常用生物学软件简介

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https://www.360docs.net/doc/053027889.html,/ 1. Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能：a) 已知一个PC R引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列。b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。c) 对环型DNA片段，设计反向PCR引物。d) 设计多重PCR引物。e) 为LCR反应设计探针，以检测某个突变是否出现。f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。g) 同源序列查找，并根据同源区设计引物。

h) 增强了的引物/探针搜寻手段。设计引物过程中，可以“Lock”每个参数，如Tm值范围和引物3’端的稳定性等。i) 以多种形式存储结果；支持多用户，每个用户可保存自己的特殊设置。

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Oligo 6.71 Demo（引物设计软件）：https://www.360docs.net/doc/053027889.html,/Soft/2006/112.htm

Oligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估）

Oligo 6 Tour 主要功能介绍

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2．Vector NTI Suite是一套功能最全，而且界面最美观，最友好的分子生物学应用软件包。主要包括四个大型软件，它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。Vector⑴NTI：作为Vecto r NTI Suite的核心组成部分，它可以在生物研究的全过程中提供数据组织和序列编辑的软件支持。Vector NTI 是以一种窗口形式，且支持项目组织的数据库来完成这一功能的；通过这个数据库，可以保存和组织大部分的实验数据，比如：基因结构、载体、序列片断、引物、蛋白质、多肽、电泳Markers和限制性内切酶等。实际上，该数据库还支持对Vector NTI Suite中各种小型的绘图和结果展示工具的管理。Vector NTI 可以按照用户要求设计克隆策略。用户只需提供克隆载体，外源片断序列，明确载体克隆的大致位置或酶切位点，其它工作由软件完成。设计结果以图文形式输出到屏幕；最后根据客户定制的条件进行模拟电泳。Vector NTI 还具有强大的设计和评估PCR引物、测序引物和杂交探针功能。BioPlot⑵：BioPlot

是一个对蛋白质和核酸序列进行各种理化特性分析的综合性工具，它是一种方便的桌面程序。和其他程序不同的是，BioPlot可以绘制50种以上预定制的蛋白质特征图谱，如疏水性和抗原性；并将序列与特征图谱和活性序列区域一一对应。BioPlot还可以对核酸序列进行8种不同类型的分析，如：退火温度、自由能和GC含量等。AlignX⑶：AlignX可以对多个蛋白质或核酸序列进行同源比较，以寻找不同序列之间的同源区域或相似性很高序列中的不同碱基，并绘制进化树；为下一步设计PCR引物、探针及研究系统发育提供基础。AlignX可以识别所有标准TXT格式，如FASTA、GeneBank、EMBL、SWISS－PROT、GenPept

和ASCII Text。ContigExpress⑷：Contig Express是用来对多个小核酸片段进行拼接而形成连续的长序列。这些小片段可以是Text序列，也可以是直

接从自动测序仪得到的测序图。它用同一个浏览窗口来组织序列片段和拼接结果，同时还有一个由多个子窗口组成的窗口将序列和它们的特性测序图及拼接示意图分别对应。拼接的结果可以直接保存成GeneBan k、EMBL或FASTA文件。Vector NTI Suite⑸其他功能：支持多用户。提供PubMed/Entrez－Search、B last Search、Blast Viewer和3D－Mol(用来看PDB文件)等在线工具。

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Vector NTI7.0 中文使用手册

Vector NTI Suite 9.1 Demo（综合性蛋白核酸分析工具包）https://www.360docs.net/doc/053027889.html,/Soft/2007 /460.htm

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3．DNAStar 是一款基于Windows和Macintosh平台的序列分析软件，特点是操作简单，功能强大。主

要由7部分组成：EditSeq①：用来将DNA或蛋白质序列的数据输入计算机的工具，同时还具有编辑已有序列的功能。EditSeq可识别FASTA, Genbank, ABI, GCG以及ASCII Text文件，同时也支持键盘输入和直接从自动序列分析图谱上读取序列。②MapDraw：酶切图谱分析，克隆实验设计，分析及处理实验结果等。同时还具有绘制质粒图谱的功能。GeneQuest③：帮助查找和注释DNA序列中的基因和其他特征序列，包括ORFs，剪接位点，转录因子结合位点，重复序列和酶切位点等。MegAlign④：对DNA或蛋白质序列进行同源比较，有六种不同的对准算法供用户选择。在同源比较的同时，能很快输出进化树和进化距离等数据。Protean⑤：分析和预测蛋白质结构，提供各种分析方法并以图形的格式输出结果，显示蛋白质分子的各种理化特性以及例如抗原决定族等功能区的预测功能。PrimerSelect⑥：设计PCR引物、测序引物和探针。SeqMan II⑦：多序列拼接。最多支持64000条序列的同时拼接。在拼接前可以对序列进行修正，对自动测序的序列结果可除去污染序列或载体序列。

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DNAStar（综合性序列分析软件）

DNAStar中文使用说明书

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4．GeneDoc是蛋白质和DNA序列同源比较的辅助软件，它不能对多个序列以某种算法进行自动比较，但是能对其他软件的比较结果进一步处理。如编辑和修改，用亮丽的色彩来区分相互间序列的同源性，并输出各种漂亮的图形格式；还进一步可以报告为进化树的格式。

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GeneDoc 2.7.0（多序列比对与分析软件）

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5．DNAman是一个专业序列分析软件包，与Windows95/98Me/NT/2000完美兼容，功能强大且容易上手；更难能可贵的是，它提供了目前最好的质粒作图及克隆路线绘制组件。DNAman的功能包括：DNA和蛋白质序列的编辑；DNA序列文件格式的转换；多个序列（包括DNA和蛋白质序列）的同源比较以及对比较结果的编辑分析等；进化树的绘制和分析；DNA或蛋白质序列的点阵比较；DNA序列的拼接及分析；实现与INTERNET的无缝连接，直接完成Blast等工作；Motif查找；限制性酶谱分析；根据不同MM子表完成DNA－蛋白质的翻译；蛋白质理化特性分析及二级结构预测；PCR引物及探针的设计和评估；绘制高质量的质粒图谱和克隆路线图。

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DNAMAN.full.version.v5.2.2汉化版

一步一步教你用DNAMAN作质粒图

序列分析软件DNAMAN 的使用方法简介

DNAMAN使用手册（An Integrated System for Sequence Analysis ）

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6．Winplas 2.7一般用来绘制发表质量的质粒图，结果用作论文或教材等的质粒插图。其特性包括：可以根据已知序列自动生成质粒图，也可以根据笾苯踊嬷浦柿Ｍ迹豢啥寥肽壳按蟛糠值男蛄懈袷轿募苯右胄蛄行畔ⅲ换嫱脊δ馨 ǎ何坏惚昵┧得鳌⑷我馕恢梦淖植迦搿⑸ 刹释肌⑾咝曰蚧沸涡蛄谢嬷疲唤峁墒涑龅郊籼宕佣迦胛牡担 ⒖墒涑鑫髦滞枷裎募 ?br />

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winplas2.7 绿色汉化版（质粒绘图的专业软件）

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7．Reference Manager是一个搜索和管理文献的工具软件，可以通过在线关键词搜索PubMed和609个Z39.50数据库中的专业资料, 同时保存查找的资料为本地文件，以利于管理。它可以与WORD挂接，从而在文档编辑的过程中直接从Reference Manager查找并插入引用。

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Reference manager 11 中文使用手册

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8．Melanie 3是著名的Melanie 2D电泳图谱分析软件包的第3代产品，由瑞士生物信息研究院开发。它为2D凝胶图谱的分析、注解和查询提供了一个All－in－one的解决方案。该软件包使用方便，功能强大，为各种简单的或大尺度的2D凝胶图谱的比较研究提供全面的分析手段。该软件包的构思和功能同时满足了专家和初学者的需要，重要的是它对凝胶图谱的自动和交互式的分析方式，极大地方便了用户的使用。无论是对凝胶的识别、定量还是匹配，Melanie都能胜任。内容广泛的注解方案、高超的统计和分类能力、万能的搜索引擎和智能的报告功能，使得该软件成为了名副其实的新一代2D凝胶分析软件。事实上，一般科研工作者研究的数据来源是多渠道的，为了满足这种需要，Melanie 3支持大多光谱测定数据，同时通过本地网络或Internet网，实现了与其他外部数据链接。

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Melanie 3 Viewer（图像处理类生物软件）

http://www.expasy.ch/melanie/

9．TotalLab是一个完整的图像分析应用程序包，随着该软件推出和功能的完善，可以说，它将会带来实验室的一场革命。TotalLab软件包由几大部本集合而成，它们是：1D电泳图谱分析，基因芯片分析，菌落计算和扫描功能。每一个组件都从同一界面运行，该界面被称为TotalLab控制中心。也就是说，TotalLab 可以直接分析1D凝胶图谱、点杂交、微量滴定板、其他阵列以及通过扫描仪得到的菌落图像等等。其实，给人印象最深的特点是它的使用简单的界面。TotalLab是目前实验室使用软件中最友好的一个，程序中的分析功能都设计得尽可能地灵活且操作简单。该软件所分析的图像可通过各种图像摄取设备输入，无论是复杂的射线图及荧光图谱，还是标准的凝胶自动成像系统

和桌面扫描仪，都能被自动识别。正是由于TotalLab功能强，使用简便，且能与目前的所有Windows系统都能很好地兼容，所以只要一个实验室有了TotalLab，加上紫外灯以及一台数码相机或扫描仪，就可以组建起自己的凝胶自动成像系统。

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TotalLab 2.0 评估版（凝胶电泳图像图像分析软件）

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10．InStat 绝大多数的统计软件都是由统计数家来设计的，其目的也是为了方便统计学家的使用。这些软件都具有各自的个性和极强的功能。但是作为一个普通的科学研究人员，往往被他们那厚厚的说明书、晦涩的统计学术语和高昂的价格所困。GraphPad InStat与他们不同的是，他是由科学家自己为自己的使用而设计的。下面是你应该选择InStat的四个理由：首先，InStat可以一步一步地引导你地使用，这样就大大方便了你对该软件的掌握，毫不夸张地说，你甚至可以在几秒的时间里学会该软件的使用。第二，In

Stat可以通过对你的数据提出若干问题的方法来帮助你挑选一个合适的测试方法，你甚至没有必要知道你所需要的测试方法的名字。如果你还没有把握的话，还可以参考软件提供的帮助页面，在里面你将会得到相关统计原因的解释。第三，InStat并不在意你是否是一个专业统计人员，他所最终提供的统计结果是用简单的语言和很少的统计术语来展示。第四，通常，在统计软件中，很容易对一个正确的问题而得到一个错误的回答，为此，InStat提供了一种独特的分析检测列表。你可以两次核对那些没有违反测试假设的数据，以及你所选择的测试方法，当然该方法应该与你的实验设计相匹配。

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11．Prism主要包括非线性回归、基础生物统计和科学绘图三个方面的功能。Prism的独特设计会大大提高用户分析、作图和组织实验数据的效率。该软件的突出特点主要有以下几个方面：自动误差校对并从重复估计值中计算出误差值；简单的一步法非线性回归分析；直接从列表中选择方程式，并由Prism完成余下的工作；简单易懂的帮助系统，在每个选择和结果的后面都以显示其基本原理；自动更新，能在数据输入的过程中修复错误，并自动更新结果、图表和版面。自动程序分析，当重复一个实验时，能一步完成改实验的数据分析和图表的绘制；记录所有工作过程，并将记录结果保存为一个特定格式的文件。由于每一步都是有关联的，你可以随时折回以前的工作步骤。

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GraphPad PRISM 4.0 demo(生物学统计、曲线拟合以及作图软件)

http://www.prism.uvsq.fr/

12．Origin是一个高级科学绘图和数据分析软件，它具有处理速度快，通用性强和界面友好等特点；同时提供了去除边缘数据功能和各种绘图工具。作为最新的版本，Origin6.0能更好地与Windows系统兼容，同时易用性、功能和速度都有了进一步的提

高。你能很方便地导入数据或者直接打开Excel数据。只需通过简单地点击鼠标，就可以极快且毫不费力地产生一系列地2D和3D曲线图。对着对象双击鼠标，得到一个专用对话框后就可以修改曲线图的组成元素。另外，Origin突出的分析功能还包括各种描述性的统计、区分、综合、筛选、FFT、线性及非线性的曲线装配和最高峰查询等。最终的曲线图可以导出为EPS、AI、JPEG和其他通用的图形文件格式。

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13．SigmaPlot 在对数据进行长时间的收集和分析后，你就有了简洁而有精确展示结果的需要。可以肯定的是，你能用电子制表或数据分析软件来产生一个图表，但是那样会消耗大量的时间，剩下来真正做研究的时间就会大打折扣。有了SigmaPlot，将会极大地提高你的图表绘制和分析能力，得到发表质量的图表。科学工作者可根据自己的需要来定制SigmaPlot，从而设计出任何结果输出的解决方案。为此，该软件提供了大量图表绘制分析选项：技术性轴向刻度、多轴显示和多向交叉的3－D图表等等。通过SigmaPlot的智能界面和操作向导，你就可以一步一步地绘制表格同时进行数据分析。在生成个性图表时的灵活性，以及输出结果时的速度，都会超出你的想象。

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https://www.360docs.net/doc/053027889.html,/SigmaPlot/index.cfm

14．ChemWindow6.0 是由Bio－Rad公司最新推出的一款化学绘图的综合软件包，它的最大卖点就是能绘制几乎任何复杂程度的化学结构图和化学实验工具器械的示意图。使用ChemWindow，能够绘制出出版质量的化学结构和化学反应图、实验室装备和化学工艺流程图等。为了提高绘图的速度和可操作性，该软件提供了3个不同类别的素材库，它们是：1.分别按名称归类且可编辑的有机化学和药理学结构式，共45 00个；2. 130个实验室玻璃器皿构件，极易组合成各种实验设备；3. 250个工程符号，用以构建工艺流程图表。ChemWindow具有智能化的适时保存工具，使得用户可以在打乱结构图后可以自动复原并显示分子聚合体以及每个片段所在位置。另外，该版本提供了一些新的功能，如：最新标记工具、纽曼设计、角化反应、设计工作台、标签原子和支持真彩色等。

常用分子生物学软件简介

常用分子生物学软件简介公司内部编号：（GOOD-TMMT-MMUT-UUPTY-UUYY-DTTI-

常用分子生物学软件一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。Arraypro Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix? Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境后后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster

斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显着性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具二、RNA二级结构。 RNA Structure RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由Turner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退

细胞生物学常用研究方法

Southern杂交: 是体外分析特异DNA序列的方法，操作时先用限制性内切酶将核DNA或线粒体DNA切成DNA片段，经凝胶电泳分离后，转移到醋酸纤维薄膜上，再用探针杂交，通过放射自显影，即可辨认出与探针互补的特殊核苷序列。将RNA转移到薄膜上，用探针杂交，则称为Northern杂交。 RNAi技术: 是指在进化过程中高度保守的、由双链RNA（double-stranded RNA，dsRNA）诱发的、同源mRNA高效特异性降解的现象。由于使用RNAi技术可以特异性剔除或关闭特定基因的表达，所以该技术已被广泛用于探索基因功能和传染性疾病及恶性肿瘤的基因治疗领域。可以利用siRNA或siRNA表达载体快速、经济、简便的以序列特异方式剔除目的基因表达，所以现在已经成为探索基因功能的重要研究手段。 Southern杂交一般利用琼脂糖凝胶电泳分离经限制性内切酶消化的DNA片段，将胶上的DNA变性并在原位将单链DNA片段转移至尼龙膜或其他固相支持物上，经干烤或者紫外线照射固定，再与相对应结构的标记探针进行杂交，用放射自显影或酶反应显色，从而检测特定DNA分子的含量]。扫描电镜技术：是用一束极细的电子束扫描样品，在样品表面激发出次级电子，次级电子的多少与样品表面结构有关，次级电子由探测器收集，信号经放大用来调制荧光屏上电子束的强度，显示出与电子束同步的扫描图像。细胞显微分光光度计：用来描述薄膜、涂层厚度超过1微米的物件的光学性能的显微技术。免疫荧光技术：将免疫学方法(抗原抗体特异结合)与荧光标记技术结合起来研究特异蛋白抗原在细胞内分布的方法。由于荧光素所发的荧光可在荧光显微镜下检出，从而可对抗原进行细胞定位。电镜超薄切片技术：超薄切片是为电镜观察提供极薄的切片样品的专门技术。用当代较好的超薄切片机，大多数生物材料，如果固定、包埋处理得合适，可以切成50-100微米的超薄切片。 Northern印迹杂交（Northern blot）。这是一种将RNA从琼脂糖凝胶中转印到硝酸纤维素膜上的方法。放射自显影技术：放射自显影技术是利用放射性同位素的电离辐射对乳胶（含AgBr或AgCl）的感光作用，对细胞内生物大分子进行定性、定位与半定量研究的一种细胞化学技术。放射自显影技术（radioautography；autoradiography）用于研究标记化合物在机体、组织和细胞中的分布、定位、排出以及合成、更新、作用机理、作用部位等等。其原理是将放射性同位素（如14C和3H）标记的化合物导入生物体内，经过一段时间后，将标本制成切片或涂片，涂上卤化银乳胶，经一定时间的放射性曝光，组织中的放射性即可使乳胶感光。核磁共振技术：可以直接研究溶液和活细胞中相对分子质量较小(20，000 道尔顿以下)的蛋白质、核酸以及其它分子的结构，而不损伤细胞。 DNA序列分析：在获得一个基因序列后，需要对其进行生物信息学分析，从中尽量发掘信

常用生物学软件简介

网址： https://www.360docs.net/doc/053027889.html,/ 1. Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能：a) 已知一个PC R引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列。b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。c) 对环型DNA片段，设计反向PCR引物。d) 设计多重PCR引物。e) 为LCR反应设计探针，以检测某个突变是否出现。f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。g) 同源序列查找，并根据同源区设计引物。 h) 增强了的引物/探针搜寻手段。设计引物过程中，可以“Lock”每个参数，如Tm值范围和引物3’端的稳定性等。i) 以多种形式存储结果；支持多用户，每个用户可保存自己的特殊设置。网址： Oligo 6.71 Demo（引物设计软件）：https://www.360docs.net/doc/053027889.html,/Soft/2006/112.htm Oligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估） Oligo 6 Tour 主要功能介绍 https://www.360docs.net/doc/053027889.html,/ 2．Vector NTI Suite是一套功能最全，而且界面最美观，最友好的分子生物学应用软件包。主要包括四个大型软件，它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。Vector⑴NTI：作为Vecto r NTI Suite的核心组成部分，它可以在生物研究的全过程中提供数据组织和序列编辑的软件支持。Vector NTI 是以一种窗口形式，且支持项目组织的数据库来完成这一功能的；通过这个数据库，可以保存和组织大部分的实验数据，比如：基因结构、载体、序列片断、引物、蛋白质、多肽、电泳Markers和限制性内切酶等。实际上，该数据库还支持对Vector NTI Suite中各种小型的绘图和结果展示工具的管理。Vector NTI 可以按照用户要求设计克隆策略。用户只需提供克隆载体，外源片断序列，明确载体克隆的大致位置或酶切位点，其它工作由软件完成。设计结果以图文形式输出到屏幕；最后根据客户定制的条件进行模拟电泳。Vector NTI 还具有强大的设计和评估PCR引物、测序引物和杂交探针功能。BioPlot⑵：BioPlot 是一个对蛋白质和核酸序列进行各种理化特性分析的综合性工具，它是一种方便的桌面程序。和其他程序不同的是，BioPlot可以绘制50种以上预定制的蛋白质特征图谱，如疏水性和抗原性；并将序列与特征图谱和活性序列区域一一对应。BioPlot还可以对核酸序列进行8种不同类型的分析，如：退火温度、自由能和GC含量等。AlignX⑶：AlignX可以对多个蛋白质或核酸序列进行同源比较，以寻找不同序列之间的同源区域或相似性很高序列中的不同碱基，并绘制进化树；为下一步设计PCR引物、探针及研究系统发育提供基础。AlignX可以识别所有标准TXT格式，如FASTA、GeneBank、EMBL、SWISS－PROT、GenPept 和ASCII Text。ContigExpress⑷：Contig Express是用来对多个小核酸片段进行拼接而形成连续的长序列。这些小片段可以是Text序列，也可以是直接从自动测序仪得到的测序图。它用同一个浏览窗口来组织序列片段和拼接结果，同时还有一个由多个子窗口组成的窗口将序列和它们的特性测序图及拼接示意图分别对应。拼接的结果可以直接保存成GeneBan k、EMBL或FASTA文件。Vector NTI Suite⑸其他功能：支持多用户。提供PubMed/Entrez－Search、B last Search、Blast Viewer和3D－Mol(用来看PDB文件)等在线工具。网址： Vector NTI7.0 中文使用手册 Vector NTI Suite 9.1 Demo（综合性蛋白核酸分析工具包）https://www.360docs.net/doc/053027889.html,/Soft/2007 /460.htm https://www.360docs.net/doc/053027889.html,/solutions/vectornti/index.html 3．DNAStar 是一款基于Windows和Macintosh平台的序列分析软件，特点是操作简单，功能强大。主

生物信息学软件及使用概述

生物信息学软件及使刘吉平 liujiping@https://www.360docs.net/doc/053027889.html, 用概述生物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m

生物信息学是一门新兴的交叉学生物信息学的概念：科，它将数学和计算机知识应用于生物学，以获取、加工、存储、分类、检索与分析生物大分子的信息，从而理解这些信息的生物学意义。生物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m

分析和处理实验数据和公共数据，生物信息学软件主要功能 1.2.提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验 3.实验数据的自动化管理 4.寻找、预测新基因及其结构、功能 5.蛋白质高级结构及功能预测（三维建模，目前研究的焦点和难点）生物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m

功能1. 分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间 ?核酸：序列同源性比较，分子进化树构建，结构信息分析，包括基元(Motif)、酶切点、重复片断、碱基组成和分布、开放阅读框（ORF ），蛋白编码区（CDS ）及外显子预测、RNA 二级结构预测、DNA 片段的拼接； ?蛋白：序列同源性比较，结构信息分析（包括Motif ，限制酶切点，内部重复序列的查找，氨基酸残基组成及其亲水性及疏水性分析)，等电点及二级结构预测等等； ?本地序列与公共序列的联接，成果扩大。生物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m

Antheprot 5.0 Dot Plot 点阵图 Dot plot 点阵图能够揭示多个局部相似性的复杂关系生物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m

常用生物软件大汇总(精)

常用生物软件大汇总序列综合分析 Vector NTI Suite 8.0 不喜欢装备各种专业性强的软件,而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理(增加、修改、查找,对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定(数据->分析->结果(显示、保存和入库三步完成。在分析主界面,软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作,生成重组分子策略和实验方法,进行限制酶片段的虚拟电泳,新建输入各种格式的分子数据、加以注释,输出高质量的图像。Vector NTI Suite 还有以下独立的分析程序,完成相关分析。这些独立的程序,可以通过选定->分析->结果三步调用。 l 3DMol-显示PDB格式分子的三维结构 l Align X-序列相似性比较 l Align Xblocks-序列局部完全相同比较 l ContigExpress-将小片段拼装成长序列 l GCGConverter-GCG格式文件转换成NTI的格式 l PubMed/Entrez Search-搜索PubMed、PDB、GenBank l Back Translation-核酸->蛋白->核酸反向翻译的工具 l Matrix Editor-矩阵数据编辑 l Tools Manager-连接其他程序和网络连接的界面。分成Align、Analyze、Assemble、Tools四部分。

DNAStar5.03即著名的Lasergene Suite,由EditSeq MegAlign、GeneQuest MapDraw PrimerSelect Protean SeqMan II七个模块组成,该软件的MegAlign模块,可以对多达64000的片段进行拼装。整个拼装过程即时显示,并提示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。DNAstar是哈佛大学医学院是使用的序列分析软件,可见其功能强大。 Omiga 2.0实际上,大部分对核酸蛋白的序列分析功能,在Omiga 2.0中都能找到;而且界面非常友好。Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件,它还兼有引物设计的功能。主要功能:编辑、浏览、蛋白质或核酸序列,分析序列组成。用Clustal. W 进行同源序列比较,发现同源区。实现了核酸序列与其互补链之间的转化,序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及转化为RNA链,以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。查找核酸限制性酶切位点、基元(Motif及开放阅读框(ORF,设计并评估PCR、测序引物。查找蛋白质解蛋白位点(Proteolytic Sites、基元、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格的显示,表格设有多种分类显示形式。利用Mange 快捷键,用户可以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基元、开放阅读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。每一数据库中都设有多种查寻参数,可供选择使用。用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。可从MacVectorTM、Wisconsin PackageTM等数据库中输入或输出序列。另外,该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析,对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。 DS gene :Omiga 2.0的换代产品,accelrys公司Discovery studio系列,accelrys 公司的insight II,GCG是业内蛋白分析和核酸分析的权威软件,DS gene 是GCG 的个人机简版,功能强大,而且可以直接与GCG服务器相连。由于受到vector NTI 的界面影响,DS gene 与Omiga 2.0相比界面有了很大的改变。 DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司(Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.97年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能,可进行DNA,RNA,蛋白质序列的编辑和分析,甚至还能进行质粒作图、

最常用生物软件大全介绍讲解

一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。

3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具二、RNA二级结构。 RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA

(完整版)第三章细胞生物学研究方法总结

第三章细胞生物学研究方法第一节细胞形态结构的观察方法分辨率：肉眼0.2mm 光镜0.2μm 电镜0.2nm 一、光学显微镜技术（light microscopy ）（一）普通复式光学显微镜技术 a ．光学放大系统：目镜和物镜光镜照明系统：光源、折光镜和聚光镜，有时另加各种滤光片组成机械和支架系统 b ．分辨率D ：分开两个质点间的最小距离。 0．61 λ 其中： λ为光源波长 D ＝ α为物镜镜口张角 N ·sinα/2 N 为介质折射率 c.普通光镜样品制备：固定（如甲醛）、包埋（如石蜡）、切片（约5μm）、染色（二）荧光显微镜技术（fluorescence microscopy 光镜水平对特异蛋白定性定位） 1．FM 包括免疫荧光技术和荧光素直接标记技术 2．不同荧光素的激发光波长范围不同，所以同一样品可以同时用两种以上荧光素标记。荧光显微镜中只有激发荧光可以成像。（三）激光共焦点扫描显微镜技术（laser scanning confocal microscopy ） 1．特点：瞬间只用很小一部分光照明，保证只有来自焦平面的光成像，成像清晰分辨率比普通荧光显微镜提高1.4－1.7倍。通过改变焦平面位置可以观察较厚样品的内部构造，进行三维重构。 2．共焦点是指物镜和聚光镜同时聚焦到同一小点。（四）相差和微分干涉显微镜技术 1．相差显微镜（phase-contrast microscopy ）光线通过不同密度物质产生相位差，相差显微镜将其变成振幅差。它与普通光镜的不同是其物镜后有一块“相差板”，夸大了不同密度造成的相位差。 2．微分干涉显微镜（differential －interference microscopy ）——用的是平面偏振光光经棱镜折射成两束，通过样品相邻部位，再经棱镜汇合，使样品厚度上的微小差别转化为明暗区别，使样品产生很强的立体感。二、电子显微镜技术（electron microscope ）（一）电子显微镜基本知识 1．与光镜的基本区别：电子束作光源、电磁透镜聚焦、镜筒高真空、荧光屏等成像 2．分辨本领与有效放大倍数：分辨率0.2nm ，比肉眼放大有效放大倍数分辨本领指电镜处于最佳状态下的分辨率。实际情况中，分辨率受样品限制。 3．电子显微镜电子束照明系统：电子枪、聚光镜基本构造成像系统：物镜、中间镜、投影镜等真空系统：用两级真空泵不断抽气记录系统：荧光屏或感光胶片成像（二）主要电镜制样技术介绍

常用分子生物学软件简介

常用分子生物学软件一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix?Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具二、RNA二级结构。 RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由T urner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。RNAdraw中一个非常非常重要的特征是鼠

常用分子生物学和细胞生物学实验技术介绍

常用分子生物学和细胞生物学实验技术介绍 (2011-04-23 11:01:29)转载▼ 标签：分子生物学细胞生物学常用实用技术基本实验室技术生物学实验教育常用的分子生物学基本技术核酸分子杂交技术由于核酸分子杂交的高度特异性及检测方法的灵敏性，它已成为分子生物学中最常用的基本技术，被广泛应用于基因克隆的筛选，酶切图谱的制作，基因序列的定量和定性分析及基因突变的检测等。其基本原理是具有一定同源性的原条核酸单链在一定的条件下（适宜的温室度及离子强度等）可按碱基互补原成双链。杂交的双方是待测核酸序列及探针（probe）,待测核酸序列可以是克隆的基因征段，也可以是未克隆化的基因组DNA和细胞总RNA。核酸探针是指用放射性核素、生物素或其他活性物质标记的，能与特定的核酸序列发生特异性互补的已知DNA或RNA片段。根据其来源和性质可分为cDNA探针、基因组探针、寡核苷酸探针、RNA探针等。固相杂交固相杂交（solid-phase hybridization）是将变性的DNA固定于固体基质（硝酸纤维素膜或尼龙滤膜）上，再与探针进行杂交，故也称为膜上印迹杂交。斑步杂交（dot hybridization）是道先将被测的DNA或RNA变性后固定在滤膜上然后加入过量的标记好的DNA或RNA探针进行杂交。该法的特点是操作简单，事先不用限制性内切酶消化或凝胶电永分离核酸样品，可在同一张膜上同时进行多个样品的检测；根据斑点杂并的结果，可以推算出杂交阳性的拷贝数。该法的缺点是不能鉴定所测基因的相对分子质量，而且特异性较差，有一定比例的假阳性。印迹杂交（blotting hybridization） Southern印迹杂交：凝胶电离经限制性内切酶消化的DNA片段，将凝胶上的DNA 变性并在原位将单链DNA片段转移至硝基纤维素膜或其他固相支持物上，经干烤固定，再与相对应结构的已标记的探针进行那时交反应，用放射性自显影或酶反应显

生物常用软件学习

Excel 提速12招 https://www.360docs.net/doc/053027889.html,生物谷网站Excel是一个全能的电子表格，它功能强大、操作方便，除了可以快速地生成、格式化各种表格外，还可以对表格中的数据完成很多数据库的功能。下面向您介绍几个快速使用Excel的方法技巧。 1、快速启动Excel。若您日常工作中要经常使用Excel，可以在启动Windows时启动它，设置方法：（1）启动“我的电脑”进入Windows目录，依照路径“Start Menu\Programs\启动”来打开“启动”文件夹；（2）打开Excel 所在的文件夹，用鼠标将Excel图标拖到“启动”文件夹，这时Excel的快捷方式就被复制到“启动”文件夹中，下次启动Windows就可快速启动Excel了。若Windows已启动，您可用以下方法快速启动Excel。方法一：双击“开始”菜单中的“文档”命令里的任一Excel工作簿即可。方法二：用鼠标从“我的电脑”中将Excel应用程序拖到桌面上，然后从快捷菜单中选择“在当前位置创建快捷方式”以创建它的快捷方式，启动时只需双击其快捷方式即可。 2、快速获取帮助。对于工具栏或屏幕区，您只需按组合键Shift＋F1，然后用鼠标单击工具栏按钮或屏幕区，它就会弹出一个帮助窗口，上面会告诉该元素的详细帮助信息。 3、快速移动或复制单元格。先选定单元格，然后移动鼠标指针到单元格边框上，按下鼠标左键并拖动到新位置，然后释放按键即可移动。若要复制单元格，则在释放鼠标之前按下Ctrl即可。 4、快速查找工作簿。您可以利用在工作表中的任何文字进行搜寻，方法为：(1)单击工具栏中的“打开”按钮，在“打开”对话框里，输入文件的全名或部分名，可以用通配符代替；(2)在“文本属性”编辑框中，输入想要搜寻的文字，最好是您认为是唯一的单词或短语，以便搜寻更容易成功；(3)选择“开始查找”即可。在找到满足条件的文件前，“打开”对话框的状态栏都会显示“找到了0个文件”的信息，您应该耐心等待，只有当“打开”按钮由灰化状态变成可用状态时，才表明搜寻结束。 5、快速打印工作表。若选择“文件”菜单中“打印”命令来打印，会出现“打印”对话框让您选择，程序繁琐。若要跳过该对话框，您可以单击“常用”工具栏上的“打印”按钮或者按下Shift键并单击“打印预览”按钮，Excel将使用“选定工作表”选项打印。 6、快速切换工作表。按Ctrl＋PageUp组合键可激活前一个工作表，按Ctrl＋PageDown组合键可激活后一个工作表。您还可用鼠标去控制工作表底部的标签滚动按钮快速地移动工作表的名字，然后单击工作表进行切换。 7、快速切换工作簿。对于较少工作簿切换，可单击工作簿所在窗口。要对多个窗口下的多个工作进行切换，用“窗口”菜单最方便。“窗口”菜单的底部列出了已打开了工作簿的名字，要直接切换到一个工作簿，从“窗口”菜单选择它的名字即可。“窗口” 菜单最多能列出9个工作簿，若多于9个，“窗口”菜单则包含一个名为“多窗口”的命令，选用该命令，则出现一个按字母顺序列出所有已打开的工作簿名字的对话框，只需单击其中需要的名字即可。 8、快速插入Word表格。Excel可以处理Word表格中列出的数据，您可用以下方法快速插入Word表格：(1)打开Word表格所在的文件；(2)打开要处理Word表格的Excel文件，并调整好两窗口的位置，以便能看见表格和要插入表格的区域；(3)选中Word中的表格；(4)按住鼠标左键，将表格拖到Excel窗口中，松开鼠标左键将表格放在需要的位置即可。 9、快速链接网上的数据。您可以用以下方法快速建立与网上工作簿中数据的链接：(1)打开Internet上含有需要链接数据的工作簿，并在工作簿选定数据，然后单击“编辑”菜单的“复制”命令；(2)打开需要创建链接的Excel工作簿，在需要显示链接数据的区域中，单击左上角单元格；(3)单击“编辑”菜单中的“选择性粘贴”命令，在“选择性粘贴”对话框中，选择“粘贴链接”按钮即可。若您想在创建链接时不打开Internet工作簿，可单击需要链接处的单元格，然后键入(=)和URL地址及工作簿位置，如：=https://www.360docs.net/doc/053027889.html,/[filel.xls]。

第三章细胞生物学研究方法总结

第三章细胞生物学研究方法第一节细胞形态结构的观察方法分辨率：肉眼0.2mm 光镜0.2μm 电镜0.2nm 一、光学显微镜技术（light microscopy ）（一）普通复式光学显微镜技术 a ．光学放大系统：目镜和物镜光镜照明系统：光源、折光镜和聚光镜，有时另加各种滤光片组成机械和支架系统 b ．分辨率D ：分开两个质点间的最小距离。 0．61 λ 其中： λ为光源波长 D ＝ α为物镜镜口张角 N ·sin α/2 N 为介质折射率 c.普通光镜样品制备：固定（如甲醛）、包埋（如石蜡）、切片（约5μm ）、染色（二）荧光显微镜技术（fluorescence microscopy 光镜水平对特异蛋白定性定位） 1． FM 包括免疫荧光技术和荧光素直接标记技术 2．不同荧光素的激发光波长范围不同，所以同一样品可以同时用两种以上荧光素标记。荧光显微镜中只有激发荧光可以成像。（三）激光共焦点扫描显微镜技术（laser scanning confocal microscopy ） 1．特点：瞬间只用很小一部分光照明，保证只有来自焦平面的光成像，成像清晰分辨率比普通荧光显微镜提高1.4－1.7倍。通过改变焦平面位置可以观察较厚样品的内部构造，进行三维重构。 2．共焦点是指物镜和聚光镜同时聚焦到同一小点。（四）相差和微分干涉显微镜技术 1．相差显微镜（phase-contrast microscopy ）光线通过不同密度物质产生相位差，相差显微镜将其变成振幅差。它与普通光镜的不同是其物镜后有一块“相差板”，夸大了不同密度造成的相位差。 2．微分干涉显微镜（differential －interference microscopy ）——用的是平面偏振光光经棱镜折射成两束，通过样品相邻部位，再经棱镜汇合，使样品厚度上的微小差别转化为明暗区别，使样品产生很强的立体感。二、电子显微镜技术（electron microscope ）（一）电子显微镜基本知识 1．与光镜的基本区别：电子束作光源、电磁透镜聚焦、镜筒高真空、荧光屏等成像 2．分辨本领与有效放大倍数：分辨率0.2nm ，比肉眼放大分辨本领指电镜处于最佳状态下的分辨率。实际情况中，分辨率受样品限制。 3．电子显微镜电子束照明系统：电子枪、聚光镜基本构造成像系统：物镜、中间镜、投影镜等真空系统：用两级真空泵不断抽气记录系统：荧光屏或感光胶片成像（二）主要电镜制样技术介绍制样要求：①要求样品很薄（数十纳米） ②要求保持精细结构 1．超薄切片技术 ①固定：保持样品形态结构，甚至超微和分子水平上结构。固定剂：常用饿酸（OsO 4）和戊二醛等，另外有物理方法如高频微波。

常用生物信息学软件

常用生物信息学软件一、基因芯片 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix? Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JA V A语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JA V A运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster）分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JA V A语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview 增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具三、序列综合分析 V ector NTI Suite 8.0 不喜欢装备各种专业性强的软件，而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理（增加、修改、查找），对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定（数据）->分析->结果（显示、保存和入库）三步完成。在分析主界面，软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作，生成重组分子策略和实验方法，进行限制酶片段的虚拟电泳，新建输入各种格式的分子数据、

分子生物学分析常用软件

https://www.360docs.net/doc/053027889.html,/forum.php?mod=viewthread&tid=42540&fromuid=1149670 常用分子生物学软件的入门介绍一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix?Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 https://www.360docs.net/doc/053027889.html,/forum.php?mod=viewthread&tid=42540&fromuid=1149670

细胞生物学技术

第二章第三章第四章电镜 1.电镜、分辨率、透射电子、二次电子、电子束、超薄切片、免疫电镜技术电镜：以电电子束为光源，电磁场为透镜，利用电子散射产生的信号进行显微成像的具有高分辨率和放大倍率的显微镜。电镜用于研究组织和细胞的超微结构分辨率：用于表示人眼和光学仪器能够辨别的两点之间最小距离的标志。人0.2mm，光镜0.2um。分辨率是衡量电镜性能的重要指标。透射电子：当样品厚度小于100nm时，部分电子可穿透样品，将穿透样品的电子叫做透射电子。（利用透射电子信息成像的称为透射电镜）二次电子：在入射电子的轰击下,样品表面5-50 nm 深度激发出来的电子称为二次电子。（利用二次电子信息成像的称为扫描电镜）电子束：又称电子射线，电子束带负电荷，具有光的波动性、可折射性。电镜利用电子束作为“光源”成像。超薄切片：将环氧树脂包埋的组织块切成100nm以下的薄切片称为超薄切片，超薄切片经电子染色后在TEM下观察组织细胞内部的超微结构。 immune electron microscopy：免疫电镜技术是将免疫学方法与电子显微镜技术相结合，利用抗原与抗体特异结合的特性，在超微结构水平定位特异大分子的技术。 2.电镜在医学领域的应用观察细胞器和组织器官的超微结构；观察病毒和细菌等；观察组织细胞超微病理结构；用于临床疾病的诊断；观察生物材料复合体及模式生物等 3. 从分辨率、放大倍率、成像信号、样品制备、图像特点和应用几方面对透射电镜和扫描电镜进行比较 TEM分辨率为0.1nm，放大倍率是100万倍，成像信号为透射电子信号成像，样品制备过程复杂，要制成50～100nm的超薄切片，图像特点为二维结构，平面图像，TEM用于观察组织细胞内部的超微结构。 SEM分辨率为0.6nm，放大倍率是80万倍，成像信号为二次电子信号成像，样品制备方法较简单，标本可大而厚，图像特点为三维结构图像，立体感较强，SEM 用于观察样品表面及其断面立体形貌。

常用生物信息学软件介绍

常用生物学软件简介 1. Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能： a) 已知一个PCR引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列。b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。 c) 对环型DNA片段，设计反向PCR引物。d) 设计多重PCR引物。e) 为LCR反应设计探针，以检测某个突变是否出现。f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。 g) 同源序列查找，并根据同源区设计引物。 h) 增强了的引物/探针搜寻手段。设计引物过程中，可以“Lock”每个参数，如Tm 值范围和引物3’端的稳定性等。 i) 以多种形式存储结果；支持多用户，每个用户可保存自己的特殊设置。网址： https://www.360docs.net/doc/053027889.html,/ 2． Vector NTI Suite是一套功能最全，而且界面最美观，最友好的分子生物学应用软件包。主要包括四个大型软件，它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。Vector⑴ NTI：作为Vector NTI Suite的核心组成部分，它可以在生物研究的全过程中提供数据组织和序列编辑的软件支持。Vector NTI 是以一种窗口形式，且支持项目组织的数据库来完成这一功能的；通过这个数据库，可以保存和组织大部分的实验数据，比如：基因结构、载体、序列片断、引物、蛋白质、多肽、电泳Markers和限制性内切酶等。实际上，该数据库还支持对Vector NTI Suite 中各种小型的绘图和结果展示工具的管理。Vector NTI 可以按照用户要求设计克隆策略。用户只需提供克隆载体，外源片断序列，明确载体克隆的大致位置或酶切位点，其它工作由软件完成。设计结果以图文形式输出到屏幕；最后根据客户定制的条件进行模拟电泳。Vector NTI 还具有强大的设计和评估PCR引物、测序引物和杂交探针功能。BioPlot⑵：BioPlot是一个对蛋白质和核酸序列进行各种理化特性分析的综合性工具，它是一种方便的桌面程序。和其他程序不同的是，BioPlot可以绘制50种以上预定制的蛋白质特征图谱，如疏水性和抗原性；并将序列与特征图谱和活性序列区域一一对应。BioPlot还可以对核酸序列进行8种不同类型的分析，如：退火温度、自由能和GC含量等。AlignX⑶：AlignX可以对多个蛋白质或核酸序列进行同源比较，以寻找不同序列之间的同源区域或相似性很高序列中的不同碱基，并绘制进化树；为下一步设计PCR引物、探针及研究系统发育提供基础。AlignX 可以识别所有标准TXT格式，如FASTA、GeneBank、EMBL、SWISS－PROT、GenPept 和ASCII Text。ContigExpress⑷：Contig Express是用来对多个小核酸片段进行拼接而形成连续的长序列。这些小片段可以是Text序列，也可以是直

细胞培养与细胞生物学常用技术

目录实验一软琼脂克隆形成 (2) 实验二细胞划痕愈合 (4) 实验三细胞活力检测 (6) 实验四细胞免疫荧光 (8) 实验五细胞转染 (12) 实验六细胞总RNA提取 (15) 实验七逆转录反应 (18) 实验八Real Ｔｉme PCＲ……………………………………………2０

实验一软琼脂克隆形成【原理】正常情况下，贴壁生长的细胞必须依附在固体基质上才能生长,将其悬浮于液体或半固体基质中培养则难以增殖，这种现象称为锚定依赖性生长(anchorage dｅpｅnｄeｎｔｇrｏwｔh）。而某些细胞在在被转化后,例如恶性肿瘤细胞，可以不依赖固体基质,在半固体(琼脂、甲基纤维素）培养基中也可增殖并形成细胞集落,这种现象称为锚定非依赖性生长(anｃhoｒage ｉndepｅnｄentｇrｏwtｈ)。锚定非依赖性生长是肿瘤细胞的一种标识，也是检测恶性转化细胞较为准确的标志之一。软琼脂克隆形成技术，则是在体外水平检测肿瘤细胞和转化细胞系锚定非依赖性生长能力最常用的手段之一。该技术利用低熔点琼脂糖模拟体内细胞所处的半固体状态,并将细胞消化成单细胞,使细胞处于不贴壁及单细胞状态。经过三周左右的生长，通过比较克隆形成率,来比较不同细胞或同一种细胞在不同的处理之后的转化及锚定非依赖生长的能力。因此，软琼脂克隆形成实验是肿瘤研究领域一种重要的体外检测技术。【材料】 1、仪器：CＯ2培养箱、倒置显微镜、超净工作台、酒精灯、高压灭菌锅、水浴锅; 2、试剂:ＤMEM培养基、胎牛血清、无水乙醇、75%乙醇、PBS 溶液、0.25%胰酶溶液、低熔点琼脂糖；