柳属的分支系统学分析
生物信息学软件及使用概述
生物信息学软件及使 刘吉平 liujiping@https://www.360docs.net/doc/307702235.html, 用概述 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
生物信息学是一门新兴的交叉学生物信息学的概念： 科，它将数学和计算机知识应用于生物学，以获取、加工、存储、分类、检索与分析生物大分子的信息，从而理解这些信息的生物学意义。 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
分析和处理实验数据和公共数据，生物信息学软件主要功能 1.2.提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验 3.实验数据的自动化管理 4.寻找、预测新基因及其结构、功能 5.蛋白质高级结构及功能预测（三维建模，目前研究的焦点和难点） 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
功能1. 分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间 ?核酸：序列同源性比较，分子进化树构建，结构信息分析，包括基元(Motif)、酶切点、重复片断、碱基组成和分布、开放阅读框（ORF ），蛋白编码区（CDS ）及外显子预测、RNA 二级结构预测、DNA 片段的拼接； ?蛋白：序列同源性比较，结构信息分析（包括Motif ，限制酶切点，内部重复序列的查找，氨基酸残基组成及其亲水性及疏水性分析)，等电点及二级结构预测等等； ?本地序列与公共序列的联接，成果扩大。 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
Antheprot 5.0 Dot Plot 点阵图 Dot plot 点阵图能够揭示多个局部相似性的复杂关系 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
(完整版)系统动力学模型案例分析
系统动力学模型介绍 1.系统动力学的思想、方法 系统动力学对实际系统的构模和模拟是从系统的结构和功能两方面同时进行的。系统的结构是指系统所包含的各单元以及各单元之间的相互作用与相互关系。而系统的功能是指系统中各单元本身及各单元之间相互作用的秩序、结构和功能，分别表征了系统的组织和系统的行为，它们是相对独立的，又可以在—定条件下互相转化。所以在系统模拟时既要考虑到系统结构方面的要素又要考虑到系统功能方面的因素，才能比较准确地反映出实际系统的基本规律。系统动力学方法从构造系统最基本的微观结构入手构造系统模型。其中不仅要从功能方面考察模型的行为特性与实际系统中测量到的系统变量的各数据、图表的吻合程度，而且还要从结构方面考察模型中各单元相互联系和相互作用关系与实际系统结构的一致程度。模拟过程中所需的系统功能方面的信息，可以通过收集，分析系统的历史数据资料来获得，是属定量方面的信息，而所需的系统结构方面的信息则依赖于模型构造者对实际系统运动机制的认识和理解程度，其中也包含着大量的实际工作经验，是属定性方面的信息。因此，系统动力学对系统的结构和功能同时模拟的方法，实质上就是充分利用了实际系统定性和定量两方面的信息，并将它们有机地融合在一起，合理有效地构造出能较好地反映实际系统的模型。 2.建模原理与步骤
(1)建模原理 用系统动力学方法进行建模最根本的指导思想就是系统动力学的系统观和方法论。系统动力学认为系统具有整体性、相关性、等级性和相似性。系统内部的反馈结构和机制决定了系统的行为特性，任何复杂的大系统都可以由多个系统最基本的信息反馈回路按某种方式联结而成。系统动力学模型的系统目标就是针对实际应用情况，从变化和发展的角度去解决系统问题。系统动力学构模和模拟的一个最主要的特点，就是实现结构和功能的双模拟，因此系统分解与系统综合原则的正确贯彻必须贯穿于系统构模、模拟与测试的整个过程中。与其它模型一样，系统动力学模型也只是实际系统某些本质特征的简化和代表，而不是原原本本地翻译或复制。因此，在构造系统动力学模型的过程中，必须注意把握大局，抓主要矛盾，合理地定义系统变量和确定系统边界。系统动力学模型的一致性和有效性的检验，有一整套定性、定量的方法，如结构和参数的灵敏度分析，极端条件下的模拟试验和统计方法检验等等，但评价一个模型优劣程度的最终标准是客观实践，而实践的检验是长期的，不是一二次就可以完成的。因此，一个即使是精心构造出来的模型也必须在以后的应用中不断修改、不断完善，以适应实际系统新的变化和新的目标。 (2)建模步骤 系统动力学构模过程是一个认识问题和解决问题的过程，根据人们对客观事物认识的规律，这是一个波浪式前进、螺旋式上升的过程，因此它必须是一个由粗到细，由表及里，多次循环，不断深化的过程。系统动力学将整个构模过程归纳为系统分析、结构分析、模型建立、模型试验和模型使用五大步骤这五大步骤有一定的先后次序，但按照构模过程中的具体情况，它们又都是交叉、反复进行的。 第一步系统分析的主要任务是明确系统问题，广泛收集解决系统问题的有关数据、资料和信息，然后大致划定系统的边界。 第二步结构分析的注意力集中在系统的结构分解、确定系统变量和信息反馈机制。 第三步模型建立是系统结构的量化过程(建立模型方程进行量化)。 第四步模型试验是借助于计算机对模型进行模拟试验和调试，经过对模型各种性能指标的评估不断修改、完善模型。 第五步模型使用是在已经建立起来的模型上对系统问题进行定量的分析研究和做各种政策实验。 3.建模工具 系统动力学软件VENSIM PLE软件 4.建模方法 因果关系图法 在因果关系图中，各变量彼此之间的因果关系是用因果链来连接的。因果链是一个带箭头的实线(直线或弧线)，箭头方向表示因果关系的作用方向，箭头旁标有“+”或“-”号，分别表示两种极性的因果链。
语言学
Schools of Modern Linguistics 为何要讲流派问题？ 刘润清主张，进入一个研究领域时，第一要宏观，第二要对思想（ideas) 感兴趣。 宏观：做研究，别一下扎到一个小领域、小题目里去，那样会见木不见林。了解宏观背景，让你不失迷方向。 对思想、哲学理念感兴趣，比只对纯技术性的东西感兴趣，更有意义。技术是手段，提高认识是追求。 1. 区分流派与分支 1.1.1 流派多指思潮, 有代表人物, 代表著作, 主要观点, 研究方法, 盛行时代,有其影 响, 往往有历史视角。（它未必对领域中的诸多问题都有论述。） Schools refer to trends of thought, with their representative figures, works, unique ideas, methods and influence on later development; a diachronic perspective. 区分流派与分支 1.1.2 分支多指领域, 研究范围, 也有经典著作, 有影响的人物, 多用共时观点。可能多个流派都对它有过贡献。 (Branches refer to areas of study, with their classics, and influential figures; often a synchronic perspective.) 1. 区分流派与分支 1.1.3 历史视角和共时视角一起可以画出一个十字, 像一个坐标. The diachronic and synchronic perspectives will form a cross, which like a coordinate. Distinction between Schools and Branches 1. 区分流派与分支 1.2 语言学的分支: Branches: 从内部分:语音学, 音系(位)学, 词汇学, 形态学, 句法学, 语义学, 语用学(?) Distinction from within: phonetics, phonology, lexicology, morphology, syntax, semantic, pragmatics (?) 1. 区分流派与分支 从外部分: 心理语言学, 社会语言学, 计算语 言学, 神经语言学, 文化语言学, 人类语言 学，语料库语言学等。Distinction from without: psycholinguistics, sociolinguistics, computation linguistics, neurolinguistics, anthropological linguistics, cultural linguistics, corpus linguistics, etc. 1. 区分流派与分支
系统动力学优化方法案例研究
系统动力学优化方法案例研究 1研究背景 农业生态系统是由自然生态系统和社会经济系统组成的复杂系统，它的发展受人类、社会、经济、政策、科技和自然等因素综合作用，呈现高度非线性、多回路、复杂的动态特性。农业生态系统的优化管理就是对农业生产进行合理的人为干预，通过政策实施和技术支撑，对系统结构和功能进行合理调控，使农业生态系统处于安全与健康状态，为人类提供持续的生态服务、满足人类生存和发展需求。 禹城农业生态系统为县级尺度的生态系统。全市拥有耕地52927 hm2，全市总人口499755人，其中农业人口415913人。土地平坦，水资源丰富，适合农业生产，经济以农业为主，农业长期以种植业为主，20世纪90年代，粮食单产稳定在12000kg/hm2以上，畜牧业有了较快发展，逐步呈现农牧结合的良好态势，到2000年种植业产值和畜牧业产值在农业生产总产值中分别占到65.0%和29.8%。种植业以小麦、玉米为主，部分为棉花、蔬菜、瓜果等经济作物，养殖业以牛、猪、鸡为主。目前，随着我国农业发展进入新阶段，面临新一轮农业结构调整，根据区域资源特点及我国优势农产品区划，禹城市既是粮食生产优势产区，同时也是畜牧业生产的优势产区，种植业子系统和养殖业子系统是禹城市农业生态系统两个最主要的子系统，种植业和养殖业的结合也是农业生产最基本的形式。养殖业在农业生态系统中的重要作用，一方面主要表现为提供营养丰富的动物性食品和增加经济收入，另一方面则表现为充分利用种植业副产物，并为种植业提供大量有机肥从而可适当减少化肥用量。种植业和养殖业的有机结合，有利于减少工业辅助能的投入，能够提高抵抗自然灾害和社会经济风险的能力，可以增加系统的稳定性。运用系统动力学方法优化并调控种植业和养殖业内部组分结构比例，协调种植业和养殖业两个子系统之间的相互关系，探讨实现系统的整体高效和良性循环的途径。 2模型的建立与检验 （1）建模思路 应用系统动力学模型对禹城市农牧结合生态系统发展趋势进行动态模拟，并
语言学类别和流派.
第一部分语言学的类别 语言学类别是教学大纲增补的内容，学习上要注意几个基本的概念问题。 语言学是语言研究的各个学科的总称，它的内部还有很多的分支学科，所以语言学的内容是十分丰富多彩的。这主要是因为语言本身的结构非常复杂，语言的种类繁多，语言与人类社会生活有着多方面的联系，人们研究语言的目的、角度、方法多种多样，于是就形成了语言学的各种类别和流派。 语言学可以从各种不同的角度分类。关于语言学的类别，要注意以下几个分类角度：一是功能角度，二是研究对象，三是从研究对象的时间范围分类。一般主要是从功能角度给语言学分类。从功能看，语言学首先可以分为理论语言学和应用语言学两大类，其余角度的分类，我们这里综合在一起介绍。由于分类角度不通，一门语言学科可以划分在不同的类别中。例如现代汉语从功能看属于理论语言学，从对象看是专语语言学，从研究的时间范围看是共时语言学。 一、理论语言学 理论语言学是语言学的主体部分，是所有语言学的理论基础，它包括对具体的、个别的语言的研究和综合各种语言的研究。根据研究对象的不同，理论语言学又可分为普通语言学和专语语言学两大类。 （一）普通语言学 普通语言学也叫一般语言学，它以人类所有的语言为研究对象，是语言学的重要的理论部分，是在人们对各种具体语言研究成果的基础上建立起来的，同时又对专语语言学的研究具有指导作用，可以说是人类语言研究成果的综合反映与运用。普通语言学研究的基本内容是：语言的性质、语言的结构、语言的起源与发展变化，语言学的研究方法，语言学在学科体系的地位等。通常所说的语言学，主要是指普通语言学。 普通语言学再细分，可分普通语音学、普通词汇学、普通语法学、语义学等，我们的课程就属于普通语言学性质。 （二）专语语言学 专语语言学也叫具体语言学、个别语言学。专语语言学为普通语言学提供丰富目的材料，要吸收应用普通语言学的研究成果，接受普通语言学的指导，与普通语言学相互促进，共同发展。专语语言学以一种或几种语言为研究对象。它可以研究某种具体的语言，如研究汉语，叫汉语语言学，以英语为研究对象，叫英语语言学。它也可以以几种有亲属关系的语言为研究对象，分析研究其发展规律特点，如我国的壮语、布衣语、傣语、土语等是来源于侗傣语支的亲属语言，以这几种语言为研究对象，叫侗傣语言学。英语、德语、荷兰语、瑞典语、丹麦语来源于日尔曼语，以之为研究对象的学科叫日尔曼语言学。同学们在专科阶段学过的古代汉语和现代汉语就是专语语言学。 普通语言学的理论是在专语语言学研究成果的基础上建立起来的，其发展水平取决于对具体语言进行研究的成果。对具体语言的研究越多，材料越丰富，那么就越有利于普通语言学理论的发展。目前对具体语言的研究，还主要局限在世界上一些大的语种，还有很多语言，比如一些边远、落后民族的语言，还没有得到很好的研究，甚至可能还有不为人知的语言。所以目前普通语言学的理论只综合反应了一部分语言的研究成果，随着语言学家对各种语言研究的范围不断深入，不断扩大，语言学理论还将进一步得到发展。 二、历时语言学和共时语言学 任何一种语言，都有它横向结构的一面，相对稳定的一面，又有它纵向发展的一面，历史的一面。研究分析语言，既需要看它在当代的状态，认识它的现状，也要看发展的特点，找出演变的规律。因此，专语语言学可以从不同角度研究语言，它可以研究一种语言的发展历史，也可以研究语言在某一个时代的状况，据此可把专语语言学分为历时语言学和共时语言学两大类。 （一）历时语言学
系统动力学模型案例分析学习资料
系统动力学模型案例 分析
系统动力学模型介绍 1?系统动力学的思想、方法 系统动力学对实际系统的构模和模拟是从系统的结构和功能两方面同时进行的。系统的结构是指系统所包含的各单元以及各单元之间的相互作用与相互关系。而系统的功能是指系统中各单元本身及各单元之间相互作用的秩序、结构和功能，分别表征了系统的组织和系统的行为，它们是相对独立的，又可以在一定条件下互相转化。所以在系统模拟时既要考虑到系统结构方面的要素又要考虑到系统功能方面的因素，才能比较准确地反映出实际系统的基本规律。系统动力学方法从构造系统最基本的微观结构入手构造系统模型。其中不仅要从功能方面考察模型的行为特性与实际系统中测量到的系统变量的各数据、图表的吻合程度，而且还要从结构方面考察模型中各单元相互联系和相互作用关系与实际系统结构的一致程度。模拟过程中所需的系统功能方面的信息，可以通过收集，分析系统的历史数据资料来获得，是属定量方面的信息，而所需的系统结构方面的信息则依赖于模型构造者对实际系统运动机制的认识和理解程度，其中也包含着大量的实际工作经验，是属定性方面的信息。因此，系统动力学对系统的结构和功能同时模拟的方法，实质上就是充分利用了实际系统定性和定量两方面的信息，并将它们有机地融合在一起，合理有效地构造出能较好地反映实际系统的模型。 2.建模原理与步骤 任务j调研 * 问气定义 划定界限 建力方程* 政策分析与模空便用系统分析结构分析*
（1）建模原理 用系统动力学方法进行建模最根本的指导思想就是系统动力学的系统观和方法论。系统动力学认为系统具有整体性、相关性、等级性和相似性。系统内部的反馈结构和机制决定了系统的行为特性，任何复杂的大系统都可以由多个系统最基本的信息反馈回路按某种方式联结而成。系统动力学模型的系统目标就是针对实际应用情况，从变化和发展的角度去解决系统问题。系统动力学构模和模拟的一个最主要的特点，就是实现结构和功能的双模拟，因此系统分解与系统综合原则的正确贯彻必须贯穿于系统构模、模拟与测试的整个过程中。与其它模型一样，系统动力学模型也只是实际系统某些本质特征的简化和代表，而不是原原本本地翻译或复制。因此，在构造系统动力学模型的过程中，必须注意把握大局，抓主要矛盾，合理地定义系统变量和确定系统边界。系统动力学模型的一致性和有效性的检验，有一整套定性、定量的方法，如结构和参数的灵敏度分析，极端条件下的模拟试验和统计方法检验等等，但评价一个模型优劣程度的最终标准是客观实践，而实践的检验是长期的，不是一二次就可以完成的。因此，一个即使是精心构造出来的模型也必须在以后的应用中不断修改、不断完善，以适应实际系统新的变化和新的目标。 ⑵建模步骤 系统动力学构模过程是一个认识问题和解决问题的过程，根据人们对客观事物 认识的规律，这是一个波浪式前进、螺旋式上升的过程，因此它必须是一个由粗到细，由表及里，多次循环，不断深化的过程。系统动力学将整个构模过程归纳为系 统分析、结构分析、模型建立、模型试验和模型使用五大步骤 这五大步骤有一定的先后次序，但按照构模过程中的具体情况，它们又都是交叉、反复进行的。 第一步系统分析的主要任务是明确系统问题，广泛收集解决系统问题的有关数据、资料和信息，然后大致划定系统的边界。 第二步结构分析的注意力集中在系统的结构分解、确定系统变量和信息反馈机制。 第三步模型建立是系统结构的量化过程（建立模型方程进行量化）。 第四步模型试验是借助于计算机对模型进行模拟试验和调试，经过对模型各种 性能指标的评估不断修改、完善模型。 第五步模型使用是在已经建立起来的模型上对系统问题进行定量的分析研究和 做各种政策实验。 3?建模工具 系统动力学软件VENSIM PLE软件 4.建模方法 因果关系图法 在因果关系图中，各变量彼此之间的因果关系是用因果链来连接的。因果链是 一个带箭头的实线（直线或弧线），箭头方向表示因果关系的作用方向，箭
系统动力学与案例分析
系统动力学与案例分析 一、系统动力学发展历程 （一）产生背景 第二次世界大战以后，随着工业化的进程，某些国家的社会问题日趋严重，例如城市人口剧增、失业、环境污染、资源枯竭。这些问题范围广泛，关系复杂，因素众多，具有如下三个特点：各问题之间有密切的关联，而且往往存在矛盾的关系，例如经济增长与环境保护等。 许多问题如投资效果、环境污染、信息传递等有较长的延迟，因此处理问题必须从动态而不是静态的角度出发。许多问题中既存在如经济量那样的定量的东西，又存在如价值观念等偏于定性的东西。这就给问题的处理带来很大的困难。 新的问题迫切需要有新的方法来处理；另一方面，在技术上由于电子计算机技术的突破使得新的方法有了产生的可能。于是系统动力学便应运而生。 （二）J.W.Forrester等教授在系统动力学的主要成果： 1958年发表著名论文《工业动力学——决策的一个重要突破口》，首次介绍工业动力学的概念与方法。 1961年出版《工业动力学》(Industrial Dynamics)一书，该书代表了系统动力学的早期成果。 1968年出版《系统原理》(Principles of Systems)一书，论述了系统动力学的基本原理和方法。 1969年出版《城市动力学》(Urban Dynamics)，研究波士顿市的各种问题。 1971年进一步把研究对象扩大到世界范围，出版《世界动力学》(World Dynamics)一书，提出了“世界模型II”。 1972年他的学生梅多斯教授等出版了《增长的极限》(The Limits to Growth)一书，提出了更为细致的“世界模型III”。这个由罗马俱乐部主持的世界模型的研究报告已被翻译成34种语言，在世界上发行了600多万册。两个世界模型在国际上引起强烈的反响。 1972年Forrester领导MIT小组，在政府与企业的资助下花费10年的时间完成国家模型的研究，该模型揭示了美国与西方国家的经济长波的内在机制，成功解释了美国70年代以来的通货膨胀、失业率和实际利率同时增长的经济问题。(经济长波通常是指经济发展过程中存在的持续时间为50年左右的周期波动) （三）系统动力学的发展过程大致可分为三个阶段： 1、系统动力学的诞生—20世纪50-60年代 由于SD这种方法早期研究对象是以企业为中心的工业系统，初名也就叫工业动力学。这阶段主要是以福雷斯特教授在哈佛商业评论发表的《工业动力学》作为奠基之作，之后他又讲述了系统动力学的方法论和原理，系统产生动态行为的基本原理。后来，以福雷斯特教授对城市的兴衰问题进行深入的研究，提出了城市模型。 2、系统动力学发展成熟—20世纪70-80年代 这阶段主要的标准性成果是系统动力学世界模型与美国国家模型的研究成功。这两个模型的研究成功地解决了困扰经济学界长波问题，因此吸引了世界范围内学者的关注，促进它在世界范围内的传播与发展,确立了在社会经济问题研究中的学科地位。 3、系统动力学广泛运用与传播—20世纪90年代-至今 在这一阶段,SD在世界范围内得到广泛的传播,其应用范围更广泛,并且获得新的发展.系统动力学正加强与控制理论、系统科学、突变理论、耗散结构与分叉、结构稳定性分析、灵敏度分析、统计分析、参数估计、最优化技术应用、类属结构研究、专家系统等方面的联系。许多学者纷纷采用系统动力学方法来研究各自的社会经济问题，涉及到经济、能源、交通、环境、生态、生物、医学、工业、城市等广泛的领域。 （四）国内系统动力学发展状况 20世纪70年代末系统动力学引入我国，其中杨通谊，王其藩，许庆瑞，陶在朴，胡玉奎等专家学者是先驱和积极倡导者。二十多年来，系统动力学研究和应用在我国取得飞跃发展。我国成立国内系统动力学学会，国际系统动力学学会中国分会，主持了多次国际系统动力学大会和有关会议。 目前我国SD学者和研究人员在区域和城市规划、企业管理、产业研究、科技管理、生态环保、海洋经济等应用研究领域都取得了巨大的成绩。 二、系统动力学的原理 系统动力学是一门分析研究信息反馈系统的学科。它是系统科学中的一个分支，是跨越自然科学和社会科学的横向学科。系统动力学基于系统论，吸收控制论、信息论的精髓，是一门认识系统问题和解决系统问题交叉、综合性的新学科。从系统方法论来说，系统动力学的方法是结构方法、功能方法和历史方法的统一。 系统动力学是在系统论的基础上发展起来的，因此它包含着系统论的思想。系统动力学是以系统的结构决定着系统行为前提条件而展开研究的。它认为存在系统内的众多变量在它们相互作用的反馈环里有因果联系。反馈之间有系统的相互联系，构成了该系统的结构，而正是这个结构成为系统行为的根本性决定因素。
普通语言学课程简介
北京外国语大学中国外语教育研究中心 普通语言学 授课对象：全校硕士生 授课语言：汉语 授课时间：2010年春季学期周三下午16:00-18:00 授课地点：逸夫楼第三阶梯教室 课程组织：陈国华 课程秘书：谢娟（电话88816824） 课程内容与安排 课程参考书 George Yule (1996/2000). The Study of Language (语言研究). Beijing: Foreign Language Teaching and Research Press/Cambridge University Press. 考核方式 (1)每一次讲课最后留10分钟做一小测验，共15次，每次5分，共75分。 测试成绩占总成绩的50%。 (2)每人提交一篇课程论文，题目须选自每一讲所给的思考题，长度为5000 字左右，格式遵照《中国外语教育研究中心论文格式手册》。提交日期 最迟不晚于第17周周五下午5:00，提交地点是中国外语教育研究中心 学生作业信箱。 论文成绩占总成绩的50%。
课程简介 1 什么是语言和语言学？ 首先介绍语言的定义。‘语言’一词有多个用法，如，指讲话行为；指某人的语言；指某种文体的语言；指某国的语言；泛指人类语言。由于对语言的认识还不很全面，下一个大家都能接受的定义很难。到目前为止，能被许多人接受的定义是：‘语言是用于人类交际的一种任意的声音符号系统。’区别人类语言与动物的呼叫系统时，常用语言的设计特征。如：语言是人类所特有的；语言即来自物种本能，也来自后天教养；语言具有任意性；语言有创造性；语言有位移性；语言有双重性；语言有系统性。 然后介绍什么是语言学。定义：语言学是对语言的科学研究。科学性有5条原则：系统性；客观性；前后一致性；语料充分性；简单明了等。语言学中的几个重要区分：描写性与规定性；共时研究与历时研究；语言与言语；语言能力与语言运用；形式与功能；语言的社会性与心理因素；语言的可变性与不变性。语言学有许多分支，其实就是研究语言的不同层次或语言与其他学科的关系。语言学还有许多流派，就是用不同的理论观点去观察语言。 推荐参考书 王德春（2001），《语言学概论》。上海：上海外语教育出版社。 思考题： (1) 讨论4条语言的设计特征，要用具体例子说明。 (2) 讨论4条语言学中的科学性原则，要用例子说明。 2 语言的起源与演化 语言起源部分从介绍关于语言起源的各种传说（包括《圣经·创世纪》里的相关传说）、猜测和理论（包括“汪汪理论”）入手，进而综述近30年来对语言起源的科学考察，包括古人类学、考古学、遗传学、人体解剖学的相关研究，论证语言的起源与人类起源的同步性。 语言演化部分介绍语言谱系的发现和语言的进化，包括语言的演变和语法化。语言的演变从语言的区域变异、社会变异和历时变异这三方面加以介绍。 推荐参考书 Jean Aitchison (2000/2002). The Seeds of Speech: Language Origin and Evolution（言语的萌发：语言起源与进化）. Cambridge: Cambridge University Press/Beijing: Foreign Language Teaching and Research Press/ 思考题 (1) “语言符号的任意性”理论与语言起源是否相容？“汪汪理论”和“语言的图标性（iconicity，又称“相似性”）”能在多大程度上解释语言的起源？ (2) 语言演变的动因是什么？有什么规律可循？ (3) 什么是语法化？语法化是否有方向性？ 3 语言、文化与认知 本讲从介绍萨皮尔-沃尔夫假说入手，侧重探索语言与民族文化和认知的关系，涉及民族学、语言类型学和跨文化交际。本讲以词汇和语法方面的实例论证语言发展的根本驱动力是人类和各民族文化的发展，语言是人类认识世界的最重要的工具，所以各语言有许多共同
生物信息学分析方法
核酸和蛋白质序列分析 蛋白质, 核酸, 序列 关键词：核酸序列蛋白质序列分析软 件 在获得一个基因序列后，需要对其进行生物信息学分析，从中尽量发掘信息，从而指导进一步的实验研究。通过染色体定位分析、内含子／外显子分析、ORF分析、表达谱分析等，能够阐明基因的基本信息。通过启动子预测、CpG岛分析和转录因子分析等，识别调控区的顺式作用元件，可以为基因的调控研究提供基础。通过蛋白质基本性质分析，疏水性分析，跨膜区预测，信号肽预测，亚细胞定位预测，抗原性位点预测，可以对基因编码蛋白的性质作出初步判断和预测。尤其通过疏水性分析和跨膜区预测可以预测基因是否为膜蛋白，这对确定实验研究方向有重要的参考意义。此外，通过相似性搜索、功能位点分析、结构分析、查询基因表达谱聚簇数据库、基因敲除数据库、基因组上下游邻居等，尽量挖掘网络数据库中的信息，可以对基因功能作出推论。上述技术路线可为其它类似分子的生物信息学分析提供借鉴。本路线图及推荐网址已建立超级链接，放在北京大学人类疾病基因研究中心网站（https://www.360docs.net/doc/307702235.html,/science/bioinfomatics.htm）,可以直接点击进入检索网站。 下面介绍其中一些基本分析。值得注意的是，在对序列进行分析时，首先应当明确序列的性质,是mRNA序列还是基因组序列？是计算机拼接得到还是经过PCR扩增测序得到？是原核生物还是真核生物？这些决定了分析方法的选择和分析结果的解释。 （一）核酸序列分析 1、双序列比对（pairwise alignment） 双序列比对是指比较两条序列的相似性和寻找相似碱基及氨基酸的对应位置，它是用计算机进行序列分析的强大工具，分为全局比对和局部比对两类，各以Needleman-Wunsch 算法和Smith-Waterman算法为代表。由于这些算法都是启发式（heuristic）的算法，因此并没有最优值。根据比对的需要，选用适当的比对工具，在比对时适当调整空格罚分（gap penalty）和空格延伸罚分（gap extension penalty），以获得更优的比对。 除了利用BLAST、FASTA等局部比对工具进行序列对数据库的搜索外，我们还推荐使用EMBOSS软件包中的Needle软件（http://bioinfo.pbi.nrc.ca:8090/EMBOSS/），和Pairwise BLAST （https://www.360docs.net/doc/307702235.html,/BLAST/）。以上介绍的这些双序列比对工具的使用都比较简单，一般输入所比较的序列即可。 （1）BLAST和FASTA FASTA（https://www.360docs.net/doc/307702235.html,/fasta33/）和BLAST （https://www.360docs.net/doc/307702235.html,/BLAST/）是目前运用较为广泛的相似性搜索工具。这两
语言学的结构分支
Linguistics can be divided intradisciplinary and interdisciplinary branches : intradisciplinary divisions micro-linguistics, interdisciplinary divisions macro-linguistics. Branches of micro-linguistics: Phonology: it study production, transcription, classification and description of sounds. Phonology: it study contribution, distribution, sequencing of sounds. Morphology: it study the way of arranging and combination of the words. Syntax: it study the rules which we combine the words in grammatically permissible. Semantics: it study the meaning of the well-formed sentences. Pragmatics: it study the context of the language use. Branches of macro-linguistics: Socio-linguistics: it study the social aspects of language and its relation with society. Psycho-linguistics: it study the language to psychology. Applied linguistics: it study application to the solution of practical problem as the recovery of speech ability.
语言学导论讲解
1章导论 一、语言学的定义 科学或系统学习语言，这始终是由三经科学指导性，一致性和经济。 二。语言学与传统语法 语言学不同于传统语法，至少有三种基本方法。 1。语言学描述语言并没有制定正确的规则。 2。语言学把口语作为主要的，而不是书面的。 3。语言学对每一种语言都有其自身的优点。 语言学的范畴 微观语言学：语音；语音；形态学；语法；语义；语用学 宏观语言学：sociolinguitics；心理语言学；神经语言学；文体学；话语分析；计算语言学；认知语言学；应用语言学 语言的定义 语言是人类交际中使用的任意性的语音符号系统。 五、语言的起源 鼎东理论：人的语言从原始人的声音表达到他所遇到的对象。 唱歌理论：语言从原始的仪式歌曲的赞美。 呸呸说：语言是感叹词，表达说话人的情感。 哟何理论：语言是从发出的呼声，在工作期间。 助教理论：语言是从某些手势和舌头运动的结合中产生的。 弓哇理论：语言来自模仿动物的叫声和其他声音在自然中听到。 六、语言的结构特征 1。任意性：这是指没有逻辑或内在特定的声音和意义，它是与之间的连接。 2。二元性：语言在2个层次上运作。在一个层面上，这些元素本身没有意义，但在另一个层次上结合起来，构成了另一个层次，这就意味着。 3。生产力：生产力或创造力是指人的语言能力，使他能够产生和理解一个无限大量的句子在我们的母语。 4。互换：互换性和互惠性是指人能够产生和接收的信息，和他作为一个演讲者和听众可以交换安心的角色。 5。位移：位移是一种语言的特性，使人们可以在空间或时间上谈论事情的遥远。 6。专业化：专业化指的是，人在沟通的过程中没有完全的身体参与。 7。文化传播：语言是文化传播的。它不能通过遗传传递。 七。语言功能 1。交际功能/交流：语言是用来建立一个气氛或保持说话人和听话人之间的社会联系。问候、告别和天气服务这一功能的评论。 2。指令功能：语言是用来让听话人做某事。最重要的句子是这个函数。 3。信息功能：语言是用来告诉一些东西，给信息，或是对事物的原因。陈述句服务于此功能。 4。疑问句：语言是用来询问别人的信息。所有问题期待的答复，这一功能。 5。表达功能：语言是用来表达说话人的态度和感觉的。射精有这个功能。 6。唤起功能：语言是用来在听众创造一定的感情。笑话、广告和宣传为这一功能服务。7。语言功能：语言是用来做事或执行的行为。法官的监禁判决，总统宣布的战争或女王的命名等，服务于此功能。 八。语言学中的一些主要概念
第六讲 语言学的分支学科
第六讲语言学的分支学科 谢天蔚 Dr. Tim Xie California State University, Long Beach txie@https://www.360docs.net/doc/307702235.html,
●社会语言学●应用语言学●心理语言学●计算语言学
社会语言学 ●宏观社会语言学Macro-sociolinguistics ●从语言的角度探讨语言和社会的关系 ●研究语言计划语言政策 ●微观社会语言学Micro-sociolinguistics ●从社会的角度来看待语言现象 ●研究语言的社会变体 ●说话者的社会变项(social variables)和语言变项的 关系 ●社会现象和词汇的变化
心理语言学 ●心理语言学是研究语言活动中的心理过程的学科，涉及人类个体如何掌握和运用语言系统，如何在实际交往中使语言系统发挥作用，以及为了掌握和运用这个系统应具有什么知识和能力。 ●产生于20世纪50年代 ●两个主要的研究方向：行为主义的研究方向和认知心理学的研究方向。
●研究的问题包括言语的知觉和理解，言语的产生，语言的获得，言语的神经生理机制，各种言语缺陷，言语和思维以及言语和情绪、个性的关系，等等 ●这些问题的解决对学习理论、思维理论、儿童心理发展理论的研究都会起很大的作用 ●对工程心理、语言教学、言语缺陷的诊断和治疗、电子计算机的语言识别等人工智能的研究也都有应用价值 ●心理语言学的研究工作在中国主要是在儿童的语言获得方面。
应用语言学 ●狭义：主要指语言教学和言语矫正学●广义：包括狭义的应用语言学以及：●标准语的建立和规范化 ●辞书编纂 ●情报检索 ●汉字信息处理 ●语言统计 ●语言分析自动化 ●自然语言理解
常用生物信息学软件
常用生物信息学软件 一、基因芯片 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix? Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JA V A语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JA V A运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster）分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JA V A语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview 增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 三、序列综合分析 V ector NTI Suite 8.0 不喜欢装备各种专业性强的软件，而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理（增加、修改、查找），对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定（数据）->分析->结果（显示、保存和入库）三步完成。在分析主界面，软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作，生成重组分子策略和实验方法，进行限制酶片段的虚拟电泳，新建输入各种格式的分子数据、
系统动力学模型案例分析
系统动力学模型介绍 1、系统动力学的思想、方法 系统动力学对实际系统的构模与模拟就是从系统的结构与功能两方面同时进行的。系统的结构就是指系统所包含的各单元以及各单元之间的相互作用与相互关系。而系统的功能就是指系统中各单元本身及各单元之间相互作用的秩序、结构与功能,分别表征了系统的组织与系统的行为,它们就是相对独立的,又可以在—定条件下互相转化。所以在系统模拟时既要考虑到系统结构方面的要素又要考虑到系统功能方面的因素,才能比较准确地反映出实际系统的基本规律。系统动力学方法从构造系统最基本的微观结构入手构造系统模型。其中不仅要从功能方面考察模型的行为特性与实际系统中测量到的系统变量的各数据、图表的吻合程度,而且还要从结构方面考察模型中各单元相互联系与相互作用关系与实际系统结构的一致程度。模拟过程中所需的系统功能方面的信息,可以通过收集,分析系统的历史数据资料来获得,就是属定量方面的信息,而所需的系统结构方面的信息则依赖于模型构造者对实际系统运动机制的认识与理解程度,其中也包含着大量的实际工作经验,就是属定性方面的信息。因此,系统动力学对系统的结构与功能同时模拟的方法,实质上就就是充分利用了实际系统定性与定量两方面的信息,并将它们有机地融合在一起,合理有效地构造出能较好地反映实际系统的模型。 2、建模原理与步骤 (1)建模原理
用系统动力学方法进行建模最根本的指导思想就就是系统动力学的系统观与方法论。系统动力学认为系统具有整体性、相关性、等级性与相似性。系统内部的反馈结构与机制决定了系统的行为特性,任何复杂的大系统都可以由多个系统最基本的信息反馈回路按某种方式联结而成。系统动力学模型的系统目标就就是针对实际应用情况,从变化与发展的角度去解决系统问题。系统动力学构模与模拟的一个最主要的特点,就就是实现结构与功能的双模拟,因此系统分解与系统综合原则的正确贯彻必须贯穿于系统构模、模拟与测试的整个过程中。与其它模型一样,系统动力学模型也只就是实际系统某些本质特征的简化与代表,而不就是原原本本地翻译或复制。因此,在构造系统动力学模型的过程中,必须注意把握大局,抓主要矛盾,合理地定义系统变量与确定系统边界。系统动力学模型的一致性与有效性的检验,有一整套定性、定量的方法,如结构与参数的灵敏度分析,极端条件下的模拟试验与统计方法检验等等,但评价一个模型优劣程度的最终标准就是客观实践,而实践的检验就是长期的,不就是一二次就可以完成的。因此,一个即使就是精心构造出来的模型也必须在以后的应用中不断修改、不断完善,以适应实际系统新的变化与新的目标。 (2)建模步骤 系统动力学构模过程就是一个认识问题与解决问题的过程,根据人们对客观事物认识的规律,这就是一个波浪式前进、螺旋式上升的过程,因此它必须就是一个由粗到细,由表及里,多次循环,不断深化的过程。系统动力学将整个构模过程归纳为系统分析、结构分析、模型建立、模型试验与模型使用五大步骤这五大步骤有一定的先后次序,但按照构模过程中的具体情况,它们又都就是交叉、反复进行的。 第一步系统分析的主要任务就是明确系统问题,广泛收集解决系统问题的有关数据、资料与信息,然后大致划定系统的边界。 第二步结构分析的注意力集中在系统的结构分解、确定系统变量与信息反馈机制。 第三步模型建立就是系统结构的量化过程(建立模型方程进行量化)。 第四步模型试验就是借助于计算机对模型进行模拟试验与调试,经过对模型各种性能指标的评估不断修改、完善模型。 第五步模型使用就是在已经建立起来的模型上对系统问题进行定量的分析研究与做各种政策实验。 3、建模工具 系统动力学软件VENSIM PLE软件 4、建模方法 因果关系图法 在因果关系图中,各变量彼此之间的因果关系就是用因果链来连接的。因果链就是一个带箭头的实线(直线或弧线),箭头方向表示因果关系的作用方向,箭头旁标有“+”或“-”号,分别表示两种极性的因果链。 a.正向因果链A→+B:表示原因A的变化(增或减)引起结果B在同一方向上发生变化(增或减)。
社会语言学简介
社会语言学 社会语言学（Sociolinguistics ）是在20 世纪60 年代在美国首先兴起的一门边缘科学。它主要是指运用语言学和社会学等学科的理论和方法，从不同的社会科学的角度去研究语言的社会本质和差异的一门学科。 对这个定义，有一些不同的理解。有的学者认为，此研究应以语言为重点，联系社会因素的作用研究语言的变异；有的学者认为是语言的社会学，研究语言和社会的各种关系，使用语言学的材料来描写和解释社会行为，并将语言当做社会现象考察。[1] 中文名 索绪尔 外文名 Saussure 概况听语音 在当前中国，“社会语言学”与“文化语言学”、“语言文化学”等有相混的地方，应该把它们区分开来为好，给“社会语言学”一个较为固定的内涵、一个较为稳定的外延，不能作为一个“漫无边际”的“糊里糊涂”的概念。 社会语言学在当前中国，主要是一些研究方言学的学者在做，或者说是一些学者从方言学的领域中转移过来的。这有一定的原因，方言与文化、方言与民俗之间，等等，本来就关系较为紧密，这也是促成中国社会语言学形成的一个原因。
社会语言学将从以下两个领域进行探索： 第一，是社会生活的变化将引起语言（诸因素）的变化，其中包括社会语境的变化对语言要素的影响。 第二，从语言（诸因素）的变化探究社会（诸因素）的变化。 在第一个领域中，社会是第一性，社会有了变化，才引起语言的变化。在第二个领域中社会仍是第一性，但未会有像语言相对论者所认为，有什么模式的语言就会产生什么样的社会模式或者社会文化。 社会语言学的任务是在于描述“语言和社会结构的共变”。“共变”是现代语言学常用的新术语。该命题说的“共变”是现代语言学常用的新术语。该命题说的“共变”似乎指语言是一个变数。这两个变数互相影响，互相作用，互相制约，互相接触而引起的互相变化。[2] 代表人物听语音 索绪尔 索绪尔（Saussure，1857-1913）首先提出社会语言学的研究方向。他认为Language分为两个方面： 一是语言（Langue）即平时人们研究的语言系统或是总结语言的使用，例如语法，句法，词法等； 另一个方面便是言语（Parole），即社会语言学，语言的当代的使用偏好，与当代社会相关联的研究方向。 但并未得到当时学者们的重视。