应用于天然产物研究与开发的代谢组学数据库

应用于天然产物研究与开发的代谢组学数据库
应用于天然产物研究与开发的代谢组学数据库

化学分析计量CHEMICAL ANALYSIS AND METERAGE 第28卷,第5期

2019年9月V ol. 28,No. 5Sept. 2019

128doi :10.3969/j.issn.1008–6145.2019.05.030

应用于天然产物研究与开发的代谢组学数据库

张柳,王丽瑶,张凯雪,魏冠华,杨志刚

(兰州大学药学院,兰州 730000)

摘要 代谢组学在对生物体系的小分子代谢物进行定性和定量研究中产生了大量的数据,成为天然产物研究和

开发的重要工具。一系列公开、方便且注释良好的代谢组学数据库和全功能软件的开发促进了天然产物大数据的集成、处理和解释,这不仅有利于数据的存储、管理和分析,还可作为信息共享联动的平台。基于质谱的代谢组学数据库的建立对于天然产物已知成分筛选、未知成分鉴定起着十分重要的作用。对国内外常用的代谢组学数据库及其特征进行综述,强调它们的内容、功能和应用,为数据库的选择提供理论依据,并展望代谢组学数据库的开发趋势。

关键词 天然产物;代谢组学;

质谱;数据库;全功能软件中图分类号:O657 文献标识码:A 文章编号:1008–6145(2019)05–0128–07

Metabolomics databases for natural products research and development

ZHANG Liu , WANG Liyao , ZHANG Kaixue , WEI Guanhua , YANG Zhigang

(School of Pharmacy , Lanzhou University , Lanzhou 730000, China)

Abstract Metabolomics produced a large amount of data in qualitative and quantitative studies of small molecule

metabolites in biological systems ,and had become an important tool for the research and development of natural products.

A series of open ,convenient and well-annotated metabolomics databases and full-functional software development facilitated the integration ,processing and interpretation of natural product big data ,which not only facilitated the storage ,management and analysis of data ,but also served as an information sharing platform. The establishment of a mass spectrometry-based metabolomics database played an important role in the screening of known components of natural products and the identi ?cation of unknown components. The commonly used metabolomics databases and their characteristics at home and abroad were summarized ,emphasized their contents ,functions and applications ,provided a theoretical basis for the selection of databases ,and the development tendency of metabolomics databases were prospected.

Keywords natural products; metabolomics; mass spectrometry; database; integrated software

天然产物是动物、植物、微生物等的个体或其含有的化

学成分[1],主要包括生物碱、黄酮类、皂苷类、蒽醌类、萜类、

多糖、多肽和蛋白质等。我国中草药资源丰富,从中发现结

构新颖、具有生物活性的天然产物已成为中药研发的一个重

要途径和手段,为中药现代化、国际化研究提供了新的思路,

推动中药的成分鉴定、评价和质量控制的发展[2]。

天然产物结构具有复杂性和多样性,传统的研究方法

(提取、分离、纯化和鉴定)耗时费力,且获得的大多是含量

较高、结构稳定的成分,不易得到微量、痕量或在分离过程中

容易丢失的成分,无法实现大量样品中未知成分的快速识别和高效鉴定,不能满足当前高速发展的新药研发过程。如何建立各成分快速分离和简便获取结构信息的方法是天然产物研究和开发的热点[3–4]。近年来,继基因组学、转录组学和蛋白质组学之后又一新兴的学科代谢组学成为天然产物研究的重要工具[5–6]。代谢组学旨在通过对生物体系的小分子代谢物进行大规模的定性和定量研究[7],来反映其受刺激后(如基因突变、病理生理变化以及环境变化)代谢产物的变化,因此适合天然产物高通量、快速、全面分析[8]。代谢组学最常用的分析技术是核磁共振(NMR)和质谱(MS)[9],NMR 技术分析快速、基金项目 国家重点研发计划政府间国际科技创新合作重点专项(2016YFE0129000);甘肃省中医药管理局科研课题(GZK–2015–21);兰州大

学中央高校基本科研业务费专项资金(lzujbky–2017–k26)

通讯作者 杨志刚,副教授,博士,研究方向为中药药效物质基础及代谢组学,E-mail: yangzg@https://www.360docs.net/doc/885390504.html, ;收稿日期 2019–07–01

引用格式 张柳,王丽瑶,张凯雪,等.应用于天然产物研究与开发的代谢组学数据库[J ].化学分析计量,2019,28(5): 128–134.

ZHANG L ,WANG L Y ,ZHANG K X ,et al. Metabolomics databases for natural products research and development [J ].Chemical analysis and meterage ,2019,28(5): 128–134.

代谢组学的研究方法和研究流程

代谢组学的研究方法和研究流程分子微生物学112300003林兵 随着人类基因组计划等重大科学项目的实施,基因组学、转录组学及蛋白质组学在研究人类生命科学的过程中发挥了重要的作用,与此同时, 代谢组学(metabolomics)在20世纪90年代中期产生并迅速地发展起来,与基因组学、转录组学、蛋白质组学共同组成系统生物学。基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等各种组学0在生命科学领域中发挥了重要的作用,它们分别从调控生命过程的不同层面进行研究, 使人们能够从分子水平研究生命现象, 探讨生命的本质, 逐步系统地认识生命发展的规律.这些组学手段加上生物信息学, 成为系统生物学的重要组成部分。 代谢组学的出现和发展是必要的, 同时也是必须的。对于基因组学和蛋白质组学在生命科学研究中的缺点和不足, 代谢组学正好可以进行弥补。代谢组学研究的是生命个体对外源性物质(药物或毒物)的刺激、环境变化或遗传修饰所做出的所有代谢应答, 并且检测这种应答的全貌及其动态变化。代谢组学方法为生命科学的发展提供了有力的现代化实验技术手段, 同时也为新药临床前安全性评价与实践提供了新的技术支持与保障. 1 代谢组学的概念及发展 代谢组学最初是由英国帝国理工大学Jeremy N icholson教授提出的,他认为代谢组学是将人体作为一个完整的系统,机体的生理病理过程作为一个动态的系统来研究, 并且将代谢组学定义为生物体对病理生理或基因修饰等刺激产生的代谢物质动态应答的定量测定。2000年,德国马普所的Fiehn等提出了代谢组学的概念,但是与N ichols on提出的代谢组学不同, 他是将代谢组学定位为一个静态的过程,也可以称为/代谢物组学, 即对限定条件下的特定生物样品中所有代谢产物的定性定量分析。同时Fiehn还将代谢组学按照研究目的的不同分为4类: 代谢物靶标分析,代谢轮廓(谱)分析, 代谢组学,代谢指纹分析。现在代谢组学在国内外的研究都在迅速地发展, 科学家们对代谢组学这一概念也进行了完善, 作出了科学的定义: 代谢组学是对一个生物系统的细胞在给定时间和条件下所有小分子代谢物质的定性定量分析,从而定量描述生物内源性代谢物质的整体及其对内因和外因变化应答规律的科学。 与基因组学、转录组学、蛋白质组学相同, 代谢组学的主要研究思想是全局观点。与传统的代谢研究相比, 代谢组学融合了物理学、生物学及分析化学等多学科知识, 利用现代化的先进的仪器联用分析技术对机体在特定的条件下整个代谢产物谱的变化进行检测,并通过特殊的多元统计分析方法研究整体的生物学功能状况。由于代谢组学的研究对象是人体或动物体的所有代谢产物, 而这些代谢产物的产生都是由机体的内源性物质发生反应生成的,因此,代谢产物的变化也就揭示了内源性物质或是基因水平的变化,这使研究对象从微观的基因变为宏观的代谢物,宏观代谢表型的研究使得科学研究的对象范围缩小而且更加直观,易于理解, 这点也是代谢组学研究的优势之一. 代谢组学的优势主要包括:对机体损伤小,所得到的信息量大,相对于基因组学和蛋白质组学检测更加容易。由于代谢组学发展的时间较短, 并且由于代谢组学的分析对象是无偏向性的样品中所有的小分子物质,因此对分析手段的要求比较高, 在数据处理和模式识别上也不成熟,存在一些不足之处。同时生物体代谢物组变化快, 稳定性较难控制,当机体的生理和药理效应超敏时,受试物即使没有相关毒性,也可能引起明显的代谢变化,导致假阳性结果。 代谢组学应用领域大致可以分为以下7个方面:

代谢组学的数据分析技术

代谢组学的数据分析技术 摘要:代谢组学是效仿基因组学和蛋白质组学的研究思想,对生物体内所有代谢物进行定量分析,并寻找代谢物与生理病理变化的相对关系的研究方式,是系统生物学的组成部分。其研究对象大都是相对分子质量1000以内的小分子物质。先进分析检测技术结合模式识别和专家系统等计算分析方法是代谢组学研究的基本方法。文章主要综述了将代谢组学中的图谱、数据信息转换为相应的参数所采用的分析方法。 关键词:代谢组学;数据分析方法 代谢组学是以代谢物分析的整体方法来研究功能蛋白如何产生能量和处理体内物质,评价细胞和体液内源性和外源性代谢物浓度及功能关系的新兴学科,是系统生物学的重要组成部分,其相应的研究能反映基因组、转录组和蛋白组受内外环境影响后相互协调作用的最终结果,更接近反映细胞或生物的表型,因此被越来越广泛地应用。而代谢组学的数据分析包括预处理和统计分析方法,多元统计分析方法主要分为两大类:非监督和监督方法,非监督方法包括主成分分析PCA;聚类分析CA等;监督方法包括显著性分析、偏最小二乘法等,本文就是主要综述代谢组学图谱信息转化为参数信息所采用的数据分析方法。 1预处理 数据的预处理过程包括以下:谱图的处理;生成原始的数据矩阵;数据的归一化以及标准化处理过程。针对实验性质、条件以及样品等因素采用不同的预处理方法。在实际应用过程中,预处理可以通过实验系统自带的软件如XCMS软件。进行,因此一般较容易获得所需的数据形式。 2数据分析方法 2.1 主成分分析PCA是多元统计中最常用的一种方法,它是在最大程度上提取原始信息的同时对数据进行降维处理的过程,其目的是将分散的信息集中到几个综合指标即主成分上,有助于简化分析和多维数据的可视化,进而通过主成分来描述机体代谢变化的情况。PCA 的具体过程是通过一种空间转换,形成新的样本集,按照贡献率的大小进行排序,贡献率最大的称为第一主成分,依次类推。经验指出,当累计贡献率大于85%时所提取的主成分就能代表原始数据的绝大多数信息,可停止提取主成分。在代谢组数据处理中,PCA是最早且广泛使用的多变量模式识别方法之一。,具有不损失样品基本信息、对原始数据进行降维处理的同时避免原始数据的共线性问题等优点,但在实际应用过程中,PCA存在着自身的缺点[1]:离群样本点的存在严重影响其生物标志物的寻找;非保守性的代谢组分扰乱正确的分类以及尺度的差异影响小浓度组分的表现等,其他的问题之前也有讨论[2]。针对PCA 的缺陷采用了不同的改进措施,与此同时,为了简化计算,侯咏佳等[3]。提出了一种主成分分析算法的FPGA实现方案,通过Givens算法和CORD IC算法的矢量旋转,用简单的移位和加法操作来实现协方差矩阵的特征分析,只需计算上三角元素,因此计算复杂度小、迭代收敛速度快。 2.2 聚类分析CA是用多元统计技术进行分类的一种方法。其主要原理是:利用同类样本应彼此相似,相类似的样本在多维空间里的彼此距离应较小,而不同类的样本在多维空间里的

天然产物研究进展

天然产物研究进展 姓名:张真真学号:20115051247 化学化工学院化学专业 指导老师:曹新华职称:讲师 摘要:随着社会的不断发展,科技的不断进步,人们的各种观念也在随之改变。特别是对身心的健康越来越重视,对环境、食物、医药、日常用品等要求也是越来越高。所以没有危害成份的纯天然产物就越来越受广大人群的喜爱,于是关于天然产物的研究也随之兴起。 关键词:原生生物;再生生物;淀粉;油脂;生态环境 引言 天然产物是指动物、植物、昆虫、海洋生物和微生物体内的组成成分或其代谢产物以及人和动物体内许许多多内源性的化学成分统称作天然产物。随着生态系统的日益破坏,物种多样性的减少将直接影响到天然物的多样性。越来越多的国家和科研机构开始重视,并投入了大量的人力和财力开展对天然产物的研究。天然产物的研究,近代发展到了一个新的高峰。由于分离手段的进步和现代波谱仪器的普及,使天然产物的分离与结构鉴定相对变得较为容易。发现新化合物的速度大大加快。 1原生生物资源的研究 直接以原生生物力为研究对象。对原生生物中有开发价值的生物成分进行研究,然后再研究这些成分的应用,最后进行工业性试验。如黄栌化学成分的研究[1]是在研究化学成分的基础上,直接利用其叶提取工业桔酸。类似的研究如甜味素[2]、天然色素[3]、精油[4]等的开发。 1.1 天然甜味剂、色案及香精 已发现二十多种植物含有天然甜味素成分[5]。目前已开发的有甜叶菊甘、甘草甜素等。天然甜味素以其安全性而引人注意。 天然色素主要着重于红、黄、兰三种天然色素主要着重于红、黄、兰三种色素的开发,如从辣椒、仙人果、火刺、苋菜等植物中提取红色素,从姜黄中提取

天然药物化学研究与新药开发-胡国强

天然药物化学研究与新药开发 姓名:曹宁专业:药理学学号:104753141002 摘要: 自从有人类历史以来, 天然药物一直是人类防病治病的主要来源。天然产 物是自然界的生物历经千百万年的进化过程通过自然选择保留下来的二次代谢产物, 具有化学多样性、生物多样性和类药性。临床上应用的许多药物都直接或间接来源于天然产物, 如天然产物可作为药物半合成的前体物、药物化学合成的模板以及为药物设计提供了新的思路。但是在20 世纪80~ 90 年代, 由于受高通量筛选和组合化学的影响, 天然药物的研究一度进入低谷。近10 年来天然药物化学在新药研发 中的作用又重新受到科学家的重视, 天然产物已成为发现治疗重大疾病的药物或重要先导化合物的主要源泉之一。现就天然药物化学在新药开发中的作用进行了回顾与总结, 并对其前景进行了展望。 关键词: 天然药物化学; 新药研发; 回顾与展望 21 世纪是世界制药工业充满生机和剧烈竞争的世纪, 我国制药产业由于研发 能力严重滞后等原因, 许多制药公司面临生死存亡的关键选择。制药产业是国际公认的国际化朝阳产业, 药品是国际贸易交换量最大的15 类产品之一, 也是国际贸 易中增长最快的5 类产品之一。药物作为保障人类生命与健康的特殊商品, 也决定了药物研发过程的复杂性和艰巨性, 因此药物制造业成为高投入、高风险、高科技、长周期, 但是高利润的产业。由于世界各国法律赋予新药的特殊地位使其在一定时期内具有垄断性质, 同时新药开发并成功上市往往为药厂带来极其巨大的利润, 所以开发新药是世界各大药企争取市场份额、扩大利润的重要途径, 寻找新的先导化合物开发新药被各大制药企业视为生命线。目前合成药物开发难度越来越大, 表现在开发费用激增、周期延长、成功率大幅下降、造成的环境污染越来越严重等, 所以科学家又重新将新药开发的目光关注到天然产物上, 尤其是天然抗癌药物紫杉醇( tax ol) 的发现更使科学家对从天然产物中发现新药充满了信心。地球上存在的25~ 35 万种高等植物一直是药物的主要来源, 至今世界上仍有约75% 的人口主要 依靠这些高等植物作为最基本医疗保健来源, 植物提取物是国际天然医药保健品市场上一种新的产品形态[ 1]。自然界的生物在其漫长的进化过程中合成了许许多多结

代谢组学在医药领域的应用与进展

代谢组学在医药领域的应用与进展 一、学习指导 1.学习代谢组学的概念及内涵,掌握代谢组学的研究对象与分析方法。 2.熟悉代谢组学数据分析技术手段 3.了解代谢组学优势特点 4.了解代谢组学在医药领域的应用 5.了解代谢组学发展趋势 二、正文 基因组功能解析是后基因组时代生命科学研究的热点之一,由于基因功能的复杂性和生物系统的完整性,必然要从“整体”层面上来理解构成生物体系的各个模块功能。随着新的测量技术、高通量的分析方法、先进的信息科学和系统科学新理论的发展,加上生物学研究的深入和生物信息的大量积累,使得在系统水平上研究由分子生物学发现的组件所构成的生命体系成为可能[1]。系统生物学家们认为,将生命科学上升为“综合”科学的时机已经成熟,生命科学再次回到整合性研究的新高度,逐步由分子生物学时代进入到系统生物学时代[2]。系统生物学不同以往的实验生物学仅关注个别基因和蛋白质,它要研究所有基因、蛋白质,代谢物等组分间的所有相互关系,通过整合各组成成分的信息,以数学方法建立模型描述系统结构[3,4]。 (一)代谢组学的概念及内涵 代谢组学是继基因组学、转录组学和蛋白质组学之后,系统生物学的重要组成部分,也是目前组学领域研究的热点之一。代谢组学术语在国际上有两个英文名,即metabolomics 和metabonomics。Metabolomics是由德国的植物学家Fiehn等通过对植物代谢物研究提出来的,认为代谢组学(metabolomics)是定性和定量分析单个细胞或单一类型细胞的代谢调控和代谢流中所有低分子量代谢产物,从而监测机体或活细胞中化学变化的一门科学[5]。英国Nicholson研究小组从毒理学角度分析大鼠尿液成份时提出了代谢组学(Metabonomics)的概念,认为代谢组学是通过考察生物体系受扰动或刺激后(如某个特定基因变异或环境变化后),其代谢产物的变化或代谢产物随时间的变化来研究生物体系的代谢途径的一种技术[6]。国内的代谢组学研究小组基本用metabonomics一词来表示“代谢组学”。严格地说,代谢组学所研究的对象应该包括生物系统中所有的代谢产物。但由于实际分析手段的局限性,只对各种代谢路径底物和产物的小分子物质(MW<1Kd)进行测定和分析。 (二)代谢组学优势特点 代谢组学作为系统生物学的一个重要组成部分,代谢组可以更好地反映体系表型生物机体是一个动态的、多因素综合调控的复杂体系,在从基因到性状的生物信息传递链中,机体需通过不断调节自身复杂的代谢网络来维持系统内部以及与外界环境的正常动态平衡[7]。

标书具有重要生物活性的天然产物的化学合成

项目名称:具有重要生物活性的天然产物的化学合 成 首席科学家:马大为中国科学院上海有机化学研究 所 起止年限:2010年1月-2014年8月 依托部门:上海市科委

一、研究内容 本项目的关键科学问题是针对具有重要生物活性的复杂天然产物,发展高效和实用的合成路线,以及阐明它们的结构–活性关系和作用机制。 本项目的将选择一批具有抗癌、抗炎、抗病毒和免疫等活性的生物碱、环酯肽、皂甙和萜类天然产物为研究对象,在综合运用化学各学科新概念、新知识和新技术的基础上,根据目标分子的结构进行巧妙设计,发展高效、高选择性的合成策略,实现一系列具有生物活性复杂天然产物的化学合成。在合成方式上将重点发展基于串联反应、多组分反应、无保护基合成、原子经济性、催化反应的应用和仿生合成等新合成策略。通过合成建立天然产物和其类似物的化合物库,与生物学家合作进行活性测试,总结相关天然产物的结构-活性关系。在此基础上发展用于化学生物学研究的天然产物分子探针,以发现相应天然产物的作用靶点。对于所发现的活性和选择性更好的化合物,我们将深入探索其成为治疗重要疾病药物的可能性。在进行目标分子的合成和相关生物学研究的同时,也将关注合成中的反应方法学问题,发展一些高效、选择性好、具有普适性的新合成方法。本项目具体的研究内容的如下: 1.开展一些具有具有抗癌、抗炎、抗菌、抗病毒等活性,结果新颖,目前还没 有全合成的报道,有一定的合成挑战性的天然产物进行全合成研究,争取实现它们的第一次全合成。这样的工作也为加快后续的构效关系研究和结构优化打下基础。所涉及的目标分子包括具有抗癌、抗炎、抗菌、抗病毒等活性的生物碱类化合物PF1270A/ B/C, Longeracinphyllin A, Sie b oldine A和Haouamine A/B;环肽类化合物Piperazimycin A, Chloptosin和Celogentin C;皂甙和萜类化合物Sepositoside A, Solanoeclepin A, Micrandilactone

天然产物的研究发展趋势

天然产物的研究发展趋势 随着社会的不断发展,科技的不断进步,人们的各种观念也在随之改变。特别是对身心的健康越来越重视,对环境、食物、医药、日常用品等要求也是越来越高。所以没有危害成份的纯天然产物就越来越受广大人群的喜爱,于是关于天然产物的研究也随之兴起。 天然产物是指动物、植物、昆虫、海洋生物和微生物体内的组成成分或其代谢产物以及人和动物体内许许多多内源性的化学成分统称作天然产物。近年来,对天然生物产物的研究逐渐扩展和深入,尤其是海洋生物活性物质的开发利用。概括的讲,天然产物是指通过精细化工、生物化学技术,从天然原料中提取分离出的具有独特功能和生物活性的化合物。 自然界中的生物千差万别,种类繁多。它们含有大量天然有机化合物,包括一级代谢产物,也包括大量二级代谢产物。这些产物不仅对生物体本身的防御、生理的调节起重要作用,而且也对人类的健康做出了非常重要的贡献。随着人们健康意识的不断提高,对生物来源的诸多生物活性物质重要性的认识也不断提高。对天然生物产物特有的化学结构复杂性和生物活性多样性的研究,不仅直接激发有机化学学科的发展,面有是有机化学进入生命科学的自然通道,并可促成从分子水平认识并揭示生命的奥秘。目前研究的天然生物活性物质以植物生物活性物质为主,对动物、微生物的生物活性物质研究也较多,特别是对海洋生物的研究迅速发展。 来源于植物界的有效成分主要有黄酮类、生物碱类、多糖类、挥发油类、醌类、萜类、木脂素类、香豆素类、皂苷类、强心苷类、酚酸类及氨基酸与酶等。 微生物是包括细菌、病毒、真菌以及一些小型的原生动物等在内的一大类生物群体,它个体微小,却与人类生活密切相关。能够提供有效成分的主要是真核生物中的真菌与藻类,以及其他微生物的代谢(发酵)产物。来源于微生物及发酵液的有效成分主要有多糖类、酶类、抗生素类、色素类、氨基酸类、有机酸类、醇酮类、维生素类、核酸类等等。 海洋占地球表面积的71%,生物量约占地球生物总量的87%,生物种类20多万种,是地球上最大的资源能源宝库,目前人们对海洋生物的认识仍相当有限,利用率仅1%左右。到目前为止海洋天然产物有效成分主要有甾醇、萜类、皂甙、不饱和脂肪酸、多糖和糖苷、大环内酯、聚醚类化合物和多肽等。 人类从动植物资源中获取食品、染料、医药及其它工业原料,已有悠久的历史。据估计世界上现存植物约60万种,但做过化学及药理研究的还不到10%。我国是世界上拥有夸特种类最多的国家之一,对药用植物的使用历史之悠久、经验之丰富居世界前列,但对其化学和药理的研究却落后于一些发达国家。所以近几年来,日、美、法等国的有关学者对我国西南、西北地区的药用植物产生了极大的兴趣。我国不仅陆地上植物种类繁多,海洋药用生物的品种也极为丰富。近十多年来一些发达国家对海洋生物的研究有了蓬勃发展,从中发现了不少具有生理活性的结构特殊的化合物,如从海葵中得到的海葵毒素是目前已知最毒的非蛋白神经毒素。我国南海广泛存在的珊瑚、海绵等海洋生物种类繁多,对它们的研究是70年代后期才起步,但也获得一些具有独特生理活性的物质,有的化合物的碳骨架是陆地生物中极少见或尚未发现的。所以开展药用植物及海洋生物的研究不仅可以开辟药源,弘扬祖国传统医学,而且一些新化合物的发现及合成必然促进有机化学学科的发展,具有深远的意义。 随着多学科的相互渗透与交叉,天然产物研究与生物学研究越来越密切, 天然药

代谢组学分析技术的新进展

系统生物学的飞速发展促使科学研究体系发生了巨大 变化,研究理念从以往的“个体论”过渡到当今的“整体论”。而各种“组学”的研究也应运而生,代谢组学即是其中一个重要分支。代谢物是细胞生理活动的最终产物。当细胞所处环境发生变化,如遗传信息改变、毒物药物作用、细菌病毒侵入等时,均会使细胞产生的内源性生物小分子发生相应变化,而代谢组学就是通过研究这些小分子物质来推断生物系统对基因或环境变化而产生的最终应答[1-4]。代谢组学作为一门新兴学科,已广泛应用于毒理学研究、药物研发、疾病的诊断和治疗等方面。与此同时,代谢组学的分析技术也随着研究的深入而不断发展。 代谢组学的概念 早在1983年,Nicholson等[5]首先应用核磁共振氢谱(1H NMR)来检测血浆、血清中的小分子代谢物。而直到1999年,Nicholson等[6]才正式将代谢组学定义为,以动物的体液和组织为研究对象,研究生物体对病理生理刺激或基因修饰产生的代谢物质其质和量的动态变化,关注的对象为相对分子质量在1000以下的小分子化合物。2000年,Fiehn等[7]正式提出“代谢组学(metabolomics)”这个名词。 Fiehn[3]将生物体系的代谢产物分析分为4个层次。 ①代谢物靶标分析:可对代谢物组中某一个特定的组分进行分析,主要用于筛选和要求高灵敏度物质的分析。②代谢物谱分析:可对一种特定的代谢物进行分析,如碳水化合物、氨基酸等,主要在药物研究中描述特定化学药品分解代谢途径[8]。代谢物谱这个概念目前应用已十分广泛,甚至已代替原有的“代谢组学”概念[9]。③代谢物组分析:可在限定条件下对特定生物样品中所有代谢物组分进行定性和定量分析。代谢物组包括细胞内代谢物及细胞外液代谢物,必须要有严格的样品制备和分析技术。④代谢物指纹分析:细胞产生的代谢物通过核磁共振(NMR)或质谱(MS)分析,得到的光谱就是这个代谢物的“指纹”。这种分析方法不分离鉴定具体单一组分,只是对样品进行快速分类。 代谢组学相关技术及进展 代谢组学研究过程包括3个步骤,即样品的制备、代谢物的分离和检测、数据分析及模型的建立[10]。 一、代谢组学的研究样品 因尿液、血清或血浆包含上百种待测物质,获取途径也较方便,已成为目前代谢组学研究中最常用的样本[11],其他如脑脊液、胆汁、消化液、唾液、精液、羊水等,亦可作为代谢组学研究的样本。 血液样本反映机体对病理或生理刺激的瞬时信息,评价机体的动态平衡。尿液标本常包含一段时间内产生的代谢信息,反映机体当前的生理或病理状态、生物学年龄,也可预测各种先天不足或外环境影响的致病率。组织包含的代谢物可帮助判断该组织所属器官发生生物学进程改变后所产生的分子信息,因此可用来解释机体如何对刺激作出生化应答[11]。 当然,因为样本的制备过程及获取途径不同,选取不同样本,得到的数据会有相应差异。如在血制品中,血浆和血清都可作为代谢组学的研究样本。Liu等[12]通过气相色谱-飞行时间质谱(GC-TOF-MS)方法分别检测血清和血浆中的代谢物谱,发现在血清或血浆的准备过程中,血液的待检时间会影响代谢物的峰面积。这对血浆的影响更大,等待时间越长,血清中某些代谢物含量会显著增高,而血浆中则大大减少,故认为血清更适合作为代谢组学的研究样本。 样品存储也是代谢组学研究中一个重要的环节,主要目的就是尽可能保留最原始的代谢信息,避免实验误差。最佳保存方式是液氮或-80℃的低温冰箱。 二、代谢产物分析技术 NMR光谱技术和MS技术是目前最常用的2种代谢组学分析方法。 1.NMR光谱:NMR技术是最早被用于代谢组学研究的技术之一[5],其利用原子核在磁场中的能量变化来获得相关核信息。目前常用的有1H-NMR、碳谱(13C-NMR)和磷谱(31P-NMR),其中以1H-NMR应用最为广泛[13]。 NMR技术几乎不需要进行样品前处理,可快速对样本进行分析,即使样本量极少,也可获得大量信息[14]。NMR为非侵入性操作,不破坏样本,是现有代谢组学分析技术中唯一能用于活体和原位研究的技术。同时利用NMR弛豫特性 ·综述· 代谢组学分析技术的新进展 邱青青,燕敏,李琛 (上海交通大学医学院附属瑞金医院外科,上海200025)关键词:代谢组学;分析技术;核磁共振氢谱 中图分类号:R364.2文献标识码:C文章编号:1671-2870(2011)01-0082-04 基金项目:上海市自然科学基金(10411967000) 通讯作者:李琛E-mail:leechendoc@https://www.360docs.net/doc/885390504.html,

代谢组学技术在烟草研究中的应用进展_王小莉

2016-02,37(1)中国烟草科学 Chinese Tobacco Science 89 代谢组学技术在烟草研究中的应用进展 王小莉,付博,赵铭钦*,贺凡,王鹏泽,刘鹏飞 (河南农业大学烟草学院,国家烟草栽培生理生化研究基地,郑州 450002) 摘要:简述了作为研究植物生理生化和基因功能新方法的代谢组学在烟草研究中的主要技术流程及其应用现状,归纳了不同生态环境和不同组织中烟草代谢物差异及产生原因,总结了生物和非生物胁迫及化学诱导处理等条件下的烟草生理生化变化及相关基因功能。最后提出了目前烟草代谢组学研究所面临的问题,并指出与其他组学整合应用是代谢组学在烟草研究领域的发展趋势。 关键词:烟草;代谢组学;胁迫;化学诱导;基因功能 中图分类号:S572.01 文章编号:1007-5119(2016)01-0089-08 DOI:10.13496/j.issn.1007-5119.2016.01.016 Research of Metabolomics in Tobacco WANG Xiaoli, FU Bo, ZHAO Mingqin*, HE Fan, WANG Pengze, LIU Pengfei (College of Tobacco Science, Henan Agricultural University, National Tobacco Physiology and Biochemistry Research Center, Zhengzhou 450002, China) Abstract: Metabolomics has been considered one of the most effective means of investigating physiological and biochemical processes and gene function of plants. Here we review the main process of metabolomics and its application status in tobacco research, the regulation mechanisms of physiological and biochemical reactions when tobacco responds to different environmental, biotic and abiotic stresses, chemically induced processes and genetic modifications. Finally, issues of critical significance to current tobacco metabolomics research are discussed and it is noted that integration with other omics is the trend of metabolomics research in tobacco. Keywords: tobacco; metabolomics; stress; chemical induction; gene function 代谢组学与基因组学、转录组学和蛋白质组学分别从不同层面研究生物体对环境或基因改变的响应,它们都是系统生物学的重要组成部分。植物代谢组学是21世纪初产生的一门新学科,主要通过研究植物的次生代谢物受环境或基因扰动前后差异来研究植物代谢网络和基因功能[1-2]。与微生物和动物相比,植物的独特性在于它拥有复杂的代谢途径,目前发现的次生代谢产物达20万种以上[3]。代谢物差异是植物对基因或环境改变的最终响应[4],因此,对代谢物进行全面解析,探索相关代谢网络和基因调控机制,是从分子层面深入认识植物生命活动规律的一个重要环节[5-7]。 烟草不仅是重要的经济作物,同时还是一种重要的模式植物,作为生物反应器在研究植物遗传、发育、防御反应和转基因等领域中具有重要意义[8-10]。烟草代谢物非常丰富,目前从烟叶中已鉴定出3000多种[11],且代谢物理化性质和含量差异较大,给烟草化学及代谢规律研究带来挑战。传统的烟草化学主要集中于研究某一类化学成分或某几种重要物质,如萜类[12]、生物碱类[13]、多酚类等[14],这很难全面地系统地阐述烟草代谢网络。随着系统生物学的发展,烟草越来越广泛地被用于基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学的研究中,例如采用系统生物学的方法找出 基金项目:中国烟草总公司浓香型特色优质烟叶开发(110201101001 TS-01);上海烟草集团责任有限公司“浓香型特色优质烟叶风格定位研究及样品检测”(szbcw201201150) 作者简介:王小莉(1983-),女,博士研究生,主要从事烟草生理生化研究。E-mail:xiaoliwang325@https://www.360docs.net/doc/885390504.html, *通信作者,E-mail:zhaomingqin@https://www.360docs.net/doc/885390504.html, 收稿日期:2015-09-09 修回日期:2015-11-19

天然产物应用与开发 正式论文

天然产物应用与开发

题目:茶 一.摘要:1.茶的起源; 2.茶叶的种类; 3.茶叶的成分; 4.古人对饮茶功效的论述; 5.现代人对饮茶功效的看法; 6.茶的宜与忌; 二.关键词:茶叶,饮茶,功能,功效;宜与忌 三.正文: 在经济飞速发展飞速的今天,人们有了优越的生活环境,对自身的健康越来越重视。人们除了以运动来锻炼健康的身体外,还越来越重视自身的饮食习惯。广大人们对饮使商品的高质量要求,更能看出人们越来越重视饮食对身体的影响。 而茶已被公认为是世界上最好的饮料,它不仅是有重要的生理价值,而且还有宜于人体的健康饮料。茶在英国人是:健康之液,灵魂之饮。在我国被誉为“国饮”。近年来,随着国人生活水平的提高,茶文化被越来越多的国人认知。以茶会友,崇尚茶文化,追求茶理念,渐成社会时尚。 全世界有50多个国家与地区产茶,主要集中于亚洲,非洲和拉丁美洲、大洋洲和欧洲较少。我国茶区分布: 1、西南茶区位于中国西南部,包括云南贵州、四川三省以及西藏东南部,是中国最古老的荼匾。 2、华南茶区位于中国南部,包括广东、广西、福建、台湾、海南等省(区),为中国最适宜茶树生长的地区。 3、江南茶区位于中国长江中、下游南部,包括浙江、湖南、江西等省和皖南、苏南、鄂南等地,为中国茶叶主要产区,年产量约占总产量的三分之二。 4、江北茶区位于长江中、下游北部,包括河南、陕西、甘肃、山东等省和皖北、苏北、鄂北等地,为中国北部茶区。 饮茶可以思源,中国是茶的故乡。世界各国最初饮用的茶叶及引用的方法,种植的茶籽和栽培、加工技术,甚至“茶”字的发音,都是直接或间接从中国传去的。陆羽《茶经》,是古代茶人勤奋读书、刻苦学习、潜心求索、百折不挠精神的结晶。以茶待客、以茶代酒,“清茶一杯也醉人”就是中华民族珍惜劳动成果、勤奋节险的真

代谢组学综述

代谢组学综述 摘要:代谢组学是20世纪90年代中期发展起来的对某一生物或细胞所有低相对分子质量代谢产物进行定性和定量分析的一门新学科,由于其广泛的应用前景,目前已成为系统生物学的重要组成部分。现简要介绍了代谢组学的含义、代谢组学研究的历史沿革、当前代谢组学研究中的分析技术、数据解析方法,综述了代谢组学在药物毒理学研究、疾病诊断、植物和中药等领域的应用情况,并对当前代谢组学研究中存在的问题及发展趋势进行探讨。 关键词:代谢组学研究技术 随着人类基因组计划等重大科学项目的实施,基因组学、转录组学及蛋白质组学在研究人类生命科学的过程中发挥了重要的作用, 与此同时, 代谢组学(metabolomics)在20世纪90年代中期产生并迅速地发展起来, 与基因组学、转录组学、蛋白质组学共同组成系统生物学。基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等各种组学0在生命科学领域中发挥了重要的作用, 它们分别从调控生命过程的不同层面进行研究, 使人们能够从分子水平研究生命现象, 探讨生命的本质, 逐步系统地认识生命发展的规律。这些组学手段加上生物信息学, 成为系统生物学的重要组成部分。 代谢组学的出现和发展是必要的, 同时也是必须的。对于基因组学和蛋白质组学在生命科学研究中的缺点和不足, 代谢组学正好可以进行弥补。代谢组学研究的是生命个体对外源性物质(药物或毒物)的刺激、环境变化或遗传修饰所做出的所有代谢应答, 并且检测这种应答的全貌及其动态变化。代谢组学方法为生命科学的发展提供了有力的现代化实验技术手段, 同时也为新药临床前安全性评价与实践提供了新的技术支持与保障。 1 代谢组学的概念及发展 代谢组学最初是由英国帝国理工大学Jeremy N icholson教授提出的, 他认为代谢组学是将人体作为一个完整的系统, 机体的生理病理过程作为一个动态的系统来研究, 并且将代谢组学定义为生物体对病理生理或基因修饰等刺激产生的代谢物质动态应答的定量测定。2000年, 德国马普所的Fiehn等提出了代谢组学的概念, 但是与N icholson提出的代谢组学不同, 他是将代谢组学定位为一个静态的过程, 也可以称为/代谢物组学, 即对限定条件下的特定生物样品中所有代

代谢组学分析系统技术指标

代谢组学分析系统 1.工作条件: 1.1 电压:220V(±10%)单相,50Hz(±1)。 1.2 环境温度:19-22o C 1.3 相对湿度:<70% * 2.设备用途和基本组成 2.1 仪器用途:所提供仪器为高分辨率,高灵敏度、高通量的分析系统,配以 专业的数据分析处理软件构成代谢组学专用分析系统,从而快速 寻找标记物。 2.2 仪器组成 2.2.1 仪器由超效液相色谱-四极杆/二级碰撞室/飞行时间质谱组成的系统,和 专用代谢组学分析软件以及代谢物分析软件构成,具有先进的中医药代 谢组学研究分析功能。 * 2.2.2 质谱主机要求配置同一厂家生产的液相色谱仪,具有良好的兼容性。 * 2.2.3 具备准确质量测定功能 准确质量测定的内标必须有独立于实测样品的通道进入离子源,内标不得 干扰实际样品的数据结果,并且质量准度<2ppm。 2.2.4 真空系统 要求完全被保护的多级真空系统,具有自动断电保护功能,采用分子涡轮 泵。离子源和质谱间有隔断阀。便于源清洗和日常维护。 * 2.2.5 碰撞室具有两级碰撞功能。分为以下部分: 捕获富集单元:具有离子传输富集、碰撞室两种功能 传输单元:具有离子传输、碰撞室两种功能 * 2.2.6 检测器 检测器由单个微通道板离子计数检测,可检测正负离子和采集MS和 MS/MS的数据, TDC转换速率>4.0 GHz。 * 2.2.7 数据采集和处理系统 工作站用于仪器控制和采集, 1024MB RAM, 200GB硬盘,DVD-ROM,

刻录光盘驱动器,1.44MB 3.5英寸软驱。 软件基于Windows XP 操作系统的应用软件包括集成化的仪器控制、数据处理等软件,代谢组学分析软件以及代谢物分析软件等。 3 仪器的详细技术指标 3.1 液相色谱仪 * 液相色谱仪必须是能够耐超高压(1000bar)的超高效液相色谱仪(UPLC)。3.1.1 可编程二元梯度泵。 溶剂数量:4 流速范围:0.010 - 2mL/min,步进0.001mL/min, 流速精度:< 0.075% RSD,流速准确度:±1%, 泵耐压:0 - 15000psi(1000bar) 梯度设定范围:0 - 100% *系统延迟体积:< 120uL 3.1.2 二极管阵列检测器 波长范围:190-700nm. *测量范围:0.0001~4.0000AUFS *采样速率:40点/秒 流通池:500nl低扩散 3.1.3 自动进样器系统 样品数量:96孔板、384孔板、24x4ml瓶、48x2ml瓶 进样范围:0.1- 50 μL, “针内针”样品探针。 温度范围:4-40摄氏度 3.1.4 在线脱气系统 真空脱气:六通道在线脱气机 3.1.5 柱加热系统 控温范围:室温+5---65摄氏度 3.1.6 专用色谱柱; * 1.7μ, 2.1 mm x 50 mm Column

第十一章天然产物的研究开发

第十一章天然产物的研究开发 一、选择题 1.进行天然药物化学成分预试验时,欲想检查黄酮类的存在,供试液应选择()A.中性醇提取液B.酸性醇提取液C.水提取液 D.酸水提取液E.石油醚提取液 2.系统预试验的基本过程是() A.提取—分离—根据溶解性确定成分类型 B.制备供试液—试管或点滴反应—根据反应结果综合分析确定成分类型 C.制备供试液—色谱分析—根据色谱结果确定成分类型 D.制备供试液—分析极性—根据极性不同确定成分类型 E.提取—分离—用某一特定的试管反应结果确定是否属于某类成分 3.试管预试液乙醇部分可检查的成分为() A.黄酮、蒽醌、酚类 B.多糖、甾类、苷类 C.蛋白质、香豆素、生物碱类 D.挥发油、蒽醌、酚类等 E.氨基酸、鞣质、皂苷 4.试管预试液水提取部分可检查的成分为() A.油脂B.单宁C.强心苷 D.生物碱E.香豆素 5.试管预试液石油醚液不能检查的成分为() A.挥发油B.萜类C.甾类 D.油脂E.皂苷 5.寻找某天然药物新的活性成分是属于() A.验证性研究B.系统研究C.引伸性研究D.单项预试验E.以上都不是 6.寻找某天然药物新的活性成分是属于() A.验证性研究B.系统研究C.引伸性研究D.单项预试验E.以上都不是 7.文献、信息的查阅和收集是下列哪项的重要工作() A.设定研究方案之前 B.了解前人是否有过研究以避免重复 C.了解研究程度

D.贯穿整个研究工作过程 E.了解目前达到的水平及发展动态 二、名词解释 1.单项预试验 三、填空题 1.从中药中获得的有效成分可以作为,合成一系列衍生物,再进行药理活性筛选,进而进行新药研究。 四、问答题 1.简述系统预试液的制备方法。 2.寻找天然药物活性成分提取分离一般步骤有哪些? 3.在石油醚为溶剂的供试液中,可考虑检出哪些化学成分类型? 4.简述天然药物验证性研究主要途径。 5.如何判断某药材中,含有生物碱、黄酮、多糖

植物代谢组学的研究方法及其应用

植物代谢组学的研究方法及其应用 近年来,随着生命科学研究的发展,尤其是在完成拟南芥(Arabidopsis thaliana) 和水稻(Oryza sativa) 等植物的基因组测序后,植物生物学发生了翻天覆地的变化。人们已经把目光从基因的测序转移到了基因的功能研究。在研究DNA 的基因组学、mRNA 的转录组学及蛋白质的蛋白组学后,接踵而来的是研究代谢物的代谢组学(Hall et al.,2002)。代谢组学的概念来源于代谢组,代谢组是指某一生物或细胞在一特定生理时期内所有的低分子量代谢产物,代谢组学则是对某一生物或细胞在一特定生理时期内所有低分子量代谢产物同时进行定性和定量分析的一门新学科(Goodacre,2004)。它是以组群指标分析为基础,以高通量检测和数据处理为手段,以信息建模与系统整合为目标的系统生物学的一个分支。 代谢物是细胞调控过程的终产物,它们的种类和数量变化被视为生物系统对基因或环境变化的最终响应(Fiehn,2002)。植物内源代谢物对植物的生长发育有重要作用(Pichersky and Gang,2000)。植物中代谢物超过20万种,有维持植物生命活动和生长发育所必需的初生代谢物;还有利用初生代谢物生成的与植物抗病和抗逆关系密切的次生代谢物,所以对植物代谢物进行分析是十分必要的。 但是,由于植物代谢物在时间和空间都具有高度的动态性(stitt and Fernie,2003)。尤其是次生代谢物种类繁多、结构迥异,且产生和分布通常有种属、器官、组织以及生长发育时期的特异性,难于进行分离分析,所以人们一直在寻找更为强大的检测分析工具。在代谢物分析领域,人们已经提出了目标分析、代谢产物指纹分析、代谢产物轮廓分析和代谢表型分析、代谢组学分析等概念。20世纪90年代初,Sauter 等(1991)首先将代谢组分析引入植物系统诊断,此后关于植物代谢组学的研究逐年增多。随着拟南芥等植物的基因组测序完成以及代谢物分析手段的改进和提高,今后几年进入此研究领域的科学家和研究机构将越来越多。 1研究方法 代谢组学分析流程包括样品制备、代谢物成分分析鉴定和数据分析与解释。由于植物中代谢物的种类繁多,而目前可用的成分检测和数据分析方法又多种多样,所以根据研究对象不同,采用的样品制备、分离鉴定手段及数据分析方法各不相同。 1.1样品制备 植物代谢物样品制备分为组织取样、匀浆、抽提、保存和样品预处理等步骤(Weckwerth and Fiehn,2002)。代谢产物通常用水或有机溶剂(如甲醇和己烷等)分别提取,获得水提取物和有机溶剂提取物,从而把非极性的亲脂相和极性相分开。分析之前,通常先用固相微萃取、固相萃取和亲和色谱等方法进行预处理(邱德有和黄璐琦,2004)。然而植物代谢物千差万别,其中很多物质稍受干扰结构就会发生改变,且对其分析鉴定所采用的设备也不同。目前还没有适合所有代谢物的抽提方法,通常只能根据所要分析的代谢物特性及使用的鉴定手段选择合适的提取方法。而抽提时间、温度、溶剂成分和质量及实验者的技巧等诸多因素也将影响样品制备的水平。 1.2成分分析鉴定

天然产物研究与开发杂志论文模板

中文标题(小二号,黑体,加粗,居中)徐晓俞1,2,李尚真1,宋启示1*(四号,仿宋-GB2312,居中) 1中国科学院西双版纳热带植物园热带植物资源开放实验室,昆明650223;2中国科学院研究生院,北京 100049(小五,宋体,居中) 摘要:概述文章主要信息,内容包括本文目的、重要方法、主要结果、主要数据和结论等要素,250字以内。本部分要求用叙述方式描述,勿格式化成―目的…方法…结果…结论‖的形式。(小五,宋体) 关键词:关键词一般4~6个以上,其间以分号相隔。(小五,宋体) 中图分类号:(可进入我刊网站“下载中心”查询)文献标识码:A Title in English(三号,Times New Roman,加粗,实词的 首字母大写,居中) XU Xiao-yu1,2, LI Shang-zhen1, SONG Qi-shi1*(小四号,Times New Roman,居中)1Laboratory of Tropical Plant Resource Sciences, Xishuangbanna Tropical Botanical Garden, Chinese Academy of Sciences, Kunming 650223, China; 2Graduate School of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China (小五号,Times New Roman,斜体,序号请正体) Abstract: 英文摘要原则上应与中文摘要相互对应,为了适应国际交流的需要,可略加详述。本刊已被多家国际医药数据库收录,请注意英文摘要的质量。行文要符合英文语法,句型力求简单,意义完整,语句顺畅。英文摘要必须经过通讯联系人审阅。(小五号,Times New Roman) Key words: 中英文关键词应一一对应(小五号,Times New Roman) 正文以通栏排版,1.5倍行距,宋体(英文用Times New Roman),五号字。稿件请标注页码。层次标题一律用阿拉伯数字连续编号;不同层次的数字之间用小圆点相隔,末位数字不加标点符号。 1 一级标题(四号,黑体,加粗) 1.1 二级标题(五号,黑体) 1.1.1 三级标题(五号,楷体,英文用Times New Roman斜体) 1.1.1.1 四级标题(五号,宋体) 文中参考文献引用请用上标“[1]、[2]、[3-6]……”标明。 收稿日期:xxxx-xx-xx 接受日期:xxxx-xx-xx 基金项目:国家863项目子课题(No. xxxxxxxx) *通讯作者Tel: 00-000-0000000; E-mail: aaa@https://www.360docs.net/doc/885390504.html,

浅谈最常用的代谢组学分析方法

代谢组学是一门对某一生物或细胞所有低分子质量代谢产物(以相对分子质量<1000的有机和无机的代谢物为研究核心区)进行分析的新兴学科。生物样本通过NMR、GC-MS、LC-MS等高通量仪器分析检测后,能产生大量的数据,这些数据具有高维,少样本、高噪声等复杂特征,同时代谢物多且代谢物之间联系密切,因此从复杂的代谢组学数据中确定与所研究的现象有关的代谢物,筛选出候选生物标记物成为代谢物组学研究的热点和难点。 代谢组学分析数据用于统计分析时,数据集通常为一个N ×K 的矩阵(X矩阵),N表示N个样本数,每一行代表一个样品,K表示K个变量,每一列代表一个变量,在代谢组学中变量通常是指代谢物含量。常用的分析方法如图1所示: 数据分析方法 单变量分析 多变量分析差异倍数分析 显著性检验 无监督分析 有监督分析 PLS-DA PCA OPLS-DA 图1 代谢组学常用的数据分析方法 单变量分析 单变量分析方法仅分别分析单个变量,不考虑多个变量的相互作用与内在联系。具有简单性、易应用性和可解释性。但是无法基于整

体数据对所测样品的优劣、差异进行综合评价和分析。 (1)差异倍数分析 差异倍数变化大小(Fold Change,FC)表示实验组与对照组的含量比值,可以快速考察各个代谢物在不同组别之间的含量变化大小。(2)显著性检验 p值即概率,反映某一事件发生的可能性大小,用于区分该变量是否具有统计显著性,通常认为p<0.05具有统计显著性。常用的检验方法有t-test、方差分析(Analysis of Variance,ANOVA),但是由于代谢组学的变量较多,必要时需要进行多重假设检验,对p值进行校正,减少Ⅰ类错误,降低假阳性。 多变量分析 多变量分析方法能同时处理数百或数千个变量,并且能处理变量之间的相互关系。利用变量之间的协方差或相关性,使原始数据在较低维空间上的投影能尽可能地捕获数据中的信息。但是如果存在大量无信息变量可能会妨碍多变量分析的能力,无信息变量的数量越多,减少真阳性数量的效果就越显著。 多变量分析分为无监督分析方法和有监督分析方法。在代谢组学分析中无监督学习有主成分分析(Principal Component Analysis,PCA),只需要数据集X,而有监督分析方法主要是偏小二乘判别分析(Partial Least Squares Discrimination Analysis, PLS-DA)和正交偏小二乘判别分析(Orthogonal Partial Least Squares

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