常用生物软件大全介绍
一、基因芯片：
1、基因芯片综合分析软件。
ArrayVision 7.0
一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。
Arraypro 4.0
Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综
合分析软件。
J-express
挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。
2、基因芯片阅读图像分析软件
ScanAlyze 2.44
，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。
3、基因芯片数据分析软件
Cluster
斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。
SAM
Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。
4．基因芯片聚类图形显示
TreeView 1.5
斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。
FreeView
是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。
5．基因芯片引物设计
Array Designer 2.00
DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具
二、RNA二级结构。
RNA Structure 3.5
RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的
热力学数据是最近由Turner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。RNAdraw中一个非常非常重要的特征是鼠标右键菜单打开的菜单显示
对鼠标当前所指向的对象/窗口可以使用的功能列表。RNA
文库（RNA Library）用一种容易操作的方式来组织你所有的RNA数据文件。
基本配置：Windows95,Windows98或WindowsNT。Pentium
以上芯片，32兆内存。
RNAdraw
是一个进行RNA二级结构计算的软件。 1. 它是Windows下的多文档窗口 (multipledocument interface) 软件，允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。2. RNAdraw中一个非常非常重要的特征是鼠标右键菜单打开的菜单显示对鼠标当前所指向
的对象/窗口可以使用的功能列表。3. RNA文库（RNA Libra ry）用一种容易操作的方式来组织你所有的RNA数据文件。loopDloop 2.07b
Java语言写成的绘制RNA二级结构的软件，需要安装JAVA
虚拟机。
Circles 0.1.0
Java语言写成的绘制RNA二级结构的软件，需要安装JAVA 虚拟机。
三、序列综合分析
Vector NTI Suite 8.0
不喜欢装备各种专业性强的软件，而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理（增加、修改、查找），对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定（数据）->分析->结果（显示、保存和入库）三步完成。在分析主界面，软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作，生成重组分子策略和实验方法，进行限制酶片段的虚拟电泳，新建输入各种格式的分子数据、加以注释，输出高质量的图像。Vector NTI Suite还有以下独立的分析程序，完成相关分析。这些独立的程序，可以通过选定->分析->结果三步调用。
l 3DMol－显示PDB格式分子的三维结构
l Align X－序列相似性比较
l Align Xblocks－序列局部完全相同比较
l ContigExpress－将小片段拼装成长序列
l GCGConverter－GCG格式文件转换成NTI的格式
l PubMed/Entrez Search－搜索PubMed、PDB、GenBank
l Back Translation－核酸->蛋白->核酸反向翻译的工具
l Matrix Editor－矩阵数据编辑
l Tools Manager－连接其他程序和网络连接的界面。分成Ali gn、Analyze、Assemble、Tools四部分。
DNAStar5.03 即著名的Lasergene Suite，由EditSeq MegAlign、GeneQuest MapDraw PrimerSelect Protean SeqMan II七个模
块组成，该软件的MegAlign模块，可以对多达64000的片段进行拼装。整个拼装过程即时显示，并提示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。DNAstar是哈佛大学医学院是使用的序列分析软件，可见其功能强大。
Omiga 2.0实际上，大部分对核酸蛋白的序列分析功能，在O miga 2.0中都能找到；而且界面非常友好。Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件，它还兼有引物设计的功能。主要功能：编辑、浏览、蛋白质或核酸序列，分析序列组成。用Cl ustal. W进行同源序列比较，发现同源区。实现了核酸序列与其互补链之间的转化，序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及转化为RNA链，以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。查找核酸限制性酶切位点、基元（Motif）及开放阅读框（ORF），设计并评估PCR、测序引物。查找蛋白质解
蛋白位点（Proteolytic Sites）、基元、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格的显示，表格设有多种分类显示形式。利用Mange快捷键，用户可以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基元、开放阅读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。每一数据库中都设有多种查寻参数，可供选择使用。用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。可从MacVe ctorTM、Wisconsin PackageTM等数据库中输入或输出序列。另外，该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析，对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。
DS gene : Omiga 2.0的换代产品，accelrys公司Discovery studi o系列，accelrys公司的insight II,GCG是业内蛋白分析和核酸分析的权威软件，DS gene 是GCG的个人机简版，功能强大，而且可以直接与GCG服务器相连。由于受到vector NTI的界面影响，DS gene 与Omiga 2.0相比界面有了很大的改变。DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司（Hitachi Sofewar e Engineering Co.,Ltd.）97年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能，可进行D NA，RNA，蛋白质序列的编辑和分析，甚至还能进行质粒作图、数据库查询等功能，足可满足一般实验室的要求。在DOS时代，DNASIS 7等版本便是流传甚广并曾给过许多人以帮助的分子生物学软件，因此我们有理由期待Win版的DNA
SIS 会带给我们惊喜。
DNASIS MAX 1.0 DNASIS 2.5的更新换代产品。综合序列分析软件，体积比上一个版本一下膨胀了许多。界面风格也改变了很多。
DNATools 5.1 与Omiga, DNAsis, PCgene等软件属于同一类
的综合性软件,操作简单功能多。DNATools设计的用户友好、强壮，以便快速、方便地获取、贮藏和分析序列及数据库查询获得的序列相关信息。DNATools包容性很好，能把几乎所有文本文件打开作为序列。当程序不能辨别序列的格式时（通过寻找常用序列格式的特征），会显示这个文件的文本形式，以便你编辑生成正确的蛋白质或DNA序列，编辑后可以再被载入程序。若你的序列是DNATools格式时（DNA或寡核苷酸序列），程序不加注解的载入序列，程序模式调整成可以接受载入的数据类型（蛋白质、DNA和寡核苷酸引物序列）。在一个项目中可以加入几千个序列或引物，并在整个项目中分析这些序列及标题。这个程序的一个特点是给每个序列或引物添加文本标题。这样就可以用自定义的标题识别序列，而不必通过它们的文件名。
Bioedit一个具有序列简单分析和序列对比功能的软件。该软件有一个简单亲切的界面，集成其他已经很有效果的序列比对软件。另外该软件还有很多有用的相关站点连接。虽然该软件看起来结构简单，但却又很强的可充性，可以自由整合
许多软件，例如viewtree.
Jellyfish 2.1 只水母不简单，可以用来进行DNA翻译，序列排队比较，限制酶消化，提交序列进行BLAST，研究项目管理等。操作十分简单，只需拖动与点击便可。
Genetools Genebio公司的核酸序列分析软件，虽然不及vect N TI 和DS gene 强大，它具有repeat /vect find 使其他分析软件所不具有的，值得一提的是该软件具有的CpG island分析。DNAMAN 限制酶分析，引物设计，对排（aligment）,翻译，数据库操作，Blast，序列装配（Sequence assembly）.易学易用，操作方便。
四、限制酶切位点分析：
DNAssist2.0
大多软件只对线性序列进行分析，那么cNNNNN…NNNgaat t环状的序列就找不到EcoR I的位点。DNAssist 1.0能很容易把这个EcoR I位点找出来。另外DNAssist在输出上非常完美，除了图形、线性显示外，还有类似DNASIS的列表方式，列出有的位点（按酶排列，按碱基顺序排列）。
五、质粒绘图：
Gene Construction Kit 2.0
这一个非常好的质粒构建软件包。与大多数分析的软件不同，
它制作并显示克隆策略中的分子构建过程；包括质粒构建，模拟电泳条带；当然还可以质粒作图（有无序列均可）。通过它绘出来的图还可以继续用来构建克隆策略图谱。只是该软件由于功能太强，使用起来也不简单；幸亏它附有详细的使用帮助，认真研究后，应该没有问题。
Winplas 2.6
该软件用来绘制发表质量的质粒图，可广泛应用与论文、教材的质粒插图。其特性包括：1.知道序列或不知序列结构均能绘制质粒图；2. 可读入各种流行序列格式文件引入序列信息；3. 自动识别限制位点可构建序列结构，功能包括：从文件插入序列、置换序列、序列编辑、部分序列删除等；4. 绘图功能强大，功能包括：位点标签说明、任意位置文字插入、生成彩图、线性或环形序列绘制、可输出到剪贴板、可输出到图像文件；5. 限制酶消化分析报告输出与序列输入报告功能。
Plasmid Premier2.02
是由加拿大的Premier Biosoft公司推出的用于质粒作图的专
业软件，主要用于进行质粒作图，质粒特征分析和质粒设计。其主要界面分为序列编辑窗口（Genetank），质粒作图窗口（Plasmid Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和纹基分析窗口（Motif）。打开程序就可进入序列编辑窗口，可以直接打开Genbank或Vector数据库中已知质粒的序列文件，
将序列读入，并将有关于质粒的各种特征，包括编码区，启动子，多克隆位点以及参考文献等信息保存在Header中；也可以直接输入序列进行未知质粒的设计。
Redasoft Visual Cloning 2000
用来帮助生命科学家快速而轻松地绘制专业级质量的质粒载体图，主要的性能包括：快速和轻松地生成一个清晰，色彩鲜明的环行或线性的载体图。自动识别和解析序列文件。新增的web浏览功能允许你链接到数据库站点，并支持下载和自动将序列文件转换成载体图。强大的限制性内切酶分析功能和拥有将近1000种来自REBASE的限制性内切酶。片段的删除和插入完全模拟克隆实验并和其他图形兼容。所看即所得 (What You See Is What You Get)的编辑环境使得你的打印结果和你在屏幕上看到的保持一致。自动标记各种区段的碱基位置以避免重叠。可选择的图形比例尺使几个构造图间很容易比较。允许质粒图拷贝到剪贴板并粘贴到其他Windo ws应用程序。可以用e-mail的方式传递载体图。SimVector
质粒图绘制软件，绘制发表质量的质粒图与序列、载体图。Clone Manager
小巧的研究人员日常使用的辅助克隆工具，主要功能是限制酶切割、分子重组、质粒作图等。
六、引物分析：
Primer Premier 5.0
顾名思义，该软件就是用来进行引物设计的。可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物，而在手动的任何时候，下面显示各种参数的改变和可能的二聚体、异二聚体、发夹结构等。也可以给定条件，让软件自动搜索引物，并将引物分析结果显示出来。而且进行这些操作非常简单Oligo 6.57
引物分析著名软件，主要应用于核酸序列引物分析设计软件，同时计算核酸序列的杂交温度（Tm）和理论预测序列二级结构。
Primer D'Signer 1.1
免费的引物设计辅助软件，专门用于pASK-IBA和pPR-IBA
表达载体，简化引物设计工作。
Array Designer 2.00
DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具
Beacon Designer
1.01 PCR定量分析分子信标(Molecular beacon )设计软件NetPrimer
于WEB界面的引物设计程序，1.8M，包括JAVA程序和帮助文件，解压后，可在本地直接使用，不须再连到原始网站使
生物信息学软件及使用概述
生物信息学软件及使 刘吉平 liujiping@https://www.360docs.net/doc/8c15863897.html, 用概述 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
生物信息学是一门新兴的交叉学生物信息学的概念： 科，它将数学和计算机知识应用于生物学，以获取、加工、存储、分类、检索与分析生物大分子的信息，从而理解这些信息的生物学意义。 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
分析和处理实验数据和公共数据，生物信息学软件主要功能 1.2.提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验 3.实验数据的自动化管理 4.寻找、预测新基因及其结构、功能 5.蛋白质高级结构及功能预测（三维建模，目前研究的焦点和难点） 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
功能1. 分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间 ?核酸：序列同源性比较，分子进化树构建，结构信息分析，包括基元(Motif)、酶切点、重复片断、碱基组成和分布、开放阅读框（ORF ），蛋白编码区（CDS ）及外显子预测、RNA 二级结构预测、DNA 片段的拼接； ?蛋白：序列同源性比较，结构信息分析（包括Motif ，限制酶切点，内部重复序列的查找，氨基酸残基组成及其亲水性及疏水性分析)，等电点及二级结构预测等等； ?本地序列与公共序列的联接，成果扩大。 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
Antheprot 5.0 Dot Plot 点阵图 Dot plot 点阵图能够揭示多个局部相似性的复杂关系 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
大学专业介绍之生物科学类1(生物科学、生物技术、生物信息学)
大学专业介绍之生物科学类1（生物科学、生物技术、生物 信息学） 1．生物科学 本专业培养具有生物科学学科的基本理论、基本知识、基本技能，同时掌握生物科学的理论前沿、应用前景、最新发展动态和应用能力的技术人才，为我国生态建设及植物资源利用和中药资源产业化提供能从事教学、技术研究、生产管理、产品开发等方面的高级技术人才。 业务培养要求：本专业学生主要学习生物科学方面的基本理论、基本知识，受到基础研究和应用基础研究方面的科学思维和科学实验训练，具有较好的科学 1. 2.掌握动物生物学、植物生物学、微生物学、生物化学、细胞生物学、遗传学、发育生物学、神经生物学、分子生物学、生态学等方面的基本理论、基本知 3.
4. 5. 6.掌握资料查询、文献检索及运用现代信息技术获取相关信息的基本方法；具有一定的实验设计，创造实验条件，归纳、整理、分析实验结果，撰写论文， 主干课程：植物生物学、动物学、微生物学、生物化学、生物化学实验技术、细胞生物学、遗传学、分子生物学、植物生理学、生态学、天然产物化学、药用植物资源学、中药材生产质量控制、中药材加工学、生物制药等。 就业方向与深造：毕业后可在科研机构、学校从事药用植物和植物生态与资源利用科学研究和教学工作；在企、事业单位从事技术研究、产品开发和生产管理等工作。 2．生物技术 本专业是以生物化学和分子生物学为基础、应用于现代生物技术产业为特色的理科类专业。培养系统掌握现代生命科学知识、生物技术的基本理论和基因工程、细胞工程、发酵工程、生物信息及数据分析等技能，具备良好的科学素养和创新精神的高级专门人才。 主干课程：普通生物学、生物化学与分子生物学、微生物学、细胞生物学、遗传学、基因工程原理与技术、酶工程原理及技术、细胞工程原理与技术、微生物与发酵工程，生物信息学等。 业务培养要求：本专业学生主要学习生物技术方面的基本理论、基本知识，受到应用基础研究和技术开发方面的科学思维和科学实验训练，具有较好的科学
常用生物学软件简介
网址： https://www.360docs.net/doc/8c15863897.html,/ 1. Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能：a) 已知一个PC R引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列。b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。c) 对环型DNA片段，设计反向PCR引物。d) 设计多重PCR引物。e) 为LCR反应设计探针，以检测某个突变是否出现。f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。g) 同源序列查找，并根据同源区设计引物。 h) 增强了的引物/探针搜寻手段。设计引物过程中，可以“Lock”每个参数，如Tm值范围和引物3’端的稳定性等。i) 以多种形式存储结果；支持多用户，每个用户可保存自己的特殊设置。 网址： Oligo 6.71 Demo（引物设计软件）：https://www.360docs.net/doc/8c15863897.html,/Soft/2006/112.htm Oligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估） Oligo 6 Tour 主要功能介绍 https://www.360docs.net/doc/8c15863897.html,/ 2．Vector NTI Suite是一套功能最全，而且界面最美观，最友好的分子生物学应用软件包。主要包括四个大型软件，它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。Vector⑴NTI：作为Vecto r NTI Suite的核心组成部分，它可以在生物研究的全过程中提供数据组织和序列编辑的软件支持。Vector NTI 是以一种窗口形式，且支持项目组织的数据库来完成这一功能的；通过这个数据库，可以保存和组织大部分的实验数据，比如：基因结构、载体、序列片断、引物、蛋白质、多肽、电泳Markers和限制性内切酶等。实际上，该数据库还支持对Vector NTI Suite中各种小型的绘图和结果展示工具的管理。Vector NTI 可以按照用户要求设计克隆策略。用户只需提供克隆载体，外源片断序列，明确载体克隆的大致位置或酶切位点，其它工作由软件完成。设计结果以图文形式输出到屏幕；最后根据客户定制的条件进行模拟电泳。Vector NTI 还具有强大的设计和评估PCR引物、测序引物和杂交探针功能。BioPlot⑵：BioPlot 是一个对蛋白质和核酸序列进行各种理化特性分析的综合性工具，它是一种方便的桌面程序。和其他程序不同的是，BioPlot可以绘制50种以上预定制的蛋白质特征图谱，如疏水性和抗原性；并将序列与特征图谱和活性序列区域一一对应。BioPlot还可以对核酸序列进行8种不同类型的分析，如：退火温度、自由能和GC含量等。AlignX⑶：AlignX可以对多个蛋白质或核酸序列进行同源比较，以寻找不同序列之间的同源区域或相似性很高序列中的不同碱基，并绘制进化树；为下一步设计PCR引物、探针及研究系统发育提供基础。AlignX可以识别所有标准TXT格式，如FASTA、GeneBank、EMBL、SWISS－PROT、GenPept 和ASCII Text。ContigExpress⑷：Contig Express是用来对多个小核酸片段进行拼接而形成连续的长序列。这些小片段可以是Text序列，也可以是直 接从自动测序仪得到的测序图。它用同一个浏览窗口来组织序列片段和拼接结果，同时还有一个由多个子窗口组成的窗口将序列和它们的特性测序图及拼接示意图分别对应。拼接的结果可以直接保存成GeneBan k、EMBL或FASTA文件。Vector NTI Suite⑸其他功能：支持多用户。提供PubMed/Entrez－Search、B last Search、Blast Viewer和3D－Mol(用来看PDB文件)等在线工具。 网址： Vector NTI7.0 中文使用手册 Vector NTI Suite 9.1 Demo（综合性蛋白核酸分析工具包）https://www.360docs.net/doc/8c15863897.html,/Soft/2007 /460.htm https://www.360docs.net/doc/8c15863897.html,/solutions/vectornti/index.html 3．DNAStar 是一款基于Windows和Macintosh平台的序列分析软件，特点是操作简单，功能强大。主
生物技术专业介绍
生物技术专业介绍 生物技术专业是于2000年设立并正式开始招生，经过多年的建设，现已成为学校的优势专业，是山东省特色专业，又是山东省应用型特色名校工程重点建设专业。 一、人才培养目标 培养德、智、体、美全面发展，系统掌握农业生物技术的基本理论、基本知识、基本技能，具有较强的自主学习能力、实践能力、创新能力，能够支撑现代农业生物技术产业体系，服务于山东区域经济社会发展的高素质应用型人才。 二、特色和优势 1. 构建了一支高学历、教学经验丰富、科研能力强的一支师资队伍。本专业现有专职教师70人，其中正高职称22人、副高职称28人，讲师20人，高级职称教师占71.4%；具有博士学位的教师57人，占专职教师的81.4%；具有国外学习和研修经历的19人；泰山学者海外特聘专家3人、山东省教学名师2人、国务院特殊津贴获得者1人、“留学回国人员成就奖” 获得者1人、博士生导师4人。 2. 具有生物学科特色。本专业具有植物学、动物学、微生物学、生理学、遗传学等多学科支撑，以及生物化学与分子生物学省级重点学科支撑，生物学科特色鲜明。我们在生物技术专业的建设中，以厚基础，宽口径为前提，在课程体系与教学内容上力求突出自身的学科优势，形成专业特色，培养高素质应用型生物技术专业人才。 3. 以科研促教学，提高人才培养质量。（1）通过科研，提高教师自身素质，为提高教学质量提供了重要保证；（2）科研促进了教学条件的建设。在投资1000多万购置实验仪器的基础上，目前又新组建了科研用组培室与炼苗室各1间及教学用组培室与炼苗室各1间，极大充实了教学条件；（3）科研充实了教学内容。通过科研，提高教师学术水平，把新知识、新观点及时充实到教学中，激发学生对学科的兴趣，切实提高教学质量；（4）科研培养学生动手能力、创新思维。本专业于2003年率先在全校实施了“本科生导师制”制度，使学生从大二开始进入实验室，参与教师的科研活动，独立设计试验并完成科研任务，切实提高学生独立操作能力及创新能力。 三、学科建设 本专业为山东省特色专业，先后获得生物化学与分子生物学、遗传学、植物
常用分子生物学软件简介
常用分子生物学软件简 介 公司内部编号：（GOOD-TMMT-MMUT-UUPTY-UUYY-DTTI-
常用分子生物学软件 一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。Arraypro Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix? Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境后后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster
斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显着性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 二、RNA二级结构。 RNA Structure RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由Turner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退
食品生物技术专业简介
食品生物技术专业简介 专业代码570101 专业名称食品生物技术 基本修业年限三年 培养目标 本专业培养德、智、体、美全面发展，具有良好职业道德和人文素养，掌握生物化学、微生物发酵技术、食品生物新技术等基本知识，具备发酵、产品分离提取、菌种培养等能力，从事调味品及食品添加剂、酒、饮料及精制茶等生物食品的生产操作、设备使用和维护、生产过程质量监控、工艺与设备管理、技术研发辅助等工作的高素质技术技能人才。 就业面向 主要面向生物食品制造技术及应用行业，在发酵、产品分离提取、菌种培养等岗位群，从事生产操作、设备使用和维护、生产过程质量监控、工艺与设备管理、技术研发辅助、生物产品检验检疫、生物产品销售等工作。 主要职业能力 1.具备对新知识、新技能的学习能力和创新创业能力； 2.具备在工作中发现问题和寻找解决问题方法的能力； 3.具备食品生物新技术初步研发的能力； 4.掌握生产过程质量管理的相关知识及技能，具备生物食品生产过程质量监控的能力； 5.掌握生物食品工艺技术及应用，具备生物食品生产工艺与设备管理的能力； 6.掌握微生物菌种培养、发酵和产品提取的基本知识及技能，具备生物食品生产操作的能力； 7.了解相关生产设备的结构、工作原理及基本操作，具备生物食品生产设备使用
和维护的能力。 核心课程与实习实训 1.核心课程 生物化学、微生物基础、微生物发酵技术、发酵工程设备、食品质量与安全、发酵食品生产技术、食品生物新技术等。 2.实习实训 在校内进行微生物基础技能训练、微生物发酵技术技能训练、发酵食品生产技术综合训练、食品生物新技术研发训练等实训。 在生物食品生产企业进行实习。 职业资格证书举例 发酵工微生物培菌工酿酒工酱油酱类制作工食用酶制剂制造工 衔接中职专业举例 食品生物工艺 接续本科专业举例 生物技术生物工程酿酒工程
常用生物软件简介汇总(window 版)
一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：69 00美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理
的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，E XCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster 成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Tr eeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 二、RNA二级结构。 RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由Turner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。RNAdraw中一
生物技术(本科)课程简介
生物工程专业本科人才培养计划 一、培养目标 本专业旨在培养德、智、体全面发展，系统掌握生物工程专业的基础知识、基本理论与基本技能，具有较强的生物工程技能和创新能力，能够在生物工程及相关领域，从事生产工艺及技术管理、教学、新技术研究及新产品开发工作的高素质的应用型人才。 二、基本业务规格 1．具有良好的道德修养、心理素质和健康的体魄； 2．掌握本专业长远发展所必需的自然科学的基础理论和基本知识； 3．掌握生物学、生物化学、微生物学、化工原理、生化分离工程、生物工程设备、发酵工程、酶工程、细胞工程及基因工程等学科的基本理论、基本知识和基本技能； 4．有一定的分析和解决问题的能力，具备在生物工程领域从事生产工艺及技术管理、教学、新技术研究及新产品开发的基本能力； 5．解生物工程学科的理论前沿、应用前景和最新发展动态； 6．具有本专业所需的计算机应用的初步能力； 7．掌握一门外国语言，具有较熟练的听、说、读、写、译能力。 三、基准学制四年 四、授予学位工学学士 五、主干学科生物学 六、专业主干课程 生物化学、化工原理、生物分离工程、生物工程设备、分子生物学与基因工程、细胞生物学与细胞工程、发酵工程、酶工程等。 七、课程设置及学分要求 本专业毕业最低学分为160学分，其中，普通教育课程31学分，基础教学课程37学分，专业教学课程37学分，实践教学环节40学分，公共选修课程15学分。 本专业毕业另须修满10个素质拓展学分。
生物工程专业本科主要课程简介 课程代码：1F10691 课程名称：生物化学Biochemistry 学分：3 预修课程：无机及分析化学、有机化学、生物学概论 内容简介：本课程主要介绍生物化学的发展历史，生物化学研究中的重要化学概念，组成蛋白质的20种天然氨基酸，蛋白质的化学组成，蛋白质的空间结构，几种重要蛋白质的结构与功能关系，蛋白质研究的方法学，酶催化原理，核苷酸和核酸的结构与功能，脂类的结构与功能，生物膜的化学组成、结构和跨膜运输原理，碳水化合物的结构与功能。生物能量学，生物分子的分解合成代谢，遗传信息的复制及表达调控机制。 推荐教材： 《生物化学简明教程》（第三版）罗纪盛编高等教育出版社人2001年《Biochemistry》 B.D.Hames 科学出版社2000年 主要参考书：《生物化学》（上、下册）沈同等编高等教育出版社2002年《医学生物化学》周爱儒编北京医科大学出版社2001年 课程代码：1F11035 课程名称：化工原理Principles of Chemical Engineering 学分：4 预修课程：《高等数学》、《物理》、《无机及分析化学》、《有机化学》、《物理化学》内容简介：本课程阐明了化工过程开发步骤和方法及化学工程学的基本观点和方法，主要讲述流体流动过程基本原理及其应用(流体测量、流体输送)、热量传递
常用生物软件大汇总(精)
常用生物软件大汇总 序列综合分析 Vector NTI Suite 8.0 不喜欢装备各种专业性强的软件,而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理(增加、修改、查找,对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定(数据->分析->结果(显示、保存和入库三步完成。在分析主界面,软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作,生成重组分子策略和实验方法,进行限制酶片段的虚拟电泳,新建输入各种格式的分子数据、加以注释,输出高质量的图像。Vector NTI Suite 还有以下独立的分析程序,完成相关分析。这些独立的程序,可以通过选定->分析->结果三步调用。 l 3DMol-显示PDB格式分子的三维结构 l Align X-序列相似性比较 l Align Xblocks-序列局部完全相同比较 l ContigExpress-将小片段拼装成长序列 l GCGConverter-GCG格式文件转换成NTI的格式 l PubMed/Entrez Search-搜索PubMed、PDB、GenBank l Back Translation-核酸->蛋白->核酸反向翻译的工具 l Matrix Editor-矩阵数据编辑 l Tools Manager-连接其他程序和网络连接的界面。分成Align、Analyze、Assemble、Tools四部分。
DNAStar5.03即著名的Lasergene Suite,由EditSeq MegAlign、GeneQuest MapDraw PrimerSelect Protean SeqMan II七个模块组成,该软件的MegAlign模块,可以对多达64000的片段进行拼装。整个拼装过程即时显示,并提示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。DNAstar是哈佛大学医学院是使用的序列分析软件,可见其功能强大。 Omiga 2.0实际上,大部分对核酸蛋白的序列分析功能,在Omiga 2.0中都能找到;而且界面非常友好。Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件,它还兼有引物设计的功能。主要功能:编辑、浏览、蛋白质或核酸序列,分析序列组成。用Clustal. W 进行同源序列比较,发现同源区。实现了核酸序列与其互补链之间的转化,序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及转化为RNA链,以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。查找核酸限制性酶切位点、基元(Motif及开放阅读框(ORF,设计并评估PCR、测序引物。查找蛋白质解蛋白位点(Proteolytic Sites、基元、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格的显示,表格设有多种分类显示形式。利用Mange 快捷键,用户可以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基元、开放阅读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。每一数据库中都设有多种查寻参数,可供 选择使用。用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。可从MacVectorTM、Wisconsin PackageTM等数据库中输入或输出序列。另外,该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析,对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。 DS gene :Omiga 2.0的换代产品,accelrys公司Discovery studio系列,accelrys 公司的insight II,GCG是业内蛋白分析和核酸分析的权威软件,DS gene 是GCG 的个人机简版,功能强大,而且可以直接与GCG服务器相连。由于受到vector NTI 的界面影响,DS gene 与Omiga 2.0相比界面有了很大的改变。 DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司(Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.97年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能,可进行DNA,RNA,蛋白质序列的编辑和分析,甚至还能进行质粒作图、
生物专业自我介绍
生物专业自我介绍 第一篇：生物专业自我介绍 生物专业自我介绍范文 我叫xxx，是安徽师范大学生命科学学院生物技术专业2014届毕业生。 大学四年，我始终严格要求自己，全方面锻炼和发展自我。不断的加强与人沟通交流的能力并取得了很大的提高，积极的参加实践活动，大大的提高了我的实践能力。学习上，我踏实努力，以优秀的成绩通过了所有课程，连续三年获得三好学生的称号并获得二等奖学金，专业成绩名列前茅。实验操作能力在大学期间得到很大的提高，能够顺利地独立完成实验课程。同时，我广泛学习了英语、计算机等各方面知识，先后通过了国家英语四、六级考试，国家计算机水平考试二级，三级，能熟练操作计算机常用软件。我有着很强的学习能力和适应新环境的能力，较强的团体协作能力和实践能力。 我的学校安徽师范大学是安徽省省属重点大学，具备师范类及非师范类专业。我所在专业生物技术专业是非师范类的，侧重于生产应用，所学习课程是面向生物制药公司，发酵类公司，以及研发部门的。除学习了较宽广的生物基础知识外，我对生物技术的四大工程课程还有着较深入的学习。 第二篇：生物专业英文自我介绍
mynameisxxxx.iamanundergraduateofhenannormaluniversity,ma joringinbiotechnology.inthepastthreeyears,ididquiteagoodjobin mystudyandhadacquiredsystemicknowledgeofmymajor.besides,ipass edcet- 6andhaveobtainedthesecondprizeforbandcinthe2014and2014nationa lenglishcontestforcollegestudentstwice.ihavegoodcommunicative skillandstrongteamspiritwhichwillbeagreathelpformetofulfillmy masterdegreecourses.withregardtomycharacter,i'dliketosaythati amoptimisticandeasy- going.besidesstudyienjoywalkingwhichmakesmehealthyandmymindto ugh听. hefollowingismyresume.andtheencloseddocumentismyschoolrep ortofthepastthreeyears!ifishoulddelivertwoprofessor'recommend ationstoyou,iwillpostthemassoonaspossible.thanksforyourattent ion! 第三篇：生物专业英文自我介绍 生物专业英文自我介绍 mynameisxxxx.iamanundergraduateofhenannormaluniversity,ma joringinbiotechnology.inthepastthreeyears,ididquiteagoodjobin mystudyandhadacquiredsystemicknowledgeofmymajor.besides,ipass
生物工程专业主要课程简介
生物工程专业主要课程简介 1F12755 基础生物学学分：4.0 Basic Biology 预修课程：无机及分析化学、有机化学 内容简介：本课程主要介绍了什么是生命、生命科学的发展和研究方法、生命的物质基础、生命的结构基础-细胞、生命活动及生命的形态与建成，其中包括植物的生命活动及生命的形态与建成，被子植物的有性生殖和发育，动物的组织、消化和吸收，动物的循环和呼吸，动物的排泄和水盐平衡，动物的体内调节，动物的行为，动物的生殖和发育等。本课程还介绍了生命活动的维持——能量的获取与转换、生命的遗传与变异、生物体的防卫系统、生命的信息传递和处理、生命起源和生物进化、生物的分类和分界、生物与环境。 推荐教材：《现代生物学》，胡玉佳主编，高等教育出版社，1999年 主要参考书：《普通生物学——生命科学通论》，陈阅增主编，高等教育出版社，2004年 《Biology》（6th ed），Raven and Johnson 主编，McGraw-Hill Science ，2001年 《生物学原理》（影印版），Eldon D. Enger 主编，科学出版社，2004年 1F10693生物化学学分：4.0 Biochemistry 预修课程：无机及分析化学、有机化学、基础生物学 内容简介：本课程主要介绍生物化学的发展历史、生物化学研究中的重要化学概
念、组成蛋白质的20种天然氨基酸、蛋白质的化学组成、蛋白质的空间结构、几种重要蛋白质的结构与功能关系、蛋白质研究的方法学、酶催化原理、核苷酸和核酸的结构与功能、脂类的结构与功能、生物膜的化学组成、结构和跨膜运输原理、碳水化合物的结构与功能、生物能量学、生物分子的分解合成代谢和遗传信息的复制及表达调控机制。 推荐教材：《生物化学简明教程》（第三版），罗纪盛编高等教育出版社，2001年 《Biochemistry》，B.D.Hames，科学出版社，2000年 主要参考书：《生物化学》（上、下册），沈同等编，高等教育出版社，2002年《医学生物化学》，周爱儒编，北京医科大学出版社，2001年 1F11035 化工原理学分：4.0 Principles of Chemical Engineering 预修课程：高等数学、物理、无机及分析化学、有机化学、物理化学 内容简介：本课程阐明了化工过程开发步骤和方法及化学工程学的基本观点和方法，主要讲述流体流动过程基本原理及其应用(流体测量、流体输送)、热量传递过程基本原理及其应用（气体的吸收和液体的精馏过程计算），使学生在理解基本原理和方法的同时提高实际应用能力。 推荐教材：《化工原理》，南京化工大学编著，化学工业出版社 主要参考书：《化工原理》，华东化工学院编著，化学工业出版社 《化工原理实验》，南京化工大学编著，东南大学出版社 《化工原理》，蒋维钧等编著,清华大学出版社 《化工原理学习指导》，匡国柱主编,大连理工出版社
生物常用软件学习
Excel 提速12招 https://www.360docs.net/doc/8c15863897.html,生物谷网站Excel是一个全能的电子表格，它功能强大、操作方便，除了可以快速地生成、格式化各种表格外，还可以对表格中的数据完成很多数据库的功能。下面向您介绍几个快速使用Excel的方法技巧。 1、快速启动Excel。若您日常工作中要经常使用Excel，可以在启动Windows时启动它，设置方法： （1）启动“我的电脑”进入Windows目录，依照路径“Start Menu\Programs\启动”来打开“启动”文件夹； （2）打开Excel 所在的文件夹，用鼠标将Excel图标拖到“启动”文件夹，这时Excel的快捷方式就被复制到“启动”文件夹中，下次启动Windows就可快速启动Excel了。 若Windows已启动，您可用以下方法快速启动Excel。方法一：双击“开始”菜单中的“文档”命令里的任一Excel工作簿即可。 方法二：用鼠标从“我的电脑”中将Excel应用程序拖到桌面上，然后从快捷菜单中选择“在当前位置创建快捷方式”以创建它的快捷方式，启动时只需双击其快捷方式即可。 2、快速获取帮助。对于工具栏或屏幕区，您只需按组合键Shift＋F1，然后用鼠标单击工具栏按钮或屏幕区，它就会弹出一 个帮助窗口，上面会告诉该元素的详细帮助信息。 3、快速移动或复制单元格。先选定单元格，然后移动鼠标指针到单元格边框上，按下鼠标左键并拖动到新位置，然后释放 按键即可移动。若要复制单元格，则在释放鼠标之前按下Ctrl即可。 4、快速查找工作簿。您可以利用在工作表中的任何文字进行搜寻，方法为：(1)单击工具栏中的“打开”按钮，在“打开”对话 框里，输入文件的全名或部分名，可以用通配符代替；(2)在“文本属性”编辑框中，输入想要搜寻的文字，最好是您认为是唯一的单词或短语，以便搜寻更容易成功；(3)选择“开始查找”即可。在找到满足条件的文件前，“打开”对话框的状态栏都会显示“找到了0个文件”的信息，您应该耐心等待，只有当“打开”按钮由灰化状态变成可用状态时，才表明搜寻结束。 5、快速打印工作表。若选择“文件”菜单中“打印”命令来打印，会出现“打印”对话框让您选择，程序繁琐。若要跳过该对话 框，您可以单击“常用”工具栏上的“打印”按钮或者按下Shift键并单击“打印预览”按钮，Excel将使用“选定工作表”选项打印。 6、快速切换工作表。按Ctrl＋PageUp组合键可激活前一个工作表，按Ctrl＋PageDown组合键可激活后一个工作表。您还可 用鼠标去控制工作表底部的标签滚动按钮快速地移动工作表的名字，然后单击工作表进行切换。 7、快速切换工作簿。对于较少工作簿切换，可单击工作簿所在窗口。要对多个窗口下的多个工作进行切换，用“窗口”菜单 最方便。“窗口”菜单的底部列出了已打开了工作簿的名字，要直接切换到一个工作簿，从“窗口”菜单选择它的名字即可。“窗口” 菜单最多能列出9个工作簿，若多于9个，“窗口”菜单则包含一个名为“多窗口”的命令，选用该命令，则出现一个按字母顺序列出所有已打开的工作簿名字的对话框，只需单击其中需要的名字即可。 8、快速插入Word表格。Excel可以处理Word表格中列出的数据，您可用以下方法快速插入Word表格：(1)打开Word表 格所在的文件；(2)打开要处理Word表格的Excel文件，并调整好两窗口的位置，以便能看见表格和要插入表格的区域；(3)选中Word中的表格；(4)按住鼠标左键，将表格拖到Excel窗口中，松开鼠标左键将表格放在需要的位置即可。 9、快速链接网上的数据。您可以用以下方法快速建立与网上工作簿中数据的链接：(1)打开Internet上含有需要链接数据的 工作簿，并在工作簿选定数据，然后单击“编辑”菜单的“复制”命令；(2)打开需要创建链接的Excel工作簿，在需要显示链接数据的区域中，单击左上角单元格；(3)单击“编辑”菜单中的“选择性粘贴”命令，在“选择性粘贴”对话框中，选择“粘贴链接”按钮即可。 若您想在创建链接时不打开Internet工作簿，可单击需要链接处的单元格，然后键入(=)和URL地址及工作簿位置，如：=https://www.360docs.net/doc/8c15863897.html,/[filel.xls]。
一些国外生物技术公司的简介
一些国外生物技术公司的简介 QIAGEN： 德国著名的试剂公司，该公司的核酸分离纯化系列基于多项专利技术，纯度高，产量高，快速方便，品种齐全，为世界知名品牌。其大多数产品以即用型试剂盒形式提供，随产品有非常详细的操作技术手册。此外，还提供优质的传染系统，RT/PCR反应系统（包括高特异性的逆转录酶及热启动的Taq酶），蛋白及多肽表达、纯化、检测分析系统。 Ambion： 该公司始终致力于开发RNA相关产品，在RNA的分离纯化、RACE、RT-PCR 方面有许多非常有特色的产品，并提供优质的Northern杂交体系，和高效的体外翻译体系。如今，其产品在RNA研究领域已经成为研究人员的首选品牌。 Invitrogen： 该公司成功地提供了PCR产物快速克隆试剂盒，及与之配套的系列产品，包括高效转染和转化试剂、高效感受态细胞、全面的原核及真核基因表达系统、酵母双杂交系统等多种特色产品。大大便利了分子克隆的全过程操作。其成功并购了Gibco/BRL，Novex，Research Genetics等知名公司，产品覆盖更为广泛。 Clontech： 现已成为B.D.公司旗下分子生物学主力舰。该公司的cDNA试剂盒、荧光蛋白报告基因系统、酵母双杂交系统、基因Array产品是独具特色的产品，其中一些试剂盒（GFP、Tet Off &On等）获得过多次大奖。Clontech公司聚集了一大批优秀的科学家，在分子研究的各个领域开发出了许多设计思路独特，快捷便利的试剂产品，紧跟科学前沿。 Strategene： 该公司的特色产品包括：预制基因文库、定制文库、文库构建产品、感受态细胞、高效转染试剂、点突变试剂盒、PCR仪及多种专利产品，在分子生物
启动子生物信息学分析软件
https://www.360docs.net/doc/8c15863897.html,/seq_tools/promoter.html 2. PlantCARE（plant cis-acting regulatory elements）, a database of plant cis-acting regulatory elements http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtoo ls/plantcare/html/ 3. promoter 2.0 prediction server http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ 4. 启动子分析网址: 1 https://www.360docs.net/doc/8c15863897.html,/seq_tools/promoter.html 2 http://alggen.lsi.upc.es/recerca/menu_recerca.html 3 http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ 4 https://www.360docs.net/doc/8c15863897.html,/~molb470/ ... s/solorz/index.html 5 https://www.360docs.net/doc/8c15863897.html,/molbio/proscan/ http://bip.weizmann.ac.il/toolbo ... ters.html#databases https://www.360docs.net/doc/8c15863897.html,/seq_tools/promoter.html https://www.360docs.net/doc/8c15863897.html,.sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htm https://www.360docs.net/doc/8c15863897.html,/pub/programs.html#pmatch https://www.360docs.net/doc/8c15863897.html,.hk/~b400559/arraysoft_pathway.html#Promoter http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.html http://intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/ http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ https://www.360docs.net/doc/8c15863897.html,/molbio/proscan/ https://www.360docs.net/doc/8c15863897.html,/molbio/signal/ https://www.360docs.net/doc/8c15863897.html,/thread-41571-1-1.htm 常用启动子分析网址： http://bip.weizmann.ac.il/toolbox/seq_analysis/promoters.html#databas es
常用分子生物学软件简介
常用分子生物学软件 一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix? Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境后后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 二、RNA二级结构。 RNA Structure RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由Turner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。RNAdraw中一个非常非常重要的特征是鼠标右键菜单打开的菜单显示对鼠标当前所指向的对象/窗口可以使用的功能列表。RNA文库（RNA
常用生物信息学软件
常用生物信息学软件 一、基因芯片 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix? Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JA V A语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JA V A运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster）分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JA V A语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview 增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 三、序列综合分析 V ector NTI Suite 8.0 不喜欢装备各种专业性强的软件，而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理（增加、修改、查找），对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定（数据）->分析->结果（显示、保存和入库）三步完成。在分析主界面，软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作，生成重组分子策略和实验方法，进行限制酶片段的虚拟电泳，新建输入各种格式的分子数据、