群体进化三篇高水平文章 邮件
本研究首次阐明了小反刍家畜在高原、沙漠极端环境下的适应性遗传机理，为研究其它反刍家畜在类似极端环境下的快速适应机制提供了参考。通过对80只绵羊进行全基因组重测序，对中国地方品种绵羊的群体结构和种群历史动态进行了研究。结合Fst、θπ、Tajimas’D、XP-EHH和LFMM分析方法共筛选到了112和75个基因分别与高原和沙漠极端环境适应性相关，并对这些基因进行了GO功能类别和信号通路分析。在高原环境下，发现受选择基因与高原低氧环境的耐受反应有关；在沙漠环境下，发现受选择基因则与水分的重吸收有关，同时能量代谢和体型大小的变异也与绵羊适应高原、沙漠等极端环境有关（图2）。
文章二
绵羊对高原、沙漠极端环境的适应性遗传机制研究
Whole-genome sequencing of native sheep provides insights into rapid
adaptations to extreme environments
图2 塔克拉玛干沙漠绵羊基因组受选择的候选区域
本研究首次在基因组水平上揭示了濒危灵长类的遗传多样性、群体大小、遗传负荷以及适应性机制。
金丝猴（Rhinopithecus spp.）是南亚濒危疣猴亚科特有的物种。本研究通过对42个金丝猴个体进行综合研究，基于种群遗传学分析发现，金丝猴相对其他灵长类物种而言，其遗传多样性较低。对金丝猴的进化历史进行重现显示，由于200万年前的冰川覆盖和地壳运动，塑造了金丝猴的种群变化和演化历史。通过进一步的选择消除分析，在R. bieti（滇金丝猴）基因组中筛选到19个基因与高海拔适应相关，其中基因ADAM9编码细胞表面膜糖蛋白，属于ADAM家族，前人的多个研究结果证实该基因与低氧胁迫相关（图3）。
文章三
金丝猴对低氧环境的适应性及群体低多态性机制的研究
Population genomics reveals low genetic diversity and adaptation
to hypoxia in snub-nosed monkeys
图3 金丝猴群体遗传多样性分析
诺禾致源重测序群体进化发表文章（2013—2016）
诺禾致源重测序团队与中国科学院动物研究所、中国农业科学院蜜蜂研究所、新疆畜牧科学院精诚合作，于2016年在Molecular Biology and Evolution 连续发表3篇群体进化高水平文章，累计影响因子达通过本研究发现西域黑蜂是西方蜜蜂的一个新亚种，揭示了西域黑蜂的温带适应性遗传机制。
西方蜜蜂（Apis mellifera ）起源于热带或亚热带气候区域，随后扩散至温带气候区域，是良好的物种环境适应性研究材料。对45个蜜蜂个体进行综合研究，通过群体遗传多样性分析发现，西域黑蜂和欧洲黑蜂属于同一个系，它们可能来源于共同祖先，结合MCMC和IS分析推测，西域黑蜂可能是西方蜜蜂的新亚种。通过对适应温带气候的西域黑蜂和欧洲黑蜂，与热带的东非蜂进行选择消除分析，共检测到6.16Mb受选择区域，其中有454个基因表现出高F st值和高θπ比值。候选基因富集分析发现，受选择基因主要与膜去极化、多巴胺代谢脂类储存调控、飞行行为和Hippo信号通路相关（图1）。
文章一
西域黑蜂的温带适应性机制及种群进化历史研究
Genomic Analyses Reveal Demographic History and Temperate Adaptation of the Newly
Discovered Honey Bee Subspecies Apis mellifera sinisxinyuan 发表期刊：Molecular Biology and Evolution
影响因子：13.649
发表时间2016年1月合作单位
中国农业科学院蜜蜂研究所
发表时间2016年7月合作单位
中国科学院动物研究所
新疆畜牧科学院
发表时间2016年8月合作单位
中国科学院动物研究所
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重测序MBE高分文章三连发
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全基因组甲基化测序
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1多目标优化
多目标优化算法 ——11级计算一班 20113745 陆慧玲 近年来,多目标优化问题求解已成为演化计算的一个重要研究方向,而基于Pareto 最优概念的多目标演化算法则是当前演化计算的研究热点。多目标演化算法的研究目标是使算法种群快速收敛并均匀分布于问题的非劣最优域。 最优化问题是工程实践和科学研究中主要的问题形式之一，其中，仅有一个目标函数的最优化问题称为单目标优化问题，目标函数超过一个并且需要同时处理的最优化问题称为多目标优化问题(multiobjectiveoptimizationprob- lems，简称MOPs)。对于多目标优化问题，一个解对于某个目标来说可能是较好的，而对于其他目标来讲可能是较差的，因此，存在一个折衷解的集合，称为Pareto 最优解集(Pareto optimal set)或非支配解集(nondominated set)。起初，多目标优化问题往往通过加权等方式转化为单目标问题，然后用数学规划的方法来求解，每次只能得到一种权值情况下的最优解。同时，由于多目标优化问题的目标函数和约束函数可能是非线性、不可微或不连续的，传统的数学规划方法往往效率较低，且它们对于权重值或目标给定的次序较敏感。进化算法通过在代与代之间维持由潜在解组成的种群来实现全局搜索，这种从种群到种群的方法对于搜索多目标优化问题的Pareto 最优解集是很有用的。 第一代进化多目标优化算法以Goldberg 的建议为萌芽。1989 年，Goldberg 建议用非支配排序和小生境技术来解决多目标优化问题。非支配排序的过程为：对当前种群中的非支配个体分配等级1，并将其从竞争中移去；然后从当前种群中选出非支配个体，并对其分配等级2，该过程持续到种群中所有个体都分配到次序后结束。小生境技术用来保持种群多样性，防止早熟。Goldberg 虽然没有把他的思想具体实施到进化多目标优化中，但是其思想对以后的学者来说，具有启发意义。随后，一些学者基于这种思想提出了MOGA，NSGA 和NPGA。 从20 世纪末期开始，进化多目标优化领域的研究趋势发生了巨大的变化，l999 年，Zitzler 等人提出了SPEA。该方法使精英保留机制在进化多目标优化领域流行起来。第二代进化多目标优化算法的诞生就是以精英保留策略的引入为标志。在进化多目标优化领域，精英保留策略指的是采用一个外部种群(相对于原来个体种群而言)来保留非支配个体。(1)SPEA 和SPEA2 SPEA 是Zitzler 和Thiele 在1999 年提出来的算法。在该算法中，个体的适应度又称为Pareto 强度，非支配集中个体的适应度定义为其所支配的个体总数在群体中所占的比
多目标进化算法总结
MOGA i x 是第t 代种群中个体，其rank 值定义为： () (,)1t i i rank x t p =+ ()t i p 为第t 代种群中所有支配i x 的个体数目 适应值（fitness value ）分配算法： 1、 将所有个体依照rank 值大小排序分类； 2、 利用插值函数给所有个体分配适应值（从rank1到 rank * n N ≤），一般采用线性函数 3、 适应值共享：rank 值相同的个体拥有相同的适应值， 保证后期选择时同一rank 值的个体概率相同 最后采用共享适应值随机选取的方法选择个体进入下一代 一种改进的排序机制（ranking scheme ）： 向量,1,(,,)a a a q y y y =???和,1,(,,)b b b q y y y =???比较 goal vector ：() 1,,q g g g =??? 分为以下三种情况：
1、 ()() ,,1,,1; 1,,; 1,,; a i i a j j k q i k j k q y g y g ?=???-?=????=+???>∧≤ 2、() ,1,,; a i i i q y g ?=???> 当a y 支配b y 时，选择a y 3、() ,1,,; a j j j q y g ?=???≤ 当b y 支配a y 时，选择b y 优点：算法思想容易，效率优良 缺点：算法容易受到小生境的大小影响 理论上给出了参数share σ的计算方法
NPGA 基本思想： 1、初始化种群Pop 2、锦标赛选择机制：随机选取两个个体1x 和2x 和一个Pop 的 子集CS(Comparison Set)做参照系。若1x 被CS 中不少于一 个个体支配，而2x 没有被CS 中任一个体支配，则选择2x 。 3、其他情况一律称为死结（Tie ），采用适应度共享机制选择。 个体适应度：i f 小生境计数（Niche Count ）：(),i j Pop m Sh d i j ∈= ????∑ 共享函数：1-,()0,share share share d d Sh d d σσσ? ≤?=??>? 共享适应度（the shared fitness ）： i i f m 选择共享适应度较大的个体进入下一代 优点：能够快速找到一些好的非支配最优解域 能够维持一个较长的种群更新期 缺点：需要设置共享参数
用于约束多目标优化问题的双群体差分进化算法精编
用于约束多目标优化问题的双群体差分进化算 法精编 Document number：WTT-LKK-GBB-08921-EIGG-22986
用于约束多目标优化问题的双群体差分进化算法 孟红云 1 张小华2刘三阳1 (1.西安电子科技大学应用数学系，西安，710071； 2.西安电子科技大学智能信息处理研究所，西安，710071)摘要：首先给出一种改进的差分进化算法，然后提出一 种基于双群体搜索机制的求解约束多目标优化问题的差分 进化算法．该算法同时使用两个群体，其中一个用于保存 搜索过程中找到的可行解，另一个用于记录在搜索过程中 得到的部分具有某些优良特性的不可行解，避免了构造罚 函数和直接删除不可行解．此外，将本文算法、NSGA-Ⅱ和SPEA的时间复杂度进行比较表明，NSGA-Ⅱ最优，本文算法与SPEA相当.对经典测试函数的仿真结果表明，与NSGA-Ⅱ相比较，本文算法在均匀性及逼近性方面均具有一定的优势. 关键字：差分进化算法；约束优化问题；多目标优化问题； 中图分类号：TP18 1 引言 达尔文的自然选择机理和个体的学习能力推动进化算 法的出现和发展，用进化算法求解优化问题已成为一个研 究的热点[1-3]．但目前研究最多的却是无约束优化问题．然而，在科学研究和工程实践中，许多实际问题最终都归结 为求解一个带有约束条件的函数优化问题，因此研究基于 进化算法求解约束优化问题是非常有必要的．不失一般
性，以最小化问题为例，约束优化问题（Constrained Optimization Problem ，COP ）可定义如下： )(COP ()()()()q j x h p i x g t s x f x f x f x F j i k R x n ,,1,0)( ,,1,0)( ..,,,)(min 21 ===≤=∈ （1） 其中)(x F 为目标函数，)(),(x h x g j i 称为约束条件， n n R x x x x ∈=),,,(21 称为n 维决策向量．将满足所有约束条件的 解空间S 称为(1)的可行域．特别的，当1=k 时，(1)为单目 标优化问题；当1>k 时，（1）为多目标优化问题．)(x g i 为 第i 个不等式约束，)(x h j 是第j 个等式约束．另一方面，对于等式约束0)(=x h j 可通过容许误差（也称容忍度）0>δ将它转 化为两个不等式约束： ?????≤--≤-0)(0)(δδx h x h j j （2） 故在以后讨论问题时，仅考虑带不等式约束的优化问题．进一步，如果x 使得不等式约束0)(=x g i ，则称约束() x g i 在x 处是积极的．在搜索空间S 中，满足约束条件的决策变量x 称为可行解，否则称为不可行解． 定义1（全局最优解）()**2 *1*,,,n x x x x =是COP 的全局最优解，是指S x ∈*且)(*x F 不劣于可行域内任意解y 所对应的目标 函数)(y F ，表示为)( )(*y F x F ． 对于单目标优化问题， )( )(*y F x F 等价为)()(*y F x F ≤，而对于多目标优化问题是指不 存在y ，使得)(y F Pareto 优于)(*x F ． 目前，进化算法用于无约束优化问题的文献居多，与 之比较，对约束优化问题的研究相对较少[4-6]。文[7] 对当前基于进化算法的各种约束处理方法进行了较为详细的综述. 对于约束优化问题的约束处理方法基本上分为两类：基于 罚函数的约束处理技术和基于多目标优化技术的约束处理
多目标进化算法总结
x 是第 t 代种群中个体，其 rank 值定义为： rank (x ,t ) =1+p (t ) p (t )为第t 代种群中所有支配x 的个体数目 适应值 (fitness value )分配算法： 1、 将所有个体依照 rank 值大小排序分类； 2、 利用插值函数给所有个体分配适应值(从 rank1 到 rank n * N )，一般采用线性函数 3、 适应值共享：rank 值相同的个体拥有相同的适应值， 保证后期选择时同一 rank 值的个体概率相同 最后采用共享适应值随机选取的方法选择个体进入下一代 一种改进的排序机制(ranking scheme )： 向量y a =(y a ,1,,y a ,q )和y b =(y b ,1,,y b ,q )比较 分为以下三种情况： k =1,,q -1; i =1,,k ; j =k +1,,q ; (y a ,i g i )(y a ,j g j ) i =1, ,q ; (y a ,i g i ) 当 y a 支配 y b 时，选择 y a 3、j =1, ,q ; (y a ,j g j ) 当 y b 支配 y a 时，选择 y b 优点：算法思想容易，效率优良 缺点：算法容易受到小生境的 大小影响 理论上给出了参数share 的计算方法 goal vector ： g = (g 1, ,g q ) 1、 2、
基本思想： 1、初始化种群 Pop 2、锦标赛选择机制：随机选取两个个体 x 和 x 和一个 Pop 的 子集 CS(Comparison Set)做参照系。若 x 被 CS 中不少于一 个个体支配，而 x 没有被 CS 中任一个体支配，则选择 x 。 3、其他情况一律称为死结(Tie )，采用适应度共享机制选择。 个体适应度： f i 小生境计数(Niche Count )： m =j Pop Sh d (i , j ) 共享适应度(the shared fitness )： 选择共享适应度较大的个体进入下一代 优点：能够快速找到一 些好的非支配最优解域 能够维持一个较长的种群更新期 缺 点：需要设置共享参数 需要选择一个适当的锦标赛机制 限制 了该算法的实际应用效果 1- 共享函数： Sh (d ) = d share 0, d share d share
多目标进化算法综述电子教案
多目标进化算法综述
多目标进化算法综述 作者：梅志伟 来源：《软件导刊》2017年第06期 摘要：基于种群的进化算法在一次运行中能够产生一组近似的 Pareto 最优解集，因此多目标进化算法成为处理多目标优化问题中的主流方法。介绍了多目标优化问题中的数学模型以及相关定义，根据多目标进化算法的特点，将现有算法分为4类并分别进行阐述，同时分析了它们的优缺点。 关键词：多目标优化；进化算法；支配；分解 DOIDOI：10.11907/rjdk.171169 中图分类号：TP301 文献标识码：A 文章编号：1672-7800（2017）006-0204-04 0 引言 在人们的实际生活中，大多数优化问题都是多目标优化问题，广泛存在于经济管理、工程实践和科学研究等领域中。当前，多目标优化在理论和应用方面均取得了不少进展，但是由于多目标优化问题的复杂性，因此仍存在大量挑战。 多目标优化问题中往往存在多个彼此相互冲突的目标。与单目标优化不同，在多目标优化中，提高一个目标的性能会引起其它一个或多个目标性能的下降。因此，多目标优化问题中不存在一个单独的最优解，而是存在一组表示各个目标间权衡和折中关系的解集，称该解集为Pareto最优解集。Pareto最优解集在目标域的投影被称为Pareto前沿。 由于很多现实工程问题中的优化问题是NP难，传统的数学规划方法将会变得异常困难。而具有自然界规律启发式特征的求解方法往往适合近似求解这些困难问题，这些方法被称为进化计算[1]。进化算法基于种群的特性使其十分适合多目标优化问题的求解。同时，进化算法还具有鲁棒性强的特点。因此，进化算法被广泛应用在多目标优化问题的求解上。 1 多目标进化问题概述 多目标优化问题同时优化多个目标，这些待优化的目标包含最大化、最小化或者两者都有的问题。在实际处理时，为了简化问题，可以将最大化或最小化问题取反，使所有优化目标全部转化成最小化或最大化问题。本文中将讨论最小化问题。 2 多目标进化算法一般流程 生物进化是一个不断优化的过程，在不断的变化过程中增加自身的适应性。进化计算以生物进化为启发，对一个解进行抽象编码，模拟生物进化中的基因。进化算法以种群为基础，是一个黑盒的搜索、优化方法，进化算法不需要优化问题具备一定的前提条件，例如连续性、可微性等，且一次运行能够产生一组解。因此，进化算法特别适合处理多目标优化问题。
最新高维多目标进化算法总结
高维多目标进化算法 二、文献选读内容分析及思考 （一）Borg算法 Borg算法是基于ε-MOEA算法（Deb，2003）的一种全新改进算法[32]，下面将从创新点、原理、算法流程和启发思考四方面进行阐述。 1. 创新点 1）在ε支配关系的基础上提出ε盒支配的概念，具有能同时保证算法收敛性与多样性的特点。 2）提出了ε归档进程，能提高算法计算效率和防止早熟。 3）种群大小的自适应调整。 4）交叉算子的自适应选择。由于处理实际问题时，是不知道目标函数具有什么特性，前沿面如何，在具有多个交叉算子的池子里，根据进程反馈，选择不同的交叉算子，使产生的后代具有更好的特性针对要研究的问题。 2. Borg算法原理 1）ε盒支配：通过对目标空间向量的每一维除以一个较小的ε，然后取整后进行pareto支配比较。这样的支配关系达到的效果是把目标空间划分成以ε为边长的网格（2目标时），当点处于不同的网格时，按pareto支配关系比较；当处于同一网格时，比较哪个点距离中心点（网格最左下角）最近。这样一来，网格内都只有一个点。 2）ε归档进程 如图1所示，黑点表示已经归档的，想要添加到档案集的新解用×表示，阴影表示归档解支配的区域。当新解的性能提升量超过阈值ε才属于ε归档进程。比如解1、解2加入归档集属于ε归档进程，解3加入归档集就不属于ε归档进程。 图1 ε支配网格 在这个过程中设置了一个参数c，表示每一代中加入归档集解得个数，每隔一定迭代次数检测c有没有增加，如果没有增加表明算法停滞，重启机制启动。 3）重启 自适应种群大小：重启后的种群大小是根据归档集的大小设置。γ表示种群大小与归档集大小的比值，这个值也用于第二步中，如果γ值没超过1.25，重启机制也启动。启动后，γ人为设定为固定值，种群被清空，填充归档集的所有个体，不足的个体是随机选取归档集中个体变异所得。与之相匹配的锦标赛比较集大小是归档集大小乘以固定比值τ。 4）交叉算子的自适应选择 摒弃以往采用单一的交叉算子，采用包含各类交叉算子的池子，比如有K
多目标优化进化算法比较综述
龙源期刊网 https://www.360docs.net/doc/c26988254.html, 多目标优化进化算法比较综述 作者：刘玲源 来源：《决策与信息·下旬刊》2013年第07期 摘要多目标优化是最优化领域的一个重要研究方向，本文简要介绍了多目标优化的模型和几种多目标优化的进化算法，并对算法进行了简要比较。 关键词多目标优化粒子群遗传算法蚁群算法人工免疫系统 中图分类号：TP391 文献标识码：A 一、背景 多目标优化（Multiobjective OptimizaTionProblem，MOP）是最优化的一个重要分支，多目标问题中的各目标往往是有着冲突性的，其解不唯一，如何获得最优解成为多目标优化的一个难点，目前还没有绝对成熟与实用性好的理论。近年来，粒子群算法、遗传算法、蚁群算法、人工免疫系统、等现代技术也被应用到多目标优化中，使多目标优化方法取得很大进步。本文将其中四种多目标优化的进化算法进行一个简单的介绍和比较。 二、不同算法介绍 （一）多目标遗传算法。 假定各目标的期望目标值与优先顺序已给定，从优先级最高的子目标向量开始比较两目标向量的优劣性，从目标未满足的子目标元素部分开始每一级子目标向量的优劣性比较，最后一级子目标向量中的各目标分量要全部参与比较。给定一个不可实现的期望目标向量时，向量比较退化至原始的Pareto排序，所有目标元素都必须参与比较。算法运行过程中，适应值图景可由不断改变的期望目标值改变，种群可由此被引导并集中至某一特定折中区域。当前种群中（基于Pareto最优概念）优于该解的其他解的个数决定种群中每一个向量解的排序。 （二）人工免疫系统。 人工免疫算法是自然免疫系统在进化计算中的一个应用，将抗体定义为解，抗原定义为优化问题，抗原个数即为优化子目标的个数。免疫算法具有保持个体多样性、搜索效率高、群体优化、避免过早收敛等优点。其通用的框架是：将优化问题的可行解对应抗体，优化问题的目标函数对应抗原，Pareto最优解被保存在记忆细胞集中，并采取某种机制对记忆集进行不断更新，进而获得分布均匀的Pareto最优解。 （三）多目标PSO约束算法。
多目标进化算法总结
i x 是第t 代种群中个体，其rank 值定义为： ()(,)1t i i rank x t p =+ ()t i p 为第t 代种群中所有支配i x 的个体数目 适应值（fitness value ）分配算法： 1、 将所有个体依照rank 值大小排序分类； 2、 利用插值函数给所有个体分配适应值（从rank1到 rank * n N ≤），一般采用线性函数 3、 适应值共享：rank 值相同的个体拥有相同的适应值， 保证后期选择时同一rank 值的个体概率相同 最后采用共享适应值随机选取的方法选择个体进入下一代 一种改进的排序机制（ranking scheme ）： 向量,1,(,,)a a a q y y y =???和,1,(,,)b b b q y y y =???比较 goal vector ：() 1,,q g g g =??? 分为以下三种情况： 1、 ()() ,,1,,1; 1,,; 1,,; a i i a j j k q i k j k q y g y g ?=???-?=????=+???>∧≤ 2、() ,1,,; a i i i q y g ?=???> 当a y 支配b y 时，选择a y 3、() ,1,,; a j j j q y g ?=???≤ 当b y 支配a y 时，选择b y 优点：算法思想容易，效率优良 缺点：算法容易受到小生境的大小影响 理论上给出了参数share σ的计算方法
基本思想： 1、初始化种群Pop 2、锦标赛选择机制：随机选取两个个体1x 和2x 和一个Pop 的 子集CS(Comparison Set)做参照系。若1x 被CS 中不少于一 个个体支配，而2x 没有被CS 中任一个体支配，则选择2x 。 3、其他情况一律称为死结（Tie ），采用适应度共享机制选择。 个体适应度：i f 小生境计数（Niche Count ）：(),i j P o p m S h dij ∈ = ??? ?∑ 共享函数：1-,()0,share share share d d Sh d d σσσ? ≤?=??>? 共享适应度（the shared fitness ）： i i f m 选择共享适应度较大的个体进入下一代 优点：能够快速找到一些好的非支配最优解域 能够维持一个较长的种群更新期 缺点：需要设臵共享参数 需要选择一个适当的锦标赛机制 限制了该算法的实际应用效果