胚胎发育相关基因stk40的蛋白表达和生物信息学分析
生命科学数据分析的方法与应用
生命科学数据分析的方法与应用近年来，生命科学领域的迅速发展，使得大量数据积累在了科研工作者的手中。
而数据的分析与应用，已经成为生命科学研究的必然趋势。
而针对如此多的数据，如何进行高效的挖掘，成为了生命科学研究领域中重要的问题之一。
本文将结合实际案例，探讨生命科学数据分析的方法与应用。
一、SNP数据分析与应用SNP(sing nucleotide polymorphisms)是指单个核苷酸的多态性，以其多变性为基础进行基因千变万化地研究。
SNP数据如何进行分析和应用呢？首先，进行SNP芯片的数据分析。
通过芯片中的探针将样本DNA与芯片固定的单核苷酸进行匹配并输出，然后对输出结果进行标准化和归一化处理。
接着进行基因型的分析，根据样本中每个SNP位点的基因型分析, 确定每个个体所携带的所有SNP位点的基因型。
其次，进行SNP数据的应用。
SNP 基因组分型技术的应用包括疾病风险预测和药物治疗反应性预测。
例如，针对遗传性疾病，可以通过SNP与疾病之间的关联，估计个体发病风险。
针对癌症治疗，可以根据药物代谢 SNP 和靶标 SNP 的情况，预测药物在患者体内的代谢效率和治疗效果。
二、生物成像数据分析与应用生物成像技术已经成为了生命科学研究中不可或缺的工具，如何进行生物成像数据的分析与应用呢？首先，进行生物成像数据的处理。
对于不同的生物成像技术，数据处理方法和软件有所不同，例如，对于荧光显微镜下的图像，需要进行图像处理和去噪，以得到清晰的细胞图像。
其次，进行生物成像数据的分析。
对生物成像样品的图像进行分析，可以获得样品中各种特征如面积、位置、大小、形态等，并可以对生命过程进行动态跟踪。
例如，在活体成像中，可以利用时间序列数据分析细胞轨迹并找出细胞的运动及各个时间点的强度。
最后，进行生物成像数据的应用。
生物成像技术的应用广泛，例如，在肿瘤病理学中，可以通过活体成像技术来实时观察肿瘤细胞的生长、扩散和药物疗效；在生物学研究中，可以通过高分辨率显微镜图像，在细胞水平上探究细胞器的组成和功能。
生物信息学分析在蛋白质组学中的应用
生物信息学分析在蛋白质组学中的应用近年来，生物信息学分析在蛋白质组学中的应用已成为研究热点。
蛋白质组学是研究生物样品（如细胞、组织、生物体）中所有蛋白质的形态、结构、功能和相互作用的技术和方法学。
生物信息学是利用计算机和生物学知识，研究生物信息的学科。
生物信息学的分析方法包括序列分析、结构分析、功能分析等。
该分析方法在蛋白质组学中的应用，可以帮助我们更好的理解蛋白质的功能和相互作用，从而在疾病预防和治疗方面做出更好的决策。
一、蛋白质组学中的生物信息学分析方法1. 序列分析序列分析是生物信息学中最基本的分析方法。
它通过比较蛋白质序列中氨基酸的差异，揭示蛋白质的结构和功能。
序列分析包括多序列比对、同源性搜索和序列分类。
多序列比对法将多条相似序列按某种规则进行比对，从而找出相同的部分，判断它们之间的差异和相似度，进而预测蛋白质的结构和功能。
同源性搜索是指利用已知的蛋白质序列“搜索”数据库中的序列，以寻找和已知蛋白质相似的新序列。
序列分类是将蛋白质序列进行分类，以便对新蛋白质序列进行分析和预测。
2. 结构分析结构分析是通过对蛋白质的结构进行分析，揭示蛋白质的功能、相互作用和调控机制等信息。
结构分析方法主要包括蛋白质结构预测、结构比对和蛋白质互作分析等。
蛋白质结构预测是利用已知的蛋白质结构数据，预测新的蛋白质结构。
结构比对是将蛋白质结构与数据库中的已知蛋白质结构进行比对，以发现蛋白质之间的差异和相似性。
蛋白质互作分析是研究生物大分子之间相互作用的过程，揭示蛋白质的通讯机制、信号传递和调控机制等。
3. 功能分析功能分析是通过生物信息学分析方法揭示蛋白质在生物体内的功能和调控机制。
功能分析方法包括蛋白质功能注释、基因本体论和通路分析等。
蛋白质功能注释是通过对蛋白质序列、结构和相互作用等进行分析，明确蛋白质的功能和生物学作用。
基因本体论是一种分类方法，将蛋白质的功能按照一定的规则进行分类，以便对新的蛋白质进行预测和注释。
生物信息学中的蛋白质分析技术
生物信息学中的蛋白质分析技术蛋白质是生物体中不可或缺的重要分子，其功能包括酶催化、信号传递、结构支持等多种生命活动。
蛋白质分析是生物信息学研究中的重要领域之一，目的是从生物样品中获取有关蛋白质的信息。
这项技术不仅可以揭示蛋白质的结构和功能，还可以为医学诊断和药物研发提供重要的参考。
一、蛋白质分析的基本流程蛋白质分析的基本流程包括蛋白质提取、分离纯化、分析鉴定等几个步骤。
蛋白质提取是将目标蛋白从生物样品中提取出来，一般采用机械破碎、化学分解、超声波等方法。
分离纯化是将目标蛋白与其他蛋白分离开来，可以采用电泳、层析、过滤等方法。
分析鉴定则是对分离得到的蛋白进行化学、物理和生物学的分析，如质谱分析、核酸测序、免疫学检测等方法。
二、质谱分析技术的应用质谱分析是一种可以同时检测多种蛋白质组成和结构的方法，其技术基础是将蛋白质分离并进行离子化后进行质量分析。
这种方法被广泛地应用于蛋白质组学和蛋白质互作等领域。
在蛋白质组学中，将样品中的所有蛋白质分离并进行质谱分析，可以获得大量的信息，如蛋白质的数量、种类、分布和修饰状态等。
质谱分析技术的应用还包括蛋白质互作的研究。
蛋白质互作通常是指两个或多个蛋白质之间的相互作用，这在生物活动中非常重要。
质谱分析可以用来鉴定已知的蛋白质互作或发现新的蛋白质互作，这对于深入理解生物活动机理具有重要意义。
三、结构生物学的应用结构生物学是研究蛋白质三维结构的一种技术，其目的是探究蛋白质结构与功能之间的关系。
现有的结构生物学技术主要包括X射线晶体学、核磁共振和电子显微镜。
通过这些技术，可以确定单个蛋白质的原子结构，也可以确定蛋白质的超分子结构，如蛋白质-DNA复合物和蛋白质-蛋白质复合物等。
在药物研发方面，结构生物学的应用也非常广泛。
通过了解蛋白质的结构，可以设计出针对特定靶标的药物，并对药物与靶标之间的相互作用进行优化和改良。
四、生物信息学的应用生物信息学是将计算机和数学等方法应用于生物学研究的一种学科。
【江苏省自然科学基金】_信息学软件_期刊发文热词逐年推荐_20140816
推荐指数 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
2010年 序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
科研热词 错义突变 结肠直肠肿瘤 生物信息学分析 生物信息学 灰飞虱 植物双元表达载体 抗病毒蛋白bcturso 家族性 可视化 可扩展矢量图形(svg) 分子伴侣 共生菌 交互 不结球白菜 wolbachia web val384asp pse-bio hmlh1基因 groel
2009年 序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
科研热词 生物信息学 克隆 预测 表位 蛋白印迹 肥胖 猪 慢性粒细胞白血病 序列比对 多克隆抗体 可溶性hla四聚体 二级结构 steap4 pou1f1基因 p210bcr-abl p1 lyrm1基因 ctl b细胞表位 5'侧翼区
2012年 序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ0 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25
2013年 科研热词 推荐指数 序号 转录因子结合位点 2 1 生物信息学分析 2 2 p73启动子区 2 3 dna甲基化 2 4 随机引物pcr 1 5 进化树分析 1 6 血清多肽 1 7 荧光素酶报告质粒 1 8 肝受体类似物-1(lrh-1) 1 9 组织表达 1 10 磁珠富集 1 11 生物信息学 1 12 湖羊 1 时间飞行质谱 1 序列分析 1 幽门螺杆菌 1 干扰素调节因子-1(irf-1) 1 山羊痘病毒 1 启动子 1 原核表达 1 卵巢癌 1 x染色体连锁的凋亡抑制蛋白相关因子1(xaf1) 1 race 1 p32基因 1 nadh脱氢酶 1
小鼠早期胚胎发育过程中细胞凋亡及凋亡基因表达的检测
Ａ ：Ａ Ａ Ｇ Ｇ Ｔ Ｇ Ｇ Ａ Ａ Ｇ Ａ Ｇ Ｔ Ｇ Ｇ Ｔ Ｇ Ａ Ｇ Ｔ
Ｂａｘ
外引物
Ｓ ：Ｇ Ａ Ｃ Ａ Ｇ Ｇ Ｇ Ｇ Ｃ Ｃ Ｔ Ｔ Ｔ Ｔ Ｔ Ｇ Ｔ Ｔ Ａ Ｃ
Ａ ：Ａ Ａ Ａ Ｇ Ａ Ａ Ｔ Ｔ Ｃ Ｇ Ｃ Ｔ Ａ Ｇ Ｃ Ａ Ａ Ａ Ｇ
内引物
Ｓ ：Ｃ Ｃ Ａ Ｇ Ｇ Ａ Ｔ Ｇ Ｃ Ｇ Ｔ Ｃ Ｃ Ａ Ｃ Ｃ Ａ Ａ
见表 １ 。 １．８ 免疫组化
取处于不同发育时期的形态正常胚胎，４％ 多 聚甲醛固定 ３０ ｍｉｎ， ＰＢＳ 洗涤 ３ 次，每次 ５ ｍｉｎ， ３７ ℃，１０％ 马血清封闭 １ ｈ；加入兔抗鼠多抗（Ｂｃｌ－ ２、Ｂａｘ、Ｂａｋ），４ ℃温育过夜。ＰＢＳ 洗涤 ３ 次， 加入生物素化标记的山羊抗兔二抗，室温温育 ３ ０ ｍｉｎ。Ｐ Ｂ Ｓ 洗涤 ３ 次，加入碱性磷酸酶标记的卵白
关键词 早期胚胎发育；凋亡；基因表达
在哺乳动物中，大约有 ３０％￣７０％ 的胚胎在发 育过程中夭折，其中绝大部分发生在胚胎发育的早 期。胚胎死亡的原因很复杂，可能与遗传、环境等 因素有关，胚胎细胞凋亡是胚胎夭折的主要方式［１］。 诱发胚胎细胞凋亡的原因很多，受精过程的异常［２］、 胚胎发育过程中温度的不稳定［３］、不适宜的生长因 子水平［ ４ ］ 、细胞内基因的非正常表达［ ５ ￣ ７ ］ 等，都可 能诱发胚胎细胞发生凋亡。
Oct 4和Caspase 6在牦牛卵母细胞和早期胚胎发育过程中的表达及LIF对其在卵母细胞中表达的
Oct 4和Caspase 6在牦牛卵母细胞和早期胚胎发育过程中的表达及LIF对其在卵母细胞中表达的影响引言：牦牛作为高寒地区重要的畜牧业资源，其繁殖力对于其养殖业的进步具有重要意义。
卵母细胞的健康和早期胚胎发育能力直接影响到牦牛的繁殖能力。
Oct 4和Caspase 6是两个与细胞命运和凋亡相关的基因，在早期胚胎发育中扮演着重要的角色。
本文旨在探讨Oct 4和Caspase 6在牦牛卵母细胞和早期胚胎发育过程中的表达状况，并探究白介素-6（Leukemia Inhibitory Factor，LIF）对其在卵母细胞中表达的影响。
方法与材料：本探究选取健康的牦牛为探究对象，采集其卵巢组织样本和早期胚胎组织样本。
起首，使用免疫组化技术检测Oct 4和Caspase 6在牦牛卵母细胞和早期胚胎中的表达状况。
其次，通过荧光定量PCR技术检测Oct 4和Caspase 6的mRNA水平，并与其蛋白表达状况进行比较分析。
最后，接受细胞培育技术，探究LIF对牦牛卵母细胞中Oct 4和Caspase 6的表达影响。
结果：免疫组化结果显示，Oct 4在牦牛卵母细胞和早期胚胎中的表达较为明显，而Caspase 6的表达相对较低。
荧光定量PCR结果显示，Oct 4的mRNA水平在卵母细胞和早期胚胎中均较高，而Caspase 6的mRNA水平则相对较低。
细胞培育试验结果显示，添加LIF后，牦牛卵母细胞中Oct 4 mRNA和蛋白表达水平显著上调，而Caspase 6的表达则下调。
谈论：Oct 4是一种转录因子，能够调控胚胎发育中的细胞命运，增进干细胞的自我更新。
在牦牛卵母细胞和早期胚胎中，Oct 4的高表达可能与其干细胞特性相关，有助于维持卵母细胞的健康和早期胚胎的正常发育。
Caspase 6则是一种凋亡相关蛋白，其相对低表达可能是为了维持早期胚胎的存活。
此外，本探究发现LIF可影响牦牛卵母细胞中Oct 4和Caspase 6的表达，这表明LIF可能参与调控牦牛卵母细胞和早期胚胎发育过程中的细胞命运和凋亡。
生物信息学及其在蛋白质组学中的应用
蛋白质组数据库是蛋白质组学研究的主要内容之一 。 通过构建不同环境条件下组织或细胞全部蛋白质的数据库 来研究蛋白质表达的差异情况 [4] 。与其他数据库相比 ,目前 大部分蛋白质组数据库都有以下几个方面的特点 : (1) 由于 蛋白质相关数据的种类繁多 ,蛋白质组数据库的种类也多种 多样 ,如双向电泳数据库 、基于蛋白序列的数据库 、蛋白质一 级或高级结构数据库 、蛋白质相互作用数据库等等 ; (2) 数据 更新速度快 ,网络上的蛋白质组数据库的数据几乎每天都在 更新 ; (3) 网络共享程度高 ,越来越多的数据库资源与互联网 相互配合 ,使得蛋白质相关数据的利用率空前的提高 。蛋白
2. 1 基于双向电泳图谱的数据库 双向电泳技术是蛋白质组学研究中最重要的实验技术
之一 ,所以基于双向电泳图片的数据库也成了蛋白质组学研 究中主要内容 。这些数据库有以下几个特点 : (1) 数据直观 。 以蛋白质双向电泳图片为索引 ,将图片放在互联网上 ,每一 个蛋白点的信息 (等电点 、分子量等等) 都可以通过点击图片 上相应位置的蛋白点得到 ; (2) 以蛋白质双向电泳图片为基 础 ,并与其他数据 (蛋白质序列 、结构和功能等信息) 进行整 合 。目前 , 主要有水稻蛋 白 质 组 数 据 库 ( The Rice Proteome Database) [5] 、SWISS - 2DPAGE[6] 、大肠杆菌双向电泳数据库 ( ECO - 2DBASE) [7] 、酵母蛋白质组数据库 ( YPD) [8] 、造血干 细胞 蛋 白 质 组 数 据 库 ( HSC - 2DPAGE) [9] 、SIENA - 2DPA2 GE[10] 、PHCI - 2DPAGE[11] 等等 。 2. 1. 1 水稻蛋白质组数据库
【江苏省自然科学基金】_内含子_期刊发文热词逐年推荐_20140820
2012年 序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35
科研热词 推荐指数 序列分析 2 鲤 1 靶基因 1 转基因组合植株 1 质型多角体病毒 1 表达特征 1 血清类黏蛋白1样蛋白3基因 1 簇毛麦 1 生物信息学 1 淋球菌 1 液泡膜水通道蛋白 1 水稻品种 1 抗性 1 慢病毒载体 1 微小rna 1 序列提取 1 差异表达 1 家蚕 1 大豆全基因组 1 基因表达 1 哮喘 1 启动特性 1 启动子 1 功能 1 内含子剪接 1 内含子 1 人cd46基因启动子 1 xip 1 perl程序 1 ospgip1基因 1 igf2b 1 hsa-mir-26b 1 egfp 1 dvblt101基因 1 3-羟酰辅酶a脱氢酶 1
推荐指数 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
2010年 序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13
科研热词 单核苷酸多态性 质型多角体病毒 胰岛素样生长因子2 相关性 清远麻鸡 感染应答假定蛋白 家蚕 增重 基因型 吉富罗非鱼 全长cdna 体型 capn1基因
2008年 序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26
科研热词 推荐指数 绵羊 2 snps 2 黏附 1 鹅 1 转录因子ap-4 1 荧光原位杂交 1 肌肉生长抑制索基因 1 生长发育性状 1 生物信息学 1 淋病奈瑟菌 1 小麦-簇毛麦易位系 1 家蚕 1 奥利亚罗非鱼 1 基因胚抗原相关细胞黏附因子1 1 leptin基因 1 leptin 1 hv-s/tpk基因 1 gene 1 ef-1α 1 cos-1细胞 1 cdna末端快速扩增 1
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论著胚胎发育相关基因stk40的蛋白表达和生物信息学分析崔骥 张军强 陈洁 朱丹丹 郭锡熔 童国庆摘要 目的 检测胚胎发育相关基因stk40的表达,并对其进行生物信息学分析。
方法 取小鼠早期各发育阶段的胚胎样本,用Western blot 方法检测stk40的蛋白表达。
用生物信息学软件或数据库分析预测stk40基因及其编码蛋白的基因结构、染色体定位、蛋白质理化性质、二级结构、疏水性/亲水性及结构域。
结果 证实stk40蛋白在小鼠8细胞发育阻滞胚胎中的表达显著低于发育正常的早期胚胎。
生物信息学分析显示,stk40基因mR NA 全长3877bp,开放阅读框长1350bp,编码449个氨基酸,相对分子质量50563 9;定位于染色体4D2 2区域,含13个外显子和12个内含子。
蛋白结构域分析提示,stk40基因编码蛋白存在一ST Y K c 结构域,可能与细胞有机体的发生有关。
结论 st k40基因编码蛋白的成功检测及生物信息学分析为进一步研究该基因奠定了基础。
关键词 胚胎发育;stk40基因中图分类号 Q132 文献标识码 A 文章编号 0253 3685(2011)05 0500 03Protein expression and bioinformatics analysis of stk40gene related to embryo development CU I Ji ,ZHANG Junqiang ,CHEN Jie ,et al.Fo rth Schoo l of Clinica l Medicine ,Nanjing Medical U niversity ,Nanjing 210004,CHI NAAbstract Objective T o detcet the pro tein ex pr essio n of stk40and analyze the bio info rmat ics of embry o development r elated g ene.Methods W estern blo t w as perfo rmed to detcet the protein ex pression of stk40in the ear ly developmental embr yo s of mo use.A n initial bioinfo rmatics ana lysis was perfor med o n its gene str ucture,g eno me lo ca lizatio n,the physical and chemical characterist ics of its coding pro tein,secondar y str ucture,hydrophobicity /hydr ophilicity,st ructur al domain and so on.Results I t was demonstrated that the prot ein ex pression o f stk40w as low er in t he development arr ested 8 cell embryo s than that in t he no rmal ones.Bio informat ics analysis sho wed that stk40g ene was a 3877bp mRN A,containing 1350nucleotides o f an o pen r eading fr ame predicting 449amino acids with a molecular mass o f 50563.9.NCBI M ap View er ana lysis rev ea led that the stk40gene w as located on chromo so me 4D2 2and w as composed o f 13exo ns and 12intro ns.T he stk40had a ST Y K c do main related to emerg ence of cellular o rganisms.Conclusion T he detcetion and analysis of stk40gene may pro vide foundatio n and no vel info rmation for the furt her st udy.Key words Embryo dev elo pment;stk40Gene[Jia ngsu M ed J ,Ma rch 2011,37(5):500 502.]基金项目:江苏省自然科学基金项目(BK2009047);南京医科大学科技发展基金重点项目(07NM U Z026);南京市卫生局项目(ZKX08006)作者单位:210004 南京医科大学第四临床医学院(崔骥、朱丹丹);南京医科大学附属南京妇幼保健院(张军强、陈洁、郭锡熔、童国庆)责任作者:童国庆 E mail:tongguoqing@发育阻滞现象是哺乳动物早期胚胎在体外培养过程中表现出的重要特征之一。
大约有不到50%的胚胎在体外受精后可以发育到囊胚阶段[1],而这些发育到囊胚阶段的胚胎在移植入子宫后大部分不能继续种植发育[2]。
胚胎发育过程与多种因素有关,包括氧自由基的损害[3]和培养液成分的平衡等外界因素,胚胎自身的基因调控等内在因素[4],而胚胎自身基因调控的研究近年来备受关注。
迄今,有关早期胚胎发育调控的关键转录因子已有一些报道,如Oct4、So x2和Nanog 可共同组成调控网络,调控胚胎的早期发育[5]。
然而,目前发现的基因不能完全诠释胚胎发育阻滞的机制,因此,继续寻找与发现新的、调控早期胚胎发育的关键转录因子,并对其调控机制进行研究仍十分必要。
本研究试图从小鼠早期胚胎中检测出该基因的蛋白表达,并对该基因进行生物信息学分析,为其功能研究提供有用的线索和依据。
材料与方法一、实验材料ICR 小鼠购自上海斯莱克公司,孕马血清(PM SG)和绒毛膜促性腺激素(H CG)购自宁波激素厂;Western blot 所用试剂购自上海生工生物工程有限公司;基因生物技术信息学分析软件,源于美国国立生物技术信息中心(NCBI)核酸及蛋白数据库和网上其他生物数据库。
二、实验方法1 小鼠超排与收集胚胎 挑选雌性小鼠于下午16:30~18:00间,腹腔注射PMSG(10IU /只),48~50h 后腹腔注射H CG(10IU/只),当晚将雌鼠与成年雄鼠1 1合笼交配,次日晨8:00看阴栓。
有阴栓的雌鼠于受精后1 5、2 5、4 5d 处死,将2细胞、4~8细胞和囊胚取出,-80 保存待用;另取部分1 5d 的2细胞胚胎,在体外进行培养,将发育阻滞的各细胞期胚胎收集,-80 保存待用。
2 Western blo t 分析 (1)凝胶制备:安装电泳槽装置,根据需要量配置分离胶和浓缩胶,将加样梳放入,室温30~60min 待胶凝固后上样电泳;(2)上样:将蛋白质标本中加入2 lo ading Buffer 煮沸5~10min,12000r/min 离心后加样;(3)电泳:浓缩胶10m A 恒流电泳至交界处,分离胶20mA 恒流电泳至溴酚蓝到达凝胶下缘;(4)其他:半干转膜仪转膜;PBS 洗2遍,封闭1h;将硝纤膜置于抗体稀释液中,4 摇床孵育过夜;PBS 洗3遍,加入二抗稀释液,室温孵育2h;PBS 洗3遍,化学发光试剂显示条带,FluorChem 5500,Alpha Innotech 捕获图像。
3 生物信息学分析 利用Spidey 、m eg aBlast 等工具在线分析stk40基因核苷酸序列的基本特征;分析蛋白质理化性质采用ProtPar am 在线工具;运用ProtScale 工具完成疏水性/亲水性的预测;应用SOPMA 在线工具完成蛋白质二级结构的预测;利用SM ART 工具进行结构域分析。
结果一、stk40在小鼠早期胚胎各阶段中的表达取小鼠各个阶段的早期胚胎,用stk40蛋白抗体进行Western blo t 实验。
结果证实stk40蛋白在8细胞发育阻滞胚胎中的表达显著低于发育正常的早期胚胎(图1)。
二、生物信息学分析stk40基因在GenBank 中有2个转录本(NM _001145827 1、N M_028800 3),转录本2在5 端非1 发育阻滞2 正常对照图1 s tk40低表达于发育阻滞的8细胞胚胎中编码区与转录本1不同,缺少一段5 端编码的区域,并且使用下游翻译启动子。
2个转录本编码两个不同的蛋白(NP_001139299 1和NP_083076 3),其中转录本1(NM _001145827 1)最为常见,mRNA 长3877bp,开放阅读框511~1860bp,编码449个氨基酸。
应用Spidey 工具,将stk40基因mRNA 序列与小鼠基因组序列进行比对,结果显示stk40基因含13个外显子和12个内含子,内含子均以GT 开始,以AG 结束,遵守GT AG 规律。
检索NCBI SNP 数据库发现stk40基因共有2个SNP 位点已被鉴定,N CBI 登陆号分别为rs27528762、rs27528755,均为同义突变,其临床意义均未见报道。
运用ProtPar am 工具对stk40基因的蛋白序列进行分析,结果显示其物理、化学参数如下:其编码蛋白理论相对分子质量50563 9;理论等电点8 30;氨基酸组成Ala 6 9%,Ar g 7 3%,A rg 7 3%,Asp 6 0%,Cys 1 8%,Gln 5 6%,Glu 6 7%,Gly 6 2%,H is 2 9%,Ile 4 7%,Leu 11 6%,Ly s 6 0%,Met 2 7%,Phe 2 7%,Pro 4 2%,Ser 7 6%,Thr 4 5%,Trp 0 7%,Tyr 2 9%,Val 6 7%;原子组成C 2221H 3582N 640O 667S 20;半衰期30h;不稳定系数48 82;总平均疏水性-0 385。
应用NCBI 在线megaBlast 分析工具,将stk40基因mRNA 序列与小鼠基因组数据库进行序列比对分析,结果发现stk40基因定位于染色体4D2 2区域。
蛋白质的亲、疏水性的相互作用是维持蛋白质三级结构最重要的作用力之一。
运用Pro tScale 预测stk40氨基酸序列的疏水性/亲水性,结果表明多肽链第97位的Glu 具有最低的分值-3 011,第155位的Leu 具有最高的分值2 678。