OmniGraffle Pro中文使用教程

APBS教程

目录 1.怎样阅读教程 2.怎样准备结构来进行静电势计算 2.1PQR格式 2.2XML格式 2.3由PDB文件生成PQR文件（PDB2PQR） 3.怎样观察生物大分子周围的静电势 3.1VMD 3.2PyMOL 3.3PMV 4.怎样计算溶剂化能 4.1极性溶剂化 4.2非极性溶剂化 5.怎样计算结合能 5.1溶剂化能对结合的贡献５.2包括库仑力贡献 5.3不行!配体没有设置参数 5.4一个配体结合的例子６.怎样计算溶剂化力 7.怎样计算PKa? 7.1概况 7.2介绍 7.3应用于溶菌酶 8.我的计算需要的内存太大了! 8.1并行计算:一个例子 8.2异步时序计算 9.如何将APBS用于分子动力学软件(MM/PBSA等)? 10.怎样通过网络运行APBS?(Gemstone) 10.1得到Gemstone 10.2用PDB2PQR来准备结构 10.3用APBS进行静电计算 11.更多例子…… 12.所有这些没有回答我的问题-…… 图像清单 3.1 .弓形阻遏物的等势线(在VMD中) 3.2.弓形阻遏物表面势能(在VMD中) 3.3.FAS2静电势能等势线(+/- KT/e)(在PyMOL中) 3. 4.FAS2静电表面势能(+/- 5KT/e)(在PyMOL中) 3. 5.全溶剂化能循环 5.1. 结合自由能循环 7.1. pK a摄动自由能循环原理图 7.2. HEWL活性位点

8.1.并行计算得到的肌动蛋白二聚体等势线 10.1. Gemstone PDB2PQR 计算 10.2. Gemstone APBS/Calculation 屏幕 10.3. Gemstone APBS/Grid屏幕 10.4. Gemstone APBS/Physics屏幕 10.5. Gemstone APBS/File I/O屏幕 10.6. Gemstone APBS/Calculation屏幕(运行完成) 表格清单 7.1. 常见可滴定基团的模型氨基酸pKa 值; 数据来自Nielsen et al (见注脚) List of Examples 4.1. 玻恩离子PQR 4.2.玻恩输入文件示例方程式清单 4.1. 玻恩离子极性溶剂化能 5.1. 结合自由能方程 5.2. 溶剂化对结合自由能的贡献 5.3. 库仑力对结合自由能的贡献 5.4. 结合自由能 7.1. 酸解离自由能 7.2. 迁移自由能 Chapter 1.怎样阅读教程这本教程是以"怎样做"的形式设计的,使读者能熟悉使用APBS进行静电计算。读者需要最新版本的APBS((https://www.360docs.net/doc/37344096.html,)来演示本教程中提供的实例。需要的其他文件列在Individual section里。重要信息注意本教程中的许多实例操作也可以通过网络Gemstone实现，而不需要在本地装载APBS 软件。更多信息见Chapter 10, 怎样通过网络运行APBS ? (Gemstone) 。提示本教程仍在完善之中，并且会在下一版本的APBS 开发出之前完成。未完成部分涵盖的许多课题在APBS 实例目录中有所展示。

pymol使用教程

简介&安装 Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。自2006年8月1日起，DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）采取限定下载的措施。目前，只有付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话： 1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块： ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行： 2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装： ?Python ?Pmw ?OpenGL driver（我用的是NVdia） ?libpng ?Subversion client（下载源代码需要）然后下载Pymol的源代码 $ mkdir pymol-src $ svn co https://https://www.360docs.net/doc/37344096.html,/svnroot/pymol/trunk/pymol pymol-src 然后进入源代码目录 # cd pymol-src 开始依次编译

一个使用gromacs进行蛋白质模拟的入门教程

GROMACS Tutorial Lysozyme in Water Justin Lemkul Department of Biochemistry, Virginia Tech This example will guide a new user through the process of setting up a simulation system containing a protein (lysozyme) in a box of water, with ions. Each step will contain an explanation of input and output, using typical settings for general use. This tutorial assumes you are using a GROMACS version in the series.

GROMACS Tutorial Step One: Prepare the Topology We must download the protein structure file we will be working with. For this tutorial, we will utilize hen egg white lysozyme (PDB code 1AKI). Go to the RCSB website and download the PDB text for the crystal structure. Once you have downloaded the structure, you can visualize the structure using a viewing program such as VMD, Chimera, PyMOL, etc. Once you've had a look at the molecule, you are going to want to strip out the crystal waters. Use a plain text editor like vi, emacs (Linux/Mac), or Notepad (Windows). Do not use word processing software! Delete the lines corresponding to these molecules (residue "HOH" in the PDB file). Note that such a procedure is not universally appropriate ., the case of a bound active site water molecule). For our intentions here, we do not need crystal water. Always check your .pdb file for entries listed under the comment MISSING, as these entries indicate either atoms or whole residues that are not present in the crystal structure. Terminal regions may be absent, and may not present a problem for dynamics. Incomplete internal sequences or any amino acid residues that have missing atoms will cause pdb2gmx to fail. These missing atoms/residues must be modeled in using other software packages. Also note that pdb2gmx is not magic. It cannot generate topologies for arbitrary molecules, just the residues defined by the force field (in the *.rtp files - generally proteins, nucleic acids, and a very finite amount of cofactors, like NAD(H) and ATP).

pymol 基本操作

简介&安装 Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。自2006年8月1日起，DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）采取限定下载的措施。目前，只有付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话： 1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。 2.然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块： ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行： 3.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装： ?Python ?Pmw ?OpenGL driver（我用的是NVdia） ?libpng ?Subversion client（下载源代码需要）然后下载Pymol的源代码 $ mkdir pymol-src $ svnpymol-src 然后进入源代码目录 # cd pymol-src 开始依次编译 # python setup.py install

统计分析软件SPSS详细教程

10.11统计分析软件&SPSS建立数据目录 10.11统计分析软件&SPSS建立数据 (1) 10.25数据加工作图 (1) 11. 08绘图解答&描述性分析： (3) 2.描述性统计分析： (4) 四格表卡方检验：（检验某个连续变量的分布是否与某种理论分布一致，如是否符合正态分布） (7) 第七章非参数检验 (10) 1.单样本的非参数检验 (11) （1）卡方检验 (11) （2）二项分布检验 (12) 2.两独立样本的非参数检验 (13) 3.多独立样本的非参数检验 (16) 4.两相关样本的非参数检验 (16) 5.多相关样本的非参数检验 (18) 第五章均值检验与T检验 (20) 1.Means过程（均值检验）（ (20) 4. 单样本T检验 (21) 5. 两独立样本T检验 (22) 6.两配对样本T检验 (23) 第六章方差分析 (25) 单因素方差分析： (25) 多因素方差分析： (29) 10.25数据加工作图 1.Excel中随机取值：=randbetween(55,99) 2.SPSS中新建数据，一列40个，正态分布随机数：先在40那里随便输入一个数表示选择40个可用的，然后按一下操作步骤： 3.排序：个案排秩

4.数据选取：数据-选择个案-如果条件满足：计算新变量： 5.频次分析：分析-统计描述-频率

还原：个案-全部 6.加权：还原 7.画图： 11. 08绘图解答&描述性分析：1.课后题：长条图

2.描述性统计分析：（1）频数分析：

（2）描述性分析：描述性统计分析没有图形功能，也不能生成频数表，但描述性分析可以将原始数据转换成标准化得分，并以变量形式存入数据文件中，以便后续分析时应用。操作：分析—描述性分析：然后对结果进行筛选，去掉异常值，就得到标准化的数据：任何形态的数据经过Z标准化处理之后就会是正态分布的<—错误！标准化是等比例缩放的，不会改变数据的原始分布状态，（3）探索分析：（检验是否是正态分布：茎叶图、箱图）实例：

封装教程1

观看本文之前，你必须首先会使用封装工具、虚拟机（推荐VMware）、EasyBoot、UltraISO、Ghost、PE系统。它们都是封装系统必备的工具，如果不会其中的任何一种，也就没必要再看本文了。系统减肥是整个封装过程中的第二重点。第一重点是什么？当然是封装后系统部署到其他计算机上不蓝屏，只有在这个前提下，才考虑减肥的问题。准备做DVD 镜像的朋友，也没必要看本文了。本文是给那些做CD 镜像的朋友准备的。系统减肥有两种方式：第一种，对安装光盘进行精简，这种方式是最有效的，有人称之为“事前避孕”。第二种，系统安装完毕，封装前后减肥，有人称之为“人工流产”。单一的减肥方式是不能达到完美效果的，要两种结合。首先叙述安装光盘的精简。 1、准备工具：nLite、UltraISO。 nLite 的功能：整合驱动程序和系统补丁、精简组件、系统优化。 nLite 下载地址：https://www.360docs.net/doc/37344096.html,/download.html 如果是Windows XP SP3，推荐使用最新版，版本号是 1.4.9.1 如果是Windows XP SP2，推荐使用 1.4.5 或以前的版本。（还有一种精简工具叫做RVMi，但由于用户少，而且会把SPx.cab 合并到Driver.cab ，致使某些封装工具无法使用。这里就不再介绍了） UltraISO 的功能：制作、修改光盘镜像。 UltraISO 下载地址：https://www.360docs.net/doc/37344096.html,/filebox/down/fc/e47aece94b04a8cb58dd2269fba45e65 2、使用UltraISO 或者WinRAR 将原版光盘iso 镜像解开释放到硬盘，例如D:\XPSP3 启动nLite，指定刚才释放的文件夹。（nLite 的具体使用不在本文讨论范围内，本文只展示其精简组件的功能）（本论坛的『nLite 精简』版块有nLite 的使用教程，请自行查阅）到如图步骤时，单击“组件”，前进

SPSS教程中文完整版

SPSS统计与分析统计要与大量的数据打交道，涉及繁杂的计算和图表绘制。现代的数据分析工作如果离开统计软件几乎是无法正常开展。在准确理解和掌握了各种统计方法原理之后，再来掌握几种统计分析软件的实际操作，是十分必要的。常见的统计软件有 SAS，SPSS，MINITAB，EXCEL 等。这些统计软件的功能和作用大同小异，各自有所侧重。其中的 SAS 和 SPSS 是目前在大型企业、各类院校以及科研机构中较为流行的两种统计软件。特别是 SPSS，其界面友好、功能强大、易学、易用，包含了几乎全部尖端的统计分析方法，具备完善的数据定义、操作管理和开放的数据接口以及灵活而美观的统计图表制作。SPSS 在各类院校以及科研机构中更为流行。 SPSS（Statistical Product and Service Solutions,意为统计产品与服务解决方案）。自 20 世纪 60 年代 SPSS 诞生以来，为适应各种操作系统平台的要求经历了多次版本更新，各种版本的 SPSS for Windows 大同小异，在本试验课程中我们选择 PASW Statistics 作为统计分析应用试验活动的工具。 1． SPSS 的运行模式 SPSS 主要有三种运行模式：（1）批处理模式这种模式把已编写好的程序（语句程序）存为一个文件，提交给[开始]菜单上[SPSS for Windows]→[Production Mode Facility]程序运行。（2）完全窗口菜单运行模式这种模式通过选择窗口菜单和对话框完成各种操作。用户无须学会编程，简单易用。（3）程序运行模式

这种模式是在语句（Syntax）窗口中直接运行编写好的程序或者在脚本（script）窗口中运行脚本程序的一种运行方式。这种模式要求掌握 SPSS 的语句或脚本语言。本试验指导手册为初学者提供入门试验教程，采用“完全窗口菜单运行模式”。 2． SPSS 的启动（1）在 windows[开始]→[程序]→[PASW]，在它的次级菜单中单击“SPSS for Windows”即可启动 SPSS 软件，进入 SPSS for Windows 对话框，如图，图所示。图 SPSS 启动

pymol用法(教程二)

[转载]PyMOL用法（教程二）基础Pymol命令这里主要介绍一下Pymol的一些基本命令操作。就像Linux 一样，要想更好的操作Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。 Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。当你开始用Pymol来完成一个项目时，你也许想会让Pymol 自动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。这个可以通过创建一个log文件来达到，该文件的后缀名应为.pml，记住，Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全： Pymol> log_open log-file-name.pml 如果你想终止记录，只需要键入： Pymol> log_close 好了，现在载入pdb文件（继续前用的pdb文件）： Pymol> load 2vlo.pdb 现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象，你可以在内部GUI 窗口里面看见这个项目的名字。但是你也可以自己定义该项

目的名字（如test）： Pymol> load 2vlo.pdb, test 下面说说如何来操作你新建的对象。首先： Pymol> show representation Pymol> hide representation 其中representation可以为：cartoon, ribbon, dots, spheres, surface和mesh。使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构。例如当我们键入： Pymol> hide lines Pymol> show ribbon 我们将得到如下结果：也许你已经注意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让Pymol 只显示当中的一个分子呢？首先输入如下命令： Pymol> label all, chains

SPSS简明教程(绝对受用)

第一章SPSS概览－－数据分析实例详解 1.1 数据的输入和保存 1.1.1 SPSS的界面 1.1.2 定义变量 1.1.3 输入数据 1.1.4 保存数据 1.2 数据的预分析 1.2.1 数据的简单描述 1.2.2 绘制直方图 1.3 按题目要求进行统计分析 1.4 保存和导出分析结果 1.4.1 保存文件 1.4.2 导出分析结果希望了解SPSS 10.0版具体情况的朋友请参见本网站的SPSS 10.0版抢鲜报道。例1.1 某克山病区测得11例克山病患者与13名健康人的血磷值(mmol/L)如下, 问该地急性克山病患者与健康人的血磷值是否不同（卫统第三版例4.8）？患者: 0.84 1.05 1.20 1.20 1.39 1.53 1.67 1.80 1.87 2.07 2.11 健康人: 0.54 0.64 0.64 0.75 0.76 0.81 1.16 1.20 1.34 1.35 1.48 1.56 1.87 解题流程如下：

1.将数据输入SPSS，并存盘以防断电。 2.进行必要的预分析（分布图、均数标准差的描述等），以确定应采用的检验方法。 3.按题目要求进行统计分析。 4.保存和导出分析结果。下面就按这几步依次讲解。 §1.1 数据的输入和保存 1.1.1 SPSS的界面当打开SPSS后，展现在我们面前的界面如下：请将鼠标在上图中的各处停留，很快就会弹出相应部位的名称。请注意窗口顶部显示为“SPSS for Windows Data Editor”，表明现在所看到的是SPSS的数据管理窗口。这是一个典型的Windows软件界面，有菜单栏、

Nlite整合windows XPSP3详细全过程

[原创] Nlite整合windows XPSP3详细全过程『前言』很多系统封装初学者，往往是系统减肥这块做不好，做出来的GHO文件始终是超过650MB 系统制作容量控制不好的原因有几个： 1：系统减肥没处理好，看了各种精简、减肥教程也不好。 2、软件安装的比较多，没压缩处理好，程序目录不要大于400MB 3、驱动过大（驱动包一般控制在125MM以内比较合适）这时候我们就需用Nlite软件对原版系统进行精简和整合！一，需要到的工具用nlite整合当然得下个nlite先啦我用的是nLite-1.4.9.1版本的,而且它需要Microsoft .NET Framework 2.0.支持所以安装nLite-1.4.9.1这个版本之前,得先安装Microsoft .NET Framework 2.0这个东西. nLite-1.4.9.1官方下载地址: https://www.360docs.net/doc/37344096.html,/download.html或者到华军或天空都有下Microsoft .NET Framework 2.0.华军下吧https://www.360docs.net/doc/37344096.html,/soft/38669.htm 当然你还必须有个一windows_xpsp3 professional 操作系统这是本人下载后的校验码

Windows XP with SP3 VOL MSDN 简体中文官方集成版(FTP下载) 文件名：zh-hans_windows_xp_professional_with_service_pack_3_x86_cd_vl_x14-74070.iso 大小：601.04M 文件: E:\操作系统\WindowsXP(SP3)简体中文正式版\Windows_XP_SP3_VOL_CN.iso 大小: 630237184 字节修改时间: 2008年5月4日星期日, 21:35:34 MD5: E74D72F3D90456003E9E02BA0FB7DA61 SHA1: D142469D0C3953D8E4A6A490A58052EF52837F0F CRC32: FFFFFFFF ——这是本人下载后的校验码（图一）发布日期(UTC):5/2/2008 12:05:18 AM SHA1:d142469d0c3953d8e4a6a490a58052ef52837f0f MD5: E74D72F3D90456003E9E02BA0FB7DA61 ISO/CRC:FFFFFFFF 下载完毕之后请验证SHA1及MD5值！下载地址：

封装系统

教你如何修改GHO，制作自己的系统安装盘文中以【电脑公司ghost xp v7.3】为例桌面壁纸 C:\Documents and Settings\BBW\Local Settings\Application Data\Microsoft 软件准备 1 UltraISO 2 GHOST镜像浏览器V8.3.EXE（在光盘里可以提取到） 3 EasyBoot 4 电脑公司ghost xp v7.3 .ISO文件详细步骤： 1.用UltraISO打开电脑公司ghost xp v7.3 ISO文件提取一个文件包,一个GHO 文件 (EZBOOT文件包,WINXPSP2.GHO文件) EZBOOT文件包是光盘DOS启动界面和WINDOWS系统中自动运行截面 2.修改光盘DOS启动截面: 准备一张640*480 256色图片,图片可以选择自己喜欢的图片,用PS修改成640*480 256色首先将准备好的图片放到提取出的EZBOOT文件夹中，替换原来的BACK.BMP；用EASYBOOT打开EZBOOT文件夹中的cdmenu.ezb文件，因为已经替换了背景文件BACK.BMP文件,所以在EASYBOOT显示的已经是你喜欢的背景图片了,各位可以按照自己的喜好随便用EASYBOOT软件修改里边的文字部分,比如作者,日期,菜单可以不用修改,因为DONGHAI已经做的很好了,对了在保存以前别忘记在EASYBOOT里选中背景图象一项。 SUB.EZB文件和上边一样的修改方法容易出现的问题就是图片的格式问题，一定要把图片个修改对了完成以后替换原来的EZBOOT就OK了 3 修改WINDOWS系统下光盘自动运行的界面在UltraISO打开的7.3ISO文件里提取AUTORUN.INI，把里边修改成自己的OEM信息，替换原来的文件有人要问了，干吗要改，(哈哈，这个AUTORUN.INN文件就是WINDOWS系统下光盘自动运行的界面显示的文字内容)

集成SATA驱动到系统安装盘(图文教程)

早期的一些主板，由于芯片功能不完善，导致在安装系统的时候必须要通过软驱加载SATA RAID驱动，否则无法安装。然而现在软驱已成为“古董”，找一块可用的软盘绝非易事。虽然“ghost版”可以实现免软驱安装，但某些人就是不喜欢ghost版的。这种情况下把SATA驱动集成到系统安装光盘中就和有必要了。集成的方法可以用XP系统自带的组件，但修改txtsetup.sif文件实在令很多人望而却步；另一个方法是利用nLite软件，这个软件本意是为精简Windows安装盘而设，但也具备集成硬件驱动、系统补丁等功能，而且个各个功能都是可选的。本帖就是介绍nLite软件的集成驱动功能，不SATA驱动集成XP系统啊安装盘中，有兴趣的网友可以试试。一、所需软件 1、nLite-1.4.1 Final ，下载地址：https://www.360docs.net/doc/37344096.html,/html_2/1/59/id=10014&pn=0.html 2、DOTNETFX.EXE ，因为nLite软件需要NET Framework框架支持。下载地址：https://www.360docs.net/doc/37344096.html,/download/5/6/7/567758a3-759e-473e-bf8f-52154438565a/dotnetf x.exe 3、UltraISO ，光盘镜像制作修改工具。绿色版下载地址：https://www.360docs.net/doc/37344096.html,/soft/4779.htm 或https://www.360docs.net/doc/37344096.html,/soft/1585.html 4、虚拟机，可选，但用虚拟机检验你的劳动成果也是不错的主意。 5、XP SP2安装光盘或镜像先安装DOTNETFX.EXE ，然后nLite-1.4.1 Final ，UltraISO 可以用绿化版。二、集成方法、步骤 1、将XP SP2安装光盘中的所有文件（包括隐藏文件），拷贝到一个文件夹中（本例是sata_XP），如果是镜像，则用UltraISO 提取到sata_XP文件夹中。如图 2、把SATA驱动放到某个文件夹中，本例是raid文件夹。驱动可以从主板驱动光盘中拷贝出来，也可以从网上下载，或者从ghost系统中提取sata/raid驱动包。本帖以VT8237芯片SATA驱动为例介绍。 3、启动nlite，先选择中文界面，点“前进”，然后点“浏览”定位到sata_XP文件夹，

史上最小的Windows XP

“最小的中文操作系统”--贝贝XP家庭版V0.14 安装盘71MB，安装后WINDOWS系统文件夹193MB。PF值39MB。纯净不加任何第三方软件，原汁原味儿。已经安装、测试的软件有： PHOTOSHOP、CORELDWAW、OFFICE系列、WMP10、REALONE、KMP、TT在线播放、RAR、ACDSEE、NERO、DX90C、3D游戏等等。硬件支持：打印机、扫描仪、无线配置、PCMCIA、声、显、网三卡等等。局域网内和ADSL拨号上网均可，但不主张长期使用该系统在586的电脑上网冲浪，老机器配置低，加了杀软就没有资源了。下载地址：https://www.360docs.net/doc/37344096.html,/soft/15/2007/200701021103.html 最小，微缩，精简xp（比zmhXP4进一步精简20M余)已修复错误已修复错误，谢谢大家支持潜水这么长时间，一直没有什么帖子发布，最近研究精简xp，在zmhxp4的基础上手工删除了大量文件，使xp体积进一步缩小约20M，安装完后占用空间约140M左右，不过精简后发现，根据需要可以打各种补丁，与zmhxp4实现相同功能，运行速度稍有增快，本人无空间，无法上传，就上传精简列表给诸位，希望对精简高手有用。精简前i386文件夹1164个文件，精简了383个文件，另外83 个文件减小了体积。下载附件解压缩到zmhxp4字体修改版的i386目录下，运行del.bat就精简完成。还是因为没有空间，修改的83个文件，就不提供了，祝大家成功，有问题欢迎交流。经过重新测试和大家的建议，已经作了修改，增加了及个文件，增强了兼容性，不过安装过程中仍会出现两次错误提示。已增加截图，截图为安装完，未进行任何优化设置的情况另外还有些文件及文件夹可以进一步精简，大家可以试试。下载地址http://share.138.io/get/a6db685e1e85b9f19959141a3.html http下载目前最小的XP---zmhxp3 (75m) 本作品只有75M解压后81M 源安装盘是Windows XP SP2大企业版，经过本人精简压缩后只有75M 安装可在无人看管的情况下全自动完成，512M内存板载显卡，5分钟安装完成。第一只能从硬盘安装可以在纯DOS下安装WINNT.BAT 也可以在WINDOWS下安装WINNT32.BAT

pymol 基本操作

简介＆安装 Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源：“Py"表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子(molucule）的缩写,表示该软件用来显示分子结构。由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧. 自2006年8月1日起,DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版)采取限定下载的措施。目前,只有付费用户可以取得.不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话： 1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块： ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行： 2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装： ?Python ?Pmw ?OpenGL driver（我用的是NVdia) ?libpng ?Subversion client（下载源代码需要）然后下载Pymol的源代码＄ mkdir pymol—src ＄ svn co pymol-src 然后进入源代码目录＃ cd pymol-src 开始依次编译＃ python setup.py install # python setup2。py install

PyMOL Users Manual

4/8/2016PyMOL Users Manual Contents Previous Next Command Syntax and Atom Selections Syntax A typed PyMOL command always starts with a keyword that calls PyMOL to execute an action. It ends with a carriage return ("enter" on your keyboard). The simplest commands consist of a keyword alone. For example, typing quit will end your PyMOL session. The quit command never takes an argument. Many commands have default arguments, so you can type the keyword alone and PyMOL will supply the rest. For example, the default argument to zoom is the selection-expression all: E X A M P L E P y M O L>z o o m#A l l v i s i b l e r e p r e s e n t a t i o n s #a r e i n c l u d e d i n t h e v i e w. For some keywords, certain arguments are required and others are supplied by default. For example, the keyword color requires one argument, the color-name. As for zoom, the default selection-expression is all: S Y N T A X c o l o r c o l o r-n a m e c o l o r c o l o r-n a m e,s e l e c t i o n-e x p r e s s i o n E X A M P L E S P y M O L>c o l o r r e d#A l l t h e r e p r e s e n t a t i o n s #a r e c o l o r e d r e d. P y M O L>c o l o r r e d,n a m e c a#O n l y t h e r e p r e s e n t a t i o n s o f #a t o m s n a m e d c-a l p h a a r e c o l o r e d r e d. When you type a command that has more than one argument, color color-name, selection-expression in this case, a comma must separate the arguments. Selection-expression s are an essential type of keyword argument. They can be simple or complex, with several different kinds of syntax. Selection-expressions Selection-expression s stand for lists of atoms in arguments that are subject to PyMOL commands. You can name the selections to facilitate their re-use, or you can specify them anonymously (without names). Object and selection names may include the upper or lower case characters A/a to Z/z, numerals 0 to 9, and the underscore character (_). Characters to avoid include: !@#$%^&*()'"[]{}\|~`<>.?/ Selection-expression s describe the class of atoms you are referencing. Most of them require identi?ers to complete the speci?cation. For example, the selector resi references biopolymer residues by sequence number, and the identi?er gives the number. The selector name references atoms according to the names described in the PDB, and the identi?er gives the name (ca for alpha carbons, cb for beta carbons, etc). A handful of selection-expression s don't require identi?ers, but most do. PyMOL uses several logical operators to increase the generality or speci?city of selection-expression s. Logical combinations of selectors can get complex, so PyMOL accepts short forms and macros that express them with a minimum of keystrokes. This section describes named-selections, and then gives the syntax for making selections in a progression from simple one-word selectors to complex combinations of selectors, using macros and short forms. Named Atom Selections Atom selections can be named for repeated use by using the select command: S Y N T A X s e l e c t s e l e c t i o n-n a m e,s e l e c t i o n-e x p r e s s i o n #T h e s e l e c t i o n-n a m e a n d #t h e s e l e c t i o n-e x p r e s s i o n #a r e b o t h a r g u m e n t s t o s e l e c t #s o t h e y a r e s e p a r a t e d b y a c o m m a. E X A M P L E P y M O L>s e l e c t b b,n a m e c+o+n+c a#C r e a t e a n a t o m s e l e c t i o n n a m e d"b b" #i n c l u d i n g a l l a t o m s n a m e d #"C","O","N",o r"C A"; P y M O L>c o l o r r e d,b b#c o l o r t h e s e l e c t i o n r e d, P y M O L>h i d e l i n e s,b b#h i d e t h e l i n e r e p r e s e n t a t i o n, P y M O L>s h o w s t i c k s,b b#s h o w i t u s i n g t h e s t i c k r e p r e s e n t a t i o n, P y M O L>z o o m b b#a n d z o o m i n o n i t. In this case, the selection-expression is the property selector name, which takes the list of identi?ers ca+c+n+o to complete the speci?cation. Property selectors and their identi?ers are discussed below. Named atom selections appear in the PyMOL names list in the control panel. They are distinguished from objects by a surrounding set of parentheses. The control panel options available under the diamond menu differ between objects and atom-selections, because objects and named selections play slightly different roles in PyMOL. Named selections are pointers to subsets of data that are found under an object name. After an object is deleted, the data are no longer available, unless you reload the object. Any named selections that refer to atoms in that object will no longer work. But when named selections are deleted, the data are still available under the object name. Disabling objects eliminates them from the viewer, but disabling named-selections just turns off the pink dots that highlight them in the viewer. Atom-selections, named or not, can span multiple objects: E X A M P L E https://www.360docs.net/doc/37344096.html,/newman/user/S0220commands.html1/6

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