卵形鲳鲹PPARα基因cDNA序列的克隆、组织表达及生物信息学分析
卵形鲳鲹一例疑似神经性病毒病的初步分析
卵形鲳鲹一例疑似神经性病毒病的初步分析蔡小辉;文雪;徐力文;贾友宏;梁志辉;王志成【期刊名称】《水产科学》【年(卷),期】2012(031)010【摘要】对疑患病毒性神经坏死症、身体失去平衡、漂浮水面螺旋状游泳、体色发黑、大规模死亡的海水网箱养殖卵形鲳鲹幼鱼,采用组织病理切片观察和分子生物学技术对其病原进行初步分析和跟踪调查.组织病理学结果显示,病鱼脑和眼均呈现神经坏死病毒典型的空泡化现象；利用神经坏死病毒特异性引物nest-PCR检测发现,病鱼一扩阳性率100％,摄食游泳正常鱼一扩和二扩阳性率均为46.67％,显示港区苗种多自身携带病毒株；序列比对显示该病毒株属于赤点石斑神经坏死病毒基因型；对神经坏死病毒跟踪发现,成鱼一扩均为阴性,二扩阳性率则高达86.7％.初步认为,外界因子可能作为诱导因子,致使本身携带病毒鱼苗免疫降低致使此次流行病爆发,且神经坏死病毒潜伏于鱼体的时间较长.【总页数】5页(P597-601)【作者】蔡小辉;文雪;徐力文;贾友宏;梁志辉;王志成【作者单位】广西海洋研究所广西海洋生物技术重点实验室,广西北海 536000;广西海洋研究所广西海洋生物技术重点实验室,广西北海 536000;中国水产科学研究院南海水产研究所,广东广州 510300;北海市正泰珍珠研究所,广西北海536000;广西海洋研究所广西海洋生物技术重点实验室,广西北海 536000;广西海洋研究所广西海洋生物技术重点实验室,广西北海 536000【正文语种】中文【中图分类】S943【相关文献】1.一例疑似犬细小病毒病的诊治体会 [J], 袁发明;严得宝;张成涛2.一例疑似猪圆环病毒病与猪蓝耳病混合感染的诊疗体会 [J], 徐卫青;雷胜辉;李金龙;齐新永;吴昊旻3.一例疑似鹅细小病毒病的诊断和治疗 [J], 李金龙; 陈丽艳; 高敬昕4.一例疑似白鸭呼肠孤病毒病的临床诊治 [J], 莫志莲5.一例疑似鹅副黏病毒病的诊断与治疗 [J], 张美良;陈建荪因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
卵形鲳鲹组织蛋白酶L基因的克隆及其表达分析
卵形鲳鲹组织蛋白酶L基因的克隆及其表达分析作者：侯树鉴黎江胡舒何肇强廖永岩朱鹏陆专灵韦友传来源：《南方农业学报》2018年第06期摘要：【目的】明確卵形鲳鲹组织蛋白酶L基因（TroCatL）的遗传进化规律及其组织表达水平，为研究CatL生物学功能及其对病原的抗病机理提供理论依据。
【方法】应用RT-PCR和RACE技术克隆TroCatL基因全长cDNA，采用生物信息学方法对其序列特征进行分析；并以实时荧光定量PCR（qPCR）检测TroCatL基因在健康组织中的表达情况及其表达与溶藻弧菌感染的关联性。
【结果】TroCatL基因全长cDNA为1492 bp（GenBank登录号MH036350），包括开放阅读框（ORF）1011 bp、5'端非翻译区（5'-UTR）120 bp和3'端非翻译区（3'-UTR）361 bp。
TroCatL基因编码336个氨基酸残基，其理论等电点（pI）5.7，预测分子质量37.93 kD，且存在CatL特有的保守结构域（ERFNIN、GNFD和GCXGG基序）及由139Cys、279His和303Asn组成的半胱氨酸蛋白酶保守活性位点。
TroCatL氨基酸序列与其他鱼类CatL氨基酸序列的同源性高达83.9%～95.2%，尤其与鲈形目鰤鱼的亲缘关系最近。
TroCatL基因mRNA在健康卵形鲳鲹组织中均有表达，以在肝脏中的表达最高，在脑组织中的表达最低。
经溶藻弧菌感染后，TroCatL基因mRNA在肝脏、脾脏和血液中的表达水平均上调，肝脏和脾脏中的TroCatL基因mRNA在攻毒后24 h达峰值，血液中的TroCatL基因mRNA在感染后12 h达最高值。
【结论】TroCatL蛋白结构域及其催化活性位点在遗传进化过程中较保守，通过参与机体的免疫应答反应，在卵形鲳鲹抵御细菌或病毒侵染的过程中扮演重要角色。
关键词：卵形鲳鲹；组织蛋白酶L（CatL）；溶藻弧菌；克隆；表达分析中图分类号： S965.331 文献标志码：A 文章编号：2095-1191（2018）06-1215-08Abstract：【Objective】The aim of the study was to definite genetic evolution rule and tissue expression level of cathepsin L gene in Trachinotus ovatus（TroCatL）， provide theoretical basis for researching biological function and disease resistant mechanism of CatL. 【Method】The full length cDNA sequence of TroCatL were cloned by using RT-PCR and RACE technology， and the sequence features were analyzed by using bioinformatics methods. Real-time fluorescence quantitative PCR（qPCR） was used to detect the expression of TroCatL gene in healthy tissues and its correlation with Vibrio alginolyticus infection. 【Result】The full length of TroCatL cDNA was 1492 bp（GenBank accession number：MH036350）， including a 1011 bp open reading frame （ORF）， a 120 bp 5' untranslated region（5'-UTR） and a 361 bp 3' untranslated region（3'-UTR）. The TroCatL gene encoding 336 amino acid residues with theoretical isoelectric point（pI）of 5.7 and predicted molecular weight of 37.93 kD. It contained conservative domain structure （ERFNIN， GNFD and GCXGG motifs）， and a cysteine protease active site formed by139Cys， 279His and 303Asn. The amino acid sequences of TroCatL shared 83.9%-95.2% homology with CatL amino acids of other fish species， especially sharing the closest relative relationship with Seriola dumerili. TroCatL mRNA were expressed in all detected tissues from healthy T. ovatus while the highest level was in liver and the lowest was in brain. TroCatL mRNA were significantly up-regulated in liver， spleen and blood after being infected by V. alginolyticus. TroCatL mRNA in liver and spleen reached the peak value 24 h post infection， while that in blood reached the peak value 12 h post infection. 【Conclusion】TroCatL protein domains and catalytic active sites are evolutionarily conserved in T. ovatus， and play an important role in against of bacteria or virus infection by participating in host immune response.Key words： Trachinotus ovatus； cathepsin L（CatL）； Vibrio alginolyticus； clone；expression analysis0 引言【研究意义】组织蛋白酶L（Cathepsin L，CatL）是半胱氨酸蛋白酶中木瓜蛋白酶C1家族的主要成员，是一种重要的溶酶体半胱氨酸蛋白内肽酶，广泛存在于动植物体内，具有蛋白水解酶活性（Barrett and Rawlings，2001；杨东辉等，2012）。
卵形鲳鲹生肌调节因子基因家族的鉴定及在胚胎中的表达
卵形鲳鲹生肌调节因子基因家族的鉴定及在胚胎中的表达余艳玲;罗洪林;罗辉;冯鹏霏;潘传燕;宋漫玲;肖蕊;张永德【期刊名称】《浙江农业学报》【年(卷),期】2022(34)4【摘要】为研究卵形鲳鲹生肌调节因子(MRF)在胚胎发育中所发挥的重要作用,对卵形鲳鲹MRF基因家族进行了全基因组鉴定和生物信息学分析,并对其在13个胚胎发育阶段的基因表达进行了定量分析。
结果表明:在卵形鲳鲹基因组中共鉴定出5个MRF基因家族成员:MyoD1、MyoD2、Myf5、Myf6和MyoG,分别编码297、263、240、231、250个氨基酸。
MRF家族基因存在典型的BASIC与HLH结构域,其中MyoD1、MyoD2与MyoG分别定位于9号、1号与2号染色体,而Myf5与Myf6基因均定位于22号染色体且位于同一基因座。
MRF家族基因胚胎定量表达研究表明,MyoG在受精卵到胚体形成期表达量极低,在眼囊、耳囊与心脏跳动期表达量迅速升高,而到晶体出现期表达量又有所降低,推测其可能在眼囊、耳囊与心脏跳动期发挥主要的生肌调节作用,而后期在维持肌肉形态或肌肉发育中仍发挥重要作用。
MyoD1、MyoD2、Myf5与Myf6在受精卵到原肠中期表达量较低,而从原肠末期到晶体出现期表达量迅速升高(P<0.05),表明其主要从原肠末期开始发挥生肌调控作用。
结果表明,MRF家族成员在胚胎发育过程中发挥重要的作用,但不同的MRF家族成员发挥作用的时间及功能可能不同。
【总页数】11页(P695-705)【作者】余艳玲;罗洪林;罗辉;冯鹏霏;潘传燕;宋漫玲;肖蕊;张永德【作者单位】广西水产科学研究院广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室;西南大学动物科学学院【正文语种】中文【中图分类】S917.4【相关文献】1.鳜鱼生肌调节因子基因(mrf4)的克隆及其在成鱼和胚胎中的表达2.生肌调节因子在绵羊不同胎儿期心肌和骨骼肌中的表达3.卵形鲳鲹Myostatin基因克隆及其在胚胎发育中的表达分析4.二花脸猪和大白猪背最长肌中肌肉生长抑制素和生肌调节因子基因的表达及其性别特点5.五指山猪不同组织中肌细胞生成素基因Myf4及生肌调节因子Myf6的表达因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
银鲳ERα基因片段的克隆及卵黄发生期间饲料n-3LC-PUFA对其组织表达的影响
银鲳ERα基因片段的克隆及卵黄发生期间饲料n-3LC-PUFA对其组织表达的影响彭士明;李云莉;高权新;施兆鸿;张晨捷;王建钢【摘要】本研究克隆获得银鲳(Pampus argenteus)雌激素受体α(estrogen receptorα,ERα)基因的部分cDNA序列,长度196 bp,编码65个氨基酸.经BLAST 比对,与其它鱼类ERα基因序列的一致性在89％～93％之间,证明实验所得序列为银鲳ERα基因的部分片段.以1年龄雌性银鲳为实验对象,配制了4组等氮、等能及等脂的实验饲料,分别以100％鱼油(FO组)、70％鱼油和30％大豆油(FSO组)、30％鱼油和70％大豆油(SFO组)、100％大豆油(SO组)为脂肪源,研究银鲳在卵黄发生期间组织中ERα基因表达量的变化以及饲料n-3LC-PUFA对其组织表达的影响,实验周期185 d.结果表明,在卵黄发生中期与后期,肝脏与卵巢中ERα基因表达量均显著高于卵黄发生前期(P＜0.05);卵黄发生后期肝脏组织中ERα基因表达量虽较卵黄发生中期呈升高趋势,但除了SO组之外,两者之间无显著性差异(P＞0.05);而卵巢组织中ERα基因表达量在整个卵黄发生期间均呈现显著升高趋势(P＜0.05).饲料n-3LC-PUFA对肝脏与卵巢ERα基因表达量的影响在卵黄发生前期均未表现出明显的组间差异,但在卵黄发生中期与后期,饲料中较高的n-3LC-PUFA含量显著提高了组织中ERα基因表达量.在卵黄发生中期与后期,FO与FSO组肝脏与卵巢组织中ERα基因表达量均分别显著高于SO组(P＜0.05).双因素方差分析结果表明,饲料n-3LC-PUFA与卵黄发生时期对银鲳组织中ERα基因表达量均具有显著性影响,且两者对组织中ERα基因表达量存在显著性的交互作用.【期刊名称】《海洋渔业》【年(卷),期】2016(038)002【总页数】9页(P157-165)【关键词】银鲳;雌激素受体α;卵黄发生;n-3LC-PUFA;基因表达【作者】彭士明;李云莉;高权新;施兆鸿;张晨捷;王建钢【作者单位】中国水产科学研究院东海水产研究所,上海 200090;中国水产科学研究院东海水产研究所,上海 200090;上海海洋大学水产与生命学院,上海 201306;中国水产科学研究院东海水产研究所,上海 200090;中国水产科学研究院东海水产研究所,上海 200090;中国水产科学研究院东海水产研究所,上海 200090;中国水产科学研究院东海水产研究所,上海 200090【正文语种】中文【中图分类】S968.1雌二醇（E2）是影响鱼类卵巢发育、成熟及排卵的一种重要的性类固醇激素[1]。
卵形鲳!线粒体１６ＳｒＲＮＡ基因全长序列的克隆与分析
２０１０年第 ４期 彭金霞等，卵形鲳线粒体 １６ＳｒＲＮＡ基因全长序列的克隆与分析
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图 ２ 引物 １６ＳＦ和 １６ＳＲ扩增片段的测序结果 Ｆｉｇ．２ ＳｅｑｕｅｎｃｅｏｆｔｈｅＤＮＡ ａｍｐｌｉｆｉｅｄｂｙｐｒｉｍｅｒｓ１６ＳＦａｎｄ１６ＳＲ
标尺示各位点在 １６ＳｒＲＮＡ基因全长中的位置；１、２、３、４、５代表个体编号
亚科 Ｓｕｂｆａｍｉｌｙ 鲳亚科 Ｔｒａｃｈｉｎｏｔｉｎａｅ 亚科 Ｃａｒａｎｇｉｎａｅ
餷亚科 Ｓｅｒｉｏｌｉｎａｅ ?亚科 Ｃｈｏｒｉｎｅｍｉｎａｅ
属 Ｇｅｎｅｒａ 鲳属 Ｔｒａｃｈｉｎｏｔｕｓ
属 Ｃａｒａｎｘ
细属 Ｓｅｌａｒｏｉｄｅｓ 副叶属 Ａｌｅｐｅｓ 丝属 Ａｌｅｃｔｉｓ 圆属 Ｄｅｃａｐｔｅｒｕｓ 竹荚鱼属 Ｔｒａｃｈｕｒｕｓ 餷属 Ｓｅｒｉｏｌａ ?属 Ｓｃｏｍｂｅｒｏｉｄｅｓ
共测定了 １５个个体的 １６ＳｒＲＮＡ基因全长。比 较发现，个体内不同克隆间无序列差异，而 ５个个 体间存在第 ７１、７６９、１１５０位等 ３个 Ａ／Ｇ转换位点， ５７８、１１０４位等 ２个 Ｃ／Ｔ转换位点，１０７１位的 １个 Ｃ／Ａ颠换位点及 １６４４位的 １个 Ｔ碱基插入突变 （图 ３）。综合来看，５个个体分别具有 ５种不同的 基因型。因此，１６ＳｒＲＮＡ基因的序列在种群内个体 间存在丰富的变异，适用于种群内遗传多样性分析。 ２．３ 基于 １６ＳｒＲＮＡ序列的鲳科鱼类进化关系
大黄鱼PPAR β全长cDNA的克隆和组织表达
大黄鱼PPAR β全长cDNA的克隆和组织表达钱伦;钱云霞;童丽娟【摘要】利用RT-PCR和SMART RACE的方法从大黄鱼肝脏中克隆了PPAR β全长cDNA.该序列长3390bp,5'端非翻译区146bp,3'端非翻译区1711bp,开放阅读框1533bp,可编码一个由510个氨基酸组成的蛋白质,该蛋白质分子量为57.2kDa、等电点为6.46.氨基酸序列分析表明,PPAR B基因具有较高的保守性,大黄鱼PPAR B与花鲈、金头鲷、欧鲽、大西洋鲑、红鳍东方纯、人、黑猩猩、牛、兔及小鼠等10个物种的同源性为72%～91%,其中与花鲈同源性最高,为91%.用RT-PCR法检测PPAR β基因的组织表达,结果表明该基因在大黄鱼肌肉、眼、脾、肾、肝、鳃、心、肠和脑等9个组织中均有表达,其中肝脏组织表达量最大,肌肉最少.【期刊名称】《生物学杂志》【年(卷),期】2010(027)006【总页数】4页(P1-4)【关键词】大黄鱼;PPAR β;克隆;组织表达【作者】钱伦;钱云霞;童丽娟【作者单位】宁波大学生命科学与生物工程学院,浙江,宁波,315211;宁波大学生命科学与生物工程学院,浙江,宁波,315211;宁波大学生命科学与生物工程学院,浙江,宁波,315211【正文语种】中文【中图分类】Q786PPAR(peroxisome proliferator-activated receptor),即过氧化物酶体增殖剂激活受体,是一类由配体激活的核转录因子,属Ⅱ型核受体家族成员。
PPAR最早由Issemann发现于爪蟾 (Xenopus laevis),接着在小鼠 (M us musculus)中成功克隆到了PPARα基因[1]。
在哺乳动物、鸟类、两栖动物、鱼类中发现 PPAR存在3种亚型,即PPARα、PPARβ(也称PPARδ)和PPARγ。
近年来,在人等哺乳动物中研究发现,PPAR参与机体多种生理和病理过程,尤其和脂代谢有十分密切的关系。
卵形鲳鲹组织蛋白酶b基因的克隆及表达分析
目前, CatB基因已在人(Homo sapiens)[11]、小 鼠(Mus musculus)[12]等哺乳动物和鱼类的斜带石斑 鱼(Epinephelus coioides)[13]、条石鲷(Oplegnathus
关键词: 组织蛋白酶B; 卵形鲳鲹; 表达分析; 溶藻弧菌
中图分类号Leabharlann Q344+.1文献标识码: A
文章编号: 1000-3207(2020)02-0289-07
组织蛋白酶B(Cathepsin B, CatB)属于组织蛋
白酶家族的半胱氨酸蛋白酶, 以酶活性中心具有 Cys-His双氨基酸基团为主要分子特征[1, 2]。机体中
第 44 卷 第 2 期 2020 年 3 月
doi: 10.7541/2020.035
水生生物学报
ACTA HYDROBIOLOGICA SINICA
Vol. 44, No. 2 Mar., 2020
卵形鲳鲹组织蛋白酶B基因的克隆及表达分析
朱 鹏1 胡 舒2 乔瑞峰2 廖永岩1 王姝懿2 彭金霞3 陆专灵3 韦友传2
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水生生物学报
44 卷
fasciatus)[14]、牙鲆(Paralichthys olivaceus)[15]、建鲤 (Cyprinus Carpio var Jian)[16]、斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)[17]、大菱鲆(Scophthalmus maximus)[18]、 大黄鱼(Pseudosciaena crocea)[3]中得到克隆鉴定, 这 些成果为卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)CatB(TroCatB) 研究提供科学参考。卵形鲳鲹是我国华南沿海地 区重要的海水养殖经济鱼类。随着养殖规模的扩 大, 由溶藻弧菌等病原感染引起的传染性疾病不时 发生, 给广西沿海地区卵形鲳鲹的养殖业造成严重 危害, 造成巨大的经济损失[19—21]。因此, 有必要开 展卵形鲳鲹免疫相关基因的研究, 以期为卵形鲳鲹 的病害防控提供理论支撑。迄今, 未见关于TroCatB 基因的研究报道。本实验室在完成TroCatL的研究 基础上[22], 本次研究应用RT-PCR和RACE技术克隆 TroCatB基因全长cDNA, 利用生物信息学方法进行 分子结构和进化分析, 建立实时荧光定量PCR(Realtime quantitative PCR, qPCR)方法, 检测TroCatB基 因在健康组织中的表达情况以及溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)感染后其mRNA的表达变化, 为进一 步研究TroCatB在免疫过程中的功能以及其对病原 的抗病机理奠定基础。
卵形鲳鲹生长抑素家族基因的全基因组鉴定及组织表达特征分析
卵形鲳鲹生长抑素家族基因的全基因组鉴定及组织表达特征分析作者：余艳玲冯鹏霏潘传燕林勇宋漫玲张永德罗洪林来源：《南方农业学报》2021年第12期摘要：【目的】明确卵形鲳鲹生长抑素（SST）家族基因的种类及其组织表达特征，为进一步揭示SST家族基因在其生长发育过程中的作用机制打下基础。
【方法】采用HMMER 3.1对卵形鲳鲹全基因组数据进行搜索，然后通过Pfam、SMART及NCBI CDD等数据库确认搜索获得的基因是否属于SST家族基因;采用ProtParam和PSORT等在线软件进行生物信息学分析，并以实时荧光定量PCR检测SST家族基因在卵形鲳鲹不同组织中的表达情况。
【结果】从卵形鲳鲹全基因组中共鉴定出4个SST家族基因（SST1、SST3、SST5和SST6），分别编码122、127、106和110个氨基酸残基，对应的编码蛋白分子量介于12249.3～14316.1 Da，理论等电点（pI）介于6.51～7.43，均定位于细胞外。
4个卵形鲳鲹SST基因结构较简单且相似，均包含2个外显子和1个内含子;SST1和SST3基因位于7号染色体上，SST6和SST5基因则分别位于8号和23号染色体上;4个卵形鲳鲹SST氨基酸序列相似性的平均值为33.42%，以SST5氨基酸序列与SST6氨基酸序列的相似性最高（39.78%），SST3氨基酸序列与SST5氨基酸序列的相似性最低（28.16%）。
SST家族基因在卵形鲳鲹脑、胃、性腺和肌肉等组织中均有不同程度的表达，SST1、SST3和SST6基因在脑组织中显著高表达（P<0.05，下同），而SST5基因在性腺和肌肉组织中显著高表达;此外，SST3、SST5和SST6基因在卵形鲳鲹卵巢中的相对表达量均显著高于在精巢中的相對表达量。
【结论】从卵形鲳鲹基因组中鉴定出4个SST家族基因（SST1、SST3、SST5和SST6），其表达分布存在组织特异性和种属特异性，可能介导卵形鲳鲹的神经调节、性腺发育及性二型性等多种生理功能，且不同物种的SST 基因功能可能存在差异。
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第35卷 第4期 广东海洋大学学报 V ol.35 No.42015年8月 Journal of Guangdong Ocean University Aug. 2015收稿日期：2015-06-30基金项目：国家海洋公益性行业科研专项（201205028）；广东省海洋经济创新发展区域示范专项（GD2012-A01-007，GD2012-A02-003）；广东省教育厅创新计划专项（2012KJCX0063）；广西科技厅科技计划（桂科攻1222013-2）第一作者：方玲玲（1990－），女，硕士研究生，研究方向为鱼类种子工程与生物学。
E-mail：1176950041@ 通信作者：陈刚（1961－），男，教授，研究方向为鱼类种子工程与增养殖。
E-mail：cheng@卵形鲳鲹PPAR α基因cDNA 序列的克隆、组织表达及生物信息学分析方玲玲1，陈 刚1,2,3，王忠良1,2,3，汤保贵1,2,3，张健东1，黄建盛1，周 晖1（1. 广东海洋大学水产学院，广东 湛江 524088；2. 广东省普通高校 南海水产经济动物增养殖重点实验室，广东 湛江 524088；3. 广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室，广东 湛江 524088）摘 要：采用RACE-PCR 克隆卵形鲳鲹（Trachinotus ovatus ）过氧化物酶体增殖物激活受体（peroxisome proliferator activated receptors -α，PPAR α）基因的cDNA 序列全长，并应用生物信息学方法分析其编码蛋白质的理化性质和结构特征。
结果表明：卵形鲳鲹PP AR α基因（GenBank 登录号KP893147） cDNA 全长1 930 bp，开放阅读框（ORF）为1 425 bp，共编码474个氨基酸，其编码的蛋白质为不稳定蛋白，无信号肽和跨膜结构，二级结构由α螺旋、β转角、伸展片段和无规则卷曲组成，且α螺旋占较大比例；预测显示，该蛋白有PP ARs 基因家族典型的DNA 结合区（DBD）和配体结合区（LBD）；序列对比表明，卵形鲳鲹PP AR α基因与尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus ）、花鲈（Lateolabrax japonicas ）、大黄鱼（Larimichthys crocea ）、金头鲷（Sparus aurata ）、军曹鱼（Rachycentron canadum ）等有较高的同源性（81% ~ 89%）；蛋白系统进化树分析显示，在人（Homo sapiens ）、鼠（Mus musculus ）、鸭（Gallus gallus ）、花鲈、大黄鱼、军曹鱼等动物中，卵形鲳鲹的PPAR α蛋白与军曹鱼的进化关系最为密切（94%），与人（68%）、鼠（68%）、鸭（67%）等的同源性较低。
荧光定量分析显示，卵形鲳鲹PP AR α mRNA 在脑、肾脏、肠、脾脏等组织表达水平较高，其次是皮肤、肌肉，在心脏、肝脏中表达量较低。
关键词：卵形鲳鲹；过氧化物酶体增殖物激活受体α（PPAR α）；基因；克隆；cDNA 末端快速扩增（RACE ）；生物信息学；组织表达中图分类号：Q78; S917.4 文献标志码：A 文章编号：1673-9159（2015）04-0001-09Molecular Cloning and Expression Distribution and BioinformaticsAnalysis of Peroxisome Proliferator ActivatedReceptors-α in Trachinotus ovatusFANG Ling-ling 1, CHEN Gang 1,2,3, WANG Zhong-liang 1,2,3, TANG Bao-gui 1,2,3,ZHANG Jian-dong 1, HUANG Jian-sheng 1, ZHOU Hui 1（1. Fisheries College of Guangdong Ocean University , Zhanjiang 524088, China ;2. Key laboratory of Aquaculture in South China Sea for Aquaculture Economic Animal of GuangdongHigher Education institutes Laboratory of Fish Aquaculture , Zhanjiang 524088, China ; 3. Guangdong Provincial Key Laboratory of Pathogenic Biology and Epidemiology for AquaticEconomic Animals , Zhanjiang 524088, China ）Abstract : The full-length cDNA of PP AR α in Trachinotus ovatus was cloned by RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends), and the protein structures, physical, chemical properties and their广东海洋大学学报第35卷2functional domain structures which encoded by PP AR α gene were analyzed by bioinformatics method. The results showed that cDNA sequences of PPAR α in T. ovatus were 1 930 bp, and the open reading frame was 1 425 bp, encoding 474 amino acids (GenBank accession No. KP893147). The protein was unstable protein without signal peptide and trans-membrane. The secondary structure of PPAR αcontains alpha helixes, beta turns, and extended strands, random coils. At the same time, alpha helixes were 45.15%. There were some typical structures in PPAR α, including a DNA-binding domain with zinc-finger structures, and a ligand binding domain which can integrate ligands and activate PPAR α. That the sequences of T. ovatus PPAR α were highly homologous with those cloned from Japanese sea perch, cobia, large yellow croaker and gilthead sea-bream (81%-89%), phylogenetic tree analysis of PPAR α protein showed that the nearest relationship existed between T. ovatus and cobia among all the species mentioned above, and the lowest homology was human. Using quantitative real-time RT-PCR, we observed that PP AR α mRNA was expressed predominantly in brain-lipid, spleen, intestine and head-kidney tissues of T. ovatus.Key words: Trachinotus ovatus; peroxisome proliferator activated receptors-α (PPAR α); gene; clone;Rapid Amplification of cDNA Ends (RACE); bioinformatics; tissue expression过氧化物酶体增殖物激活受体（Peroxisome proliferator activated receptors, PPARs）是一种由配体激活的转录因子，属于核受体超家族成员，其包含PPAR α、PPAR β及PPAR γ等3种亚型[1]。
PP AR α基因主要参与机体脂肪代谢的调控，在肝脏、肾脏、肠、脂肪等组织中大量表达[2]，调控脂肪酸摄取、转运，参与调控线粒体β氧化相关酶类及蛋白质的表达[3]。
PPAR α可被多不饱和脂肪酸及降脂药物（非诺贝特等）作为结合配体所激活[4-5]，启动CPT-I、LPL mRNA等目标基因表达，促进脂酰辅酶A合成酶（Acyl-coenzyme A synthetase，ACS）的合成，降低丙二酰辅酶A脱酸酶（M a l o n y l-C o A decarboxylase）活性等，最终通过增强能量消耗而减少组织中脂肪含量；也可影响乳糜微粒（CM）、极低密度脂蛋白（VLDL）及高密度脂蛋白（HDL）等的代谢，从而调节血浆中胆固醇和脂肪酸的转运[6-7]。
目前，多种鱼类的PP AR α基因已被克隆出来[8-12]，并对该基因对脂肪酸沉积的调控机制已作初步探索[8]，但卵形鲳鲹相关研究尚未见报道。
卵形鲳鲹（Trachinotus ovatus）属于鲈形目（Perciformes）鲹科（Carsngidae）鲳鲹属（Trachinotus），是暖水性中上层鱼类。
作为华南沿海主要的海水养殖品种之一，近年来由于高密度养殖带来饲料营养不均、药物滥用等问题，导致其脂肪代谢异常，脂肪沉积形成脂肪肝等[13]，严重影响了鱼体生长，且降低了鱼肉品质，因此，研究其脂肪代谢机制尤为必要。
本研究通过克隆卵形鲳鲹PP AR α基因的cDNA全长序列，并应用生物信息学软件对其序列结构和蛋白功能进行分析，同时研究该基因的组织表达分布，为探讨卵形鲳鲹脂肪代谢的调控机制提供参考资料。