应用凝胶成像分析系统定量测定DNA含量的检测范围

妇科恶性肿瘤筛查中基因检测技术的应用_王泽华--

[13]Yang HJ，Liu VW，Wang Y，et al.Detection of hypermethylated genes in tumor and plasma of cervical cancer patients[J].Gyne? col Oncol，2004，93(2)：435-440. [14]Widschwendter A，Müller HM，Fiegl H，et al.DNA methylation in serum and tumors of cervical cancer patients[J].Clin Cancer Res，2004，10(2)：565-571. [15]Tanaka H，Tsuda H，Nishimura S，et al.Role of circulating free alu DNA in endometrial cancer[J].Int J Gynecol Cancer，2012， 22(1)：82-86. [16]Wittenberger T，Sleigh S，Reisel D，et al.DNA methylation markers for early detection of women's cancer：promise and challenges[J].Epigenomics，2014，6(3)：311-327. [17]The Lancet Oncology.Liquid cancer biopsy：the future of cancer detection?[J].Lancet Oncol，2016，17(2)：123-129. （2016-02-23收稿）文章编号：1005-2216(2016)05-0409-05 妇科恶性肿瘤筛查中基因检测技术的应用王泽华，郭婧摘要：近年来的研究认为癌症是一种基因疾病，遗传性或获得性基因缺陷可导致癌症的发生和发展。因而，基因检测技术在妇科肿瘤的筛查中显得尤为重要。目前，人乳头瘤病毒（HPV）检测已在宫颈癌筛查中广泛应用，对于遗传性卵巢癌和子宫内膜癌高危群体，也可通过检测BRCA1/2 和MLH1/MSH2突变进行高危人群风险分层。关键词：基因检测技术；妇科恶性肿瘤；筛查中图分类号：R737.3文献标志码：C Use of genetic testing in the screening of gyneco? logic malignancies.WANG Ze-hua，GUO Jing.De? partment of Obstetrics and Gynecology，Union Hospi? tal，Tongji Medical College，Huazhong University of Science and Technology，Wuhan430022，China E-mail：zehuawang@https://www.360docs.net/doc/ea7561272.html, Abstract:Cancer is considered a genetic disease.In?herited or acquired genetic disorders are involved in the malignant transformation and progression of tumors. In gynecologic oncology，genetic testing has captured global attention，especially in tumor screening.Cur? rently，HPV testing plays an essential role in cervical cancer screening；the detection of BRCA1/2and MLH1/ MSH2mutations has been strongly recommended to stratify patients who have a high risk of developing ovarian cancer and endometrial cancer，respectively. Keywords：genetic testing；gynecologic malignan? cies；screening 妇科恶性肿瘤因其较高的发病率及病死率，成为导致妇女死亡的主要原因之一。据文献报道，近年来我国三大妇科恶性肿瘤的发病率总体呈上升趋势，且发病年龄有年轻化趋势[1]。因而，能够早期发现、诊断及预防肿瘤的筛查手段显得尤为重要。目前，各妇科肿瘤的主要筛查方法如下：（1）卵巢癌：经阴道超声及血清CA125、人附睾蛋白4（HE4）水平检测。（2）宫颈癌：宫颈液基细胞学（TCT或LCT），阴道镜+活检，人乳头瘤病毒（HPV）检测。（3）子宫内膜癌：内膜细胞学，经阴道超声及子宫内膜活检。而基因检测作为近几十年来迅速发展起来的新兴科技手段，其在妇科肿瘤的筛查与诊断中也起着越来越重要的作用。目前，常用的基因检测技术主要分为以下4种：（1）核酸印迹杂交：从核酸分子混合液中检测特定大小核酸分子的方法，基于核酸变性和复性原理，根据被检样品不同又可分为DNA杂交（southern blot）、RNA杂交（northern blot）、点杂交和原位杂交。（2）聚合酶链反应（PCR）：扩增被检靶基因以提高敏感度。（3）DNA测序：识别DNA中的4种碱基，逐一读出全部基因序列，其双向测序是基因检测结果金标准，可用于检测未知基因。（4）基因芯片技术：是近年来发展十分迅速的大规模、高通量分子检测技术，生物样本中基因靶序列与固定有大量基因探针的基因芯片进行特异性杂交，检测其标记信号，对被检DNA序列信息进行高效解读和分析。 1基因检测与宫颈癌宫颈细胞学检查作为宫颈癌的主要筛查手段已持续60余年，直到1995年在国际癌症研究机构（IARC）专题讨论会上，明确HPV感染是宫颈癌的关键和必要致病因素；其中，高危型HPV持续性感染与宫颈癌的发病密切相关，提出将HPV的检测作为筛查的手段之一。从HPV感染到宫颈癌发生 DOI：10.7504/fk2016040108 作者单位：华中科技大学同济医学院附属协和医院妇产科，湖北武汉430022 电子信箱：zehuawang@https://www.360docs.net/doc/ea7561272.html,

某一位业内人士对基因检测的看法(完整资料).doc

【最新整理，下载后即可编辑】某一位业内人士对基因检测相关认识人体和几乎所有生命体（某些RNA病毒和朊病毒除外）每一个细胞里面都有一套完整的基因组DNA，好比是一本完整的蓝图+施工手册。从受精卵开始，生命体就从这套手册选择不同的章节搭建不同功能的细胞，并让它们执行相应的功能。每个人的这套手册都略有不同（大多数就是前述的SNP），这些不同之处定义了人种、皮肤头发眼睛颜色等所有性状，也定义了对疾病的敏感性。上述三个公司代表的基因健康咨询产业，说白了就是试图找到一些与疾病相关的SNP位点，检测它们的状态，然后计算出一个概率，最后交到被检测者的手里。但是问题就出在这个原理上面：首先什么样的SNP位点是真的与疾病相关的？其次它的相关性到底有多少？前一个问题基本是靠大规模的关联性分析，其实是个统计学的概念。打个最极端的比方，找一千个身高2米的小明，再找一千个1米4的小明，假定他们的人种、营养这些背景都一致，然后找一个SNP位点（假定这个位点有A、B两种状态），在这两千人里面看一看有多少人在这个位点上是A，多少人是B，如果1000个高个子在这个位点上都是A，而1000个矮个子都是B，那么我们就可以比较肯定地说这个位点与身高的相关性非常强，一个婴儿刚生出来，就检查到他这个位点是A状态，那他长大后就有很大的几率长成高个子。但这是非常理想非常极端的假设，实际上只有很少量单基因疾病（比如某种先天性耳聋）有这样斩钉截铁的结论，身高、体重、高血压、糖尿病、癌症，都是几百种基因相互纠结、再加上环境因素累加影响，再加上时间因素，才会表现出最后的差异。所以现在的人类遗传学里面，其实大家都是在尽可能地加大统计的人群，尽可能地寻找人种和背景条件一致的人群，尽可能地提高自己研究的统计力和概率的有效性。即使如此，不同的研究小组之间出来的结论也往往千差万别，而且由于他们选取的统计人群样本是不太会互相共享的，这种结论也就很少有条件由其他小

基因检测及其应用现状与发展趋势

基因检测及其应用现状与发展趋势单选题、（由一个题干和两个以上的备选答案组成，其中只有一个为正确答案。选出正确答案。） 1、关于开展遗传药理学的目的叙述正确的是（） A.研究任何有生命的物种因先天性遗传变异而发生的对外源物质产生的异常反应 B.改变传统的“一药盖全、千人一量”的用药模式 C.个人的遗传信息，在合适的时间、应用合适的药物给予合适的病人 D.根据病人的药物相关蛋白的基因型选择合适的药物和剂量 E.以上都正确 2、人类基因组计划（HGP）目的是确定、阐明和记录组成人类基因组的全部 DNA 序列，它于那一年确立（） A.1990 年 B.1996 年 C.1998 年 D.2002 年 3、基因检测是通过血液、其他体液、或细胞对DNA 进行检测的技术，下列不属于基因检测常用方法的是（） A.纤维光导法 B.基因芯片 C.原位杂交法 D.聚合酶链式反应法（PCR） 4、关于辛伐他汀临床用药指导的叙述不正确的是（） A.美国 FDA 警告降脂药—辛伐他汀80mg/d 治疗可引起肌肉损伤 B.我国临床使用辛伐他汀多为40mg/d 以下 C.SLCO1B1基因突变与辛伐他汀致肌肉损伤高度相关 D.依据 SLCO1B1基因突变的降脂药给药方案，杂合突变可按说明书或指南给药 5、关于奥美拉唑临床用药指导的叙述正确的是（） A.慢代谢患者可能出现奥美拉唑疗效不佳，而快代谢患者疗效较好 B.快代谢型患者：建议在药品说明书安全剂量范围内，减少奥美拉唑用药剂量C.对于慢代谢型患者：可按常规剂量给药 D.对于中间代谢型患者：建议加大奥美拉唑用药剂量 6、实施精准医学实践个体化医疗的优势在于（） A.提高医疗效率 B.减少患者治疗费用 C.提高医疗安全 D.有助于和谐医患关系 E.以上都是 7、全世界第一例基因治疗成功的疾病是（） A.β地中海贫血症 B.重症联合免疫缺陷症 C.糖尿病 D.血友病 8、基因治疗的基本程序中不包括（） A.选择治疗基因

DNA的特性及应用讲解

DNA的特性及应用一在刑事案件的侦破工作中，常常要检验血痕、精斑、唾液等现场遗留物的血型物质是哪个种属，并同嫌疑人进行对照、比较，确认异同。这种血型鉴定是法医物证检验中最常用的技术手段。最早意义上的血型仅指血红细胞表面抗原的四种类型（A、B、AB、O）。当今血型检验的系统己经大大扩展，可以在刑事技术部门实际应用的血斑检验系统15 -20个，精班检验系统5一6个（均含血型、血清型和酶型系统）。譬如，设在伦敦的国际刑警组织实验室常规检验血液项目为13项，检验精液项目为5项，因而排除嫌疑的比率明显增大。但是，各检验项目的联合排除率并不等于各项目独立排除率的简单相加，而是：P=l-l（l-P1）（l-P2）…… （l-Pn）。其中，Pl、P2……Pn分别代表各独立血型系统的排除率，P为联合排除率。从理论上可以看出，尽管检验项目扩展，但最终不能达到同一认定的目的。而DNA检验技术，则解决了这个关键问题。法医物证的DNA检验技术是本世纪80年代中期才开始研究和应用的，它借助了新兴的“分子生物学”和“遗传工程学”的理论与技术。早在19世纪60年代，奥地利遗传学家孟德尔在运用数学方法对植物遗传性状进行多年分析研究的基础上，提出了著名的孟德尔遗传定律，预言了遗传因子的存在。到20世纪40年代，美国学者艾弗里等人证明了遗传因子就是脱氧核糖核酸。1953年，美国生物学家沃森（Jams Watson）和英国物理学家克里克（Francis Crick）发现并提出了DNA分子的双螺旋结构理论与碱基配对原则，开创了分子生物学。1989年，美国科学家用“扫描隧道显微镜”直接观察到了脱氧核糖核酸的双螺旋结构。1990年，我国青年科学家白春礼用自己研制的“扫描隧道显微镜”首次观察到人们尚未认知的三链状脱氧核糖核酸，为生命信息研究又辟新途。在60年代，经过许多科学家的共同努力，破译了遗传物质中的全部密码，使人类对遗传物质的认识进入了新的阶段；1973至1974年，美国斯坦福大学的科恩博士在实验室运用重组DNA的方法，改变了生物的遗传信息，也改变了生物的遗传性状，开创了遗传工程学。1985年，英国莱斯特大学三名遗传学家亚历克·杰费里斯（Alec Jeffroys）、彼得·吉尔（Peter Gil1）、戴维·沃雷特发现每个人的DNA分子中，碱基的排列都是独特的。事实上，除了同卵双生子的DNA结构有相同的可能性之外，没有任何两个人存在相同的DNA.这一重大发现立刻引起法医学界的高度重视，各国纷纷投向这一领域的研究。英国首先在移民纠纷中应用DNA检验手段确认母子亲缘关系。二

基因检测行业调研

基因检测行业调研继上次基因检测产业调研之后，这两周我们再次调研了几家基因检测公司，并且拜访了一些行业专家，现将调研的重点内容整理如下，欢迎大家交流探讨。一、基因检测公司梳理目前全国涉及基因检测概念的公司有200余家，按照业务范围划分，这些公司可以分为：①最上游的基因检测仪器开发企业（测序仪、芯片扫描仪、PCR设备），②提供样本处理试剂和耗材的中上游企业（建库试剂盒、检测试剂盒、工具酶、基因芯片），③提供第三方基因检测服务的中游企业，④提供测序数据存储、分析和出具报告的下游企业，⑤还有将这三部分整合起来提供CRO服务的商业公司，当然如果公司研发实力和经济实力允许，大部分公司会选择向上下游产业链延伸，进一步提升自己的盈利能力。按照基因检测公司的服务内容，主要可以分为四类：科研服务、第三方临床基因检测服务、直接面向个人的检测服务、非医疗基因检测服务（例如食品、环境、刑侦等方面的应用）。 1 科研中的基因检测服务又分为两种情况，第一种是纯科研服务，检测目的纯粹是满足科研需要，不作为医学诊断的依据；第二种是以科研的名义为患者提供医学诊断服务，医生在其中起主导作用，推荐有需要的患者去做基因检测，医生在其中所获得的好处是得到用药指导依据、科研数据、获得销售提成，这是当前肿瘤基因测序普遍采用的手段，因为目前国内还没有一种获批临床的肿瘤高通量检测试剂盒，只能以科研的形式变相的进行医学诊断从而获取收益。纯科研基因检测市场在百亿级别。 2 第三方临床检测机构是指批准为医院提供检测外包服务的独立医学检验实验室，大部分第三方临检机构都能开展分子诊断服务（需通过临检中心的PCR实验室认证），例如QPCR、ddPCR、基因芯片等，但是高通量测序在临床检测上的应用当前受到限制，只有在试点名单上的机构才能出具正式的临检报告，目前出台了第一批四个领域的试点名单，分别是遗传病诊断、产前筛查与诊断、植入前胚胎遗传学诊断、肿瘤基因测序，试点单位名单由卫计委医政医管局和妇幼司共同制定。临床基因检测的市场空间在千亿级别。 3 提供面向个人基因检测服务的商业公司，提供的是非诊断性基因检测，例如23andMe是美国本地唯一一家被FDA批准的能够直接向个人提供基于基因检测分析服务公司，业务范围也仅仅提供祖源分析、遗传病筛查、酒精耐受、基因寻亲这四类遗传分析服务，23andMe此前的疾病风险筛查和药物过敏分析被禁止，而我国有许多直接面向个人的基因检测商业机构，业务范围甚至包括疾病风险、天赋基因、个性特征分析等一系列基因分析服务，未来有加强监管和整合的压力。商业化B2C基因检测的市场空间在十亿级别。

肿瘤基因检测的解读流程图

从临床进入基因检测流程是入口，检测结果结合临床信息进行合理解读是出口，这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、实验室部分、信息分析部分、临床解读部分共四个环节。其中的第四部分临床解读部分即是根据检测结果、患者信息、医生共识综合判断，临床和遗传咨询有效衔接、充分沟通，最终出具临床解读报告。在做成临床解读报告之前，首先需要将解读的各个环节进行明确，包括解读的步骤流程，解读的技术细节。这样才有可能真正的做到解读的规范化，使解读过程有据可依，有章可循，才能出具一份好的临床解读报告，基因检测才能更好的服务患者和临床医生。从大的框架讲，基因检测数据解读可分为三个步骤：原始数据→分析数据、基于数据库的解读→与患者个体表征/临床病例结合的解读。1、读懂原始数据将测序的原始序列数据（FASTQ）去除接头及低质量序列，经BWA软件比对至GRCh37/38（NCBI版本）或hg19/hg38（UCSC版本）人类基因组参考序列上，Picard 去除重复序列，使用GATK检测SNV与Indel变异，使用ANNOVAR进行变异注释。最后获得一份.vcf文件（图1）。

Func.refGene：变异所处参考基因的功能区（exonic，intronic，UTR3，UTR5，splicing，upstream，downstream，intergenic）（此处的exonic特指外显子编码氨基酸区，不包括外显子的UTR区） Gene.refGene：变异所处参考基因名称（如果是基因间，则是两侧的基因）GeneDetail.refGene：非外显子区处于特定转录本中的具体位置（如果是基因间，则是距离两侧的基因的距离） ExonicFunc.refGene：外显子区的变异类型（frameshift insertion，frameshiftdeletion，stopgain，stoploss，nonframeshift insertion，nonframeshiftdeletion，synonymous SNV，nonsynonymous SNV），如果这一栏是一个“.”的话，就说明该变异不在外显子区 AAChange.refGene：氨基酸水平的改变（同一个基因可能具有多个转录本，氨基酸改变的位置在不同的转录本中有可能不一样）经注释后的vcf文件还会包含如下信息： CLINSIG：该变异在ClinVar数据库中的临床意义（Benign，Likely benign，Uncertain significance，Likelypathogenic，Pathogenic，Drug-response）CLINDBN：该变异所引起的疾病名称 CLINACC：该变异的登记号和版本号（VariantAccession and Versions）

基因检测的应用现状及发展研究

基因检测的应用现状及发展研究一，概述（基因检测行业） 1.基因检测简介基因：是遗传的物质基础，是DNA（脱氧核糖核酸）分子上具有遗传信息的特定核苷酸序列的总称，是具有遗传效应的DNA分子片段。基因检测：指通过基因芯片等方法对被测者细胞中的DNA分子进行检测，并分析被检测者所含致病基因、疾病易感性基因等情况的一种技术。基因检测目前基因检测主要是利用SNP芯片进行检测，然后对比数据库进行易感基因分析，然后进行相关分析出具报告。基因检测是人在没发病时，预测将来会发生什么疾病，即是主动预防疾病的发生。基因体检主要目的有四个:一用于疾病的诊断；例如白血病的诊断分类等，都需要进行相关的基因检测;二是疾病的预防，就是检测健康人群的基因型，预测个人患病的风险，并向受检者提出生活上的指导，避免疾病的发生。基因体检可以对疾病做到：早知道、早预防、早调整、早治疗。三是了解自己的基因特征，指通过检查您的基因来发现您现有的和潜在的个人特性;第四个人用药安全说明，在就医时，主动对医生出示您的个性用药说明书，并根据您个人的遗传信息，合理用药，提升药效，避免药物危害。

二．基因检测的在临床应用环境分析 2.1基因检测的历史，产业结构。目前位置基因检测技术归功于NGS的进步，并且主要的应用还是在上游产业，NGS的发展。自2005年454公司首先推出了二代测序仪;2006年，Solexa推出了Genome Analyzer，2007年Illumina收购Solexa公司，在随后的几年陆续推出了Hiseq2000、MiSeq、Hiseq2500、MiseqDx、NextSeq 500测序仪，成为主流的测序平台。ABI也在2007年推出的是SOLiD测序平台，随后收购了454测序仪发明者创立的Ion Torrent，转而大力推广PGM和Ion Proton平台，Pacific Biosciences的PacBio RS测序仪，DNA模板无需二代测序常用的PCR扩增的方法，就可以实现长读长、实时的测序;Oxford Nanopore MinION测序仪只有USB 存储器那么大等等至今是NGS第十年，illumina公司的Hiseq X平台已经实现了1000美金一个人类基因组测序的目标。相比十年前的30亿美金降低了300 万倍。除此以外，还有好多公司开发了第三代测序仪，比如Pacific Biosciences 的PacBio RS测序仪，DNA模板无需二代测序常用的PCR扩增的方法，就可以实现长读长、实时的测序;Oxford Nanopore MinION测序仪只有USB存储器那么大等等自2000年人类基因体计划完成以来，越来越多的基因功能被解读成功，已超过2000种基因相关疾病被发现，如今已有700多种基因相关疾病已开发出相应药物及治疗方法。技术的发展将积极的促进科研的发展，为数据库的丰富提供更多的来源，基因检测本身很容易，主要是成本的差别。难的是分析和对比，而这一切都需要有强大的数据和技术支持。简单来说大的数据的支持离不开我们测序技术的进步，发展。以及千千万万的科研工作者的努力。以至于现在研究的热点已经到达LncRNA领域。这样为数据的强大提供支持，科研最终目的是应用于临床，所以这也为我们基因检测行业降低成本，普及大众提供了契机。 2.2行业环境

基因检测项目临床应用申请报告

基因检测项目临床应用申请报告尊敬的院领导：随着临床技术水平的发展及人们健康意识和产检意识的提高，生育一个健康宝宝是每个家庭的梦想。出生缺陷干预工程，是提高出生人口素质的一个重要举措，是计划生育“三大工程”中的一个主要方面。它针对出生缺陷的发生机理，为预防出生缺陷提供一种积极、有效的预防体系和防治手段；对妇女在孕前、孕中、产后采取各种有效措施，尽最大可能地去除各个环节中出现的不良因素，降低出生缺陷的发生。妇女保健，孕产妇及婴幼儿的健康是近年来国家、社会及每个家庭重要关心的问题，为有效降低出生缺陷，实现优生优育，科学指导孕产期健康，以及进行有价值宫颈癌筛查，提高临床服务质量和水平，特申请与北京优迅医学检验所合作开展以下项目。 1、地贫508基因检测地中海贫血是一组常染色体隐性遗传病，它是由于珠蛋白肽链合成障碍导致的血红蛋白异常所引起。全球有7%的人口携带异常的血红蛋白基因，中低收入国家每年大约50,000–100,000儿童死于重型β地贫。地中海贫血在我国长江以南各省地中海贫血发病率最高，也是这些地区影响最广的遗传病之一。重症的地中海贫血患者自发病起，需要依靠定期输血和药物治疗维持生命，并极易发生各种并发症。一名重症地贫患者每年输血和药物治疗费用至少需要5万元。目前，地中海贫血患者只有通过接受造血干细胞移植手术才能得到治愈，但是一次造血干细胞移植的手术费用需要30-40万元。所以，重症地中海贫血给社会和患者的家庭带来沉重负担。地中海贫血筛查和产前基因诊断可以从根本上杜绝重症地贫患儿的出生，做到优生优育，极具经济和社会效益。目前大部分国家和地区对于地中海贫血筛查的一般方法是通过gap-PCR或探针杂交技术进行检测，这些传统检测技术只能检测不足20种型别。 2018年国家孕期指南要求所有孕期孕妇应当进行地中海贫血基因检测，本次申请开展地中海贫血基因检测508项覆盖面更广的地贫基因检测项目。