动态规划的基本原理和基本应用

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动态规划算法及其在序列比对中应用分析

动态规划算法及其在序列比对中应用分析

动态规划算法及其在序列比对中应用分析序列比对是生物信息学中一个重要的问题,用于比较两个或多个生物序列的相似性和差异性。

在序列比对过程中,动态规划算法是一种常用和有效的方法。

本文将介绍动态规划算法的基本原理和应用,并深入分析其在序列比对中的应用。

1. 动态规划算法基本原理动态规划算法是一种通过把问题分解为相互重叠的子问题,并通过将每个子问题的解存储起来来解决复杂问题的方法。

它通常用于处理具有重叠子问题和最优子结构特性的问题。

动态规划算法的核心思想是将原问题拆解成若干个子问题,通过计算每个子问题的最优解来得到原问题的最优解。

这个过程可以通过建立一个状态转移方程来实现,即找到子问题之间的关联关系。

2. 动态规划在序列比对中的应用序列比对是生物信息学研究中常见的任务之一,用于比较两个或多个生物序列的相似性和差异性。

动态规划算法在序列比对中被广泛应用,最为著名的例子是Smith-Waterman算法和Needleman-Wunsch算法。

2.1 Smith-Waterman算法Smith-Waterman算法是一种用于局部序列比对的动态规划算法。

它通过为每个可能的比对位置定义一个得分矩阵,并计算出从每个比对位置开始的最优比对路径来找到最优的局部比对。

Smith-Waterman算法的基本思路是从比对矩阵的右下角开始,根据得分矩阵中每个位置的得分值和其周围位置的得分值进行计算,并记录下最大得分值及其对应的路径。

最终,通过回溯从最大得分值开始的路径,得到最优的局部比对结果。

2.2 Needleman-Wunsch算法Needleman-Wunsch算法是一种用于全局序列比对的动态规划算法。

它通过为每个比对位置定义一个得分矩阵,并通过计算出从第一个比对位置到最后一个比对位置的最优比对路径来找到最优的全局比对。

Needleman-Wunsch算法的基本思路与Smith-Waterman算法类似,但不同之处在于需要考虑序列的开头和结尾对比对结果的影响。

动态规划的基本原理和基本应用

动态规划的基本原理和基本应用

动态规划的基本原理和基本应用动态规划(Dynamic Programming)是一种通过将一个问题分解为较小的子问题并存储子问题的解来解决复杂问题的方法。

动态规划的基本原理是通过记忆化或自底向上的迭代方式来求解问题,以减少不必要的重复计算。

它在计算机科学和数学中具有广泛的应用,尤其是在优化、组合数学和操作研究等领域。

1.确定最优子结构:将原问题分解为较小的子问题,并且子问题的最优解能够推导出原问题的最优解。

2.定义状态:确定存储子问题解的状态变量和状态方程。

3.确定边界条件:确定初始子问题的解,也称为边界状态。

4.递推计算:利用状态方程将子问题的解计算出来,并存储在状态变量中。

5.求解最优解:通过遍历状态变量找到最优解。

1.背包问题:背包问题是动态规划的经典应用之一、它有多种变体,其中最基本的是0/1背包问题,即在限定容量的背包中选择物品,使得所选物品的总价值最大。

可以使用动态规划的思想来解决背包问题,确定状态为背包容量和可选物品,递推计算每个状态下的最优解。

2. 最长递增子序列:最长递增子序列(Longest Increasing Subsequence)是一种常见的子序列问题。

给定一个序列,找到其中最长的递增子序列。

可以使用动态规划来解决这个问题,状态可以定义为以第i个元素为结尾的最长递增子序列的长度,并递推计算每个状态的解。

3.矩阵链乘法:矩阵链乘法是一种优化矩阵连乘计算的方法。

给定一系列矩阵,求解它们相乘的最小计算次数。

可以使用动态规划解决矩阵链乘法问题,状态可以定义为矩阵链的起始和结束位置,递推计算每个状态下最小计算次数。

4.最短路径问题:最短路径问题是在有向图或无向图中找到两个节点之间最短路径的问题。

可以使用动态规划解决最短路径问题,状态可以定义为起始节点到一些节点的最短距离,递推计算每个状态的最优解。

动态规划算法及其应用案例解析

动态规划算法及其应用案例解析

动态规划算法及其应用案例解析动态规划算法是计算机科学中一种非常重要的算法,它在许多领域都有大量的应用。

在本文中,我们将介绍动态规划算法的基本思想和特点,并通过一些常见的应用案例来深入理解这个算法。

1. 动态规划算法的基本思想动态规划算法是一种算法设计技术,用于在多阶段决策过程中寻找最优解。

它的基本思想是将一个大问题分解成较小的子问题来解决,然后将这些子问题的解组合起来得到原问题的解。

它与分治算法很类似,但是动态规划算法通常是针对问题的重复性结构进行优化的。

动态规划算法通常适用于满足以下几个条件的问题:(1)问题具有重叠子问题的特点,即一个大问题可以分解为多个子问题,且这些子问题存在相同的子结构;(2)问题具有最优子结构的特点,即一个问题的最优解包含其子问题的最优解。

通过以上两个条件,在通过子问题的最优解推导出大问题的最优解时,我们可以避免重复计算并且保证得到的结果是最优的。

2. 动态规划算法的特点动态规划算法的主要特点包括以下几个方面:(1)动态规划算法使用一个递推公式来计算问题的解,这个递推公式通常是由原问题和子问题之间的关系建立而来的。

(2)动态规划算法使用一个表格来存储子问题的解,这个表格通常称为动态规划表或者状态转移表。

(3)动态规划算法通常需要进行一些预处理操作,例如初始化表格的值,以及确定递推公式的边界条件。

(4)动态规划算法的时间复杂度通常是由子问题的个数和计算每个子问题的时间复杂度来决定的。

3. 应用案例解析下面我们将通过一些常见的应用案例来更好地理解动态规划算法。

(1)背包问题背包问题是指给定一组物品和一个容量为W的背包,选择一些物品放入背包中,使得放入背包的物品的总价值最大。

这个问题可以通过动态规划算法来解决。

我们可以定义一个二维数组f[i][j],表示前i个物品放进容量为j的背包所得到的最大价值。

递推公式可以定义为:f[i][j] = max(f[i-1][j], f[i-1][j-w[i]] + v[i]),其中w[i]表示第i个物品的重量,v[i]表示第i个物品的价值。

动态规划算法的详细原理及使用案例

动态规划算法的详细原理及使用案例

动态规划算法的详细原理及使用案例一、引言动态规划是一种求解最优化问题的算法,它具有广泛的应用领域,如机器学习、图像处理、自然语言处理等。

本文将详细介绍动态规划算法的原理,并提供一些使用案例,以帮助读者理解和应用这一算法的具体过程。

二、动态规划的基本原理动态规划算法通过将问题分解为多个子问题,并利用已解决子问题的解来求解更大规模的问题。

其核心思想是利用存储技术来避免重复计算,从而大大提高计算效率。

具体来说,动态规划算法通常包含以下步骤:1. 定义子问题:将原问题分解为若干个子问题,这些子问题具有相同的结构,但规模更小。

这种分解可以通过递归的方式进行。

2. 定义状态:确定每个子问题的独立变量,即问题的状态。

状态具有明确的定义和可计算的表达式。

3. 确定状态转移方程:根据子问题之间的关系,建立状态之间的转移方程。

这个方程可以是简单的递推关系式、递归方程或其他形式的方程。

4. 解决问题:使用递推或其他方法,根据状态转移方程求解每个子问题,直到获得最终解。

三、动态规划的使用案例1. 背包问题背包问题是动态规划算法的经典案例之一。

假设有一个背包,它能容纳一定重量的物品,每个物品有对应的价值。

目的是在不超过背包总重量的前提下,选取最有价值的物品装入背包。

这个问题可以通过动态规划算法来求解。

具体步骤如下:(1)定义问题:在不超过背包容量的限制下,选取物品使得总价值最大化。

(2)定义状态:令dp[i][j]表示将前i个物品放入容量为j的背包中所能获得的最大价值。

(3)状态转移方程:dp[i][j] = max(dp[i-1][j-w[i]]+v[i], dp[i-1][j]),其中w[i]为第i个物品的重量,v[i]为第i个物品的价值。

(4)解决问题:根据状态转移方程依次计算每个子问题的解,并记录最优解,直到获得最终答案。

2. 最长公共子序列最长公共子序列(Longest Common Subsequence,简称LCS)是一种经典的动态规划问题,它用于确定两个字符串中最长的共同子序列。

动态规划算法在路径规划中的应用

动态规划算法在路径规划中的应用

动态规划算法在路径规划中的应用路径规划在日常生活中随处可见,比如搜索最短路线、规划旅游路线、寻找交通路线等等。

其中,动态规划算法被广泛应用于路径规划领域,可解决诸如最短路径、最小花费路径等问题。

这篇文章将介绍动态规划算法在路径规划中的应用。

一、动态规划算法的基本原理动态规划算法是一种求解多阶段决策问题的优化方法。

它将问题分成多个子问题,并分别求解这些子问题的最优解。

最后通过不断合并子问题的最优解得到原问题的最优解。

其基本思想可以用以下三个步骤来概括:1.确定状态:将原问题分解成若干个子问题,每个子问题对应一个状态。

2.确定状态转移方程:确定每个状态之间的转移关系。

3.确定边界条件:确定初始状态和结束状态。

动态规划算法通常包括两种方法:自顶向下的记忆化搜索和自底向上的迭代法。

其中,自顶向下的记忆化搜索依赖于递归调用子问题的解,而自底向上的迭代法则通过维护状态表来解决问题。

二、动态规划算法在路径规划中的应用路径规划是动态规划算法的一个重要应用场景。

动态规划算法可以用来求解最短路径、最小花费路径、最大价值路径等问题。

这里以求解最短路径为例,介绍动态规划算法在路径规划中的应用。

1.问题定义假设我们需要从城市A走到城市B,中途经过若干个城市。

每个城市之间的距离已知,现在需要求出从城市A到城市B的最短路径。

这个问题可以用动态规划算法来求解。

2.状态定义在这个问题中,我们可以用一个二元组(u, v)表示从城市u到城市v的一条路径。

因此,在求解最短路径问题时,我们需要进行状态定义。

通常情况下,状态定义成一个包含一个或多个变量的元组,这些变量描述了在路径中的某个位置、某种状态和其他有关的信息。

在这个问题中,状态定义为S(i,j),它表示从城市A到城市j的一条路径,该路径经过了城市集合{1, 2, …, i}。

3.状态转移方程状态转移方程描述了相邻状态之间的关系,即从一个状态到另一个状态的计算方法。

在求解最短路径问题时,状态转移方程可以定义为:d(i, j) = min{d(i-1, j), d(i, k) + w(k, j)}其中,d(i,j)表示从城市A到城市j经过城市集合{1, 2, …, i}的最短路径长度。

动态规划算法在金融风险管理中的应用分析

动态规划算法在金融风险管理中的应用分析

动态规划算法在金融风险管理中的应用分析随着金融市场的发展和变化,金融风险管理变得越来越复杂和关键。

在如此高度的不确定性中,高科技和数据科学的介入变得更为重要。

动态规划算法是一种优秀的算法,在金融风险管理中应用广泛,可用于优化投资组合,风险评估和控制,资产定价等方面。

一、动态规划算法的基本原理及优势动态规划的核心是对问题进行递归划分,根据最优性原理,通过将问题划分为更小的子问题,在保证全局最优的前提下,求得最优解。

常用于需要进行多次决策的问题,如优化投资组合、指导决策等。

与其他算法不同,动态规划具有以下优势:1.具有良好的优化性能,能够求得最优解;2.算法的复杂度与输入数据的规模无关,可以处理大规模数据;3.具有明确的最优解结构,便于理解和实现。

二、金融风险管理中动态规划的应用1.优化投资组合投资组合优化是指在给定的投资资产中,选择合适的权重分配,实现最大化收益或最小风险。

传统的投资组合优化方法主要是线性规划和二次规划方法,但是在实际应用中,这些方法的局限性较大,无法充分利用多个资产之间的关联性和变化性。

动态规划将投资决策划分为多个时间段,建立多期资产分配的优化模型,能够更加准确地描述资产的时变特性,基于时间序列数据,进行优化模型的建立,实现更加精准和有效的投资组合优化。

2.风险评估和控制在金融风险管理中,风险评估和控制是至关重要的。

动态规划方法在风险评估和控制中有广泛应用。

基于动态规划的风险模型,可以考虑投资者的风险承担能力、金融市场的变化特性、预期目标等因素,精确地评估金融市场的风险水平。

同时,动态规划算法还能够进行风险控制,即基于风险控制指标,设定合适的止损点和买卖策略,保持资产风险最小化。

3.资产定价在金融市场中,资产的定价是一个非常复杂和动态的过程。

使用动态规划算法,可以基于多个因素的变化情况,建立合适的定价模型,进行资产的价格优化。

定价模型可以考虑市场供需关系、金融市场指标、投资人行为等多个因素,以多期形式,选取适当的时间段,通过最优解的求取,得到更加合理的资产定价方案。

动态规划算法原理与的应用

动态规划算法原理与的应用

动态规划算法原理与的应用动态规划算法是一种用于求解最优化问题的常用算法。

它通过将原问题划分为子问题,并将每个子问题的解保存起来,以避免重复计算,从而降低了问题的时间复杂度。

动态规划算法的核心思想是自底向上地构建解,以达到求解整个问题的目的。

下面将介绍动态规划算法的原理以及一些常见的应用。

1.动态规划算法的原理1)将原问题划分为多个子问题。

2)确定状态转移方程,即找到子问题之间的关系,以便求解子问题。

3)解决子问题,并将每个子问题的解保存起来。

4)根据子问题的解,构建整个问题的解。

2.动态规划算法的应用2.1最长公共子序列1) 定义状态:假设dp[i][j]表示序列A的前i个字符和序列B的前j个字符的最长公共子序列的长度。

2) 确定状态转移方程:若A[i] == B[j],则dp[i][j] = dp[i-1][j-1] + 1;若A[i] != B[j],则dp[i][j] = max(dp[i-1][j],dp[i][j-1])。

3) 解决子问题:从前往后计算dp数组中每个元素的值。

4) 构建整个问题的解:dp[m][n]即为最终的最长公共子序列的长度,其中m和n分别为序列A和序列B的长度。

2.2背包问题背包问题是指给定一个背包的容量和一些物品的重量和价值,要求在不超过背包容量的情况下,选择若干物品放入背包中,使得背包中物品的总价值最大。

该问题可通过动态规划算法求解,具体步骤如下:1) 定义状态:假设dp[i][j]表示在前i个物品中选择若干物品放入容量为j的背包中,能够获得的最大价值。

2) 确定状态转移方程:考虑第i个物品,若将其放入背包,则dp[i][j] = dp[i-1][j-wi] + vi;若不将其放入背包,则dp[i][j] = dp[i-1][j]。

3) 解决子问题:从前往后计算dp数组中每个元素的值。

4) 构建整个问题的解:dp[n][C]即为最终的背包能够获得的最大价值,其中n为物品的个数,C为背包的容量。

动态规划(完整)

动态规划(完整)

(3) 决策、决策变量
所谓决策就是确定系统过程发展的方案,
决策的实质是关于状态的选择,是决策者从
给定阶段状态出发对下一阶段状态作出的选
择。
用以描述决策变化的量称之决策变量, 和状态变量一样,决策变量可以用一个数, 一组数或一向量来描述.也可以是状态变量
的函数,记以 xk xk (sk ) ,表示于 k 阶段状
阶段变量描述当前所处的阶段位置,一 般用下标 k 表示;
(2) 确定状态
每阶段有若干状态(state), 表示某一阶段决策 面临的条件或所处位置及运动特征的量,称为 状态。反映状态变化的量叫作状态变量。 k 阶段的状态特征可用状态变量 sk 描述;
每一阶段的全部状态构成该阶段的状态集合Sk ,并有skSk。每个阶段的状态可分为初始状 态和终止状态,或称输入状态和输出状态, 阶段的初始状态记作sk ,终止状态记为sk+1 ,也是下个阶段的初始状态。
状态转移方程在大多数情况下可以由数学公 式表达, 如: sk+1 = sk + xk;
(6) 指标函数
用来衡量策略或子策略或决策的效果的 某种数量指标,就称为指标函数。它是定义 在全过程或各子过程或各阶段上的确定数量 函数。对不同问题,指标函数可以是诸如费 用、成本、产值、利润、产量、耗量、距离、 时间、效用,等等。
• 2、在全过程最短路径中,将会出现阶段的最优路
径;-----递推性
• 3、前面的终点确定,后面的路径也就确定了,且 与前面的路径(如何找到的这个终点)无关;----
-无后效性
• 3、逐段地求解最优路径,势必会找到一个全过程
最优路径。-----动态规划
§7.1多阶段决策问题
• 动态规划是解决多阶段最优决策的方法, 由美国数学家贝尔曼(R. Bellman) 于 1951年首先提出;
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v1 →v2 → v5 → v8 →v10 ,最短距离是27.
13
显然,当组成交通网络的节点很多时,用穷举 法求最优路线的计算工作量将会十分庞大,而且其 中包含着许多重复计算.
第二种方法即所谓“局部最优路径”法,是 说某人从k出发,他并不顾及全线是否最短,只是选 择当前最短途径,“逢近便走”,错误地以为局部 最优会致整体最优,在这种想法指导下,所取决策
状态:各阶段开始时的客观条件,第k阶段的状态常用状态
变量 xk 表示,状态变量取值的集合称为状态集合,用 X k
表示。
例如,例中, X1 { A}, X 2 {B1, B2 }.
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状 态
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C1
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C2 5
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A
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8 7
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C3 4
B2
同样,当阶段3上所有可能状态的最优后继过程都已求得后,便可
以开始考虑阶段2上所有可能状态的最优决策和最优后继过程,如v2的 最优决策是到v5,最优路线是
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(27)
v1
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v2
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(16)
v5
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9 (22) 8
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v8
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v6
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(21)v4
最优指标函数:表示从第k阶段状态为 xk 时采用最佳策略 pk*n 到过程终止时的最佳效益。记为
fk ( xk ) Vkn ( xk , pk*n ) opt Vkn ( xk , pkn )
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pknU kn ( xk )






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C1
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B1 3
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第9章 动态规划的 基本原理和基本应用
1
动态规划是解决多阶段决策过程最优 化问题的一种方法。由美国数学家贝尔曼 (Bellman)等人在20世纪50年代提出。他 们针对多阶段决策问题的特点,提出了解决 这类问题的“最优化原理”,并成功地解决 了生产管理 、 工程技术等方面的许多实际 问题。
2
动态规划是现代企业管理中的一 种重要决策方法,可用于最优路径问 题、资源分配问题、生产计划和库存 问题、投资问题、装载问题、排序问 题及生产过程的最优控制等。
xk1 Tk ( xk , uk ) 表示。
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D2 2
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E2
F
第1阶段 第2阶段 第3阶段
第4阶段 第5阶段
u3 (C2 ) D1
U2 (B1 ) {C1 , C2 , C3 }
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例2
么这个设问第题i个用周式期子的写生出产来量就为是x:i,求周x期1,x末2,的…存,x6储,量满为足u条i,件那: x1=5+u1 x2+u1=5+u2 x3+u2=10+u3 x4+u3=30+u4 x5+u4=50+u5 x6+u5=8 0 xi 30, 0 uj , i=1,2,…,6 ; j=1,2, …,5
v7 (17)
(14)
1
2
3
4
v2→v5→v8→v10 ,最短距离是22…依此类推,最后可以得到从初始状 态v1的最优决策是到v2最优路线是v1→v2→v5→v8→v10 ,全程的最短距
离是27。图1中红线表示最优路线,每点上圆括号内的数字表示该点到 终点的最短路距离。
18
综上所述可见,全枚举法虽可找出最优方案,但不是个好算 法,局部最优法则完全是个错误方法,只有动态规划方法属 较科学有效的算法。它的基本思想是,把一个比较复杂的问 题分解为一系列同类型的更易求解的子问题,便于应用计算 机。整个求解过程分为两个阶段,先按整体最优的思想逆序 地求出各个子问题中所有可能状态的最优决策与最优路线值, 然后再顺序地求出整个问题的最优策略和最优路线。计算过 程中,系统地删去了所有中间非最优的方案组合,从而使计 算工作量比穷举法大为减少。
为了找出所有可能状态的最优后继过程, 动态规划方法是从过程的最后阶段开始考虑,然 后逆着实际过程发展的顺序,逐段向前递推计算 直至始点。
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v1
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v8
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具体说,此问题先从v10开始,因为v10是终点。再无后继过程,故可以 接着考虑第4阶段上所有可能状态v8 ,v9的最优后续过程.因为从v8 ,v9 到v10的路线是唯一的,所以v8 ,v9 的最优决策和最优后继过程就是到 v10 ,它们的最短距离分别是10和14。
接着考虑阶段3上可能的状态v5 ,v6 , v7 到v10的最优决策和最优 后继过程.在状态V5上,虽然到v8是6,到v9是5,但是
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综 合 考 虑 后 继 过 程 整 体 最 优 , 取 最 优 决 策 是 到 v8, 最 优 后 同理,状态v6的最优决策是至v8 ;v7 的最优决策是到v9 。
6
t
使 S = f ( xi ) 16 u j =
i 1
j 1
6
f (xi ) 16(5x1 4x2 3x3 2x4 x5 185 )
i 1
为最小,其中
f
(xi )
100xi ,0 120xi
xi 15 300,15 xi
30
10
例3 运输网络问题:如图1所示的运输网络, 点间连线上的数字表示两地距离(也可是运费、
为了说明动态规划的基本思想方法和特点,下面以 图1所示为例讨论求最短路问题的方法。
第一种方法称做全枚举法或穷举法,它的基本思 想是列举出所有可能发生的方案和结果,再对它们一
一进行比较,求出最优方案。这里从v1到v10的路程可
以分为4个阶段。第一二段的走法有三种,第三段的 走法有两种,第四段的走法仅一种,因此共有 3×3×2×1=18条可能的路线,54次加法算出各条路 线的距离,最后进行17次两两比较,可知最优路线是
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例2 生产和存储控制问题
某工厂生产某种季节性商品,需要作下一 年度的生产计划,假定这种商品的生产周期需 要两个月,全年共有6个生产周期,需要作出 各个周期中的生产计划。
设已知各周期对该商品的需要量如下表所示: 周期 1 2 3 4 5 6
需求量 5 5 10 30 50 8
8
例2
假设这个工厂根据需要可以日夜两班生产或只是日 班生产,当开足日班时,每一个生产周期能生产商品15 个单位,每生产一个单位商品的成本为100元。当开足 夜班时,每一生产周期能生产的商品也是15个,但是由 于增加了辅助性生产设备和生产辅助费用,每生产一单 位商品的成本为120元。由于生产能力的限制,可以在 需求淡季多生产一些商品储存起来以备需求旺季使用, 但存储商品是需要存储费用的,假设每单位商品存储一 周期需要16元,已知开始时存储为零,年终也不存储商 品备下年使用,问应该如何作生产和存储计划,才能使 总的生产和存储费用最小?
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动态规划与倒推求解:
拾火柴游戏: 桌子上放30根火柴, 每人一次 可拾起1-3根, 谁拾起最后一根火柴谁输, 如果你先选择, 如何保证你能赢得游戏? 29-25-21-17-13-9-5-1
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动态规划是解决多阶段决策问题的一种方法。所谓多阶段 决策问题是指这样的决策问题:其过程可分为若干个相互联 系的阶段,每一阶段都对应着一组可供选择的决策,每一决
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9.1多阶段决策过程最优化问题举例
多阶段决策过程最优化 多阶段决策过程是指这样一类特殊的活动
过程,他们可以按时间顺序分解成若干相互联 系的阶段,在每个阶段都要做出决策,全部过 程的决策是一个决策序列,所以多阶段决策问 题也称为序贯决策问题。
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例1 多阶段资源分配问题
设有数量为x的某种资源,将它投入两种 生产方式A和B中:以数量y投入生产方式A,剩 下的量投入生产方式B,则可得到收入 g(y)+h(x-y),其中g(y)和h(y)是已知函数,并且 g(0)=h(0)=0;同时假设以y与x-y分别投入两种 生产方式A,B后可以回收再生产,回收率分别 为a与b。试求进行n个阶段后的最大总收入。
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