MPI环境搭建

MPI 并行环境的搭建

1、在计算机中，安装两个CentOS系统

2、[root@node1 etc]# ifconfig #查看ip

192.168.241.128

[root@node2 etc]# ifconfig

192.168.241.129

3、互ping

[root@node1 etc]# ping 192.168.241.129 #测试网络是否联通 [root@node2 etc]# ping 192.168.241.128

4、修改/etc/hosts文件，在节点设置节点名称

192.168.241.128 node1

192.168.241.129 node2

[root@node1 etc]# source /etc/hosts

[root@node2 etc]# source /etc/hosts

5、各个节点是否互通

[root@node1 etc]# ping node2 #测试主机名修改是否成功

[root@node2 etc]# ping node1

6、关闭iptables防火墙

[root@node1 etc]# serviceiptables stop

[root@node2 etc]# serviceiptables stop

在各个节点设置iptables 防火墙开机关闭

[root@node1 usr]# chkconfigiptables off #设置iptables开机关闭 [root@node2 usr]# chkconfigiptables off #设置iptables开机关闭7、在各个节点创建共享目录

[root@node1 etc]#mkdir /usr/cluster

[root@node2 etc]#mkdir /usr/cluster

在node1上修改/usr/cluster为777

[root@node1 etc]#chmod –R 777 /usr/cluster

8、挂在nfs文件系统

/etc/exports文件配置

在node1(主节点)节点配置

[root@node1 etc]# vi /etc/exports

usr/cluster 192.168.241.128(rw)

/usr/cluster 192.168.241.129(rw)

启动nfs服务

在node1节点执行

[root@node1 usr]# yum install nfs-utilsrpcbind #安装nfs

[root@node1 usr]# service rpcbind start #启动rpc

[root@node1 usr]# service nfs start #启动nfs服务

[root@node1 usr]# chkconfigrpcbind on #设置rpcbind开机启动[root@node1 usr]# chkconfignfs on #设置nfs开机启动

在node2节点执行

[root@node2 usr]# yum install nfs-utilsrpcbind #安装nfs

[root@node2 usr]# service rpcbind start #启动服务

[root@node2 usr]# service nfs start #启动nfs服务

[root@node2 usr]# chkconfigrpcbind on #设置rpcbind开机启动

[root@node2 usr]# chkconfignfs on #设置nfs开机启动

9、查看服务器已有的共享目录

查看node2的共享目录

[root@node2 usr]# showmount -e 192.168.241.129

Export list for 192.168.241.129:

/usr/cluster 192.168.241.129,192.168.241.128

挂在共享目录

node2的共享目录挂在node1

[root@node1 etc]# mount -t nfs 192.168.241.129:/usr/cluster /usr/cluster

设置文件系统启动时自动挂载

在node2的/etc/fstab文件下添加下边代码

[root@node2 etc]# vi /etc/fstab

192.168.241.128:/usr/cluster /usr/cluster nfsdefaults 0 0

10、配置ssh实现MPI节点的无密码登陆

在各个节点上操作

[root@node1 ~]# cd ~/.ssh/

[root@node1 .ssh]# ssh-keygen -t rsa #一直按回车键会产生一个私钥id_rsa 和公钥

id_rsa.pub

[root@node2 ~]# cd ~/.ssh/

[root@node2 .ssh]# ssh-keygen -t rsa #一直按回车键会产生一个私钥id_rsa 和公钥id_rsa.pub

将各个节点的公钥合并到authorized_keys文件

[root@node1 .ssh]# cat id_rsa.pub >>authorized_keys

[root@node1 .ssh]# ssh root@node2 cat /root/.ssh/id_rsa.pub >>authorized_keys

将authorized_keys拷贝到各个节点

[root@node1 .ssh]# scpauthorized_keys root@node2:/root/.ssh/

[root@node1 .ssh]# scpknown_hosts root@node2:/root/.ssh/

无密钥测试

[root@node1 .ssh]# ssh node2 #node1登陆到node2

[root@node2 .ssh]# ssh node1 #node2登陆到node1

11、安装MPICH2(在各个节点都需要操作)

将下载的mpich-3.2.tar.gz文件拷贝到/usr/src目录下

[root@node2 src]# tar -zxvf mpich-3.2.tar.gz #解压文件

[root@node2 src]# cd mpich-3.2

配置安装路径

最新版本mpich3的进程管理默认使用hydra

[root@node2 mpich-3.2]# yum -y install gcc-c++ #安装c++编译器

[root@node2 mpich-3.2]# mkdir /usr/cluster/mpich3 #创建mpich3目录

[root@node2 mpich-3.2]# ./configure --prefix=/usr/cluster/mpich3/ --with-pm=hydra --

disable-fortran #配置安装路径

[root@node2 mpich-3.2]# make #编译

[root@node2 mpich-3.2]# make install #安装

在node1里执行

[root@node1 ~]# vi .bashrc #添加mpich3的路径

export PATH=$PATH:/usr/cluster/mpich3/bin

[root@node1 ~]# source .bashrc #配置生效

在node2里执行

[root@node2 ~]# vi .bashrc #添加mpich3的路径

export PATH=$PATH:/usr/cluster/mpich3/bin

检测是否配置成功

[root@node2 ~]# which mpicc #显示mpicc的路径

[root@node2 ~]# which mpiexec #显示mpiexec的路径

11、配置hostfile文件

在当前用户主目录下建立并编辑配置文件hostfile。将所有你允许访问本机进行并行计算的机器名填入，一行一个机器名，如果该机器上有两个CPU，就将它的名字加入两次，以此类型。

在node1上

[root@node2 ~]# vihostfile

node1

node2

在node2上

[root@node1 ~]# vihostfile

node1

node2

12、执行测试

使用mpich自带的例子，执行：

[root@node2 bin]# mpiexec -n 6 -hostfile ~/hostfile /usr/src/mpich-3.2/examples/cpi Process 0 of 6 is on node1

Process 2 of 6 is on node1

Process 4 of 6 is on node1

Process 1 of 6 is on node2

Process 5 of 6 is on node2

Process 3 of 6 is on node2

pi is approximately 3.1415926544231243, Error is 0.0000000008333312

wall clock time = 5.918241

执行自己编写的程序

[root@node2 ~]# vihello.c

#include

#include "mpi.h"

int main(intargc, char ** argv)

{

intmyrank, nprocs, namelen;

charprocessor_name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];

MPI_Init(&argc, &argv);

MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &nprocs);

MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &myrank);

MPI_Get_processor_name(processor_name, &namelen);

printf("Hello World! I'm rank %d of %d on %s\n", myrank, nprocs, processor_name);

MPI_Finalize();

return 0;

}

编译命令：

[root@node2 ~]# mpicc -o hello hello.c #编译

[root@node2 ~]# mpirun -np 2 ./hello #运行

Hello World! I'm rank 1 of 2 on node2

Hello World! I'm rank 0 of 2 on node2

挂载NFS

Servicenfs start

Mount –t nfs node1:/usr/cluster/usr/cluster/

Which mpicc

Vim /etc/fstab

Chkconfignfs on

编译：mpiccwho.c -o who

执行：mpiexec -f /root/hostfile -np 6 ./who//所有个节点共运行6次mpiexec -np 6 ./who//一个节点运行6次

mpirun -f /root/hostfile -np 6 ./who

sublime建立过程：

cd /opt/

cd ./sublime_text

./sublime_text

重启网络

Service network restart