Spearmen相关系数和Pearson相关系数及其MATLAB实现

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斯皮尔曼等级相关系数实现python

斯皮尔曼等级相关系数实现python

斯皮尔曼等级相关系数实现python 斯皮尔曼等级相关系数(Spearman's rank correlation coefficient),是用来衡量两个变量之间的单调关系程度的非参数统计方法。

与皮尔逊相关系数不同,斯皮尔曼等级相关系数不要求变量呈线性关系,并且对于变量的分布形态也没有要求,因此适用于非线性、非正态分布的数据。

斯皮尔曼等级相关系数的计算步骤如下:1.将两个变量的观测值按照大小进行排序,从小到大分配等级。

如果有相同的观测值,取他们的平均等级。

2.计算每一对等级之差,记为d。

对于相同的等级,d为0。

3.计算d的平方,记为d^2。

4.计算每一对观测值的d^2之和,称为Σd^2。

5.用下式计算斯皮尔曼等级相关系数:r_s = 1 - (6 * Σd^2) / (n * (n^2 - 1))其中,n代表样本数量。

下面我们将使用Python来实现斯皮尔曼等级相关系数。

首先,我们需要导入相关的库:```pythonimport numpy as npfrom scipy.stats import rankdata```接下来,我们定义一个函数来计算斯皮尔曼等级相关系数:```pythondef spearman_rank_correlation(x, y):n = len(x)#将变量按照大小进行排序,并分配等级rank_x = rankdata(x)rank_y = rankdata(y)#计算每一对等级之差d = rank_x - rank_y#计算d的平方和sum_d_squared = np.sum(d**2)#计算斯皮尔曼等级相关系数r_s = 1 - (6 * sum_d_squared) / (n * (n**2 - 1))return r_s```让我们通过一个例子来使用这个函数。

假设我们有两个变量x和y 的观测值如下:```pythonx = [1, 2, 3, 4, 5]y = [5, 4, 3, 2, 1]```我们可以调用`spearman_rank_correlation`函数来计算斯皮尔曼等级相关系数:```pythoncorrelation = spearman_rank_correlation(x, y)print("斯皮尔曼等级相关系数为:", correlation)```输出结果为-1.0,表示x和y之间呈负相关关系。

皮尔逊相关系数matlab代码

皮尔逊相关系数matlab代码

皮尔逊相关系数是衡量两个变量之间线性关系强弱的统计指标,它可以用来衡量两个变量之间的相关性程度。

在实际的数据分析和统计学研究中,皮尔逊相关系数常常被用来分析和评估变量之间的相关性。

在Matlab中,我们可以使用corrcoef函数来计算皮尔逊相关系数。

corrcoef函数可以接受两个向量或矩阵作为输入,返回这两个变量之间的相关系数矩阵。

下面是使用Matlab计算皮尔逊相关系数的代码示例:1. 定义两个变量X和Y,假设它们分别表示两组数据。

```matlabX = [1, 2, 3, 4, 5];Y = [5, 4, 3, 2, 1];```2. 使用corrcoef函数计算X和Y之间的相关系数。

```matlabR = corrcoef(X, Y);```3. 打印计算结果。

```matlabdisp(R);```以上代码中,首先我们定义了两组数据X和Y,然后使用corrcoef函数计算它们之间的相关系数,并将结果存储在变量R中。

最后通过disp函数将计算结果打印出来。

除了计算两个变量之间的相关系数外,corrcoef函数还可以接受矩阵作为输入,用来计算多个变量之间的相关系数。

在实际的数据分析中,我们经常需要计算多个变量之间的相关性,这时可以很方便地使用corrcoef函数来进行计算。

Matlab中的corrcoef函数提供了一个便捷的方式来计算皮尔逊相关系数,帮助我们分析和评估变量之间的相关性。

通过合理地利用这一函数,我们可以更加深入地理解数据之间的关系,从而为进一步的数据分析和统计学研究提供有力的支持。

皮尔逊相关系数在统计分析中被广泛应用,它不仅可以用来衡量两个变量之间的相关性程度,还可以帮助我们了解和解释数据之间的线性关系。

在实际的数据分析和统计学研究中,皮尔逊相关系数常常被用来进行多方面的分析,例如市场营销、经济学、医学和社会科学等领域。

而在Matlab中,使用corrcoef函数可以便捷地计算得到皮尔逊相关系数。

皮尔森相关系数曲线拟合matlab

皮尔森相关系数曲线拟合matlab

皮尔森相关系数曲线拟合matlab摘要:I.引言- 皮尔森相关系数介绍- 曲线拟合在matlab 中的运用II.皮尔森相关系数- 定义与性质- 计算方法III.曲线拟合- 曲线拟合的意义- 曲线拟合的方法IV.皮尔森相关系数曲线拟合matlab 实现- 步骤与代码- 结果与分析V.结论- 总结与展望正文:I.引言皮尔森相关系数是一种用于衡量两个变量之间线性关系强度的统计方法,广泛应用于各个领域。

在实际应用中,我们常常需要对数据进行拟合,以便更好地了解数据之间的关系。

MATLAB 是一种强大的数学软件,可以用于各种数据分析和处理任务,包括曲线拟合。

本文将介绍皮尔森相关系数以及如何在MATLAB 中实现曲线拟合。

II.皮尔森相关系数皮尔森相关系数,也称为Pearson 相关系数,是一种用于衡量两个变量之间线性关系强度的统计方法。

它的取值范围在-1 到1 之间,当值接近1 时,表示两个变量之间存在正向线性关系;当值接近-1 时,表示两个变量之间存在负向线性关系;当值接近0 时,表示两个变量之间不存在显著的线性关系。

皮尔森相关系数的计算公式为:r = ∑((x_i-平均x)*(y_i-平均y)) / (√∑(x_i-平均x)^2 * ∑(y_i-平均y)^2) 其中,x_i 和y_i 分别为两个变量的观测值,平均x 和平均y 分别为两个变量的平均值。

III.曲线拟合曲线拟合是一种用于确定数据之间关系的数学方法。

通过拟合曲线,我们可以更好地了解数据的变化趋势和规律,从而为后续的数据分析和预测提供依据。

曲线拟合的方法有很多,如线性拟合、多项式拟合、指数拟合等。

IV.皮尔森相关系数曲线拟合matlab 实现在MATLAB 中,我们可以使用curve fitting toolbox 工具包进行曲线拟合。

下面是一个使用MATLAB 实现皮尔森相关系数曲线拟合的例子:1.首先,安装curve fitting toolbox 工具包。

皮尔森相关和斯皮尔曼品级相关

皮尔森相关和斯皮尔曼品级相关

1背景说到相关系数,学过生物统计的人应该可不能太陌生。

随着基因芯片和高通量测序技术的进展,相关系数在生物数据统计中的应用愈来愈普遍。

例如,通过计算不同基因表达量的相关系数,来构建基因共表达网络。

大部份基因网络分析的方式,都与基因间表达量相关系数的计算相关(即便是复杂一点的算法,相关系数的计算也可能是算法的基础部份)。

因此明白得相关系数,对分析生物学数据超级重要。

2皮尔森相关2.1概念在所有相关系数的计算方式里面,最多见的确实是皮尔森相关。

皮尔森相关百度百科说明:皮尔森相关系数(Pearson correlation coefficient)也称皮尔森积差相关系数(Pearson product-moment correlation coefficient) ,是一种线性相关系数。

皮尔森相关系数是用来反映两个变量线性相关程度的统计量。

相关系数用r表示,其中n为样本量,别离为两个变量的观测值和均值。

r描述的是两个变量间线性相关强弱的程度。

r的绝对值越大说明相关性越强。

2.2数据测试公式是抽象的,咱们利用几组值就能够够更好明白得相关系数的意义。

从皮尔森相关系数概念来看,若是两个基因的表达量呈线性关系(数学上,线性相关指的是直线相关,指数、幂函数、正弦函数等曲线相关不属于线性相关),那么两个基因表达量的就有显著的皮尔森相关系性。

下面用几组模拟数值来测试一下:测试1:两个基因A、B,他们的表达量关系是B=2A,在8个样本中的表达量值如下:表1 基因A、B在8个样本中的表达量值图1 基因A、B在8个样本中的表达量示用意计算得出,他们的皮尔森相关系数r=1,P-vlaue≈0。

测试2:两个基因A、C,他们的关系是C=15-2A,在8个样本中的表达量值如下:表2 基因A、C在8个样本中的表达量值图2基因A、C在8个样本中的表达量示用意计算得出,他们的皮尔森相关系数r=-1,P-vlaue≈0。

从以上能够直观看出,若是两个基因的表达量呈线性关系,那么具有显著的皮尔森相关性。

Spearmen相关系数和Pearson相关系数及其MATLAB实现

Spearmen相关系数和Pearson相关系数及其MATLAB实现

Spearmen 相关系数和Pearson 相关系数及其MATLAB 实现 Spearmen 相关系数,Spearman 秩相关系数是一种无参数(与分布无关)检验方法,用于度量变量之间联系的强弱。

在没有重复数据的情况下,如果一个变量是另外一个变量的严格单调函数,则Spearman 秩相关系数就是+1或-1,称变量完全Spearman 秩相关。

表达式如下:)(161r 312nn d ni i s --=∑=式中,n 为样方数,对原始数据i x ,i y 按从大到小排序,记'i x ,'i y 为原始i x ,iy 在排序后列表中的位置,'i x ,'i y 称为i x ,i y 的秩次,秩次差'i 'i i y -x d =。

使用Pearson 线性相关系数有2个局限:1) 必须假设数据是成对地从正态分布中取得的。

位置n 原始X 排序后 秩次 原始Y 排序后 秩次 秩次差 1 12 546 5 1 78 6 1 2 546 45 1 78 46 1 0 3 13 32 4 2 45 5 1 4 45 13 2 46 6 2 0 5 32 12 3 6 2 4 1 62264513-3r=1-6*(1+1+1+9)/(6*35)=0.6571图1 秩相关系数检验的临界值表上图为秩相关系数检验的临界值表。

对相关系数r(-1<r<1):A.当|r|越接近1则表示样本之间的相关程度越高;B.当|r|越接近0则表示样本之间的相关程度越低。

因为n=6,若|r|>0.829,则样本之间存在相关性,反之则不存在显著相关性,若|r|>0.943,则样本之间存在极显著相关性。

程序:%%%%%%%%%%%%将以下程序存为mySpearman.m文件%%%%%%%%%function coeff = mySpearman(X , Y)if length(X) ~= length(Y)error('两个数值数列的维数不相等');return;endN = length(X); %得到序列的长度Xrank = zeros(1 , N); %存储X中各元素的排行Yrank = zeros(1 , N); %存储Y中各元素的排行%计算Xrank中的各个值for i = 1 : Ncont1 = 1; %记录大于特定元素的元素个数cont2 = -1; %记录与特定元素相同的元素个数for j = 1 : Nif X(i) < X(j)cont1 = cont1 + 1;elseif X(i) == X(j)cont2 = cont2 + 1;endendXrank(i) = cont1 + mean([0 : cont2]);end%计算Yrank中的各个值for i = 1 : Ncont1 = 1; %记录大于特定元素的元素个数cont2 = -1; %记录与特定元素相同的元素个数for j = 1 : Nif Y(i) < Y(j)cont1 = cont1 + 1;elseif Y(i) == Y(j)cont2 = cont2 + 1;endendYrank(i) = cont1 + mean([0 : cont2]);end%利用差分等级(或排行)序列计算斯皮尔曼等级相关系数coeff = 1 - (6 * sum((Xrank - Yrank).^2)) /(N * (N^2 - 1)); end%函数mySpearman结束%%%%%%%%%%运行下面这个程序%%%%%%%%%%%%%%%%X=[12,546,13,45,32,2];Y=[1,78,2,46,6,45];S=mySpearman(X,Y);%根据以上程序可以算出Spearman秩相关系数为0.6571 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%matlab自带程序coeff = corr(X , Y , 'type', 'Spearman');Pearson 相关系数(Pearson correlation coefficient )也叫皮尔森积差相关系数(Pearson product-moment correlation coefficient ),是用来反应两个变量相似程度的统计量。

python斯皮尔曼相关系数

python斯皮尔曼相关系数

python斯皮尔曼相关系数斯皮尔曼相关系数是一种常用的统计方法,用于衡量两个变量之间的相关性。

在Python中,我们可以使用scipy库的spearmanr函数来计算斯皮尔曼相关系数。

斯皮尔曼相关系数是非参数方法,它不依赖于数据的分布情况,因此适用于各种类型的数据。

它通过比较两个变量的等级顺序来度量它们之间的相关性。

等级顺序是将原始数据转换为排名的顺序,其中最小的值为1,依此类推。

让我们来了解一下斯皮尔曼相关系数的计算方法。

斯皮尔曼相关系数的取值范围为-1到1,其中-1表示完全的负相关,1表示完全的正相关,0表示没有相关性。

计算斯皮尔曼相关系数的步骤如下:1. 对两个变量的数据进行排序,并为每个数据分配一个等级。

2. 计算每个数据的等级之差,并将其平方。

3. 计算等级之差的和。

4. 使用以下公式计算斯皮尔曼相关系数:ρ = 1 - (6 * Σd^2) / (n^3 - n)其中,ρ表示斯皮尔曼相关系数,Σd^2表示等级之差的平方和,n表示样本数量。

接下来,我们将使用Python代码来计算斯皮尔曼相关系数。

首先,我们需要导入scipy库的spearmanr函数:```pythonfrom scipy.stats import spearmanr```然后,我们可以使用spearmanr函数来计算两个变量的斯皮尔曼相关系数。

假设我们有两个变量x和y,它们分别表示学生的成绩和学生的学习时间。

我们可以使用以下代码计算它们之间的斯皮尔曼相关系数:```pythonx = [80, 85, 90, 95, 100]y = [5, 10, 15, 20, 25]rho, p_value = spearmanr(x, y)print("斯皮尔曼相关系数:", rho)print("p值:", p_value)```在上述代码中,spearmanr函数返回两个值:斯皮尔曼相关系数和p 值。

皮尔森相关系数曲线拟合matlab

皮尔森相关系数曲线拟合matlab

皮尔森相关系数曲线拟合matlab皮尔森相关系数是衡量两个变量之间线性关系强度的常见方法之一。

在数据分析领域中,有时需要对皮尔森相关系数进行曲线拟合来更好地描述数据之间的关系。

Matlab是一种功能强大的数值计算和编程环境,提供了丰富的工具箱和函数用于数据分析和曲线拟合。

在Matlab中,可以通过fit函数对皮尔森相关系数进行曲线拟合。

需要准备数据。

在Matlab中,可以使用xlsread函数从Excel文件中读取相关系数数据到一个矩阵中。

假设相关系数数据存储在名为"correlation_data.xlsx"的Excel文件的第一个工作表中,可以使用以下代码将数据读取到一个矩阵中:matlabdata = xlsread('correlation_data.xlsx');接下来,可以使用fit函数进行曲线拟合。

假设想要拟合一个二次曲线,可以使用polyfit函数计算相关系数数据的二次多项式系数。

然后,可以使用polyval函数根据得到的系数计算拟合曲线上的点。

以下代码演示了如何进行二次曲线拟合:matlab计算二次多项式系数coefficients = polyfit(data(:,1), data(:,2), 2);计算拟合曲线上的点x = linspace(min(data(:,1)), max(data(:,1)), 100);y = polyval(coefficients, x);绘制原始数据和拟合曲线scatter(data(:,1), data(:,2), 'filled');hold on;plot(x, y, 'r');xlabel('X');ylabel('Y');legend('Data', 'Fitted Curve');以上代码首先使用polyfit函数计算相关系数数据的二次多项式系数,然后使用polyval函数根据这些系数计算拟合曲线上的点。

Pearson、Spearman秩相关系数、kendall等级相关系数(附python实现)

Pearson、Spearman秩相关系数、kendall等级相关系数(附python实现)

Pearson、Spearman秩相关系数、kendall等级相关系数(附python实现)⽬录:相关系数相关系数:考察两个事物(在数据⾥我们称之为变量)之间的相关程度。

如果有两个变量:X、Y,最终计算出的相关系数的含义可以有如下理解:(1)、当相关系数为0时,X和Y两变量⽆关系。

(2)、当X的值增⼤(减⼩),Y值增⼤(减⼩),两个变量为正相关,相关系数在0.00与1.00之间。

(3)、当X的值增⼤(减⼩),Y值减⼩(增⼤),两个变量为负相关,相关系数在-1.00与0.00之间。

相关系数的绝对值越⼤,相关性越强,相关系数越接近于1或-1,相关度越强,相关系数越接近于0,相关度越弱。

通常情况下通过以下取值范围判断变量的相关强度:相关系数 0.8-1.0 极强相关0.6-0.8 强相关0.4-0.6 中等程度相关0.2-0.4 弱相关0.0-0.2 极弱相关或⽆相关Pearson(⽪尔逊)相关系数⽪尔逊相关也称为积差相关(或积矩相关)是英国统计学家⽪尔逊于20世纪提出的⼀种计算直线相关的⽅法。

假设有两个变量X、Y,那么两变量间的⽪尔逊相关系数可通过以下公式计算:以上列出的四个公式等价,其中E是数学期望,cov表⽰协⽅差,N表⽰变量取值的个数。

适⽤范围当两个变量的标准差都不为零时,相关系数才有定义,⽪尔逊相关系数适⽤于:(1)、两个变量之间是线性关系,都是连续数据。

(2)、两个变量的总体是正态分布,或接近正态的单峰分布。

(3)、两个变量的观测值是成对的,每对观测值之间相互独⽴。

pearson 描述的是线性相关关系,取值[-1, 1]。

负数表⽰负相关,正数表⽰正相关。

在显著性的前提下,绝对值越⼤,相关性越强。

绝对值为0,⽆线性关系;绝对值为1表⽰完全线性相关。

Python 实现DataFrame.corr(method='pearson', min_periods=1)参数说明:method:可选值为{‘pearson’, ‘kendall’, ‘spearman’}min_periods:样本最少的数据量返回值:各类型之间的相关系数DataFrame表格。

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S p e a r m e n相关系数和P e a r s o n相关系数及其
M A T L A B实现
Last revision on 21 December 2020
Spearmen 相关系数和Pearson 相关系数及其MATLAB 实现
Spearmen 相关系数,Spearman 秩相关系数是一种无参数(与分布无关)检验方
法,用于度量变量之间联系的强弱。

在没有重复数据的情况下,如果一个变量是另外一个变量的严格单调函数,则Spearman 秩相关系数就是+1或-1,称变量完全Spearman 秩相关。

表达式如下:
式中,n 为样方数,对原始数据i x ,i y 按从大到小排序,记'i x ,'i y 为原始i x ,i y 在排序后列表中的位置,'i x ,'i y 称为i x ,i y 的秩次,秩次差'i 'i i y -x d 。

使用Pearson 线性相关系数有2个局限:
1) 必须假设数据是成对地从正态分布中取得的。

2) 数据至少在逻辑范围内是等距的。

对于上表数据,算出Spearman 秩相关系数为:r=1-6*(1+1+1+9)/(6*35)= 图1 秩相关系数检验的临界值表 上图为秩相关系数检验的临界值表。

对相关系数r (-1<r<1):
A.当|r|越接近1则表示样本之间的相关程度越高;
B.当|r|越接近0则表示样本之间的相关程度越低。

因为n=6,若|r|>,则样本之间存在相关性,反之则不存在显着相关性,若|r|>,则样本之间存在极显着相关性。

程序:
%%%%%%%%%%%%将以下程序存为文件%%%%%%%%%
function coeff = mySpearman(X , Y)
if length(X) ~= length(Y)
error('两个数值数列的维数不相等');
return;
end
N = length(X); %得到序列的长度
Xrank = zeros(1 , N); %存储X中各元素的排行
Yrank = zeros(1 , N); %存储Y中各元素的排行
%计算Xrank中的各个值
for i = 1 : N
cont1 = 1; %记录大于特定元素的元素个数
cont2 = -1; %记录与特定元素相同的元素个数
for j = 1 : N
if X(i) < X(j)
cont1 = cont1 + 1;
elseif X(i) == X(j)
cont2 = cont2 + 1;
end
end
Xrank(i) = cont1 + mean([0 : cont2]);
end
%计算Yrank中的各个值
for i = 1 : N
cont1 = 1; %记录大于特定元素的元素个数
cont2 = -1; %记录与特定元素相同的元素个数
for j = 1 : N
if Y(i) < Y(j)
cont1 = cont1 + 1;
elseif Y(i) == Y(j)
cont2 = cont2 + 1;
end
end
Yrank(i) = cont1 + mean([0 : cont2]);
end
%利用差分等级(或排行)序列计算斯皮尔曼等级相关系数coeff = 1 - (6 * sum((Xrank - Yrank).^2)) /(N * (N^2 - 1)); end
%函数mySpearman结束
%%%%%%%%%%运行下面这个程序%%%%%%%%%%%%%%%%
X=[12,546,13,45,32,2];Y=[1,78,2,46,6,45]; S=mySpearman(X,Y);
%根据以上程序可以算出Spearman秩相关系数为%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%matlab自带程序coeff=corr(X,Y,'type','Spearman');
Pearson相关系数(Pearson correlation coefficient)也叫皮尔森积差相关系数(Pearson product-moment correlation coefficient),是用来反应两个变量相似程度的统计量。

或者说可以用来计算两个向量的相似度(在基于向量空间模型的文本分类、用户喜好推荐系统中都有应用)。

当两个变量的标准差都不为零时,相关系数才有定义,皮尔逊相关系数适用于:
(1)、两个变量之间是线性关系,都是连续数据。

(2)、两个变量的总体是正态分布,或接近正态的单峰分布。

(3)、两个变量的观测值是成对的,每对观测值之间相互独立。

.
%%%%%%%%%%%%将以下程序存为文件%%%%%%%%
function coeff = myPearson(X , Y)
% 本函数实现了皮尔逊相关系数的计算操作
if length(X) ~= length(Y)
error('两个数值数列的维数不相等');
return;
end
N=length(X);
f1 = sum(X .* Y) - (sum(X) * sum(Y))/N;
f2 = sqrt((sum(X .^2) - sum(X)^2/N) * (sum(Y .^2) - sum(Y)^2 /N));
coeff = f1 / f2;
end %函数myPearson结束
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
X=[12,546,13,45,32,2];Y=[1,78,2,46,6,45]; %X Y自己定义
P=myPearson(X,Y);
%%%%%%%%%%%%%%matlab自带程序coeff=corr(X,Y);
图1 秩相关系数检验的临界值表
上图为秩相关系数检验的临界值表。

对相关系数p(-1<p<1):
A.当|p|越接近1则表示样本之间的相关程度越高;
B.当|p|越接近0则表示样本之间的相关程度越低。

得到Pearson相关系数p后与比较。

与上一个方式类似。

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