临床基因扩增检验技术管理规范

临床基因扩增检验技术管理规范
临床基因扩增检验技术管理规范

省卫生厅办公室关于印发《江苏省临床基因扩增检验技术管理规范(试行)》的通知

苏卫办医〔2010〕76号

各市卫生局,厅直属有关医院:

为贯彻落实《医疗技术临床应用管理办法》,规范临床基因扩增检验技术的临床应用,保证检验质量和医疗安全,我厅组织制定了《江苏省临床基因扩增检验技术管理规范(试行)》,作为医疗机构、医务人员临床基因扩增检验技术临床应用能力审核、准入和监管的依据。现印发给你们,请遵照执行。

二〇一〇年六月二十四日

抄送:省医院协会、无锡市医管中心、中大医院、江大医院、省口腔医院。

附件:

江苏省临床基因扩增检验技术管理规范(试行)

为规范基因扩增检验技术的临床应用,保证检验质量和医疗安全,更好地为临床诊断和治疗服务,依据卫生部《临床基因扩增检验实验室管理暂行办法》(卫医发〔2002〕10号)和《临床基因扩增检验实验室工作规范》(卫检字〔2002〕8号),结合我省实际,特制定本规范。

本规范所称临床基因扩增检验技术是指以临床诊断和治疗为目的,以扩增检测核酸(DNA或RNA)为方法的检测技术;其管理涉及建立规范化实验室,采集人体的各种标本,利用临床基因扩增检验技术进行分子生物学检验,为临床提供医学检验服务并出具检验报告的全过程。

本规范不适用于基因芯片诊断技术的临床应用。

一、医疗机构基本要求

(一)医疗机构开展临床基因扩增检验技术应当与其功能和任务相适应。

(二)二级以上医院,有卫生行政部门核准登记的医学检验诊疗科目,有涉及生物安全的样本采集和处理的相应安全等级的实验室。

(三)必须严格遵循《临床基因扩增检验实验室管理暂行办法》(卫医发〔2002〕10号)附件《临床基因扩增检验实验室基本设置标准》,对实验室进行规范化设置和配备。

(四)实验室必须经过卫生部、省级卫生行政部门委托的部、省临床检验中心验收合格获得证书。

(五)必须使用经国家药品监督管理局(SDA)批准合格的临床检验试剂开展临床基因扩增检验项目。

(六)从事遗传病临床基因扩增检验的医疗机构,应具备相应的医学实验室诊断技术平台。

二、人员和环境基本要求

(一)临床基因扩增检验实验人员基本要求

1、具有检验或检验相关专业资质的本单位在职人员。

2、具有一定的分子生物学知识及实验操作经历,了解防污染和生物安全要点并熟练掌握相关仪器设备的使用操作。

3、必须经卫生部或省级卫生行政部门指定的部、省临床检验中心系统培训并考核合格,获得上岗证。

4、实验室人员配备应能满足日常工作需要,至少配备有2名以上的实验技术人员。

5、实验室专业主管应为本科以上学历、中级以上职称,并从事本专业工作2年以上者。

(二)临床基因扩增检验实验室环境基本要求

1、实验室布局、流程和面积符合《临床基因扩增检验实验室基本设置标准》要求,以及所需的电源、水源和温湿度符合实验工作要求。

2、不得与其他实验室混用,无尘、无磁场干扰及同位素污染。

3、必须有明示生物危害的标志,以及禁止无关人员入内的标志。

4、独立的通风设施、生物安全措施可保障实验人员身体健康。

三、技术管理基本要求

(一)按照《临床基因扩增检验实验室基本设置标准》筹建实验室。设置基本原则为有4个独立且完全隔离的工作区域包括试剂储存和准备区、标本制备区、扩增区以及产物分析区,如使用全自动分析仪,后二个区域可适当合并;各区有明确标识及专有仪器设备和清洁用具等,人流和物流单向流动。

(二)实验室建立后必须经省临床检验中心按《临床基因扩增检验实验室技术验收表》进行技术验收。验收合格并整改符合要求后,报省卫生厅备案核批并发给验收合格证书。以后每5年必须进行复审验收。

(三)建立“临床基因扩增检验实验室的质量手册”并进行试运行,经内部审核证实其运行有效。

(四)严格遵守《临床基因扩增检验实验室工作规范》并执行实验室质量手册的规定,开展临床基因扩增检验工作。

(五)建立技术人员技术档案,并制定培训计划,定期对实验人员进行再培训和继续教育。

(六)建立仪器设备技术档案,制定仪器设备的标准操作程序并落实到位,包括使用、维护保养和定期校准,并有校准合格的数据报告及证书,以保证仪器设备处于正常运行状态。

(七)建立质量保证措施和相应的检验项目标准操作规程,其范围涉及到整个临床基因扩增检验的所有阶段,包括测定分析前的标本采集处理、测定中的核酸提取、扩增和产物分析以及测定后的结果报告和解释等。

(八)开展临床基因扩增检验室内质量控制工作,包括合理选择阴性质控品、阳性质控品及其浓度,质控频度,质量控制方法和失控判断措施,以及相应的纠正措施及其效果评价。

(九)参加省级或卫生部临床检验中心组织的临床基因扩增检验室间质量评价活动,并对质评回报结果进行分析,制定纠偏措施并落实到位。

(十)实验室原始数据、质量控制和管理的相关资料应记录齐全,整理归档及时,且有安全保密措施。

四、其他管理要求

1、凡开展与基因扩增技术相关的如分子病理、遗传学等专业检测项目,以及基于基因扩增技术的分子杂交、基因突变、序列分析等技术均按照本规范执行,同时应符合卫生行政部门核准登记的相应诊疗科目要求以及卫生部有关诊疗规范要求进行,并建立严格保密制度等。

2、不同建筑位置、不同科室的实验室应分别进行技术验收和备案。

3、同一收费项目只允许在同一医疗机构的一个实验室开展,并严格执行国家物价、财务政策,按照规定收取相应的检验费用。以科研为目的的检测项目不得向临床出具检验报告,不得向病人收取任何费用。

全基因组扩增

全基因组扩增——微量DNA分析的金钥匙 来源:青年人(https://www.360docs.net/doc/e83054478.html,) 更新时间:2010/3/8 19:51:27 【字体:小大】 聚合酶链反应(PCR)技术的发展和应用使得微量甚至单个细胞DNA的分析成为可能,极大地促进了法医学、古生物学、分子诊断学和分子病理学的发展。但即便是对于非常敏感的PCR技术,许多材料所能提供的DNA量也只能用于一次或几次PC R反应。为能从少量细胞中最大限度的获取信息,全基因组扩增技术应运而生。 一、全基因组扩增的概念 全基因组扩增(whole genome amplification, WGA)是一组对全部基因组序列进行非选择性扩增的技术,其目的是在没有序列倾向性的前提下大幅度增加DNA的总量。常用的方法有IRS-PCR(interspersed repeat sequence PCR)[1]、LA-PCR(linker ada ptor PCR)[2]、T-PCR(Tagged-PCR)[3]、DOP-PCR(degenerate oligonucleotide pr imed PCR)[4]、PEP-PCR(primer extension preamplification PCR)[5]等。其中最具代表性方法是DOP-PCR和PEP-PCR。 DOP-PCR和PEP-PCR的基本原理都是通过其随机引物与基因组DNA多处退火从而使大部分基因组序列得到扩增。DOP-PCR的引物是由其3′和5′端的特异核苷酸序列和中间的6个核苷酸构成的随机引物组成。其PCR程序是先在低退火温度下进行几个循环的低严谨扩增,然后再提高退火温度,进行几十个循环的严谨扩增。由于DOP-PCR的引物3′端设计的是在基因组中高频出现的序列,因此,在首轮的低严谨扩增条件下能与基因组多处退火,从而将基因组普遍扩增。然后下一轮的严谨扩增中又将低严谨扩增的产物再次放大[4]。与DOP-PCR不同的是,PEP-PCR的引物是由15个随机核苷酸组成的完全随机引物。PCR由50个循环组成,每个循环的退火温度都是由37℃连续升温至55℃,从而确保不同组成的引物与尽可能多的基因组序列退火,使整个基因组得到放大[5]。 二、全基因组扩增的质量控制 全基因组扩增的主要目的是在如实反映基因组原貌的基础上最大限度地增加DNA 量。因此,扩增效率和保真性是衡量全基因组扩增技术优劣的主要标准,此外,扩增片段的大小对于序列较长的基因片段分析来讲也是一个重要因素。 (一)扩增效率 DOP-PCR和PEP-PCR均能较大幅度地扩增模板DNA的量。据Cheung等[6]报道,DOP -PCR可将原模板扩大12至2万倍,而且,模板量越少,扩增倍数越高,这主要是由于

临床基因扩增检验实验室基本设置标准

临床基因扩增检验实验室基本设置标准 根据《临床检验扩增检验实验室管理暂行办法》,制定本标准 一、临床基因扩增检验实验室区域设置原则 (一)临床基因扩增检验实验室区域设置原则 1、试剂储存和准备区 2、标本制备区 3、扩增反应混合物配制和扩增区 4、扩增产物分析区 如使用全自动分析仪,区域可适当合并。 (二)各工作区域必须有明确的标记,避免不同工作区域内的设备、物品混用。 (三)进入各工作区域必须严格按照单一方向进行,即试剂储存和准备区—>标本制备区—>扩增反应混合物配制和扩增区—>扩增产物分析区。 (四)不同的工作区域使用不同的工作服(例如不同的颜色)。工作人员离开各工作区域时,不得将工作服带出。 二、工作区域仪器设备配置标准 (一)试剂储存和准备区 1、2-8C和-15C冰箱 2、混匀器 3、微量加样器(覆盖1-1000ul) 4、移动紫外灯(近工作台面)

5、消耗品:一次性手套、一次性吸水纸、耐高压处理的离心管和加样器吸头(带滤心) 6、专用工作服和工作鞋 7、专用办公用品 (二)标本制备区 1、2-8C冰箱、-20C或-80C冰箱 2、高速台式冷冻离心机 3、混允器 4、水浴箱或加热模块 5、微量加样器(覆盖1-1000ul) 6、可移动紫外灯(近工作台面) 7、超净工作台 8、消耗品:一次性手套、一次性吸水纸、耐高压处理的离心管和加样器吸头(带滤心) 9、专用工作服和工作鞋 10、专用办公用品 如需处理大分子DNA,应具有超声波水浴仪。 (三)扩增反应混合物配制和扩增区 1、核酸扩增仪 2、微量加样器(覆盖1-1000ul) 3、可移动紫外灯(近工作台面) 4、消耗品:一次性手套、一次性吸水纸、耐高压处理的离心管

临床基因扩增检验实验室技术验收报告--仅供参考

临床基因扩增检验实验室技术验收报告 一.基因扩增检验实验室基本情况 (一)实验室所属法人单位名称: 地址: 邮编: 法定代表人: 实验室负责人: 联系人: email: 电话: 传真: (二)接受现场技术验收的实验室代表姓名及职务: 二. 验收依据:卫生部下发文《临床基因扩增检验实验室管理 暂行办法》和《临床基因扩增检验实验室工作规范》 三. 验收时间: 四. 验收评审地点: 五. 技术验收结论: □合格,建议授予验收合格证书;尚存在部份一般缺陷,缺陷为

项。 □基本合格,尚存在部份严重缺陷和一般缺陷,严重缺陷为项, 一般缺陷为项, 限期改进,改进后授予验收合格证书; □不合格,停止验收,实验室改进后需重新申请。 (一) 验收中发现的问题及意见: 附件1:临床基因扩增检验实验室技术验收表; 附件2:临床基因扩增检验实验室技术验收意见汇总表; 附件3:整改要求。 (二) 需要说明的其它问题:□如果有的话见附件4;□无。 (三) 验收评审员姓名及签名: 主评审员姓名: 签名: 评审员姓名: 签名: 签名: 签名: 协调员姓名: 签名: 签字时间: (四) 签字地点: 验收评审组意见:

附件1 临床基因扩增检验实验室技术验收表

(b)高速台式冷冻离心 机(视情况定) (c) 水浴箱和/或加热 模块 (d) 生物安全柜 (e)混匀器; (f)微量加样器; (g)可移动紫外灯;注:请在验收所选项打“ 序号 验收内容 验收意见 符 合 基 但 本 有 符 缺 合 陷 不 符 合 缺 此 项 暂 不 需 考 核 评论与说明 (h)专用工作服和工作 鞋;

临床基因扩增检验实验室工作规范

为使基因扩增检验技术有效地应用于临床,更好地为疾病的预防、诊断和治疗服务,保证检验质量,特制 定本规范。 一、临床基因扩增检验实验室的规范化设置及其管理 临床基因扩增检验实验室的规范化设置详见《临床基因扩增检验实验室管理暂行办法》(卫医发[2002】10号文)附件《临床基因扩增检验实验室基本设置标准》。为避免污染,必须严格遵循《临床基因扩增检验实验室设置标准》设置临床基因扩增检验实验室。 临床基因扩增检验实验室四个隔开的工作区域中每一区域都须有专用的仪器设备。各区域都必须有明确的标记,以避免设备物品如加样器或试剂等从其各自的区域内移出从而造成不同的工作区域间设备物品发生混淆。进入各个工作区域必须严格遵循单一方向顺序,即只能从试剂贮存和准备区、标本制备区、扩增反应混合物配制和扩增区(简称扩增区)至产物分析区,避免发生交叉污染。在不同的工作区域应使用不同颜色或有明显区别标志的工作服,以便于鉴别。此外,当工作者离开工作区时,不得将各区特定的工作服带出。 清洁方法不当也是污染发生的一个主要原因,因此实验室的清洁应按试剂贮存和准备区至扩增产物分析区的方向进行。不同的实验区域应有其各自的清洁用具以防止交叉污染。 (一)试剂贮存和准备区 下述操作在该区进行:贮存试剂的制备、试剂的分装和主反应混合液的制备。 贮存试剂和用于标本制备的材料应直接运送至试剂贮存和准备区,不能经过产物分析区。在打开含有反应混合液的离心管或试管前,应将其快速离心数秒。试剂

原材料必须贮存在本区内,并在本区内制备成所需的贮存试剂。当贮存试剂溶液经检查可用后,应将其分装贮存备用,避免由于经常打开反应管吸液而造成污染。 含反应混合液的离心管或试管在冰冻前都应快速离心数秒。大多数用于扩增 的试剂都应冰冻贮存。为避免因单次反应取液而频繁的冻融主贮存试剂,应分装冰冻贮存试剂溶液。贮存试剂的分装体积根据通常在实验室内一次测定所需的扩增反应数来决定。 主反应混合液的组成成份尤其是聚合酶的适用性和稳定性通过预试验来检查,评价结果必须有书面报告。对于“热启动”技术(在第一个高温变性步骤后加入酶),聚合酶也可不包含在主反应混合液中。 在整个本区的实验操作过程中,操作者必须戴手套,并经常更换。此外,操作中使用一次性帽子也是一个有效地防止污染的措施。 严禁用嘴吸取液体,加样器和吸头等必须经高压处理。 工作结束后必须立即对工作区进行清洁。本工作区的实验台表面应可耐受诸 如次氯酸钠的化学物质的消毒清洁作用。实验台表面的紫外照射应方便有效。由于紫外照射的距离和能量对去污染的效果非常关键,因此可使用可移动紫外灯(254nm 波长),在工作完成后调至实验台上60~90em 内照射。由于扩增产物仅几 百bp,对紫外线损伤不敏感,因此紫外照射扩增片段必须延长照射时间,最好 是照射过夜。实验室及其设备的使用必须有日常记录。 (二)标本制备区 下述操作在该区进行:临床标本的保存,核酸(RNA、DNA)提取、贮存及其加入 至扩增反应管和测定RNA时eDNA的合成。

CNAS-GL42 2016《基因扩增领域检测实验室认可指南》

CNAS-GL42 基因扩增领域检测实验室认可指南Guidance on the Accreditation in gene amplification Testing Laboratory 中国合格评定国家认可委员会

前言 本文件是对CNAS-CL62:2016《实验室认可准则在基因扩增领域检测实验室的应用说明》的解释和说明,并不增加其他的要求。 本文件为首次发布。

基因扩增领域检测实验室认可指南 1 适用范围 本指南旨在促进基因扩增领域检测实验室对认可技术的理解与执行。适用于申请认可的基因扩增检测实验室建立质量管理体系,已经认可的基因扩增检测实验室规范其质量和技术活动,也可供CNAS评审员在基因扩增检测实验室认可评审过程中参考使用。 2 引用文件 GB/T 6682 《分析实验室用水规格和试验方法》 GB/T 20001.4 《标准编写规则第4部分:试验方法标准》 4 管理要求 4.1 组织 4.1.2实验室有责任和义务保护本国的物种信息资源和基因资源,包括动物、植物和微生物等物种资源。 4.1.5 c)适用时,实验室应在保护客户的机密信息和所有权的政策和程序中体现医学伦理,在采集、接受样本及结果报告期间均应充分保护客户隐私。 4.4要求、标书和合同的评审 4.4.3 评审的内容应包括被实验室分包出去的任何工作,如基因测序工作等。4.4.5当核酸提取或基因扩增无法完时,应向客户做出说明。 注:测试样品过度加工、测试核酸样品含量不足或降解等原因,可能导致基因扩增无法进行。 4.6 服务和供应品的采购 4.6.2 分析过程所有实验仅用不含DNA酶和RNA酶的分析纯或生化试剂,所用的水应符合GB 6682一级水的要求。适用时,自制试剂使用前应高压灭菌,不宜高压灭菌的试剂应使用超滤设备(孔径0.22μm)除菌。 4.13 记录的控制 4.13.2 适用时,基因扩增检测中应包括以下技术记录信息:

基因扩增实验室检测项目及意义.

基因扩增实验室检测项目及意义 核心提示:基因扩增实验室检测项目及意义 项目临床意义标本种类 EB病毒DNA定量检测(EB 鼻咽癌早期筛查,恶性淋巴瘤传染性核细胞增多症 血清,鼻咽拭子 肺炎支原体DNA检测(MP非典型肺炎全血,咽拭子,肺泡灌洗液 肺炎衣原体DNA检测非典型肺炎全血,咽拭子,痰液 流行性出血热DNA检测流行病学调查报告全血 幽门螺旋体DNA检测(HP 慢性胃炎,胃溃疡,胃癌辅助治疗血清,胃液 呼吸道合胞病毒DNA检测呼吸道疾病,肺炎全血咽拭子,肺泡灌洗液 轮状病毒RNA检测腹泻粪便 乙肝病毒DNA耐药检测乙肝患者,病毒携带者,手术前后常规体检血清 结核杆菌DNA耐药检测TB 流行病学调查肌疗效观察,早期诊断全血,痰液,尿液,胸腹水脑脊液 庚型肝炎RNA检测HGV 庚肝患者病毒携带者血清 端粒酶RNA检测肿瘤血细胞TTV病毒DNA检测输血传染病毒全血 流感病毒DNA检测流感鼻咽分泌物 肿瘤Ras基因诊断肿瘤早期筛查白细胞 肿瘤p53基因诊断抑癌基因检测白细胞

人乳头瘤病毒HPV16.18 高致变性尖锐湿疣病理活检组织或渗出液腺病毒DNA检测Adv 腹泻咽拭子,咽喉洗液,脑脊液呼吸道合胞病毒RNA检测RSV 呼吸道感染咽拭子 柯萨奇病毒RNA检测CVB 病毒性心肌炎血清,咽拭子,尿液 性传播疾病(STD检测性病,泌尿感染分泌物,渗出物,尿液支原体同上同上 衣原体同上同上 淋病性传播疾病同上 梅毒性病血清 尖锐湿疣同上渗漏出液,破溃组织 单纯疱疹病毒DNA感染(HSV疱疹感染,优生优育全血,分泌物,脑脊液owtext .5pt" width=221> 尖锐湿疣 同上 渗漏出液,破溃组织 单纯疱疹病毒DNA感染(HSV 疱疹感染,优生优育 全血,分泌物,脑脊液

临床基因扩增检验实验室技术验收表

序 号验收内容 验收意见 符 合 基但 本有 符缺 合陷 不 符 合 缺 此 项 暂 不 需 考 核 评论与说明 1实验室设置和设备 1.1实验室原则上应分为四个区, 如使用全自动扩增检测仪,区 域可适当合并 1.2各工作区须有明确标记 1.3实验室设置应能有效地防止 PCR后区产物的污染。 1.4试剂贮存和准备区 (a)冰箱; (b)混匀器; (c)微量加样器; (d)可移动紫外灯; (e)专用工作服和工作 鞋; (f)消耗品(吸头、 一次性手套等); (g)专用实验记录本、 记号笔等。 1.5标本制备区 (a) 冰箱(2~8℃和-20℃或-80℃); (b) 高速台式冷冻离心机 (视情况定) (c) 水浴箱和/或加热模块 (d) 生物安全柜 (e) 混匀器; (f) 微量加样器; (g) 可移动紫外灯; 注:请在验收所选项打“

序号 验收内容 验收意见 符 合 基但 本有 符缺 合陷 不 符 合 缺 此 项 暂 不 需 考 核 评论与说明 (h) 专用工作服和工作鞋; (i) 消耗品(带滤心吸 头、一次性手套等); (j) 专用实验记录本、记 号笔等。 1.6扩增区 (a) 核酸扩增仪; (b) 微量加样器(视情况 定); (c) 可移动紫外灯; (d) 专用工作服和工作鞋; (e) 消耗品(带滤心吸头、 一次性手套等); (f) 专用实验记录本、记 号笔等。 1.7扩增产物分析区 (a) 微量加样器; (b) 可移动紫外灯; (c) 专用工作服和工作鞋; (d) 消耗品(带滤心吸头、 一次性手套等); (e) 专用实验记录本、记号 笔等。 2.设施和环境 2.1实验室的设施、工作区域、能 源、照明、温控、通风等 应便于检测工作的正常进行。 2.2实验室应配备温度湿度计、稳 压电源等。 2.3进入和使用实验室各区域应 有明确的限制和控制。 2.4应有实验室清洁、消毒制度及 相应用具; 注:请在验收所选项打“ ”。

12.《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》

《医疗机构临床基因扩增管理办法》 (卫办医政发〔2010〕194号) 第一章总则 第一条为规范医疗机构临床基因扩增检验实验室管理,保障临床基因扩增检验质量和实验室生物安全,保证临床诊断和治疗科学性、合理性,根据《医疗机构管理条例》、《医疗机构临床实验室管理办法》和《医疗技术临床应用管理办法》,制定本办法。 第二条临床基因扩增检验实验室是指通过扩增检测特定的DNA或RNA,进行疾病诊断、治疗监测和预后判定等的实验室,医疗机构应当集中设置,统一管理。 第三条本办法适用于开展临床基因扩增检验技术的医疗机构。 第四条卫生部负责全国医疗机构临床基因扩增检验实验室的监督管理工作。各省级卫生行政部门负责所辖行政区域内医疗机构临床基因扩增检验实验室的监督管理工作。 第五条以科研为目的的基因扩增检验项目不得向临床出具检验报告,不得向患者收取任何费用。 第二章实验室审核和设置 第六条医疗机构向省级卫生行政部门提出临床基因扩增检验实验室设置申请,并提交以下材料: (一)《医疗机构执业许可证》复印件; (二)医疗机构基本情况,拟设置的临床基因扩增检验实验室平面图以及拟开展的检验项目、实验设备、设施条件和有关技术人员资料; (三)对临床基因扩增检验的需求以及临床基因扩增检验实验室运行的预测分析。 第七条省级临床检验中心或省级卫生行政部门指定的其他机构(以下简称省级卫生行政部门指定机构)负责组织医疗机构临床基因扩增检验实验室的技术审核工作。 第八条省级临床检验中心或省级卫生行政部门指定机构应当制订医疗机构临床基因扩增检验实验室技术审核办法,组建各相关专业专家库,按照《医疗机构临床基因扩增检验工作导则》对医疗机构进行技术审核。技术审核办法报请省级卫生行政部门同意后实施。

PCR基因扩增实验室的规范化设置

PCR基因扩增实验室的规范化设置 为避免污染,必须严格遵循《临床基因扩增检验实验室设置标准》设置临床基因扩增检验实验室。临床基因扩增检验实验室四个隔开的工作区域中每一区域都须有专用的仪器设备。各区域都必须有明确的标记,以避免设备物品如加样器或试剂等从其各自的区域内移出从而造成不同的工作区域间设备物品发生混淆。进入各个工作区域必须严格遵循单一方向顺序,即只能从试剂贮存和准备区、标本制备区、扩增反应混合物配制和扩增区(简称扩增区)至产物分析区,避免发生交叉污染。在不同的工作区域应使用不同颜色或有明显区别标志的工作服,以便于鉴别。此外,当工作者离开工作区时,不得将各区特定的工作服带出。清洁方法不当也是污染发生的一个主要原因,因此实验室的清洁应按试剂贮存和准备区至扩增产物分析区的方向进行。不同的实验区域应有其各自的清洁用具以防止交叉污染。 (一)试剂贮存和准备区 下述操作在该区进行:贮存试剂的制备、试剂的分装和主反应混合液的制备。 贮存试剂和用于标本制备的材料应直接运送至试剂贮存和准备区,不能经过产物分析区。在打开含有反应混合液的离心管或试管前,应将其快速离心数秒。试剂原材料必须贮存在本区内,并在本区内制备成所需的贮存试剂。当贮存试剂溶液经检查可用后,应将其分装贮存备用,避免由于经常打开反应管吸液而造成污染。 含反应混合液的离心管或试管在冰冻前都应快速离心数秒。大多数用于扩增的试剂都应冰冻贮存。为避免因单次反应取液而频繁的冻融主贮存试剂,应分装冰冻贮存试剂溶液。贮存试剂的分装体积根据通常在实验室内一次测定所需的扩增反应数来决定。 主反应混合液的组成成份尤其是聚合酶的适用性和稳定性通过预试验来检查,评价结果必须有书面报告。对于"热启动"技术(在第一个高温变性步骤后

临床基因扩增检验实验室工作规范

临床基因扩增检验实验室工作规范 为使基因扩增检验技术有效地应用于临床,更好地为疾病的预防、诊断和治疗服务,保证检验质量,特制定本规范。 一、临床基因扩增检验实验室的规范化设置及其管理 临床基因扩增检验实验室的规范化设置详见《临床基因扩增检验实验室管理暂行办法》(卫医发[2002]10号文)附件《临床基因扩增检验实验室基本设置标准》。为避免污染,必须严格遵循《临床基因扩增检验实验室设置标准》设置临床基因扩增检验实验室。 临床基因扩增检验实验室四个隔开的工作区域中每一区域都须有专用的仪器设备。各区域都必须有明确的标记,以避免设备物品如加样器或试剂等从其各自的区域内移出从而造成不同的工作区域间设备物品发生混淆。进入各个工作区域必须严格遵循单一方向顺序,即只能从试剂贮存和准备区、标本制备区、扩增反应混合物配制和扩增区(简称扩增区)至产物分析区,避免发生交叉污染。在不同的工作区域应使用不同颜色或有明显区别标志的工作服,以便于鉴别。此外,当工作者离开工作区时,不得将各区特定的工作服带出。 清洁方法不当也是污染发生的一个主要原因,因此实验室的清洁应按试剂贮存和准备区至扩增产物分析区的方向进行。不同的实验区域应有其各自的清洁用具以防止交叉污染。(一)试剂贮存和准备区 下述操作在该区进行:贮存试剂的制备、试剂的分装和主反应混合液的制备。 贮存试剂和用于标本制备的材料应直接运送至试剂贮存和准备区,不能经过产物分析区。在打开含有反应混合液的离心管或试管前,应将其快速离心数秒。试剂原材料必须贮存在本区内,并在本区内制备成所需的贮存试剂。当贮存试剂溶液经检查可用后,应将其分装贮存备用,避免由于经常打开反应管吸液而造成污染。 含反应混合液的离心管或试管在冰冻前都应快速离心数秒。大多数用于扩增的试剂都应冰冻贮存。为避免因单次反应取液而频繁的冻融主贮存试剂,应分装冰冻贮存试剂溶液。贮存试剂的分装体积根据通常在实验室内一次测定所需的扩增反应数来决定。 主反应混合液的组成成份尤其是聚合酶的适用性和稳定性通过预试验来检查,评价结果必须有书面报告。对于"热启动"技术(在第一个高温变性步骤后加入酶),聚合酶也可不包含在主反应混合液中。 在整个本区的实验操作过程中,操作者必须戴手套,并经常更换。此外,操作中使用一次性帽子也是一个有效地防止污染的措施。 严禁用嘴吸取液体,加样器和吸头等必须经高压处理。

全基因组扩增技术

全基因组扩增(whole gemome amplification,WGA)是一组对全部基因组序列进行非选择性扩增 的技术,其目的是在没有序列倾向性的前提下大幅度增加DNA的总量。其基本原理为:采用 的多重置换扩增(MDA)技术,能对基因组DNA进行稳定的扩增。利用随机六碱基引物在多 个位点与模板DNA退火,接下来在高扩增效率和保真性的Phi29 DNA聚合酶在DNA的多个位 点同时起始复制,它沿着DNA模板合成DNA,同时取代模板的互补链。被置换的互补链又成为 新的模板来进行扩增,因此最终我们可以获得大量高分子量的DNA。 全基因扩增中使用独特的Phi 29 DNA聚合酶,该酶对于模板有很强的模板结合能力,能连续扩增100Kb的DNA模板而不从模板上解离。同时这种酶具有3’—5’外切酶活性,可以保证扩增的高保真性。目前市场上普遍采用Qiagen公司的Repli-g Mini Kit 系列全基因组试剂盒。本试剂盒的开发对国内用于全基因扩增领域有着广泛的应用前景。 可以从少量样本中稳定扩增全基因组DNA。该试剂盒的开发过程包括分离和扩增DNA的试剂,适用的样本广泛,包括已纯化的基因组DNA、全血、组织培养细胞、显微切割得到的细胞、速冻的组织切片、血浆血清中的细胞、口腔细胞、血斑。具有以下特点: 1.产物应用途径广阔 PCR(包括多重PCR、长片段PCR以及定量PCR)、克隆、文库构建、单倍型确定、测序、基 因芯片、遗传分析(片段差异、微卫星差异、单碱基差异、SNP、STR等)。 2、高产量 10ng基因组DNA经扩增后可产生〉15ug(20ul反应体系)的DNA反应产物,扩增倍数可达上 万倍。 3、扩增产物长度以及覆盖率有保证 这是我们公司全基因组扩增技术(多重置换扩增技术),这不是一个PCR过程。目前这个 技术比较流行,之前的技术已经有些过时。我们试剂盒里的BUFFER已经包含了引物,客 户无需另外购买。

PCR基因扩增实验室的要求

PCR基因扩增实验室的要求 1.目的:规定在各区内所进行的工作及其操作。 2.适用范围:所有在本区内进行的工作。 3.负责人:操作人: 4.程序: 实验室分四?区:试剂贮存、准备区;标本制备区;扩增区;产物分析区。进入各区严格按照单一方向进行,即试剂贮存、准备区——标本制备区——扩增区——产物分析区。各区及其设备、物品必须有明确的标记,严禁混用。 进入PCR实验室的工作人员(含卫生员),都必须遵守实验室的规则,尤其严格遵守进入PCR实验室的唯一流向。不可进入PCR扩增后区打扫卫生,再返回扩增前区工作。防止非本室工作人员串岗,进入本室。尤其不得为找人,而逆向误入PCR实验室。 总则 (1)PCR实验室工作人员应具备医学检验、微生物检验基本知识,并受过PCR实验的基础知识和技能培训。 (2)PCR实验室分试剂准备,样本准备,PCR扩增和产物分析四个室,各室的实验物品(含加样器,试管架, 吸头,记录纸,笔等),不得混用,须贴上标签予以 区别。

(3)实验室技术人员必须严格按照PCR实验室操作程序进行,包括实验室擦洗。台面消毒,离心管,吸头 的无菌灭活准备,仪器使用和废弃物处理等。(4)进入实验室的工作人员必须更换各室不同的工作服(含帽和鞋),勤换洗工作服,以及遵守实验室的唯 一流向的规定,严禁反向流动。 (5)进入PCR实验室后区的物品不许带进PCR实验室前区。每天实验开始前,必须清洁地面和消毒实验室 前区。实验结束应紫外线消毒实验台面。每天下班 前处理好废物,应关好水、电、煤气和门窗。(6)定期校准和维修PCR仪、酶标仪及离心机、水浴箱等仪器设备。 (7)实验室内不得饮食、吸烟。 4.1标本接收区 a.实验人员进入该区须穿本区白色工作服,接收标本须戴一次性手套。 b.记录实验室干、湿度,登记冰箱温度。使用带有本区标识的记录本、纸和笔,每项记录,书写工整详细。 c.对送检的标本实行双签制度,并仔细检查是否符合检 测要求,对有不符合要求的标本及时通知相关科室重新采样,并作记录,每份标本需给出唯一性编号。d.本区所有废弃物分类装入垃圾袋,封好,在垃圾筐上

医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则

医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则 一,临床基因扩增检验实验室的设计 (一)临床基因扩增检验实验室区域设计规划。原则上临床基因扩增实验室应当设置以下区域:试剂储存和准备区,标本制备区,扩增区,扩增产物分析区。这四个区域在物理空间上必须是完全相互独立的,各区域无论是在空间上还是在使用中,应当始终处于完全的分割状态,不能有空气的直接相通。根据使用仪器的功能,区域可适当合并。例如使用实时荧光PCR仪,扩增区,扩增产物分析区可合并;采用标本处理,核酸提取及扩增检测为一体的自动化分析仪,则标本制备区,扩增区,扩增产物分析区可合并。各区的功能是:1,试剂储存和准备区:贮存试剂的制备,试剂的分装和扩增反应混合液的准备,以及离心管,吸头等消耗品的贮存和准备。 2,标本制备区:核酸(RNA ,DNA)提取,贮存及其加入至扩增反应管。对于涉及临床标本操作,应符合生物安全二级实验室防护设备,个人防护和操作规范的要求。 3,扩增区:cDNA合成,DNA扩增及检测。 4,扩增产物分析区:扩增片段的进一步分析测定,如杂交,酶切电泳,变性高效液相分析,测序等。 (二)临床基因扩增检验实验室的空气流向。临床基因扩增检验实验室的空气流向可按照试剂储存的准备区→标本制备区→扩增区→扩增产物分析区进行,防止扩增产物顺空气气流进入扩增前的区域。可按照从试剂储存和准备区→标本制备区→扩增区→扩增产物分析区方向空气压力递减的方式进行。可通过安装排风扇,负压排风扇装置和其他可行的方式实现。(三)工作区域仪器设备配置标准。 1,试剂存储和准备区。 (1)2~8℃和-20℃以下的冰箱。 (2)混匀器。 (3)微量加样器(覆盖0.2~1000ul)。 (4)可移动紫外灯(近工作台面)。 (5)消耗品:一次性手套,耐高温处理的离心管和加样器吸头。 (6)专用工作服和工作鞋(套)。

基因扩增检验实验室技术审核申请书

附件1: 山东省临床基因扩增检验实验室 技术审核申请书 申报单位(盖章): 申报日期: 希望审核时间: 山东省卫生厅印制 二〇一一年三月十一日

山东省临床基因扩增检验实验室技术审核 申报材料目录 1.医疗机构设置临床基因扩增检验实验室正式申请; 2.《医疗机构执业许可证》复印件; 3.拟设基因扩增检验实验室的设置平面图; 4.拟设置基因扩增检验实验室医院的医疗卫生资源状况、对临床基因扩增检验实验室的需求情况以及实验室运行的预测分析; 5.检验报告样单(2份); 6.实验室技术审核相关表格; 7.实验室相关程序文件和标准操作程序(SOP); 8.其它有关质量文件名称或证明材料。

实验室技术审核相关表格 一、医院基本情况 医院名称 医院类别医院等次 地址邮政编码 联系电话传真电话 医院实际开放床位数医院业务用房建筑面积 m2医院在编人数人,其中卫生技术人员数人,管理人员数人; 法定代表人联系电话(办):(手机): 二、实验室情况 实验室负责人电子邮箱 联系电话办:手机:传真 实验室总人数人高级职称人数人,占 % 副高级职称人,占 % 中级职称人,占 % 初级职称人,占 % (一)技术队伍情况 1.实验室主要负责人 姓名性别出生 年月 年龄 学历学位职务职称所学专业毕业院校毕业年月工作简历:

主要著作及成果:

2.实验室工作人员一览表 序号姓名性别年龄 学历 (学位) 职务职称 所学 专业 毕业 时间 从事本专业时间 培训合格 证书号 备注 5

(二)主要仪器设备 序号仪器设备名称及编号型号规格数量生产厂家购买日期备注 6

全基因组关联分析的原理和方法

全基因组关联分析(Genome-wide association study;GWAS)是应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态性(single nucleotide ploymorphism,SNP)为分子遗传标记,进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析,通过比较发现影响复杂性状的基因变异的一种新策略。 随着基因组学研究以及基因芯片技术的发展,人们已通过GWAS方法发现并鉴定了大量与复杂性状相关联的遗传变异。近年来,这种方法在农业动物重要经济性状主效基因的筛查和鉴定中得到了应用。 全基因组关联方法首先在人类医学领域的研究中得到了极大的重视和应用,尤其是其在复杂疾病研究领域中的应用,使许多重要的复杂疾病的研究取得了突破性进展,因而,全基因组关联分析研究方法的设计原理得到重视。 人类的疾病分为单基因疾病和复杂性疾病。单基因疾病是指由于单个基因的突变导致的疾病,通过家系连锁分析的定位克隆方法,人们已发现了囊性纤维化、亨廷顿病等大量单基因疾病的致病基因,这些单基因的突变改变了相应的编码蛋白氨基酸序列或者产量,从而产生了符合孟德尔遗传方式的疾病表型。复杂性疾病是指由于遗传和环境因素的共同作用引起的疾病。目前已经鉴定出的与人类复杂性疾病相关联的SNP位点有439个。全基因组关联分析技术的重大革新及其应用,极大地推动了基因组医学的发展。(2005年, Science杂志首次报道了年龄相关性视网膜黄斑变性 GWAS结果,在医学界和遗传学界引起了极大的轰动,此后一系列GWAS陆续展开。2006年, 波士顿大学医学院联合哈佛大学等多个研究机构报道了基于佛明翰心脏研究样本关于肥胖的 GWAS结果 (Herbert等. 2006);2007年, Saxena等多个研究组联合报道了与 2型糖尿病( T2D )关联的多个位点, Samani等则发表了冠心病 GWAS结果( Samani 等. 2007); 2008年, Barrett等通过 GWAS发现了 30个与克罗恩病( Crohns ' disrease)相关的易感位点; 2009年, W e is s等通过 GWAS发现了与具有高度遗传性的神经发育疾病——自闭症关联的染色体区域。我国学者则通过对 12 000多名汉族系统性红斑狼疮患者以及健康对照者的GWAS发现了 5个红斑狼疮易感基因, 并确定了 4个新的易感位点( Han 等. 2009)。截至 2009年 10月,已经陆续报道了关于人类身高、体重、血压等主要性状, 以及视网膜黄斑、乳腺癌、前列腺癌、白血病、冠心病、肥胖症、糖尿病、精神分裂症、风湿性关节炎等几十种威胁人类健康的常见疾病的 GWAS结果, 累计发表了近万篇论文, 确定了一系列疾病发病的致病基因、相关基因、易感区域和 SNP变异。)标记基因的选择:

临床基因扩增实验室建设方案

临床基因扩增实验室建设方案 1、概述 临床基因扩增实验又称PCR实验,是专门用来检验新型冠状病毒、艾滋病、乙型肝炎、人乳头状瘤病毒等病毒感染性疾病的一种检测手段。它可以通过将病毒体内所含的基因进行扩增的方法,测出一些病毒含量不高的感染者体内是否含有特定的病毒。由于该检测方法可以测出普通检验难以检测岀的病毒并具有灵敏度高、特异性高、快捷、对样品要求低等优点,因此被临床医生广为认可,已广泛应用于医院的临床诊断和各防疫检测部门的疾病诊断。 新型冠状病毒(2019-nCoV)是人类分离的第七类冠状病毒。该病毒属于β属,有包膜,颗粒呈圆形或椭圆形,常为多形性,直径 60-140nm。其基因特征与SARS-CoV 和MERS-CoV 有明显区别。目前研究显示与蝙蝠SARS 样冠状病毒(bat-SL-CoVZC45)同源性达85%以上。病毒对紫外线和热敏感,56 度30分钟、乙醚、75%乙醇、含氯消毒剂、过氧乙酸和氯仿等脂溶剂均可有效灭活病毒。基于目前的流行病学调查和研究结果,新型冠状病毒潜伏期为1-14 天,多为3-7 天;传染源主要是新型冠状病毒感染的患者,无症状感染者也可能成为传染源;主要传播途径为经呼吸道飞沫和接触传播,在相对封闭的环境中长时间暴露于高浓度气溶胶情况下存在经气溶胶传播的可能,其他传播途径待明确;人群普遍易感。 2020 年01 月20 日国家卫健委公告:将新型冠状病毒感染的肺炎纳入《中华人民共和国传染病防治法》规定的乙类传染病,并采取

甲类传染病的预防、控制措施。并纳入《中华人民共和国国境卫生检疫法》规定的检疫传染病管理。实验活动暂按第二类病原微生物进行管理。因此,开展新冠病毒核酸检测需要在法律条规、人员环境、生物安全与防护以及质量控制等方面满足并符合国家相关技术规范要求。

MALBAC单细胞扩增技术简介

单细胞测序新技术-MALBAC简介 随着第二代测序平台的大规模普及,人类单倍型计划、千人基因组计划、癌症基因组计划、Meta-Hit计划等重大国际合作项目相继开展,将基因组研究日渐推向高潮。然而,迄今为止使用的测序材料无一例外都是大量细胞的混合DNA样本。一方面,在微生物生态学、癌症基因组、法医学、微量诊断、遗传印记等研究中,显然无法满足测序的mg级样品量需求;另一方面,细胞之间存在很大的异质性,对群体样品或混合样品进行研究得到的结果只是一群细胞中信号的平均值,或者只代表其中占优势数量的细胞信息。而单细胞全基因组扩增技术为解决以上难题打开了一扇崭新的大门。 全基因组扩增(Whole Genome Amplification, WGA)技术是一种对全部基因组序列进行非选择性、均匀扩增的技术,其目的是在没有序列偏向性的前提下大幅增加DNA的总量。 常用的WGA技术主要分为两种类型: 1.基于热循环以PCR为基础的WGA技术,如简并寡核苷酸引物PCR (Degenerate oligonucleotide primer PCR, DOP-PCR)、连接反应介导的PCR (ligation mediated PCR, LM-PCR)、扩增前引物延伸反应(Primer extension preamplification, PEP)等; 2.基于等温反应不以PCR为基础的WGA技术,如多重置换扩增(Multiple displacement amplification, MDA) 和基于引物酶的全基因组扩增(Primase-based whole genome amplification, pWGA)。 上述技术可以对少量样品进行扩增,但对于极微量样品进行全基因组扩增时往往会产生非特异的扩增假象,影响实验结果。为此,亿康基因(https://www.360docs.net/doc/e83054478.html,/)基于哈佛大学谢晓亮院士研究组研发的一项专利技术——多次退火环状循环扩增技术(Multiple Annealing and Looping Based Amplification Cycles,简称MALBAC)推出了单细胞全基因组/转录组测序服务,解决了基因组扩增对微量初始模板过大的扩增偏倚,使基因组测序的模板需求量从μg级降至单细胞水平。该技术及其在研究人类精子重组方面的独特应用已在顶级科学期刊《Science》公开发表。

基因扩增实验室各区工作制度

试剂准备区工作制度 一、实验人员进入该区须更换工作服,穿本区专用粉红工作服, 戴帽子、口罩及更换专用拖鞋。 二、实验员在试剂准备区接收标本、准备实验用的试剂。 三、实验员每天收齐标本,验收登记后,将标本通过传递 窗送入标本制备区。 四、在试剂准备区配置好试剂后放入冰箱内备用。需要时 通过传递窗送入标本制备区。 五、每天的标本及配置的试剂须登记记录,应书写工整详 细,使用本区专用的、带有本室标识的记录本、纸和 笔。 六、将本区所有废弃物分类装入垃圾袋,封口,在垃圾桶 上套好新的垃圾袋,将垃圾带出实验室。 七、实验后须使用含氯消毒液及75%的乙醇擦拭实验台 面,紫外灯消毒30分钟,记录紫外灯、冰箱、离 心机等仪器的使用情况。

标本制备区工作制度 一、实验人员进入该区须更换工作服,穿上本区专用白色工作服, 戴帽子、口罩及更换专用拖鞋。 二、把已准备好的试剂放入冰箱试剂存放专区暂存。 三、记录温湿度计读数、冰箱的温度。 四、严格按照SOP文件及试剂盒要求进行实验操作,加样好的PCR 管须通过传递窗送入扩增及产物分析区。 五、使用本区专用的移液器及吸头,使用过的离心管、吸头实验结 束后须高压消毒后方丢入垃圾袋,所有物品按有生物传染性危险品对待。 六、将本区所有废弃物分类装入垃圾袋,封口,在垃圾桶上 套好新的垃圾袋,将垃圾带出实验室。 七、使用本区专用的带有本区标识的记录本、纸和笔,其他区的用 品不得带入本区。 八、实验完毕关闭所有仪器,记录仪器使用时间和运行状态。 九、实验后须使用含氯消毒液及75%的乙醇擦拭实验台面,紫 外灯消毒30分钟,记录紫外灯、冰箱、离心机等仪器的使用情况。

临床基因扩增检验实验室管理暂行办法.doc

如对你有帮助,请购买下载打赏,谢谢! 临床基因扩增检验实验室管理暂行办法 第一章总则 第二章实验室设置和验收 第三章实验室监督管理 第四章附则 第一章总则 第一条 为规范临床基因扩增检验实验室管理,保证临床基因扩增检验质量,使临床诊断和治疗更为科学、合理,特制定本办法。 第二条 临床基因扩增检验技术指以临床诊断治疗为目的,以扩增检测DNA或RNA为方法的检测技术,如聚合酶链反应(PCR)、连接酶链反应(LCR)、转录依赖的放大系统(TAS)自主序列复制系统(3SR)和链替代扩增(SDA)等。 第三条 本办法适用于开展临床基因扩增检验的实验室。临床基因扩增检验实验室设立在二级以上医院。 第四条 临床基因扩增检验实验室必须使用经国家药品监督管理局批准的临床检验试剂开展临床基因扩增检验项目。 第五条 卫生部临床检验中心(以下简称卫生部临检中心)和省、自治区、直辖市临床检验中心(以下简称省临检中心)负责对所辖行政区域内临床基因扩增检验实验室的质量监督管理工作。 第二章实验室设置和验收 第六条 拟设置临床基因扩增检验实验室的医疗机构按照《临床基因扩增检验实验室基本设置标准》(见附件)筹建实验室;筹建完成后,由法定代表人向卫生部临检中心提出技术验收申请。申请时需提交以下材料: (一)《医疗机构执业许可证》复印件; (二)可行性研究报告; 1、拟设临床基因扩增检验实验室机构的所在地医疗卫生资源状况、本机构的基本情况、对临床基因扩增检验的需求以及临床基因扩增实验室运行的预测分析; 2、拟设临床基因扩增检验实验室的设置平面图; 3、拟设临床基因扩增检验实验室将开展的检验项目、实验设备条件和有关技术人员资料 第七条 卫生部临检中心和省临检中心共同组织相关专业的专家组(以下简称专家组),按照《临床基因扩增检验实验室基本设置标准》对提出申请的临床基因扩增检验实验室进行技术验收。验收完成后,在20日内将验收报告寄送至申请机构。 第八条 经专家组技术验收合格的医疗机构将本办法第六条规定的材料及专家组验收报告送至省级行政部备案。在将符合规定的全部材料送达省级卫生行政部门后15日内未收到省级卫生行政部门不同意的意见,方可开展专家组技术验收合格的临床基因扩增检验项目。 第九条 未经专家组验收合格并报省级卫生行政部门备案的医疗机构不得擅自开展临床基因扩增检验项目。 第三章实验室监督管理

《医疗机构临床基因扩增管理办法》

《医疗机构临床基因扩增管理办法》 (卫办医政发〔2010〕194号) (2010年12月13日发布施行) 第一章总则 第一条为规范医疗机构临床基因扩增检验实验室管理,保障临床基因扩增检验质量和实验室生物安全,保证临床诊断和治疗科学性、合理性,根据《医疗机构管理条例》、《医疗机构临床实验室管理办法》和《医疗技术临床应用管理办法》,制定本办法。 第二条临床基因扩增检验实验室是指通过扩增检测特定的DNA或RNA,进行疾病诊断、治疗监测和预后判定等的实验室,医疗机构应当集中设置,统一管理。 第三条本办法适用于开展临床基因扩增检验技术的医疗机构。 第四条卫生部负责全国医疗机构临床基因扩增检验实验室的监督管理工作。各省级卫生行政部门负责所辖行政区域内医疗机构临床基因扩增检验实验室的监督管理工作。 第五条以科研为目的的基因扩增检验项目不得向临床出具检验报告,不得向患者收取任何费用。 第二章实验室审核和设置 第六条医疗机构向省级卫生行政部门提出临床基因扩增检验实验室设置申请,并提交以下材料: (一)《医疗机构执业许可证》复印件; (二)医疗机构基本情况,拟设置的临床基因扩增检验实验室平面图以及拟开展的检验项目、实验设备、设施条件和有关技术人员资料; (三)对临床基因扩增检验的需求以及临床基因扩增检验实验室运行的预测分析。 第七条省级临床检验中心或省级卫生行政部门指定的其他机构(以下简称省级卫生行政部门指定机构)负责组织医疗机构临床基因扩增检验实验室的技术审核工作。 第八条省级临床检验中心或省级卫生行政部门指定机构应当制订医疗机构临床基因扩增检验实验室技术审核办法,组建各相关专业专家库,按照《医疗机构临床基因扩增检验工作导则》对医疗机构进行技术审核。技术审核办法报请省级卫生行政部门同意后实施。 第九条医疗机构通过省级临床检验中心或省级卫生行政部门指定机构组织的技术审核的,凭技术审核报告至省级卫生行政部门进行相应诊疗科目项下的检验项目登记备案。 第十条省级卫生行政部门应当按照《医疗机构临床实验室管理办法》和《医疗机构临床检验项目目录》开展医疗机构临床基因扩增检验项目登记工作。

基因组学技术与原理v2

第2代测序技术 共同点:1、首先也是将基因组DNA随机切割成小片段DNA分子,然后在体外给这些小片段分子的末端连接上接头制成文库,也可以使用配对标签(mate-paired tag)制成跨步文库(jumping libraries)。2、通过原位polon、微乳液PCR(emulsion PCR)或桥式PCR(bridge PCR)等方法获得测序模板。这些方法有一个共同点,那就是任何一个小片段DNA分子的PCR扩增产物都是在空间上聚集的:原位polony法和桥式PCR法中所有的产物都集中在平板的某处,在微乳液PCR法(emulsion PCR)中所有的产物都集中在微珠的表面。3、真正的测序反应本身和传统测序法一样,是由重复的聚合酶促反应和最后的荧光读取分析反应组 一、ABI SOLiD技术平台 SOLiD使用连接法测序获得基于“双碱基编码原理”的SOLiD颜色编码序列,随后的数据分析比较原始颜色序列与转换成颜色编码的参考序列,把SOLiD颜色序列定位到reference上,同时校正测序错误,并可结合原始颜色序列的质量信息发现潜在SNP位点。 (1) 测序实验流程: 1、文库制备:随机片段文库、末端配对文库 2、模板磁珠制备:油包水微型反应体系; DNA片段在磁珠上扩增 3、磁珠固定:磁珠随机固定在测序玻片表面;可增大每个测序玻片上的磁珠密度 4、边连接边测序:四色荧光标记寡核苷酸;边连接边测序 5、测序引物重置:每一个模板选用5个引物进行连接反应测序 (2) 技术特点: 高通量,SOLiD 4.0每个测序反应能够获得50G的数据量; 高准确性,每个DNA碱基检测2次,增加了序列读取的准确性; 高稳定性,测序时采用连接反应,有效地解决了多聚核苷酸序列难读取的问题; 系统中两个独立控制的流动池和条码标定技术运用可以在单个测序中做很多不同的样品。 (3)详细过程 1. SOLiD文库构建 使用SOLiD测序时,可根据实际需要,制备片段文库(fragment library)或末端配对文库(mate-paired library)。制备片段文库就是在短DNA片段(60~110 bp)两端加上SOLiD接头(P1、P2 adapter)。而制备末端配对文库,先通过DNA环化、Ecop15I酶切等步骤截取长DNA片段(600bp到10kb)两末端各25 bp进行连接,然后在该连接产物两端加上SOLiD接头。两种文库的最终产物都是两端分别带有P1、P2 adapter的DNA双链,插入片段及测序接头总长为120~180 bp。 2 油包水PCR 文库制备得到大量末端带P1、P2 adapter但内部插入序列不同的DNA双链模板。和普通PCR一样,油包水PCR 也是在水溶液进行反应,该水相含PCR所需试剂,DNA模板及可分别与P1、P2 adapter结合的P1、P2 PCR引物。但与普通PCR不同的是,P1引物固定在P1磁珠球形表面 (SOLiD将这种表面固定着大量P1引物的磁珠称为P1磁珠)。PCR反应过程中磁珠表面的P1引物可以和变性模板的P1 adapter负链结合,引导模板合成,这样一来,P1引物引导合成的DNA链也就被固定到P1磁珠表面了。 油包水PCR最大的特点是可以形成数目庞大的独立反应空间以进行DNA扩增。其关键技术是“注水到油”,基本过程是在PCR反应前,将包含PCR所有反应成分的水溶液注入到高速旋转的矿物油表面,水溶液瞬间形成无数个被矿物油包裹的小水滴。这些小水滴就构成了独立的PCR反应空间。理想状态下,每个小水滴只含一个DNA模板和一个P1磁珠,由于水相中的P2引物和磁珠表面的P1引物所介导的PCR反应,这个DNA模板的拷贝数量呈指数级增加,PCR反应结束后,P1磁珠表面就固定有拷贝数目巨大的同来源DNA模板扩增产物。 3. 含DNA模板P1磁珠的固定 SOLiD测序反应在SOLiD玻片表面进行。含有DNA模板的P1磁珠共价结合在SOLiD玻片表面。磁珠是SOLiD测序的最小单元。每个磁珠SOLiD测序后形成一条序列。 4. SOLiD双碱基编码原理及测序流程 SOLiD“双碱基编码原理”实质上是阐明了荧光探针的颜色类型与探针编码区碱基对的对应关系。SOLiD连接反应的底物是8碱基单链荧光探针混合物。连接反应中,这些探针按照碱基互补规则与单链DNA模板链配对。探针5’末端可分别标记“CY5,Texas Red,CY3,6-FAMTM”4种颜色的荧光染料,并且这四种颜色用数字“3,2,1,0”示

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