医学图像分割与三维重建

医学图像分割与三维重建
医学图像分割与三维重建

摘 要

医学图像三维重建是通过计算机图形学、数字图像处理技术、计算机可视化以及人机交互等技术,把二维的医学图像序列转换为三维图像在屏幕上显示出来,并根据需要为用户提供交互处理手段的理论、方法和技术。图像分割是进行图像三维重建的必要准备,图像分割效果的优劣直接影响三维重建在医学领域的应用。医学图像分割和三维重建将数字图像处理技术和计算机图形学应用在了在生物医学工程中,该应用涉及到计算机图形学、图像处理技术、生物医学工程等多种技术,该领域的研究多学科交叉的,在医学诊断、手术规划及医学教学等方面有很高的应用价值,是近年来的计算机应用技术的一个研究热点。

医学图像分割与三维重建是两个不可分割的相关领域。本文研究了基于区域的图像分割和基于边缘的两种图像分割方法在医学图像处理中的应用,并在实验中利用ITK提供的区域生长法成功分割出肝脏、脊柱和肺脏等人体组织器官;三维重建算法分为两类:面绘制和直接体绘制。面绘制从三维体数据中抽取目标对象等值面,通过传统的图形学方法进行渲染;体绘制技术则将整个体数据进行可视化显示,使医生可以通过设置适当的参数调节后观察医学数据的三维内部结构信息。本文研究了光线投射体绘制算法、错切变形法和基于纹理映射的体绘制算法,以及Marching Cubes面绘制算法的实现机制和适用范围,并利用VTK提供的三维重建算法对不同人体部位的组织和器官实现了重建实验。

本文主要研究了医学图像分割与三维重建技术的应用。在对医学图像分割和三维重建基础理论以及三维重建相关的三维切割技术进行研究和实验的基础上,结合医学图像分割开发工具包ITK(Insight ToolKit)和可视化开发包VTK(Vislual ToolKit),以及ActiveX开发技术,设计了一个医学图像三维重建V olumeRenderX 控件并通过MFC编程实现。这是一个面向对象、可扩展的跨IDE(Intergreted Development Enviroment)开发平台的开发控件,并针对实际应用需求整合了重建参数调节和重建体剖切等多种实用功能,相对于传统的医学图像处理与三维重建系统具有更大的应用价值。本文还提出了一个基于WEB模式的医学图像三维重建的解决方案。

关键词:医学图像,图像分割,三维重建,体绘制

ABSTRACT

3D-reconstruction of medical image is a technology of converting medical image data to graphics or other images and showing it by computer graphics, image processing, computer vision and human-computer interaction technology. Image segment is a pre- technology of medical image 3D-reconstruction, and the merit of image segment impacts the application value of 3D-reconstruction of medical images. Medical image processing and 3D-reconstruction are important applications of digital image processing technology and computer graphics in Biomedical Engineering. The research involves computer graphics, digital image processing, biomedical engineering and other technology, is more than one interdisciplinary area of research, and there are a wide range of applications in medical diagnosis, surgical planning and medical education, etc.

In practical applications, medical image segmentation and 3D-reconstruction are inseparable related fields. In this paper, application of region-based image segment and edge-based image segment in field of medical images is researched, and in my experiments, the liver, spine and lungs and other body tissues and human organs are successfully segmented by algorithm of region-growthing. The 3D-reconstruction algorithm is divided into two categories: surface rendering and volume rendering. Surface rendering extract isosurface from volume data, and then render it by traditional render method. V olume rendering visualized every pixel in the whole volume data, this method make doctors could observe the internal structure by adjusting the parameters of volume rendering algorithm. The realization mechanism and application scope of ray- casting, texture-mapper and marching cubes algorithm are researched in this paper, and 3D-reconstrucition experiments is successfully made by these algorithms provided by VTK.

In this paper, the research is mainly focus on the application of medical image segment and 3D-reconstruction. Based on the theoretically reseaches and experiments of image segment and 3D-reconstruction, and the cut algorithm of volume data, a medical image 3D-reconstruction control of V olumeRenderX is proposed by the combination of ITK, VTK and ActiveX, and programmed by MFC. This is a cross-IDE,

scalable and object oriented development control, which is integrated pratical functions of adjusting parameters, volume cutting, and has greater value compared with traditional medical image processing and 3D-reconstruction system. The paper also proposed and implemented a WEB-based 3D-reconstruction of medical image.

Keywords: Medical Image, Image Segment, 3D-Reconstruction, V olume Rendering

目录

摘要.......................................................................................................................I ABSTRACT...........................................................................................................II 第一章引言. (1)

1.1课题背景及研究意义 (1)

1.2国内外现状研究 (2)

1.2.1 医学图像预处理 (2)

1.2.2 医学图像分割 (3)

1.2.3 医学图像三维可视化技术 (4)

1.3论文研究内容及创新点 (8)

1.4论文的章节安排 (9)

第二章医学图像分割与预处理 (10)

2.1医学图像DICOM标准 (10)

2.2DICOM格式医学图像解析 (11)

2.2.1 DICOM文件头 (11)

2.2.2 DICOM数据元素 (12)

2.2.3 DICOM格式图像的显示 (13)

2.3医学图像预处理 (13)

2.4医学图像分割 (14)

2.4.1 基于区域的分割方法 (15)

2.4.2 基于边缘的分割方法 (18)

2.4.3 结合区域和边缘信息的方法 (20)

2.5ITK开发包介绍 (21)

2.6医学图像分割实验结果 (23)

2.6.1 区域生长法二维分割 (23)

2.6.2 区域生长三维分割 (25)

2.7本章小结 (26)

第三章医学图像三维重建研究 (27)

3.1体数据的表示与封装 (27)

3.2面绘制技术 (28)

3.2.1 体素模型 (29)

3.2.2 等值面 (31)

3.2.3 移动立方体(Marching Cubes)算法 (31)

3.3体绘制技术 (36)

3.3.1 光线投射法(Ray Casting) (36)

3.3.2 错切-变形法(Shear-Warp) (41)

3.3.3 基于硬件的3D纹理映射 (44)

3.4各种体可视化方法对照 (47)

3.5VTK开发包介绍 (48)

3.6医学图像三维重建实验结果 (49)

3.6.1 面绘制算法 (49)

3.6.2 体绘制算法 (51)

3.7三维剖切与模拟开窗 (53)

3.7.1 任意方向平面切割功能 (53)

3.7.2 立方体开窗实现 (56)

3.8本章小结 (57)

第四章医学图像三维重建VOLUMERENDERX控件设计与实现 (58)

4.1V OLUME R ENDER X控件的设计目标 (58)

4.2V OLUME R ENDER X控件的层次结构 (59)

4.3V OLUME R ENDER X控件的技术路线 (60)

4.3.1 模块化设计原则 (60)

4.3.2 模块化设计的实现方式 (61)

4.4V OLUME R ENDER X控件的模块与功能 (63)

4.4.1 ITK与VTK间接口设计 (63)

4.4.2 数据管理层 (64)

4.4.3 三维显示层 (65)

4.4.4 交互界面层 (66)

4.5V OLUME R ENDER X控件接口介绍 (69)

4.6控件应用方法及效果展示 (71)

4.7基于WEB模式的医学图像三维重建 (72)

4.7.1 Java Applet技术 (73)

4.7.2 Java Applet签名机制 (73)

4.7.3 Web模式实现及效果展示 (74)

4.8本章小结 (76)

第五章总结与展望 (77)

5.1工作总结 (77)

5.2展望 (78)

致谢 (79)

参考文献 (80)

个人简历及攻硕期间取得的研究成果 (86)

第一章 引言

1.1 课题背景及研究意义

本项目受国家信息产业部电子发展基金项目“医学图像处理与三维重建系统”资助([信部运2006]634号)。

医学是与千千万万人的身心健康密切相关的应用学科。自古以来国内外都将“望、闻、问、切”作为进行医学诊断最基本的手段 ,但是,德国物理学家伦琴1895年发现X射线,开创了医疗影像技术的先河,为人类开拓了新的诊断与治疗疾病的途径。为了使医学人员能够更清晰观察人体内脏器官的病灶和症状、更好诊断疾病,迅速、彻底地解除病人的痛楚,医疗影像技术的研究和改进也在不断提高。20世纪70年代中期,第一台CT扫描仪的出现使电子计算机的应用为医学诊断技术带来了第一次突破性的创新。随着计算机可视化技术的不断提高,医学影像信息的处理技术在医学临床诊断方面已经越来越占据重要的位置,医学影像技术科学研究、教学演示等方面也正扮演非常重要的角色。目前临床上用到的医学影像设备有B超扫描仪、彩色多普勒超声、核磁共振(MRI)、CT、SPECT、PET、X射线透视、数字X光机(DX)、各种电子内窥镜、显微镜下病理切片等,医学图像领域的专家正在不断研究和发展能产生更清晰、更具临床诊断价值的高质量医学图像的影像设备[1]。

传统的医学影像诊断设备只是简单地对人体某些断层进行扫描获得对应的影像数据,然后由影像设备输出到胶片或显示屏幕供医务人员进行观察。但无论是通过胶片观察还是输出到屏幕显示,医务人员能够依赖并进行诊断依据的依然是二维影像,而且在观察时只能以固定方式进行,这样所得到的诊断结果必然带有医生的主观判断,因此诊断结构的准确与否很大程度与医生的临床经验有很大的关系。图像处理和三维重建技术的运用可以将医疗影像数据的真实感官效果展示给诊断人员,使其可以对病人的影像数据进行从多方位、多层次的观察,减少主观判断和临床经验不足对诊断结果造成影响。通过医学图像处理和三维重建还可以辅助医生对病人已经病变的组织进行定性或者准确的定量分析,从而将医疗影像设备输出的数据的利用价值得到最大程度的发挥,提高诊断的准确性[2]。

在进行医学图像三维重建之前,首先需要对医学影像设备输出的图像数据按照疾病诊断的需要进行必要的分割[3]。图像分割是将图像中互不相交的区域分离开来,被分离开来的每一个区域都必须满足特定的区域一致性。进行图像分割的目的是为了定量定性分析的需要,提取出图像中感兴趣的区域,同时它也是利用图像进行三维可视化的基础。所有的图像处理、分析和识别系统都要用到图像分割这一关键技术,图像分割也是三维数据可视化处理流程中的一个非常重要的环节。只有从原始三维数据中准确地分割出了感兴趣的区域,才能通过后续的三维重建技术获得合理的三维模型。通过分割技术提取出医学图像序列中的感兴趣的组织器官或病变体后,就可以通过三维重建技术重建出这些被提取的组织器官或病变体 [4]。

三维重建技术是指利用CT、MRI等医学影像设备输出的图像体数据,根据需要选择合适的三维重建算法,得到可以从任意视角进行观察的三维投影图像,这样诊断医生就可以方便地对人体内部组织或器官的结构进行观察诊断。通过对医学图像进行有针对性的处理后,再利用三维重建技术构造出组织或器官的三维模型,然后在显示屏幕上对三维模型进行显示,对于医生感兴趣的器官,还可以提取出它的大小、形状和空间位置等定性或定量信息,便于分析。三维重建技术的运用,使得医务人员能够更加直观、定量地对人体内部器官的三维结构进行察看,还可以根据不同疾病诊断的需要强化图像中原有的某些细节,从而帮助医生更加容易的做出正确的疾病诊断。

本论文分别对医学图像分割与三维重建技术进行了研究,通过根据不同的应用需求选择不同的医学图像分割算法和三维重建算法,并对三维重建技术的复杂度和交互手段进行改进,为非计算机专业的医务人员设计人性化的应用方式和操作界面,从而给医务人员提供便捷的辅助分析手段,使其能够把病人体内可疑的病灶或异常尽可能的找出来,并作科学合理的诊断分析,对于防止临床疾病的误诊漏诊、提高疾病诊断的准确性具有重要的医学意义。

1.2 国内外现状研究

1.2.1 医学图像预处理

一般情况下在对普通的医学图像数据进行三维重建分析之前,有时候需要对

医学影像设备上获取的原始图像进行一些预处理,使得后续的重建分析工作更加方便容易。常见的对图像进行处理的方法有图像校正、配准、融合、滤波去噪声等等,目前计算机图像处理技术领域的研究很多,以上技术的研究和应用已经很成熟。

医生在进行临床诊断的时候,单一的某类医学图像往往都不能提供较为全面的诊断信息,在很多情况下需要对各种不同类型的医学图像进行综合分析。这就需要将患者的各种不同医学影像设备输出的图像信息放在一起进行综合研究,要达到这样的要求,就必须解决不同图像之间的配准,即确定多幅不同图像中像素的空间匹配关系,将图像上生理位置相同的像素在控件位置上匹配起来。图像配准的操作就是将不同的两幅图像之间想对应的像素的进行映射过程[5]。

图像配准方法分为基于像素的匹配和基于特征的匹配。前者采用的是两幅图像像素灰度值的某种相似性最大化原理,利用一定函数模型、傅立叶变换和各阶矩阵之间的关系计算两幅图之间的配准参数;后者主要利用两幅图像的角、点、线、边缘以及表面等共同的特征进行图像匹配。

1.2.2 医学图像分割

图像分割的定义是根据需要选择一定的特征量或指定特定的准则来检测图像中不同区域的一致性,根据检测出来的区域一致性将图像区别成不同区域,从而可以更加方便地进行进一步的分析和理解。通过分割把研究人员感兴趣的目标对象从一幅图像的复杂表达中提取出来以后,就可以有针对性的对各个子区域进行定量分析,也可以对图像进行识别,进而对图像显示的内容和意义进行理解。图像的像素灰度、通道颜色、纹理分布、局部统计特征或频谱特征等特征都可以作为图像分割的参考依据,要区分图像中不同目标物体需要对这些全部特征或部分特征的差别进行综合分析。目前在临床应用的医学影像设备(CT、MRI、PET等)成像技术上与普通格式的图像有较大的差别,医学图像比其他格式的图像更加具有多样性和复杂性,使得某些医疗设备产生的医学图像可能存在一定的噪声,在设备分辨率不高的情况下某些对象边缘也有可能不是很清晰,因此一般来讲医学图像的分割比普通格式图片的分割要困难一些[6]。

目前主要应用较多的图像分割方法有两种:基于图像区域的方法和基于边缘检测的分割方法。前者通过检测同一区域内的均匀性是否一致来将图像中的不同区域识别出来,基于图像区域的分割方法包括:阈值分割法、区域生长和分裂合

并法、分类器和聚类以及基于随机场的方法等。基于边缘检测的分割法是被最早研究的方法,通过边缘检测技术把不同区域提取出来进行图像分割,并行微分算子法是常用的边缘检测方法,由于一般图像具有相邻区域的像素值不连续的性质,利用该性质,采用一阶或二阶导数来将区域的边缘点检测出来;此外还有基于曲面拟合的方法、边界曲线拟合法以及串行边界查找等[7]。

这些分割方法都有自己的优点和缺点,以及不同的应用领域。经过对这些算法的改良和进一步发展,已经产生了一些新的算法,它们在一些具体领域的图像分割已经有了较好的分割效果[8]。但由于医学图像中自身特点比较特殊:软组织较多,组织之间的差别很不明显,因此到目前为止还不存在一个在上述算法的思想上发展起来的一致公认最好的医学图像分割算法。

最近几年,图像分割领域的研究重点逐渐放在基于偏微分方程、借助曲线演化模型等数学建模方法的图像分割,其中最具有代表性的就是奥谢尔和Sethian 提出的水平集(Level Set)方法[9]。这种图像分割方法的基本数学思想是将图像中正在演化的曲线视为一个更高维函数的水平集,利用曲线演化方程与Hamilton-Jacobi方程的相似性,给出了一种曲线演化的较为稳定和强大的计算方法。基于水平集的方法与其他曲线演化方法相比,最大的不同点和优势在于它比其他分割方法稳定,他的拓扑无关性可有效地处理演化中的曲线产生的其他分割方法无法处理的尖点、分割过程中容易产生的断裂为多条曲线或多条曲线融合为一条的情况。只要选择合理的参数控制,尽管医学图像边界模糊、对比度低等,亦能使图像分割能够精确地收敛到区域边界,达到预期的分割效果。

1.2.3 医学图像三维可视化技术

医学图像的三维可视化技术是指将医学影像设备输出的二维切片图像序列重新组合重建为三维图像模型,并对重建后的模型进行定性、定量分析的技术。三维重建技术可以从一系列连续的二维图像序列中获取三维结构信息,通过提供三维结构信息为医生提供更接近真实人体的显示效果和针对具体疾病的定性分析方法。国外对医学图像三维重建方面的研究开始较早,国内这方面的研究相对较晚。进行医学图像三维重建的数据最早采用的是医学断层数据(主要是CT),通过对这些数据的重建获得整个组织或器官的三维图像,三维重建后的图像可以辅助医生进行诊断、手术仿真、引导治疗等。随着三维可视化技术在医学图像领域的广泛关注和研究,医学图像三维重建目前已经形成了具有特色的一门学科[10]。

自从上世纪90 年代以来高维、非规则的和向量体数据的可视化问题的出现,使得医学图像可视化领域的研究朝着多样化的方向发展。国外一些研究机构或者公司己经研究出了一些可以在医学领域进行实际应用的的医学图像三维重建或医学图像可视化系统,如美国宾夕法尼亚大学的MIPG小组开发的3DViewnix系统、纽约州立大学开发了V olVis系统[11]、MIT人工智能实验室和哈佛医学院附属伯明翰女子医院共同合作研发的3D Slice软件, 美国通用公司开发的GE Medical System产品、SIEMEN5、东芝、PHILIPS 等公司也有相应的图像处理与分析系统,但是这些系统中有大部分都是与医疗影像设备捆绑的,而且售价昂贵;这些系统所支持的各种类型图像数据的可视化分析功能,一般都基于高档工作站,在目前主流配置的普通PC上运行还比较困难。我国在医学图像可视化方面的研究仍然处于起步阶段。现有的大多数系统实际医疗应用功能还不尽完善,还达不到进行临床医疗诊断所需要的大部分要求[12]。

医学图像三维重建技术是医学图像可视化的重要研究内容之一,医学图像三维重建的流程包括获得和封装体数据、模型的建立、映射体数据、三维图形绘制等操作。三维重建中需要的体数据可以通过采样、模拟或建模等技术获取,在医学中主要是指各种医学影像设备输出的连续的图像数据,如计算断层造影(CT)、磁共振成像( MRI)、磁共振血管造影(MRA)、超声波成像( US)、正电子发射计算断层造影(PET)、单光子发射计算断层造影(SPECT)等设备采样的切片。在医学中,三维重建的就是运用三维数据场可视化技术将人体的真实三维影像模拟在显示屏幕上。目前应用最多的三维重建的方法主要有面绘制和体绘制两类。面绘制是指表面重建,即从医学影像设备输出的切片数据集构造出三维数据,然后在三维数据中抽取出等值面,然后进行三角剖分,获得三角形面片,再用的图形学中的图元绘制技术将三角形面片绘制出来而实现表面绘制,面绘制可以将三维数据中具有某个特定值的表面有效地绘制出来,但不能有效的表达体数据的内部信息;体绘制(V olume Rendering)将体数据中的“体素”作为基本的绘制单位,这种绘制方法充分利用了三维体数据中的每一个体素,也称直接体绘制,体绘制能够根据需要显示三维对象的内部信息,但计算量大。体绘制的过程包括对体数据的采样、重构、合成和绘制等操作,交互过程中还涉及到重采样[13]。

1.2.3.1 面绘制

面绘制将医学影像设备输出的连续的断层图像序列作为输入,并对这些图像进行

经分割和提取,根据不同的方法将提取出来的表面绘制出来。提出的表面一般以多边形面片来表示,图形学中最常用也是最容易绘制的的多边形是三角形。早期的医疗影像设备由于技术原因输出的切片的厚度较大,所以当时主要通过轮廓连接(Contour Connection,也称为从平面轮廓重建形体,Shape from Planar Contours)的方法进行体数据的面绘制,也就是轮廓线的提取过程仍是在二维图像上操作。其中具代表性的是1975Keppel提出的用三角形面片的组合来模拟物体表面的方法[14]。这种面绘制的方法由于是从断层图像上进行轮廓抽取,因此需要考虑到层间的轮廓吻合以及外表面的拟合等问题。随着医疗影像设备技术的改进,最新的CT和MRI设备的输出的切片间距可以达到很小,切片内象素分辨率也很高了,这是基于体素的表面重建方法应运而生,目前也逐渐取代了轮廓线提取算法[15]。

面绘制通过对三维体数据中具有某种灰度值的体素进行提取,重新还原出具有某种灰度值的目标的三维模型,通过只绘制表面来渲染,而人体中的某些器官或组织往往具有固定的灰度值,这样渲染出来的目标对象就可以为用户提供具有较强真实感的器官或组织的三维图形。因此,面绘制与传统的医疗影像设备产生的平面二维医学图像相比,它所提供的具有明显外部轮廓以及表面凹凸细节使得人们更容易感知。人体内部很多组织或器官都有明显的表面,这些表面与其他组织和器官具有不同的CT值,而且也与器官本身的内部组织有明显区别,如肺、肾或者血管等,使得针对某些器官的面绘制的实现比较容易。

立方块法(Cuberille)、移动立方体法(Marching Cubes)、剖分立方体法(Dividing Cubes)是几种最常见的面绘制方法。其中Marching Cubes算法[16]是在1987年提出的,经过多年的发展,算法上也有了许多改进,现在已经得到了较为成熟的应用。移动立方体算法的基本思想是从三维体数据中提取出一个用户给定值的等值面,所以也被称为“等值面提取(Isosurface Extraction)算法”,其主要实现方法是将图像切片序列上的上下两层相邻的8个数据点构成的立方体看作处理单元,然后对这些立方体进行一个一个的处理,这样就可以把与等值面相交的立方体分离出来。针对每一个分离出来的立方体,再采用特定的插值算法计算出用户的给定值和立方体上的每个边的交点,再将这些交点连接起来形成等值面,近似地表示出等值面在一个一个立方体中的真实分布,这样每个立方体的等值面都提取出来后所有立方体中等值面的连接起来就构成了整个体数据的等值面。立方体中等值面可以用多个三角片来近似表示,所以一系列的三角形面片就构成了整个三维数据空间里的等值面。

1.2.3.2 体绘制

近年来医疗影像设备技术不断发展,各种新型的医疗设备可以很容易的生成

精度越来越高图像。比如最先进的螺旋CT 可以输出精度相当高的断层医学图像。

为了充分利用高精度的医学图像,需要对体数据进行直接绘制,以得到更加精致

的三维图像。体绘制算法不仅能够重建出物体的三维表面,还可以根据需要显示

出重建后的三维体的内部结构,临床诊断的应用价值更高[17]。

体绘制方法可以对每一个体素进行处理,并表示出更加精细的特征信息,因

此这些年获得了更多的研究,并越来越普遍地应用于临床诊断和医学研究。体绘

制发参照了视觉成像原理来重建出理想化的三维模型。即将体数据中的每个体素

都看成是可以接收或发出光线的点;然后依据选择不同的光照模型,对体素进行

分类并根据其实际的介质属性分配不同的颜色和不透明度,并沿着视线观察的方

向进行合成;在视点所在的位置即屏幕上形成具有一定颜色和透明度的三维投影

图像。如图1-1

所示。

图1-1 体绘制三维重建流程

体绘制算法根据分类给体数据中每个体素根据实际属性赋予一定的的属性

(透明度和颜色值),通过视点的每个屏幕像素发出一条光线并计算所有体素对光

线的作用最终得到屏幕上的二维投影图像,因此,体绘制可以进行模糊分割,根

据需要也可以不分割直接进行体绘制。未经过分割的体数据保留了医学图像原有

的细节信息,如某些不明显的病变,但未分割的数据量大,必然会增加算法的空

间复杂度,而且本身体绘制需要考虑每个像素的透明度和对光线的投射、反射作

用,计算量也比较大。一般来说,即使在配备了高端显卡的和内存的机器上,体绘制耗费的时间总是比面绘制要多[18]。在实际应用中可以根据具体情况选择是否进行事先分割。

按照处理的数据对象的不同,体绘制可分为对三维空间规则数据场的体绘制和对不规则数据场的体绘制。所谓不规则数据场一般是指不规则数据和非结构化数据,常见的不规则数据场有限元分析、计算流体力学所生成的数据。不规则数据场中的体素形状不同,没有统一的规律,所以基于不规则数据场的体绘制效率很低。目前三维不规则体数据的可视化算法的研究仍然是仅仅停留在研究领域的问题。而医学图像数据属于规则数据,规则数据场的体绘制研究目前已经比较成熟,这类体绘制有四种常用算法:光线投射法(Ray Casting)、错切-变形法(Shear-Warp)、抛雪球法(Splatting)和基于硬件的3D纹理映射方法[19](Hardware-assisted 3D Texture-Mapping)。

1.3 论文研究内容及创新点

本文对医学图像处理和三维可视化技术进行了深入的研究和分析,在此基础上,结合医学图像领域优秀的开源工具包,实现了一个整合了医学图像分割与三维重建的应用系统。

概括起来,本文作者的主要研究成果有下面这些:

分析了区域生长法,基于随机场分割等图像分割方法,并研究了这些分割方法对三维图像数据的分割方法以及在医疗图像领域的应用。

分析了面绘制、纹理映射体绘制和光追踪体绘制等三维重建算法,探讨了它们在医学图像下的改进机制。

实现了一个面向对象的、可扩展的医学图像三维重建系统框架,在此框架内封装了基于不同算法的医学图像分割和三维重建功能。实现了对三

维重建体进行任意切割和开窗的技术。

提出了一种全新的基于WEB模式的医学图像三维重建方法。

本文创新点在于:

将常用的图像分割算法扩展到三维图像数据,并将医学图像切割和三维重建结合起来,将切割整合到三维重建管线中,实现实时交互切割。

采用ActiveX技术实现了可复用的医学图像分割与三维重建组件,组件

可以用于不同开发环境下,为二次开发提供了便捷途径,避免重复开发。

通过采用JA V A这样的跨平台语言实现WEB模式下的三维重建,解决了客户所使用的操作系统平台平台的差异问题,也使三维重建系统的升级

和维护更加方便、快捷、高效。

1.4 论文的章节安排

全文共分六章,对医学图像三维重建技术进行了详细的分析。具体的章节安排如下:

第一章是全文的绪论。主要介绍本文的课题背景,并对国内外研究现状进行了综述,并指出论文作者研究的主要工作和创新点。

第二章讨论了常见的图像预处理方法和图像分割方法。重点研究了图像分割中的区域生长法、基于分水岭分割和水平集分割算法,并将它们扩展到三维图像数据。

第三章介绍了几种主要的三维重建算法。分析了Marching Cubes面绘制算法、光线追踪体绘制算法、基于纹理映射的体绘制算法和Shear-Warp算法。通过实验对比,对于各种算法的特点和各自的优劣做了系统的分析。

第四章是医学图像三维重建V olumeRenderX控件的架构设计。在这一章里,我们给出了整个控件的框架设计,分层对各个重要模块进行描述。这一章的重点在于整体框架设计、模块化程序开发思想的运用。第四章还引入了三维切割平面和立方体开窗切割,给出了其实验效果以及其上的基本操作;并对基于WEB模式的医学图像三维重建系统的实现提出了一个解决方案。

第五章,对全文做出了系统、全面的总结,并对今后需要进一步深入研究的方向做了展望。

第二章 医学图像分割与预处理

2.1 医学图像DICOM标准

DICOM (Digital Imaging and Communication of Medicine 医疗数字图像存储和传输)是美国放射学会(American College of Radiology,ACR)和美国电器制造商协会(National Electrical Manufacturers Association,NEMA)在1988年组织制定的用于统一医学图像的存储和传输的标准名称。它从最初的1.0版本(ACR-NEMA Standards Publications No.300-1985)发展到1988年推出的2.0版本(ACR-NEMA Standards Publications NO.300-1988),直到1993年发布DICOM标准3.0,目前已经成为医学影像设备的国际通用标准,世界上各大医疗设备生产商和医疗界已经广泛接受了该标准,他在医疗影像的生产过程中也已经得到普及和应用,目前生产的计算机断层扫描(CT)、核磁共振(MR)、心血管造影和超声成像设备大部分都提供了DICOM接口,巨大的推动了医疗信息系统的数字网络化[20]。

DICOM 标准是随着各种不同新兴医疗设备的出现、医院信息化系统(Hospital Information System, HIS)、图像存储和通信系统(Picture Archiving and Communication System, PACS)等各种医院信息化系统的发展应运而生的。当CT 和MR等设备生产工艺的提高,他们产生的高质量、高分辨率的图像在医学临床诊断中普遍应用,但是不同生产商的设备生成的图像都各自采用了不同的格式,而且各个生产商不同型号的设备生成的图像也不统一,这样不同的设备之间的信息资源公用的需求就难以得到满足,因此各种医院信息化系统的实施就涉及到很多方面的问题:医疗设备产生的图像数据量一般极大,如何对这些图像进行存储并有效管理、同一个医院如果采用的不同生产商的设备,这些设备的图像需要共享时能否直接连接、连接后的不同设备之间如何来共享信息资源,等等。可以通过采用统一的标准来解决这些问题的解决方法就。基于上述问题,美国放射学会和美国电器制造商协会在1983 年专门制定了用于医疗领域的图像存储和通信的标准,该标准使得不同制造商提供的医疗影像设备图像格式得到统一,并制定了相关的通信和存储标准,该标准为医疗信息化进程提供了极大的贡献[21]。

DICOM2.0版本在1985 年推出的1.0版本基础上对部分内容进行修改并增加

了新的数据元素。美国放射学会和美国电器制造商协会在1993年针对2.0标准对网络传输支持的不足和本身存在的结构性问题,对2.0标准作了彻底的重新制定,针对当时的实际技术条件推出了最新的DICOM3.0版本。最新版本采用了面向对象的设计方法定义了医学影像图像在存储和通信过程中的常见的各种实体和关系,提供了对开放系统互联参考模型和TCP/IP协议的支持(ISO-OSI&TCP/IP)的支持,遵循DICOM3.0的医疗设备产生的医学图像在应用层上可以与满足这两种协议的其它通信协议栈直接进行通信。考虑到技术将来的发展更加容易扩充,DICOM3.0标准的文档结构采用了多部分结构,并以附录的形式对某些可能变化或扩充的部分给出,这样使得标准在以后版本更新时涉及面尽可能少[22]。

2.2 DICOM格式医学图像解析

DICOM格式图像文件是指遵循DICOM标准而存储的图像文件。DICOM文件分为DICOM文件头和DICOM 数据集合两大部分。DICOM数据集合是DICOM 图像的主要组成部分,它是由DICOM数据元素(Data Element)组成,而数据元素包含了DICOM图像的最基本信息,是组成DICOM文件的基本单元(图2-1)。

2.2.1 DICOM文件头

DICOM数据集合的信息都需要首先在DICOM文件头(DICOM File Meta Information )中进行标识。DICOM文件头由文件导言(Preamble )和前缀信息构成,文件导言由128个字节组成,放置图片的相关说明信息,紧接着存放了四个ACSII码字符:“D”、“I”、“C”、“M”,如何严格遵循DICOM标准的话,每个DICOM文件都必须包括该文件头,并且可以根据这四个字符来判断一个文件是否DICOM格式图片。然而,在实际项目开发过程中可能会遇到一些特殊情况。通过二进制方式查看部分公司的设备产生的DICOM图像,发现其文件头部分根本没有字符串“DICM”。可能是这些影像设备制造商出于商业利益,不严格按照DICOM3.0 标准,这给程序的直接移植带来了一定的麻烦。

DICOM文件头部分还包括其他一些非常有用的信息,如病人基本信息、切片厚度、文件的传输格式、生成该文件的应用程序等等。

医学图像分割综述

医学图像分割综述郭爱心安徽大学摘要:图像分割是图像处理和分析的关键。随着影像医学的发展,图像分割在医学应用中具有重要意义。本文从医学应用的角度出发,对医学图像分割的意义、方法、评估标准和发展前景做出了简单综述。关键字:医学图像分割意义方法评估标准发展前景AReviewofMedicalImageSegmentation Ai- XinGuoAnhuiUniversityAbstract:Imagesegmentationisthekeyofimageprocessingandanalysis.Withthede velopmentofmedicalimage,imagesegmentationisofgreatsignificanceinmedicalapplications.Fromtheper spectiveofmedicalapplications,thispapermadeasimplereviewofthemedicalimagesegmentationonit’ssig nificance、methods、evaluationstandardsanddevelopmentprospects.words:Keymedical image,segmentation,sig nificance,methods,evaluation standards,developmentprospects1.医学图像分割的意义图像分割就是把图像分成若干个特定的、具有独特性质的区域并提出感兴趣目标的技术和过程。它是由图像处理到图像分析的关键步骤。医学图像包括CT、正电子放射层析成像技术(PET)、单光子辐射断层摄像(SPECT)、MRI(磁共振成像技术)、Ultrasound(超[2]声)及其它医学影像设备所获得的图像。医学图像分割是将原始的2D或3D图像划分成[1]不同性质(如灰度、纹理等)的区域,从而把感兴趣的区域提取出来。医学图像分割是一个非常有研究价值和研究意义的领域,对疾病诊断、图像引导手术以及医学数据可视化等有重要作用,为临床诊疗和病理学研究提供可靠的依据。医学图像处理有其复杂性和多样性。由于医学图像的成像原理和组织本身的特性差异,图像的形成受到诸如噪音、场偏移效应、局部体效应和组织运动等的影响,医学图像与普通图像相比较,不可

图像三维重建技术

1概述 随着计算机软硬件技术的快速发展,大规模复杂场景的实时绘制已经成为可能,这也加快了虚拟现实技术的发展,又对模型的复杂度和真实感提出了新的要求。虚拟场景是虚拟现实系统的重要组成部分,它的逼真度将直接影响整个虚拟现实系统的沉浸感。客观世界在空间上是三维的,而现有的图像采集装置所获取的图像是二维的。尽管图像中含有某些形式的三维空间信息,但要真正在计算机中使用这些信息进行进一步的应用处理,就必须采用三维重建技术从二维图像中合理地提取并表达这些 三维信息。 三维建模工具虽然日益改进,但构建稍显复杂的三维模型依旧是一件非常耗时费力的工作。而很多要构建的三维模型都存在于现实世界中,因此三维扫描技术和基于图像建模技术就成了人们心目中理想的建模方式;又由于前者一般只能获取景物的几何信息,而后者为生成具有照片级真实感的合成图像提供了一种自然的方式,因此它迅速成为目前计算机图形学领域中的研究热点。 2三维建模技术 三维重建技术能够从二维图像出发构造具有真实感的三维图形,为进一步的场景变化和组合运算奠定基础,从而促进图像和三维图形技术在航天、造船、司法、考古、 工业测量、 电子商务等领域的深入广泛的应用。3基于图像的三维重建技术 基于图像的建模最近几年兴起的一门新技术,它使用直接拍摄到的图像,采用尽量少的交互操作,重建场 景。 它克服了传统的基于几何的建模技术的许多不足,有无比的优越性。传统的三维建模工具虽然日益改进,但构建稍显复杂的三维模型依旧是一件非常耗时费力的工作。考虑到我们要构建的很多三维模型都能在现实世界中找到或加以塑造,因此三维扫描技术和基于图像建模技术就成了人们心目中理想的建模方式;又由于前者一般只能获取景物的几何信息,而后者为生成具有照片级真实感的合成图像提供了一种自然的方式,因此它迅速成为目前计算机图形学领域中的研究热点。 4 基于图像重建几何模型的方法 4.1 基于侧影轮廓线重建几何模型 物体在图像上的侧影轮廓线是理解物体几何形状的 一条重要线索1当以透视投影的方式从多个视角观察某一空间物体时,在每个视角的画面上都会得到一条该物体的侧影轮廓线,这条侧影轮廓线和对应的透视投影中心共同确定了三维空间中一个一般形状的锥体1显然,该物体必将位于这个锥体之内;而所有这些空间锥体的交则构成了一个包含该物体的空间包络1这个空间包络被称为物体的可见外壳,当观察视角足够多时,可见外壳就可以被认为是该物体的一个合理的逼近。鉴于此类算法一般需要大量的多视角图像,因此图像的定标工作就变得非常复杂。 4.2采用立体视觉方法重建几何模型 基于立体视觉重建三维几何是计算机视觉领域中的经典问题,被广泛应用于自动导航装置。近年来,立体视觉 图像三维重建技术 康皓,王明倩,王莹莹 (装甲兵技术学院电子工程系,吉林长春130117) 摘要:基于图像的三维重建属于计算机视觉中的一个重要的研究方向,从提出到现在已有十多年的历史。文章首先对三维重建技术做了详细阐述,并着重从计算机图形学的研究角度对基于图像建模技术进行了综述,介绍了 具有代表性的基于图像建模的方法及其最新研究进展,给出了这些方法的基本原理, 并对这些方法进行分析比较,最后对基于图像建模技术的未来研究给出了一些建议和应解决的问题。关键词:三维建模技术;图像建模技术;计算机图形学;虚拟现实中图分类号:TP271文献标识码:A 文章编号1006-8937(2009)11-0042-02 Three-dimensional image reconstruction technique KANG Hao,WANG Ming-qian,WANG Ying-ying (DepartmentofElectronicEngineering,ArmoredInstituteofTechnology,Changchun,Jilin130117,China) Abstract:Image-based Three-dimensional reconstruction is an important research direction in computer vision ,from now more than ten years'history.This article first describes three-dimensional reconstruction technique in detail and review image-based modeling techniques from the perspective of computer graphics research,introduce a representative of the method of image-based modeling and the latest research progress,give the basic principles of these methods,analysis and compare these methods,finally,give a number of recommendations and problems which should be solved on image-based modeling technology for future research. Keywords:three-dimensional modeling techniques;image modeling techniques;computer graphics;virtual reality 收稿日期:2009-03-19 作者简介:康皓(1978-),女,吉林长春人,硕士研究生,讲师,研 究方向:计算机辅助设计与编程。 TECHNOLOGICAL DEVELOPMENT OF ENTERPRISE 2009年6月Jun.2009 企业技术开发 第28卷

医学图像三维重建的体绘制技术综述

医学图像三维重建的体绘制技术综述 摘要:体绘制技术是目前医学图像三维重建的主要方法之一,是一种能够准确反映出数据内部信息的可视化技术,是可视化研究领域的一个重要分支,是目前最活跃的可视化技术之一。本文首先分析了医学图像三维重建的两大方法及其基本思想,并将体绘制技术与面绘制技术进行了比较;然后分别描述了射线投射法、足迹法、剪切-曲变法、基于硬件的3D纹理映射、频域体绘制法以及基于小波的体绘制等典型算法;最后通过比较分析给出了各类算法的性能评价,并在此基础上展望了体绘制技术研究的发展前景。 关键字:体绘制;三维重建;可视化;性能评价 Abstract:Volume rendering techniques is one of the main methods of 3D reconstruction of medical images currently. It's also an important branch of visual technology which can reflect the inside information of data.It is one of the most active visualization technology.This paper first introduces are the two methods of 3D reconstruction of medical image and the basic thought of them,then volume rendering technology and surface rendering technology are compared.Secondly,the author introduces some kinds of algorithm for volume rendering:Ray Casting ,Splatting,Shear-Warp,3D Texture-Mapping Hardware,Frequency Domin V olume Rendering,Wavelet .Based V olume Rendering.The differences of their performances are compared and discussed in the last. Then some results are presented and their perspective are given in the end. Key words:Volume rendering techniques;3D reconstruction of medical images;visual technology;Performance evaluation

三维重建综述

三维重建综述 三维重建方法大致分为两个部分1、基于结构光的(如杨宇师兄做的)2、基于图片的。这里主要对基于图片的三维重建的发展做一下总结。 基于图片的三维重建方法: 基于图片的三维重建方法又分为双目立体视觉;单目立体视觉。 A双目立体视觉: 这种方法使用两台摄像机从两个(通常是左右平行对齐的,也可以是上下竖直对齐的)视点观测同一物体,获取在物体不同视角下的感知图像,通过三角测量的方法将匹配点的视差信息转换为深度,一般的双目视觉方法都是利用对极几何将问题变换到欧式几何条件下,然后再使用三角测量的方法估计深度信息这种方法可以大致分为图像获取、摄像机标定、特征提取与匹配、摄像机校正、立体匹配和三维建模六个步骤。王涛的毕业论文就是做的这方面的工作。双目立体视觉法的优点是方法成熟,能够稳定地获得较好的重建效果,实际应用情况优于其他基于视觉的三维重建方法,也逐渐出现在一部分商业化产品上;不足的是运算量仍然偏大,而且在基线距离较大的情况下重建效果明显降低。 代表文章:AKIMOIO T Automatic creation of3D facial models1993 CHEN C L Visual binocular vison systems to solid model reconstruction 2007 B基于单目视觉的三维重建方法: 单目视觉方法是指使用一台摄像机进行三维重建的方法所使用的图像可以是单视点的单幅或多幅图像,也可以是多视点的多幅图像前者主要通过图像的二维特征推导出深度信息,这些二维特征包括明暗度、纹理、焦点、轮廓等,因此也被统称为恢复形状法(shape from X) 1、明暗度(shape from shading SFS) 通过分析图像中的明暗度信息,运用反射光照模型,恢复出物体表面法向量信息进行三维重建。SFS方法还要基于三个假设a、反射模型为朗伯特模型,即从各个角度观察,同一点的明暗度都相同的;b、光源为无限远处点光源;c、成像关系为正交投影。 提出:Horn shape from shading:a method for obtaining the shape of a smooth opaque object from one view1970(该篇文章被引用了376次) 发展:Vogel2008年提出了非朗伯特的SFS模型。 优势:可以从单幅图片中恢复出较精确的三维模型。 缺点:重建单纯依赖数学运算,由于对光照条件要求比较苛刻,需要精确知道光源的位置及方向等信息,使得明暗度法很难应用在室外场景等光线情况复杂的三维重建上。 2、光度立体视觉(photometric stereo) 该方法通过多个不共线的光源获得物体的多幅图像,再将不同图像的亮度方程联立,求解出物体表面法向量的方向,最终实现物体形状的恢复。 提出:Woodham对SFS进行改进(1980年):photometric method for determining surface orientation from multiple images(该文章被引用了891次) 发展:Noakes:非线性与噪声减除2003年; Horocitz:梯度场合控制点2004年; Tang:可信度传递与马尔科夫随机场2005年; Basri:光源条件未知情况下的三维重建2007年; Sun:非朗伯特2007年; Hernandez:彩色光线进行重建方法2007年;

医学图像分割方法汇总

医学图像分割方法汇总 本文主要介绍在医学图像分割方面的几种典型算法,详细介绍每种算法的工作原理,通过对具体的医学图像实验来对比每种方法在分割方面的优点和缺点,分析结果产生的原因,从而在后面的实际应用中选择最合适的算法。 1阈值法分割 1-1 简单阈值分割 简单的阈值处理是图像分割中最为简单基础的一种分割方法。对于一副灰度图像,使用给定的阈值。图像中的像素超过这个阈值的一律设置为最大值(对于八位灰度图像,最大值一般为255),像素小于这个阈值的设置为0.下图1.2是利用五个不同的阈值对脑部图像(图 1.1)的分割结果。(从上到下,从左到右一次使用的阈值分别为最大值的0.1,0.3,0.5,0.7,0.9倍)。 图1.1原始脑部图像

图1.2 使用不同阈值分割后的结果 从实验结果来看,使用简单的阈值分割,过程十分简便,原理简单易懂,但是要是得到比较好的分割结果需要进行多次试验。 1-2 otsu阈值分割法 Otsu阈值分割法又称大津阈值分割法。它的原理是对图像所有的像素围进行遍历(对8位灰度图像来说呢,就是从0遍历到255),找出合适的T(阈值),把原始图像分割成前景图像和背景图像并且两者之间的类方差最大。 原理: 对于图像I(x,y),前景(即目标)和背景的分割阈值记作T,属于前景的像素点数占整幅图像的比例记为ω0,其平均灰度μ0;背景像素点数占整幅图像的比例为ω1,其平均灰度为μ1。图像的总平均灰度记为μ,类间方差记为g。 假设图像的背景较暗,并且图像的大小为M×N,图像中像素的灰度值小于阈值T的像素个数记作N0,像素灰度大于阈值T的像素个数记作N1,则有:ω0=N0/ M×N (1)

CT三维重建的指南

CT三维重建指南 1、脊柱重建: 腰椎: 西门子及GE图像均发送至西门子工作站,进入3D选项卡 A、椎体矢状位及冠状位: a. 选择骨窗薄层图像(西门子 1mm 70s;GE 0.625mm BONE),载入3D重建,调整定位线,使椎体冠状位、矢状位定位线与解剖位置一致,并将横断位定位线与两者垂直,将三幅图像模式改为MPR; b. 横断位作为定位相,做矢状位重建,打开定位线选项卡,点击垂直定位线,变换数字顺序,使其从右向左,选择层厚3mm,层间距3mm,方向平行于棘突-椎体轴线,两边范围包全椎体及横突根部(一般为19层),点击确定,保存; c. 矢状位作为定位相,打开曲面重建选项卡,沿各椎体中心弧度画定位相曲线,范围包全,双击结束,选择层厚3mm,层间距3mm,变换数字顺序,使其从前向后,范围前至椎体前缘,后至棘突根部(一般为19层),点击确定,保存。 B、椎间盘重建: a. 选择软组织窗薄层图像(西门子 1mm 30s;GE 0.625mm STND),载入3D重建,调整定位线,使椎体冠状位、矢状位定位线与解剖位置一致,并将横断位定位线与两者垂直,将三幅图像模式改为MPR; b. 矢状位作为定位相,做椎间盘重建,打开定位线选项卡,点击水平定位线,变换数字顺序,使其从上向下,选择层厚3mm,层间距3mm,层数5层,方向沿椎间隙走行方向,做L1/2-L5/S1椎间盘,注意右下角图像放大,逐个保存。 注意:脊柱侧弯患者,椎间盘重建过程中需不断调整冠状位定位相上矢状定位线(红色),使其保持与相应椎间隙垂直。 C、椎体横断位重建: 椎体骨质病变者,如压缩性骨折、骨转移、PVP术后等病人,加做椎体横断位重建,矢状位图像做定位相,沿病变椎体轴向,做横断位重建,注意重建图像放大,保存。 打片: 矢状位及冠状位二维一张:8×5;椎间盘一张:6×5; 若为椎体骨质病变者,椎间盘图像不打,打椎体横断位重建图像,共两张胶片。

基于MATLAB的CT图像三维重建的研究与实现

基于MATLAB的CT图像三维重建的研究与实现 作者:张振东 来源:《电子世界》2013年第03期 【摘要】介绍了利用MATLAB软件对CT切片图像进行三维重建的方法与程序实现。分别对体绘制法、面绘制法实现的三维重建进行了研究与讨论。利用MATLAB软件制作GUI界面,实现对肺部CT图像的三维重建以及切分操作。 【关键词】体绘制;面绘制;三维重建;GUI界面 CT(Computed Tomography)技术是指利用计算机技术对被测物体断层扫描图像进行重建获得三维断层图像的扫描方式。自从CT被发明后,CT已经变成一个医学影像重要的工具,虽然价格昂贵,医用X-CT至今依然是诊断多种疾病的黄金准则。利用X射线进行人体病灶部位的断层扫描,可以得到相应的CT切片图像。医生可以通过对连续多张CT切片图像的观察,来确定有无病变。应用三维重建技术可以将连续的二维CT切片图像合成三维可视化图像,便于观察研究。医学图像的三维建在判断病情、手术设计、医患沟通和医学教学等方面具有很高的研究价值。CT图像通常是以DICOM格式存储,实验中通常需要转换格式。本文分别研究讨论了利用MATLAB软件实现对JPG格式的CT切片三维重建的两种常用方法,并制作GUI界面实现切分操作。 1.MATLAB软件在生物切片图像三维重建中的应用 MATLAB7.O提供了20类图像处理函数,涵盖了图像处理包括近期研究成果在内的几乎所有的技术方法,是学习和研究图像处理的人员难得的宝贵资料和加工工具箱。 Matlab软件环境提供了各种矩阵运算、操作和图象显现工具。它已经在生物医学工程,图象处理,统计分析等领域得到了广泛的应用。在三维重建方面,使用的数据量相对较大,同时涉及到大量的矩阵、光线、色彩、阴影和观察视角的计算,对于非计算机专业研究人员来讲,难度很大。利用MATLAB软件中的图像处理函数、工具箱操作,可以大大简化研究。 2.常用的三维重建方法 2.1 面绘制 面绘制法是指利用几何单元拼接拟合物体表面来描述物体的三维结构,实现三维重建,也被称为间接绘制方法。

CT图像三维重建(附源码)

程序流图: MATLAB 源码: clc; clear all; close all; % load mri %载入mri 数据,是matlab 自带库 % ph = squeeze(D); %压缩载入的数据D ,并赋值给ph ph = phantom3d(128); prompt={'Enter the Piece num(1 to 128):'}; %提示信息“输入1到27的片的数字” name='Input number'; %弹出框名称 defaultanswer={'1'}; %默认数字 numInput=inputdlg(prompt,name,1,defaultanswer) %弹出框,并得到用户的输入信息 P= squeeze(ph(:,:,str2num(cell2mat(numInput))));%将用户的输入信息转换成数字,并从ph 中得到相应的片信息P imshow(P) %展示图片P D = 250; %将D 赋值为250,是从扇束顶点到旋转中心的像素距离。 dsensor1 = 2; %正实数指定扇束传感器的间距2 F1 = fanbeam(P,D,'FanSensorSpacing',dsensor1); %通过P ,D 等计算扇束的数据值 dsensor2 = 1; %正实数指定扇束传感器的间距1 F2 = fanbeam(P,D,'FanSensorSpacing',dsensor2); %通过P ,D 等计算扇束的数据值 dsensor3 = 0.25 %正实数指定扇束传感器的间距0.25 [F3, sensor_pos3, fan_rot_angles3] = fanbeam(P,D,... 'FanSensorSpacing',dsensor3); %通过P ,D 等计算扇束的数据值,并得到扇束传感器的位置sensor_pos3和旋转角度fan_rot_angles3 figure, %创建窗口 imagesc(fan_rot_angles3, sensor_pos3, F3) %根据计算出的位置和角度展示F3的图片 colormap(hot); %设置色图为hot colorbar; %显示色栏 xlabel('Fan Rotation Angle (degrees)') %定义x 坐标轴 ylabel('Fan Sensor Position (degrees)') %定义y 坐标轴 output_size = max(size(P)); %得到P 维数的最大值,并赋值给output_size Ifan1 = ifanbeam(F1,D, ... 'FanSensorSpacing',dsensor1,'OutputSize',output_size); %根据扇束投影数据F1及D 等数据重建图像 figure, imshow(Ifan1) %创建窗口,并展示图片Ifan1 title('图一'); disp('图一和原图的性噪比为:'); result=psnr1(Ifan1,P); Ifan2 = ifanbeam(F2,D, ... 'FanSensorSpacing',dsensor2,'OutputSize',output_size); %根据扇束投影数据F2及D 等数据重建图像 figure, imshow(Ifan2) %创建窗口,并展示图片Ifan2 disp('图二和原图的性噪比为:'); result=psnr1(Ifan2,P); title('图二'); Ifan3 = ifanbeam(F3,D, ... 生成128的输入图片数字对图片信息进行预处 用函数fanbeam 进行映射,得到扇束的数据,并用函数ifanbeam 根据扇束投影数据重建图像,并计算重建图像和原图的 结束

医学图像的分割

第六章医学图像分割 医学图像分割是医学图像处理和分析的关键步骤,也是其它高级医学图像分析和解释系统的核心组成部分。医学图像的分割为目标分离、特征提取和参数的定量测量提供了基础和前提条件,使得更高层的医学图像理解和诊断成为可能。本章首先对医学图像分割的意义、概念、分类及其研究现状进行了概述,然后分别对基于阈值、基于边缘、基于区域和基于模式识别原理的各种常见医学图像分割方法作了详尽而系统的介绍,接着在对图像分割过程中经常用到的二值图像数学形态学基本运算作了简单叙述之后,较为详细地讨论了医学图像分割效果和分割算法性能的常用评价方法。 第一节医学图像分割的意义、概念、分类和研究现状 医学图像分割在医学研究、临床诊断、病理分析、手术计划、影像信息处理、计算机辅助手术等医学研究与实践领域中有着广泛的应用和研究价值,具体表现为以下几个方面:(1) 用于感兴趣区域提取,便于医学图像的分析和识别。如不同形式或来源的医学图像配准与融合,解剖结构的定量度量、细胞的识别与计数、器官的运动跟踪及同步等;(2)用于人体器官、组织或病灶的尺寸、体积或容积的测量。在治疗前后进行相关影像学指标的定量测量和分析,将有助于医生诊断、随访或修订对病人的治疗方案; (3)用于医学图像的三维重建和可视化。这有助于外科手术方案的制定和仿真、解剖教学参考及放疗计划中的三维定位等;(4)用于在保持关键信息的前提下进行数据压缩和传输。这在远程医疗中对实现医学图像的高效传输具有重要的价值;(5)用于基于内容的医学图像数据库检索研究。通过建立医学图像数据库,可对医学图像数据进行语义学意义上的存取和查找。 所谓医学图像分割,就是根据医学图像的某种相似性特征(如亮度、颜色、纹理、面积、形状、位置、局部统计特征或频谱特征等)将医学图像划分为若干个互不相交的“连通”的区域的过程,相关特征在同一区域内表现出一致性或相似性,而在不同区域间表现出明显的不同,也就是说在区域边界上的像素存在某种不连续性。一般说来,有意义的图像分割结果中至少存在一个包含感兴趣目标的区域。

机器视觉—三维重建技术简介

三维重建技术简介 一、视觉理论框架 1982年,Marr立足于计算机科学,首次从信息处理的角度系统的概括了心理生理学、神经生理学等方面已经取得的重要成果,提出了一个迄今为止比较理想的视觉理论框架。尽管Marr提出的这个视觉理论框架仍然有可以进行改进和完善的瑕疵,但是在近些年,人们认为,计算机视觉这门学科的形成和发展和该框架密不可分。 第一方面,视觉系统研究的三个层次。 Marr认为,视觉是一个信息处理系统,对此系统研究应分为三个层次:计算理论层次,表示与算法层次,硬件实现层次,如下图所示: 计算机理论层次是在研究视觉系统时首先要进行研究的一层。在计算机理论层次,要求研究者回答系统每个部分的计算目的与计算策略,即视觉系统的输入和输出是什么,如何由系统的输入求出系统的输出。在这个层次上,将会建立输入信息和输出信息的一个映射关系,比如,系统输入是二维灰度图像,输出则是灰度图像场景中物体的三维信息。视觉系统的任务就是研究如何建立输入输出之间的关系和约束,如何由二维灰度图像恢复物体的三维信息。 在表示与算法层次,要给出第一层中提到的各部分的输入信息、输出信息和内部信息的表达,还要给出实现计算理论所对应的功能的算法。对于同样的输入,如果计算理论不同,可能会产生不同的输出结果。 最后一个层次是硬件实现层次。在该层次,要解决的主要问题就是将表示与算法层次所提出的算法用硬件进行实现。 第二方面,视觉信息处理的三个阶段。 Marr认为,视觉过程分为三个阶段,如表所示:

第一阶段,也称为早期阶段,该阶段是求取基元图的阶段,该阶段对原始图像进行处理,提取出那些能够描述图像大致三维形状二维特征,这些特征的集合构成所构成的就是基元图(primary sketch)"。 第二阶段也称中期阶段,是对环境的2.5维描述,这个阶段以观察者或者摄像机为中心,用基元图还原场景的深度信息,法线方向(或一说物体表面方向)等,但是在该阶段并没有对物体进行真正的三维恢复,因此称为2.5维。 第三阶段也称为后期阶段,在一个固定的坐标系下对2.5维图进行变换,最终构造出场景或物体的三维模型。 二、三维重建技术现状 目前三维重建的方法大致可分为三类,即:用建模软件构造的方式,多幅二维图像匹配重建的方式以及三维扫描重建的方式。 对于第一种方式,目前使用比较广泛的是3D Max, Maya, Auto Cad以及MultiGen-Creator等软件。这些三维建模软件,一般都是利用软件提供的一些基本几何模型进行布尔操作或者平移旋转缩放等操作,来创建比较复杂的三维模型。这样所构建出来的模型,比较美观,而且大小比例等非常精确。然而,这需要建模者精确知道三维场景的尺寸、物体位置等信息,如果没有这些信息,就无法建立精准的模型。 第二种方式是利用实时拍摄的图像或者视频恢复场景的三维信息。这种方式是基于双目立体视觉,对同一物体拍摄不同角度的图像,对这些图像进行立体匹

医学图像分割综述

医学图像分割综述 郭爱心 安徽大学 摘要:图像分割是图像处理和分析的关键。随着影像医学的发展,图像分割在医学应用中具有重要意义。本文从医学应用的角度出发,对医学图像分割的意义、方法、评估标准和发展前景做出了简单综述。 关键字:医学图像分割意义方法评估标准发展前景 A Review of Medical Image Segmentation Ai-Xin Guo Anhui University Abstract:Image segmentation is the key of image processing and analysis.With the development of medical image,image segmentation is of great significance in medical applications.From the perspective of medical applications,this paper made a simple review of the medical image segmentation on it’s significance、methods、evaluation standards and development prospects. Key words:medical image,segmentation,significance,methods,evaluation standards,development prospects 1.医学图像分割的意义 图像分割就是把图像分成若干个特定的、具有独特性质的区域并提出感兴趣目标的技术和过程。它是由图像处理到图像分析的关键步骤。医学图像包括CT、正电子放射层析成像技术(PET)、单光子辐射断层摄像(SPECT)、MRI(磁共振成像技术)、Ultrasound(超声)及其它医学影像设备所获得的图像[2]。医学图像分割是将原始的2D或3D图像划分成不同性质(如灰度、纹理等)的区域,从而把感兴趣的区域提取出来[1]。医学图像分割是一个非常有研究价值和研究意义的领域,对疾病诊断、图像引导手术以及医学数据可视化等有重要作用,为临床诊疗和病理学研究提供可靠的依据。 医学图像处理有其复杂性和多样性。由于医学图像的成像原理和组织本身的特性差异,图像的形成受到诸如噪音、场偏移效应、局部体效应和组织运动等的影响,医学图像与普通图像相比较,不可避免的具有模糊、不均匀性等特点。另外,由于人与人之间有很大的差别,且人体组织结构形状复杂。这些都给医学图像分割带来了困难。因此,我们有必要针对医学应用这个领域,对图像分割方法进行研究。 2.医学图像分割的方法 2.1.基于区域的分割方法 基于区域的分割方法有阈值法,区域生长和分裂合并,分类器与聚类和基于随机场的方法等。 阈值分割是最常见的并行直接检测区域的图像分割方法。如果只用选取一个阈值称为单阈值分割,它将图像分为目标和背景;如果需用多个阈值则称为多阈值方法,图像将被分割为多个目标区域和背景,为区分目标,还需要对各个区域进行标记。阈值分割方法基于对灰度图像的一种假设:目标或背景内的相邻像素间的灰度值是相似的,但不同目标或背景的像素在灰度上有差异,反映在图像直方图上就是不同目标和背景对应不同的峰。选取的阈值应位于两个峰之间的谷,从而将各个峰分开[2]。阈值分割的优点是实现相对简单,对于不类的物体灰度值或其他特征值相差很大时,能很有效的对图像进行分割。阈值分割通常作为医学图像的预处理,然后应用其他一系列分割方法进行后处理。阈值分割的缺点是不适用于多通道图像和特征值相差不大的图像,对于图像中不存在明显的灰度差异或各物体的灰度值范围

MC算法在医学图像三维重建中的应用

MC算法在医学图像三维重建中的应用 摘要:详细介绍了mc算法,提出了优化网格模型简化算法。优化网格模型简化算法选取坐标点的原则是,尽可能地接近原始网格,通常采用子集选择法或优化选择法。在尽可能保证图像精度的前提下,优化网格模型简化算法可以提高运算速度,而单纯的网格算法由于失真严重而缺乏实用价值。基于体绘制的网格化简化算法重建的三维模型比较完全,且算法简单,在多排螺旋ct等医学图 像三维重建中有较好的应用。 关键词:三维重建;移动立方体算法;面绘制 abstract: 3d reconstructions has been widely used in the field of medical disease diagnosis and marching cube algorithm (mc) is the most representative structure in the face of 3d reconstructions. the authors introduce in the paper the principle of mc algorithm, and present a simplified algorithm based on optimized grid model. the simplified algorithm selects points as close to original grid as possible, usually using the subset selection method or the optimized selection method. to ensure the best possible result in image accuracy, the simplified algorithm will improve the computation speed, while the pure grid algorithm is not practical due to serious distortion. the experiments show

医学图像分割方法综述

医学图像分割方法综述 随着计算机技术的发展,图像分割在很多领域都得到发展并被广泛应用,在医学临床上的应用更是越来越明显和重要。找到合适的医学图像分割方法对临床诊断和治疗都具有重大意义。文章针对近年来提出的图像分割方法进行了总结。 标签:图像分割;区域生长;聚类;水平集;图割 1 概述 图像分割是图像处理和计算机视觉领域的基础。分割结果直接影响着后续任务的有效性和效率[1]。图像分割的目的就是把目标从背景中提取出来,分割过程主要基于图像的固有特征,如灰度、纹理、对比度、亮度、彩色特征等将图像分成具有各自特性的同质区域[2]。医学图像分割是医学图像进行后续操作的必要前提,学者通过大量的研究得到了很多自动快速的分割方法。 2 图像分割方法分类 医学图像有各种成像模态,比如CT、MRI、PET、超声等。由于医学图像本身的复杂性和多样性,如灰度不均匀、低分辨率、弱边界和严重的噪声,准确分割是个相当棘手的问题,分割过程中在目标区域里出现的一些问题都将导致图像分割结果不准确。近年来,众多图像分割方法中没有任何一种算法能适用于所有图像。图像分割方法一般是基于图像的,即利用图像梯度、亮度或者纹理等就能从图像中获得信息进而对图像进行分割,主要有聚类法、区域生长、水平集、图割等算法。 2.1 聚类法 聚类算法简单的包括K-Means算法和Fuzzy C-Means(FCM)。 K-Means算法是基于距离的硬聚类算法,通常采用误差平方和函数作为优化的目标函数,定义误差平方和函数如下: 其中,K代表聚类的个数,Cj(j=1,2,…,K)表示聚类的第j类簇,x 表示类簇Cj中的任意一个数据对象,mi表示簇Ci的均值。从公式中看出,J是数据样本与簇中心差异度平方的总和,K个类聚类中心点决定了J值的大小。显然,J越小表明聚类效果越好。 K-Means算法的核心思想为:给定一组含有n个数据对象的数据集,从其中隨机选取K个数据对象作为初始中心,然后计算剩余的所有数据对象到各个初始中心之间的距离,根据最近邻原则,把所有数据对象都划分到离它最近的那个初始中心的那一类簇,再分别计算这些新生成的各个类簇中数据对象的均值,以此作为新类簇的中心,比较新的中心和初始中心的误差平方和函数J的大小,上

医学图像分割综述

龙源期刊网 https://www.360docs.net/doc/046022230.html, 医学图像分割综述 作者:王益东 来源:《健康必读(上旬刊)》2018年第04期 【摘要】医学图像分割是指在医学图像中,利用计算机视觉技术,根据区域内像素的相 似特性(纹理等)以及区域间的不同特性,将图像中感兴趣的区域(ROI)提取出来,获取有关人体组织器官的有效信息,反馈给医生以及学者作为诊断依据。随着计算机技术的日新月异和医疗设备的快速发展,医疗图像分割技术在影像医学中的作用日益增大。本文首先介绍了医学图像分割的背景及其应用。接着,详细分析了相关图像分割算法。最后,总结了医疗图像分割技术在目前面临的困难与挑战,并提出了展望。 【关键词】医学影像;图像分割 【中图分类号】TP391.41 【文献标识码】A 【文章编号】1672-3783(2018)04-0281-01 1 引言 近几年来,随着计算机视觉技术和磁共振成像技术(MRI)、正电子放射层析成像技术(PET)、计算机断层成像(CT)、单光子辐射断层摄像(SPECT)、超声(Ultrasound)等医学影像设备的飞速发展,医学图像分割技术在影像医学中所发挥的作用越来越大。医学图像分割技术则是把医学图像分割成若干个具有不同特性的区域,区域内保持一定的相似性,区域间有一定的相异性,从而提取出感兴趣的部分。 医学图像分割在临床诊断中发挥着重要作用,如: (1)生物医学图像分析:解剖结构的测量、心脏运动跟踪等。 (2)组织、器官定量分析:通过对人体器官或是病变器官容积的定量检测,为医生的临床诊断提供依据。 (3)医学图像3D重建:用于外科手术的仿真、药物治疗的评估等。 目前,医学图像分割技术的发展仍然面临一些困境,主要原因在于医学图像的多样性、复杂性及其采集的困难性。由于人体器官位置的特殊性,医学图像采集较为困难,图形容易受到组织运动等问题的影响,所采集的医学图像相交于普通图像而言,噪声较大。并且人体间存在个体差异,不同人体的组织和器官差异较大。因此,针对医学图像对图像分割技术进行研究,显得尤为重要。 2 医学图像分割算法

CT图像三维重建(附源码)

程序流图: MATLAB 源码: clc; clear all; close all; % load mri %载入mri 数据,是matlab 自带库 % ph = squeeze(D); %压缩载入的数据D ,并赋值给ph ph = phantom3d(128); prompt={'Enter the Piece num(1 to 128):'}; %提示信息“输入1到27的片的数字” name='Input number'; %弹出框名称 defaultanswer={'1'}; %默认数字 numInput=inputdlg(prompt,name,1,defaultanswer) %弹出框,并得到用户的输入信息 P= squeeze(ph(:,:,str2num(cell2mat(numInput))));%将用户的输入信息转换成数字,并从ph 中得到相应的片信息P imshow(P) %展示图片P D = 250; %将D 赋值为250,是从扇束顶点到旋转中心的像素距离。 生成128的图片信息 输入图片数字选择 对图片信息进行预处理,并进行展示 用函数fanbeam 进行映射,得到扇束的数据,并展示 用函数ifanbeam 根据扇 束投影数据重建图像,并 展示 计算重建图像和原图的性噪比,并进行输出 结束

dsensor1 = 2; %正实数指定扇束传感器的间距2 F1 = fanbeam(P,D,'FanSensorSpacing',dsensor1); %通过P,D等计算扇束的数据值 dsensor2 = 1; %正实数指定扇束传感器的间距1 F2 = fanbeam(P,D,'FanSensorSpacing',dsensor2); %通过P,D等计算扇束的数据值 dsensor3 = 0.25 %正实数指定扇束传感器的间距0.25 [F3, sensor_pos3, fan_rot_angles3] = fanbeam(P,D,... 'FanSensorSpacing',dsensor3); %通过P,D等计算扇束的数据值,并得到扇束传感器的位置sensor_pos3和旋转角度fan_rot_angles3 figure, %创建窗口 imagesc(fan_rot_angles3, sensor_pos3, F3) %根据计算出的位置和角度展示F3的图片 colormap(hot); %设置色图为hot colorbar; %显示色栏 xlabel('Fan Rotation Angle (degrees)') %定义x坐标轴 ylabel('Fan Sensor Position (degrees)') %定义y坐标轴 output_size = max(size(P)); %得到P维数的最大值,并赋值给output_size Ifan1 = ifanbeam(F1,D, ... 'FanSensorSpacing',dsensor1,'OutputSize',output_size); %根据扇束投影数据F1及D等数据重建图像 figure, imshow(Ifan1) %创建窗口,并展示图片Ifan1 title('图一'); disp('图一和原图的性噪比为:'); result=psnr1(Ifan1,P); Ifan2 = ifanbeam(F2,D, ... 'FanSensorSpacing',dsensor2,'OutputSize',output_size); %根据扇束投影数据F2及D等数据重建图像 figure, imshow(Ifan2) %创建窗口,并展示图片Ifan2 disp('图二和原图的性噪比为:'); result=psnr1(Ifan2,P); title('图二'); Ifan3 = ifanbeam(F3,D, ... 'FanSensorSpacing',dsensor3,'OutputSize',output_size); %根据扇束投影数据F3及D等数据重建图像 figure, imshow(Ifan3) %创建窗口,并展示图片Ifan3 title('图三'); disp('图三和原图的性噪比为:');

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