gromacs

Gromacs运行参数
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1 Preprocessing
include = …; 指定拓扑结构目录
define = ; 预处理控制拓扑文件
-DPOSRES; 位置限制restraints
-DFLEXIBLE; 柔性水代替刚性水
2 Run control
integrator = ; 指定积分算法（仅给出常用算法）
md; 蛙跳牛顿积分算法, 用于平衡动力学积分
steep; 最陡下降法，用于能量最小化
cg ；共轭梯度法; 用于能量最小化（需双精度，且先需做steep）
tinit = ; 模拟开始时刻(仅用于md、sd、bd）
dt = ; 积分步长(仅用于md、sd、bd)
nsteps = ; 积分或能量最小化步数(-1为无穷大)
init_step =; 起始步
comm_mode = ; 质心运动控制
Linear; 限制质心平移
Angular; 限制质心平移及绕心转动
No ；无限制
nstcomm = ; 质心移动频率（默认为10步）
comm_grps = ; 组质心设定，默认为整个体系
3 Langevin dynamics
4 Energy minimization
emtol = ; 能量最小化收敛值，默认为10.0 KJ mol-1 nm-1，用于steep
emstep = ; 初始步长，默认为0.01 nm，用于steep
nstcgsteep = ; 共轭梯度法能量最小化步数，默认1000步
5 Shell Molecular Dynamics
6 Test particle insertion
7 Output control
nstxout = ; 坐标保存到轨迹文件的频率，默认100步
nstvout = ; 速度保存到轨迹文件的频率，默认100步
nstfout = ；力保存到轨迹文件的频率，默认0步
nstlog = ；log文件更新频率，默认100步
nstcalcenergy = ；能量计算频率
0 ；从不计算
-1；默认，与nstlist更新频率一致，双截断为公倍数
nstenergy = ；能量保存到轨迹文件的频率，默认100步，必须是nstcalcenergy的倍数
nstxtcout = ；坐标保存到xtc轨迹文件的频率，默认100步
xtc_precision = ；xtc轨迹文件精度，默认1000
xtc_grps = ；保存到xtc轨迹文件的组，nstxtcout需大于0
energygrps = ；保存能量的组（组的名称）
8 Neighbor searching
nstlist = ；邻近列表更新频率，默认10步
ns_type = ；邻近列表搜索方法
grid ；网格搜索
simple ；简单搜索
pbc = ；周期性边界条件Periodic boundary conditions
xyz ；使用周期性边界条件Periodic boundary conditions
no ；没有周期性边界条件
xy; 尽在xy方向使用周期性边界条件
periodic_molecules = no ；分子是有限的
yes ；分子是无限的，使用周期性边界条件
rlist = ; 短程邻近列表截断，默认1 (nm)
rlistlong = ；长程邻近列表截断，默认-1(nm)，需配合双程截断
9 Electrostatics
coulombtype = PME; 库伦计算方式 particle mesh ewald
rcoulomb = ；短程库伦截断，默认0.9(nm)
10 VdW
VdWtype = ；范德华力计算方式
C

ut-off ；
rvdw = ；短程范德华力截断，默认1 nm
DispCorr = ；色散校正
no ；不修正
EnerPres ；使用长程色散校正能量和压力
Ener ；使用长程色散校正能量
11 Tables
12 Ewald
fourierspacing = ； FFT傅里叶变换格点间距，默认0.12nm，与PME同时使用
fourier_nx (0); fourier_ny (0); fourier_nz: (0) ？？？？
pme_order = ；PME插值，默认4表示3次插值，并行式可使用6//8/10，同时减少格点间距
13 Temperature coupling
tcoupl = ；指定热耦合方法
no ；不使用
berendsen
nose-hoover
v-rescale
nsttcouple = ；热耦合频率，默认-1，表示与nstlist一致
tc_grps = ；热耦合组
tau_t = ；热耦合时间常数，ps，-1，表示不耦合，个数对应组
ref_t = ；参考温度——恒温值，个数对应组
14 Pressure coupling
pcoupl = ；指定压力耦合方式
no ；不耦合，即固定盒子大小
berendsen
Parrinello-Rahman
pcoupltype = ；
isotropic ；盒子各向同性
semiisotropic ； x/y 方向同性，z向不同性，需2值分别对应x/y和z，一般用于膜模拟
anisotropic ；各向异性
surface-tension ； xy平面张力耦合
nstpcouple = ；压力耦合频率，默认-1，表示与nstlist一致，速度积分时设为1
tau_p = ；压力耦合时间常数，默认1 ps
compressibility = ；水可压缩性，1 bar300 K时为4.5e-5 bar-1
ref_p = ；参考压力——恒压值，一般为1 bar
refcoord_scaling = ；？？？？？坐标限制尺寸？？
no ；坐标限制不被修改，默认值
all
com
15 Simulated annealing
annealing = ；指定每个温度组别的退火算法
no ；不进行模拟退火，仅耦合参考温度值
single ；单序模拟退火，若模拟时间长于升温的最后时间，则之后是耦合温度
periodic ；从最初的温度开始，到最后的温度，在整个模拟时间里面反复进行
annealing_npoints = ；退火参考/控制点数，与温度组别值相等，0表示不使用退火
annealing_time = ；每个温度组别退火时间，若使用周期性退火，则在最后一个值再开始退火，ps，个数与annealing_npoints的值一致
annealing_temp = ；退火温度组别，个数与annealing_npoints的值一致
16 Velocity generation
gen_vel = ；速度生成
no ；不生成速度。输入文件没有速度，则为0
yes ；根据麦克斯韦速度分布函数生成速度，只对md有意义
gen_temp = ；体系温度，用于麦克斯韦速度分布
gen_seed = ；初始速度初始随机数，-1表示为进程的ID数
17 Bonds
constraints = ；键约束

none ；没有约束，除了特意指明的外
hbonds ；氢键约束
all-bonds ；所有键约束
h-angles ；所有氢键键长和键角约束
all-angles ；所有键长键角约束
constraint_algorithm = ；约束算法
LINCS ；不能用于角度约束
SHAKE ；比LINCS慢且不稳定；不能用于能量最小化
continuation = ；
no ；初始构象应用约束，并复位，第一次md
yes ；初始构象不约束，不复位，用于精确地继续计算或重计算
shake_tol = ；默认0.0001， SHAKE相对容忍度
lincs_order = ；约束耦合矩阵阶次，用于LINCS精度，默认4
lincs_iter = ；迭代次数，用于LINCS约束精度，默认1
lincs_warnangle = ；键最大旋转角度，默认30°
morse = ；
no ；键为谐波势能
yes ；键为morse势能
18 Energy group exclusions
energygrp_excl = ；排除一对组之间的非键相互作用，在能量计算等方面应用
19 Walls
20 COM pulling
pull = ；
no ；没有质心拉伸，一般不写，因为会产生警告
umbrella ；伞形势能拉伸质心
constraint ； ………….待续
21 NMR refinement
disre = ；
no ；没有距离限制
simple ； ……………待续
22 Free energy calculations
free_energy = ；
no ；仅适用拓扑A
yes ； lambda插值，在拓扑A（lambda=0）和拓扑B（lambda=1）之间插入lambda值……………待续
23 Non-equilibrium MD
24 Electric fields
25 Mixed quantum/classical molecular dynamics
26 Implicit solvent
27 User defined thingies