基于气相色谱―质谱技术的小青龙汤证大鼠血液代谢组学研究

基于气相色谱―质谱技术的小青龙汤证大鼠血液代谢组学研究
基于气相色谱―质谱技术的小青龙汤证大鼠血液代谢组学研究

基于气相色谱―质谱技术的小青龙汤证大鼠血液代谢组学

研究

摘要:目的采用气相色谱-质谱法(GC-MS)测定小青龙汤证大鼠血液中内源性代谢物,为小青龙汤证本质研究提供依据。方法将36只雄性Wistar大鼠随机分为空白对照组10只、模型组13只和小青龙汤组13只,模型组和小青龙汤组制作外寒内饮(小青龙汤证)模型,小青龙汤组灌胃小青龙汤,空白对照组不作任何处理。15 d后,3组大鼠腹主动脉取血,进行GC-MS检测。图谱经预处理后采用偏最小二乘法-判别分析进行多元统计分析。结果发现13种小分子标志物,分别为乳酸、3-羟基丁酸、甘氨酸、丝氨酸、赖氨酸、葡萄糖、花生四烯酸等代谢物质。结论乳酸、甘氨酸等标记物集中表现为能量代谢、免疫功能和炎症反应,为小青龙汤证本质研究提供了物质基础。

关键词:气相色谱-质谱;血液;小青龙汤证;大鼠

DOI:10.3969/j.issn.1005-5304.2015.04.023

中图分类号:R284.1 文献标识码:A 文章编号:1005-5304(2015)04-0083-04

Metabonomics Study on Blood of Rats with Xiaoqinglong Decoction Syndrome Based on GC-MS ZHAO Xiao-hua1,HE

Li-qing1,GAI Jiang-hua2 (1.Shanxi University of Traditional Chinese Medicine,Taiyuan 030024,China;2.Changzhi Chinese Medicine Hospital,Changzhi 046000,China)Abstract:Objective To determine the endogenous metabolites in blood of rats with Xiaoqinglong Decoction Syndrome by using GC-MS;To provide evidence for researches on the essence of Xiaoqinglong Decoction Syndrome. Methods Totally 36 male Wistar rats were randomly divided into blank control group (10 rats),model group (13 rats),and Xiaoqinglong Decoction group (13 rats). Model group and Xiaoqinglong Decoction group were used to make the models of exogenous cold and internal fluid syndrome (Xiaoqinglong Decoction Syndrome). Rats in Xiaoqinglong Decoction group received gavage with Xiaoqinglong Decoction,while rats in blank control group received nothing. Blood of rats in the three groups was taken from the abdominal aorta and detected by

GC-MS 15 days later,and analyzed by multivariate statistical analysis with PLS-DA. Results 13 kinds of biomarkers were found:lactic acid,3-hydroxy-butyric acid,glycine,serine,lysine,dextrose,arachidonic acid and other metabolites. Conclusion Expressions of biomarkers,such as lactic acid and glycine,are energy metabolism,immune function,and

inflammation,which provide material basis for researches on the essence of Xiaoqinglong Decoction Syndrome.

Key words:GC-MS;blood;Xiaoqinglong Decoction Syndrome;rats

小青龙汤首见于《伤寒论?辨太阳病脉证并治》“伤寒表不解,心下有水气,干呕,发热而咳,或渴,或利,或噎,或小便不利,少腹满,或喘者,小青龙汤主之”。全方共8味药,是张仲景治疗外寒内饮证的名方。

基金项目:国家自然科学基金(81102538);山西中医学院临床基础项目(2011JC05)

通讯作者:何丽清,E-mail:hlqyx@https://www.360docs.net/doc/1016614612.html,

小青龙汤证为外感风寒表邪、内有水饮之气、内外合邪而表现出的适合服用小青龙汤的症状,其临床表现较多,其中咳嗽、痰多、喘息为小青龙汤证辨证关键。尽管对小青龙汤已有较多研究,但对其证本质研究仍有不足。目前,气相色谱-质谱(GC-MS)技术较为成熟地运用于中医证候客观化研究,且在证候动物模型证本质研究中取得一定进展,代谢组学与生理学的联系更加紧密[1-2]。本研究采用GC-MS 测定大鼠血液中内源性代谢物,为小青龙证证本质研究提供基础。

1 仪器、试药与动物

气相色谱-质谱联用仪(Trace GC-PolarisQ Mass,

Thermo Finnigan),DZF-1B型真空干燥箱(上海跃进医疗医械厂),TGL-6高速台式冷冻离心机(长沙湘仪离心机有限公司),KQ2200型数控超声仪(昆山超声仪器有限公司),ESJ120-4电子天平(沈阳龙腾电子称量仪器有限公司)。

N-甲基-N-(三甲基硅烷)三氟乙酰胺[MSTFA,含1%TMCS (三甲基氯硅烷)],美国Thermo pierce公司;吡啶、甲氧胺盐酸盐、正庚烷、乙腈均为分析纯,北京化工试剂公司;二十四烷,上海索莱宝生物科技有限公司。

内标液:精密称取1 mg二十四烷,置于10 mL容量瓶中,加甲醇溶解定容,即得0.1 mg/mL二十四烷内标工作液。

Wistar大鼠,雄性,体质量(200±10)g,清洁级,中国医学科学院中国协和医科大学动物研究所提供,合格证号SCXK(京)2009-2004。

2 方法

2.1 动物分组、造模与取样

将36只Wistar大鼠随机分为空白对照组10只、模型组13只和小青龙汤组13只,饲养于普通级动物房。依据外感风寒表邪、内有水饮之气,内外合邪病机制作外寒内饮(小青龙汤证)模型:将模型组和小青龙汤组大鼠放置于寒冷环境(控制室内温度在10 ℃左右)中喂养,每日在低温环境[(0±4)℃]冷冻1 h,并放入冰水中游泳,水面淹没大鼠鼻尖时将大鼠捞出,持续4周,同时进寒凉饮食(冷冻饲料及冰水)。

空白对照组不做任何处理。小青龙汤组大鼠给予小青龙汤(麻黄9 g,白芍9 g,细辛3 g,干姜3 g,炙甘草9 g,桂枝9 g,五味子9 g,姜半夏9 g,山西中医学院第二附属医院药房提供)灌胃,连续15 d。将3组大鼠麻醉后腹主动脉取血,存放在-80 ℃冰箱中[4]。

2.2 生物样品制备

从-80 ℃冰箱中取出血液,解冻,摇匀,取上清液100 ?L,加入250 ?L乙腈,4 ℃、10 000 r/min离心10 min,取上清液150 ?L,氮气吹干,加入30 ?L甲氧胺(15 mg/mL)吡啶溶液,70 ℃反应1 h。加入50 ?L MSTFA,40 ℃反应90 min。加入500 ?L正庚烷(0.1 mg/mL二十四烷),涡旋1 min,进行GC-MS分析。

2.3 气相色谱-质谱条件

进样量:1 ?L;进样口温度:260 ℃;离子源温度:200 ℃;载气:氦气;载气流速:1 mL/min;DB-5MS毛细管柱;不分流进样。质谱检测条件:电离方式EI,电子能量70 eV,全扫描模式,50~650 m/z。程序升温:起始温度60 ℃,保持2 min,以7 ℃/min升至140 ℃,以5 ℃/min升至180 ℃,保持6 min,再以5 ℃/min升至280 ℃,保持2 min。

2.4 模式识别分析与统计方法

运用SIMCA-P+软件进行偏最小二乘法判别分析

(PLS-DA)和建立模型,采用SPSS17.0统计软件对截荷图

远端标记物进行分析。数据以―x±s表示,组间比较采用独立样本t检验,组内比较采用方差分析。P<0.05表示差异有统计学意义。

3 结果

3.1 血液样品测定结果

3组血液样品GC-MS测定所得色谱图见图1。各色谱峰分布均匀,峰形较好,且得到很好的分离,模型组和空白对照组直观可见较多差异峰,如15.11、15.80、27.67、33.17、41.25。说明大鼠造模后体内代谢物发生了明显变化。

3.2 多元统计分析

分别对空白对照组与模型组、小青龙组与空白对照组血液样本GC-MS数据进行分析,PLS-DA分析结果见图2。

从散点图可以看出,空白对照、模型组分布在t[1]轴两侧,直观反映了空白对照组与模型组之间有差别,说明造模之后机体的代谢物发生了变化。小青龙汤组接近空白对照组,反映了模型大鼠在服用小青龙汤之后,代谢物明显接近空白对照组。结合载荷图、典型的血液图谱及SPSS软件分析结果得到这些生物标志物:乳酸、甘氨酸、丁二酸、丝氨酸、赖氨酸、缬氨酸、吡喃半乳糖苷、山梨醇、葡萄糖、花生四烯酸等。以上这些代谢物在用药后发生明显变化。

从3组载荷图结合VIP值(variable importance in the projection,变量重要性投影,可以预测各个数据对模型的贡

献值,VIP>1的意义在于可能为潜在标志物)寻找导致其分开的差异性成分,即小分子标志物,结果共找到13个标志物,见表1。采用SPSS17.0统计软件对13个标志物进行t 检验,部分结果见表2。

4 讨论

由于GC-MS在具有诸多优点同时,也有不能分析大分子、难挥发性和热不稳定性物质的缺点,所以,在处理血液样本同时需要对样本进行衍生化处理。三甲基硅烷(TMS)衍生化在样本硅烷化处理的基础上进行GC-MS检测,结合PLS-DA有监督的模式识别方法,能够对样本进行较好的分析,有利于寻找内源性代谢物的小分子标记物。所以参考文献[5-7],本试验选择TMS衍生化试剂对血样进行处理。

血液中的主要代谢产物为氨基酸类、脂肪酸类、有机酸类等,且与机体内多种代谢途径密切相关。在机体内,任何疾病的发生都会引起其内源性物质发生变化。本研究采用GC-MS技术分析血液中发生显著变化的代谢物,说明引起小青龙汤证整体代谢变化的情况,寻找小分子标记物,进一步探讨小青龙汤证证本质。

其中乳酸在模型组中大量堆积(较空白对照组显著升高,P 核磁共振技术与GC-MS技术同属于代谢组学研究中的两大技术。本课题组前期研究中,基于核磁共振技术检测到了肌酸、乳酸、3-羟基丁酸、天冬氨酸、牛磺酸等十

几种代谢物,数目较少,这与其灵敏度较低、分辨率不高的缺点有关。相对于核磁共振技术,GC-MS技术检测到了乳酸、3-羟基丁酸、甘氨酸等30多种代谢物,源于其高灵敏度、高分辨率、高通量等优势。单纯氨基酸包括丙氨酸、缬氨酸等8种。

前期研究中,基于核磁共振技术检测血液找到的小分子标志物反映小青龙汤证主要与能量代谢、免疫功能、机体应激方面有关[4]。本次基于GC-MS的研究结果,即小青龙汤证证本质与能量代谢、炎症反应、免疫相关,与前期结果较为一致。另外,本研究在血液检测中找到了与炎症相关的标记物花生四烯酸,与免疫功能相关的丝氨酸、酪氨酸,与能量代谢相关的葡萄糖、吡喃葡萄糖等代谢物,更加说明了小青龙汤证的本质所在。

本研究结果从另外一方面对整体代谢上小青龙汤证证

本质进行了剖析与探究。为了更好地应用GC-MS这一检测手段,综合分析小青龙汤证,找出其本质的小分子标记物,我们将继续用以分析肝、肾、肺组织,并动态分析尿液,以更加全面阐释小青龙汤证。

本研究验证了GC-MS技术这一高通量、高灵敏的分析手段结合PLS-DA模式识别用于证本质研究的可行性,基于机体整体功能性变化检测方法与中医的整体理论相结合,通过检测机体内源性差异代谢物,研究机体代谢途径,用以区

分疾病模型和正常个体,建立疾病经典指标与代谢组学中生物标志物的关系,从而为证候本质研究提供依据。

参考文献:

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[2] 高扬,张安晶,胡元会.代谢组学在中医证候研究中的应用进展[J].中国中医基础医学杂志,2013,19(6):710-712.

[3] 赵龙山,李清,郭超伟,等.质谱联用技术在生物样品分析中的应用[J].药学学报,2012,47(2):158?162.

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药学刊,2012,30(1):41-43.

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[9] 刘芳英,申燕华,钱叶长.白三烯调节剂在支气管哮喘药物治疗中的研究进展[J].临床荟萃,2013,26(8):947-950.

[10] 方芬,谭毅.咳嗽变异性哮喘与白三烯关系的研究进展[J].中国临床新医学,2013,6(1):87-90.

(收稿日期:2014-06-29;编辑:陈静)

代谢组学的研究方法和研究流程

代谢组学的研究方法和研究流程分子微生物学112300003林兵 随着人类基因组计划等重大科学项目的实施,基因组学、转录组学及蛋白质组学在研究人类生命科学的过程中发挥了重要的作用,与此同时, 代谢组学(metabolomics)在20世纪90年代中期产生并迅速地发展起来,与基因组学、转录组学、蛋白质组学共同组成系统生物学。基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等各种组学0在生命科学领域中发挥了重要的作用,它们分别从调控生命过程的不同层面进行研究, 使人们能够从分子水平研究生命现象, 探讨生命的本质, 逐步系统地认识生命发展的规律.这些组学手段加上生物信息学, 成为系统生物学的重要组成部分。 代谢组学的出现和发展是必要的, 同时也是必须的。对于基因组学和蛋白质组学在生命科学研究中的缺点和不足, 代谢组学正好可以进行弥补。代谢组学研究的是生命个体对外源性物质(药物或毒物)的刺激、环境变化或遗传修饰所做出的所有代谢应答, 并且检测这种应答的全貌及其动态变化。代谢组学方法为生命科学的发展提供了有力的现代化实验技术手段, 同时也为新药临床前安全性评价与实践提供了新的技术支持与保障. 1 代谢组学的概念及发展 代谢组学最初是由英国帝国理工大学Jeremy N icholson教授提出的,他认为代谢组学是将人体作为一个完整的系统,机体的生理病理过程作为一个动态的系统来研究, 并且将代谢组学定义为生物体对病理生理或基因修饰等刺激产生的代谢物质动态应答的定量测定。2000年,德国马普所的Fiehn等提出了代谢组学的概念,但是与N ichols on提出的代谢组学不同, 他是将代谢组学定位为一个静态的过程,也可以称为/代谢物组学, 即对限定条件下的特定生物样品中所有代谢产物的定性定量分析。同时Fiehn还将代谢组学按照研究目的的不同分为4类: 代谢物靶标分析,代谢轮廓(谱)分析, 代谢组学,代谢指纹分析。现在代谢组学在国内外的研究都在迅速地发展, 科学家们对代谢组学这一概念也进行了完善, 作出了科学的定义: 代谢组学是对一个生物系统的细胞在给定时间和条件下所有小分子代谢物质的定性定量分析,从而定量描述生物内源性代谢物质的整体及其对内因和外因变化应答规律的科学。 与基因组学、转录组学、蛋白质组学相同, 代谢组学的主要研究思想是全局观点。与传统的代谢研究相比, 代谢组学融合了物理学、生物学及分析化学等多学科知识, 利用现代化的先进的仪器联用分析技术对机体在特定的条件下整个代谢产物谱的变化进行检测,并通过特殊的多元统计分析方法研究整体的生物学功能状况。由于代谢组学的研究对象是人体或动物体的所有代谢产物, 而这些代谢产物的产生都是由机体的内源性物质发生反应生成的,因此,代谢产物的变化也就揭示了内源性物质或是基因水平的变化,这使研究对象从微观的基因变为宏观的代谢物,宏观代谢表型的研究使得科学研究的对象范围缩小而且更加直观,易于理解, 这点也是代谢组学研究的优势之一. 代谢组学的优势主要包括:对机体损伤小,所得到的信息量大,相对于基因组学和蛋白质组学检测更加容易。由于代谢组学发展的时间较短, 并且由于代谢组学的分析对象是无偏向性的样品中所有的小分子物质,因此对分析手段的要求比较高, 在数据处理和模式识别上也不成熟,存在一些不足之处。同时生物体代谢物组变化快, 稳定性较难控制,当机体的生理和药理效应超敏时,受试物即使没有相关毒性,也可能引起明显的代谢变化,导致假阳性结果。 代谢组学应用领域大致可以分为以下7个方面:

代谢组学方法与应用许国旺张强

第1章绪论 随着人类基因组测序工作的完成,基因功能的研究逐渐成为热点,随之出现了一系列的“组学”研究,包括研究转录过程的转录组学(transcriptomics)、研究某个生物体系中所有蛋白质及其功能的蛋白质组学(proteomics)及研究代谢产物的变化及代谢途径的代谢组学(metabolomics或metabonomics)(图1-1)。 代谢组学是众多组学中的一种,是随着生命科学的发展而发展起来的。与其他组学不同,代谢组学是通过考察生物体系(细胞、组织或生物体)受刺激或扰动后(如将某个特定的基因变异或环境变化后),其代谢产物的变化或其随时间的变化,来研究生物体系的一门科学[1]。所谓代谢组(metabolome)是基因组的下游产物也是最终产物,是一些参与生物体新陈代谢、维持生物体正常功能和生长发育的小分子化合物的集合,主要是相对分子质量小于1000的内源性小分子。代谢组中代谢物的数量因生物物种不同而差异较大,据估计,植物王国中代谢物的数量在200000种以上,单个植物的代谢物数量在5000~25000,甚至简单的拟南芥(Arabidopsisthaliana)也产生约5000种代谢产物,远远多于微生物中的代谢产物(约1500种)和动物中的代谢产物(约2500种)[2]。实际上,在人体和动物中,由于还有共存的微生物代谢、食物及其代谢物本身的再降解,到目前为止,还不能估计出到底有多少种代谢产物,浓度分布范围有7~9个数量级。因此对代谢组学的研究,无论从分析平台、数据处理及其生物解释等方面均面临诸多挑战。本章对代谢组学发展的历史、国内外现状、研究方法、典型应用领域及研究热点等给予了介绍。 1.1代谢组学简介 生命科学是研究生命现象、生命活动的本质、特征和发生、发展规律,以及各种生物之间和生物与环境之间相互关系的科学。自从1953年Watson和Crick建立了DNA 双螺旋结构模型后,生命科学研究的面貌便焕然一新。在此基础上发展的分子生物学使得生命的基本问题,如遗传、发育、疾病和进化等,都能从分子机制上得到诠释。生物学研究进入了对生命现象进行定量描述的阶段。分子生物学的飞速发展极大地推动了人们从分子组成水平对生物系统进行深人的了解。基因组计划向人们展示了包括大肠杆菌、酵母、线虫、果蝇、小鼠等模式生物以及人类的所有遗传信息的组成,生命的奥秘就存在于这些序列中。技术上的突破使得基因组数据的获得已经不再是生命

气相色谱质谱联用仪技术指标(新)

气相色谱/质谱联用仪技术指标 1.2温度:操作环境15?C~35?C 1.3 湿度:操作状态25~50%,非操作状态5~95% 2.性能指标 2.1质谱检测器 2.1.1具有网络通讯功能,可实现远程操作。结构紧凑,无需冷却水及压缩空气冷却。 2.1.2*侧开式面板,无须取下质谱仪机盖即可进行维护。玻璃窗口可显示离子源类 型,灯丝运行情况和离子源连接状态。需提供彩页证明文件。 2.1.3质量数范围:2-1000amu,以0.1amu递增

2.1.4分辨率:单位质量数分辨 2.1.5质量轴稳定性: 优于0.10amu/48小时 2.1.6灵敏度: EI:全扫描灵敏度(电子轰击源EI):1pg八氟萘(OFN),信/噪比≥ 1400:1 (扫描范围: 50-300amu) 2.1.7*仪器检出限IDL:10fg八氟萘。并提供三份以上现场安装验收报告。 2.1.8最大扫描速率:大于19,000amu/秒 2.1.9动态范围:全动态范围为106 2.1.10选择离子模式检测(SIM)最多可有100组,每组最多可选择60个离子 2.1.11质谱工作站可根据全扫描得到的数据,自动选择目标化合物的特征离子并对其进 行分组,最后保存到分析方法当中,无须手动输入。(AutoSIM) 2.1.12具有全扫描/选择离子检测同时采集功能 2.1.13两根长效灯丝的高效电子轰击源,采用完全惰性的材料制成 2.1.14*离子化能量:5~241.5eV 2.1.15离子化电流:0~315uA 2.1.16离子源温度:独立控温,150~350?C可调 2.1.17*分析器:整体石英镀金双曲面四极杆,独立温控, 106?C ~200?C。非预四极杆 加热。需提供彩页等证明文件。 2.1.18质量分析器前有T-K保护透镜。 2.1.19检测器:三维离轴,检测器。长效高能量电子倍增器 2.1.20真空系统:250升/秒以上分子涡轮泵 2.1.21气质接口温度: 独立控温,100~350℃ 2.1.22TID 痕量离子检测技术,在数据采集的过程中优化信号。 2.1.23自动归一化调谐。 2.1.24EI源可以采用氢气做为载气,CI源可以采用氨气替代甲烷气。 2.1.25具备早期维护预报功能(EMF) 2.1.26可提供质量认证功能(OQ/PV) 2.2 气相色谱仪 2.2.1 主机 2.2.1.1 电子流量控制(EPC):所有流量、压力均可以电子控制,以提高重现性,配有13路电子流量控制; 2.2.1.2 压力调节:0.001psi。 2.2.1.3 大气压力传感器补偿高度或环境变化; 2.2.1.4 程序升压/升流:3阶;

代谢组学的数据分析技术

代谢组学的数据分析技术 摘要:代谢组学是效仿基因组学和蛋白质组学的研究思想,对生物体内所有代谢物进行定量分析,并寻找代谢物与生理病理变化的相对关系的研究方式,是系统生物学的组成部分。其研究对象大都是相对分子质量1000以内的小分子物质。先进分析检测技术结合模式识别和专家系统等计算分析方法是代谢组学研究的基本方法。文章主要综述了将代谢组学中的图谱、数据信息转换为相应的参数所采用的分析方法。 关键词:代谢组学;数据分析方法 代谢组学是以代谢物分析的整体方法来研究功能蛋白如何产生能量和处理体内物质,评价细胞和体液内源性和外源性代谢物浓度及功能关系的新兴学科,是系统生物学的重要组成部分,其相应的研究能反映基因组、转录组和蛋白组受内外环境影响后相互协调作用的最终结果,更接近反映细胞或生物的表型,因此被越来越广泛地应用。而代谢组学的数据分析包括预处理和统计分析方法,多元统计分析方法主要分为两大类:非监督和监督方法,非监督方法包括主成分分析PCA;聚类分析CA等;监督方法包括显著性分析、偏最小二乘法等,本文就是主要综述代谢组学图谱信息转化为参数信息所采用的数据分析方法。 1预处理 数据的预处理过程包括以下:谱图的处理;生成原始的数据矩阵;数据的归一化以及标准化处理过程。针对实验性质、条件以及样品等因素采用不同的预处理方法。在实际应用过程中,预处理可以通过实验系统自带的软件如XCMS软件。进行,因此一般较容易获得所需的数据形式。 2数据分析方法 2.1 主成分分析PCA是多元统计中最常用的一种方法,它是在最大程度上提取原始信息的同时对数据进行降维处理的过程,其目的是将分散的信息集中到几个综合指标即主成分上,有助于简化分析和多维数据的可视化,进而通过主成分来描述机体代谢变化的情况。PCA 的具体过程是通过一种空间转换,形成新的样本集,按照贡献率的大小进行排序,贡献率最大的称为第一主成分,依次类推。经验指出,当累计贡献率大于85%时所提取的主成分就能代表原始数据的绝大多数信息,可停止提取主成分。在代谢组数据处理中,PCA是最早且广泛使用的多变量模式识别方法之一。,具有不损失样品基本信息、对原始数据进行降维处理的同时避免原始数据的共线性问题等优点,但在实际应用过程中,PCA存在着自身的缺点[1]:离群样本点的存在严重影响其生物标志物的寻找;非保守性的代谢组分扰乱正确的分类以及尺度的差异影响小浓度组分的表现等,其他的问题之前也有讨论[2]。针对PCA 的缺陷采用了不同的改进措施,与此同时,为了简化计算,侯咏佳等[3]。提出了一种主成分分析算法的FPGA实现方案,通过Givens算法和CORD IC算法的矢量旋转,用简单的移位和加法操作来实现协方差矩阵的特征分析,只需计算上三角元素,因此计算复杂度小、迭代收敛速度快。 2.2 聚类分析CA是用多元统计技术进行分类的一种方法。其主要原理是:利用同类样本应彼此相似,相类似的样本在多维空间里的彼此距离应较小,而不同类的样本在多维空间里的

顶空固相微萃取-气相色谱-质谱联用

顶空固相微萃取-气相色谱-质谱联用 分析纺织品中挥发性有机物* 蔡积进张卓旻李攻科 中山大学化学与化学工程学院,广东,广州 510275 摘要本文以顶空固相微萃取(Head Space Solid Phase Microextraction,HSSPME)和 气相色谱-质谱(GC/MS)联用技术分析纺织品中的五种常见挥发性有机物(Volatile Organic Compounds,VOCs):甲苯、4-乙烯基环己烯、苯乙烯、萘和1-苯基环己烯。 优化了顶空体积、平衡时间、萃取时间、萃取温度、搅拌速率、加盐种类和浓度以及GC/MS条件。建立了快速测定纺织品中VOCs的方法,方法对五种待测物质均具有较宽线性范围,分别为0.087~870,3.32~3320,2.28~2280,0.015~150和0.5~500 ng/g;检出限分别为0.005、0.042、0.67、0.008和0.011 ng/g。分析加标实际样品,回收率在80.1~122%之间,RSD在0.8~8.6%之间。方法符合纺织品中痕量VOCs 的快速分析要求。 关键词:固相微萃取;气相色谱-质谱;纺织品;挥发性有机物 生态纺织品标准100(Oeko-Tex Standard 100)[1]是纺织品领域通行的技术标准,严格规定了残留有毒、有害VOCs的释放量。为推动纺织品质量达到出口标准,需建立有效快速的VOCs 检测方法。由于纺织品VOCs的含量很低,常规的预富集浓缩方法很难满足分析需要,达不到相应的灵敏度要求。SPME是八十年代末Pawliszyn等[2]研制开发的一种非溶剂分析萃取技术,具有操作简单、萃取速度快、选择性和适应性好等优点。而HSSPME应用于纺织品中,一方面继承了顶空技术操作简单、不受样品基体干扰的优点;另一方面又能在采样的同时进行浓缩,大大提高了分析灵敏度。国内已有学者用SPME技术对纺织品中残留干洗溶剂(如四氯乙烯和三氯乙烯等)和驱虫剂(如二氯苯和萘等)进行分析[3~5]。本文建立了HSSPME-GC-MS联用分析纺织品中常见VOCs的分析方法,方法灵敏度高,重现性好,适合于纺织品中多种痕量挥发性有机物的分析。 1 实验 1.1 仪器及操作条件 1.1.1 仪器 SPME手动取样装置,100 μm聚二甲基硅氧烷(PDMS),电磁搅拌/加热操作台,搅拌子(3.0 mm×10.0 mm),10、15、40 mL顶端带有孔盖子和聚四氟乙烯隔垫的样品瓶(Supelco 公司)。HP-6890气相色谱仪带质谱检测(MSD-5973)配G1701B.02.05工作站(Hewlett-Packard, USA),所用色谱柱为HP-VOC熔融毛细管柱(60 m×0.32 mm×1.8 μm)。 1.1.2 GC-MS的操作条件 色谱条件:进样口温度为250 ℃,进样口关闭五分钟,不分流进样。采用程序升温,初始 资金项目:国家质检总局科研资助项目(2002IK034)、 中山大学化学院第四届创新化学实验与研究基金(批准号:03002号)。 第一作者:蔡积进(1982年出生),男,中山大学化学与化工学院材料化学专业00级 指导教师:李攻科,E-mail :cesgkl@https://www.360docs.net/doc/1016614612.html,.

代谢组学技术及在毒理学研究中的应用

代谢组学技术及在毒理学研究中的应用 摘要:代谢组学是定性和定量分析某一生物或细胞所有低分子量代谢产物,从而监测机体或活细胞中化学变化的一门科学,是系统生物学的重要组成部分。作为系统生物学重要组成部分的“代谢组学”,通过考察机体受毒物刺激后体液或组织中代谢物的整体动态变化轨迹,结合模式识别的多元分析方法,快速筛选毒性相关的分子标志物,进而更系统、更全面的揭示毒物作用于机体的典型特征,为相关毒性作用模型建立、环境或药物中毒性化学物的快速高通量筛选以及相关疾病的预防与治疗提供重要的科学依据。本文将从代谢组学的概况、代谢组学在毒理学中的应用进行综述。 关键词:代谢组学;毒理学;应用 “代谢组学”(metabonomics)是指对机体因环境因素刺激、病理生理扰动或遗传修饰等引起的多种代谢指标动态变化的系统性定量检测新方法,该技术广泛用于植物学、药理学、毒理学、遗传学等学科领域。“代谢组学”最早是在1999年由英国的Jeremy Nicholson提出的,是在利用核磁共振技术检测生物体液组成成分的基础上结合模式识别的分析方法发展而来,主要是通过考察生物体系受环境刺激或病理生理扰动后的代谢产物动态变化,分析代谢产物整体的变化轨迹,以此阐述某种病理(生理)过程中所发生的一系列生物学事件及机制。 毒理学是研究毒物与机体交互作用的一门学科,一方面探讨毒物对机体各种组织细胞、分子、特别是生物大分子作用及损害的机制,阐明毒物分子结构与其毒作用之间的关系;另一方面,也研究毒物的体内过程(吸收、分布、代谢转化、排泄)及机体防御体系对毒物作用的影响。“代谢组学”一经提出,其崭新的研究思路和无损伤的整体研究方法在包括药物开发、毒性评价及预测、营养和食物安全性评价等在内的众多领域得到日益广泛的重视和应用。 1. 代谢组学的概况 1.1代谢组学的定义及发展[1] 代谢组学是以组群指标分析为基础,以高通量检测和数据处理为手段,以信息建模与系统整合为目标的系统生物学的一个分支,是继基因组学、转录组学、

代谢组学在医药领域的应用与进展

代谢组学在医药领域的应用与进展 一、学习指导 1.学习代谢组学的概念及内涵,掌握代谢组学的研究对象与分析方法。 2.熟悉代谢组学数据分析技术手段 3.了解代谢组学优势特点 4.了解代谢组学在医药领域的应用 5.了解代谢组学发展趋势 二、正文 基因组功能解析是后基因组时代生命科学研究的热点之一,由于基因功能的复杂性和生物系统的完整性,必然要从“整体”层面上来理解构成生物体系的各个模块功能。随着新的测量技术、高通量的分析方法、先进的信息科学和系统科学新理论的发展,加上生物学研究的深入和生物信息的大量积累,使得在系统水平上研究由分子生物学发现的组件所构成的生命体系成为可能[1]。系统生物学家们认为,将生命科学上升为“综合”科学的时机已经成熟,生命科学再次回到整合性研究的新高度,逐步由分子生物学时代进入到系统生物学时代[2]。系统生物学不同以往的实验生物学仅关注个别基因和蛋白质,它要研究所有基因、蛋白质,代谢物等组分间的所有相互关系,通过整合各组成成分的信息,以数学方法建立模型描述系统结构[3,4]。 (一)代谢组学的概念及内涵 代谢组学是继基因组学、转录组学和蛋白质组学之后,系统生物学的重要组成部分,也是目前组学领域研究的热点之一。代谢组学术语在国际上有两个英文名,即metabolomics 和metabonomics。Metabolomics是由德国的植物学家Fiehn等通过对植物代谢物研究提出来的,认为代谢组学(metabolomics)是定性和定量分析单个细胞或单一类型细胞的代谢调控和代谢流中所有低分子量代谢产物,从而监测机体或活细胞中化学变化的一门科学[5]。英国Nicholson研究小组从毒理学角度分析大鼠尿液成份时提出了代谢组学(Metabonomics)的概念,认为代谢组学是通过考察生物体系受扰动或刺激后(如某个特定基因变异或环境变化后),其代谢产物的变化或代谢产物随时间的变化来研究生物体系的代谢途径的一种技术[6]。国内的代谢组学研究小组基本用metabonomics一词来表示“代谢组学”。严格地说,代谢组学所研究的对象应该包括生物系统中所有的代谢产物。但由于实际分析手段的局限性,只对各种代谢路径底物和产物的小分子物质(MW<1Kd)进行测定和分析。 (二)代谢组学优势特点 代谢组学作为系统生物学的一个重要组成部分,代谢组可以更好地反映体系表型生物机体是一个动态的、多因素综合调控的复杂体系,在从基因到性状的生物信息传递链中,机体需通过不断调节自身复杂的代谢网络来维持系统内部以及与外界环境的正常动态平衡[7]。

代谢组学技术在烟草研究中的应用进展_王小莉

2016-02,37(1)中国烟草科学 Chinese Tobacco Science 89 代谢组学技术在烟草研究中的应用进展 王小莉,付博,赵铭钦*,贺凡,王鹏泽,刘鹏飞 (河南农业大学烟草学院,国家烟草栽培生理生化研究基地,郑州 450002) 摘要:简述了作为研究植物生理生化和基因功能新方法的代谢组学在烟草研究中的主要技术流程及其应用现状,归纳了不同生态环境和不同组织中烟草代谢物差异及产生原因,总结了生物和非生物胁迫及化学诱导处理等条件下的烟草生理生化变化及相关基因功能。最后提出了目前烟草代谢组学研究所面临的问题,并指出与其他组学整合应用是代谢组学在烟草研究领域的发展趋势。 关键词:烟草;代谢组学;胁迫;化学诱导;基因功能 中图分类号:S572.01 文章编号:1007-5119(2016)01-0089-08 DOI:10.13496/j.issn.1007-5119.2016.01.016 Research of Metabolomics in Tobacco WANG Xiaoli, FU Bo, ZHAO Mingqin*, HE Fan, WANG Pengze, LIU Pengfei (College of Tobacco Science, Henan Agricultural University, National Tobacco Physiology and Biochemistry Research Center, Zhengzhou 450002, China) Abstract: Metabolomics has been considered one of the most effective means of investigating physiological and biochemical processes and gene function of plants. Here we review the main process of metabolomics and its application status in tobacco research, the regulation mechanisms of physiological and biochemical reactions when tobacco responds to different environmental, biotic and abiotic stresses, chemically induced processes and genetic modifications. Finally, issues of critical significance to current tobacco metabolomics research are discussed and it is noted that integration with other omics is the trend of metabolomics research in tobacco. Keywords: tobacco; metabolomics; stress; chemical induction; gene function 代谢组学与基因组学、转录组学和蛋白质组学分别从不同层面研究生物体对环境或基因改变的响应,它们都是系统生物学的重要组成部分。植物代谢组学是21世纪初产生的一门新学科,主要通过研究植物的次生代谢物受环境或基因扰动前后差异来研究植物代谢网络和基因功能[1-2]。与微生物和动物相比,植物的独特性在于它拥有复杂的代谢途径,目前发现的次生代谢产物达20万种以上[3]。代谢物差异是植物对基因或环境改变的最终响应[4],因此,对代谢物进行全面解析,探索相关代谢网络和基因调控机制,是从分子层面深入认识植物生命活动规律的一个重要环节[5-7]。 烟草不仅是重要的经济作物,同时还是一种重要的模式植物,作为生物反应器在研究植物遗传、发育、防御反应和转基因等领域中具有重要意义[8-10]。烟草代谢物非常丰富,目前从烟叶中已鉴定出3000多种[11],且代谢物理化性质和含量差异较大,给烟草化学及代谢规律研究带来挑战。传统的烟草化学主要集中于研究某一类化学成分或某几种重要物质,如萜类[12]、生物碱类[13]、多酚类等[14],这很难全面地系统地阐述烟草代谢网络。随着系统生物学的发展,烟草越来越广泛地被用于基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学的研究中,例如采用系统生物学的方法找出 基金项目:中国烟草总公司浓香型特色优质烟叶开发(110201101001 TS-01);上海烟草集团责任有限公司“浓香型特色优质烟叶风格定位研究及样品检测”(szbcw201201150) 作者简介:王小莉(1983-),女,博士研究生,主要从事烟草生理生化研究。E-mail:xiaoliwang325@https://www.360docs.net/doc/1016614612.html, *通信作者,E-mail:zhaomingqin@https://www.360docs.net/doc/1016614612.html, 收稿日期:2015-09-09 修回日期:2015-11-19

植物代谢组学的研究方法及其应用

植物代谢组学的研究方法及其应用 ★★★ BlueGuy(金币+3)不错,谢谢! 近年来,随着生命科学研究的发展,尤其是在完成拟南芥(Arabidopsis thaliana) 和水稻(Oryza sativa) 等植物的基因组测序后,植物生物学发生了翻天覆地的变化。人们已经把目光从基因的测序转移到了基因的功能研究。在研究DNA 的基因组学、mRNA 的转录组学及蛋白质的蛋白组学后,接踵而来的是研究代谢物的代谢组学(Hall et al.,2002)。代谢组学的概念来源于代谢组,代谢组是指某一生物或细胞在一特定生理时期内所有的低分子量代谢产物,代谢组学则是对某一生物或细胞在一特定生理时期内所有低分子量代谢产物同时进行定性和定量分析的一门新学科(Goodacre,2004)。它是以组群指标分析为基础,以高通量检测和数据处理为手段,以信息建模与系统整合为目标的系统生物学的一个分支。 代谢物是细胞调控过程的终产物,它们的种类和数量变化被视为生物系统对基因或环境变化的最终响应(Fiehn,2002)。植物内源代谢物对植物的生长发育有重要作用(Pichersky and Gang,2000)。植物中代谢物超过20万种,有维持植物生命活动和生长发育所必需的初生代谢物;还有利用初生代谢物生成的与植物抗病和抗逆关系密切的次生代谢物,所以对植物代谢物进行分析是十分必要的。 但是,由于植物代谢物在时间和空间都具有高度的动态性(stitt and Fernie,2003)。尤其是次生代谢物种类繁多、结构迥异,且产生和分布通常有种属、器官、组织以及生长发育时期的特异性,难于进行分离分析,所以人们一直在寻找更为强大的检测分析工具。在代谢物分析领域,人们已经提出了目标分析、代谢产物指纹分析、代谢产物轮廓分析和代谢表型分析、代谢组学分析等概念。20世纪90年代初,Sauter 等(1991)首先将代谢组分析引入植物系统诊断,此后关于植物代谢组学的研究逐年增多。随着拟南芥等植物的基因组测序完成以及代谢物分析手段的改进和提高,今后几年进入此研究领域的科学家和研究机构将越来越多。 1研究方法 代谢组学分析流程包括样品制备、代谢物成分分析鉴定和数据分析与解释。由于植物中代谢物的种类繁多,而目前可用的成分检测和数据分析方法又多种多样,所以根据研究对象不同,采用的样品制备、分离鉴定手段及数据分析方法各不相同。 1.1样品制备 植物代谢物样品制备分为组织取样、匀浆、抽提、保存和样品预处理等步骤(Weckwerth and Fiehn,2002)。代谢产物通常用水或有机溶剂(如甲醇和己烷等)分别提取,获得水提取物和有机溶剂提取物,从而把非极性的亲脂相和极性相分开。分析之前,通常先用固相微萃取、固相萃取和亲和色谱等方法进行预处理(邱德有和黄璐琦,2004)。然而植物代谢物千差万别,其中很多物质稍受干扰结构就会发生改变,且对其分析鉴定所采用的设备也不同。目前还没有适合所有代谢物的抽提方法,通常只能根据所要分析的代谢物特性及使用的鉴定手段选择合适的提取方法。而抽提时间、温度、溶剂成分和质量及实验者的技巧等诸多因素也将影响样品制备的水平。

代谢组学分析系统技术指标

代谢组学分析系统 1.工作条件: 1.1 电压:220V(±10%)单相,50Hz(±1)。 1.2 环境温度:19-22o C 1.3 相对湿度:<70% * 2.设备用途和基本组成 2.1 仪器用途:所提供仪器为高分辨率,高灵敏度、高通量的分析系统,配以 专业的数据分析处理软件构成代谢组学专用分析系统,从而快速 寻找标记物。 2.2 仪器组成 2.2.1 仪器由超效液相色谱-四极杆/二级碰撞室/飞行时间质谱组成的系统,和 专用代谢组学分析软件以及代谢物分析软件构成,具有先进的中医药代 谢组学研究分析功能。 * 2.2.2 质谱主机要求配置同一厂家生产的液相色谱仪,具有良好的兼容性。 * 2.2.3 具备准确质量测定功能 准确质量测定的内标必须有独立于实测样品的通道进入离子源,内标不得 干扰实际样品的数据结果,并且质量准度<2ppm。 2.2.4 真空系统 要求完全被保护的多级真空系统,具有自动断电保护功能,采用分子涡轮 泵。离子源和质谱间有隔断阀。便于源清洗和日常维护。 * 2.2.5 碰撞室具有两级碰撞功能。分为以下部分: 捕获富集单元:具有离子传输富集、碰撞室两种功能 传输单元:具有离子传输、碰撞室两种功能 * 2.2.6 检测器 检测器由单个微通道板离子计数检测,可检测正负离子和采集MS和 MS/MS的数据, TDC转换速率>4.0 GHz。 * 2.2.7 数据采集和处理系统 工作站用于仪器控制和采集, 1024MB RAM, 200GB硬盘,DVD-ROM,

刻录光盘驱动器,1.44MB 3.5英寸软驱。 软件基于Windows XP 操作系统的应用软件包括集成化的仪器控制、数据处理等软件,代谢组学分析软件以及代谢物分析软件等。 3 仪器的详细技术指标 3.1 液相色谱仪 * 液相色谱仪必须是能够耐超高压(1000bar)的超高效液相色谱仪(UPLC)。3.1.1 可编程二元梯度泵。 溶剂数量:4 流速范围:0.010 - 2mL/min,步进0.001mL/min, 流速精度:< 0.075% RSD,流速准确度:±1%, 泵耐压:0 - 15000psi(1000bar) 梯度设定范围:0 - 100% *系统延迟体积:< 120uL 3.1.2 二极管阵列检测器 波长范围:190-700nm. *测量范围:0.0001~4.0000AUFS *采样速率:40点/秒 流通池:500nl低扩散 3.1.3 自动进样器系统 样品数量:96孔板、384孔板、24x4ml瓶、48x2ml瓶 进样范围:0.1- 50 μL, “针内针”样品探针。 温度范围:4-40摄氏度 3.1.4 在线脱气系统 真空脱气:六通道在线脱气机 3.1.5 柱加热系统 控温范围:室温+5---65摄氏度 3.1.6 专用色谱柱; * 1.7μ, 2.1 mm x 50 mm Column

代谢组学在植物研究领域中的应用

Botanical Research 植物学研究, 2016, 5(1), 26-33 Published Online January 2016 in Hans. https://www.360docs.net/doc/1016614612.html,/journal/br https://www.360docs.net/doc/1016614612.html,/10.12677/br.2016.51005 Application of Metabolomics in Plant Research Guixiao La1, Xi Hao1, Xiangyang Li1, Mingyi Ou2, Tiegang Yang1* 1Industrial Crops Research Institute, Henan Academy of Agricultural Sciences, Zhengzhou Henan 2China Tobacco Guizhou Industrial Co. Ltd., Guiyang Guizhou Received: Dec. 10th, 2015; accepted: Dec. 25th, 2015; published: Dec. 30th, 2015 Copyright ? 2016 by authors and Hans Publishers Inc. This work is licensed under the Creative Commons Attribution International License (CC BY). https://www.360docs.net/doc/1016614612.html,/licenses/by/4.0/ Abstract Metabolomics is an emerging omics technology after genomics and proteomics, which can qualify and quantify all small molecular weight metabolites in an organism or cells in a short time. With the technology development of gas chromatography-mass spectrometer (GC-MS), liquid chroma-tography-mass spectrometer (LC-MS) and capillary electrophoresis-mass spectrometry (CE-MS), and the improvement of data process method and presented huge advantages, plant metabolomics has been used in multiple research fields such as functional genomics, metabolism pathway, crop improvement... In this paper, we reviewed the recent progress in plant metabolomics and the put-ative problem in this research field. Moreover, the application prospects of the plant metabolom-ics were also forecasted. Keywords Metabolomics, Plant, Advance, Prospect 代谢组学在植物研究领域中的应用 腊贵晓1,郝西1,理向阳1,欧明毅2,杨铁钢1? 1河南省农业科学院经济作物研究所,河南郑州 2贵州中烟工业有限责任公司,贵州贵阳 *通讯作者。

气相色谱-质谱联用 原理和应用介绍

气相色谱法-质谱联用 气相色谱法–质谱法联用(英语:Gas chromatography–mass spectrometry,简称气质联用,英文缩写GC-MS)是一种结合气相色谱和质谱的特性,在试样中鉴别不同物质的方法。GC-MS的使用包括药物检测(主要用于监督药物的滥用)、火灾调查、环境分析、爆炸调查和未知样品的测定。GC-MS也用于为保障机场安全测定行李和人体中的物质。另外,GC-MS 还可以用于识别物质中以前认为在未被识别前就已经蜕变了的痕量元素。 GC-MS已经被广泛地誉为司法学物质鉴定的金标方法,因为它被用于进行“专一性测试”。所谓“专一性测试”就是能十分肯定地在一个给定的试样中识别出某个物质的实际存在。而非专一性测试则只能指出试样中有哪类物质存在。尽管非专一性测试能够用统计的方法提示该物质具体是那种物质,但存在识别上的正偏差。 目录 1 历史 2 仪器设备 2.1 GC-MS吹扫和捕集 2.2 质谱检测器的类型 3 分析 3.1 MS全程扫描 3.2 选择的离子检测 3.3 离子化类型 3.3.1 电子离子化 3.3.2 化学离子化 3.4 GC-串联MS 4 应用 4.1 环境检测和清洁 4.2 刑事鉴识 4.3 执法方面的应用

4.4 运动反兴奋剂分析 4.5 社会安全 4.6 食品、饮料和香水分析 4.7 天体化学 4.8 医药 5 参考文献 6 参考书目 7 外部链接 历史用质谱仪作为气相色谱的检测器是上个世纪50年代期间由Roland Gohlke和Fred McLafferty首先开发的。当时所使用的敏感的质谱仪体积庞大、容易损坏只能作为固定的实验室装置使用。 价格适中且小型化的电脑的开发为这一仪器使用的简单化提供了帮助,并且,大大地改善了分析样品所花的时间。1964年,美国电子联合公司(Electronic Associates, Inc. 简称EAI)-美国模拟计算机供应商的先驱在开始开发电脑控制的四极杆质谱仪Robert E. Finnigan的指导下[3]开始开发电脑控制的四极杆质谱仪。到了1966年,Finnigan和Mike Uthe的EAI分部合作售出500多台四极杆残留气体分析仪。1967年,Finnigan仪器公司the (Finnigan Instrument Corporation,简称FIC)组建就绪,1968年初就给斯坦福大学和普渡大学发送了第一台GC/MS的最早雏型。FIC最后重新命名为菲尼根公司(Finnigan Corporation)并且继续持世界GC/MS系统研发、生产之牛耳。 1966年,当时最尖端的高速GC-MS (the top-of-the-line high-speed GC-MS units)单元在不到90秒的时间里,完成了火灾助燃物的分析,然而,如果使用第一代GC-MS至少需要16分钟。到2000年使用四极杆技术的电脑化的GC/MS仪器已经化学研究和有机物分析的必不可少的仪器。今天电脑化的GC/MS仪器被广泛地用在水、空气、土壤等的环境检测中;同时也用于农业调控、食品安全、以及医药产品的发现和生产中。 气质联用色谱是由两个主要部分组成:即气相色谱部分和质谱部分。气相色谱使用毛细管柱,其关键参数是柱的尺寸(长度、直径、液膜厚度)以及固定相性质(例如,5%苯基

气相色谱-质谱联用技术

气相色谱-质谱联用技术 本章目录(查看详细信息,请点击左侧目录导航) 第一节气相色谱质谱联用仪器系统 一、GC-MS系统的组成 二、GC-MS联用中主要的技术问题 三、GC-MS联用仪和气相色谱仪的主要区别 四、GC-MS联用仪器的分类 五、一些主要的国外GC-MS 联用仪产品简介 第二节气相色谱质谱联用的接口技术 一、GC-MS联用接口技术评介 二、目前常用的GC-MS接口 第三节气相色谱质谱联用中常用的衍生化方法 一、一般介绍 二、硅烷化衍生化 三、酰化衍生化 四、烷基化衍生化 第四节气相色谱质谱联用质谱谱库和计算机检索 一、常用的质谱谱库 二、NIST/EPA/NIH库及其检索简介 三、使用谱库检索时应注意的问题 四、互联网上有关GC-MS和的信息资源 第五节气相色谱质谱联用技术的应用 一、GC-MS检测环境样品中的二噁英 二、GC-MS在兴奋剂检测中的应用 三、GC-MS区分空间异构体 四、常用于GC-MS 检测提高信噪比的方法 五、GC-MS(TOF)的应用 气质联用仪是分析仪器中较早实现联用技术的仪器。自1957年霍姆斯和莫雷尔首次实现 GC-M S系统的组成 气相色谱和质谱联用以后,这一技术得到长足的发展。在所有联用技术中气质联用,即

GC-MS发展最完善,应用最广泛。目前从事有机物分析的实验室几乎都把GC-MS作为主要的定性确认手段之一,在很多情况下又用GC-MS进行定量分析。另一方面,目前市售的有机质谱仪,不论是磁质谱、四极杆质谱、离子阱质谱还是飞行时间质谱(TOF),傅里叶变换质谱(FTMS)等均能和气相色谱联用。还有一些其他的气相色谱和质谱联接的方式,如气相色谱! 燃烧炉! 同位素比质谱等。GC-MS逐步成为分析复杂混合物最为有效的手段之一。 GC-MS联用仪系统一般由图11-3-1所示的各部分组成。 气相色谱仪分离样品中各组分,起着样品制备的作用;接口把气相色谱流出的各组分送入质谱仪进行检测,起着气相色谱和质谱之间适配器的作用,由于接口技术的不断发展,接口在形式上越来越小,也越来越简单;质谱仪对接口依次引入的各组分进行分析,成为气相色谱仪的检测器;计算机系统交互式地控制气相色谱、接口和质谱仪,进行数据采集和处理,是GC-MS的中央控制单元。 GC-M S联用中主要的技术问题 气相色谱仪和质谱仪联用技术中主要着重要解决两个技术问题: 1.仪器接口 众所周知,气相色谱仪的入口端压力高于大气压,在高于大气压力的状态下,样品混合物的气态分子在载气的带动下,因在流动相和固定相上的分配系数不同而产生的各组分在色谱柱内的流速不同,使各组分分离,最后和载气一起流出色谱柱。通常色谱往的出口端为大气压力。质谱仪中样品气态分子在具有一定真空度的离子源中转化为样品气态离子。这些离子包括分子离子和其他各种碎片离子在高真空的条件下进入质量分析器运动。在质量扫描部件的作用下,检测器记录各种按质荷比分离不同的离子其离子流强度及其随时间的变化。因此,接口技术中要解决的问题是气相色谱仪的大气压的工作条件和质谱仪的真空工作条件的联接和匹配。接口要把气相色谱柱流出物中的载气,尽可能多的除去,保留或浓缩待测物,使近似大气压的气流转变成适合离子化装置的粗真空,并协调色谱仪和质谱仪的工作流量。

浅谈最常用的代谢组学分析方法

代谢组学是一门对某一生物或细胞所有低分子质量代谢产物(以相对分子质量<1000的有机和无机的代谢物为研究核心区)进行分析的新兴学科。生物样本通过NMR、GC-MS、LC-MS等高通量仪器分析检测后,能产生大量的数据,这些数据具有高维,少样本、高噪声等复杂特征,同时代谢物多且代谢物之间联系密切,因此从复杂的代谢组学数据中确定与所研究的现象有关的代谢物,筛选出候选生物标记物成为代谢物组学研究的热点和难点。 代谢组学分析数据用于统计分析时,数据集通常为一个N ×K 的矩阵(X矩阵),N表示N个样本数,每一行代表一个样品,K表示K个变量,每一列代表一个变量,在代谢组学中变量通常是指代谢物含量。常用的分析方法如图1所示: 数据分析方法 单变量分析 多变量分析差异倍数分析 显著性检验 无监督分析 有监督分析 PLS-DA PCA OPLS-DA 图1 代谢组学常用的数据分析方法 单变量分析 单变量分析方法仅分别分析单个变量,不考虑多个变量的相互作用与内在联系。具有简单性、易应用性和可解释性。但是无法基于整

体数据对所测样品的优劣、差异进行综合评价和分析。 (1)差异倍数分析 差异倍数变化大小(Fold Change,FC)表示实验组与对照组的含量比值,可以快速考察各个代谢物在不同组别之间的含量变化大小。(2)显著性检验 p值即概率,反映某一事件发生的可能性大小,用于区分该变量是否具有统计显著性,通常认为p<0.05具有统计显著性。常用的检验方法有t-test、方差分析(Analysis of Variance,ANOVA),但是由于代谢组学的变量较多,必要时需要进行多重假设检验,对p值进行校正,减少Ⅰ类错误,降低假阳性。 多变量分析 多变量分析方法能同时处理数百或数千个变量,并且能处理变量之间的相互关系。利用变量之间的协方差或相关性,使原始数据在较低维空间上的投影能尽可能地捕获数据中的信息。但是如果存在大量无信息变量可能会妨碍多变量分析的能力,无信息变量的数量越多,减少真阳性数量的效果就越显著。 多变量分析分为无监督分析方法和有监督分析方法。在代谢组学分析中无监督学习有主成分分析(Principal Component Analysis,PCA),只需要数据集X,而有监督分析方法主要是偏小二乘判别分析(Partial Least Squares Discrimination Analysis, PLS-DA)和正交偏小二乘判别分析(Orthogonal Partial Least Squares

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