荧光原位杂交技术在活性污泥菌群识别中的研究进展

荧光原位杂交技术在活性污泥菌群识别中的研究进展
荧光原位杂交技术在活性污泥菌群识别中的研究进展

荧光原位杂交技术在活性污泥菌群识别中的研究进展

费学宁1曹阳1郝亚超1池勇志1李玉友2

(1天津城市建设学院环境与市政工程系天津市重点实验室天津300384;

2日本国立东北大学土木工程系仙台980-8576日本)

摘要荧光原位杂交技术(FISH)广泛地应用于分析环境微生物的群落组成,能够同时对微生物进行定性、定量分析,并确定微生物群落空间分布情况。本文阐述了FISH法应用于活性污泥处理系统的重要作用,综

述了FISH法在活性污泥及生物膜微生物菌群的组成、结构与功能的研究和应用,同时讨论了其在应用中存在

的不足,并在此基础上总结了一系列可供改进的措施,最后对FISH的灵敏度、靶向性的改性等进行了展望。

关键词荧光原位杂交(FISH)活性污泥微生物菌群生物标记靶向性

Advances in Identification of Activated Sludge Bacteria by

Fluorescence in situ Hybridization

Fei Xuening1,Cao Yang1,Hao Yachao1,Chi Yongzhi1,Li Yuyou2

(1Tianjin key laboratory,Department of Environmental and Municipal Engineering,Tianjin Institute of Urban

Construction,Tianjin300384;2Department of Civil Engineering,Tohoku University,Sendai980-8576Japan)

Abstract Fluorescence in situ hybridization(FISH)technology has been widely used to analyze the composition and distribution of microbial communities,both qualitatively as well as quantitatively.This review

presents the activated sludge treatment tactics applied FISH technology,formulates influence of the technology on the

composition,structure and function of bacterial communities,argues some major weak points and offers suggestions

for future directions in applying the technology targeting and sensitivity designs.

Keywords Fluorescence in situ hybridization(FISH),Activated sludge,Microorgamisms,Biological Tag,Targeting

随着全球经济快速发展和用水量的急剧增加,污水处理厂在控制水污染、保护水环境方面发挥了越来越重要的作用。目前我国有80%的污水处理厂采用活性污泥法处理污水[1]。活性污泥法降解能力强,处理程度高,但活性污泥的稳定性难题一直有待解决[2]。活性污泥中微生物菌群的组成、结构与功能决定了活性污泥和生物膜的生物活性,继而从根本上决定了废水生物处理系统的污水处理能力[3]。我国绝大部分污水处理厂存在不同程度的污泥膨胀现象,活性污泥系统的不稳定性影响出水水质、增大污泥的处理费用,并且极易引起大量污泥流失,严重时可导致整个处理工艺难以短时间恢复[4]。因此,研究活性污泥及生物膜微生物菌群的组成、结构与功能,对于提高废水的生物处理效率具有重要意义。

传统的微生物菌群结构分析方法包括显微镜观察和分离培养、依据形态结构特征和生理生化特征进行分类鉴定等。这些方法能从活性污泥中分离和鉴定大量细菌,并对微生物的多样性和动力学进行分析,但此类方法非常耗时[5],不足以反映微生物在环境中的真实情况,存在很大的局限性[6]。近年来,针对传统的微生物分析方法存在的问题,废水处理领域的一些研究者开始尝试将荧光原位杂交技术(fluorescent in situ hybridazation,FISH)用于引起污泥膨胀的丝状菌菌群、脱氮细菌菌群、除磷菌菌群、产甲烷菌菌群等的分析,并取得了初步的成功。

FISH作为微生物数量和特性考察的手段,具有种属特异性,即只与目标细菌的16S rRNA或23S

天津市自然科学基金项目(08JCYBJC13200)资助

2010-10-25收稿,2011-02-24接受

rRNA 结合,通过结合的探针可以鉴定微生物的种类。与其他可以将微生物量化的方法(如定量聚合酶

链式反应即PCR )相比,

FISH 技术可以同时考察微生物群落的结构和数量信息[7]。研究表明,FISH 技术对特定微生物种群定性和定量时,获得结果快,可自动读取、保存和回顾载物片信息,灵敏度高、选择性好、取样易且少,并能提供较多的物理参数。

1

FISH 技术的发展及技术原理1.1FISH 的发展

1969年,Pardue [8]和Gall [9]两个研究小组发明了原位杂交技术(in situ hybridization ),将放射性标记

的DNA 或28s RNA 杂交到细胞制备物上,通过放射自显影技术(microautoradiography ,

MAR )检测杂交位点,该技术可在不破坏细胞完整形态的情况下在细胞内检测核酸序列

[10]。1988年,Giovannoni 等[11]首次将FISH 应用到细菌学的研究中,使用放射性标记rRNA 寡核苷酸探针检测微生物。随着荧光标记的发展,放射性材料被非同位素染料代替。1989年,DeLong 等[12]首次将荧光标记寡核苷酸探针用于检

测独立的微生物细胞。与放射性探针相比,荧光探针具有分辨力强、安全性高、检测步骤少的优点[10]。

在伸展性DNA 纤维(extended DNA fiber )上进行FISH ,已将分辨率提高到与常规分子生物学技术Southern Blot 分析相当的水平。近几年,由于FISH 技术的灵敏性和快捷性,该技术已成为微生物系统

发育学、

微生物生态学、微生物诊断学和环境微生物学研究的有力工具。1.2FISH 的技术原理

FISH 是将细胞原位杂交技术和荧光技术有机结合而成的新技术。将待测微生物基因组核酸分子

变性后,

利用荧光标记的特异寡核苷酸片断作为探针,依据碱基互补原理,与变性后的DNA 或RNA 分子进行原位杂交[13],在一定激发波长下用荧光倒置显微镜、放射自显影、流式细胞仪或激光扫描共聚焦显微镜等手段对杂交信号进行检测和扫描,并用相关统计软件分析其与活性污泥类型和运转效能间的关系,或建立数学模型用于预测活性污泥的运转状况。

16S rRNA 基因存在于所有细菌的染色体中,具有系统发育上的相对保守性,且分布广泛、功能稳定,同时核苷酸数目适中,所以FISH 技术通常将16S rRNA 作为探针结合对象。16S rRNA 的保守性是相对的,不同细菌的16SrRNA 序列有着不同程度的差异,针对目标微生物体内某段有差异的序列设计出相应的寡核苷酸探针,就可以实现对目标微生物的原位检测[13]。图1和图2为FISH 过程的原理图。

图1

FISH 过程原理图:变性[14]Fig.1The Process of FISH :denaturation [14]图2FISH 过程原理图:杂交[14]Fig.2The Process of FISH :hybridization [14]

1.3FISH 探针及标记

FISH 所采用的探针必须具有特异性强,灵敏度高,良好的组织渗透性。一个典型的寡核苷酸探针

长度一般是15 30bp

[16]。FISH 技术的常用探针可分为3类:第1类是包括α卫星和卫星Ш类的染色体特异重复序列探针;第2类是全染色体或染色体区域特异性探针,由一条染色体或其上某一区域几段不同的核酸片段组成;第3类是位点特异性探针,这类探针由1个或几个克隆序列组成

[15]。FISH 技术所用探针的标记方法有直接标记法和间接标记法。间接标记法是指将标记物(如地高辛、生物素)连接到探针上,再利用偶联有荧光染料的亲和素或抗体进行检测的方法[16]。直接标记法是

用荧光染料直接标记核苷酸,该方法的探针标记种数不受限制,比间接标记操作简单,但不如间接标记探针灵敏,不过靶序列片段较大时(数百kb),测量结果仍较可靠[15]。表1列出了常用的寡核苷酸探针。

表1一般常用的寡核苷酸探针[40]

Tab.1Probes in common use[40]

探针序列(5’-3’)目标位置16S-rRNA特异种属UNIV1392ACGGGCGGTGTGTRC1392-140通用探针

EUB338GCTGCCTCCCGTAGGAGT338-355细菌类

ARCH915GTGCTCCCCCGCCAATTCCT915-934主要古菌(EUB338以外)

ALF1b CGTTCGYTCTGAGCCAG19-35α-亚纲变型菌及其他

BET42a GCCTTCCCACTTCGTTT23S1027-1043β-亚纲变型菌

GAM42a GCCTTCCCACATCGTTT23S1027-1043γ-亚纲变型菌

CF319a TGGTCCGTGTCTCAGTAC319-336CFB门Cytophaga-Flavobacterium类菌

HGC TGTAGTTACCACCGCCGT1901-1918高G+C DNA含量革兰氏阳性细菌

2FISH技术定量、定性方法

FISH定量、定性方法包括荧光显微镜下的人工计数、计算机图片处理算法和光密度测定法,本文简要介绍前两种方法。

2.1荧光显微镜下人工计数

荧光显微镜下人工计数过程如图3所示,对每个样品制作2个载玻片,然后在荧光显微镜下对处理好

的载玻片中的每个视野进行观察、计数,图中A表示算术平均处理后的细菌数,A

1、A

2

分别为2个载玻片的

算术平均细菌数,而细菌浓度与A成正比,同时与试样面积S(mm2)和视野面积S

A

(mm2)之比呈正比,N

为试样量(μmL),通过公式:细菌浓度=1000/N?A?S/S

A

(细菌数/mL)[17]可求出具体细菌浓度。

图3FISH人工计数过程图

Fig.3Factitial Counting Process of FISH Image

荧光显微镜下计数的方法有其固有的缺点,耗时长,能杂交的细胞数量有限,并且需高放大倍数的共焦激光扫描显微镜(CLSM)观测[18]。

2.2计算机图片处理算法

荧光显微镜设备一般本身自带图像分析软件,计算机图片处理算法首先对固定好的杂交样品进行数字图像分析,根据不同浓度时被检测物质在总标记物中的面积比绘制对数曲线图,然后根据回归方程将测验结果折算成真实浓度。

3FISH技术实验步骤[41]

3.1玻片处理

为使样品和玻片更好地结合,首先用覆膜剂处理。常用的覆膜剂有明胶、聚-L-赖氨酸等。

3.2固定样品

常用的固定液有甲醛水溶液-乙酸(Formalin-Acetic Acid,FAA)、低聚甲醛(Paraformaldehyde)和戊

二醛(Glutaraldehyde)。

3.3样品预处理

采用梯度脱水法对样品进行脱水处理,用表2中的8个梯度从上至下依次脱水,自然干燥。

3.4原位杂交

先进行HCl处理和蛋白酶K消化;然后进行固定和脱水,依次用40mg/mL低聚甲醛/磷酸盐缓冲液(PBS)、1?PBS和1mL/L乙酸酐与0.1mol/L三乙醇胺(TEA)配成的溶液,先后对样品进行固定处O、15%、30%、50%、70%、85%、95%和100%乙醇梯度脱水,自然干燥。然后进行杂交,将理,再用H

2

探针加到杂交液中,预热至45?,提前打开42?培养箱,预热湿盒。每个玻片小槽涂40μL,盖上盖片后用石蜡烃薄膜(parafilm)封紧边缘。将载片放于湿盒于42?过夜,然后放入37?2?SSC的冰盒中,漂去盖片,再洗脱。

表2梯度脱水[41]

Tab.2Gradient dehydration[41]

级别12345678

DEPC水40301500000

无水乙醇5050505025000

叔丁醇1020355075100100100

3.5洗脱和核糖核酸酶处理

先后于37?下在染色缸中用2?SSC和1?SSC洗2?15min,然后进行核糖核酸酶(RNase)处理,把40μL20mg/mL RNase储液加入到40mL NTE中(终浓度20μg/mL),放入载片,37?温育30min。37?下0.5?SSC洗2?15min。放入PBS中,4?过夜或直接进行检测。

由于氢键具有微弱性,互补的单链核苷酸分子经退火而形成核酸双链分子的过程是可逆的,改变反应的物理和化学条件可影响核酸双链分子生成的速度、转化率及其稳定性。影响2段互补核苷酸链杂交的主要因素包括温度、pH、溶液中单价离子的浓度、甲酰胺浓度[7]。

4FISH技术的应用

FISH能再现为环境中完整细胞的影像信息,具有较好的精确性,已在细胞遗传学、肿瘤生物学、基因定位、基因作图、基因扩增、产前诊断及哺乳动物染色体进化研究等领域得到了广泛应用。近几年来,FISH在水污染控制微生物生态学中的应用也得到了一定发展。常规的方法是通过检测特异底物转化率来研究活性污泥中重要功能菌群的活性,如氧消耗率、硝化、反硝化、磷吸收和释放、Fe3+的还原等[11]。放射自显影和FISH(MAR-FISH)可结合用于研究水体微生物,能同时获得复杂环境中特定微生物的种属和功能特性,检测细菌活性、数目和对特异有机底物的消耗特点[19]。此外,FISH技术还常和PCR、变性梯度凝胶电泳法(DGGE)等技术结合使用。

4.1FISH技术在颗粒污泥和生物膜的菌群结构研究中的应用

目前主要是根据颗粒污泥切片的扫描电镜照片来推测厌氧颗粒污泥的结构,但是细菌本身的多态性决定了这种方法存在明显不足,而利用FISH技术可以在一定程度上真实反映出颗粒污泥内部微生物的组成和空间分布情况[20]。

Flaherty等[21]将共聚焦激光扫描显微镜(CLSM)与FISH结合使用,对厌氧反应器中颗粒污泥的污泥菌群组成、分布和定量识别等方面进行研究,这种结合技术表现出了巨大的应用潜力。Sanctis等[25]利用FISH技术跟踪研究序批式生物滤池(SBBGR)中污泥从接种到挂膜和形成颗粒污泥的过程中污泥菌群结构的变化,研究表明,颗粒污泥在形成过程中菌群组成发生明显变化,当以变形菌为主要的活性菌群稳定出现时,颗粒污泥处理污水的效果最好。孙寓姣等[22]利用细菌探针EUB338-cy3和古菌探针ARC915-fitc对3个厌氧产甲烷颗粒污泥样品的超薄切片进行了FISH分析,得到了颗粒污泥样品中细菌的分布情况。Weber等[24]将FISH技术与扫描电镜、光学显微镜和共聚焦显微镜结合起来,分析研究

了从生物膜的形成到好氧颗粒污泥的形成过程中污泥的结构,并对FISH法进行了改良。

4.2FISH在氨氧化菌、硝化细菌研究中的应用

传统研究硝化细菌的方法是将硝化细菌从环境中富集、分离,然后在形态学上加以分类、鉴定。FISH技术利用硝化细菌特异性的靶寡核苷酸探针,在原位检测水环境或生物膜上的硝化细菌时,能同时实现定性、定量分析,为研究硝化系统中硝化细菌类群的空间和数量分布提供了有效的检测手段。张丹等[26]应用FISH技术对氧限制自养硝化反硝化(OLAND)生物脱氮系统中硝化阶段不同时期硝化菌群的变化进行检测,揭示了随溶氧浓度的降低,氨氧化菌的数量基本保持恒定、亚硝酸氧化菌的数量略有减少的变化规律,并且发现在两阶段OLAND生物脱氮系统中氨氮的氧化主要是由Nitrosomonas sp.完成,亚硝酸的氧化主要由Nitrobacter sp.完成。Pala等[27]应用FISH技术对中试膜生物反应器中硝化细菌菌群进行定性定量分析,结果表明,样品中的硝化细菌中亚硝化细菌是优势菌种,在总菌群结构中的相对丰度为13%,膜生物反应器性能与硝化细菌的浓度呈正相关性。Rongsayamanont等[28]利用FISH法分析了不同条件下的硝化菌和氨氧化菌组成和数量,FISH样本通过倒置的奥林巴斯显微镜观察,并利用CLSM成像、观测,经BA505-525和BA565IF两种滤光片分别收集Oregon Green488标记的探针和若丹明红标记的探针发出的荧光;软件DAIME作为一种图像分析软件,帮助比较目标光源(标

记硝化菌和氨氧化菌所发荧光)在细菌总体光源中所占比例

图4FISH-LSM成像图,硝化菌被包埋时以探针

NSO190和EUB338检测结果[28]

Fig.4FISH-LSM image of entrapped nitrifiers,hybridized with NSO190(in red)and EUB338[28

]图5FISH-LSM成像图,以探针NSO0190检

测的悬浮硝化菌[28]

Fig.5suspended nitrifiers,hybridized

with NSO190[28]

图4和图5为显微镜成像示例,其中红色代表硝化细菌(探针Nso190标记),黄色表示硝化菌和总菌的混合物,绿色表示总菌(探针EUB338标记)。该试验表明,Nitrosomonos europaea是主要的AOB(氨氧化细菌),Nitrobacter属是主要的NOB(亚硝酸盐氧化细菌)。

4.3FISH技术在除磷过程中菌群结构研究中的应用

近年来,随着对污水生物法除磷机理的深入研究和对污水处理装置的不断优化,迫切需要更加快

速、准确和精细的分析手段来定性、定量处理系统中特定细菌并剖析其群落结构。在对聚磷菌(PAOs

图6a)Neisser染色后的丝状体b)以探针GNSB941/CFX1223mix(CY5),CFX197(CY3)和EUBmix标记的CLSM-FISH 成像图c)以探针GNSB941/CFX1223mix(CY5)和CFX223(CY3)标记的CLSM-FISH成像图,紫红色丝状体表示对两种探针

均有反应的绿弯菌门(Chloroflexi)0092[32]

Fig.6a)Neisser-stained biomass;b)Confocal laser-scanning microscopy image of FISH-probed biomass hybridized with GNSB941/CFX1223mix(CY5),CFX197(CY3)and EUBmix probes;c)Confocal laser-scanning microscopy image of FISH probed biomass hybridized with GNSB941/CFX1223mix(CY5)and CFX223(CY3)probes[32]

的量化研究中,FISH这种技术被广泛应用[29]。20世纪90年代初就有研究者应用FISH对PAOs进行研究,在不同规模的反应器和进水水质条件下,得到了不同优势种群的微生物,但是逐渐统一地认为β-Proteobacteria中的类似Rhodocyclus组菌起主要的聚磷作用。

Kawaharasaki等[30]采用DAPI荧光染料和α-,β-和γ-Proteobacteria特异性低聚核苷酸探针,对厌氧/好氧序批式生物强化除磷(EBPR)反应器中活性污泥聚磷酸盐积累菌(PAO)进行了识别。结果表明,所采用的FISH技术是现场识别PAO细菌的有效方法,可为稳定操作EBPR工序提供有用的监控信息。

Burow等[31]采获了10个不同污水处理厂的污水样本,用FISH法观察了EBPR污水处理系统中的聚磷菌和聚糖菌:以EUBMIX(以FLUOS染色)标记总菌,DF1MIX和DF2MIX(以Cy3染色)分别标记组1和组2中的Alphaproteobacteria,用共焦激光扫描显微术结合ImageJ V1.35k对细菌Alphaproteobacteria 在总菌中的面积比加以分析。结果表明,Defluviicoccus的存在量较小,不管是厌氧还是有氧情况下,组1和组2中的Defluviicoccus菌均有利用醋酸盐、葡萄糖、丙酮酸盐等物质的摄取习惯。

Ahn等[23]研究了好氧序列间歇式反应器中的微生物对低化学需氧量(COD)废水中磷的去除效果,采用FISH法对微生物进行定量、定性分析。以Cy5、Cy3、FLUOS3种染料对探针DECH454和DECH472染色,分别对2种水样中的Dechloromonas加以标记,结果表明2种水样中均存在大量该菌,利用MAR-FISH技术还检测到系统中起主要除磷作用的PAO为Candidatus Accumulibacter phosphatis。

4.4FISH技术在检测发生污泥膨胀时丝状细菌中的应用

Speirs[32]等利用FISH技术对污水中的丝状菌进行检测,发现污泥膨胀中常出现的Eikelboom type 0092属Chloroflexi门,在全面强化除磷系统中,该丝状菌以2种不同的变异体出现,且在大部分情况下是同时存在的。如图6中的3张分析图,图a表示对水样进行Neisser染色时大部分的水样都有对该染色有反应的短径丝状体;利用FISH分析水样,EUB338I,II,和III均无法标记丝状菌,用探针GNSB941和CFX1223标记时,则可以检测到荧光信号,如图b;图c中的紫红色表示的是对探GNSB941/CFX1223 mix(CY5)和CFX223(CY3)均有反应的绿弯菌门(Chloroflexi)0092。

5FISH技术的不足与展望

FISH技术的优势在于可以了解微生物在污泥中的数量、形态及分布状态等,但其在应用过程中还存在着检测的假阳性、假阴性问题,诸如:微生物自身荧光的影响、探针缺乏特异性、穿透率不足、低rRNA含量和荧光褪色等[7]。

作为一项新兴的研究手段和工具,在今后的研究工作中还需要在以下几个方面进行加强和改进:(1)优化杂交过程中的各种操作条件,如:杂交和洗脱的温度、变性剂浓度及探针长度和浓度,这些杂交条件在很大程度上决定着探针的特异性和灵敏性;(2)开展探针标记技术的研究,提高探针灵敏度,完善荧光信号检测技术。探针与被检测物的结合强度是保证灵敏度的一个关键前提,合适的荧光团和探针对FISH检测效果有较大影响。量子点荧光标记探针与传统荧光探针相比,荧光强度高,化学稳定性好,抗光漂白性能强,可实现对细胞的多色标记。Mitchell等[33]利用量子点表面的Zn原子与巯基之间的配位作用实现了对目标DNA分子的检测。Pathak等[34]首先将羟基吸附在量子点表面,经过一系列的反应,最后将不同的寡聚核苷酸通过氨基甲酸酯偶合到羟基上。这种多色的量子点寡聚核苷酸探针可稳定存在几个月,并且解决了核酸探针在杂交过程中的非特异性键合问题,将其用于原位杂交过程,可进一步检测染色体的异常和突变;(3)新型探针的研究设计,如PNA(Peptide Nucleic Acid,即核肽酸)探针。该探针稳定、不易降解,其主链骨架呈中性,通常比寡核苷酸探针短,表现出较好的渗透性。PNA 探针技术在微生物检测领域具有极大的潜力。尽管目前对其研究仍然在初步阶段,但随着进一步的研究,它的广泛应用指日可待[35];(4)FISH技术主要应用在细胞组织内部,根据碱基配对原理,利用荧光探针与目标细胞中的同源16s rRNA特异结合,从而达到研究细胞的目的。这种在不破坏细胞的情况下发生在组织内部杂交反应,存在许多不稳定的问题。如荧光发生褪色、低16s rRNA含量、探针损伤,以及穿透率不足带来的杂交率低,都将影响到后来的细胞观察准确率。如果这种杂交发生在细胞膜表面,则可以解决很多由于穿透率不足、内部组织影响带来的褪色问题。探讨细胞的具体结构、细胞膜上对特

异探针的结合点即靶点,可实现细胞膜上的直接杂交,减少FISH步骤和反应时间,从而能更好地对目标细胞进行观察和定量定性分析。通过研究特定菌种的代谢途径、特定结构特征或摄食专一性,找到与细胞膜有关的特定物质,可实现靶点标记。将这种技术应用在污水处理中,结合生物传感器等的使用,对优势菌等目标菌实现动态观测和分析,将是一个重大的突破。具体可能实现的标记途径有:1)特定菌种的代谢途径,活性污泥中的各类菌种在处理污水中扮演着不同的角色。菌种有其各自的代谢途径,研究其代谢机制,找出代谢途径中的专属功能物质,再通过对该种专属物质的结构展开分析选取染料标记物,实现对该种菌种的特异性标记;2)特定菌种的结构特征,研究各功能菌种的结构,重点掌握功能菌群膜结构或膜上特定物质的结构,通过特定膜物质结构与染料标记物结构中的化学键的结合,实现标记;3)特定功能菌种的摄食专一性,对功能菌种的摄食专一性进行研究,即探讨菌种特定的处理物质,从特定处理物质的结构入手,选取合适的染料对其标记,从而实现功能菌种的间接识别。(5)加强FISH 技术与其他技术的联用:与共聚焦激光扫描显微镜和多光子显微镜的应用,可获得较好的景深和清晰的图象;与微传感器相结合也是FISH技术在环境微生物学中应用的又一技术手段,而结合荧光显微镜和流式细胞计的FISH技术是诊断和评价复杂微生物群落的种群结构及其动态学最有前景的技术手段[36]。Victoria等[37]利用FISH与次级离子质谱(SIMS)结合对厌氧条件下的甲烷氧化菌进行了鉴定;Lee等[38]采用FISH与显微放射自显影技术研究了生化物质在细胞内的合成、转移和转化等代谢过程;Sekiguchi等[39]利用CLSM与FISH技术得到了不同菌种在颗粒污泥内部成层分布的高清晰照片。

目前FISH技术作为一种新型有力的研究工具,已被广泛应用于对活性污泥和生物膜的研究中,如污泥膨胀过程中特异性丝状菌的寻找与确定、硝化过程中氨氧化细菌和硝化细菌的数量分配与空间分布、生物强化除磷过程中放线菌和某种特异细菌的作用等。FISH技术能很好的反映出废水生物处理系统中微生物菌群的多样性以及定量分析微生物种群的空间的动态变化。随着技术不断进步,FISH技术的准确度和灵敏度将进一步提高,这必将在废水生物处理系统微生物菌群结构领域中得到更加充分的应用,从而为废水生物处理领域的基础理论研究提供强有力的武器,促进工程实践的快速发展,为污废水的控制作出贡献。

参考文献

[1]冯权,邢新会,刘则华.化工进展,2004,23(8):832 836.

[2]JR Blackbeard,G A Ekama,G V R Marais.Water Pollutant Control,1986,85(1):90 100.

[3]洪安安,刘德华,刘灿明.工业水处理,2009,29(2):10 14.

[4]杨宝林.中国给水排水,1993,9(5):32 34.

[5]V Deretic,M J Schurr,J C Boucher,D W Martin.J Bacteriol.,1994,76(10):2773 2780.

[6]A K Rowan,J R Snape,D Fearnside et al.FEMS Microbiology Ecology,2003,(43):195 206.

[7]罗思音,张可方,张立秋.水科学与工程技术,2009,2:27 29.

[8]ML Pardue,J G Gall.Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1969,64:600 604.

[9]H John,M Birnstiel,K Jones.Nature,1969,223:582 587.

[10]刑德峰,任南琪,王爱杰.生物学通报,2003,30(6):l14 119.

[11]S J Giovannoni,E F DeLong,G J Olsen et al.Bacteriol.,1988,170:720 726.

[12]EF DeLong,G S Wickham,N R Pace.Science,1989,243(4896):1360 1363.

[13]李冰冰,肖波,李蓓.生物技术,2007,17(5):94 97.

[14]王相平.大连医科大学硕士论文,2009.

[15]陈成忠,于洪芹.生物学教学,2007,32(1):2 4.

[16]宋琳玲,曾光明,陈耀宁等.微生物学杂志,2007,27(1):40 44.

[17]朱彤,张洪军,刘建峰等.环境保护科学,2007,3(1):22 25

[18]张倩茹,周启星,陈锡时等.生态学杂志,2003,22(3):49 53.

[19]王晓慧,文湘华.微生物学通报,2009,36(1):142 148.

[20]左剑恶,杨洋,沈平等.中国沼气,2004,22(1):3 6.

[21]V O’Flaherty,G Collins,T Mahony.Rev.Environ.Sci.Biotech.,2006,5:39 55.

[22]孙寓姣,左剑恶,邢薇等.环境科学,2006,27(11):2354 2357.

[23]J Ahn,S Schroeder,M Beer et al.Appl.Environ.Microbiol.,2007,73(7):2257 2270.

[24]S D Weber,W Ludwig,K H Schleifer et al.Appl.Environ.Microbiol.,2007,73(19):6233 6240.[25]M De Sanctis,C Di Iaconi,A Lopez et al.Bioresource Technology,2010,101(7):2152 2158.

[26]张丹,刘耀平,徐慧等.生物技术,2003,13(5):1 3.

[27]I Pala,M Kolukirik,G Insel et al.Fresenius Environ.Bull.,2008,17(12):2255 2261.

[28]C Rongsayamanont,T Limpiyakornc,B Lawd et al.Enzyme and Microbial Technology,2010,46:229 236.[29]颜强,谢有奎.重庆建筑大学学报,2004,26(6):71 73.

[30]M Kawaharasaki,H Tanaka,T Kanagawa et al.Water Res.,1999,33(1):257 265.

[31]L C Burow,Y Kong,J L Nielsen et al.Microbiology,2007,153,178 185.

[32]L Speirs,T Nittami,S McIlroy et al.Appl.Environ.Microbiol.,2009,75(8):2446 2452.

[33]GP Mitchell,CA Mirkin,RL Letsinger.J.Am.Chem.Soc.,1999,121(35):8122 8123.

[34]S Pathak,SK Choi,N Arnheim et al.J.Am.Chem.Soc.,2001,123(17):4103 4104.

[35]赵欣,李霞,顾大勇.微生物学杂志,2008,28(1):76 82.

[36]陈瑛,任南琪,李永峰等.哈尔滨工业大学学报,2008,40(4):546 549.

[37]J O Victoria,H H Christopher,H Kai-Uwe et al.Microbiology,2002,99(11):7663 7668.

[38]N Lee,P H Nielsen,K H Andreasen et al.Appl.Environ.Microbiol.,1999,65(3):1289 1297.

[39]Y Sekiguchi,Y Kamagata,K Nakamura et al.Appl.Environ.Microbiol.,1999,65(3):1280 1288.[40]孙寓姣,王勇,黄霞.环境污染治理技术与设备,2004,5(11):14 20.

[41]呼庆,齐鸿燕,张洪勋.生态学报,2004,24(5):1048 1054.

费学宁

1957年2月生于天津

1997年获天津大学应用化学博士学位

现天津城市建设学院教授、天津大学博士生导师

从事功能染料、生物细胞标记及污水资源化研究

E-mail:xueningfei@126.com

DNA实验技术:原位杂交实验要求及步骤

原位杂交组织(或细胞)化学(In situ Hybridization Histochemistry,ISHH)简称原位杂交(In Situ Hybridization),属于固相分子杂交的范畴,它是用标记的DNA或RNA为探针,在原位检测组织细胞内特定核酸序列的方法。根据所用探针和靶核酸的不同,原位杂交可分为DNA-DNA杂交,DNA-RNA杂交和RNA-RNA 杂交三类。 根据探针的标记物是否直接被检测,原位杂交又可分为直接法和间接法两类。直接法主要用放射性同位素、荧光及某些酶标记的探针与靶核酸进行杂交,杂交后分别通过放射自显影、荧光显微镜术或成色酶促反应直接显示。间接法一般用半抗原标记探针,最后通过免疫组织化学法对半抗原定位,间接地显示探针与靶核酸形成的杂交体。 原位杂交最初是以同位素标记探针进行的。尽管同位素标记(如35S,3H,32P等)仍然广泛使用,但非同位素标记探针的迅速发展(尤其是生物素标记探针和地高辛标记探针),更引起科技工作者的极大兴趣。 一、基本要求 1. 组织取材:组织取材应尽可能新鲜。由于组织RNA降解较快,所以新鲜组织和培养细胞最好在30 min 内固定。 2. 固定目的是: (1)保持细胞结构; (2)最大限度地保持细胞内DNA或RNA的水平; (3)使探针易于进入细胞或组织。 最常用的固定剂是多聚甲醛,与其它醛类固定剂(如戊二醛)不同,多聚甲醛不会与蛋白质产生广泛的交叉连接,因而不会影响探针穿透入细胞或组织。 3. 增强组织的通透性和核酸探针的穿透性: (1)稀酸处理和酸酐处理:为防止探针与组织中碱性蛋白之间的静电结合,以降低背景,杂交前标本可用0.25%乙酸酐处理10 min,经乙酸酐处理后,组织蛋白中的碱性基团通过乙酰化而被阻断。组织和细胞标本亦可用0.2 M HCl处理10 min,稀酸能使碱性蛋白变性,结合蛋白酶消化,容易将碱性蛋白移除。 (2)去污剂处理:去污剂处理的目的是增加组织的通透性,利于杂交探针进入组织细胞,最常应用的去污剂是Triton X-100。注意:过度的去污剂处理不仅影响组织的形态结构,而且还会引起靶核酸的丢失。

免疫荧光操作步骤及注意事项

免疫荧光技术是在免疫学、生物化学和显微镜技术的基础上建立起来的一项技术。它是根据抗原抗体反应的原理,先将已知的抗原或抗体标记上荧光基团,再用这种荧光抗体(或抗原)作为探针检查细胞或组织内的相应抗原(或抗体)。利用荧光显微镜可以看见荧光所在的细胞或组织,从而确定抗原或抗体的性质和定位,以及利用定量技术(比如流式细胞仪)测定含量。 紫外光激发荧光物质放射荧光示意图 免疫荧光实验的主要步骤包括细胞片制备、固定及通透(或称为透化)、封闭、抗体孵育及荧光检测等。细胞片制备(通俗的说法是细胞爬片)是免疫荧光实验的第一步,细胞片的质量对实验的成败至关重要,原因很简单,如果发生细胞掉片,一切都无从谈起。这一步关键的是玻片(Slides or Coverslips)的处理以及细胞的活力,有人根据成功经验总结出许多有益的细节或小窍门,非常值得借鉴。固定和通透步骤最重要的是根据所研究抗原的性质选择适当的固定方法,合适的固定剂和固定程序对于获得好的实验结果是非常重要的。免疫荧光中的封闭和抗体孵育与其它方法(如ELISA或Western Blot)中的相同步骤是类似的,最重要的区别在于免疫荧光实验中要用到荧光抗体,因此必须谨记避光操作,此外抗体浓度的选择可能更加关键。最后需要注意的是,标记好荧光的细胞片应尽早观察,或者用封片剂封片后在4℃或-20℃避光保存,以免因标记蛋白解离或荧光减弱而影响实验结果。 由于操作步骤比较多,同时在分析结果时无法像WB那样可以根据分子量的大小区分非特异性识别,所以要得到一个完美的免疫荧光实验结果,除了需要高质量的抗体,以及对实验条件进行反复优化外,还必须设立严谨的实验对照。总之,免疫荧光实验从细胞样品处理、固定、封闭、抗体孵育到最后的封片及观察拍照,每步都非常关键,需要严格控制实验流程中每个步骤的质量,才能最终达到你的实验目的。 基本实验步骤:

原位杂交组织化学技术的基本方法

原位杂交组织化学技术的基本方法 一、核酸分子杂交技术 1961年Hall开拓了液相核酸杂交技术的研究,其基本原理是利用核酸分子单链之间有互补的碱基顺序,通过碱基对之间非共价键的形成,出现稳定的双链区,形成杂交的双链。自此以后,由于分子生物学技术的迅猛发展,特别是70年代末到80年代初,分子克隆">克隆、质粒和噬菌体DNA的构建成功,核酸自动合成仪的诞生,大大丰富了核酸探针的来源,新的核酸分子杂交类型和方法不断涌现。按其作用方式可大致分为固相杂交和液相杂交两种:液相杂交是指参加反应的两条核酸链都游离在溶液中,而固相杂交是将参加反应的一条核酸链固定在固体的支持物上常用的有硝酸纤维素滤膜,其它如尼龙膜、乳胶颗粒和微孔板等),另一条参加反应的核酸链游离在溶液中。固相杂交有菌落原位杂交(colony in situ hybri dization)、斑点杂交法(Dot blot)、Southern印迹杂交(Southern blot)、Northern印迹杂交( N orthern blot)和组织原位杂交(Tissue in situ hybridization),即原位杂交组织化学技术和原位杂交免疫细胞化学技术。液相分子杂交技术包括吸附杂交、发光液相杂交、液相夹心杂交和复性速率液相分子杂交等。 二、原位杂交组织化学技术的由来及发展 原位杂交组织(或细胞)化学技术简称原位杂交(In situ hybridization),如上所述,属于固相核酸分子杂交的范畴。但它区别于固相核酸分子杂交中的任何一种核酸分子杂交技术。菌落杂交系细菌裂解释放出DNA,然后进行杂交。Southern印迹杂交法是以鉴定DNA中某一特定的基因片段,而Norhtern印迹杂交法是用以检测某一特定的RNA片段的。它们都只能证明该病原体、细胞或组织中是否存在待测的核酸而不能证明该核酸分子在细胞或组织中存在的部位。1969年美国耶鲁大学Gall和Pardue首先用爪蟾核糖体基因探针与其卵母细胞杂交,确定该基因定位于卵母细胞的核仁中。与此同时,Buongiorno– Nardell i和Amaldi, John及其同事等相继利用同位素标记核酸探针进行了细胞或组织的基因定位,从而创造了原位杂交细胞或组织化学技术。Orth(1970)应用3H标记的兔乳头状瘤病毒cRNA探针与兔乳头状瘤组织的冰冻切片进行杂交,首次用原位杂交检测了病毒DNA在细胞中的定位,但当时的工作多采用冰冻组织切片或培养细胞,探针均采用同位素标记。 由于同位素标记探针具有放射性既污染环境,又对人体有害,且受半衰期限制等缺点,科学工作者们开始探索用非放射性的标记物标记核酸探针进行原位杂交。Bauman(1981)等首先应用荧光素标记cRNA探针做原位杂交,然后用荧光显微镜观察获得成功。Shroyer(1982)报道用2,4二硝基苯甲醛(DNP)标记DNA探针,使该DNA探针具有抗原性,然后用兔抗DNP的抗体来识别杂交后的探针,最后经免疫过氧化物酶的方法来定位杂交探针。这两种方法至今仍有采用,但因敏感度不够高,应用不够普遍。 Pezzella(1 987)创建了用磺基化DNA探针来做细胞或组织原位杂交的方法,其基本原理是使DNA探针的胞嘧啶碱基磺基化,利用单克隆">克隆抗体识别磺基化探针,再通过免疫组化方法显示结合的单克隆抗体,从而对杂交结合的探针进行定位。本法的优点是磺基化DAN探针标记简便,不需作缺口平移标记,敏感度也较高。但自生物素和高辛标记探针技术建立后,已有取而代之的趋势。生物素标记探针技术是Brigat(1983)首先建立的,它利用生物素标记的探针在组织切片上检测了病毒DNA,通过生物素与抗生物素结合,过氧化物酶-抗过氧化物酶显示系统显示病毒DNA在细胞中的定位。生物素标记探针技术目前已被广泛应用,特别是在病毒学和病理学的临床诊断中。这种生物素标记技术又叫酶促生物素标记技术。另一种叫光促生物素标记核酸技术,该技术是用光敏生物素(Photobiotin)标记核酸。目前应用的光敏生物素有乙酸盐和补骨脂素生物素,它们都是由三个部分组成:光敏基团、连结臂和生物素(图20-1)。在强光下,不需酶反应,光敏生物素的光敏基团即可与核酸中的碱基相结合。光敏生物素标记核酸,方法简单,灵敏度也不低,但标记效率不高,每100~150个碱基才能标记一个生物素,对于短的基因探针特别是寡核苷酸探针不宜使用,以免因标记数过少而影响灵敏度(Forster et al 1985)。 近年来,地高辛(Digoxigonin)标记技术引起科技工作者的极大兴趣。Boeringer Mannhem Bio-ch emisca于1987年将地高辛标记的有关试剂及药盒投放市场。和其它非放射性标记物一样,地高辛较放射性标记系统安全,方便、省时间。同时在敏感性和质量控制方面比生物素标记技术要优越,可以检测出人基因组DNA中的单拷贝基因。地高辛标记法显示的颜色为紫蓝色(标记碱性磷酸酶-抗碱性磷酸酶显色系统),有较好的反差背景。 核酸探针根据标记方法的不同可粗略分为放射性探针和非放射性探针两类。根据探针的核酸性质不同可分为DNA探针、RNA探针、cDNA探针、cRNA探针和寡核苷酸探针等。DNA探针还有单链DNA(Single st randed, ssDNA)和双链DNA(Double stranded, dsDNA)之分(详见十九章)。早期应用的主要是DNA探

免疫荧光操作步骤及注意事项

免疫荧光操作步骤及注意事项 免疫荧光技术是在免疫学、生物化学和显微镜技术的基础上建立起来的一项技术。它是根据抗原抗体反应的原理,先将已知的抗原或抗体标记上荧光基团,再用这种荧光抗体(或抗原)作为探针检查细胞或组织内的相应抗原(或抗体)。利用荧光显微镜可以看见荧光所在的细胞或组织,从而确定抗原或抗体的性质和定位,以及利用定量技术(比如流式细胞仪)测定含量。 紫外光激发荧光物质放射荧光示意图 免疫荧光实验的主要步骤包括细胞片制备、固定及通透(或称为透化)、封闭、抗体孵育及荧光检测等。细胞片制备(通俗的说法是细胞爬片)是免疫荧光实验的第一步,细胞片的质量对实验的成败至关重要,原因很简单,如果发生细胞掉片,一切都无从谈起。这一步关键的是玻片(Slides or Coverslips)的处理以及细胞的活力,有人根据成功经验总结出许多有益的细节或小窍门,非常值得借鉴。固定和通透步骤最重要的是根据所研究抗原的性质选择适当的固定方法,合适的固定剂和固定程序对于获得好的实验结果是非常重要的。免疫荧光中的封闭和抗体孵育与其它方法(如ELISA或Western Blot)中的相同步骤是类似的,最重要的区别在于免疫荧光实验中要用到荧光抗体,因此必须谨记避光操作,此外抗体浓度的选择可能更加关键。最后需要注意的是,标记好荧光的细胞片应尽早观察,或者用封片剂封片后在4?或-20?避光保存,以免因标记蛋白解离或荧光减弱而影响实验结果。

由于操作步骤比较多,同时在分析结果时无法像WB那样可以根据分子量的大小区分非特异性识别,所以要得到一个完美的免疫荧光实验结果,除了需要高质量的抗体,以及对实验条件进行反复优化外,还必须设立严谨的实验对照。总之,免疫荧光实验从细胞样品处理、固定、封闭、抗体孵育到最后的封片及观察拍照,每步都非常关键,需要严格控制实验流程中每个步骤的质量,才能最终达到你的实验目的。 基本实验步骤: (1) 细胞准备。对单层生长细胞,在传代培养时,将细胞接种到预先放置有处理过的盖玻片的培养皿中,待细胞接近长成单层后取出盖玻片,PBS洗两次;对悬浮生长细胞,取对数生长细胞,用PBS离心洗涤(1000rpm,5min)2次,用细胞离心甩片机制备细胞片或直接制备细胞涂片。 (2) 固定。根据需要选择适当的固定剂固定细胞。固定完毕后的细胞可置于含叠氮纳的PBS中4?保存3个月。PBS洗涤3×5 min. (3) 通透。使用交联剂(如多聚甲醛)固定后的细胞,一般需要在加入抗体孵育前,对细胞进行通透处理,以保证抗体能够到达抗原部位。选择通透剂应充分考虑抗原蛋白的性质。通透的时间一般在5-15min.通透后用PBS洗涤3×5 min. (4) 封闭。使用封闭液对细胞进行封闭,时间一般为30min. (5) 一抗结合。室温孵育1h或者4?过夜。PBST漂洗3次,每次冲洗5min. (6) 二抗结合。间接免疫荧光需要使用二抗。室温避光孵育1h.PBST漂洗3次,每次冲洗5min后,再用蒸馏水漂洗一次。 (7) 封片及检测。滴加封片剂一滴,封片,荧光显微镜检查。 (一)细胞准备 用于免疫荧光实验的细胞可以是直接生长在盖玻片上的贴壁细胞,也可以是经过离心后涂片的悬浮细胞或者是将取自体内的组织细胞悬液离心后涂片。贴壁良好

荧光原位杂交技术FISH

荧光原位杂交技术FISH 1 目的 通过FISH实验检测两条Brd2基因cRNA探针的效价。 2材料与仪器 2.1材料 件为:95℃预变性3 min;95℃变性30 s;50℃退火45 s;72℃延伸45 s;循环30次; 72℃再延伸8 min。 2) 将所有PCR产物经1%琼脂糖凝胶电泳检测,采用凝胶回收试剂盒回收并纯化PCR产 物,并用微量分光光度计测定其浓度。 3) 进行体外转录反应合成Brd2 cRNA探针,20 μL体外转录反应体系如下:RNase

inhibitor 1μL,10×NTP dig labeling mixture 2μL,10×transcription buffer 2μL,Template DNA 13μL,RNA polymerase 2μL。 4) 37℃水浴孵育2 h,取0.5μL于1%琼脂糖凝胶电泳检测。 5) 加入2μL无RNase污染的Dnase I 37℃水浴孵育15 min来消化模板DNA。 6) 加入EDTA 0.8μL,加入5.6μL NH4Oac终止反应,再加入56μL无水乙醇并混匀,于 -80℃放置20 min。 7) 15000 r/min,4℃离心15 min,弃上清,加入700μL 80%的无水乙醇混匀,15000 r/min,4℃ 离心10 min沉淀RNA。 8) 干燥后用DEPC处理的水50μL溶解RNA。合成的两条探针经1%琼脂糖凝胶电泳鉴 定并用微量分光光度计测定探针浓度,于-80℃保存备用。 3.2荧光原位杂交实验检测探针的效果 1) 正常C57BL/6小鼠用1%戊巴比妥钠深麻后,依次以30 mL 0.01 mol/L DEPC-PBS和 100 mL含4%多聚甲醛的磷酸缓冲液(PB)行左心室灌注,小心剥离脑组织,于4℃环境下用上述相同固定液进行后固定过夜,后将组织转移浸没于含30%蔗糖的PB溶液中脱水至沉底。 2) 最后取出组织用OTC包埋,冰冻切片机连续切片至需要的层面,切片厚度30 μm。 3) 选取上述脑组织切片于室温条件下经含有2%H2O2的0.1 mol/L DEPC-PB处理10 min 以阻断内源性过氧化物酶,再用0.1mol/L DEPC-PB室温漂洗10 min,接着用含 0.3%Triton X-100的0.1 mol/L DEPC-PB处理20 min,在用乙酰化液处理10 min,后 于0.1mol/L DEPC-PB中清洗2次,每次10 min,后加入预杂交液,60℃预杂交1 h 以封闭非特异结合位点。 4) 分别于两组切片中加入探针并使探针终浓度为1 μg/mL。于60℃杂交炉中恒温孵育 16-20 h,同时设立省略探针的空白对照,以上操作严格在无RNA酶环境下进行。 5) 杂交后组织切片置于wash buffer中60℃浸洗2次,每次20 min,接着切片在RNase buffer中室温孵育5 min,后加入终浓度为20 μg/mL的RNase,37℃作用30 min以消化未结合的cRNA探针。 6) 接下来恒温37℃条件下依次用2×SSC,0. 2×SSC溶液各浸洗切片2次,每次20 min, 再在TS7.5溶液中室温孵育5 min,后置于TBS溶液中室温封闭1 h,加入地高辛抗体(POD-anti-DIG,1:100)室温孵育过夜。

原位杂交技术步骤

1.For each probe (control and experimental), set up a separate 100-ml PCR in a 0.5-ml sterile tube, as tabulated below. Either.cDNA inserted in plasmids or genomic DNA can be used as templates for the PCR (see REAGENT SETUP for details on primer design). 每个探针(实验组和对照组),在0.5 -ml无菌管设立一个独立的100毫升PCR,正如下面的表。另外。互补脱氧核糖核酸插入到基因组DNA质体或可用作模板PCR(见试剂设置有关底漆设计)。 **注意关键: 1.很多版本的实验反义核酸探针可以作为一种控制背景染色(见试剂设置)。然而,我们相信最好的方法来演示特异性是获取相同的空间限制表达模式使用不同的非重叠探测器相同的基因。 2.小心不要污染pcr.使用无菌试管和过滤器的技巧和戴手套 3.另外,PCR扩增,cDNAs质粒中可以使用约束线性化酶,独特的站点位于5¢(反义核酸探针)或3¢(对感官探测)来插入。净化的线性DNA可以通过苯酚/氯仿萃取乙醇沉淀紧随其后。 2| Run the PCR using the conditions tabulated below. 使用下面列出的条件运行PCR **暂停点:把扩增好的pcr产品放4℃降温和在-20℃贮藏几个星期。 3| Add the 100-ml PCR to a Microcon YM-50 column and add 400 ml of sterile water. Centrifuge for 15–20 min at 1,000 g at room temperature. 加入100毫升PCR到Microcon YM-50列并加入400毫升的无菌水。在室温下1000g离心15 - 20分钟。 **注意关键:膜应该是干的。如果没有再离心 4|Place the Microcon column into a new microfuge tube (provided in the kit), add 20ml of sterile water, vortex briefly and then turn the Microcon column upside down. Spin for 1 min at 1,000 g at room temperature to recover the DNA. 把小层析柱放在一个新的离心管(在这个工具包中提供),增加20毫升的无菌水、短暂离心,然后颠倒层析柱。自旋1分钟1000 g在室温下恢复了DNA **注意关键:离心的步骤应该快速。离心机1分钟只是为了避免样本太干。 5|Check the quality, quantity and size of the PCR amplification product by loading 1/20 of the preparation on a 1% (wt/vol) agarose gel in 1 TBE buffer. DNA should appear as a band and not as a smear. The 1/20 of the preparation should contain at least 40 ng of DNA. 通过装载1/20的稀释液在1*的TBE buffer缓冲液中的1% (wt/vol)的琼脂糖凝胶检查PCR的扩增产物的质量

细胞免疫荧光实验步骤

细胞免疫荧光实验步骤 细胞免疫荧光实验步骤 简单实验步骤如下: 1.漂洗血清蛋白H7.2-7.4 37度 PBS 2小时. 2.-20度甲醇固定20分钟后,自然、干燥 10分钟 3.PBS洗净:3min*3 4.1%Triton:25min-30min.配成50ultriton+5mlpBS 5.PBS洗净:2*5min 6.羊血清封闭:37度,20分钟 7.一抗,4度过夜,一般要大于18小时或者37度1-2小时 8.4度PBS洗净,3min*5次 9.二抗37度小于一小时 10.37度PBS洗净,3*5min 凉干封片(封闭液PH8.5) 活细胞免疫荧光技术-流式细胞仪标本的制备 (一)制备活性高的细胞悬液(培养细胞系、外周血单个核细胞、 胸腺细胞、脾细胞等均可用于本法) ↓ 用10%FCS RPMI1640调整细胞浓度为 5×106~1×107/ml ↓ 取40μl细胞悬液加入预先有特异性McAb(5~50μl) 的小玻璃管或塑料离心管,再加50μl 1∶20(用DPBS 稀释)灭活正常兔血清 ↓4℃ 30min 用洗涤液洗涤2次,每次加洗涤液2ml左右 1000rpm×5min

↓ 弃上清,加入50μl工作浓度的羊抗鼠 (或兔抗鼠)荧光标记物,充分振摇 ↓4℃ 30min 用洗涤液洗涤2次,每次加液2ml左右 1000rpm×5min ↓ 加适量固定液(如为FCM制备标本,一般加入 1ml固定液,如制片后在荧光显微镜下观察, 视细胞浓度加入100~500μl固定液) ↓ FCM检测或制片后荧光显微镜下观察 (标本在试管中可保存5~7天) (二)试剂和器材 1. 各种特异性单克隆抗体。 2. 荧光标记的羊抗鼠或兔抗鼠第二抗体,灭活正常兔血清。 3. 10% FCS RPMI1640, DPBS、洗涤液、固定液(见附录)。 4. 玻璃管、塑料管、离心机、荧光显微镜等。 (三)注意事项 1. 整个操作在4℃下进行,洗涤液中加有比常规防腐剂量高10倍的NaN 3,上述实验条件是防止一抗结合细胞膜抗原后发生交联、脱落。 2. 洗涤要充分,以避免游离抗体封闭二抗与细胞膜上一抗相结合,出现假阴性。 3. 加适量正常兔血清可封闭某些细胞表面免疫球蛋白Fc受体,降低和防止非特异性染色。 4. 细胞活性要好,否则易发生非特异性荧光染色。 附: 1. DPBS (×10, 贮存液)

荧光原位杂交 综述

荧光原位杂交(FISH)综述 摘要 本文简单介绍了荧光原位杂交(FISH)技术的一些基础理论知识以及常用操作方法和步骤。 关键词:荧光原位杂交; 1.发展 荧光原位杂交(fluorescent in situ hybridization,FISH)是一种细胞遗传学技术,可以用来对核酸进行检测和定位。荧光标记的核酸探针只和具有高度相似性的核酸杂交,可用于染色体上基因的定位,或在分子生态学中用来标记不同分类细菌或古菌中的核糖体RNA[1]。1969年,Pardue等和John两个研究小组发明了原位杂交技术,放射性标记的DNA 或28s RNA 被杂交到细胞制备物上,通过放射自显影技术(m icroautoradiography, MAR)检测杂交位点,这一技术可以在保持细胞形态完整性的条件下,使核酸序列在细胞内被检测[2]。 2.原理 通过特定分子的荧光标记探针在细胞内与染色体上特意的互补核酸序列原位杂交,通过激发杂交探针的荧光来检测信号。由于荧光燃料收到一定波长的(即激发波长)的光激发后会发射荧光(即发射波长),所以就滤光镜选择合适的激发波长的光,即可显示某一特定的荧光染料,于是就可以直接显示特定细胞核中或染色体上的DNA序列间相互位置关系[2]。 原位杂交的处理:染色体上杂交的位点提供了DNA探针序列的定位信息。所以应用该方法时,需打开维持染色体DNA双螺旋结构的碱基配对以使其形成单链分子(这称为DNA变性)。只有这样染色体DNA才能与探针杂交。变性染色体DNA而不破坏其形态的标准方法是将染色体干燥在玻璃载玻片上,再用甲酰胺处理[1]。

3.关于探针的发展 早期原位杂交技术中探针是放射性标记的,但这个方法并不令人满意,因为放射性标记很验证同时满足灵敏度和分辨率这两个原位杂交成功的必要条件。灵敏度要求放射性标记具有高中辐射能(例如用32P标记),当标记物能量过高时,会因为信号散射导致分辨率过低。如果使用低辐射能的放射性标记物,如 3H可以得到较高的分辨率,但由于灵敏度低而需要长时间曝光,并由此导致背景过高,难以分辨出真正的信号。20世纪80年代后期,非放射性DNA荧光标记技术的发展解决了上述问题,这些标记将高灵敏度与高分辨率结合起来,适用于原位杂交。 现已设计出具有不同发光特性的荧光标记物,因此有可能将一组不同的探针与单个染色体杂交,并分辨出每种杂交信号,从而测定出各探针序列的相对位置。为了得到最高的灵敏度,探针的标记需要尽可能大一些。在过去这就意味着探针必须是相当长的DNA分子,通常是至少40kb的克隆片段。现在已发展出将较短的DNA分子进行标记的技术,对长度的要求已不那么重要。 构建物理学图谱时,克隆的DNA片段可被简单地看作另一种类型的标记物,但在实际应用,由于克隆的DNA片段确定了DNA序列,将其作为标记应用则具有另一层含义。因此,克隆间位置关系的确定提供了基因组图谱与其DNA序列间的直接联系。如果探针是长的DNA片段,至少对于高等真核生物,就可能产生这样一个问题:探针中可能含有一些重复的DNA序列,因此探针可能与染色体上多个位点杂交,探针在使用前要与来自被研究组织的未标记DNA混合。这种DNA可以是总的核DNA(即代表了全基因组),但如果使用富集重复序列的片段更好。加入未标记DNA的目的在于与探针中的重复序列结合并将其封闭,使随后的原位杂交完全由单一序列驱动(Lichter et al.,1990)。这样非特异性杂交即可被减少或完全消除[1]。 4.荧光染料 常用的荧光染料的DAPI(在UV 光激发下发出蓝色荧光)、FITC和荧光素(蓝光 下发出绿色荧光)以及罗丹明和德克萨斯红(绿光激发下产生红色荧光)。由于FISH 的信号空间分辨率高。不同的DNA 探针可以用不同的半抗原标。再用不

荧光原位杂交技术及其应用

荧光原位杂交技术及其应用 摘要:荧光原位杂交技术是一种非常有用的分子细胞遗传学工具,特别是对一些染色体数目异常和复杂染色体异常的诊断,架起了染色体显带技术和分子遗传学之间的桥梁。本文主要就荧光原位杂交技术的发展历程、探针制备和临床应用做一简单的综述。 关键词:FISH;荧光原位杂交;临床应用;产前诊断;肿瘤 Fluorescence in situ hybridization and applications SUN Jingjing,YAN Shouqing (College of Animal Science and Veterinary Medicine,Jilin University,Changchun 130062,China) Abstract:FISH is a powerful molecular cytogenetic technique which allows rapid detection of numerical and complex chromosome aberrations on interphase cells and metaphase spreads, bridging the gap between conventional chromosome banding analysis and molecular genetic DNA studies. This review gives a brief overview of the historical developments of FISH techniques and applications in clinic genetic diagnostics. Key words:FISH; Fluorescence in situ hybridization; Clinical applications; Prenatal diagnosis; Tumor DNA荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)技术是一种应用非放射性荧光物质依靠核酸探针杂交原理在核中或染色体上显示DNA序列位置的方法[1]。该技术具有快速、安全、灵敏度高以及探针可长期保存等特点,目前已广泛应用于细胞遗传学、肿瘤生物学、基因定位、基因作图、基因扩增,产前诊断及哺乳动物染色体进化研究等领域。 1 FISH技术的产生 1969年Gall和Pardue利用放射性同位素标记的DNA探针检测细胞制片上非洲爪蟾细胞核内的rDNA获得成功之后,Pardue等同年又以小鼠卫星DNA为模板,利用体外合成的含3H 的RNA为探针成功地与中期染色体标本进行了原位杂交,从而开创了RNA-DNA的同位素原位杂交技术[2],但是没有得到广泛应用。1974年Evans第一次将染色体显带技术和原位杂交技术结合起来,提高了基因定位的准确性。1981年,Langer等首次采用生物素标记的核苷酸探针(bio-dUTP)成功地进行了染色体原位杂交,建立了非放射性原位杂交技术(Nonisotopic in situ hybridization),至此,以荧光标记的探针在细胞制片上进行基因原位杂交的技术建立起来。1985年这项技术被引进到植物。1986年,Cremer与Licher等分别证实了荧光原位杂交技

细胞免疫荧光步骤(仅供参照)

方法一: 1.首先需要把细胞养在玻璃片上(悬浮细胞需要用多聚赖氨酸包被过的玻璃片) 2.然后在4%PFA里面室温下固定30分钟,PBS洗两次,0.1% TX-100室温下作用1-2分 钟使细胞膜通透。 3.接下来进行荧光标记,需要在一个大的容器(面积大,扁平状的,比如大的培养皿)里面, 放一张用水打湿的滤纸,以保持湿度。 4.剪一片合适大小的parafilm,在上面滴上稀释在1%BSA/TBS中的一抗(稀释倍数依具体 抗体而定),每个玻璃片30ul足够,把玻璃片盖在上面(细胞面朝下),室温下孵育30分钟,然后在PBS里洗三次。 5.接下来二抗孵育步骤同上。 6.最后,在载玻片加上mounting medium(大约每个玻璃片加10ul),把玻璃片放上去(细 胞面朝下),37度30分钟,然后就可以在荧光显微镜下观察了。 7.抗体很重要,不能有非特异性结合。你可以先做WB检测一下你的抗体,看看有没有杂带。 8.双标的话,可以把两个一抗一起加或者分别标记两次(可以都试一下看看那种方法合适)。 如果一个抗体需要二抗,一个是直接荧光标记的,可以把荧光标记的那个和另外一个的二抗一起加。 方法二: 1.选取一抗时要来源于两种不同的动物,我用的是来源于rabbit和rat的抗体,二抗则是不 同荧光信号标记的,我用的是donkey anti-rabbit-FITC(绿)和donkey anti-rat-Tex-Red(红)。 2.我的做法是两种一抗同时孵育,然后两种二抗同时孵育。抗体浓度、孵育时间要仔细摸索, 我感觉一抗4度孵育过夜比较好,背景比较清晰。 3.我的阳性对照用的是阳性组织切片,阴性对照则分别是家兔和大鼠的IgG,荧光标记物对 照是PBS+荧光标记物。 4.封闭血清与二抗来源动物一致,我用的是10%的正常donkey血清。 5.其余步骤同一般免疫荧光单标操作。 方法三: 1.片子的制作:可以做细胞爬片,细胞甩片,还有直接在24well/12well/96well中直接染色 2.细胞爬片的制作:直接购买公司的已经处理过的细胞爬片,要是自己制作的话,就用无菌 的盖玻片用多聚赖氨酸处理后让细胞自己爬片 3.细胞甩片:需要甩片机将细胞悬液均匀甩到玻片上。

荧光原位杂交技术原理及操作步骤

1974年Evans首次将染色体显带技术和染色体原位杂交联合应用,提高了定位的准确性。20世纪70年代后期人们开始探讨荧光标记的原位杂交,即FISH技术。1981年Harper 成功地将单拷贝的DNA序列定位到G显带标本上,标志着染色体定位技术取得了重要进展。20世纪90年代,随着人类基因组计划的进行,由于绘制高分辨人类基因组图谱的需要,FISH 技术得到了迅速的发展和广泛应用。 1.原理 FISH(fluorescence in situ hybridization)技术是一种重要的非放射性原位杂交技术。它的基本原理是:如果被检测的染色体或DNA纤维切片上的靶DNA与所用的核酸探针是同源互补的,二者经变性-退火-复性,即可形成靶DNA与核酸探针的杂交体。将核酸探针的某一种核苷酸标记上报告分子如生物素、地高辛,可利用该报告分子与荧光素标记的特异亲和素之间的免疫化学反应,经荧光检测体系在镜下对待测DNA进行定性、定量或相对定位分析。2.实验流程 FISH样本的制备→探针的制备→探针标记→杂交→染色体显带→荧光显微镜检测→结果分析。 3.特点 原位杂交的探针按标记分子类型分为放射性标记和非放射性标记。用同位素标记的放射性探针优势在于对制备样品的要求不高,可以通过延长曝光时间加强信号强度,故较灵敏。缺点是探针不稳定、自显影时间长、放射线的散射使得空间分辨率不高、及同位素操作较繁琐等。采用荧光标记系统则可克服这些不足,这就是FISH技术。FISH技术作为非放射性检测体系,具有以下优点:1、荧光试剂和探针经济、安全;2、探针稳定,一次标记后可在两年内使用;3、实验周期短、能迅速得到结果、特异性好、定位准确;4、FISH可定位长度在1kb的DNA序列,其灵敏度与放射性探针相当;5、多色FISH通过在同一个核中显示不同的颜色可同时检测多种序列;6、既可以在玻片上显示中期染色体数量或结构的变化,也可以在悬液中显示间期染色体DNA的结构。 缺点:不能达到100%杂交,特别是在应用较短的cDNA探针时效率明显下降。 4.应用 该技术不但可用于已知基因或序列的染色体定位,而且也可用于未克隆基因或遗传标记及染色体畸变的研究。在基因定性、定量、整合、表达等方面的研究中颇具优势。 荧光原位杂交FISH操作规程 一、主要试剂 1变性液20SSC 4mlddH2O 8ml甲酰胺28ml 2PBD液1000ml 20SSC中加入1.25gTween20 二、操作流程 1 硅化玻片切片烤片60过夜 2 脱蜡入水斜置切片空干 3 2SSC洗涤三次每次5min下简写为35 4 0.2M HCl处理室温10接步骤3 5 0.25mg/ml 蛋白酶K处理室温1530接步骤3 6 切片入20梯度酒精脱水各2空干 7 切片入85变性液8 8 迅速入20梯度酒精脱水各2空干 9 杂交液85变性50冰浴10滴加至切片加盖玻片37过夜 10 反应体系中加入等体积的甲酰胺4510

免疫荧光双标操作方法及注意事项

在同一组织细胞标本上需要同时检测两种抗原时,需进行双重荧光染色。双重免疫荧光标记法(double immunofluorescence labeling method)也分为直接法和间接法。 (1)直接法双重免疫荧光标记:将标记有两种不同荧光素的抗体(如抗A 和抗B)以适当比例混合,滴加在标本上孵育,然后洗去未结合的荧光抗体,在荧光显微镜下分别选择两种相应的激发滤片观察,即可对两种抗原进行定位和定量。直接法简便可靠,但灵敏度较低。 (2)间接法双重免疫荧光标记:用未标记的两种特异性第一抗体孵育组织或细胞,洗去多余的第一抗体后,再用两种不同的荧光素分别标记的第二抗体孵育组织或细胞,洗去多余的第二抗体,后在荧光显微镜下分别选择两种相应的激发滤片观察,从而对两种抗原进行定位和定量。使用此法应注意两种特异性第一抗体必须来源于不同种属,且荧光标记第二抗体的种属必须与第一抗体的种属相匹配。 免疫荧光双标技术中操作要点和注意事项 一、免疫荧光技术中标本制作的基本程序近似于酶免疫组化,不同点如下: 1、免疫荧光不需要使用双氧水处理,封闭和一抗孵育与其相同。 2、免疫荧光的二抗使用不同荧光标记的二抗孵育,孵育时间根据抗体的工作浓度确定。 3、二抗孵育之后充分洗片后即可贴片、封片和观察。 4、免疫荧光在封片时常使用专用封片剂或甘油:0.01M PBS (1:1)。条件许可,建议购买抗淬灭的封片液,使标本可以保存更久。

5、荧光抗体的孵育以及后续处理需要避光。 6、荧光抗体染色假阳性可能会多,需要分别设定阳性和阴性对照。 二、注意事项 1、荧光染色后一般在1h内完成观察,或于4℃保存4h,时间过长,可能会使荧光提前衰退。 2、每次试验均需设置以下三种对照: (1) 阳性对照:阳性血清+荧光标记物; (2) 阴性对照:阴性血清+荧光标记物; (3) 荧光标记物对照:PBS+荧光标记物。 三、免疫荧光双标的经验之谈 1、选取一抗时,要求来源于两种不同的动物,我用的是来源于家兔和大鼠的抗体,二抗则是不同荧光信号标记的,我用的是donkey anti-rabbit-FITC(绿)和donkey anti-rat-Tex-Red(红)。 2、我的做法是两种一抗同时孵育,然后两种二抗同时孵育。抗体浓度、孵育时间要自我摸索,我感觉一抗4℃孵育过夜比较好,背景比较清晰。 3、我的阳性对照采用的是阳性组织切片,阴性对照则分别是家兔和大鼠的IgG,荧光标记物对照是PBS+荧光标记物。 4、封闭血清是二抗来源动物的正常血清,我用的是10%正常donkey 血清。 5、其余事项同免疫荧光单标操作。 免疫组化双重染色方法和步骤 在生物医学和临床研究实践中,经常需要检测两种不同物质是否在同一

原位杂交技术的操作详解及小贴士

原位杂交技术的操作详解及小贴士 原位杂交技术应用于染色体、细胞和组织切片等样品中进行核酸特异性检测,与免疫组化技术的结合应用,能将DNA、mRNA和蛋白水平上的基因活性与样品的显微拓扑信息结合起来。1969年Pardue和Gall将放射性标记的探针直接应用于纯化核酸的杂交,此后得益于分子克隆技术的发展,及不同探针标记系统和检测系统的应用,大大增加了原位杂交检测的应用灵活性和检测灵敏度。 多种探针标记检测系统 基于地高辛、生物素和荧光标记分子的标记和检测系统是常见的原位杂交检测方法。 荧光标记检测常为直接探针标记方法,如在dUTP/UTP/ddUTP上连接Fluorescein后进行核酸标记。由于标记在核酸上的荧光分子必须经受杂交和洗脱过程中的考验,以及荧光分子易于衰减,其检测灵敏度受到一定的影响。但对荧光分子的直接检测呈现的背景较低。 间接标记的方法中应用了报告分子标记的探针,报告分子通过亲和酶促的方法进行显色。常用的报告分子如地高辛,生物素。结合地高辛抗体或链霉亲和素上耦联的酶系统进行间接的底物反应检测。地高辛标记核酸的历史可追溯到1987年,由于地高辛是洋地黄的花和叶中特有的成分,检测时使用的地高辛抗体不会结合于其他的生物分子。这是相较于生物素标记系统的优势。地高辛抗体上可耦联碱性磷酸酶、过氧化酶,及荧光分子和胶体金等,根据不同的应用需求,呈现高信噪比的核酸检测结果。但需注意,由于引入了免疫检测反应,在放大检测灵敏度的同时,应注意样品内源性酶的灭活,以降低检测背景。 通过不同标记方法的联合应用,还可在同一样本中实现染色体不同区域或细

胞样本中不同RNA序列的多重检测。 原位杂交中探针的选择 DNA探针、RNA探针和寡核苷酸探针均能通过不同的酶促分子反应进行标记。寡核苷酸探针的长度较短,因此避免了探针内部退火的问题,在杂交时的渗透能力也更好,探针与靶标的接触这是影响原位杂交是否成功的重要因素之一。DNA 探针、RNA探针在合成时需要控制探针片段长度,通常300-1000bp左右,能覆盖到较长片段的靶核酸序列,增加检测的灵敏度。 就DNA探针和RNA探针的比较,DNA探针在杂交过程中会出现探针双链之间退火的可能,也更倾向于在溶液中形成大分子的探针聚合体,从而影响其渗透能力。而RNA 探针的应用,将提高DNA-RNA杂交子的热稳定性。 Tips:RNA探针因其单链、高分子结合力、可适应高温杂交的特性,其检测特异性和灵敏度均优于DNA探针。常用的RNA探针标记方法为构建质粒后进行转率合成。通过PCR扩增的方法,可以更方便地进行RNA探针的制备;RNA探针合成后,还需验证其对目标片段检测的灵敏度和特异性。具体实验流程和注意事项可参考技术文章:A Method for High Quality Digoxigenin-Labeled RNA Probes for In Situ Hybridization 原位杂交检测步骤 原位杂交涉及的步骤:玻片的准备和样品固定,细胞或组织的预渗透处理,靶DNA变性(DNA原位杂交),探针制备,原位杂交过程,杂交后洗涤,探针(显色)检测。 1. 玻片的准备和样品固定 对于染色体涂片,1:1的乙醇/醚处理的载玻片已能符合要求。对于组织切片的原位杂交,为了在实验过程中不丢失组织样品,可使用多聚赖氨酸或铬矾

免疫荧光实验步骤大全(精华版)

免疫荧光染色大全(精华版) 组织免疫荧光法 (1)将待染组织切片置于65摄氏度恒温箱烤片1h,脱蜡 (2)1×PBS 洗涤 3 次,每次 5min。 (3)0.5%Triton X-100(PBS 配制)室温通透 10min (4)1×PBS 洗涤 3 次,每次 5min。 注意:步骤(3)和(4)用于检测细胞核抗原,细胞膜抗原直接跳过此步骤(5)抗原修复:使用柠檬酸盐缓冲液进行抗原修复,微波炉微波高火3min,后转成低火 15min。 (6)1×PBS 洗涤 3 次,每次 5min。 (7)3% H2O2,室温孵育30min,目的是灭活内源性过氧化物酶。 (8)1×PBS 洗涤 3 次,每次 5min。 (9)使用1% BSA进行室温封闭 30min,用于封闭非特异性抗原表位。 (10)按抗体推荐使用说明书孵育特异性一抗,4°C 湿盒中静置过夜。(11)次日取出切片,室温下复温 30min。 (12)1×PBS 洗涤 3 次,每次 5min。 (13)选取相应的免疫荧光二抗滴加于血管组织上,37°C避光孵育30min。(14)1×PBS洗涤 3 次,每次 5min。 (15)避光条件下,DAPI 染液染细胞核,浓度和时间根据试剂说明书使用(16)1×PBS洗涤 3 次,每次5min。 (17)在血管组织上滴加抗荧光淬灭剂进行封片。 (18)使用荧光显微镜进行观察拍照。 贴壁细胞免疫荧光法 (1)在培养板中接种的带染色的细胞爬片用PBS泡洗3次×3min (2)4%多聚甲醛固定细胞爬片15min (3)1×PBS洗涤 3 次,每次5min。 (4)0.5%Triton X-100(PBS配制)室温通透10min (5)1×PBS洗涤 3 次,每次5min。 (6)1%BSA室温封闭30min (7)弃掉封闭液,细胞爬片滴加适量稀释至适当比例的一抗,4℃孵育过夜(8)1×PBS洗涤 3 次,每次5min。 (9)细胞爬片滴加稀释至适当比例的荧光二抗 (10)1×PBS洗涤 3 次,每次5min。 (11)DAPI染细胞核,浓度和时间根据试剂说明书使用 (12)1×PBS洗涤 3 次,每次5min。 (13)用抗荧光淬灭剂封片 (14)荧光显微镜下观察采集图像 细胞免疫荧光(悬浮细胞方法一) (1)收集悬浮细胞,细胞在冰浴中冷却,然后用台式离心机于4℃以800 g 离心5 min,吸去培养液并以4℃ 1×PBS重悬细胞。

相关文档
最新文档