分子生物学常用网站
Retrieve sequences:
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https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,/cards//
https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,/#goto=welcome
Analysis of domains:
http://smart.embl-heidelberg.de/
https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,/prosite/
Analysis of hydrophobic regions:
https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,/software/TMPRED_form.html
Check protein expression in tissues and cancer:
https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,/
microRNA target sites:
https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,/
Check protein phosphorylations:
https://https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,/phosphomouse/index.php
https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,/homeAction.do;jsessionid=54170749FFD9CF2416FAA55A64A6AB37 https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,/
Search for motifs (such as phosphorylation sites):
https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,/motifscan_id.phtml
Search for mutations in cancer cell lines:
https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,/perl/genetics/CGP/cosmic?action=sample&&id=905971
Sequence homology search:
https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,/Blast.cgi
Search for antibodies:
https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,/jump/2045/Antibody-Search.html
Expression of mRNA:
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https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,/#goto=welcome
Search for protein-protein interactions:
http://string.embl.de/newstring_cgi/show_input_page.pl?UserId=7mSsPtj3Zelh&sessionId=g8lsa uvY8275
http://smart.embl-heidelberg.de/
https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,/sites/entrez for gene
Structural retrieval:
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Coiled coli region:
https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,/software/COILS_form.html
Transcriptional factor binding sites:
http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html
https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,/cgi-bin/tess/tess33?_if=1&RQ=WELCOME
Location prediction:
http://psort.hgc.jp/
Yeast database:
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Fly database:
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Zebrafish:
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Retroviral targeted cancer genes:
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mRNA expression in mouse embryo:
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mRNA expression in mouse kidney:
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常用分子生物学软件简介
常用分子生物学软件简 介 公司内部编号：（GOOD-TMMT-MMUT-UUPTY-UUYY-DTTI-
常用分子生物学软件 一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。Arraypro Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix? Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境后后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster
斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显着性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 二、RNA二级结构。 RNA Structure RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由Turner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退
常用分子生物学工具汇总【最新版】
常用分子生物学工具汇总 书目资料库管理系统 1、ReferenceManager v11.0 【说明】ReferenceManager是一个专门设计来管理书目参考文献的资料库程序。任何需要收集参考文献做研究之用或需要制作书目的人都可以使用Reference Manager更轻易地管理资料。Reference Manager受到全球学术机构以及商业、研究机构的研究人员、图书馆员和学生广泛地使用。 【功能】 a、快速地从草稿中准备格式化的内文引用文献和参考书目 b、建立并维护部门的研究资料库 c、追踪再版馆藏 d、为研究人员或图书馆赞助者管理新知通报服务 e、从不同的参考文献来源(如:联机、光碟、网际网络资料服务)收集参考文献 f、为学生建立指定阅读清单 g、建立教职员出版品清单 h、编目特殊馆藏 2、Endnote7.0
【说明】Endnote由ThomsonCorporation下属的Thomson ResearchSoft开发，是SCI的官方软件，具备直接连接上千个数据库、边书写论文边插入参考文献、管理数十万条参考文献等的功能。其所占系统资源容量小，基本不会发生因Endnote数据库过大而电脑死机的现象。 【功能】 a、在线搜索文献:直接从网络搜索相关文献并导入到Endnote的文献库内 b、建立文献库和图片库:收藏，管理和搜索个人文献和图片、表格 c、定制文稿:直接在Word中格式化引文和图形，利用文稿模板直接书写合乎杂志社要求的文章。 d、引文编排:可以自动帮助我们编辑参考文献的格式 序列获得和同源性比对
1、NCBI-Genbank 【说明】GenBank是美国国家生物技术信息中心(NCBI)建立的DNA序列数据库，从公共资源中获取序列数据，主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测序计划( Benson等，1998)。为保证数据尽可能的完全，GenBank 与EMBL(欧洲分子生物学实验室)、DDBJ建立了相互交换数据的合作关系。 【功能】 a、Entrez检索:将核酸、蛋白质序列和基因图谱、蛋白质结构数据库整合在一起。 b、Blast检索:通过已知序列检索其同源序列(序列类型为核酸或核苷酸)。 c、序列分类检索:高通量基因组序列(HTG)、表达序列标记(EST)、序列标记位点(STS)和基因组概览序列(GSS)。序列文件的基本单位是序列条目，包括核甘酸碱基排列顺序和注释两部分。
分子生物学常见名词解释
分子生物学常见名词解释 1、分子生物学：是一门从分子水平研究生命现象、生命本质、生命活动及其规律的科学。 2、医学分子生物学：是分子生物学的一个重要分支，又是一门新兴交叉学科。它是从分子水平上研究人体在正常和疾病状态下的生命活动及其规律，从分子水平开展人类疾病的预防、诊断和治疗研究的一门科学。 3、酶工程：过去主要是通过生物化学方法从各种材料中提取、制备酶制剂。现在主要应用基因工程技术制取酶制剂。 4、蛋白质工程：过去主要是采用化学方法对纯化的蛋白质进行结构改造，制备出有特定功能的蛋白质。现在主要应用基因工程技术，从改造目的基因的结构入手，在受体细胞中表达不同结构的蛋白质。 5、微生物工程：又称发酵工程是利用微生物特定性状，使微生物产生有用物质或直接用于工业化生产的技术。 6、DNA的甲基化：DNA的一级结构中，有一些碱基可以通过加上一个甲基而被修饰，称为DNA的甲基化。 7、CG岛：在整个基因组中存在一些成簇、稳定的非甲基化CG，这类CG称为CG岛。 8 、信使RNA：从DNA分子转录的RNA分子中，有一类可作为蛋白质生物合成的模板，称为信使RNA。 9、顺反子：由结构基因转录生成的RNA序列亦称为顺反子。 10、帽子结构：5端第1个核苷酸是甲基化鸟嘌呤核苷酸，它以5端三磷酸酯键与第2个核苷酸的5端相连，而不是通常的3、5磷酸二酯键。 11 、核酶：在没有任何蛋白质（酶）存在的条件下，某些RNA分子也能催化其自身或其它RNA分子进行化学反应，即某些RNA具有酶样的催化活性，这类具有催化活力的RNA被命名为核酶。 12、蛋白质的变性：蛋白质分子爱到物理化学因素（如加热、紫外线、高压、有机溶剂、酸、碱等）的影响时，可使维持空间结构的次级键断裂，性质改变，生物活性丧失，称为蛋白质的变性。 13、蛋白质的复性：导致蛋白质变性的因素除去后，某些蛋白质又可重新回复天然构象，表现出天然蛋白质的生物活性，称为蛋白质的复性。 14、基因：是核酸分子中贮存遗传信息的遗传单位，是指贮存有功能的蛋白质多肽链或RNA序列信息及表达这些信息所必需的全部核苷酸序列。
分子生物学名词解释最全
第一章名词解释 1.基因（gene）是贮存遗传信息的核酸（DNA或RNA）片段，包括编码RNA和蛋白质的结构基因以及转录调控序列两部分。 2. 结构基因（structural gene）指基因中编码RNA和蛋白质的核苷酸序列。它们在原核生物中连续排列，在真核生物中则间断排列。 3.断裂基因（split gene真核生物的结构基因中，编码区与非编码区间隔排列。 4. 外显子（exon）指在真核生物的断裂基因及其成熟RNA中都存在的核酸序列。 5.内含子（intron）指在真核生物的断裂基因及其初级转录产物中出现，但在成熟RNA中被剪接除去的核酸序列。 6.多顺反子RNA（polycistronic/multicistronic RNA）一个RNA分子上包含几个结构基因的转录产物。原核生物的绝大多数基因和真核生物的个别基因可转录生成多顺反子RNA。 7.单顺反子RNA（monocistronic RNA）一个RNA分子上只包含一个结构基因的转录产物。真核生物的绝大多数基因和原核生物的个别基因可转录生成单顺反子RNA。 8. 核不均一RNA（heterogeneous nuclear RNA, hnRNA）是真核生物细胞核内的转录初始产物，含有外显子和内含子转录的序列，分子量大小不均一，经一系列转录后加工变为成熟mRNA。 9. 开放阅读框（open reading frame, ORF）mRNA分子上从起始密码子到终止密码子之间的核苷酸（碱基）序列，编码一个特定的多肽链。 10.密码子（codon） mRNA分子的开放读框内从5' 到3' 方向每3个相邻的核苷酸（碱基）为一组，编码多肽链中的20种氨基酸残基，或者代表翻译起始以及翻译终止信息。
常用生物软件大汇总(精)
常用生物软件大汇总 序列综合分析 Vector NTI Suite 8.0 不喜欢装备各种专业性强的软件,而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理(增加、修改、查找,对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定(数据->分析->结果(显示、保存和入库三步完成。在分析主界面,软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作,生成重组分子策略和实验方法,进行限制酶片段的虚拟电泳,新建输入各种格式的分子数据、加以注释,输出高质量的图像。Vector NTI Suite 还有以下独立的分析程序,完成相关分析。这些独立的程序,可以通过选定->分析->结果三步调用。 l 3DMol-显示PDB格式分子的三维结构 l Align X-序列相似性比较 l Align Xblocks-序列局部完全相同比较 l ContigExpress-将小片段拼装成长序列 l GCGConverter-GCG格式文件转换成NTI的格式 l PubMed/Entrez Search-搜索PubMed、PDB、GenBank l Back Translation-核酸->蛋白->核酸反向翻译的工具 l Matrix Editor-矩阵数据编辑 l Tools Manager-连接其他程序和网络连接的界面。分成Align、Analyze、Assemble、Tools四部分。
DNAStar5.03即著名的Lasergene Suite,由EditSeq MegAlign、GeneQuest MapDraw PrimerSelect Protean SeqMan II七个模块组成,该软件的MegAlign模块,可以对多达64000的片段进行拼装。整个拼装过程即时显示,并提示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。DNAstar是哈佛大学医学院是使用的序列分析软件,可见其功能强大。 Omiga 2.0实际上,大部分对核酸蛋白的序列分析功能,在Omiga 2.0中都能找到;而且界面非常友好。Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件,它还兼有引物设计的功能。主要功能:编辑、浏览、蛋白质或核酸序列,分析序列组成。用Clustal. W 进行同源序列比较,发现同源区。实现了核酸序列与其互补链之间的转化,序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及转化为RNA链,以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。查找核酸限制性酶切位点、基元(Motif及开放阅读框(ORF,设计并评估PCR、测序引物。查找蛋白质解蛋白位点(Proteolytic Sites、基元、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格的显示,表格设有多种分类显示形式。利用Mange 快捷键,用户可以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基元、开放阅读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。每一数据库中都设有多种查寻参数,可供 选择使用。用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。可从MacVectorTM、Wisconsin PackageTM等数据库中输入或输出序列。另外,该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析,对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。 DS gene :Omiga 2.0的换代产品,accelrys公司Discovery studio系列,accelrys 公司的insight II,GCG是业内蛋白分析和核酸分析的权威软件,DS gene 是GCG 的个人机简版,功能强大,而且可以直接与GCG服务器相连。由于受到vector NTI 的界面影响,DS gene 与Omiga 2.0相比界面有了很大的改变。 DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司(Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.97年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能,可进行DNA,RNA,蛋白质序列的编辑和分析,甚至还能进行质粒作图、
分子生物学名词解释
重要名词：（下划线的尤其重要） 1.常染色质：细胞间期核内染色质折叠压缩程度较低，碱性染料着色浅而均匀的区域， 是染色质的主体部分。DNA主要是单拷贝和中度重复序列，是基因活跃表达部分。2.异染色质：细胞间期核内染色质压缩程度较高，碱性染料着色较深的区域。着丝粒、端 粒、次缢痕，DNA主要是高度重复序列，没有基因活性。 3.核小体：核小体是染色体的基本组成单位，它是由DNA和组蛋白构成的，组蛋白H3、 H4、H2B、H2A各两份，组成了蛋白质八聚体的核心结构，大约200bp的DNA盘绕在蛋白质八聚体的外面，相邻两个核小体之间结合了1分子的H1组蛋白。 4.组蛋白：是染色体的结构蛋白，其与DNA组成核小体。根据其凝胶电泳性质可将其分 为H1、H2A、H2B、H3及H4。 5.转座子：是在基因组中可以移动和自主复制的一段DNA序列。 6.基因：原核、真核生物以及病毒的DNA和RNA分子中具有遗传效应的核苷酸序列，是 遗传的基本单位。它包括结构蛋白和调控蛋白。 7.基因组：每个物种单倍体染色体的数目及其所携带的全部基因称为该物种的基因组。 8.顺反子：由顺/反测验定义的遗传单位，与基因等同，都是代表一个蛋白质的DNA 单 位组成。一个顺反子所包括的一段DNA与一个多肽链的合成相对应。 9.单顺反子和多顺反子： 真核基因转录的产物是单顺反子mRNA，即一个基因一条多肽链，每个基因转录都有各自的调控原件。 多顺反子是指原核生物一个mRNA分别编码多条多肽链，而这些多肽链对应的DNA片段位于一个转录单位内，享用同一对起点和终点。 10.转录单位：即转录时，DNA上从启动子到终止子的一段序列。原核生物的转录单位往 往可以包括一个以上的基因，基因之间为间隔区，转录之后形成多顺反子mRNA，可以编码不同的多肽链。真核生物的转录单位一般只有一个基因，转录产物为单顺反子RNA，只编码一条多肽链。 11.重叠基因：是指两个或两个以上的基因共有一段DNA序列重叠基因有多种重叠方式， 比如说大基因内包含小基因，几个基因重叠等等。 12.断裂基因：在真核生物基因组中，基因是不连续的，在基因的编码区域内部含有大量的 不编码序列，从而隔断了对应于蛋白质的氨基酸序列。这种不连续的基因又称断裂基因或割裂基因 13.限制性内切酶：限制性内切酶是一类能够识别双链DNA分子中的某种特定核苷酸序列， 并在相关位置切割DNA双链结构的核酸内切酶。 14.超螺旋：如果固定DNA分子的两端，或者本身是共价闭合环状DNA或与蛋白质结合 的DNA分子，DNA分子两条链不能自由转动，额外的张力不能释放，DNA分子就会发生扭曲，用以抵消张力。这种扭曲称为超螺旋(supercoil)，是双螺旋的螺旋。 15.拓扑异构酶：通过切断DNA的一条或两条链中的磷酸二酯键，然后重新缠绕和封口来 改变DNA连环数的酶。拓扑异构酶I主要消除负超螺旋，作用一次超螺旋交叉数变化+1；拓扑异构酶II主要引入负超螺旋，作用一次L变化-2。TOPO I催化DNA的单链
最常用生物软件大全介绍讲解
一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综 合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。
3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 二、RNA二级结构。 RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA
分子生物学常见名词解释完全版
分子生物学常见名词解释完全版(中英文对照) A Abundance (mRNA 丰度)：指每个细胞中mRNA 分子的数目。 Abundant mRNA(高丰度mRNA)：由少量不同种类mRNA组成，每一种在细胞中出现大量 拷贝。 Acceptor splicing site (受体剪切位点)：内含子右末端和相邻外显子左末端的边界。Acentric fragment(无着丝粒片段)：(由打断产生的)染色体无着丝粒片段缺少中心粒，从而 在细胞分化中被丢失。 Active site(活性位点)：蛋白质上一个底物结合的有限区域。 Allele(等位基因)：在染色体上占据给定位点基因的不同形式。 Allelic exclusion(等位基因排斥)：形容在特殊淋巴细胞中只有一个等位基因来表达编码的 免疫球蛋白质。 Allosteric control(别构调控)：指蛋白质一个位点上的反应能够影响另一个位点活性的能力。Alu-equivalent family(Alu 相当序列基因)：哺乳动物基因组上一组序列，它们与人类Alu 家族相关。 Alu family (Alu家族)：人类基因组中一系列分散的相关序列，每个约300bp长。每个成员 其两端有Alu 切割位点(名字的由来)。 α-Amanitin(鹅膏覃碱)：是来自毒蘑菇Amanita phalloides 二环八肽，能抑制真核RNA聚 合酶，特别是聚合酶II 转录。 Amber codon (琥珀密码子)：核苷酸三联体UAG，引起蛋白质合成终止的三个密码子之一。Amber mutation (琥珀突变)：指代表蛋白质中氨基酸密码子占据的位点上突变成琥珀密码 子的任何DNA 改变。 Amber suppressors (琥珀抑制子)：编码tRNA的基因突变使其反密码子被改变，从而能识 别UAG 密码子和之前的密码子。 Aminoacyl-tRNA (氨酰-tRNA)：是携带氨基酸的转运RNA，共价连接位在氨基酸的NH2 基团和tRNA 终止碱基的3￠或者2￠－OH 基团上。 Aminoacyl-tRNA synthetases (氨酰-tRNA 合成酶)：催化氨基酸与tRNA 3￠或者2￠－OH基团共价连接的酶。 Amphipathic structure(两亲结构)：具有两个表面，一个亲水，一个疏水。脂类是两亲结构，一个蛋白质结构域能够形成两亲螺旋，拥有一个带电的表面和中性表面。 Amplification (扩增)：指产生一个染色体序列额外拷贝，以染色体内或者染色体外DNA形 式簇存在。 Anchorage dependence (贴壁依赖)：指正常的真核细胞需要吸附表面才能在培养基上生长。Aneuploid (非整倍体)：组成与通常的多倍体结构不同，染色体或者染色体片段或成倍丢失。Annealing (退火)：两条互补单链配对形成双螺旋结构。 Anterograde (顺式转运)：蛋白质质从内质网沿着高尔基体向质膜转运。 Antibody (抗体)：由B 淋巴细胞产生的蛋白质(免疫球蛋白质)，它能识别特殊的外源“抗 2 原”，从而引起免疫应答。 Anticoding strand (反编码链)：DNA 双链中作为膜板指导与之互补的RNA 合成的链。Antigen (抗原)：进入基体后能引起抗体(免疫球蛋白质)合成的分子。 Antiparallel (反式平行)：DNA双螺旋以相反的方向组织，因此一条链的5￠端与另一条链的3￠端相连。
分子生物学名词解释
分子生物学：从广义来讲，分子生物学是从分子水平阐明生命现象和生物学规律的一门新兴的边缘学科。它主要对蛋白质及核酸等生物大分子结构和功能以及遗传信息的传递过程进行研究。 DNA重组技术:DNA重组技术（又称基因工程）是将DNA片段或基因在体外经人工剪接后，按照人们的设计与克隆用载体定向连接起来，转入特定的受体细胞中与载体同时复制并得到表达，产生影响受体细胞的新的遗传性状。 信号转导:是指外部信号通过细胞膜上的受体蛋白传到细胞内部，并激发诸如离子通透性、细胞形状或其它细胞功能方面的应答过程。 转录因子:是指一群能与基因5′端上游特定序列专一结合，从而保证目的基因以特定强度在特定时间和空间表达的蛋白质分子。 功能基因组：又称后基因组，是在基因组计划的基础上建立起来的，它主要研究基因及其所编码蛋白质的结构和功能，指导人们充分准确地利用这些基因的产物。 结构分子生物学:就是研究生物大分子特定空间结构及结构的运动变化与其生物学功能关系的科学。 生物信息学：是生物科学和信息科学重大交叉的前沿学科，它依靠计算机对所获得数据进行快速高效计算、统计分类以及生物大分子结构功能的预测。 染色体：是指存在于细胞核中的棒状可染色结构，由染色质构成。染色质是由DNA、RNA和蛋白质形成的复合体。染色体是一种动态结构，在细胞周期的不同阶段明显不同。 C-值（C-value）:一种生物单位体基因组DNA的总量。 C-值矛盾（C-value paradox）：基因组大小与机体的遗传复杂性缺乏相关性。 核心DNA（core DNA）：结合在核心颗粒而不被降解的DNA。 连接DNA（linker DNA）：重复单位中除核心DNA以外的其它DNA。 DNA多态性：指DNA序列中发生变异而导致的个体间核苷酸序列的差异，主要包括单核苷酸多态性和串联重复序列多态性两类。 DNA的一级结构：是指4种核苷酸的排列顺序，表示了该DNA分子的化学组成。又由于4种核苷酸的差异仅仅是碱基的不同，因此又是指碱基的排列顺序。 DNA的二级结构：是指两条多核苷酸链反向平行盘绕所生成的双螺旋结构。 DNA的高级结构：是指DNA双螺旋进一步扭曲盘绕所形成的特定空间结构。 DNA骨架：核苷酸的磷酸基团与脱氧核糖在外侧，通过磷酸二酯键相连接而构成DNA分子的骨架 正超螺旋：由于双链紧缠而引起的超螺旋。 负超螺旋：由于双链松缠而引起的超螺旋。 半保留复制：每个子代分子的一条链来自亲代DNA,另一条则是新合成的，这种复制方式称为DNA的半保留复制。 复制原点:DNA分子复制的特定起点。 复制叉:正在进行复制的复制起点呈现叉子的形式，称为复制叉。
常用分子生物学软件简介
常用分子生物学软件 一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix?Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 二、RNA二级结构。 RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由T urner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。RNAdraw中一个非常非常重要的特征是鼠
分子生物学常用技术 习题
第五章常用分子生物学技术的原理及其应用习题（引自网络精品课程） 一、选择题 （一）A型题 1 ．分子杂交实验不能用于 A ．单链DNA 与RNA 分子之间的杂交 B ．双链DNA 与RNA 分子之间的杂交 C ．单链RNA 分子之间的杂交 D ．单链DNA 分子之间的杂交 E ．抗原与抗体分子之间的杂交 2 ．关于探针叙述错误的是 A ．带有特殊标记 B ．具有特定序列 C ．必须是双链的核酸片段 D ．可以是基因组DNA 片段 E ．可以是抗体 3 ．下列哪种物质不能用作探针 A ．DNA 片段 B ．cDNA C ．蛋白质 D ．氨基酸 E ．RNA 片段 4 ．印迹技术可以分为 A ．DNA 印迹 B ．RNA 印迹 C ．蛋白质印迹 D ．斑点印迹 E ．以上都对 5 ．PCR 实验延伸温度一般是 A ．90 ℃ B ．72 ℃ C ．80 ℃ D ．95 ℃ E ．60 ℃ 6 ．Western blot 中的探针是 A ．RNA B ．单链DNA C ．cDNA D ．抗体 E ．双链DNA 7 ．Northern blotting 与Southern blotting 不同的是 A ．基本原理不同 B ．无需进行限制性内切酶消化 C ．探针必须是RNA D ．探针必须是DNA E ．靠毛细作用进行转移 8 ．可以不经电泳分离而直接点样在NC 膜上进行杂交分析的是 A ．斑点印迹 B ．原位杂交 C ．RNA 印迹 D ．DNA 芯片技术 E ．DNA 印迹 9 ．下列哪种物质在PCR 反应中不能作为模板 A ．RNA B ．单链DNA C ．cDNA D ．蛋白质 E ．双链DNA 10 ．RT-PCR 中不涉及的是 A ．探针 B ．cDNA C ．逆转录酶 D ．RNA E ．dNTP 11 ．关于PCR 的基本成分叙述错误的是 A ．特异性引物 B ．耐热性DNA 聚合酶 C ．dNTP D ．含有Zn 2+ 的缓冲液 E ．模板 12 ．DNA 链末端合成终止法不需要 A ．ddNTP B ．dNTP C ．引物标记 D ．DNA 聚合酶 E ．模板 13 ．cDNA 文库构建不需要 A ．提取mRNA B ．限制性内切酶裂解mRNA C ．逆转录合成cDNA D ．将cDNA 克隆入质粒或噬菌体 E ．重组载体转化宿主细胞 14 ．标签蛋白沉淀是 A ．研究蛋白质相互作用的技术 B ．基于亲和色谱原理 C ．常用标签是GST D ．也可以是6 组氨酸标签 E ．以上都对 15 ．研究蛋白质与DNA 在染色质环境下相互作用的技术是 A ．标签蛋白沉淀 B ．酵母双杂交 C ．凝胶迁移变动实验 D ．染色质免疫沉淀法 E ．噬菌体显示筛选系统 16 ．动物整体克隆技术又称为
分子生物学常见名词解释
专业《分子生物学》复习题 (仅供参考) 一名词解释： 1、基因gene：基因是产生一条多肽链或功能RNA所必须的全部核苷酸序列,是决定遗传性状的功能单位。 2、基因组genome：细胞或生物体的一套完整单倍体的遗传物质的总和。 4、顺式作用元件：是指基因序列中可在原位发挥作用并影响其在物理上相连的基因表达的保守结构。如启动子、上游启动子元件、增强子、终止子等。 5、反式作用因子：是指真核细胞内含有的大量可以通过直接或间接结合顺式作用元件而调节基因转录活性的蛋白质因子。如RNA聚合酶。 6、启动子promoter：是与RNA聚合酶特异性结合并起始转录的DNA区域。 7、增强子enhancer：位于真核基因中远离转录起始点，能明显增强启动子转录效率的特殊DNA序列。它可位于被增强的转录基因的上游或下游，也可相距靶基因较远。 8、基因表达gene expression：是指生物基因组中结构基因所携带的遗传信息经过转录、翻译等一系列过程，合成特定的蛋白质，进而发挥其特定的生物学功能和生物学效应的全过程。 9、分子克隆molecular expression：在体外对DNA分子按照既定目的和方案进行人工重组，将重组分子导入合适宿主，使其在宿主中扩增和繁殖，以获得该DNA分子的大量拷贝。 10、基因工程genetic engineering：有目的的通过分子克隆技术，人为的操作改造基因，改变生物遗传性状的系列过程。 11、 DNA变性Denaturation：在物理或化学因素的作用下，导致两条DNA链之间的氢键断裂，而核酸分子中的所有共价键则不受影响。 12、 DNA复性renaturation：当促使变性的因素解除后，两条DNA链又可以通过碱基互补配对结合形成DNA双螺旋结构。 13、退火annealing：指将温度降至引物的TM值左右或以下，引物与DNA 摸板互补区域结合形成杂交链。 14、反义RNA antisense RNA：碱基序列正好与有意义的mRNA互补的RNA 称为反义RNA。可以作为一种调控特定基因表达的手段。 15、核酶ribozyme：具有催化活性的RNA，在RNA的剪接加工过程中起到自我催化的作用。 16、管家基因（House-keeping gene）：在生物体生命的全过程都是必须的，且在一个生物个体的几乎所有细胞中持续表达的基因。 17、奢侈基因（luxury gene）：又称可调节基因（regulated gene）、可诱导基因，是在特殊类型的细胞中为特化功能蛋白质编码的基因，其表达和调控都受环境条件的影响。 18、重叠基因（overlapping gene）：它是指两个或两个以上的结构基因共用一段DNA顺序的现象。 19、C值矛盾C value paradox：一个单倍体基因组的全部DNA含量总是恒定的。这是物种的一个特征，通常称为该物种的C值。一般而言，随着生物的进化，生物体的结构和功能越来越复杂，其C值就越大。但由于人们无法用已知功能
分子生物学分析常用软件
https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,/forum.php?mod=viewthread&tid=42540&fromuid=1149670 常用分子生物学软件的入门介绍 一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix?Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,/forum.php?mod=viewthread&tid=42540&fromuid=1149670
常用生物信息学软件介绍
常用生物学软件简介 1. Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能： a) 已知一个PCR引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列。b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。 c) 对环型DNA片段，设计反向PCR引物。d) 设计多重PCR引物。e) 为LCR反应设计探针，以检测某个突变是否出现。f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。 g) 同源序列查找，并根据同源区设计引物。 h) 增强了的引物/探针搜寻手段。设计引物过程中，可以“Lock”每个参数，如Tm 值范围和引物3’端的稳定性等。 i) 以多种形式存储结果；支持多用户，每个用 户可保存自己的特殊设置。 网址： https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,/ 2． Vector NTI Suite是一套功能最全，而且界面最美观，最友好的分子生物学应用软件包。主要包括四个大型软件，它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。Vector⑴ NTI：作为Vector NTI Suite的核心组成部分，它可以在生物研究的全过程中提供数据组织和序列编辑的软件支持。Vector NTI 是以一种窗口形式，且支持项目组织的数据库来完成这一功能的；通过这个数据库，可以保存和组织大部分的实验数据，比如：基因结构、载体、序列片断、引物、蛋白质、多肽、电泳Markers和限制性内切酶等。实际上，该数据库还支持对Vector NTI Suite 中各种小型的绘图和结果展示工具的管理。Vector NTI 可以按照用户要求设计克隆策略。用户只需提供克隆载体，外源片断序列，明确载体克隆的大致位置或酶切位点，其它工作由软件完成。设计结果以图文形式输出到屏幕；最后根据客户定制的条件进行模拟电泳。Vector NTI 还具有强大的设计和评估PCR引物、测序引物和杂交探针功能。BioPlot⑵：BioPlot是一个对蛋白质和核酸序列进行各种理化特性分析的综合性工具，它是一种方便的桌面程序。和其他程序不同的是，BioPlot可以绘制50种以上预定制的蛋白质特征图谱，如疏水性和抗原性；并将序列与特征图谱和活性序列区域一一对应。BioPlot还可以对核酸序列进行8种不同类型的分析，如：退火温度、自由能和GC含量等。AlignX⑶：AlignX可以对多个蛋白质或核酸序列进行同源比较，以寻找不同序列之间的同源区域或相似性很高序列中的不同碱基，并绘制进化树；为下一步设计PCR引物、探针及研究系统发育提供基础。AlignX 可以识别所有标准TXT格式，如FASTA、GeneBank、EMBL、SWISS－PROT、GenPept 和ASCII Text。ContigExpress⑷：Contig Express是用来对多个小核酸片段进行拼接而形成连续的长序列。这些小片段可以是Text序列，也可以是直
分子生物学常用软件
随着计算机技术和Internet数字化高速公路日新月异的飞速发展，生物信息（Bioinformation）和生物电脑化（Biocomputing）也飞速发展，愈来愈多的生物学家（Bioscientist）根据生物科学（Biosience）研究的实际需要，编写了大量的生物科学应用软件。生物科学软件应用范围非常广泛，从最基本的多媒体互动式教学到最高级的虚拟细胞生命过程的互动式模拟，可谓应有尽有[1，2，3]。这些软件的实际应用，为医学进一步信息数字化、信息全球共享化带来了光明的前景。而分子生物学作为生命科学一个极为重要的分枝，理所当然倍受重视，其相应的生物科学应用软件可谓枚不胜举[2，3，4]。分子生物学专业软件（Molecular Biology Software；Biosoft）的应用，为广大分子生物学研究人员的医、教、研工作带来了极大的便利性。 与普通的应用软件相同，分子生物学专业软件的种类主要有纯商业软件（只提供软件功能演示）、商业共享演示软件（全部或部分软件功能但使用时间极为有限）和免费软件[2]。对于前两种软件而言，只有付出一定的费用，才会得到全功能的商业软件，而后者却完全免费使用。对于大多数资金有限的从事分子生物学研究的教师、工作人员和学生等，免费软件通常是唯一的选择。因此，本文着重介绍在PC机WINDOWS95/98和Mac机OS操作系统上应用的分子生物学免费软件及其重要性，并指出在何处可以找到自己所需的免费软件以及在论文写作和发表中如何处理免费软件应用的相关问题。 一.分子生物学专业软件在分子生物学领域应用的重要性 在分子生物学研究领域中，引物设计、多序列比较分析、基因进化树结构分析、核酸/蛋白质高级结构预测等等，若单纯依靠手工设计与分析，几乎很难达到理想要求。而通过使用分子生物学专业软件，则可以很轻松地设计出符合要求的引物、简便快速地进行多序列的分析比较等。不仅如此，它还可制作具有专业水平的图形图像，如质粒图谱、克隆表达载体构建图谱、限制性酶切片段图谱等。分子生物学专业软件应用可以比较方便地解决分子生物研究人员从立项到最后写论文的实际问题，它在分子生物学的应用范围主要有：研究资料收集整理（如序列查询、文献检索）、序列分析和实验设计（如引物设计、限制性酶切分析、同源序列比较、质粒作图、基序查找、RNA二级结构预测、蛋白二级结构预测、克隆策略图谱、蛋白三级结构显示、序列格式转换、DNA 测序样品原始胶图文件分析等）、实验数据统计和分析（如电泳条带定量分析、数据统计分析作图）、论文写作和发表（如文献引用、生成发表质量的图片、序列递交）。 二、分子生物学免费软件的索取与应用 从国际互联网Internet中可以发现并收集到大量分子生物学医、教、研免费软件。其中，大部分应用软件均由生物学家、化学家和软件开发者所写。 2.1免费软件与商业软件 当分子生物学家的科研需要一类新的分析演算法则时，就将其具体化成软件，如大部分免费的基本分子生物学序列分析软件包均是由生物科学家开发的，包括FastA、BLAST、Clustal、MFOLD、PHYLIP、Paup、CAP等。通常此类软件的源代码属于免费共享。与商业软件相比，免费软件往往在用户界面、易用性及集成性方面稍逊一畴，而且，商业软件包在软件的升级支持、技术支持等方面也有一定的优势。因此，在资金许可的情况下，商业软件通常是一种更好的选择。但免费软件的最大优势就在于它为广大从事分子生物学研究的相关人员提供了专业性相关最好的软件资源，甚至某此免费软件提供的功能比商业软件更强大，或者还提供了商业软件未能提供的功能。 此外，随着生物信息和生物电脑化的飞速发展，许多优秀的程序员都正在开发软件，其中许多人将此类软件作为一种免费软件。现在，许多免费软件都特别注重用户界面、易用性及集成性。对于大部分科学应用软件，由于其潜在的市场非常小，以致于有时免费软件包与昂贵的商业软件包在功能上没有明显的差别。 2.2Internet资源——分子生物学免费软件资源点 自从80年代开始，生物科学免费软件已经可以广泛地通过Internet获得。现在有许多专用于存放生物科学免费软件及其相应资料的档案文件库（Archives），而且，还有许多免费软件作者自己提供的网络服务器，从这些站点上，可以最大限度地收集到各种用途的分子生物学免费软件。 目前，存放分子生物学软件最常用的两个档案库是印地安那州大学的IUBio档案文件库（IUBio）和欧洲生物情报协会（European Bioinformatics Institute，EBI）软件档案文件库，其统一资源定位器（RUL）地址分别是https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,/或ftp://https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,/（IUBio）和https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,/或ftp://https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,/（EBI）。 通过EBI可以连接到EMBL数据库及其它数据库的主页及许多分子生物学软件档案库主页，如生物软件目录表（Bio Catalog of software，https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,/biocat/biocat.html）。 IUBio也与许多生物软件主页相连，并提供对GenBank、SwissPort和PIR数据库关键字查询及生物网络新闻档案库服务（Bionet Network News Archives）。IUBio在世界各地有许多镜像站点，包括芬兰、瑞典、日本、英国、法国、西班牙、以色列等。 除上述两个主要的档案库外，还有许多类似的分子生物学免费软件档案库，如https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,:8088/search-launcher/launcher.html、https://www.360docs.net/doc/bb8278292.html,/、http://expasy.hcuge.ch/。