生物信息学与智能信息处理2018 年学术会议日程
生物信息学与智能信息处理2018年学术会议日程
6月15日14:00-18:00 会议报到、现场注册
6月15日18:00-19:00 自助晚餐（全日制餐厅）
6月16日（津利华酒店二楼风华厅前半厅）
9:00-9:30 开幕式、合影主持人：唐继军
9:30-10:20 大会特邀报告：王向东
主持人：唐继军
题目：基于基因异质性思考治
疗策略
10:20-10:40 茶歇
10:40-11:30 大会特邀报告：蔡禄
主持人：高琳
题目：粉尘胁迫大鼠动物、细
胞模型构建及相关基因可变剪
接的生物信息学分析
11:30-13:30 自助午餐（全日制餐厅）、午休
13:30-15:30 会议口头报告（6位）主持人：张浩、王颖15:30-15:50 茶歇
15:50-17:40 会议口头报告（6位）主持人：赵兴明、宋晓峰18:00-20:00 晚宴（津利华酒店二楼风华厅后半厅）
20:00-22:00 专委会会议（津利华酒店二楼风华厅前半厅）
6月17日（津利华酒店二楼风华厅前半厅）
9:10-10:10 大会主旨报告：元英进(吴毅
主持人：汪小我
代替)
题目待定
10:10-10:30 茶歇
10:30-11:30 大会主旨报告：戴琼海
主持人：张学工
题目: 从脑科学到人工智能的
前沿问题
11:30-14:00 自助午餐（全日制餐厅）、午休
14:00-14:50 大会特邀报告：江瑞
主持人：刘元宁
题目：Deep Learning towards
Unerstanding Gene Regulation
14:50-15:10 茶歇
15:10-16:45 会议口头报告（5位）主持人：姜伟、古槿16:45-17:20 闭幕式
17:30-18:30 自助晚餐（全日制餐厅）
口头报告具体安排
6月16日13:30-15:30主持人：张浩、王颖
时间 论文标题 报告人
13:30-13:55 Matrix Factorization for Data Integration in Bioinformatics
张世华（中国科学院数学
与系统科学研究院） 13:55-14:20 单细胞基因表达数据的低维表示 古槿（清华大学）
14:20-14:45 Integrated regulatory-metabolic network modeling and application in strain design
王卓（上海交通大学）
14:45-15:00
Meta Metric Learners for Few-shot Learning 王铎（清华大学）
15:00-15:15 An algorithm for fast and accurate multiple protein structure alignment
董润泽（南开大学）
15:15-15:30
Pathogenic function-related small RNAs classification model of Phytophthora infestans base on Random Forest
常浩武（吉林大学） 6月16日15:50-17:40主持人：赵兴明、宋晓峰
15:50-16:15 基于分子对接的对称同源寡聚体蛋白质结构预测 黄胜友（华中科技大学）
16:15-16:40 RECTA: Regulon Identification Based on Comparative Genomics and Transcriptomics Analysis
陈鑫（天津大学）
16:40-16:55 mTM-align: a server for efficient protein structure database search
潘硕（南开大学） 16:55-17:10
Deep learning approach for enhancing the prediction of the sparsely distributed contact maps in protein structure modeling
冯世豪（上海交通大学）17:10-17:25 基于染色质开放性和深度学习的功能基因组注释与分析
魏征（清华大学） 17:25-17:40
Improving the prediction of protein-nucleic acids binding residues via multiple sequence profiles and the consensus of complementary methods
宿鸿（南开大学） 6月17日15:10-16:45主持人：姜伟、古槿
15:10-15:35
An Integrated Clinical Decision-making Scheme (ICDS) for Predicting the Risk Factors of Second Primary Cancers
张启昌（台湾中山医学大学） 15:35-16:00 The Cross-Entropy Based Multi-Filter Ensemble Method for Gene Selection
李小波（丽水学院） 16:00-16:15
COACH-D: improved protein-ligand binding sites prediction with refined ligand-binding poses through molecular docking
武琦（南开大学） 16:15-16:30
Discovering personalized driver mutation profiles of single samples in cancer by network control strategy
李岩（西北工业大学） 16:30-16:45 Accurate prediction of DNA/RNA solvent accessibility with deep neural network and improved sequence profile
孙赛赛（南开大学）
2018年下半年信息处理技术员考试试题及答案
2018年下半年信息处理技术员考试上午 真题（参考答案） ●以下关于数字经济的叙述中，（）并不正确。 （1）A．数字经济以数据作为关键生产要素，以数字技术作为其经济活动的标志 B.数字经济具有数字化、网络化、智能化、知识化、全球化特征 C.数字经 济以虚拟经济代替实体经济，与市场经济互斥D.数字经济采用“互联网+创 新2. 0”改革传统工业经济 ●（）是按照科学的城市发展理念，利用新- ~代信息技术，通过人、物、城市功能系统之间的无缝连接与协同联动，实现自感知、自适应、自优化，形成安全、便捷、高效、绿色的城市形态。 （2）A．智慧城市 B.环保城市 C.数字城市 D.自动化城市 ●企业实现移动信息化的作用不包括（）。 （3）A．企业职工使用移动设备代替台式计算机，降低企业成本B. 加强与客户互动沟通，实现在线支付，提高客户满意度C.有利 于实现按需生产，产销一-体化运作，提高经济效益D.决策者 随时随地了解社会需求和企业经营情况，快速决策 ●某博物馆将所有志愿者分成A、B、C、D 四组(每个志愿者只能分配到-个组)。已知A 组 和 B 组共有 80 人，B 组和 C 组共有 87 人，C 组和 D 组共有 92 人，据此可以推断，A 组和 D 组共有（）人。 （4）A． 83 B.84 C.85 D.86
●某班级有 40 名学生，本次数学考试大多在 80 分上下。老师为了快速统计平均分，对每个学生的分数按 80 分为基准，记录其相对分(多出的分值用正数表示，减少的分值用负数表示，恰 巧等于 80 分时用 0 表示),再统计出各种相对分的人数，如 下表: 根据上表可推算出，这次考试全班的平均分为（） （5）A．79.8 B.80.0 ●80.2 ●80.4 某商场购进了-批洗衣机，加价 25%销售了 60%后，在此基础上再打 8 折销完，则这批洗衣 机的总销售收入相对于进价总额的利润率为（）。 （6）A．15% B.17. 5% C.20% D.22. 5% ●大数据来源大致可以分为两类:一类来自于物理实体世界的科学数据，另-类来自于人类社会活动。以下数据中，（）属于前一类数据。 （7）A．社交网络上的数据 B.传感器收集的数据 C..上网操作行为轨迹 D.电子商务交易数据 在收集、整理、存储大数据时，刪除重复数据的作用不包括（）。 （8）A．释放存储空间，提高存储利用率 B.节省存储成本与管理成本 C.有效控制备份数据的急剧增长 D.提高数据存储的安全性 ●数据加工处理的目的不包括( ). （9）A．提升数据质量，包括精准度和适用度 B.筛选数据，使其符合企业发展的预想 C.分类排序，使检索和查找快捷，方便 D.便于分析，降低复杂度，减少计算量 ●数据( )是将数据以图形图像形式表示，并利用数据分析工具发现其中未知信息的处理过程。（10）A．可视化
生物信息学期末考试重点
第一讲 生物信息学（Bioinformatics）是20世纪80年代末随着人类基因组计划的启动而兴起的一门新型交叉学科，它体现了生物学、计算机科学、数学、物理学等学科间的渗透与融合。 生物信息学通过对生物学实验数据的获取、加工、存储、检索与分析，达到揭示数据所蕴含的生物学意义从而解读生命活动规律的目的。 生物信息学不仅是一门学科，更是一种重要的研究开发平台与工具，是今后进行几乎所有生命科学研究的推手。 生物技术与生物信息学的区别及联系 生物信息学的发展历史 ?人类基因组计划（HGP） ?人类基因组计划由美国科学家于1985年提出，1990年启动。根据该计划，在2015年要把人体约4万个基因的密码全部揭开，同时绘制出人类基因的谱图，也就是说，要揭开组成人体4万个基因的30亿个碱基对的秘密。HGP与曼哈顿原子弹计划和阿波罗计划并称为三大科学计划，被誉为生命科学的登月计划。(百度百科) 随着基因组计划的不断发展，海量的生物学数据必须通过生物信息学的手段进行收集、分析和整理后，才能成为有用的信息和知识。换句话说，人类基因组计划为生物信息学提供了兴盛的契机。上文所说的基因、碱基对、遗传密码子等术语都是生物信息学需要着重研究的地方。 ：
】 第二讲回顾细胞结构 细胞是所有生命形式结构和功能的基本单位 细胞组成 细胞膜主要由脂类和蛋白质组成的环绕在细胞表面的双层膜结构 细胞质细胞膜与细胞核之间的区域：包含液体流质，夹杂物存储的营养、分泌物、天然色素和细胞器 细胞器细胞内完成特定功能的结构：线粒体、核糖体、高尔基体、溶酶体等 细胞核最大的细胞器 DNA的结构 碱基（腺嘌呤A、鸟嘌呤G、胞嘧啶C、胸腺嘧啶G） 。 核苷酸 核苷酸是构成DNA分子的重要模块。每个核苷酸分子由一分子称作脱氧核糖的戊 糖（五碳糖）、一分子磷酸和一分子碱基构成。每种核苷酸都有一个碱基对，也就 是A、T、C、G 基因是什么 基因是遗传物质的基本单位 基因就是核苷酸序列。 大部分的基因大约是1000-4000个核苷酸那么长。 基因通过控制蛋白质的合成，从微观和宏观上影响细胞、组织和器官的产生。 基因在染色体上。
生物信息学考试试卷修订稿
生物信息学考试试卷 WEIHUA system office room 【WEIHUA 16H-WEIHUA WEIHUA8Q8-
一、名词解释(每小题4分,共20分) 1、生物信息学 广义：生命科学中的信息科学。生物体系和过程中信息的存贮、传递和表达；细胞、组织、器官的生理、病理、药理过程的中各种生物信息。 狭义：生物分子信息的获取、存贮、分析和利用。 2、人类基因组计划 人类基因组计划准备用15年时间，投入30亿美元，完成人类全部24条染色体的3×109脱氧核苷酸对(bp)的序列测定，主要任务包括作图(遗传图谱、物理图谱的建立及转录图谱的绘制)、测序和基因识别。其中还包括模式生物(如大肠杆菌、酵母、线虫、小鼠等)基因组的作图和测序，以及信息系统的建立。作图和测序是基本的任务，在此基础上解读和破译生物体生老病死以及和疾病相关的遗传信息。 3、蛋白质的一级结构 蛋白质的一级结构是指多肽链中氨基酸的序列 4、基因 基因--有遗传效应的DNA片断,是控制生物性状的基本遗传单位。 5、中心法则 是指遗传信息从传递给，再从RNA传递给，即完成遗传信息的转录和翻译的过程。也可以从DNA传递给DNA，即完成DNA的复制过程。这是所有有细胞结构的生物所遵循的法则。 6 、DNA序列比较 序列比较的根本任务是：（1）发现序列之间的相似性；（2）辨别序列之间的差异 目的： 相似序列相似的结构，相似的功能 判别序列之间的同源性 推测序列之间的进化关系 7、一级数据库 数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释 8、基因识别 基因识别，是生物信息学的一个重要分支，使用生物学实验或计算机等手段识别DNA序列上的具有生物学特征的片段。基因识别的对象主要是蛋白质编码基因，也包括其他具有一定生物学功能的因子，如RNA基因和调控因子。 9、系统发生学 系统发生学(phylogenetics)——研究物种之间的进化关系。 10、基因芯片 基因芯片（gene chip），又称DNA微阵列（microarray），是由大量cDNA或寡核苷酸探针密集排列所形成的探针阵列，其工作的基本原理是通过杂交检测信息。
2018年信息处理技术员上午试题
1?以下关于数据处理的叙述中，不正确的是（） A .数据处理不仅能预测不久的未来，有时还能影响未来 B. 数据处理和数据分析可以为决策提供真知灼见 C. 数据处理的重点应从技术角度去发现和解释数据蕴涵的意义 D .数据处理是从现实世界到数据，再从数据到现实世界的过程 2.“互联网+制造”是实施《中国制造2025》的重要措施。以下对“互联网+ 制造”主要特征的叙述中，不正确的是（） A .数字技术得到普遍应用，设计和研发实现协同与共享 B. 通过系统集成，打通整个制造系统的数据流、信息流 C. 企业生产将从以用户为中心向以产品为中心转型 D .企业、产品和用户通过网络平台实现联接和交互 3?信息技术对传统教育方式带来了深刻的变化。以下叙述中，不正确的是（ ） A .学习者可以克服时空障碍，实现随时、随地、随愿学习 B. 给学习者提供宽松的、内容丰富的、个性化的学习环境 C. 通过信息技术与学科教学的整合，激发学生的学习兴趣
1?以下关于数据处理的叙述中，不正确的是（） D .教育信息化的发展使学校各学科全部转型为电子化教育
4.n = 1, 2, 3,…，100时，［n/3］共有（）个不同的数（［a］表示a的整数部分，例如［3.14 ］= 3 ）。 A. 33 B. 34 C. 35 D. 100 5?某工厂共40人参加技能考核，平均成绩80分，其中中男工平均成绩83分，女工平均成绩78分。该工厂参加技能考核核的女工有（）人。 A. 16 B. 18 C. 20 D. 24 6. （a+ b —|a —b|）/2 =（）。 A. a B. b C. mi n(a,b)
最新生物信息学考试复习
——古A．名词解释 1. 生物信息学：广义是指从事对基因组研究相关的生物信息的获取，加工，储存，分配，分析和解释。狭义是指综合应用信息科学，数学理论，方法和技术，管理、分析和利用生物分子数据的科学。 2. 基因芯片：将大量已知或未知序列的DNA片段点在固相载体上，通过物理吸附达到固定化（cDNA芯片），也可以在固相表面直接化学合成，得到寡聚核苷酸芯片。再将待研究的样品与芯片杂交，经过计算机扫描和数据处理，进行定性定量的分析。可以反映大量基因在不同组织或同一组织不同发育时期或不同生理条件下的表达调控情况。 3. NCBI：National Center for Biotechnology Information.是隶属于美国国立医学图书馆（NLM）的综合性数据库，提供生物信息学方面的研究和服务。 4. EMBL：European Molecular Biology Laboratory.EBI为其一部分，是综合性数据库，提供生物信息学方面的研究和服务。 5. 简并引物：PCR引物的某一碱基位置有多种可能的多种引物的混合体。 6. 序列比对：为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性，而将它们按照一定的规律排列。
7. BLAST：Basic Local Alignment Search Tool.是通过比对(alignment)在数据库中寻找和查询序列(query)相似度很高的序列的工具。 8. ORF：Open Reading Frame.由起始密码子开始，到终止密码子结束可以翻译成蛋白质的核酸序列，一个未知的基因，理论上具有6个ORF。 9. 启动子：是RNA聚合酶识别、结合并开始转录所必须的一段DNA序列。原核生物启动子由上游调控元件和核心启动子组成，核心启动子包括-35区（Sextama box）TTGACA，-10区（Pribnow Box）TATAAT，以及+1区。真核生物启动子包括远上游序列和启动子基本元件构成，启动子基本元件包括启动子上游元件（GC岛，CAAT盒），核心启动子（TATA Box，+1区帽子位点）组成。 10. motif：模体，基序，是序列中局部的保守区域，或者是一组序列中共有的一小段序列模式。 11. 分子进化树：通过比较生物大分子序列的差异的数值重建的进化树。 12. 相似性：序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相似DNA碱基或氨基酸残基序列所占的比例。 13. 同源性：两个基因或蛋白质序列具有共同祖先的结论。
2018年信息处理技术员上午试题
1.以下关于数据处理的叙述中，不正确的是（） A．数据处理不仅能预测不久的未来，有时还能影响未来 B．数据处理和数据分析可以为决策提供真知灼见 C．数据处理的重点应从技术角度去发现和解释数据蕴涵的意义 D．数据处理是从现实世界到数据，再从数据到现实世界的过程 2.“互联网＋制造”是实施《中国制造2025》的重要措施。以下对“互联网＋制造”主要特征的叙述中，不正确的是（） A．数字技术得到普遍应用，设计和研发实现协同与共享 B．通过系统集成，打通整个制造系统的数据流、信息流 C．企业生产将从以用户为中心向以产品为中心转型 D．企业、产品和用户通过网络平台实现联接和交互 3.信息技术对传统教育方式带来了深刻的变化。以下叙述中，不正确的是（）。A．学习者可以克服时空障碍，实现随时、随地、随愿学习 B．给学习者提供宽松的、内容丰富的、个性化的学习环境 C．通过信息技术与学科教学的整合，激发学生的学习兴趣 D．教育信息化的发展使学校各学科全部转型为电子化教育
4.n＝1，2，3，…，100时，［n／3］共有（）个不同的数（［a］表示a的整数部分，例如［3．14］＝3）。 A.33 B.34 C.35 D.100 5.某工厂共40人参加技能考核，平均成绩80分，其中中男工平均成绩83分，女工平均成绩78分。该工厂参加技能考核核的女工有（）人。 A.16 B.18 C.20 D.24 6.（a＋b－|a－b|）／2＝（）。 A.a B.b C.min(a,b)
D.max(a,b) 7.在信息收集过程中，需要根据项目的目标把握数据据（）要求，既不要纳入过多无关的数据据，也不要短缺主要的数据：既不要过于简化，也不要过于繁琐A．适用性B．准确性C．安全性D．及时性 8.许多企业常把大量暂时不用的过期数据分类归档转存于（）中 A．ROM B．移动硬盘 C cache D RAM 9.信息传递的三个基本环节中，信息接收者称为（）。 A．信源B．信道C．信标D．信宿 10.数据处理过程中，影响数据精度的因素不包括（）。 A．显示器的分辨率B．收集数据的准确度 C．数据的类型中D．对小数位数的指定 11.某商场记录（统计）销售情况的数据库中，对每一种商品采用了国家统一的商品编码。这种种做法的好处不包括（）。
生物信息学试题整理
UTR的含义是（B ） A.编码区 B. 非编码区 C. motif的含义是（D ）。 A.基序 B. 跨叠克隆群 C. algorithm 的含义是（B ）。 A.登录号 B. 算法 C. RGR^ （D ）。 A.在线人类孟德尔遗传数据 D.水稻基因组计划 下列Fasta格式正确的是（B） 低复杂度区域 D. 幵放阅读框 碱基对 D. 结构域 比对 D. 类推 B. 国家核酸数据库 C. 人类基因组计划 A. seql: agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta B. >seq1 agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta C. seq1:agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta D. >seq1agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta 如果我们试图做蛋白质亚细胞定位分析，应使用（D） A. NDB 数据库 B. PDB 数据库 C. GenBank 数据库 D. SWISS-PROT 数
据库 Bioinformatics 的含义是（A ）。 A. 生物信息学 B. 基因组学 C. 蛋白质组学 D. 表观遗传学 Gen Bank中分类码PLN表示是（D ）。 A.哺乳类序列 B. 细菌序列 C.噬菌体序列 D. 植物、真菌和藻类序列 ortholog 的含义是（A）0 A.直系同源 B.旁系同源 C.直接进化 D.间接进化 从cDNA文库中获得的短序列是（D ）o A. STS B. UTR C. CDS D. EST con tig的含义是（B ）o A.基序 B. 跨叠克隆群 C. 碱基对 D. 结构域 TAIR （AtDB）数据库是（C）o A.线虫基因组 B. 果蝇基因组 C. 拟南芥数据库 D. 大肠杆菌基因组ORF的含义是（D ）o A.调控区 B. 非编码区 C.低复杂度区域 D. 幵放阅读框
2018年上半年信息处理技术员考试试题及答案-下午
2018年上半年信息处理技术员考试试题及 答案(B套) 信息处理技术员下午试题共5题,全部为必答题,每题15分,满分75分。若解答正确给满分;若答出部分要点,可酌情给分,但不给满分。 第1小题(总分:15分) 用Word软件录入以下内容,按照题目要求完成后,用Word的保存功能直接存盘。 信息处理技术员下午试题共5题,全部为必答题,每题15分,满分75分。若解答正确给满分;若答出部分要点,可酌情给分,但不给满分。 第1小题(总分:15分) 用Word软件录入以下内容,按照题目要求完成后,用Word的保存功能直接存盘。 要求: 1.将文章标题设置为宋体、二号、加粗、居中;正文设置为宋体、小四。 2.将正文开头的“在”设置为首字下沉,字体为隶书,下沉行数为2。 3.为正文添加双线条的边框,3磅,颜色设置为红色,底纹填充为灰色-40%。 4.为文档添加页眉,内容为“楼兰文明”。 参考答案:
第2小题(总分:15分) 用Word 软件制作如图示的“交通图”,按照要求完成后,用Word 的保存功能直接存盘。 要求: 1.利用自选图形中的曲线制作如图示的交通图。 2.将曲线绘制为图中的样式后设置线条粗细为3磅。 3.复制设置完成的线条到其他位置,并将其中的一条线条粗细设置为2.5磅、白色。 4.将设置为2.5磅、白色的曲线与3磅、黑色的线条相重合,完成高速公路线条的绘制。 5.利用以上方法,并调整线条的虚实线设置,完成其他公路和铁路等的绘制。 6.录入图中的文字,并将文字字体设置为宋体、五号。 7.制作完成的交通图样式与图示的基本一致。 参考答案:
第3小题(总分:15分) 用Excel创建“销售明细表”(内容如下表所示),按照题目要求完成后,用Excel的保存功能直接存盘。 要求:
生物信息学期末考试重点
1、生物信息学(Bioinformatics)是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解 释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计 算机科学相结合形成的一门新学科。它通过综合利用生物学，计算机科学和信息技 术而揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘。 2、数据库（Database）是按照数据结构来组织、存储和管理数据的仓库，它产生于 距今六十多年前，随着信息技术和市场的发展，特别是二十世纪九十年代以后， 数据管理不再仅仅是存储和管理数据，而转变成用户所需要的各种数据管理的方 式。数据库有很多种类型，从最简单的存储有各种数据的表格到能够进行海量数 据存储的大型数据库系统都在各个方面得到了广泛的应用。 3、表达序列标签从一个随机选择的cDNA 克隆进行5’端和3’端单一次测序获得的短 的cDNA 部分序列，代表一个完整基因的一小部分，在数据库中其长度一般从20 到7000bp 不等，平均长度为360 ±120bp。EST 来源于一定环境下一个组织总 mRNA 所构建的cDNA 文库，因此EST也能说明该组织中各基因的表达水平。 4、开放阅读框是基因序列中的一段无终止序列打断的碱基序列，可编码相应的蛋白。 ORF识别包括检测六个阅读框架并决定哪一个包含以启动子和终止子为界限的 DNA序列而其内部不包含启动子或终止子，符合这些条件的序列有可能对应一个 真正的单一的基因产物。ORF的识别是证明一个新的DNA序列为特定的蛋白质编 码基因的部分或全部的先决条件。 5、蛋白质的一级结构在每种蛋白质中氨基酸按照一定的数目和组成进行排列，并进 一步折叠成特定的空间结构前者我们称为蛋白质的一级结构，也叫初级结构或基 本结构。蛋白质一级结构是理解蛋白质结构、作用机制以及与其同源蛋白质生理 功能的必要基础。 6、基因识别是生物信息学的一个重要分支，使用生物学实验或计算机等手段识别 DNA序列上的具有生物学特征的片段。基因识别的对象主要是蛋白质编码基因， 也包括其他具有一定生物学功能的因子，如RNA基因和调控因子。基因识别是基 因组研究的基础。
2018年下半年信息处理技术员考试上午试题
2018年下半年信息处理技术员考试上午真题以下关于数字经济的叙述中，( )并不正确。 (1) A .数字经济以数据作为关键生产要素，以数字技术作为其经济活动的标志 B .数字经济具有数字化、网络化、智能化、知识化、全球化特征 C .数字经济以虚拟经济代替实体经济，与市场经济互斥 D .数字经济采用互联网+创新2. 0改革传统工业经济 ?()是按照科学的城市发展理念，利用新-~代信息技术，通过人、物、城市功能系统之间的 无缝连接与协同联动，实现自感知、自适应、自优化，形成安全、便捷、高效、绿色的城市形态。 (2) A .智慧城市 B .环保城市 C.数字城市 D .自动化城市 ?企业实现移动信息化的作用不包括( )。 (3) A .企业职工使用移动设备代替台式计算机，降低企业成本 B .加强与客户互动沟通，实现在线支付，提高客户满意度 C .有利于实现按需生产，产销一 -体化运作，提高经济效益 D .决策者随时随地了解社会需求和企业经营情况，快速决策 ?某博物馆将所有志愿者分成 A、B、C、D四组(每个志愿者只能分配到-个组)。已知A组和B组共有80人，B 组和C组共有87人，C组和D组共有92人，据此可以推断， A组和D组共有 ()人。 (4) A. 83 B. 84 C. 85 D. 86 ?某班级有40名学生，本次数学考试大多在80分上下。老师为了快速统计平均分，对每个学生的 分数按80分为基准，记录其相对分 (多出的分值用正数表示，减少的分值用负数表示，恰巧等于 80分时用0表示)，再统计出各种相对分的人数，如下表： 根据上表可推算出，这次考试全班的平均分为( ) (5) A . 79.8 B.80.0
生物信息学试题复习参考(张弓)
2014-2015学年生物信息学期末考试题 写在前面：这是我考试时候写的答案的大致内容，具体文字我已经不记得了，给大家一个参考，希望对大家复习有帮助。因为我也是扣了很多分，所以答案也有很多错的，大家不要尽信。祝大家考试顺利。 一、实验设计和基础分析 以下qPT-PCR实验方案有哪些错误？请标出错误，并说明原因和写出正确方案。 目的：比较肺癌细胞迁移前后的X基因转录水平表达量 方法：（1）用Trizol法提取细胞总RNA，并用跑胶、OD260/280等方法确认无降解。 （2）用poly-dT引物进行反转录 （3）设计基因特异性PCR引物，用qPCR仪测定X基因和GAPDH基因的Ct值。GAPDH作为内参。 （4）以2^-ΔΔCt方法计算X基因相对于GAPDH的相对含量 （5）比较迁移前后的相对表达量，做三个重复，用t-test进行统计检验，P<0.05为差异显著 1.错误：不能用GAPDH基因作为定量标准；原因：癌症迁移前后GAPDH基因的表达量已经改变了，做定量标准不准确；方案：采用外参（如：其他物种的基因） 2.错误：不能用t-test进行统计检验；原因：t-test进行统计检验的前提是数据呈正态分布，基因表达量不一定呈正太分布；方案：将数据取log10，对数化。 上述两个是我考试时候写的答案，后来经提醒：还发现了一个错误：不能用poly-dT引物进行反转录；原因：。。。。。。；方案：用Oligodt进行逆转录。 二、双序列比对的生物学意义解释 两种细菌的同源蛋白质endonuclease III，长度都为200氨基酸左右，其功能相同，蛋白质序列使用BLAST 可以比对上，同源性高达57%，但其编码DNA序列用BLAST却无法比对上，为了尽可能提高亲缘关系较远的序列的比对效率，比对已经使用BLAST网站上Somewhat similar sequence选项，默认参数（见下图）：
生物信息学基本知识
1.DNA:遗传物质(遗传信息的载体) 双螺旋结构,A,C,G,T四种基本字符的复杂文本 2.基因（Gene）：具有遗传效应的DNA分子片段 3.基因组(Genome)：包含细胞或生物体全套的遗传信息的全部遗传物质。人类包括细胞核基因组和线粒体基因组 OR一个物种中所有基因的整体组成 4.人类基因组：3.0×109bp模式生物 5.HGP的最初目标通过国际合作，用15年时间(1990～2005)至少投入30亿美元，构建详细的人类基因组遗传图和物理图，确定人类DNA的全部核苷酸序列，定位约10万基因，并对其它生物进行类似研究。 6.HGP的终极目标 阐明人类基因组全部DNA序列； 识别基因； 建立储存这些信息的数据库； 开发数据分析工具； 研究HGP实施所带来的伦理、法律和社会问题。 7.遗传图谱（genetic map）又称连锁图谱(linkage map)，它是以具有遗传多态性（在一个遗传位点上具有一个以上的等位基因，在群体中的出现频率皆高于1%）的遗传标记为“路标”，以遗传学距离（在减数分裂事件中两个位点之间进行交换、重组的百分率，1%的重组率称为1cM）为图距的基因组图。 遗传图谱的建立为基因识别和完成基因定位创造了条件。 8.遗传连锁图：通过计算连锁的遗传标志之间的重组频率，确定它们的相对距离，一般用厘摩（cM，即每次减数分裂的重组频率为1%）表示。 9.物理图谱（physical map）是指有关构成基因组的全部基因的排列和间距的信息，它是通过对构成基因组的DNA分子进行测定而绘制的。绘制物理图谱的目的是把有关基因的遗传信息及其在每条染色体上的相对位置线性而系统地排列出来。 10.转录图谱是在识别基因组所包含的蛋白质编码序列的基础上绘制的结合有关基因序列、位置及表达模式等信息的图谱。 11.序列图谱:随着遗传图谱和物理图谱的完成，测序就成为重中之重的工作。 DNA序列分析技术是一个包括制备DNA片段化及碱基分析、DNA信息翻译的多阶段的过程。通过测序得到基因组的序列图谱 12.大规模测序基本策略 逐个克隆法：对连续克隆系中排定的BAC克隆逐个进行亚克隆测序并进行组装（公共领域测序计划） 全基因组鸟枪法：在一定作图信息基础上，绕过大片段连续克隆系的构建而直接将基因组分解成小片段随机测序，利用超级计算机进行组装（美国Celera公司） 13.基因识别（gene identification）是HGP的重要内容之一，其目的是识别全部人类的基因。 基因识别包括： 识别基因组编码区 识别基因结构 基因识别目前常采用的有二种方法： 从基因组序列中识别那些转录表达的DNA片段 从cDNA文库中挑取并克隆。 14.基因组多态性（Polymorphism）:是指在一个生物群体中，同时和经常存在两种或多种不连续的变异型或基因型（genotype）或等位基因（allele），亦称遗传多态性（genetic
2019版国科大生物信息学期末考试复习题
中科院生物信息学期末考试复习题 陈润生老师部分： 1.什么是生物信息学，如何理解其含义？为什么在大规模测序研究中，生物信息学至关重要？ 答：生物信息学有三个方面的含义： 1)生物信息学是一个学科领域，包含着基因组信息的获取、处理、存储、分配、分析和 解释的所有方面，是基因组研究不可分割的部分。 2)生物信息学是把基因组DNA序列信息分析作为源头，破译隐藏在DNA序列中的遗传语 言，特别是非编码区的实质；同时在发现了新基因信息之后进行蛋白质空间结构模拟和预测；其本质是识别基因信号。 3)生物信息学的研究目标是揭示“基因组信息结构的复杂性及遗传语言的根本规律”。它 是当今自然科学和技术科学领域中“基因组、“信息结构”和“复杂性”这三个重大科学问题的有机结合。 2.如何利用数据库信息发现新基因，其算法本质是什么？ 答：利用数据库资源发现新基因，根据数据源不同，可分2种不同的查找方式： 1)从大规模基因组测序得到的数据出发，经过基因识别发现新基因： （利用统计，神经网络，分维，复杂度，密码学，HMM，多序列比对等方法识别特殊序列，预测新ORF。但因为基因组中编码区少，所以关键是“数据识别”问题。）利用大规模拼接好的基因组，使用不同数据方法，进行标识查找，并将找到的可能的新基因同数据库中已有的基因对比，从而确定是否为新基因。可分为：①基于信号，如剪切位点、序列中的启动子与终止子等。②基于组分，即基因家族、特殊序列间比较，Complexity analysis，Neural Network 2)利用EST数据库发现新基因和新SNPs： （归属于同一基因的EST片断一定有overlapping，通过alignment可组装成一完整的基因，但EST片断太小，不存在数据来源，主要是拼接问题） 数据来源于大量的序列小片段，EST较短，故关键在正确拼接。方法有基因组序列比对、拼接、组装法等。经常采用SiClone策略。其主要步骤有：构建数据库；将序列纯化格式标准化；从种子库中取序列和大库序列比对；延长种子序列，至不能再延长；放入contig库①构建若干数据库：总的纯化的EST数据库，种子数据库，载体数据库，杂质、引物数据库，蛋白数据库，cDNA数据库； ②用所用种子数据库和杂质、引物数据库及载体数据库比对，去除杂质； ③用种子和纯化的EST数据库比对 ④用经过一次比对得到的长的片段和蛋白数据库、cDNA数据库比较，判断是否为已有序列，再利用该大片段与纯化的EST数据库比对，重复以上步骤，直到序列不能再延伸； ⑤判断是否为全长cDNA序列。 （利用EST数据库：原理：当测序获得一条EST序列时，它来自哪一个基因的哪个区域是未知的（随机的），所以属于同一个基因的不同EST序列之间常有交叠的区域。根据这种“交叠”现象，就能找出属于同一个基因的所有EST序列，进而将它们拼接成和完整基因相对应的全长cDNA序列。而到目前为止，公共EST数据库(dbEST)中已经收集到约800万条的人的EST序列。估计这些序列已覆盖了人类全部基因的95%以上，平均起来每个基因有10倍以上的覆盖率。）
中国科学院大学生物信息学期末考试资料,陈润生老师
生物信息学期末考试复习 1.生物学中的7个数学故事 (1) 孟德尔遗传定律（分离和自由组合定律）运用了组、合原理中的加法原理和乘法原理。 (2) Hardy-Weinberg遗传平衡定律通过构造数学关系式来证明。 (3)基因在染色体上的线性排列采用概率分布优化距离的计算距离，使其更接近真实情况。 (4)关联分析通过假设检验看两个特征的关联有无统计显著性。 (5) 序列比对设计合适的算法可以有效降低计算复杂度。 (6)基因组学和其他的组学组学时代产生的大量数据需要依赖数据库技术来寻找生物分子之间的关联。 (7)微阵列芯片大规模芯片数据需要数据挖掘：聚类、关联、预测建模、异常检测。 2. DNA、protein、RNA序列比对及其算法 序列比对：为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性，而将它们按照一定的规律排列。常用的方法有：点阵法，动态规划算法，k-tup 算法等。 （1）dotplot算法：通过点阵作图的方法表示，能很直观地氨基酸序列或核苷酸序列上的插入、删除、重复和反相重复。 算法步骤：将两条序列的碱基（或残基）分别沿x轴和y轴排列，依次比较两条序列的每个碱基（或残基），如果两个碱基（或残基）相同则在矩阵中填充点，这样就形成一个点矩阵。在点矩阵中，将对角线上的点连接起来，这些直线所对应的矩形区域就是这两条序列的相似性片段。 算法特点：该算法相似性片段实际上是相同的片段；而且不能提供相似性片段在统计学意义上的相似性。 （2）动态规划算法：分为全局动态规划算法和局部动态规划算法。保证了指定打分模型的情况下，两条序列能获得尽可能的最高分 算法步骤：①初始化序列矩阵；②将序列输入矩阵，计算分数并绘制箭头；③用箭头回溯找到最优得分路径；④连接最优路径，产生序列比对。 动态规划算法优缺点： 优点：对于一个给定的计分函数集合，能找到最优的比对 缺点：时间复杂度为O(n 2)，运行慢，计算所需的内存与序列长度的平方成正比，因此不适用于非常长序列的比对。 序列比对的定义，存在哪几种算法，打分矩阵是什么意思 序列比对：为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性，而将它们按照一定的规律排列; 算法种类：动态规划算法、Smith-Waterman Alterations算法、FASTA - Hi Level Algorithm 算法、BLAST – Heuristic算法； 打分矩阵：通过点矩阵对序列比对进行积分，根据不同物质情况可分为DNA序列打分矩阵：等价矩阵、转换-颠换矩阵、blast矩阵；蛋白质打分矩阵：等价矩阵、遗传密码矩阵、疏水性矩阵、PAM矩阵、BLOSUM矩阵。 1.动态规划算法，给个表格可以把数字填出：
生物信息学试题
华中农业大学研究生课程考试试卷（B） 考试科目名称：生物信息学考试时间：2011年6月15日备注：所有答案均要写在答题纸上，否则，一律无效。 提示：（1）2小时答题时间；（2）课堂开卷，独立完成；（3）答题简明扼要 1．请查询序列AK101913（GenBank注册号）的相关信息并回答下列问题：（1）若用限制性内切酶PstΙ消化这条序列，可以得到几个片段？（4分） （2）该序列编码的蛋白质有多少个氨基酸？哪种氨基酸所占比例最高？等电点是多少？是否糖蛋白质？如果是糖蛋白，请给出具体类型及糖基化位点。（10分）（3）请分析该序列编码蛋白的保守结构域，根据你的分析，该蛋白可能具有什么样的生物学功能？（6分） 2．任选一种基因结构分析工具，预测序列J04982（GenBank注册号）的基因结构及其编码产物的理化性质。请注明分析工具的名称，以及是否采用某一物种的数据作为参照。 （1）根据你所选用的分析方法，这条序列编码多少个基因？分别包含有多少个exon？预测基因（如有多个基因请注明是第几个基因）是否有转录起点和PolyA加尾信号？ 分析结果是否与GenBank提供的注释信息相符合？（10分） （2）预测的第一个基因编码的蛋白质是否包含有信号肽（注明切割位点）和跨膜区域（注明跨膜区）？预测该蛋白的亚细胞定位。（10分） 注：3a、3b任选一题 3a．RZ220是水稻分子标记遗传连锁图上的一个分子标记，请回答下列有关问题：（1）这个分子标记/位点被定位于水稻的第几号染色体？在你检索的网站（请注明网址）多少水稻的遗传连锁图使用了该分子标记？请列出分子标记遗传连锁图的名称及 其类型（Map Type）（10分） （2）RZ220属于什么类型的分子标记？指出一个与该标记连锁或附近的QTL（注明其编号），并说明该QTL控制什么性状，列出定位该QTL的研究的相关文献。（10分） 3b．BM6506是羊分子标记遗传连锁图上的一个分子标记或位点，请回答下列有关问题：（请注明分析方法名称） （1）这个分子标记/位点被定位于羊的第几号染色体？（4分） （2）在SM1分子标记遗传连锁图上与这个分子标记/位点紧密连锁（两侧）的分子标记/位点的名称是什么？这个分子标记/位点在SM1分子标记遗传连锁图上的遗传位置 是多少？（8分） （3）列出一篇与该标记相关的文献及其在PubMed中的PMID号。（8分） 4．分析六条蛋白质序列（BAF63641、ABO31104、ACO11338、ABH07379、AAF65254、AAB38498）的同源性并回答下列问题（请注明分析方法名称）： （1）哪两条序列的进化关系最近，一致性（Identity）是多少？相似度（Similarity/Positive）是多少？（10分）
生物信息学考试试卷
一、名词解释(每小题4分,共20分) 1、生物信息学 广义：生命科学中的信息科学。生物体系和过程中信息的存贮、传递和表达；细胞、组织、器官的生理、病理、药理过程的中各种生物信息。 狭义：生物分子信息的获取、存贮、分析和利用。 2、人类基因组计划 人类基因组计划准备用15年时间，投入30亿美元，完成人类全部24条染色体的3×109脱氧核苷酸对(bp)的序列测定，主要任务包括作图(遗传图谱、物理图谱的建立及转录图谱的绘制)、测序和基因识别。其中还包括模式生物(如大肠杆菌、酵母、线虫、小鼠等)基因组的作图和测序，以及信息系统的建立。作图和测序是基本的任务，在此基础上解读和破译生物体生老病死以及和疾病相关的遗传信息。 3、蛋白质的一级结构 蛋白质的一级结构是指多肽链中氨基酸的序列 4、基因 基因--有遗传效应的DNA片断,是控制生物性状的基本遗传单位。 5、中心法则 是指遗传信息从DNA传递给RNA，再从RNA传递给蛋白质，即完成遗传信息的转录和翻译的过程。也可以从DNA传递给DNA，即完成DNA的复制过程。这是所有有细胞结构的生物所遵循的法则。 6 、DNA序列比较 序列比较的根本任务是：（1）发现序列之间的相似性；（2）辨别序列之间的差异 目的： 相似序列 相似的结构，相似的功能 判别序列之间的同源性 推测序列之间的进化关系 7、一级数据库 数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释 8、基因识别 基因识别，是生物信息学的一个重要分支，使用生物学实验或计算机等手段识别DNA 序列上的具有生物学特征的片段。基因识别的对象主要是蛋白质编码基因，也包括其他具有一定生物学功能的因子，如RNA基因和调控因子。 9、系统发生学 系统发生学(phylogenetics)——研究物种之间的进化关系。 10、基因芯片 基因芯片（gene chip），又称DNA微阵列（microarray），是由大量cDNA或寡核苷酸探针密集排列所形成的探针阵列，其工作的基本原理是通过杂交检测信息。
生物信息学基本分析
核酸序列的基本分析 运用DNAMAN软件分析核酸序列的分子质量、碱基组成和碱基分布。同时运用BioEdit（版本7.0.5.3）软件对基因做酶切谱分析。 碱基同源性分析 运用NCBI信息库的BLAST程序对基因进行碱基同源性分析(Translated query vs.protien database(blastx))网站如下：https://www.360docs.net/doc/094408594.html,/BLAST/ 参数选择：Translated query-protein database [blastx]；nr;stander1 开放性阅读框（ORF）分析 利用NCBI的ORF Finder程序对基因做开放性阅读框分析，网址如下： https://www.360docs.net/doc/094408594.html,/projects/gorf/orfig.cgi 参数选择：Genetic Codes：1 Standard 对蛋白质序列的结构功能域分析 运用简单模块构架搜索工具（Simple Modular Architecture Research Tool,SMART）对基因的ORF出的蛋白质序列进行蛋白质结构功能域分析。该数据库由EMBL建立，其中集成了大部分目前已知的蛋白质结构功能域的数据。 网址如下：http://smart.embl-heidelberg.de/ 运用NCBI的BLAST程序再对此蛋白质序列进行rpsBlast分析 参数选择：Search Database：CDD v2.07－11937PSSM Expect：0.01 Filter：Low complexity Search mode：multiple hits 1－pass 同源物种分析 用DNAMAN软件将蛋白质序列相关基因序列比对，根据结果绘出系统进化树，并进行分析。 蛋白质一级序列的基本分析 运用BioEdit（版本7.0.5.3）软件对基因ORF翻译的蛋白的一些基本性质，对分子量、等电点、氨基酸组成等作出分析。 二级结构和功能分析 信号肽预测 利用丹麦科技大学（DTU）的CBS服务器蛋白质序列的信号肽（signal peptide）预测，进入Prediction Serves 页面。 网址如下：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ 参数选择： Eukaryotes；Both；GIF (inline)；Standard； 疏水性分析 利用瑞士生物信息学研究所（Swiss Institute of Bioinformatics，SIB）的ExPASy服务器上的ProtScale程序对ORF 翻译后的氨基酸序列做疏水性分析 网址如下： https://www.360docs.net/doc/094408594.html,/cgi-bin/protscale.pl 参数选择：
生物信息学
中国科学技术大学 2007--2008学年第 1 学期考试试卷 考试科目: 生物信息学得分:__________ 学生所在系:___________ 姓名:__________ 学号:___________ 一、单项选择题(每题3分，共30分) 1. 下面哪个数据库不属于核酸的三大数据库之一( ) A．GenBank B. EBI C. UniProt D. DDBJ 2. 下面哪种算法为双序列比对全局优化算法( ) A. Smith-Waterman算法 B. Gibbs Sampler C. Hidden Markov Model算法 D. Needleman-Wunsch算法 3. 下面哪种工具为多序列比对工具( ) A. MegaBlast B. MEGA C. GPS D. POA 4. 双序列比对中，全局与局部的优化算法，其核心思想是( ) A.利用已知数据作为训练集，利用迭代的算法进行反复计算，使得结果收敛； B.根据已知数据，构建PSSM矩阵，再计算Log-odd ratio； C.采用动态规划算法，计算最优路径,并以此得到比对结果； D.采用邻接法构建进化树，在进化树的指导下进行双序列比对。 5. 下面何种描述适合Baum-Welch算法( ) A. 双序列比对的局部优化算法； B. Motif发现的方法之一 C. 对已知的训练数据，采用Viterbi算法计算最佳路径，并重新计算转移概率矩阵，反复计算直至结果收敛，得到优化的HMM模型； D. 对已知的训练数据，采用Smith-Waterman算法计算最佳路径，并重新计算转移概率矩阵，反复计算直至结果收敛，得到优化的HMM模型； 6. 实验学家在大肠杆菌中发现某种基因A，具有重要的转录调控功能，通过Reciprocal Best Hits的方法，实验学家用BLAST发现在人中基因B为基因A的高度相似基因。那么，人中基因A与基因B的关系为( ) A．旁系同源物 B. 趋同进化 C. 直系同源物 D. 异同源物
生物信息学 本科生版 期末考试试题(机考)
暨南大学考试试卷 注意： 1. 本考试只有相对正确的答案，无论你如何作答，只要写出足够强的论证的理由和过程来 支撑你的观点，并且不违反课程内讲授的基本原理，即算正确。 2. 考试形式为机考，请自备电脑。回答可直接写在本文件里，要写出过程和明确的结论。 最终答卷以PDF形式现场提交以避免乱码和篡改，文件名请统一命名为“学号-姓名.pdf”，例如2013042213-张三.pdf。不按此格式命名文件名者将一律没有成绩！ 3. 考试完毕，请用U盘将写好的报告PDF文档拷到监考老师的电脑上，或于考试结束后 15分钟内发邮件至zhanggong@https://www.360docs.net/doc/094408594.html,，注明主题“期末考试”。 4. 本试卷分为4小题，各题分数分别为20、30、30、20 分，满分100分。 人卵细胞受精到胚胎发育极早期，经历如下阶段： -卵细胞(oocyte) -前核(pronuclei) -受精卵(zygote) -2-细胞期 -4-细胞期 -8-细胞期 -桑椹胚(morula) 为研究在发育过程中的转录调控，研究者对以上时期的细胞进行了单细胞测序。测序仪使用Illumina HiSeq-2000，采用双端100nt测序方式。测序数据的第一端用FANSe2算法云分析平台进行一键式定量分析，得到28个基因表达定量文件(*_SVmerge.txt)。请通过推理和分析，回答以下问题： 1.真核生物中，同一个基因往往可以通过可变剪切的方式，生成若干个不同的 剪切变体。请问云平台分析的这批数据，是如何处理同一基因的不同剪切变体的？这种测序方式有没有可能定量不同的剪切变体？为什么？
暨南大学《生物信息学（本科生版）》试卷考生姓名、学号： 2.Oocyte, zygote, pronuclei, morula阶段都做了生物学重复，请问其重复性好不 好？如果不好，有哪些因素会造成重复性不好？会不会影响结论？ 3.发育生物学课本上就已经说道，2-细胞期、4-细胞期、8-细胞期的每一个细胞 都不一样。受精卵已有植物极和动物极之分，在第一次卵裂的2-细胞期中，植物极和动物极被分开；然后继续进行两次纵向卵裂，形成上部4个动物极细胞和下部8个植物极细胞。将来动物极细胞发育成外胚层，植物极细胞发育成内胚层。也就是说，一个胚胎的若干个细胞之间就有不同，其转录组应该有不同。那么，同期的细胞之间差异大，还是不同期之间差异大？这些差异是由发育阶段所致，还是由于单细胞测序的随机性误差所致？ 4.哪些基因是“管家基因”(housekeeping gene)，哪些基因是只在未受精卵细胞中 有表达的？这两部分基因的mRNA长度分布有没有统计学意义上的差别？ （RefSeq-RNA数据库里面所有的mRNA序列都在Human_hg19_refMrna20150317.fa文件中）