小木虫软件的使用

首先将所要进行分析的数据整理成fasta格式的，整理成一个TXT文档的，然后进行clustalx比对，会生成两个文件和这两种格式的，然后打开MEGA4.0，File----convert to MEGA format----选择之前clustal生成的这个文件，按照提示点击OK，将转换好的
文件格式再次保存，file ---save –选择一个保存地点，会在你选定的保存地点生成一个，
然后关闭生成的文件，再次file---open data---选择之前存的该文件，打开后，按照默认提示选择pro or nucleotide，然后再次MEGA 主窗口中的phylogeny---bootstrap test of phylogeny---NJ—按照默认提示选择compute，系统树就建好了，
如果想对数的外部结构等等进行一系列改造，可以选择不同形状的树谱结构，然后view下面的一系列参数也是可以改变树谱本身的一些特点的，比如字体大小颜色等等
系统发育树的构建及其后期编辑
又到了研究生写毕业论文的时候了，这几天两个师妹相继让我教他们构建系统发育树。

索性就做一个图文的帖子，方便大家。

纯技术贴，不涉及建树序列的选择、系统发育树如何看等理论性问题。

要问的话，送一句话，自己多找几篇文章看看人家怎么分析系统发育树的。

1) FASTA 格式序列文本
FASTA是最为常用的序列格式，几乎所有序列分析软件都能识别这种格式的序列。

构树之前先将所选的序列都粘贴在一个txt文本文件中，然后每条序列以>开头，后面可以接序列描述性语言，比如属名，种名等。

然后换行粘贴序列，序列的最后用空格结束，这就是一个FASTA格式的序列了。

需要注意的一点是每条序列的名字的前10个字符不要完全相同。

为了方便起见，最好将此文件放在桌面上。

编辑后的序列见下图：
2) Clustal X进行多序列比对
下载此软件，解压之后直接用。

解压图如下：
点击第一行最后一个图标，然后点击file，load sequence，选择正确路径。

加载进来的序列如下图：
点击比对，进行完全比对。

这时会弹出一个对话框，如下：
这时将路径改为桌面，点击对齐进行全序列比对，序列较多的话可能需要点时间。

比对后的结果如下图(注意区别)：
然后注意桌面上多了两个文件，一个是dnd格式的，一个是aln格式的。

Aln格式的文件将用来进行后续工作。

关掉clustalX窗口即可。

3) aln 格式转化为MEG格式
打开MEGA4.0，点击file，convert to MEGA format，出现如下对话框：
选择路径，将aln格式文档加载进来，点击OK，出现下图：
点击保存，会发现在桌面上又多了一个文档，看其属性会发现是MEG格式的，OK。

4) MEG文档的激活
关掉这些窗口，回到MEGA刚打开时的样子，将刚生成的那个MEG文档用拖拽的方式拖进MEGA4.0，这时会出现如下对话框：
废话一句：核酸序列比对选核酸序列，氨基酸序列比对选氨基酸序列。

点击OK，出现如下：
关掉这个界面，此时该MEG文档已被激活，处于待用状态，如下(可以和MEGA初始界面做下对比)：
5) 开始建树(NJ tree)
原理不讲了，此处以构建NJ树为例。

点击工具栏上的phylogeny，construct phylogeny，neighbor joining (NJ).出现如下界面(注意几个绿颜色的小方块)：
点击第一个小绿方块，选择，小绿方块会变成四个点的省略号，再点击出现如下页面：
选择Bootstrap，后面的replication改为1000，点击对勾。

然后点击第三个小绿方块，这个时候对于蛋白质序列以及DNA序列，两者模型的选择是不同的。

对于蛋白质的序列，多选择Poisson Correction (泊松修正)这一模型。

而对于核酸序列，多选择Kimura 2-parameter (Kimura-2参数) 模型。

所有设置完毕之后，点击compute，雏形的树就出来了：
可以对此树做出一些修改，比如线条粗细，树的形状等等，此处自己多试试。

6)树的修饰
建好树之后，往往需要对树做一些美化。

这个工作完全可以在word中完成，达到发表文章的要求。

点击image，copy to clipboard。

新建一个word文档，选择粘贴。

见下图：
在图上点击右键，就可以对文字的字体大小，倾斜等做出修饰。

见下图：
这个时候可以通过Adobe professional 对其进行图像导出：先将此word文档打印成PDF，见下图：
将打印出来的PDF保存在桌面上，打开，如下图：
此时，点击工具，高级编辑工具，裁剪工具，如下图所示：
选择需要的区域以删除周围的空白区，双击发育树，会出现下图：
点击确定，出现下图(把空边切掉了)：
点击文件，另存为，在保存类型一栏中选择TIFF格式，点击确定后会生成下面这个图片，所生成图片绝对可以满足文章的发表：
OK，结束了，自己玩一把吧。

clustal x怎么导出图片格式
很多软件可以做这个，如果用得少不想装可以用在线的，用
/Tools/msa/clustalw2/分析，结果用
/sms/index.html中的多序列对比显示工具调整显示图片。