染，否则会严重影响测序结果的质量。基因组完整无降解(23 kb以上)， OD值在1.8～2.0 之间；样品浓度大于30 ng/μl；每次样品制备需要10 μg样品，如果需要多次制备样品，则需要样品总量=制备样品次数*10 μg。 (2) 对于植物，样品来源要求是黑暗无菌条件下培养的黄化苗或组培样品，最好为纯合或单倍体。基因组完整无降解(23 kb以上)，OD值在1.8～2.0 之间；样品浓度大于30 ng/μl；样品总量不小于500 μg，详细要求参见项目合同附件。 (3) 对于动物，样品来源应选用肌肉，血等脂肪含量少的部位，同一个体取样，最好为纯合。基因组完整无降解(23 kb以上)，OD值在1.8～2.0 之间；样品浓度大于30 ng/μl；样品总量不小于500 μg，详细要求参见项目合同附件。 (4) 基因组De Novo组装完毕后需要构建BAC或Fosmid文库进行测序验证，用于BAC 或Fosmid文库构建的样品需要保证跟De Novo测序样本同一来源。 2. De Novo有几种测序方式 目前3种测序技术 Roche 454，Solexa和ABI SOLID均有单端测序和双端测序两种方式。在基因组De Novo测序过程中，Roche 454的单端测序读长可以达到400 bp，经常用于基因组骨架的组装，而Solexa和ABI SOLID双端测序可以用于组装scaffolds和填补gap。下面以solexa 为例，对单端测序(Single-read)和双端测序(Paired-end和Mate-pair)进行介绍。Single-read、Paired-end和Mate-pair主要区别在测序文库的构建方法上。 单端测序(Single-read)首先将DNA样本进行片段化处理形成200-500bp的片段，引物序列连接到DNA片段的一端，然后末端加上接头，将片段固定在flow cell上生成DNA簇，上机测序单端读取序列(图1)。 Paired-end方法是指在构建待测DNA文库时在两端的接头上都加上测序引物结合位点，在第一轮测序完成后，去除第一轮测序的模板链，用对读测序模块(Paired-End Module)引导互补链在原位置再生和扩增，以达到第二轮测序所用的模板量，进行第二轮互补链的合成测序(图2)。 图1 Single-read文库构建方法图2 Paired-end文库构建方法
生物实验室操作规范安全手册(20201101121416)
实验室操作规范 本规程中列出了最基本的实验室操作和程序，他们是微生物学操作技术规范的基础。在规划实验室和国家级实验室项目时，可以根据这些规程来制订实验室安全操作的书面程序。每个实验室都应该采用“安全手册”或“操作手册”，其中定义了已知的和潜在的危害，并规定了特殊的操作程序来避免或尽量减小这种危害。规范的微生物学操作技术是实验室安全 的基础，而专门的实验设备仅仅是一种补充，绝不能替代正确的操作规范。下面列出了一些 最重要的概念。 进入规定 1在处理危险度2级或更高危险度级别的微生物时，在实验室门上应标有国际通用的生物危害警告标志（图1）。 2、只有经批准的人员方可进入实验室工作区域。 3、实验室的门应保持关闭。 4、儿童不应被批准或允许进入实验室工作区域。 5、进入动物房应当经过特别批准。 6、与实验室工作无关的动物不得带入实验室。 人员防护 1在实验室工作时，任何时候都必须穿着连体衣、隔离服或工作服。 2、在进行可能直接或意外接触到血液、体液以及其他具有潜在感染性的材料或感染性动物 的操作时，应戴上合适的手套。手套用完后，应先消毒再摘除，随后必须洗手。 3、在处理完感染性实验材料和动物后，以及在离开实验室工作区域前，都必须洗手。 4、为了防止眼睛或面部受到泼溅物、碰撞物或人工紫外线辐射的伤害，必须戴安全眼镜、面罩（面具）或其他防护设备。 5、严禁穿着实验室防护服离开实验室，（如去餐厅、咖啡厅、办公室、图书馆、员工休息室和卫生间）。 6、不得在实验室内穿露脚趾的鞋子。 7、禁止在实验室工作区域进食、饮水、吸烟、化妆和处理隐形眼镜。 8、禁止在实验室工作区域储存食品和饮料。 9、在实验室内用过的防护服不得和日常服装放在同一柜子内。 操作规范 1严禁用口吸移液管。 2、严禁将实验材料置于口内。严禁舔标签。 3、所有的技术操作要按尽量减少气溶胶和微小液滴形成的方式来进行。 4、应限制使用皮下注射针头和注射器。除了进行肠道外注射或抽取实验动物体液，皮下注射针头和注射器不能用于替代移液管或用作其他用途。 5、出现溢出、事故以及明显或可能暴露于感染性物质时，必须向实验室主管报告。实验室应保存这些事件或事故的书面报告。 6、必须制订关于如何处理溢出物的书面操作程序，并予以遵守执行。 7、污染的液体在排放到生活污水管道以前必须清除污染（采用化学或物理学方法）。根据所处理的微生物因子的危险度评估结果，可能需要准备污水处理系统。 8、需要带出实验室的手写文件必须保证在实验室内没有受到污染。 实验室中标本的安全操作 实验室标本的收集、运输和处理不当，会带来使相关人员感染的危险。
三代测序原理技术比较
导读从1977年第一代DNA测序技术（Sanger法）1，发展至今三十多年时间，测序技术已取得了相当大的发展，从第一代到第三代乃至第四代，测序读长从长到短，再从短到长。 摘要：从1977年第一代DNA测序技术（Sanger法）1，发展至今三十多年时间，测序 技术已取得了相当大的发展，从第一代到第三代乃至第四代，测序读长从长到短，再从短到长。虽然就当前形势看来第二代短读长测序技术在全球测序市场上仍然占有着绝对的优势位置，但第三和第四代测序技术也已在这一两年的时间中快速发展着。测序技术的每一次变革，也都对基因组研究，疾病医疗研究，药物研发，育种等领域产生巨大的推动作用。在这里我主要对当前的测序技术以及它们的测序原理做一个简单的小结。 图1：测序技术的发展历程 生命体遗传信息的快速获得对于生命科学的研究有着十分重要的意义。以上（图1）所描述的是自沃森和克里克在1953年建立DNA双螺旋结构以来，整个测序技术的发展历程。 第一代测序技术 第一代DNA测序技术用的是1975年由桑格（Sanger）和考尔森（Coulson）开创的链终止法或者是1976-1977年由马克西姆（Maxam）和吉尔伯特（Gilbert）发明的化学法（链降解）. 并在1977年，桑格测定了第一个基因组序列，是噬菌体X174的，全长5375个碱基1。自此，人类获得了窥探生命遗传差异本质的能力，并以此为开端步入基因组学时代。研究人员在Sanger法的多年实践之中不断对其进行改进。在2001年，完成的首个人类基因组图谱就是以改进了的Sanger法为其测序基础，Sanger法核心原理是：由于ddNTP的2’和3’都不含羟基，其在DNA的合成过程中不能形成磷酸二酯键，因此可以用来中断DNA 合成反应，在4个DNA合成反应体系中分别加入一定比例带有放射性同位素标记的ddNTP（分为：ddATP,ddCTP,ddGTP和ddTTP），通过凝胶电泳和放射自显影后可以根据电泳带的位置确定待测分子的DNA序列（图2）。这个网址为 sanger测序法制作了一个小短片，形象而生动。 值得注意的是，就在测序技术起步发展的这一时期中，除了Sanger法之外还出现了一些其他的测序技术，如焦磷酸测序法、链接酶法等。其中，焦磷酸测序法是后来Roche公司454技术所使用的测序方法2–4，而连接酶测序法是后来ABI公司SOLID技术使用的测序方法2,4，但他们的共同核心手段都是利用了Sanger1中的可中断DNA合成反应的dNTP。
高通量测序 名词解释
高通量测序基础知识汇总 一代测序技术：即传统的Sanger测序法，Sanger法是根据核苷酸在待定序列模板上的引物点开始，随机在某一个特定的碱基处终止，并且在每个碱基后面进行荧光标记，产生以A、T、C、G结束的四组不同长度的一系列核苷酸，每一次序列测定由一套四个单独的反应构成，每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH 基团，使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止，使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物。它们具有共同的起始点，但终止在不同的的核苷酸上，可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段，通过检测得到DNA碱基序列。 二代测序技术：next generation sequencing（NGS）又称为高通量测序技术，与传统测序相比，二代测序技术可以一次对几十万到几百万条核酸分子同时进行序列测定，从而使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序（Deep sequencing）。NGS主要的平台有Roche（454 & 454+），Illumina（HiSeq 2000/2500、GA IIx、MiSeq），ABI SOLiD等。 基因：Gene，是遗传的物质基础，是DNA或RNA分子上具有遗传信息的特定核苷酸序列。基因通过复制把遗传信息传递给下一代，使后代出现与亲代相似的性状。 DNA：Deoxyribonucleic acid，脱氧核糖核酸，一个脱氧核苷酸分子由三部分组成：含氮碱基、脱氧核糖、磷酸。脱氧核糖核酸通过3',5'-磷酸二酯键按一定的顺序彼此相连构成长链，即DNA链，DNA链上特定的核苷酸序列包含有生物的遗传信息，是绝大部分生物遗传信息的载体。
实验室相关标准操作规程完整
实验室生物安全实施标准操作规程 1、目的：预防与控制院感管理工作达到预期目标，防止医务人员发生职业暴露。 2、适用范围：检验部门工作人员。 3、定义：无 4、管理要求： 4.1进入规定 4.1.1在实验室入口处应贴生物危害警告标志。注明病原微生物、实验室生物安全等级和负责人电话。 4.1.2未经许可，非授权人员不应进入实验室。 4.1.3. 实验室门应保持关闭状态。 4.1.4. 与实验室工作无关的动物、个人衣物不应带入实验室。 4.2.个人防护 4.2.1.工作服 4.2.1.1. 在实验室工作时，应穿着工作服。 4.2.1.2. 不应穿着实验室工作服离开实验室。 4.2.1.3. 实验室工作服不应与日常服装放在一起。 4.2.2.手套 在进行可能直接或意外接触到血液、体液以及其他具有潜在感染性材料的操作时，应戴上合适的手套。脱手套后应洗手。用过的一次性手套应丢入感染性医疗废物袋内。 4.2.3.洗手 脱手套后以及离开实验室前，都应洗手。 4.2.4.其他防护 4.2.4.1. 当有可能受到喷溅物污染、碰撞或人工紫外线辐射伤害时，应戴合适的护目镜。 4.2.4.2. 不应再实验室内穿露脚趾的鞋子。 4.2.4.3. 不应在实验室工作区域进食、饮水、吸烟、化妆和处理接触镜（隐形眼镜）。 4.2.4.4. 不应在实验室工作区域内储存食品和饮料。 4.3.实验室工作区 4.3.1. 实验室应保持清洁整齐，严禁摆放和实验无关的物品。 4.3.2. 每天工作结束后，应消毒工作台面和生物安全柜台面。活性物质溅出后要随时消毒。 4.3.3. 所有受到污染的材料、标本和培养物应废弃于医疗废物容器内，不得与普通垃圾混放。需要清洁再利用的材料，应先压力蒸汽灭菌处理。 4.3.4. 需要带出实验室的手写文件应保证在实验室内没有受到污染。 参考文献：[1] WHO. 实验室生物安全手册,第3版.2004. 5、标准无 6、流程（无） 7、表单（无） 8、相关文件 8.1参考文献：[1] 中华人民共和国卫生部. 公共场所集中空调通风系统卫生规范[S].2006. [2] 中华人民共和国卫生部.医院空气净化管理规范[WS/T 368-2012].
实验室管理和使用操作手册
实验室管理和使用操作手册
实验室管理和使用操作手册 一、做好实验室的布置 1、门牌 2、管理制度 3、标语 4、课程表、座位表 管理规范 实验室内的各种配套设施要巧安排，要适合实验室管理与使用的要求，做到布局合理，整齐划一。如在实验教学及仪器药品保管过程中会产生各种有害气体，因此实验室都要建立良好的通风排气装置，以便及时把有害气体排出室外。中小学一般采用比较经济的排气扇通风装置，有条件的学校应采用先进的、吸气能力强、噪声低的管道汇流式通风装置。实验教师要经常检查通风设施，检查是否完好，发现问题及时采取相应措施。实验室应配备废液处理装置，实验中废液应收集，经集中处理后排入污水管道；防火设施到位；实验室前后标语与环境相符；实验室有关制度齐全；课程表、座位表张贴醒目。 二、做好实验设备的管理 1、安全管理：水、电、消防、危险品、防
潮、防尘、防霉 2、实验设备管理:教师演示台学生分组实验台、准备台、凳子、水槽、综合布线、仪器柜、药品柜、标本柜 管理规范 （一）仪器橱窗的管理 存放仪器的橱柜要色调一致，摆放整齐，仪器橱摆放时应注意采光、通风、美观和方便等要求，同时还应考虑便于仪器分类存放。一般情况下仪器橱呈一字形排列，橱门要与窗户垂直，便于通风。各排仪器橱之间要留有不少于1 米的通道，便于取放。仪器橱一般不要靠墙摆放，非靠墙不可的，橱与墙之间应留有10cm 左右的通风空间。一般新旧仪器橱要相对分开，高矮、式样相近的仪器橱要放在同一排或同一室。仪器橱定位后要编序号，序号一般编在仪器橱正面上方。 （二）实验桌凳的管理 学生实验桌应排列整齐，色调一致，每张实验桌应编有序号。要教育学生爱护实验桌、凳，不要在实验桌、凳上乱涂乱写，实验完成后要保持桌面的洁净。 （三）实验室水电设施的管理
实验室操作手册
1微生物鉴定 1.1 显微镜相关操作 1.1.1 简单染色 实验步骤： 涂片：取干净载玻片一块，在载玻片上加一滴蒸馏水，用接种环取菌涂在载玻片上，做成菌悬液。 晾干：让载玻片自然晾干或者在酒精灯火焰上方用火缓慢烘干。 固定：拿住载玻片一端，让菌膜朝上，通过火焰2～3次固定（以不烫手为宜）。染色：将固定过的载玻片加复红染色1～2min。 水洗：用蒸馏水洗去载玻片上的染色液。 干燥：将载玻片放在空气中晾干或用吸水纸吸干。 镜检：先用低倍镜观察，再切换到高倍镜观察，并在找到视野后，将高倍镜转出，在载玻片上加入一滴香柏油，将油镜浸入油滴中仔细调焦观察细菌的形态。 1.1.2 革兰氏染色 实验步骤： 涂片：取干净载玻片一块，在载玻片上加一滴蒸馏水，用接种环取菌涂在载玻片上，做成菌悬液。 晾干：让载玻片自然晾干或者在酒精灯火焰上方用火缓慢烘干。 固定：拿住载玻片一端，让菌膜朝上，通过火焰2～3次固定（以不烫手为宜）。结晶紫染色：在载玻片上加适量（盖满细菌涂面）的结晶紫染色液染色1min。水洗：用蒸馏水洗去结晶紫染液。 媒染：滴加碘液，媒染1min。 水洗：用蒸馏水洗去碘液。 脱色：将载玻片倾斜，连续滴加95%乙醇脱色20～25s至流出液无色，立即水洗。复染：滴加番红复染5min。
水洗：用蒸馏水洗去番红染液。 晾干：将染色好的载玻片放在空气中晾干或用吸水纸吸干。 镜检：先用低倍镜观察，再切换到高倍镜观察，并在找到视野后，将高倍镜转出，在载玻片上加入一滴香柏油，将油镜浸入油滴中仔细调焦观察细菌的革兰氏染色反应性。 1.1.3 扫描电镜样品制备 取材：选取培养良好的微生物菌液约5～7mL。分装到1mL离心管中，12000rpm 离心5min，弃置上清液，收集菌体。 清洗：用PBS缓冲液（pH=7.2）清洗菌体，12000rpm离心5min，弃置上清液，收集菌体，重复5～7次，确保菌液中没有残留培养基。 固定：常用固定剂有 2.5%戊二醛，1%四氧化锇。在4℃下固定一晚上。次日用PBS缓冲液（pH=7.2）清洗样品。 脱水：用40%、70%、90%和100%的乙醇分别依次脱水，每次15min。经脱水后的样品应马上干燥，若无法进行干燥操作，应当将脱水后的样品放置在－80℃冰箱中保存。 干燥：菌体样品一般采用真空冷冻干燥法、临界点干燥法对菌体进行干燥处理。镀膜：将菌体样品放在真空镀膜机内，把金喷镀到样品表面后。镀膜完成后取出样品制备完毕。 1.1.4 透射电镜样品制备 超薄切片技术是为透射电镜观察提供薄样品的专门技术,广泛应用于生物体的各种细胞的超微结构观察。一般厚度在10～100nm的切片称为超薄切片，制作这种切片的技术叫做超薄切片技术。 样品制备步骤： 取材：选取培养良好的微生物菌液约5～7mL。分装到1mL离心管中，12000rpm 离心5min，弃置上清液，收集菌体。 清洗：用PBS缓冲液（pH=7.2）清洗菌体，12000rpm离心5min，弃置上清液，
测序 基础知识
转录组高通量测序中，reads、contigs、scaffold、unigene、singleton 高通量测序时，在芯片上的每个反应，会读出一条序列，是比较短的，叫read，它们是原始数据； 有很多reads通过片段重叠，能够组装成一个更大的片段，称为contig（克隆群）； 多个contigs通过片段重叠，组成一个更长的scaffold； 一个contig被组成出来之后，鉴定发现它是编码蛋白质的基因，就叫singleton； 多个contigs组装成scaffold之后，鉴定发现它编码蛋白质的基因，叫unigene。 基因组测序方法： 链中止法测序：通过合成与单链DNA互补的多核甘酸链，由于合成的互补链可在不同位置随机终止反应，产生只差一个核苷酸的DNA分子，从而来读取待测DNA分子的顺序。 化学降解法测序：在待定的核苷酸碱基中引入化学集团，再用化合物处理，使DNA分子在被修饰的位置降解。 自动化测序：与链终止测序原理相同，这姿势用不同的荧光色彩标记ddNTP，如ddA TP 标记红色荧光，ddCTP标记蓝色荧光，ddGTP标记黄色荧光，ddTTP标记绿色荧光。由于每种ddNTP带有各自待定的荧光颜色，二简化为由1个泳道同时判读4种碱基。 非常规DNA测序毛细管电泳、光点测序、DNA芯片测序、随机的组装（鸟枪法）鸟枪法：就有可能出现错装。 鸟枪法策略指导测序策略 不需要背景信息构建克隆群 时间短需要几年时间 需要大型计算机 得到的是草图（Draft）得到的是精细图谱 EST （Expressed sequence tag）测序 EST是一种重要的基因组图分子标记，以EST为探针很容易从cDNA文库中筛选全基因，又可从BAC克隆中找到其基因组的基因序列。 优点：mRNA可直接反转录成cDNA，而且cDNA文库也可比较容易构建。 对cDNA文库大量测序，即可获得大量的EST序列 EST为基因的编码区，不包括内含子和基因间区域，一次测序的结果足以鉴定所代表的基因。 人类基因组计划于1990年启动，我国于1999年加入，承担1%任务，即人类3号染色体短臂上约30MB的测序任务。 2000年6月26完成草图。测序错误率低于1%%。
焦磷酸测序技术的原理
Pyrosequencing技术的原理 Pyrosequencing是一项全新的DNA测序技术，可以快速、准确地测定一段较短的目标片段。其基本原理如下： 第1步：1个特异性的测序引物和单链DNA模板结合，然后加入酶混合物（包括DNA Polymerase、ATP Sulfurylase、Luciferase和Apyrase）和底物混合物（包括APS和Luciferin）。 第2步：向反应体系中加入1种dNTP,如果它刚好能和DNA模板的下一个碱基配对，则会在DNA 聚合酶的作用下，添加到测序引物的3‘末端，同时释放出一个分子的焦磷酸（PPi）。 第2步图示(图片来自互联网) 第3步：在ATP硫酸化酶的作用下，生成的PPi可以和APS结合形成ATP;在荧光素酶的催化下，生成的ATP又可以和荧光素结合形成氧化荧光素，同时产生可见光。通过CCD光学系统即可获得一个特异的检测峰，峰值的高低则和相匹配的碱基数成正比。 第3步图示(图片来自互联网) 第4步：反应体系中剩余的dNTP和残留的少量ATP在Apyrase的作用下发生降解。 第4步图示(图片来自互联网) 第5步：加入另一种dNTP,使第2-4步反应重复进行，根据获得的峰值图即可读取准确的DNA序列信息。
第4步图示(图片来自互联网) Pyrosequecing技术操作简单，结果准确可靠，可应用于SNP位点检测、等位基因频率测定、细菌和病毒分型等领域。 →如果您认为本词条还有待完善，请编辑词条 上一篇SNP（单核苷酸多态性）下一篇阅读质粒图谱 具体事例 【摘要】建立了一种将序列标记反转录聚合酶链反应(PCR)与焦磷酸测序技术结合的相对基因表达量测定法(简称“SRPP”)。先用来源特异性引物对不同来源的同一基因通过反转录标记上特异性标签，PCR后用焦磷酸测序法对扩增产物进行序列解码，使得测序结果中的序列代表基因的来源，峰高代表基因在不同来源中的相对表达量。用实时荧光定量PCR法对本方法的准确性进行了验证，结果表明，SRPP可以同时准确测定同一基因在3个不同来源中的表达量，并实际测定了Egr1基因在糖尿病、肥胖和正常小鼠肝中的表达量差异。 【关键词】序列标记反转录, 聚合物链反应，焦磷酸测序，基因表达 1 引言 差异表达基因与疾病密切相关，深入研究可在基因水平揭示疾病的发病机制。目前，用于检测基因表达水平的技术主要有SAGE法[1]、实时荧光定量PCR法[2,3]和基因芯片法[4]等。但这些方法存在仪器设备昂贵、定量性能差以及同时测定基因表达量的来源数目受限等缺点。 焦磷酸测序技术是新近发展起来的一种基于酶催化化学反应的测序技术[5～8]，不需要使用荧光标记，定量性能好。目前，焦磷酸测序技术多用于单核苷酸多态性(SNP)分析、微生物分型和基因甲基化分析等。本研究将焦磷酸测序技术用于基因表达量差异的比较分析，考察了其可行性和准确性，并将其应用于检测Egr1基因在糖尿病、肥胖症和正常小鼠中的差异表达。 2 实验部分 仪器、试剂与材料
实验室设备操作规程完整
低速台式大容量离心机操作规程 操作步骤： （1）插上电源，待机指示灯亮；打开电源开关，此时数码管显示的闪烁数字为机器工作转速的出厂设定值。 （2）设定机器的工作参数，如何运转时间，工作转速等。 （3）按控制面板上的运转键，离心机开始运转。在预先设定的加速时间，其转速升至预先设定值。时数码管显示的闪烁数字为机器工作转速的出厂设定值。 （4）在预先设定的运转时间到后（不包括加速时间），离心机开始减速，其转速在预先设定的减速时间降至零。 （5）按控制面板上的停止键（stop），数码管显示dcdT,数秒钟后即显示闪烁的转速值，恢复待机状态，这时机器已准备好下一次工作。
高压灭菌器操作规程 操作步骤： （1）将待灭菌的物品予以妥善包扎，各包之间留有间隙顺序地放入灭菌桶的带板上。 （2）在主体加清水6升，在继续使用的情况下，应保持此位置。（3）将灭菌桶放入主体，然后把盖上的放气饮管插入桶侧的圆槽，对正盖主体的螺栓槽，顺序地将相对方位的翼形螺母予以均质旋紧，使盖与主体密合。 （4）加热开始时应将放气阀摘不放在垂直“开放”方位，排出桶空气，当有较急的蒸汽喷出时，即将该摘子扳回水平“关闭”方位。此时压力表加热针会随之逐渐上升，指示出灭菌的压力。（5）灭菌终了时，应首先将热源熄灭，使它自然冷却直至压力表指针回复至零位，再待数分钟后，打开放气阀，排出余冷后，才能将盖开启。
干燥箱操作规程 操作步骤： （1）把待灭菌物品放入箱时，应留有一定空隙，使空气能自然流通。（2）将玻璃门与外门关上，并将箱顶上的冈顶活门适当旋开。（3）接通电源后，根据物品灭菌所需温度选择不同档，加温灭菌，温度较高时，小心烫伤。 （4）开启鼓冈开关，鼓风机工作。 （5）温度设定，揿进控温仪器设定，测量按钮开关，旋转设定按钮，设定所需温度值。设定完毕，再揿一下设定，测量按钮开关， 是其伸出时，则显示箱测量温度。 （6）当指示灯指示恒温或加热状态时，说明仪器正常工作。 培养箱操作规程
高通量测序技术
高通量测序技术（High-throughput sequencing）又称“下一代”测序技术 （"Next-generation" sequencing technology），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。 根据发展历史、影响力、测序原理和技术不同等，主要有以下几种：大规模平行签名测序（Massively Parallel Signature Sequencing, MPSS)、聚合酶克隆（Polony Sequencing）、454焦磷酸测序（454 pyrosequencing）、Illumina (Solexa) sequencing、ABI SOLiD sequencing、离子半导体测序（Ion semiconductor sequencing）、DNA 纳米球测序（DNA nanoball sequencing）等。 高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变，同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(deep sequencing)。 实验过程 1.样本准备(sample fragmentation) 2.文库构建(library preparation) 3.测序反应(sequencing reaction) 4.数据分析(data analysis) 测序平台 自从2005年454 Life Sciences公司(2007年该公司被Roche正式收购)推出了454 FLX焦磷酸测序平台(454 FLX pyrosequencing platform)以来，因为他们的拳头产品毛细管阵列电泳测序仪系列(series capillary array electrophoresis sequencing machines)遇到了两个强有力的竞争对手，曾推出过3730xl DNA测序仪(3730xl DNA Analyzer)的Applied BioSystem(ABI)这家一直占据着测序市场最大份额的公司的领先地位就开始动摇了，一个就是罗氏公司(Roche)的454 测序仪(Roch GS FLX sequencer)，，另一个就是2006年美国Illumina公司推出的Solexa基因组分析平台(Genome Analyzer platform)，为此，2007年ABI公司推出了自主研发的SOLiD 测序仪(ABI SOLiD sequencer)。这三个测序平台即为目前高通量测序平台的代表。(见表一) 公司名称技术原理技术开发者 Apply Biosystems(ABI) 基于磁珠的大规模并行克隆连接 DNA测序法 美国Agencourt私人基因组学公司(APG) Illumina 合成测序法英国Solexa公司首席科学家David Bentley Roche 大规模并行焦磷酸合成测序法 美国454 Life Sciences公司的创始人Jonathan Rothberg Helicos 大规模并行单分子合成测序法美国斯坦福大学生物工程学家Stephen Quake Complete Genomics DNA纳米阵列与组合探针锚定连接 测序法 美国Complete Genomics公司首席科学家radoje drmanac 表一:主流测序平台一览 Roche 454焦磷酸测序 (pyrophosphate sequencing) Illumina Solexa 合成测序 (sequence by synthesize) Illumina Genome AnalyzerIIx测序原理 Illumina公司的新一代测序仪Hiseq 2000和Hiseq 2500具有高准确性，高通量，高灵敏度，和低运行成本等突出优势，可以同时完成传统基因组学研究(测序和注释)以及功能基因组学(基因表达及调控，基因功能，蛋白/核酸相互作用)研究。Hiseq是一种基于单分子簇的边合成边测序技术，基于专有的可逆终止化学反应原理。测序时将基因组DNA的随机片段附着到光学透明
高通量测序入门
很高兴成为论坛特邀专家，鄙人会接下来的一段时间内写一些高通量测序数据方面的帖子，由浅入深，可能刚开始会比较简单一些，后面会有一些针对性的专题，也欢迎各位大侠或小菜提出建议或问题大家一起探讨。为了活跃论坛建议大家直接跟帖或发新帖，我会尽快回复大家。 本人方向也仅限在RNA-seq 领域，所以其他领域的问题可能不太了解，只能按照自己的背景知识和请教别人解答，请大家慢拍砖！ 另外，由于实验室课题比较忙，所以可能不能及时发帖或回复大家，也请见谅。 既然是入门专题，那就先简单说一下，要分析高通量测序数据的配置要求吧： 声明：该配置不适用与从华大拿回分析结果直接写paper 的同学。我认识的一位同学一点生物信息背景也没有，直接用华大返回分析结果发了很好的文章，如果想这样的同学可直接跳过这篇，等待以后的专题。 言归正传： 1. 软配置： 生物理论知识：熟悉生命活动的基本过程，对复制、转录、翻译、转录后修饰有较清晰的认识，如果知道cis-element 和trans-factor 的区别就更好了。推荐朱玉贤的分子生物学，能够掌握60% 就差不多了（这是对想通过测序数据进行生物分析同学的要求，如果是做软件开发等就无所谓了，比如国内做的很好的一些实验室，都是数学或自动化专业的牛人，以下一些配置也不适用这些牛人） 实验理论知识：不一定要做过实验，但至少要知道实验的过程，比如测序前样本的处理过程，序列片段化、加接头、PCR 扩增等。也许没有用，但将来出了问题，你可以很容易知道问题出在哪里 编程知识：要求不用太高，学一些perl 就可以了，对于生物专业的同学（本人就是生物专业），强烈推荐perl 语言入门，好像现在已经出到第五版了。此书极为搞笑，本人当时看了一个星期，其中幽默的语言导致本人经常笑出声音引得实验室同学以为神经了。对于有C 语言基础的同学来说简直就是菜，两天就可以通了。另外，学有余力的同学可以学一些R 以及python 或java. 因为好多软件都是用R 或python 写的，如果要是比较懒或三国杀很忙抽不出空就算了，学学perl 就好了。切记一点：perl 的学习过程中除了基础知识，一定要看一下哈希和模块这两部分。当然如果你们导师允许你对数据去个冗余也要半个月的话，你只学到循环就可以了。 统计学知识：只要大学上过生物统计也就差不多了（遇到二百五的老师你就比较悲剧了），最基本的知道什么是标准化，正态分布，p value 以及卡方检验或Fisher 精确检验，多重检验,，FDR 这些概念和计算方法也就差不多了。推荐从以下统计软件中择一精通之： SAS(比较变态，硕士期间学了，后来就还给老师了) excel(入手比较容易，好好学学，功能比较全，我学的差) matlab(本人认为最牛的统计软件，有专门的论坛，有兴趣的同学可以google 一下) SPSS(上手比较容易，而且很多汉化的非常好，新手同学比较推荐，但是精通比较