不同物种Agouti基因编码区生物信息学分析
生物信息学中基因序列编码解析
生物信息学中基因序列编码解析一、生物信息学与基因序列编码概述生物信息学是一门交叉学科，它结合了生物学、计算机科学、数学和统计学等领域的知识，以研究生物体的遗传信息。
基因序列编码是生物信息学中的一个重要领域，它涉及到基因序列的获取、存储、分析和解释。
基因序列编码不仅对理解生物体的遗传特性至关重要，而且在医学、农业和环境科学等领域具有广泛的应用。
1.1 基因序列编码的定义与重要性基因序列编码是指将DNA或RNA分子中的核苷酸序列转换为计算机可以处理的格式。
这种转换使得基因序列可以通过计算机程序进行分析，从而揭示生物体的遗传信息和生物学特性。
基因序列编码的重要性在于，它为研究者提供了一种有效的方法来处理和分析大量的生物数据。
1.2 基因序列编码的应用场景基因序列编码的应用场景非常广泛，包括但不限于以下几个方面：- 基因组学：通过基因序列编码分析整个基因组的结构和功能。
- 疾病关联研究：利用基因序列编码来识别与特定疾病相关的遗传变异。
- 药物开发：通过基因序列编码来预测药物的作用机制和靶点。
- 进化生物学：使用基因序列编码来研究物种之间的进化关系。
二、基因序列编码的方法和技术基因序列编码的方法和技术是生物信息学研究的基础。
这些方法和技术不断进步，为研究者提供了更高效和更精确的工具来处理基因序列数据。
2.1 基因序列的获取与存储基因序列的获取通常通过测序技术实现，如Sanger测序和高通量测序技术。
获取的序列数据需要以一种标准化的格式存储，如FASTA或GenBank格式，以便于后续的分析和共享。
2.2 基因序列的分析方法基因序列的分析方法包括序列比对、基因预测、变异检测等。
序列比对用于识别不同序列之间的相似性和差异性；基因预测用于识别基因序列中的编码区域；变异检测用于发现基因序列中的突变。
2.3 基因序列编码的关键技术基因序列编码的关键技术包括以下几个方面：- 序列比对算法：如BLAST、Smith-Waterman等，用于快速准确地比较不同序列之间的相似性。
不同物种GATA—2基因编码区生物信息学分析
不同物种GATA—2基因编码区生物信息学分析摘要：利用生物信息学方法分析了小家鼠（Mus musculus）、褐家鼠（Rattus norvegicus）、人（Homo sapiens）、黑猩猩（Pan troglodytes）、大猩猩（Gorilla）、倭黑猩猩（Pan paniscus）、猿（Nomascus leucogenys）、狨（Callithrix jacchus）、亚马逊松鼠猴（Saimiri boliviensis）、家马（Equus caballus）、小耳大婴猴（Otolemur garnettii）、家猫（Felis catus）、东非狒狒（Papio Anubis）、猕猴（Macaca mulatta）、犬（Cains lapus）、野猪（Sus scrofa）、大熊猫（Ailuropoda melanoleuca）等17个物种GATA-2基因编码序列（Coding sequence，CDS），并对该基因的遗传多样性、信号肽、导肽、跨膜结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级结构、氨基酸序列进行了分析和预测。
结果表明，在17个物种52条基因序列中共检测到344个多态位点，有25种单倍型，GATA-2 基因序列编码区的种内、种间存在丰富的遗传多样性。
GATA-2蛋白N端无信号肽，不具有导肽，没有跨膜结构域，表现为亲水性，蛋白质二级结构主要结构元件是无规卷曲和α-螺旋，理论等电点为9.43，GATA-2蛋白呈碱性。
关键词：GATA-2基因；物种；生物信息学分析；遗传多样性GATA家族是一类能识别GATA基序（motif），并能与之结合的转录调节因子，在动物、真菌、植物等生物中存在比较广泛。
脊椎动物中已发现6种GATA 结合蛋白，分为GATA-1/2/3和GATA-4/5/6两大类，前者与红细胞、淋巴及性腺的发育有关，后者控制心、肠及外胚等组织分化的转录[1，2]。
GATA-2的cDNA 大小为2.6 kb，编码的转录因子为474个氨基酸。
不同物种干细胞因子基因编码区生物信息学分析
不同物种干细胞因子基因编码区生物信息学分析锡建中;周荣艳;张军杰;李祥龙;李兰会;李楠;张振红【摘要】为了解不同物种干细胞因子(stem cell factor,SCF)基因编码区(CDS)的遗传变异,本研究采用生物信息学方法比较分析了山羊、绵羊、牛、白犀、野猪、虎鲸、马、雪貂、人、鼩鼱、裸鼢鼠、褐家鼠、长尾毛丝鼠、小家鼠和智利八齿鼠SCF基因编码区的遗传多样性,并对该基因的氨基酸序列、跨膜结构域、导肽、信号肽和二级结构特征进行了预测和分析.结果发现,在15个物种55条基因序列中共检测到294个多态位点,生成36种单倍型,SCF基因序列编码区在物种间存在丰富的遗传多样性;理论等电点分布广泛,多数肽链呈酸性,亲水;N端具信号肽、无导肽,可溶型蛋白无跨膜结构域,跨膜型蛋白有1个长23个氨基酸的跨膜结构域;这些蛋白二级结构主要为α-螺旋、无序卷曲、伸展链及β-转角.【期刊名称】《中国畜牧兽医》【年(卷),期】2014(041)008【总页数】7页(P14-20)【关键词】物种;干细胞因子基因;生物信息学分析【作者】锡建中;周荣艳;张军杰;李祥龙;李兰会;李楠;张振红【作者单位】河北农业大学动物科技学院,河北保定071001;河北农业大学动物科技学院,河北保定071001;河北农业大学动物科技学院,河北保定071001;河北农业大学动物科技学院,河北保定071001;河北科技师范学院动物科技学院,河北昌黎066004;河北农业大学动物科技学院,河北保定071001;河北农业大学动物科技学院,河北保定071001;河北农业大学动物科技学院,河北保定071001【正文语种】中文【中图分类】Q78干细胞因子（stem cell factor，SCF）及其受体kit介导的SCF/kit信号通路与红细胞生成、皮肤着色、免疫应答、生育能力和胃肠动力等一系列生理过程有关，在调节肥大细胞和黑素细胞的存活、分化、移行和增殖等过程中起重要作用（Nishikawa等，1991；Grichnik等，1998）。
С
5BIOTECHWORLD 生物技术世界本次研究中出于对小鼠Agouti基因和毛色表型相关问题及其遗传变异情况进行分析探讨的目的,对存在毛色差异的8个染色体工程小鼠作为研究对象,经电脑测色配色仪对品系、C3H/He小鼠毛色进行检测,并对检测结果进行统计分析。
现汇报结果如下。
1 材料与方法1.1 实验动物小鼠饲养温度在23℃-25℃之间,照明时采取定时装置,每日光照时间、黑暗时间分别12小时,小鼠饲养在透明的聚碳酸酯笼当中,小鼠交配时,2只母鼠与1只公鼠放在一个笼子里饲养,在母鼠怀孕后单独饲养,幼鼠出生20天后断奶雌雄幼鼠分开饲养,每个笼子饲养不超过4只,如果同一窝性别相同的幼鼠超过4只,则分开两个笼子饲养。
1.2 实验仪器试验所需仪器包括:独立送风隔离笼具、层流架、PRO手持与台式两用、均质器、PCR扩增仪、梯度PCR扩增仪、实时荧光定量PCR 仪、稳压稳流电泳仪、电泳槽、全自动紫外与可见光分析装置、精密移液器等。
1.3 实验试剂试验所需试剂包括:TRIZOL、RevertAid First Strand cDNA Synthesis Kit、SYBR Real—time PCR Premixture、DNase I、Tip头、96孔板、Ultraclear sealing film、基因组DNA小量抽提试盒、PCR引物等。
2 方法2.1 动物模型的构建以染色工程小鼠中的灰色小鼠同C57BL/6J小鼠进行回交,连续10代,育成1号染色体位野生小鼠来源,除此外基因背景均为B6灰色小鼠。
2.2 小鼠基因组DNA 制备、检测与定量分析在离心管内事先加入裂解液后,加入10ul的蛋白酶K,将鼠尾左右剪去0.5cm放在离心管当中,而后放置在50℃的摇床,裂解过夜。
将裂解好的鼠尾充分震荡,而后进行离心处理,将上清液放置在一个新的离心管当中,加入等体积的异丙醇,摇匀后便可观察到絮状沉淀,经移液枪挑取絮状沉淀到新的离心管当中,离心管当中事先加入300ul的TE缓冲液,而后在37℃摇床中裂解,震荡离心,将DNA 原液抽提出进行检测、定量,放置在-20℃条件下冻存备用。
巨桉AGO基因家族的生物信息学分析
热带亚热带植物学报 2015， 23(4)： 361 ~ 369Journal of Tropical and Subtropical Botany收稿日期： 2014–10–09 接受日期： 2015–01–09基金项目： 国家“863”高技术研究发展计划(2013AA102705)； 国家自然科学基金项目(31400554)； 中央级公益性科研院所基本科研业务费专 项(RITFYWZX201304)资助作者简介： 范春节，男，博士，研究方向为桉树木材形成分子调控机理。
E-mail: fancy0417@ * 通信作者 Corresponding author. E-mail: b.s.zeng@巨桉AGO 基因家族的生物信息学分析范春节, 闫慧芳, 裘珍飞, 曾炳山*, 刘英, 李湘阳, 王象军, 郭光生(中国林业科学研究院热带林业研究所，广州 510520)摘要： 为了解巨桉(Eucalyptus grandis )中Argonaute (AGO)的功能，经全基因组序列分析，巨桉中存在14个AGO 基因家族成员，基因长度为2676~3225 bp ，编码的蛋白质具有保守的Piwi 、PAZ 、DUF1785结构域。
巨桉EgrAGOs 基因可分为3组，内含子和外显子结构具有明显的组织特异性。
组内成员核苷酸序列和氨基酸序列保守性较高，同源性分别达到88.14%和82.97%。
EgrAGO 基因分布于第2、4、7、8、10、11条染色体上，在进化过程中存在着串联复制和大片段基因复制机制。
预测巨桉的大部分AGO 蛋白定位于细胞核和胞质中，表现出偏碱性和亲水性，具有较高的脂溶指数。
基因表达分析表明，桉树EgrAGO 成员在不同组织中的表达有明显差异，与木材形成相关的组织/器官中有较高的表达。
这些为深入研究EgrAGO 基因的功能奠定了基础。
关键词： 桉树； AGO 蛋白； 基因家族； 生物信息doi: 10.11926/j.issn.1005–3395.2015.04.001Bioinformatics Analysis of AGO Gene Family in Eucalyptus grandis GenomeFAN Chun-jie, YAN Hui-fang, QIU Zhen-fei, ZENG Bing-shan *, LIU Ying, LI Xiang-yang, WANG Xiang-jun, GUO Guang-sheng(Research Institute of Tropical Forestry, Chinese Academy of Forestry , Guangzhou 510520, China)Abstract: In order to understand the function of Argonaute (AGO) in Eucalyptus grandis , the phylogeny, gene structure and expression pattern of EgrAGO were analyzed in genome-wide. The results showed that there were 14 EgrAGOs in E. grandis , which length ranged from 2676 to 3225 bp and EgrAGOs contain Piwi, PAZ and DUF1785 domains. EgrAGO genes could be divided into 3 clades, and intron and exon structures had obvious tissue specificity. The nucleotide sequence of EgrAGO and encoding amino acid sequence in each clade had homologies for 88.14% and 82.97%, respectively. Meanwhile, EgrAGO genes distribute in 2, 4, 7, 8, 10 and 11 chromosomes with tandem duplication and segmental duplication in the process of evolution. Most of EgrAGO proteins localize in nucleus and cytoplasm, showing basicity, hydrophilia and high aliphatic index. Furthermore, the expression of EgrAGOs in different tissues had significant differences, and which was high in tissues or organs related with wood forming. So, these would lay a fundation for studying EgrAGO genes function in future.Key words: Eucalyptus ; AGO protein; Gene family; BioinformationAGO 蛋白(Argonaute protein)是小RNA 介导的RNA 沉默通路中RNA 诱导的沉默复合物(RNA-induced silencing complex ，RISC)的核心成分。
不同物种Oct-1基因编码区生物信息学分析
进行 比较 ， 后 利用 Ｄ ｎＰ５ １ 然 ａＳ ．０软件 对 其进
行遗传多态性分析 ， 生成单倍型 ， 得出平均核 苷酸差异数 （ ） 核苷酸歧异度 （ ｙ 、 ｋ、 ） 遗传 分化指数 （ ｓ 、 Ｇ ｔ 净遗传距离 （ ａ 、 ） Ｄ ） 密码子偏 爱性 和同义替换位点数 （ｓ 、 ｓ ） 非同义替换位 点数（ Ｓ ） Ｎ Ｓ 。利用 ＭＥ Ａ ． 件 的 Ｕ Ｇ Ａ Ｇ ５０软 ＰＭ
Ｏｔ ｃ 一１又 称 Ｏ Ｆ （ ｃ ｍ ｒｔ ｎｃｉｔ ｎ Ｔ １ Ｏ ｔ ｅ ａ ｓｒ ｉ ａ ｒ ｐｏ
素 释放 激素 、 管活性 肠肽 等基 因的表 达 ， 血 在
ｆ ｔ ） 是 Ｏ Ｔ转 录 调 节 因子 家 族 中的 一 ａｏ １ ， ｃｒ Ｃ
员 ，ｃ 一 蛋 白对 Ｄ Ａ八聚体元件 Ａ Ｉ Ｇ Ｏｔ １ Ｎ Ｔ＇ ． ｒ Ｃ Ｔ有高亲和性 ， Ａ 遍布各种细胞… 。Ｐ 一１ ｉ 、 ｔ
Ｐ Ｕ 蛋 白家 族 中其 它 成 员 的 结 构 和 功 能 奠 Ｏ
定基 础 。
ｌ 材 料与方 法 １ １ 序 列 来源 ．
从 Ｎ Ｂ 网站 ｈ ｐ／ ｗ ｗ ｎｂ ｎ ｎ ｖ ＣＩ ｔ ： ｗ ．ｃｉ ｌ ｉ ｇ ／ ｔ ／ 、 、 、 ｅＢｎ 小家 野猪 猿 狲猴 狨 、 毛猩猩 、 黑猩猩 、 、 、 马 、 熊猫 ｌ 犬 牛 家 大 ３ 个物种 ４ ５条 Ｏ ｔ ｃ一１基 因的 Ｃ Ｓ序 列 ，５个 Ｄ ４ 基 因序 列 的登 录号见 表 １ 。
白质 二 级 结 构 主要 结 构元 件 是 无 规卷 曲和 一螺旋 。
关键 词 ： ｃ 一１ 因； Ｏｔ 基 生物信 息学分析 ； 遗传多样 性 中国图书分类 号 ： １ ． 文献标识码 ： 文章编号 ：０６ ９ Ｘ（０ ２ ０ －０ ０ －０ Ｑ ８ １４ Ａ １ｏ —７ ９ ２ １ ）３－ ０ １ －５ －
不同物种Agouti基因编码区生物信息学分析
不同物种Agouti基因编码区生物信息学分析摘要：为了研究不同物种Agouti基因的遗传多样性，该实验采用生物信息学方法比较分析了山羊、绵羊、牛、髯羊、野猪、马、犬、狒狒、黑猩猩、人、兔、家猫、鼠和猕猴Agouti基因编码区(CDS)的遗传多样性。
结果表明，来自14个物种的77条基因序列中检测到93个多态位点，共生成30 种单倍型，物种间及物种内Agouti基因序列编码区存在较丰富的遗传多样性。
关键词：物种；Agouti基因；遗传多样性Bioinformatics Analysis of Coding Regions of Agouti Gene amongSpeciesTian Teng-fei Li Xiang-long Zhou Rong-yan Li Lan-hui (College of Animal science and Technology, Agricultural University of Hebei, Baoding, 071001, China ) Abstract: In this study, the CDS of the Agouti gene sequences of Capra hircus, Ovis aries, Bos taurus, Ammotragus lervia,Sus scrofa, Equus caballus, Canis lupu s, Papio anubis, Pan troglodytes, Homo sapiens, Oryctolagus cuniculus, Felis catus, Peromyscus and Macaca radiata were analyzed using the method of bioinformatics. And the genetic diversity was analyzed. The results showed that a total of 93 polymorphic sites were detected from 77 sequencesof 14 species, from which 30 hapolotypes were sorted, and there was rich genetic diversity of the CDS of the Agouti gene within and among species.Key words: species; Agouti gene; genetic diversity现代分子遗传学研究表明，Agouti基因通常编码对抗黑素细胞刺激素受体(melanoeyte stimulating hormone receptor，MSHR)的信号蛋白(agouti signaling protein，ASP)。
牦牛MC1R、MITF和Agouti基因序列特征及在皮肤组织中的表达
牦牛MC1R、MITF和Agouti基因序列特征及在皮肤组织中的表达牦牛是我国高原地区广泛分布的一种特殊动物，其毛色与皮肤组织中的基因表达密切相关。
在这篇文章中，我们将探讨牦牛MC1R（melanocortin 1 receptor）、MITF （microphthalmia-associated transcription factor）和Agouti基因的序列特征，以及它们在牦牛皮肤组织中的表达。
MC1R是控制黑色素的合成和分布的关键基因，它在不同物种中的多态性表现出不同的效应。
我们对牦牛MC1R基因序列进行了分析，发现其编码蛋白质的氨基酸序列与其他物种有较高的相似性。
同时，我们发现牦牛MC1R基因存在着多态性位点，这可能是导致牦牛毛色差异的主要原因之一。
我们对不同毛色类型的牦牛进行了MC1R基因的测序，发现黑色毛牦牛的MC1R基因序列与棕色毛牦牛相比存在着一些差异，这可能解释了它们毛色的不同。
与MC1R一样，MITF也是控制黑色素合成和分布的重要基因。
我们对牦牛MITF基因的序列进行了测序和分析，发现其编码蛋白质的结构与其他物种中的MITF相似。
MITF在皮肤组织中的表达与牦牛的黑色素合成和分布密切相关。
我们通过实时荧光定量PCR（Real-time qPCR）技术测定不同毛色类型牦牛的MITF基因表达水平，发现黑色毛牦牛的MITF表达水平相对较高，而棕色毛牦牛的MITF表达水平较低。
这表明MITF在牦牛皮肤组织中的表达与牦牛毛色的形成密切相关。
Agouti基因是一个控制黑色素形成和分布的关键基因。
我们对牦牛Agouti基因的序列进行了测序和分析，发现其与其他物种的Agouti基因有一定的差异。
我们进一步研究了不同毛色类型牦牛皮肤组织中Agouti基因的表达水平，发现黑色毛牦牛的Agouti基因表达较低，而棕色毛牦牛的Agouti基因表达较高。
这与其毛色的形成相一致，表明Agouti基因在牦牛毛色调控中发挥着重要的作用。
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不同物种Agouti基因编码区生物信息学分析摘要：为了研究不同物种Agouti基因的遗传多样性，该实验采用生物信息学方法比较分析了山羊、绵羊、牛、髯羊、野猪、马、犬、狒狒、黑猩猩、人、兔、家猫、鼠和猕猴Agouti基因编码区(CDS)的遗传多样性。
结果表明，来自14个物种的77条基因序列中检测到93个多态位点，共生成30 种单倍型，物种间及物种内Agouti基因序列编码区存在较丰富的遗传多样性。
关键词：物种；Agouti基因；遗传多样性Bioinformatics Analysis of Coding Regions of Agouti Gene amongSpeciesTian Teng-fei Li Xiang-long Zhou Rong-yan Li Lan-hui (College of Animal science and Technology, Agricultural University of Hebei, Baoding, 071001, China ) Abstract: In this study, the CDS of the Agouti gene sequences of Capra hircus, Ovis aries, Bos taurus, Ammotragus lervia,Sus scrofa, Equus caballus, Canis lupu s, Papio anubis, Pan troglodytes, Homo sapiens, Oryctolagus cuniculus, Felis catus, Peromyscus and Macaca radiata were analyzed using the method of bioinformatics. And the genetic diversity was analyzed. The results showed that a total of 93 polymorphic sites were detected from 77 sequencesof 14 species, from which 30 hapolotypes were sorted, and there was rich genetic diversity of the CDS of the Agouti gene within and among species.Key words: species; Agouti gene; genetic diversity现代分子遗传学研究表明，Agouti基因通常编码对抗黑素细胞刺激素受体(melanoeyte stimulating hormone receptor，MSHR)的信号蛋白(agouti signaling protein，ASP)。
Agouti信号蛋白由Agouti基因编码，人、鼠、狐狸、猪、绵羊等的Agouti基因相继被发现[1,2]，当Agouti基因表达时会引起棕黑素的产生，而Agouti不表达时则会引起真黑素的产生，从而调节真黑素和棕黑素之间的转换[3]，不同物种的Agouti基因及其信号蛋白有较高的同源性。
随着对Agouti位点进一步研究，表明Agouti基因位点控制着毛囊内真黑素和棕黑素的相对数量，结构复杂，是一个含多等位基因的位点。
林大光(1984)所述家兔的Agouti 位点主要有2个等位基因A和a， A为刺鼠毛基因，其作用是使毛纤维上出现分段着色，整根毛纤维呈深色—浅色—深色的状态，a为非刺鼠毛基因，其作用是使毛纤维颜色一致，A对a完全显性[4]。
近年来人们对Agouti基因位点的研究主要集中于鼠和人，Kwon（1994）等[1]发现人的Agouti基因位于染色体20q11·2区，编码的ASP由132个氨基酸构成，人与鼠的Agouti基因同源性高达85%，Agouti信号蛋白同源性高达89% (即89%的氨基酸序列完全一致)。
目前已证实Agouti位点不是一个单一基因，具有许多等位基因[5]，其中两个等位基因对某一颜色起着重要的作用，因此研究Agouti基因的编码区对研究动物的毛色变异具有重要作用。
本研究选用GenBank中已提交物种的Agouti基因的编码区序列，利用比较基因组学和生物信息学方法研究了该基因编码区的变异，以期探明该基因在不同种间及种内遗传分化，进而为动物毛色变异研究以及动物育种工作提供基础资料。
1.材料和方法1.1 序列来源从NCBI网站/的GenBank中下载山羊、绵羊、牛、髯羊、野猪、马、犬、狒狒、黑猩猩、人、兔、家猫、鼠和猕猴等14个物种的77条Agouti基因序列（表1）。
表1 不同物种的Agouti基因序列来源Table 1 The source of sequences for Agouti gene in different species 物种(Species) 序列数(Sample size) 序列号(Access number)髯羊(Ammotraguslervia)1 EU420031山羊（Capra hircus） 3 EF587236, EU037983, GU076166绵羊（Ovis aries）9 EU057181, EU420022, EU420024, EU420025, EU420026, EU420027, EU420029, EU420030, NM_001134303牛（Bos taurus） 5 AH013175, NM_206843, X99691, X99692, XM_001790188野猪（Sus scrofa）11 AJ427478, AJ634673, AY308996, AY308997, AY308998, AY916525, GQ373180, NM_001001648, NM_001011646, NM_001011647,NM_001011648马（Equus caballus） 1 NM_001164017犬（Canis lupus） 1 NM_001007263狒狒（Papio anubis） 1 NM_001164331黑猩猩（Pantroglodytes）4 AB236870, AB236869, NM_001135627, AB236871 人(Homo sapiens) 4 BC104238, BC104239, L37019, NM_001672兔（Oryctolaguscuniculus）1 NM_001122939家猫（Felis catus） 2 AY237394, NM_001009190鼠（Peromyscus）10 EU020066, EU020067, EU020068, GQ340867, GQ340875, GQ340877, GQ340896, L06451, NM_015770, NM_052979猕猴（Macaca radiata）23AB236875, AB236877, AB236881, AB236876, AB299213, AB299214,AB236873, AB236874, AB299207, AB299208, AB299209, AB299210,AB299211, AB299212, AB299215, AB299217, AB299218, AB299219,AB299220, AB236872, AB236878, AB236879, AB2368801.2 分析方法先利用BioEdit 软件对77个不同序列的Agouti基因编码区进行比对分析，选取完整编码区序列(长度为435bp )进行比较后，利用DanSP 4.20软件对其进行遗传多样性分析，生成单倍型，并计算遗传距离。
再利用MEGA4.0软件的UPGMA方法进行聚类分析，构建聚类图。
2.结果与分析2.1 不同物种Agouti基因核苷酸多样性2.1.1 多态位点在所分析的共有片段为435bp的77条序列中，发现93个多态位点，百分率为21.38%，其中单一多态位点16个，百分率为3.69%；简约多态位点77个，百分率为17.70%。
不同物种内的多态位点数也各不相同，髯羊、山羊、绵羊、牛、野猪、马、犬、狒狒、黑猩猩、人、兔、猫、鼠和猕猴的多态位点数分别为2、9、6、8、38、48、53、54、59、63、41、94、99（表2），百分率分别为0.46%、2.07%、1.38%、1.84%、8.74%、11.03%、12.18%、12.41%、13.56%、14.48%、9.42%、21.61%、22.76%，其中鼠和猕猴的Agouti基因核苷酸变异较大，说明鼠和猕猴的Agouti基因多态性都比较丰富。
表2 不同物种Agouti基因序列多态信息Table 2 Polymorphic information of Agouti gene in different species物种（Species）多态位点数（S）突变总数（Eta）单一多态位点（SP）简约多态位点（PIP）髯羊(Ammotragus lervia) 2 2 2 0山羊（Capra hircus）9 9 9 0绵羊（Ovis aries） 6 6 5 1牛（Bos taurus）8 8 8 0野猪（Sus scrofa）38 38 38 0马（Equus caballus）48 48 48 0犬（Canis lupus）48 48 48 0狒狒（Papio anubis）53 53 53 0黑猩猩（Pan troglodytes）54 55 54 0 人(Homo sapiens) 59 59 59 0兔（Oryctolagus cuniculus）63 63 63 0 家猫（Felis catus）41 41 41 0鼠（Peromyscus）94 104 39 55猕猴（Macaca radiata）99 112 60 39S, 多态位点数; Eta, 突变总数; SP, 单一多态位点; PIP, 简约多态位点S, number of polymorphic sites; Eta, total number of mutations;SP, Singleton variable sites; PIP, parsimony informative sites2.1.2 单倍型及其多样性根据序列比对，在77条Agouti基因序列中发现30种单倍型。
各物种的单倍型多样性大小不一(表3)，该基因单倍型多样性表明种群间Agouti基因遗传变异丰富。