桃江和浏阳病圃稻瘟病菌遗传多样性的SSR分析

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基于SSR标记的桃种质资源遗传多样性研究

基于SSR标记的桃种质资源遗传多样性研究

江西农业学报㊀2018,30(11):14 18ActaAgriculturaeJiangxi㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀http://www.jxnyxb.comDOI:10.19386/j.cnki.jxnyxb.2018.11.04基于SSR标记的桃种质资源遗传多样性研究凌士鹏,孙萍,林贤锐,沈建生∗㊀㊀收稿日期:2018-06-21基金项目:浙江省农业(果品)新品种选育重大科技专项(2016C02052-5)㊂作者简介:凌士鹏(1963─),男,浙江兰溪人,高级农艺师,主要从事果树种质资源收集及栽培推广㊂∗通讯作者沈建生㊂(浙江省金华市农业科学研究院,浙江金华321000)摘㊀要:评价了桃种质资源的遗传多样性水平及遗传结构,为其保存提供理论依据㊂利用12对SSR引物对53份桃种质资源进行了遗传多样性分析,利用Neighbor-Joining聚类对其遗传结构进行了分析比较㊂结果表明:(1)12对引物在53个样品中的平均等位基因数(Na)为7.917,Shannon多样性指数(I)为1.409,平均有效等位基因数(Ne)为3.399,平均观察杂合度(Ho)为0.657,期望杂合度(He)平均值为0.678㊂(2)基于Nei距离的Neighbor-Joining聚类分析表明:53个桃样品被分为3个组,同时能清楚地鉴别出同物异名的种质资源㊂由此可知,供试的桃种质资源表现出较高的遗传多样性水平;大部分遗传关系较近的品种以及部分形态学性状相近的品种聚在一类,说明聚类分析结果与系谱及生物学特征具有一定的关联性,同时聚类结果与品种的地理分布具有一定相关性㊂关键词:桃;SSR;遗传多样性;遗传结构中图分类号:S662.1㊀文献标志码:A㊀文章编号:1001-8581(2018)11-0014-05AStudyonGeneticDiversityofPeachGermplasmResourcesBasedonSSRMarkersLINGShi-peng,SUNPing,LINXian-rui,SHENJian-sheng∗(JinhuaAcademyofAgriculturalSciencesinZhejiang,Jinhua321000,China)Abstract:Thegeneticdiversityandgeneticstructureofpeachgermplasmresourceswereassessedtoprovidetheoreticalbasisfortheirconservation.TwelvepairsofSSR(SimpleSequenceRepeats)primerswereusedtoevaluatethegeneticdiversityof53peachaccessions,andNeighbor-Joiningclusteringwasusedtoanalyzeandcomparetheirgeneticstructure.Theresultsshowedthat:(1)Themeannumberofpolymorphicalleles(Na)of12pairsofprimersin53peachaccessionswas7.917,andtheaver⁃agenumberofeffectivealleles(Ne)perlocuswas3.399;theShannondiversityindex(I)was1.409;theaverageobservedhet⁃erozygosity(Ho)was0.657,andtheaverageexpectedheterozygosity(He)was0.678.(2)TheNeighbor-Joiningclusteringa⁃nalysisbasedonNei sdistancedivided53peachsamplesinto3groups,anditcouldclearlyidentifythesynonymsofthesegerm⁃plasmresources.Thetestedpeachgermplasmresourcesexhibitedahighlevelofgeneticdiversity,andmostofthevarietieswithclosergeneticrelationshiporsomesimilarmorphologicalcharacteristicswereclusteredintothesamegroup,indicatingthatthere⁃sultsofclusteringanalysiswererelatedtothegenealogyandbiologicalcharacteristics.Atthesametime,theclusteringresultswerealsocorrelatedwiththegeographicaldistributionofthevarieties.Keywords:Peach;SSR;Geneticdiversity;Geneticstructure㊀㊀桃是蔷薇科(Rosaceae)李属(Prunus)植物,起源地是中国的西部地区,分布点主要是欧㊁亚㊁美㊁澳㊁非等五大洲,其种植范围特别广㊁适应性比较强㊁种质资源极为丰富[1]㊂桃经过多年的自然选择和人工驯化种植,形成了许多的类型和品系,这些资源为进一步改良桃的相关性状提供了基础,了解这些资源是利用的前提[2]㊂目前,相关研究表明:我国拥有北京㊁南京㊁郑州3个国家级桃种质资源圃以及很多地方桃种质资源圃,收集并保存了6个种,共2000多份种质资源[3],桃作为世界上栽培最为广泛的落叶果树之一,现已遍布全球,居核果类果树之首[4]㊂自20世纪80年代以来,国内很多学者对桃亚属种间分类进行了研究,目前已经在形态学[1]㊁酶学[5]㊁孢粉学[6]㊁细胞学[7]㊁分子标记[8-11]等方面获得了一些桃资源分类及亲缘关系等的结论和观点㊂但是研究发现,从形态学方面对品种进行分类需要看经验,因此对于一些种间的杂种进行归类十分困难,更无法判断其起源;另外,利用同工酶㊁染色体核型等试验手段也同样面临着更多的问题㊂因此开展桃分子标记辅助分类具有重要意义㊂简单序列重复(SimpleSequenceRepeat,SSR)标记的特点是等位基因变异数多㊁信息含量及多态性高,稳定性㊁重复性好,属共显性遗传,特异性强,并且在种属间有良好的通用性[14],是目前果树上鉴定种质资源㊁分析遗传多样性及亲缘关系应用中最为广泛的分子标记㊂同时,Verde等[12]基于桃不同器官转录组数据研究后上传至NCBI共80797条ESTs序列,为挑选更好的桃SSR引物提供了丰富的资源㊂笔者所在课题组已于前期对部分桃种质资源进行了调查㊁收集保存,因此在此基础上,本研究利用SSR分子标记技术对收集保存的桃种质资源进行遗传多样性的评价,以期为后续桃种质资源的综合利用提供借鉴㊂1㊀材料与方法1.1㊀植物材料于各地收集桃地方品种(品系)共53份,嫁接于浙江省金华国家高科技农业园区的桃李品种园,详细内容见表1㊂试验材料为健康幼嫩叶片,采集并分别置于采集袋内,同时利用变色硅胶迅速干燥,带回实验室,挑取干燥的叶片进行DNA提取㊂表1㊀供试的桃品种(品系)编号品种(品系)编号品种(品系)1518油桃34天鲜红2超丽春35香梅露3千年红36湖景蜜露4双喜红37硬肉桃5京东巨油38日本桃6中油14号39新玉7超早油桃40雪雨露9红芸果油桃41晚熟1号桃11金山早红422号桃12艳光43特早4号13中油5号44八仙蜜露14大观45仙岛红2号15金华大白桃46东溪小仙桃16早霞露47X2-517江山早48X18沪油01849早露蟠19沙红50玉露蟠23夏香姬51红冠24加纳桃52叶10月桃25白玉桃53天台10月桃26新白花54春蜜27夏之梦55春瑞28南国红56T突围30红清水57锦秀32上汗红桃58新川岛33红燕露59春雪60锦圆1.2㊀方法1.2.1㊀DNA的提取㊀采用CTAB法[13]从采集的叶片中提取总DNA,用双蒸水稀释到10 30ng/μL,储存于-20ħ冰箱中备用㊂1.2.2㊀SSR标记㊀随机抽取8个桃样品的DNA模板,选用56对SSR引物进行PCR扩增,将扩增产物利用6%的聚丙烯酰胺凝胶电泳约2.5h,后银染显色㊂从中筛选出12对扩增条带清晰㊁稳定的引物进行SSR扩增,详见表2㊂试验前对筛选好的12对引物进行荧光修饰,即在单向引物的5ᶄ端或3ᶄ端加上荧光修饰基团,便可实现微卫星多态性的荧光半自动检测㊂荧光引物由上海英骏生物技术有限公司合成㊂㊀㊀PCR反应体系及SSR扩增程序详见孙萍等[17]2017年发表的文章㊂扩增结束后对PCR产物用灭菌的双蒸水稀释100 200倍,利用ABI3130测序仪进行毛细管电泳检测;数据采集采用GeneMapper4.0仪器在电泳结果60 350bp片段大小范围内进行㊂1.3㊀数据分析将测序的结果导入GeneticProfilev1.0软件中,参照峰值的强度及分子内标大小,确定微卫星位点扩增片段的区间,对片段大小进行统计,如果出现多峰型的样品,则需重新进行PCR试验后重新检测,以Excel格式保存统计结果,以备后续分析[17]㊂利用遗传数据分析软件GenAlEx6.3[18]计算多态性等位基因数(Na)㊁SSR位点的有效等位基因数(Ne)㊁Shannon多样性指数(I)㊁观察杂合度(Ho)㊁期望杂合度(He)等遗传多样性指标㊂用Population1.2[19]软件对53个桃种质资源进行Neighbor-Joining聚类分析,并描绘和修改聚类图[20]㊂2㊀结果与分析2.1㊀SSR扩增产物的多态性从表3可以看出,12对SSR引物在所有桃样品中的多态性等位基因数(Na)从6到11不等,等位基因数平均值为7.917㊂有效等位基因数(Ne)从1.773(CPPCT042)到4.657(BPPCT026),平均值为3.399㊂其中,引物CPPCT022扩增出的等位基因数为11个,可以区分53个品种中的22个品种;多态性较好的引物为CPPCT022㊁BPPCT038㊁CPPCT026㊁BPPCT025㊁UDP96-005,能区分几乎所有53个桃地方品种㊂在本研究中,观察杂合度(Ho)为0.436(CPPCT042) 0.922(BPPCT038),平均值为0.657㊂期望杂合度(He)为0.436(CPPCT042) 0.785(BPPCT026),平均期望杂合度为0.678㊂Shannon多样性指数(I)为0.939(CPPCT042) 1.698(BPPCT038),平均值为1.409㊂反映了所收集保存的桃种质资源的遗传变异程度较高,遗传多样性较高㊂51㊀11期㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀凌士鹏等:基于SSR标记的桃种质资源遗传多样性研究表2㊀SSR引物及扩增的长度范围引物名称引物序列(5ᶄ-3ᶄ)等位基因范围/bp参考文献BPPCT001F:AATTCCCAAAGGATGTGTATGAG,R:CAGGTGAATGAGCCAAAGC128 170[14]BPPCT025F:TCCTGCGTAGAAGAAGGTAGC,R:CGACATAAAGTCCAAATGGC147 199[14]BPPCT017F:TTAAGAGTTTGTGATGGGAACC,R:AAGCATAATTTAGCATAACCAAGC139 182[14]BPPCT007F:TCATTGCTCGTCATCAGC,R:CAGATTTCTGAAGTTAGCGGTA134 161[14]BPPCT038F:TATATTGTTGGCTTCTTGCATG,R:TGAAAGTGAAACAATGGAAGC106 153[14]Pchgms6F:CATTGTTCATGGGAGGAATT,R:AGAACATTCCTAAAGGAGCA216 275[15]CPPCT026F:AGACGCAGCACCCAAACTAC,R:CATTACATCACCGCCAACAA150 220[15]CPPCT022F:CAATTAGCTAGAGAGAATTATTG,R:GACAAGAAGCAAGTAGTTTG217 305[15]CPPCT042F:ACTCGTGGAGCAGACCACTT,R:ATCCAAGCATGCCAAGAAAG149 200[15]CPPCT029F:CCAAATTCCAAATCTCCTAACA,R:GATCAACTTTGAGATTTGTTGAA173 198[15]UDP98-025F:GGGAGGTTACTATGCCATGAAT,R:CGCAGACATGTAGGACCTC129 137[16]UDP96-005F:GTAACGCTCGCTACCACAAA,R:CCTGCATATCACCACCCAG100 177[16]表3㊀53个栽培桃品种12对引物的遗传参数引物NaNeIHoHeBPPCT038104.4851.6980.9220.777CPPCT04271.7730.9390.4360.436CPPCT02694.6571.6910.8550.785Pchgms663.1831.2900.5270.686BPPCT01773.2611.3310.7170.693BPPCT00783.5571.5330.6000.719CPPCT022114.0041.6810.7270.750BPPCT00162.9351.3380.5000.659CPPCT02961.9720.9730.4550.493BPPCT02594.1181.5760.6730.757UDP98-02572.6621.2550.5000.624UDP96-00594.1781.6070.8890.761平均7.9173.3991.4090.6570.6782.2㊀聚类分析通过SSR数据对53个地方桃品种进行聚类分析,构建亲缘关系图(图1)㊂从聚类分析图可以得出:53个地方桃品种分成了3组,第一组中包括大观㊁江山早㊁加纳桃㊁红清水等11个品种,其中大观和江山早的相似系数为0.96,晚熟1号桃和2号桃的相似系数为0.98,说明它们之间遗传关系很近;第二组包括了35个品种,其中518油桃和千年红的相似系数为1.00,即为同物异名的现象;第三组包括了其余的9个品种,其中新玉和东溪小仙桃的相似系数为0.94,也表现出了很近的亲缘关系㊂图1㊀基于Nei的遗传距离的Neighbor-Joining聚类分析图3㊀小结与讨论3.1㊀遗传多样性分析杂合度的高低及等位基因数的多少是反映所选用SSR位点鉴别植物基因型能力的重要指标[17]㊂本61江㊀西㊀农㊀业㊀学㊀报㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀30卷研究结果表明:所选用的12个SSR引物其多态性较高,可以用于地方桃品种的鉴定和遗传多样性分析,另外也表明了笔者前期所收集保存的地方桃种质资源遗传变异较为丰富㊂12对引物在所有样品中等位基因的平均值为7.917,平均有效等位基因数(Ne)为3.399,平均观察杂合度(Ho)为0.657,期望杂合度(He)的平均值为0.678,与史红丽等[21]的研究结果相似(Ne=3.4),比Ghaffari等[22]在扁桃上的研究结果稍低(Na=8.8,Ho=0.7,He=0.79)㊁但显著高于Aranzana等[23]在桃上的研究结果(Na=6.6 7.3,Ho=0.35,He=0.50 0.55)㊂另外,本研究中桃种质资源的遗传多样性水平与杏[24](Na=3.5,Ho=0.58)㊁樱桃[25](Na=3.5 6.0,He=0.49 0.66)等其他李属植物的研究结果相比,有明显差异,表现出较高的遗传多样性水平㊂这为桃种质资源圃的建立奠定了物质基础㊂3.2 遗传结构分析基于Nei距离的Neighbor-Joining聚类分析清楚检测到桃供试样品的遗传结构:53个地方桃品种分成了3组,其中第一组中的大观和江山早均为早熟桃品种,形态学性状相近;晚熟1号桃和2号桃均为晚熟桃品种,形态学性状也极其相近;另外,第一组中的加纳㊁红清水㊁上汗这3个桃品种均为日本选育的品种㊂第二组的518油桃和千年红的相似系数为1.00,为同物异名的现象;春瑞㊁春雪㊁春蜜㊁突围这4个桃均为早熟桃品种,形态学特征相似;红芸果㊁艳光㊁中油5号㊁超丽春㊁千年红㊁京东巨油㊁超早油桃这几个品种均为油桃品种,聚在一起;红冠㊁夏香姬㊁沙红㊁雪雨露这4个品种形态学特征相似,聚在一起㊂第三组中新玉和东溪小仙桃的相似系数为0.94,也表现出了很近的遗传关系㊂在不同的桃类群中,大部分遗传关系较近的品种以及部分形态学性状相近的品种聚在一起,说明其聚类分析结果与桃系谱以及生物学特征具有一定的关联性,但也不是完全一致的㊂部分形态学性状相差较大的桃品种,如锦绣和红燕露㊁天鲜红在聚类图中聚集在一起,说明这3个桃品种之间的基因型存在相互渗透的现象,亲缘关系较近㊂造成这种现象的原因可能是控制桃肉色性状的基因发生了几个碱基的变化,而通过SSR分析检测不到碱基的微小变异,也可能与桃本身遗传结构相对复杂有关㊂本研究结果也显示出聚类结果与桃品种的地理分布之间存在一定相关性,如日本桃品种㊁部分地方品种分别较为集中的聚在一起㊂但也有部分来自不同地区甚至地理距离较远的桃品种,其遗传距离表现非常相近,造成这种现象的原因可能与品种所处的环境条件相似,或者人工干预较为相近有一定的关系㊂因此在选择杂交亲本时,应注重扩大地域选择范围,这对于提高遗传多样性具有明显意义㊂另外,研究还存在着普通桃和油桃聚为一类的交叉现象,说明各桃品种之间通过多年的自然选择,以及杂交育种过程中基因之间相互渗透,从而形成了较为丰富的遗传多样性,同时通过生态条件的变化以及人工干预,形成了不同的品种(品系)类型㊂本研究采用SSR标记来研究桃种质资源的遗传多样性,结果表明:SSR标记是一种经济㊁可靠的分子标记技术㊂从本研究的结论可以看出,所收集到的桃种质资源遗传变异较为丰富,遗传多样性水平较高,对今后桃种质资源的保存和利用具有一定的参考价值㊂但本研究发现部分性状差别较大的地方桃品种在聚类图上聚为一类,这有待于进一步研究和论证㊂参考文献:[1]汪祖华,庄恩及.中国果树志 桃卷[M].北京:中国林业出版社,2001.[2]叶宇芸,王清明,马建伟,等.基于SSR标记的桃品种遗传多样性分析及遗传相似系数比较[J].华南农业大学学报,2017,38(3):39-45.[3]李雄伟,孟宪桥,贾惠娟,等.桃品种特异性荧光SSR分子标记数据库构建[J].果树学报,2013,30(6):924-932.[4]俞明亮,马瑞娟,沈志军,等.中国桃种质资源研究进展[J].江苏农业学报,2010,26(6):1418-1423.[5]高锁柱,马德伟,刘景芬,等.几种桃的过氧化物酶同工酶酶谱分析比较[J].河北农业大学学报,1987(1):23-27.[6]张秀英,王雁,王桂萍.桃花种质资源花粉形态的观察与比较[J].北京林业大学学报,1997,19(2):57-62.[7]郭振怀,葛会波,王秀伶,等.桃属植物染色体核型及种间亲缘关系分析[J].园艺学报,1996,23(3):223-226.[8]陈巍,王力荣,张绍铃,等.利用SSR研究不同国家桃育成品种的遗传多样性[J].果树学报,2007,24(5):580-584.[9]杨英军,张开春,林珂.常见桃属植物RAPD多态性及亲缘关系分析[J].河南农业大学学报,2002,36(2):187-190.[10]王富荣,佟兆国,赵剑波,等.桃野生种和地方品种种质资源亲缘关系的AFLP分析[J].果树学报,2008,25(3):305-311.[11]BouhadidaM,MorenoMA,GonzaloMJ,etal.Geneticvar⁃iabilityofintroducedandlocalSpanishpeachcultivarsdeter⁃minedbySSRmarkers[J].TreeGenetGenomes,2011,7(2):257-270.[12]VerdeI,AbbottAG,ScalabrinS,etal.Thehigh-qualitydraftgenomeofpeach(Prunuspersica)identifiesuniquepatternsofgeneticdiversity,domesticationandgenomeevolu⁃tion[J].NatGenet,2013,45(5):487-494.71㊀11期㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀凌士鹏等:基于SSR标记的桃种质资源遗传多样性研究[13]DoyleJJ,DoyleJL.ArapidDNAisolationprocedureforsmallquantitiesoffreshleaftissue[J].PhytochemBull,1987(19):11-15.[14]DirlewangerE,CossonP,TavaudM,etal.Developmentofmicrosatellitemarkersinpeach[Prunuspersica(L.)Batsch]andtheiruseingeneticdiversityanalysisinpeachandsweetcherry(PrunusaviumL.)[J].TheorApplGenet,2002,105(1):127-138.[15]AranzanaMJ,Garcia-MasJ,CarbóJ,etal.Developmentandvariabilityanalysisofmicrosatellitemarkersinpeach[J].PlantBreeding,2002,121(1):87-92.[16]CiprianiG,LotG,HuangWG,etal.AC/GTandAG/CTmicrosatelliterepeatsinpeach[Prunuspersica(L)Batsch]:isolation,characterisationandcross-speciesamplificationinPrunus[J].TheorApplGenet,1999,99(1/2):65-72.[17]孙萍,林贤锐,沈建生.基于SSR标记的李种质资源遗传多样性研究[J].江西农业学报,2017,29(2):33-39.[18]PeakallR,SmousePE.GENALEX6:geneticanalysisinEx⁃cel.Populationgeneticsoftwareforteachingandresearch[J].MolecularEcologyNotes,2006,6(1):288-295.[19]LangellaO.POPULATIONS1.2:populationgeneticsoftware,individualsorpopulationdistance,phylogenetictrees[EB/OL].http://bioinformatics.org/-tryphon/popu⁃lations/,2000.[20]HusonDH,ScornavaccaC.Dendroscope3:aninteractivetoolforrootedphylogenetictreesandnetworks[J].SystematicBiology,2012,61(6):1061-1067.[21]史红丽,韩明玉,赵彩平.桃遗传多样性的SRAP和SSR标记分析[J].华北农学报,2009,24(6):187-192.[22]GhaffariMR.Assessmentofthegeneticdiversityofalmond(Prunusdulcis)usingmicrosatellitemarkersandmorphologicaltraits[J].IranianJournalofBiotechnology,2008(2):98-106.[23]AranzanaMJ,CarbóJ,ArúsP.Microsatellitevariabilityinpeach[Prunuspersica(L.)Batsch]:cultivaridentification,markermutation,pedigreeinferencesandpopulationstructure[J].Theoretical&AppliedGenetics,2003,106(8):1341-1352.[24]RuthnerSZ,PedrycA,KriskaB,etal.Molecularcharac⁃terizationofapricot(PrunusarmeniacaL.)cultivarsusingcrossspeciesSSRamplificationwithpeachprimers[J].IntJHortSci,2006(12):53-57.[25]WünschA,HormazaJI.Molecularcharacterizationofsweetcherry(PrunusaviumL.)genotypesusingpeach[Prunuspersica(L.)Batsch]SSRsequences[J].Heredity,2002,89(1):56-63.(责任编辑:曾小军)81江㊀西㊀农㊀业㊀学㊀报㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀30卷。

我国水稻主栽品种SSR多样性的比较分析

我国水稻主栽品种SSR多样性的比较分析
始于 1 9 1 9 年, 近年来经过选种优化 , 式, 对于 水稻 主栽 品种 的 N a和 H e
已经有 5 0 0 0 多份水稻品种.但是 自 两 个 时 期进 行 显著 性 检 验,并 且
2 . 2 S S8标 记分 析 多态 性
2 _ 2 l 1 等 位基 因数 对于 水 稻 品种 的 2 3 6个 多 态
用认为干扰的方式, 获得具有性能较 研 究 , 其 中粳 稻 7 2份 、 籼 稻 7 9 态性 。 测 试 的结 呆显 示 , 上 世纪 5 0
好 产 量铰高的水稻品种。 为了对 份 , 因 为两 个 时期 的取样 数 相 近 , 年代的水稻主栽品种的 S S R 显示 水稻 的遗传多样I 1 生 i 亍 研究, 而且如 因此能够避免 因为取样数的差异 出较为丰富的变异性,表明水稻 果基因遗传越多, 则生物多样 l 1 生 越丰 而 引发 的结果 偏差 , 品 种 的遗 传 多 样 性 较 为 丰 富 , 而
1 . 3 数 据分析
内 的品种 之 间 , 而且 具 体 位 点 的
变异程度存在差异 ] 。 在所进行的
每 1对 S S R引物 检 测 1个 位 S S R 标 记 中, 只有 R M 2 4 、 R M 4 1 6等
水稻生物多样I 1 生 研究具有重要的意 点,根据 S S R 数据库进行对 比分 标 记显示出较为 显著性 的差 距, 义田 。我国又 寸 于水稻良种选育的工作 析 , 采用 w i l c o x o n成 对 测 验 的 方 其 他 的标记 不 显著。
我国水稻主栽 品种 S S R 多样性 的比较分析
袁 郁 明 黄 永 红 杨 华淡 / 广 东省 龙 川 县 赤 光 镇 农 业 技 术 推 广 站 广东 龙 川 5 1 7 3 0 0

水稻对稻曲病不同抗性品种遗传多样性SSR分析

水稻对稻曲病不同抗性品种遗传多样性SSR分析

D OI : 1 0 . 1 6 2 1 3 / j . c n k i . 8 c j 明. 2 0 1 5 . 2. 0 0 0 3
水 稻 对 稻 曲病 不 同 抗 性 品 种 遗 传 多 样 性 S S R分 析
卢代 华 r , 王 剑 , 伏 荣桃 , 王 平 , 姚 琳 , 陈晓娟 , 张 鸿 , 黄 超 , 陈雪娟 ,龚学书 ,陈 宇 , 毛建辉 2
Z HA N G Ho n g - 一 ,H UA N G C h a o . 一 , C H E N X u e d u a n - - ,G O N G X u e . s h u . 一 。 C H E N Y u 。 - - ,MA O J i a n . h u i ‘ ・
Abs t r a c t : I n t h i s p a p e r .t he g e n e i t c d i v e r s i t y a n a l y s e s o f 2 3 v a r i e t i s e we r c c o n d u c t e d b y 3 5 S S R p ime f m. I 1 I e r e s u l t s h o we d t h a t 3 42 DNA

要: 本文利 用 3 5对 S S R引物对 2 3份水稻品种( 组合) 进 行遗传 多样性分析。结果表明 , 3 5对引物在 2 3 个 水稻品种上共获得
3 4 2条 扩增条带, 其中 多态性条带2 8 8条, 多态性条带所 占比例为 8 4 . 2 1 %。2 3个参试水稻品种对稻 曲病 的抗性表现 出明显差异,
中, 聚在 同一类 的品种生育期最 多可相差 1 1 d , 而 同一生育期的品种可以分属不 同的类 , 包括中 抗 到高感 的不同抗性类型。 关 键词 : 水稻 ; 稽 曲病 ; 抗性 ; 遗传 多样性; S S B

中国稻瘟病菌遗传多样性研究进展

中国稻瘟病菌遗传多样性研究进展

中国稻瘟病菌遗传多样性研究进展作者:王伟舵刘永锋来源:《江苏农业科学》2016年第06期摘要:在农业生产实际过程中,水稻抗病品种常常缺少对稻瘟病的持续抗性,这是由于稻瘟病菌具有复杂的遗传多样性,在抗病品种的长期定向选择过程中,田间稻瘟病菌的种群遗传结构发生了改变,产生了一些能够克服品种抗性的强致病型菌株。

因此,研究稻瘟病菌的遗传结构及其时空动态,掌握水稻种植区的稻瘟病菌遗传变异规律,对水稻抗病品种选育和利用抗病品种布局防治稻瘟病均有重要意义。

本文对我国稻瘟病菌遗传多样性研究进展进行了概述。

关键词:稻瘟病菌;遗传多样性;分子标记;中国中图分类号: S435.111.4+1文献标志码: A文章编号:1002-1302(2016)06-0196-03收稿日期:2015-05-17基金项目:江苏省农业科技自主创新资金[编号:CX(15)1054]。

作者简介:王伟舵(1984—),男,博士,主要从事水稻真菌病原物分子生物学研究。

E-mail:weiduowang@。

通信作者,刘永锋,博士,研究员,主要从事水稻病害及其生物防治研究工作。

E-mail:liuyf@。

稻瘟病是由稻瘟病菌(Magnaporthe grisea)引起的水稻生产上的重要病害,在我国各水稻种植区均有发生,对水稻安全生产造成严重影响[1]。

目前选育和利用抗病品种是防治稻瘟病最经济有效的方法[2]。

然而,稻瘟病菌本身具有丰富的遗传多样性和易变异性,在田间极易产生致病性的分化,这也导致一些水稻抗病品种在推广种植3~5年后,抗病性逐渐丧失[3-4]。

因此研究稻瘟病菌的群体遗传多样性,掌握稻瘟病菌群体遗传结构的变化规律,对水稻抗病品种选育及生产上利用抗病品种布局防治稻瘟病均有重要意义。

生物的遗传多样性研究需要合适的遗传标记来明确地反映不同种群的遗传特征[5]。

随着生物学技术的快速发展,遗传标记的种类已经从形态学、细胞遗传学、生物化学发展到分子生物学领域[6]。

湖南省稻瘟病菌无毒基因鉴定

湖南省稻瘟病菌无毒基因鉴定

I n s e c t P e s t s / S o u t h e r n R e g i o n a l C o l l a b o r a t i v e I n n o v a t i o n C e n t e r f o r G r a i n a n d O i l C r o p s i n C h i n a , C h a n g s h a 4 1 0 1 2 8 , C h i n a )
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湖南稻瘟病菌群体遗传多样性与病菌致病型的关系

湖南稻瘟病菌群体遗传多样性与病菌致病型的关系

湖南稻瘟病菌群体遗传多样性与病菌致病型的关系李亚;刘二明;戴良英;李成云;刘林【期刊名称】《中国水稻科学》【年(卷),期】2007(021)003【摘要】用8对SSR引物对230个稻瘟病菌菌株进行遗传多样性分析.经UPGMA聚类分析,在相异系数为0.23水平上,供试菌株划分为7个遗传宗谱,其中Ⅰ、Ⅴ、Ⅵ宗谱为优势宗谱,所占比例分别为23.9%、23.5%和23.0%,Ⅳ和Ⅶ宗谱中分别只有1个和5个菌株,其所占比例仅为0.43%和2.17%.用7个全国统一鉴别品种对从230个菌株中选出的77个菌株进行致病型鉴定,结果表明湖南稻瘟病菌分属ZA、ZB、ZC、ZD、ZE、ZF、ZG等共7群30个致病型.其中 ZA、ZB、ZC 3个种群的分化较强,分别含6、10、7个致病型,其中ZG1为优势致病型,出现频率为26.5%.SSR标记的遗传多样性分析结果以及以不同鉴别品种表型来划分的致病型结果表明,菌株遗传宗谱与致病型不存在一一对应关系.【总页数】5页(P304-308)【作者】李亚;刘二明;戴良英;李成云;刘林【作者单位】湖南农业大学,生物安全科技学院,湖南,长沙,410128;湖南农业大学,生物安全科技学院,湖南,长沙,410128;湖南农业大学,生物安全科技学院,湖南,长沙,410128;云南农业大学,植物病理重点实验室,云南,昆明,650201;云南农业大学,植物病理重点实验室,云南,昆明,650201【正文语种】中文【中图分类】S432.1;S435.111.4+1【相关文献】1.湖南两类稻瘟病生态系病菌群体遗传多样性研究 [J], 刘二明;刘志贤;魏林;叶华智;朱有勇;罗峰2.稻瘟病菌群体的分子遗传学研究--广东省与云南省稻瘟病菌群体遗传及致病型结构的比较分析 [J], 吴伟怀;王玲;程贯忠;朱有勇;潘庆华3.稻瘟病菌群体的分子遗传学研究--广东省稻瘟病菌群体遗传及致病型结构的时空变化分析 [J], 杨雪燕;王玲;何艺郡;潘庆华4.稻瘟病菌群体的分子遗传学研究--广东省与江苏省稻瘟病菌群体遗传及致病型结构的比较分析 [J], 吴伟怀;王玲;何艺郡;潘庆华5.稻瘟病菌群体的分子遗传学研究I.广东省1998~1999年稻瘟病菌的遗传多样性[J], 邓晓玲;安淑文;刘思国;潘庆华因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。

中国五省稻瘟病菌群体交配型分布及育性情况的研究的开题报告

中国五省稻瘟病菌群体交配型分布及育性情况的研究的开题报告

中国五省稻瘟病菌群体交配型分布及育性情况的研究的开
题报告
一、研究背景
稻瘟病是稻区域性优势病害之一,给中国稻作生产造成了很大的危害和经济上的损失,为了有效地控制稻瘟病的发生和流行,需要对其病原菌群体的交配型分布和育性情况
进行深入的研究。

二、研究目的
本研究旨在探索中国五省稻瘟病菌群体交配型分布及育性情况,为稻瘟病的防治提供
基础性数据和理论支持。

三、研究方法
1.采集稻瘟病菌菌株:在江苏、安徽、湖南、湖北、广西五省的稻田中采集病原菌,
并在实验室中进行分离和培养。

2.判断交配型:采用菌丝接种的方法,将两个不同交配型的稻瘟病菌菌株接种到同一
培养皿中,观察其交配子的形成情况。

3.分析育性情况:将试验中获得的不同交配型的稻瘟病菌菌株进行配对试验,观察其
生殖力和交配子的形态特征等,分析其育性情况。

四、研究内容
1.采集并分离稻瘟病菌菌株。

2.确定不同稻瘟病菌的交配型。

3.进行交配实验,观察其交配子的形态特征。

4.分析稻瘟病菌交配型分布及育性情况的差异。

五、研究意义
本研究对于深入了解中国五省稻瘟病菌群体的交配型分布和育性情况具有重要意义,
可以为维护稻作生产安全,提供科学技术支持。

同时,本研究的结果也能为其他病害
防治工作提供借鉴和启示。

湖南省稻瘟病菌无毒基因鉴定

湖南省稻瘟病菌无毒基因鉴定

湖南省稻瘟病菌无毒基因鉴定刘翔;任佐华;陈娟芳;毛锐;戴良英;刘二明【摘要】[Objective]Composition of avirulent genes types of Magnaporthe oryzae in Hunan province were studied, in order to provide reference basis for breeding of new rice cultivars and rational distribution of blast -resistant cultivars.[Method]A total of 120 M. oryzae monadic isolates were isolated from rice susceptible cultivars (Lijiangxintuanheigu, LTH) in Hunan Taojiang nurseries in 2014. Then, 24 near-isogenic lines (NILs) with known blast-resistance gene was in vitro inoculated artificially with above isolates by acupuncture, and the avirulent genes of tested isolates were identified.[Result]The above 120 M. oryzae isolates all carried 24 avirulent genes, among 24 avirulent genes, occurrence frequencies of Avr-Pita and Avr-Pish were more than 40.00%, while occurrence frequencies of Avr-Piz, Avr-Piz5, Avr-Pi3 and Avr-Pi9 ranged from 30.00% to 40.00%, occurrence frequencies of the rest were lower relatively, especially Avr-Piks, Avr-Pikp, Avr-Pib, Avr-Pi12 and Avr-Pi11 with frequency of less than 10.00%. [Conclusion]The rice cultivars carrying resistant genes Pi-ta and Pi-sh sould be generalized in Hunan province; the rice varieties cultivars carrying resistant genes Pi-z, Pi-z5, Pi-3 and Pi-9 should be considered carefully in their utilization and extension in Hunan province; the rice cultivars carrying blast-resistant genes Pi-ks, Pi-kp, Pi-b, Pi-12 and Pi-11 are not suitable for utilization and extension in Hunan province.%【目的】了解湖南省稻瘟病菌无毒基因组成,为培育水稻新品种及合理布局抗稻瘟病品种提供参考依据。

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关键词 : 稻瘟病 菌; 圃; 病 遗传多样性 ;S SR标记
中 图分 类 号 :4511 ¥3.1. 4文 献 标 识 码 : A
文 章 编 号 :0600 (010-07 0 10—6X 21 )700-4
An l ss o n tc Di e st fM a a rhe o y a n Ri e Bl s a y i fGe e i v r iy o gn po t r z e i c a tNur e i s s re
Ab ta t 6 sl e f g a ot rze cl c df m 2 a e e h iebat usr si T o agad sr c:12i a so np r eoya, o et r 6vr t si ter ls n r i n aj n n ot Ma h l e o i i n c ee i
r s e t ey n h a i e g s a d d f r n i e g s a n h m r n 1 ,r s e t ey e p ci l ,a d t e s me l a e n i e e t l a e mo g t e we e 2 a d 4 e p ci l,wh c c o n o v n f n v i h a c u tf r 1 .% a d 8 . % . e p ci ey t e 2 s lt sta p d fo t e arwe e g o p d i t i e ei i e g s i i h 1 25 n 75 r s e t l ; h 1 ioa e r p e r m h i v r r u e no sx g n t l a e . n wh c 6 c n i l ts b l n e o p e o n n i e g 0 . h c c o n r7 . % . O i i dc t d t a h r p e s l ts f m i s ae e o g d t r d mi a tl a e L 1 w ih a c u t 62 o n o f S t n i ae h t e t p d io ae r t a o ar
( 南农 业大 学 生 物安全 科 学技 术学 院 , 湖 湖南 长 沙 4 02 ) 1 18
摘 要 :09 , 20 年 在桃江和浏阳采集了 2 个品种上的稻瘟病标 样 , 6 经单孢 分离获得 12 6 个稻瘟 病菌株 , 利用 1 对 SR引物 进行 0 S
了遗传多样性分析。结果表明 , 08 在 .0的相 似水平 上 ,6 1 2个菌株划分为 2 3个宗谱 ,O L I为优势宗谱 , 占总菌数 的 7 .%; 2个 28 在 病 圃相 同品种上 分离得到的 5 9个菌 株归属 1 宗谱 , 江病 圃的有 1 宗谱 , 阳病 圃 的有 5个宗谱 , 中相 同的宗谱 有 2 6个 桃 3个 浏 其 个, 相异 的宗谱有 1 4个 , 占 1.%和 8 . 空 中捕 捉的 2 个菌 株归属 6个宗 谱 , 各 25 75 %; 1 属优 势宗谱 L 1的有 l 0 6个菌 株 , 7 .%, 占 62 说 明空中捕捉的菌株 多数来 自于病 圃中的优 势宗谱 。 研究还表明 , 2个病 圃中的稻瘟病 菌均具有遗传多样性 , 且特点各异 ; 病菌宗 谱与水稻品种之间有一定的相 陛; 来源于同一病圃的菌株 亲缘关系较为密切。
湖 南农 业科 学
2 1 ,7 :~ 0 0 1 ( )7 1
H n nA r utrl cecs u a gi l a i e c u S n
桃 江 和浏 阳病 圃稻 瘟 病 菌 遗传 多样 性 的 S R分 析 S
白珍 安 , 任佐华 , 毛 莹 , 周翎 , 李 书 , 刘二 明
i a ja ga d L u a gb S a k r n T o in n iy n yS R M r e s
BAI e — n REN Zu —h a M AO n , Zh n a , o u , Yig ZHOU Ln , I u I r m ig ig L Sh ,LU E — n (ol eo i Sft c n eadTc nlg, N . h nsa4 0 2 , R 1 C l g Bo ae S i c n eh ooy H AU C a gh 1 18 P C e f ~ y e
1 e ecl egs i w ihT o agn r r a 3 gn t iegsad Lu agn r r a v e ecl egs 6 gn t i ae,n hc aj n u eyhd 1 e ecl ae n i n usy hdf e gn t i ae, i n i s i n y e i i n
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