生物信息学工具BLAST的使用简介_吕军

2003年3月内蒙古大学学报(自然科学版)M ar.2003第34卷第2期Acta Scientiarum Naturalium Univ ersitatis NeiM ongol Vol.34No.2

文章编号:1000-1638(2003)02-0179-09

生物信息学工具BL AS T的使用简介

吕　军1,3,张　颖3,冯立芹2,李　宏1

(1.内蒙古大学理论物理与理论生物物理研究室,内蒙古呼和浩特010021;

2.内蒙古民族大学物理系,内蒙古通辽028043;

3.内蒙古工业大学物理教研室,内蒙古呼和浩特010062)

摘要:从网上在线服务、电子邮件服务和本地运行三个方面介绍BL AS T的使用方法,目的是

使大家尽快掌握它,使其成为理论生物学研究的有力工具.

关键词:BL AS T;数据库;搜索

中图分类号:Q617 文献标识码:A

引　言

随着人类基因组计划(HGP)的进展,生物数据量迅速膨胀,海量的生物数据摆在生物信息学的工作者面前.生物信息学计算的核心是序列的比较,从而,比较基因组学、比较蛋白质组学成为后基因组时代的主要研究方向之一.比较的内容从序列的组分变化、寻找特殊的字段,到序列间字母的对应.比较的主要目的在于阐明序列间的同源(isogeny)关系,以及从已知序列去预测新序列的结构和功能.

两个或多个符号序列按字母比较,尽可能确切地反映他们之间的相似和相异,称为序列的联配(a lig nment).核酸和蛋白质序列的联配的前提是,假定两个序列来自同一个祖先序列(“同源”),它们在演化的过程中由于变异的积累而成为不同的序列.

近年来,进行序列联配分析的工具软件发展了很多,其中,尤以BLAST和FAST A使用最为频繁,一般认为,BLAS T运行速度快,对蛋白质序列的搜寻更为有效,FASTA速度较慢,对核酸序列更为敏感.BLAST是“基本局域联配搜索工具”(Basic Local Alig nment Search Tool)的字头缩写,是最常用的比较核酸和蛋白质同源性的比较工具.现在,利用BLAST对数据库进行搜索已成为生物信息学工作者的经常.因为BLAST和FAS TA的功能相近,所以,本文以BLAS T为例从三个方面来分别介绍BLAST的使用方法.关于BLAST的算法描述可见文献〔1〕和〔2〕.

1　网上在线服务

BLAST是运行速度甚快的数据库搜索程序,许多生物信息中心都有专门运行BLAST的服务器.主要的BLAST服务器网址如下:

http://w w w.ncbi.nlm.nih.g ov/blast/(运行BLASTR2.0,美国,维护GenBank)

http://w w https://www.360docs.net/doc/9611661439.html,(运行W U-BLAST2,欧洲,维护EM BL数据库)

http://w w w.blast.geno me.ad.jp/(运行BLAST2.0,日本)

https://www.360docs.net/doc/9611661439.html,(运行BLASTR2.0,中国,有ncbi和ebi的镜像)

收稿日期:2002-05-17

基金项目:国家自然科学基金(10147204)资助项目,内蒙古自然科学基金(2001301)资助项目

作者简介:吕军(1973～),男,内蒙古乌拉特前旗人,讲师,硕士.

各服务器的BLAS T 搜索界面大同小异,下面我们以CBI(北京大学生物信息中心)的BLAS T 服务器为例,分步骤来介绍BLAST 的在线搜索方法.

第一步:首先以http ://https://www.360docs.net/doc/9611661439.html, 登录CBI 的BLAS T 服务器,其界面如图1,这时可以选择所要进行的搜索方式.主要的搜索方式列在表1中.

其中,BLAST 2Sequences 只针对两条序列的比对.从表1中可以看出,在BLAST 前面加T 表示要求进行翻译,后面加N 、P 分别表示核酸和蛋白质库.X 则表示某种交叉比较

.

图1　CBI 的BL A ST 程序选择界面Fig.1　H o me Pag e of Pro g ram o f BL A ST o f CBI

表1　BLAST 程序Table 1　Programs of BLAST Prog ra ms Query Sequences Sea rch Data Bases BL A ST N Nucleotide N ucleotide BL AS T P Pro tein Pro tein BL A STX Nucleotide Pro tein T BL A ST N Pro tein N ucleotide T BL AST X Nucleotide

N ucleotide

BL A ST 2Sequences

第二步:根据需要选择一种搜索方式后,进入下一层界面,如图2(以BLASTN 为例).这就是

BLAS T 的主界面,下面我们逐一介绍一下BLAS T 的主界面中的各选项

.

图2　BL A STN 查询主界面Fig .2　Quer y Hom e Pag e o f BL A ST N

A.首先是选择数据库

核酸序列数据库和蛋白质序列主要数据库分别列在表2中.对数据库的选择可根据查询的具体要求做出相应的选择.缺省数据库为nr.

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内蒙古大学学报(自然科学版)2003年

表2　蛋白和核酸数据库

Table 2　Pept ide and Nucleotide Sequence Databases

Peptide Sequence Databases

nr All no n-redundant GenBa nk CD S t ransla tions +PDB +SwissPr ot +PI R

month

All new or revised GenBa nk CD S tra nsla tio n +PDB +Sw iss Pro t +PIR released in the last 30

days .Swisspro t The last major release of the SW I SS-PRO T pro tein sequence database (no upda tes)y ea st Yeast (Saccharo myces cerevisiae )pro tein sequences.E .co li E .co li geno mic CDS tra nslatio ns

Pdb

Sequences deriv ed fr om the 3-dimensional structur e Br oo khav en Pro tein Da ta Ba nk

Pat Pro tein sequences deriv ed fro m the Pa tent divisio n o f G enBank N ucleo tide Sequence Da ta ba ses

nr All N on -redunda nt GenBa nk +EM BL +DDB J +PDB sequences (but no EST ,ST S ,G SS ,or HT GS sequences)

est N o n-redundant Database of GenBank +EM BL+DDBJ EST Div isions

sts N o n -redundant Database of GenBank +EM BL +DDBJ ST S Div isions h tg s H ig h Thro ughput Genomic Sequences

gss

Geno me Surv ey Sequence ,includes sing le -pass g eno mic data ,ex o n -tr apped sequences ,a nd Alu PCR sequences.

B .输入FAST A 格式的要查询序列

需要查询的序列可以通过“查询序列输入文本框”提交,也可以将要查询的序列做成FAST A 格式的文件通过“查询序列文件载入文本框”提交.这里允许同时提交多个序列.要求需要查询的序列必须以FAS TA 格式录入.FASTA 格式以“>”开头,每行不超过80个字符(包括说明行).最好每行低于60个字符.FAST A 格式支持的核酸符号和氨基酸符号分别列在表3中.

表3　FASTA 格式所支持的核酸符号和氨基酸符号

Table 3　The nucleic acid codes and amino acid codes supported by FASTA

The nucleic acid codes suppo r ted a re A adeno sine M A C (a mino )U uridine D G A T C cytidine S G C (stro ng )R G A (purine )H A C T G guanine

W

A T (weak)Y T C (pyrimidine)V G C A T thymidine

B G T C

K

G T (keto )

N

A G C T (a ny )

*

ga p o f indetermina te leng th

The amino acid co des suppo rted ar e A a la nine G g lycine N a spar agine U selenocy steine B a spar tate o r asparag ine H histidine P pro line V v aline C cystine I isoleucine Q glutamine W

tr yptophan

D a spar tate K lysine R a rginine Y tyr osine

E g lutama te L leucine

S serine Z g lutama te or glutamine F phe ny lalanine M me thionine

T

th reo nine

X

any

*

tr anslatio n stop

-

ga p o f inde termina te

C.过滤程序的选择

缺省为低复杂度,过滤程序可以滤掉序列中的一些“低复杂度”区域,否则象Poly (A)、Poly (T)这样的片段会导致高分联配,漏掉真正的编码区.一般选取缺省值即可.BLASTN 只能选用或不用DU ST 过滤程序,其他可选用过滤程序为SEG 、XN U 或其组合.对于这些过滤程序的描述可参见〔3〕等文献.

D.期望值E 的选择

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第2期

吕军等　生物信息学工具BLAS T 的使用简介

期望值E是一个统计显著性指标,是假定所提交的序列和库中的全部序列都是随机序列,所期望的符合数目.只有搜索到比期望值小的符合序列,才作为结果返回.缺省为10.

E.联配矩阵的选择

连配打分矩阵的选择的一般原则见表 4.

F.交叉搜索时遗传密码表的选择和移框的选择(仅对BLASTX)

G.高级选项

高级选项的参数及其缺省值得设置见表5.高级选项的使用可以增加查询的灵活性,建议大家在对BLAST比较熟悉时,一定去使用这些选项.

表4　打分矩阵的选择原则

Table4　C hoice principle of substitut ion matrix

Q ue ry leng th Substitutio n matrix <35P AM-30

35-50P AM-70

50-85BL O SU M-80

>85BL O SU M-62

表5　BLASTN和BLASTP、BLASTX、TBLASTN高级选项

Table5　Advanced Options of BLASTN,BLASTP,BLASTX and TBLASTN BL A ST N Adv anced O ptio ns

-G Cost to o pen a ga p[Intege r]default=5

-E Cost to ex tend a g ap[Integ er]default=2

-q Penalty for a mismatch in the bla st po rtion of run default=-3

-r Rew ar d fo r a ma tch in th e blast por tio n o f r un defa ult=1

-e Ex pecta tio n va lue(E)[Real]defa ult=10.0

-W W ord size,default is11for blastn,3fo r o th er pro g rams.

-v N umbe r o f o ne-line descriptio ns(V)[Integ er]defa ult=100

-b N umbe r o f a lig nments to show(B)[Integ er]default=100

BL A ST P,BL AST X,TBL A ST N Adv anced O ptio ns

-G Cost to o pen a ga p[Intege r]default=11

-E Cost to ex tend a g ap[Integ er]default=1

-e Ex pecta tio n va lue(E)[Real]defa ult=10.0

-W W ord size,default is11for blastn,3fo r o th er pro g rams.

-v N umbe r o f o ne-line descriptio ns(V)[Integ er]defa ult=100

-b N umbe r o f a lig nments to show(B)[Integ er]default=100

H.返回结果的浏览形式

I.返回符合序列简短说明的行数.缺省为100和50

J.返回联配结果的颜色方案.共7种方案,缺省为无颜色方案

K.清除查询序列和确定搜索

第三步:分析返回结果.单击搜索按钮后,稍作等待便可有返回结果.返回结果主要包括以下四个部分,表10给出一个详细例子.

A.标题(Header)

A.1本次查询所使用的程序和其版本.

A.2本程序的作者以及参考文献.

A.3本次查询所搜索的数据库,搜索的序列数及字符数.

A.4所提交的查询序列的信息.

B.摘要(Summa ry)

满足查询条件的有意义的联配结果的摘要信息.

C.主要部分(Main)

满足查询条件的有意义的联配结果详细信息.

D.最后部分(finality)

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列出本次查询所使用的参数,以及一些计算出的参数.

2　电子邮件查询服务

在线查询不方便时,比如受到上网机时的限制或所要提交的序列较长,可以通过电子邮件的方式进行BLAS T 搜索服务.因为是用电子邮件提交查询序列,故而没有上网费用的限制,所以最好提交国外网站(比如NCBI ),因为那里的数据库是最新最全的.下面我们就以NCBI 的电子邮件BLAS T 服务为例来演示如何通过电子邮件提交查询序列.我们发往N CBI 这样一封信:

From :lujun8210@https://www.360docs.net/doc/9611661439.html, Date :5Apr 200200:10:02(可选) To :blast @https://www.360docs.net/doc/9611661439.html, Subject :

PRO GRAM blastn DATALIB nr EX PEC T 0.75(可选) BEGIN >gi |6226515|ref |NC 001224.1|Saccharomy ces cerevisiae mitocho ndrion ,

complete g eno me

T TCAT AAT TAAT T TT TT ATAT AT ATAT TA TAT TAT AAT ATT AATT T A ……

其余参数均使用缺省值.返回结果与CBI 在线服务的返回结果基本相同,具体可参见表10.这里不再重复.

3　本地运行

除在线BLAS T 搜索和E -M AIL 提交外,还可以将BLAST 下载到本地计算机上运行.下面我们

分步骤来介绍如何在本地计算机上使用BLAS T 进行序列的比对.这对于我们的工作是十分有帮助的.

第一步:下载一个单机用的DOS 版的BLAST 程序.可以到NCBI 下载(ftp ://ncbi .nlm .nih .g ov /blast /),也可以到谈杰的生物软件网下载(h ttp ://w w w.bio-so https://www.360docs.net/doc/9611661439.html,).文件名为blastz.ex e,这是一个2.2版的BLAS T 程序,程序大小为7.3Mb.第二步:安装BLAST

将blastz .ex e 拷贝到一指定目录(比如C :\Blast ,后面的演示均以此目录为准)后,运行blastz .ex e ,此时,在这一目录中生成12个应用程序、6个说明文件和一个data 文件夹.

第三步:创建ncbi.ini 文件.

在你的操作系统安装目录(如c :\w indow s)下创建一个名为ncbi.ini 的配置文件,在这个文件中写入下面两行代码,如果此文件存在,则修改其内容为下面两行代码:

[NCBI]

Data="path \data \" 比如,本例中在c :\window s \ncbi .ini 文件中写入下面两行代码: [NCBI ]

Data=c :\blast\data

因为在data 目录下存放有搜索必需的矩阵、密码表、参数表以及一些C 语言的脚本程序等重要信息,所以在搜索前要指定这些文件的存放路径.这一步做完之后,接下来要完成重要的一步,就是格式化数据库.

第四步:格式化数据库.

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第2期

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首先要创建FASTA格式的数据库文件,然后用fo rm atdb程序将所创建的数据库文件格式化.下面我们详细介绍数据库的创建和格式化过程.

A.创建数据库

将所操作数据库以FAST A格式保存,可以自己创建,也可以到N CBI去下载,地址为:ftp:// https://www.360docs.net/doc/9611661439.html,/blast/db/.具体形式为:

>gi|6319248|ref|N P009331.1|Yal069w p

M IVNN T H V L TLPLYT TT TCHT HPHLY TDFTY AHGCYSIY HLKLTLL……

....................................

这里“>"是必需的,“>"之后是一些说明信息(说明可以省略),比如gi是NCBI数据库中序列的统一编号形式,gi后面跟“|”,“|”后面就是这个基因或蛋白的在NCBI的标识代码.具体标识代码含义见表6.包括说明在内,每行不超过80个字符,这是一个默认值.每个基因或蛋白均以“>”开头.将这个数据库文件以一定的文件名保存.比如创建一个核酸数据库以nt这个文件保存在“c:\blast\ database\nt\"下.

表6　数据库名称与标识码

Table6　Database Name and Identif ier Syntax

Data base N ame Identifier Sy ntax

G enBank g b|accession|locus

EM BL Data Libra ry emb|accessio n|locus

D DBJ,DN A Database o f J apan dbj|accessio n|locus

N BRF PIR pir||entr y

Pro tein Research Foundation pr f||na me

SW ISS-PRO T sp|accessio n|entry na me

Bro okhav en Pro tein Data Bank pdb|entr y|chain

Pa tents pa t|countr y|number

G enInfo Backbone Id bbs|number

G ener al database identifier g nl|da taba se|identifie r

N CBI Reference Sequence ref|a ccessio n|lo cus

B.将所建好的数据库格式化

启动DO S窗口,将路径指向BLAST应用程序所在目录,使用fo rmatdb命令对nt这个数据库进行格式化.fo rmatdb命令的语法格式为:

fo rm atdb-i dtatbase-p F-o T

本例中,可以如此应用fo rmatdb命令:

c:\blast>fo rmatdb-i dtatbase\nt\nt-p F-o T

其中一些主要参数的含义见表7.

表7　f ormatdb命令的参数

Table7　Parameters of f ormatdb command

Para meters sig nifica tio n

-t Title for da ta ba se file[String]Optio na l

-i Input file for for matting(this pa ramete r must be set)

-l Log file name:O ptio nal defa ult=fo rma tdb.log

-p T ype of file T-pr ot ein F-nucleo tide default=T

-o Pa rse o ptions

T-Tr ue:Pa rse SeqId and cr ea te index es.

F-False:Do not par se SeqId.Do no t cr ea te index es.

[T/F]Optio na l default=F

执行完fo rm atdb命令后,在“c:\blast\database\nt\”下生成一系列文件,这些文件是进行数据库

查询所必需的.

第五步:进行序列比对和序列查询.

完成以上步骤后就可以使用BLAST 进行序列的比对和查询了.A.两个序列之间的比对——bl2seq

有时我们只需要对两个序列进行比对,此时就可以使用bl2seq 命令,使用bl2seq 命令不须要创建数据库,直接给定两条序列就可实现比对.具体语法格式为:

bl2seq-i seq1-j seq2-p blast Pro gram-o out.File

bl2seq 命令还有很多参数,但最一般的是上面所列参数,根据所讨论问题的要求可具体选择不同的参数.查询参数的办法为,在提示符下直接键入bl 2seq ,不带任何参数即可,表8列出bl 2seq 命令的一些主要参数,注意参数的大小写.

表8　bl 2seq 命令的参数

Table 8

　Parameters of bl 2seq command Pa ramete rs

sig nificatio n

-i Fir st sequence [File In ]

-j Second sequence [File In ]-p Prog r am na me :bla stp,blastn,blastx.For blastx 1st a rg ume nt sho uld be nucleo tide [String ];default =bla stp

-o alig nm ent o utput file [File O ut ];default =stdout

-M M a trix [String ];defa ult =BL O SUM 62

-q Penalty for a nucleotide misma tch (blastn o nly );default =-3-r Rew ar d fo r a nucleo tide match (blastn o nly );default =1-e Ex pecta tio n va lue (E)[Real ];default =10.0

-F

Filter query sequence (DU ST w ith blastn,SEG w ith o ther s)[St ring ]default =T

举一个具体的例子,我们在“c :\blast da tabase \”目录下创建两个FASTA 格式的序列文件seq 1和seq 2,为了简单起见,我们把这两个文件内容作的相同.seq1:

>gi |4001550|dbj |AB001390.1|AB001390Hepatitis C virus g ene for E2pro tein,hyperva riable re-gio n,pa rtial cds,clo ne :A

CACACCC TCG TGAC AGGGGGGG

seq2:>gi |4001550|dbj |AB 001390.1|AB 001390Hepatitis C virus g ene for E 2pro tein ,hyperva riable re-gio n ,pa rtial cds ,clo ne :A

CACACCC TCG TGAC AGGGGGGG

文件创建好之后,在DO S 窗口下输入以下命令行,输出文件名我们定义为seq12.c :\blast>bl2seq-i database\seq1-j da tabase\seq2-p bla stn -o da tabase\seq12-e 0.01命令执行后,我们察看输出文件seq12,如果-o 参数缺省,则查询结果在屏幕输出.seq12:

Query :1cacaccctcg tg aca 15

|||||||||||||||Sbjct :1cacaccctcg tgaca 15 ............

我们发现上面只比对了序列中的1-15个碱基,而16-22这7个碱基被滤掉了,因为这是连续7个G 的简单重复序列,如果不想滤掉它们,只须在bl2seq 的语句中加入参数-F,并且赋值F(假)即可,因缺省时-F 的值为T(真).即:

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第2期

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c:\blast>bl2seq-i database\seq1-j da tabase\seq2-p bla stn-o da tabase\seq12-e0.01-F F seq12:

..................

Query:1cacaccctcg tgacaggg gg gg22

||||||||||||||||||||||

Sbjct:1cacaccctcg tgacaggg gg gg22

..................

B.序列查询——blastall

进行序列查询前,必须要有创建并格式化数据库的过程.前面的工作做好后,就可以利用blastall 命令进行序列的查询.具体语法格式为:

blastall-p blastProg ram-d database-i Query File-o out.Query File

blastall命令的部分参数列在表9中.寻求帮助时,直接键入blastall,不带参数就可以获得blastall命令的所有参数说明.注意参数的大小写区别.

表9　blastall命令的参数

Table9　Parameters of blastall command

Para meters sig nifica tio n

-p Prog r am N ame[String]Input sho uld be one of"bla stp","blastn","blastx","tbla stn",o r"tblastx".

-d Da ta base[String]default=nr

-i Q uery File[File In]default=stdin

-e Ex pecta tio n va lue(E)[Real]defa ult=10.0

-o BL A ST repor t O utput File[File Out]Optio na l default=stdo ut

-F Filter query sequence(DU ST w ith blastn,SEG w ith o ther s)[St ring]default=T

-S Q uery stra nds to sear ch ag ainst da taba se(fo r blast[nx],a nd tblastx).3is bo th,1is to p,2is bo tto m [Integ er]default=3

-T Produce HT M L output[T/F]default=F

-l Rest rict sear ch o f da ta ba se to list of GI's[St ring]O ptio nal

-U Use low er case filtering o f FA ST A sequence[T/F]O ptio nal defa ult=F

举一个例子.比如我们要在前面格式化好的数据库"c:\blast\da tabast\nt\nt"中搜索上例中的seq1这个序列.我们可以这样做:

c:\blast>blastall-p blastn-d database\nt\nt-i database\seq1-o database\out.seq1-e0. 01-F F

输出文件为o ut.seq1,如果-o参数缺省,则查询结果在屏幕输出,具体结果见表10.

表10　BLAST结果

Table10　BLAST result

BL A ST N2.2.2[Dec-14-2001]

Header Ref erence:Altschul,Stephe n F.,Thoma s L.M adden,Alejandro A.Schaffer,Jingh ui Zhang,Zheng Zhang,W ebb Miller,and Dav id J.Lipman(1997),"Gapped BL A ST and PSI-BL A ST:a new g eneration of pr otein database search

pro g rams",N ucleic Acids Res.25:3389-3402.

Query=gi|4001550|dbj|AB001390.1|A B001390H epatitis C v irus gene fo r

E2pr o tein,hyperv ariable regio n,pa rtia l cds,clo ne:A(22letter s)

Da taba se:da ta ba se\nt\nt

1386sequences;2,070,001to tal let ters

186内蒙古大学学报(自然科学版)2003年

续表10

Sco r e

E Sequences pro ducing sig nifica nt a lig nments :

(bit s)

V alue Summa ry

dbj |AB001409.1|AB001409Hepatitis C v irus g ene fo r E2pr otein,h (4)

1e-006

........................

>dbj |AB001409.1|AB001409Hepa titis C virus g ene fo r E2pro tein,hy perv ariable regio n,

pa rtia l cds ,clo ne 18A

L eng th =81

Sco r e =44.1bits (22),Ex pect =1e -006

Identities =22/22(100%)M ain

Strand =Plus /Plus

Q uery:1cacaccctcg tg acagg gg g gg 22 ||||||||||||||||||||||Sbjct:1cacaccc tcg tg aca gg gg gg g 22 ........................

La mbda K H fina lity

1.37

0.711

1.31

Gapped

.....................

上面简单描述了BLAST 的三个方面的使用方法,当然其中还有很多细节的东西本文没有涉及到,这些细节还需读者在应用BLAST 的过程中慢慢捉摸和体会,同时读者可以参见文献〔4,5,6〕.本文能起到抛砖引玉的作用也就达到了文章的目的.有了本文的介绍,再借助一些帮助文件,相信大家一定能够很快熟悉并掌握BLAS T 的用法,使之成为我们科研工作中方便的工具.

参考文献:

[1]　Altschul S F ,Gish W ,M iller W ,et al .Ba sic loca l alig nm ent sea rch too l [J ].J .Mol .Biol .,1990,215:403～412.[2]　Altschul S F ,M adden T L ,Schaffer A A ,et al .Gapped BL A ST and P SI BL AS T :a new ge ner atio n of pro tein

database search pro g rams [J].N ucl .Acids Res .,1997,25:3389～3402.

[3]　W o ot to n J C,Federhen S.Statistics of local complex ity in amino acid sequences and sequence databas es [J].Com-puters &Chemistry ,1993,17:149

～163.[4]　郝柏林,张淑誉.生物信息学手册[M ].上海:上海科学技术出版社,2000.10,184～210.[5]　赵南明,周海梦.生物物理学[M ].北京:高等教育出版社,2000.7,209～228.

[6]　贺林.解码生命—人类基因组计划和后基因组计划[M ].北京:科学出版社,2000.4,421～426.

A Brief Introduction of th e Bioinfo rmatics Tool Blast

LU Jun 1,3,ZHANG Ying 3,FEN G Li -qing 2,LI Hong

1

(https://www.360docs.net/doc/9611661439.html,boratory of The oretical Physics and B iology ,NeiMongol University ,Hohhot 010021,P RC ;

2.Department of Physics ,NeiMongol National University ,Tongliao 028043,P RC ;

3.Teac hing and Researc h Section of Physics ,

N eiMongol Polytechnic University ,Hohhot 010062,P RC )

Abstract :The usag e o f Blast is introduced by o n -line service ,E -mail service and local running respectiv ely ,in o rder to make ev erybo dy master it as soo n as possible,and to make it become a va luable tool in studying theo retical biolog y.

Key words :BLAST ;database ;search

187第2期

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