基因富集分析方法研究及基因与疾病关联性分析

哈尔滨工业大学硕士学位论文

目录

摘要 ............................................................................................................................... I ABSTRACT ..................................................................................................................... I I 第1章绪论 . (1)

1.1课题的来源及研究的背景和意义 (1)

1.1.1 课题来源 (1)

1.1.2 课题的研究背景和意义 (1)

1.2国内外在该方向的研究现状及分析 (3)

1.2.1 国外研究现状 (3)

1.2.1 国内研究现状 (7)

1.3主要研究内容和论文组织结构 (7)

第2章基因富集分析方法的介绍 (9)

2.1引言 (9)

2.2常用的基因富集分析方法 (10)

2.2.1 GSEA (10)

2.2.2 GSV A (11)

2.2.3 GSCA与GSNCA (12)

2.2.4 DRAGEN (13)

2.2.5 各类方法优缺点的比较 (14)

2.3本章小结 (15)

第3章基于拓扑势的基因差异分析模型 (16)

3.1引言 (16)

3.2基于拓扑势模型算法的主要步骤 (18)

3.2.1 数据预处理 (18)

3.2.2 计算基因集的拓扑势向量 (19)

3.2.3 计算信息散度 (21)

3.2.4交叉互换最终判定差异基因集 (21)

3.3实验分析 (22)

3.3.1算法实验准备工作 (22)

3.3.2基于肠癌数据的实验 (22)

3.3.3对肠癌数据的深入分析 (26)

3.3.4与疾病相关的中心基因 (29)

IV

哈尔滨工业大学硕士学位论文

3.4本章小结 (30)

第4章基于人体调控网络的拓扑势模型 (31)

4.1引言 (31)

4.2基于HTRN网络的拓扑势模型 (32)

4.3基于网络的中心基因分析法 (33)

4.4实验分析 (34)

4.4.1 对引入网络拓扑势模型的分析 (35)

4.4.2 比较不同类别中心基因的异同 (43)

结论 (47)

参考文献 (49)

攻读硕士期间发表的论文及其它成果 (54)

哈尔滨工业大学学位论文原创性声明和使用权限 (55)

致谢 (56)

V