我国完成首个鱼类基因组测序项目
DNA测序常见问题及分析
DNA测序过程可能遇到的问题及分析 对于一些生物测序公司（如Invitrogen等），我们的菌液或质粒经过PCR和酶切鉴定都没问题，但几天后的测序结果却无法另人满意。 为什么呢？ PCR产物直接进行测序，在PCR产物长度以后将无反应信号，机器将产生许多N值。这是由于Taq酶能够在PCR反应的末端非特异性地加上一个A碱基，我们所用的T载体克隆PCR产物就是应用该原理，通常PCR产物结束的位点，PCR产物测序一般末端的一个碱基为A（绿峰），也就是双脱氧核甘酸ddNTP终止反应的位置之前的A,A后的信号会迅速减弱。 N值情况一般是由于有未去除的染料单体造成的干扰峰。该干扰峰和正常序列峰重叠在一起，有时机器377以下的测序仪无法正确判断出为何碱基。有时，在序列的起始端的小片段容易丢失，导致起始区信号过低，机器有时也无法正确判读。在序列的3’端易产生N值。一个测序反应一般可以读出900bp以上的碱基（ABI3730可以达到1200bp），但是，只有一般600bp以前的碱基是可靠的，理想条件下，多至700bp的碱基都是可以用的。一般在650bp以后的序列，由于测序毛细管胶的分辩率问题，会有许多碱基分不开，就会产生N值。测序模板本身含杂合序列，该情况主要发生在PCR产物直接测序，由于PCR产物本身有突变或含等位基因，会造成在某些位置上有重叠峰，产生N值。这种情况很容易判断，那就是整个序列信号都非常好，只有在个别位置有明显的重叠峰，视杂合度不同N值也不同。 测序列是从引物3’末端后第一个碱基开始的，所以就看不到引物序列。有两种方法可以得到引物序列。1.对于较短的PCR产物 （<600bp），可以用另一端的引物进行测序，从另一端测序可以一直测通，可以在序列的末端得到该引物的反向互补序列。对于较长的序列，一个测序反应测不通，就只能将PCR产物片段克隆到载体中，用载体上的通用引物(T7/SP6)进行测序。载体上的通用引物与所插入序列间
诺禾致源高分文章集锦-植物基因组
陆地棉基因组测序揭示四倍体棉进化与纤维发育机制Sequencing of allotetraploid cotton (Gossypium hirsutum L. acc. TM-1) provides a resource for fiber improvement 研究对象：陆地棉遗传标准系TM-1 期刊：Nature Biotechnology 影响因子：41.514 合作单位：南京农业大学 发表时间：2015年4月 摘 要 Upland cotton is a model for polyploid crop domestication and transgenic improvement. Here we sequenced the allotetraploid Gossypium hirsutum L. acc. TM-1 genome by integrating whole-genome shotgun reads, bacterial artificial chromosome (BAC)-end sequences and genotype-by-sequencing genetic maps. We assembled and annotated 32,032 A-subgenome genes and 34,402 D-subgenome genes. Structural rearrangements, gene loss, disrupted genes and sequence divergence were more common in the A subgenome than in the D subgenome, suggesting asymmetric evolution. However, no genome-wide expression dominance was found between the subgenomes. Genomic signatures of selection and domestication are associated with positively selected genes (PSGs) for fiber improvement in the A subgenome and for stress tolerance in the D subgenome. This draft genome sequence provides a resource for engineering superior cotton lines.关键词 陆地棉；de novo；四倍体 研究背景 陆地棉（Gossypium hirsutum L.）隶属锦葵目（Malvales），锦葵科（Malvaceae），棉属（Gossypium），因最早在美洲大陆种植而得名，是世界上最重要的棉花栽培品种，占全球棉花种植面积的90%以上。尽管陆地棉在棉花产业中占据核心地位，但由于其为异源四倍体，相关的全基因组测序工作一直难以开展。来自南京农业大学、北京诺禾致源、美国德克斯大学的国际团队，利用最新测序技术，成功构建了高质量的陆地棉全基因组图谱，为进一步改良棉花的农艺性状提供了基础，同时也为多倍体植物的形成和演化机制提供了新的启示。
植物数量性状全基因组选择研究进展
４期吴永升等：植物数量性状全基因组选择研究进展１５１１ 全基因组选择的概念和原理 全基因组选择（Ｇｅｎｏｍｅ－ｗｉｄｅｓｅｌｅｃｔｉｏｎ，ＧＷＳ），又称基因组选择（Ｇｅｎｏｍｉｃｓｅｌｅｃｔｉｏｎ，ＧＳ），由Ｍｅｕ—ｗｉｓｓｅｎ于２００１年首先提出∞Ｊ。主要是通过全基因组中大量的分子标记和参照群体（ｔｒａｉｎｉｎｇｐｏｐｕｌａ—ｔｉｏｎ）的表型数据建立ＢＬＵＰ模型估计出每一标记的育种值，然后仅利用同样的分子标记估计出后代个体育种值并进行选择［７】。 全基因组选择理论主要利用连锁不平衡信息，即假设标记与其相邻的ＱＴＬ处于连锁不平衡状态，因而由相同标记估计的不同群体的染色体片段效应是相同的，这就要求标记密度足够高以使所有的ＱＴＬ与标记处于连锁不平衡（ＬＤ）状态哺Ｊ。而目前随着拟南芥、水稻、玉米等植物基因组序列图谱及ＳＮＰ图谱的完成或即将完成，提供了大量的ＳＮＰ标记用于基因组研究。而随着ＳＮＰ芯片等大规模高通量ＳＮＰ检测技术的发展和成本的降低，使得全基因组选择应用成为可能。 ２全基因组选择的基本方法及案例说明 ２．１全基因组选择的基本方法 全基因组选择在实施过程中应该包括以下几个基本步骤：在需要实行选择的参照群体中获取参照群体的基因型数据和表现型数据；然后，通过ＢＬＵＰ程序估计出每个标记位点的标记效应值，从而获得育种值；最后，在接下来每一轮的选择中，不再需要表型数据，根据每一轮次群体基因型信息估计育种值，直接选择群体的优良单株【９ｊ。 全基因组选择的核心过程就是用从参照群体中每一个体的表现型数据和基因型数据建立的数学模型来估算接下来的育种群体中仅有基因型数据的个体的ＧＥＢＶ值。由既有表现型数据又有基因型数据的每一个体组成的群体被成为参照群体。参照群体用来估计数学模型的参数，这个参数接着用来计算仅有基因型数据的育种个体ＧＥＢＶ值，然后根据计算的ＧＥＢＶ值对育种群体进行选择并提升到下一轮次的选择中。因此，通过模型来预测个体的育种值，可以不进行表型鉴定就直接对育种群体的个体进行选择（Ｍｅｕｖｉｓｓｅｎ，２００１）。为了使估算的ＧＥＢＶ值尽可能地准确，参照群体必须具有代表性，尽可能地代表接下来在育种过程中用全基因组选择方法来进行选择的分离群体。 ２．２全基因组选择方法案例 如图ｌ所示，在这个例子中，笔者的目标是把外来种质中的优良性状基因（包括产量、矮杆、抗逆等）导入本地优良的自交系，从而实现种质的改良 图１在玉米中利用全基因组选择方法导入外源种质 Ｆｉｇ．１Ｇｅｎｏｍｅｗｉｄｅｓｅｌｅｃｔｉｏｎｔｏ ｉｎｔｒｏｇｒ％ｅｘｏｔｉｃｔｒａｉｔｓｉｎｔｏａｄａｐｔｅｄｍａｉｚｅ
基因组重测序
基因组重测序 背景介绍 全基因组重测序，是对基因组序列已知的个体进行基因组测序，并在个体或群体水平上进行差异性分析的方法。与已知序列比对，寻找单核苷酸多态性位点（SNP ）、插入缺失位点（InDel ，Insertion/Deletion ）、结构变异位点（SV ，Structure Variation ）位点及拷贝数变化(CNV) 。 可以寻找到大量基因差异，实现遗传进化分析及重要性状候选基因的预测。涉 及临床医药研究、群体遗传学研究、关联分析、进化分析等众多应用领域。 随着测序成本的大幅度降低以及测序效率的数量级提升， 全基因组重测序已经成为研究人类疾病及动植物分子育种最为快速有效的方法之一。利用illumina Hiseq 2000 平台，将不同插入片段文库和双末端测序相结合，可以高效地挖掘基因序列差异和结构变异等信息， 为客户进行疾病研究、分子育种等提供准确依据。 重测序的两个条件：（1）该物种基因组序列已知；（2）所测序群体之间遗传性差异不大（ >99% 相似度 ） 在已经完成的全基因组测序及其基因功能注释的基础上，采用全基因组鸟枪法（WGS ）对DNA 插入片段进行双末端测序。 技术路线 生物信息学分析
送样要求 1.样品总量：每次样品制备需要大于5ug 的样品。为保证实验质量及延续性，请一次性提供至少20ug的样品。如需多次制备样品，按照制备次数计算样品总量。 2.样品纯度：OD值260/280应在1.8～2.0 之间；无蛋白质、RNA或肉眼可见杂质污染。 3.样品浓度：不低于50 ng/μL。 4.样品质量：基因组完整、无降解，电泳结果基因组DNA主带应在λ‐Hind III digest 最大条带23 Kb以上且主带清晰，无弥散。 5.样品保存：限选择干粉、酒精、TE buffer或超纯水一种，请在样品信息单中注明。 6.样品运输：样品请置于1.5 ml管中，做好标记，使用封口膜封好；基因组DNA如果用乙醇沉淀，可以常温运输；否则建议使用干冰或冰袋运输，并选择较快的运输方式。 提供结果 根据客户需求，提供不同深度的信息分析结果。
渔业养殖创业计划书范本
养殖创业计划书 姓名： 地址： 行业： 时间：
一、绪论 随着人们收入水平的提高，对于肉类食品的需求量也在不断增加，鱼类作为营养丰富的食品已开始广泛进入平常百姓的餐桌，目前在我国鱼类产品的日人均消费在0.2-0.3公斤之间，而美日欧等发达国家的日人均消费量已超过0.5公斤。从现在国家的国情来看，我们国家现在耕地资源比较稀缺，人均耕地不到1.2亩，水资源也是比较低的，我们国家现在13亿人口，专家预计二三十年之后可能要达到16亿，这样大的人口，要解决吃饭问题，解决食物的安全问题，靠粮食不行，靠水产渔业有很大的潜力，所以我们必须发展渔业、发展水产业，能够通过渔业、水产业，在一定程度上帮助解决食物的安全问题。 海南省的地理环境四周环海，空气好，污染少，比较适合渔业发展，由于环境好，所养的鱼的质量比别的地区的品质要好，所以养鱼具有广阔的市场前景。此外，收入提高后，人们对乡村旅游的消费需求也普遍增加，也会带动周边各个相关行业的发展。。 二、企业简介 企业名称：，年8月注册成立，注册资本30万，现有鱼塘8个，年产值35万左右。目前，企业正在不断扩大经营规模。 三、市场分析 据调查了解xx县人均鱼类产品消费约为15公斤/人/年，按xx县现有人口50万人计算，年消费总量约750万公斤。此外，xx县距离海南省会海口市很近，交通便利，海口市作为一个更大的鱼产品的市场，市场容量巨大。如果有条件，还可以出口，利润空间更大。婚丧嫁娶、逢年过节、饭店日常聚餐，可以说鱼类产品在百姓的餐桌上将日益频繁出现，已成为必不可少的文化节日菜。 本企业竞争优势：目前xx县较大规模的养鱼场仅？家，本企业养殖水面达到20亩，水质良好，而且最大的特点是海水和淡水混合，所养的鱼具有纯海水或纯淡水养出来的鱼不能有的美味。 本企业不足：管理的成本比较高，家族式管理，缺专业人才，资金紧张。四、生产规划 （1）2005.8- 2006.8第一阶段：鱼塘硬件建设 ①建设8个鱼塘，面积100亩
植物功能基因组学及其研究技术_崔兴国
第9卷 第1期2007年3月 衡水学院学报 J o u r n a l o f H e n g s h u i U n i v e r s i t y V o l.9,N o.1 Ma r.2007植物功能基因组学及其研究技术 崔兴国 (衡水学院 生命科学系,河北 衡水053000) 摘 要:植物基因组的研究已经由以全基因组测序为目标的结构基因组学转向以基因功能鉴定为目标的功能基因组学研究.植物功能基因组学研究是利用结构基因组学积累的数据,从中得到有价值的信息,阐述D N A序列的功能,从而对所有基因如何行使其职能并控制各种生命现象的问题作出回答.近年来植物功能基因组学的研究技术主要包括表达序列标签、基因表达的系列分析、D N A微阵列和反向遗传学等.对植物功能基因组学的研究将有利于我们对基因功能的理解和对植物形状的定性改造和利用. 关键词:植物;功能基因组学;研究技术 中图分类号:Q3-3 文献标识码:A 文章编号:1673-2065(2007)01-0023-04 基因是细胞的遗传物质,决定细胞的生物学形状,细胞的生物学功能最终是由大量的基因表达完成的.随着人类基因组“工作框架图”的完成,生命科学研究的重点已经从结构基因组学转移到了功能基因组学的研究,特别是模式植物拟南芥(A r a b i d o p-s i s t h a l i a n a)和水稻(O r y z a s a t i v a)基因组测序的完成,公共数据库中已经积累了大量基因序列信息,获得了许多与植物发育相关的功能基因,在此基础上应用实验分析方法并结合统计和计算机分析来研究基因的表达、调控与功能,并相应诞生和发展了一批新的研究技术,为功能基因组学的研究提供了必要而有效的技术支撑.功能基因组学研究的最终目标是解析所有基因的功能,即从基因水平上大规模批量鉴定基因的功能,进而全面研究控制植物生长发育及响应环境变化的遗传机制,在基因组序列与细胞学行为之间起到桥梁作用,共同承担起从整体水平上解析生命现象的重任. 1 植物功能基因组学研究 植物的生长和发育是一个有机体或有机体的一部分形态建成和功能按一定次序而进行的一系列生化代谢反应的总合,反应在分子水平上,它要求相应的遗传代谢途径必须按照特定的时空次序严格进行以保证正常发育.植物功能基因组研究就是要利用植物全基因组序列的信息,通过发展和应用系统基因组水平的实验方法来研究和鉴别基因组序列的作用;研究基因组的结构、组织与植物功能在细胞、有机体和进化上的关系以及基因与基因间的调控关系;从表达时间、表达部位和表达水平3个方面对目的基因在植物中的精细调控进行系统研究.当前植物功能基因组学研究主要集中于一年生的拟南芥与水稻两个物种上,这主要是由于它们的遗传背景清楚,基因组较小,基因结构简单而且易于进行分子生物学操作.拟南芥研究组“2010计划”的宏伟目标是充分利用拟南芥基因组计划获得的序列信息并结合功能基因组研究技术来获知其25000个基因的全部功能,例如开花的诱导过程是植物生活周期中最奇妙的过程,目前从拟南芥中鉴定了提早开花和延迟开花的多种突变体,显示植物开花受多个遗传基因的控制,如延迟开花的两个突变体是由等位基因 C O(C O N S T A N S)和L D(C O L D L U M I N I D E P E N- D E N S)突变引起,这两个基因均已被克隆,并使其在转基因植物的叶片中进行表达,将C O基因转移到拟南芥中,高效表达C O蛋白的转基因植株即使处于短日照条件下也会开花,这说明C O基因具有激活开花基因的作用.对模式植物功能基因组的研究将有助于整个植物基因组学的研究. 目前的功能基因组研究主要包括以下几个方面:(1)c D N A全长克隆与测序;(2)获得D N A芯片 ①收稿日期:2006-10-12 作者简介:崔兴国(1963-),女,河北冀州市人,衡水学院生命科学系副教授.
已完成基因组测序的生物(植物部分)分析解析
水稻、玉米、大豆、甘蓝、白菜、高粱、黄瓜、西瓜、马铃薯、番茄、拟南芥、杨树、麻风树、苹果、桃、葡萄、花生 拟南芥籼稻粳稻葡萄番木瓜高粱黄瓜玉米栽培大豆苹果蓖麻野草莓马铃薯白菜野生番茄番茄梨甜瓜香蕉亚麻大麦普通小麦西瓜甜橙陆地棉梅毛竹桃芝麻杨树麻风树卷柏狗尾草属花生甘蓝 物种基因组大小和开放阅读框文献 Sesamum indicum L. Sesame 芝麻（2n = 26）293.7 Mb, 10,656 orfs 1 Oryza brachyantha短药野生稻261 Mb, 32,038 orfs 2 Chondrus crispus Red seaweed爱尔兰海藻105 Mb, 9,606 orfs 3 Pyropia yezoensis susabi-nori海苔43 Mb, 10,327 orfs 4 Prunus persica Peach 桃226.6 of 265 Mb 27,852 orfs 5 Aegilops tauschii 山羊草（DD）4.23 Gb (97% of the 4.36), 43,150 orfs 6 Triticum urartu 乌拉尔图小麦（AA）4.66 Gb (94.3 % of 4.94 Gb, 34,879 orfs 7 moso bamboo (Phyllostachys heterocycla) 毛竹2.05 Gb (95%) 31,987 orfs 8 Cicer arietinum Chickpea鹰嘴豆~738-Mb，28,269 orfs 9 520 Mb (70% of 740 Mb), 27,571 orfs 10 Prunus mume 梅280 Mb, 31,390 orfs 11 Gossypium hirsutum L.陆地棉2.425 Gb 12 Gossypium hirsutum L. 雷蒙德氏棉761.8?Mb 13 Citrus sinensis甜橙87.3% of ~367 Mb, 29,445 orfs 14 甜橙367 Mb 15 Citrullus lanatus watermelon 西瓜353.5 of ~425 Mb (83.2%) 23,440 orfs 16 Betula nana dwarf birch，矮桦450 Mb 17
叉尾鱼加工生产线商业计划书
叉尾鱼加工生产线商业计划书 一、项目建设背景和必要性_________________________1 二、项目建设的有利条件和制约因素_________________4 三、建设单位基本情况_____________________________6 四、产品市场预测及营销策略_______________________9 五、项目建设方案________________________________12 六、投资估算及资金筹措__________________________19 七、项目效益分析________________________________20 八、环境保护____________________________________22 九、项目组织与管理______________________________23 十、有偿资金资产抵押或担保意见__________________23 附表： 1、XX省农业综合开发产业化经营项目基本情况表 2、XX省农业综合开发产业化经营项目申报企业基本情况表附件： 1、企业营业执照副本 2、新建项目土地使用证 3、企业资产负债表（2004）和损益表（2003、2004） 4、需贷款的附银行信用等级证明 5、企业产品获认证情况及企业品牌、商标知名度证 一、项目建议背景和必要性
1、项目建设背景 近年来，在全国蓬勃兴起的农业产业化经营，是推动农产品加工业发展的有效形式，它不仅可以延长农业产业链，提高初级农产品的附加值，增加农民． 收入，而且有利于农业产业化、社会化、商品化的发展，提高农业的整体效益。龙头企业是发展农业产业化经营的关键，在农业和农村结构的战略性调整中，龙头企业担负着开拓市场、技术创新、引导和组织基地生产与农户经营的重任，是推进农业和农村经济结构战略性调整的重要力量。龙头企业的兴衰不仅影响企业自身的发展，而且关系到农业增效、农民增收和农村稳定。 斑点叉尾鱼回是盐城海马公司从美国引进的名优新品种，旨在通过斑点叉尾鱼回产业化，确保企业所需的加工原料。同时，通过新上斑点叉尾鱼回加工生产线项目，对斑点叉尾鱼回进行精深加工，增加附加值，把斑点叉尾鱼回生产、加工、销售环节联结起来，把分散经营的农户联合起来，形成“利益共享、风险共担”的联结机制，从而有效地提高农产品生产的组织化程度，增强龙头企业带动和示范能力，使参与产业化经营的农民不但从斑点叉尾鱼回养殖业生产中获益，还可以分享斑点叉尾鱼回加工、流通环节的利润，增加就业机会，增加收入，使农业的整体效益得到显着提高。项目的实施符合国家产业政策。 从行业发展情况看，斑点叉尾鱼回产业化经营项目是我司实施“引进来、走出去”，紧紧围绕企业增效、农民增收，推进农业结构调整，
全基因组重测序数据分析
全基因组重测序数据分析 1. 简介(Introduction) 通过高通量测序识别发现de novo的somatic和germ line 突变，结构变异-SNV，包括重排 突变（deletioin, duplication 以及copy number variation）以及SNP的座位；针对重排突变和SNP的功能性进行综合分析；我们将分析基因功能（包括miRNA），重组率（Recombination）情况，杂合性缺失（LOH）以及进化选择与mutation之间的关系；以及这些关系将怎样使 得在disease（cancer）genome中的mutation产生对应的易感机制和功能。我们将在基因组 学以及比较基因组学，群体遗传学综合层面上深入探索疾病基因组和癌症基因组。 实验设计与样本 （1）Case-Control 对照组设计； （2）家庭成员组设计：父母-子女组（4人、3人组或多人）； 初级数据分析 1．数据量产出：总碱基数量、Total Mapping Reads、Uniquely Mapping Reads统计，测序深度分析。 2．一致性序列组装：与参考基因组序列（Reference genome sequence）的比对分析，利用贝叶斯统计模型检测出每个碱基位点的最大可能性基因型，并组装出该个体基因组的一致序列。3．SNP检测及在基因组中的分布：提取全基因组中所有多态性位点，结合质量值、测序深度、重复性等因素作进一步的过滤筛选，最终得到可信度高的SNP数据集。并根据参考基 因组信息对检测到的变异进行注释。 4．InDel检测及在基因组的分布: 在进行mapping的过程中，进行容gap的比对并检测可信的short InDel。在检测过程中，gap的长度为1~5个碱基。对于每个InDel的检测，至少需 要3个Paired-End序列的支持。 5．Structure Variation检测及在基因组中的分布: 能够检测到的结构变异类型主要有：插入、缺失、复制、倒位、易位等。根据测序个体序列与参考基因组序列比对分析结果，检测全基因组水平的结构变异并对检测到的变异进行注释。
植物基因组测序
千年基因将应邀参加第十六届全国植物基因组学大会 第十六届全国植物基因组学大会将于2015年8月19日-22日在陕西杨凌召开，千年基因应邀参加此次会议，并将在会场学术交流区设立展台。届时千年基因的技术团队会向大家展示我们最全面的测序平台、一站式的基因组学解决方案以及近年来在植物基因组学领域取得的科研成果，欢迎广大科研人员莅临指导交流！ 在测序平台方面，千年基因目前拥有国内最全面的测序平台，能够为科研人员提供一站式解决方案。以PacBio RS II三代平台为例，千年基因自去年提供PacBio RS II测序以来，通过项目经验的积累及严格的质量控制，目前各项数据指标已达国内最高水平。数据产出已稳步升级至1.4Gb/ SMRT cell，读长最长可达42 Kb，reads N50高达18Kb，远超PacBio官方提供的数据标准！在植物基因组de novo测序的研究中，千年基因提供的超长读长测序可更好地跨越基因组高重复序列、转座子区域以及大的拷贝数变异区域和结构变异区，从而实现对高杂合及高重复基因组的完美组装。在植物转录组测序的研究中，千年基因提供的超长读长测序无需拼接即可获得全长转录组序列信息，同时可获得全面的可变剪切、融合基因以及Isoform信息。另外，千年基因提供的HiSeq 4000及HiSeq 2000/2500测序可解决研究人员在植物基因组重测序、转录组测序、小RNA测序等方面的科研需求。 在项目经验方面，千年基因与来自全球的科研人员合作开展了大量植物基因组项目，相关成果已发表于Nature、Nature Genetics、Science等杂志。例如，油棕榈基因组项目在Nature 杂志同时发表两篇文章，辣椒基因组项目的成果发表于Nature Genetics，玉米基因组项目的成果发表于Science。在国外合作方面，千年基因与美国爱荷华州立大学Patrick Schnable教授领导的国际玉米基因组团队合作开展的上万份玉米样本重测序项目也正在进行中；千年基因与国际半干旱热带作物研究所建立长期战略合作关系，正在开展上千份木豆、鹰嘴豆及高粱样本的群体遗传学研究；同时千年基因与华盛顿大学的Evan Eugene Eichler院士及佐治亚大学的Jeffrey Lynn Bennetzen院士也有大量基因组项目合作。在国内合作方面，千年基因与广东省农科院、山东省农科院共同启动的花生基因组项目已全部完成de novo测序及数据挖掘，同时与中国科学院、北京大学、中国农业大学、中国科学技术大学、上海交通大学、
美科学家完成大豆基因组测序
Animal Reproduction,Prague(C),Blackwell Publishing Inc, November23-25 Ptak G.,Tischer M.,Bernabo N.,and Loi P.,2003,Donor-depen-dent developmental competence of oocytes from lambs sub-jected to repeated hormonal stimulation,Biology of Repro-duction,69:278-285 Revel F.,Mermillod P.,Peynot N.,Renard J.P.,and Heyman Y., 1995,Low developmental capacity of in vitro matured and fertilize oocytes from calves compared with that of cows, Journal of Reproduction and Fertility,103:115-120Salkamone D.F.,Damiani P.,Fissore R.A.,Robl J.M.,and Duby R.T.,2001,Biochemical and developmental evidence that ooplasmic maturation of prepubertal bovine oocytes is com-promised,Biology of Reproduction,64:1761-1768 Taneja M.,Bols P.E.J.,van de Velde A.,Ju J.C.,Schreiber D., Tripp M.W.,Levine H.,Echelard Y.,Riesen J.,and Yang X. Z.,2000,Developmental competence of juvenile calf oocytes in vitro and in vivo:Influence of donor animal varia-tion and repeated gonadotropin stimulation1,Biology of Re-production,62:206-213 幼畜繁殖(JIVET)技术在性成熟前奶牛上的应用 Application of Juvenile in intro Embryo Transfer(JIVET)Technology on Prepubertal Dairy Cattle !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 美科学家完成大豆基因组测序 US Scientists Sequenced the Genome of Soybean 期待已久的大豆基因组序列终于测通。在2010年1月14日的《Nature》杂志上，公布了由美国农业部、美国能源部联合基因组研究所和普渡大学等多家科研机构联合完成的豆科植物最重要的物种大豆的完整基因组序列草图。 科学家门利用全基因组鸟枪测序法对大豆基因组的1.1GB的序列进行了测序，结合物理图谱和高密度遗传图谱，获得了大豆基因组的序列拼接草图。研究结果表明大豆中有46320个编码蛋白的臆测基因，约78%的臆测基因位于染色体末端，这些基因在数量上不到染色体基因组的一半，但几乎全部发生了遗传重组。大豆基因组的编码蛋白比双子叶模式植物拟南芥多70%，与同为“古老的多倍体”的杨树的基因组大小相似。研究人员推测大豆基因组的复制至少发生了两次，一次大约是在5900万年前，另一次则可能发生在1300万年前，由此引起了整个基因组的高度重复，约75%的基因以多拷贝形式出现。两次复制发生后紧接着出现了基因多样化和基因丢失，大量的染色体发生重排。 毫无疑问，精确的大豆基因组序列图谱将为更多的大豆性状遗传基础的鉴定提供便利，并加快大豆品种改良的步伐。大豆是人类最重要的食用油来源作物，研究人员通过对大豆基因组基因序列的分析，发现了约1110个基因与脂代谢有关，这些基因及其相关通路对大豆油含量有重要的影响，通过对某些基因的修饰和调控，或许可增加大豆的油脂产量。 作者：Courtney H.Wilcox,本刊通讯员 本文引用格式：Courtney Wilcox,2010,美科学家完成大豆基因组测序,农业生物技术学报,18(1):191 信息来源：https://www.360docs.net/doc/e02399509.html,/nature/journal/v463/n7278/full/nature08670.html 191
冷水鱼养殖基项目实施计划书
资源县民生水产养殖基地项目计划书 一、项目名称：资源县民生水产养殖有限公司 二、项目背景 随着人们的生活消费水平也不断提高，对水产品的需求量逐年上升，尤其是鲟鱼、鲑鳟等冷水鱼类深受消费者青睐，市场供不应求。车田苗族乡有着丰富的冷泉水资源，推广养殖冷水鱼有着得天独厚的条件，建立冷水鱼养殖基地，一面可以充分开发利用车田苗族乡的冷泉水资源，促进冷水鱼养殖业的发展，满足市场供应；另一面可推动田头水及车田乡农村户增收万元工程的快速实现和完成，带动农民增收致富。 三、项目建设的条件 冷水鱼养殖模式多为流水养殖，养殖基地要选在冷泉水流大、水质好、既有落差又有平地的地，作为项目的建设单位既要有资金实力，又要有技术管理能力。 四、项目建设容及规模 （一）项目建设容 本项目是建设冷水鱼养殖基地，主要养殖中华鲟、鲟鱼、鲑鳟鱼等高档冷水鱼类。 （二）项目建设规模 本项目固定资产建设分二期完成： 1、第一期2015年10月-2016年6月完成，投资额1963万元：
（1）建筑工程： 修建养殖池、拦河坝等共计895万元 （2）安装工程： 安装塑料进水管道等共计385万元 （3）其他费用： 完成征地等共计254万元 2、第二期2016年7月-2016年12月完成，主要用于购买鱼苗、饲料增修一个养殖池，共投资额1963万元： 五、项目建设地点及目标 1、项目建设地点 资源县民生水产养殖有限公司位于资源县车田苗族乡田头水村。 2、项目建设目标 （1）年产鲟鱼80万kg,虹鳟鱼16万kg。 （2）带动2000个养殖农户，年产冷水鱼200万kg。 六、养殖品种及养殖现状 （一）养殖品种：鲟鱼、鲑鳟鱼 （二）养殖现状 1、鲟鱼 我国鲟鱼类已进行养殖开发的国产品种有史氏鲟、达氏鳇等，国外品种有俄罗斯鲟、西伯利亚鲟、小体鲟、欧洲鳇、匙吻鲟、闪光鲟等。如今养殖规模较大的种类主要有史氏鲟、俄罗斯鲟、西伯利亚鲟、匙吻鲟以及几种杂交鲟等。
全基因组从头测序(de novo测序)
全基因组从头测序(de novo测序) https://www.360docs.net/doc/e02399509.html,/view/351686f19e3143323968936a.html 从头测序即de novo 测序，不需要任何参考序列资料即可对某个物种进行测序，用生物信息学分析方法进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。利用全基因组从头测序技术，可以获得动物、植物、细菌、真菌的全基因组序列，从而推进该物种的研究。一个物种基因组序列图谱的完成，意味着这个物种学科和产业的新开端！这也将带动这个物种下游一系列研究的开展。全基因组序列图谱完成后，可以构建该物种的基因组数据库，为该物种的后基因组学研究搭建一个高效的平台；为后续的基因挖掘、功能验证提供DNA序列信息。华大科技利用新一代高通量测序技术，可以高效、低成本地完成所有物种的基因组序列图谱。包括研究内容、案例、技术流程、技术参数等，摘自深圳华大科技网站 https://www.360docs.net/doc/e02399509.html,/service-solutions/ngs/genomics/de-novo-sequencing/ 技术优势: 高通量测序：效率高，成本低；高深度测序：准确率高；全球领先的基因组组装软件：采用华大基因研究院自主研发的SOAPdenovo软件；经验丰富：华大科技已经成功完成上百个物种的全基因组从头测序。 研究内容: 基因组组装■K-mer分析以及基因组大小估计；■基因组杂合模拟（出现杂合时使用）； ■初步组装；■GC-Depth分布分析；■测序深 度分析。基因组注释■Repeat注释； ■基因预测；■基因功能注释；■ ncRNA 注释。动植物进化分析■基因家族鉴定（动物TreeFam；植物OrthoMCL）；■物种系统发育树构建； ■物种分歧时间估算（需要标定时间信息）；■基因组共线性分析； ■全基因组复制分析（动物WGAC；植物WGD）。微生物高级分析 ■基因组圈图；■共线性分析；■基因家族分析； ■CRISPR预测；■基因岛预测（毒力岛）； ■前噬菌体预测；■分泌蛋白预测。 熊猫基因组图谱Nature. 2010.463:311-317. 案例描述 大熊猫有21对染色体，基因组大小2.4 Gb，重复序列含量36%，基因2万多个。熊猫基因组图谱是世界上第一个完全采用新一代测序技术完成的基因组图谱，样品取自北京奥运会吉祥物大熊猫“晶晶”。部分研究成果测序分析结果表明，大熊猫不喜欢吃肉主要是因为T1R1基因失活，无法感觉到肉的鲜味。大熊猫基因组仍然具备很高的杂合率，从而推断具有较高的遗传多态性，不会濒于灭绝。研究人员全面掌握了大熊猫的基因资源，对其在分子水平上的保护具有重要意义。 黄瓜基因组图谱黄三文, 李瑞强, 王俊等. Nature Genetics. 2009. 案例描述国际黄瓜基因组计划是由中国农业科学院蔬菜花卉研究所于2007年初发起并组织，并由深圳华大基因研究院承担基因组测序和组装等技术工作。部分研究成果黄瓜基因组是世界上第一个蔬菜作物的基因组图谱。该项目首次将传
观赏鱼养殖项目建设商业计划书
观赏鱼养殖商业计划书 为紧紧抓住芦汉经济开发区发展的良好机遇，促进投资方和发展方的共同发展,我公司计划在汉沽农场毗邻滨海新区沿线处投资建设观赏鱼养殖基地和葡萄酒庄园项目。 投资观赏鱼养殖、葡萄酒庄园项目，是我们打造服务京津都市农业示范区，谋求企业进一步发展，在芦汉经济开发区设立企业拓展窗口，同时也为当地经济升级创造一个亮点。在计划投资项目中，以观赏鱼养殖和交易为切入点建设一个示范区。 下面主述说投资项目的可行性依据和商业计划： 第一部分观赏休闲渔业的现状 一、世界观赏鱼行业市场发展格局 目前，全球观赏鱼年贸易批发值已超过10亿美元；零售交易量每年约15亿尾，价值60亿美元；整体产业年产值超过140亿美元。 全球观赏鱼市场约有1600种观赏鱼，淡水鱼超过750种。观赏鱼市场可分为4种，最大的为热带淡水鱼种，占市场的80%～90％，其余部分为热带海水及半咸水鱼种、冷水性（淡水）鱼种、寒带海水及半咸水鱼种。在淡水观赏鱼中，90%系养殖，10%系野外采捕。在海水观赏鱼中，95％是野外采捕，5％是人工繁殖。随着新品种海水鱼繁殖技术增进，海水鱼养殖将持续增长。 一般而言，观赏鱼的价值远高于食用鱼，是食用鱼的100倍左右。而海水观赏鱼的单价又高于淡水观赏鱼。目前，市场上的淡水观赏鱼主要有锵鱼科、加拉辛科、鲤科、慈鲷科。主要种类有孔雀鱼、满鱼、
红剑、摩莉、霓虹灯、神仙鱼、金鱼、斑马鱼及七彩神仙。孔雀鱼及霓虹灯产量占全球观赏鱼市场的25％以上，产值占14％以上。海水观赏鱼主要有小丑鱼、光腮雀鲷、塘鳢（雷达）、隆头鱼、海水神仙鱼、长吻钻嘴鱼、蝶鱼、石狗公、虾虎鱼、炮弹鱼及海马等。 亚洲是全球观赏鱼最大的出口地区，占全球出口量的59.1％。按该地区观赏鱼出口国所占的份额，排列为新加坡、马来西亚、印尼、中国、日本、菲律宾、斯里兰卡、泰国、印度。其他出口区，欧洲约为20％、南美10％、北美4％。 近些年来，随着城市需求的增加，观赏鱼需求直线上升。 饲养观赏鱼大多是工业化国家民众的嗜好。美国、日本及西欧等工业化国家是观赏鱼的主要进口国。美国是最大的进口国，进口值约占全球的四分之一。其次为日本，约占全球的十分之一多。其他主要进口国包括德国、英国、法国、新加坡、比利时、意大利、荷兰、中国、加拿大。新加坡及香港是观赏鱼的主要转运站。 美国约有10％的人（1000万人）饲养观赏鱼，其中40％的水族爱好者拥有数个水族箱。主要进口种类是淡水鱼种，孔雀鱼、霓虹灯占该市场的40％，其余受欢迎的鱼种有摩莉、红剑、七彩神仙、神仙鱼、非洲慈鲷、斑马鱼及满鱼。 二、世界主要国家观赏鱼运行分析 （1）新加坡观赏鱼引领世界潮流： 目前新加坡养殖观赏鱼已有五、六十年的历史了，共有126家养鱼场，养殖面积为165公顷，观赏鱼的产值为3220万新币，是世界
牲畜养殖项目策划书范文
牲畜养殖项目策划书范文 名称：猎人农场(多种物种结合基地) 位置：四川南充市 发展背景：国家目前重视三农，农业政策好，自身来说，自己对农业熟悉 基地优势：位于浅丘地带，河流边.土壤肥沃，一年降水量平合，灌溉方面，水源清洁。大田多，租金低。本地消费水平高，蔬菜和 肉类的价格稳定，市场大。 发展理念：以科学的思想去发展，以生态牧畜和反季节蔬菜为优势，以绿色农业为导向。引进新品种，提高单位产量和品质。 机械化操作程度提高，耕作机械化，灌溉机械化，育苗科学化，施肥科学化，喷药科学化。 主要技术：土壤的测量，肥力，ph值。灌溉用水要无污染，取 水方便。牧畜消毒网，蔬菜防虫网。育苗和嫁接。品种的选择。采收，清洗(干净水，计划井水)，包装。 发展阶段: 第一阶段：示范点，建立养羊舍2所，可养成羊50只以上。谈 水养鱼池20亩，露天蔬菜基地5亩，大棚一座。提供灌溉用水。 第二阶段:时机成熟时，二年。建立小型养牛场，野猪养殖场。 为蔬菜基地提供肥料。建立水产养殖黄鳝，甲鱼示范点。发展水田 剩余经济价值。 第三阶段：发展农家乐 行动规划：
人员：固定人员2名，员工根据情况要求需要安排：聘请临时人员。 市场：批发以南充市为主，南充菜市场及各饭店(特色菜)，其他周边城市为辅。合伙人负责零售，我负责送批发。等我们形成规模，产品可以销售的更远。 运输工具：小型货车及摩托车 收入预计：所有项目完成，每年的收益在50万以上。这是保守 估计。 畜牧品种：肉牛，牛羊，野猪等。 蔬菜品种：常规蔬菜分类：蔬菜分类可分为:白菜类、甘蓝类、 根菜类、绿叶菜类、葱蒜类、茄果类、豆类、瓜类、薯芋类、水生 蔬菜、多年生蔬菜、野生蔬菜、食用菌类。 按食用器官分为：根类、叶类、茎类、花菜、果菜。 特种蔬菜：根芹，水果黄瓜，水果萝卜等。 后记：我们是大学生创业，既然选择了农业，那么我们就必须以现代的理念去建立，去经营。在思路上必须开阔，眼光必须长远。 以及我们的目标不仅仅是个人致富，在我们致富的同时，必须尽力 带动乡亲的富裕，必须有着大家富才是真的富的理念。选择三农， 不仅仅是因为我需要在农业上创业，也是因为我是农民的儿子，我 对三农的感情很深。 一、个人简介 二、市场分析 蚯蚓干重约为鲜重的12～21%，水分占鲜重的79～88%。在蚯蚓 干体的化学成分中，主要有蛋白质、脂肪、碳水化合物和灰分。其 中蛋白质的含量约占风干重的53.5～65.1%，蚓体中还含有丰富的 畜禽所必需的氨基酸。经净化处理的蚯蚓的氮基酸含量都比较丰富，优于豆讲和玉米，接近于鱼粉和饲料料酵母相比，各有优缺点。蚯
高通量测序生物信息学分析(内部极品资料,初学者必看)
基因组测序基础知识 ㈠De Novo测序也叫从头测序，是首次对一个物种的基因组进行测序，用生物信息学的分析方法对测序所得序列进行组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。 目前国际上通用的基因组De Novo测序方法有三种： 1. 用Illumina Solexa GA IIx 测序仪直接测序； 2. 用Roche GS FLX Titanium直接完成全基因组测序； 3. 用ABI 3730 或Roche GS FLX Titanium测序，搭建骨架，再用Illumina Solexa GA IIx 进行深度测序，完成基因组拼接。 采用De Novo测序有助于研究者了解未知物种的个体全基因组序列、鉴定新基因组中全部的结构和功能元件，并且将这些信息在基因组水平上进行集成和展示、可以预测新的功能基因及进行比较基因组学研究，为后续的相关研究奠定基础。 实验流程： 公司服务内容 1.基本服务：DNA样品检测；测序文库构建；高通量测序；数据基本分析（Base calling，去接头， 去污染）；序列组装达到精细图标准 2.定制服务：基因组注释及功能注释；比较基因组及分子进化分析，数据库搭建；基因组信息展 示平台搭建 1.基因组De Novo测序对DNA样品有什么要求？
(1) 对于细菌真菌，样品来源一定要单一菌落无污染，否则会严重影响测序结果的质量。基因组完整无降解(23 kb以上)， OD值在1.8～2.0 之间；样品浓度大于30 ng/μl；每次样品制备需要10 μg样品，如果需要多次制备样品，则需要样品总量=制备样品次数*10 μg。 (2) 对于植物，样品来源要求是黑暗无菌条件下培养的黄化苗或组培样品，最好为纯合或单倍体。基因组完整无降解(23 kb以上)，OD值在1.8～2.0 之间；样品浓度大于30 ng/μl；样品总量不小于500 μg，详细要求参见项目合同附件。 (3) 对于动物，样品来源应选用肌肉，血等脂肪含量少的部位，同一个体取样，最好为纯合。基因组完整无降解(23 kb以上)，OD值在1.8～2.0 之间；样品浓度大于30 ng/μl；样品总量不小于500 μg，详细要求参见项目合同附件。 (4) 基因组De Novo组装完毕后需要构建BAC或Fosmid文库进行测序验证，用于BAC 或Fosmid文库构建的样品需要保证跟De Novo测序样本同一来源。 2. De Novo有几种测序方式 目前3种测序技术 Roche 454，Solexa和ABI SOLID均有单端测序和双端测序两种方式。在基因组De Novo测序过程中，Roche 454的单端测序读长可以达到400 bp，经常用于基因组骨架的组装，而Solexa和ABI SOLID双端测序可以用于组装scaffolds和填补gap。下面以solexa 为例，对单端测序(Single-read)和双端测序(Paired-end和Mate-pair)进行介绍。Single-read、Paired-end和Mate-pair主要区别在测序文库的构建方法上。 单端测序(Single-read)首先将DNA样本进行片段化处理形成200-500bp的片段，引物序列连接到DNA片段的一端，然后末端加上接头，将片段固定在flow cell上生成DNA簇，上机测序单端读取序列(图1)。 Paired-end方法是指在构建待测DNA文库时在两端的接头上都加上测序引物结合位点，在第一轮测序完成后，去除第一轮测序的模板链，用对读测序模块(Paired-End Module)引导互补链在原位置再生和扩增，以达到第二轮测序所用的模板量，进行第二轮互补链的合成测序(图2)。 图1 Single-read文库构建方法图2 Paired-end文库构建方法