蛋白质结构,分类和相互作用网站
蛋白质结构、分类和相互作用数据库
蛋白质一级结构是氨基酸的排列顺序,二级结构主要是由氢键维持的alpha螺旋和beta片,三级结构是完全折叠好的蛋白质的空间结构,四级结构是多个蛋白质亚基组成蛋白质复合体的结构。在最细的层次,由X射线衍射和核磁共振(NMR)等实验方法确定的蛋白质中原子的三维坐标,构成PDB[R-519]这样的蛋白质结构数据库的主要内容.二级结构和三级结构之间的模体(motif)、结构域(domain)和“折叠”或“折叠单元”(fold),对于蛋白质结构的分类和预测有重要作用。
R-519 PDB,蛋白质结构数据库(Protein Data Bank)。1971年建立于美国布鲁克海文国家实验室[R-171],当时只有7个结构。它搜集由X射线衍射和核磁共振实验测定的生物大分子三维结构数据。从1998年10月1日起PDB的管理交给RCSB[R 520]。2002年8月13日PDB库中有18 464个条目。2001年每月新增约275个结构。关于PDB库的较近介绍见:
J.Westbrook et al., Nucl.Acids Res.30(2002)245-248.
网址:
http:/https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/(自动转如下网址:)
https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/pdb/
在世界许多地方设有PDB镜像点。
R-520 RCSB,结构生物信息学合作研究组织(Research Collaboration for Structural Bioinformatics),现在是PDB[R-519]数据库的管理者。网址:
https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/
R-521 MSD,大分子结构数据库(Macromolecular Structure Database),乃是交由RCSB 管理后的PDB库的正式名称,不过PDB仍然是当前通用的名字。请看PDB[R-519]。R-522 PDBNEW,下一版PDB库正式发布前收到的全新或更新条目。网址:
https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/
R-523 PDBFinder,在PDB[R-519]、DSSP[R-546]、HSSPIR-547]基础上建立的二级库,它包含PDB序列、作者、R因子、分辨率、二级结构等。这些信息不易从PDB 中直接读取。请参看:
R.W.W.Hooft,C.Sander,M.Scharf,G.Vriend,CABIOS 12(1996)525-529.
网址:
http://www.sander.embl-heidelberg.de/pdbfinder/(自动转到下面的当前网址；) http://www.cmbi.kun.nl/gv/pdbfinder
R-524 PDB ataGlance清单。PDB[R-519]数据库中的每个条目由4位数字和字母编号,无法简单地从编号看出是什么样的蛋白质。NIH的分子模拟网页上名为“PDB at a Glance”的这个超文本清单,帮助用户按蛋白质的功能分类迅速查找其PDB编号。网址:
http://cmm,https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/modeling/pdb_at_a_glance.html
R-525 PDBselect数据库。PDB库中有大量同源蛋白的数据。研究工作中往往需要从中挑选出每个同源家族的代表,形成不含高度同源蛋白的结构数据子集合。PDBselect库就是这样一个子集合。其最初描述见:
U.Hobohm,C.Sander,Protein Science 3(1994)522.
网址:
http://swift.embl-heidelberg.de/pdbsel/
ftp://ftp.embl-heidelberg.de(/pub/databases/protein_extras/pdb~elect)
R-526 PDBsum是PDB[R-519]库中数据的更便于阅读的总结和分析,以及一些衍生数据。例如,原来的坐标数据变成了图形,增加了从CATH[R-534]、PROSITE[R-479]等库得到的简明信息等。这是University College London维护的一个项目,描述见: https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,skowski,Nucl.Acids Res.29(2001)221-222.
网址:https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/bsm/pdbsum/
R-527 BioMagResBank,简称BMRB,是关于多肽、蛋白质和核酸的核磁共振数据库。它的结构数据与PDB[R-519)有些重复,但也收入了化学位移、J耦合、弛豫速率等PDB中没有的数据。网址:
https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/
R-528 CSD,剑桥结构数据库(The Cambridge Structural Database)。这实际上是最老的一个结构数据库。它不限于生物大分子,目前包含20万种以上有机和金属有机化合物的由x射线或中子衍射测定的结构数据。每一条目按“维数”组织:一维是文献数据,二维化学式,三维分子结构和三维晶体结构。此库虽不常用于蛋白质折叠的模拟,但对于配位结合位点的模拟以及蛋白质设计颇为有益。请参看:
D.G.Watson,上Res.Natl.Inst.Stand.Technol.101(1996)227-229.
网址:https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/prods/csd.html
R-529 NRL-3D,三维结构已经确定的蛋白质序列库。可以把新的蛋白质序列与此库中序列比较,以判断是否与结构已知的蛋白质相似。关于此库描述请参看RESID 数据库[R-539]的引文. 网址:
https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/pirwww/dbinfo/nrl3d.html
https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/NRL-3D/
R-530 ProtFam,同源蛋白质序列数据库。它是PIR[R-477]库的有机组成部分。同源性涉及整个序列的蛋白质组成蛋白质超家族(super- family),超家族中高度同源者(超过50％)组成家族(family),局部相似者构成同源结构域(homology domain)。网址:
http://mips.gsf.de/desc/protfam/
R-531 SUPFAM是可能有联系的蛋白质同源结构域数据库。它基于Pfam[R-562]和PALI数据库.描述见:
S.B.Pandit eCaL,Nucl.AcidsRes.30(2002)289-293.
SUPFAM和Pali的网址在:
http:/pauling.mbu.iisc.ernet.in/~supfam
http:/pauling.mbu.iisc.ernet.in/~pali
R-532 SUPERFAMILY, 蛋白质超家族库,基于SCOP[R-533]的分类。学术性用户可在注册后自由使用数据库及其配套软件。最近描述见:
J.,Gough,C.Chothia, "SUPERFAMILY:HMMs representing all proteins Of known structure.SCOP sequence searches,alignments and genome assignments",Nucl.Acids Res.30(2002)268-272.
网址:https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/
R-533 SCOP,蛋白质结构分类数据库(Structural Classification Of Proteins)。这是对已知的蛋白质三维结构进行手工分类得到的数据库。请参看:
L.LOConte et al., Nucl.Acids Res.30(2002)264-267.
网址:https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/scop/
它在世界许多地方设有镜像点。
R-534 CATH,蛋白质结构与功能关系分类数据库。这是把蛋白质结构域按四个层次
进行分类的数据库。这四个层次是“类别”(Class即C), “构架”(Architecture即A),拓扑(Topology即T),以及同源超家族(Homologoussuperfamily即H).库名即来自这四个字母。它有通向PDB总结文件和OWL库的超链接.详细描述见:
P.M.C.Pearl et al., Nucl.Acids Res.29(2001)223-227.
网址:https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/bsm/cath/
R-535 PIR-ALN,蛋白质序列联配数据库,包括同一家族内(彼此差异在55％以内)序列的联配,一个超家族内不同家族代表序列的联配,以及不同蛋白质的同源结构域序列片段的联配。2000年1月底的22.03版收入4 076个条目。库的描述见: G.Y.Srinivasarao et al., Nucl.Acids Res.27(1999)284-285.
G.Y.Srinivasarao et al., Bioinformatics 15(1999)382-390.
网址:
https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/pirwww/dbinfo/piraln.html
https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/pir/alndb.html
R-536 3Dee,蛋白质结构域定义的数据库,包括了PDB[R-519]库中含20个以上残基的蛋白质序列的结构域定义,但不包括理论模型。所有结构域按序列相似性和结构相似性分成聚类。所得家族按层次组织存储。3Dee具有与SCOP[R-533]类似的、到本地计算机上RasMol程序[R-953]的接口,可用后者显示三维图像。网址: https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,:8080/3Dee/
R-537 ProTherm,蛋白质及其变异体热力学数据库,设在日本理化研究所(RIKEN)。它包括多种热力学参数的值,如吉布斯自由能、焓、热容、转变温度等。这些参数有利于理解蛋白质变异的结构和稳定性。它还包括关于二级结构、野生型残基、实验条件(pH值、温度等)、每种数据的测量方法等信息。ProTherm 3.0版的描述见:
M.M.Gromiha et al., Nucl.Acids Res.30(2002)301-302.
网址:
http://www.rtc.riken.go.jp/jouhou/ProTherm/protherm.html
R-538 ASTRAL是基于SCOP[R-533]数据库的一组分析蛋白质结构和蛋白质序列用的数据库和工具,包括SCOP结构域对应的序列库、按所需相似度组织的低冗余子集、由SCOP 1.38产生的结构对比库,以及工具和索引。请参看:
J.-M.Chandonia et al., Nucl.Acids Res.30(2002)260-263.
网址:https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/
R-539 RESID,蛋白质翻译后修饰情况的数据库,包括描述性的关于化学、结构和文献的信息。2002年6月此库发行了30.03版。对过去版本的描述见:
J.S.Garavelli et al., Nucl. Acids Res.29(2001)199-201.
网址:
https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/pirwww/dninfo/resid.html
https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/RESID/
R-540 SMART,是简单模块构架搜索工具(Simple Modular Architecture Research Tool)的缩写。它的最初目的是研究涉及真核生物信号转导(signal transduction)的蛋白质结构域。此库后来扩充到细胞外蛋白质的活动结构域、细菌双组元调控系统,以及与DNA、RNA、染色质和细胞骨架功能有关的结构域。这个基于网页的数据库的最近描述见:
I.Letunic,et al., Nucl.Acids Res.30(2002)242-244.
网址:http://SMART.embl-heidelberg.de/
R-541 Biolnfo Bank是日本理化研究所(RIKEN)维护的一个综合数据库,包括核酸、蛋白质序列与结构、蛋白质和核酸复合体、碱基氨基酸相互作用等多种数据库和工具。详情见网址:
http://www.rtc.riken.go.jP/jouhou/jouhoubank.html
R-542 PROMISE数据库。其名称来自The PROsthetic groups and MEtal Ions in protein SitEs短语中的一些字母,即蛋白质活性位点的辅基中心(prosthetic center)和金属离子这些有生物学意义的无机组分的数据库。详见:
K.N.Degtyarenko,A.C.T.North,J.B.C.Findlay,Nucl.AcidsRes.27(1999)233-236.
网址:https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/bmbknd/promise/MAIN.html
R-543 MMDB,蛋白质分子模型数据库(Molecular Modeling Database),由NCBI的MMDB组维护。这是Entrez检索工具所使用的三维结构数据库,它以ASN.1格式[R-188]反映PDB库中的结构和序列数据,引文链接到MEDLINE[R-706]。MMDB 有一个配套的三维结构显示程序Cn3D,请参看[R-955]。最近描述见:
Y.Wang et al., Nucl.Acids Res.30(2002)249-252.
网址:
https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/Structure/
ftp://https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,(/mmdb)
R-544 VAST,矢量联配搜索工具(Vector Alignment Search Too1)。此库包含PDB中所有结构域的结构和序列的联配数据,是寻找相近三维结构时的原始数据。但它使用ASN.1格式[R-188],一般用户不易直接阅读。描述见:
J.F.Gibrat,T.Madej,S.Bryant,Curt.Opin.Struct.Biol.6(1996) 377-385.
网址:
https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/Structure/vast.html
ftp://https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,(/mmdb/vastdata/)
R-545 CDD, 是蛋白质保守的结构域数据库。描述见:
A.Marchler-Bauer et al., Nucl.Acids Res.30(2002)281-283.
网址；https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/Structure/cdd/cdd.shtml
R-546 DSSP, PDB库中所有蛋白质条目的二级结构归属数据库(Database Of Secondary Structure assignments for all Protein entries)。
网址:
http://swift.embl-heidelberg.de/dssp/
ftp://ftp.embl-heidelberg.de(/pub/databases/dssp/)
此库最早的描述见:
W.Kabsch,C.Sander,BiopoJgmers 22(1983)2577-2637.
R-547 HSSP,按同源性导出的蛋白质二级结构数据库。每一条PDB[R-519]项目都有一个对应的HSSP文件。因此,应先按蛋白质的PDB编号,例如1dba,在HSSP的INDEX中查找ldba.hssp,然后再读取压缩文件ldba.hssp.Z。当然,通过WWW服务器查找更为方便。关于HSSP请参看:
C.Dodge,R.Schneider:C.Sander,Nucl.Acids Res.26(1998)313-315.
网址:
http://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/
R-548 Dali/FSSP,基于PDB数据库中现有蛋白质三维结构,用自动结构对比程序Dali 逐一比较而形成的折叠单元和家族分类库。描述见:
S.Dietmann et al., Nucl.Acids Res.29(2001)55-57.
此库在PDB库每次新版后自动更新,其网址:
https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/dali/domain/
R-549 3d-ali数据库,搜集彼此相关的蛋白质序列和结构数据。描述见；
S.Pascarella,https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,petz,P.Argos,Prot.Eng.9(1996)249-251.
网址:
http://www.embl-heidelberg.de/argos/ali/ali.html
ftp://ftp.embl-heidelberg.de(/pub/databases/3d_ali/)
ftp://https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,(/pub/databases/3d_ali)
R-550 DEF,蛋白质折叠类的预测数据库(Database of Expected Fold classes)。它的构建基于3d-ali[R-549]数据。请参看:
M.Reczko,nKarras,H.Bohr,Nucl.Acids Res.25(1997)235.
网址:http://zeus.cs.uoi.gr/neural/biocomputing/def.html
R-551 PASS2, 按结构超家族组织的蛋白质联配数据库。描述见:
V.Mallika,A.Bhaduri,R.Sowdhamini,Nucl.AcidsRes.30(2002)284-288.
网址:http://www.ncbs.res.in/ZYEfaculty/mini/campass/pass.html
R-552 GTOP, 由基因组序列预测的蛋白质结构数据库。描述见:
T.Kawabata et al., Nucl.Acids Res.30(2002)294-298.
网址:http:/spock?genes.nig.ac.jp/~genome/gtop.html
R-553 Predictome, 蛋白质中推测的功能关联数据库。描述见:
J.C.Mellor et al., Nucl.Acids Res.30(2002)306-309.
网址:https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/
R-554 INFOGENE,Sanger中心计算基因组学小组维护的、各基因组测序计划所提供的序列中已知的蛋白质和预测出的基因与蛋白质的数据库。它有一个名为Genes in Pictures的Java图形界面。描述见:
V.V.Solovyev,A.A.Salamov,Nucl.Acids Res.27(1999)248-250.
网址:https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/inf/infodb.html
更新较为及时的版本在下面网址,学术性用户可适度地自由使用:
https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/inf/infodb.html
R-555 TMBase,跨膜蛋白质数据库。主要基于SWISS-PROT[R-474]的跨膜蛋白质片段。描述见:
K.Hoffmann,W.Stoffel,Bi01.Chem.Hoppe-Seyler.374(1993)166.
网址:
ftp://ulrec3.unil.ch(/pub/tmbase)
ftp://ncbi.nlm.nih?gov(/repository/TMbase)
R-556 PRESAGE是关于结构基因组学的一个数据库,它为库中每个蛋白质搜集了反映当前实验状况、结构、模型和研究建议的注释。详见:
S.E.Brenner,D.Barken,M.Levitt,Nucl.Acids Res.27(1999)251-253.
网址:https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/
R-557 SBASE,带有注释的蛋白质序列片段、即蛋白质结构域的数据库,由ICGEB[R-1591建立和维护。关于其9.0版的介绍见:
K.Vlahovicek,J.Murvai,E.Barta,S.Pongor,Nucl.Acids Res.30(2002)273-275.
网址:
http://hydra.icgeb.trieste.it/~kristian/SBASE/(试运行中的新服务器)
http://www3.icgeb.trieste.it/~sbasesrv/index_old.html(仍在运行的老服务器)
由于从测序得到的DNA翻译出来的氨基酸序列迅速增长,对这些可能的新蛋白质的功能和结构的预测越来越多地依靠同已知蛋白质序列的比较。蛋白质结构域的比较对于确定同源性极为重要,现在已经有一批把各种蛋白质数据库中的模体、轮廓、结构域等局域模式信息集成起来的数据库,如InterPro[R-558]、BLOCKS+[R-561]等。
R-558 InterPro,集成的蛋白质结构域和功能位点数据库。它把SWISS-PROT[R-474]、TrEMBLIR-475]、PROSITE[R-479)、PRINTS[R-563]、PFAM[R-562]、ProDom[R-5641等数据库提供的蛋白质家族中的各种局域模式(pattern),如结构域、模体、功能位点等信息统一起来。此库在果蝇基因组[R-419]的注释和酵母、线虫与果蝇的比较基因组学研究中已经发挥作用。最近描述见:
R.Apweiler et al., Nucl.Acids Res. 29(2001)37-40.
网址:https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/interpro/
R-559 HITS,瑞士ISREC[R-150)新近建立的一个蛋白质结构域数据库,它的方便之处在于给定蛋白质序列立即回答其中含有哪些模体,给出模体立即返回SWISS-PROT 等数据库中含有该模体的蛋白质清单,并且带有相关链接。网址:
http://www.isrec.isb-sib.ch/cgi-bin/hits/hits_index
R-560 BLOCKS,蛋白质分类与同源性数据库,包含蛋白质家族中保守区域的组块(blocks)多序列联配的数据。这个数据库是根据PROSITE[R-479]中的条目,用BLOSUM[R-747]打分矩阵作序列联配生成,并随PROSITE库的每个新版更新。详见:
J.G.Henikoff,E.A.Greene,S.Pietrokovski,S.HenikoR,Nucl.Acids Res.28(2000)228-230.
原始数据库在美国西雅图的FHCRC,即FredHutchinson癌症研究中心,网址: https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/
ftp://https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,(/repository/blocks/UNIXDOS)
关于BLOCKS库的查询,还可用电子邮件(在主文中写HELP):mailto:blocks*https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,
R-561 BLOCKS+数据库。BLOCK数据库基于专家审读过的PROSITE库,质量较好,但库中条目有限。因此,同一批作者又发展了一个BLOCK+数据库。它由三个经过专家审读的数据库PROSITE[R-479]、PRINTS[R-563]和PFAM-A[R-562],以及两个自动产生的库ProDom[R-564)和DOMO[R-566)出发,使用PROTOMAT程序逐步添加新的组块。目前,
https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/
网页的首选库就是BLOCK+。请参看:
S.Henikoff,J?G.Henikoff,S.Pietrokovski,Bioinformaticsl5(1999)471-479.
R-562 PFAM或PFAM-A,高质量的蛋白质结构域家族数据库。它搜集蛋白质多序列联配和隐马尔可夫模型数据,已经达到同SWISS-PROT[R-4741和TrEMBL[R-475]中半数以上蛋白质匹配。2002年8月发行的7.5版,有4176个蛋白质结构域家族。PFAM的重要用途是迅速自动地把DNA序列中预测出的蛋白质分成结构域家族,从而有助于对翻译出的蛋白质做注释。这时或者使用HMMer[R-926]软件,或者用Wise2程序包,后者的网址:
https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/Software/Wise2/
PFAM库第6.6版的描述见:
A.Bateman et al., Nucl.Acids Res.30(2002)276-280.
网址:
https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/Software/Pram/(英国网点)
http://www.cgr.ki.se/Pfam/(瑞典网点)
https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/(美国网点)
R-563 PRINTS和PRINTS-S,是蛋白质家族的指纹(6ngerprint)和模体数据库,可用于确定未知蛋白质的家族关系。它们也是InterPro[R-558]系统的依据之一。最近描述见:
T.K.Attwood et al., Nucl.Acids Res.30(2002)239-241.
网址:https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/dbbrowser/PRINTS/
R-564 ProDom,自动产生的蛋白质结构域家族数据库。详见:
F.Corpet,F.Servant,J.Gouzy,D.Kahn,Nucl.Acids Res.28(2000)267-269.
网址:
http://www.toulouse.inra.fr/prodom.html
http://protein.toulouse.inra.fr/prodom.html
R-565 ProDomCG数据库与ProDom[R-564]类似,是从完全基因组自动产生的蛋白质结构域家族数据库。请参看ProDom的引文和网址。R-566 DOMO,蛋白质结构域数据库。法国国家生物信息中心INFO-BIOGEN[R-155],维护的DOMO数据库,自动分析蛋白质一级序列库SWISS-PROT[R-474]和PIR[R-477],找出其中的结构域并且把它们分组。1999年7月DOMO 2.0版中共有来自83 054个蛋白质序列的99 058个结构域,后者又分为8 877组。请参看:
J.Gracy,P.Argos,Bioinformatics 14(1998)164-173.
网址:
https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,biogen.fr/services/domo/
ftp://https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,biogen.fr(/pub/domo/)
R-567 GRBase,这是参与基因调控的蛋白质的数据库(Gene Regulation database)。描述见:
B.Collier,M.Danielsen,Nucl.Acids Res.24(1996)219-220.
网址:
https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/~regulate/
ftp://https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,(/pub/Tfactors/)
R-568 PMD,蛋白质突变体数据库(ProteinMutantDatabase),是一个集成了蛋白质序列和三维结构的显示和提取系统。描述见:
T.Kawabata,M.Ota,K.Nishikawa,Nucl.Acids Res.27(1999)355-357.
网址:
http://pmd.ddbj.nig.ac.jp/
R-569 O-GLYCBASE,蛋白质糖基化位点数据库。它搜集了至少有一个实验证实的糖基化位点的序列。它的一个子集O-Unique是不含相同糖基化位点的库。请参看: R.Gupta et al., Nucl.Acids Res.27(1999)370-372.
网址:http://WWW.cbs.dtu.dk/databases/OGLYCBASE/
R-570 ORDB,嗅觉受体蛋白质序列数据库。嗅觉受体是最大的真核生物基因家族。ORDB库提供分析这些与G蛋白结合的受体功能的工具和数据库。同一实验室还有气味分子数据库OdorDB等。详见:
C.Crasto et al., Nucl.Acids Res.30(2002)354-360.
网址:https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/senselab/0RDB/
R-571 CarbBank亦称CCSD,复杂碳水化合物结构数据库。描述见:
S.Doubet,P.Albersheim,"CarbBank",Glycobiology 2(1992)505.
由于缺乏资金CarbBank数据库已不继续存在,但仍有两个光谱数据库。网址；https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,
中国科学院微生物研究所[R-180]设有镜像.
R-572所幸已经有一个新的名为SWEEI-DB的碳水化合物数据库。描述见:
A.LoB et al., Nucl.Acids Res.30(2002)405-408.
网址:http://www.dkfz.de/spec2/sweetdb/
R-573 SWISS-3DIMAGE,蛋白质三维图像和PDB[R-519]浏览器。
请参看:
M.C.Peitsch,T.N.C.Wells,D.R.Stampf,J.L Sussman,Trends B
iochem.Sci.20(1995)82-83.
网址:
http://www.expasy.ch/sw3d/
北京大学生物信息中心有镜像:
https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/sw3d/
R-574 1MB,大分子三维图像库。德国耶那的生物大分子三维图像库强调视像化和分析工具。它提供所有PDB[R-519)和NDB[R-261]库中条目的形象信息。请参看: J.Reichert,J.Suhnel,Nucl.Acids Res.30(2002)253-254.
网址:
http://www.imb-jena.de/IMAGE.html
R-575 Biolmage,多维生物学图像数据库。请参看:
J.M.Carazo et al., Nucl.Acids Res.27(1999)280-283.
网址:
https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/
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R-576 MolMovDB,耶鲁大学的生物信息学研究室维护的分子运动数据库。网址: https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/MolMovDB/
R-577 MODBASE, 蛋白质结构模型比较数据库。它包含至少同一个有结构数据的序列联配上的蛋白质序列,由一套流水线程序从TrEMBL[R-475]数据库自动生成,并备有在Netscape浏览器中显示图形的MODVIEW程序。最近描述见:
U.Pieper et al., Nucl.Acids Res.30(2002)255-259.
蛋白质相互作用的研究方法
举世瞩目的基因组计划使大量的新基因不断被发现，然而单纯的基组DNA序列尚不能解答许多生命问题。基因是相对静态的，而基因编码的产物－蛋白质则是动态的，具有时空性和调节性，是生物功能的主要体现者和执行者。蛋白质的表达水平、存在方式以及相互作用等直接与生物功能相关。 在所有生命活动中，蛋白质之间的相互作用是必不可少的，它是细胞进行一切代谢活动的基础。细胞接受外源或是内源的信号，通过其特有的信号途径，调节其基因的表达，以保持其生物学特性。在这个过程中，蛋白质占有很重要的地位，它可以调控，介导细胞的许多生物学活性。 虽然有一些蛋白质可以以单体的形式发挥作用，但是大部分的蛋白质都是和伴侣分子一起作用或是与其他蛋白质形成复合物来发挥作用的。因此，为了更好地理解细胞的生物学活性，必须很好地理解蛋白质单体和复合物的功能，这就会涉及到蛋白质相互作用的研究。在现代分子生物学中，蛋白质相互作用的研究占有非常重要的地位。因此，揭示蛋白质之间的相互作用关系、建立相互作用关系的网络图，已成为蛋白质组学研究中的热点。 一、生物物理学方法 1. 融合蛋白pull-down实验 融合蛋白pull-down技术基本原理是将一种蛋白质固定于某种基质上（如Sepharose），当细胞抽提液经过该基质时，可与该固定蛋白相互作用的配体蛋白被吸附，而没有被吸附的“杂质”则随洗脱液流出。 被吸附的蛋白可以通过改变洗脱液或洗脱条件而回收下来。为了更有效地利用pull-down技术，可以将待纯化地蛋白以融合蛋白地形式表达，即将“诱饵”蛋白与一种易于纯化地配体蛋白相融合。1988年Smith等利用谷胱甘肽－S－转移酶（glutathione-S-transferase ，GST）融合标签从细菌中一步纯化出GST融合蛋白。从此GST融合蛋白在蛋白质相互作用研究领域里得到了极大的推广。 GST融合蛋白在经过固定有GST（glutathione）的色谱柱时，就可以通过GST与GSH的相互作用而被吸附。当再有细胞抽提物过柱，就可以得到能够与“诱饵”蛋白相互作用的兴趣蛋白。一般来说，GST融合蛋白pull-down方法用于两个方面：一是鉴定能与已知融合蛋白相互作用的未知蛋白质；二是鉴定两个已知蛋白质之间是否存在相互作用。 该方法比较简便，避免了使用同位素等危险物质，在蛋白质相互作用研究中有很广泛的应用。类似的融合蛋白很多，如与葡萄球菌蛋白A融合的“诱饵”蛋白可以通过固定有IgG的色谱柱进行纯化；与寡聚组氨酸肽段融合的“诱饵”蛋白可以通过结合Ni2+的色谱柱进行纯化；与二氢叶酸还原酶融合的“诱饵”蛋白可以通过固定有氨甲喋呤的色谱柱进行纯化等等。 2. 亲和印迹 亲和印迹是将聚丙烯酰胺凝胶电泳分离后的蛋白样品转移到硝酸纤维素膜上，然后检测哪种蛋白能与标记了的“诱饵”蛋白发生作用。此方法所要考虑的是如何保持膜上蛋白的生物活性，如何得到纯化的“诱饵”蛋白等。 3. 免疫共沉淀
检测两种蛋白质之间相互作用
检测两种蛋白质之间相互作用得实验方法比较 1、生化方法 ●免疫共沉淀免疫共沉淀就是以抗体与抗原之间得专一性作用为基础得用于研究蛋白质相互作用得经典方法.改法得优点就是蛋白处于天然状态,蛋白得相互作用可以在天然状态下进行，可以避免认为影响;可以分离得到天然状态下相互作用得蛋白复合体。缺点:免疫共沉淀同样不能保证沉淀得蛋白复合物时候为直接相互作用得两种蛋白。另外灵敏度不如亲与色谱高。 ●Fａr—Ｗestｅrｎ 又叫做亲与印记。将PAGE胶上分离好得凡百样品转移到硝酸纤维膜上,然后检测哪种蛋白能与标记了同位素得诱饵蛋白发生作用，最后显影。缺点就是转膜前需要将蛋白复性。2?、等离子表面共振技术（Surfacｅｐｌasmoｎｒｅsoｎance)该技术就是将诱饵蛋白结合于葡聚糖表面,葡聚糖层固定于几十纳米厚得技术膜表面。当有蛋白质混合物经过时,如果有蛋白质同“诱饵”蛋白发生相互作用，那么两者得结合将使金属膜表面得折射率上升，从而导致共振角度得改变。而共振角度得改变与该处得蛋白质浓度成线性关系,由此可以检测蛋白质之间得相互作用。该技术不需要标记物与染料，安全灵敏快速,还可定量分析。缺点:需要专门得等离子表面共振检测仪器。 ３、双杂交技术原理基于真核细胞转录因子得结构特殊性,这些转录因子通常需要两个或以上相互独立得结构域组成．分别使结合
域与激活域同诱饵蛋白与猎物蛋白形成融合蛋白，在真核细胞中表达,如果两种蛋白可以发生相互作用,则可使结合域与激活域在空间上充分接近,从而激活报告基因．缺点：自身有转录功能得蛋白会造成假阳性.融合蛋白会影响蛋白得真实结构与功能。不利于核外蛋白研究,会导致假隐性. 5、荧光共振能量转移技术指两个荧光法色基团在足够近（〈100埃)时，它们之间可发生能量转移得现象。荧光共振能量转移技术可以研究分子内部对某些刺激发生得构象变化,也能研究分子间得相互作用。它可以在活体中检测,非常灵敏,分辩率高,能够检测大分子得构象变化,能够定性定量得检测相互作用得强度。缺点此项技术要求发色基团得距离小于100埃。另外设备昂贵,还需要融合ＧFP给蛋白标记。?此外还有交联技术(ｃrｏsｓ－ｌｉnＫing)，蛋白质探针技术,噬菌体展示技术(Pｈａgｅ dｉsｐｌaｙ）以及生物信息学得方法来检测蛋白质之间相互作用。 1，酵母双杂交 1-5 酵母双杂交系统就是将待研究得两种蛋白质得基因分别克隆到酵 体,从表达产物分析两种蛋白质相互作用得系统 酵母双杂交得原理就是,把报告基因HIS３与l a c Z 整合到酵母细胞基因组中,并受转录因子
最经典总结-组成蛋白质的氨基酸的结构及种类
考点一组成蛋白质的氨基酸及其种类（5年6考） 组成蛋白质的氨基酸的结构及种类 观察下列几种氨基酸的结构 (1)写出图中结构的名称 a.氨基； b.羧基。 (2)通过比较图中三种氨基酸，写出氨基酸的结构通式 (3)氨基酸的不同取决于R基的不同，图中三种氨基酸的R基依次为 (4)氨基酸的种类：约20种 ■助学巧记 巧记“8种必需氨基酸” 甲(甲硫氨酸)来(赖氨酸)写(缬氨酸)一(异亮氨酸)本(苯丙氨酸)亮(亮氨酸)色(色氨酸)书(苏氨酸) 注：评价蛋白质食品营养价值主要依据其必需氨基酸的种类和含量。
组成蛋白质的氨基酸的种类与结构 1.(海南卷)关于生物体内组成蛋白质的氨基酸的叙述，错误的是() A.分子量最大的氨基酸是甘氨酸 B.有些氨基酸不能在人体细胞中合成 C.氨基酸分子之间通过脱水缩合形成肽键 D.不同氨基酸之间的差异是由R基引起的 解析甘氨酸应是分子量最小的氨基酸，它的R基是最简单的氢。 答案 A 2.下图为氨基酸分子的结构通式，下列叙述正确的是() A.结构④在生物体内约有20种 B.氨基酸脱水缩合产生水，水中的氢来自于②和③ C.结构④中含有的氨基或羧基全部都参与脱水缩合 D.生物体内n个氨基酸形成一条多肽链需要n种密码子 解析①为氨基，③为羧基，④为侧链基团(R基)。构成人体氨基酸的种类约有20种，A正确；脱水缩合形成水，水中氢来自①③，B错误；R基中的氨基或羧基不参与脱水缩合，C错误；生物体内n个氨基酸形成一条多肽链需要n个密码子而不是需要n种密码子，D错误。 答案 A 解答本类题目的关键是熟记氨基酸的结构通式，如下图所示
找出氨基酸的共同体，即图中“不变部分”(连接在同一碳原子上的—NH2、—COOH和—H)，剩下的部分即为R基。倘若找不到上述“不变部分”，则不属于构成蛋白质的氨基酸。
蛋白质的性质和分类
蛋白质凭借游离的氨基和羧基而具有两性特征，在等电点易生成沉淀。不同的蛋白质等电点不同，该特性常用作蛋白质的分离提纯。生成的沉淀按其有机结构和化学性质，通过pH的细微变化可复溶。蛋白质的两性特征使其成为很好的缓冲剂，并且由于其分子量大和离解度低，在维持蛋白质溶液形成的渗透压中也起着重要作用。这种缓冲和渗透作用对于维持内环境的稳定和平衡具有非常重要的意义。 在紫外线照射、加热煮沸以及用强酸、强碱、重金属盐或有机溶剂处理蛋白质时，可使其若干理化和生物学性质发生改变，这种现象称为蛋白质的变性。酶的灭活，食物蛋白经烹调加工有助于消化等，就是利用了这一特性。 (二)蛋白质的分类 简单的化学方法难于区分数量庞杂、特性各异的这类大分子化合物。通常按照其结构、形态和物理特性进行分类。不同分类间往往也有交错重迭的情况。一般可分为纤维蛋白、球状蛋白和结合蛋白三大类。 1.纤维蛋白包括胶原蛋白、弹性蛋白和角蛋白。 (1) 胶原蛋白胶原蛋白是软骨和结缔组织的主要蛋白质，一般占哺乳动物体蛋白总量的30%左右。胶原蛋白不溶于水，对动物消化酶有抗性，但在水或稀酸、稀碱中煮沸，易变成可溶的、易消化的白明胶。胶原蛋白含有大量的羟脯氨酸和少量羟赖氨酸，缺乏半胱氨酸、胱氨酸和色氨酸。 (2) 弹性蛋白弹性蛋白是弹性组织，如腱和动脉的蛋白质。弹性蛋白不能转变成白明胶。 (3) 角蛋白角蛋白是羽毛、毛发、爪、喙、蹄、角以及脑灰质、脊髓和视网膜神经的蛋白质。它们不易溶解和消化，含较多的胱氨酸(14-15%)。粉碎的羽毛和猪毛，在15-20磅蒸气压力下加热处理一小时，其消化率可提高到70-80%，胱氨酸含量则减少5-6%。 2.球状蛋白 (1) 清蛋白主要有卵清蛋白、血清清蛋白、豆清蛋白、乳清蛋白等，溶于水，加热凝固。 (2) 球蛋白球蛋白可用5-10%的NaCl溶液从动、植物组织中提取；其不溶或微溶于水，可溶于中性盐的稀溶液中，加热凝固。血清球蛋白、血浆纤维蛋白原、肌浆蛋白、豌豆的豆球蛋白等都属于此类蛋白。 (3) 谷蛋白麦谷蛋白、玉米谷蛋白、大米的米精蛋白属此类蛋白。不溶于水或中性溶液，而溶于稀酸或稀碱。 (4) 醇溶蛋白玉米醇溶蛋白、小麦和黑麦的麦醇溶蛋白、大麦的大麦醇溶蛋白属此类蛋白。不溶于水、无水乙醇或中性溶液，而溶于70-80%的乙醇。 (5) 组蛋白属碱性蛋白，溶于水。组蛋白含碱性氨基酸特别多。大多数组蛋白在活细胞中与核酸结合，如血红蛋白的珠蛋白和鲭鱼精子中的鲭组蛋白。 (6) 鱼精蛋白鱼精蛋白是低分子蛋白，含碱性氨基酸多，溶于水。例如鲑鱼精子中的鲑精蛋白、鲟鱼的鲟精蛋白、鲱鱼的鲱精蛋白等。鱼精蛋白在鱼的精子细胞中与核酸结合。 球蛋白比纤维蛋白易于消化，从营养学的角度看，氨基酸含量和比例也较纤维蛋白更理想。 3. 结合蛋白 结合蛋白是蛋白部分再结合一个非氨基酸的基团(辅基)。如核蛋白(脱氧核糖核蛋白、核糖体)，磷蛋白(酪蛋白、胃蛋白酶)，金属蛋白(细胞色素氧化酶、铜蓝蛋白、黄嘌呤氧化酶)，脂蛋白(卵黄球蛋白、血中β1-脂蛋白)，色蛋白(血红蛋白、细胞色素C、黄素蛋白、视网膜中与视紫质结合的水溶性蛋白)及糖蛋白(γ球蛋白、半乳糖蛋白、甘露糖蛋白、氨基糖蛋白)。
检测两种蛋白质之间相互作用
检测两种蛋白质之间相互作用的实验方法比较 1. 生化方法 ●免疫共沉淀免疫共沉淀是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。改法的优点是蛋白处于天然状态，蛋白的相互作用可以在天然状态下进行，可以避免认为影响；可以分离得到天然状态下相互作用的蛋白复合体。缺点：免疫共沉淀同样不能保证沉淀的蛋白复合物时候为直接相互作用的两种蛋白。另外灵敏度不如亲和色谱高。 ●Far-Western 又叫做亲和印记。将PAGE胶上分离好的凡百样品转移到硝酸纤维膜上，然后检测哪种蛋白能与标记了同位素的诱饵蛋白发生作用，最后显影。缺点是转膜前需要将蛋白复性。 2. 等离子表面共振技术（Surface plasmon resonance）该技术是将诱饵蛋白结合于葡聚糖表面，葡聚糖层固定于几十纳米厚的技术膜表面。当有蛋白质混合物经过时，如果有蛋白质同“诱饵”蛋白发生相互作用，那么两者的结合将使金属膜表面的折射率上升，从而导致共振角度的改变。而共振角度的改变与该处的蛋白质浓度成线性关系，由此可以检测蛋白质之间的相互作用。该技术不需要标记物和染料，安全灵敏快速，还可定量分析。缺点：需要专门的等离子表面共振检测仪器。 3. 双杂交技术原理基于真核细胞转录因子的结构特殊性，这些转录因子通常需要两个或以上相互独立的结构域组成。分别使结合域和
激活域同诱饵蛋白和猎物蛋白形成融合蛋白，在真核细胞中表达，如果两种蛋白可以发生相互作用，则可使结合域和激活域在空间上充分接近，从而激活报告基因。缺点：自身有转录功能的蛋白会造成假阳性。融合蛋白会影响蛋白的真实结构和功能。不利于核外蛋白研究，会导致假隐性。 5. 荧光共振能量转移技术指两个荧光法色基团在足够近（<100埃）时，它们之间可发生能量转移的现象。荧光共振能量转移技术可以研究分子内部对某些刺激发生的构象变化，也能研究分子间的相互作用。它可以在活体中检测，非常灵敏，分辩率高，能够检测大分子的构象变化，能够定性定量的检测相互作用的强度。缺点此项技术要求发色基团的距离小于100埃。另外设备昂贵，还需要融合GFP给蛋白标记。 此外还有交联技术（cross－linKing），蛋白质探针技术，噬菌体展示技术（Phage display）以及生物信息学的方法来检测蛋白质之间相互作用。 1，酵母双杂交 1-5 酵母双杂交系统是将待研究的两种蛋白质的基因分别克隆到酵母表达质粒的转录激活因子（如GAL4等）的DNA结合结构域基因和转录激活因子（如GAL4等）激活结构域基因，构建成融合表达载体，从表达产物分析两种蛋白质相互作用的系统
蛋白质相互作用
蛋白质相互作用的概述 一、为什么要研究蛋白质相互作用 二、蛋白质相互作用亲和力：K d=[A][B]/[AB] 三、蛋白质相互作用的应用 A、利用抗原和抗体的相互作用：Western blot，免疫共沉淀，染色质沉淀，抗体筛库 B、利用已知的相互作用建立tag：GST pull down，Biotin－Avidin结合， C、直接利用蛋白质的相互作用：蛋白质亲和层析，酵母双杂交，phage display，Bait蛋白质筛表达库，蛋白质组 四、相互作用的生物学意义：蛋白质间的相互作用是细胞生命活动的基础。 五、生物学功能的研究：获得功能或失去功能 I、一些常用蛋白质相互作用技术 ?Traditional co-purification (chromatography co-purification and co-sedimentation) ?Affinity chromatography：GST pull down，Epitope-tag ?(co-)Immunoprecipitation ?Western和Far-Western blot Surface Plasmon Resonance Two-Hybrid System Fluorescence Resonance Energy Transfer (FRET) （实验过程及原理，注意事项，优缺点） III、研究实例讨论 一、酵母双杂交系统 作用：发现新的相互作用蛋白质；鉴定和分析已有的蛋白质间的相互作用；确定蛋白质相互作用的功能基团 具体过程：见书本 优点：是酵母细胞的in vivo相互作用；只需要cDNA，简单；弱的相互作用也能检测到 缺点：都是融合蛋白，万一融合出新的相互作用；酵母的翻译后修饰不尽相同，尤其是蛋白质的调控性修饰；自身激活报告基因；基因库德要求比较高，单向1/3是in frame 蛋白质毒性；第三者Z插足介导的相互作用；假阳性 酵母双杂交系统是当前广泛用于蛋白质相互作用组学研究的一种重要方法。其原理是当靶蛋白和诱饵蛋白特异结合后，诱饵蛋白结合于报道基因的启动子，启动报道基因在酵母细胞内的表达，如果检测到报道基因的表达产物，则说明两者之间有相互作用，反之则两者之间没有相互作用。将这种技术微量化、阵列化后则可用于大规模蛋白质之间相互作用的研究。在实际工作中，人们根据需要发展了单杂
蛋白质数据库
生物芯片北京国家工程研究中心 湖南中药现代化药物筛选分中心 暨湖南涵春生物有限公司 常用数据库名录 1、蛋白质数据库 PPI - JCB 蛋白质与蛋白质相互作用网络 ?Swiss-Prot - 蛋白质序列注释数据库 ?Kabat - 免疫蛋白质序列数据库 ?PMD - 蛋白质突变数据库 ?InterPro - 蛋白质结构域和功能位点 ?PROSITE - 蛋白质位点和模型 ?BLOCKS - 生物序列分析数据库 ?Pfam - 蛋白质家族数据库 [镜像： St. Louis (USA), Sanger Institute, UK, Karolinska Institutet (Sweden)] ?PRINTS - 蛋白质 Motif 数据库 ?ProDom - 蛋白质结构域数据库 (自动产生) ?PROTOMAP - Swiss-Prot蛋白质自动分类系统 ?SBASE - SBASE 结构域预测数据库 ?SMART - 模式结构研究工具 ?STRING - 相互作用的蛋白质和基因的研究工具
?TIGRFAMs - TIGR 蛋白质家族数据库 ?BIND - 生物分子相互作用数据库 ?DIP - 蛋白质相互作用数据库 ?MINT - 分子相互作用数据库 ?HPRD - 人类蛋白质查询数据库 ?IntAct - EBI 蛋白质相互作用数据库 ?GRID - 相互作用综合数据库 ?PPI - JCB 蛋白质与蛋白质相互作用网络 2、蛋白质三级结构数据库 ?PDB - 蛋白质数据银行 ?BioMagResBank - 蛋白质、氨基酸和核苷酸的核磁共振数据库?SWISS-MODEL Repository - 自动产生蛋白质模型的数据库 ?ModBase - 蛋白质结构模型数据库 ?CATH - 蛋白质结构分类数据库 ?SCOP - 蛋白质结构分类 [镜像: USA | Israel | Singapore | Australia] ?Molecules To Go - PDB数据库查询 ?BMM Domain Server - 生物分子模型数据库 ?ReLiBase - 受体/配体复合物数据库 [镜像： USA] ?TOPS - 蛋白质拓扑图 ?CCDC - 剑桥晶体数据中心 (剑桥结构数据库 (CSD))
蛋白相互作用-ThermoFisher
Thermo Scientific Pierce Th S i tifi Pi
蛋 蛋白相互作用的研究方法和实践 实
罗 莎 Rosa Luo Ph.D. Application Scientist Biosciences Division Thermo Fisher Scientific China
酵母蛋白质相互作用图谱
Thick blue lines represent literature-derived interactions from PreBIND+MIPS in the HMS-PCI dataset. Thin orange lines represent potential novel interactions. Courtesy MDS Proteomics
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蛋白质相互作用技术
Genetic Two Hybrid Phage Display Mutational analysis M t ti l l i Biochemical Immunoprecipitation (IP) Co-Immunoprecipitation (C IP) C I i it ti (Co-IP) Pull-Down Assays Far Western FRET (Fluorescence Resonance Energy Transfer) Chemical Crosslinking Label-transfer FeBABE F BABE mapping i Fluorescent Immunofluorescence colocalization
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蛋白质的二级结构主要有哪些类型
1.蛋白质的二级结构主要有哪些类型，其特点如何？ 答：α-右手螺旋，β-折叠，无规卷曲，U型回折（β-转角） <1>α-右手螺旋 α-螺旋为右手螺旋，每一圈含有3.6个aa残基（或肽平面），每一圈高5.4?，即每一个aa 残基上升1.5?，旋转了100度，直径为5 ?，2个二面角（ф,ψ）＝（-570，-480）。维持α-右手螺旋的力量是螺旋内氢键，它产生于一个肽平面的C=O与相邻一圈的在空间上邻近的另一个肽平面的N-H之间，它的方向平行于螺旋轴，每个氢键串起的长度为3.6个肽平面或3.6个aa残基，被氢键串起来的这个环上含有13个原子，故α-右手螺旋也被称为 3.613螺旋。Pro破坏α-螺旋。 <2>β-折叠 肽链在空间的走向为锯齿折叠状，二面角（ф,ψ）＝（-119℃，+113℃）。维持β-折叠的力量是折叠间的氢键，它产生于一个肽平面的C=O与相邻肽链的在空间上邻近的另一个肽平面的N-H之间，两条肽链上的肽平面互相平行，有平行式和反平行式两种， <3>U型回折：也叫β-转角，肽链在某处回折1800所形成的结构。这个结构包括的长度为 4个aa残基，其中的第三个为Gly，稳定该结构的力量是第一和第四个aa残基之间形成的氢键。 <4>无规卷曲：无固定的走向，但也不是任意变动的，它的2个二面角（ф,ψ）有个变化 范围。论 述 04 蛋 白 质 简述蛋白质一级结构的分析方法。 第一步：前期准备，第二步：肽链的端点测定，第三步：每条肽链aa顺序的测定，第四步：二硫键位置的确定。 <1>第一步：前期准备 分离纯化蛋白质：纯度要达到97％以上。 蛋白质分子量的测定：用于判断分子的大小，估计肽链的数目，有渗透压法、凝胶电泳法（聚丙烯酰胺、SDS）、凝胶过滤法、超离心法等 aa组成的测定：用于最后核对，氨基酸自动分析仪。 肽链拆分：非共价键的如氢键、离子键、疏水键、范德华力4种，可用尿素或盐酸胍等有机溶液来拆分。共价键的仅二硫键1种，可用巯基乙醇、碘代乙酸、过甲酸来拆分。 <2>第二步：肽链的端点测定 N端测定：Sanger法，DNFB→DNP-肽→水解→乙醚萃取→层析鉴定。 Edman法，PITC→PTC-肽→PTH-aa→层析鉴定。 C端测定：肼解法。 <3>第三步：每条肽链aa顺序的测定 事先要将蛋白质打断成多肽甚至寡肽，再上机分析，而且要2套以上，便于以后拼接。 常用的工具酶和特异性试剂有： 胰蛋白酶：－（Arg、Lys）↓－。产物为C端Arg、Lys的肽链。 糜蛋白酶：表示为－（Trp、Tyr、Phe）↓－。 CNBr：－Met↓－。 <4>第四步：二硫键位置的确定 包括链内和链间二硫键的位置，用对角线电泳来测，这项工作在AA序测定完毕后进行。在肽链未拆分的情况下用胃蛋白酶水解之，可以得到被二硫键连着的多肽产物。先进行第一向电泳，将产物分开。再用巯基乙醇处理，将二硫键打断。最后进行第二向电泳，条件与第一向电泳完全相同。选取偏离对角线的样品（多肽或寡肽），它们就是含二硫键的片段，上机测aa顺序，根据已测出的蛋白质的aa顺序，把这些片段进行定位，就能找到二硫键的位置。
蛋白质问题归类解析
2014年临安中学高三复习讲义（蛋白质类问题归类解析） 1.氨基酸的结构： 例1.下列各项中，哪项是构成生物体蛋白质的氨基酸 例2.谷胱甘肽(分子式C 10H 17O 6N 3S )是存在于动植物和微生物细胞中的一种重要的三肽，它是由谷氨酸（C 5H 9NO 4）、甘氨酸（C 2H 5O 2）和半胱氨酸缩合而成，则半胱氨酸可能的分子式为 A.C 3H 3NS B. C 3H 5NS C. C 3H 7O 2NS D. C 3H 3O 2NS 例3.当含有如图所示的结构片段的蛋白质在胃肠道中水解时，不可能产生的氨基酸是 2.蛋白质种类： 例4.由4种氨基酸(每种氨基酸数量不限)最多能合成不同结构的三肽有 A ．4种 B ．43种 C ．34种 D ．12种 例 5.如果有足量的三种氨基酸分别为甲、乙、丙，则它们能形成的三肽种类以及包含三种氨基酸的三肽种类最多有 A ．9种，9种 B ．6种，3种 C ．27种，6种 D ．3种，3种 例6.狼体内有a 种蛋白质,20种氨基酸；兔体内有b 种蛋白质,20种氨基酸.狼捕食兔后,狼体内的蛋白质种类和氨基酸种类最可能是多少? A.a+b ，40 B.a,20 C.大于a,20 D.小于a,20 3.肽键（水分子）数目： 例7. 人体内的抗体IgG 是一种重要的免疫球蛋白，由4条肽链构成，共有m 个氨基酸，则该蛋白质分子有肽键数 A.m 个 B. (m+1)个 C.(m-2)个 D.(m-4)个 例8.由M 个氨基酸构成的一个蛋白质分子，含有N 条肽链，其中Z 条是环状多肽，这个蛋白质完全水解共需水分子个数为 A.M-N+Z B.M-N-Z C.M-Z+N D.M+Z+N 例9.某22肽被水解成1个4肽，2个3肽，2个6肽，则这些短肽的氨基总数的最小值及肽键总数依次是 A .6 18 B .5 18 C .5 17 D .6 17 例10.免疫球蛋白lgG 的结构示意图如右，其中-S-S- 表示连接两条相邻肽链的二硫键。若该lgG 由m 个氨基酸构成，则该lgG 有肽键数 A ．m 个 B ．(m +1)个 C ．(m-2)个 D ．(m-4)个 4. 游离的氨基或羧基数目： 例11.人体内的抗体IgG 是一种重要的免疫球蛋白，由4条肽链构成，共有764个氨基酸，则该蛋白质分子中至少含有游离的氨基和羧基的个数分别是 A. 764、 764 B. 760 、760 C. 762、 762 D. 4 、4 例12. 现有1000个氨基酸,其中氨基有1020个,羧基有1050个,则由此合成的4条肽链中游离的氨基、羧基的数目分别是 -S-S -S-S -S-S
蛋白质结构预测和序列分析软件
蛋白质结构预测和序列分析软件蛋白质数据库及蛋白质序列分析 第一节、蛋白质数据库介绍 一、蛋白质一级数据库 1、 SWISS-PROT 数据库 SWISS-PROT和PIR是国际上二个主要的蛋白质序列数据 库，目前这二个数据库在EMBL和GenBank数据库上均建 立了镜像 (mirror) 站点。 SWISS-PROT数据库包括了从EMBL翻译而来的蛋白质序 列，这些序列经过检验和注释。该数据库主要由日内瓦大 学医学生物化学系和欧洲生物信息学研究所(EBI)合作维 护。SWISS-PROT的序列数量呈直线增长。 2、TrEMBL数据库： SWISS-PROT的数据存在一个滞后问题，即 进行注释需要时间。一大批含有开放阅读 了解决这一问题，TrEMBL(Translated E 白质数据库，它包括了所有EMBL库中的 质序列数据源，但这势必导致其注释质量 3、PIR数据库： PIR数据库的数据最初是由美国国家生物医学研究基金 会（National Biomedical Research Foundation, NBRF） 收集的蛋白质序列，主要翻译自GenBank的DNA序列。 1988年，美国的NBRF、日本的JIPID（the Japanese International Protein Sequence Database日本国家蛋 白质信息数据库）、德国的MIPS（Munich Information Centre for Protein Sequences摹尼黑蛋白质序列信息 中心）合作，共同收集和维护PIR数据库。PIR根据注释 程度(质量)分为4个等级。 4、 ExPASy数据库： 目前，瑞士生物信息学研究所（Swiss I 质分析专家系统（Expert protein anal 据库。 网址：https://www.360docs.net/doc/e54400182.html, 我国的北京大学生物信息中心(www.cbi.
蛋白质结构预测在线软件
蛋白质预测分析网址集锦? 物理性质预测：? Compute PI/MW?? ?? SAPS?? 基于组成的蛋白质识别预测? AACompIdent???PROPSEARCH?? 二级结构和折叠类预测? nnpredict?? Predictprotein??? SSPRED?? 特殊结构或结构预测? COILS?? MacStripe?? 与核酸序列一样，蛋白质序列的检索往往是进行相关分析的第一步，由于数据库和网络技校术的发展，蛋白序列的检索是十分方便，将蛋白质序列数据库下载到本地检索和通过国际互联网进行检索均是可行的。? 由NCBI检索蛋白质序列? 可联网到：“”进行检索。? 利用SRS系统从EMBL检索蛋白质序列? 联网到：”，可利用EMBL的SRS系统进行蛋白质序列的检索。? 通过EMAIL进行序列检索?
当网络不是很畅通时或并不急于得到较多数量的蛋白质序列时，可采用EMAIL方式进行序列检索。? 蛋白质基本性质分析? 蛋白质序列的基本性质分析是蛋白质序列分析的基本方面，一般包括蛋白质的氨基酸组成，分子质量，等电点，亲水性，和疏水性、信号肽，跨膜区及结构功能域的分析等到。蛋白质的很多功能特征可直接由分析其序列而获得。例如，疏水性图谱可通知来预测跨膜螺旋。同时，也有很多短片段被细胞用来将目的蛋白质向特定细胞器进行转移的靶标（其中最典型的例子是在羧基端含有KDEL序列特征的蛋白质将被引向内质网。WEB中有很多此类资源用于帮助预测蛋白质的功能。? 疏水性分析? 位于ExPASy的ProtScale程序（?）可被用来计算蛋白质的疏水性图谱。该网站充许用户计算蛋白质的50余种不同属性，并为每一种氨基酸输出相应的分值。输入的数据可为蛋白质序列或SWISSPROT数据库的序列接受号。需要调整的只是计算窗口的大小（n）该参数用于估计每种氨基酸残基的平均显示尺度。? 进行蛋白质的亲/疏水性分析时，也可用一些windows下的软件如，bioedit,dnamana等。? 跨膜区分析? 有多种预测跨膜螺旋的方法，最简单的是直接，观察以20个氨基酸为单位的疏水性氨基酸残基的分布区域，但同时还有多种更加复杂的、精确的算法能够预测跨膜螺旋的具体位置和它们的膜向性。这些技术主要是基于对已知
乳清蛋白分类
乳清蛋白的分类 乳清蛋白（whey protein）被称为蛋白之王，是从牛奶中提取的一种蛋白质，具有营养价值高、易消化吸收、含有多种活性成分等特点，是公认的人体优质蛋白质补充剂之一。乳清蛋白是采用先进工艺从牛奶分离提取出来的珍贵蛋白质，以其纯度高、吸收率高、氨基酸组成最合理等诸多优势被推为“蛋白之王”。乳清蛋白不但容易消化，而且还具有高生物价、高效化率、高蛋白质功效比和高利用率，是蛋白质中的精品等特点，是公认的人体优质蛋白质补充剂之一。牛奶的组成中87%是水，13%是乳固体。而在乳固体中27%是乳蛋白质，乳蛋白质中只有20%是乳清蛋白，其余80%都是酪蛋白，因此乳清蛋白在牛奶中的含量仅为0.7%。但是你知道吗？乳清蛋白也分等级的。它分为浓缩乳清蛋白，分离乳清蛋白以及水解乳清蛋白，下面对这些蛋白进行大致的说明。 乳清蛋白分类 纯度吸收率 浓缩乳清蛋白WPC 35~80%（一般为50%）104 含乳糖 分离乳清蛋白WPI 88~95%（一般为88%）159 再过滤，除乳糖 水解乳清蛋白WPH 96%以上167 再过滤 浓缩乳清蛋白WPC (Whey Protein Concentrate) 这类乳清蛋白的蛋白质的纯度为35~80%（一般为50%），吸收率为104，WPC常常因为包含有乳糖等杂质，所以吸收不是很理想，而且常常伴有拉肚子等症状。 分离乳清蛋白WPI ( Whey Protein Isolate ) 这类乳清蛋白的蛋白质的纯度为88~95%（一般为88%），吸收率为159，WPI是在WPC 的基础之上，通过再次过滤，干燥等技术加工，完全的去除了WPC里面的乳糖。 水解乳清蛋白WPH ( Whey Protein Hydrolysates ) 这类乳清蛋白的蛋白质的纯度一般在96%以上，其吸收率为167，在WPI分离乳清蛋白的基础之上，再次高科技技术过滤，干燥得到，自然其吸收率是最高，纯度也是最高的。水解乳清蛋白是现存增肌粉，蛋白粉中最好的蛋白质原料。
研究蛋白质与蛋白质相互作用方法总结-实验步骤
研究蛋白质与蛋白质相互作用方法总结-实验步骤 蛋白质与蛋白质之间相互作用构成了细胞生化反应网络的一个主要组成部分，蛋白-蛋白互作网络与转录调控网络对调控细胞及其信号有重要意义。把原来spaces空间上的一篇蛋白质与蛋白质间相互作用研究方法转来，算是实验技巧分类目录的首篇。(另补充2：检测两种蛋白质之间相互作用的实验方法比较) 一、酵母双杂交系统 酵母双杂交系统是当前广泛用于蛋白质相互作用组学研究的一种重要方法。其原理是当靶蛋白和诱饵蛋白特异结合后，诱饵蛋白结合于报道基因的启动子，启动报道基因在酵母细胞内的表达，如果检测到报道基因的表达产物，则说明两者之间有相互作用，反之则两者之间没有相互作用。将这种技术微量化、阵列化后则可用于大规模蛋白质之间相互作用的研究。在实际工作中，人们根据需要发展了单杂交系统、三杂交系统和反向杂交系统等。Angermayr等设计了一个SOS蛋白介导的双杂交系统。可以研究膜蛋白的功能，丰富了酵母双杂交系统的功能。此外，酵母双杂交系统的作用也已扩展至对蛋白质的鉴定。 二、噬茵体展示技术 在编码噬菌体外壳蛋白基因上连接一单克隆抗体的DNA序列，当噬菌体生长时，表面就表达出相应的单抗，再将噬菌体过柱，柱上若含目的蛋白，就会与相应抗体特异性结合，这被称为噬菌体展示技术。此技术也主要用于研究蛋白质之间的相互作用，不仅有高通量及简便的特点，还具有直接得到基因、高选择性的筛选复杂混合物、在筛选过程中通过适当改变条件可以直接评价相互结合的特异性等优点。目前，用优化的噬菌体展示技术，已经展示了人和鼠的两种特殊细胞系的cDNA文库，并分离出了人上皮生长因子信号传导途径中的信号分子。 三、等离子共振技术 表面等离子共振技术(Surface Plasmon Resonance，SPR)已成为蛋白质相互作用研究中的新手段。它的原理是利用一种纳米级的薄膜吸附上“诱饵蛋白”，当待测蛋白与诱饵蛋白结合后，薄膜的共振性质会发生改变，通过检测便可知这两种蛋白的结合情况。SPR技术的优点是不需标记物或染料，反应过程可实时监控。测定快速且安全，还可用于检测蛋白一核酸及其它生物大分子之间的相互作用。
蛋白质的分类
蛋白质的分类 摘要：蛋白质的种类繁多，结构复杂，所以分类也就各异。 一、按来源分类 蛋白质按来源可以分为动物蛋白和植物蛋白，两者所含的氨基酸是不同的。动物性蛋白质主要为提取自牛奶的乳清蛋白，其所含必需氨基酸种类齐全，比例合理，但是含有胆固醇。植物性蛋白质主要来源于大豆的大豆蛋白，最多的优点就是不含胆固醇。 二、按组成成分分类 按照化学组成，蛋白质通常可以分为简单蛋白质、结合蛋白质和衍生蛋白质。简单蛋白质经水解得氨基酸和氨基酸衍生物；结合蛋白质经水解得氨基酸、非蛋白的辅基和其他（结合蛋白质的非氨基酸部分称为辅基）；蛋白质经变性作用和改性修饰得到衍生蛋白质。 1—脂 如酪蛋 铜的有血蓝蛋白等。 ⑥黄素蛋白（flavoproteins）：辅基为黄素腺嘌呤二核苷酸，如琥珀酸脱氢酶、D—氨基酸氧化酶等。 ⑦金属蛋白（metalioproteins）：与金属直接结合的蛋白质，如铁蛋白含铁，乙醇脱氢酶含锌，黄嘌呤氧化酶含钼和铁等。 衍生蛋白质，天然蛋白质变性或者改性、修饰和分解产物。 ①一级衍生蛋白质：不溶于所有溶剂，如变性蛋白质。 ②二级衍生蛋白质：溶于水，受热不凝固，如胨、肽。 ③三级衍生蛋白质：功能改进，如磷酸化蛋白、乙酰化蛋白、琥珀酰胺蛋白。 三、按分子形状分类 根据分子形状的不同，可将蛋白质分为球状蛋白质和纤维状蛋白质两大类。以长轴和短轴之比为标准，球状蛋白
质小于5，纤维状蛋白质大于5。纤维状蛋白多为结构蛋白，是组织结构不可缺少的蛋白质，由长的氨基酸肽链连接成为纤维状或蜷曲成盘状结构，成为各种组织的支柱，如皮肤、肌腱、软骨及骨组织中的胶原蛋白；球状蛋白的形状近似于球形或椭圆形。许多具有生理活性的蛋白质，如酶、转运蛋白、蛋白类激素与免疫球蛋白、补体等均属于球蛋白。 四、按结构分类 蛋白质按其结构可分为：单体蛋白、寡聚蛋白、多聚蛋白。 单体蛋白：蛋白质由一条肽链构成，最高结构为三级结构。包括由二硫键连接的几条肽链形成的蛋白质，其最高结构也是三级。多数水解酶为单体蛋白。 寡聚蛋白：包含2个或2个以上三级结构的亚基。可以是相同亚基的聚合，也可以是不同亚基的聚合。 多聚蛋白：由数十个亚基以上，甚至数百个亚基聚合而成的超级多聚体蛋白。 五、按功能分类 1. 2. 3.
蛋白质相互作用数据库和分析方法
蛋白质相互作用数据库和分析方法 1. 蛋白质相互作用的数据库 蛋白质相互作用数据库见下表所示： 数据库名 说明 网址 BIND 生物分子相互作用数据库 http://bind.ca/ DIP 蛋白质相互作用数据库 https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/ IntAct 蛋白质相互作用数据库 https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/intact/index.html InterDom 结构域相互作用数据库 https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,.sg/ MINT 生物分子相互作用数据库 http://mint.bio.uniroma2.it/mint/ STRING 蛋白质相互作用网络数据库 http://string.embl.de/ HPRD 人类蛋白质参考数据库 https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/ HPID 人类蛋白质相互作用数据库 http://wilab.inha.ac.kr/hpid/ MPPI 脯乳动物相互作用数据库 http://fantom21.gsc.riken.go.jp/PPI/ biogrid 蛋白和遗传相互作用数据，主要来自于酵母、线虫、果蝇和人 https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/ PDZbase 包含PDZ 结构域的蛋白质相互作用数据库 https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/services/pdz/start Reactome 生物学通路的辅助知识库 https://www.360docs.net/doc/e54400182.html,/ 2. 蛋白质相互作用的预测方法 蛋白质相互作用的预测方法很非常多，以下作了简单的介绍 1) 系统发生谱 这个方法基于如下假定：功能相关的(functionally related)基因，在一组完全测序的基因组中预期同时存在或不存在，这种存在或不存在的模式(pattern)被称作系统发育谱；如果两个基因，它们的序列没有同源性，但它们的系统发育谱一致或相似．可以推断它们在功能上是相关的。
蛋白质-蛋白质相互作用
蛋白质-蛋白质相互作用 蛋白质与蛋白质之间相互作用构成了细胞生化反应网络的一个主要组成部分，蛋白-蛋白互作网络与转录调控网络对调控细胞及其信号有重要意义。把原来spaces空间上的一篇蛋白质与蛋白质间相互作用研究方法转来，算是实验技巧分类目录的首篇。(另补充2：检测两种蛋白质之 间相互作用的实验方法比较) 一、酵母双杂交系统 酵母双杂交系统是当前广泛用于蛋白质相互作用组学研究的一种重要方法。其原理是当靶蛋白和诱饵蛋白特异结合后，诱饵蛋白结合于报道基因的启动子，启动报道基因在酵母细胞内的表达，如果检测到报道基因的表达产物，则说明两者之间有相互作用，反之则两者之间没有相互作用。将这种技术微量化、阵列化后则可用于大规模蛋白质之间相互作用的研究。在实际工作中，人们根据需要发展了单杂交系统、三杂交系统和反向杂交系统等。Angermayr等设计了一个SOS蛋白介导的双杂交系统。可以研究膜蛋白的功能，丰富了酵母双杂交系统的功能。此外，酵母双杂 交系统的作用也已扩展至对蛋白质的鉴定。 二、噬茵体展示技术 在编码噬菌体外壳蛋白基因上连接一单克隆抗体的DNA序列，当噬菌体生长时，表面就表达出相应的单抗，再将噬菌体过柱，柱上若含目的蛋白，就会与相应抗体特异性结合，这被称为噬菌体展示技术。此技术也主要用于研究蛋白质之间的相互作用，不仅有高通量及简便的特点，还具有直接得到基因、高选择性的筛选复杂混合物、在筛选过程中通过适当改变条件可以直接评价相互结合的特异性等优点。目前，用优化的噬菌体展示技术，已经展示了人和鼠的两种特殊细胞系的cDNA文库，并分离出了人上皮生长因子信号传导途径中的信号分子。 三、等离子共振技术 表面等离子共振技术(Surface Plasmon Resonance，SPR)已成为蛋白质相互作用研究中的新手段。它的原理是利用一种纳米级的薄膜吸附上“诱饵蛋白”，当待测蛋白与诱饵蛋白结合后，薄膜的共振性质会发生改变，通过检测便可知这两种蛋白的结合情况。SPR技术的优点是不需标记物或染料，反应过程可实时监控。测定快速且安全，还可用于检测蛋白一核酸及其它生物大分子之间 的相互作用。 四、荧光能量转移技术
蛋白质分类
第五节蛋白质得分类、提取、分离及测定 蛋白质种类繁多,结构复杂,目前有几种分类方法,作一介绍。 一、根据分子形状分类 根据蛋白质分子外形得对称程度可将其分为两类。 1、球状蛋白质 球状蛋白质（glｏbuｌar proteins）分子比较对称,接近球形或椭球形。溶解度较好，能结晶。大多数蛋白质属于球状蛋白质，如血红蛋白、肌红蛋白、酶、抗体等。 2、纤维蛋白质 纤维蛋白质(fiｂrous proteinｓ)分子对称性差,类似于细棒状或纤维状。溶解性质各不相同，大多数不溶于水,如胶原蛋白、角蛋白等。有些则溶于水,如肌球蛋白、血纤维蛋白原等 二、根据化学组成分类 根据化学组成可将蛋白质分为两类。 (一)简单蛋白质 简单蛋白质(ｓｉmplｅ prｏｔｅinｓ)分子中只含有氨基酸,没有其它成分。 １、清蛋白 清蛋白（alｂｕmｉn）又称白蛋白，分子量较小,溶于水、中性盐类、稀酸与稀碱,可被饱与硫酸铵沉淀.清蛋白在自然界分布广泛，如小麦种子中得麦清蛋白、血液中得血清清蛋白与鸡蛋中得卵清蛋白等都属于清蛋白。 2、球蛋白 球蛋白（globulins)一般不溶于水而溶于稀盐溶液、稀酸或稀碱溶液,可被半饱与得硫酸铵沉淀.球蛋白在生物界广泛存在并具有重要得生物功能。大豆种子中得豆球蛋白、血液中得血清球蛋白、肌肉中得肌球蛋白以及免疫球蛋白都属于这一类. ３、组蛋白 组蛋白(ｈisｔones）可溶于水或稀酸。组蛋白就是染色体得结构蛋白，含有丰富得精氨酸与赖氨酸,所以就是一类碱性蛋白质。 4、精蛋白 精蛋白(protａmineｓ)易溶于水或稀酸，就是一类分子量较小结构简单得蛋白质。精蛋白含有较多得碱性氨基酸，缺少色氨酸与酪氨酸,所以就是一类碱性蛋白质。精蛋白存在于成熟得精细胞中,与DNA 结合在一起,如鱼精蛋白。 5、醇溶蛋白 醇溶蛋白(ｐrｏlamineｓ)不溶于水与盐溶液，溶于70％~80%得乙醇，多存在于禾本科作物得种子中，如玉米醇溶蛋白、小麦醇溶蛋白。 6、谷蛋白类 谷蛋白（glutｅlinｓ)不溶于水、稀盐溶液，溶于稀酸与稀碱。谷蛋白存在于植物种子中，如水稻种子中得稻谷蛋白与小麦种子中得麦谷蛋白等。 7、硬蛋白类 硬蛋白(sclｅrｏｐroteｉns)不溶于水、盐溶液、稀酸、稀碱,主要存在于皮肤、毛
检测蛋白质与蛋白质之间相互作用的实验技术
一、检测蛋白质与蛋白质相互作用 ① FRET技术（in vivo） FRET，Fluorescence resonance energy transfer，即荧光共振能量转移技术。该技术的原理是用一种波长的光激发某种荧光蛋白后，它释放的荧光刚好又能激发另一种荧光蛋白，使其释放另一波长的荧光，如下图所示： 以下图为例，若要利用FRET检测两种蛋白是否有相互作用，需将两种蛋白的基因分别与这两种荧光蛋白的基因融合，并在细胞内表达出两种融合蛋白。然后只需用紫外光对CFP进行激发，并检测GFP是否放出绿色荧光。如果能检测到绿色荧光，那么可以说明这两种蛋白可能有相互作用；反之，则是这两种蛋白没有相互作用。 ②酵母双、三杂交技术（in vivo） 酵母双杂交系统主要用于考察两种蛋白是否有相互作用，其原理是典型的真核生长转录因子，如GAL4、GCN4等都含有二个不同的结构域，即AD和BD。这些转录因子只有同时具有这两个结构域时才能起始转录。由此，设计不同的两个载体，一个含有AD基因（假设为A载体），另一个含有BD基因（假设为B载体）。 一般将一个已知蛋白的基因连在B载体上，作为诱饵(Bait)，将未知蛋白的基因连在A载体上，将这两个载体都转到特定的酵母细胞内，看未知蛋白与已知蛋白是否有相互作用。如果两者有相互作用，那么就可以启动报告基因的转录，从而使这个酵母细胞能在选择培养基上显现出来或者生存下来；如果两者无相互作用，那么报告基因就无法表达，那么这个酵母细胞就无法在择培养基上显现出来或者生存下来，如下图所示：
由于酵母双杂交系统不能鉴定膜蛋白间的相互作用，因此又发展出了分离泛素酵母双杂交系统。该系统的原理如下图所示： 如图所示，将泛素蛋白拆分为两个片段，即C端段(Cub)和N端段(NubG)，并在C端段的N端接上一个LexA-VP16转录因子，此时它并不能激活基因转录（因为它被限制在了C端段上，不能进入细胞核发挥作用）。 将该C端段连到一个膜蛋白上，将N端段连接到另一个膜蛋白上。若两个膜蛋白有相互作用，那么两个膜蛋白在相互靠近时会使泛素蛋白的N端段和C端段靠近结合，形成一个完整的泛素蛋白。此时泛素蛋白酶体会将这一段被泛素标记的片段降解，那么连接C端段的LexA-VP16转录因子掉落，即可进入细胞核启动标记基因的表达。 酵母三杂交的原理与双杂交一样，只是它研究的是两个蛋白和第三个成分间的相互作用，通过第三个成分使两个蛋白相互靠近。第三个成分可以是：蛋白、RNA或小分子，如下图所示： 如上图所示，在加入第三种成分前，蛋白X与蛋白Y之间并无直接相互作用，因此无法使BD和AD靠近，报告基因不能表达；当加入第三种成分后，蛋白X与蛋白Y的距离被拉近，BD和AD靠近，报告基因表达，从而可以被检测到。 ③ Pulldown技术（in vitro） Pulldown，即蛋白沉降技术，它是建立在蛋白质亲和层析的基础上的一种检测蛋白质间相互作用的分析方法。亲和层析的原理如下图所示，不同蛋白对配体的亲和程度不同，因此可以先将非特异结合的蛋白用低浓度缓冲液给清洗出去，只剩目的蛋白与层析柱结合，然后再用洗脱液将目的蛋白洗脱下来，达到纯化目的蛋白的作用。