胎儿染色体非整倍体基因检测软件产品技术要求华大基因
低深度测序在检测单细胞染色体微小变异中的应用探索
低深度测序在检测单细胞染色体微小变异中的应用探索陈大洋;甄贺富;刘萍;邱咏;谢林;刘弘泰;陈芳【摘要】The paper aims to study the application of low-coverage whole genome sequencing in detecting chromosome micro variations of single cell. Using 5 cell lines with positive signal and validated by aCGH as research object,the complete genome of single cell amplified by two commercial kits was sequenced by Hiseq2000 ;then,comparing the results by bioinformatics with those validated by aCGH. Results showed that in preliminary tests,the whole genome amplification(WGA)was successful in the 5 single cells. Following the low-coverage whole genome sequencing,they all showed the expected karyotype. While using the GenomePlex® Single Cell WGA Kit,the overlapping rate of the detection results and aCGH results was more than 80%,but there was 1 false positive signal of about 8 Mb(Megabase)in 1 sample. While using PicoPLEX® WGA Kit,the overlapping rate of the detection results and aCGH results also was more than 80%,and there was no false positive signal in detection results. The results confirmed that the method would detect the copy number variations larger than 7 Mb via the low-coverage whole genome sequencing(0.1 X).%旨在探讨低深度测序在检测单细胞染色体微小变异中的应用。
染色体核型分析联合CNV-Seq检测在高龄孕妇产前诊断中的应用
作者简介:马海霞,女,副主任医师,主要从事产前诊断细胞遗传学研究㊂ ә 通信作者,E -m a i l :h e l i 20042008@163.c o m ㊂㊃论 著㊃D O I :10.3969/j.i s s n .1672-9455.2024.04.017染色体核型分析联合C N V -S e q 检测在高龄孕妇产前诊断中的应用马海霞1,冯丽云2,郭苑青2,何丽梅1ә上海市长宁区妇幼保健院:1.检验科;2.产筛中心,上海200051摘 要:目的 探讨染色体核型分析与全基因组拷贝数变异测序(C N V -S e q)技术在高龄孕妇产前诊断中联合应用的意义㊂方法 对2020年1月至2022年12月该院收治的723例高龄孕妇的羊水细胞染色体核型分析㊁C N V -S e q 检测结果进行回顾性分析㊂结果 723例高龄孕妇中检出染色体异常共29例,异常检出率为4.0%㊂723例高龄孕妇中检出核型异常21例,异常检出率为2.9%,其中染色体非整倍体13例,包括21-三体7例,18-三体1例,性染色体非整倍体5例;染色体嵌合3例,包括性染色体嵌合2例,常染色体嵌合1例;染色体结构异常5例,包括染色体倒位3例,染色体易位2例;检出C N V -S e q 异常24例,异常检出率为3.3%,其中染色体非整倍体13例,包括21-三体7例,18-三体1例,性染色体非整倍体5例;染色体嵌合3例,包括性染色体嵌合2例,常染色体嵌合1例;致病性染色体拷贝数变异8例,包括染色体微重复1例,染色体微缺失7例㊂其中染色体非整倍体异常中染色体核型分析和C N V -S e q 检测结果一致㊂结论 染色体核型分析联合CN V -S e q 检测可提高染色体异常检出率,两种方法各自有独特的优势,可以相互验证,互补不足,染色体核型分析可比较直观地检测出染色体结构变异,而C N V -S e q 可检测出染色体微缺失㊁微重复㊂关键词:染色体核型分析; 全基因组拷贝数变异测序; 高龄; 孕妇; 产前诊断中图法分类号:R 446.9文献标志码:A 文章编号:1672-9455(2024)04-0507-04A p p l i c a t i o n o f c h r o m o s o m e k a r y o t y p e a n a l y s i s c o m b i n e d w i t h C N V -S e q de t e c t i o n i n p r e n a t a l d i a g n o s i s of e l d e r l y p r e gn a n t w o m e n MA H a i x i a 1,F E N G L i y u n 2,G U O Y u a n q i n g 2,H E L i m e i 1ә1.D e p a r t m e n t o f C l i n i c a l L a b o r a t o r y ;2.S c r e e n i n g C e n t e r ,S h a n g h a i C h a n g n i n g Di s t r i c t M a t e r n a l a n d C h i l d H e a l t h H o s p i t a l ,S h a n gh a i 200051,C h i n a A b s t r a c t :O b je c t i v e T o e x p l o r e t h e s i g n if i c a n c e o f t h e c o m b i n e d a p p l i c a t i o n o f c h r o m o s o m e k a r y o t y p e a -n a l y s i s a n d w h o l eg e n o m e c o p y n u m b e r v a r i a t i o n s e q u e n c i n g (C N V -S e q )i n th e p r e n a t a l di a gn o s i s o f a m n i o t i c f l u i d i n e l d e r l y p r e g n a n t w o m e n .M e t h o d s T h e c h r o m o s o m e k a r y o t y p e a n d C N V -S e q de t e c t i o n r e s u l t s of a m -n i o t i c f l u i d c e l l s o f 723e l d e r l y p r eg n a n t w o m e n a d m i t t e d t o Sh a n g h ai C h a n g n i n g D i s t r i c t M a t e r n a l a n d C h i l d H e a l t h H o s p i t a l f r o m J a n u a r y 2020t o D e c e m b e r 2022w e r e a n a l y z e d r e t r o s p e c t i v e l y.R e s u l t s C h r o m o s o m e a b n o r m a l i t i e s w e r e d e t e c t e d i n 29o f 723e l d e r l y p r e gn a n t w o m e n ,w i t h a n a b n o r m a l d e t e c t i o n r a t e o f 4.0%.A -m o n g 723e l d e r l y p r e g n a n t w o m e n ,21c a s e s w e r e f o u n d w i t h a b n o r m a l k a r y o t y pe ,t h e a b n o r m a l d e t e c t i o n r a t e w a s 2.9%,i n c l u d i n g 13c a s e s of c h r o m o s o m e a n e u p l o i d y ,i n c l u d i ng 7c a s e s o f t r i s o m y 21,1c a s e o f t r i s o m y 18a n d 5c a s e s o f s e x c h r o m o s o m e a n e u p l o i d y .T h e r e w e r e 3c a s e s o f c h r o m o s o m e m o s a i c i s m ,i n c l u d i n g 2c a s e s o f s e x c h r o m o s o m e m o s a i c i s m a n d 1c a s e o f a u t o s o m a l m o s a i c i s m.T h e r e w e r e 5c a s e s o f c h r o m o s o m e s t r u c t u r ea b n o r m a l i t y ,i n c l u d i n g 3c a s e s o f c h r o m o s o m e i n v e r s i o n a n d 2c a s e s o f c h r o m o s o m e t r a n s l o c a t i o n .C N V -S e qa b n o r m a l i t i e s w e r e d e t e c t e d i n 24c a s e s ,w i t h a n a b n o r m a l d e t e c t i o n r a t e o f 3.3%,i n c l u d i n g 13c a s e s o f c h r o -m o s o m e a n e u p l o i d y ,i n c l u d i n g 7c a s e s o f t r i s o m y 21,1c a s e o f t r i s o m y 18a n d 5c a s e s o f s e x c h r o m o s o m e a n e u -p l o i d y .T h e r e w e r e 3c a s e s o f c h r o m o s o m e m o s a i c i s m ,i n c l u d i n g 2ca s e s o f s e x c h r o m o s o m e m o s a i c i s m a n d 1c a s e o f a u t o s o m a l m o s a i c i s m.T h e r e w e r e 8c a s e s o f p a t h o g e n i c c h r o m o s o m e c o p y n u mb e r v a r i a t i o n ,i nc l ud i n g1c a s e o f c h r o m o s o m e m i c r o d u p l i c a t i o n a n d 7c a s e s o f c h r o m o s o m e m i c r o d e l e t i o n .T h e r e s u l t s o f c h r o m o s o m e k a r y o t y p e a n a l y s i s a n d C N V -S e q d e t e c t i o n i n c h r o m o s o m e a n e u p l o i d y w e r e c o n s i s t e n t .C o n c l u s i o n C h r o m o -s o m a l k a r y o t y p e a n a l y s i s c o m b i n e d w i t h C N V -S e q d e t e c t i o n c a n i m p r o v e t h e d e t e c t i o n r a t e o f c h r o m o s o m a l a b n o r m a l i -t i e s .E a c h m e t h o d h a s u n i q u e a d v a n t a g e s a n d c a n m u t u a l l y v e r i f y c o m p l e m e n t a r y d e f i c i e n c i e s .C h r o m o s o m a l k a r y o t y pe a n a l y s i s c a n i n t u i t i v e l y d e t e c t c h r o m o s o m a l s t r u c t u r a l v a r i a t i o n s ,w h i l e C N V -S e q ca n d e t e c t c h r o m o s o m a l m i c r o d e -l e t i o n s a n d m i c r o d u pl i c a t i o n s .K e y wo r d s :c h r o m o s o m e k a r y o t y p e a n a l y s i s ; w h o l e g e n o m e c o p y n u m b e r v a r i a t i o n s e q u e n c i n g ; e l d e r -l y ; p r e g n a n t w o m a n ; p r e n a t a l d i a gn o s i s ㊃705㊃检验医学与临床2024年2月第21卷第4期 L a b M e d C l i n ,F e b r u a r y 2024,V o l .21,N o .4高龄孕妇是指年龄ȡ35岁的孕妇㊂孕妇高龄是胎儿染色体异常的重要因素之一[1]㊂胎儿染色体异常可引起胎儿组织㊁器官发育异常等㊂高龄可造成卵子老化㊁卵巢功能衰退,从而增加受精卵或生殖细胞减数分裂时染色体不分离的风险[2]㊂一直以来传统的染色体核型分析技术作为实验室产前诊断的金标准,除了可以检测出染色体数目异常外,还可以检测出大片段的结构异常,但同时也存在耗时㊁耗力㊁培养周期长㊁只能检测5M b以上的异常等缺点[3]㊂近年来,随着二代测序技术的快速发展,低深度全基因组拷贝数变异测序(C N V-S e q)被广泛应用于产前诊断领域,与传统的染色体核型分析技术相比,其有检测范围广㊁精准㊁通量高㊁成本低㊁操作简便等诸多优势,为染色体畸变及染色体拷贝数变异(C N V)检测提供了新的手段,但只能检测总体染色体数目的改变而不能检测结构的重排㊂本研究回顾性分析2020年1月至2022年12月本院723例高龄孕妇的羊水细胞染色体核型及C N V-S e q检测结果,探讨二者在高龄孕妇产前诊断中联合应用的意义,以期为临床医生提供参考依据,现报道如下㊂1资料与方法1.1一般资料选取2020年1月至2022年12月本院产前诊断中心就诊的723例高龄孕妇为研究对象㊂纳入标准:(1)孕妇年龄ȡ35岁;(2)均为单胎妊娠㊂排除标准:(1)既往有不良孕产史;(2)孕期接触过有毒㊁有害物质㊂所有孕妇孕周18~26周,年龄35~44岁,孕妇均签署知情同意书后进行羊膜腔穿刺术,同时进行染色体核型分析和C N V-S e q检测㊂1.2方法1.2.1羊膜腔穿刺 B超定位下严格无菌操作,经腹壁进行羊膜腔穿刺术,每例孕妇均抽取3试管羊水,每管10m L,共30m L,其中2管进行细胞培养染色体核型分析,1管进行C N V-S e q检测㊂1.2.2染色体G显带染色体核型分析2管羊水分装于两支15m L无菌离心管中,1500r/m i n离心10 m i n,留取0.5~1.5m L沉淀,加5m L G i b c o培养基混匀后,进行细胞接种,培养7d后观察细胞是否贴壁,如贴壁进行换液,当贴壁细胞生长旺盛可见5~8个大克隆时,加入10μg/m L秋水仙素60μL,作用3.0~3.5h后收获细胞制片并进行G显带,按照人类细胞遗传学国际命名体制(I S C N2016)标准进行分析诊断,嵌合体通常计数100个细胞,必要时做C带分析㊂1.2.3 C N V-S e q检测抽取10m L羊水,送至华大基因公司完成分析㊂实际检测中主要针对染色体非整倍体变异和100k b以上的C N V,方法如下:按照试剂盒说明书从羊水细胞中提取分离并纯化基因组D N A,并以此作为起始模板,构建D N A文库,进行测序㊂使用比对软件将读序信息与人类参考基因组(G R C h37,U C S C r e l e a s e h g19)进行比对分析,并通过检索I S C A㊁D e c i p h e r㊁C l i n v a r等数据库,参照美国医学遗传学与基因组学学会(A C MG)遗传变异分类标准与指南[4]对检测到的C N V的致病性进行评估㊂结果分为5类:致病㊁可能致病㊁临床意义未明㊁可能良性㊁良性㊂1.3统计学处理采用E x c e l2007软件进行数据处理及统计分析㊂2结果723例高龄孕妇中检出染色体异常共29例,异常检出率为4.0%㊂723例高龄孕妇中,染色体核型分析检出核型异常21例,异常检出率为2.9%,C N V-S e q检测结果异常24例,异常检出率为3.3%;核型异常中包括染色体非整倍体13例,染色体嵌合体3例,染色体结构异常5例;C N V-S e q检测结果异常包括染色体非整倍体13例,染色体嵌合3例,致病性染色体拷贝数变异(p C N V s)8例㊂723例高龄孕妇中检出染色体非整倍体13例,包括21-三体7例,18-三体1例,性染色体非整倍体5例,其中47,X X X2例㊁47,X Y Y2例㊁47,X X Y1例,染色体核型分析结果与C N V-S e q结果均一致㊂见表1㊂723例高龄孕妇中检出染色体嵌合3例,包括性染色体嵌合2例,常染色体嵌合1例㊂染色体核型分析结果与C N V-S e q检测结果在嵌合比例上均不一致㊂见表1㊂723例高龄孕妇中检出染色体结构异常5例,包括染色体倒位3例,染色体易位2例㊂染色体核型分析结果与C N V-S e q检测结果均不一致,其中C N V-S e q检测结果均未见异常㊂见表1㊂723例高龄孕妇中检出p C N V s8例,包括染色体微重复1例,染色体微缺失7例㊂染色体核型分析结果与C N V-S e q检测结果均不一致,其中染色体核型分析结果均未见异常㊂见表1㊂表1723例高龄孕妇中羊水染色体核型分析异常与C N V-S e q检测结果比较类别染色体核型分析结果C N V-S e q检测结果两种检测结果一致性例数(n)染色体数目异常47,X N,+21s e q[G R C h37]d u p(21p13q22.3)48.13M b一致747,X N,+18s e q[G R C h37]d u p(18p11.32q23)78.08M b一致147,X X X s e q[G R C h37]d u p(X p22.33q28)155.27M b一致2㊃805㊃检验医学与临床2024年2月第21卷第4期 L a b M e d C l i n,F e b r u a r y2024,V o l.21,N o.4续表1723例高龄孕妇中羊水染色体核型分析异常与C N V-S e q检测结果比较类别染色体核型分析结果C N V-S e q检测结果两种检测结果一致性例数(n)47,X Y Y s e q[G R C h37]d u p(Y p11.32q12)59.37M b一致247,X X Y s e q[G R C h37]d u p(X p22.33q28)155.27M b一致1染色体嵌合45,X[3]/46,X X[52]s e q[G R C h37]d e l(X p22.33q28)155.27M b嵌合比例19%不一致1 46,X,i(X)(q10)[81]/45,X[19]s e q[G R C h37]d e l(X p22.33p11.21)54.26M b不一致147,X Y,+9[45]/46,X Y[55]s e q[G R C h37]d u p(9)(p24.3q34.3)141.21M b,嵌合比例18%不一致1染色体结构异常45,X Y,d e r(13;14)(q10;q10)未见异常不一致146,X X,i n v(10)(q11.2q23)m a t未见异常不一致146,X Y,t(1;11)(q25;q13)p a t未见异常不一致146,X Y,i n v(2)(p11.2q13)未见异常不一致147,X X+21,i n v(2)(q21q44)未见异常不一致1染色体微重复未见异常s e q[G R C h37]d u p(4q22.1q22.1)不一致1染色体微缺失未见异常s e q[G R C h37]d e l(15q13.2q13.3)不一致1未见异常s e q[G R C h37]d e l(16p12.2p11.2)不一致1未见异常s e q[G R C h37]d e l(15q11.2q11.2)550.3k b不一致1未见异常s e q[G R C h37]d e l(15q11.2q11.2)1.03M b不一致1未见异常s e q[G R C h37]d e l(6)(q27q27)3.87M b不一致1未见异常s e q[G R C h37]d e l(20)(p12.2p12.2),1.44M b不一致1未见异常s e q[G R C h37]d e l(14)(q12q12),4.69M b不一致13讨论近年来,伴随 三孩 政策的落地,高龄孕妇比例不断增多㊂‘低深度全基因组测序技术在产前诊断中的应用专家共识“[5]为C N V-s e q技术在产前诊断中的规范应用提供了指导建议㊂本研究通过回顾性分析723例高龄孕妇产前诊断中胎儿染色体核型分析及C N V-S e q异常检出情况,探讨二者联合检测在高龄孕妇产前诊断中的临床应用价值,为临床医生提供参考依据㊂染色体非整倍体异常可引起严重的出生缺陷,是产前诊断中最为常见的胎儿染色体异常,染色体核型分析与C N V-S e q都可提示胎儿染色体非整倍体异常,二者联合应用可相互验证㊂本研究中723例高龄孕妇中检出染色体非整倍体13例,包括21-三体7例,18-三体1例,性染色体非整倍体5例,染色体核型分析和C N V-S e q检测结果一致,提示染色体核型分析和C N V-S e q都可以准确地检测胎儿染色体的非整倍体异常㊂同时使用两种原理不同的检测技术可以相互验证其结果的准确性,以最大限度地降低缺陷儿的出生,减少漏诊㊁误诊㊂本研究中723例高龄孕妇中检出染色体嵌合3例,包括性染色体嵌合2例,常染色体嵌合1例,但嵌合比例核型与C N V-S e q检测结果均不一致㊂性染色体嵌合中1例核型分析结果为45,X嵌合比例为5.5%,而C N V-S e q检测结果为45,X,嵌合比例为19%,1例核型分析结果为45,X和46,X,i(X)(q10)的嵌合比例分别为19%和81%,而C N V-S e q检测结果为X染色体短臂缺失,1例常染色体嵌合中核型分析结果为47,X Y,+9的嵌合比例为45%,而C N V-S e q检测结果为9号染色体,嵌合比例为18%㊂提示由于染色体核型分析和C N V-S e q原理不同,在染色体嵌合体诊断中及嵌合比例分析中存在差异㊂有研究报道,C N V-S e q联合染色体核型分析可弥补单一检测方法诊断嵌合体出现误诊的不足[6],C N V-S e q可检测低至5%的嵌合体[7]㊂染色体核型分析和C N V-S e q检测结果不一致的标本可通过荧光原位杂交(F I S H)㊁多重连接依赖式探针扩增技术(M L P A)等第3种方法进行验证,为临床提供最准确的依据㊂染色体核型分析可以检测染色体倒位㊁易位及罗伯逊易位的类型,C N V-S e q可以检测有无致病性遗传物质的增多或减少,二者联合应用可明确胎儿染色体大片段重排的类型及意义㊂本研究中723例高龄孕妇中染色体核型分析检出染色体结构异常5例,包括染色体倒位3例,易位2例,而C N V-S e q检测结果未㊃905㊃检验医学与临床2024年2月第21卷第4期 L a b M e d C l i n,F e b r u a r y2024,V o l.21,N o.4见异常㊂有研究表明产前诊断标本中染色体罗氏易位和相互易位占比约为0.89%和1.82%[8],若胎儿易位或倒位来自父母双亲之一,且没有总遗传物质的丢失或增加,则不影响胎儿的表型和智力发育[9],孕妇可继续妊娠㊂若新发易位或倒位在发生重排的同时发生其他拷贝数变异,涉及致病性遗传物质的增多或减少,则孕妇需进行相应的遗传咨询决定是否继续妊娠㊂因此,倒位或相互易位的胎儿携带者需联合C N V-S e q检测确定染色体在发生重排的同时总体遗传物质是否发生了改变,以提高产前诊断的精准度,减少误诊㊁漏诊㊂C N V-S e q是一项基于高通量测序技术的基因组拷贝数变异检测,可通过改变分辨率㊁调整测序深度检测不同大小的C N V,其优势主要包括操作简便㊁检测范围广㊁分辨率高㊁周期短㊁所需D N A样本量低[10],WA N G等[11]报道该技术与染色体核型分析比较,对致病性或可能致病的C N V检出率由1.8%提高至2.8%,可靠性和准确性较好,且适用性较好㊂本研究中所用的方法分辨率为100k b,可很好地弥补染色体核型分析分辨率低的不足㊂本研究723例高龄孕妇中C N V-S e q检出p C N V s8例,包括染色体微重复1例,染色体微缺失7例,染色体核型分析均未见异常㊂C N V-S e q检测可额外诊断染色体微缺失/微重复综合征,发病率为1/50000~1/400[12]㊂染色体微缺失/微重复综合征会导致一些复杂临床表型,如智力发育异常㊁生长发育迟缓㊁内分泌异常㊁内脏器官畸形等,是染色体疾病中的常见类型,目前已发现67种染色体微缺失/微重复综合征㊂研究证实C N V-S e q 能明显提高致病性染色体微缺失/微重复的检出率,是检测该种染色体畸变的有效方法,因此,对高龄孕妇的产前诊断联合应用染色体核型分析和C N V-S e q 有很重要的临床意义[13-15]㊂综上所述,在对高龄孕妇实施产前诊断时,染色体核型分析和C N V-S e q检测两种方法各自有独特的优势,联合使用可以相互验证,互补不足,染色体核型分析可比较直观地检测出染色体结构变异,而C N V-S e q可检测出染色体微缺失㊁微重复,有效提高染色体异常检出率,减少遗传缺陷患儿的出生,为临床的产前咨询提供有效㊁可靠的依据㊂参考文献[1]林晓娟,唐中锋,宋筱玉,等.甘肃地区1701例高龄孕妇产前诊断结果临床分析[J].中国优生与遗传杂志,2019, 27(10):1196-1198.[2]张娜,颜梅珍,王元白,等.高龄孕妇羊水染色体核型分析及拷贝数变异分析[J].西南医科大学学报,2021,44(2):144-149.[3]修霞,张胜利,曾杰,等.染色体畸变检测在自然流产绒毛组织染色体核型分析中的应用价值[J].中国综合临床, 2016,32(10):950-953.[4]R I C HA R D S S,A Z I Z N,B A L E S,e t a l.S t a n d a r d s a n dg u i d e l i n e s f o r t h e i n t e r p r e t a t i o n o f s e q u e n c e v a r i a n t s:a j o i n t c o n s e n s u s r e c o mm e n d a t i o n o f t h e A m e r i c a n C o l l e g e o f M e d i c a l G e n e t i c s a n d G e n o m i c s a n d t h e A s s o c i a t i o n f o r M o l e c u l a r P a t h o l o g y[J].G e n e t M e d,2015,17(5):405-424.[5]中华医学会医学遗传学分会临床遗传学组,中国医师协会医学遗传医师分会遗传病产前诊断专业委员会,中华预防医学会出生缺陷预防与控制专业委员会遗传病防控学组.低深度全基因组测序技术在产前诊断中的应用专家共识[J].中华医学遗传学杂志,2019,36(4):293-296.[6]邓新娥,黄杏玲,王远流,等.拷贝数变异测序在胎儿先天性心脏病产前遗传学诊断中的应用[J].中国生育健康杂志,2020,31(2):137-142.[7]WA N G Y,C H E N Y,T I A N F,e t a l.M a t e r n a l m o s a i c i s mi s a s i g n i f i c a n t c o n t r i b u t o r t o d i s c o r d a n t s e x c h r o m o s o m a l a n e u p l o i d i e s a s s o c i a t e d w i t h n o n i n v a s i v e p r e n a t a l t e s t i n g[J].C l i n C h e m,2014,60(1):251-259.[8]代鹏,孔祥东.355例产前胎儿羊水细胞易位染色体核型分析及遗传咨询[J].中国优生与遗传杂志,2019,27(5): 560-563.[9]K A I HU I Z,Y A N H,R U I D,e t a l.F a m i l i a l i n t e l l e c t u a ld i s a b i l i t y a s a re s u l t of a d e r i v a t i v e c h r o m o s o m e22o r ig i-n a t i n g f r o m a b a l a n c e d t r a n s l o c a t i o n(3;22)i n a f o u r g e n-e r a t i o nf a m i l y[J].M o l C y t og e n e t,2018,11:18.[10]刘洪倩,刘俊涛,邬玲仟,等.低深度全基因组测序技术在产前诊断中的应用专家共识[J].中华医学遗传学杂志, 2019,36(4):293-296.[11]WA N G J,C H E N L,Z HO U C,e t a l.P r o s p e c t i v e c h r o m o-s o m e a n a l y s i s o f3429a m n i o c e n t e s i s s a m p l e s i n C h i n a u-s i n g c o p y n u m b e r v a r i a-t i o n s e q u e n c i n g[J].A m J O b s t e tG y n e c o l,2018,219(3):287.e1-287.e18.[12]WA T S O N C T,MA R Q U E S-B O N E T T,S HA R P A J,e ta l.T h e g e n e t i c s o f m i c r o d e l e t i o n a n d m i c r o d u p l i c a t i o n s y d r o m e s:a n u p d a t e[J].A n n u R e v G e n o m i c s H u m G e n-e t,2014,15:215-244.[13]汪菁,徐晶晶,陈玲,等.C N V-S e q在高龄孕妇产前诊断中的应用[J].安徽医科大学学报,2019,54(10):1659-1662.[14]唐艳,卢守莲,王珏.染色体核型分析联合C N V-S e q检测在高龄孕妇产前诊断中的临床应用[J].系统医学,2022, 7(15):164-168.[15]冯暄,郝胜菊,张庆华,等.C N V-s e q技术在1395例高龄孕妇产前诊断中的临床应用评价[J].临床检验杂志, 2022,40(3):190-193.(收稿日期:2023-08-07修回日期:2023-12-15)㊃015㊃检验医学与临床2024年2月第21卷第4期 L a b M e d C l i n,F e b r u a r y2024,V o l.21,N o.4。
无创产前检测技术检出5q15-21.3缺失1例
探针锚定聚合测序法）、测序反应通用试剂盒（联合 探针 锚 定 聚 合 测 序 法 ）均 购 自 华 大 基 因 公 司。 Ｍ９１２０ 全 自 动 染 色 体 扫 描 系 统 （北 昂 公 司）； ＢＧＩＳＥＱ５００ 测序平台（华大基因公司）。 方法 １．３ １．３．１ 染色体核型分析 抽取孕妇羊水 ４０ ｍＬ，取 其中 ２０ ｍＬ 进行常规羊水细胞培养，另外 ２０ ｍＬ 用 于全基因组测序；于抽羊水当日分别采集胎儿父母 的外周血各 ３ ｍＬ，按照染色体制备常规操作规 程［８９］收获细胞、制片及 Ｇ 显带，采用 Ｍ９１２０ 全自动 染色体扫描系统对已显带的羊水和外周血玻片标本 进行扫描，并用配套的染色体图像分析系统（北昂 公司）对胎儿及父母的染色体核型进行分析，结果 描述 按 照 人 类 细 胞 遗 传 学 国 际 命 名 体 制 （２０１３ ） 进行。 １．３．２ 羊水细胞全基因组测序 另取 ２０ ｍＬ 羊水， 按照 ＭＧＩＥａｓｙ 基因组 ＤＮＡ 提取试剂盒说明书操作 完成基因组 ＤＮＡ 的提取和建库实验，利用 ＢＧＩＳＥＱ ５００ 测序平台连续单向测序 ３５ 个循环。去除低质 量以及被接头污染的 ，与 ｒｅａｄｓ ＳＯＡＰ 和 Ｈｇ１９ 基因 组序列进行比对。随后通过二项片段化后找到候选 的 ＣＮＶ 片段，经过设定的阈值对于候选的 ＣＮＶ 进 行阈值过滤，得到最终的 ＣＮＶ 结果［１０］。
·临床检验技术研究·
熊进，彭海英，张昌军，刁红录，闫旭（湖北医药学院附属人民医院生殖医学中心，湖北十堰 ） ４４２０００
摘要：目的
（ ， ） （ ， ） 。 对 例无创产前检测 提示为 的孕妇进行产前诊断 １
ｎｏｎｉｎｖａｓｉｖｅ ｐｒｅｎａｔａｌ ｔｅｓｔｉｎｇ ＮＩＰＴ
ｄｅｌ ５ｑ１５２１．３ １３．４３Ｍ
无创产前诊断NIPT行业分析报告2017年版
2017年无创产前诊断（NIPT）行业分析报告2017年8月出版文本目录1、NIPT 受益测序工具发展，技术不断完善 (4)2、NIPT 市场仍处于高速发展期 (7)2.1、我国 NIPT 市场逐步放开 (8)2.2、产妇年龄上升推动 NIPT 需求 (9)2.2.1、唐氏综合征 (11)2.2.2、爱德华氏综合征 (12)2.2.3、帕陶氏综合征 (13)3、从 NIPT 到大众基因测序 (15)4、国内 NIPT 公司高速发展 (18)4.1、华大基因 (18)4.2、贝瑞和康 (19)图表目录图表 1：NIPT 技术原理 (5)图表 2：NIPT 可以对大片段基因缺陷进行量化分析 (5)图表 3：基因检测成本以指数级别下降 (6)图表 4：NIPT 全球市场仍维持高速增长 (8)图表 5：二胎政策或继续提振国内 NIPT 需求 (9)图表 6：近年我国孕妇死亡率变化 (10)图表 7：唐氏患者预期寿命低于正常人 (11)图表 8：唐氏婴儿风险随年龄增加明显上升 (11)图表 9：三种综合征均与产妇年龄有密切关系 (12)图表 10：美国产妇呈高龄化趋势 (14)图表 11：国际测序仪厂家集中度较高 (15)图表 12：测序业务是 Illumina 高速增长的基础 (16)图表 13：单细胞个体化检测是 Illumina 的新方向 (17)图表 14：华大基因 BGISEQ-500 测序仪 (18)图表 15：华大基因供应商变化 (18)图表 16：贝瑞和康 NextSeqCN500 测序仪 (20)图表 17：贝瑞和康供应商相对集中度较高 (20)表格 1：部分常用孕期检查对比 (4)表格 2：NIPT 诊断基础获得临床追踪认可 (6)表格 3：北美地区主要 NIPT 公司介绍 (7)表格 4：NIPT 相关政策梳理 (9)表格 5：NIPT 效果横向对比 (13)表格 6：Illumina 近年并购情况一览 (16)表格 7：部分国内 NIPT 创新公司一览 (21)。
ACT活化凝血时间检测仪技术要求
1.ACT活化凝血时间检测仪技术要求
2.比浊仪技术要求
3.病原体多重核酸基因分析仪技术要求
4.胶体金免疫层析分析仪技术要求
5.脉冲场电泳系统技术要求
6.核酸扩增仪技术要求
7.全自动核酸工作站技术要求
8.全自动核酸提取仪技术要求
9.全自动核酸提取仪技术要求
10.全自动快速核酸提取仪技术要求
11.移液式全自动核酸提取仪技术要求
12.全自动尿液化学分析工作站技术要求
13.全自动糖化血红蛋白分析仪技术要求
14.全自动血型分析仪技术要求
15.全自动血液细胞分析仪技术要求
16.手持式血液分析仪技术要求
17.推片染色机技术要求
18.血沉仪技术要求
19.血球流水线技术要求
20.阴道分泌物分析仪技术要求
21.支原体自动加样仪技术要求
22.智能尿液标本管理系统技术要求。
孕妇血浆游离核酸高通量测序检测胎儿遗传异常
·综述·《中国产前诊断杂志（电子版）》 ２０１６年第８卷第２期孕妇血浆游离核酸高通量测序检测胎儿遗传异常殷旭阳１ 陈芳１，２ 王威３（１．深圳华大基因研究院，广东深圳５１８０８３；２．哥本哈根大学，丹麦哥本哈根２２００；３：深圳华大临床检验中心，广东深圳５１８０８３）【摘要】 孕妇血浆中胎儿源性的游离ＤＮＡ的发现，为无创产前检测（ｎｏｎｉｎｖａｓｉｖｅｐｒｅｎａｔａｌｔｅｓｔｉｎｇ，ＮＩＰＴ）奠定了科学基础。
通过对孕妇外周血中的游离ＤＮＡ进行检测，能够以无创的方式分析胎儿的遗传特征，为产前筛查（ｐｒｅｎａｔａｌｓｃｒｅｅｎｉｎｇ）和产前诊断（ｐｒｅｎａｔａｌｄｉａｇｎｏｓｉｓ）提供了有效的手段。
新一代高通量测序技术（ｎｅｘｔｇｅｎｅｒａｔｉｏｎｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ，ＮＧＳ）的发展及其在临床的广泛应用，使其在孕妇血浆胎儿游离ＤＮＡ检测中的应用成为必然趋势，并推动无创产前检测技术的迅猛发展。
通过孕妇血浆游离ＤＮＡ的高通量测序，可实现胎儿的染色体非整倍体、单基因遗传疾病、微缺失微重复的检测，也可以对胎儿基因组、ＤＮＡ甲基化组以及转录组等信息进行分析。
【关键词】 孕妇血浆；胎儿游离ＤＮＡ；无创产前检测；产前筛查；产前诊断；高通量测序【中图分类号】 Ｒ７１４．５３ 【文献标识码】 Ａ犇犗犐：１０．１３４７０／ｊ．ｃｎｋｉ．ｃｊｐｄ．２０１６．０２．０１２基金项目：出生缺陷筛查工程实验室项目［ＪＺＦＮｏ．（２０１１）８６１］ 通讯作者：王威，Ｅ ｍａｉｌ：ｗａｎｇｗ＠ｇｅｎｏｍｉｃｓ．ｃｎ 孕妇血浆中胎儿源性游离ＤＮＡ的发现，为无创产前检测（ｎｏｎｉｎｖａｓｉｖｅｐｒｅｎａｔａｌｔｅｓｔｉｎｇ，ＮＩＰＴ）奠定了科学基础。
通过对孕妇外周血中的游离ＤＮＡ进行检测，能够以无创的方式分析胎儿的遗传特征，为产前筛查（ｐｒｅｎａｔａｌｓｃｒｅｅｎｉｎｇ）和产前诊断（ｐｒｅｎａ ｔａｌｄｉａｇｎｏｓｉｓ）提供了有效的手段。
华大基因 CDTS说明书
CDTS用户手册V 1.02011.06目录1.概要 (2)2.使用CDTS (2)2.1.网页下载 (2)2.1.1登陆系统 (2)2.1.2.下载数据 (4)2.2.使用FTP工具 (7)2.2.1安装FileZilla (7)2.2.2.使用FileZilla (11)3.技术支持 (15)1.概要CDTS是华大基因研究院的数据传输系统，提供给用户下载商业数据。
深圳CDTS访问，香港CDTS访问http://cdts.genomics.hk。
2.使用CDTS有两种方法可以下载CDTS数据，一种通过网页，另一种通过FTP工具。
2.1.网页下载2.1.1登陆系统温馨提示：CDTS不支持google浏览器，使用google浏览器输入用户名和密码验证时会报以下错误，单用户限制进程数为3个，单进程限速为200k。
即单用户可以同时开启3个下载进程，每个进程最高下载速度为200k。
以深圳CDTS为例，香港CDTS过程一样。
打开浏览器，访问，输入用户名和密码（用户名和密码由项目管理专员提供），点击“登录”进入CDTS系统，如下：登陆系统之后，可以看到该账号里的所有数据，如下：2.1.2.下载数据以下载“Loropetalum_chinense_R.Br_Oliv.var.rubrum_YiehBlush.assembly.tar.bz2”这个文件为例，点击该文件右侧对应的“FTPDownLoad”按钮，如下：在紧接着弹出来的窗口点击“保存”，如下：选择保存的路径，点击“保存”，如下：接着数据就开始下载了。
如果你的文件在子目录里面，那么你可以这么操作，点击“Change directory”进入子目录。
接着再选择你要下载的数据，点击“FTPDownLoad”下载就可以了。
2.2.使用FTP工具CDTS不支持断点续传和目录下载，所以推荐使用支持断点续传和目录下载的FTP工具来下载数据，这里介绍的是FileZilla，下载地址/download.php?type=client，下载版本为FileZilla_3.5.0_win32-setup.exe。
无创产前检测筛查胎儿微缺失微重复综合征阳性病例的临床分析
·论著·《中国产前诊断杂志（电子版）》 ２０１６年第８卷第１期无创产前检测筛查胎儿微缺失微重复综合征阳性病例的临床分析胡芷洋１ 高雅１ 郭辉２ 林琳华１ 任景慧１ 苏放明１（１．深圳市人民医院，广东深圳 ５１８０２０；２．深圳华大基因研究院，广东深圳 ５１８０８３）【摘要】 目的 探索无创产前基因检测（ＮＩＰＴ）微缺失微重复综合征（ＭＤ）阳性病例的产前诊断以及咨询方法。
方法 对ＮＩＰＴ筛查ＭＤ阳性的病例进行产前超声检查、遗传咨询并进行有创性产前诊断，送检核型分析以及基因芯片（ＣＭＡ）或者多重连接探针扩增技术（ＭＬＰＡ）检查，验证ＮＩＰＴ的结果，同时抽取双亲血样进行核型分析以及ＭＬＰＡ。
结果 ２０１５年１～５月期间送检１１９１例ＮＩＰＴ检查，９例ＭＤ筛查阳性，其中３例ＭＤ筛查阳性病例完成验证检查。
ＮＩＰＴ提示１８ｑ２１．３１ ｑ２３．２３处２３Ｍ缺失的一例病例，经验证为１８ｑ２２．３ ｑ２３处８．６Ｍ的微缺失；另一例ＮＩＰＴ提示９ｐ２４．３ ９ｐ１３．２处３６Ｍ重复的病例，经验证除了该处有３７Ｍ左右重复外，另外还有两处５Ｍ以下的ＭＤ。
１例证实为假阳性，该假阳性病例母亲血测序发现有微重复。
两名证实ＭＤ病例超声检查均发现异常，孕妇选择引产。
假阳性病例继续妊娠。
结论 ＮＩＰＴ可以筛查较大片段的缺失和重复，但对较小的缺失或重复检出能力欠佳，母体背景可以干扰结果。
应建议筛查阳性的病例接受有创性产前诊断取样进行验证。
【关键词】 无创产前检查；微缺失微重复综合征；产前诊断【中图分类号】 Ｒ３９４．３ 【文献标识码】 Ａ犇犗犐：１０．１３４７０／ｊ．ｃｎｋｉ．ｃｊｐｄ．２０１６．０１．００６ 通讯作者：苏放明，Ｅ ｍａｉｌ：ｓｆｍｌｘｑ＠１６３．ｃｏｍ【犃犫狊狋狉犪犮狋】 犗犫犼犲犮狋犻狏犲 Ｔｏｅｘｐｌｏｒｅａｃｌｉｎｉｃａｌｐｒｅｎａｔａｌｍａｎａｇｅｍｅｎｔｆｏｒｃａｓｅｓｗｉｔｈａｐｏｓｉｔｉｖｅｒｅｓｕｌｔｏｆｍｉ ｃｒｏｄｅｌｅｔｉｏｎ／ｄｕｐｌｉｃａｔｉｏｎ（ＭＤ）ｂｙｉｎｖａｓｉｖｅｐｒｅｎａｔａｌｔｅｓｔ（ＮＩＰＴ）．犕犲狋犺狅犱 ＩｎｖａｓｉｖｅｐｒｅｎａｔａｌｄｉａｇｎｏｓｉｓｗａｓａｒｒａｎｇｅｄｆｏｒｃａｓｅｓｗｉｔｈｐｏｓｉｔｉｖｅＭＤｓｃｒｅｅｎｉｎｇｒｅｓｕｌｔｓａｆｔｅｒｄｅｔａｉｌｕｌｔｒａｓｏｕｎｄｆｅｔａｌａｎｏｍａｌｙｓｃａｎａｎｄｇｅｎｅｔｉｃｃｏｎｓｕｌｔａｔｉｏｎ．Ｂｏｔｈｔｈｅｆｅｔａｌａｎｄｐａｒｅｎｔａｌｓａｍｐｌｅｓｗｅｒｅｓｅｎｔｆｏｒｋａｒｙｏｔｙｐｉｎｇａｎｄｍｕｌｔｉｐｌｅｘｌｉｇａｔｉｏｎ ｄｅｐｅｎｄｅｎｔｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｐｒｏｂｅａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ（ＭＬＰＡ）／ｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌｍｉｃｒｏａｒｒａｙａｎａｌｙｓｉｓ（ＣＭＡ）．犚犲狊狌犾狋狊 Ａｔｏｔａｌｏｆ１１９１ＮＩＰＴｗｅｒｅｐｅｒｆｏｒｍｅｄｗｉｔｈ９ｃａｓｅｓｓｃｒｅｅｎｅｄｐｏｓｉｔｉｖｅｆｏｒＭＤ．２ｏｆ３ｃａｓｅｓｗｈｉｃｈｕｎｄｅｒｗｅｎｔｔｅｓｔｉｆｙｅｘａｍｉｎａｔｉｏｎｓｗｅｒｅｃｏｎｆｉｒｍｅｄｔｏｈａｖｅＭＤ，ａｎｄｔｗｏｍｏｒｅＭＤｗｅｒｅｄｅｔｅｃｔｅｄｏｎｌｙｂｙＣＭＡｉｎｏｎｅＭＤｃａｓｅ，ｗｈｅｒｅａｓｔｈｅｏｔｈｅｒｏｎｅｗａｓｆａｌｓｅｐｏｓｉｔｉｖｅ．Ｔｈｅｍａｔｅｒｎａｌｓａｍｐｌｅｏｆｔｈｅｆａｌｓｅ ｐｏｓｉｔｉｖｅｏｎｅｗａｓｆｏｕｎｄｔｏｈａｖｅｍｉｃｒｏｄｕｐｌｉｃａｔｉｏｎｂｙｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ．ＴｈｅｔｗｏｃｏｎｆｉｒｍｅｄＭＤｃａｓｅｓｔｅｒｍｉｎａｔｅｄｔｈｅｐｒｅｇｎａｎｃｉｅｓｗｈｅｒｅａｓｔｈｅｆａｌｓｅｐｏｓｉｔｉｖｅｏｎｅｃｏｎｔｉｎｕｅｄ．犆狅狀犮犾狌狊犻狅狀狊 ＮＩＰＴｃａｎｂｅｕｓｅｄａｓａｓｃｒｅｅｎｉｎｇｔｏｏｌｔｏｄｅｔｅｃｔＭＤｗｉｔｈａｒｅｌａｔｉｖｅｌｙｌａｒｇｅｆｒａｇｍｅｎｔｂｕｔｉｔｓａｂｉｌｉｔｙｔｏｄｅｔｅｃｔｓｍａｌｌ ｓｉｚｅｄＭＤｉｓｌｉｍｉｔｅｄａｎｄｃａｎｂｅａｆｆｅｃｔｅｄｂｙｍａｔｅｒｎａｌｂａｃｋｇｒｏｕｎｄ．Ｔｈｅｒｅｆｏｒｅｉｎｖａｓｉｖｅｐｒｅｎａｔａｌｄｉａｇｎｏｓｉｓｉｓｉｎｄｉｃａｔｅｄｔｏｃｏｎｆｉｒｍｄｉａｇｎｏｓｉｓｉｎｐｏｓｉｔｉｖｅｃａ ｓｅｓ．【犓犲狔狑狅狉犱狊】 ｎｏｎｉｎｖａｓｉｖｅｐｒｅｎａｔａｌｔｅｓｔｉｎｇ；ｍｉｃｒｏｄｅｌｅｔｉｏｎ／ｍｉｃｒｏｄｕｐｌｉｃａｔｉｏｎｓｙｎｄｒｏｍｅ；ｐｒｅｎａｔａｌｄｉａｇｎｏｓｉｓ 新一代测序技术（ＮＧＳ）快速发展，基于产前无创检测技术（ｎｏｎｉｎｖａｓｉｖｅｐｒｅｎａｔａｌｔｅｓｔｉｎｇ，ＮＩＰＴ）检测胎儿２１ 三体、１８ 三体和１３ 三体综合征已成为临床产前筛查的重要部分，其临床价值受到广泛肯定。
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产品名称 胎儿染色体非整倍体基因检测软件
型号、规格 NIFTY-1
结构及组成
由数据筛选模块、测序批次选择模块、样本选择模块、比对分析模块、报告生成
模块组成。
产品适用范围/预期用途 本软件针对基因测序仪上获得的基因组DNA序列数据进行计算，获得分别与之对应的参考序列比对结果，并根据阈值进行统计和筛选达到对T13、T18、T21的检出目的，确定样本检测结果为阳性或阴性，可用于13、18、21常染色体的
非整倍体基因检测数据分析，从而对胎儿染色体非整数倍体疾病21-三体综合征
（唐氏综合征）、18-三体综合征（爱德华氏综合征）或13-三体综合征（帕特
氏综合征）进行产前辅助判断。
2. 性能指标
2.1 通用要求
2.1.1 处理对象
本软件针对基因测序仪上获得的基因组DNA序列数据进行计算，获得分别
与之对应的参考序列比对结果，并根据阈值进行统计和筛选达到对T13、T18、
T21的检出目的，确定样本检测结果为阳性（确诊或高危）或阴性，可用于13
、
18、21
常染色体的非整倍体基因检测数据分析。
2.1.2 最大并发数
本软件属于单机版软件，在服务器端标准配置要求下可行的最大并发用户
数为1个。
2.1.3 数据接口
用户接口：软件采取功能键作为用户接口。模块之间采用函数调用、参数传
递、返回值方式进行信息传递。各接口传递的信息是以数据结构封装了的数据，
以参数传递或返回值的形式在各模块间传输。
产品接口：基因测序仪产生的测序下机数据。
2.1.4 特定软硬件
a) 特定软件：
1) 操作系统 x64 Windows 7或以上；
2) R（版本号3.0.0或以上）。
b) 特定硬件：基因测序仪
2.1.5 临床功能
1) 数据筛选模块：可以实现按是否分析和测序日期对测序数据进行筛选；
2) 测序批次选择模块：对输入路径下所有测序批次进行列表，并显示测序
批次ID；
3) 样本选择模块：选择特定测序批次后，用户界面会列出该批次中所包含
的所有样本列表，用户可以选择一个或多个样本进行分析；
4) 比对分析模块：对所选择的样本中的测序数据与参考序列进行比对，并
输出比对结果；
5) 报告生成模块：测序数据分析完成后，会输出质控指标和分析结果；
2.1.6 使用限制
本软件仅适用于与基因测序仪配套使用，仅供经专业培训的操作人员使用。
2.1.7 用户访问控制
本软件的调用和访问，受基因测序仪用户控制界面的限制，用户可根据界面
上的图标进行操作，实现相应功能。
2.1.8 版权保护
使用了基于软件加壳的版权保护技术。
2.1.9 用户界面
用户通过视窗调用运行本软件。
2.1.10 消息
出自软件的消息应设计成使最终用户易于理解的形式。
2.1.11 可靠性
软件进行数据分析完成后会在本地固定路径自动对分析结果进行备份。
2.1.12 维护性
包括用户所需的维护信息：
1) 软件可以自动监控数据产出情况，并自动运行主程序；
2) 软件可以自动生成监控日志记录程序的运行情况；
2.1.13 效率
在满足软硬件标准配置条件要求下，处理一个标准数据量（5M reads）数据
时间约为800秒左右，多核处理器可同时处理核数个样本，一个文库（16个样
本）大约需要3200M的存储空间。
2.1.14 运行环境
1) 硬件标准配置要求
处理器：Intel Xeon E5 2.2GHz或AMD同等性能产品以上；
内存：24GB RAM以上；
存储硬盘空间：20GB；
2) 软件标准配置要求
操作系统：x64 windows（推荐win7及以上）；
R（版本号3.0.0或以上）；
2.2 质量要求
符合GB/T 25000.51第5章要求。
2.3 外观
一张光盘
2.3.1 介质外观
光盘的外观不得有划痕、破损、变形等缺陷。
2.3.2 标识信息
光盘及其外包装、用户说明书上应有软件名称、软件版本号、生产厂家等
标识。
2.3.3 印刷资料
软件的用户说明书的印刷版本应清晰、明确。