PyMOL使用入门
生物大分子三维结构显示技术讲义
PyMOL使用入门
耿存亮
gengcunliang@https://www.360docs.net/doc/f415066812.html,
2012年10月09日
1.PyMOL简介
PyMOL是一款生物大分子三维结构显示软件，其中“Py”是指此软件使用Python语言编写，“MOL”是指Molecule。
PyMOL官网是https://www.360docs.net/doc/f415066812.html,/，发展历史和软件更新动态可在此查询。
PyMOL的学习网站是https://www.360docs.net/doc/f415066812.html,/index.php/Main_Page，若想用好PyMOL，此网站是必上网站，其实这一个也就够了。
2.PyMOL入门
2.1模式显示及颜色显示
PyMOL既可以鼠标操作也可以命令操作，但是命令操作可以完成许多鼠标难以完成的任务。下面就以实例来认识一下PyMOL。
打开PyMOL软件后，首先要特别注意的是当前工作路径。
即可显示当前工作路径，默认路径是PyMOL的安装路径。一般不把文件保存在安装路径下，所以需修改当前工作路径，而且路径不能有汉字，
再用pwd命令查看一下当前工作路径。如下图所示：
命令很方便很简单很神奇吧O(∩_∩)O~
其次要注意的是保证鼠标是三键式的，滚轮可用作中键。如果像苹果机一样
只有一个按键或没有中键的话，还是赶紧换个鼠标吧。
好了，现在下载一个PDB文件，如何下载呢？
当然可以去PDB网站https://www.360docs.net/doc/f415066812.html,/pdb/home/home.do下载，但是打开网页多麻烦啊，如果能用PyMOL直接下载该多好啊，那就试一试fetch命令吧！
下载纤维素外切酶CBHI和纤维素糖链的复合物晶体结构，PDB号是7cel，
稍等片刻，就会下载完毕并显示如下：
刚才说到三键式鼠标，那么三个键都有什么用呢？
按住左键滑动会旋转结构（rotate），按住中键滑动会移动结构（move），按住右键滑动会缩放结构（move zoom）。
这个不用记，多按几下就熟了，实在忘了在右下角有提示的，如下图
下载打开7cel 的pdb文件后，在all小框下面会出现7cel小框，后面还跟着几个按键ASHLC，这几个按键后面会一点点介绍。先左键点击一下7cel小框，会发现结构消失了，被点击的小框也变暗了，这就是隐藏功能，再点击一下就会恢复，如下图所示
看到恢复后的结构你一定感到一团糟吧，这都神马呀！
上过王禄山老师的课后，应该清楚PDB文件就是具有一定格式的文本文档，里面记录着每个原子的三维坐标值，不信的话可用记事本打开PDB文件看一看。PyMOL所谓的结构显示就是读取每个原子的三维坐标，然后用一个点（球）来显示出来，原子之间的化学键用线表示。当然还可以用其他模式的显示，比如大
看着熟悉的α螺旋和β折叠，是不是感觉清爽多了？
刚才的操作也可用鼠标完成，如下图所示
点击7cel小框中的S按键，然后再点击cartoon或者lines、sticks、ribbon
等等。假如点击了lines，你会发现一团糟的结构又回来了，而cartoon
模式没有
消失。是的，这就是show和as的不同，show是指显示一种或多种模式，而as 是指只显示为一种模式。as该点击哪里呢？仔细看一下上图就明了了。同时你也可能明白了S按键是Show的意思。
怎么隐藏不想显示的模式呢？H按键就能办到，H是Hide的意思。点击H
只显示cartoon模式，蛋白的三级结构显示地很清楚，二级结构中的α螺旋、β折叠和无规则卷曲也很清楚地显示了。
咦？怎么蛋白是绿色的？难道蛋白真的是绿色的吗？蛋白到底是什么颜色
我不清楚，这里显示的颜色是软件设置的默认颜色，既然是软件设置，那么当然可以改成其他颜色。这就要用到C按键，C是Color的意思。
点击C按键你会看到下图所示的工具框，其中by element指按元素类型着色，by chain按肽链着色，by ss按二级结构着色（secondary structure），spectrum是指渐变色，还有red、green等等各种颜色。
点击一下by ss，你会发现α螺旋、β折叠和无规则卷曲显示成了不同的颜色，这样显示整个结构是不是更清楚了。
对α螺旋、β折叠和无规则卷曲着不同的颜色怎么实现呢？
比如α螺旋（helix）显示红色，β折叠（sheet）显示绿色，无规则卷曲（loop）
想必你猜出来ss h，ss s的意思了，其实就是选择二级结构α-helix或β
-sheet，那么ss l+”” (这里单引号和双引号都行)为什么还要写+””呢？因为二级结构的分类不仅仅只有这三种，PyMOL为了简化，就把不是α-helix和β-sheet 的结构全部归为loop和其他无规则结构了，所以这里得用l+””表示。
也可以改成其他颜色，但是发文章默认都是白色背景，在电脑上看一般是黑色背景，这样设置是有道理的，喜欢探究的同学可以查一下印刷和屏幕的颜色显示原理。
学到此，先复习一下，温故而知新
颜色设置
2.2选择命令
如果只想选一个原子或一个残基或一段结构，然后突出显示，这该怎么办呢？这个问题很关键，这涉及到PyMOL中很重要的选择命令。
Select是选择命令，后面紧跟一个名字geng，就是给所选择的残基起个名字，这个随便起，然后resi 212是指残基号为212的残基，resi是residue id的缩写。
输入命令并回车后，结构上会显示出一些粉红色的点，7cel框下面会出现一个geng框。但是你还是没看到212GLU的样子，怎么办呢？
点击geng框后S按键中的sticks，212GLU残基就会显示出sticks模式，再点
看出来给所选残基起名字的好处了吧，这样就可以在命令中指定对谁操作，如果什么都不指定那就是对所有原子进行操作，也就是上一节学的对整个蛋白改模式改颜色。
刚才选择了212GLU，如何突出显示并标记出来呢？
点击geng小框L按键中的residues，这样就对212GLU加上了标签，L就是Label的意思。
这样就突出显示212GLU残基了，如图
点击上图右下角的S按键，S指sequence，点击后会显示出蛋白序列。刚才选择残基是用命令实现的，也可以用鼠标左键在蛋白结构或蛋白序列上点击，点击中的残基就会被选中并起名为sele，然后使用A按键中的rename selection修改名称即可，你会发现被点中的残基都会显示出粉红色的小点。
可是到目前为止，所选择的最小单位都是残基，如果只想选择一个原子或者一条肽链，怎么做？鼠标操作的话，首先要修改选择的单位，仔细看一下右下角是不是有Selecting Residues，点击Resdiues，看看都有什么。如果想选择单个原子，那么点击到显示Atoms的时候停下来，如图
然后再在结构上点击某个原子，就选中它了。此时不能在序列上点击了，因为序列只有残基名没有原子名。
举一反三，你也可以选择一个分子、一条链、一个Cα原子等等。
用命令怎么实现自由选择呢？
除了能够根据残基号resi进行选择，还应该有其他的吧？是的，这东西叫属
学到此，先复习一下，温故而知新嘛
2.3布尔算符和标签命令
中学时学过布尔算符and/or/not，在PyMOL的选择命令中布尔算符非常有用。比如选择7cel中212GLU残基的Cα原子，怎么选？
select geng,resi 212 和select geng,name ca两个命令显然不行，因为它们分别对212残基的所有原子以及蛋白的所有Cα原子进行了选择，而不只是212GLU 的Cα原子。
看一看是不是没有显示Cα原子的标签。
上一节做标签是使用鼠标操作的，这里用label命令完成，想隐藏标签直接
回车即可。
如果想知道如何用命令做其他标签，比如残基名残基号，甚至自己起的名字，
然后你能看到下图所示的帮助信息了。其他命令的帮助信息也可通过同样的方式获得，比如help color、help select、help show等等。
到此为止，基本操作就算学完了，已经学过了如何选择如何显示各种模式如何着色如何做标签，一副精美而有科学意义的图片是由基本命令组合使用完成的，这一点只能多用多练。
2.4Object和selection
PyMOL中还有一点非常重要但是解释起来挺麻烦，我试着阐述一下。最初下载7cel生成一个7cel小框，后来做选择时也生成了一个geng小框，这两者有区别吗？可以点击一下A按键，看看两者显示的工具框是否不一样，如下图所示
PyMOL中管7cel叫Object，而所做的选择叫selection。两者什么区别呢？Object是实实在在的物体或东西，而selection是一种虚指。Object删除后，selection也就消失了；而selection删除后被选择的原子不会从蛋白中消失，对object没有任何影响，所删除的只是一个指代名称而已。
管他object还是selection，这对显示有什么影响呢？很有影响，在一些操作中，这两个概念区分不开，常常达不到需要的效果。下面咱们就做几张精美图片，组合运用一下基本操作，练练手。
2.5实例操练
上面三张图展示的是λ噬菌体的一种阻遏蛋白和DNA结合的晶体结构，这个阻遏蛋白结合到DNA后可阻止DNA的表达，PDB号是3cro。
下面一步步解释操作过程
点击S按键查看序列中有几条链，或者点击L按键中的Chains使其显示出来，
由图可知DNA有A和B两条链，还有两个蛋白分别为L链和R链。
隐藏label直接输入Label即可。
设置dna的显示模式为sticks，设置DNA中的P原子为spheres和cartoon
此时是不是已经基本显示出下图的效果了？但好像还有点粗糙。另外，怎么把做好的图保存下来啊？难道要用截图工具截图吗？
打光命令ray就像在照相馆照相时需要专门的灯光设备，这里ray打光后，图像显示出景深和立体效果，更加逼真和精美。
保存图片命令非常简单，png后面加上你起的任意文件名即可，回车后图片自动保存在当前工作路径下，图片文件格式是png，看看后缀就清楚了。注意当前工作路径在哪里，还记得pwd命令吧O(∩_∩)O
高清大图怎么做呢？无非就是像素调高一些呗，还是ray命令，不过后面加
看一看是不是高清多了，文件也大多了。如果ray后不加参数的话，那么就以PyMOL软件窗口的大小作图，你调的窗口大它就大，你调的小它就小。
好了，现在咱们已经完成第一张精美图片的制作了，很有成就感吧↖(^ω^)↗
接下来，咱们来做第二张和第三张图片
看到这两张图，可能你会觉得很简单，不就是把蛋白show出surface模式
会发现效果竟然是下面这张图
咦，这是什么情况？！怎么这个图里两个蛋白表面连到一起了？还有蛋白和DNA的交界面怎么会是裂开的啊？
还记得前面说过的Object和selection的区别吗？前面没理解的话，在这里会有深刻体会的。前面说过Object是实实在在的物体或东西，而selection不过是一个指代名称。选择链l为prol，不过是用prol指代3cro中的链l，但链l和链r还是在3cro中，而没有独立出来，两个蛋白链l与r和DNA链a与b共处在一个object中，它们是一体的，而不是独立的。既然大家都是一体的，显示表面时相互之间当然就是连接的，所以只显示蛋白的表面当然显示出裂开的蛋白DNA 交界面，如果你只显示prol的话，还会出现裂开的蛋白交接面呐，见下图
那怎么显示出锁钥契合而不是相互连成一片的表面呢？既然大家共处一个
取自3cro中的prol。
这一次是不是不再连成一片了？
到此再ray一下，保存即可得到第二张精美图。
第三张图只是把表面的颜色改了改，如果用前面所学的color改的话，连
把pro1和pro2的表面颜色改为灰70，gray70配合白色背景非常好。也可以只改pro1或pro2的表面颜色。ray一下，保存即可得到第三张精美图。
好啦，总算做完这三张图了\(^o^)/
最后再补充一点，这么精美的构图打了这么半天命令才打出来，能不能把这
个效果用软件保存下来，以后直接打开这个保存文件就能恢复呢？
当然可以了，不知你有没有发现，PyMOL是没有撤销功能的，而只能通过不断的保存中间文件来代替撤销功能。怎么保存呢？菜单栏file里有个save session，点击并起个文件名保存为pse格式即可。双击这个pse文件就能恢复。
3.PyMOL学习
上面介绍的只是PyMOL的基本命令和操作，很多功能都没有涉及，比如距离、角度及二面角的测量、静电势分布计算、氢键显示、蛋白结构编辑、突变残基、动画制作以及python编程等等。这些功能可随用随学，不必一下子全学会。如果感兴趣，可继续学习《pymol教程》。当然，别忘了PyMOLwiki网站！
一个使用gromacs进行蛋白质模拟的入门教程
Lysozyme in Water Justin Lemkul Department of Biochemistry, Virginia Tech This example will guide a new user through the process of setting up a simulation system containing a protein (lysozyme) in a box of water, with ions. Each step will contain an explanation of input and output, using typical settings for general use. This tutorial assumes you are using a GROMACS version in the 4.5.x series.
Step One: Prepare the Topology We must download the protein structure file we will be working with. For this tutorial, we will utilize hen egg white lysozyme (PDB code 1AKI). Go to the RCSB website and download the PDB text for the crystal structure. Once you have downloaded the structure, you can visualize the structure using a viewing program such as VMD, Chimera, PyMOL, etc. Once you've had a look at the molecule, you are going to want to strip out the crystal waters. Use a plain text editor like vi, em acs (Linux/Mac), or Notepad (Windows). Do not use word processing software! Delete the lines corresponding to these molecules (residue "HOH" in the PDB file). Note that such a procedure is not universally appropriate (i.e., the case of a bound active site water molecule). For our intentions here, we do not need crystal water. Always check your .pdb file for entries listed under the comment MISSING, as these entries indicate either atoms or whole residues that are not present in the crystal structure. Terminal regions may be absent, and may not present a problem for dynamics. Incomplete internal sequences or any amino acid residues that have missing atoms will cause pdb2gmx to fail. These missing atoms/residues must be modeled in using other software packages. Also note that pdb2gmx is not magic. It cannot generate topologies for arbitrary molecules, just the residues defined by the force field (in the *.rtp files - generally proteins, nucleic acids, and a very finite amount of cofactors, like NAD(H) and ATP). Now that the crystal waters are gone and we have verified that all the necessary atoms are present, the PDB file should contain only protein atoms, and is ready to be input into the first GROMACS tool, pdb2gmx. The purpose of pdb2gmx is to generate three files: 1.The topology for the molecule. 2. A position restraint file. 3. A post-processed structure file. The topology (topol.top by default) contains all the information necessary to define the molecule within a simulation. This information includes nonbonded parameters (atom types and charges) as well as bonded parameters (bonds, angles, and dihedrals). We will take a more detailed look at the topology once it has been generated. Execute pdb2gmx by issuing the following command: pdb2gmx -f 1AKI.pdb-o 1AKI_processed.gro-water spce The structure will be processed by pdb2gmx, and you will be prompted to choose a force
APBS教程
目录 1.怎样阅读教程 2.怎样准备结构来进行静电势计算 2.1PQR格式 2.2XML格式 2.3由PDB文件生成PQR文件（PDB2PQR） 3.怎样观察生物大分子周围的静电势 3.1VMD 3.2PyMOL 3.3PMV 4.怎样计算溶剂化能 4.1极性溶剂化 4.2非极性溶剂化 5.怎样计算结合能 5.1溶剂化能对结合的贡献 ５.2包括库仑力贡献 5.3不行!配体没有设置参数 5.4一个配体结合的例子 ６.怎样计算溶剂化力 7.怎样计算PKa? 7.1概况 7.2介绍 7.3应用于溶菌酶 8.我的计算需要的内存太大了! 8.1并行计算:一个例子 8.2异步时序计算 9.如何将APBS用于分子动力学软件(MM/PBSA等)? 10.怎样通过网络运行APBS?(Gemstone) 10.1得到Gemstone 10.2用PDB2PQR来准备结构 10.3用APBS进行静电计算 11.更多例子…… 12.所有这些没有回答我的问题-…… 图像清单 3.1 .弓形阻遏物的等势线(在VMD中) 3.2.弓形阻遏物表面势能(在VMD中) 3.3.FAS2静电势能等势线(+/- KT/e)(在PyMOL中) 3. 4.FAS2静电表面势能(+/- 5KT/e)(在PyMOL中) 3. 5.全溶剂化能循环 5.1. 结合自由能循环 7.1. pK a摄动自由能循环原理图 7.2. HEWL活性位点
8.1.并行计算得到的肌动蛋白二聚体等势线 10.1. Gemstone PDB2PQR 计算 10.2. Gemstone APBS/Calculation 屏幕 10.3. Gemstone APBS/Grid屏幕 10.4. Gemstone APBS/Physics屏幕 10.5. Gemstone APBS/File I/O屏幕 10.6. Gemstone APBS/Calculation屏幕(运行完成) 表格清单 7.1. 常见可滴定基团的模型氨基酸pKa 值; 数据来自Nielsen et al (见注脚) List of Examples 4.1. 玻恩离子PQR 4.2.玻恩输入文件示例 方程式清单 4.1. 玻恩离子极性溶剂化能 5.1. 结合自由能方程 5.2. 溶剂化对结合自由能的贡献 5.3. 库仑力对结合自由能的贡献 5.4. 结合自由能 7.1. 酸解离自由能 7.2. 迁移自由能 Chapter 1.怎样阅读教程 这本教程是以"怎样做"的形式设计的,使读者能熟悉使用APBS进行静电计算。读者需要最新版本的APBS((https://www.360docs.net/doc/f415066812.html,)来演示本教程中提供的实例。需要的其他文件列在Individual section里。 重要信息 注意本教程中的许多实例操作也可以通过网络Gemstone实现，而不需要在本地装载APBS 软件。更多信息见Chapter 10, 怎样通过网络运行APBS ? (Gemstone) 。 提示 本教程仍在完善之中，并且会在下一版本的APBS 开 发出之前完成。未完成部分涵盖的许多课题在APBS 实例目录中有所展示。
pymol使用教程
pymol使用教程
简介&安装 Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。 自2006年8月1日起，DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）采取限定下载的措施。目前，只有付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话： 1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。 然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块： ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行： 2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装： ?Python ?Pmw ?OpenGL driver（我用的是NVdia） ?libpng ?Subversion client（下载源代码需要） 然后下载Pymol的源代码 $ mkdir pymol-src $ svn co https://https://www.360docs.net/doc/f415066812.html,/svnroot/pymol/trunk/pymol pymol-src 然后进入源代码目录 # cd pymol-src 开始依次编译
一个使用gromacs进行蛋白质模拟的入门教程
GROMACS Tutorial Lysozyme in Water Justin Lemkul Department of Biochemistry, Virginia Tech This example will guide a new user through the process of setting up a simulation system containing a protein (lysozyme) in a box of water, with ions. Each step will contain an explanation of input and output, using typical settings for general use. This tutorial assumes you are using a GROMACS version in the series.
GROMACS Tutorial Step One: Prepare the Topology We must download the protein structure file we will be working with. For this tutorial, we will utilize hen egg white lysozyme (PDB code 1AKI). Go to the RCSB website and download the PDB text for the crystal structure. Once you have downloaded the structure, you can visualize the structure using a viewing program such as VMD, Chimera, PyMOL, etc. Once you've had a look at the molecule, you are going to want to strip out the crystal waters. Use a plain text editor like vi, emacs (Linux/Mac), or Notepad (Windows). Do not use word processing software! Delete the lines corresponding to these molecules (residue "HOH" in the PDB file). Note that such a procedure is not universally appropriate ., the case of a bound active site water molecule). For our intentions here, we do not need crystal water. Always check your .pdb file for entries listed under the comment MISSING, as these entries indicate either atoms or whole residues that are not present in the crystal structure. Terminal regions may be absent, and may not present a problem for dynamics. Incomplete internal sequences or any amino acid residues that have missing atoms will cause pdb2gmx to fail. These missing atoms/residues must be modeled in using other software packages. Also note that pdb2gmx is not magic. It cannot generate topologies for arbitrary molecules, just the residues defined by the force field (in the *.rtp files - generally proteins, nucleic acids, and a very finite amount of cofactors, like NAD(H) and ATP).
pymol 基本操作
简介&安装 Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。 自2006年8月1日起，DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）采取限定下载的措施。目前，只有付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话： 1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。 2.然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块： ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行： 3.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装： ?Python ?Pmw ?OpenGL driver（我用的是NVdia） ?libpng ?Subversion client（下载源代码需要） 然后下载Pymol的源代码 $ mkdir pymol-src $ svnpymol-src 然后进入源代码目录 # cd pymol-src 开始依次编译 # python setup.py install
pymol用法(教程二)
[转载]PyMOL用法（教程二） 基础Pymol命令 这里主要介绍一下Pymol的一些基本命令操作。就像Linux 一样，要想更好的操作Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。 Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。 当你开始用Pymol来完成一个项目时，你也许想会让Pymol 自动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。这个可以通过创建一个log文件来达到，该文件的后缀名应为.pml，记住，Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全： Pymol> log_open log-file-name.pml 如果你想终止记录，只需要键入： Pymol> log_close 好了，现在载入pdb文件（继续前用的pdb文件）： Pymol> load 2vlo.pdb 现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象，你可以在内部GUI 窗口里面看见这个项目的名字。但是你也可以自己定义该项
目的名字（如test）： Pymol> load 2vlo.pdb, test 下面说说如何来操作你新建的对象。 首先： Pymol> show representation Pymol> hide representation 其中representation可以为：cartoon, ribbon, dots, spheres, surface和mesh。 使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构。 例如当我们键入： Pymol> hide lines Pymol> show ribbon 我们将得到如下结果：也许你已经注意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让Pymol 只显示当中的一个分子呢？首先输入如下命令： Pymol> label all, chains
最新pymol作图的一个实例
Pymol作图的实例 这是一个只是用鼠标操作的初步教程 Pdb文件3ODU.pdb 打开文件 pymol右侧 All指所有的对象，2ODU指刚才打开的文件，(sele)是选择的对象 按钮A:代表对这个对象的各种action， S：显示这个对象的某种样式， H：隐藏某种样式， L：显示某种label， C：显示的颜色 下面是操作过程： 点击all中的H，选择everything，隐藏所有 点击3ODU中的S，选择cartoon，以cartoon形式显示蛋白质 点击3ODU中的C，选择by ss，以二级结构分配颜色，选择 点击右下角的S，窗口上面出现蛋白质氨基酸序列，找到1164位ITD，是配体 点击选择ITD ，此时sele中就包含ITD这个残基，点击（sele）行的A，选 择rename selection，窗口中出现，更改sele 为IDT，点击（IDT）行的S选择sticks，点击C，选择by element，选择，，调 整窗口使此分子清楚显示。 寻找IDT与蛋白质相互作用的氢键： IDT行点击A 选择find，选择polar contacts，再根据需要选择，这里选择to other atoms in object ,分子显示窗口中出现几个黄色的虚线，IDT行下面出现了新的一行，这就是氢键的对象，点击这一行的C，选择 red red，把氢键显示为红色。 接着再显示跟IDT形成氢键的残基 点击3ODU行的S，选择lines，显示出所有残基的侧链，使用鼠标转动蛋白质寻找与IDT 以红色虚线相连的残基，分别点击选择这些残基。注意此时selecting要是
residures。选择的时候要细心。取消选择可以再次点击已选择的残基。使用上述的方法把选择的残基（sele）改名为s1。点击S1行的S选择sticks，C选择by elements,点击L选择residures显示出残基名称.在这个例子中发现其中有一个N含有3个氢键有两个可以找到与其连接的氨基酸残基，另一个找不到，这是因为这个氢键可能是与水分子形成的，水分子在pdb文件中只用一个O表示，sticks显示方式没有显示出来水分子，点击all行S选择nonbonded，此时就看到一个水与N形成氢键 ，点击分子空白处，然后点击选择这个水分子，更改它的名字为w。在all 行点击H，选择lines，在选择nonbonded，把这些显示方式去掉只留下cartoon。点击w行s 选择nb-spheres. 到目前为止已经差不多了 下面是一些细节的调整 残基名称位置的调整：点击右下角是3-button viewing 转变为3-button viewing editing，这样就可以编辑修改 pdb文件了，咱们修改的是label的位置。按住ctrl键点击窗口中的残基名称label，鼠标拖拽到适合的部位，是显示更清晰。 然后调整视角方向直到显示满意为止，这时就可以保存图片了，file>>save image as>>png
pymol 基本操作
简介＆安装 Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源：“Py"表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子(molucule）的缩写,表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧. 自2006年8月1日起,DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版)采取限定下载的措施。目前,只有付费用户可以取得.不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话： 1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。 然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块： ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行： 2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装： ?Python ?Pmw ?OpenGL driver（我用的是NVdia) ?libpng ?Subversion client（下载源代码需要） 然后下载Pymol的源代码 ＄ mkdir pymol—src ＄ svn co pymol-src 然后进入源代码目录 ＃ cd pymol-src 开始依次编译 ＃ python setup.py install # python setup2。py install
PyMOL Users Manual
4/8/2016PyMOL Users Manual Contents Previous Next Command Syntax and Atom Selections Syntax A typed PyMOL command always starts with a keyword that calls PyMOL to execute an action. It ends with a carriage return ("enter" on your keyboard). The simplest commands consist of a keyword alone. For example, typing quit will end your PyMOL session. The quit command never takes an argument. Many commands have default arguments, so you can type the keyword alone and PyMOL will supply the rest. For example, the default argument to zoom is the selection-expression all: E X A M P L E P y M O L>z o o m#A l l v i s i b l e r e p r e s e n t a t i o n s #a r e i n c l u d e d i n t h e v i e w. For some keywords, certain arguments are required and others are supplied by default. For example, the keyword color requires one argument, the color-name. As for zoom, the default selection-expression is all: S Y N T A X c o l o r c o l o r-n a m e c o l o r c o l o r-n a m e,s e l e c t i o n-e x p r e s s i o n E X A M P L E S P y M O L>c o l o r r e d#A l l t h e r e p r e s e n t a t i o n s #a r e c o l o r e d r e d. P y M O L>c o l o r r e d,n a m e c a#O n l y t h e r e p r e s e n t a t i o n s o f #a t o m s n a m e d c-a l p h a a r e c o l o r e d r e d. When you type a command that has more than one argument, color color-name, selection-expression in this case, a comma must separate the arguments. Selection-expression s are an essential type of keyword argument. They can be simple or complex, with several different kinds of syntax. Selection-expressions Selection-expression s stand for lists of atoms in arguments that are subject to PyMOL commands. You can name the selections to facilitate their re-use, or you can specify them anonymously (without names). Object and selection names may include the upper or lower case characters A/a to Z/z, numerals 0 to 9, and the underscore character (_). Characters to avoid include: !@#$%^&*()'"[]{}\|~`<>.?/ Selection-expression s describe the class of atoms you are referencing. Most of them require identi?ers to complete the speci?cation. For example, the selector resi references biopolymer residues by sequence number, and the identi?er gives the number. The selector name references atoms according to the names described in the PDB, and the identi?er gives the name (ca for alpha carbons, cb for beta carbons, etc). A handful of selection-expression s don't require identi?ers, but most do. PyMOL uses several logical operators to increase the generality or speci?city of selection-expression s. Logical combinations of selectors can get complex, so PyMOL accepts short forms and macros that express them with a minimum of keystrokes. This section describes named-selections, and then gives the syntax for making selections in a progression from simple one-word selectors to complex combinations of selectors, using macros and short forms. Named Atom Selections Atom selections can be named for repeated use by using the select command: S Y N T A X s e l e c t s e l e c t i o n-n a m e,s e l e c t i o n-e x p r e s s i o n #T h e s e l e c t i o n-n a m e a n d #t h e s e l e c t i o n-e x p r e s s i o n #a r e b o t h a r g u m e n t s t o s e l e c t #s o t h e y a r e s e p a r a t e d b y a c o m m a. E X A M P L E P y M O L>s e l e c t b b,n a m e c+o+n+c a#C r e a t e a n a t o m s e l e c t i o n n a m e d"b b" #i n c l u d i n g a l l a t o m s n a m e d #"C","O","N",o r"C A"; P y M O L>c o l o r r e d,b b#c o l o r t h e s e l e c t i o n r e d, P y M O L>h i d e l i n e s,b b#h i d e t h e l i n e r e p r e s e n t a t i o n, P y M O L>s h o w s t i c k s,b b#s h o w i t u s i n g t h e s t i c k r e p r e s e n t a t i o n, P y M O L>z o o m b b#a n d z o o m i n o n i t. In this case, the selection-expression is the property selector name, which takes the list of identi?ers ca+c+n+o to complete the speci?cation. Property selectors and their identi?ers are discussed below. Named atom selections appear in the PyMOL names list in the control panel. They are distinguished from objects by a surrounding set of parentheses. The control panel options available under the diamond menu differ between objects and atom-selections, because objects and named selections play slightly different roles in PyMOL. Named selections are pointers to subsets of data that are found under an object name. After an object is deleted, the data are no longer available, unless you reload the object. Any named selections that refer to atoms in that object will no longer work. But when named selections are deleted, the data are still available under the object name. Disabling objects eliminates them from the viewer, but disabling named-selections just turns off the pink dots that highlight them in the viewer. Atom-selections, named or not, can span multiple objects: E X A M P L E https://www.360docs.net/doc/f415066812.html,/newman/user/S0220commands.html1/6
(word完整版)pymol教程
PyMOL用户指南 目录 一、鼠标操作入门4(这个数字是超链接，ctrl+左键) 1.启动4 1)通过鼠标4 2)通过命令行4 2.PyMOL窗口4 1)Virewer窗口4 2)外部GUI窗口5 3.下载PDB文件5 4.操控视图6 1)基本鼠标控制6 2)虚拟滚动球旋转7 3)移动截面7 4)改变旋转中心点8 5)简单回顾9 二、命令行操作入门9 1.记录结果9 2.载入数据9 3.操控对象（Object）10 1)原子选择11 2)对象和选择的着色12 3)对象和选择的on/off13 4.改变视点13 5.保存工作14 1)脚本和日志文件14 2)图像文件15 3)会话文件16 6.命令行快捷键16 1)用TAB键完成命令16 2)用TAB键完成文件名17 7.其他命令和帮助17 注：页面背景和页脚的图像分别是1GCL、111D的cartoon显示
三、命令句法和原子选择18 1.语法18 1)选择表达18 2)原子选择命名19 3)单字选择符 4)属性选择符20 5)选择代数22 6)宏指令23 2.从PyMOL中读取Python 24 四、卡通表示25 1.背景25 1)可达性25 2)美化和精确26 2.定制化28 1)卡通类型28 2)精美螺旋31 3.二级结构归属32 五、光线追踪33 1.重要设置33 2.保存图片34 六、立体效果34 1.支持的立体模式34 2.制作立体图片34 3.相关命令34 七、动画35 1.概念35 2.重要命令35 1)Load 2)Mset 3)Mdo 4)Mmatrix 3.简单举例36 4.复杂举例36 5.预览ray-traced动画图片37 1)Cache_frames
Gromacs教程II-MD结果分析
Gromacs 中文教程（II）：结果分析 淮海一粟 MD结果分析 模拟结束后，就可以分析数据了。分析包括三个阶段。首先，有必要对模拟的质量进行检查，如果检查结果表明模拟良好，那么就可利用该模拟对所研究的问题作出回答；最后，不同的模拟结果可以合并。 注：文件名应该反映文件内容，这根据你的模拟系统不同而不同。这里我们假定使用默认文件名，那么就会产生以下文件： ?topol.tpr: 模拟开始时包含完整系统描述的输入文件； ?confout.gro: 结构稳健，包含最后一步的坐标和速度； ?traj.trr: 全部精确轨迹，包括位置、速度和随时间变化的力 ?traj.xtc: 压缩的轨迹文件，只包含低精度(0.001 nm)的坐标信息； ?ener.edr: 随时间变化的有关能量数据 ?md.log: 模拟过程的日志 附注：许多分析工具都能生成.xvg文件。这些文件能用xmgr或xmgrace查看，也可用python脚本程序xvg2ascii.py在终端显示出来。 Each group writes one report. For general questions a single answer should be given in the report. Questions specific to each simulation should be given in table, indicated with ( T ). Answers to questions from one section should be combined in a single table if possible. 先检查一下结果 在开始分析前，要确定模拟是否正确地完成。有很多原因会导致模拟中断，尤其是与力场和系统平衡不充分引起的问题。为了检查模拟是否正确完成，运行gmxcheck程序： gmxcheck -f traj.xtc 看看是否执行了10纳秒的模拟。 ==Q== How many frames are in the trajectory file and what is the time resolution? ( T )
pymol 基本操作
简介&安装 Pymol就是一个开放源码,由使用者赞助的分子三维结构显示软件,由Warren Lyford DeLano编写,并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子(特别就是生物大分子如蛋白质)三维结构。据软件作者宣称,在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中,有四分之一就是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源:“Py”表示该软件基于python这个计算机语言,“Mol”则就是英文分子(molucule)的缩写,表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要,本人正在学习该软件,在这里把学习过程记录下来,希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。 自2006年8月1日起,DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序(包括beta版)采取限定下载的措施。目前,只有付费用户可以取得。不过源代码目前还就是可以免费下载,供使用者编译。如果您与我一样,不想为此花钱的话: 1.如果您就是Windows用户,首先下载Pymol的源代码。 然后安装CygWin,并且确保正确安装以下模块: ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行: 2.如果您就是Linux用户,首先确保以下东东已安装: ?Python ?Pmw ?OpenGL driver(我用的就是NVdia) ?libpng ?Subversion client(下载源代码需要) 然后下载Pymol的源代码 $ mkdir pymol-src $ svn co pymol-src 然后进入源代码目录 # cd pymol-src 开始依次编译 # python setup、py install # python setup2、py install
pymol做图简单教程
1.将对接好的ligand和蛋白merge(好像每次只能用一个ligand和一个蛋白,否则pymol里会 把几个ligand当作一个 2.Merge后export structure,存成pdb格式 3.在pymol中打开.pdb 4.在里面找出ligand,点sele的A(action)/rename Rename这个ligand,这里命名为lig 5.选all,H(hide)everthing 6.选lig，S(show)sticks 7.2j50(就是那个蛋白)S/cartoon 8.在后面的color调整颜色,这里ligand选by element
2j50选white 9.下面显示氢键,点击2j50的Action,选择find/polar contacks/to other atoms in object,氢键就出来了
10.然后再找氢键作用的残基，可以在上面直接点选，但最好找出氨基酸代码来选取（因为
这里面点不准） Rename它们，以便以后好找，这里rename为res，show它们为line，color为by element 11.再选display，将background改成white 12.然后分别点选这几个res(因为颜色不同,所以很容易找出来),右键label/residues
https://www.360docs.net/doc/f415066812.html,bel出来后,还可以调整它们的位置,点一下左图viewing,就变成了右图的editing,这时就可以按住ctrl键拖动label的位置了 12.大体已经完成了,再进行一些修饰
Setting/transparency/cartoon/50% 蛋白的透明度Setting/label/size 18调节字体的大小