生物学热点问题(二)

生物学热点问题(二)
生物学热点问题(二)

生物学热点问题(一)

一、细胞工程

细胞工程是指采用细胞生物学和分子生物学的原理和方法,通过某种工程学手段,在细胞整体水平或细胞器水平上,按照人们的意愿来改变细胞内的遗传物质或获得细胞产品的一门综合科学技术。可分为植物细胞工程技术、动物细胞工程技术两大类。

理论基础--细胞全能性:生物体的每一个细胞都包含该种生物所特有的全套遗传物质,都有发育成完整个体所必需的全部基因因而具有发育为完整个体的潜能,称为细胞的全能性。从理论上讲,生物体的每一个活细胞都应该具有全能性。在生物体内,细胞并没有表现出全能性,而是分化成为不同的细胞、器官,这是基因在特定的时间、空间条件下选择性表达的结果。

(1)科学研究表明,当植物细胞脱离了原来所在植物体的器官或组织而处于离体状态时,在一定的营养物质、激素和其他外界的作用条件下,就可能表现出全能性,发育成完整的植株。

①植物组织培养是植物细胞工程中比较成熟的技术。它是指植物细胞或组织、器官脱离了植物体后,在一定的外部因素作用下,经过细胞分裂形成愈伤组织(排列疏松、无规则、高度液泡化的呈无定形状态的薄壁细胞群)从而由高度分化的状态转而脱分化,表现出全能性,由愈伤组织继续发育、分化,长成新的植株。可表示如下:

②植物体细胞杂交是用两个来自不同植物的体细胞融合成一个杂种细胞,并且把杂种细胞培育成新的植物体的方法。植物体细胞杂交的第一步就是去掉细胞壁,分离出有活力的原生质体;然后利用物理的或化学的方法使不同植物体细胞的原生质体融合。得到的杂种细胞,用植物细胞培养的方法进行培育,可以得到杂种植株。科学家们最早将番茄的原生质体和马铃薯的原生质体融合,成功地培育出"番茄马铃薯"杂种植株。在20世纪后30牛里,科学家们利用植物体细胞杂交的方法,相继培育出了烟草等植物的种内杂

种,以及烟草-海岛烟草、白菜-甘蓝、胡萝卜-羊角芹等有性杂交不亲和的种间或属间杂种。但目前这项技术还有许多理论和技术问题没有解决,仍处于研究阶段。

(2)关于动物细胞工程,常用的技术手段有动物细胞培养、动物细胞融合、单克隆抗体、胚胎移植、核移植等,其中动物细胞培养技术是其他动物工程技术的基础。

①动物细胞培养所用的培养细胞大多取自动物胚胎或出生不久的幼龄动物的器官或组织,将组织取出后先用胰蛋白酶等使组织分散成单个细胞,然后配成一定浓度的细胞悬浮液,将该悬浮液放入培养瓶中,在培养箱中培养,这个过程称为原代培养。细胞在培养瓶中贴壁培养,随着细胞的生长和增殖,细胞数量增多,需要定期地用胰蛋白酶使细胞从壁上脱离下来,配置成细胞悬浮液,分装到两个或两个以上的培养瓶中培养,这称为传代培养。动物细胞培养技术的应用是多方面的。许多有重要价值的蛋白质生物制品,如病毒苗、干扰素、单克隆抗体等,都可以借助于此项技术大规模生产。

②动物细胞融合与植物原生质体融合的基本原理是相同的,诱导融合的方法类似,动物细胞的融合还常常用到灭活的病毒作为诱导剂。很多不同种类的动物细胞之间或动物与人的细胞之间都能进行融合,形成杂种细胞,例如:人-鼠、人-兔、人-鸡、人-蛙、鼠-鸡、鼠-兔、鼠-猴等的细胞都进行融合。动物细胞融合技术最重要的用途,是制备单克隆抗体。

③单克隆抗体是指通过克隆,形成遗传物质完全相同的细胞群,这样的细胞群有可能产生出化学性质单一、特异性强的抗体,即单克隆抗体。该技术源于人们为了获得某种抗体,采用把相应抗原反复注射到动物体内然后从动物血清中分离出所需抗体的方法。用这一方法获得的抗体产量低、特异性差、纯度低、反应不够灵敏。后来科学家发现动物体内的B淋巴淋巴细胞可以产生多达百万种以上的特异性抗体,但是每一个B淋巴细胞只分泌一种特异性抗体。因此要想获得大量的单一抗体,必须用单个B淋巴细胞进行无性繁殖。但是在体外培养的条件下,一个B淋巴细胞是不可能无限繁殖的。为解决这一问题,阿根廷科学家米尔斯坦(Cesar Milstein)和德国科学家柯勒(Georges Kohler)设计了一个极富创造力的实验方案,并因此于1984年获得了诺贝尔或生理学奖。他们想:如果用一种能在体外培养的融合细胞就能大量增值,产

生足够量的特定抗体。根据这个设想,他们首先将抗原注射入小鼠体内,然后从小鼠脾脏中获得能够产生抗体的B淋巴细胞,与小鼠骨髓瘤细胞在灭活的仙台病毒或聚乙二醇的诱导下融合,再在特定的选择性培养基中筛选出杂交瘤细胞。由于杂交瘤细胞继承了双亲细胞的遗传物质,因此它不仅可以具有B淋巴细胞分泌抗体的能力,从中挑选出能够产生所需抗体的细胞群,继续培养,以获得足够数量的细胞,在体外条件下做大规模培养或注射到小鼠腹腔内增值。这样,从细胞培养或小鼠的腹水中,就可以提取大量的单克隆抗体了。单克隆抗体的制备实验成功,不仅在生物学基础理论的研究中具有重要意义,而且在实践中也有很高的实用价值。单克隆抗体在疾病的诊断、治疗和预防方面,与常规抗体相比,特异性高、灵敏度高,优越性非常明显。人们正在研究用单克隆抗体治疗,人们正在研究用单克隆抗体治疗癌症,就是在单抗体上连接抗癌药物,制成"生物导弹",定向带到癌细胞抗体治疗癌症,即消除了癌细胞,也不会伤害健康细胞。

④哺乳动物的胚胎移植:由于哺乳动物如牛、羊等,妊娠时间长,每胎产子数少,繁殖速度比较慢。为解决这一问题,科学家们采用了胚胎移植技术。以优良种牛的繁殖为例:首先用激素促进良种母牛多排卵,然后把卵细胞从母牛体内取出,在试管内与人工采集的精子进行体外受精,培育成胚胎,再把胚胎送入经过激素处理、可以接受胚胎植入的母牛子宫内,孕育成小牛产出。用这种方法得到的小牛叫做试管牛,一头良种母牛一年可繁殖这样的试管牛上百头。除了牛之外,羊、兔、猪、马、猫等动物的胚胎移植也获得了成功。

⑤核移植技术:20世纪70年代,我国科学家用核移植技术成功地培育出将鲤鱼和鲫鱼优点集于一身的、可正常繁殖的鲤鲫。具体方法是:他们用极细的玻璃管,从鲫鱼未受精的卵细胞中析出细胞核,再用同样的方法,从鲤鱼的囊胚细胞中吸出细胞核,然后把鲤鱼囊胚细胞的核移植入去核的鲫鱼未受精卵中,

形成一个组装细胞,经过精心培育长成鲤鲫,这种鱼已在北京等地推广。核移植实验不仅在鱼类移植的方法获得了克隆鱼、克隆两栖动物之后,在20世纪80-90年代,又陆续培养出了克隆牛、羊、兔、小鼠等克隆哺乳动物。

(3)叶绿体移植、线粒体移植:将分离获得的某些生物的线粒体、叶绿体转移到另一种生物细胞中去。由于这些细胞器带有本身的遗传物质,因而可以改变受体细胞的某些遗传特性,使其获得新的性状。

二、试管婴儿

(一)概念"试管婴儿"是指分别将卵子、精子取出后,在体外使其受精,并发育成胚胎后,再植回母体子宫内。因此,胚胎在体外培养的时间只有几天,最重要的目的是确定精卵能结合成功,并筛选好的胚胎植回母体,以增加怀孕成功的机会。

(二)试管婴儿进行的步骤1、药物诱发超排卵2、监测卵泡3、取卵4、取精

5、体外受精

6、胚胎体外培养

7、胚胎移植

8、胚胎移植后补充激素(黄体酮)

9、胚胎移植后14天验晨尿确定是否妊娠

10、妊娠后14天,B超检查胎儿数及胚胎着床部位。

(三)发展试管婴儿如今已发展到第三代。第一、二代分别是针对女性或男性因素导致的不孕。第三代试管婴儿在优生方面有所进步。其基本理论为:从多个受精卵中选择出基因型最好的移植。如伴Y 染色体遗传病,只要通过PGD技术选择生女儿便可以避免遗传病遗传给新生儿。

(四)不足由于其成功率每例只有30%-40%,因此移植的通常不是一枚受精卵,这种做法在带来较高成功率的同时,也带来如多胎怀孕、婴儿早产、出生时体重过重、过轻等问题,这些有可能导致新生儿患上脑瘫。

(五)说明1、试管婴儿是不是夫妻的亲生子女--由于试管婴儿是取的妻子的卵细胞,和丈夫的精子,进行受精,因此试管婴儿是该夫妇亲生的。

2、试管婴儿是不是在母体外,即试管中长大的--试管婴儿是指受精过程在体外发生,受精卵在体外培

养3-5天,形成胚胎后就移植回母体子宫,在母体子宫着床继续发育成胎儿直至分娩。所以,试管婴儿在试管中长大是一种错误的说法。

三、基因工程(一)基因工程的概念

生物技术是20世纪70年代兴起的一门新技术,也称生物工程,具体包括基因工程、细胞工程、酶工程和发酵工程。其中的基因工程,又称转基因技术,它是指将一种生物的遗传物质片断取出来,再放到另一种生物中去,使后一种生物具备新的性状。前一种生物提供的用以改造一种生物的遗传物质称为目的基因。前一种生物称为供体,后一种生物称为受体。

(二)基因工程的步骤1、获得需要的目的基因

2、将目的基因与合适的运载体(细菌质粒或病毒)结合起来成为重组DNA,这是中心环节,因此基因工程又DNA重组技术。两者的结合必须依赖于限制性内切酶、DNA合成酶的作用。

3、将目的基因通过转化或转导方法引入受体。

4、选择含有重组DNA的受体细胞,建立无性繁殖系。

5、外源目的的基因表达,形成蛋白质多肽产物。

(三)基因工程的应用1、转基因植物:世界上第一种基因移植作物是一种含有抗生素药类抗体的烟草,1983年得以培植成功。目前,国内外已取得60种以上的转基因植物,其中玉米、大豆、油菜、马铃薯、番茄和棉花等,已大面积种植。

2、转基因动物:

转基因动物技术是指通过基因工程的手段对动物基因组的结构或组成进行人为的修饰或改造,并通过相应的动物育种技术使得这些经修饰改造后的基因组在世代间得以传递和表现。

例如转基因小鼠:接受了生长激素基因;转基因羊:将外源基因在羊乳腺中表达。

3、转基因食品:转基因食品是指科学家在实验室中,把动植物的基因加以改变,再制备出具备新特征的食品种类。通过修改基因,科学家们就能够改变一个有机体的部分或全部特征。

1993年,第一种市场化的基因食品在美国出现,就是可以延迟成熟的番茄。

转基因食品,常常被称为基因改良食品,代表了可对全球粮食、饲料与纤维安全作出极大贡献的充满希望的新技术。

4、基因工程的应用十分广泛,目前人类最受益的是利用基因工程菌生产的胰岛素、生长激素、干扰素及传染病疫苗。

第二部分例题讲解

例1、基因工程DNA重组最常见的载体是

A、病毒DNA

B、细菌染色体DNA

C、植物DNA

D、动物DNA答案:A

[解析]在基因工程中DNA重组常利用病毒DNA,如大肠杆菌噬菌体DNA,动物病毒SV40DNA以及逆转录病毒DNA等,经改造后作为载体DNA。基因工程中不能用细菌、真核生物的DNA做DNA重组载体。

例2、植物体细胞杂交是培育植物新品种的新技术。杂交的第一步是分离细胞,去掉细胞壁,分离出有活性的原生质体。在不伤害细胞原生质体的条件下,分离出有活性的原生质体效果最好的一组酶是

A、纤维素酶和蛋白酶

B、纤维素酶和果胶酶

C、蛋白酶和淀粉酶

D、淀粉酶和脂肪酶答案:B。

[解析]植物体细胞杂交是一项细胞工程技术,在不伤害细胞原生质体的条件下,分离出有活性的原生质体效果最好的方法是:利用酶的催化作用促使植物细胞原生质体外的物质水解。由于植物细胞间的物质主要是果胶质,植物的细胞壁主要是纤维素,因此应选B。

第三部分单元练习

1、植物细胞表现出全能性的必要条件是

A、给予适宜的营养和外界条件

B、导入其他植物细胞的基因

C、脱离母体后,给予适宜的营养和外界条件

D、将成熟叶肉细胞的细胞核移植到去核的卵细胞内答案:C。

2、科学家将棕鼠卵丘细胞的核物质注入内部已抽空的黑鼠卵细胞内,激活以后,移入白鼠的子宫,白鼠最终产下一只克隆鼠。这只克隆鼠的体色和性别是

A、黑雄

B、黑雌

C、白雄

D、棕雌答案:D。

3、阅读下面材料,回答问题:

材料一1970年3位生物学家--Temin, Mizufani 及Balfimore发现了与原来的中心法则不同的情况。既某些致癌病毒中有一种反转录酶,有了这种酶,RNA就可以作为模板而合成DNA(cDNA)。致癌RNA 病毒就依靠这种酶形成DNA,而形成的DNA再以转录的方式产生病毒RNA。这些DNA在寄主细胞中被整合到染色体的DNA中,结果细胞不仅合成自身的蛋白质,还同时合成病毒特异的某些蛋白质,这就造成了细胞的恶性转化。

材料二用链霉素或新霉素,可使核糖体与单链的DNA结合,这一单链DNA就可代替mRNA转录成多肽。

材料三美国科学家普鲁西内尔,揭示了朊病毒的致病机理,荣获了1997年度的诺贝尔生理医学奖,朊病毒是人"雅一克氏病"和牛"疯牛病"的致病原,其化学成分只有蛋白质分子。

(1)材料一解释了()

A、遗传信息由DNA流向RNA的原因

B、遗传信息由DNA流向蛋白质的原因

C、致癌DNA病毒造成恶性转化的原因

D、致癌RNA病毒造成恶性转化的原因

(2)材料一证明了()

A、转录功能

B、逆转录功能

C、翻译功能

D、DNA转译功能

(3)材料二证明了()

A、遗传信息由RNA流向DNA

B、遗传信息由RNA流向蛋白质

C、遗传信息由DNA流向蛋白质

D、遗传信息由蛋白质流向DNA

(4)材料三证明了()(多选题)

A、蛋白质是生命活动的体现者

B、蛋白质是基因的载体

C、蛋白质是生命的最基本单位

D、在没有核酸时,蛋白质起遗传物质的作用

E、在寄生细胞内,朊病毒可以复制繁殖

(5)请根据上述材料,在最初中心法则的基础上设计出更为正确的中心法则示意图。

答案:(1)D (2)B (3)C (4)A、D、E (5)

图中实线表示遗传信息流、虚线表示对遗传信息流的调节(如酶的作用)

4、1999年4月23日晚九时,在广州中山医科大学第一附属医院,出生一健康女婴,她是我国首例第三代试管婴儿,父母身体健康。婴儿的母亲7年前生下一男婴,孩子一岁后发病,最后死于脑出血。5年后,她第二次孕,怀孕6个月时,到医院抽羊水及脐带血诊断,发现胎儿是男孩血友病的患者,逐引产。夫妇二人最后来到中山医科大学附属医院做试管婴儿。医生培养了7个可做活体检查的胚胎,并抽取每个胚胎1-2个细胞进行检查后,选择了两个女性胚胎进行移植,最后一个种植成功。根据此资料回答下列问题:

(1)试管婴儿技术作为现代生物技术,和母亲正常怀孕、生产的过程的相同之处是__________,不同点在于__________。

(2)根据该夫妇子女的性状表现,判断血友病基因为_________性致病基因,判断的依据是________。血友病基因位于___________染色体上,判断的依据是_______。

(3)医生抽取活检胚胎的1-2个细胞后,可通过观察__________判断早期胚胎的性别,如果__________,则为女性胚胎。

(4)如果用B-b表示血友病基因或正常基因,则父、母亲的基因型分别是________和_________。如果该夫妇再生一男孩,患血友病的概率是__________。医生之所以选用女性胚胎进行移植,原因是

___________。应用现代生物技术,现有人们已能够选取最理想的女性胚胎,其基因型应该是____________。自然状态下,出现这样的胚胎的概率是__________因此,该实例体现了现代科学技术应用于社会和人类生活的重要意义。

答案:

(1)双亲产生的两性生殖细胞融合为受精卵,由受精卵发育成新个体;"试管婴儿"是"体外受精"和"胚胎移植"的产物。

(2)隐,患儿的双亲身体健康。X,生男孩患病,女孩正常。

(3)性染色体的形态,性染色体为XX。

(4)X B Y,X B X b,50%,女孩虽有50%是携带者的可能性,但不会患病。X B X B,25%。

我国近年来生物化学研究热点

路漫漫其修远兮,吾将上下而求索- 百度文库 信息资源管理上机报告 我国近年来生物化学研究热点:基于共词分析视角 班级:管信1002班 学号:201003083 姓名:王秀玉

目录 目录 (1) 1 实验内容 (2) (1)文献资源检索 (2) (2)文献挖掘 (2) (3)分析当前国内生物化学领域研究热点、推测研究趋势 (2) 2 文献获取 (2) 3 关键词确定 (3) 4 其他基本信息 (5) (1)发表单位信息 (5) (2)作者信息 (5) (3)热门文章 (6) 5建立供词相关矩阵、相似矩阵、相异矩阵 (7) (1)共词矩阵 (7) (2)相似矩阵 (8) (3)相异矩阵 (8) 6 聚类分析 (9) 7 因子分析 (10) 8 结果分析 (14) (1)牛血清蛋白研究 (14) (2)热休克蛋白研究 (14) (3)对多糖的研究 (14) (4)PCR (15) (5)生物信息学 (15) (6)蛋白质组 (15) (7)代谢组学 (15) (8) 基本特性 (16) 9 总结 (16) 10 个人体会 (16)

1 实验内容 本实验是研究国内生物化学领域的研究状况和特点,通过现阶段的热点的分析,进而推测该领域在将来一段时间内的研究趋势。研究过程主要分为以下三个步骤。 (1)文献资源检索 最初对各种数据库以及搜索引擎进行初步尝试和了解,选择资料翔实全面、检索查询较为方便和精细的数据库进行文献资源的检索。最终选择了中国学术期刊网(中国知网)。其数据资料全面、查询方法多样且得到的结果比较精确,符合本次实验的要求,能够得到所需要的数据和文献全文。 (2)文献挖掘 首先对各种文献挖掘方法进行学习和掌握,特别是书中介绍的共词分析和共引分析,了解每种方法的特点与用途。之后确定自己所要研究的领域以及研究的方向和想要得到结果。接下来比较需要的结果和已掌握的方法,最终决定所需要使用的方法。确定的研究领域为生物化学,需要研究出近十年该领域的研究热点并进行适当的研究方向的预测。最终选择了共词分析的方法作为该实验文献挖掘的方法。 (3)分析当前国内生物化学领域研究热点、推测研究趋势 2 文献获取 为了探索国内生物化学领域的研究状况和特点,本实验选择中国学术期刊网(CNKI)全文数据库获取文献。文献收集过程具体如下:首先,为了保证数据的准确性和全面性,选取的文献数据来自中国知网文献分类-基础科学-生物化学子分类下的文献资料;其次,设定检索时间范围为2002年~2012年,且在前7年的文献中选取引用次数较高的文章,而在后四年选择了下载次数较多的文章,以进一步提高研究的精准度;同时,为了排除不相关文献的干扰,确保文献的查准率,还作了如下处理:一是对符合检索条件的论文进行分析,若论文只与教学相关,则主动予以放弃;二是只选择学术论文,剔除会讯、消息、信息等非学术论文;三是只挑选有关键词的文献,以便作进一步的分析处理。最后经过去重处理后, 得到相关文献1148篇。经过一系列格式处理后,最后在EXCEL中建立如下结构的二维表。(表1)

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分子生物学 第一章绪论 分子生物学研究内容有哪些方面? 1、结构分子生物学; 2、基因表达的调节与控制; 3、DNA重组技术及其应用; 4、结构基因组学、功能基因组学、生物信息学、系统生物学 第二章DNA and Chromosome 1、DNA的变性:在某些理化因素作用下,DNA双链解开成两条单链的过程。 2、DNA复性:变性DNA在适当条件下,分开的两条单链分子按照碱基互补原则重新恢复天然的双螺旋构象的现象。 3、Tm(熔链温度):DNA加热变性时,紫外吸收达到最大值的一半时的温度,即DNA分子内50%的双链结构被解开成单链分子时的温度) 4、退火:热变性的DNA经缓慢冷却后即可复性,称为退火 5、假基因:基因组中存在的一段与正常基因非常相似但不能表达的DNA序列。以Ψ来表示。 6、C值矛盾或C值悖论:C值的大小与生物的复杂度和进化的地位并不一致,称为C值矛盾或C值悖论(C-Value Paradox)。 7、转座:可移动因子介导的遗传物质的重排现象。 8、转座子:染色体、质粒或噬菌体上可以转移位置的遗传成分 9、DNA二级结构的特点:1)DNA分子是由两条相互平行的脱氧核苷酸长链盘绕而成;2)DNA分子中的脱氧核苷酸和磷酸交替连接,排在外侧,构成基本骨架,碱基排列在外侧;3)DNA分子表面有大沟和小沟;4)两条链间存在碱基互补,通过氢键连系,且A=T、G ≡ C(碱基互补原则);5)螺旋的螺距为3.4nm,直径为2nm,相邻两个碱基对之间的垂直距离为0.34nm,每圈螺旋包含10个碱基对;6)碱基平面与螺旋纵轴接近垂直,糖环平面接近平行 10、真核生物基因组结构:编码蛋白质或RNA的编码序列和非编码序列,包括编码区两侧的调控序列和编码序列间的间隔序列。 特点:1)真核基因组结构庞大哺乳类生物大于2X109bp;2)单顺反子(单顺反子:一个基因单独转录,一个基因一条mRNA,翻译成一条多肽链;)3)基因不连续性断裂基因(interrupted gene)、内含子(intron)、外显子(exon);4)非编码区较多,多于编码序列(9:1) 5)含有大量重复序列 11、Histon(组蛋白)特点:极端保守性、无组织特异性、氨基酸分布的不对称性、可修饰作用、富含Lys的H5 12、核小体组成:由组蛋白和200bp DNA组成 13、转座的机制:转座时发生的插入作用有一个普遍的特征,那就是受体分子中有一段很短的被称为靶序列的DNA会被复制,使插入的转座子位于两个重复的靶序列之间。 复制型转座:整个转座子被复制,所移动和转位的仅为原转座子的拷贝。 非复制型转座:原始转座子作为一个可移动的实体直接被移位。 第三章DNA Replication and repair 1、半保留复制:DNA生物合成时,母链DNA解开为两股单链,各自作为模板(template)按碱

细胞生物学常用研究方法

Southern杂交: 是体外分析特异DNA序列的方法,操作时先用限制性内切酶将核DNA或线粒体DNA切成DNA片段,经凝胶电泳分离后,转移到醋酸纤维薄膜上,再用探针杂交,通过放射自显影,即可辨认出与探针互补的特殊核苷序列。 将RNA转移到薄膜上,用探针杂交,则称为Northern杂交。 RNAi技术: 是指在进化过程中高度保守的、由双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)诱发的、同源mRNA高效特异性降解的现象。由于使用RNAi技术可以特异性剔除或关闭特定基因的表达,所以该技术已被广泛用于探索基因功能和传染性疾病及恶性肿瘤的基因治疗领域。可以利用siRNA或siRNA表达载体快速、经济、简便的以序列特异方式剔除目的基因表达,所以现在已经成为探索基因功能的重要研究手段。 Southern杂交一般利用琼脂糖凝胶电泳分离经限制性内切酶消化的DNA片段,将胶上的DNA变性并在原位将单链DNA片段转移至尼龙膜或其他固相支持物上,经干烤或者紫外线照射固定,再与相对应结构的标记探针进行杂交,用放射自显影或酶反应显色,从而检测特定DNA分子的含量]。 扫描电镜技术:是用一束极细的电子束扫描样品,在样品表面激发出次级电子,次级电子的多少与样品表面结构有关,次级电子由探测器收集,信号经放大用来调制荧光屏上电子束的强度,显示出与电子束同步的扫描图像。 细胞显微分光光度计:用来描述薄膜、涂层厚度超过1微米的物件的光学性能的显微技术。 免疫荧光技术:将免疫学方法(抗原抗体特异结合)与荧光标记技术结合起来研究特异蛋白抗原在细胞内分布的方法。由于荧光素所发的荧光可在荧光显微镜下检出,从而可对抗原进行细胞定位。 电镜超薄切片技术:超薄切片是为电镜观察提供极薄的切片样品的专门技术。用当代较好的超薄切片机,大多数生物材料,如果固定、包埋处理得合适,可以切成50-100微米的超薄切片。 Northern印迹杂交(Northern blot)。这是一种将RNA从琼脂糖凝胶中转印到硝酸纤维素膜上的方法。 放射自显影技术:放射自显影技术是利用放射性同位素的电离辐射对乳胶(含AgBr或AgCl)的感光作用,对细胞内生物大分子进行定性、定位与半定量研究的一种细胞化学技术。放射自显影技术(radioautography;autoradiography)用于研究标记化合物在机体、组织和细胞中的分布、定位、排出以及合成、更新、作用机理、作用部位等等。其原理是将放射性同位素(如14C和3H)标记的化合物导入生物体内,经过一段时间后,将标本制成切片或涂片,涂上卤化银乳胶,经一定时间的放射性曝光,组织中的放射性即可使乳胶感光。 核磁共振技术:可以直接研究溶液和活细胞中相对分子质量较小(20,000 道尔顿以下)的蛋白质、核酸以及其它分子的结构,而不损伤细胞。 DNA序列分析:在获得一个基因序列后,需要对其进行生物信息学分析,从中尽量发掘信

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分子生物学总结完整版 1、结构分子生物学; 2、基因表达的调节与控制; 3、DNA重组技术及其应用; 4、结构基因组学、功能基因组学、生物信息学、系统生物学 第二章DNA and Chromosome 1、DNA的变性:在某些理化因素作用下,DNA双链解开成两条单链的过程。 2、 DNA复性:变性DNA在适当条件下,分开的两条单链分子按照碱基互补原则重新恢复天然的双螺旋构象的现象。 3、 Tm(熔链温度): DNA加热变性时,紫外吸收达到最大值的一半时的温度,即DNA分子内50%的双链结构被解开成单链分子时的温度) 4、退火:热变性的DNA经缓慢冷却后即可复性,称为退火 5、假基因:基因组中存在的一段与正常基因非常相似但不能表达的DNA序列。以Ψ来表示。 6、 C值矛盾或C值悖论:C值的大小与生物的复杂度和进化的地位并不一致,称为C值矛盾或C值悖论(C-Value Paradox)。 7、转座:可移动因子介导的遗传物质的重排现象。 8、转座子:染色体、质粒或噬菌体上可以转移位置的遗传成分

9、 DNA二级结构的特点:1)DNA分子是由两条相互平行的脱氧核苷酸长链盘绕而成;2)DNA分子中的脱氧核苷酸和磷酸交替连接,排在外侧,构成基本骨架,碱基排列在外侧;3)DNA分子表面有大沟和小沟;4)两条链间存在碱基互补,通过氢键连系,且A=T、G ≡ C(碱基互补原则);5)螺旋的螺距为 3、4nm,直径为2nm,相邻两个碱基对之间的垂直距离为0、34nm,每圈螺旋包含10个碱基对;6)碱基平面与螺旋纵轴接近垂直,糖环平面接近平行 10、真核生物基因组结构:编码蛋白质或RNA的编码序列和非编码序列,包括编码区两侧的调控序列和编码序列间的间隔序列。特点:1)真核基因组结构庞大哺乳类生物大于2X109bp;2)单顺反子(单顺反子:一个基因单独转录,一个基因一条mRNA,翻译成一条多肽链;)3)基因不连续性断裂基因(interrupted gene)、内含子(intron)、外显子(exon);4)非编码区较多,多于编码序列(9:1) 5)含有大量重复序列1 1、Histon(组蛋白)特点:极端保守性、无组织特异性、氨基酸分布的不对称性、可修饰作用、富含Lys的H5 12、核小体组成: 由组蛋白和200bp DNA组成 13、转座的机制:转座时发生的插入作用有一个普遍的特征,那就是受体分子中有一段很短的被称为靶序列的DNA会被复

生物信息学的主要研究内容

常用数据库 在DNA序列方面有GenBank、EMBL和等 在蛋白质一级结构方面有SWISS-PROT、PIR和MIPS等 在蛋白质和其它生物大分子的结构方面有PDB等 在蛋白质结构分类方面有SCOP和CATH等 生物信息学的主要研究内容 1、序列比对(Alignment) 基本问题是比较两个或两个以上符号序列的相似性或不相似性。序列比对是生物信息学的基础,非常重要。两个序列的比对有较成熟的动态规划算法,以及在此基础上编写的比对软件包BLAST和FASTA,可以免费下载使用。这些软件在数据库查询和搜索中有重要的应用。 2、结构比对 基本问题是比较两个或两个以上蛋白质分子空间结构的相似性或不相似性。已有一些算法。 3、蛋白质结构预测,包括2级和3级结构预测,是最重要的课题之一 从方法上来看有演绎法和归纳法两种途径。前者主要是从一些基本原理或假设出发来预测和研究蛋白质的结构和折叠过程。分子力学和分子动力学属这一范畴。后者主要是从观察和总结已知结构的蛋白质结构规律出发来预测未知蛋白质的结构。同源模建(Homology)和指认(Threading)方法属于这一范畴。虽然经过30余年的努力,蛋白结构预测研究现状远远不能满足实际需要。 4、计算机辅助基因识别(仅指蛋白质编码基因)。最重要的课题之一 基本问题是给定基因组序列后,正确识别基因的范围和在基因组序列中的精确位置.这是最重要的课题之一,而且越来越重要。经过20余年的努力,提出了数十种算法,有十种左右重要的算法和相应软件上网提供免费服务。原核生物计算机辅助基因识别相对容易些,结果好一些。从具有较多内含子的真核生物基因组序列中正确识别出起始密码子、剪切位点和终止密码子,是个相当困难的问题,研究现状不能令人满意,仍有大量的工作要做。 5、非编码区分析和DNA语言研究,是最重要的课题之一 在人类基因组中,编码部分进展总序列的3~5%,其它通常称为“垃圾”DNA,其实一点也不是垃圾,只是我们暂时还不知道其重要的功能。分析非编码区DNA 序列需要大胆的想象和崭新的研究思路和方法。DNA序列作为一种遗传语言,不仅体现在编码序列之中,而且隐含在非编码序列之中。 6、分子进化和比较基因组学,是最重要的课题之一 早期的工作主要是利用不同物种中同一种基因序列的异同来研究生物的进化,构建进化树。既可以用DNA序列也可以用其编码的氨基酸序列来做,甚至于可通过相关蛋白质的结构比对来研究分子进化。以上研究已经积累了大量的工作。近年来由于较多模式生物基因组测序任务的完成,为从整个基因组的角度来研究分子进化提供了条件。 7、序列重叠群(Contigs)装配 一般来说,根据现行的测序技术,每次反应只能测出500或更多一些碱基对的序列,这就有一个把大量的较短的序列全体构成了重叠群(Contigs)。逐步把它们拼接起来形成序列更长的重叠群,直至得到完整序列的过程称为重叠群装配。拼接EST数据以发现全长新基因也有类似的问题。已经证明,这是一个NP-完备

现代分子生物学总结题库

第一章、基因的结构和功能实体及基因组 1、基因定义 基因(遗传因子)是遗传的物质基础,是DNA(脱氧核糖核酸)分子上具有遗传信息的特定核苷酸序列的总称,携带有遗传信息的DNA序列,是具有遗传效应的DNA分子片段,是控制性状的基本遗传单位,通过指导蛋白质的合成来表达自己所携带的遗传信息,从而控制生物个体的性状表现。 2、DNA修复 DNA修复(DNA repairing)是细胞对DNA受损伤后的一种反应,这种反应可能使DNA结构恢复原样,重新能执行它原来的功能;但有时并非能完全消除DNA的损伤,只是使细胞能够耐受这DNA的损伤而能继续生存。也许这未能完全修复而存留下来的损伤会在适合的条件下显示出来(如细胞的癌变等),但如果细胞不具备这修复功能,就无法对付经常在发生的DNA损伤事件,就不能生存。对不同的DNA损伤,细胞可以有不同的修复反应。3、DNA损伤 DNA损伤是复制过程中发生的DNA核苷酸序列永久性改变,并导致遗传特征改变的现象。情况分为:substitutation (替换)deletion (删除)insertion (插入)exon skipping (外显子跳跃)。 DNA损伤的改变类型:a、点突变:指DNA上单一碱基的变异。嘌呤替代嘌呤(A与G之间的相互替代)、嘧啶替代嘧啶(C与T之间的替代)称为转换(transition);嘌呤变嘧啶或嘧啶变嘌呤则称为颠换(transvertion)。b、缺失:指DNA链上一个或一段核苷酸的消失。c、插入:指一个或一段核苷酸插入到DNA链中。在为蛋白质编码的序列中如缺失及插入的核苷酸数不是3的整倍数,则发生读框移动(reading frame shift),使其后所译读的氨基酸序列全部混乱,称为移码突变(frame-shift mutaion)。d、倒位或转位:(transposition)指DNA链重组使其中一段核苷酸链方向倒置、或从一处迁移到另一处。 e、双链断裂:对单倍体细胞一个双链断裂就是致死性事件。 4、同源重组 同源重组,(Homologus Recombination)是指发生在姐妹染色单体(sister chromatin) 之间或同一染色体上含有同源序列的DNA分子之间或分子之内的重新组合。同源重组需要一系列的蛋白质催化,如原核生物细胞内的RecA、RecBCD、RecF、RecO、RecR等;以及真核生物细胞内的Rad51、Mre11-Rad50等等。同源重组反应通常根据交叉分子或holiday 结构(Holiday Juncture Structure) 的形成和拆分分为三个阶段,即前联会体阶段、联会体形成和Holiday 结构的拆分。 a、基因敲除 基因敲除(geneknockout),是指对一个结构已知但功能未知的基因,从分子水平上设计实验,将该基因去除,或用其它顺序相近基因取代,然后从整体观察实验动物,推测相应基因的功能。这与早期生理学研究中常用的切除部分-观察整体-推测功能的三部曲思想相似。基因敲除除可中止某一基因的表达外,还包括引入新基因及引入定点突变。既可以是用突变基因或其它基因敲除相应的正常基因,也可以用正常基因敲除相应的突变基因。 b、因转移法 同源重组(homologousrecombination)是将外源基因定位导人受体细胞染色体上的方法,因为在该座位有与导人基因同源的序列,通过单一或双交换,新基因片段可替换有缺陷的基因片段,达到修正缺陷基因的目的。位点特异性重组是发生在两条DNA链特异位点上的重组,重组的发生需一段同源序列即特异性位点(又称附着点;attachmentsite,att)和位点特异性的蛋白因子即重组酶参与催化。重组酶仅能催化特异性位点间的重组,因而重组具有特异性和高度保守性。

生物信息学复习资料

第一章 1.生物信息学:用数学的、统计的、计算的方法来解决生物问题,这基于用DNA、氨基酸及相关信息。即生物+信息学,其中生物是指从基因型到表型:DNA/基因组→RNA→蛋白质→分子网络→细胞→生理学/疾病。信息学是指从数据到发现:数据管理→数据计算→数据挖掘→模型/模拟 2.人类基因组计划:①前基因组时代(1990年前):通过序列之间的对比,寻找序列变化,确定序列功能。②基因组时代(1990年后~2001年)迅猛发展:标志性的工作包括基因寻找和识别,数据库系统的建立。③后基因组时代(2001年至今)功能基因组研究:研究内容发展到基因和基因组的功能分析,即功能基因组,学研究。从传统的还原论研究生命过程转到了整体论思想。 2001年,中美日德法英6国科学家耗费十年,联合公布人类基因组草图 3.基因芯片:又称DNA芯片,由大量DNA或寡聚核苷酸探针密集排列形成的探针阵列。原理:杂交测序方法,在一定条件下,载体上的核酸分子可以与来自样品的序列互补的核酸片段杂交,如果把样品中的核酸片段进行标记,在专用的芯片阅读仪上就可以检测到杂交信号。药物处理细胞总mRNA用Cy5标记,未处理的细胞总mRNA用Cy3标记,颜色?将两者杂交形成固相探针,包含cDNA和寡核苷酸,最后进行结果观察和信息分析。 、EMBL、DDBJ 5.数据挖掘:①理解数据和数据的来源②获取相关知识与技术③整合与检查数据④去除错误或不一致的数据⑤建立模型和假设⑥实际数据挖掘工作⑦测试和验证挖掘结果⑧解释和应用。数据挖掘中的常见算法思想:判断、聚类、关联。数据挖掘模型:①监督模型、预测模型②无监督模型:聚类分析和关联分析②数据降维:主成分分析和因子分析。 第二章: 1.Sanger法:①1977年,提出了“双脱氧核苷酸末端终止测序方法”②技术基础:PCR扩增;双脱氧核苷酸的扩增终止;电泳分离扩增片段③优点1.读取片段长 2.准确率高99.9% 缺点:1.测序通量低2.成本高、流程多④方法、原理:每个反应含有所以四种dNTP使之扩增,并混入限量的一种不同的ddNTP使之终止,由于ddNTP缺乏延伸所需要的3’-OH基团,使延长的寡聚核苷酸选择性地在G,A,T或 C 处终止,终止点由反应中相应的双脱氧而定,每一种dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调整,使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物。它们具有共同的起始点,但终止在不同的核苷酸上,可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段,凝胶处理后可以X-光胶片放射性自显影或非同位素标记进行检测 2. 第2代测序技术(2005)①特点:1.PCR反应空间限定在特定的微小载体中。降低成本,实现高通量2.边合成边测序以及平行测序②第一代测序就出现了自动化测序③Solexa步骤:(1)制备模板,单链片断固定到载片表面(2)DNA簇群生成(3)循环合成反应+荧光成像④技术基础:基于芯片或其他载体、3’受保护的荧光标记碱基、PCR ⑤优点:高通量、没有电泳的步骤,成本降低缺点:读取片段长度短、准确率下降 3.Read contig Scaffold ①Read:测序读到的碱基序列片段,测序的最小单位②contig:由reads通过对overlap区域拼接组装成的没有gap的序列段③Scaffold:通过pair ends信息确定出的contig排列,中间有gap 4.测序的应用:①遗传多样性分析②甲基化分析③研究与蛋白质结合的DNA序列特征④转录组测序 5. 转录组测序(RNA Seq):①定义:把mRNA, non-codingRNA(ncRNA) 和smallRNA全部或者其中一些用高通量测序技术进行测序分析的技术②ncRNA主要包括有:tRNA、rRNA、snRNA、核仁小分子RNA(snoRNA)、细胞质小分子RNA(scRNA)、不均一核RNA(hnRNA)、小RNA(microRNA, miRNA) ③方法:获得cell总RNA,然后根据实验需要,对RNA样品进行处理,处理好的RNA再进行片段化,然后反转录形成cRNA,获得cDNA文库,然后在cDNA片段接上接头,最后用新一代高通量测序进行测序④作用:(1)通过RNA-seq来分析基因表达量(2)通过RNA-seq分析基因表达网

分子生物学总结

分子生物学总结 1.分子生物学的三大原则 根据“序列假说”、“中心法则”这两个基本原则,分子生物学作为所有生命物质的共性学科遵循“三大原则:其一,构成生物大分子的单体是相同的。在动物、植物、微生物3大系统的所有生物物种间都具有共同的核酸语言,即构成核酸大分子的单体均是A、T(U)、C、G。所有生物物种间都具有共同的蛋白质语言,即构成蛋白质大分子的单体均是20种基本氨基酸。 其二,生物大分子单体的排列决定了不同生物性状的差异和个性特征。 其三,所有遗传信息表达的中心法是相同的。 2.简述Morgan基因论 经典基因概念:即基因是孤立的排列在染色体上的实体,是具有特定功能的,能独立发生突变和遗传交换的,“三位一体”的、最小的遗传单位。 3.简述“顺反子假说”的主要内容 顺反子理论认为:基因(即顺反子)是染色体上的一个区段,在一个顺反子内有若干个交换单位,最小的交换单位被称为交换子。在一个顺反子中有若干个突变单位,最小的

突变单位被称为突变子。在一个顺反子结构区域内,若果发生突变就会导致功能丧失,所以顺反子即基因只是一个具有特定功能的、完整的、不可分割的最小的遗传单位。 4.名词解释:等位基因、全同等位基因、非全同等位基因等位基因(allele):同一座位存在的两个不同状态的基因 全同等位基因(homoallele):在同一基因座位(locus)中,同 一突变位点(site)向不同方向 发生突变所形成的等位基因非全同等位基因(heteroallele):在同一基因座位(locus) 中,不同突变位点(site)发 生突变所形成的等位基因 5.简述DNA作为遗传物质的优点(自然选择的优势) DNA作为主要的遗传物质的优点在于: 1)储存遗传信息量大,在1kb DNA序列中,就可能编码出41000种遗传信息 2)以A / T, C / G 互补配对形成的双螺旋,结构稳定,利于复制,便于转录,可以突变以求不断进化,方便修复以求遗传稳定; 3)核糖的2’ – OH 脱氧,使其在水中的稳定性高于RNA,DNA中有T无U,消除了C突变为U带来进化中的负担

浅谈生物信息学在生物方面的应用

浅谈生物信息学在生物方面的应用 生物信息学(bioinformaLics)是以核酸和蛋白质等生物大分子数据库及其相关的图书、文献、资料为主要对象,以数学、信息学、计算机科学为主要手段,对浩如烟海的原始数据和原始资料进行存储、管理、注释、加工,使之成为具有明确生物意义的生物信息。并通过对生物信息的查询、搜索、比较、分析,从中获得基因的编码、凋控、遗传、突变等知识;研究核酸和蛋白质等生物大分子的结构、功能及其相互关系;研究它们在生物体内的物质代谢、能量转移、信息传导等生命活动中的作用机制。 从生物信息学研究的具体内容上看,生物信息学可以用于序列分类、相似性搜索、DNA 序列编码区识别、分子结构与功能预测、进化过程的构建等方面的计算工具已成为变态反应研究工作的重要组成部分。针对核酸序列的分析就是在核酸序列中寻找过敏原基因,找出基因的位置和功能位点的位置,以及标记已知的序列模式等过程。针对蛋白质序列的分析,可以预测出蛋白质的许多物理特性,包括等电点分子量、酶切特性、疏水性、电荷分布等以及蛋白质二级结构预测,三维结构预测等。 生物信息学中的主要方法有:序列比对,结构比对,蛋白质结构的预测,构造分子进化树,聚类等。基因芯片是基因表达谱数据的重要来源。目前生物信息学在基因芯片中的应用主要体现在三个方面。 1、确定芯片检测目标。利用生物信息学方法,查询生物分子信息数据库,取得相应的序列数据,通过序列比对,找出特征序列,作为芯片设计的参照序列。 2、芯片设计。主要包括两个方面,即探针的设计和探针在芯片上的布局,必须根据具体的芯片功能、芯片制备技术采用不同的设计方法。 3、实验数据管理与分析。对基因芯片杂交图像处理,给出实验结果,并运用生物信息学方法对实验进行可靠性分析,得到基因序列变异结果或基因表达分析结果。尽可能将实验结果及分析结果存放在数据库中,将基因芯片数据与公共数据库进行链接,利用数据挖掘方法,揭示各种数据之间的关系。 生物信息学在人类基因组计划中也具有重要的作用。 大规模测序是基因组研究的最基本任务,它的每一个环节都与信息分析紧密相关。目前,从测序仪的光密度采样与分析、碱基读出、载体标识与去除、拼接与组装、填补序列间隙,到重复序列标识、读框预测和基因标注的每一步都是紧密依赖基因组信息学的软件和数据库的。特别是拼接和填补序列间隙更需要把实验设计和信息分析时刻联系在一起.拼接与组装中的难点是处理重复序列,这在含有约30%重复序列的人类基因组中显得尤其突出。 人类基因组的工作草图即将完成,因此发现新基因就成了当务之急。使用基因组信息学的方法通过超大规模计算是发现新基因的重要手段,可以说大部分新基因是靠理论方法预测出来的。比如啤酒酵母完整基因组(约1300万bp)所包含6千多个基因,大约60%是通过信息分析得到的。 当人类基因找到之后,自然要解决的问题是:不同人种间基因有什么差别;正常人和病人基因又有什么差别。”这就是通常所说的SNPs(单核苷酸多态性)。构建SNPs及其相关数据库是基因组研究走向应用的重要步骤。1998年国际已开展了以EST为主发现新Spps 的研究。在我国开展中华民族SNPs研究也是至重要的。总之,生物信息学不仅将赋予人们各种基础研究的重要成果,也会带来巨大的经济效益和社会效益。在未来的几年中DNA 序列数据将以意想不到的速度增长,这更离不开利用生物信息学进行各类数据的分析和解释,研制有效利用和管理数据新工具。生物信息学在功能基因组学同样具有重要的应用目前应用最多的是同源序列比较、模式识别以及蛋白结构预测。所谓同源序列,是指从某一共同祖先经趋异进化而形成的不同序列。利用数据库搜索找出未知核酸或蛋白的同源序列,是序列分析的基础[lol。如利用BLASTn和BLASTx两种软件分别进行核苷酸和氨基

分子生物学总结

SectionA 1 三个域:真细菌,古细菌,真核生物 2 组装中的主要作用力:非共价健作用力 SectionB 1 蛋白质纯化的分析方法 2

正电荷:天冬氨酸谷氨酸 负电荷:赖氨酸精氨酸组氨酸 极性:天冬酰胺谷氨酰胺苏氨酸丝氨酸半胱氨酸 非极性:脂肪族甘氨酸丙氨酸缬氨酸亮氨酸异亮氨酸甲硫氨酸脯氨酸芳香族苯丙氨酸酪氨酸色氨酸 Cys 二硫键 Gly 无手性 Pro 亚氨基酸 芳香族氨基酸最大吸收峰280mm 3 蛋白质的一级(决定蛋白折叠及其最后的形状的最重要的因素):氨基酸脱水缩合形成肽链N端到C端共价键 二级:多肽链中空间结构邻近的肽链骨架通过氢键形成的特殊结构。 α转角 β螺旋氢键为主要作用力 三级:多肽链中的所有二级结构和其他松散肽链区域(散环结构)通过各种分子间作用力(非共价键为主),弯曲、折叠成具有特定走向的紧密球状构象。 非共价键 四级:许多蛋白分子由多条多肽链(亚基,subunits )构成。组成蛋白的各亚基以各种非共价键作用力为主,结合形成的立体空间结构即为四级结构。非共价键 4 偶极:电子云在极性共价键的两原子间不均匀分布,使共价键两端的原子分别呈现不同的电性 兼性离子:具有正电荷(碱性),又具有负电荷(酸性)的分子 双极性分子:

Section C 1核酸的光学特性: 增色性:一种化合物随着结构的改变对光的吸收能力增加的现象 减色性:一种化合物随着结构的改变对光的吸收能力减少的现象 Reason: 碱基环暴露在环境中的越多,对紫外的吸收力越强 Absorbance(吸收值):Nucleotide > ssDNA/RNA > dsDNA 核酸的最大吸收峰260mm(碱基有芳香环) 芳香族氨基酸最大吸收峰280mm A260/A280: 纯的dsDNA:1.8 纯的RNA:2.0 纯的Protein:0.5 2 Tm 值(熔解温度):热变性时,使得DNA双链解开一半所需要的温度。 Tm=2x(A+T) + 4x(G+C) Tm值与DNA分子的长度,及GC的含量成正比 Annealing(退火):热变性的DNA经过缓慢冷却后复性 快速冷却:Stay as ssDNA 缓慢冷却: 复性成dsDNA 3 脱氧核糖核酸与核糖核苷酸得到画法 4 支持双螺旋结构的两个实验:查戈夫规则X射线晶体衍射 5 双螺旋的内容: 双链之间的关系:DNA分子由两条链组成 双链反向平行(5’3’方向) 两链的碱基通过氢键互补配对,A:T; G:C。 双链序列反向互补 各基团排列方式:糖-磷酸骨架DNA分子排列在外; 碱基对平面相互平行,排列在DNA分子的内部。 空间结构为:右手双螺旋结构 每转一圈~10个碱基对,每一圈长度33.2A 双链螺旋中形成大沟,小沟。 6 碱对DNA的影响:高pH值对DNA的影响比低pH值的要小。 高pH 值(pH>11)会改变碱基构象,使DNA变性(双链解旋,成单链)RNA的影响:高pH值,2’羟基会攻击磷酸二酯键,使其断裂,形成2’,3’-环式磷酸二酯键,从而使RNA分子断裂 7 共价闭合环状DNA (convalently closed circular DNA, cccDNA)。即通过共价键结合形成的封闭环状DNA分子。 8 超螺旋DNA(Supercoil DNA):松弛型双链DNA进一步旋转后,再形成闭环结构时,就会形成DNA超螺旋结构 L=T+W 判断是否为超螺旋正负超螺旋 9 拓扑异构酶:暂时断裂DNA分子中一条或两条单链上的磷酸二酯键,改变DNA分子的连接数及拓扑状态。 功能:消除DNA复制和转录等过程产生的超螺旋。 细胞中,Ⅰ型酶与Ⅱ型酶的活性保持一种平衡状态。Ⅱ型酶的“使DNA超螺旋化”与

细胞生物学研究方法

一、章(节、目)授课计划第页

二、课时教学内容第 技术的进步在一门学科的建立与发展过程中起着巨大的作用。没有 显微镜的发明就没有细胞的发现,更不会有细胞学说的建立,没有电子显微技 术及其分子生物学技术的结合,就不会有细胞生物学今天的发展。 细胞生物学研究方法:一般来说,凡是用来解决细胞生物学问题所采用的 方法,都属于细胞生物学研究方法。当前细胞生物学研究中常用到的方法有: 核酸和蛋白质成分的分析和序列测定、研究特异DNA、RNA常用的southern杂交、Northwre杂交及蛋白质免疫印迹技术、基因打靶技术等等。 第一节细胞形态结构的观察方法 一、有关显微镜的一些概念 (1)分辨率(resolution):指分辨物体最小间隔的能力。 光学显微镜的分辨率 R=λ/N.sin(α/2). 其中λ为入射光线波长; N =介质折射率;空气中N =1 α=物镜镜口角(样品对物镜镜口的张角)。 (2)放大倍数(magnification):是指眼睛看到像的大小与对应标本大小的 比值。它指的是长度的比值而不是面积的比值。 例:放大倍数为100×,指的是长度是1μm的标本,放大后像的长度是 100μm,要是以面积计算,则放大了10,000倍。 显微镜的总放大倍数等于物镜和目镜放大倍数的乘积。 (3)有效放大倍数(effective magnification):物镜的数值孔径(NA)决 定了显微镜有效放大倍数。有效放大倍数,就是人眼能够分辨的d′与物镜的 d间的比值,即不使人眼看到假像的最小放大倍数: M=d′/d 二、显微镜的分类 现代显微镜可以分为两大类:一类是光学显微镜,另一类是非光学

生物信息学现状与展望

研究生课程考试卷 学号、姓名: j20112001 苗天锦 年级、专业:2011生物化学与分子生物学 培养层次:硕士 课程名称:生物信息学 授课学时学分: 32学时 2学分 考试成绩: 授课或主讲教师签字:

生物信息学现状与展望 摘要:生物信息学是一门新兴学科,起步于20世纪90年代,至今已进入"后基因组时代",本文对生物信息学的产生背景及其研究现状等方面进行了综述,并展望生物信息学的发展前景。生物信息学的发展在国内、外基本上都处在起步阶段。 关键词:生物信息学;生物信息学背景;发展前景 一、生物信息学概述 1.生物信息学发展历史 随着生物科学技术的迅猛发展,生物信息数据资源的增长呈现爆炸之势,同时计算机运算能力的提高和国际互联网络的发展使得对大规模数据的贮存、处理和传输成为可能,为了快捷方便地对已知生物学信息进行科学的组织、有效的管理和进一步分析利用,一门由生命科学和信息科学等多学科相结合特别是由分子生物学与计算机信息处理技术紧密结合而形成的交叉学科——生物信息学(Bioinformatics)应运而生,并大大推动了相关研究的开展, 被誉为“解读生命天书的慧眼”【1】。 研究生物细胞的生物大分子的结构与功能很早就已经开始,1866年孟德尔从实验上提出了假设:基因是以生物成分存在。1944年Chargaff发现了著名的Chargaff规律,即DNA中鸟嘌呤的量与胞嘧定的量总是相等,腺嘌呤与胸腺嘧啶的量相等。与此同时,Wilkins与Franklin用X射线衍射技术测定了DNA纤维的结构。1953年James Watson 和FrancisCrick在Nature杂志上推测出DNA 的三维结构(双螺旋)。Kornberg于1956年从大肠杆菌(E.coli)中分离出DNA 聚合酶I(DNA polymerase I),能使4种dNTP连接成DNA。Meselson与Stahl (1958)用实验方法证明了DNA复制是一种半保留复制。Crick于1954年提出了遗传信息传递的规律,DNA是合成RNA的模板,RNA又是合成蛋白质的模板,称之为中心法则(Central dogma),这一中心法则对以后分子生物学和生物信息学的发展都起到了极其重要的指导作用。经过Nirenberg和Matthai(1963)的努力研究,编码20氨基酸的遗传密码得到了破译。限制性内切酶的发现和重组DNA的克隆(clone)奠定了基因工程的技术基础【2】。自1990年美国启动人类基因组计划以来,人与模式生物基因组的测序工作进展极为迅速。迄今已完成了约40多种生物的全基因组测序工作,人基因组约3x109碱基对的测序工作也接近完成。至2000年6月26日,被誉为生命“阿波罗计划”的人类基因组计划终于完成了工作草图,预示着完成人类基因组计划已经指日可待。生物信息学已成为整个生命科学发展的重要组成部分,成为生命科学研究的前沿。 2.生物信息学研究方向 2.1 序列比对

生物信息学完整版

一、名词解释 1. 生物信息学: 1)生物信息学包含了生物信息的获取、处理、分析、和解释等在内的一门交叉学科; 2)它综合运用了数学、计算机学和生物学的各种工具来进行研究; 3)目的在于阐明大量生物学数据所包含的生物学意义。 2. BLAST(Basic Local Alignment Search Tool) 直译:基本局部排比搜索工具 意译:基于局部序列排比的常用数据库搜索工具 含义:蛋白质和核酸序列数据库搜索软件系统及相关数据库 3. PSI-BLAST:是一种迭代的搜索方法,可以提高BLAST和FASTA的相似序列发现率。 4. 一致序列:这些序列是指把多序列联配的信息压缩至单条序列,主要的缺点是除了在特 定位置最常见的残基之外,它们不能表示任何概率信息。 5. HMM 隐马尔可夫模型:一种统计模型,它考虑有关匹配、错配和间隔的所有可能的组合 来生成一组序列排列。(课件定义)是蛋白质结构域家族序列的一种严格的统计模型,包括序列的匹配,插入和缺失状态,并根据每种状态的概率分布和状态间的相互转换来生成蛋白质序列。 6. 信息位点:由位点产生的突变数目把其中的一课树与其他树区分开的位点。 7. 非信息位点:对于最大简约法来说没有意义的点。 8. 标度树:分支长度与相邻节点对的差异程度成正比的树。 9. 非标度树:只表示亲缘关系无差异程度信息。 10. 有根树:单一的节点能指派为共同的祖先,从祖先节点只有唯一的路径历经进化到达其 他任何节点。 11. 无根树:只表明节点间的关系,无进化发生方向的信息,通过引入外群或外部参考物种, 可以在无根树中指派根节点。 12. 注释:指从原始序列数据中获得有用的生物学信息。这主要是指在基因组DNA中寻找基 因和其他功能元件(结构注释),并给出这些序列的功能(功能注释)。 13. 聚类分析:一种通过将相似的数据划分到特定的组中以简化大规模数据集的方法。 14. 无监督分析法:这种方法没有内建的分类标准,组的数目和类型只决定于所使用的算法 和数据本身的分析方法。 15. 有监督分析法:这种方法引入某些形式的分类系统,从而将表达模式分配到一个或多个 预定义的类目中。 16. 微阵列芯片:将探针有规律地排列固定于载体上,与标记荧光分子的样品进行杂交,通 过扫描仪扫描对荧光信号的强度进行检测,从而迅速得出所要的信息。 17. 虚拟消化:是基于已知蛋白序列和切断酶的特异性的情况下进行的理论酶切(课件定 义)。是在已知蛋白质序列和蛋白外切酶之类切断试剂的已知特异性的基础上,由计算机进行的一种理论上的蛋白裂解反应。 18. 质谱(MS)是一种准确测定真空中离子的分子质量/电荷比(m/z)的方法,从而使分子质量 的准确确定成为可能。 19. 分子途径是指一组连续起作用以达到共同目标的蛋白质。 20. 虚拟细胞:一种建模手段,把细胞定义为许多结构,分子,反应和物质流的集合体。 21. 先导化合物:是指具有一定药理活性的、可通过结构改造来优化其药理特性而可能导致 药物发现的特殊化合物。就是利用计算机在含有大量化合物三维结构的数据库中,搜索能与生物大分子靶点匹配的化合物,或者搜索能与结合药效团相符的化合物,又称原型物,简称先导物,是通过各种途径或方法得到的具有生物活性的化学结构

分子生物学实验-心得体会

关于分子生物学实验的体会 梁慧媛(生技01级) 不知不觉间,一年的时间就这样流逝了,与分子生物实验相伴,对我而言,的确不同寻常。并不仅仅是学习生物学实验技术和方法的宝贵经历,它意味着更多。 首先是实验条件、实验过程、实验设计的完备性,从这里可以初步感受到生物学研究的科学性与严肃性,自己可以得到宝贵的机会,亲身体会生物学研究的苦辣酸甜。一直一直喜欢,得到正确实验结果时刻的畅快感,那是无法言明的欣慰感,一次身心彻底地放松,可以将所有一整天来积累的疲劳抛之身后,即使仅仅是小小的成功,也会让我们兴奋不已。在整理资料,将一年来保存的记录一遍一遍的翻看,重温其中的特别滋味,我,轻轻地笑了。我,喜欢这里,喜欢生物学。 失误是常有的,经历过吃惊、后悔、无奈,检讨分析,最后重新开始。一波三折的记忆清晰的印在脑海中,这种深深的挫折感,再试一次的勇气,我会一生记取的。 一年间,随着对生物学实验知识和技能的进一步学习,我更坚定了自己学习生物学的志向,感分子生物学实验的"试炼"。 分子生物学实验心得体会 东强(生科01级) 分子生物学实验室本科生第一次接触到了真正培养实验能力的实验课,它不同于我们在大二开的植物、动物、微生物等实验课。在这些课上,主要以制备样品并观察样品的形态、结构特征为主,这是由于我们当时正值大二,专业知识还远不够。 随着以后理论课学习的深入,我们开始了分子生物学实验的学习,这无疑对于深刻巩固我们理论课上学到的知识是有帮助的,也进一步加深了对原有知识的理解,如启动子的概念、类型、PCR的原理等。另外,在实验课中,我们掌握并学会如何运用分子生物学研究中的一些基本实验技术,如质粒的提取、总RNA的制备、PCR技术等。 我们的实验动手能力通过亲身接触实验过程并亲自设计一些实验得到了提高,使我们不再象刚开始做分子生物学实验的时候照搬实验指导上的实验步骤,而是通过我们自己的思考,根据现有的实验条件,对原有的步骤作必要的改进。 此外,通过这门实验课的学习,我们形成了严谨的态度,如有时得出的实验结果与理论不符,我们渐渐养成了仔细分析实验结果的习惯,查找在实验设计或操作过程中出现的问题,同时对理论知识认识得更清楚。 总之,我认为,分子生物学实验课,是称得上实用、精彩、有意思的好实验,对于今后我的研究或工作很有价值。

生物信息学简答题

1 简答生物信息学产生的历史必然性,以及生物信息学的研究内容。 答:历史必然性:一方面,近50年,计算机科学和信息科学已经成为发展最为迅速的学科领域。计算机应用的普及,以及各类型数据库在各行各业中的广泛应用,给各个科学的发展带来了新的契机与活力,生物领域中计算机科学和信息学的应用也日益广泛,尤其是计算生物学有了较大的突破,这一切的成果都为生物信息学的产生和发展奠定了坚实的基础。 另一方面,随着实验生物学的迅猛发展,尤其是DNA测序技术日益趋于成熟,测序速度和长度的大幅度提高,实施基因组计划已经具备了必需的实验手段。20年来,科学家完成了包括人类自身在内的约60种生物的全基因组测序,产生了大量的数据信息。而生物学数据的积累并不仅仅表现在DNA序列数据方面,与其同步的还有蛋白质一级结构数据。此外,迄今为止,已有一万多种蛋白质的空间结构以不同的分辨精度被测定。当科学家面对如潮水般涌来的数据时,数据的处理和分析就成为了科学家发现的主要“限速步骤”。数据的收集、分析和应用之间的额巨大反差,迫使全世界主要的研究机构全力转向对生物信息学技术的开发和研究。生物信息学的诞生和发展是应时所需,是历史的必然。 研究内容:⑴获取各种生物的全基因组及其他数据 ⑵新基因发现⑶单核苷酸多态性分析 ⑷基因组中非编码区域的结构与功能 ⑸从基因组水平研究生物进化及其他遗传语言的可能 ⑹全基因组的比较研究⑺蛋白质组学研究 ⑻基因功能预测⑼新药设计和定向化酶 ⑽遗传疾病的研究以及关键基因鉴定⑾生物芯片 2.生物信息学的基本原理和基本分析方法(检索/搜索,比对等) 答:建立、检索、处理、利用数学统计方法:动态规划方法、机器学习与模式识别技术、数据库技术及数据挖掘、人工神经网络技术、专家系统;分子模型化技术:量子力学和分子力学计算、生物分子的计算机模拟、因特网技术 3.通过一个具体实例分析,说明利用生物信息学进行DNA序列分析鉴定的策略 答:①慢性粒细胞性白血病WT1基因 WT1基因是人体内一个复杂的基因,它在一些恶性肿瘤患者体内呈现有规律的表达,这使它一直成为多年来研究的热点.WT1在人类多数急性白血病(AL)细胞异常地高表达,而在正常人的骨髓则无表达或极微量表达。 ②在NCBI上查询WT1基因 ③在“Top Organisms(Tree)”里选择“Homo sapiens” ④选择第8条记录结果并打开 ⑤用RepeatMasker分析和屏蔽重复序列,结果没有重复序列 ⑥通过NCBI / VecScreen在线分析载体污染,结果为“No significant similarity found”,说明无载体污染 详细步骤:a、将序列贴入,并点击【Run VecScreen】按钮 b、点击【View report 】按钮,结果如下。“No significant similarity found”,说明无载体污染 ⑦通过“NCBI / ORF Finder”在线分析得开放阅读框,然后单击OrfFind按钮 ⑧采用BDGP:Neural Network Promoter Prediction来预测该序列的启动子,可通过Home (BDGP)→ Software Tools(Analysis Tools)→ Promoter Prediction程序进入该网站。该网站能预测人和果蝇的启动子。

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